基于生物信息分析工具模块的生物信息分析方法、装置和电子设备与流程

本申请涉及生物信息分析领域，且更为具体地，涉及一种基于生物信息分析工具模块的生物信息分析方法，装置和电子设备。

背景技术：

生物信息分析需要用到各种各样的生物信息分析程序，由于生物信息分析的需求的多样性，且每个生物信息开发者所掌握的编程语言种类有限，大多偏好使用某一两种编程语言来编写数据处理程序，使得大多数生物信息分析流程都包含很多种类语言编写而成的程序。

具体地，生物信息分析程序大多由python、perl、r、shell等脚本语言撰写，而生物信息分析流程可能涉及很多不同的编程语言编写的程序，这些程序是由不同研究者发表的针对各个环节优化的程序，这些程序进行上下游分析的衔接形成一整套生物信息分析流程。

因此，目前如果要进行生物信息个性化分析或高级分析，需要用到多个不同程序，而这些程序大多散落在各个目录下，查找使用不便，从而给用户的生物信息分析造成了很大困难。

因此，期望提供一种能够有效地统一组织和调用由不同编程语言编写的针对不同方向的生物信息分析程序的方案。

技术实现要素：

为了解决上述技术问题，提出了本申请。本申请的实施例提供了一种基于生物信息分析工具模块的生物信息分析方法，装置和电子设备，其通过解析用户请求以确定用户请求的类型，并基于主类别信息和子类别信息确定要调用的生物信息分析工具模块，和使用编译器信息调用该生物信息分析工具模块，从而能够有效地统一组织和调用由不同编程语言编写的针对不同方向的生物信息分析工具模块。例如：发明人以此发展组织了涉及3种编程语言、9个分析模块(分析模块分别为rna、dna、epi、hic、medical、multiomics、plot、pro和public)，包含96个分析工具的工具集合，并且应用在个性化分析业务中有广泛的应用。

根据本申请的一方面，提供了一种基于生物信息分析工具模块的生物信息分析方法，包括：接收用户请求；解析用户请求以确定所述用户请求的类型；响应于所述用户请求是工具调用请求，确定与所述用户请求相关联的主类别字段和子类别字段，其中，所述主类别涉及生物信息分析的分析种类，所述子类别涉及每一分析种类下的分析模块；基于所述主类别字段和所述子类别字段，通过使用生物信息分析工具模块的主类别信息和子类别信息确定要调用的生物信息分析工具模块；以及，使用所述生物信息分析工具模块的编译器信息调用所述生物信息分析工具模块。

在上述基于生物信息分析工具模块的生物信息分析方法中，在解析用户请求以确定所述用户请求的类型之后进一步包括：响应于所述用户请求是工具查询请求，呈现与所述用户请求相关联的生物信息分析工具模块。

在上述基于生物信息分析工具模块的生物信息分析方法中，在解析用户请求以确定所述用户请求的类型之后进一步包括：响应于所述用户请求是类别添加请求，将所述用户请求所指定的生物信息分析工具类别添加到生物信息分析工具库中。

在上述基于生物信息分析工具模块的生物信息分析方法中，在解析用户请求以确定所述用户请求的类型之后进一步包括：响应于所述用户请求是工具添加请求，将所述用户请求所指定的生物信息分析工具添加到生物信息分析工具库中。

在上述基于生物信息分析工具模块的生物信息分析方法中，在解析用户请求以确定所述用户请求的类型之后进一步包括：响应于所述用户请求是工具更新请求，将所述用户请求所指定的生物信息分析工具更新到生物信息分析工具库中。

在上述基于生物信息分析工具模块的生物信息分析方法中，解析用户请求以确定所述用户请求的类型包括：解析用户请求以获得所述用户请求内包含的首个字段的名称；以及，基于所述首个字段的名称确定所述用户请求的类型。

在上述基于生物信息分析工具模块的生物信息分析方法中，响应于所述用户请求是工具调用请求，确定与所述用户请求相关联的主类别字段和子类别字段包括：响应于所述用户请求是工具调用请求，确定所述用户请求是否包含主类别字段和/或子类别字段；响应于所述用户请求不包含主类别字段和子类别字段两者，呈现主类别列表；接收对主类别列表中预定主类别的选择，显示所述预定主类别包含的子类别的类别；以及，接收对子类别列表中预定子类别的选择，并将所述预定主类别和所述预定子类别确定为与所述用户请求相关联的主类别字段和子类别字段。

在上述基于生物信息分析工具模块的生物信息分析方法中，基于所述主类别字段和所述子类别字段，通过使用生物信息分析工具模块的主类别信息和子类别信息确定要调用的生物信息分析工具模块包括：基于所述主类别字段和所述子类别字段，显示包含与所述主类别字段和所述子类别字段匹配的主类别信息和子类别信息的生物信息分析工具模块的列表；以及，从所述列表中选择要调用的所述生物信息分析工具模块。

