使用先前检验的残余材料反射检验样本的制作方法
【技术领域】
[0001] 本文中公开的实施方式设及进行诸如核酸检验测定的连续、自动测定的方法和系 统。
【背景技术】
[0002] 样本的分子检验自动化已经愈加普遍，部分原因是因为自动化可W减少从样本收 集到得到结果的时间量，可W最小化实验变异性并且可W减少对训练有素的技术人员的需 求。除了在诊断学领域中的益处，处理和检验样本的自动化已经推进了高通量检验。样品 和或样本处理的自动设备通常包括硬件和耗材。因此，期望最大化分子检验的自动化，同时 最小化所用耗材的量。
[0003] 描述的实施方式提供改进的自动样品和/或样本检验，其可W有利地用于临床和 研究环境中。
【发明内容】
[0004] 本技术设及进行如核酸检验测定的连续测定的方法和系统。一些实施方式设及在 自动仪器上进行的一个或多个样品的连续测定。在本文所提出的技术的一些实施方式中， 提供进行多个样本自动测定的方法，其允许在自动仪器上测定多个样品的提高的可靠性和 易用性。所述方法可包括a)提供被配置W根据一个或多个各自测定工作流程接收和处理 多个样本的自动仪器，所述样本来自一种或多种目标分析物的多个样品；b)提供多个所要 检验的样本；C)自动将所要检验的多个样本的每一个的第一部分转移至包含用于第一目 标分析物的第一检验的试剂的各自多个第一容器；d)自动对多个样本的所述部分进行第 一检验，W根据第一测定工作流程确定第一目标分析物的存在；e)从多个样本中选择子集 样本，其中确定了第一目标分析物的存在；f)自动将来自e)的所选样本子集的第二部分转 移至包含用于第二检验的试剂的第二容器，W根据第二测定工作流程确定第二目标分析物 的存在；和g)自动对所选样本子集的第二部分进行第二检验。
[0005] 在一些实施方式中，多个样本的每一个包括来自各自多个样品的分离核酸的预处 理溶液。在一些实施方式中，自动仪器自动处理多个样品W获得包含分离核酸的各自多个 样本。
[0006] 在一些实施方式中，对于每一个样本，样本和包含用于第一检验的试剂的第一容 器位于第一检验条板上，并且使得步骤f)进一步包括将样本的第二部分自动转移至位于 第二检验条板上的包含用于第二检验的试剂的第二容器。
[0007] 在一些实施方式中，步骤e)进一步包括el)确认用于第二检验的多个第一检验条 板的子集；和e2)对于子集中每一个第一检验条板，提供包括容器的相应第二检验条板，所 述容器包含用于第二分析物的第二检验的试剂。
[000引在一些实施方式中，第二检验条板包括至少一个移液器头。在一些实施方式中，方 法包括在步骤f)之前，将附加液体添加至样本。
[0009] 在一些实施方式中，对于每一个样本，样本、第一容器和用于第二容器的插孔位于 单个检验条板上。在一些实施方式中，方法包括，在步骤e)之前的步骤dl)和d2)，dl)确认 用于第二分析物检验的多个第一检验条板的子集；和d2)对于子集中的每一个检验条板， 在所述插孔中提供包含用于第二检验的试剂的第二容器。
[0010] 在一些实施方式中，方法包括，在步骤f)之前，提供移液器头的步骤，所述移液器 头被配置W将样本的第二部分转移至包含用于第二检验的试剂的第二容器。
[0011] 在一些实施方式中，移液器头可W是例如未用过的移液器头或洗过的移液器头。 在一些实施方式中，方法包括在步骤f)之前，将附加液体添加至包含的样本的步骤。
[0012] 在一些实施方式中，第一或检验包括选自W下的反应：聚合酶链式反应（PCR)、转 录介导的扩增（TMA)、寡核巧酸连接测定（OLA)、连接酶链式反应（LCR)、滚环扩增（RCA)、链 置换扩增（SDA)和杂交反应。
[0013] 在一些实施方式中，方法进一步包括将检验条板上的确认标记与存储在仪器上的 一套测定-特异性确认数据相比较的步骤。
