相关申请的交叉引用
本申请要求2017年4月5日提交的美国临时申请第62/482,162号和2017年5月26日提交的美国临时申请第62/511,740号的优先权。所述美国临时申请中的每一个的内容都通过完整引用并入本文。
本公开涉及适于治疗帕金森氏病(pd)和相关疾病的药物组合物和方法。
背景技术：
哺乳动物的胃肠(gi)道中含有多种微生物。这些微生物之间以及微生物和宿主(例如宿主免疫系统)之间的相互作用形成了微生物群。健康的微生物群对宿主有多种好处，包括对广谱病原体的定植抗力、必需营养素的生物合成和吸收，以及维持健康肠上皮和适当控制的全身免疫的免疫刺激。不平衡的微生物群(也称为“生态失调”或被破坏的共生关系)可能会失去其功能，并且更容易受病原体的感染、代谢特征改变或引发可导致局部或全身炎症或自身免疫的促炎信号。此外，这种被破坏的微生物群可能被一种或多种外来病原体感染，可能导致疼痛、腹泻、胀气、便秘等症状。因此，肠道微生物群在许多疾病如肠道病原感染的发病机制中起着重要作用。
将人结肠微生物群植入或施用到患者的肠道中称为粪便微生物群移植(fmt)，通常也称为粪便细菌疗法。据信，fmt可以使肠道重新充满多种微生物，其通过创造一个不利于主要病原体增殖和生存的生态环境来控制主要病原体。它代表一种治疗方案，实现正常组成性和功能性肠道微生物群落的快速重构。
fmt已被用于治疗艰难梭菌感染(cdi)。fmt还被建议用于治疗其他肠道传染源，如大肠杆菌和耐万古霉素肠球菌(vre)。它需要通过结肠镜、灌肠剂或人类微生物群的鼻空肠管以均质粪便或培养的粪便成分如梭菌的形式注入，以植入结肠，从而置换或根除病原菌，如艰难梭菌。
帕金森氏病(pd)是一种影响运动的慢性进行性神经系统疾病。pd随着大脑黑质区域神经元的丧失而产生，导致神经递质多巴胺的可用性降低。肠内多巴胺水平也可能降低。美国有近一百万人患有pd。pd通常发生在60岁左右，随年龄增长患病风险增加。男性比女性更容易患pd。pd家族史和持续暴露于除草剂和杀虫剂可能会增加患病风险。
pd导致肢体僵硬或移动缓慢。pd的发展可以很缓慢，通常始于轻微的手震颤或说话柔和或含糊不清。患者还会出现姿势不稳定。胃肠症状包括恶心或腹胀、排便困难和便秘。
pd的严重程度可分为轻度、中度或重度。轻度pd患者出现震颤、面部表情变化和可能的轻微运动症状。在中度阶段，患者可能会表现出身体两侧的运动症状，包括行动减慢、平衡困难，以及脚感觉“卡”在地面上的情况。在pd的晚期，行走变得困难，幻觉和妄想情况严重。
目前还没有治愈pd的方法，但是有治疗方案可以控制症状。一些用来治疗pd的药物会增加或替代人大脑中的多巴胺。可以通过手术来调节大脑区域和改善症状。虽然目前的治疗方法可以缓解pd的一些症状，但它们的疗效不一，并伴有副作用。此外，随着时间的推移，患者对这些疗法的反应通常会减弱。因此，对于更有效地治疗pd和相关疾病，并且更容易给药的药物或疗法的医学需求尚未得到满足。
技术实现要素：
本公开提供了用于治疗或预防pd的组合物、方法和给药方案。
在一方面，本公开提供了一种治疗需要治疗的受试者的pd的方法，其中该方法包括给受试者施用药学活性剂量的治疗组合物，该治疗组合物包含或来自活的非致病粪便细菌或无菌粪便滤液。在一方面，无菌粪便滤液来源于供体粪便。在另一方面，无菌粪便滤液来源于培养的微生物。
在另一方面，本公开提供了包含活的非致病粪便细菌的组合物在制备用于治疗pd的药物中的用途。
在一方面，本公开提供了一种治疗需要治疗的受试者的pd的方法，其中该方法包括让受试者口服药学活性剂量的治疗组合物，该治疗组合物包含活的非致病合成细菌混合物或活的非致病纯化或提取的粪便微生物群，其中所述剂量是指以每天至少一次或两次或每周至少一次或两次的给药方案给药，持续给药至少三、八、十或二十个连续周。
在一方面，本公开提供了一种治疗需要治疗的受试者的pd的方法，其中所述方法包括让受试者口服药学活性剂量的治疗组合物，所述治疗组合物包含液体的、冷冻的、冻干的或包封的无菌粪便滤液，其中所述剂量是指以每天至少一次或两次或每周至少一次或两次的给药方案给药，持续给药至少三、八、十或二十个连续周。
在一方面，一种方法实现了至少约80％的pd缓解率、治愈率、反应率或消退率。在一方面，本公开提供了一种消除或减少一种或多种pd症状的方法，所述pd症状选自震颤、行动减慢(运动迟缓)、肌肉僵硬、姿势和平衡受损、自发运动丧失、语音变化和书写变化。
在一方面，治疗组合物中的粪便微生物群包括供体的基本上完整的和未选择的粪便微生物群、重组粪便物质、合成粪便物质。
具体实施方式
除非本文另有定义，否则相关领域的普通技术人员将根据常规用法来理解术语。
本文所用的术语“治疗”是指(i)完全或部分抑制疾病、障碍或病症，例如，阻止其发展；(ii)完全或部分缓解疾病、障碍或病症，例如使疾病、障碍和/或病症消退；或(iii)完全或部分防止可能易患疾病、障碍和/或病症但尚未被诊断为患有该疾病、障碍和/或病症的患者中出现该疾病、障碍或病症。同样，“治疗”包括实际治疗和预防性措施。
本文所用的“治疗有效量”或“药学活性剂量”是指有效治疗指定疾病、障碍或病症的组合物的量。
本文所用的“微生物群”和“菌群”是指在受试者体内或身体上持续和短暂生活的微生物群落，包括真核生物、古细菌、细菌和病毒(包括细菌病毒，即噬菌体)。未选择的粪便微生物群是指来源于供体粪便样品的未经选择的粪便微生物群落或混合物，基本上类似于在该类粪便样品中发现的微生物成分和种群结构。
本文所用的“无菌粪便滤液”或“非细胞粪便滤液”是指粪便物质的液体成分，其中液体成分不含或基本不含基于细胞的活生物体(例如细菌、真菌或其孢子)，但保留噬菌体和非细胞生物物质。优选地，非细胞或无菌粪便滤液也不含真核宿主细胞的病毒。