在上述基于生物信息分析工具模块的生物信息分析方法中，进一步包括：响应于所述用户请求是工具调用请求，确定所述用户请求是否包含要调用的生物信息分析工具模块的名称；以及，响应于所述用户请求包含要调用的生物信息分析工具模块的名称，调用所述生物信息分析工具模块。

根据本申请的另一方面，提供了一种基于生物信息分析工具模块的生物信息分析装置，包括：接收单元，用于接收用户请求；解析单元，用于解析用户请求以确定所述用户请求的类型；类别确定单元，用于响应于所述用户请求是工具调用请求，确定与所述用户请求相关联的主类别字段和子类别字段，其中，所述主类别涉及生物信息分析的分析种类，所述子类别涉及每一分析种类下的分析模块；模块确定单元，用于基于所述主类别字段和所述子类别字段，通过使用生物信息分析工具模块的主类别信息和子类别信息确定要调用的生物信息分析工具模块；以及，调用单元，用于使用所述生物信息分析工具模块的编译器信息调用所述生物信息分析工具模块。

根据本申请的再一方面，提供了一种电子设备，包括：处理器；以及，存储器，在所述存储器中存储有计算机程序指令，所述计算机程序指令在被所述处理器运行时使得所述处理器执行如上所述的基于生物信息分析工具模块的生物信息分析方法。

根据本申请的又一方面，提供了一种计算机可读介质，其上存储有计算机程序指令，所述计算机程序指令在被处理器运行时使得所述处理器执行如上所述的基于生物信息分析工具模块的生物信息分析方法。

本申请的实施例提供的基于生物信息分析工具模块的生物信息分析方法，装置和电子设备，能够通过解析用户请求以确定用户请求的类型，并基于主类别信息和子类别信息确定要调用的生物信息分析工具模块，和使用编译器信息调用该生物信息分析工具模块，从而有效地统一组织和调用由不同编程语言编写的针对不同方向的生物信息分析工具模块。

附图说明

通过结合附图对本申请实施例进行更详细的描述，本申请的上述以及其他目的、特征和优势将变得更加明显。附图用来提供对本申请实施例的进一步理解，并且构成说明书的一部分，与本申请实施例一起用于解释本申请，并不构成对本申请的限制。在附图中，相同的参考标号通常代表相同部件或步骤。

图1a图示了按照编程语言对hi-c生物信息分析的工具模块进行分类统计的示意图。

图1b图示了按照编程语言对单细胞生物信息分析的工具模块进行分类统计的示意图。

图2图示了根据本申请实施例的基于生物信息分析工具模块的生物信息分析方法的流程图。

图3图示了根据本申请实施例的工具模块的开发目录的示例。

图4图示了根据本申请实施例的工具模块的.ini文件的具体内容的示意图。

图5图示了根据本申请实施例的工具模块的.md文件的头文件的具体内容的示意图。

图6图示了根据本申请实施例的工具模块的.md文件的正文部分的具体内容的示意图。

图7图示了根据本申请实施例的向用户呈现子类别下的所有工具模块的示意图。

图8图示了根据本申请实施例的用户直接指定某个子类别下的特定工具模块的示意图。

图9图示了根据本申请实施例的调用生物信息分析工具模块的示意图。

图10图示了根据本申请实施例的显示某个子类别下的所有生物信息分析工具模块的示意图。

图11图示了根据本申请实施例的主类别目录下的标准.ini配置文件的示例内容的示意图。

图12图示了根据本申请实施例的添加子类别的显示结果的示意图。

图13图示了应用根据本申请实施例的基于生物信息分析工具模块的生物信息分析方法的软件的目录结构的示意图。

图14图示了如图13所示的软件的主程序的配置文件的示例内容的示意图。

图15图示了如图13所示的软件的空运行的示例结果的示意图。

图16图示了根据本申请实施例的基于生物信息分析工具模块的生物信息分析装置的框图。

图17图示了根据本申请实施例的电子设备的框图。

具体实施方式

下面，将参考附图详细地描述根据本申请的示例实施例。显然，所描述的实施例仅仅是本申请的一部分实施例，而不是本申请的全部实施例，应理解，本申请不受这里描述的示例实施例的限制。

申请概述

如上所述，在生物信息分析流域中，需要用到各种各样的生物信息分析程序。并且，由于生物信息分析本身包含对很多未知领域的科学探索，所以分析程序往往需要创新的算法或者软件来实现新的探索。

具体地，根据检测目标、样本种类和实验建库测序的类型的不同，生物信息分析可分为很多不同的分析种类，例如根据分析对象可以分为：rna、dna、蛋白等，根据对象的检测目的，还可以分为：转录组、蛋白组、基因组重测序、chip测序、染色质可及性测序、单细胞转录组、三维基因组等。并且，对于每一分析种类，从最开始的原始测序数据到完善的数据挖掘往往对应很多前后衔接的步骤，或者平行的分析方面，这些有前后顺序衔接的步骤或平行的分析内容可以抽象成若干个分析模块。而由于生物信息分析包含对于多种多样的新需求的实现，例如融合、突变、拷贝数变异和结构变异的检测，每一分析模块下都可能包含有多种此分析模块相关的分析工具或脚本。

