Cyp2c19*2 检测用探针及 cyp2c19*3 检测用探针的制作方法
【专利摘要】本发明提供了CYP2C19*2检测用探针及CYP2C19*3检测用探针，对CYP2C19基因的突变型等位基因CYP2C19*2及CYP2C19*3分别高精度地进行纯合子及杂合子的鉴别以及高精度地进行野生型等位基因的鉴别。含有由序列：5’?TTTCCCRGGAACC?3’或在该序列的两端添加1～5个碱基的序列构成的13～23个碱基长度的寡核苷酸，含有由序列：5’?CCCCCTGRATCCAGG?3’或在该序列的两端添加1～5个碱基的序列构成的、整体为15～25个碱基长度的寡核苷酸。
【专利说明】
CYP2C19巧检测用探针及CYP2C19巧检测用探针
技术领域
[0001 ]本发明设及一种用于判定参与药物代谢的酶的细胞色素 P450 2C19(CYP2C19)基 因中存在的突变型等位基因：CYP2C19巧的CYP2C19巧检测用探针及CYP2C19*3的CYP2C19*3 检测用探针。
【背景技术】
[0002] 细胞色素 P450(CYP)为参与药物代谢的酶。报导在细胞色素 P450中有20种W上的 分子类型，W在乂YP"后紧接着表示家族的阿拉伯数字、表示亚家族的字母及表示分子类型 编号的阿拉伯数字的组合来标示。其中，已知CYP2C19参与奥美拉挫及兰索拉挫之类的胃酸 抑制药、作为催眠镇痛药的地西泮、作为抗癒痛药的苯妥英、作为抗抑郁药的丙咪嗦、作为 追疾治疗药的氯脈等许多药剂的代谢。
[0003] 另外，通过CYP2C19基因的突变分析，鉴定参与上述药物的代谢活性降低的基因突 变。具体而言，已知位于第5外显子的第681位的鸟嚷岭突变为腺嚷岭的多态性(G681A)。对 该单核巧酸多态性所赋予的rs号为rs4244285,将该多态性的突变等位基因记载为 CYP2C19*2,将野生型等位基因记载为CYP2C19*1。还已知位于第4外显子的第636位的鸟嚷 岭突变为腺嚷岭的多态性(G636A)，对该单核巧酸多态性所赋予的rs号为rs4986893,将该 多态性的突变等位基因记载为CYP2C19*3。
[0004] 已知突变型等位基因 CYP2C19*2及CYP2C19*3均为缺失酶活性的突变，与具有野生 型等位基因纯合子的个体相比，具有CYP2C19*2纯合子的个体、具有CYP2C19*3纯合子的个 体、具有CYP2C19*2及CYP2C19*3的个体，其上述药剂的代谢速度延迟。予W说明，具有 CYP2C19*2杂合子及CYP2C19*3杂合子的任一个的个体，为介于具有野生型等位基因纯合子 的个体和具有CYP2C19*2纯合子的个体、具有CYP2C19*3纯合子的个体、具有CYP2C19*2及 CYP2C19*3的个体的中间的代谢速度。
[0005] 如此，关于CYP2C19参与代谢的药剂，通过检查药物施用对象中的CYP2C19基因的 单核巧酸多态性，可W确定适当的药物施用量。
[0006] 例如，在专利文献1中公开了将含有CYP2C19巧及CYP2C19*3的CYP2C19基因的多态 性进行分型，基于其评价对抗血小板剂(特别是氯化格雷)的应答的技术。但是，在专利文献 1中，关于用于检测运些CYP2C19巧及CYP2C19*3的探针等，没有被公开。
[0007] 另外，在专利文献2中，公开了基于含有CYP2C19巧及CYP2C19*3的CYP2C19基因、或 其它基因中所含的多态性，选择给予患者的药物(例如精神药物)的方法。但是，在专利文献 2中，关于用于检测运些CYP2C19巧及CYP2C19*3的探针等，没有被公开。
[000引现有技术文献
[0009] 专利文献
[0010] 专利文献1:日本特表2011-512788公报
[0011] 专利文献2:日本特表2007-525154公报
【发明内容】
[0012] 发明所要解决的课题
[0013] 然而，目前，对CYP2C19基因中的突变型等位基因 CYP2C19*2及CYP2C19*3高精度地 进行纯合子及杂合子的鉴别、W及野生型等位基因的鉴别的技术不为人知。
[0014] 因此，本发明的目的在于，鉴于上述情况，提供一种可W对CYP2C19基因中的突变 型等位基因 CYP2C19*2及CYP2C19*3分别高精度地进行纯合子及杂合子的鉴别W及野生型 等位基因的鉴别的CYP2C19*2检测用探针及CYP2C19*3检测用探针、W及使用它们获得用于 预测药物代谢能力的数据的方法。
[0015] 用于解决课题的技术方案
[0016] 本发明人等为了达到上述的目的，进行了深入研究，结果发现了能够检测CYP2C19 基因中的突变型等位基因 CYP2C19*2及CYP2C19*3的适当的碱基序列，直至完成本发明。予 W说明，用于判定多态性基因型的探针并不是只要阐明多态性在基因中的位置、就可W任 意地制造，需要寻找针对每个该多态性突变的具有适当的碱基序列的探针。
[0017] (1)-种CYP2C19*2检测用探针，其含有由序列：5 ' -TTTCCCRGGAACC-3 '（序列号1，R 为A或G)或与该序列互补的序列构成的、或由在该序列或该互补的序列的两端添加1~5个 碱基的序列构成的、整体为13~23个碱基长度的寡核巧酸。
[0018] (2)如（1)所述的CYP2C19巧检测用探针，其特征在于，上述寡核巧酸的碱基序列为 在序列号1所示的碱基序列的5 '末端添加 A、5 ' -TA-3 '、5 ' -TTA-3 '、5 ' -ATTA-3 '及5 ' -GATTA- 3'中的任一个、在上述序列的3'末端添力日C、5 ' -CA-3 '、5 '-CAT-3 '、5 '-CATA-3'及5 ' -CATAA- 3'中的任一个的碱基序列或与该碱基序列互补的序列。
[0019] (3)如（1)所述的CYP2C19巧检测用探针，其特征在于，上述寡核巧酸的碱基序列为 序列号2~6中的任一个的碱基序列或与该碱基序列互补的序列：
[0020] ATTTCCCRGGAACCC(序列号2)
[0021] TATTTCCCRGGAACCCA(序列号3)
[0022] TTATTTCCCRGGAACCCAT (序列号4)
[0023] ATTATTTCCCRGGAACCCATA (序列号 5)
[0024] GATTATTTCCCRGGAACCCATAA(序列号6)。
[0025] (4) 一种CYP2C19*3检测用探针，其含有由序列：5 ' -CCCCCTGRATCCAGG-3 '（序列号 7，R为A或G)或与该序列互补的序列构成的、或由在该序列或该互补的序列的两端添加1~5 个碱基的序列构成的、整体为15~25个碱基长度的寡核巧酸。
