专利名称：使用了微阵列的核酸的检测方法以及微阵列数据解析装置的制作方法
技术领域：
本发明涉及使用了微阵列的核酸的检测方法以及微阵列数据解析装置。更详细而 言涉及使用了微阵列的包含核酸结合蛋白质所结合的碱基序列的对象核酸的检测方法、以 及用于执行该检测方法的微阵列数据解析装置。
背景技术：
微阵列还被称为核酸芯片，是在塑料、玻璃等的基板上高密度地配置作为探针的 核酸断片而得到的。通过使该微阵列上的探针与检测体试样中的核酸(DNA、cDNA、RNA或 者cRNA)杂交(hybridization)，可以定量或者定性地解析检测体试样中的核酸中所包含 的多个遗传基因。例如，通过将微阵列用于RNA的解析，可以进行遗传基因的发现解析，通过用于染 色体组DNA的解析，可以实现其拷贝数的测定(CGH解析)、转录因子的解析、DNA的甲基化 区域的解析等。另外，还已知使用微阵列，对包含核酸结合蛋白质所结合的碱基序列的对象核酸 进行检测的方法。例如，已知将染色质(chromatin)免疫沉淀(ChIP)法与微阵列解析进行 了组合的“ChlP-on-chip法”。在该ChlP-on-chip法中，首先，使用用于识别兴趣对象的核 酸结合蛋白质的抗体来进行染色质免疫沉淀，取得与该蛋白质结合的核酸。接下来，使取得 的核酸与微阵列上的探针杂交(hybridize)。然后，通过确认与核酸杂交的微阵列上的探 针，可以解析兴趣对象的核酸结合蛋白质所结合的核酸。还已知对作为核酸结合蛋白质，使用了抗甲基化胞嘧啶(crtosine)抗体或者抗 甲基化胞苷(cytidine)抗体的甲基化DNA免疫沉淀(MeDIP)法与微阵列解析进行了组合 的“MeDIP-on-chip法”。在该MeDIP-on-chip法中，通过确认与用甲基化DNA免疫沉淀法 取得的DNA杂交的微阵列上的探针，可以解析甲基化DNA。进而，作为微阵列，使用嵌合状地排列了具有从全染色体组区域或者特定的区域 中等间隔地抽出的碱基序列的探针的嵌合阵列(tilingarray)，网罗地解析核酸结合蛋白 质所结合的核酸、甲基化DNA。在使用微阵列的解析中，检测体试样中的核酸通常和具有与自身的碱基序列互补 性的排列的探针特异地杂交，但还有时和具有与自身的碱基序列非互补性的序列的探针或 者微阵列的基板表面非特异地杂交。在核酸与各探针之间的这样的碱基序列中通过非特 异的杂交而得到的信号测定值中，有时包含没有生物学的根据的噪声分量(以下，称为“背 景”)。这样的背景成为降低测定的精度的重要的要因。因此，在微阵列数据的解析中，需要去除由上述那样的非特异的杂交产生的背景 而校正数据的操作即背景校正。作为这样的背景校正的方法，已知使用了例如Affymetrix公司的GeneChip (注册 商标)中的错配(mismatch)探针的方法。在Affymetrix公司的GeneChip (注册商标)中，在基板上，除了具有与解析对象的序列完全互补性的序列的完全匹配(PM) (perfect match)探针以外，还配置有具有与PM 探针的序列相差1碱基的序列的错配(MM)探针。于是，通过从自PM探针得到的信号值中 减去自匪探针得到的信号值，可以去除在探针的序列中由于非特异的结合产生的背景，而 校正测定数据。但是，在该方法中，由于必需在微阵列中配置MM探针，所以在使用不存在MM探针 的微阵列的情况下，无法应用该方法。另外，在PM探针与匪探针中由于非特异的杂交引起 的影响大为不同的情况较多，所以在该方法中未必适当地反映出去除了该影响的值(参照 W003/070938)。