以属于三维基因组的hi-c生物信息分析为例，其主要的分析层级和对应的工具模块如下：

首先，基础分析包括质控(工具模块例如为fastp、fastqc)，比对到参考基因组(工具模块例如为bwa、bowtie2)，比对到酶切片段(工具模块例如为hic-pro、hicup)和构建矩阵(工具模块例如为hic-pro、hicup)。另外，染色质层级结构分析包括染色质区室分析(工具模块例如为hitc、cworld)，拓扑相关结构域分析(工具模块例如为domaincall、insulation、arrowhead)，染色质环相关分析(工具模块例如为juicer、fit-hic)。

并且，对于其中每个分析层级，又存在用于可视化展示的工具模块，例如hicexplorer、hitc，这里，可视化展示是与各分析层级并列的层面。

对于hi-c生物信息分析的各个分析层级，因为在实践中并没有形成统一的约定必须要用哪种语言才能编写实现哪个需求的数据处理软件，又因为不同生物信息软件/包的开发者，由于学习背景等原因掌握的编程语言有限，或者偏向于使用某一种编程语言，这造成了在某一特定的生物信息分析层级上可能有众多编程语言编写的各种软件包。

图1a图示了按照编程语言对hi-c生物信息分析的工具模块进行分类统计的示意图。如图1a所示，可以看到，存在以不同编程语言实现的大量工具模块。并且，基于对于某一分析层级下的具体工具模块，也存在以不同语言编写的情况，例如，对于工具模块hic-pro，就存在用r、python、c++和shell等编写的不同工具模块。

另外，除了hi-c生物信息分析以外，对于属于不同分析种类的其它生物信息分析，也存在大量以不同编程语言实现的工具模块。例如，图1b图示了按照编程语言对单细胞生物信息分析的工具模块进行分类统计的示意图。

这里，单细胞生物信息分析的分析层级和工具模块可以包括用于单细胞数据质控的工具模块seurat(由r语言编写)，用于单细胞分析双细胞鉴定的工具模块scrublet(由python编写)，用于单细胞分析细胞通讯的工具模块italk(由r语言编写)，和用于单细胞数据综合处理的工具模块scanpy(由python编写)。

因此，由于存在大量由不同编程语言编写的针对不同生物信息分析功能的工具模块，且目前并没有能够有效地统一组织及调用这些工具模块的方案，给生物信息分析带来很多不便。

基于此，本申请的基本构思是通过解析用户请求来确定用户请求的类型，并基于主类别信息和子类别信息确定要调用的生物信息分析工具模块，并且使用编译器信息调用该生物信息分析工具模块。

具体地，本申请提供的基于生物信息分析工具模块的生物信息分析方法，装置和电子设备首先接收用户请求，然后解析用户请求以确定所述用户请求的类型，并响应于所述用户请求是工具调用请求，确定与所述用户请求相关联的主类别字段和子类别字段，其中，所述主类别涉及生物信息分析的分析种类，所述子类别涉及每一分析种类下的分析模块，再基于所述主类别字段和所述子类别字段，通过使用生物信息分析工具模块的主类别信息和子类别信息确定要调用的生物信息分析工具模块，最后使用所述生物信息分析工具模块的编译器信息调用所述生物信息分析工具模块。

这样，本申请提供的基于生物信息分析工具模块的生物信息分析方法，装置和电子设备能够对不同编程语言编写的针对不同生物信息分析功能的工具模块进行分门别类的组织，从而可以统一查询及调用，同时，各个工具模块又能够单独开发和使用。

也就是，本申请提供的基于生物信息分析工具模块的生物信息分析方法，装置和电子设备能够通过对应于分析种类的主类别和对应于每一分析种类下的分析模块的子类别，来对不同编程语言编写的工具模块进行分门别类的组织，从而可以对包含的工具模块进行统一查询及调用。

并且，因为通过主类别和子类别来进行查询，并通过编译器信息来进行调用，各个工具模块本身可以独立开发并使用，且允许具有不同编程背景的人以不同编程语言来进行开发。

另外，本申请提供的基于生物信息分析工具模块的生物信息分析方法，装置和电子设备通过建立对应于分析种类的主类别和对应于每一分析种类下的分析模块的子类别，可以通用地对应用于各个不同的样本分子和检测目的的工具模块进行组织。

在介绍了本申请的基本原理之后，下面将参考附图来具体介绍本申请的各种非限制性实施例。

示例性方法

图2图示了根据本申请实施例的基于生物信息分析工具模块的生物信息分析方法的流程图。

如图2所示，根据本申请实施例的基于生物信息分析工具模块的生物信息分析方法包括以下步骤。

步骤s110，接收用户请求。在本申请实施例中，所述用户请求可以包括用于调用工具模块，用于查询工具模块，用于添加类别或者添加工具模块的各种用户请求，这将在下文中进一步详细说明。并且，例如，所述用户请求可以以输入的字符串的形式，当然，所述用户请求也可以是通过其它交互方式做出的各种形式的请求。

