用于预测由基于抗精神病药物的治疗诱导的锥体外系症状(eps)的发病的方法_2

文档序号:9221200阅读:来源:国知局
TC)代 码N05A。抗精神病药物被广义地划分为两组,典型的或第一代抗精神病药物和非典型的或 第二代抗精神病药物。典型的抗精神病药物根据其化学结构分类,而非典型的抗精神病药 物根据其药理性质分类。这些包括血清素-多巴胺拮抗物(见多巴胺拮抗物和血清素拮抗 物)、多受体作用-革巴向的(multi-acting receptor-targeted)抗精神病药物(MARTAjE 向若干系统的那些)和多巴胺局部激动剂,其通常被分类为非典型的。
[0040] 最近,正在使用新的分类系统,其中抗精神病药物根据其阻断多巴胺能受体 D2(DRD2)的效价被划分,即抗精神病药物被划分为低、中和高DRD2阻断效价抗精神病药 物。本领域已知低DRD2阻断效价抗精神病药物具有诱导受试者中的EPS的较低概率, 而本领域已知中和高DRD2阻断效价抗精神病药物具有诱导受试者中的EPS的较高概 率。低DRD2阻断效价抗精神病药物的非限制性实例包括氯氮平、齐拉西酮、喹硫平和奥 氮平。中DRD2阻断效价抗精神病药物的非限制性实例包括氨磺必利、利培酮和氯哌噻吨 (zuclopenixol)。高DRD2阻断效价抗精神病药物的非限制性实例包括氟哌啶醇和氯丙嘆 (Gardner 等,2005, Can Med Assoc J 172:1703-11)。
[0041] 如本文所使用,术语"受试者"指的是个体,比如人、非人类灵长类(例如,猩猩和 其他猿类和猴类物种);农场动物,比如鸟类、鱼类、牛、绵羊、猪、山羊和马;驯养哺乳动物, 比如狗和猫;实验动物包括啮齿类,比如小鼠、大鼠和豚鼠。术语不表示具体年龄或性别。 在本发明的【具体实施方式】中,受试者是哺乳动物。在本发明的优选的实施方式中,受试者是 人。在本发明的更优选的实施方式中,受试者被诊断为具有用抗精神病药物可治疗的疾病。
[0042] 如本领域技术人员将认识,基于抗精神病药物的治疗不仅旨在治疗呈现精神病的 障碍或疾病,并且其可用于治疗其他种类的障碍或疾病。因此,在本发明的第一方法的另一 个【具体实施方式】中,受试者患有用抗精神病药物可治疗的疾病。如本文所使用,"用抗精神 病药物可治疗的疾病"指的是在用抗精神病药物的治疗中其病情可被改善,其进展可被延 缓,或其至少一种症状可减轻的任何疾病或障碍。用抗精神病药物可治疗的疾病的非限制 性实例包括精神分裂症、情感分裂性精神障碍、急性精神障碍、妄想性障碍、精神分裂型人 格病、双相性精神障碍、强迫症、人格障碍、精神病性抑郁症、品行障碍、认知缺陷、恶心和呕 吐以及阿尔茨海默病。
[0043] 在第一个步骤中,本发明的第一方法包括在包括测定来自所述受试者的遗传物质 的样品中rsll30214、rs456998、rs7211818和rsl053639单核苷酸多态性(SNP)的序列。
[0044] 如本f所伸用,术语"单核苷酸多杰件"或"型£",指的是在单核苷酸(A、C、T或G) 中发生的核酸的核苷酸序列的变化,其中每种可能的序列以等于或大于总体的1%的比例 存在。SNP通常使用通过http://www. ncbi. nlm. nih. gov/projects/SNP/可访问的国家生 物技术信息中心(National Center for Biotechnology Information) (NCBI)的 SNP 数据 库(dbSNP)中的检索号命名。一般而言,SNP表示遗传性变异的最常见形式中的一种。当 基因组中的单核苷酸改变(比如通过替换、添加或缺失)时,这些多态性出现。该序列相对 于多态位点的每种版本被称为多态位点的等位基因。SNP趋于世世代代稳定的进化,并且因 此,可用于研宄贯穿种群的特定遗传性异常。如果SNP发生在蛋白质编码区域,其可导致变 异体,有时缺陷形式的蛋白质的表达,其可能导致遗传性疾病的发展。一些SNP可能发生在 非编码区域,但是虽然如此,可能导致差别的或有缺陷的剪接,或改变的蛋白质表达水平。 SNP可因此充当遗传性疾病的有效的指示物。SNP也可用作用于确定具有疾病的或疾病的 快速进化的遗传素因的个体、基因分型患有疾病的个体和基于针对发病机理过程中靶蛋白 的作用所揭示的洞察力促进药物开发的诊断和/或预后工具。该序列相对于SNP的每种版 本被称为SNP的等位基因。