除了使用匪探针的方法以外，还开发了背景校正的方法(参照W003/070938)。例 如，有利用了没有配置解析对象的测定用探针的区域的背景去除方法(参照W003/070938 的背景技术)。在该方法中，将从配置了各探针的区域(点)的周围区域或者没有配置探针 的空白点得到的信号作为背景，而可以从自测定用探针得到的信号中减去。即，可以去除由 于检测体试样中的核酸与微阵列的基板表面的非特异的杂交而产生的背景，来校正测定数 据。但是，在该方法中，无法去除由于检测体试样中的核酸与探针的非特异的结合而 产生的背景，所以数据的解析精度不高。另外，在利用空白点的方法中，由于需要和具有与解析对象的碱基序列互补性的 碱基序列的探针独立地，在基板上预先配置空白点，所以在使用不存在空白点的微阵列的 情况下，无法应用该方法。作为其他背景校正的方法，有使用随机探针的方法(参照JP2008-039475)。在该 方法中，使用在基板上除了具有与解析对象的碱基序列互补性的碱基序列的探针(计数探 针)以外，还配置有不与解析对象的碱基序列对应的探针(随机探针)的微阵列。于是， 根据从随机探针得到的信号来预测背景的影响度，从自计数探针得到的信号中去除该影响度。但是，在该方法中，也需要与计数探针独立地，在基板上预先配置随机探针，所以 在微阵列中使用不存在空白点的微阵列的情况下，无法应用该方法。另外，在该方法中，根 据解析对象，在各随机探针中非特异的结合的影响大为不同，所以有时无法实现充分的背 景校正。另外，作为上述背景校正以外的数据的校正方法，有利用数据的正规化的校正。在使用了微阵列的实验中，所测定的信号的数据针对每个测定具有不同的偏置 (偏移)的情况较多。因此，在比较多个微阵列数据的情况下，需要通过数学或者统计学的 手法来校正微阵列间的偏置。这样的校正操作被称为正规化。利用数据的正规化的校正不仅是微阵列间的偏置，而且还用于由于同一微阵列内 的点间的位置的相异而引起的偏置。在Affymetrix公司制的嵌合阵列中，在其阵列上没有配置背景校正用探针，但 该公司提供了对数据进行正规化的解析程序即TilingAnalysis Sof tware (以下，称为 “TAS”)。在利用TAS的解析中，针对从探针得到的信号的数据，不进行利用背景去除的校 正，而通过使用了数学或者统计学的手法的正规化来进行校正，计算出测定数据间的显著 性概率(significance probability) (ρ 值)。
但是，在利用数据的正规化的校正中，在配置于微阵列上的探针中，接下来的2个 条件成立成为前提·在测定间发现的变动观察不到的遗传基因的探针占据大半；·在测定间发现增大或者减少的遗传基因的探针是相同程度。
因此，不满足这些条件的错误的正规化反而可能成为背景的原因。另外，在利用数 据的正规化的校正中，由于不进行背景校正，所以数据的解析精度不高。
发明内容
本发明的范围仅由所附权利要求限定，不受本发明内容中的任何陈述的任何影 响。本发明的目的在于，提供一种在从检测体试样使用微阵列来检测包含核酸结合蛋 白质所结合的碱基序列的对象核酸的方法中，可以从检测体试样高精度地检测上述对象核 酸的方法。另外，本发明的目的在于提供一种即使在微阵列中没有预先配置上述那样的匪 探针、随机探针等背景校正用的特别的探针的情况下，也可以进行背景校正的方法。进而，本发明的目的在于提供一种执行上述检测中的微阵列数据的解析的装置。