一种鸡肉品质性状分子微模块芯片及其应用的制作方法

本发明涉及家禽遗传育种领域，特别是涉及一种鸡肉品质性状分子微模块芯片及其应用。

背景技术：

1、我国是鸡的主要起源中心与驯化中心地区之一，在多样化的地理生态条件下，经过广大劳动者的精心驯养形成了丰富多彩的地方鸡种资源，特征特性明显，尤其是肉品质优异，特点突出，蕴含大量优良的肉品质性状基因。我国肉鸡生产主要由快大型白羽肉鸡、优质黄羽肉鸡以及小型白羽肉鸡(肉杂鸡)组成，其中优质黄羽肉鸡最具中国特色，占据肉鸡市场的半壁江山，其突出特点就是充分利用和保留了地方鸡种资源优良的肉品质性状。地方鸡种资源肉品质优良主要体现在：肌肉纤维直径细致、密度大，剪切力适中(有嚼劲)，脂肪沉积能力强，皮下脂肪适中，肌内脂肪、肌苷酸、氨基酸等风味物质含量高，皮肤薄、毛孔细致，屠体美观及肤色等多个方面，是国外引进鸡品种所无法比拟的。随着肉鸡产业转型升级加快和民众生活水平不断提升，如何高效、创新地利用地方鸡种资源优良的肉品质特性，培育出深受国人青睐和适合国人消费习惯的优质肉鸡新品种(系)是育种上面临的重大挑战。

2、在育种实践中，针对肉品质性状的选育难度大，一是大多数肉品质性状指标需要屠宰后测定，屠宰个体直接失去了其育种价值；二是能够准确测量并直接应用于选种的肉品质性状指标寥寥无几，屠宰后肌肉肌苷酸、肌内脂肪、氨基酸等指标的测定费用高，易受测定条件限制；三是对肉品质综合评价体系内涵仍缺乏足够的认知，还包含许多未知的性状指标，无法用于选种。实质上，包括肉品质在内的表型性状(能)，都是由多基因及其复杂调控网络决定的，多基因调控一般具有“模块化”特点。因此开展分子标记辅助选择是有效手段，但是仅使用单个或少数几个基因(标记)进行分子辅助育种，无法取得有效进展，难以实现多性状综合选择，这成为当前肉品质性状选育中一直未能有效解决的难题。

技术实现思路

1、本发明的目的是提供一种鸡肉品质性状分子微模块芯片及其应用，以解决上述现有技术存在的问题，该芯片能够显著提升鸡种资源肉品质性状评价的准确性和科学性，加快优质专门化品系选育进程，为从根本上提升品种(系)的肉品质提供了有力的核心技术支撑和保障。

2、高通量测序技术、功能基因组学和生物信息学等快速发展，为解析复杂性状的遗传调控网络提供了新思路和新方法，也为鸡肉品质性状分子微模块的创新设计奠定了基础。本发明收集了分布于不同地理生态区域、不同经济类型及具有特殊肉品质性状的代表性地方鸡种资源和国外引进鸡种资源，利用高通量测序技术鉴定基因组snp标记，通过优化设计不同鸡种组合发掘基因组受选择基因，将“表型→基因”+“基因→表型”相结合，发掘地方鸡种质资源在长期自然选择和人工选择过程中形成的肉品质优良基因禀赋，鉴定筛选出模块化核心snps集，并设计探针序列，创新性地建立了鸡肉品质性状分子微模块芯片，实现了肉品质性状分子标记的大规模高效分型应用，将显著提升鸡肉品质选择的效果和效率，加快优质专门化品系的选育进展。

3、基于此，本发明提供了如下方案：

4、本发明提供一种评价鸡肉品质性状的snp位点组合，包括表3所示的1658个snp位点。

5、本发明还提供上述的snp位点组合在评价鸡肉品质性状中的应用。

6、本发明还提供检测上述的snp位点组合中各snp位点基因型的探针在制备鸡肉品质性状分子微模块芯片中的应用。

7、本发明还提供一种鸡肉品质性状分子微模块芯片，所述鸡肉品质性状分子微模块芯片包括检测上述的snp位点组合中各snp位点基因型的探针。

8、本发明还提供上述的鸡肉品质性状分子微模块芯片在评价鸡肉品质性状中的应用。

9、本发明还提供一种评价鸡肉品质性状的方法，包括以下步骤：

10、提取得到待检鸡样本的基因组dna；

11、利用上述的鸡肉品质性状分子微模块芯片对所述基因组dna进行检测，获得原始数据；

12、对所述原始数据进行数据分析，得到基因分型结果；

13、根据所述基因分型结果，计算得到肉品质性状指数，所述肉品质性状指数的数值越高，代表所述待检鸡样本的肉品质越优良；

14、所述肉品质性状指数的计算公式为：

15、肉品质性状指数＝[(优势纯合基因型位点数量+杂合基因型位点数量×0.5)-非优势纯合基因型位点数量]/检测出的位点总数量。

16、本发明公开了以下技术效果：

17、本发明选取22个代表性地方鸡种资源和2个引入鸡种资源，基于肉品质性状基因组选择育种重点应用方向，优选密切相关的可靠位点1658个，研发出鸡肉品质性状分子微模块芯片，其具有目标区域数据覆盖度和均一性好、基因分型检出率高、芯片数据升级灵活等特点，极大地降低了基因组分型成本，有利于芯片的规模化应用。该芯片能够显著提升鸡种资源肉品质性状评价的准确性和科学性，加快优质专门化品系选育进程，为从根本上提升品种(系)的肉品质提供了有力的核心技术支撑和保障。

技术特征：

1.一种评价鸡肉品质性状的snp位点组合，其特征在于，包括如下表所示的1658个snp位点：

2.一种如权利要求1所示的snp位点组合在评价鸡肉品质性状中的应用。

3.检测权利要求1所示snp位点组合中各snp位点基因型的探针在制备鸡肉品质性状分子微模块芯片中的应用。

4.一种鸡肉品质性状分子微模块芯片，其特征在于，所述鸡肉品质性状分子微模块芯片包括检测权利要求1所示snp位点组合中各snp位点基因型的探针。

5.一种如权利要求4所述的鸡肉品质性状分子微模块芯片在评价鸡肉品质性状中的应用。

6.一种评价鸡肉品质性状的方法，其特征在于，包括以下步骤：

技术总结
本发明公开了一种鸡肉品质性状分子微模块芯片及其应用，涉及家禽遗传育种领域。该鸡肉品质性状分子微模块芯片包括检测评价鸡肉品质性状的SNP位点组合中各SNP位点基因型的探针。本发明选取22个代表性地方鸡种资源和2个引入鸡种资源，基于肉品质性状基因组选择育种重点应用方向，优选密切相关的可靠位点1658个，研发出鸡肉品质性状分子微模块芯片，该芯片能够显著提升鸡种资源肉品质性状评价的准确性和科学性，加快优质专门化品系选育进程，为从根本上提升品种(系)的肉品质提供了有力的核心技术支撑和保障。

技术研发人员：韩威,朱云芬,周成浩,殷建玫,薛倩,李国辉,张会永,蒋一秀,黄兆祥,苏一军
受保护的技术使用者：江苏省家禽科学研究所
技术研发日：
技术公布日：2024/3/12