本文所用的“缓解率、治愈率或消退率”是指响应于给定治疗而治愈或病情获得缓解或完全消退的患者百分比。pd的缓解、治愈或消退是指患者在接受本文所述治疗之前表现出的一种或多种症状的完全停止。这些症状可以包括但不限于震颤、行动减慢(运动迟缓)、肌肉僵硬、姿势和平衡受损、自发运动丧失、语音变化和书写变化。下面将进一步解释上述每个症状。
·震颤：震颤，或抖动，通常始于肢体，通常是患者的手或手指。患者可能会将其拇指和食指来回摩擦，称为“捻丸样震颤”。帕金森氏病的一个特征是患者手部在放松时(休息时)会震颤。
·行动减慢(运动迟缓)：随着时间的推移，帕金森氏病可能会降低患者的活动能力，减缓患者的活动速度，使简单的事情变得困难和耗时。患者走路时脚步可能会变短，或者很难从椅子上下来。此外，当患者试图行走时，可能会脚步拖沓，难以移动。
·肌肉僵硬：肌肉僵硬可能发生在患者身体的任何部位。僵硬的肌肉会限制患者的活动范围并引起疼痛。
·姿势和平衡受损：患者可能会变得驼背，或者患者可能会因为帕金森氏病而出现平衡问题。
·自发运动丧失：帕金森氏病患者进行无意识动作的能力可能下降，包括走路时眨眼、微笑或摆动手臂。
·语音变化：帕金森氏病可能会导致患者出现语音障碍。患者说话可能会轻声、快速、含糊或开口前表现出犹豫。讲话语调可能趋于单一，而不是通常的语调。
·书写变化：书写会变得困难，患者的书写字体可能变很小。
本文所用的“反应率”是指对给定治疗有积极反应(例如，一种或多种症状的严重性或频率降低)的患者百分比。
本文所用的pd患者的分期依据是表1中总结的hoehn和yahr分期(另见hoehn硕士和yahr博士的《帕金森综合征的发作、进展和死亡率》，neurology1967,17:427-42)。
表1：帕金森氏病hoehn和yahr分期。
本文所用的“帕金森氏病综合评分量表”或“updrs”指的是跟踪pd纵向进程的评分工具，代表pd症状的水平或严重程度(表2)。updrs由三部分测试组成，包括(1)精神、行为和情绪、(2)日常生活活动(adl)和(3)运动部分。第i部分、第ii部分和第iii部分测试共包括31个项目。每个项目的得分范围从0到4，其中0代表没有受损，4代表最高受损程度。每次研究访问的第i部分、第ii部分和第iii部分的总和为updrs总得分。总分可能达到199。199代表最严重的(完全)残疾，0-无残疾。updrs用于测量本文描述的治疗期间疗效变量相对于基线的变化。
表2：描述帕金森氏病严重程度的帕金森氏病综合评分量表(updrs)。
本文所用的“症状性抗帕金森氏病疗法”是指基于非粪便微生物组的疗法。该疗法的示例包括溴隐亭、苯托品、左旋多巴、罗匹尼罗、普拉克索、罗替戈汀、卡麦角林、恩他卡朋、托卡朋、金刚胺和司来吉兰中的任何一种。
本文所用的“降低pd的进展速度”是指与在一段时间内未接受本文提供的治疗的pd患者所经历的恶化相比，降低pd患者所经历的恶化，例如通过updrs评分量化。
本文所用的“延迟对症状性抗帕金森氏病疗法的需求”是指与未接受基于粪便微生物组疗法的患者相比，对接受基于粪便微生物组疗法的pd患者延迟对症状性抗帕金森氏病疗法的需求。
本文所用的“pd的早期症状”指以下一项或多项：
(a)一只手在静止时出现4-8hz捻丸样震颤；
(b)静止时震颤最大，运动时减弱，睡眠时消失；
(c)僵硬和运动减慢(心动过缓)，运动减少(运动功能减退)和启动运动有困难(运动不能)；
(d)面具脸，嘴巴张开，眨眼减少，这可能与抑郁相混淆；
(e)姿势变得驼背；
(f)启动行走有困难；拖着脚走路，步距小，手臂弯曲保持在腰部处而不随步幅摆动；
(g)脚步偶尔会不经意地加快，患者偶尔会跑起来以免摔倒(慌张步态)；
(h)重心移动时有向前(前冲)或向后(反向前冲)跌倒的趋势，其原因是姿势反射的丧失；
(i)语音变得低沉，具有单调、口吃的构音障碍特征；
(j)运动功能减退和远端肌肉组织控制受损，导致字体过小和日常生活活动难度增加；
(k)不经常眨眼和缺乏面部表情；
(l)运动减少；
(m)姿势反射受损；和/或
(n)步态特征异常。
本文所用的“早期pd患者”是由hoehn和yahr所定义的帕金森氏病i期或ii期的pd患者，不需要症状性抗帕金森氏病治疗。优选地，这种pd患者至少在接下来的9个月内不需要接受症状疗法。早期pd患者可以通过进行相关测试来识别。
本文所用的“真核”指的是属于包含细胞核和膜结合细胞器的细胞。
本文所用的“细菌”和“古细菌”是指单细胞原核生物，其缺乏膜结合细胞核和细胞器。
本文所用的“菌落形成单位”(cfu)是指给定样本中活微生物细胞数量的估计。
本文所用的“活”意味着拥有增殖能力。
本文所用的“粪便细菌”是指可以在粪便物质中发现的细菌。
本文所用的“分离的”或“纯化的”是指细菌或其它实体或物质已经(1)从最初生产时(无论是在自然界还是在实验环境中)与其相关联的至少一些组分中分离出来，和/或(2)由人手生产、制备、纯化和/或制造。分离或纯化的细菌可以与它们最初相关的至少约10％、约20％、约30％、约40％、约50％、约60％、约70％、约80％、约90％或更多的其它组分分离。
本文所用的“细胞毒”活性或细菌包括杀死细菌细胞，例如致病细菌细胞的能力。“细胞抑制”活性或细菌包括部分或全部抑制细菌细胞如致病细菌细胞的生长、代谢和/或增殖的能力。
本文所用的术语“病原体”和“致病性”细菌或任何其他生物体或实体包括能够引起或影响包含该生物体或实体的宿主生物体的疾病、障碍或病症的任何此类生物体或实体。