[0026] (5)如(4)所述的CYP2C19*3检测用探针，其特征在于，上述寡核巧酸的碱基序列为 在序列号7所示的碱基序列的5 '末端添加 A、5 ' -CA-3 '、5 ' -GCA-3 '、5 ' -AGCA-3 '及5 ' -AAGCA- 3 '中的任一个、在上述序列的3 '末端添力日T、5 ' -TA-3 '、5 ' -TAA-3 '、5 ' -TAAG-3 '及5 ' -TAAGG- 3'中的任一个的碱基序列或与该碱基序列互补的序列。
[0027] (6)如(4)所述的CYP2C19*3检测用探针，其特征在于，上述寡核巧酸的碱基序列为 序列号8~13中的任一个的碱基序列或与该碱基序列互补的序列：
[002引 ACCCCCTGRATCCAGGT(序列号8)
[00 巧]CACCCCCTGRATCCAGGTA(序列号9)
[0030] CACCCCCTGRATCCAGGTAA (序列号 10)
[0031] GCACCCCCTGRATCCAGGTAA(序列号11)
[0032] AGCACCCCCTGRATCCAGGTAAG (序列号 12)
[0033] AAGCACCCCCTGRATCCAGGTAAGG(序列号13)。
[0034] (7)-种微阵列，其具有上述（1)~（3)中任一项所述的CYP2C19*2检测用探针和/ 或上述(4)~(6)中任一项所述的CYP2C19*3检测用探针。
[0035] (8)-种获得用于预测药物代谢能力的数据的方法，所述方法判定rs4244285的基 因型，其中，所述方法包括：
[0036] 将来自受试者的基因组作为模板，扩增含有CYP2C19基因中的由rs4244285标识的 多态性位点的核酸片段的工序；
[0037] 使得到的核酸片段与上述（1)~（3)中任一项所述的CYP2C19*2检测用探针接触的 工序；
[0038] 检测得到的核酸片段与上述CYP2C19巧检测用探针的杂交的工序。
[0039] (9)如(8)所述的获得用于预测药物代谢能力的数据的方法，其特征在于，在上述 rs4244285的基因型为突变型等位基因 CYP2C19*2的纯合子或杂合子的情况下，判定为药剂 代谢能力低。
[0040] (10)如(8)所述的获得用于预测药物代谢能力的数据的方法，其特征在于，作为上 述CYP2C19*2检测用探针，使用与由rs4244285标识的多态性的野生型等位基因对应的寡核 巧酸和与突变型等位基因对应的寡核巧酸。
[0041] (11)如（8)所述的获得用于预测药物代谢能力的数据的方法，其特征在于，与由 rs4244285标识的多态性的野生型等位基因对应的上述寡核巧酸和与突变型等位基因对应 的上述寡核巧酸长度相同或相差2个碱基W内。
[0042] (12)-种获得用于预测药物代谢能力的数据的方法，所述方法判定rs4986893的 基因型，其中，所述方法包括：
[0043] 将来自受试者的基因组作为模板，扩增含有CYP2C19基因中的由rs4986893标识的 多态性位点的核酸片段的工序；
[0044] 使得到的核酸片段与上述(4)~(6)中任一项所述的CYP2C19*3检测用探针接触的 工序；
[0045] 检测得到的核酸片段与上述CYP2C19*3检测用探针的杂交的工序。
[0046] (13)如（12)所述的获得用于预测药物代谢能力的数据的方法，其特征在于，在上 述rs4986893的基因型为突变型等位基因 CYP2C19*3的纯合子或杂合子的情况下，判定为药 剂代谢能力低。
[0047] (14)如（12)所述的获得用于预测药物代谢能力的数据的方法，其特征在于，作为 上述CYP2C19*3检测用探针，使用与由rs4986893标识的多态性的野生型等位基因对应的寡 核巧酸和与突变型等位基因对应的寡核巧酸。
[0048] (15)如（12)所述的获得用于预测药物代谢能力的数据的方法，其特征在于，与由 rs4986893标识的多态性的野生型等位基因对应的上述寡核巧酸和与突变型等位基因对应 的上述寡核巧酸长度相同或相差2个碱基W内。
[0049] (16)如(8)或（12)所述的获得用于预测药物代谢能力的数据的方法，其特征在于， 使用上述(7)所述的微阵列。
[0050] (17)如(8)或（12)所述的获得用于预测药物代谢能力的数据的方法，其特征在于， 在上述扩增核酸片段的工序中得到的核酸片段具有巧光标记，在上述检测杂交的工序中测 定该巧光标记的巧光强度值。
[0051] (18)如(8)或（12)所述的获得用于预测药物代谢能力的数据的方法，其特征在于， 上述药物为奥美拉挫和/或兰索拉挫。
[0052] 发明效果
[0化3] 本发明的CYP2C19*2检测用探针及CYP2C19*3检测用探针能够与扩增CYP2C19基因 中的含有rs4244285的区域获得的核酸片段及扩增CYP2C19基因中的含有rs4986893的区域 获得的核酸片段、根据rs4244285的基因型及rs4986893的基因型分别特异性地杂交。因此， 通过利用本发明的CYP2C19*2检测用探针及CYP2C19*3检测用探针，能够通过杂交运样的简 单的处理高精度地判定rs4244285的基因型及rs4986893的基因型。
[0化4] 另外，由于本发明的DNA忍片具备上述CYP2C19*2检测用探针和/或CYP2C19*3检测 用探针，因此，可W在判定rs4244285的基因型和/或rs4986893的基因型时利用。即，通过利 用本发明的DNA忍片，能够通过简单的处理高精度地判定rs4244285的基因型和/或 rs4986893的基因型。
[0055]进而，本发明的获得用于预测药物代谢能力的数据的方法利用了使用上述 CYP2C19*2检测用探针和/或CYP2C19*3检测用探针，对受试者的基因组中的rs4244285的基 因型和/或rs4986893的基因型进行简便且高精度地判定的结果。因此，根据本发明的获得 用于预测药物代谢能力的数据的方法，可W通过简单的处理而得到该数据。
【具体实施方式】
[0化6] 本发明的CYP2C19*2检测用探针及CYP2C19*3检测用探针分别检测rs4244285的基 因型和/或rs4986893的基因型。
[0057] CYP2C19巧检测用探针包含由与含有由rs4244285标识的单核巧酸多态性的规定 的区域对应的序列：5 ' -TTTCCCRGGAACC-3 '（序列号1，R为A或G)或与该序列互补的序列构成 的、或由在该序列或该互补的序列的两端添加1~5个碱基的序列构成的、整体为13~23个 碱基长度的寡核巧酸。