步骤s120，解析用户请求以确定所述用户请求的类型。也就是，通过解析用户请求，就可以确定用户具体想要请求的功能，比如调用工具模块，查询工具模块等。具体地，在所述用户请求是输入的字符串的形式的情况下，可以通过解析所述用户请求内包含的各个字段来确定用户请求。

在一个示例中，所述用户请求内包含的首个字段的名称用于指定用户请求的类型，比如首个字段为空指示所述用户请求是查询工具模块的请求，首个字段为“am”表示添加新的工具模块的类别，等等。

因此，在根据本申请实施例的基于生物信息分析工具模块的生物信息分析方法中，解析用户请求以确定所述用户请求的类型包括：解析用户请求以获得所述用户请求内包含的首个字段的名称；以及，基于所述首个字段的名称确定所述用户请求的类型。

步骤s130，响应于所述用户请求是工具调用请求，确定与所述用户请求相关联的主类别字段和子类别字段，其中，所述主类别涉及生物信息分析的分析种类，所述子类别涉及每一分析种类下的分析模块。

如上所述，在根据本申请实施例的基于生物信息分析工具模块的生物信息分析方法中，通过对应于分析种类的主类别和对应于每一分析种类下的分析模块的子类别，来对不同编程语言编写的工具模块进行分门别类的组织，以实现对工具模块进行统一查询及调用。

具体地，在本申请实施例中，分析种类可以取决于检测目标、样本种类和实验建库测序的类型的不同，例如，生物信息分析的分析种类可以包括转录组、蛋白组、基因组重测序、表观组学(dna甲基化、染色质可及性、染色质免疫共沉淀)、单细胞转录组、三维基因组等。并且，每一分析种类下又包括多个分析模块，比如hi-c分析种类下的数据质控、比对到参考基因组、比对到酶切片段、构建矩阵、染色质区室分析、拓扑相关结构域分析和染色质环相关分析等，又或者单细胞组学种类下的数据质控、双细胞鉴定、细胞通讯和数据综合处理等。另外，每个分析模块又可以包括多种以不同编程语言来实现的工具模块和脚本，比如用于质控的工具模块fastp、fastqc，用于比对到参考基因组的工具模块bwa、bowtie2，用于比对到酶切片段的工具模块hic-pro、hicup，用于构建矩阵的工具模块hic-pro、hicup，等等。

在本申请实施例中，可以直接通过解析用户请求所包含的字段来确定所述用户请求相关联的主类别字段和子类别字段，例如，如果用户请求包含“hi-c，tad”的字段，则可以确定主类别为“hi-c”，子类别为“tad”。

这里，本领域技术人员可以理解，由于子类别是相应的主类别的下级类别，因此用户可以仅指定子类别名称，就可以自动确定其主类别名称，例如通过指定子类别“tad”，就可以确定其主类别为“hi-c”。

此外，在所述用户请求是工具调用请求，但是不包含主类别字段和/或子类别字段的情况下，还可以通过由用户在列表中进行选择的方式来确定所述用户请求相关联的主类别字段和子类别字段。例如，首先向用户呈现主类别列表，并由用户进行选择，然后显示所选的主类别下的子类别列表，并进一步由用户选择。

这里，在向用户呈现主类别和子类别时，除了所述主类别和所述子类别的名称以外，还可以附加地或者替代地包括主类别和子类别的简单描述，以便于用户理解。比如，“hi-c”可以包括简单描述“hi-c顺式反式分析”，“tad”可以包括简单描述“tad类个性化分析工具”。

也就是，在根据本申请实施例的基于生物信息分析工具模块的生物信息分析方法中，响应于所述用户请求是工具调用请求，确定与所述用户请求相关联的主类别字段和子类别字段包括：响应于所述用户请求是工具调用请求，确定所述用户请求是否包含主类别字段和/或子类别字段；响应于所述用户请求不包含主类别字段和子类别字段两者，呈现主类别列表；接收对主类别列表中预定主类别的选择，显示所述预定主类别包含的子类别的类别；以及，接收对子类别列表中预定子类别的选择，并将所述预定主类别和所述预定子类别确定为与所述用户请求相关联的主类别字段和子类别字段。

步骤s140，基于所述主类别字段和所述子类别字段，通过使用生物信息分析工具模块的主类别信息和子类别信息确定要调用的生物信息分析工具模块。也就是，在本申请实施例中，每个具体的生物信息分析工具模块都包含有主类别信息和子类别信息，从而能够按照本申请实施例中的主类别和子类别进行分门别类的组织，从而通过用户请求进行查询和调用。

