一种与鸡优良屠宰性状相关的鸡fabp4基因分子遗传标记及其应用
【技术领域】
[0001] 本发明属于分子生物技术领域，尤其涉及一种与肉食鸡优良屠宰性状相关的鸡 FABP4基因分子遗传标记及其在辅助筛选或预测具备优良屠宰性状的肉食鸡品种中的应 用。
【背景技术】
[0002] 分子遗传标记是以物种突变造成DNA片段长度多态性为基础的，具有许多优 点；（1)直接探测DNA水平的差异，不受时间空间的限制；（2)标记数量丰富、多态性高； (3) 共显性标识，可以区分纯合子与杂合子；(4)可以解释家系内某些个体的遗传变异； (5)可以鉴定不同性别、不同年龄的个体。单核苷酸多态性标记（single nucleotide polymorphism, SNP)是DNA遗传标记中的一种类型，是同一物种不同个体基因组DNA等位序 列上单个核苷酸存在差别的现象，其比较的是同序列长度里单个碱基的差别。在基因组中， SNPs既可存在于基因序列中，也可存在于基因以外的非编码序列中。存在于编码序列中的 SNPs虽然较少，但是在遗传学研宄中却具有重要意义。
[0003] SNPs自身的特性决定了它在生物学诸多领域的研宄中具有特殊的应用价值，主要 在于：（I) SNPs数量多，分布广泛，几乎遍布于整个群体基因组中；（2) SNPs适于快速、规模 化筛查；（3) SNPs等位基因的频率容易估计，同时也易于基因分型。目前SNPs的检测和筛选 方法大致可以分为两类：一类是直接查找法，即运用现代生物信息学手段，从已有的核苷酸 数据库中寻找SNPs ;另一种是实验法，又可分为四种类型，即直接测序法、DNA分子构象法、 基因芯片技术以及限制性酶切法。其中使用限制性酶切检测SNPs具备了简便、快速、灵敏 和经济的特点，非常适用于大批量样品的分析。该方法的核心在于选择合适的内切酶，使得 基因中的单碱基改变通过琼脂糖凝胶电泳中的片段差异体现出来，就可以初步获悉基因的 单核苷酸多态性特征。
[0004] 脂肪酸结合蛋白（Fatty acid binding protein，FABP)广泛存在于脊椎动物和 费脊椎动物的细胞质中，属于脂质结合蛋白超家族成员，迄今为止已经发现了 9种类型的 FABP。各种不同类型的脂肪酸结合蛋白分布具有组织特异性，但都是对脂肪酸具有高亲和 力的可溶性蛋白质。FABP的基本功能是在细胞内进行脂肪酸短暂的贮存与运输，并广泛 参与脂肪酸的转运代谢，可将脂肪酸从细胞膜运送到脂肪酸氧化、甘油三酯和磷脂合成的 位置，并在细胞内与脂肪酸结合，造成细胞内外脂肪酸浓度差，从而促进细胞摄取脂肪酸。 FABP4指的是脂肪细胞型脂肪酸结合蛋白，是哺乳动物甘油三酯的贮存库，在脂肪细胞分化 过程中FABP4表达与活性显著增强，在甘油三酯形成及脂解过程中，FABP4除存货释放大量 脂肪酸，参与调控甘油三酯生成及溶解的生化循环。作为分子标记，FABP4表现出高遗传的 多态性。
[0005] 脂肪性状是评价鸡肉品质的重要指标，特别是肌内脂肪含量，此类性状的发育会 直接影响其商品性能。因此，对于调控脂肪性状发育基因的SNPs的表征对于通过肉鸡的分 子育种和辅助选择提高其生产性能具有十分重要的作用。在申请人相关实验所涉及鸡的群 体中，FABP4单核苷酸未突变的个体其产肉率以及肉质均优于纯合突变个体以及杂合突变 个体，从数据上直观地体现了 FABP4基因 SNPs对鸡生产性状的影响。这一发现若应用到优 质家禽的育种等研宄工作中，有望为培育出高产优质肉性状的优良品种提供帮助。经检索， 目前FABP4基因 SNPs作为遗传标记，特别是作为肉食鸡的优良屠宰性状分子遗传标记应用 于筛选或预测具备优良屠宰性状的肉食鸡品种还未见报道。
【发明内容】
[0006] 针对现有技术的不足，本发明要解决的问题是提供一种与肉食鸡优良屠宰性状相 关的鸡FABP4基因分子遗传标记及其在辅助筛选或预测具备优良屠宰性状的肉食鸡品种 中的应用。
[0007] 本发明所述的与肉食鸡优良屠宰性状相关的鸡FABP4基因分子遗传标记是鸡 FABP4基因单核苷酸多态性序列上的多态性位点，其特征在于：所述鸡FABP4基因单核苷酸 多态性序列的多态性位点是在FABP4基因序列第一外显子的第51位为C或T的碱基多态性 位点，表现为CC、CT或TT三种基因型，其中CC型为肉食鸡的优良屠宰性状分子遗传标记。
[0008] 本发明所述与肉食鸡优良屠宰性状相关的鸡FABP4基因分子遗传标记在辅助筛 选或预测具备优良屠宰性状的肉食鸡品种中的应用。
