1.诊断和治疗患者的肝细胞癌(hcc)的方法,所述方法包括:
2.根据权利要求1所述的方法,其中所述一个或多个cpg位点选自cg08572734、cg15607538、cg08571859、cg14479889、cg03667968、cg00577935、cg02659086、cg26744375、cg09420439、cg04673590、cg08465862、cg14250130、cg00922376、cg05346841、cg13629563、cg26421310、cg17300544、cg06848185、cg22522066、cg26397188和cg24166864以及位于其200个核苷酸内的cpg位点。
3.根据权利要求2所述的方法,其中所述测量甲基化水平包括测量cg08572734、cg15607538、cg08571859、cg14479889、cg03667968、cg00577935、cg02659086、cg26744375、cg09420439、cg04673590、cg08465862、cg14250130、cg00922376、cg05346841、cg13629563、cg26421310、cg17300544、cg06848185、cg22522066、cg26397188和cg24166864cpg位点处的甲基化水平。
4.根据权利要求1-3中任一项所述的方法,其中所述治疗所述患者的hcc包括hcc肿瘤的手术切除、肝移植、射频消融、冷冻消融、放射疗法、化学疗法、免疫疗法或生物疗法。
5.根据权利要求1-4中任一项所述的方法,其中所述一个或多个cpg位点处的甲基化参考值范围是从来自一个或多个不患有hcc的对照对象的一个或多个血液样品的cfdna获得的。
6.诊断患者的肝细胞癌(hcc)的体外方法,所述方法包括:
7.监测患者的肝细胞癌(hcc)的方法,所述方法包括:
8.根据权利要求7所述的方法,其中hcc是原发性肿瘤、转移或复发。
9.根据权利要求7或8所述的方法,其中所述第一时间点在开始对所述患者进行hcc治疗之前,而所述第二时间点在所述治疗期间或之后。
10.根据权利要求9所述的方法,其中所述治疗是手术切除、肝移植、射频消融、冷冻消融、放射疗法、化学疗法、免疫疗法或生物疗法。
11.根据权利要求7-10中任一项所述的方法,还包括重复步骤a)和b)。
12.根据权利要求7-11中任一项所述的方法,还包括如果hcc正在进展则对所述患者增加hcc的治疗的剂量或频率、改变成不同的治疗、或者开始姑息护理。
13.根据权利要求7-12中任一项所述的方法,其中所述一个或多个cpg位点选自cg08572734、cg15607538、cg08571859、cg14479889、cg03667968、cg00577935、cg02659086、cg26744375、cg09420439、cg04673590、cg08465862、cg14250130、cg00922376、cg05346841、cg13629563、cg26421310、cg17300544、cg06848185、cg22522066、cg26397188和cg24166864以及位于其200个核苷酸内的cpg位点。
14.根据权利要求13所述的方法,其中所述测量甲基化水平包括测量cg08572734、cg15607538、cg08571859、cg14479889、cg03667968、cg00577935、cg02659086、cg26744375、cg09420439、cg04673590、cg08465862、cg14250130、cg00922376、cg05346841、cg13629563、cg26421310、cg17300544、cg06848185、cg22522066、cg26397188和cg24166864cpg位点处的甲基化水平。
15.监测患者中肝细胞癌(hcc)的复发并治疗所述患者的所述复发的方法,所述方法包括:
16.根据权利要求15所述的方法,其中所述一个或多个cpg位点选自cg08572734、cg15607538、cg08571859、cg14479889、cg03667968、cg00577935、cg02659086、cg26744375、cg09420439、cg04673590、cg08465862、cg14250130、cg00922376、cg05346841、cg13629563、cg26421310、cg17300544、cg06848185、cg22522066、cg26397188和cg24166864以及位于其200个核苷酸内的cpg位点。
17.根据权利要求16所述的方法,其中所述测量甲基化水平包括测量cg08572734、cg15607538、cg08571859、cg14479889、cg03667968、cg00577935、cg02659086、cg26744375、cg09420439、cg04673590、cg08465862、cg14250130、cg00922376、cg05346841、cg13629563、cg26421310、cg17300544、cg06848185、cg22522066、cg26397188和cg24166864cpg位点的甲基化水平。
18.根据权利要求15-17中任一项所述的方法,其中所述治疗所述患者的hcc的复发包括hcc肿瘤的手术切除、肝移植、射频消融、冷冻消融、放射疗法、化学疗法、免疫疗法或生物疗法。
19.根据权利要求1-18中任一项所述的方法,还包括测量甲胎蛋白(afp)的水平。