具体地，图3图示了根据本申请实施例的工具模块的开发目录的示例。如图3所示，该开发目录包括：tool，即提交的管理路径基本名称即为工具模块的名称，在示例中为argtest；bin，该目录是固定且必须的；主程序，位于bin目录下，示例中为argtest.py，其名称没有特别要求；主程序链接文件，即，在示例中argtest->argtest.py为一个软链接文件，链接的是bin下的主程序，且链接文件的命名与工具模块的名称相同；.ini文件，即该示例中的argtest.ini，其为必须文件，可以采用标准的ini书写格式，即命名为工具模块的名称+.ini，其具体内容如图4所示。这里，图4图示了根据本申请实施例的工具模块的.ini文件的具体内容的示意图。在图4中，以工具模块为用于hi-c顺式反式分析的某个tad类个性化分析工具为例。

另外，如图3所示，该开发目录还可以包括工具模块的说明文件.md文件，即示例中的argtest.md。通常，该说明文件为markdown格式的文件，命名为工具模块的名称+.md。并且，与标准的markdown不同的是，文件中需要有头文件，如图5所示。这里，图5图示了根据本申请实施例的工具模块的.md文件的头文件的具体内容的示意图。

并且，图6图示了根据本申请实施例的工具模块的.md文件的正文部分的具体内容的示意图，其以标准的markdown格式书写

另外，如果需要在.md文件中插入图片，可以按照图3所示的示例中的样式采用相对路径插入图片，即，图片放在/bin/figure里，标准相对路径格式为：./主类别/子类别/工具模块名称/bin/figure/图片名。

为了便于用户理解，在本申请实施例中，所述工具模块的说明文档优选地包括以下内容：工具模块的主要功能描述；工具模块的使用示例；工具模块的参数简介；工具模块的参数详解，如果参数是文件，则包含输入文件的具体格式要求；工具模块的结果解读，如果是图则需要解读，如果是表则需要表头说明。

值得注意的是，图3到图6中所示的工具模块的格式仅是示例，本领域技术人员可以理解，在本申请实施例中，所述工具模块除主程序以外，至少还需要包括主类别信息和子类别信息以用于组织来查询和调用，并且包括编译器信息以用于实际调用。

也就是，例如在如上所述的工具模块的配置文件中，需要包含两项非常关键的信息：1)工具模块的编译器(interpreter)，即，如果某个工具是以perl语言编写的，那么执行这个工具模块的脚本就需要用到perl软件，这个需要在配置文件中注明；2)工具所属的主类别和子类别，要在配置文件中注明，便于对工具模块的脚本进行归类。

这里，通过主类别信息和子类别信息，可以确定用户想要进行的生物信息分析功能，并且，在本申请实施例中，可以进一步由用户选择具体想要调用的生物信息分析工具模块。例如，这可以通过向用户显示列表并由用户选择的方式来实现，如图7所示。图7图示了根据本申请实施例的向用户呈现子类别下的所有工具模块的示意图，其中module指示子类别的名称，即分析模块的名称。例如，在图7中，cis是模块名称，cis_ratio_of_bin和intra_ratio_whole_genome是工具名称。

也就是，在根据本申请实施例的基于生物信息分析工具模块的生物信息分析方法中，基于所述主类别字段和所述子类别字段，通过使用生物信息分析工具模块的主类别信息和子类别信息确定要调用的生物信息分析工具模块包括：基于所述主类别字段和所述子类别字段，显示包含与所述主类别字段和所述子类别字段匹配的主类别信息和子类别信息的生物信息分析工具模块的列表；以及，从所述列表中选择要调用的所述生物信息分析工具模块。

或者，如果用户指定了具体的某个工具模块，例如输入了子类别名称和工具模块的名称，则可以直接确定相应的工具模块，如图8所示。图8图示了根据本申请实施例的用户直接指定某个子类别下的特定工具模块的示意图，其中module指示子类别的名称，即分析模块的名称。

也就是，在上述基于生物信息分析工具模块的生物信息分析方法中，进一步包括：响应于所述用户请求是工具调用请求，确定所述用户请求是否包含要调用的生物信息分析工具模块的名称；以及，响应于所述用户请求包含要调用的生物信息分析工具模块的名称，调用所述生物信息分析工具模块。

步骤s150，使用所述生物信息分析工具模块的编译器信息调用所述生物信息分析工具模块。如上所述，通过所述工具模块的编译器信息，例如python，就可以使用相应语言的编译器来调用所述工具模块，从而实现用户想要的生物信息分析功能。

例如，在如图3到图6所示的示例中，可以根据子类别的名称和工具模块的名称找到工具所在目录下的.ini配置文件，读取这个配置文件以获得工具模块的编译器信息，然后使用相应的编译器在一个进程中执行该工具模块的主程序，如图9所示。图9图示了根据本申请实施例的调用生物信息分析工具模块的示意图。

如上所述，在根据本申请实施例的基于生物信息分析工具模块的生物信息分析方法中，除了实现调用生物信息分析工具模块的功能外，还可以实现诸如工具查询、类别添加、工具添加等其它功能，下面将进一步详细说明。

例如，如果用户请求是查询主类别“hi-c顺式反式分析”下的某个子类别的查询请求，则可以显示该子类别下的所有生物信息分析工具模块，如图10所示。这里，图10图示了根据本申请实施例的显示某个子类别下的所有生物信息分析工具模块的示意图，其中module指示子类别的名称。

