专利名称：使用基因组或蛋白质组表达图谱诊断肾同种异体移植物的排斥的方法
技术领域：
本发明涉及使用基因组表达图谱或蛋白质组表达图谱诊断肾同种异体移植物的 排斥的方法。
背景技术：
移植被视作具有末期生命器官衰竭的患者的主要疗法。尽管诸如环孢菌素和他罗 利姆等免疫抑制剂的可用性已经提高了同种异体移植物受体的存活和健康，但尽可能早地 和尽可能精确地鉴别同种异体移植物的排斥和有效地监视和调节免疫抑制药物的剂量，对 于同种异体移植物受体的持续存活仍然非常重要。同种异体移植物的排斥源自受体对供体组织表达的非自身抗原的免疫应答，且可 能发生在接受同种异体移植物后数小时或数天内，或在数月至数年后。肾同种异体移植物 排斥的特征包括少尿、肾功能的快速衰退和轻度蛋白尿。肾同种异体移植物排斥可以导致 肾病变和肾衰竭。目前，侵入性活组织检查(例如心内膜心肌、肝核心和肾细针抽吸)被视作监督和 诊断同种异体移植物排斥的黄金标准，但是侵入性操作具有它们自身的风险(例如Mehra MR，等人Curr. Opin. Cardiol. 2002 Mar ； 17 (2) :131-136.)。由于取样误差和观察人员之间 的差异性，活组织检查结果也可能产生再现性和判读问题，尽管可利用国际指南例如Banff 纲要(用于分级肾和肝同种异体移植物排斥)(Solez等人2008 Am J Transplant 8 :753 ； 表1)。在移植后第一年，同种异体移植物受体可以进行多次活组织检查操作。目前使用非 侵入性的监视技术(血肌酸酐水平的升高)，但是血清肌酸酐水平不能特异性地反映肾损 伤。肾损伤可以来自排斥、感染或甚至原始病的复发，因而，该检验不是排斥特异性的。同种异体移植物排斥的指标可以包括增强的和集中的免疫应答，这由下述的一种 或多种指示局部的或全身的炎症、组织损伤、免疫细胞的同种异体移植物浸润、识别移植 物上的供体特异性抗原的炎症细胞、同种特异性的抗体、细胞毒性的T-细胞活化、组织-和 血液-衍生的蛋白的改变的组成和浓度、同种异体移植物组织的差别化氧合、水肿、感染、 同种异体移植物和/或周围组织的坏死等。同种异体移植物排斥可以描述为“急性的”或“慢性的”。急性排斥(也称作急性 抗体-介导的排斥、AMR或主动排斥)通常视作在受试者接受同种异体移植物的约6-12个 月内的组织或器官同种异体移植物排斥。排斥或急性排斥的特征在于对供体组织的细胞和 体液损伤，导致快速的移植物功能障碍和组织或器官的衰竭。6-12个月后的组织或器官同 种异体移植物的排斥通常视作慢性排斥，且可能发生在接受同种异体移植物后几年。这样 的晚期或慢性排斥可能是亚临床的或未完全解决的急性排斥发作的结果。晚期发作或慢性
4排斥的特征在于由同种免疫应答触发的渐进性组织再造，且可能导致在动脉内逐渐形成新 生内膜，促成闭塞性血管病、实质纤维化，和最终的移植物衰竭和损失。根据排斥的性质和 严重性，在正在发生或疑似发生同种异体移植物排斥(慢性的或急性的)的受试者中观察 到的指示或临床变量可能存在重叠。科学和专利文献中报道了此类标志物或对于可以命名的每种医学病况的鉴别/ 诊断/预测/治疗具有重要意义的那些。甚至在同种异体移植物排斥的领域中，叙述了众 多标志物(经常单个地)，且可能呈现冲突的结果。文献中的这种冲突与基因组的复杂性 (估计上限是30，000个转录单位)、人体中细胞类型(估计上限是200)、器官和组织和表达 的蛋白或多肽(估计上限是80，000)的复杂性一起，使可能用于诊断急性器官排斥的核酸 序列、基因、蛋白、代谢物或其组合的数目是惊人的。个体之间的差异会产生额外的障碍，以 及血浆中蛋白浓度的动态范围(介于10_6至103yg/mL，许多潜在感兴趣的蛋白以非常低的 浓度存在)和极大量的少数最丰富的血浆蛋白(占总蛋白质量的 99% )。PCT公布WO 2006/125301公开了在移植的组织中差别表达的核酸，和用于检测肾 组织排斥的方法和材料。