20.无细胞dna作为生物标志用于诊断肝细胞癌(hcc)、检测hcc的复发或监测hcc的治疗的用途,所述无细胞dna在选自cg08572734、cg15607538、cg08571859、cg14479889、cg03667968、cg00577935、cg02659086、cg26744375、cg09420439、cg04673590、cg08465862、cg14250130、cg00922376、cg05346841、cg13629563、cg26421310、cg17300544、cg06848185、cg22522066、cg26397188和cg24166864以及位于其200个核苷酸内的cpg位点的一个或多个cpg位点处被甲基化。
21.诊断和治疗患者的结直肠腺癌(crc)的方法,所述方法包括:
22.根据权利要求21所述的方法,其中所述一个或多个cpg位点选自cg14410064、cg10908369、cg25530246、cg21938148、cg03817671、cg25046074、cg08712932、cg11664500、cg12152919、cg14017655、cg14287112、cg16347317、cg20330472、cg20611276、cg22871668、cg10480343、cg22535307、cg25520679、cg07589773、cg16697214、cg18607529、cg18810347、cg20078466、cg27633530、cg01192900、cg24041078、cg06650115、cg13096260、cg18719750、cg24732574、cg25070637、cg02884239、cg06848185、cg15044248、cg19554255、cg00800383、cg19063972、cg19184934、cg27442308、cg22441533、cg01808545、cg01194057、cg07234102、cg12584684、cg15701178和cg21782409以及位于其200个核苷酸内的cpg位点。
23.根据权利要求22所述的方法,其中所述测量甲基化水平包括测量cg14410064、cg10908369、cg25530246、cg21938148、cg03817671、cg25046074、cg08712932、cg11664500、cg12152919、cg14017655、cg14287112、cg16347317、cg20330472、cg20611276、cg22871668、cg10480343、cg22535307、cg25520679、cg07589773、cg16697214、cg18607529、cg18810347、cg20078466、cg27633530、cg01192900、cg24041078、cg06650115、cg13096260、cg18719750、cg24732574、cg25070637、cg02884239、cg06848185、cg15044248、cg19554255、cg00800383、cg19063972、cg19184934、cg27442308、cg22441533、cg01808545、cg01194057、cg07234102、cg12584684、cg15701178和cg21782409cpg位点的甲基化水平。
24.根据权利要求21-23中任一项所述的方法,其中所述治疗所述患者的crc包括crc肿瘤的手术切除、放射疗法、化学疗法、免疫疗法或生物疗法。
25.根据权利要求21-24中任一项所述的方法,其中所述一个或多个cpg位点处的甲基化参考值范围是从一个或多个未患crc的对照对象的一个或多个血液样品中的cfdna获得的。
26.无细胞dna作为生物标志用于诊断结直肠腺癌(crc)、检测crc的复发或监测crc的治疗的用途,所述无细胞dna在选自cg14410064、cg10908369、cg25530246、cg21938148、cg03817671、cg25046074、cg08712932、cg11664500、cg12152919、cg14017655、cg14287112、cg16347317、cg20330472、cg20611276、cg22871668、cg10480343、cg22535307、cg25520679、cg07589773、cg16697214、cg18607529、cg18810347、cg20078466、cg27633530、cg01192900、cg24041078、cg06650115、cg13096260、cg18719750、cg24732574、cg25070637、cg02884239、cg06848185、cg15044248、cg19554255、cg00800383、cg19063972、cg19184934、cg27442308、cg22441533、cg01808545、cg01194057、cg07234102、cg12584684、cg15701178和cg21782409以及位于其200个核苷酸内的cpg位点的一个或多个cpg处被甲基化。
27.监测患者的结直肠腺癌(crc)的方法,所述方法包括:
28.根据权利要求27所述的方法,其中crc是原发性肿瘤、转移或复发。
29.根据权利要求27或28所述的方法,其中所述第一时间点在开始对所述患者进行crc治疗之前,而所述第二时间点在所述治疗期间或之后。
30.根据权利要求29所述的方法,其中所述治疗是crc肿瘤的手术切除、放射疗法、化学疗法、免疫疗法或生物疗法。
31.根据权利要求27-30中任一项所述的方法,还包括如果crc正在进展则对所述患者增加crc治疗的剂量或频率、改变成不同的crc治疗、或者开始姑息护理。
32.根据权利要求27-31中任一项所述的方法,还包括重复步骤a)和b)。