[0045] 如本文所使用,术语"等位基因 "涉及两种或多种形式的基因、基因座或基因多杰 性中的一种。有时,不同的等位基因可产生不同的性状;但是,其他时间,不同的等位基因在 基因的表达中将具有相同的结果。大部分多细胞生物具有两套染色体,即,它们是二倍体。 这些染色体被称为同源染色体。二倍体生物在每套染色体上具有每个基因(和一个等位基 因)的一个拷贝。如果两个等位基因相同,它们是纯合子。如果等位基因不同,它们是杂合 子。
[0046] 如本文所使用,术语"桂通"或"生物样品",指的是从受试者分离的生物材料。该 生物样品包含适于检测期望的SNP的任何生物材料,并且可包括受试者的细胞和/或非 细胞材料。在本发明中,该样品包括来自研宄中的受试者的遗传物质,例如DNA、基因组 DNA(gDNA)、互补DNA(cDNA)、RNA、不均一核RNA(hnRNA)、mRNA等。该样品可从诸如任何适 当的组织或生物流体分离,例如血液、唾液、血浆、血清、尿液、脑脊液(CSF)、排泄物、口或 口-咽拭子、手术标本和由活组织检查获得的标本。用于分离细胞和组织样品的方法是本 领域技术人员熟知的。在具体的实施方式中,样品选自血液、尿液、唾液、血清、血浆、口或 口-咽拭子、头发、手术标本和由活组织检查获得的标本。在优选的实施方式中,样品选自 血液、头发、尿液和唾液。
[0047] 术语"确宙SNP的序列"或"检泖I SNP"在本发明中无贝分地伸用,并目.指的是研究 中的受试者的两个等位基因中的具体SNP的序列的测定。SNP的序列的测定可通过本领域 技术人员已知的多种方法进行。
[0048] 在一些实施方式中,例如,当SNP的序列的测定在来自全血的样品中进行时,其可 直接用于所述SNP的检测。在其他实施方式中,从细胞一一其存在于生物流体(例如,全 血、唾液、滑液等)中一一提取核酸作为起始步骤,并且在这种情况中,从所述样品提取的全 部核酸表示适于后续扩增的加工材料。分离样品的核酸可通过本领域技术人员已知的方 法进行。所述方法可见于,例如,Sambrook 等,2001. "Molecular cloning:a Laboratory Manual",第三版,Cold Spring Harbor Laboratory Press, Ν·Υ·, 1-3 卷。此外,如上所述, 在一些实施方式中,来自样品的用于分析的核酸的增殖需要核酸扩增。许多扩增方法依赖 于诸如酶链反应,例如,聚合酶链反应(PCR)、连接酶链反应(LCR)或自持续序列复制、滚环 扩增试验等;该列表仅是说明性的并且决不是限制性的。在Sambrook等,2001 (在上文被 引用)中描述了用于扩增核酸的方法。
[0049] 在分离和扩增(如果需要)核酸之后,检测本发明的不同SNP的序列。本领 域技术人员将容易认识到的是,本文公开的患者的核酸中以一种或若干种SNP或多态 性存在的核苷酸的分析可通过能够确定以SNP或多态性存在的核苷酸的任何方法或技 术进行。例如,可以用本发明的第一方法通过进行测序、微测序、杂交、限制性酶切片 段分析、寡核苷酸连接试验、等位基因特异性PCR、或其组合检测SNP。因此,用于检测 SNP的系统和方法通常包括但不限于核酸测序、杂交方法和阵列技术(例如从Aclara BioSciences, Affymetrix, Agilent Technologies, Illumina Inc.