本发明者发现如下情形而完成了本发明在使用微阵列从检测体试样中检测包含 核酸结合蛋白质所结合的碱基序列(以下，还称为“识别序列”)的对象核酸的方法中，在上 述识别序列中将从不包括互补性的序列的校正用探针中得到的信号用作背景，对从与上述 对象核酸杂交的检测用探针中得到的信号进行校正，从而可以从检测体试样高精度地检测 对象核酸。进而，本发明者发现如下情形而完成了本发明根据识别序列，从配置于微阵列的 探针中，选择校正用探针，从而即使在没有预先配置用于校正背景的探针的微阵列中，也可 以从检测体试样高精度地检测对象核酸。另外，本发明提供一种在上述检测方法中还包括根据上述识别序列从配置于上述 微阵列的探针中选择上述校正用探针的工序的使用了微阵列的包含识别序列的对象核酸 的检测方法。另外，本发明提供一种还执行根据上述识别序列从配置于上述微阵列的探针中选 择上述校正用探针的处理的微阵列数据解析用的装置。SP，本发明如以下的[1] [22]所述。[1] 一种对象核酸的检测方法，所述对象核酸包含使用了微阵列的核酸结合蛋白 质所结合的碱基序列，其特征在于包括如下工序(1)使存在含有包含核酸结合蛋白质所结合的碱基序列的对象核酸的疑问的检测 体试样，接触到存在检测用探针以及校正用探针的微阵列，所述检测用探针与上述对象核 酸杂交，所述校正用探针不包含与上述核酸结合蛋白质所结合的碱基序列互补性的序列；(2)在接触工序之后，测定从检测用探针得到的第1信号以及从校正用探针得到 的第2信号，分别取得第1信号测定值以及第2信号测定值；(3)基于第2信号测定值，取得背景值；(4)利用背景值来校正第1信号测定值，取得第1信号的校正值；以及
(5)基于校正值，检测包含在检测体试样中的对象核酸。[2]在[1]的方法中，包括如下工序基于核酸结合蛋白质所结合的碱基序列与微 阵列中配置的探针的碱基序列，从微阵列中配置的探针，选择检测用探针与校正用探针。[3]在[1]或者[2]的方法中，在微阵列中存在多个校正用探针，背景值是从多个校正用探针得到的第2信号测定值的众数值。[4]在[1] [3]中的任意1个方法中，工序(5)是基于校正值与规定的阈值的比较结果，从检测体试样中检测对象核酸 的工序。[5] 一种对象核酸的检测方法，所述对象核酸包含使用了微阵列的核酸结合蛋白 质所结合的碱基序列，其特征在于包括如下工序(1)使存在含有包含核酸结合蛋白质所结合的碱基序列的对象核酸的疑问的检测 体试样，接触到存在检测用探针以及校正用探针的微阵列A，所述检测用探针与上述对象核 酸杂交，所述校正用探针不包含与上述核酸结合蛋白质所结合的碱基序列互补性的序列，使不存在含有上述对象核酸的疑问的对照试样，接触到存在与上述微阵列A相同 的探针的微阵列B ；(2)在接触工序之后，对从微阵列A的检测用探针得到的第1检测体信号以及从微阵列A的校正用探针 得到的第2检测体信号进行测定，分别取得第1检测体信号测定值以及第2检测体信号测 定值，对从微阵列B的检测用探针得到的第1对照信号以及从微阵列B的校正用探针得 到的第2对照信号进行测定，分别取得第1对照信号测定值以及第2对照信号测定值；(3)基于第2检测体信号测定值以及第2对照信号测定值，分别取得检测体背景值 以及对照背景值；(4)用检测体背景值来校正第1检测体信号测定值，取得第1检测体信号的检测体 校正值，用对照背景值来校正第1对照信号测定值，取得第1对照信号的对照校正值；(5)基于检测体校正值以及对照校正值，取得解析值；以及(6)基于解析值，检测包含在检测体试样中的对象核酸。[6]在[5]的方法中，还包括如下工序基于核酸结合蛋白质所结合的碱基序列， 从微阵列A以及B中存在的探针，选择检测用探针与校正用探针。[7]在[5]或者[6]的方法中，分别在微阵列A以及B中存在多个校正用探针，检测体背景值是从微阵列A的多个校正用探针中得到的第2检测体信号测定值的 众数值，对照背景值是从微阵列B的多个校正用探针中得到的第2对照信号测定值的众数值。[8]在[5] [7]中的任意1个方法中，分别在微阵列A以及B中存在多个检测用探针，