33.根据权利要求27-32中任一项所述的方法,其中所述一个或多个cpg位点选自cg14410064、cg10908369、cg25530246、cg21938148、cg03817671、cg25046074、cg08712932、cg11664500、cg12152919、cg14017655、cg14287112、cg16347317、cg20330472、cg20611276、cg22871668、cg10480343、cg22535307、cg25520679、cg07589773、cg16697214、cg18607529、cg18810347、cg20078466、cg27633530、cg01192900、cg24041078、cg06650115、cg13096260、cg18719750、cg24732574、cg25070637、cg02884239、cg06848185、cg15044248、cg19554255、cg00800383、cg19063972、cg19184934、cg27442308、cg22441533、cg01808545、cg01194057、cg07234102、cg12584684、cg15701178和cg21782409以及位于其200个核苷酸内的cpg位点。
34.根据权利要求33所述的方法,其中所述测量甲基化水平包括测量cg14410064、cg10908369、cg25530246、cg21938148、cg03817671、cg25046074、cg08712932、cg11664500、cg12152919、cg14017655、cg14287112、cg16347317、cg20330472、cg20611276、cg22871668、cg10480343、cg22535307、cg25520679、cg07589773、cg16697214、cg18607529、cg18810347、cg20078466、cg27633530、cg01192900、cg24041078、cg06650115、cg13096260、cg18719750、cg24732574、cg25070637、cg02884239、cg06848185、cg15044248、cg19554255、cg00800383、cg19063972、cg19184934、cg27442308、cg22441533、cg01808545、cg01194057、cg07234102、cg12584684、cg15701178和cg21782409cpg位点处的甲基化水平。
35.监测患者中结直肠腺癌(crc)的复发并治疗所述患者的所述复发的方法,所述方法包括:
36.根据权利要求35所述的方法,其中所述一个或多个cpg位点选自cg14410064、cg10908369、cg25530246、cg21938148、cg03817671、cg25046074、cg08712932、cg11664500、cg12152919、cg14017655、cg14287112、cg16347317、cg20330472、cg20611276、cg22871668、cg10480343、cg22535307、cg25520679、cg07589773、cg16697214、cg18607529、cg18810347、cg20078466、cg27633530、cg01192900、cg24041078、cg06650115、cg13096260、cg18719750、cg24732574、cg25070637、cg02884239、cg06848185、cg15044248、cg19554255、cg00800383、cg19063972、cg19184934、cg27442308、cg22441533、cg01808545、cg01194057、cg07234102、cg12584684、cg15701178和cg21782409以及位于其200个核苷酸内的cpg位点。
37.根据权利要求36所述的方法,其中所述测量甲基化水平包括测量cg14410064、cg10908369、cg25530246、cg21938148、cg03817671、cg25046074、cg08712932、cg11664500、cg12152919、cg14017655、cg14287112、cg16347317、cg20330472、cg20611276、cg22871668、cg10480343、cg22535307、cg25520679、cg07589773、cg16697214、cg18607529、cg18810347、cg20078466、cg27633530、cg01192900、cg24041078、cg06650115、cg13096260、cg18719750、cg24732574、cg25070637、cg02884239、cg06848185、cg15044248、cg19554255、cg00800383、cg19063972、cg19184934、cg27442308、cg22441533、cg01808545、cg01194057、cg07234102、cg12584684、cg15701178和cg21782409cpg位点的甲基化水平。
38.根据权利要求35-37中任一项所述的方法,其中所述治疗所述患者的crc的复发包括crc肿瘤的手术切除、放射疗法、化学疗法、免疫疗法或生物疗法。
39.诊断患者的结直肠腺癌(crc)的体外方法,所述方法包括:
40.诊断和治疗患者的前列腺腺癌(prad)的方法,所述方法包括:
41.根据权利要求40所述的方法,其中所述一个或多个cpg选自cg00577935、cg08571859、cg11613015、cg14479889、cg14511739、cg16970232、cg22035501、cg23938220、cg08530414、cg05214748、cg05907835、cg15468095、cg02499249、cg06720425、cg12479047、cg18094781、cg20899354、cg26124016和cg15229124以及位于其200个核苷酸内的cpg位点。