本文所用的“孢子”或“孢子”群体包括这样的细菌(或其他单细胞生物体)，其通常是活的，比相同细菌的繁殖体更能抵抗环境影响，例如热和杀细菌剂，并且通常能够发芽和结果。“芽孢菌”或“能够形成孢子”的细菌是那些含有在适当环境条件下产生孢子的基因和其他必要能力的细菌。
本文所用的两种或更多种细菌的“组合”包括两种细菌在相同的材料或产品中或在物理连接的产品中的物理共存，以及两种细菌的暂时共同给药或共同定位。
本文所用的“受试者”是指任何动物受试者，包括人类、实验动物(例如灵长类动物、大鼠、小鼠)、家畜(例如乳用犊牛、绵羊、山羊、猪、火鸡、鸡)和家庭宠物(例如狗、猫、啮齿动物等)。受试者或患者可能是健康的，或可能患有由胃肠病原体引起的感染，或可能有因胃肠病原体引起的感染发展或传播给他人的风险。
本文所用的“香农多样性指数”指的是一种多样性指数，该指数使用以下公式说明给定群落中物种的丰度和均匀度
其中，h是香农多样性指数，r是群落中物种的总数，pi是由第i个物种组成的r的比例。较高的值表示多样性强且分布均匀的群落，值0表示给定群落中只有一个物种。可进一步参考shannon和weaver于1949年所著的《通信的数学理论》，厄巴纳的伊利诺伊大学出版社，第117页。
本文所用的“抗生素”是指通过杀死细菌、抑制细菌生长或降低细菌生存力来治疗和/或预防细菌感染的物质。
本文所用的“间歇给药方案”是指治疗组合物给药一段时间(治疗期)，随后的一段时间内停止用这种治疗组合物进行治疗(休息期)。间歇给药方案可以表示为几天或几周的治疗期/几天或几周的休息期。例如，4/1间歇给药方案指的是治疗期为四周/天，休息期为一周/天。
本文所用的“连续给药方案”指的是在没有休息期的治疗期间施用治疗组合物的给药方案。在连续给药方案的整个治疗期间，治疗组合物可以例如每周、每天或每隔一天或每三天给药。在施用治疗组合物的一天内，可以单剂量施用，或者全天内多剂量施用。
本文所用的“给药频率”是指在给定时间内施用治疗组合物的频率。给药频率可以表示为每段给定时间内的给药次数，例如，每天一次、每周一次或两周一次。
本文所用的“给药间隔”是指对受试者施用多剂量之间经过的时间。
pd是一种中枢神经系统退行性疾病，也被称为特发性帕金森综合征，或特发性帕金森氏病。这种疾病的原因仍不清楚，但其表现为大脑黑质神经元的损伤，导致多巴胺(一种神经递质)的缺乏。多巴胺水平的降低会通过大脑中不规则的神经放电导致运动损伤。与pd相关的主要运动障碍包括震颤、僵硬、运动迟缓和姿势不稳。
目前帕金森氏病的药物治疗主要采用多巴胺能药物，其要么模仿多巴胺，要么增加体内多巴胺的水平。最常见的疗法是左旋多巴，其为多巴胺的代谢前体。然而，长期左旋多巴治疗通常伴有运动障碍，即突然的、不自觉的运动。此外，长期左旋多巴治疗会产生“开-关”效应，其中患者在“开”时正常运动，在“关”时恢复到pd相关的运动障碍。随着左旋多巴治疗的进行，这些副作用会增加，“关”的时间会持续更久。其他多巴胺能药物、抗胆碱能药和/或金刚烷胺也可单独使用，或与左旋多巴疗法联合使用。
外科手术，如脑深部刺激也被用来缓解帕金森氏病的症状。最近的研究表明，大脑的某些区域在pd中极度活跃，可能是pd震颤的原因，已经提出通过皮质刺激来改善小鼠模型和人类pd的症状。
许多慢性疾病和胃肠道疾病都有慢性感染/侵袭作为其潜在的病理条件(例如pd)。在一方面，本公开包括并涉及粪便微生物群、一种或多种来自粪便微生物群的微生物物种、来自粪便微生物群的活性片段或组分用于治疗和/或预防与胃肠道中‘异常’微生物群的存在相关的各种疾病状态(例如pd)的用途。细菌的活性片段可以是通过制备/识别细菌活性片段和细菌分泌的蛋白质的任何已知方法从这种细菌中分离的任何活性分子。这些方法包括但不限于以下方法：超声波处理、渗透休克、去污剂裂解、高压或将合适的dna转移到其他生物体，例如细菌、植物或动物，然后如前所述将其用作饲料添加剂。在一方面，细菌的活性片段或组分选自霉菌酸酯或其衍生物、多糖、脂多糖、小肽、硫代肽、蛋白质、核酸分子、代谢物、细胞壁组分或其任意组合。在一方面，活性片段是蛋白质或分泌物。在另一方面，活性片段是分泌蛋白。
在一方面，本公开提供了一种治疗需要治疗的受试者的pd的方法，其中该方法包括给受试者施用药学活性剂量的治疗组合物，该治疗组合物包含活的非致病粪便细菌和/或无菌粪便滤液。在另一方面，本公开提供了包含活的非致病粪便细菌和/或无菌粪便滤液的组合物在制备用于治疗pd的药物中的用途。
在一方面，治疗组合物包含分离或纯化的活的非致病粪便细菌群体。在一方面，治疗组合物包含未选择的粪便微生物群。在另一方面，治疗组合物包含未选择且基本上完整的粪便微生物群。在另一方面，治疗组合物包含全光谱粪便微生物群。在一方面，除了基于粪便微生物组的治疗之外，一种方法还包括同时或依次对患者进行症状性抗帕金森氏病治疗。在另一方面，除了基于粪便微生物组的治疗之外，一种方法还包括同时或依次给患者施用溴隐亭、苯托品、左旋多巴、罗匹尼罗、普拉克索、罗替戈汀、卡麦角林、恩他卡朋、托卡朋、金刚烷胺、司来吉兰或其组合。
在一方面，本文所述的基于粪便微生物组的pd疗法与选自左旋多巴(含或不含卡比多巴)、多巴胺激动剂、使多巴胺失活的酶抑制剂(maob抑制剂和comt抑制剂)、抗胆碱能药、金刚烷胺和雌激素的另一种疗法结合、连续、同时或依次使用。在另一方面，本文所述的基于粪便微生物组的疗法与一种或多种选自左旋多巴、单胺氧化酶b(maob)抑制剂(例如司来吉兰和雷沙吉兰)、多巴胺激动剂(例如溴隐亭、普拉克索、罗匹尼罗、透皮罗替戈汀和注射给药的阿扑吗啡)、儿茶酚氧位甲基转移酶(comt)抑制剂(例如托卡朋和恩他卡朋)、抗胆碱能药物(如苯海索、苯托品、奥芬那君、丙环定和比哌立登)、金刚烷胺的药物组合使用。