检测体校正值是从自微阵列A的多个检测用探针得到的第1检测体信号测定值中 减去检测体背景值而校正了的值，对照校正值是从自微阵列B的多个检测用探针得到的第1对照信号测定值中减去 对照背景值而校正了的值，解析值是显著性概率。[9]在[5] [8]中的任意1个方法中，工序(6)是基于解析值与规定的阈值的比较结果，从检测体试样中检测对象核酸 的工序。[10]在[1] [9]中的任意1个方法中，核酸结合蛋白质是DNA结合蛋白质。[11]在[10]的方法中，DNA结合蛋白质是多元群、转录因子、甲基化D NA结合蛋白 质、抗甲基化胞嘧啶抗体或者抗甲基化胞苷抗体。[12]在[10]或者[11]的方法中，DNA结合蛋白质是抗甲基化胞嘧啶抗体或者抗 甲基化胞苷抗体，校正用探针是不包括CpG序列的探针。[13]在[1] [12]中的任意1个方法中，包括如下工序(i)从生物体试样中通过免疫沉淀法来取得对象核酸；以及(ii)通过核酸放大法对在工序(i)中得到的对象核酸进行放大来调制检测体试 样。[14]在[13]的方法中，工序(ii)是对通过核酸放大法放大后的核酸进一步进行荧光标识的工序，从配置在微阵列中的探针得到的信号是荧光强度。[15] 一种微阵列数据解析装置，其使用了微阵列的用于检测包含核酸结合蛋白质 所结合的碱基序列的对象核酸，所述微阵列数据解析装置的特征在于包括处理器；以及受到处理器控制的存储器，包括适合使解析装置执行下列操作的软件指令取得第1信号测定值以及第2信号测定值，从与存在含有包含核酸结合蛋白质所结合的碱基序列的对象核酸的疑问的检测 体试样接触的微阵列中配置的与上述对象核酸杂交的检测用探针得到所述第1信号测定 值，从上述微阵列中配置的不包含与上述核酸结合蛋白质所结合的碱基序列互补性 的序列的校正用探针得到所述第2信号测定值；基于第2信号测定值，取得背景值；用背景值来校正第1信号测定值，取得第1信号的校正值；以及输出第1信号的校正值。[16]在[15]的微阵列数据解析装置中，包括如下工序受理核酸结合蛋白质所结合的碱基序列、与检测体试样接触的微阵列中配置的探 针的碱基序列以及从上述探针得到的信号测定值；以及基于核酸结合蛋白质所结合的碱基序列，从微阵列的探针中，选择校正用探针。[17]在[15]或者[16]的微阵列数据解析装置中，在微阵列中存在多个校正用探针，
背景值是从多个校正用探针得到的第2信号测定值的众数值。[18]在[15] [17]中的任意1个微阵列数据解析装置中，在微阵列中存在多个检测用探针，校正值是用背景值校正从微阵列的多个检测用探针中得到的第1信号测定值的值。