用于诊断结核病的方法

本发明一般涉及用于诊断结核病的方法。具体来说，本发明涉及可用于检测活动性结核病并区分活动性结核病与潜伏性结核病以及其它肺病和传染病的生物标记物。

背景技术：

1、结核病(tb)是一个全球公共卫生问题，并且在2013年有900万新感染和150万人死亡(global tuberculosis programme,world health organization.globaltuberculosis report.geneva,switzerland:world health organisation；2012卷)。尽管在诊断和治疗方面取得了进展，但仍然存在很大的疾病负担。tb难以准确诊断；诸如结核菌素皮肤测试和干扰素γ释放测定(igra)的传统方法不能区分潜伏性tb(ltb)和活动性tb(atb)，并且在hiv阳性患者中的灵敏度较低2。尽管xpert mtb/rif测定已显著提高了诊断能力，但其遭受在hiv阳性患者中的准确度降低，并且不能用于监测治疗响应(steingart等，(2014)cochrane database syst.修订版1:cd009593；friedrich等，(2013)lancetrespir.med1:462-470)。此外，其依赖于诱导痰，所述诱导痰可能难以从症状改善后的成人或从儿科患者随时获得。因此，目前的方法可通过准确的、hiv恒定型血液基的诊断和治疗响应测试来补充。

2、几项研究已经使用外周血中微阵列-基全基因组表达谱研究了宿主对结核病感染的响应。然而，迄今为止这些研究的结果尚未转化为临床实践，主要原因在于泛化性差。例如，为了将atb与其它疾病(od)或ltb(ref nature和plos medicine)以及在儿童和成人中区分开来，已经提出了具有最小重叠的不同基因标签(anderson等(2014)n.engl.j.med.370:1712-1723；kaforou等(2014)j.infect 69增刊1:s28-31)。这些研究中的许多现在已经存放在可公开访问的数据库(例如nih基因表达综合数据库(nih geneexpression omnibus)(geo))中，此允许所述研究的进一步分析和重复使用。

3、本领域仍需要针对结核病的可区分潜伏性和活动性疾病的灵敏且特异性的诊断测试以及监测对治疗的响应的更好方法。

技术实现思路

1、本发明涉及生物标记物用于诊断结核病的用途。具体来说，发明人已经发现了可用于检测活动性结核病并区分活动性结核病与潜伏性结核病以及其它肺病和传染病的生物标记物。这些生物标记物可单独地或与一种或多种其它生物标记物或相关临床参数组合用于结核病的预后、诊断或治疗监测。

2、在一个方面，本发明涉及用于检测和/或测量gbp5、dusp3和归一化基因生物标记物的表达水平的试剂在制备用于治疗肺结核的试剂盒中的用途。

3、优选地，试剂包括用于检测和/或测量根据gbp5、dusp3、klf2和归一化基因生物标记物的表达水平的试剂。

4、所述肺结核包括活动性结核病和潜伏性结核病；其中，gbp5、dusp3和归一化基因生物标记物的表达水平与活动性结核病患者的参考值范围的相似性表明该患者患有活动性结核病，而gbp5、dusp3和归一化基因生物标记物的表达水平与潜伏性结核病患者的参考值范围的相似性表明该患者患有潜伏性结核病。

5、在另一实施方案中，所述试剂盒还包含至少一种抗生素。

6、优选地，所述至少一种抗生素选自由利福平、异烟肼、吡嗪酰胺、乙胺丁醇、利福喷汀、乙硫异烟胺、莫西沙星和链霉素组成的组。

7、在另一实施方案中，当所述肺结核为活动性肺结核时，所述试剂盒还包含皮质类固醇。

8、本发明的用途进一步包括通过根据生物标记物的表达水平计算患者的tb评分来评估患者的疾病严重程度，其中增加的tb评分表示结核病感染恶化，降低的tb评分表示从活动性结核病恢复，或者其中降低的tb评分表示结核病感染恶化，降低的tb评分表示从活动性结核病恢复。