也就是，在根据本申请实施例的基于生物信息分析工具模块的生物信息分析方法中，在解析用户请求以确定所述用户请求的类型之后进一步包括：响应于所述用户请求是工具查询请求，呈现与所述用户请求相关联的生物信息分析工具模块。

例如，如果所述用户请求是类别添加请求，比如所述用户请求的第一个字段为“am”，则可以表示添加新的子类别，字段“am”后可以包括新的子类别的名称，且可以进一步包括新的子类别的简短描述，比如“amtadtad类个性化分析工具”。

通过该添加类别的请求，在本申请实施例中，可以在用于主类别的目录下的标准.ini配置文件，例如命名为cotools.ini的文件中的module(子类别)节加入一个键值对，“键”为子类别名称，“值”为子类别的简短描述，如图11所示。图11图示了根据本申请实施例的主类别目录下的标准.ini配置文件的示例内容的示意图。

这样，将添加的子类别名称和子类别简短描述这两个参数加入.ini配置文件中作为module节的键值对之后，当读取该.ini文件时，就可以将module节中的键值对打印到屏幕上，作为可选择分析模块，先加入的“tad＝tad类个性化分析工具”会和其他的键值一起打印到屏幕上，如图12所示。图12图示了根据本申请实施例的添加子类别的显示结果的示意图。

也就是，在根据本申请实施例的基于生物信息分析工具模块的生物信息分析方法中，在解析用户请求以确定所述用户请求的类型之后进一步包括：响应于所述用户请求是类别添加请求，将所述用户请求所指定的生物信息分析工具类别添加到生物信息分析工具库中。

另外，如果用户想要添加生物信息分析工具模块，则比如所述用户请求的第一个字段为“at”，以用于添加一个新的生物信息分析工具模块。并且，at参数后面可以包含用于添加的工具模块的目录/路径，且目录内的文件可以遵循固定的格式要求，比如如上参考图3到图6所述的。

也就是，在根据本申请实施例的基于生物信息分析工具模块的生物信息分析方法中，在解析用户请求以确定所述用户请求的类型之后进一步包括：响应于所述用户请求是工具添加请求，将所述用户请求所指定的生物信息分析工具添加到生物信息分析工具库中。

此外，如果用户想要更新生物信息分析工具模块，则比如所述用户请求的第一个字段为“ut”，以用于更新某个生物信息分析工具的版本。例如，通过该请求，可以直接拷贝要更新的工具对应的文件夹到生物信息分析工具库中的相应目录下。

也就是，在根据本申请实施例的基于生物信息分析工具模块的生物信息分析方法中，在解析用户请求以确定所述用户请求的类型之后进一步包括：响应于所述用户请求是工具更新请求，将所述用户请求所指定的生物信息分析工具更新到生物信息分析工具库中。

应用示例

根据本申请实施例的基于生物信息分析工具模块的生物信息分析方法可以具体实现为特定的工具软件，例如，软件名为xtool，该软件的目录结构如图13所示。这里，图13图示了应用根据本申请实施例的基于生物信息分析工具模块的生物信息分析方法的软件的目录结构的示意图。

如图13所示，该软件可以包括两个文件夹，一个是bin，另一个为是module，其中，bin文件夹里包含xtools主程序，以及xtools的配置文件cotools.ini，而module文件夹里包含各个module(即，如上所述的子类别)的文件夹。

cotools.ini的内容如图14所示，这里，图14图示了如图13所示的软件的主程序的配置文件的示例内容的示意图。本领域技术人员可以理解，cotools.ini是标准的.ini格式配置文件，software(软件)节里包含各个编译器名称与其软件路径，module(模块)节里包含各个模块的名称及其简短介绍。

为了使得用户更容易了解该软件，可以设置在命令行上空运行该软件，则该软件会在屏幕上打印软件的使用帮助信息，此外，还可以设置软件读取软件同级目录下cotools.ini中的module节中的所有键值对打印到屏幕上，其中的“键”表示的是子类别的汇总，可以作为该软件的命令参数查询相应子类别里包含的所有可调用的工具模块。图15图示了如图13所示的软件的空运行的示例结果的示意图。

该软件的具体使用过程与如上关于本申请实施例的基于生物信息分析工具模块的生物信息分析方法描述的相同。也就是，当运行xtool时，确定用户所输入的命令的第一个参数的名称。如果没有参数则表示软件空运行，展示软件的使用方法以及各个模块(即，子类别)及简短说明。如果第一个参数为“at/ut/am”，则相应地执行添加/更新工具或者添加模块的操作。如果第一个参数为子类别的名称，则继续判断是否有第二个参数。如果没有第二个参数，则展示此子类别内包含的所有工具模块。而如果有第二个参数或者有更多的参数，则调用第二个参数所指定的工具模块，并显示调用所述工具模块的结果。