在一方面，本公开提供了一种消除或减少一种或多种pd症状的方法，所述pd症状选自震颤、行动减慢(运动迟缓)、肌肉僵硬、姿势和平衡受损、自发运动丧失、语音变化和书写变化。在另一方面，本公开提供了一种消除、改善、缓解或减少一种或多种早期pd症状的方法。在另一方面，本文提供的治疗方法可以减少、减轻或控制一种或多种非运动性pd症状，例如抑郁、睡眠障碍、痴呆、精神病和幻觉。
在另一方面，本文提供的治疗方法可以减少、减轻或控制一种或多种pd主要运动症状，所述pd主要运动症状选自震颤、运动迟缓、僵硬和姿势不稳定。在另一方面，本文提供的治疗方法可以减少、减轻或控制一种或多种pd二级运动症状，所述症状选自步态失去知觉、字体过小(笔迹收缩)、面具状表情(面部表情可能看起来比平常少)、不希望的加速、姿势驼背(有前倾趋势)、肌张力障碍、精细运动灵活性和运动协调性受损、粗大运动协调性受损、运动贫乏(手臂摆动减少)、静坐不能、语音问题(如声音柔和或因肌肉控制不足而说话含糊不清)、吞咽困难、性功能障碍、抽筋、流口水以及因吞咽动作减少导致的唾液过多。在另一方面，本文提供的治疗方法可以减少、缓解或控制pd患者的一种或多种选自以下的病症：
·嗅觉丧失，便秘
·快速眼动行为障碍(睡眠障碍)
·情绪障碍
·直立性低血压(站立时低血压)
·睡眠障碍
·便秘
·膀胱问题
·性问题
·唾液过多
·体重减轻或增加
·视力和牙齿问题
·疲劳和乏力
·抑郁
·恐惧和焦虑
·皮肤问题
·认知问题，如记忆困难、思维迟缓、困惑以及在某些情况下痴呆，和
·药物副作用，如冲动行为。
在一方面，本文所述的pd治疗不包括或基本上不包括一种或多种副作用，所述副作用选自恶心、嗜睡、头晕、头痛、呕吐、口干、视力模糊、便秘、膀胱排空困难、排汗困难和心率加快、站立后低血压、困惑、幻觉、妄想、激动、小腿和脚肿胀、脚踝肿胀、运动障碍、尿液呈橙色和精神病。
在一方面，被治疗的患者接受7-10天口服广谱抗菌治疗的预治疗。在一方面，使用单剂抗生素方案。在另一方面，使用多剂抗生素方案。示例性抗生素方案包括以下：(a)环丙沙星和甲硝唑；(b)甲氧苄啶-磺胺甲恶唑和甲硝唑；(c)莫西沙星；(d)阿莫西林/克拉维酸。其他示例性抗生素包括哌拉西林/他唑巴坦、氨苄西林/舒巴坦、替卡西林/克拉维酸、亚胺培南、美罗培南、替加环素(当严重青霉素过敏时)。在另一方面，多种药物方案可由甲硝唑和第三代头孢菌素或氟喹诺酮组成，例如：头孢曲松、头孢噻肟、环丙沙星和左氧氟沙星。
在一方面，本公开提供了一种治疗需要治疗的受试者的pd的方法，其中该方法包括给受试者施用药学活性剂量的治疗组合物，该治疗组合物包含活的非致病细菌。在一方面，本公开提供了一种治疗需要治疗的受试者的pd的方法，其中该方法包括每天或每周给受试者施用药学活性剂量的治疗组合物，该治疗组合物包含活的非致病粪便细菌。在一方面，在至少连续两天或两周内，每天至少一次或每周至少一次将治疗组合物给药于需要治疗的pd患者。在一方面，治疗组合物至少每天给药一次或至少每周给药一次，持续至少3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14或15个连续天或连续周。在另一方面，治疗组合物至少每天给药一次或至少每周给药一次，持续至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11或12个连续周。在一方面，治疗组合物至少每天给药一次或至少每周给药一次，持续最多4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个连续天或连续周。在另一方面，治疗组合物至少每天给药一次或至少每周给药一次，持续最多1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11或12个连续周或连续月。在另一方面，治疗组合物在受试者的整个生命周期或无限期内长期施用至少一次，持续至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11或12个连续月或连续年。
在一方面，在至少连续两天或两周内，每天至少两次或每周至少两次将治疗组合物给药于需要治疗的pd患者。在一方面，治疗组合物至少每天给药两次或至少每周给药两次，持续至少3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14或15个连续天或连续周。在另一方面，治疗组合物至少每天给药两次或至少每周给药两次，持续至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11或12个连续周。在一方面，治疗组合物至少每天给药两次或至少每周给药两次，持续最多4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个连续天或连续周。在另一方面，治疗组合物至少每天给药两次或至少每周给药两次，持续最多1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11或12个连续周或连续月。在另一方面，治疗组合物在受试者的整个生命周期或无限期内长期施用至少两次，持续至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11或12个连续月或连续年。