9、优选地，所述试剂用于检测生物样品中的生物标记物的表达水平，所述生物样品包括全血、痰液、单核细胞或巨噬细胞。

10、优选地，所述生物标记物是通过pcr定量的rna生物标记物。

11、优选地，所述pcr包括

12、a)将来自患者的生物样品与检测生物样品中gbp5、dusp3和归一化基因生物标记物的引物组接触；

13、b)进行一个或多个聚合酶链反应(pcr)；

14、c)生成由gbp5、dusp3和归一化基因的pcr产生的扩增子；

15、d)将扩增子与每个所述生物标记物的至少一个探针接触，其中每个探针包含可检测标记。

16、在另一个方面，本发明涉及(a)用于检测和分析gbp5、dusp3和klf2生物标记物的表达水平的试剂以及(b)抗生素或抗生素组合在制备用于诊断潜伏结核病的试剂盒中的用途。

17、优选地，试剂(a)包括用于检测和分析归一化基因的表达水平的试剂。

18、在又一方面，本发明涉及一种试剂盒，其包含用于检测和/或测量gbp5、dusp3和归一化基因生物标记物的表达水平的引物和探针；

19、其中所述引物包含用于检测gbp5生物标记物的第一聚合酶链反应引物对、用于检测dusp3生物标记物的第二聚合酶链反应引物对，以及用于检测归一化基因生物标记物的第三聚合酶链反应引物对；并且

20、其中所述探针包括至少一个用于检测gbp5生物标记物的聚合酶链反应探针、至少一个用于检测dusp3生物标记物的聚合酶链反应探针，以及至少一个用于检测归一化基因生物标记物的聚合酶链反应探针。

21、优选地，所述试剂盒进一步包括：

22、用于检测klf2生物标记物的第四聚合酶链反应引物对；和

23、至少一个用于检测klf2生物标记物的聚合酶链反应探针。

24、每个探针包括可检测标记。

25、优选地，每个探针包括荧光染料和猝灭剂分子。

26、在一个方面，本发明包括用于诊断和治疗疑似患有结核病的患者的方法，所述方法包括：a)从患者获得生物样品；b)测量生物样品中在患有活动性结核病的患者中过表达的一组基因以及在患有活动性结核病的患者中低表达的一组基因的表达水平，其中在患有活动性结核病的患者中过表达的所述一组基因包含一种或多种选自由以下各项组成的组的基因：aim2、aldh1a1、ankrd22、asgr1、batf2、brsk1、c5、cd274、cndp2、c1qb、dusp3、fam26f、fam111a、gbp1、gbp2、gbp4、gbp5、gpbar1、hla-dma、kcnj2、lhfpl2、mov10、p2ry14、prps2、psmb9、psme2、rarres3、sco2、tap2、tapbpl、usf1、vamp5和wdfy1，并且在患有活动性结核病的患者中低表达的所述一组基因包含一种或多种选自由以下各项组成的组的基因：ap1m1、arhgef18、bank1、blk、cd79a、cd79b、col9a2、eml4、fnbp1、gng7、hla-dob、il27ra、klf2、map7、mcm5、nov、orai1、osbpl10、oxsr1、pitpnc1、pnoc、ppia、ppm1h、rbbp7、rnf44、swap70、sytl1、tatdn2、tpk1和trim28；和c)通过结合对照受试者的相应参考值范围分析每一生物标记物的表达水平来诊断患有活动性结核病的患者，其中与对照受试者的参考值范围相比在患有活动性结核病的患者中过表达的所述一组基因的表达水平增加与对照受试者的参考值范围相比在患有活动性结核病的患者中低表达的所述一组基因的表达水平降低的组合，指示患者患有活动性结核病；和d)如果患者被诊断患有活动性结核病，则向患者施用有效量的至少一种抗生素。