等可获得的技术);还可 使用基于扩增的核酸片段中的迀移率变动(mobility shift)、单链构象多态性(SSCP)、变 性梯度凝胶电泳(DGGE)、化学错配裂解(CMC)、限制性酶切片段多态性(RFLP)和WAVE分析 (Methods Mol.Med. 2004;108:173-88)等的技术。当然,该列表仅是说明性的并且决不是 限制性的。本领域技术人员可使用任何适当的方法以实现这种检测。如本领域显而易见, 所述SNP的序列可由任一条核酸链或由两条链确定。在本发明中,所述SNP的序列由两条 链确定。
[0050] 在另一个【具体实施方式】中,所述SNP的序列的测定通过实时PCR进行。
[0051] 用于本发明的SNP确定如下:
[0052] -rsll30214 位于 AKTl 基因并且对应于 SEQ ID NO :1 ;
[0053] CTGGGGTTTCTCCCAGGAGGTTTTTG[G/T]GCTTGCGCTGGAGGGCTCTGGACTC
[0054] -rs456998 位于 FCHSDl 基因并且对应于 SEQ ID NO :2 ;
[0055] CATTCTATTATGCTCATAATAAAAAT[G/T]TACTGAGGACTCTATGCCAGAAATT
[0056] -rs7211818 位于 RPTOR 基因并且对应于 SEQ ID NO :3 ;和
[0057] AAAGCAGAAGGAAAGAAATAACAAAC[A/G]GCAGAAATCAATAAAATAGAGTACA
[0058] -rsl053639 位于 DDIT4 基因并且对应于 SEQ ID N0:4。
[0059] GAGGCAGGAGCTGAGGGACTGATTCC[A/T]GTGGTTGGAAAACTGAGGCAGCCAC
[0060] 在第二个步骤中,本发明的第一方法包括基于rsll30214、rs456998、rs7211818 和rsl053639 SNP的序列,预测所述受试者发展为EPS的风险。
[0061] 在这一点上,本发明不仅提供了与预测受试者中由基于抗精神病药物的治疗诱导 的EPS的发病显著地相关的一些组合的特定SNP,而且也提供了所述SNP发展为EPS的高风 险和低风险的相应的等位组合,其在表1和表2中提及。因此,在具体的实施方式中,根据 表1的一个等位组合的存在表示存在受试者发展为EPS的高风险,在另一个具体的实施方 式中,根据表2的一个等位组合的存在表示存在受试者发展为EPS的低风险。
[0062] 表1 :预测发展为EPS的高风险的等位组合
[0063]
[0064] 对于每个SNP :0 =等位基因1的纯合性;I =等位基因1/等位基因2的杂合性; 2 =等位基因2的纯合性。
[0065] rsll30214 等位基因 I = G ;等位基因 2 = T ;
[0066] -基因型〇 = GG ;基因型I = GT ;基因型2 = TT
[0067] rs456998:_等位基因 I = T ;等位基因2 = G ;
[0068] -基因型〇 = TT ;基因型I = GT ;基因型2 = GG
[0069] rs7211818:_ 等位基因 I = A ;等位基因 2 = G ;
[0070] -基因型〇 = AA ;基因型I = AG ;基因型2 = GG
[0071] rsl053639:_ 等位基因 I = T ;等位基因 2 = A ;
[0072] -基因型〇 = TT ;基因型I = AT ;基因型2 = AA
[0073] 表2 :预测发展为EPS的低风险的等位组合
[0074]
[0076] 对于每个SNP :0 =等位基因1的纯合性;I
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