一种鸡繁殖性能分子微模块芯片及其应用的制作方法

本发明涉及家禽遗传育种领域，特别是涉及一种鸡繁殖性能分子微模块芯片及其应用。

背景技术：

1、我国是肉鸡、蛋鸡生产和消费大国，鸡肉、鸡蛋产量位居世界前列。无论是在蛋鸡生产(父母代、商品代)或肉鸡生产(父母代)上，繁殖性能都是决定养殖效益的关键因素；父母代繁殖性能直接影响商品代雏鸡数量，蛋鸡商品代繁殖性能直接影响一个养殖周期内的产蛋总数和总蛋重。因此，繁殖性状的选择在育种中极受重视，培育出繁殖性能优异的母本品系已成为育种企业可持续发展的核心竞争力。

2、在现代家禽生产中，繁殖性能的内涵已发展为包括性成熟、开产日龄、开产体重、开产蛋重、蛋壳强度和厚度、连产性状、产蛋数、配子活力、合格种蛋数、受精率和孵化率，钙离子吸收、存储和转运能力等多个方面内容的“大概念”。我国地方鸡种是在多样化的地理生态条件和生活习俗下，经过广大劳动者的驯养和精心选育而形成，繁殖性能特点突出，蕴含优良的繁殖性状基因。如地方鸡品种在配子活力上与国外品种相比有明显优势，同样条件下，地方鸡种的种蛋储存12～14天仍可以保持正常受精率，而国外品种大多仅能保持7～8天；在钙离子吸收、髓质骨储存和转运上亦是优势明显，地方鸡种蛋壳较厚，易于运输，产蛋期不存在国外高产蛋鸡中常见的骨质疏松症现象(胫骨、翅膀骨头变脆，易折断)，斗鸡品种骨骼极其粗壮。地方鸡种的蛋黄比例普遍大于30％，远高于国外品种。西北、东北和华北地区的地方鸡种开产蛋重和43周龄蛋重较大，蛋壳强度高。华南、华东地区的地方鸡种性早熟特征明显，100～110天即可见蛋，比国外品种早20～30天。尤其是，地方鸡种群体中繁殖性能变异度大，不乏繁殖性能优异的个体，选育潜力大。

3、繁殖性能涉及性腺轴激素调节、性腺发育、钙离子转运、昼夜节律调节等多个不同层面，受多基因复杂网络控制，多基因调控一般具有“模块化”特性。目前，育种上针对繁殖性能的选育，仍主要依赖于开产日龄、产蛋数、蛋重等常规记录数据，选育周期长、进展缓慢，尤其是难以兼顾繁殖性能多性状指标的同步选择。因此开展分子标记辅助选择是有效手段，然而仅依靠单个或少数几个基因(标记)进行分子辅助育种，无法取得有效进展，因此而成为当前繁殖性能选育中一直未能得到有效解决的难题。

技术实现思路

1、本发明的目的是提供一种鸡繁殖性能分子微模块芯片及其应用，以解决上述现有技术存在的问题，该芯片能够显著提升鸡种资源繁殖性能评价的准确性和科学性，加快高繁专门化品系选育进程，为从根本上提升品种(系)的繁殖力提供了有力的核心技术支撑和保障。

2、高通量测序技术、功能基因组学和生物信息学的快速发展，为解析复杂性状的遗传调控网络提供了新思路和新方法，也为鸡繁殖性能分子微模块的创新设计奠定了基础。本发明通过收集分布于不同地理生态区域、不同经济类型及具有特殊繁殖性状的代表性地方鸡种资源，利用高通量测序技术鉴定基因组snp标记，通过优化设计不同鸡种组合发掘受选择基因，将“表型→基因”+“基因→表型”相结合，发掘地方鸡种质资源在长期自然选择和人工选择过程中形成的繁殖性能优异基因禀赋，鉴定筛选出模块化核心snps集，并设计探针序列，创新性地建立了鸡繁殖性能分子微模块芯片，实现了繁殖性状分子标记的大规模高效分型应用，将显著提升鸡繁殖性能选择的效果和效率，加快高繁专门化品系的选育进展。