US 7235258公开了通过检测受试者中一个或多个基因的表达水平，诊断或监视受 试者的移植物排斥(包括肾移植排斥)的方法。也描述了在这些方法中有用的寡核苷酸。Flechner 等人(Am J Transplant 2004 :4 (9) 1475-1489)鉴别了几篇出版物，它 们采用DNA或微阵列来鉴别接受肾移植物的受试者中不同基因的差别化表达，并且也描述 了微阵列分析和RT-PCR在检查来自肾移植受试者的外周血淋巴细胞和肾活组织检查样品 的基因表达图谱中的应用，并鉴别出了超过60个差别表达的基因。Alakulppi 等人，2007 (Transplantation 83:791-798)公开了使用 8 种核酸标志 物的RT-PCT诊断急性肾同种异体移植物排斥。Alakulppi等人Q008，Transplantation 86 :1222-8)的进一步研究没有鉴别出亚临床排斥的稳健的全血基因表达核酸标志物。Sarwal等人2003 (N. Engl. J.Med 349 :125)报道称，在急性排斥期间，与细胞凋亡 有关的基因在肾活组织检查中增加，且发现了指示淋巴细胞浸润和由NF- κ B和IFN γ驱动 的活化的转录物集合。Mueller等人，2007. Am J. Transplant 7 :2712鉴别出了在小鼠和人中与细胞毒 性的T-淋巴细胞、IFNy信号传递和上皮细胞损伤有关的肾组织中的转录物。Mehra等人，2008提出，调节T-细胞体内稳态和皮质类固醇灵敏度的途径可能与 心脏移植物的将来急性排斥有关，但是没有给出关于肾移植的评论。ITGAX的表达是提及的 33个基因之一。Fildes 等人 2008 (Transplant Immunology 19 :1_11)的综述讨论了细胞类型在 肺移植后的免疫过程中的作用，并公开了 AICL(CLEC2B)与NK细胞蛋白的相互作用可能在 急性和慢性排斥中起作用。已经为不同癌症的诊断和监视提出多平台(蛋白质组学，基因组学)的整合， 但是，在该领域鉴别出蛋白和mRNA表达之间的不一致性(Chen等人，2002. Mol Cell Proteomics 1 :304-313 ;Nishizuka 等人，2003 Cancer Research 63 :5243-5250) 以前 的研究已经报道了基因组和蛋白质组数据之间的低度相关(Gygi SP等人1999.Mol Cell Biol. 19 :1720-1730 ；Huber 等人，2004 Mol Cell Proteomics 3:43-55)。
已经进行了几项着眼于肾移植物受体的尿蛋白质组的研究(综述见Schaub等人， 2008.Contrib. Nephrol 160 :65-75)。Bottelli 等人，2008 (J. Am Soc Nephrol 19 :1904-18)教导，在受损的小管细胞的 再生过程中，巨噬细胞刺激蛋白(MSP)被上调，并提出，它可能有助于从急性肾损伤恢复。 Gorgi 等人 Q009 Transplantation Proceedings 41 :660-662)研究了急性肾移植排斥 和MBL基因的多态性之间的关联，并得出结论所述多态性可能参与研究的群体中对急性 同种异体移植物排斥的易感性。Fiane等人，2005 (Eur Heart J 26:1660-5)公开了低MBL 水平与心脏移植物受体中急性排斥的发展有关。Fildes 2008 (J. Heart Lung Transplant 27 :1353-1356)教导，具有MBL缺陷的心脏移植物受体具有更少的排斥发作。Fiane和 Fildes都没有给出关于肾移植物的评论。Berger 等人，2005 (Am J. Transplant 5 1361-1366)教导，更高的 MBL (结合甘露 糖的凝集素)可能与肾移植物受体中的更严重的排斥形式有关，并提出，移植前MBL水平对 于肾移植之前的风险分级可能是有用的。迫切需要侵入性更低的、可重复的且更稳健的(更不易产生取样和判读误差)评 估或诊断同种异体移植物排斥的方法。