27、在某些实施方案中，在患有活动性结核病的患者中过表达的所述一组基因以及在患有活动性结核病的患者中低表达的所述一组基因是选自由以下各项组成的组：a)在患有活动性结核病的患者中过表达的包含gbp5和dusp3的一组基因，以及在患有活动性结核病的患者中低表达的包含klf2的一组基因；b)在患有活动性结核病的患者中过表达的包含gbp6、hla-dma和tapbpl的一组基因，以及在患有活动性结核病的患者中低表达的包含tpk1、cd79b和ap1m1的一组基因；c)在患有活动性结核病的患者中过表达的包含ankrd22、asgr1和c5的一组基因，以及在患有活动性结核病的患者中低表达的包含oxsr1的一组基因；d)在患有活动性结核病的患者中过表达的包含batf2、rarres3和aldh1a1的一组基因，以及在患有活动性结核病的患者中低表达的包含orai1、rbbp7和hla-dob的一组基因；e)在患有活动性结核病的患者中过表达的包含vamp5、psme2和usf1的一组基因，以及在患有活动性结核病的患者中低表达的包含tatdn2、cd79a和col9a2的一组基因；f)在患有活动性结核病的患者中过表达的包含gbp2、fam111a和brsk1的一组基因，以及在患有活动性结核病的患者中低表达的包含fnbp1、map7和il27ra的一组基因；g)在患有活动性结核病的患者中过表达的包含wdfy1的一组基因，以及在患有活动性结核病的患者中低表达的包含eml4、bank1和pitpnc1的一组基因；h)在患有活动性结核病的患者中过表达的包含gbp1和gpbar1的一组基因，以及在患有活动性结核病的患者中低表达的包含osbpl10、nov和mcm5的一组基因；i)在患有活动性结核病的患者中过表达的包含cd274、sco2和kcnj2的一组基因，以及在患有活动性结核病的患者中低表达的包含gng7和ppm1h的一组基因；j)在患有活动性结核病的患者中过表达的包含aim2、gbp4和prps2的一组基因，以及在患有活动性结核病的患者中低表达的包含pnoc和rnf44的一组基因；k)在患有活动性结核病的患者中过表达的包含psmb9、cndp2、tap2和fam26f的一组基因，以及在患有活动性结核病的患者中低表达的包含arhgef18、swap70和sytl1的一组基因；和l)在患有活动性结核病的患者中过表达的包含lhfpl2、mov10、c1qb和p2ry14的一组基因，以及在患有活动性结核病的患者中低表达的包含trim28、blk和ppia的一组基因。

28、在另一实施方案中，本发明包括用于诊断和治疗患者的结核病的方法，所述方法包括：a)从患者获得生物样品；b)测量生物样品中gbp5、dusp3和klf2生物标记物的表达水平；c)通过结合生物标记物的相应参考值范围分析每一生物标记物的表达水平来诊断患有结核病的患者，其中gbp5和dusp3生物标记物的表达水平与对照受试者的生物标记物的参考值范围相比增加与klf2生物标记物的表达水平与对照受试者的生物标记物的参考值范围相比降低的组合指示患者患有活动性结核病；和d)如果患者被诊断患有活动性结核病，则向患者施用有效量的至少一种抗生素。

29、在另一实施方案中，所述方法进一步包括如本文所述测定患者的tb评分，其中与对照受试者的参考值范围相比，患者的tb评分更高指示患者患有活动性结核病。

30、参考值范围可代表在一名或多名未患活动性结核病的受试者(例如，健康受试者、未感染受试者或患有潜伏性结核病的受试者)的一个或多个样品中发现的一种或多种生物标记物的表达水平。或者，参考值范围可代表在一名或多名患活动性结核病的受试者的一个或多个样品中发现的一种或多种生物标记物的表达水平。在某些实施方案中，将来自受试者的生物样品中生物标记物的表达水平与患有潜伏性或活动性结核病或其它肺病或传染病的受试者的参考值进行比较。

31、可用于治疗结核病的抗生素包括(但不限于)乙胺丁醇(ethambutol)、异烟肼(isoniazid)、吡嗪酰胺(pyrazinamide)、利福布丁(rifabutin)、利福平(rifampin)、利福喷汀(rifapentine)、阿米卡星(amikacin)、卷曲霉素(capreomycin)、环丝氨酸(cycloserine)、乙硫异烟胺(ethionamide)、左氧氟沙星(levofloxacin)、莫西沙星(moxifloxacin)、对氨基水杨酸(para-aminosalicylic acid)和链霉素(streptomycin)。

32、可使用如本文所述的本发明方法来确定患者是否患有活动性结核病并将活动性结核病的诊断与潜伏性结核病以及其它肺病或传染病区分开来。另外，可使用生物标记物的表达水平来评价疾病严重程度，其中在患有活动性结核病的患者中过表达的一组基因(例如gbp5和dusp3)的表达水平增加以及在患有活动性结核病的患者中低表达的一组基因(例如klf2)的表达水平降低与结核病感染恶化相关；并且在患有活动性结核病的患者中过表达的一组基因(例如gbp5和dusp3)的表达水平降低以及在患有活动性结核病的患者中低表达的一组基因(例如klf2)的表达水平增加与从活动性结核病中恢复相关。或者，可使用tb评分来评价疾病严重程度，其中tb评分增加与结核病感染恶化相关，并且tb评分降低与从活动性结核病中恢复相关。

