一种与番木瓜果实宽度相关的分子标记、方法及应用

本发明属于生物，尤其是一种与番木瓜果实宽度性状相关的snp分子标记、方法及应用。

背景技术：

1、番木瓜（carica papaya l.），番木瓜科番木瓜属的常绿果树，果肉柔软多汁，气味香甜，花果期全年。番木瓜原产热带美洲，自明清时期传入中国，现广植于世界热带和较温暖的亚热带地区。中国主要分布在广东、仙湖植物园、海南、广西、云南、福建等。番木瓜与香蕉、菠萝同称为“热带三大草本果树”，其果实营养丰富，富含氨基酸、维生素和微量元素；肉质香甜多汁；番木瓜也可作加工用，产品包括水果罐头、果脯、干果等；种子可榨油，青果乳汁还被加工成番木瓜蛋白酶，广泛应用于食品、化妆品、药品、制革等行业，其产业发展前景十分广阔。

2、继形态标记、细胞标记和生化标记之后，以分子突变为基础检测生物个体之间差异的分子标记应运而生，解决了前代遗传标记方法的不足，分子是较为理想的遗传标记形式。dna分子标记具有相对独特的优势：环境会影响基因的表达却不改变基因原本结构，所dna分子标记不受环境影响；部分分子标记表现为共显性，能够对基因型的纯合型与否进行鉴别，进而提供完整的遗传信息；标记数量丰富；不受发育阶段的影响，提升分析准确率。番木瓜基因组的测序完成及公开为更好的利用生物信息技术方法开展高密度的特异性标记，提供了可能性，使相关研究会变得更精准、便捷、迅速，为进一步基因的克隆与应用提供了良好前提条件；无性系培养工程技术、胚培养等的不断的发展，能够使远缘杂交育种成为可能。

3、在传统分子育种中，育种家主要通过选择优良性状的植株个体，通过杂交或回交的方式，将优良性状固定下来。分子标记辅助选择（marker-assisted-selection;mas）是作物遗传改良的有效工具。随着高通量低成本snp标记的开发应用和生物信息学的快速发展，mas的应用拓展到了全基因组选择（genomic selection,gs），大大地提高了选择的效率和精准性。番木瓜基因组的测序完成与公布，极大推动了番木瓜重要果实性状的分子标记开发和应用，为分子标记辅助育种提供了便利。

4、番木瓜目前按食用用途可分为水果用番木瓜和菜用番木瓜，野生番木瓜果实较大，对于食用用途的番木瓜来说，大果型在现在以消费者为导向的市场中并不受欢迎，反而是可供一人食的小果型更受消费者喜爱，因此在番木瓜育种中对果实大小的选择较为重要。番木瓜果实宽度在果实大小这一复杂性状选择中有重要意义。

技术实现思路

1、本发明的目的在于克服现有技术上存在的问题，提供一种与番木瓜果实宽度性状相关的snp分子标记、方法及应用。

2、本发明解决技术问题所采用的技术方案是：

3、一种与番木瓜果实宽度性状相关的snp分子标记，所述分子标记为cpa05g006390:-1724，该标记位于chr05染色体第8116762位碱基，标记位于基因promoter区域，在527bp长度的扩增产物所示序列即seq id no.1的第358位存在c/t多态性，分子标记cpa05g006390:-1724位于seq id no.1所示核苷酸序列的第358位，所述第358位碱基为c或t，其中，cc基因型的果实宽度小于tt基因型。

4、进一步地，所述分子标记与番木瓜果实宽度相关的基因cpa05g006390极显著相关p< 0.01。

5、如上所述的snp分子标记在番木瓜育种方面中的应用。

6、如上所述的snp分子标记在番木瓜宽度大小筛选方面中的应用。

7、如上所述的snp分子标记在检测与番木瓜宽度大小相关的snp分子标记的试剂的应用，其特征在于：所述应用为预测番木瓜果实宽度大小，其中，所述分子标记为cpa05g006390:-1724，分子标记cpa05g006390:-1724位于chr05染色体第8116762位碱基，位于基因promoter区域，在527bp长度的扩增产物所示序列的第358位存在c/t多态性，分子标记cpa05g006390:-1724位于seq id no.1所示核苷酸序列的第358位，所述第358位碱基为c或t，其中，cc基因型的果实宽度小于tt基因型。

8、如上所述的snp分子标记在检测与番木瓜宽度大小相关的snp分子标记的试剂的应用，所述应用为番木瓜宽度大小高品种的选择，其中，所述分子标记为cpa05g006390:-1724，

9、分子标记cpa05g006390:-1724位于chr05染色体第8116762位碱基，基因在promoter区域，在527bp长度的扩增产物所示序列的第358位存在c/t多态性，分子标记cpa05g006390:-1724位于seq id no.1所示核苷酸序列的第358位，所述第358位碱基为c或t，其中，cc基因型的果实宽度小于tt基因型。

10、如上所述的snp分子标记在检测与番木瓜宽度大小相关的snp分子标记的试剂的应用，所述应用为番木瓜宽度大小相关的分子标记辅助育种，其中，所述分子标记为cpa05g006390:-1724，分子标记cpa05g006390:-1724位于chr05染色体第8116762位碱基，基因在promoter区域，在527bp长度的扩增产物所示序列的第358位存在c/t多态性，分子标记cpa05g006390:-1724位于seq id no.1所示核苷酸序列的第358位，所述第358位碱基为c或t，其中，cc基因型的果实宽度小于tt基因型。

11、一种检测与番木瓜宽度大小相关的snp分子标记的方法，所述snp分子标记位于chr05染色体第8116762位碱基，基因在promoter区域，在527bp长度的扩增产物所示序列的第358位存在c/t多态性，分子标记cpa05g006390:-1724位于seq id no.1所示核苷酸序列的第358位，所述第358位碱基为c或t，以含有所述snp分子标记的核苷酸序列为基础序列，设计引物对，以番木瓜基因组dna为模板进行pcr扩增，检测扩增产物的基因型，其中，gg基因型的果实腔室直径小于tt基因型，所述引物对的上游引物为：seq id no.2，下游引物为：seq id no.3。

12、本发明取得的有益效果是：

13、1、本发明snp分子标记可应用于检测番木瓜高果实宽度育种材料，有助于快速检测与果实宽度相关的育种材料，辅助杂交育种，缩短新品种培育周期，且检测成本较低、不受环境限制、检测结果准确性高、易重复。

14、2、本发明基于gwas分析筛选获得一种与番木瓜果实宽度相关的snp分子标记，在cpa05g00639基因上的分子标记（cpa05g006390:-1724）可应用于检测番木瓜果实宽度，有助于快速检测育种材料，辅助杂交育种，缩短新品种培育周期，且检测成本较低、不受环境限制、检测结果准确性高、易重复。

15、3、本发明snp分子标记，基于墨西哥、南非、中国广西、中国海南等地收集到的358份番木瓜种质资源开发，这批材料遗传多样性丰富，在番木瓜驯化历程中具有广泛的代表性。

16、4、本发明基于gwas分析筛选获得一个番木瓜果实宽度相关的snp分子标记cpa05g006390:-1724，位于chr05染色体第8116762位碱基，基因在promoter区域，在527bp长度的扩增产物所示序列的第358位存在c/t多态性，其中c等位基因与高番木瓜果实宽度极显著相关。