在一方面，在至少连续两天或两周内，每天至少三次或每周至少三次将治疗组合物给药于需要治疗的pd患者。在一方面，治疗组合物至少每天给药三次或至少每周给药三次，持续至少3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14或15个连续天或连续周。在另一方面，治疗组合物至少每天给药三次或至少每周给药三次，持续至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11或12个连续周。在一方面，治疗组合物至少每天给药三次或至少每周给药三次，持续最多4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个连续天或连续周。在另一方面，治疗组合物至少每天给药三次或至少每周给药三次，持续最多1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11或12个连续周或连续月。在另一方面，治疗组合物在受试者的整个生命周期或无限期内长期施用至少三次，持续至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11或12个连续月或连续年。
在一方面，本公开提供了一种治疗需要治疗的受试者的pd的方法，其中该方法包括让受试者口服药学活性剂量的治疗组合物，该治疗组合物包含活的非致病合成细菌混合物或活的非致病纯化或提取的粪便微生物群，其中所述剂量是指以每天至少一次或两次或每周至少一次或两次的给药方案给药，持续给药至少三个连续天或连续周。在另一方面，每天至少施用一次、两次或三次剂量，或者在1至12周、2至12周、3至12周、4至12周、5至12周、6至12周、7至12周、8至12周、9至12周、10至12周、1至2周、2至3周、3至4周、4至5周、5至6周、6至7周、7至8周、8至9周、9至10周或10至11周内每天至少施用一次、两次或三次剂量。
在一方面，本公开提供了一种治疗需要治疗的受试者的pd的方法，其中该方法包括第一给药方案和随后的第二给药方案。在一方面，第一给药方案包括治疗或诱导剂量。在一方面，第一给药方案包括连续给药方案。在另一方面，第二给药方案包括低于或等于第一给药方案的药学活性剂量的维持剂量。在另一方面，第二给药方案持续至少约2、4、6、8、10、12、18、24、36、48、72或96个月。在一方面，第二给药方案在治疗受试者的整个生命周期或无限期内持续。在一方面，第二给药方案是连续给药方案。在另一方面，第二给药方案是间歇给药方案。在另一方面，第二给药方案是间歇给药方案，包括至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13或14天的治疗期，随后是至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13或14天的休息期。在另一方面，第二给药方案包括每隔一天、每隔两天或每隔3、4、5、6、7、8天施用第二剂量(例如，维持剂量)。在另一方面，维持剂量在有滴定或无滴定(或以其他方式改变剂量或给药方案)的情况下长期施用。在一方面，第一和第二给药方案之间的间隔至少约为1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11或12周。在另一方面，第二给药方案(例如，维持剂量)包括比第一给药方案(例如，初始治疗剂量)中使用的剂量低约2、5、10、50、100、200、400、800、1000、5000倍或更多倍的剂量。在另一方面，第二给药方案(例如，维持给药方案)具有与第一给药方案(例如，初始治疗给药方案)相同或更低的给药频率。在另一方面，第二给药方案(例如，维持给药方案)具有比第一给药方案(例如，初始治疗给药方案)更高的给药间隔。
在一方面，方法中使用的第一或第二给药方案可以是每周一次、每周两次或每周三次。术语“每周一次”是指一周一次给药，优选在每周的同一天给药。“每周两次”是指一周两次给药，优选在每周相同的两天给药。“每周三次”是指一周三次给药，优选在每周相同的三天给药。
在一方面，接受治疗的受试者是已经患有pd的受试者。将公开的治疗组合物给药于遗传学上易感或易患pd的临床无症状人类受试者，也可以预防pd临床症状的发作。遗传学上易感或易患pd的人类受试者可以是具有表现出或患有pd的近亲或亲属的人类受试者。在另一方面，接受治疗的受试者是要预防pd的受试者。在另一方面，接受治疗的受试者易感或易患pd。在另一方面，接受治疗的受试者是被诊断患有pd的受试者。在一方面，接受治疗的受试者是需要pd治疗的患者。在另一方面，接受治疗的患者免疫功能受损。在另一方面，接受治疗的患者同时患有pd和胃肠疾病(例如慢性便秘、ibd、ibs或艰难梭菌感染)。
在一方面，接受治疗的受试者具有i期、ii期、iii期、iv期或v期pd。在一方面，本文描述的方法能够改善pd患者的状况，使患者的pd被重新分期至少一个或两个阶段(例如，从iii期到ii期或者从iii期到i期)。在另一方面，本文描述的方法能够防止pd患者的病情恶化，使患者的pd分期保持不变或恶化得更慢。在另一方面，本文描述的方法能够降低受试者pd的进展速度。在另一方面，本文描述的方法能够延迟受试者对症状性抗帕金森氏病治疗的需要。在一方面，患者在被诊断患有一种或多种帕金森氏病的早期症状后，接受本文描述的治疗。
