物离子谱。分析模块620通过将经求和多路分用的第一 产物离子谱与第一产物离子谱进行比较而识别经求和多路分用的第一产物离子谱中的遗 漏产物离子。
[0101] 撒据连例
[0102] 在数据采集的每一循环期间采集所有可能质谱分析/质谱分析（MS/M巧片段的能 力已根本上改变肤定量能力。由于不需要现有信息，因此大大地简化数据采集。在数据处 理期间，可在任何时间改变研究哪些肤及蛋白质的细节，而不需要重新采集任何数据。在循 序窗口化采集（SWATH?)的情形中，采集技术利用与高分辨率时间飞行灯0巧分析组合的宽 Ql隔离来提供可与单位分辨率选择反应监测（SRM)比较的选择性。SWATH?为隔离宽度与 循环时间（目P，跨液相色谱化C)峰值的点）之间的折中。
[0103] 重叠SWATH?窗的使用可改进循环时间且减少SWATH?窗大小。本文中描述SWATHTM W用于图解说明目的。所属领域的技术人员将了解，同样可应用其它类型的质谱分析技术。
[0104] 采集窗宽度对选择性及循环时间具有影响。较宽窗具有较少选择性但提供较快循 环时间。窄窗具有更多选择性，但W较长循环时间为代价。通过重叠采集窗，可能提取哪些 片段属于哪些前驱物质量范围。 阳1化]在实验中，通过灌入酪蛋白肤水解液的混合物而执行初始实验。覆盖675-700质 量/电荷（m/z)前驱物的SWATH?窗包含为692m/z的主导肤W及为684m/z的较低强度肤。 所得波谱具有主要来自主导692肤的片段。再次采集相同混合物，但运次具有每一循环移 位5Da(在第一循环中移位675到700Da，在第二循环中移位680到705化等等）的SWATH? 窗。使用方程式组将此数据去卷积W增强所关注的区域，举例来说。容易地区分684m/z肤 片段化图案与692m/z肤，从而论证解析度接近于抓a窗。描述W上实例W用于图解说明目 的。所属领域的技术人员将了解，同样可使用不同m/z前驱物及不同解析度窗。 阳106] 在另一实验中，将类似采集及处理策略应用于由纳LC分离的大肠杆菌水解液。在 此实验中，将25化窗去卷积为~細a窗，从而产生用于类似m/z的共洗脱肤的单独MS/MS。 所提取离子色谱图狂IC)论证经去卷积较窄SWATH?窗的经改进选择性、信噪（S/N)比及可 比较循环时间。在此实验中，应用大规模肤检测方法，从而利用超过1000个肤目标及每肤 多个片段离子。错误发现率分析论证通过使用重叠窗的去卷积而检测到显著较多肤W产生 较窄窗。 阳107] 在又一实验中，将相同技术应用于小分子化合物的检测。在此实验中，化合物3， 4-甲二氧基-N-甲基苯丙胺（MDMA)及3,4-甲二氧基-N-乙基苯丙胺（MDEA)分开14Da。传 统SWATH?采集导致在同一窗中检测到两种化合物，从而使保留时间为关键识别准则。经去 卷积数据将两种化合物分离成个别窗，从而在每一XIC中仅产生一个显著色谱分析峰值。
[0108] 在各种实施例中，方法及系统使用重叠窗W从明显较窄的Ql窗产生MS/MS数据， 且测量较窄窗对肤及小分子检测的定性及定量性质的效应。
[0109] 在各种实施例中，使用（举例来说）允许对后续SWATH?窗之间的重叠的控制的 AnalystTF1.6的研究版本来收集数据。本文中描述AnalystTF1.6W用于图解说明目 的。所属领域的技术人员将了解，同样可使用其它软件工具。
[0110] 在各种实施例中，W200nl.min-l的流率从（举例来说化ksigentNanoLC? 2D Plus系统注入且洗脱肤水解液样本。用于材料的洗脱的梯度取决于所注入样本的复杂性。 本文中描述化SigentNarwLC? 2DPlus系统W用于图解说明目的。所属领域的技术人员 将了解，同样可使用其它分离装置。 阳111] 在各种实施例中，使用（举例来说）岛津ProminenceUFLC系统分析小分子样本， 在5分钟内使用从流动相A的90 % (水/乙腊巧5/5 (v/v)) +0.I%甲酸）到流动相B的 80% (水/ 乙腊巧/95(v/v))+0. 1% 甲酸）的梯度W400uL/min操作岛津ProminenceUFLC 系统，举例来说。W40°C操作柱烘箱，举例来说。来自菲罗口（Phenomenex)(加利福尼亚 州托伦斯市）的LunaKinetexC18(2x50mm，2. 6u)柱与IOuL的注入体积一起使用，举例来 说。本文中描述岛津ProminenceUFLC系统及操作条件W用于图解说明目的。所属领域的 技术人员将了解，同样可使用其它分析系统及操作条件。
[0112] 在各种实施例中，使用（举例来说）具有执行窄窗的重构的研究插件程序的 PeakView? 1.2软件来处理数据。本文中描述化akView? 1.2软件W用于图解说明目的。 所属领域的技术人员将了解，同样可使用其它软件工具。
[011引连輪结果
[0114] 图7图解说明根据各种实施例展示重叠SWATH?窗的去卷积的示范性曲线图700。
