个序列而提 供结果。可将此类指令从例如存储装置110的另一计算机可读媒体读取到存储器106中。 存储器106中所含有的指令序列的执行致使处理器104执行本文中所描述的过程。或者， 可代替或组合软件指令而使用硬连线电路来实施本发明教示。因此，本发明教示的实施方 案并不限于硬件电路与软件的任何特定组合。
[0041] 在各种实施例中，计算机系统100可跨网络连接到一或多个其它计算机系统（如 计算机系统100)W形成网络化系统。所述网络可包含专用网络或公用网络，例如因特网。 在网络化系统中，一或多个计算机系统可存储数据且将数据供应给其它计算机系统。在云 计算情境中，存储且供应数据的一或多个计算机系统可称为服务器或云。所述一或多个计 算机系统可包含一或多个web服务器，举例来说。将数据发送到服务器或云且从服务器或 云接收数据的其它计算机系统可称为客户端或云装置，举例来说。
[0042] 如本文中所使用的术语"计算机可读媒体"是指参与将指令提供到处理器104W 供执行的任何媒体。此媒体可采取许多形式，包含但不限于非易失性媒体、易失性媒体及传 输媒体。举例来说，非易失性媒体包含光盘或磁盘，例如存储装置110。易失性媒体包含动 态存储器，例如存储器106。传输媒体包含同轴电缆、铜线及光纤，包含包括总线102的导 线。
[0043] 举例来说，常见形式的计算机可读媒体或计算机程序产品包含软盘、柔性盘、硬 盘、磁带或任何其它磁性媒体、CD-ROM、数字视盘值VD)、蓝光盘、任何其它光学媒体、拇指驱 动器、存储器卡、RAM、PROM及EPROM、快闪EPROM、任何其它存储器忍片或盒式磁盘，或者计 算机可从其读取的任何其它有形媒体。
[0044] 在将一或多个指令的一或多个序列载运到处理器104W供执行时，可设及各种形 式的计算机可读媒体。举例来说，最初可在远程计算机的磁盘上载运指令。所述远程计算 机可将指令加载到其动态存储器中并使用调制解调器经由电话线发送指令。在计算机系统 100本地的调制解调器可接收电话线上的数据并使用红外发射器将数据转换为红外信号。 禪合到总线102的红外检测器可接收在红外信号中载运的数据并将数据置于总线102上。 总线102将数据载运到存储器106,处理器104从存储器106检索并执行指令。由存储器 106接收的指令可任选地在由处理器104执行之前或之后存储于存储装置110上。
[0045] 根据各种实施例，经配置W由处理器执行W执行方法的指令存储于计算机可读媒 体上。所述计算机可读媒体可为存储数字信息的装置。举例来说，计算机可读媒体包含此
技术领域中已知的用于存储软件的光盘只读存储器（CD-ROM)。计算机可读媒体由适合于执 行经配置而被执行的指令的处理器存取。
[0046] 已出于图解说明及描述的目的而呈现本发明教示的各种实施方案的W下描述。其 并非穷尽性的且不将本发明教示限制于所掲示的精确形式。修改及变化鉴于W上教示而可 能存在或可从本发明教示的实践获得。另外，所描述实施方案包含软件，但本发明教示可实 施为硬件与软件的组合或单独W硬件来实施。可用面向对象的程序设计系统及非面向对象 的程序设计系统两者来实施本发明教示。
[0047] 用于在電叠SWATH连輪中巧别遗漏产物离子的系统及方法
[0048] 如上文所描述，循序窗口化采集（SWATH?)可使用重叠采集窗来采集数据。可通过 将信号多路分用而从所采集数据提取较窄窗。将信号多路分用或去卷积设及将重叠相关扫 描相加在一起，且从邻近循环减去无关扫描，W得出SWATH?扫描，其现在含有来自比原始 采集窄的Ql窗的片段。影响此技术的数据质量的一个可能问题是：当类似化合物在邻近窗 中时，会从两个（所有）经多路分用窗减去所得片段。
[0049] 图2是根据各种实施例展示在其中类似化合物在邻近窗中的循序窗口化采集实 验中的重叠前驱物离子传输窗200的示范性图式。类似化合物210及220分开18化。举例 来说，化合物220仅因水离子的源中损失而不同于化合物210。
[0050] 图2展示重叠SWATH?实验的两个循环。在两个循环中，前驱物离子传输窗为25化 宽。在循环2中，使传输窗移位12. 5化，从而形成两个循环中的每一者中的窗之间的12. 5化 重叠。此重叠使得能够将信号多路分用成为12. 5化宽的有效窗。
[0051] 举例来说，循环1中的窗215的12. 5化部分211与循环2中的窗224的12. 5化 部分222的重叠可多路分用成有效12. 5化前驱物离子传输窗。基本上，将此12. 5窗多路 分用设及将窗224与窗215相加且接着从总和减去窗214及窗225。为防止剩下的信号发 生强烈峰值的测量变化，从总和减去来自窗214及窗225的贡献不止一次是常见的。
[0052] 然而，如上文所描述，关于此技术的问题是：当类似化合物在邻近窗中时，从两个 (所有）经多路分用窗减去所得片段。图2包含在邻近窗224及225中的化合物210及类 似化合物220,举例来说。