在一方面，接受治疗的受试者是人类患者。在一方面，患者是男性患者。在一方面，患者是女性患者。在一方面，患者是早产儿。在一方面，患者是足月新生儿。在一方面，患者是不足四周的新生儿。在一方面，患者是婴儿。在一方面，患者是蹒跚学步的孩子。在一方面，患者是幼儿。在一方面，患者是儿童。在一方面，患者是青少年。在一方面，患者是小儿患者。在一方面，患者是老年患者。在一方面，人类患者是大约18、15、12、10、8、6、4、3、2或1岁以下的儿童患者。在另一方面，人类患者是成年患者。在另一方面，人类患者是老年患者。在另一方面，人类患者是大约30、35、40、45、50、55、60、65、70、75、80、85、90或95岁以上的患者。在另一方面，患者大约1-5岁、2-10岁、3-18岁、21-50岁、21-40岁、21-30岁、50-90岁、60-90岁、70-90岁、60-80岁或65-75岁。在一方面，患者是年纪较小的老年患者(65-74岁)。在一方面，患者是年纪中等的老年患者(75-84岁)。在一方面，患者是年纪较大的老年患者(>85岁)。
在一方面，一种方法包括将治疗组合物通过口服、灌肠或直肠栓剂给药。在一方面，本文施用的治疗组合物被配制成肠溶(和/或耐酸)胶囊或微胶囊，或者被配制成食品、食品添加剂、乳制品、大豆制品或其衍生物、果冻、调味液体、冰块、冰淇淋或酸奶的一部分或与其一起施用。在另一方面，本文施用的治疗组合物被配制成耐酸肠溶胶囊。一种治疗组合物可以制成粉末与食品或饮料一起出售。食品或饮料可以是乳制品或大豆制品。在另一方面，食品或食品补充剂包含含有治疗组合物的肠溶和/或耐酸微胶囊。
在一方面，治疗组合物包含液体培养物。在另一方面，治疗组合物被冻干、粉碎和粉末化。然后可以注入、溶解在例如盐水中，作为灌肠剂。或者，粉末可以封装成肠溶和/或耐酸胶囊用于口服给药。这些胶囊可以采取肠溶和/或耐酸微胶囊的形式。粉末可以优选以可口的形式提供，作为饮料的附加成分或作为食品添加剂的附加成分。在另一方面，食品是酸奶。在一方面，粉末可以被重新构成以通过鼻十二指肠灌注来注入。
在另一方面，本文施用的治疗组合物为液体、冷冻、冷冻干燥、喷雾干燥、泡沫干燥、冻干或粉末形式。在另一方面，本文施用的治疗组合物被配制成延迟或逐渐肠溶释放形式。在另一方面，本文施用的治疗组合物包含赋形剂、盐水、缓冲液、缓冲剂或流体-葡萄糖-纤维二糖琼脂(rgca)培养基。在另一方面，本文施用的治疗组合物包含防冻剂。在一方面，防冻剂包含聚乙二醇、脱脂乳、赤藓糖醇、阿拉伯糖醇、山梨醇、葡萄糖、果糖、丙氨酸、甘氨酸、脯氨酸、蔗糖、乳糖、核糖、海藻糖、二甲基亚砜(dmso)、甘油或其组合。
在一方面，本文施用的治疗组合物进一步包含酸抑制剂、抗酸剂、h2拮抗剂、质子泵抑制剂或其组合。在一方面，本文施用的治疗组合物基本上不含非生物物质。在另一方面，本文施用的治疗组合物基本上不含选自残余纤维、dna、病毒外壳材料和非活性材料的脱细胞材料。
在一方面，治疗组合物还包含或添加有益生元营养物，益生元营养物选自多元醇、低聚果糖(fos)、果寡糖、菊粉、低聚半乳糖(gos)、低聚木糖(xos)、聚葡萄糖、单糖、塔格糖和/或甘露寡糖。
在一方面，一种方法进一步包括在施用治疗性细菌或微生物群组合物之前用抗生素组合物预治疗受试者。在一方面，本文施用的抗生素组合物包含选自利福布丁、克拉霉素、氯法齐明、万古霉素、利福平、硝基咪唑、氯霉素及其组合的抗生素。在另一方面，本文施用的抗生素组合物包含选自利福昔明、利福霉素衍生物、利福平、利福布丁、利福喷丁、利福拉齐、双环霉素、氨基糖苷类、庆大霉素、新霉素、链霉素、巴龙霉素、威大霉素、突变霉素、西索米星、奈替米星、瑞替米星、卡那霉素、氨曲南、氨曲南大环内酯、克拉霉素、地红霉素、罗红霉素、泰利霉素、阿奇霉素、次水杨酸铋、万古霉素、链霉素、非达霉素、阿米卡星、阿贝卡星、新霉素、奈替米星、巴龙霉素、红链霉素、妥布霉素、安普霉素及其组合的抗生素。在另一方面，一种方法进一步包括在施用治疗性细菌或微生物群组合物之前用抗炎药物预治疗受试者。
在一方面，一种方法实现了至少约10％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、45％、50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、97％或99％的pd缓解、治愈、反应或消退率。在一方面，用一种治疗方法治疗4、8或12周后，updrs评分降低超过2、3、4、5、6、7、8、9、10或11。在另一方面，在患者群体中至少有10％、20％、30％、50％、60％、70％、80％或90％的患者，用一种治疗方法治疗4、8或12周后，updrs评分降低超过2、3、4、5、6、7、8、9、10或11。在一方面，与基线(例如，就在治疗前)相比，用一种治疗方法治疗4、8或12周后，updrs评分降低至少10％、20％、30％、50％、60％、70％、80％或90％。在一方面，与基线(例如，就在治疗前)相比，治疗4、8或12周后，治疗方法在至少10％、20％、30％、50％、60％、70％、80％或90％的患者中实现了updrs评分的至少10％、20％、30％、50％、60％、70％、80％或90％的降低。虽然updrs被用作表征和量化pd严重程度的一个例子，但也可以使用类似或可比的系统(例如，mds-updrs)。在本申请中提到updrs的每一个例子中，可以使用另一个类似的标度或系统来代替updrs。这种替代系统包括，例如，updrs残疾评分(uds)(martínez-martín等人，neurologia.2000年11月；15(9):382-7)。在另一方面，本文提到的updrs评分的降低是updrs总得分的降低。在另一方面，本文提到的updrs评分的降低是指(1)精神、行为和情绪，(2)日常生活活动(adl)和(3)运动部分的任何一个或两个分项分数的降低。