示例性装置

图16图示了根据本申请实施例的基于生物信息分析工具模块的生物信息分析装置的框图。

如图16所示，根据本申请实施例的基于生物信息分析工具模块的生物信息分析装置200包括：接收单元210，用于接收用户请求；解析单元220，用于解析用户请求以确定所述用户请求的类型；类别确定单元230，用于响应于所述用户请求是工具调用请求，确定与所述用户请求相关联的主类别字段和子类别字段，其中，所述主类别涉及生物信息分析的分析种类，所述子类别涉及每一分析种类下的分析模块；模块确定单元240，用于基于所述主类别字段和所述子类别字段，通过使用生物信息分析工具模块的主类别信息和子类别信息确定要调用的生物信息分析工具模块；以及，调用单元250，用于使用所述生物信息分析工具模块的编译器信息调用所述生物信息分析工具模块。

在一个示例中，在上述基于生物信息分析工具模块的生物信息分析装置200中，进一步包括：查询单元，用于响应于所述用户请求是工具查询请求，呈现与所述用户请求相关联的生物信息分析工具模块。

在一个示例中，在上述基于生物信息分析工具模块的生物信息分析装置200中，进一步包括：类别添加单元，用于响应于所述用户请求是类别添加请求，将所述用户请求所指定的生物信息分析工具类别添加到生物信息分析工具库中。

在一个示例中，在上述基于生物信息分析工具模块的生物信息分析装置200中，进一步包括：工具添加单元，用于响应于所述用户请求是工具添加请求，将所述用户请求所指定的生物信息分析工具添加到生物信息分析工具库中。

在一个示例中，在上述基于生物信息分析工具模块的生物信息分析装置200中，进一步包括：工具更新单元，用于响应于所述用户请求是工具更新请求，将所述用户请求所指定的生物信息分析工具更新到生物信息分析工具库中。

在一个示例中，在上述基于生物信息分析工具模块的生物信息分析装置200中，所述解析单元220用于：解析用户请求以获得所述用户请求内包含的首个字段的名称；以及，基于所述首个字段的名称确定所述用户请求的类型。

在一个示例中，在上述基于生物信息分析工具模块的生物信息分析装置200中，所述类别确定单元230用于：响应于所述用户请求是工具调用请求，确定所述用户请求是否包含主类别字段和/或子类别字段；响应于所述用户请求不包含主类别字段和子类别字段两者，呈现主类别列表；接收对主类别列表中预定主类别的选择，显示所述预定主类别包含的子类别的类别；以及，接收对子类别列表中预定子类别的选择，并将所述预定主类别和所述预定子类别确定为与所述用户请求相关联的主类别字段和子类别字段。

在一个示例中，在上述基于生物信息分析工具模块的生物信息分析装置200中，所述模块确定单元240用于：基于所述主类别字段和所述子类别字段，显示包含与所述主类别字段和所述子类别字段匹配的主类别信息和子类别信息的生物信息分析工具模块的列表；以及，从所述列表中选择要调用的所述生物信息分析工具模块。

在一个示例中，在上述基于生物信息分析工具模块的生物信息分析装置200中，所述调用单元250用于：响应于所述用户请求是工具调用请求，确定所述用户请求是否包含要调用的生物信息分析工具模块的名称；以及，响应于所述用户请求包含要调用的生物信息分析工具模块的名称，调用所述生物信息分析工具模块。

这里，本领域技术人员可以理解，上述基于生物信息分析工具模块的生物信息分析装置200中的各个单元和模块的具体功能和操作已经在上面参考图1到图16的基于生物信息分析工具模块的生物信息分析方法的描述中得到了详细介绍，并因此，将省略其重复描述。

如上所述，根据本申请实施例的基于生物信息分析工具模块的生物信息分析装置200可以实现在各种终端设备中，例如用于提供各种生物信息分析服务的服务器等。在一个示例中，根据本申请实施例的基于生物信息分析工具模块的生物信息分析装置200可以作为一个软件模块和/或硬件模块而集成到终端设备中。例如，该基于生物信息分析工具模块的生物信息分析装置200可以是该终端设备的操作系统中的一个软件模块，或者可以是针对于该终端设备所开发的一个应用程序；当然，该基于生物信息分析工具模块的生物信息分析装置200同样可以是该终端设备的众多硬件模块之一。

替换地，在另一示例中，该基于生物信息分析工具模块的生物信息分析装置200与该终端设备也可以是分立的设备，并且该基于生物信息分析工具模块的生物信息分析装置200可以通过有线和/或无线网络连接到该终端设备，并且按照约定的数据格式来传输交互信息。

