一种免疫组库数据分析方法及终端的制作方法_2

文档序号:9376069阅读:来源:国知局
指示第一样本的J基因有哪些种类,各种类的数量有多少。如图8所示,图8为J基因频率分布图。
[0034]可选的,终端接收第一分析指令之后,终端将响应该第一分析指令,根据第一样本的注释文件中包括的CDR3序列,统计第一样本的高克隆CDR3序列以及各高克隆CDR3序列对应的数量;终端根据第一样本的高克隆CDR3序列以及各高克隆CDR3序列对应的数量,生成并输出第一样本的高克隆CDR3序列的频率分布图,该高克隆CDR3序列的频率分布图用于指示第一样本的各高克隆CDR3序列所具有的数量。
[0035]可选的,终端接收第一分析指令之后,终端将响应该第一分析指令,根据第一样本的注释文件中包括的各CDR3序列确定第一样本的各CDR3的长度,并统计第一样本的各CDR3长度对应的数量;在终端确定第一样本的各CDR3长度对应的数量之后,终端将生成并输出第一样本的CDR3的长度分布图,该CDR3的长度分布图用于指示第一样本的各CDR3长度的所具有数量。如图9所示,图9为CDR3的长度分布图。
[0036]可选的,终端接收第一分析指令之后,终端将响应该第一分析指令,根据第一样本的注释文件中包括的各CDR3序列确定第一样本的香农熵(定义为免疫多样性度量);终端根据计算得到的香农熵生成并输出第一样本的免疫多样性分析图,该免疫多样性分析图用于指示第一样本的免疫多样性,其中,香农熵的值越接近于I说明第一样本的免疫多样性越好,香农熵的值越接近于O说明第一样本的免疫多样性越差。如图10所示,图10为免疫多样性分析图。
[0037]可选的,终端接收第一分析指令之后,终端将响应该第一分析指令,根据第一样本的注释文件中包括的Ig链的类型,计算第一样本的各Ig链类型的比例;终端根据第一样本的各Ig链类型的比例,生成并输出第一样本的Ig链类型比例分布图;该Ig链类型比例分布图用于指示第一样本包括的各Ig链类型所占的比例。如图11所示,图11为Ig链类型比例分布图。
[0038]可选的,终端接收第一分析指令之后,终端将响应该第一分析指令,根据第一样本的注释文件中包括的CDR3序列和Ig链的类型,生成并输出第一样本的多Ig链类型共同序列分析图,该多Ig链类型共同序列分析图用于指示第一样本包括的不同类型的Ig链之间CDR3序列的共享情况。
[0039]可选的,终端接收第一分析指令之后,终端将响应该第一分析指令,根据第一样本的注释文件中包括的V基因种类、D基因种类和J基因种类,对第一样本的各V、D和J基因进行组合,计算各VDJ基因组合的数量;终端根据各VDJ基因组合的数量,生成并输出VDJ基因组合分析图,该VDJ基因组合分析图用于指示第一样本的各VDJ基因组合所具有的数量。
[0040]在图1所描述的方法中,终端将接收针对第一样本的第一分析指令,该第一分析指令携带第一样本的注释文件;终端接收第一分析指令之后,将响应第一分析指令,根据第一样本的注释文件,生成并输出针对第一样本的整体分析图,该整体分析图包括V基因频率分布图、D基因频率分布图、J基因频率分布图、高克隆CDR3序列的频率分布图、CDR3的长度分布图、免疫多样性分析图、VDJ基因组合分析图、Ig链类型比例分布图和多Ig链类型共同序列分析图中的任意一种或多种分析图。可见,实施本发明实施例有利于对免疫组库的状况进行更全面的评估。
[0041]请参见图2,图2为本发明实施例公开的另一种免疫组库数据分析方法的流程示意图。如图2所示,该免疫组库数据分析方法可以包括以下步骤。
[0042]S201、终端接收针对第一样本的第一分析指令,该第一分析指令携带该第一样本的注释文件。
[0043]本发明实施例中,第一分析指令携带第一样本的注释文件,其中,该注释文件包括第一样本的免疫组库数据的V基因种类、D基因种类、J基因种类、⑶R3序列和Ig链的类型;其中,该第一样本的免疫组库数据包括多个TCR基因序列和/或多个BCR基因序列。