发明内容
本发明涉及使用从受试者得到的一个或多个生物样品的基因组表达图谱或蛋白 质组表达图谱诊断肾同种异体移植物排斥的方法。生物样品可以是血液或血浆样品；这样的样品在本文所述方法中的应用，提供了 胜过基于活组织检查的评估和/或监视肾同种异体移植物排斥(包括急性排斥)的优点， 因为这样的样品可以以最低侵入的方式得到(例如外周血样品)，不需要同种异体移植物 的活组织检查。血液或血浆样品的使用提供了另一个优点，即它可以降低采样误差，且蛋白 质组或核酸标志物的检测受判读的影响更低——标志物存在与否，或它相对于基线、对照 等升高或降低，如本文所述。某些现有的采用取血样(例如血清肌酸水平)的监督技术可能不是排斥特异性 的；当从血液或血浆样品得到时，本文所述的核酸或蛋白质组标志物是急性肾同种异体移 植物排斥特异性的，因而会提供另一个特异性的优点。急性肾同种异体移植物排斥的复杂的病理生物学反映在本文鉴别出的标志物的 异质性。本文鉴别出的标志物分布于广范围的生物学过程免疫信号转导、细胞骨架改组、 细胞凋亡、T-细胞活化和增殖、细胞和体液免疫应答、急性期炎性途径等。根据本发明的另一个方面，提供了测定受试者的急性同种异体移植物排斥状态的 方法，该方法包含下述步骤a)测定来自受试者的生物样品中一种或超过一种核酸标志物 的核酸表达图谱，所述核酸标志物选自TncRNA、FKSG49, ZNF438、1558448_a_at、CAMKK2、 LMAN2、237442_at、FKSG49/L0C730444、JUNB、PR01073 和 ITGAX ；b)将一种或超过一种核酸 标志物的表达图谱与对照图谱进行对比；和c)确定一种或超过一种核酸标志物的表达水 平是否相对于对照图谱升高；其中一种或超过一种核酸标志物的升高是受试者的急性排斥 状态的指示。在某些方面，生物样品是血液或血浆。
在某些方面，核酸标志物集合另外包含SFRS16、NFYC、NC0A3、PGS1、NEDD9、LIMK2、 NASP、240057_at、L0C730399/L0C731974、FKBPlA、HLA-G、RBMSl 和 SLC6A6 中的一种或超过一种。在某些方面，从无排斥的同种异体移植物受体受试者或非同种异体移植物受体受 试者得到对照图谱。在某些方面，所述方法另外包含，得到一个或多个临床变量的值。 在某些方面，所述方法另外包含，在步骤a)中，测定选自表2的一种或超过一种核 酸标志物的表达图谱。在某些方面，通过检测与一种或超过一种标志物相对应的RNA序列，测定一种或 超过一种核酸标志物的核酸表达图谱。在某些方面，通过PCR测定一种或超过一种核酸标志物的核酸表达图谱。在某些方面，通过杂交测定一种或超过一种核酸标志物的核酸表达图谱。所述杂 交可以是与寡核苷酸杂交。在某些方面，所述对照是自体对照。根据本发明的另一个方面，提供了测定受试者的急性同种异体移植物排斥状态的 方法，该方法包含下述步骤a)测定来自受试者的生物样品中蛋白质组标志物的蛋白质组 表达图谱，所述蛋白质组标志物包括由下述一种或超过一种编码的多肽KNG1、AFM、TTN、 MSTP9/MST1、PI16、C2、MBL2、SERPINA10、F9和UBR4 ；b)将蛋白质组标志物的表达图谱与对 照图谱进行对比；和c)确定一种或超过一种蛋白质组标志物的表达水平是否相对于对照 图谱升高或降低；其中5种或更多种蛋白质组标志物的升高或降低是受试者的急性排斥状 态的指示。在某些方面，生物样品是血液或血浆。在某些方面，由KNGl和AFM中的一种或超过一种编码的多肽的水平相对于对照降 低，且由 TTN、MSTP9、MSTU PI16、C2、MBL2、SERPINA10、F9 和 UBR4 中的一种或超过一种编 码的多肽的水平相对于对照图谱升高。