[19] 一种微阵列数据解析装置，其使用了微阵列的用于检测包含核酸结合蛋白质 所结合的碱基序列的对象核酸，所述微阵列数据解析装置的特征在于包括处理器；以及受到处理器控制的存储器，包括适合使解析装置执行下列操作的软件指令取得第1检测体信号测定值、第2检测体信号测定值、第1对照信号测定值、以及 第2对照信号测定值，从与存在含有包含核酸结合蛋白质所结合的碱基序列的对象核酸的疑问的检测 体试样接触的微阵列A中存在的与上述对象核酸杂交的检测用探针得到所述第1检测体信 号测定值，从上述微阵列A中存在的不包含与上述核酸结合蛋白质所结合的碱基序列互补 性的序列的校正用探针得到所述第2检测体信号测定值，从使不存在含有上述对象核酸的疑问的对照试样接触的微阵列B中存在的上述 检测用探针得到所述第1对照信号测定值，从上述微阵列B中存在的不包含与上述核酸结合蛋白质所结合的碱基序列互补 性的序列的校正用探针得到所述第2对照信号测定值；基于第2检测体信号测定值以及第2对照信号测定值，分别取得检测体背景值以 及对照背景值；用检测体背景值来校正第1检测体信号测定值，取得第1检测体信号的检测体校 正值，用对照背景值来校正第1对照信号测定值，取得第1对照信号的对照校正值；基于检测体校正值以及对照校正值，取得解析值；以及输出解析值。[20]在[19]的微阵列数据解析装置中，包括如下工序受理核酸结合蛋白质所结合的碱基序列、与检测体试样接触的微阵列A中存在的 探针的碱基序列以及从上述探针得到的检测体信号测定值、以及与对照试样接触的微阵列 B中存在的探针的碱基序列以及从上述探针得到的对照信号测定值；以及基于核酸结合蛋白质所结合的碱基序列，从微阵列A以及B的探针中，选择校正用 探针。[21]在[19]或者[20]的微阵列数据解析装置中，分别在微阵列A以及B中存在多个校正用探针，检测体背景值是从微阵列A的多个校正用探针中得到的第2检测体信号测定值的 众数值，对照背景值是从微阵列B的多个校正用探针中得到的第2对照信号测定值的众数值。[22]在[19] [21]中的任意1个微阵列数据解析装置中，
分别在微阵列A以及B中存在多个检测用探针，检测体校正值是从自微阵列A的多个检测用探针得到的第1检测体信号测定值中 减去检测体背景值而校正了的值，对照校正值是从自微阵列B的多个检测用探针得到的第1对照信号测定值中减去 对照背景值而校正了的值，解析值是显著性概率。根据本发明的方法，可以使用微阵列从检测体试样中高精度地检测包含识别序列 的对象核酸。另外，根据本发明的方法，即使没有在微阵列中预先配置用于背景校正的特别 的探针的情况下，也可以进行背景校正。另外，本发明的装置可以执行上述检测方法的微阵 列数据的解析。另外，本发明的方法在从检测体试样中检测包含核酸结合蛋白质所结合的碱基序 列的对象核酸的微阵列实验中，可以提供高精度的检测结果。因此，可以利用于药品目标的 搜索、疾病的诊断等。
图1是包括本实施方式的微阵列数据解析装置的微阵列数据解析系统的整体概 要图。图2是示出通过解析装置100的CPUllOa进行的第1实施方式的微阵列数据解析 的处理的流程图。图3是示出通过解析装置100的CPUllOa进行的第2实施方式的微阵列数据解析 的处理的流程图。图4是示出通过解析装置100的CPUllOa进行的第3实施方式的微阵列数据解析 的处理的流程图。图5是示出通过解析装置100的CPUllOa进行的第4实施方式的微阵列数据解析 的处理的流程图。图6是表示在实施例1中特异地回收了甲基化DNA的琼脂糖凝胶电泳的照片。图7是将乳癌细胞株MCF-7用作检测体试样的微阵列的解析结果(S/N比以及显 著性概率)的曲线。图8是将乳癌细胞株SK-BR-3用作检测体试样的微阵列的解析结果(S/N比以及 显著性概率)的曲线。图9是分别利用包括控制探针的校正用探针以及不包括CpG序列的校正用探针进 行了背景校正的情况下的显著性概率的曲线。图10是示出本实施方式的解析装置100的硬件结构的框图。