[0化引换句话说，本发明的CYP2C19巧检测用探针既可W为由序列：TTTCCCRGGAACC构成 的寡核巧酸，也可W为由在序列：TTTCCCRGGAACC的3 '末端和/或5 '末端添加1~5个碱基的 序列构成的寡核巧酸。在此，可W在序列：TTTCCCRGGAACC的5 '末端添加的1~5个碱基具体 而言为A、5'-TA-3'、5'-TTA-3'、5'-ATTA-3'及5'-GATTA-3'。另外，可 W在序列： TTTCCCRGGAACC的3 ' 末端添加的 1 ~5个碱基具体而言为C、5 ' -CA-3 '、5 ' -CAT-3 '、5 ' -CATA- 3'及5'-〔八1八八-3'。
[0059] 或者，本发明的CYP2C19*2检测用探针既可W为由序列：TTTCCCRGGAACC的互补序 列构成的寡核巧酸，也可W为由在序列：TTTCCCRGGAACC的互补序列的3'末端和/或5'末端 添加1~5个碱基的序列构成的寡核巧酸。在此，可W在序列：TTTCCCRGGAACC的互补序列的 5 ' 末端添加的 1 ~5个碱基具体而言为A、5 ' -TA-3 '、5 ' -TTA-3 '、5 ' -ATTA-3 ' 及5 ' -GATTA-3 ' 的互补链。另外，可W在序列：TTTCCCRGGAACC的互补序列的3 '末端添加的1~5个碱基具体 而言为C、5 ' -CA-3 '、5 ' -CAT-3 '、5 ' -CATA-3 ' 及5 ' -CATAA-3 ' 的互补链。
[0060]更具体而言，作为本发明的CYP2C19巧检测用探针，优选设为由序列号1~6中的任 一个的碱基序列构成的寡核巧酸：
[0061 ] 5 ' -TTTCCCRGGAACC-3 '（序列号 1)
[0062] 5'-ATTTCCCRGGAACCC-3'（序列号2)
[0063] 5'-TATTTCCCRGGAACCCA-3'（序列号3)
[0064] 5'-TTATTTCCCRGGAACCCAT-3'（序列号4)
[00化]5'-ATTATTTCCCRGGAACCCATA-3'（序列号5)
[0066] 5'-GATTATTTCCCRGGAACCCATAA-3'（序列号6)。
[0067] rs4244285为位于CYP2C19基因的第5外显子的单核巧酸多态性，野生型的第681位 为鸟嚷岭(G)，记载为野生型等位基因：CYP2C19*1，突变型为腺嚷岭(A)，记载为突变型等位 基因：CYP2C19*2。已知突变型等位基因：CYP2C19巧作为使药物的代谢延迟的突变。因此，已 知具有突变型等位基因：CYP2C19*2纯合子或杂合子的个体与具有野生型等位基因纯合子 的个体相比，药物代谢延迟。
[0068] 另一方面，CYP2C19*3检测用探针包含由与含有由rs4986893标识的单核巧酸多态 性的规定的区域对应的序列:5 ' -CCCCCTGRATCCAGG-3 '（序列号7，R为A或G)或与该序列互补 的序列构成的、或由在该序列或该互补的序列的两端添加1~5个碱基的序列构成的、整体 为15~25个碱基长度的寡核巧酸。
[0069] 换句话说，本发明的CYP2C19*3检测用探针既可W为由序列：CCCCCTGRATCCAGG构 成的寡核巧酸，也可W为由在序列：CCCCCTGRATCCAGG的3 '末端和/或5 '末端添加1~5个碱 基的序列构成的寡核巧酸。在此，可W在序列：CCCCCTGRATCCAGG的5 '末端添加的1~5个碱 基具体而言为A、5'-CA-3'、5'-GCA-3'、5'-AGCA-3'及5'-AAGCA-3'。另外，可W在序列： CCCCCTGRATCCAGG的3 '末端添加的1~5个碱基具体而言为T、5 ' -TA-3 '、5 ' -TAA-3 '、5 ' - 1八八6-3'及5'-1八八66-3'。
[0070] 或者，本发明的CYP2C19*3检测用探针既可W为由序列：CCCCCTGRATCCAGG的互补 序列构成的寡核巧酸，也可W为由在序列：CCCCCTGRATCCAGG的互补序列的3'末端和/或5' 末端添加1~5个碱基的序列构成的寡核巧酸。在此，可W在序列：CCCCCTGRATCCAGG的互补 序列的5 '末端添加的1~5个碱基具体而言为A、5 ' -CA-3 '、5 ' -GCA-3 '、5 ' -AGCA-3 '及5 ' - AAGCA-3 '的互补链。另外，可W在序列：CCCCCTGRATCCAGG的互补序列的3 '末端添加的1~5 个碱基具体而言为T、5 ' -TA-3 '、5 ' -TAA-3 '、5 ' -TAAG-3 ' 及5 ' -TAAGG-3 ' 的互补链。
[0071] 更具体而言，作为本发明的CYP2C19*3检测用探针，优选设为由序列号7~13中的 任一个的碱基序列构成的寡核巧酸：
[0072] 5'-CCCCCTGRATCCAGG-3'（序列号7)
[0073] 5'-ACCCCCTGRATCCAGGT-3'（序列号8)
[0074] 5'-CACCCCCTGRATCCAGGTA-3'（序列号9)
[0075] 5'-CACCCCCTGRATCCAGGTAA-3'（序列号 10)
[0076] 5 ' -GCACCCCCTGRATCCAGGTAA-3 '（序列号 11)
[0077] 5 ' -AGCACCCCCTGRATCCAGGTAAG-3 '（序列号 12)
[007引 5 ' -AAGCACCCCCTGRATCCAGGTAAGG-3 '（序列号 13)。
[00巧]rs4986893为位于CYP2C19基因的第4外显子的单核巧酸多态性，野生型的第636位 为鸟嚷岭(G)，记载为野生型等位基因：CYP2C19*1，突变型为腺嚷岭(A)，记载为突变型等位 基因：CYP2C19*3。已知具有突变型等位基因：CYP2C19*3纯合子或杂合子的个体与具有野生 型等位基因纯合子的个体相比，药物代谢延迟。
[0080] 在此，作为CYP2C19参与代谢的药剂，可W列举：奥美拉挫及兰索拉挫之类的胃酸 抑制药、作为催眠镇痛药的地西泮、作为抗癒痛药的苯妥英、作为抗抑郁药的丙咪嗦、吗氯 贝胺及氯米帕明、作为追疾治疗药的氯脈、作为肌松弛药的肌安宁、作为抗真菌药的伏立康 挫等。
[0081] 本发明的CYP2C19*2检测用探针及CYP2C19*3检测用探针优选为核酸，更优选为 DNA。在DNA中既包含双链，也包含单链，但本发明的CYP2C19*2检测用探针及CYP2C19*3检测 用探针优选单链DNA。
[0082] 本发明的CYP2C19*2检测用探针及CYP2C19*3检测用探针例如可W通过利用核酸 合成装置化学合成而获得。作为核酸合成装置，可W使用被称为DNA合成仪、全自动核酸合 成设备、核酸自动合成设备等的设备。