[0014] 本文还提出用于对来自各自多个样品的多个样本进行自动测定的系统，所述系统 包括被配置W根据一个或多个测定工作流程接收和处理多个样本的自动仪器；所述仪器包 含多个检验条板；处理器；存储容量；和进行自动测定的程序，所述程序包括指令a)提供被 配置W根据一个或多个测定工作流程接收和处理多个样本的自动仪器，所述仪器包含多个 检验条板；b)自动将每一个样本的第一部分转移至包含用于第一检验的试剂的各自多个 第一容器；C)进行第一检验W确定第一目标分析物的存在；d)自动将样本的第二部分或所 选样本子集转移至包含用于第二检验的试剂的各自第二容器；和e)进行样本的第二部分 或所选样本子集的第二检验，W确定第二目标分析物的存在。
[0015] 在W上系统的一些实施方式中，程序进一步包括自动从多个样品中分离核酸W获 得包含分离核酸的各自多个样本的指令。
[0016] 在W上系统的一些实施方式中，对于每一个样本，样本和包含用于第一检验的试 剂的第一容器位于第一检验条板上，且其中步骤e)包括自动将提取的核酸溶液的一部分 转移至位于第二检验条板上的第二主混合管。
[0017] 在W上系统的一些实施方式中，对于每一个样本，样本、第一容器和用于第二容器 的插孔位于单个检验条板上，其中程序包括用于W下步骤的指令；dl)确认用于第二分析 物检验的多个第一检验条板的子集；和d2)对于子集中的每一个检验条板，在插孔中提供 包含用于第二检验的试剂的相应第二容器。
[001引本文中还提出对多个样品进行反射（reflex)检验的方法，所述方法包括a)提供 多个所要检验的样品；b)处理多个样品W获得各自多个样本；C)将所要检验的多个样本的 每一个的第一部分转移至各自多个第一容器，所述容器包含用于第一目标分析物的第一检 验的试剂；d)对多个样本的所述部分进行第一检验W确定第一目标分析物的存在；e)从多 个样本中选择子集样本，其中确定了用于反射检验的第一目标分析物的存在；f)将来自e) 的所选样本子集的第二部分转移至包含用于第二检验的试剂的第二容器，W确定第二目标 分析物的存在；和g)对所选样本子集的第二部分进行第二检验。
[0019] 在W上方法的一些实施方式中，第一检验包括用于同步检测抗二甲氧基苯青霉素 的金黄色葡萄球菌（Staphylococ州S aureus)和金黄色葡萄球菌的检验，且其中第二检验 包括用于检测莫匹罗星抗性的决定子的检验。在一些实施方式中，莫匹罗星抗性的决定子 包括mupA基因。
[0020] 本文中还提出对样品进行反射检验的方法，所述方法包括a)提供所要检验的样 品；b)处理样品W获得各自样本；C)将所要检验的样本的第一部分转移至包含用于第一目 标分析物的第一检验的试剂的第一容器；d)对样本的第一部分进行第一检验W确定第一 目标分析物的存在；f)如果在样本的第一部分中检测到第一目标分析物，则将样本的第二 部分转移至包含用于第二检验的试剂的第二容器W确定第二目标分析物的存在；和g)对 样本的第二部分进行第二检验。
[0021] 在W上方法的一些实施方式中，第一检验包括用于同步检测抗二甲氧基苯青霉素 的金黄色葡萄球菌和金黄色葡萄球菌的检验，且其中第二检验包括用于检测莫匹罗星抗性 的决定子的检验。在一些实施方式中，莫匹罗星抗性的决定子包括mupA基因。
【附图说明】
[0022] 图1显示根据一种实施方式的检验条板。
[0023] 图2显示根据一种实施方式的检验条板。
[0024] 图3显示根据一种实施方式的放置于条板载体中的多个检验条板。
【发明内容】
[0025]