具体实施例方式以下参考附图来描述本发明的优选实施例。上述“核酸结合蛋白质”是指，识别核酸具有的特定的碱基序列而特异地结合的蛋 白质。核酸结合蛋白质优选为DNA结合蛋白质。作为DNA结合蛋白质，例如可以举出多元 群、转录因子、甲基化DNA结合蛋白质、抗甲基化胞嘧啶抗体、抗甲基化胞苷抗体等。
“多元群”是指，作为与染色质结合的巨大的蛋白质复合体而存在于细胞内的分子 群。“转录因子”是调节遗传基因的转录的因子，是指RNA聚合酶以外的分子群。作为转录 因子，例如可以举出TATA结合蛋白质(TBP)、EGR2、c-Myc、ER、S0X6等。上述“核酸结合蛋白质所结合的碱基序列”是指，已知上述核酸结合蛋白质识别而 特异地结合的情况的碱基序列，还被称为识别序列。这样的识别序列优选为1 15碱基左右、更优选为1 10碱基、进一步优选为 1 7碱基、最优选为1 5碱基的长度。在核酸结合蛋白质是甲基化DNA结合蛋白质的情况下，识别序列可以是例如CpG 序列。另外，在核酸结合蛋白质是转录因子的情况下，识别序列可以是例如表1所示的碱基 序列。这样的核酸结合蛋白质所结合的序列可以通过本领域技术人员公知的数据库、 例如 TESS-General Factor Search Form(http://www. cbil. upenn. edu/cgi-bin/tess/ tess ？ RQ = FCT-FRMREQ-Search)来检索。表1
权利要求
一种对象核酸的检测方法，所述对象核酸包含使用了微阵列的核酸结合蛋白质所结合的碱基序列，其特征在于包括如下工序(1)使存在含有包含核酸结合蛋白质所结合的碱基序列的对象核酸的疑问的检测体试样，接触到存在检测用探针以及校正用探针的微阵列，所述检测用探针与上述对象核酸杂交，所述校正用探针不包含与上述核酸结合蛋白质所结合的碱基序列互补性的序列；(2)在接触工序之后，测定从检测用探针得到的第1信号以及从校正用探针得到的第2信号，分别取得第1信号测定值以及第2信号测定值；(3)基于第2信号测定值，取得背景值；(4)利用背景值来校正第1信号测定值，取得第1信号的校正值；以及(5)基于校正值，检测包含在检测体试样中的对象核酸。
2.根据权利要求1所述的检测方法，其特征在于包括如下工序基于核酸结合蛋白质所结合的碱基序列与微阵列中配置的探针的碱基序列，从微阵列 中配置的探针，选择检测用探针与校正用探针。
3.根据权利要求1或2所述的检测方法，其特征在于 在微阵列中存在多个校正用探针，背景值是从多个校正用探针得到的第2信号测定值的众数值。
4.根据权利要求1 3中的任意一项所述的检测方法，其特征在于工序(5)是基于校正值与规定的阈值的比较结果，从检测体试样中检测对象核酸的工序。
5.一种对象核酸的检测方法，所述对象核酸包含使用了微阵列的核酸结合蛋白质所结 合的碱基序列，其特征在于包括如下工序(1)使存在含有包含核酸结合蛋白质所结合的碱基序列的对象核酸的疑问的检测体试 样，接触到存在检测用探针以及校正用探针的微阵列A，所述检测用探针与上述对象核酸杂 交，所述校正用探针不包含与上述核酸结合蛋白质所结合的碱基序列互补性的序列，使不存在含有上述对象核酸的疑问的对照试样，接触到存在与上述微阵列A相同的探 针的微阵列B ；(2)在接触工序之后，对从微阵列A的检测用探针得到的第1检测体信号以及从微阵列A的校正用探针得到 的第2检测体信号进行测定，分别取得第1检测体信号测定值以及第2检测体信号测定值， 