[0009] 上述应用的具体方法是：以待检测鸡FABP4基因组DNA为模板，以引物对 FABP4E1F/E1R进行PCR扩增，扩增完成后进行琼脂糖凝胶电泳，然后使用特定的限制性核 酸内切酶对扩增出的目的片段进行酶切；之后对酶切产物再一次进行琼脂糖凝胶电泳，来 检测酶切产物的片段大小，分析确定鸡FABP4基因的碱基多态性位点，当FABP4基因序列第 一外显子的第51位为C或T，且基因型为CC型时，即可判定待检测鸡品种为具有优良屠宰 性状的品种鸡；
[0010] 其中：
[0011] 所述引物对FABP4E1F/E1R的核苷酸序列为：
[0012] FABP4E1F ：CCCTCTTTATTGGTCATCCTA ；
[0013] FABP4E1R ：AGGAATGTGACAACGCTAATC ；
[0014] 所述PCR扩增的反应程序为：95°C预变性4-5min ;94°C变性30-35s，55-61°C退火 30-35s，72°C延伸lmin，28-35个循环，最后72°C延伸lOmin，并置于4°C保存；
[0015] 所述特定的限制性核酸内切酶为：PpaAII、TaqI、Tsp32I、Tsp32II或TthHB8I，其 酶切作用位点为扩增出目的基因中的以下序列：5'…T 1 CGA…3'或3'~Tt CGA…5'。
[0016] 上述方法优选的实施方式是：对于FABP4E1F/E1R引物对来说，PCR扩增程序为： 95°C预变性4min ;94°C变性30s，57°C退火30s，72°C延伸lmin，35个循环，最后72°C延伸 lOmin，并置于4°C保存。所述特定的限制性核酸内切酶为：TaqI。
[0017] 本发明利用限制性核酸内酶切的方法快速筛查鸡FABP4基因第一外显子位点上 单核苷酸多态性进行检测，通过对鸡品种的SNP进行基因分型和基因频率分析，同时对酶 切多态位点与鸡生长性状之间进行关联分析，寻找与鸡生长性状相关的SNPs作为分子标 记，并以该功能SNPs作为肉食鸡的优良屠宰性状分子遗传标记，在辅助筛选或预测具备优 良屠宰性状的肉食鸡品种中广泛应用，加快了良种鸡的选育速度和提高种群品质。
[0018] 本发明通过以SNP位点为酶切位点，选择合适的特异性核酸内切酶，然后根据SNP 突变后酶切出的DNA片段大小不同来确定鸡FABP4基因单核苷酸多态性特征。
[0019] 根据鸡FABP4基因单核苷酸多态性特征，本发明确定鸡FABP4基因单核苷酸多态 性序列的多态性位点是在FABP4基因序列第一外显子的第51位为C或T的碱基多态性位 点，表现为CC、CT或TT三种基因型，其中CC型为肉食鸡的优良屠宰性状分子遗传标记标 的。实验发现：CC、CT或TT三种基因型的鸡在产肉率以及肉质优化等方面都有很大差别，CC 型鸡屠宰性状（产肉率以及肉质）明显优于TT、CT两种类型，所以该基因型的雏鸡可以作 为具备优良屠宰性状的种鸡来培育，这也肯定了基因型为CC的鸡可以作为种鸡来培育具 有优良屠宰性状的品种鸡的可实施性。本发明应用方法简单、快速、低成本、便于推广应用， 可广泛应用于鸡的辅助选择和分子育种中，将为培育出高产优质肉性状的优良品种提供支 持。
【附图说明】
[0020] 图1为本发明所述肉食鸡的优良屠宰性状分子遗传标记的实际应用流程示意图。
[0021] 图2为本发明扩增的鸡的FABP4编码基因结构示意图与第一外显子序列。
[0022] 其中，第一外显子的51位核苷酸用下划线及黑体放大字母示意。在野生基因中， 第51位核苷酸为C，突变基因中为T。
[0023] 图3为本发明中部分样品PCR产物经特异性酶切筛查到的鸡FABP4基因序列琼脂 糖凝胶电泳结果图。其中，CC为未突变型，CT为杂合突变型，TT为纯合突变型。
【具体实施方式】
[0024] 本发明首先根据鸡FABP4基因的保守序列设计引物，以不同品种鸡基因组DNA为 模板，进行PCR扩增，测序。然后，进行特异性酶切，并将酶切结果的琼脂糖凝胶电泳图和序 列比对筛查出不同品种鸡FABP4基因 SNP位点。然后，根据在群体中检测到的基因型，进行 群体遗传统计分析和生长性状的关联分析，筛选出与鸡生长性状密切相关的分子标记。最 后，利用获得的分子遗传标记在辅助筛选或预测具备优良屠宰性状的肉食鸡品种中应用， 将筛选到的拥有与鸡优异屠宰性状相关分子标记的鸡作为种鸡进行培养，以期繁殖更多的 优质鸡。下面对本发明做详细说明，所述内容是对本发明的解释而不是限定。
[0025] 实施例1 :不同品种鸡FABP4基因部分DNA序列的克隆
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