33、在某些实施方案中，生物样品包括血液、痰液或免疫细胞(例如单核细胞或巨噬细胞)。

34、可通过(例如)微阵列分析、聚合酶链式反应(pcr)、逆转录酶聚合酶链式反应(rt-pcr)、rna印迹(northern blot)或基因表达系列分析(sage)来检测生物标记物多核苷酸(例如编码转录物)。

35、在另一实施方案中，测量生物标记物的表达水平包括测量以下各项的量：第一体外复合物，其包含与包含gbp5生物标记物基因序列的核酸杂交的第一标记探针；第二体外复合物，其包含与包含dusp3生物标记物基因序列的核酸杂交的第二标记探针；以及第三体外复合物，其包含与包含klf2生物标记物基因序列的核酸杂交的第三标记探针，以测定生物样品中gbp5、dusp3和klf2生物标记物的表达水平。

36、在另一实施方案中，本发明包括用于监测治疗患者体内结核病感染所用的疗法的功效的方法，所述方法包括：a)在患者经历所述疗法之前从患者获得第一生物样品，并且在患者经历所述疗法之后获得第二生物样品；b)测量第一生物样品和第二生物样品中gbp5、dusp3和klf2生物标记物的表达水平；和c)结合生物标记物的相应参考值范围分析gbp5、dusp3和klf2生物标记物的表达水平，其中与第一生物样品中gbp5、dusp3和klf2生物标记物的表达水平相比第二生物样品中gbp5和dusp3生物标记物的表达水平降低以及klf2生物标记物的表达水平增加指示患者的结核病感染正在改善，并且与第一生物样品中gbp5、dusp3和klf2生物标记物的表达水平相比第二生物样品中gbp5和dusp3生物标记物的表达水平增加以及klf2生物标记物的表达水平降低指示患者的结核病感染正在恶化或对疗法没有响应。

37、在另一实施方案中，本发明包括用于监测治疗患者体内结核病感染所用的疗法的功效的方法，所述方法包括：a)在患者经历所述疗法之前从患者获得第一生物样品并且在患者经历所述疗法之后获得第二生物样品；b)测量第一生物样品和第二生物样品中gbp5、dusp3和klf2生物标记物的表达水平；和c)基于第一生物样品和第二生物样品中gbp5、dusp3和klf2生物标记物的表达水平计算tb评分，其中第二生物样品的tb评分低于第一生物样品的tb评分指示患者的结核病感染正在改善，并且第二生物样品的tb评分高于第一生物样品的tb评分指示患者的结核病感染正在恶化或对疗法没有响应。

38、在另一实施方案中，本发明包括用于区分活动性结核病与潜伏性结核病的方法，所述方法包括：a)从患者获得生物样品；b)测量gbp5、dusp3和klf2生物标记物的表达水平；和c)结合所述生物标记物的相应参考值范围分析gbp5、dusp3和klf2生物标记物的表达水平，其中gbp5、dusp3和klf2生物标记物的表达水平与患有活动性结核病的受试者的参考值范围的相似性指示患者患有活动性结核病，并且其中gbp5、dusp3和klf2生物标记物的表达水平与患有潜伏性结核病的受试者的参考值范围的相似性指示患者患有潜伏性结核病。

39、在另一实施方案中，本发明包括监测受试者体内的结核病感染的方法，所述方法包括：a)测量来自受试者的第一生物样品中gbp5、dusp3和klf2生物标记物的表达水平，其中第一生物样品是在第一时间点从受试者获得的；b)测量来自受试者的第二生物样品中gbp5、dusp3和klf2生物标记物的表达水平，其中第二生物样品是在第二时间点(即，稍后)从受试者获得的；和c)将第一生物样品中生物标记物的表达水平与第二生物样品中生物标记物的表达水平相比较，其中与第一生物样品中生物标记物的表达水平相比第二生物样品中gbp5和dusp3生物标记物的表达水平降低以及klf2生物标记物的表达水平增加指示患者的结核病感染正在改善，并且与第一生物样品中生物标记物的表达水平相比第二生物样品中gbp5和dusp3生物标记物的表达水平增加以及klf2生物标记物的表达水平降低指示患者的结核病感染正在恶化。

