一种用于二倍体芋种资源鉴定的SNP标记组合、引物组合及其应用和试剂盒的制作方法

本发明涉及二倍体芋种资源鉴定和育种，特别是涉及一种用于二倍体芋种资源鉴定的snp标记组合、引物组合及其应用和试剂盒。

背景技术：

1、芋(colocasia esculenta(l.)schott)属天南星科(araceae)单子叶植物。作为一种古老的无性繁殖作物，种质资源丰富，多态性高，但是对于其研究利用较少。因此对已种质资源进行精准鉴定、分类对于芋的利用有着重要的意义。

2、传统基于表型对种质资源进行遗传多样性分析的方法在二倍体芋上得到了广泛的应用。已有的研究结果表明，二倍体芋表型丰富，根据表型差异能区分大部分种质(汪端华，2021)但是由于表型鉴定容易受到环境、人为主观因素的判断，会对研究结果造成一定的影响。而基于dna序列多样性的分子标记技术由于其不易受环境条件和认为主观因素的影响，在种质资源遗传多样性分析(郭守鹏等,2019；林珲等,2019；王葡萄等,2020)、基因定位与克隆(王彤彤等,2012)、品种真实性和纯度鉴定(吉康娜等,2019)以及分子标记辅助育种(张宝玺等,2020)等方面有着重要的作用。

3、随着芋基因组的的解析，二倍体芋的分子标记技术得到了快速发展(barchi etal,2019；wei et al,2020)。目前在二倍体芋种质资源遗传多样性分析上利用的分子标记有ssr(郭巨先等2022)、issr(郭甜馨等2022)、snp(王直新等，2021)等。利用这些分子标记能够有效的将种质资源进行区分，保存和杂交育种提供了一定的参考王直新等，2021)。

4、由于单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphisms,snp)是植物基因组中分布最丰富的变异，并且其能实现低成本高通量的检测，因此snp标记是极具应用前景的分子标记技术(semagn etal.,2014),已经在多种作物上得到了广泛应用。

5、现有技术存在的问题：二倍体芋种质资源表型鉴定周期长、工作量大、易受环境条件和人为主观影响。已有的issr和ssr等分子标记操作复杂，实验周期长，通量低。

技术实现思路

1、为了解决上述问题，本发明提供了一种用于二倍体芋种资源鉴定的snp标记组合、引物组合及其应用和试剂盒，本发明通过对29份二倍体芋材料进行基因组重测序，开发出能将47份二倍体芋种质完全区分开的27个snp位点。