在一方面，本文描述的治疗方法能够实现pd症状的快速改善。在另一方面，患者的pd症状在通过结肠镜递送或灌肠进行五次或更少的粪便微生物组输注一周后得到改善。在另一方面，在本文所述的一个疗程后，pd患者在没有治疗的1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14或15周的情况下症状改善。
在另一方面，对pd患者进行基于粪便微生物的治疗，包括粪便微生物强化给药的诱导阶段，随后是弱强化给药的维持阶段。在一方面，诱导阶段包括通过结肠镜递送或灌肠注入新鲜粪便微生物组。在一方面，诱导阶段包括通过结肠镜递送或灌肠在1至2周内进行5至10次新鲜粪便微生物组注入。在另一阶段，诱导阶段包括摄入耐酸/缓释胶囊，该胶囊含有冻干的未选择的供者粪便微生物群。在一方面，维持阶段包括摄入含有冻干的未选择的供者粪便微生物群的胶囊。在另一方面，维持阶段包括每天摄入6个或更多、4个或更多或2个或更多胶囊，其中每个胶囊包含约1010到1013个细胞总数。在另一方面，维持阶段包括每隔一天摄入6个或更多、4个或更多或2个或更多胶囊，其中每个胶囊包含约1010到1013个细胞总数。
在一方面，每约200mg药物组合物包含药学活性剂量。在一方面，每约75、100、125、150、175、200、250、300、350、400、450、500、750、1000、1500或2000mg药物组合物包含药学活性剂量。
在一方面，药学活性或治疗有效剂量包括至少约105、106、107、108、109、1010、1011、1012、1013、1014或1015cfu。在另一方面，药学活性治疗有效剂量最多包含约105、106、107、108、109、1010、1011、1012、1013、1014或1015cfu。在另一方面，药学活性治疗有效剂量选自108到1014cfu,109到1013cfu,1010到1012cfu,109到1014cfu,109到1012cfu,109到1011cfu,109到1010cfu,1010到1014cfu,1010到1013cfu,1011到1014cfu,1011到1013cfu,1012到1014cfu,以及1013到1014cfu。在一方面，药物组合物包含约0.2、0.4、0.6、0.8或1.0克的单位重量或约0.2、0.4、0.6、0.8或1.0毫升的单位体积的前述药学活性或治疗有效剂量。
在一方面，药学活性或治疗有效剂量包括至少约105、106、107、108、109、1010、1011、1012、1013、1014或1015个细胞或孢子。在另一方面，药学活性或治疗有效剂量包括最多约105、106、107、108、109、1010、1011、1012、1013、1014或1015总数个细胞或孢子。在另一方面，药学活性或治疗有效剂量选自108到1014,109到1013,1010到1012,109到1014,109到1012,109到1011,109到1010,1010到1014，1010到1013,1011到1014,1011到1013,1012到1014，以及1013到1014个细胞或孢子。在一方面，药学活性或治疗有效剂量的细胞计数针对活细胞。在一方面，药物组合物包含约0.2、0.4、0.6、0.8或1.0克的单位重量或约0.2、0.4、0.6、0.8或1.0毫升的单位体积的前述药学活性或治疗有效剂量。在一方面，药学活性或治疗有效剂量包括1010到1012个细胞。在另一方面，药学活性或治疗有效剂量包括每个胶囊1010到1012个细胞。
在一方面，本文施用的治疗组合物包含粪便细菌。在一方面，本文施用的治疗组合物包含一种或多种、两种或更多种、三种或更多种、四种或更多种或五种或更多种分离、纯化或培养的微生物，所述微生物选自梭菌属、芽孢杆菌属、柯林氏菌属、拟杆菌属、真细菌属、梭杆菌属、丙酸杆菌属、乳杆菌属、瘤胃球菌属、大肠杆菌属、吉米菌属、脱硫单胞菌属、消化链球菌属、双歧杆菌属、粪球菌属、多尔氏菌属和念珠菌属。
在一方面，本文施用的治疗组合物包含选自以下的至少一种、至少两种、至少三种、至少四种、至少五种、至少六种或至少七种粪便微生物：脆弱类杆菌普通种、产气柯林斯菌、脆弱类杆菌多形种、产消化链球菌ii型、狄氏副拟杆菌、普拉梭杆菌、一致粪球菌、产气柯林斯菌iii型、产消化链球菌i型、瘤胃球菌、青春双歧杆菌、甲酸芽殖菌、长双歧杆菌、惰性真杆菌、扭链胃球菌、直肠真杆菌、挑剔真杆菌、埃氏拟杆菌、柔嫩梭菌、脆弱类杆菌a种、两形真杆菌、婴儿双歧杆菌、直肠真杆菌iii-f、陪伴粪球菌、pseudoflavonifractorcapillosus、白色瘤胃球菌、长链多尔氏菌、霍氏真杆菌、凸腹真杆菌i型、fusobacteriumrussi、卵形瘤胃球菌、直肠真杆菌、多枝梭菌、赖氏乳杆菌、伶俐瘤胃球菌、穗状丁酸弧菌、发酵氨基酸球菌、凸腹真杆菌、脆弱类杆菌脆弱种、拟杆菌ar、灵巧粪球菌、aerostipeshadrus、圆柱状真杆菌、反刍真杆菌、真杆菌ch-1、表皮葡萄球菌、消化链球菌bl、粘液真杆菌、极尖蒂西耶菌、拟杆菌l、死亡梭杆菌i型、舟形梭杆菌、无害芽孢梭菌、多枝梭菌、痤疮丙酸杆菌、生黄瘤胃球菌、瘤胃球菌at、消化球菌au-1、脆弱类杆菌卵圆种、拟杆菌l-1和l-5、具核梭杆菌、死亡梭杆菌、大肠杆菌、麻疹孪生球菌、大芬戈尔德菌、消化球菌g,-au-2、中链球菌、酸奶瘤胃球菌、瘤胃球菌co、吉米菌x、粪球菌bh,-cc、纤细真杆菌、枝真杆菌、梭状类杆菌梭状种、凝固拟杆菌、口腔普雷沃菌、栖瘤胃普雷沃菌、odoribactersplanchnicus、desuifomonaspigra、乳酸杆菌g、琥珀酸弧菌a及其组合。