40、在另一实施方案中，本发明包括监测受试者体内的结核病感染的方法，所述方法包括：a)测量来自受试者的第一生物样品中gbp5、dusp3和klf2生物标记物的表达水平，其中第一生物样品是在第一时间点从受试者获得的；b)测量来自受试者的第二生物样品中gbp5、dusp3和klf2生物标记物的表达水平，其中所述第二生物样品是在第二时间点从受试者获得的；和c)基于第一生物样品和第二生物样品中gbp5、dusp3和klf2生物标记物的表达水平计算tb评分，其中第二生物样品的tb评分低于第一生物样品的tb评分指示患者的结核病感染正在改善，并且第二生物样品的tb评分高于第一生物样品的tb评分指示患者的结核病感染正在恶化。

41、在另一实施方案中，本发明包括用于区分活动性结核病与潜伏性结核病的方法，所述方法包括：a)从患者获得生物样品；b)测量生物样品中gbp5、dusp3和klf2生物标记物的表达水平；和c)结合每一生物标记物的相应参考值范围分析每一生物标记物的表达水平，其中gbp5、dusp3和klf2的表达水平与患有活动性结核病的受试者的参考值范围的相似性指示患者患有活动性结核病，并且其中gbp5、dusp3和klf2的表达水平与患有潜伏性结核病的受试者的参考值范围的相似性指示患者患有潜伏性结核病。

42、在另一实施方案中，本发明包括用于治疗疑似患有结核病的患者的方法，所述方法包括：a)根据本文所述的方法接收关于患者的诊断的信息；和b)如果患者具有阳性结核病诊断，则向患者施用治疗有效量的至少一种抗生素(例如，利福平、异烟肼、吡嗪酰胺或乙胺丁醇)。治疗后，所述方法可进一步包括监测患者对治疗的响应。

43、在另一实施方案中，本发明包括用于治疗疑似患有结核病的患者的方法，所述方法包括：a)根据本文所述的方法诊断患者；和b)如果患者具有阳性结核病诊断，则向患者施用治疗有效量的至少一种抗生素(例如，利福平、异烟肼、吡嗪酰胺或乙胺丁醇)。

44、在另一实施方案中，本发明包括包含gbp5、dusp3和klf2生物标记物的生物标记物组。

45、在另一方面中，本发明包括用于诊断受试者体内的结核病的试剂盒。试剂盒可包括容器，其用于容纳从疑似患结核病的人类受试者中分离的生物样品；至少一种特异性检测结核病生物标记物的试剂；以及印刷说明书，其用于使所述试剂与生物样品或生物样品的一部分响应以检测生物样品中至少一种结核病生物标记物的存在或量。所述试剂可被包装在单独的容器中。试剂盒可进一步包括一种或多种对照参考样品和试剂，所述对照参考样品和试剂用于如本文所述进行pcr或微阵列分析以检测生物标记物。

46、在某些实施方案中，试剂盒包括用于检测包含用于诊断结核病的多种生物标记物的生物标记物组的多核苷酸的试剂，其中一种或多种生物标记物是选自由gbp5多核苷酸、dusp3多核苷酸和klf2多核苷酸组成的组。在一个实施方案中，试剂盒包括用于检测包含gbp5、dusp3和klf2生物标记物的生物标记物组的生物标记物的试剂。

47、在某些实施方案中，试剂盒包括用于分析多种生物标记物多核苷酸的微阵列。在一个实施方案中，试剂盒包括微阵列，所述微阵列包含与gbp5多核苷酸杂交的寡核苷酸、与dusp3多核苷酸杂交的寡核苷酸和与klf2多核苷酸杂交的寡核苷酸。