2、为了实现上述目的，本发明提供如下技术方案：

3、本发明提供了一种用于二倍体芋种资源鉴定的snp标记组合，包括27个snp位点，snp1位点为chr lg01_105276246，碱基由t突变为g；

4、snp2位点为chr lg07_66654931，碱基由t突变为c；

5、snp3位点为chr lg07_102404060，碱基由a突变为g；

6、snp4位点为chr lg10_4085991，碱基由g突变为a；

7、snp5位点为chr lg10_4090975，碱基由g突变为c；

8、snp6位点为chr lg04_57656997，碱基由t突变为a；

9、snp7位点为chr lg05_6405682，碱基由a突变为g；

10、snp8位点为chr lg05_8264187，碱基由t突变为c；

11、snp9位点为chr lg05_39565336，碱基由t突变为g；

12、snp10位点为chr lg06_729720，碱基由c突变为t；

13、snp11位点为chr lg06_7893685，碱基由t突变为c；

14、snp12位点为chr lg02_163509180，碱基由c突变为t；

15、snp13位点为chr lg03_3680752，碱基由t突变为c；

16、snp14位点为chr lg03_15007970，碱基由g突变为t；

17、snp15位点为chr lg04_23419186，碱基由g突变为c；

18、snp16位点为chr lg04_47210812，碱基由a突变为g；

19、snp17位点为chr lg04_49475592，碱基由g突变为a；

20、snp18位点为chr lg02_1920093，碱基由g突变为a；

21、snp19位点为chr lg02_125556676，碱基由g突变为t；

22、snp20位点为chr lg13_8195588，碱基由a突变为g；

23、snp21位点为chr lg14_87562519，碱基由g突变为c；

24、snp22位点为chr lg14_101842328，碱基由c突变为t；

25、snp23位点为chr lg01_187137065，碱基由a突变为g；

26、snp24位点为chr lg02_187469844，碱基由t突变为c；

27、snp25位点为chr lg03_79755307，碱基由a突变为g；

28、snp26位点为chr lg07_98932728，碱基由t突变为c；

29、snp27位点为chr lg08_136142382，碱基由g突变为a。

30、本发明还提供了上述技术方案所述的snp标记组合在二倍体芋种资源鉴定中的应用。

31、本发明还提供了上述技术方案所述的snp标记组合在二倍体芋品种资源分类中的应用。

32、本发明还提供了上述技术方案所述的snp标记组合在二倍体芋品种资源真实性中的应用。

33、本发明还提供了上述技术方案所述的snp标记组合在芋真假杂交种鉴定中的应用。

34、本发明还提供了一种扩增上述技术方案所述snp标记组合的引物组合，扩增snp1位点的引物的核苷酸序列如seq id no.1～3所示；

35、扩增snp2位点的引物的核苷酸序列如seq id no.4～6所示；

36、扩增snp3位点的引物的核苷酸序列如seq id no.7～9所示；

37、扩增snp4位点的引物的核苷酸序列如seq id no.10～12所示；

38、扩增snp5位点的引物的核苷酸序列如seq id no.13～15所示；

39、扩增snp6位点的引物的核苷酸序列如seq id no.16～18所示；

40、扩增snp7位点的引物的核苷酸序列如seq id no.19～21所示；

41、扩增snp8位点的引物的核苷酸序列如seq id no.22～24所示；

42、扩增snp9位点的引物的核苷酸序列如seq id no.25～27所示；

43、扩增snp10位点的引物的核苷酸序列如seq id no.28～30所示；

44、扩增snp11位点的引物的核苷酸序列如seq id no.31～33所示；

45、扩增snp12位点的引物的核苷酸序列如seq id no.34～36所示；

46、扩增snp13位点的引物的核苷酸序列如seq id no.37～39所示；

47、扩增snp14位点的引物的核苷酸序列如seq id no.40～42所示；

48、扩增snp15位点的引物的核苷酸序列如seq id no.43～45所示；

49、扩增snp16位点的引物的核苷酸序列如seq id no.46～48所示；

50、扩增snp17位点的引物的核苷酸序列如seq id no.49～51所示；

51、扩增snp18位点的引物的核苷酸序列如seq id no.52～54所示；

52、扩增snp19位点的引物的核苷酸序列如seq id no.55～57所示；

53、扩增snp20位点的引物的核苷酸序列如seq id no.58～60所示；

54、扩增snp21位点的引物的核苷酸序列如seq id no.61～63所示；

55、扩增snp22位点的引物的核苷酸序列如seq id no.64～66所示；

56、扩增snp23位点的引物的核苷酸序列如seq id no.67～69所示；

57、扩增snp24位点的引物的核苷酸序列如seq id no.70～72所示；

58、扩增snp25位点的引物的核苷酸序列如seq id no.73～75所示；

59、扩增snp26位点的引物的核苷酸序列如seq id no.76～78所示；

60、扩增snp27位点的引物的核苷酸序列如seq id no.79～81所示。

61、本发明还提供了上述技术方案所述的引物组合在二倍体芋种资源鉴定中的应用。

62、本发明还提供了上述技术方案所述的引物组合在二倍体芋品种资源分类中的应用。

63、本发明还提供了上述技术方案所述的引物组合在二倍体芋品种资源真实性或真假杂交种鉴定中的应用。

64、本发明还提供了一种用于二倍体芋种资源鉴定的试剂盒，包括上述技术方案所述的引物组合。

65、本发明的有益效果为：

66、本发明开发了27组snp分子标记，利用该snp分子标记组合，可以避免环境条件和认为主观因素的影响，鉴定二倍体芋的亲缘关系，避免芋的同质化收集，在二倍体芋种质资源遗传多样性分析的鉴定有着重要的意义。