用于检测华法林与氯吡格雷个体化用药相关基因的多态性的试剂盒及其应用_2

文档序号:9300632阅读:来源:国知局
微粒进行标记检测的分子。具体来说,所述共用引物的5'末端具有荧光染料TAMRA。
[0017] 所述多态性位点为SNP(单核苷酸多态性)位点;每个引物组合物单元中,一条特 异性引物的3'末端核苷酸与一个SNP位点的野生型核苷酸相同或互补,另一条特异性引 物的3'末端核苷酸与该SNP位点的突变型核苷酸相同或互补。
[0018] 所述特异性引物中可引入人工错配核苷酸;所述人工错配核苷酸是天然的A、T、 C、G或其类似物。
[0019] 所述Tag序列为单链寡核苷酸或肽核酸。
[0020] 所述引物组合物甲由如下引物组合物单元组成:第一个引物组合物单元、第二个 引物组合物单元、第三个引物组合物单元、第四个引物组合物单元和第五个引物组合物单 元中的至少一个。所述引物组合物乙由如下引物组合物单元组成:第六个引物组合物单元、 第七个引物组合物单元、第八个引物组合物单元和第九个引物组合物单元中的至少一个。
[0021] 第一个引物组合物单元中:一条特异性引物的序列为Tagl序 列-CTGAAAAACAACCATTGTCCG,另一条特异性引物为 Tag2 序列-CTGAAAAACAACCATTTGCCA,共 用引物的序列为TCAAGTGGTTCTCGTGCCTC ;
[0022] 第二个引物组合物单元中:一条特异性引物的序列为Tag3序 列-GACCTCCCATCCTAGTCCAA£A,另一条特异性引物的序列为Tag4序 列-GACCTCCCATCCTAGTCCAAIG,共用引物的序列为 AGGTCTAAGATGAAAAGCAGGGC ;
[0023] 第三个引物组合物单元中:一条特异性引物的序列为Tag5序 列-GCACGAGGTCCAGAGAT£CA,另一条特异性引物的序列为Tag6序 列-TGCACGAGGTCCAGAGATAIC,共用引物的序列为 CACCCGGTGATGGTAGAGG ;
[0024] 第四个引物组合物单元中:一条特异性引物的序列为Tag7序 列-CAGGGTCCGGCCACIC,另一条特异性引物的序列为Tag8序列-CAGGGTCCGGCCACIT,共用引 物的序列为 GACATTGTGCTCCCAGACGG ;
[0025] 第五个引物组合物单元中:一条特异性引物的序列为Tag9序 列-CCCAGAAGACTCAGAGAA£CAG,另一条特异性引物的序列为TaglO序 列-GCCCAGAAGACTCAGAGA£ACAA,共用引物的序列为 TGAACTACTGGGCTAAGGGGAC ;
[0026] 第六个引物组合物单元中:一条特异性引物的序列为Tagll序 列-CCCACTATCATTGATTATTTCCG,另一条特异性引物的序列为Tagl2序 列-CCACTATCATTGATTATTSCCCA,共用引物的序列为 GCAATCAATAAAGTCCCGAGG ;
[0027] 第七个引物组合物单元中:一条特异性引物的序列为Tagl3序 列-GATTGTAAGCACCCCCAGG,另一条特异性引物的序列为TagH序 列-AGGATTGTAAGCACCCCATGA,共用引物的序列为 CACCCCATGGCTGTCTAGG ;
[0028] 第八个引物组合物单元中:一条特异性引物的序列为Tagl5序 列-A£TTGTGTCTTCTGTTCTCAAAGC,另一条特异性引物的序列为Tagl6序 列-TTTGTGTCTTCGSTTCTCAAAGT,共用引物的序列为 ACACGTGAAGGCAGGAATTG ;
[0029] 第九个引物组合物单元中:一条特异性引物的序列为Tagl7序 列-CCTCCCTCCTTCTCCATITAC,另一条特异性引物的序列为Tagl8序 列-CCTCCCTCCTTCTCCATGSAT,共用引物的序列为 TTCAGCTCTGTCCGATCTGG。