42.根据权利要求41所述的方法,其中所述测量甲基化水平包括测量cg00577935、cg08571859、cg11613015、cg14479889、cg14511739、cg16970232、cg22035501、cg23938220、cg08530414、cg05214748、cg05907835、cg15468095、cg02499249、cg06720425、cg12479047、cg18094781、cg20899354、cg26124016和cg15229124cpg位点的甲基化水平。
43.根据权利要求40-42中任一项所述的方法,其中所述治疗所述患者的prad包括根治性前列腺切除术、激素疗法、放射疗法、近距离放射疗法、冷冻手术、高强度聚焦超声、化学疗法、免疫疗法或生物疗法。
44.根据权利要求40-43中任一项所述的方法,其中所述一个或多个cpg位点处的甲基化参考值范围是从一个或多个未患有prad的对照对象的一个或多个血液样品中的cfdna获得的。
45.无细胞dna作为生物标志用于诊断前列腺腺癌(prad)、检测prad的复发或监测prad的治疗的用途,所述无细胞dna在选自cg00577935、cg08571859、cg11613015、cg14479889、cg14511739、cg16970232、cg22035501、cg23938220、cg08530414、cg05214748、cg05907835、cg15468095、cg02499249、cg06720425、cg12479047、cg18094781、cg20899354、cg26124016和cg15229124以及位于其200个核苷酸内的cpg位点的一个或多个cpg位点处被甲基化。
46.诊断患者的前列腺腺癌(prad)的体外方法,所述方法包括:
47.监测患者的前列腺腺癌(prad)的方法,所述方法包括:
48.根据权利要求47所述的方法,其中prad是原发性肿瘤、转移或复发。
49.根据权利要求47或48所述的方法,其中所述第一时间点在开始对所述患者进行prad治疗之前,而所述第二时间点在所述治疗期间或之后。
50.根据权利要求49所述的方法,其中所述治疗是根治性前列腺切除术、激素疗法、放射疗法、近距离放射疗法、冷冻手术、高强度聚焦超声、化学疗法、免疫疗法或生物疗法。
51.根据权利要求47-50中任一项所述的方法,还包括重复步骤a)和b)。
52.根据权利要求47-51中任一项所述的方法,还包括如果prad正在进展则对所述患者增加prad治疗的剂量或频率、改变成不同的prad治疗、或者开始姑息护理。
53.根据权利要求47-52中任一项所述的方法,其中所述一个或多个cpg位点选自cg00577935、cg08571859、cg11613015、cg14479889、cg14511739、cg16970232、cg22035501、cg23938220、cg08530414、cg05214748、cg05907835、cg15468095、cg02499249、cg06720425、cg12479047、cg18094781、cg20899354、cg26124016和cg15229124以及位于其200个核苷酸内的cpg位点。
54.根据权利要求53所述的方法,其中所述测量甲基化水平包括测量cg00577935、cg08571859、cg11613015、cg14479889、cg14511739、cg16970232、cg22035501、cg23938220、cg08530414、cg05214748、cg05907835、cg15468095、cg02499249、cg06720425、cg12479047、cg18094781、cg20899354、cg26124016和cg15229124cpg位点处的甲基化水平。
55.监测患者中前列腺腺癌(prad)的复发并治疗所述患者的所述复发的方法,所述方法包括:
56.根据权利要求55所述的方法,其中所述一个或多个cpg位点选自cg00577935、cg08571859、cg11613015、cg14479889、cg14511739、cg16970232、cg22035501、cg23938220、cg08530414、cg05214748、cg05907835、cg15468095、cg02499249、cg06720425、cg12479047、cg18094781、cg20899354、cg26124016和cg15229124以及位于其200个核苷酸内的cpg位点。
57.根据权利要求56所述的方法,其中所述测量甲基化水平包括测量cg00577935、cg08571859、cg11613015、cg14479889、cg14511739、cg16970232、cg22035501、cg23938220、cg08530414、cg05214748、cg05907835、cg15468095、cg02499249、cg06720425、cg12479047、cg18094781、cg20899354、cg26124016和cg15229124cpg位点的甲基化水平。
58.根据权利要求55-57中任一项所述的方法,其中所述治疗所述患者的prad的复发包括根治性前列腺切除术、激素疗法、放射疗法、近距离放射疗法、冷冻手术、高强度聚焦超声、化学疗法、免疫疗法或生物疗法。
59.根据权利要求40-44和46-58中任一项所述的方法,还包括测量前列腺特异性抗原(psa)的水平。
60.诊断和治疗患者的肺腺癌(luad)的方法,所述方法包括:
61.根据权利要求60所述的方法,其中所述一个或多个cpg位点选自cg11835068、cg13495205、cg17741689、cg02792792、cg08516516、cg11036833、cg14470895、cg16707405、cg23180938、cg05471296、cg05743885、cg09017619、cg15797110、cg19153763、cg20293594、cg02643054、cg05065989、cg12600174、cg18447772、cg20741169、cg22055728、cg26365299、cg02191312、cg17929687、cg04672706、cg24891539、cg24928391、cg02539083、cg05157140、cg08507422、cg20870512、cg21127068、cg24686610、cg12388007、cg03611452、cg14587524和cg25324105以及位于其200个核苷酸内的cpg位点。
62.根据权利要求61所述的方法,其中所述测量甲基化水平包括测量cg11835068、cg13495205、cg17741689、cg02792792、cg08516516、cg11036833、cg14470895、cg16707405、cg23180938、cg05471296、cg05743885、cg09017619、cg15797110、cg19153763、cg20293594、cg02643054、cg05065989、cg12600174、cg18447772、cg20741169、cg22055728、cg26365299、cg02191312、cg17929687、cg04672706、cg24891539、cg24928391、cg02539083、cg05157140、cg08507422、cg20870512、cg21127068、cg24686610、cg12388007、cg03611452、cg14587524和cg25324105cpg位点的甲基化水平。
63.根据权利要求60-62中任一项所述的方法,其中所述治疗所述患者的luad包括肺切除术、肺叶切除术、放射疗法、化学疗法、免疫疗法或生物疗法。
64.根据权利要求60-63中任一项所述的方法,其中所述一个或多个cpg位点处的甲基化参考值范围是从一个或多个未患有luad的对照对象的一个或多个血液样品中的cfdna获得的。
65.无细胞dna作为生物标志用于诊断肺腺癌(luad)、检测luad的复发或监测luad的治疗的用途,所述无细胞dna在选自cg11835068、cg13495205、cg17741689、cg02792792、cg08516516、cg11036833、cg14470895、cg16707405、cg23180938、cg05471296、cg05743885、cg09017619、cg15797110、cg19153763、cg20293594、cg02643054、cg05065989、cg12600174、cg18447772、cg20741169、cg22055728、cg26365299、cg02191312、cg17929687、cg04672706、cg24891539、cg24928391、cg02539083、cg05157140、cg08507422、cg20870512、cg21127068、cg24686610、cg12388007、cg03611452、cg14587524和cg25324105以及位于其200个核苷酸内的cpg位点的一个或多个cpg位点处被甲基化。
66.诊断患者的肺腺癌(luad)的体外方法,所述方法包括:
67.监测患者的肺腺癌(luad)的方法,所述方法包括:
68.根据权利要求67所述的方法,其中luad是原发性肿瘤、转移或复发。
69.根据权利要求67或68所述的方法,其中所述第一时间点在开始对所述患者进行luad治疗之前,而所述第二时间点在所述治疗期间或之后。
70.根据权利要求69所述的方法,其中所述治疗是肺切除术、肺叶切除术、放射疗法、化学疗法、免疫疗法或生物疗法。
71.根据权利要求67-70中任一项所述的方法,还包括重复步骤a)和b)。
72.根据权利要求67-71中任一项所述的方法,还包括如果luad进展则对所述患者增加luad的治疗剂量或频率、改变成不同的luad治疗、或者开始姑息护理。
73.根据权利要求67-72中任一项所述的方法,其中所述一个或多个cpg位点选自cg11835068、cg13495205、cg17741689、cg02792792、cg08516516、cg11036833、cg14470895、cg16707405、cg23180938、cg05471296、cg05743885、cg09017619、cg15797110、cg19153763、cg20293594、cg02643054、cg05065989、cg12600174、cg18447772、cg20741169、cg22055728、cg26365299、cg02191312、cg17929687、cg04672706、cg24891539、cg24928391、cg02539083、cg05157140、cg08507422、cg20870512、cg21127068、cg24686610、cg12388007、cg03611452、cg14587524和cg25324105以及位于其200个核苷酸内的cpg位点。
