香港牡蛎生长相关SNP标记、检测方法和应用与流程

本发明涉及分子生物学dna标记技术与应用，具体涉及香港牡蛎生长相关snp标记、检测方法和应用。

背景技术：

1、香港牡蛎(crassostrea hongkongensis)，原称“近江牡蛎”，地方名“钦州大蚝”、“北海生蚝”等，是我国牡蛎养殖的三大主导品种之一。目前年产量185万吨，占全国牡蛎总产量的31.87％。香港牡蛎养殖产业一直面临一个关键问题：生长速度慢、养殖周期长。养成牡蛎规格大小参差不齐，养殖效益低。因此，应选育出快速生长型香港牡蛎新品种并推广应用，缩短养殖周期，提高香港牡蛎产量和养殖效益。

2、国内外在牡蛎遗传选育研究工作方面取得了一系列成果，然而基于表型选择的常规遗传育种周期长、成本高，且选择效果受环境因素影响较大，选育进展相对缓慢，效果也不稳定。近年来分子育种技术快速发展，利用与目标性状紧密连锁的分子标记对经济性状进行选择，可实现从表型选择到基因型直接选择育种的转变，克服传统选育准确率低、周期长的缺点，能显著提高选育效率、加速选育进程，现已成为水产新品种选育的发展方向。因snp在基因组中数量多、分布广、遗传稳定性高，易于高通量自动化分析的优势，已被广泛应用于动植物遗传育种研究中。

3、长牡蛎生长相关如出肉率、壳宽、壳深的snp分子标记已被开发，这些标记已经应用于长牡蛎的分子标记辅助育种。然而，作为华南沿海，特别是广西地方特色的土著品种香港牡蛎，生长相关的snp未见报道，能有效用于香港牡蛎生长相关性状选育的snp标记有待挖掘。在前期研究中，研究人员首次测序和组装了香港牡蛎染色体级别的高质量基因组，为生长相关的snp标记挖掘奠定了基础。鉴于此，本发明提供香港牡蛎生长相关snp标记、检测方法和应用。

技术实现思路

1、本发明所要解决的技术问题是提供香港牡蛎生长相关snp标记、检测方法和应用。本发明的目的通过验证获得2个与香港牡蛎快速生长相关的可靠snp分子标记，建立生长相关snp标记辅助香港牡蛎遗传选育的方法。

2、本发明解决上述技术问题的技术方案如下：

3、第一方面提供香港牡蛎生长相关snp标记，所述的snp标记包括snp_16330650标记和/或snp_16297720标记；所述snp_16330650标记的位点位于香港牡蛎的s1(ch0800792)基因的外显子中，是序列为seq id no:1所示的自5'端起第78位，碱基为g或c；所述snp_16297720标记的位点位于香港牡蛎的s2(ch0800789)基因的外显子中，是序列为seq idno:2所示的自5'端起第181位，碱基为t或c。

4、本发明的有益效果是：本发明选用的香港牡蛎生长相关snp标记直接位于基因的编码区内，提高了筛选相关基因的效率及准确性；利用本发明的香港牡蛎生长相关snp标记能够快速、准确地对具有优良生长性状的香港牡蛎亲本进行筛选，便于进行早期选择，提高选择强度、选育效率和准确性，缩短快速生长香港牡蛎的选育周期。

5、在上述技术方案的基础上，本发明还可以做如下改进。

6、进一步，所述snp_16330650标记的cc基因型个体生长速度高于gg基因型个体生长速度；所述snp_16297720标记的cc基因型个体生长速度高于tc基因型个体生长速度。

7、第二方面提供香港牡蛎生长相关snp标记的检测方法，所述的检测方法包括如下步骤：采用引物对来扩增待检测样品的核酸，再通过测序确定是否存在与香港牡蛎生长相关的snp_16330650标记和/或snp_16297720标记。

8、进一步，所述引物对的序列如seq id no:3-6所示。

9、进一步，所述引物对中如seq id no:3-4所示序列用于检测所述snp_16330650标记。所述引物对中如seq id no:5-6所示序列用于检测所述snp_16297720标记。