示例性电子设备

下面，参考图17来描述根据本申请实施例的电子设备。

图17图示了根据本申请实施例的电子设备的框图。

如图17所示，电子设备10包括一个或多个处理器11和存储器12。

处理器11可以是中央处理单元(cpu)或者具有数据处理能力和/或指令执行能力的其他形式的处理单元，并且可以控制电子设备10中的其他组件以执行期望的功能。

存储器12可以包括一个或多个计算机程序产品，所述计算机程序产品可以包括各种形式的计算机可读存储介质，例如易失性存储器和/或非易失性存储器。所述易失性存储器例如可以包括随机存取存储器(ram)和/或高速缓冲存储器(cache)等。所述非易失性存储器例如可以包括只读存储器(rom)、硬盘、闪存等。在所述计算机可读存储介质上可以存储一个或多个计算机程序指令，处理器11可以运行所述程序指令，以实现上文所述的本申请的各个实施例的基于生物信息分析工具模块的生物信息分析方法以及/或者其他期望的功能。在所述计算机可读存储介质中还可以存储诸如主类别名称、子类别名称、工具模块主程序等各种内容。

在一个示例中，电子设备10还可以包括：输入装置13和输出装置14，这些组件通过总线系统和/或其他形式的连接机构(未示出)互连。

该输入装置13可以包括例如键盘、鼠标等等。

该输出装置14可以向外部输出各种信息，包括工具模块的调用结果等。该输出装置14可以包括例如显示器、扬声器、打印机、以及通信网络及其所连接的远程输出设备等等。

当然，为了简化，图17中仅示出了该电子设备10中与本申请有关的组件中的一些，省略了诸如总线、输入/输出接口等等的组件。除此之外，根据具体应用情况，电子设备10还可以包括任何其他适当的组件。

示例性计算机程序产品和计算机可读存储介质

除了上述方法和设备以外，本申请的实施例还可以是计算机程序产品，其包括计算机程序指令，所述计算机程序指令在被处理器运行时使得所述处理器执行本说明书上述“示例性方法”部分中描述的根据本申请各种实施例的基于生物信息分析工具模块的生物信息分析方法中的步骤。

所述计算机程序产品可以以一种或多种程序设计语言的任意组合来编写用于执行本申请实施例操作的程序代码，所述程序设计语言包括面向对象的程序设计语言，诸如java、c++等，还包括常规的过程式程序设计语言，诸如“c”语言或类似的程序设计语言。程序代码可以完全地在用户计算设备上执行、部分地在用户设备上执行、作为一个独立的软件包执行、部分在用户计算设备上部分在远程计算设备上执行、或者完全在远程计算设备或服务器上执行。

此外，本申请的实施例还可以是计算机可读存储介质，其上存储有计算机程序指令，所述计算机程序指令在被处理器运行时使得所述处理器执行本说明书上述“示例性方法”部分中描述的根据本申请各种实施例的基于生物信息分析工具模块的生物信息分析方法中的步骤。

所述计算机可读存储介质可以采用一个或多个可读介质的任意组合。可读介质可以是可读信号介质或者可读存储介质。可读存储介质例如可以包括但不限于电、磁、光、电磁、红外线、或半导体的系统、装置或器件，或者任意以上的组合。可读存储介质的更具体的例子(非穷举的列表)包括：具有一个或多个导线的电连接、便携式盘、硬盘、随机存取存储器(ram)、只读存储器(rom)、可擦式可编程只读存储器(eprom或闪存)、光纤、便携式紧凑盘只读存储器(cd-rom)、光存储器件、磁存储器件、或者上述的任意合适的组合。

以上结合具体实施例描述了本申请的基本原理，但是，需要指出的是，在本申请中提及的优点、优势、效果等仅是示例而非限制，不能认为这些优点、优势、效果等是本申请的各个实施例必须具备的。另外，上述公开的具体细节仅是为了示例的作用和便于理解的作用，而非限制，上述细节并不限制本申请为必须采用上述具体的细节来实现。

本申请中涉及的器件、装置、设备、系统的方框图仅作为例示性的例子并且不意图要求或暗示必须按照方框图示出的方式进行连接、布置、配置。如本领域技术人员将认识到的，可以按任意方式连接、布置、配置这些器件、装置、设备、系统。诸如“包括”、“包含”、“具有”等等的词语是开放性词汇，指“包括但不限于”，且可与其互换使用。这里所使用的词汇“或”和“和”指词汇“和/或”，且可与其互换使用，除非上下文明确指示不是如此。这里所使用的词汇“诸如”指词组“诸如但不限于”，且可与其互换使用。

还需要指出的是，在本申请的装置、设备和方法中，各部件或各步骤是可以分解和/或重新组合的。这些分解和/或重新组合应视为本申请的等效方案。

提供所公开的方面的以上描述以使本领域的任何技术人员能够做出或者使用本申请。对这些方面的各种修改对于本领域技术人员而言是非常显而易见的，并且在此定义的一般原理可以应用于其他方面而不脱离本申请的范围。因此，本申请不意图被限制到在此示出的方面，而是按照与在此公开的原理和新颖的特征一致的最宽范围。

为了例示和描述的目的已经给出了以上描述。此外，此描述不意图将本申请的实施例限制到在此公开的形式。尽管以上已经讨论了多个示例方面和实施例，但是本领域技术人员将认识到其某些变型、修改、改变、添加和子组合。