[0083] 本发明的CYP2C19*2检测用探针及CYP2C19*3检测用探针优选通过将其5'末端在 载体上固定化、W微阵列（例如DNA忍片）的形式使用。此时，微阵列优选具有由与作为 rs4244285的基因型中的野生型等位基因的鸟嚷岭对应的序列的寡核巧酸和与作为突变型 等位基因的腺嚷岭对应的序列的寡核巧酸构成的一对CYP2C19*2检测用探针、W及由与作 为rs4986893的基因型中的野生型等位基因的鸟嚷岭对应的序列的寡核巧酸和与作为突变 型等位基因的腺嚷岭对应的序列的寡核巧酸构成的一对CYP2C19*3检测用探针。
[0084] 通过针对CYP2C19*2检测用探针及CYP2C19*3检测用探针分别利用与野生型和突 变型对应的一对探针，可W准确地鉴定rs4244285为腺嚷岭的纯合子、或为鸟嚷岭的纯合 子、或为腺嚷岭和鸟嚷岭的杂合子、或进而rs4986893为腺嚷岭的纯合子、或为鸟嚷岭的纯 合子、或腺嚷岭和鸟嚷岭的杂合子。
[0085] 在此，与作为rs4244285的基因型中的野生型等位基因的鸟嚷岭对应的序列的寡 核巧酸、和与作为突变型等位基因的腺嚷岭对应的序列的寡核巧酸优选为长度相差2个碱 基W内，更优选为长度相同。同样地，与作为rs4986893的基因型中的野生型等位基因的鸟 嚷岭对应的序列的寡核巧酸、和与作为突变型等位基因的腺嚷岭对应的序列的寡核巧酸优 选为长度相差2个碱基W内，更优选为长度相同。
[0086] 另外，微阵列可W仅具有与作为rs4244285的基因型中的突变型的腺嚷岭对应的 序列的寡核巧酸作为CYP2C19*2检测用探针。运是因为，rs4244285的至少一个等位基因为 腺嚷岭时，即rs4244285的基因型为A/A(腺嚷岭的纯合子）或A/G (腺嚷岭和鸟嚷岭的杂合 子)时，可W判断为药物代谢延迟。
[0087] 进而，同样地，微阵列可W仅具有与作为rs4986893的基因型中的突变型的腺嚷岭 对应的序列的寡核巧酸作为CYP2C19*3检测用探针。运是因为，rs4986893的至少一个等位 基因为腺嚷岭时，即rs4986893的基因型为A/A(腺嚷岭的纯合子)或A/G(腺嚷岭和鸟嚷岭的 杂合子)时，可W判断为药物代谢延迟。
[0088] 作为载体的材料，可W使用该技术领域中公知的物质，没有特别限制。可列举例 如：销、销黑、金、钮、锭、银、隶、鹤及其化合物等贵金属、及W石墨、碳纤维为代表的碳等导 电体材料；W单晶娃、非晶娃、碳化娃、氧化娃、氮化娃等为代表的娃材料、WSOI (绝缘衬底 上的娃)等为代表的运些娃材料的复合原料;玻璃、石英玻璃、氧化侣、蓝宝石、陶瓷、儀橄揽 石、感光玻璃等无机材料;聚乙締、乙締、聚丙締、环状聚締控、聚异下締、聚对苯二甲酸乙二 醋、不饱和聚醋、含氣树脂、聚氯乙締、聚偏氯乙締、聚乙酸乙締醋、聚乙締醇、聚乙締基醇缩 乙醒、丙締酸树脂、聚丙締腊、聚苯乙締、缩醒树脂、聚碳酸醋、聚酷胺、酪醒树脂、脈树脂、环 氧树脂、=聚氯胺树脂、苯乙締?丙締腊共聚物、丙締腊?下二締苯乙締共聚物、聚苯酸及 聚讽等有机材料等。载体的形状也没有特别限制，优选为平板状。
[0089] 在本发明中，作为载体，优选使用在表面具有碳层和化学修饰基团的载体。在表面 具有碳层和化学修饰基团的载体中包含:在衬底的表面具有碳层和化学修饰基团的载体、 及在由碳层构成的衬底的表面具有化学修饰基团的载体。作为衬底的材料，可W使用该技 术领域中公知的物质，没有特别限制，可W使用与作为上述的载体材料列举的材料同样的 材料。
[0090] 在本发明的微阵列中，优选使用具有精细的平板状的结构的载体。形状并不限定 于长方形、正方形及圆形等，通常使用1~75mm见方的材料、优选1~10mm见方的材料、更优 选3~5mm见方的材料。从容易制造精细的平板状的结构的载体方面考虑，优选使用由娃材 料或树脂材料构成的衬底，特别更优选在由单晶娃构成的衬底的表面具有碳层及化学修饰 基团的载体。在单晶娃中还包含在局部极少地改变结晶轴的方向的物质(有时称为嵌镶晶 体）、或含有W原子尺度的错乱(晶体缺陷）的物质。
[0091] 作为本发明中形成于衬底上的碳层，没有特别限制，优选使用合成金刚石、高压合 成金刚石、天然金刚石、软金刚石(例如类金刚石碳）、无定形碳、碳系材料(例如石墨、富勒 締、碳纳米管）中的任一个、它们的混合物、或使运些物质层叠而成的物质。另外，可W使用 碳化给、碳化妮、碳化娃、碳化粗、碳化社、碳化铁、碳化轴、碳化鹤、碳化错、碳化钢、碳化铭、 碳化饥等碳化物。在此，软金刚石为所谓的类金刚石碳(DLC:Diamond Like化rbon)等作为 金刚石和碳的混合物的不完全金刚石结构的总称，其混合比例没有特别限定。碳层在W下 方面是有利的：化学的稳定性优异、可W耐受其后的化学修饰基团的导入或与分析对象物 质的键合中的反应方面;通过与分析对象物质静电键合而键合、因此其键合具有柔软性方 面;不吸收UV、因此相对于检测类UV为透明的方面;及在电印迹时在可通电的方面。另外，在 与分析对象物质的键合反应中，在非特异性的吸附少方面也是有利的。如上所述，可W使用 衬底自身由碳层构成的载体。
[0092] 本发明中碳层的形成可W利用公知的方法来进行。可列举例如:微波等离子体CVD (化学气相沉积（畑emical vapor deposit))法、ECRCVD(电子回旋共振化学气相沉积 (Electric 巧clotron resonance chemical vapor deposit))法、ICP(电感禪合等离子体 (Inductive coupled plasma))法、直流瓣射法、ECR(电子回旋共振化lectric 巧clotron resonance))瓣射法、电离蒸锻法、电弧蒸锻法、激光蒸锻法、EB (电子束化1 eCtron beam)) 蒸锻法、电阻加热蒸锻法等。
[0093] 在高频等离子体CVD法中，通过因高频率而在电极间产生的辉光放电将原料气体 (甲烧)进行分解，在衬底上合成碳层。在电离蒸锻法中，利用由鹤丝生成的热电子，将原料 气体(苯)进行分解、电离，利用偏压在衬底上形成碳层。在由1%~99% (体积）的氨气和剩 余99 %~1 % (体积)的甲烧气体构成的混合气体中，可W利用电离蒸锻法形成碳层。
[0094] 在电弧蒸锻法中，通过在固体石墨材料（阴极蒸发源)和真空容器（阳极)之间施加 直流电压而在真空中引起电弧放电，从阴极中产生碳原子的等离子体，通过对衬底施加与 蒸发源相比进一步负的偏压，可W向衬底加速等离子体中的碳离子而形成碳层。
[0095] 在激光蒸锻法中，例如将Nd:YAG激光（脉冲振动）光照射于石墨的祀板而使其烙 融，使碳原子沉积在玻璃衬底上，由此可W形成碳层。