48、在另一实施方案中，试剂盒包括用于检测在患有活动性结核病的患者中过表达的一组基因以及在患有活动性结核病的患者中低表达的一组基因的表达水平的试剂，所述一组基因选自由以下各项组成的组：a)在患有活动性结核病的患者中过表达的包含gbp5和dusp3的一组基因，以及在患有活动性结核病的患者中低表达的包含klf2的一组基因；b)在患有活动性结核病的患者中过表达的包含gbp6、hla-dma和tapbpl的一组基因，以及在患有活动性结核病的患者中低表达的包含tpk1、cd79b和ap1m1的一组基因；c)在患有活动性结核病的患者中过表达的包含ankrd22、asgr1和c5的一组基因，以及在患有活动性结核病的患者中低表达的包含oxsr1的一组基因；d)在患有活动性结核病的患者中过表达的包含batf2、rarres3和aldh1a1的一组基因，以及在患有活动性结核病的患者中低表达的包含orai1、rbbp7和hla-dob的一组基因；e)在患有活动性结核病的患者中过表达的包含vamp5、psme2和usf1的一组基因，以及在患有活动性结核病的患者中低表达的包含tatdn2、cd79a和col9a2的一组基因；f)在患有活动性结核病的患者中过表达的包含gbp2、fam111a和brsk1的一组基因，以及在患有活动性结核病的患者中低表达的包含fnbp1、map7和il27ra的一组基因；g)在患有活动性结核病的患者中过表达的包含wdfy1的一组基因，以及在患有活动性结核病的患者中低表达的包含eml4、bank1和pitpnc1的一组基因；h)在患有活动性结核病的患者中过表达的包含gbp1和gpbar1的一组基因，以及在患有活动性结核病的患者中低表达的包含osbpl10、nov和mcm5的一组基因；i)在患有活动性结核病的患者中过表达的包含cd274、sco2和kcnj2的一组基因，以及在患有活动性结核病的患者中低表达的包含gng7和ppm1h的一组基因；j)在患有活动性结核病的患者中过表达的包含aim2、gbp4和prps2的一组基因，以及在患有活动性结核病的患者中低表达的包含pnoc和rnf44的一组基因；k)在患有活动性结核病的患者中过表达的包含psmb9、cndp2、tap2和fam26f的一组基因，以及在患有活动性结核病的患者中低表达的包含arhgef18、swap70和sytl1的一组基因；和l)在患有活动性结核病的患者中过表达的包含lhfpl2、mov10、c1qb和p2ry14的一组基因，以及在患有活动性结核病的患者中低表达的包含trim28、blk和ppia的一组基因。

49、在另一方面中，本发明包括诊断系统，其包括用于存储数据的存储组件(即，存储器)，其中所述存储组件具有用于确定存储在其中的患者的诊断的指令；用于处理数据的计算机处理器，其中所述计算机处理器耦合至所述存储组件并且被配置以执行存储在所述存储组件中的指令，以便接收患者数据并且根据算法分析患者数据；和用于显示关于患者的诊断的信息的显示组件。存储组件可包括用于计算tb评分的指令，如本文所述(参见实施例1)。另外，存储组件可进一步包括用于进行多元线性判别分析(lda)、接受者操作特征(roc)分析、主组分分析(pca)、集成数据挖掘方法、微阵列细胞特异性显著性分析(cssam)或多维蛋白质鉴别技术(mudpit)分析的指令。

50、在某些实施方案中，本发明包括用于诊断疑似患有结核病的患者的计算机实现的方法，计算机进行步骤包括：a)接收所输入的患者数据，所述数据包含来自患者的生物样品中的多个结核病生物标记物的水平的值；b)分析多个结核病生物标记物的水平并且与结核病生物标记物的相应参考值范围进行比较；c)基于结核病生物标记物的水平计算患者的tb评分；d)基于tb评分的值确定患者是否患有结核病；和e)显示关于患者的诊断的信息。

51、在某些实施方案中，所输入的患者数据包含来自患者的生物样品中的至少3种结核病生物标记物的水平的值。例如，所输入的患者数据可包含gbp5多核苷酸、dusp3多核苷酸和klf2多核苷酸的水平的值。