[0030] 以上序列均为5' - 3'方向。
[0031] 所述引物组合物甲具体可由所述第一个引物组合物单元、所述第二个引物组合物 单元、所述第三个引物组合物单元、所述第四个引物组合物单元和所述第五个引物组合物 单元组成。所述第一个引物组合物单元、所述第二个引物组合物单元、所述第三个引物组合 物单元、所述第四个引物组合物单元和所述第五个引物组合物单元可以混合包装。
[0032] 所述引物组合物乙具体可由所述第六个引物组合物单元、所述第七个引物组合物 单元、所述第八个引物组合物单元和所述第九个引物组合物单元组成。所述第六个引物组 合物单元、所述第七个引物组合物单元、所述第八个引物组合物单元和所述第九个引物组 合物单元可以混合包装。
[0033] 具体来说,所述通用芯片上包括如下18个探针:
[0034] Tagl 探针的序列为 NH2-TTTTTTTTTTTTTTT-Tagl 序列;
[0035] Tag2 探针的序列为 NH2-TTTTTTTTTTTTTTT_Tag2 序列;
[0036] Tag3 探针的序列为 NH2-TTTTTTTTTTTTTTT_Tag3 序列;
[0037] Tag4 探针的序列为 NH2-TTTTTTTTTTTTTTT_Tag4 序列;
[0038] Tag5 探针的序列为 NH2-TTTTTTTTTTTTTTT_Tag5 序列;
[0039] Tag6 探针的序列为 NH2-TTTTTTTTTTTTTTT_Tag6 序列;
[0040] Tag7 探针的序列为 NH2-TTTTTTTTTTTTTTT_Tag7 序列;
[0041] Tag8 探针的序列为 NH2-TTTTTTTTTTTTTTT_Tag8 序列;
[0042] Tag9 探针的序列为 NH2-TTTTTTTTTTTTTTT_Tag9 序列;
[0043] TaglO 探针的序列为 NH2-TTTTTTTTTTTTTTT-TaglO 序列;
[0044] Tagll 探针的序列为 NH2-TTTTTTTTTTTTTTT-Tagll 序列;
[0045] Tag 12 探针的序列为 NH2-TTTTTTTTTTTTTTT-Tag 12 序列;
[0046] Tag 13 探针的序列为 NH2-TTTTTTTTTTTTTTT-Tag 13 序列;
[0047] Tag 14 探针的序列为 NH2-TTTTTTTTTTTTTTT-TagH 序列;
[0048] Tag 15 探针的序列为 NH2-TTTTTTTTTTTTTTT-Tag 15 序列;
[0049] Tag 16 探针的序列为 NH2-TTTTTTTTTTTTTTT-Tag 16 序列;
[0050] Tag 17 探针的序列为 NH2-TTTTTTTTTTTTTTT-Tag 17 序列;
[0051] Tagl8 探针的序列为 NH2-TTTTTTTTTTTTTTT-Tagl8 序列。
[0052] 所述Tagl序列至所述TaglS序列依次如序列表的序列1至序列表的序列18所示。
[0053] 以上序列均为5' - 3'方向。
[0054] 所述通用芯片上还可包括QC (表面化学质控探针)、PC (杂交质控探针)、NC (阴性 对照探针)和IC(基因扩增内对照探针)。
[0055] 所述芯片的载体可为硅片、用各种功能基团修饰的玻片或用各种功能基团衍生的 膜,优选为带有醛基基团的玻片。
[0056] 所述试剂盒还可包括进行PCR反应和分子杂交的反应液。
[0057] 应用所述试剂盒的方法如下:以待测样品的基因组DNA为模板,采用9个引物组合 物单元和不具有3' -5'外切核酸酶活性的DNA聚合酶,进行多重PCR扩增,将得到的多 重PCR扩增产物与通用芯片杂交,根据杂交结果确定是哪种基因。所述多重PCR扩增可在 一管中进行,也可分为多管进行多管多重PCR反应。具体可以分别采用所述引物组合物甲 和所述引物组合物乙进行多重PCR扩增。