[0096] 在衬底的表面形成碳层的情况下，碳层的厚度通常为单分子层~100皿左右，当其 过薄时，有可能底层衬底的表面局部地露出，相反，当其变厚时，生产性变差，因此，优选为 2nm~1皿，更优选为5nm~500nm。
[0097] 通过在形成了碳层的衬底的表面导入化学修饰基团可W将寡核巧酸探针在载体 上牢固地固定化。就导入的化学修饰基团而言，只要是本领域技术人员，就可W适当选择， 没有特别限制，可列举例如:氨基、簇基、环氧基、甲酯基、径基及活性醋基。
[0098] 氨基的导入例如可W通过将碳层在氨气中进行紫外线照射或通过进行等离子体 处理而实施。或者，可W通过将碳层在氯气中照射紫外线而氯化、进一步在氨气中进行紫外 线照射而实施。或者，也可W通过在甲二胺、乙二胺等多元胺类气体中与氯化的碳层反应而 头施。
[0099] 簇基的导入例如可W通过使适当的化合物与如上述那样氨基化的碳层反应而实 施。作为为了导入簇基而使用的化合物，可列举例如:式:X-R1-C00H试中，X表示面原子，R1 表示碳原子数为10~12的2价控基)所示的面代簇酸、例如氯乙酸、氣乙酸、漠乙酸、舰乙酸、 2-氯丙酸、3-氯丙酸、3-氯丙締酸、4-氯苯甲酸;式:册0C-R2-C00H(式中，R2表不单键或碳原 子数为1~12的2价控基)所示的二簇酸、例如草酸、丙二酸、班巧酸、马来酸、富马酸、邻苯二 甲酸；聚丙締酸、聚甲基丙締酸、偏苯S酸、下烧四簇酸等多元簇酸；式:R3-C0-R4-C00H(式 中，R3表示氨原子或碳原子数为1~12的2价控基、R4表示碳原子数为1~12的2价控基)所示 的酬酸或醒酸;式:X-0C-R5-C00H(式中，X表示面原子，R5表示单键或碳原子数为1~12的2 价控基)所示的二簇酸的单面化物、例如班巧酸单氯化物、丙二酸单氯化物;邻苯二甲酸酢、 班巧酸酢、草酸酢、马来酸酢、下烧四簇酸酢等酸酢。
[0100] 环氧基的导入例如可W通过使适当的多价环氧化合物与如上述那样氨基化的碳 层反应而实施。或者，可W通过使有机过酸与碳层含有的碳=碳双键反应而得到。作为有机 过酸，可列举:过乙酸、过苯甲酸、二过氧化邻苯二甲酸、过甲酸、=氣过乙酸等。
[0101] 甲酯基的导入例如可W通过使戊二醒与如上述那样氨基化的碳层反应而实施。
[0102] 径基的导入例如可W通过将水与如上述那样氯化的碳层反应而实施。
[0103] 活性醋基是指:在醋基的醇侧具有酸度高的吸电子基团并激活亲核反应的醋基， 即反应活性高的醋基。为在醋基的醇侧具有吸电子性的基团、与烷基醋相比被激活的醋基。 活性醋基具有对氨基、硫醇基、径基等基团的反应性。更具体而言，已知苯酪醋、苯硫酪醋 (予才7工7-瓜工ステ瓜KN-径基胺醋（N-t K 口年シアミシ工ステ瓜）、氯基甲醋、杂环 径基化合物的醋等作为具有比烷基醋等高得多的活性的活性醋基。更具体而言，作为活性 醋基，可列举例如：对硝基苯基、N-径基班巧酷亚胺基、班巧酷亚胺基、邻苯二甲酯亚胺基、 5-降冰片締-2，3-二甲酯亚胺基等，特别优选使用N-径基班巧酷亚胺基。
[0104] 活性醋基的导入例如可W通过将如上述那样导入的簇基用氨基氯或碳化二亚胺 (例如1-[3-(二甲基氨基)丙基]-3-乙基碳二亚胺)等脱水缩合剂与N-径基班巧酷亚胺等化 合物进行活性醋化而实施。通过该处理，可W经由酷胺键而在控基的末端形成键合有N-径 基班巧酷亚胺基等活性醋基的基团（日本特开2001-139532)。
[0105] 将本发明的检测用探针溶解于点样用缓冲液而制备点样用溶液，将其分注于96孔 或384孔塑料板，将分注的溶液利用点样装置等在载体上进行点样，由此可W制造在载体上 固定化有多态性检测用探针的微阵列。或者，可W用微量移液器W手动点样点样溶液。
[0106] 点样后，为了进行检测用探针键合于载体的反应，优选进行解育。解育在通常一20 ~100°C、优选0~90°C的溫度下经通常0.5~16小时、优选1~2小时而进行。解育优选在高 湿度的氛围下、例如湿度50~90%的条件下进行。为了在解育后紧接着除去在载体上没有 键合的DNA，优选使用洗涂液(例如50mM TBS/0.05 % Tween20、2 X SSC/0.2 % SDS溶液、超纯 水等)进行洗涂。
[0107] 另外，通过使用上述CYP2C19*2检测用探针及CYP2C19*3检测用探针或微阵列，可 W判定受试者（药物施用对象）中的由rs4244285标识的单核巧酸多态性的基因型及由 rs4986893标识的单核巧酸多态性的基因型。
[0108] 但是，通过使用上述CYP2C19*2检测用探针及CYP2C19*3检测用探针的任一个，可 W判定受试者（药物施用对象）中的由rs4244285标识的单核巧酸多态性的基因型及由 rs4986893标识的单核巧酸多态性的基因型中的任一个。
[0109] 特别优选在判定由rs4244285标识的单核巧酸多态性的基因型时，包括:从来自受 试者的试样中提取DNA的工序;将提取的DNA作为模板，扩增含有rs4244285的区域的工序； 使用上述CYP2C19*2检测用探针或微阵列，鉴定经扩增的核酸中所含的由rs4244285标识的 单核巧酸多态性的基因型的工序。
[0110] 同样地，在判定由rs4986893标识的单核巧酸多态性的基因型时，包括:从来自受 试者的试样中提取DNA的工序;将提取的DNA作为模板，扩增含有rs4986893的区域的工序； 使用上述CYP2C19*3检测用探针或微阵列，鉴定经扩增的核酸中所含的由rs4986893标识的 单核巧酸多态性的基因型的工序。
[0111] 予W说明，在同时判定由rs4244285标识的单核巧酸多态性的基因型及由 rs4986893标识的单核巧酸多态性的基因型时，包括:从来自受试者的试样中提取DNA的工 序；将提取的DNA作为模板，分别扩增含有rs4244285的区域和含有rs4986893的区域的工 序;使用上述CYP2C19巧检测用探针及CYP2C19*3检测用探针或微阵列分别鉴定经扩增的核 酸中所含的由rs4244285标识的单核巧酸多态性的基因型及由rs4986893标识的单核巧酸 多态性的基因型的工序。另外，此时，可W将提取的DNA作为模板，扩增含有rs4244285及 rs4986893的区域，使用上述CYP2C19*2检测用探针及CYP2C19*3检测用探针或微阵列分别 鉴定经扩增的核酸中所含的由rs4244285标识的单核巧酸多态性的基因型及由rs4986893 标识的单核巧酸多态性的基因型。