74.根据权利要求73所述的方法,其中所述测量甲基化水平包括测量cg11835068、cg13495205、cg17741689、cg02792792、cg08516516、cg11036833、cg14470895、cg16707405、cg23180938、cg05471296、cg05743885、cg09017619、cg15797110、cg19153763、cg20293594、cg02643054、cg05065989、cg12600174、cg18447772、cg20741169、cg22055728、cg26365299、cg02191312、cg17929687、cg04672706、cg24891539、cg24928391、cg02539083、cg05157140、cg08507422、cg20870512、cg21127068、cg24686610、cg12388007、cg03611452、cg14587524和cg25324105cpg位点处的甲基化水平。
75.监测患者中肺腺癌(luad)的复发并治疗所述患者的所述复发的方法,所述方法包括:
76.根据权利要求75所述的方法,其中所述一个或多个cpg位点选自cg11835068、cg13495205、cg17741689、cg02792792、cg08516516、cg11036833、cg14470895、cg16707405、cg23180938、cg05471296、cg05743885、cg09017619、cg15797110、cg19153763、cg20293594、cg02643054、cg05065989、cg12600174、cg18447772、cg20741169、cg22055728、cg26365299、cg02191312、cg17929687、cg04672706、cg24891539、cg24928391、cg02539083、cg05157140、cg08507422、cg20870512、cg21127068、cg24686610、cg12388007、cg03611452、cg14587524和cg25324105以及位于其200个核苷酸内的cpg位点。
77.根据权利要求76所述的方法,其中所述测量甲基化水平包括测量cg11835068、cg13495205、cg17741689、cg02792792、cg08516516、cg11036833、cg14470895、cg16707405、cg23180938、cg05471296、cg05743885、cg09017619、cg15797110、cg19153763、cg20293594、cg02643054、cg05065989、cg12600174、cg18447772、cg20741169、cg22055728、cg26365299、cg02191312、cg17929687、cg04672706、cg24891539、cg24928391、cg02539083、cg05157140、cg08507422、cg20870512、cg21127068、cg24686610、cg12388007、cg03611452、cg14587524和cg25324105cpg位点的甲基化水平。
78.根据权利要求75-77中任一项所述的方法,其中所述治疗所述患者的luad的复发包括肺切除术、肺叶切除术、放射疗法、化学疗法、免疫疗法或生物疗法。
79.诊断和治疗患者的肺鳞状细胞癌(lusc)的方法,所述方法包括:
80.根据权利要求79所述的方法,其中所述一个或多个cpg位点选自cg13495205、cg02792792、cg08516516、cg11036833、cg05471296、cg05743885、cg09017619、cg10474350、cg15797110、cg19153763、cg20293594、cg02643054、cg05065989、cg12600174、cg16104915、cg18447772、cg20741169、cg22055728、cg02191312、cg17929687、cg24928391、cg24896649、cg05548555、cg06369327、cg21127068、cg03355998、cg12388007、cg03611452、cg14587524和cg25324105以及位于其200个核苷酸内的cpg位点。
81.根据权利要求80所述的方法,其中所述测量甲基化水平包括测量cg13495205、cg02792792、cg08516516、cg11036833、cg05471296、cg05743885、cg09017619、cg10474350、cg15797110、cg19153763、cg20293594、cg02643054、cg05065989、cg12600174、cg16104915、cg18447772、cg20741169、cg22055728、cg02191312、cg17929687、cg24928391、cg24896649、cg05548555、cg06369327、cg21127068、cg03355998、cg12388007、cg03611452、cg14587524和cg25324105cpg位点处的甲基化水平。
82.根据权利要求79-81中任一项所述的方法,其中所述治疗所述患者的lusc包括肺切除术、肺叶切除术、放射疗法、化学疗法、免疫疗法或生物疗法。
83.根据权利要求79-82中任一项所述的方法,其中所述一个或多个cpg位点处的甲基化参考值范围是从一个或多个未患lusc的对照对象的一个或多个血液样品中的cfdna获得的。