[0044]S202、终端响应该第一分析指令,根据该第一样本的注释文件,生成并输出针对该第一样本的整体分析图,该整体分析图包括V基因频率分布图、D基因频率分布图、J基因频率分布图、高克隆CDR3序列的频率分布图、CDR3的长度分布图、免疫多样性分析图、VDJ基因组合分析图、Ig链类型比例分布图和多Ig链类型共同序列分析图中的任意一种或多种分析图。
[0045]S203、终端接收用于对该第一样本和第二样本进行免疫组库差异分析的第二分析指令,该第二分析指令携带该第一样本的注释文件与该第二样本的注释文件。
[0046]本发明实施例中,该第二样本的注释文件包括第二样本的免疫组库数据的V基因种类、D基因种类、J基因种类、CDR3序列和Ig链的类型,该第二样本的免疫组库数据包括多个TCR基因序列和/或多个BCR基因序列;
[0047]S204、终端响应该第二分析指令,根据该第一样本的注释文件与该第二样本的注释文件,生成并输出针对该第一样本和该第二样本的差异分析图,该差异分析图包括高克隆差异分析图、免疫多样性差异分析图、V、D和J基因使用频率差异分析图、共有序列分析图和主成分分析图中的任意一种或多种分析图。
[0048]可选的,终端接收第二分析指令之后,将响应第二分析指令,根据该第一样本的注释文件包括的CDR3序列,统计第一样本的高克隆CDR3序列的比例,并根据该第二样本的注释文件包括的CDR3序列,统计第二样本的高克隆CDR3序列的比例;终端根据第一样本的高克隆CDR3的比例和第二样本的高克隆CDR3的比例,生成并输出针对第一样本和第二样本的高克隆差异分析图,该高克隆差异分析图用于指示第一样本和第二样本的高克隆CDR3比例差异情况。
[0049]可选的,终端接收第二分析指令之后,将响应第二分析指令,根据第一样本的注释文件中包括的V基因种类,统计第一样本包括的各V基因种类的数量,并且根据第二样本的注释文件中包括的V基因种类,统计第二样本包括的各V基因种类的数量;终端根据第一样本包括的各V基因种类的数量和第二样本包括的各V基因种类的数量,生成并输出针对第一样本和第二样本的V基因使用频率差异分析图,该V基因使用频率差异分析图用于指示第一样本和第二样本的各V基因种类的数量差异情况。
[0050]可选的,终端接收第二分析指令之后,将响应第二分析指令,根据第一样本的注释文件中包括的D基因种类,统计第一样本包括的各D基因种类的数量,并且根据第二样本的注释文件中包括的D基因种类,统计第二样本包括的各D基因种类的数量;终端根据第一样本包括的各D基因种类的数量和第二样本包括的各D基因种类的数量,生成并输出针对第一样本和第二样本的D基因使用频率差异分析图,该D基因使用频率差异分析图用于指示第一样本和第二样本的各D基因种类的数量分布差异情况。
[0051]可选的,终端接收第二分析指令之后,将响应第二分析指令,根据第一样本的注释文件中包括的J基因种类,统计第一样本包括的各J基因种类的数量,并且根据第二样本的注释文件中包括的J基因种类,统计第二样本包括的各J基因种类的数量;终端根据第一样本包括的各J基因种类的数量和第二样本包括的各J基因种类的数量,生成并输出针对第一样本和第二样本的J基因使用频率差异分析图,该J基因使用频率差异分析图用于指示第一样本和第二样本的各J基因种类的数量分布差异情况。
[0052]可选的,终端接收第二分析指令之后,将响应第二分析指令,根据第一样本和第二样本的注释文件中包括的CDR3序列和Ig链的类型,生成并输出针对第一样本和第二样本的共同序列分析图,该共同序列分析图用于指示第一样本和第二样本包括的不同类型的Ig链之间CDR3序列的共享差异情况。
[0053]可选的,终端接收第二分析指令之后,将响应第二分析指令,根据第一样本和第二样本的注释文件中包括的V基因种类、D基因种类和J基因种类,生成并输出针对第一样本和第二样本的主成分分析图。
[0054]在图2所描述的方法中,第二样本
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