[0112] 受试者通常为人，对人种等没有特别限定，特别地为黄色人种，优选为东亚人种， 特别优选为日本人。来自受试者的试样没有特别限制。可列举例如血液相关试样(血液、血 清、血浆等）、淋己液、粪便、癌细胞、组织或器官的破碎物及提取物等。
[0113] 首先，从由受试者中采取的试样中提取DNA。作为提取方法，没有特别限定。可W采 用例如使用苯酪/氯仿、乙醇、氨氧化钢、CTAB等的DNA提取法。
[0114] 接着，将得到的DNA用作模板而进行含有rs4244285的区域或含有rs4986893的区 域的扩增反应、优选DM扩增。作为扩增反应，可W适用聚合酶链式反应(PCR)、LAMP(环介导 等溫扩增化oop-Mediated Isothermal Amplification))、ICAN(等溫的和嵌合引物起始的 核酉《扩增（Isothermal and Chimeric primer-initiated Amplification of Nucleic acids))法等。在扩增反应中，优选W可W识别扩增后的区域的方式添加标记。此时，作为标 记经扩增的核酸的方法，没有特别限定，既可W使用例如预先标记在扩增反应中使用的引 物的方法，也可W使用在扩增反应中将标记的核巧酸作为底物使用的方法。作为标记物质， 没有特别限定，可W使用放射性同位素或巧光染料、或者地高新配基(DIG)或生物素等有机 化合物等。
[0115] 另外，该反应体系为含有核酸扩增/标记中必需的缓冲剂、耐热性DNA聚合酶、扩增 区域中特异性的引物、标记的核巧=憐酸(具体而言添加巧光标记等的核巧=憐酸）、核巧 =憐酸及氯化儀等的反应体系。
[0116] 用于含有rs4244285的区域的扩增反应的引物只要可W特异性地扩增含有 rs4244285的区域，就没有特别限制，只要是本领域技术人员，就可W适当设计。可列举例如 由
[0117] 引物 1:5 ' -GAACGTGTGATTGGCAGAAA-3 '（序列号 14)及
[0118] 引物2:5 ' -TCGAAAACATGGAGTTGCAG-3 '（序列号 15)构成的引物组。
[0119] 用于含有rs4986893的区域的扩增反应的引物只要可W特异性地扩增含有 rs4986893的区域，就没有特别限制，只要是本领域技术人员，就可W适当设计。可列举例如 由
[0120] 引物 1:5 ' -CCCACGTATGTACCACCCA-3 '（序列号 16)及
[0121] 引物2:5 ' -TGTACGACACACAGCAACCT-3 '（序列号 17)构成的引物组。
[0122] 另外，利用引物扩增的核酸片段只要含有目的多态性（rs4244285和/或 rs4986893)，就没有特别限定，例如优选Ikbp W下，更优选80化P W下，进一步优选40化P W 下，特别优选2(K)bpW下。
[0123] 可W通过进行如上述那样得到的扩增核酸与本发明的CYP2C19*2检测用探针及 CYP2C19*3检测用探针的杂交反应，检测与CYP2C19*2检测用探针及CYP2C19*3检测用探针 杂交的核酸的量，例如通过检测标记来测定。就来自标记的信号而言，例如在使用巧光标记 的情况下，可W通过使用巧光扫描仪进行巧光信号检测，将其利用图像分析软件进行分析 而将信号强度数值化。另外，与CYP2C19*2检测用探针及CYP2C19*3检测用探针杂交的扩增 核酸也可W使用例如含有已知量的DNA的试样制作标准曲线而进行定量。杂交反应优选在 严格的条件下实施。严格的条件是指形成特异性的杂交、不形成非特异性的杂交的条件，例 如是指在50°C下进行16小时杂交反应之后，在2 X SSC/0.2%SDS、25°C、10分钟及2 X SSC、25 °C、5分钟的条件下洗涂的条件。或者，作为杂交的溫度，在盐浓度为0.5 XSS別寸，可W设为 45~60°C，在CYP2C19*2检测用探针及CYP2C19*3检测用探针的链长为短的情况下，更优选 使杂交溫度低于此溫度，在CYP2C19*2检测用探针及CYP2C19*3检测用探针的链长为长的情 况下，更优选使杂交溫度高于此溫度。可W肯定的是，盐浓度升高时，具有特异性的杂交溫 度升高，相反，盐浓度变低时，具有特异性的杂交溫度变低。
[0124] 在上述杂交反应中，优选使用本发明的CYP2C19*2检测用探针及CYP2C19*3检测用 探针在载体上被固定化的微阵列，使含有扩增核酸的溶液与该微阵列作用的方法。
[0125]本发明的获得用于预测药物代谢能力的数据的方法基于与本发明的CYP2C19巧检 测用探针及CYP2C19*3检测用探针杂交的上述扩增核酸的量，鉴别受试者的基因组中的 rs4244285的基因型和/或rs4986893的基因型是具有突变型等位基因的纯合子，还是具有 突变型等位基因的杂合子。
[01%] 而且，在具有rs4244285的基因型为突变型等位基因：CYP2C19巧纯合子或杂合子 的情况下，可W判断对该受试者而言药物代谢速度慢。因此，具有突变型等位基因： CYP2C19*2纯合子的个体及具有突变型等位基因：CYP2C19巧杂合子的个体与具有野生型等 位基因纯合子的个体相比，可W将上述的药物的施用量设为少量。
[0127] 特别在将具有突变型等位基因：CYP2C19巧纯合子的个体和具有突变型等位基因： CYP2C19巧杂合子的个体进行比较的情况下，可W判断具有突变型等位基因：CYP2C19巧纯 合子的个体中的药物代谢速度更慢。因此，针对具有突变型等位基因：CYP2C19*2纯合子的 个体的药物施用量可W设为比针对具有突变型等位基因：CYP2C19巧杂合子的个体的药物 施用量更少量。
[0128] 另一方面，对rs4986893的基因型也同样地，在具有突变型等位基因：CYP2C19*3纯 合子或杂合子的情况下，可W判断对受试者而言药物代谢速度慢。因此，具有突变型等位基 因：CYP2C19*3纯合子的个体及具有突变型等位基因：CYP2C19*3杂合子的个体与具有野生 型等位基因纯合子的个体相比，可W将上述的药物的施用量设为少量。另外，在将具有突变 型等位基因：CYP2C19*3纯合子的个体和具有突变型等位基因：CYP2C19*3杂合子的个体进 行比较的情况下，可W判断具有突变型等位基因：CYP2C19*3纯合子的个体中的药物代谢速 度更慢。因此，针对具有突变型等位基因：CYP2C19*3纯合子的个体的药物施用量可W设为 比针对具有突变型等位基因：CYP2C19*3杂合子的个体的药物施用量更少量。
[0129] 实施例
[0130] W下，通过实施例对本发明进一步详细地进行说明，但本发明的技术范围并不限 定于W下的实施例。
[0131] 实施例1