在某些方面，从无排斥的同种异体移植物受体受试者或非同种异体移植物受体受 试者得到对照图谱。在某些方面，所述方法另外包含，得到一个或多个临床变量的值。在某些方面，通过免疫测定法测定蛋白质组表达图谱。在某些方面，通过ELISA测定蛋白质组表达图谱。在某些方面，通过质谱法测定蛋白质组表达图谱。在某些方面，通过同重元素或同位素标记方法测定蛋白质组表达图谱。在某些方面，蛋白质组标志物另外包括由下述一种或超过一种编码的多肽LBP、 VASN、ARNTL2、PI16、SERPINA5、CFD、USH1C、C9、LCAT, B2M、SHBG 禾口 CIS。在某些方面，所述对照是自体对照。根据本发明的另一个方面，提供了测定受试者的急性同种异体移植物排斥状态的 方法，该方法包含下述步骤a.测定来自受试者的生物样品中蛋白质组标志物的蛋白质组 表达图谱，所述蛋白质组标志物包括包含在蛋白组代码(protein group code) 111,224, 23、18、100、116、38、135、125中的一个或超过一个中的多肽；b.将蛋白质组标志物的表达图谱与对照图谱进行对比；和C.确定一种或超过一种蛋白质组标志物的表达水平是否相 对于对照图谱升高或降低；其中5种或更多种蛋白质组标志物的升高或降低是受试者的急 性排斥状态的指示。在某些方面，蛋白组代码另外包括组18、108、222、97、104、洸、230、103、69或四中 的一个或超过一个。在某些方面，生物样品是血液或血浆。在某些方面，由KNGl和AFM中的一种或超过一种编码的多肽的水平相对于对照降 低，且由 TTN、MSTP9、MSTU PI16、C2、MBL2、SERPINA10、F9 和 UBR4 中的一种或超过一种编 码的多肽的水平相对于对照图谱升高。在某些方面，从无排斥的同种异体移植物受体受试者或非同种异体移植物受体受 试者得到对照图谱。在某些方面，所述方法另外包含，得到一个或多个临床变量的值。在某些方面，通过免疫测定法测定蛋白质组表达图谱。在某些方面，通过ELISA测定蛋白质组表达图谱。在某些方面，通过质谱法测定蛋白质组表达图谱。在某些方面，通过同重元素或同位素标记方法测定蛋白质组表达图谱。在某些方面，蛋白质组标志物另外包括由下述一种或超过一种编码的多肽LBP、 VASN、ARNTL2、PI16、SERPINA5、CFD、USH1C、C9、LCAT, B2M、SHBG 禾口 CIS。在某些方面，所述对照是自体对照。根据本发明的另一个方面，提供了一种阵列，其包含核酸标志物TncRNA、FKSG49, ZNF438、1558448_a_at、CAMKK2、LMAN2、237442_at、FKSG49/L0C730444、JUNB, PR01073、 ITGAX中的一种或超过一种的一个或多个探针集合。在某些方面，所述阵列另外包含核酸标志物SFRS16、NFYC, NC0A3、PGSU NEDD9、 LIMK2、NASP、240057_at、L0C730399/L0C731974、FKBPlA、HLA-G、RBMSl 和 SLC6A6 中的一种 或超过一种的一个或多个额外的探针集合。在某些方面，所述阵列另外包含表2的核酸标志物的一个或多个额外的探针集
I=I O根据本发明的另一个方面，提供了一种阵列，其包含蛋白质组标志物KNG1、AFM、 TTN、MSTP9、MST1、PI16、C2、MBL2、SERPINA10、F9 和 UBR4 中的一种或超过一种的一种或多 种检测试剂。在某些方面，所述阵列另外包含LBP、VASN、ARNTL2、PI16、SERPINA5、CFD、USH1C、 C9、LCAT, B2M、SHBG和ClS中的一种或超过一种的一种或多种额外的检测试剂。