对从微阵列B的检测用探针得到的第1对照信号以及从微阵列B的校正用探针得到的 第2对照信号进行测定，分别取得第1对照信号测定值以及第2对照信号测定值；(3)基于第2检测体信号测定值以及第2对照信号测定值，分别取得检测体背景值以及 对照背景值；(4)用检测体背景值来校正第1检测体信号测定值，取得第1检测体信号的检测体校正值，用对照背景值来校正第1对照信号测定值，取得第1对照信号的对照校正值；(5)基于检测体校正值以及对照校正值，取得解析值；以及(6)基于解析值，检测包含在检测体试样中的对象核酸。
6.根据权利要求5所述的检测方法，其特征在于还包括如下工序基于核酸结合蛋白质所结合的碱基序列，从微阵列A以及B中存在的探针，选择检测用 探针与校正用探针。
7.根据权利要求5或6所述的检测方法，其特征在于 分别在微阵列A以及B中存在多个校正用探针，检测体背景值是从微阵列A的多个校正用探针中得到的第2检测体信号测定值的众数值，对照背景值是从微阵列B的多个校正用探针中得到的第2对照信号测定值的众数值。
8.根据权利要求5 7中的任意一项所述的检测方法，其特征在于 分别在微阵列A以及B中存在多个检测用探针，检测体校正值是从自微阵列A的多个检测用探针得到的第1检测体信号测定值中减去 检测体背景值而校正了的值，对照校正值是从自微阵列B的多个检测用探针得到的第1对照信号测定值中减去对照 背景值而校正了的值， 解析值是显著性概率。
9.根据权利要求5 8中的任意一项所述的检测方法，其特征在于工序(6)是基于解析值与规定的阈值的比较结果，从检测体试样中检测对象核酸的工序。
10.根据权利要求1 9中的任意一项所述的检测方法，其特征在于 核酸结合蛋白质是DNA结合蛋白质。
11.根据权利要求10所述的检测方法，其特征在于DNA结合蛋白质是多元群、转录因子、甲基化DNA结合蛋白质、抗甲基化胞嘧啶抗体或 者抗甲基化胞苷抗体。
12.根据权利要求10或11所述的检测方法，其特征在于DNA结合蛋白质是抗甲基化胞嘧啶抗体或者抗甲基化胞苷抗体，校正用探针是不包括 CpG序列的探针。
13.根据权利要求1 12中的任意一项所述的检测方法，其特征在于包括如下工序 (i)从生物体试样中通过免疫沉淀法来取得对象核酸；以及( )通过核酸放大法对在工序(i)中得到的对象核酸进行放大来调制检测体试样。
14.根据权利要求13所述的检测方法，其特征在于工序(ii)是对通过核酸放大法放大后的核酸进一步进行荧光标识的工序， 从配置在微阵列中的探针得到的信号是荧光强度。
15.一种微阵列数据解析装置，其使用了微阵列的用于检测包含核酸结合蛋白质所结 合的碱基序列的对象核酸，所述微阵列数据解析装置的特征在于包括处理器；以及受到处理器控制的存储器，包括适合使解析装置执行下列操作的软件指令 取得第1信号测定值以及第2信号测定值，从与存在含有包含核酸结合蛋白质所结合的碱基序列的对象核酸的疑问的检测体试 样接触的微阵列中配置的与上述对象核酸杂交的检测用探针得到所述第1信号测定值， 从上述微阵列中配置的不包含与上述核酸结合蛋白质所结合的碱基序列互补性的序3列的校正用探针得到所述第2信号测定值； 基于第2信号测定值，取得背景值；用背景值来校正第1信号测定值，取得第1信号的校正值；以及 输出第1信号的校正值。
16.根据权利要求15所述的微阵列数据解析装置，其特征在于包括如下工序受理核酸结合蛋白质所结合的碱基序列、与检测体试样接触的微阵列中配置的探针的 碱基序列以及从上述探针得到的信号测定值；以及基于核酸结合蛋白质所结合的碱基序列，从微阵列的探针中，选择校正用探针。