3、基于此，本发明提供了如下方案：

4、本发明提供一种评价鸡繁殖性能的snp位点组合，包括如表3所示的1564个snp位点。

5、本发明还提供上述的snp位点组合在评价鸡繁殖性能中的应用。

6、本发明还提供检测上述的snp位点组合中各snp位点基因型的探针在制备鸡繁殖性能分子微模块芯片中的应用。

7、本发明还提供一种鸡繁殖性能分子微模块芯片，所述繁殖性能分子微模块芯片包括检测上述snp位点组合中各snp位点基因型的探针。

8、本发明还提供上述的鸡繁殖性能分子微模块芯片在评价鸡繁殖性能中的应用。

9、本发明还提供一种评价鸡繁殖性能的方法，包括以下步骤：

10、提取得到待检鸡样本的基因组dna；

11、利用上述的鸡繁殖性能分子微模块芯片对所述基因组dna进行检测，获得原始数据；

12、对所述原始数据进行数据分析，得到基因分型结果；

13、根据所述基因分型结果，计算得到繁殖性能指数，所述繁殖性能指数的数值越高，代表所述待检鸡样本的繁殖性能越强；

14、所述繁殖性能指数的计算公式为：

15、繁殖性能指数＝[(优势纯合基因型位点数量+杂合基因型位点数量×0.5)-非优势纯合基因型位点数量]/检测出的位点总数量。

16、本发明公开了以下技术效果：

17、本发明选取26个代表性地方鸡品种资源(包括新遗传资源)，融合公共数据库中原鸡序列信息，基于繁殖性状基因组选择育种重点应用方向，优选密切相关的可靠位点1564个，研发出鸡繁殖性能分子微模块芯片，其具有目标区域数据覆盖度和均一性好、基因分型检出率高、芯片数据升级灵活等特点，极大地降低了基因组分型成本，有利于芯片的规模化应用。该芯片能够显著提升鸡种资源繁殖性状评价的准确性和科学性，加快高繁专门化品系选育进程，为从根本上提升品种(系)的繁殖能力提供了有力的核心技术支撑和保障。

技术特征：

1.一种评价鸡繁殖性能的snp位点组合，其特征在于，包括如下表所示的1564个snp位点：

2.一种如权利要求1所示的snp位点组合在评价鸡繁殖性能中的应用。

3.检测权利要求1所示snp位点组合中各snp位点基因型的探针在制备鸡繁殖性能分子微模块芯片中的应用。

4.一种鸡繁殖性能分子微模块芯片，其特征在于，所述繁殖性能分子微模块芯片包括检测权利要求1所示snp位点组合中各snp位点基因型的探针。

5.一种如权利要求4所述的鸡繁殖性能分子微模块芯片在评价鸡繁殖性能中的应用。

6.一种评价鸡繁殖性能的方法，其特征在于，包括以下步骤：

技术总结
本发明公开了一种鸡繁殖性能分子微模块芯片及其应用，涉及家禽遗传育种领域。该繁殖性能分子微模块芯片包括检测评价鸡繁殖性能的SNP位点组合中各SNP位点基因型的探针。本发明选取26个代表性地方鸡品种资源，融合公共数据库中原鸡序列信息，基于繁殖性状基因组选择育种重点应用方向，优选密切相关的可靠位点1564个，研发出鸡繁殖性能分子微模块芯片，其具有目标区域数据覆盖度和均一性好、基因分型检出率高、芯片数据升级灵活等特点。该芯片能够显著提升鸡种资源繁殖性状评价的准确性和科学性，加快高繁专门化品系选育进程，为从根本上提升品种(系)的繁殖能力提供了有力的核心技术支撑和保障。

技术研发人员：韩威,朱云芬,周成浩,殷建玫,李春苗,李国辉,张会永,薛倩,蒋一秀,王钱保,黄兆祥
受保护的技术使用者：江苏省家禽科学研究所
技术研发日：
技术公布日：2024/3/5