84.无细胞dna作为生物标志用于诊断肺鳞状细胞癌(lusc)、检测lusc的复发或监测lusc的治疗的用途,所述无细胞dna在一个或多个cpg位点处被甲基化,所述一个或多个cpg位点选自侧接位于cg13495205、cg02792792、cg08516516、cg11036833、cg05471296、cg05743885、cg09017619、cg10474350、cg15797110、cg19153763、cg20293594、cg02643054、cg05065989、cg12600174、cg16104915、cg18447772、cg20741169、cg22055728、cg02191312、cg17929687、cg24928391、cg24896649、cg05548555、cg06369327、cg21127068、cg03355998、cg12388007、cg03611452、cg14587524和cg25324105、以及位于其200个核苷酸内的cpg位点的cpg的200个核苷酸内的cpg。
85.诊断患者的肺鳞状细胞癌(lusc)的体外方法,所述方法包括:
86.监测患者的肺鳞状细胞癌(lusc)的方法,所述方法包括:
87.根据权利要求86所述的方法,其中lusc是原发性肿瘤、转移或复发。
88.根据权利要求86或87所述的方法,其中所述第一时间点在开始对所述患者进行lusc治疗之前,而所述第二时间点在所述治疗期间或之后。
89.根据权利要求88所述的方法,其中所述治疗是肺切除术、肺叶切除术、放射疗法、化学疗法、免疫疗法或生物疗法。
90.根据权利要求86-89中任一项所述的方法,还包括重复步骤a)和b)。
91.根据权利要求86-90中任一项所述的方法,还包括如果lusc正在进展则对所述患者增加lusc治疗的剂量或频率、改变成不同的lusc治疗、或者开始姑息护理。
92.根据权利要求86-91中任一项所述的方法,其中所述一个或多个cpg位点选自cg13495205、cg02792792、cg08516516、cg11036833、cg05471296、cg05743885、cg09017619、cg10474350、cg15797110、cg19153763、cg20293594、cg02643054、cg05065989、cg12600174、cg16104915、cg18447772、cg20741169、cg22055728、cg02191312、cg17929687、cg24928391、cg24896649、cg05548555、cg06369327、cg21127068、cg03355998、cg12388007、cg03611452、cg14587524和cg25324105以及位于其200个核苷酸内的cpg位点。
93.根据权利要求92所述的方法,其中所述测量甲基化水平包括测量cg13495205、cg02792792、cg08516516、cg11036833、cg05471296、cg05743885、cg09017619、cg10474350、cg15797110、cg19153763、cg20293594、cg02643054、cg05065989、cg12600174、cg16104915、cg18447772、cg20741169、cg22055728、cg02191312、cg17929687、cg24928391、cg24896649、cg05548555、cg06369327、cg21127068、cg03355998、cg12388007、cg03611452、cg14587524和cg25324105cpg位点处的甲基化水平。
94.监测患者中前列腺腺癌(lusc)的复发并治疗所述患者的所述复发的方法,所述方法包括:
95.根据权利要求94所述的方法,其中所述一个或多个cpg位点选自cg13495205、cg02792792、cg08516516、cg11036833、cg05471296、cg05743885、cg09017619、cg10474350、cg15797110、cg19153763、cg20293594、cg02643054、cg05065989、cg12600174、cg16104915、cg18447772、cg20741169、cg22055728、cg02191312、cg17929687、cg24928391、cg24896649、cg05548555、cg06369327、cg21127068、cg03355998、cg12388007、cg03611452、cg14587524和cg25324105以及位于其200个核苷酸内的cpg位点。
96.根据权利要求95所述的方法,其中所述测量甲基化水平包括测量cg13495205、cg02792792、cg08516516、cg11036833、cg05471296、cg05743885、cg09017619、cg10474350、cg15797110、cg19153763、cg20293594、cg02643054、cg05065989、cg12600174、cg16104915、cg18447772、cg20741169、cg22055728、cg02191312、cg17929687、cg24928391、cg24896649、cg05548555、cg06369327、cg21127068、cg03355998、cg12388007、cg03611452、cg14587524和cg25324105cpg位点的甲基化水平。
97.根据权利要求94-96中任一项所述的方法,其中所述治疗所述患者的lusc的复发包括肺切除术、肺叶切除术、放射疗法、化学疗法、免疫疗法或生物疗法。
98.根据权利要求1-19、21-25、27-44、46-64、66-83和85-97中任一项所述的方法,其中所述测量所述甲基化水平包括进行甲基化特异性聚合酶链式反应(pcr)、定量甲基化特异性pcr、甲基化敏感性dna限制酶分析、甲基化特异性焦磷酸测序、基于限制酶的测序、基于限制酶的微阵列分析、tet辅助吡啶硼烷测序(taps)、基于甲基化dna免疫沉淀的测序、基于甲基化dna免疫沉淀的微阵列分析、亚硫酸氢盐测序、亚硫酸氢盐微阵列分析或基于甲基化特异性巨磁阻传感器的微阵列分析。