[0132] 在本实施例中，制作具有用于鉴别rs4244285的基因型的一对CYP2C19*2检测用探 针的DNA忍片。将DNA忍片携带的核酸探针的列表示于表1。
[0133] 表1
[0134]
0135 * *
[0135] 在本实施例中，通过PCR法扩增具有巧光标记的含有rs4244285的核酸片段，使得 到的核酸片段与如W上那样制作的DNA忍片作用，通过巧光强度检测核酸片段与多态性检 测用探针的杂交。
[0136] 就巧光标记的引物的制作而言，可W通过使用氨基标记的5'末端的表2所示的寡 核巧酸C2C192-R(生命技术日本制）和IC5-0SU(同仁化学研究所制）在憐酸缓冲液(P册.0) 中于4°C下反应1昼夜之后、使用MicroSpin G-25Columns(GE Healthcare制）进行纯化而制 作。通过测定得到的纯化产物的26化m及64化m的吸光度，算出引物的浓度及巧光染料的浓 度。
[0137] 表2 [013 引
[0139] 在得到的巧光标记的引物中加入巧光未标记的引物(C2C192-F)，将表2的浓度的 引物的每一个等量混合，调配引物混合物。在表3所示的条件下进行PCR。具体而言，对于 PCR，W表4所示的组成调配反应溶液，其中在反应管中分别加入作为野生型分析物(検体） 的具有制备成化g/化的野生型序列的质粒DM、具有突变型序列的质粒DNA及作为与杂合子 等效的进行了调配的质粒DNA各化L之后，使用热循环仪(ABI制)进行PCR。
[0140]
[0141]
[0142]
[0143] 0144 0145 0146
[0144] 1工TSiyuiiA丄力PT十1守判日、」。巧；…。、n亦:乂W，目兀，在设定于规定溫度（45、 50、55、60°C的任一个）的室（テ中シパ一）内载置湿箱(湿箱），将室及室箱（室箱)预先充分 进行预热。在新的样品管中放入杂交缓冲液(2.25 X SSC/0.23 %SDS) 1.化L和扩增产物化L 并进行混合。将该混合液中的化L滴加于DNA忍片上，盖上盖子，放入充分地进行了预热的湿 箱中，将湿箱载置于室内。其后，在规定溫度下使DNA忍片与扩增产物反应1小时。 其后，立即取下盖子，在1XSSC/0.1%SDS溶液中静置5分钟后，在室溫在1XSSC溶 液中静置，直至检测。在杂交的检测中使用BIOS册T(东洋钢板制）。此时，将曝光时间设定为 5秒。另外，由各点直径的像素的数值求出中值(中央値）。相同的探针点求出中值的平均值， 设为各点的输出值。
[0146] 在特异性的评价时，将各点的巧光强度值代入于W下的判定式，将得到的判定值 设为指标。
[0147]数1
[014 引
[0149] 本实施例中，将使杂交溫度变化而得到的判定值示于表5。另外，将与野生型等位 基因及突变型等位基因对应的一对CYP2C19*2检测用探针使用不同的碱基长度的寡核巧酸 时得到的判定值示于表6。
[0150] 表5
[0151]
[0152] 表6
[0153]
[0154] 上排:杂交溫度下排:碱基长度(野生型-突变型）
[0巧5]由表5可知：只要是在本实施例中设计的13~23个碱基的CYP2C19*2检测用探针， 则在45~60°C的杂交反应溫度下，由各基因型得到的判定值上可W观察到0.2W上的差，可 W鉴别基因型。另外，如表6所示，只要是在本实施例中设计的13~23个碱基的CYP2C19巧检 测用探针，则即使在碱基长度为2个碱基不同的情况下，也可确认具有特异性。
[0156] 实施例2
[0157] 在本实施例中，制作具有用于鉴别rs4986893的基因型的一对CYP2C19*3检测用探 针的DNA忍片。将DNA忍片携带的核酸探针的列表示于表7。
[015引 表7
[0159]
0160 0161 在本实施例中，通过PCR法扩增具有巧光标记的含有rs4986893的核酸片段，使得 到的核酸片段与如W上那样制作的DNA忍片作用，通过巧光强度检测核酸片段与多态性检 测用探针的杂交。
[0161] 就巧光标记的引物的制作而言，通过将用氨基标记的5'末端的表8所示的寡核巧 酸C2C193-R(生命技术日本制)和IC5-0SU(同仁化学研究所制)在憐酸缓冲液(p册.0)中在4 °C下反应1昼夜之后、使用MicroSpin G-25Columns(GE Healthcare)进行纯化而制作。通过 测定得到的纯化产物的260nm及640nm的吸光度，算出引物的浓度及巧光染料的浓度。
[0162] 表8
[0163]
[0164] 在得到的巧光标记的引物中加入巧光未标记的引物(C2C193-F)，将表8的浓度的 引物的每一个等量混合，调配引物混合物。在表9所示的条件下进行PCR。具体而言，对于 PCR，W表10所示的组成调配反应溶液，其中在反应管中分别加入作为野生型分析物的具有 制备成化g/化的野生型序列的质粒DNA、具有突变型序列的质粒DNA及作为与杂合子等效的 进行了调配的质粒DNA各化L之后，使用热循环仪(ABI制)进行PCR。
[01化]去n [0166]
[0167]
[016 引 0169 0170 0171
[0169] 在使如W上那样得到的扩增产物与DNA忍片杂交时，首先，在设定为规定溫度(45、 50、55、60°C的任一个)的室内载置湿箱，将室及室箱预先充分进行预热。在新的样品管中放 入杂交缓冲液(2.25 X SSC/0.23%SDS) 1.扣L和扩增产物化L并进行混合。将该混合液中的3 化滴加于DNA忍片上，盖上盖子，放入充分地进行了预热的湿箱中，将湿箱载置于室内。其 后、在规定溫度下使DNA忍片与扩增产物反应1小时。
[0170] 其后，立即取下盖子，在1XSSC/0.1%SDS溶液中静置5分钟后，在室溫在1XSSC溶 液中静置，直至检测。在杂交的检测中使用BIOS册T(东洋钢板制）。此时，将曝光时间设定为 5秒。另外，由各点直径的像素的数值求出中值。相同的探针点求出中值的平均值，设为各点 的输出值。
[0171] 在特异性的评价时，将各点的巧光强度值代入于W下的判定式，将得到的判定值 设为指标。
[0172] 数2
[0173]
[0174] 在本实施例中，将使杂交溫度变化而得到的判定值示于表11。另外，将与野生型等 位基因及突变型等位基因对应的一对CYP2C19*3检测用探针使用不同的碱基长度的寡核巧 酸时得到的判定值示于表12。
[0175] 表11
[0176]
[0177] 表12
[017 引
[0179] 上排:杂交溫度下排:碱基长度(野生型-突变型）
[0180] 由表11可知：只要是本实施例中设计的15~25个碱基的CYP2C19*3检测用探针，贝U 在45~60°C的杂交反应溫度下，在由各基因型得到的判定值上可W观察到0.2W上的差，可 W鉴别基因型。另外，如表12所示，如果是在本实施例中设计的15~25个碱基的CYP2C19*3 检测用探针，即使在碱基长度为2个碱基不同的情况下，也可确认具有特异性。