52、在其它实施方案中，所输入的患者数据包含在患有活动性结核病的患者中过表达的一组基因以及在患有活动性结核病的患者中低表达的一组基因的表达水平的值，所述一组基因是选自由以下各项组成的组：a)在患有活动性结核病的患者中过表达的包含gbp5和dusp3的一组基因，以及在患有活动性结核病的患者中低表达的包含klf2的一组基因；b)在患有活动性结核病的患者中过表达的包含gbp6、hla-dma和tapbpl的一组基因，以及在患有活动性结核病的患者中低表达的包含tpk1、cd79b和ap1m1的一组基因；c)在患有活动性结核病的患者中过表达的包含ankrd22、asgr1和c5的一组基因，以及在患有活动性结核病的患者中低表达的包含oxsr1的一组基因；d)在患有活动性结核病的患者中过表达的包含batf2、rarres3和aldh1a1的一组基因，以及在患有活动性结核病的患者中低表达的包含orai1、rbbp7和hla-dob的一组基因；e)在患有活动性结核病的患者中过表达的包含vamp5、psme2和usf1的一组基因，以及在患有活动性结核病的患者中低表达的包含tatdn2、cd79a和col9a2的一组基因；f)在患有活动性结核病的患者中过表达的包含gbp2、fam111a和brsk1的一组基因，以及在患有活动性结核病的患者中低表达的包含fnbp1、map7和il27ra的一组基因；g)在患有活动性结核病的患者中过表达的包含wdfy1的一组基因，以及在患有活动性结核病的患者中低表达的包含eml4、bank1和pitpnc1的一组基因；h)在患有活动性结核病的患者中过表达的包含gbp1和gpbar1的一组基因，以及在患有活动性结核病的患者中低表达的包含osbpl10、nov和mcm5的一组基因；i)在患有活动性结核病的患者中过表达的包含cd274、sco2和kcnj2的一组基因，以及在患有活动性结核病的患者中低表达的包含gng7和ppm1h的一组基因；j)在患有活动性结核病的患者中过表达的包含aim2、gbp4和prps2的一组基因，以及在患有活动性结核病患者中低表达的包含pnoc和rnf44的一组基因；k)在患有活动性结核病的患者中过表达的包含psmb9、cndp2、tap2和fam26f的一组基因，以及在患有活动性结核病的患者中低表达的包含arhgef18、swap70和sytl1的一组基因；和l)在患有活动性结核病的患者中过表达的包含lhfpl2、mov10、c1qb和p2ry14的一组基因，以及在患有活动性结核病的患者中低表达的包含trim28、blk和ppia的一组基因。

53、在另一方面中，本发明包括包含至少一种体外复合物的组合物，所述复合物包含与包含生物标记物gbp5、dusp3或klf2基因序列的核酸杂交的标记探针，所述标记探针与所述生物标记物gbp5、dusp3或klf2基因序列或其补体杂交，其中所述核酸是从患有结核病的患者中提取的，或者是从患有结核病的患者提取的核酸的扩增产物。探针可用任何类型的标记可检测地标记，所述标记包括(但不限于)荧光标记、生物发光标记、化学发光标记、比色标记或同位素标记(例如稳定的痕量同位素或放射性同位素))。在某些实施方案中，组合物处于检测装置(即，能够检测标记探针的装置)中。

54、在一个实施方案中，本发明包括组合物，所述组合物包含第一体外复合物，其包含与包含生物标记物gbp5基因序列的核酸杂交的第一标记探针；第二体外复合物，其包含与包含生物标记物dusp3基因序列的核酸杂交的第二标记探针；和第三体外复合物，其包含与包含生物标记物klf2基因序列的核酸杂交的第三标记探针。

55、在另一方面中，本发明包括用于诊断患者的结核病的方法。所述方法包括：a)从患者获得生物样品；b)使来自生物样品的至少一种生物标记物gbp5、dusp3或klf2核酸或所述生物标记物核酸的扩增产物与至少一种能够检测至少一种包含生物标记物gbp5、dusp3或klf2基因序列的核酸的标记探针接触，所述标记探针能够与生物标记物gbp5、dusp3或klf2基因序列或其补体杂交；c)测量至少一种包含与包含生物标记物gbp5、dusp3或klf2基因序列的核酸杂交的标记探针的体外复合物，以确定生物样品中至少一种生物标记物核酸的表达水平；和d)分析至少一种生物标记物核酸的表达水平，其中与对照受试者的生物标记物核酸的参考值范围相比，至少一种包含gbp5或dusp3基因序列的生物标记物核酸的表达水平增加指示患者患有活动性结核病，或者与对照受试者的生物标记物核酸的参考值范围相比，包含klf2基因序列的生物标记物核酸的表达水平降低指示患者患有活动性结核病。

56、在另一实施方案中，所述方法包括测量以下各项的量：第一体外复合物，其包含与包含生物标记物gbp5基因序列的核酸杂交的第一标记探针；第二体外复合物，其包含与包含生物标记物dusp3基因序列的核酸杂交的第二标记探针；以及第三体外复合物，其包含与包含生物标记物klf2基因序列的核酸杂交的第三标记探针，以确定生物样品中包含gbp5、dusp3和klf2基因序列的生物标记物核酸的表达水平，其中与对照受试者的生物标记物核酸的参考值范围相比，包含gbp5和dusp3基因序列的生物标记物核酸的表达水平增加以及包含klf2基因序列的生物标记物核酸的表达水平降低指示患者患有活动性结核病。

57、鉴于本文的公开内容，本领域技术人员将容易想到本发明的这些和其它实施方案。