17.根据权利要求15或16所述的微阵列数据解析装置，其特征在于 在微阵列中存在多个校正用探针，背景值是从多个校正用探针得到的第2信号测定值的众数值。
18.根据权利要求15 17中的任意一项所述的微阵列数据解析装置，其特征在于 在微阵列中存在多个检测用探针，校正值是用背景值校正从微阵列的多个检测用探针中得到的第1信号测定值的值。
19.一种微阵列数据解析装置，其使用了微阵列的用于检测包含核酸结合蛋白质所结 合的碱基序列的对象核酸，所述微阵列数据解析装置的特征在于包括处理器；以及受到处理器控制的存储器，包括适合使解析装置执行下列操作的软件指令 取得第1检测体信号测定值、第2检测体信号测定值、第1对照信号测定值、以及第2 对照信号测定值，从与存在含有包含核酸结合蛋白质所结合的碱基序列的对象核酸的疑问的检测体试 样接触的微阵列A中存在的与上述对象核酸杂交的检测用探针得到所述第1检测体信号测 定值，从上述微阵列A中存在的不包含与上述核酸结合蛋白质所结合的碱基序列互补性的 序列的校正用探针得到所述第2检测体信号测定值，从使不存在含有上述对象核酸的疑问的对照试样接触的微阵列B中存在的上述检测 用探针得到所述第1对照信号测定值，从上述微阵列B中存在的不包含与上述核酸结合蛋白质所结合的碱基序列互补性的 序列的校正用探针得到所述第2对照信号测定值；基于第2检测体信号测定值以及第2对照信号测定值，分别取得检测体背景值以及对 照背景值；用检测体背景值来校正第1检测体信号测定值，取得第1检测体信号的检测体校正值， 用对照背景值来校正第1对照信号测定值，取得第1对照信号的对照校正值； 基于检测体校正值以及对照校正值，取得解析值；以及 输出解析值。
20.根据权利要求19所述的微阵列数据解析装置，其特征在于包括如下工序 受理核酸结合蛋白质所结合的碱基序列、与检测体试样接触的微阵列A中存在的探针的碱基序列以及从上述探针得到的检测体信号测定值、以及与对照试样接触的微阵列B中 存在的探针的碱基序列以及从上述探针得到的对照信号测定值；以及基于核酸结合蛋白质所结合的碱基序列，从微阵列A以及B的探针中，选择校正用探针。
21.根据权利要求19或20所述的微阵列数据解析装置，其特征在于 分别在微阵列A以及B中存在多个校正用探针，检测体背景值是从微阵列A的多个校正用探针中得到的第2检测体信号测定值的众数值，对照背景值是从微阵列B的多个校正用探针中得到的第2对照信号测定值的众数值。
22.根据权利要求19 21中的任意一项所述的微阵列数据解析装置，其特征在于 分别在微阵列A以及B中存在多个检测用探针，检测体校正值是从自微阵列A的多个检测用探针得到的第1检测体信号测定值中减去 检测体背景值而校正了的值，对照校正值是从自微阵列B的多个检测用探针得到的第1对照信号测定值中减去对照 背景值而校正了的值， 解析值是显著性概率。
全文摘要
本发明提供一种将从在核酸结合蛋白质所结合的碱基序列中不包含互补性的序列的校正用探针中得到的信号用作背景，对从与上述对象核酸杂交的检测用探针中得到的信号进行校正的使用了微阵列的包含核酸结合蛋白质所结合的碱基序列的对象核酸的检测方法以及执行该检测方法的微阵列数据解析装置。
文档编号C12Q1/68GK101935699SQ20101021519
公开日2011年1月5日 申请日期2010年6月24日 优先权日2009年6月30日
发明者梶田昌裕, 田岛庆彦, 酒井绫子 申请人:希森美康株式会社