5.5% (其95%信 赖区间则分别为 70.2-79.8^及79.6-91.4);而分析50乂1、？4乂1、11?14、^?6-1^及￥1'1运5 个基因的甲基化状态W筛检样本有无 HSIL或see,各基因甲基化状态对HSIL或see的灵敏度 则介于57.4 %-76.2 %，其专一性介于88.1 % -100 % ;当同时合并HPV测试与个别甲基化指 针基因来检测疾病时(CPT)，其灵敏度可增加到85.8%-94.9%;而当循序合并(CST)HPV测 试与个别甲基化指针基因时，所有测试的专一性均为100% ;当同时合并（CPT)HPV测试与 S0X1、PAX1、LMX1AS个基因的甲基化状态测试，W筛检样本有无鱗状细胞癌（see)时，其灵 敏度可达100%，而W相同方法筛检样本中有无服IL或SC別寸，其灵敏度则为93.4%。
[0116]在W个别甲基化指针基因筛检鱗状细胞癌（see)的结果中，W单独检测PAX1基因 甲基化状态来筛检样本中有无鱗状细胞癌(see)的灵敏度为最高，其灵敏度可达94.4 % (其 95%信赖区间为90.0-98.8)，同样的，WPAX1基因甲基化状态筛检样本中有无服IL或see的 灵敏度也可达到76.2% (其95%信赖区间为69.7-82.7)，而两个测试的专一性则均为 100%。
[0117]
[om]
[0119] 实施例五卵巢肿瘤样本内目标基因的甲基化分析
[0120] W甲基化特异性PCR(MSP)分析目标基因在卵巢肿瘤样本中的甲基化状态，目标基 因的甲基化状态分析结果如表屯所示，分析在各卵巢肿瘤样本中S0XUPAX1W及LMX1A运3 个基因的甲基化状态，结果显示，SOXUPAXm及LMXIA运3个基因在所有的卵巢良性肿瘤及 卵巢边缘性肿瘤样本内，均不具甲基化现象;而在卵巢恶性肿瘤样本中，运3个基因甲基化 的频率则大幅增加，S0X1基因甲基化的频率为55.7 %，PAX1基因甲基化的频率为49.2 %， LMX1A基因甲基化的频率则为32.8%。
[0121] 表屯卵巢肿瘤样本中目标基因的甲基化状态分析
[0122]
[0123] 实施例六肝细胞样本内目标基因的甲基化分析
[0124] W甲基化特异性PCR(MSP)分析目标基因在肝细胞样本中的甲基化状态，目标基因 的甲基化状态分析结果如表八所示，在正常肝细胞样本中S0X1基因甲基化的频率为7.7 %， 相较之下，具有异常病变的肝细胞样本中，S0X1基因甲基化的频率则大幅提高，在慢性肝炎 样本、肝硬化样本W及肝癌样本中，S0X1基因甲基化的频率分别为33.3%、27.5%、53.7%。 另外，在正常肝细胞样本中NKX6-1基因甲基化的频率（10%)也明显比在肝癌样本中NKX6-1 基因甲基化的频率(57%)低。
[0125] 表八肝细胞样本中目标基因的甲基化状态分析
[0126]
[0127] 本发明所提供之癌症诊断的方法，与前述习用技术相互比较时，更具有下列之优 点：
[0128] 本发明所提供之癌症筛检的方法系W检体中特定基因的甲基化程度作为癌症有 无的诊断指针，与习用子宫颈抹片及人类乳突病毒检验化PV testing)方法比较，本发明之 癌症诊断方法的敏感性及专一性均较前述两者高。
[0129] 本发明所提供之癌症筛检的方法除了可作为第一线子宫颈癌的筛检之外，亦可合 并或辅助人类乳突病毒检验化PV testing)检验，作为第二线子宫颈癌的筛检，W达到更准 确之子宫颈癌筛检效果。
[0130] 本发明所提供之癌症诊断的方法除可应用在子宫颈癌的检测上，亦可应用于其它 癌症(如:卵巢癌、肝癌）的检测，W辅助异常检体之诊断。
[0131] 上列详细说明系针对本发明之一可行实施例之具体说明，惟该实施例并非用W限 制本发明之专利范围，凡未脱离本发明技艺精神所为之等效实施或变更，例如:受测者检体 中各目标基因甲基化程度的判断方式等变化之等效性实施例，均应包含于本案之专利范围 中。
【主权项】
1. 一种目标基因在制备用于癌症筛检试剂中的应用，其中所述癌症筛检试剂用于检测 受测检体内目标基因的CpG序列甲基化的状态，所述目标基因为SOX 1、PAX 1、LMX1A、NKX6-1、 WT-1或ONE⑶T1基因中至少一个。2. 根据权利要求1所述的应用，其特征在于所述受测检体为子宫颈抹片、腹水、血液、尿 液、粪便、痰、口腔黏膜细胞、胃液、胆汁、子宫颈上皮细胞或手术后的癌症组织离体样本。3. 根据权利要求1所述的应用，其特征在于所述目标基因的CpG序列甲基化状态检测方 法为甲基化特异性聚合酶连锁反应、定量甲基化特异性聚合酶连锁反应、亚硫酸盐定序、微 数组、质谱仪分析、变性高效液相色谱、焦磷酸定序。4. 