10、其中，seq id no:3为正向引物，seq id no:4为反向引物；seq id no:5为正向引物，seq id no:6为反向引物。

11、第三方面提供香港牡蛎生长相关snp标记的应用，将所述香港牡蛎生长相关snp标记用于育种中。

12、第四方面提供一种用于筛选香港牡蛎育种亲本的方法，包括如下步骤：

13、(1)提取待检样品基因组dna；

14、(2)以提取得到的所述dna为模板，利用引物对进行pcr扩增，得到pcr扩增产物；所述的引物对的序列如seq id no:3-6所示；

15、(3)对所述pcr扩增产物进行测序，根据测序结果确定样品的snp标记的基因型，所述snp标记包括snp_16330650标记和/或snp_16297720标记；将所述snp_16330650标记为cc基因型，和/或所述snp_16297720标记为cc基因型作为香港牡蛎育种亲本。

16、采用上述方案的有益效果是：与传统的选育方法相比，本发明具有目的性强、作用效果直接的特点，能够快速获得生长速度快的香港牡蛎个体；便于对亲本进行早期选择，提高选择强度、选育效率和准确性，缩短快速生长香港牡蛎的选育周期。

17、进一步，步骤(1)中所述待检样品为待检样品的外套膜。

18、进一步，步骤(3)中对所述pcr扩增产物进行sanger测序。

19、采用上述进一步方案的有益效果是：本发明通过sanger测序进行基因分型，保证了检测结果的可靠性。

技术特征：

1.香港牡蛎生长相关snp标记，其特征在于，所述的snp标记包括snp_16330650标记和/或snp_16297720标记；所述snp_16330650标记的位点位于香港牡蛎的s1基因的外显子中，是序列为seq id no:1所示的自5'端起第78位，碱基为g或c；所述snp_16297720标记的位点位于香港牡蛎的s2基因的外显子中，是序列为seq id no:2所示的自5'端起第181位，碱基为t或c。

2.根据权利要求1所述香港牡蛎生长相关snp标记，其特征在于，所述snp_16330650标记的cc基因型个体生长速度高于gg基因型个体生长速度；所述snp_16297720标记的cc基因型个体生长速度高于tc基因型个体生长速度。

3.香港牡蛎生长相关snp标记的检测方法，其特征在于，所述的检测方法包括如下步骤：采用引物对来扩增待检测样品的核酸，再通过测序确定是否存在与香港牡蛎生长相关的snp_16330650标记和/或snp_16297720标记。

4.根据权利要求3所述香港牡蛎生长相关snp标记的检测方法，其特征在于，所述引物对的序列如seq id no:3-6所示。

5.根据权利要求4所述香港牡蛎生长相关snp标记的检测方法，其特征在于，所述引物对中如seq id no:3-4所示序列用于检测所述snp_16330650标记。

6.根据权利要求4所述香港牡蛎生长相关snp标记的检测方法，其特征在于，所述引物对中如seq id no:5-6所示序列用于检测所述snp_16297720标记。

7.香港牡蛎生长相关snp标记的应用，其特征在于，将权利要求1或2所述香港牡蛎生长相关snp标记用于育种中。

8.一种用于筛选香港牡蛎育种亲本的方法，其特征在于，包括如下步骤：

9.根据权利要求8所述一种用于筛选香港牡蛎育种亲本的方法，其特征在于，步骤(1)中所述待检样品为待检样品的外套膜。

10.根据权利要求8所述一种用于筛选香港牡蛎育种亲本的方法，其特征在于，步骤(3)中对所述pcr扩增产物进行sanger测序。

技术总结
本发明涉及香港牡蛎生长相关SNP标记、检测方法和应用，涉及分子生物学DNA标记技术与应用，所述的SNP标记包括SNP_16330650标记和/或SNP_16297720标记；所述SNP_16330650标记的位点位于香港牡蛎的S1(CH0800792)基因的外显子中，是序列为SEQ ID NO:1所示的自5'端起第78位，碱基为G或C；所述SNP_16297720标记的位点位于香港牡蛎的S2(CH0800789)基因的外显子中，是序列为SEQ ID NO:2所示的自5'端起第181位，碱基为T或C。本发明选用的香港牡蛎生长相关SNP标记直接位于基因的编码区内，提高了筛选相关基因的效率及准确性；利用本发明的香港牡蛎生长相关SNP标记能够快速、准确地对具有优良生长性状的香港牡蛎亲本进行筛选，便于进行早期选择，提高选择强度、选育效率和准确性，缩短快速生长香港牡蛎的选育周期。

技术研发人员：何苹萍,彭金霞,张兴志,官俊良,韦嫔媛,张立,李蔚,陈泳先,郑玉斯
受保护的技术使用者：广西壮族自治区水产科学研究院
技术研发日：
技术公布日：2024/4/17