根据本发明的另一个方面，提供了评估、监视或诊断受试者的肾同种异体移植物 排斥的方法，该方法包含a)测定来自受试者的生物样品中至少一种或多种表2所示的核 酸标志物的表达图谱；b)将至少一种或多种标志物的表达图谱与无排斥者图谱进行对比； 和c)确定至少一种或多种标志物的表达水平是否相对于对照图谱上调(升高)或下调(降 低)，其中至少一种或多种标志物的上调或下调是排斥状态的指示。在某些实施方案中，所述方法另外包含，得到一个或多个临床变量的值，并将一个 或多个临床变量与对照进行对比。所述对照是无排斥的同种异体移植物受体受试者或非同种异体移植物受体受试者。在某些实施方案中，所述排斥是急性排斥。在某些实施方案中， 所述一种或多种核酸标志物包括2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、 21、22、23或M种核酸标志物，它们选自表2所示的那些。在某些实施方案中，所述核酸标 志物可以包括一种或超过一种表5所示的核酸标志物。根据本发明的另一个方面，提供了一种试剂盒，其用于评估或诊断受试者的肾同 种异体移植物排斥，所述试剂盒包含用于特异性地和定量地检测至少一种或多种表2所示 的标志物的试剂，以及关于使用这些试剂和分析得到的数据的方法的说明书。所述试剂盒 可以另外包含一种或多种寡核苷酸，其用于选择性地杂交代表一种或多种标志物的一种或 多种基因、转录物或序列单位。也可以在试剂盒中提供用于将试剂盒结果与其它测定法的 结果进行组合、从而为受试者排斥状态的诊断提供无排斥截止指标或对照的说明书或其它 fn息ο在某些实施方案中，所述试剂盒可以另外包含用于得到一个或多个临床变量的值 并将一个或多个临床变量与对照进行对比的说明书或材料。所述对照是无排斥的同种异体 移植物受体受试者或非同种异体移植物受体受试者。在某些实施方案中，所述排斥是急性 排斥。在某些实施方案中，所述一种或多种核酸标志物包括2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、 13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23或对种核酸标志物，它们选自表2所示的那些。在某 些实施方案中，所述核酸标志物可以包括一种或超过一种表5所示的核酸标志物。本发明概要不一定描述了本发明的所有特征。本领域普通技术人员在阅读本发明 的具体实施方案的以下描述后，会明白本发明的其它方面、特征和优点。
从下面的描述更容易明白本发明的这些和其它特征，在描述中参考了附图，其 中图1显示了使用一组M种核酸生物标志物(表5所示)进行受试者分类的结果。 测得受试者具有A) 24-探针集合分类器；B)A)的放大视图，以更清楚地显示高斯峰和下面 的样品。对于A和B，急性排斥-实心圆形；无排斥-空心圆形。C)与A和B相同的数据集 合，以与图2相同的格式显示数据。急性排斥(实心菱形)或无排斥(实心圆形)。图2显示了仅使用临床参数(血清肌酸酐、GFR、BUN)的受试者分类结果。测得受 试者具有急性排斥(实心菱形)或无排斥(实心圆形)。图3 通过微阵列分析检测具有和没有BCAR的受试者之间的探针集合的差别化表 达。灰色的点指示通过单独的LIMMA鉴别出的探针集合，而黑色的点指示通过LIMMA、稳健 的LIMMA和SAM的交叉鉴别出的183探针集合。圆形指示在主要分类器中包括的M探针集合。图4:显示相同受试者组的分离的主要组分分析，证实了所有组的形心 (centroid)都明显分离。AR-急性排斥者；NR-无排斥者；N-正常对照(20位非受体受试 者)。通过主要组分解释的百分比差异显示在X轴(56%)和Y轴(12%)上。图5.在BCAR中差别表达的183探针集合的基因本体论和网络分析。χ-轴显示 了 -IoglO (ρ-值)。A通过递增的ρ-值分类的最显著富集的基因本体论分类(“生物学过 程”)。B通过递增的ρ-值分类的最显著富集的基因本体论分类(GeneGO MetaCore生物学分类)。