[0026] 本文所用的标题部分只是用于编排目的，不理解为W任何方式限制所描述的主 题。本申请中所引用的所有文献和类似资料，包括但不限于专利、专利申请、文章、书籍、协 议和互联网网页，不管此类文献和类似资料的形式如何，都W全文通过引用明确并入本文， 用于任何目的。在并入的文献和相似资料的一种或多种W其与本申请中对术语的定义相矛 盾该样的方式对该术语定义或使用的情况下，W本申请为准。虽然结合各种实施方式来描 述本教导，但并无意图将本教导限制于此类实施方式。相反，如本领域技术人员将理解的， 本教导涵盖了各种替代、修改和等同物。
[0027] 能够并行处理和检验多个样品和/或样本的自动诊断仪器已经得到描述。该些设 备可W有利地用于高通量中W推进样品和/或样本制备和检验。举例来说，自动诊断仪器 可W制备用于核酸扩增测定等诊断测定的样本，W及进行扩增和检测。
[002引就本质而言，诊断检验是假设驱动的。当实施假设驱动的检验，如检验样本的特定 分析物时，检验的结果可W导致期望检验另一个目标，即，反射检验。然而，很多时候其仅仅 有用于检验原始样本的子集，且检验所有的样本将不节省成本。举例来说，在临床环境中， 可能期望检验一种或多种病原体的样品。如果检验揭示了特定病原体的存在，可期望进行 进一步的检验，例如，确定抗生素抗性决定子的存在。例如从样品的分析物检验为阳性、指 示特定病原体存在的患者中获得用于进一步检验的附加样品，可能是困难的且可能延迟期 望的进一步检验。除了获得用于检验的多个样品的潜在困难之外，如果正在检验多个样品， 将从用于检验（例如，核酸检验）的样品制备而来的患者样品或样本转移至新的反应容器 的手动途径可能容易出错，并且为效率低下和劳动密集型的。进一步，当样品需要在检验之 前处理时，期望最小化处理相关的成本（例如试剂等）。因此，对W自动方式进行反射检验 的改进方法存在很大的需求。
[0029] 因此，"反射检验"是指随后的检验（例如第二检验），其基于先前的检验（例如 第一检验）获得的结果进行。第一检验和反射检验的非限制性实施例包括，例如抗二甲氧 基苯青霉素的金黄色葡萄球菌MRSA和二甲氧基苯青霉素敏感的金黄色葡萄球菌（MSSA)的 第一检验。对于MRSA或MSSA检验为阳性的样本，也可能期望确定样本是否包含莫匹罗星 (抗生素）抗性的决定子。由于莫匹罗星抗性通常只与MRSA或MSSA阳性的样本有关，检验 MRSA和MSSA阴性样本的莫匹罗星抗性常常不节省成本。在本文公开的实施方式中有用的 各种检验和反射检验在下面进一步详细讨论。
[0030] 本文提出的方法和系统有利地使用来自初始检验的残余材料而不需要从患者获 得的新样品。例如，使用已经得到高度处理且需要少许的额外努力来实施反射检验的残余 材料可能是尤其有利的。
[0031] 样品巧样本
[0032] 本文中公开的实施方式可用于使用自动分子测定检验样品。如本文所使用的，术 语"样品"可W指来自W下一个或任何数量的来源的临床样品或样本；包括，但不限于，几乎 任何生物体的体液（包括，但不限于，血液、尿、血清、淋己、唾液、肛口和阴道分泌物、汗、腹 膜液、胸膜液、渗出液、腹水、脈性分泌物、灌洗液、引流液、刷片细胞学样品、活检组织、外植 医疗设备、感染导管、脈、生物膜和精液），W及发现用在本发明中的哺乳动物样本，尤其是 人的样本，及环境样本（包括，但不限于，空气、农业、水和±壤样本）。此外，样本可W取自 食品处理，其可同时包括投入样本（例如，谷粒、奶或动物尸体）、处理中间步骤中的样本W 及准备供给消费者的完成的食品。
[0033] 在一些实施方式中，样本由样品制备而来，且检验在样本上进行。例如，在一些实 施方式中，样品可得到处理W便获得适合于分子检验的样本。在一些实施方式中，样品可W 直接测定，且在检验之前没有被预处理。例如，"直接样本"为从对象中收集并使用本文中 公开的方法检验的样品，而不用分离或培养来自样品的细菌，或不用在检验之前处理样品 来分离核酸。因此，直接样本在筛选之前总体上只最低程度地进行处理。在一些实施方式 中，本文中公开的样品得