大豆胞囊线虫抗性相关Map-5053SNP标记的基因型检测方法及应用
【技术领域】
[0001] 本发明涉及生物技术领域，尤其涉及大豆胞囊线虫抗性相关Map-5053SNP标记的 基因型检测方法及应用。
【背景技术】
[0002] 大豆胞囊线虫（Soybean Cyst Nematode，SCN)具有分布广，危害重，传播途径多， 寄主范围广，存活时间久等特点，是一种极难防治的土传病害，其发生可对大豆生产造成毁 灭性打击，目前，该病害具有蔓延及日趋加重的趋势，已经严重制约了大豆生产。实践证明， 培育和种植抗病品种是防治病害的最有效途径。由于SCN抗性基因在遗传上的复杂性和大 豆胞囊线虫生理小种的多样性，利用传统抗病表型鉴定和育种方法培育抗大豆胞囊线虫病 的品种不但需要花费很长的时间，而且难于成功，已经不能够满足当前抗线育种的发展。随 着分子标记的开发和使用，分子标记辅助选择（Molecular marker-assisted selection， MAS)成为可以节约人力、物力和加速育种进程的有效方法（Cregan et al. 1999)。MAS的 最大优点是在不需要评估表型特征的情况下，通过确认是否带有目标基因而鉴定出抗性植 株。
[0003] 经典遗传分析表明，大豆胞囊线虫的抗性是受多个位点控制的数量性状，其 中Rhg4是主效的抗病基因，已被克隆（Liu et al. Nature, 2012)。从该抗病区间内发 掘抗病分子标记可为MAS提供有效的标记资源，满足育种需要。关联分析，又称关联作 图（Association Mapping)，是一种以 LD (Linkage Disequlibrium)分析为基础，直接对 基因型变异和表型变异进行分析，从而把那些与性状有关联的基因鉴定出来（Khush et al. 2001)，关联分析方法已成为发掘与表型相关分子标记的强有力工具。新型分子标记一 SNP因为具有在基因组中数量多、分布广泛、可高通量检测等优点而在近年广泛用于鉴定多 基因控制的复杂性状。随着SNP标记数量的不断增多，高通量的SNP分型平台不断推出， 包括 BeadArray (Illumina)，GenomeLab SNP stream (Beckman)和 MegAllele (Affymetrix) 等，其中Illumina公司的BeadArray芯片鉴定技术具有高效、高通量、成本低、准确性好等 优点，适合位点数从几十到几千的中等通量基因分型研宄，实验成功率>99%，是理想的中 等通量基因分型检测的解决方案，目前已被广泛用于人类、拟南芥、水稻等物种的SNP分 型。
【发明内容】
[0004] 本发明的一个目的是提供检测大豆基因组中Map-5053SNP位点的多态性或基因 型的物质的用途。
[0005] 本发明提供的检测大豆基因组中Map_5053SNP位点的多态性或基因型的物质在 鉴定或辅助鉴定大豆对大豆胞囊线虫3号生理小种抗性中的应用。
[0006] 所述检测Map-5053SNP位点的多态性（即等位基因）或基因型具体可为检测 Map-5053SNP位点的核苷酸种类。
[0007] 本发明另一个目的是提供检测大豆基因组中Map_5053SNP位点的多态性或基因 型的物质的另一个用途。
[0008] 本发明提供了检测大豆基因组中Map_5053SNP位点的多态性或基因型的物质在 制备鉴定或辅助鉴定大豆对大豆胞囊线虫3号生理小种抗性产品中的应用。
[0009] 本发明第三个目的是提供检测大豆基因组中Map-5053SNP位点的多态性或基因 型的物质的第三个用途。
[0010] 本发明提供的检测大豆基因组中Map-5053SNP位点的多态性或基因型的物质在 鉴定或辅助鉴定抗病大豆中的应用；所述病为由大豆胞囊线虫3号生理小种引发的病；
[0011] 或检测大豆基因组中Map-5053SNP位点的多态性或基因型的物质在制备鉴定或 辅助鉴定抗病大豆产品中的应用；所述病为由大豆胞囊线虫3号生理小种引发的病。
[0012] 本发明第四个目的是提供检测大豆基因组中Map_5053SNP位点的多态性或基因 型的物质的第四个用途。
[0013] 本发明提供了检测大豆基因组中Map-5053SNP位点的多态性或基因型的物质在 鉴定或辅助鉴定与大豆胞囊线虫3号生理小种抗性相关的单核苷酸多态性中的应用；
[0014] 或检测大豆基因组中Map_5053SNP位点的多态性或基因型的物质在制备鉴定或 辅助鉴定与大豆胞囊线虫3号生理小种抗性相关的单核苷酸多态性产品中的应用。
[0015] 本发明第五个目的是提供检测大豆基因组中Map-5053SNP位点的多态性或基因 型的物质的第五个用途。
[0016] 本发明提供了检测大豆基因组中Map-5053SNP位点的多态性或基因型的物质在 筛选或辅助筛选抗病大豆中的应用；所述病为由大豆胞囊线虫3号生理小种引发的病；
[0017] 或检测大豆基因组中Map_5053SNP位点的多态性或基因型的物质在制备筛选或 辅助筛选抗病大豆产品中的应用；所述病为由大豆胞囊线虫3号生理小种引发的病。
[0018] 上述应用中，所述大豆基因组中Map-5053SNP位点基因型为AA或CC ;
[0019] 所述Map-5053SNP位点位于大豆基因组第8条染色体的Glyma. 08gl07800基因的 第748位；所述Glyma. 08gl07800基因的核苷酸序列为序列1。
[0020] 本发明的第六个目的是提供一种鉴定或辅助鉴定大豆对大豆胞囊线虫3号生理 小种抗性的方法。
[0021] 本发明提供的方法，包括如下步骤：检测待测大豆基因组Map-5053SNP位点基因 型，若所述待测大豆基因组Map-5053SNP位点基因型为AA，则所述待测大豆为或候选为抗 病品种；若所述待测大豆基因组Map-5053SNP位点基因型为CC，则所述待测大豆不为或候 选不为抗病品种；所述病为由大豆胞囊线虫3号生理小种引发的病；
[0022] 所述检测待测大豆基因组Map_5053SNP位点基因型采用下述固定用于检测 Map-5053SNP位点的探针组的SNP基因型芯片检测。
[0023] 所述检测大豆基因组中Map_5053SNP位点的多态性或基因型的物质包括 Map-5053SNP固定用于检测Map-5053SNP位点的探针组的SNP基因型芯片；
[0024] 所述探针组由序列表中序列1所示的单链DNA分子、序列表中序列2所示的单链 DNA分子和序列表中序列3所不的单链DNA分子组成。
[0025] 本发明第六个目的是提供检测大豆基因组中Map_5053SNP位点的多态性或基因 型的物质。
[0026] 本发明提供的检测大豆基因组中Map_5053SNP位点的多态性或基因型的物质，为 a)_d)中的任一种广品：
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