[0181] 序列表
[0182]
【主权项】
1. 一种CYP2C19*2检测用探针，其含有由序列：5 ' -TTTCCCRGGAACC-3 '（序列号1，R为A或 G)或与该序列互补的序列构成的、或由在该序列或该互补的序列的两端添加1~5个碱基的 序列构成的、整体为13~23个碱基长度的寡核苷酸。2. 根据权利要求1所述的CYP2C19*2检测用探针，其特征在于，上述寡核苷酸的碱基序 列为在序列号1所示的碱基序列的5'末端添加 A、5' -TA-3 '、5' -TTA-3'、5 '-ATTA-3 '及5' -GATTA-3 ' 中的任一个、在上述序列的3' 末端添加 C、5 ' -CA-3'、5 ' -CAT-3'、5 ' -CATA-3' 及5 ' -CATAA-3'中的任一个的碱基序列或与该碱基序列互补的序列。3. 根据权利要求1所述的CYP2C19*2检测用探针，其特征在于，上述寡核苷酸的碱基序 列为序列号2~6中的任一个的碱基序列或与该碱基序列互补的序列： ATTTCCCRGGAACCC (序列号 2) TATTTCCCRGGAACCCA (序列号 3) TTATTTCCCRGGAACCCAT (序列号4) ATTATTTCCCRGGAACCCATA (序列号 5) GATTAITTCCCRGGAACCCATAA(序列号6)。4. 一种CYP2C19*3检测用探针，其含有由序列：5 ' -CCCCCTGRATCCAGG-3 '（序列号7，R为A 或G)或与该序列互补的序列构成的、或由在该序列或该互补的序列的两端添加1~5个碱基 的序列构成的、整体为15~25个碱基长度的寡核苷酸。5. 根据权利要求4所述的CYP2C19*3检测用探针，其特征在于，上述寡核苷酸的碱基序 列为在序列号7所示的碱基序列的5'末端添加 A、5'-CA-3'、5'-GCA-3'、5'-AGCA-3'及5'-AAGCA-3 ' 中的任一个、在上述序列的 3 ' 末端添加 T、5 ' -TA-3 '、5 ' -TAA-3 '、5 ' -TAAG-3 ' 及5 ' -TAAGG-3'中的任一个的碱基序列或与该碱基序列互补的序列。6. 根据权利要求4所述的CYP2C19*3检测用探针，其特征在于，上述寡核苷酸的碱基序 列为序列号8~13中的任一个的碱基序列或与该碱基序列互补的序列： ACCCCCTGRATCCAGGT (序列号 8) CACCCCCTGRATCCAGGTA (序列号9) CACCCCCTGRATCCAGGTAA (序列号 10) GCACCCCCTGRATCCAGGTAA (序列号 11) AGCACCCCCTGRATCCAGGTAAG (序列号 12) AAGCACCCCCTGRATCCAGGTAAGG(序列号 13)。7. -种微阵列，其具有根据权利要求1~3中任一项所述的CYP2C19*2检测用探针和/或 根据权利要求4~6中任一项所述的CYP2C19*3检测用探针。8. -种获得用于预测药物代谢能力的数据的方法，所述方法判定rs4244285的基因型， 其中，所述方法包括： 将来自受试者的基因组作为模板，扩增含有CYP2C19基因中的由rs4244285标识的多态 性位点的核酸片段的工序； 使得到的核酸片段与根据权利要求1~3中任一项所述的CYP2C19*2检测用探针接触的 工序； 检测得到的核酸片段与上述CYP2C19*2检测用探针的杂交的工序。9. 根据权利要求8所述的获得用于预测药物代谢能力的数据的方法，其特征在于，在上 述rs4244285的基因型为突变型等位基因 CYP2C19*2的纯合子或杂合子的情况下，判定为药 剂代谢能力低。10. 根据权利要求8所述的获得用于预测药物代谢能力的数据的方法，其特征在于，作 为上述CYP2C19*2检测用探针，使用与由rs4244285标识的多态性的野生型等位基因对应的 寡核苷酸和与突变型等位基因对应的寡核苷酸。11. 根据权利要求8所述的获得用于预测药物代谢能力的数据的方法，其特征在于，与 由rs4244285标识的多态性的野生型等位基因对应的上述寡核苷酸和与突变型等位基因对 应的上述寡核苷酸长度相同或相差2个碱基以内。12. -种获得用于预测药物代谢能力的数据的方法，所述方法判定rs4986893的基因 型，其中，所述方法包括： 将来自受试者的基因组作为模板，扩增含有CYP2C19基因中的由rs4986893标识的多态 性位点的核酸片段的工序； 使得到的核酸片段与根据权利要求4~6中任一项所述的CYP2C19*3检测用探针接触的 工序； 检测得到的核酸片段与上述CYP2C19*3检测用探针的杂交的工序。13. 根据权利要求12所述的获得用于预测药物代谢能力的数据的方法，其特征在于，在 上述rs4986893的基因型为突变型等位基因 CYP2C19*3的纯合子或杂合子的情况下，判定为 药剂代谢能力低。14. 根据权利要求12所述的获得用于预测药物代谢能力的数据的方法，其特征在于，作 为上述CYP2C19*3检测用探针，使用与由rs4986893标识的多态性的野生型等位基因对应的 寡核苷酸和与突变型等位基因对应的寡核苷酸。15. 根据权利要求12所述的获得用于预测药物代谢能力的数据的方法，其特征在于，与 由rs4986893标识的多态性的野生型等位基因对应的上述寡核苷酸和与突变型等位基因对 应的上述寡核苷酸长度相同或相差2个碱基以内。16. 根据权利要求8或12所述的获得用于预测药物代谢能力的数据的方法，其特征在 于，使用根据权利要求7所述的微阵列。17. 根据权利要求8或12所述的获得用于预测药物代谢能力的数据的方法，其特征在 于，在上述扩增核酸片段的工序中得到的核酸片段具有荧光标记，在上述检测杂交的工序 中测定该荧光标记的荧光强度值。18. 根据权利要求8或12所述的获得用于预测药物代谢能力的数据的方法，其特征在 于，上述药物为奥美拉唑和/或兰索拉唑。
【文档编号】C40B40/06GK106047992SQ201610202908
【公开日】2016年10月26日
【申请日】2016年4月1日 公开号201610202908.X, CN 106047992 A, CN 106047992A, CN 201610202908, CN-A-106047992, CN106047992 A, CN106047992A, CN201610202908, CN201610202908.X
【发明人】细谷真悠子, 平山幸一
【申请人】东洋钢钣株式会社