图6.分类器的性能。(A)增加的分类准确度，证实了 11种普通的最高预测性的 探针集合的逐步包含。Y-轴-分类准确度；X-轴，生物标志物。(B)线性判别分析，显示了 11探针集合分类器在区分具有(·，实线)和没有(°，虚线)BCAR(活组织检查-证实的急 性排斥)的情况中的性能。(C)与个体移植前(基线)值相比，移植后分类器评分的变化。 仅在排斥时(第1周)，队列之间的差异是显著的(ρ = 0.0001)。Y轴-从基线的变化(平 均值；X轴BL-基线；W1-W12，第1周-第12周。“START”指示逐步分析的开始，这 时没有探针集合分类器。图7 火山图(volcano plot)，显示了在至少2/3的BCAR阳性样品和2/3的BCAR 阴性样品中发现的所有144蛋白组代码。带有圆圈的点表示在具有或没有BCAR的受试者 之间它们的血浆浓度存在显著差异(P < 0. 05)的18个蛋白组。图8 线性判别分析，显示了基于血浆蛋白生物标志物分离具有或没有BCAR的患 者。实线/ “X”-BCAR受试者；虚线/ “ I ”-对照(无排斥者)受试者。图9 估计的分类准确度，显示了通过正向选择逐步判别分析(SDA)选出的蛋白组 的逐步包含。Y轴-分类准确度；X轴-PGC码。“START”与在图6中相同。图10显示了在表2中列出的可用于诊断急性肾同种异体移植物排斥的核酸标志 物的靶序列(SEQ ID NO :1-183)。
具体实施例方式本发明提供了诊断已经接受组织或器官同种异体移植物、尤其是肾同种异体移植 物的受试者的排斥的方法。本发明提供了与受试者中同种异体移植物排斥的评估、预测或诊断有关的基因组 和蛋白质组表达图谱。尽管基因组或蛋白质组表达图谱中的几个元件可能单个地是现有技 术已知的，但基因组、T-细胞、蛋白质组或代谢物标志物的特定集合的改变的表达水平(与 对照相比升高或降低)的特定组合，包含可用于评估或诊断受试者的同种异体移植物排斥 的新颖组合。同种异体移植物是在相同物种的两个遗传上不同的受试者之间移植的器官或组 织。接受同种异体移植物的受试者是“受体”，而提供同种异体移植物的受试者是“供体”。组 织或器官同种异体移植物可以替代性地称作“移植物(transplant) ”、“移植物(graft) ”、 “同种异体移植物”、“供体组织”或“供体器官”或类似的术语。不同物种的两个受试者之间 的移植物是异种移植物。受试者可能呈现文献中熟知的许多症状或临床变量，作为监视同种异体移植物排 斥的辅助。除了同种异体移植物的活组织检查以外，众多临床变量可以用于评估具有或疑 似具有同种异体移植物排斥的受试者。然后，来自这些临床变量的信息由临床医师、医师、 兽医师或临床场合的其它从业人员用于临床场合中确定是否正在发生排斥和它的进展速 度的尝试中，以允许修改受试者的免疫抑制药物疗法。在表1中显示了临床变量的实例。临床变量(任选地伴有活组织检查)尽管是目前临床医师在主流医疗实践中可利 用的唯一实用工具，但是并非总能清楚地区分排斥的和无排斥的受试者，如图2所示。尽管 极左和极右的受试者可以正确地被归类为排斥的和无排斥的，但大量的受试者落入中间范围，且他们的状态不明。这没有否认临床变量在评估同种异体移植物排斥中的价值，但是相 反地指出当在没有其它方法的情况下使用时它们的局限性。表1 可能用于评估同种异体移植物排斥的临床变量
权利要求
1.测定受试者的急性同种异体移植物排斥状态的方法，该方法包含下述步骤a.测定来自受试者的生物样品中一种或超过一种核酸标志物的核酸表达图谱，所述核 酸标志物选自TncRNA、FKSG49、ZNF438、1558448_a_at、CAMKK2、LMAN2、237442_at、FKSG49/ L0C730444、JUNB, PR01073 和 ITGAX ；b.将一种或超过一种核酸标志物的表达图谱与对照图谱进行对比；和c.确定一种或超过一种核酸标志物的表达水平是否相对于对照图谱升高； 其中一种或超过一种核酸标志物的升高是受试者的急性排斥状态的指示。