[0053] 图3是根据各种实施例展示对应于图2的前驱物离子传输窗214、215、224及225 的产物离子谱300的多路分用的示范性图式。从图2的前驱物离子传输窗215产生产物离 子谱315,且从图2的前驱物离子传输窗224产生产物离子谱324。多路分用通过将重叠相 关扫描相加在一起而开始。将图3的产物离子谱315与产物离子谱324相加。产物离子谱 315及产物离子谱324两者包含从图2中的前驱物离子220的片段化产生的产物离子。
[0054] 图3中的产物离子谱330为产物离子谱315与产物离子谱324的和。产物离子谱 330展示产物离子谱315及产物离子谱324的共同产物离子的强度已基本上加倍。然而，未 由产物离子谱315及产物离子谱324共享的其它产物离子（其未经展示）不加倍。
[0055] 在下一多路分用步骤中，从经求和产物离子谱减去来自邻近循环的无关扫描。更 具体来说，为了移除来自从图2中所展示的循环1中的窗215的12. 5化部分212中的前驱 物离子产生的产物离子且来自循环2中的窗224的12. 5化部分221中的产物离子的贡献， 从图3的经求和波谱330减去从图2的分别无关且重叠前驱物窗225及214中的前驱物离 子产生的产物离子。如上文所描述，为防止剩下的信号发生强烈峰值的测量变化，从总和减 去从窗214及窗225产生的产物离子不止一次是常见的。
[0056] 从图2的前驱物离子传输窗214产生产物离子谱314,且从图2的前驱物离子传输 窗225产生产物离子谱325。在图3中，从经求和产物离子谱330减去产物离子谱314两 次，从而产生产物离子谱340。由于产物离子314不含有与经求和产物离子谱330共同的任 何离子，因此产物离子谱340仍包含化合物220的产物离子。
[0057] 接着从产物离子谱340减去产物离子谱325两次，从而产生产物离子谱350。然 而，产物离子谱325包含从图2的化合物210的片段化产生的产物离子。由于图2的化合 物220及210为类似化合物，因此其片段化图案几乎是完全相同的。换句话说，图3的产物 离子谱325中所展示的产物离子与产物离子谱340中所展示的共同离子几乎完全相同。因 此，从产物离子谱340减去产物离子谱325两次有效地从所得经多路分用产物离子谱350 移除图2的化合物220的产物离子。
[0058] 类似地，从经多路分用12. 5化窗移除图2的化合物210的产物离子，从图2中所展 示的循环2中的窗225的12. 5化部分227中的前驱物离子且从循环1中的窗216的12. 5化 部分217中的前驱物离子产生所述经多路分用12. 5化窗。因此，减去重叠窗导致从来自所 有经多路分用窗的邻近窗中的类似化合物产生的片段的损失。
[0059] 图3的产物离子谱315、324、330、340、314、350及325仅描绘从图2的化合物210 及220产生的产物离子W便更清晰地展示此等产物离子可如何受多路分用影响。然而，所 属领域的技术人员可了解，图3的产物离子谱315、324、330、340、314、350及325可包含其 它产物离子。类似地，图2中的前驱物离子传输窗215、216、224及225仅描绘化合物210 及220的前驱物离子W便更清晰地展示此等前驱物离子可如何受多路分用影响。然而，所 属领域的技术人员可了解，图2中的传输窗215、216、224及225可包含其它前驱物离子。
[0060] 还如上文所描述，影响数据质量的另一个问题是：多路分用采取正方形Ql传输 窗，且假定片段为化合物跨此Ql窗相等地展开的结果。
[0061] 更快更灵敏仪器可直接采集较窄SWATH?窗。然而，与更快更灵敏仪器组合的多路 分用接着可实现仍具有影响数据质量的一些问题的甚至更窄的窗。
[0062] 在各种实施例中，方法及系统提供在重叠采集窗的多路分用之后的经改进数据质 量。
[0063] 在各种实施例中，在已将信号多路分用之后，方法及系统通过将邻近经多路分用 窗求和在一起而重构原始采集窗。举例来说，12. 5化部分211及12. 5化部分212的经多路 分用产物离子谱可相加在一起W尝试且重构前驱物离子传输窗215的原始产物离子谱（图 3的315)。然而，共享片段（图2的220)将从此所重构波谱遗漏。
[0064] 在各种实施例中，方法及系统通过将所重构波谱与原始所采集波谱进行比较（减 去所述两者）而识别遗漏离子。举例来说，将12. 5化部分211的产物离子谱及12. 5化部 分212的产物离子谱的和与前驱物离子传输窗215的原始产物离子谱（图3的315)进行 比较。接着可将任何遗漏信号加回到经多路分用窗W实现所述窗的片段化波谱的更准确表 /J、-O
[0065] 在各种实施例中，方法及系统还基于传输窗的形状或前驱物信号的不存在而提供 波谱加权。如上所述，多路分用采取正方形传输窗且片段为化合物跨此窗相等地展开的结 果，此为不真实的。在各种实施例中，传输窗的实际形状用于对所得波谱加权。当此波谱用