[0115] 在正常SWATH?采集期间，用适度宽的Ql隔离窗覆盖整个质量范围。在每一循环 中，采集相同窗。选择大小（每一窗的积累时间）W便在适于跨LC峰值测量足够数目个点 的时间内覆盖所有质量范围。
[0116] 在各种实施例中，借助重叠SWATH?采集，在每一循环中采集相同大小窗。然而，每 一循环引入窗的位置的移位。图7中展示二分之一窗的移位的实例。
[0117] 在各种实施例中，来自重叠区域的波谱用于创建数据文件，其中在单独实验中保 存来自每一经去卷积窗的波谱数据。
[0118] 图8图解说明根据各种实施例展示来自酪蛋白水解液混合物的灌入的实例的示 范性曲线图800。
[0119] 参考图8,25化的正常5胖4册"窗由来自692111八肤的片段化支配。来自684111八肤 的片段存在但难W看到。在重叠SWATH?采集的去卷积之后，5化窗化80到685Da)已移除 来自692m/z肤的所有干扰。剩余片段化图案实际上看起来与从IDA实验采集的波谱完全 相同。
[0120] 图9图解说明根据各种实施例展示来自大肠杆菌蛋白质水解液的LC分离的实例 的示范性曲线图900。 阳121] 在复杂混合物的LC分离期间，具有在25化SWATH?窗内洗脱的多个肤是极其常见 的。如图9中所展示，大小为SDa的经去卷积窗能够分离MS/MSW用于两个共洗脱肤。 阳122] 图10图解说明根据各种实施例展示多个片段的XIC的示范性曲线图1000。
[012引在具有25化SWATH?窗的情况下，数个突出片段离子的XIC展示两个共洗脱肤的 混合物。使用XIC分布曲线可能确定哪些片段属于哪一肤。然而，当使用重叠SWATH?窗采 集数据时此步骤为不必要的。较窄窗仅含有来自单个肤的片段离子。 阳124]图11图解说明根据各种实施例展示来自较窄经去卷积窗的S/N比改进的示范性 曲线图1100。 阳12引如图11中所展示，将数个肤的XIC进行比较W用于S/N比。在所有情形中，当数 据借助重叠窗采集且经卷积为较窄窗时改进S/N比。
[01%] 图12图解说明根据各种实施例展示等效循环时间使得充裕点能够跨LC峰值的示 范性曲线图1200。
[0127]重要的是维持短循环时间使得可获得跨LC峰值的足够数目个点。减小正常 SWATH?读取的窗大小将增加循环时间，且将跨LC峰值的点数目减少到不可接受水平W用 于量化。 阳12引在各种实施例中，通过使用重叠窗，循环时间与正常SWATH?完全相同，但可将数 据去卷积为较窄窗。可获得较窄窗的益处，同时维持良好循环时间。
[0129] 图13图解说明根据各种实施例展示经改进定量的示范性曲线图1300。
[0130] 图14图解说明根据各种实施例展示小分子的检测的示范性曲线图1400。 阳131]迅速LC分离可容易地产生在宽度上小于3秒的峰值。使用SWATH?来监测所有化 合物需要通常涵盖具有极其类似片段化图案的相关化合物的窗。运些化合物的确信识别将 需要对保留时间的仔细关注。
[0132]在各种实施例中，在具有重叠窗的情况下，可将数据卷积为较窄窗，从而使得能够 更容易地识别化合物。 阳1扣]结论
[0134]总之，方法及系统提供在将重叠采集窗多路分用之后的经改进数据质量。具体来 说，重叠窗达成在工作周期中不具有损失的情况下去卷积为较窄窗，且较窄窗改进MS/MS 质量及定量性质。
[0135]尽管结合各种实施例描述了本发明教示，但并不打算将本发明教示限制于此类实 施例。相反，本发明教示囊括各种替代方案、修改及等效形式，如所属领域的技术人员将了 解。
[0136]此外，在描述各种实施例时，说明书可能已将方法及/或过程呈现为特定步骤序 列。然而，在所述方法或过程不依赖于本文中所陈述的特定步骤序列的前提下，所述方法或 过程不应限制于所描述的特定步骤序列。如所属领域的技术人员将了解，可能有其它步骤 序列。因此，说明书中所陈述的步骤的特定次序不应理解为对权利要求书的限制。另外，针 对于所述方法及/或过程的权利要求不应限制于其步骤W所写的次序的执行，且所属领域 的技术人员可容易了解，所述序列可变化且仍保持在各种实施例的精神及范围内。
【主权项】
1. 一种用于在循序窗口化采集串联质谱法中在多路分用通过重叠前驱物离子传输窗 产生的产物离子谱之后识别遗漏产物离子的系统，其包括： 串联质谱仪，其通过如下方式对样本执行重叠循序窗口化采集 在每一循环上，使前驱物质量窗跨质量范围步进，使每一步进式前驱物质量窗的所传 输前驱物离子片段化，且分析从所述片段化的经传输前驱物离子产生的产物离子，及 在至少两个循环之间，使所述步进式前驱物质量窗移位以产生所述至少两个循环之间 的重叠质量窗， 其中所述重叠循序窗口化采集针对所述至少两个循环中的每一循环的每一步进式前 驱物质量窗产生产物离子谱；以及处理器，其与所述串联质谱仪通信，所述处理器 从所述串联质谱仪接收所述至少两个循环的多个重叠步进式前驱物质量窗及其对应 产物离子谱， 从所述多个重叠步进式前驱