[0058] 本发明还保护一种引物组,由第一个引物组合物单元、第二个引物组合物单元、第 三个引物组合物单元、第四个引物组合物单元、第五个引物组合物单元、第六个引物组合物 单元、第七个引物组合物单元、第八个引物组合物单元和第九个引物组合物单元中的至少 一个引物组合物单元组成;每个所述引物组合物单元由两条特异性引物和一条共用引物组 成;
[0059] 第一个引物组合物单元中:一条特异性引物的序列为Tagl序 列-CTGAAAAACAACCATTGTCCG,另一条特异性引物为 Tag2 序列-CTGAAAAACAACCATTTGCCA,共 用引物的序列为TCAAGTGGTTCTCGTGCCTC ;
[0060] 第二个引物组合物单元中:一条特异性引物的序列为Tag3序 列-GACCTCCCATCCTAGTCCAA£A,另一条特异性引物的序列为Tag4序 列-GACCTCCCATCCTAGTCCAAIG,共用引物的序列为 AGGTCTAAGATGAAAAGCAGGGC ;
[0061] 第三个引物组合物单元中:一条特异性引物的序列为Tag5序 列-GCACGAGGTCCAGAGAT£CA,另一条特异性引物的序列为Tag6序 列-TGCACGAGGTCCAGAGATAIC,共用引物的序列为 CACCCGGTGATGGTAGAGG ;
[0062] 第四个引物组合物单元中:一条特异性引物的序列为Tag7序 列-CAGGGTCCGGCCACIC,另一条特异性引物的序列为Tag8序列-CAGGGTCCGGCCACIT,共用引 物的序列为 GACATTGTGCTCCCAGACGG ;
[0063] 第五个引物组合物单元中:一条特异性引物的序列为Tag9序 列-CCCAGAAGACTCAGAGAA£CAG,另一条特异性引物的序列为TaglO序 列-GCCCAGAAGACTCAGAGA£ACAA,共用引物的序列为 TGAACTACTGGGCTAAGGGGAC ;
[0064] 第六个引物组合物单元中:一条特异性引物的序列为Tagll序 列-CCCACTATCATTGATTATTTCCG,另一条特异性引物的序列为Tagl2序 列-CCACTATCATTGATTATTSCCCA,共用引物的序列为 GCAATCAATAAAGTCCCGAGG ;
[0065] 第七个引物组合物单元中:一条特异性引物的序列为Tagl3序 列-GATTGTAAGCACCCCCAGG,另一条特异性引物的序列为TagH序 列-AGGATTGTAAGCACCCCATGA,共用引物的序列为 CACCCCATGGCTGTCTAGG ;
[0066] 第八个引物组合物单元中:一条特异性引物的序列为Tagl5序 列-A£TTGTGTCTTCTGTTCTCAAAGC,另一条特异性引物的序列为Tagl6序 列-TTTGTGTCTTCGSTTCTCAAAGT,共用引物的序列为 ACACGTGAAGGCAGGAATTG ;
[0067] 第九个引物组合物单元中:一条特异性引物的序列为Tagl7序 列-CCTCCCTCCTTCTCCATITAC,另一条特异性引物的序列为Tagl8序 列-CCTCCCTCCTTCTCCATGSAT,共用引物的序列为 TTCAGCTCTGTCCGATCTGG。
[0068] 以上序列均为Y - 3'方向。
[0069] 所有Tag序列两两之间的Tm值之差均小于等于5°C ;所有述Tag序列之间没有交 叉杂交且无发夹结构。
[0070] 所述Tagl序列至所述TaglS序列依次如序列表的序列1至序列表的序列18所示。
[0071] 所述第一个引物组合物单元、所述第二个引物组合物单元、所述第三个引物组合 物单元、所述第四个引物组合物单元和所述第五个引物组合物单元可以混合包
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