2.权利要求1的方法，其中核酸标志物集合另外包含下述一种或超过一种SFRS16、 NFYC, NC0A3、PGS1、NEDD9、LIMK2、NASP、240057_at、L0C730399/L0C731974、FKBP1A, HLA-G, RBMSl 禾口 SLC6A6。
3.权利要求1的方法，其中所述对照图谱获自无排斥的同种异体移植物受体受试者或 非同种异体移植物受体受试者。
4.权利要求1的方法，另外包括得到一个或多个临床变量的值。
5.权利要求1的方法，另外包括在步骤a)中，测定选自表2的一种或超过一种核酸 标志物的表达图谱。
6.权利要求1的方法，其中通过检测与一种或超过一种标志物相对应的RNA序列来测 定所述一种或超过一种核酸标志物的核酸表达图谱。
7.权利要求1的方法，其中通过PCR测定所述一种或超过一种核酸标志物的核酸表达 图谱。
8.权利要求1的方法，其中通过杂交测定所述一种或超过一种核酸标志物的核酸表达 图谱。
9.权利要求9的方法，其中所述杂交是与寡核苷酸杂交。
10.测定受试者的急性同种异体移植物排斥状态的方法，该方法包含下述步骤a.测定来自受试者的生物样品中蛋白质组标志物的蛋白质组表达图谱，所述蛋白质组 标志物包括由 KNG1、AFM、TTN、MSTP9/MST1、PI16、C2、MBL2、SERPINA10、F9 和 UBR4 编码的 多肽；b.将蛋白质组标志物的表达图谱与对照图谱进行对比；和c.确定一种或超过一种蛋白质组标志物的表达水平是否相对于对照图谱升高或降低；其中5种或更多种蛋白质组标志物的升高或降低是受试者的急性排斥状态的指示。
11.权利要求10的方法，其中由KNGl或AFM编码的多肽的水平相对于对照降低，且由 TTN、MSTP9/MST1、PI16、C2、MBL2、SERPINA10、F9或UBR4编码的多肽的水平相对于对照图谱升尚。
12.权利要求10的方法，其中所述对照图谱获自无排斥的同种异体移植物受体受试者 或非同种异体移植物受体受试者。
13.权利要求10的方法，另外包括得到一个或多个临床变量的值。
14.权利要求10的方法，其中通过免疫测定法测定蛋白质组表达图谱。
15.权利要求10的方法，其中通过ELISA测定蛋白质组表达图谱。
16.权利要求10的方法，其中通过质谱法测定蛋白质组表达图谱。
17.权利要求10的方法，其中通过同重元素或同位素标记方法测定蛋白质组表达图■i並 曰O
18.权利要求10的方法，其中蛋白质组标志物另外包括由下述一种或超过一种编码的 多肽LBP、VASN、ARNTL2、PI16、SERPINA5、CFD、USH1C、C9、LCAT, B2M、SHBG 禾口 CIS。
19.权利要求1的方法，其中所述对照是自体对照。
20.权利要求10的方法，其中所述对照是自体对照。
21.权利要求1的方法，其中所述生物样品是血液或血浆。
22.权利要求10的方法，其中所述生物样品是血液或血浆。
全文摘要
测定受试者的急性同种异体移植物排斥状态的方法，该方法包含下述步骤测定来自受试者的生物样品中一种或超过一种核酸标志物的核酸表达图谱，或一种或超过一种蛋白质组标志物；将一种或超过一种核酸标志物的表达图谱与对照图谱进行对比；和确定一种或超过一种核酸标志物的表达水平是否相对于对照图谱升高，其中一种或超过一种核酸标志物的升高是受试者的急性排斥状态的指示。
文档编号G01N33/53GK102119224SQ200980129930
公开日2011年7月6日 申请日期2009年5月29日 优先权日2008年5月30日
发明者A·斯彻尔, A·梅里迪斯, A·缪, B·麦克马纽斯, G·科亨弗里尤, O·贡特尔, P·科欧文, R·巴尔肖, R·恩格, R·麦克马斯特 申请人:不列颠哥伦比亚大学