根据权利要求1所述的应用，其特征在于所述目标基因 S0X1的核苷酸序列如SEQ ID No : 1所示;所述目标基因 PAX1的核苷酸序列如SEQ ID No: 2所示;所述目标基因 LMX1A的核 苷酸序列如SEQ ID N〇:3所示;所述目标基因 NKX6-1的核苷酸序列如SEQ ID N〇:4所示；所 述目标基因 WT1的核苷酸序列如SEQ ID N〇:5所示;所述目标基因 ONE⑶T1的核苷酸序列如 SEQIDNo:6**。5. 根据权利要求4所述的应用，其用于辨识目标基因甲基化序列的甲基化特异性聚合 酶连锁反应所使用的引物对序列为:所述目标基因 S0X1的引物对的核苷酸序列分别为SEQ ID No:7和SEQ ID No:8所示;所述目标基因 PAX1的引物对的核苷酸序列分别为SEQ ID No: 19和SEQ ID No:20所示;所述目标基因 LMX1A的引物对的核苷酸序列分别为SEQ ID No:11 和SEQ ID No:12所示;所述目标基因 NKX6-1的引物对的核苷酸序列分别为SEQ ID No:23和 SEQ ID No :24所示；所述目标基因 WT1的引物对的核苷酸序列分别为SEQ ID No :27和SEQ ID No :28所示；所述目标基因 ONE⑶ΤΙ的引物对的核苷酸序列分别为SEQ ID No :15和SEQ ID No :16所示。6. 根据权利要求4所述的应用，其用于辨识目标基因非甲基化序列的甲基化特异性聚 合酶连锁反应所使用的引物对序列为:所述目标基因 S0X1的引物对的核苷酸序列分别为 SEQ ID No:9和SEQ ID No:10所示；所述目标基因 PAXl的引物对的核苷酸序列分别为SEQ ID No:21和SEQ ID No:22所示;所述目标基因 LMX1A的引物对的核苷酸序列分别为SEQ ID No:13和SEQ ID No:14所示；所述目标基因 NKX6-1的引物对的核苷酸序列分别为SEQ ID No:25和SEQ ID No:26所示;所述目标基因 WT1的引物对的核苷酸序列分别为SEQ ID No:29 和SEQ ID No :30所示；所述目标基因 ONE⑶T1的引物对的核苷酸序列分别为SEQ ID No :17 和SEQ ID No :18所示。7. 根据权利要求4所述的应用，其用于辨识目标基因甲基化序列的亚硫酸盐所使用的 引物对序列为：所述目标基因 S0X1的引物对的核苷酸序列分别为SEQ ID N〇:31和SEQ ID No:32所示;所述目标基因 PAX1的引物对的核苷酸序列分别为SEQ ID No:37和SEQ ID No: 38或SEQ ID No:39和SEQ ID No:40所示;所述目标基因 LMX1A的引物对的核苷酸序列分别 为SEQ ID No:33和SEQ ID No:34所示;所述目标基因 NKX6-1的引物对的核苷酸序列分别为 SEQIDNo:41和SEQIDNo:42或SEQIDNo:43和SEQIDNo:44或所示；所述目标基因 m 的引物对的核苷酸序列分别为SEQIDNo:45和SEQIDNo:46所示;所述目标基因0NECUTl 的引物对的核苷酸序列分别为SEQ ID No:35和SEQ ID No:36所示。8. 根据权利要求4所述的应用，其用于辨识目标基因甲基化序列的定量甲基化特异性 聚合酶连锁反应所使用的引物对序列为:所述目标基因 S0X1的引物对的核苷酸序列分别为 SEQIDNo:47和SEQIDNo:48所示;所述目标基因 PAXl的引物对的核苷酸序列分别为SEQ ID No:53和SEQ ID No:54所示;所述目标基因 LMX1A的引物对的核苷酸序列分别为SEQ ID No:49和SEQ ID No:50所示；所述目标基因 NKX6-1的引物对的核苷酸序列分别为SEQ ID No:55和SEQ ID No:56所示;所述目标基因 WT1的引物对的核苷酸序列分别为SEQ ID No:57 和SEQ ID No :88所示；所述目标基因 ONE⑶T1的引物对的核苷酸序列分别为SEQ ID No :51 和SEQ ID No :52所示。
【专利摘要】一种癌症筛检的方法，包含下列步骤：(1)提供一受测检体；(2)检测该受测检体之基因组DNA中至少一个目标基因的CpG序列甲基化状态，该目标基因系由SOX1、PAX1、LMX1A、NKX6-1、WT1以及ONECUT1所组成；(3)根据目标基因甲基化状态的有无，判断该检体是否具有癌症或癌症前病变；甲基化状态检测方法为甲基化特异性聚合酶连锁反应、定量甲基化特异性聚合酶连锁反应、亚硫酸盐定序、微数组、质谱仪分析或变性高效液相色谱等。
【IPC分类】C12Q1/68
【公开号】CN105586408
【申请号】CN201610036909
【发明人】赖鸿政
【申请人】赖鸿政
【公开日】2016年5月18日
【申请日】2008年4月29日
【公告号】CN101570779A, CN101570779B