在一方面，本文施用的治疗组合物不包含活的拟杆菌属、梭杆菌属、丙酸杆菌属、乳杆菌属、瘤胃球菌属、大肠杆菌属、吉米菌属、脱硫单胞菌属、消化链球菌属、双歧杆菌属、念珠菌属或其任意组合。在另一方面，本文施用的治疗组合物不包含活的脆弱类杆菌普通种、产气柯林斯菌、脆弱类杆菌多形种、产消化链球菌ii型、狄氏副拟杆菌、普拉梭杆菌、一致粪球菌、产气柯林斯菌iii型、产消化链球菌i型、瘤胃球菌、青春双歧杆菌、甲酸芽殖菌、长双歧杆菌、惰性真杆菌、扭链胃球菌、直肠真杆菌、挑剔真杆菌、埃氏拟杆菌、柔嫩梭菌、脆弱类杆菌a种、两形真杆菌、婴儿双歧杆菌，直肠真杆菌iii-f、陪伴粪球菌、pseudoflavonifractorcapillosus、白色瘤胃球菌、长链多尔氏菌、霍氏真杆菌、凸腹真杆菌i型、fusobacteriumrussi、卵形瘤胃球菌、直肠真杆菌、多枝梭菌、赖氏乳杆菌、伶俐瘤胃球菌、穗状丁酸弧菌、发酵氨基酸球菌、凸腹真杆菌、脆弱类杆菌脆弱种、拟杆菌ar、灵巧粪球菌、aerostipeshadrus、圆柱状真杆菌、反刍真杆菌、真杆菌ch-1、表皮葡萄球菌、消化链球菌bl、粘液真杆菌、极尖蒂西耶菌、拟杆菌l、死亡梭杆菌i型、舟形梭杆菌、无害芽孢梭菌、多枝梭菌、痤疮丙酸杆菌、生黄瘤胃球菌、瘤胃球菌at、消化球菌au-1、脆弱类杆菌卵圆种、拟杆菌l-1和l-5、具核梭杆菌、死亡梭杆菌、大肠杆菌、麻疹孪生球菌、大芬戈尔德菌、消化球菌g,-au-2、中链球菌、酸奶瘤胃球菌、瘤胃球菌co、吉米菌x、粪球菌bh,-cc、纤细真杆菌、枝真杆菌、梭状类杆菌梭状种、凝固拟杆菌、口腔普雷沃菌、栖瘤胃普雷沃菌、odoribactersplanchnicus、desuifomonaspigra、乳酸杆菌g、琥珀酸弧菌a及其组合。
在一方面，本文施用的治疗组合物包含粪便微生物群。在另一方面，本文所用粪便微生物群的制备包括选自乙醇处理、洗涤剂处理、热处理、辐射和超声波处理的处理方法。在另一方面，本文所用粪便微生物群的制备不涉及选自乙醇处理、洗涤剂处理、热处理、辐射和超声波处理的处理方法。在一方面，本文使用的粪便微生物群的制备涉及选自密度梯度、过滤(例如，筛网、尼龙网)和色谱法的分离步骤。在另一方面，本文所用粪便微生物群的制备不涉及选自密度梯度、过滤(例如筛网、尼龙网)和色谱法的分离步骤。在另一方面，本文使用的粪便微生物群包括供体的完整粪便微生物群。在另一方面，本文施用的治疗组合物包含基本上不含来自粪便微生物群供体的真核细胞的粪便微生物群。
在另一方面，本文施用的治疗组合物包含用粪便微生物补充、加强或增强的粪便微生物群。在一方面，粪便微生物群添加有梭菌属、柯林斯菌属、多尔氏菌属、瘤胃球菌属、粪球菌属、普雷沃氏菌属、韦永氏球菌属、拟杆菌属、牙孢杆菌属或其组合的非致病性(或致病性减弱)细菌。在另一方面，本文施用的治疗组合物包含用韦荣氏球菌属、厚壁菌门、丙型变形菌纲、拟杆菌属或其组合补充、加强或增强的粪便微生物群。在另一方面，本文施用的治疗组合物包含添加有粪便细菌孢子的粪便微生物群。在一方面，粪便细菌孢子是梭菌孢子、芽孢杆菌孢子或两者兼有。
在一方面，治疗组合物包含来自受试者的粪便微生物群，所述受试者选自人、牛、乳用犊牛、反刍动物、绵羊、山羊或鹿。在另一方面，治疗组合物可以给药于选自人、牛、乳用犊牛、反刍动物、绵羊、山羊或鹿的受试者。在一方面，治疗组合物基本上或几乎没有气味。
在一方面，本文提供或施用的治疗组合物包含粪便微生物群，其香农多样性指数大于或等于0.3、大于或等于0.4、大于或等于0.5、大于或等于0.6、大于或等于0.7、大于或等于0.8、大于或等于0.9、大于或等于1.0、大于或等于1.1、大于或等于1.2，大于或等于1.3、大于或等于1.4、大于或等于1.5、大于或等于1.6、大于或等于1.7、大于或等于1.8、大于或等于1.9、大于或等于2.0、大于或等于2.1、大于或等于2.2、大于或等于2.3、大于或等于2.4、大于或等于2.5、大于或等于3.0、大于或等于3.1、大于或等于3.2、大于或等于3.3、大于或等于3.4、大于或等于3.5、大于或等于3.6、大于或等于3.7、大于或等于3.8、大于或等于3.9、大于或等于4.0、大于或等于4.1、大于或等于4.2、大于或等于4.3、大于或等于4.4、大于或等于4.5或大于或等于5.0。在另一方面，治疗组合物包含粪便微生物群，其香农多样性指数为0.1至3.0、0.1至2.5、0.1至2.4、0.1至2.3、0.1至2.2、0.1至2.1、0.1至2.0、0.4至2.5、0.4至3.0、0.5至5.0、0.7至5.0、0.9至5.0、1.1至5.0、1.3至5.0、1.5至5.0、1.7至5.0、1.9至5.0、2.1至5.0、2.3至5.0、2.5至5.0、2.7至5.0、2.9至5.0、3.1至5.0、3.3至5.0、3.5至5.0、3.7至5.0、31.9至5.0或者4.1至5.0。在一方面，香农多样性指数是在门一级计算的。在另一方面，香农多样性指数是在科一级计算的。在一方面，香农多样性指数是在属一级计算的。在另一方面，香农多样性指数是在物种一级计算的。在另一方面，治疗组合物包含菌群制剂，其在比例含量上类似于正常健康的人类粪便菌群。
在另一方面，治疗组合物包含来自至少1、2、3、4、5、6、7、8、9或10个不同家系的粪便细菌。在一方面，本文提供或施用的治疗组合物包含粪便微生物群，所述粪便微生物群包含不大于0.05％、0.1％、0.2％、0.3％、0.4％、0.5％、0.6％、0.7％、0.8％、0.9％、1％、2％、3％、4％、5％、6％、7％、8％、9％或10％重量的非生物材料/生物材料。在另一方面，本文提供或施用的治疗组合物包含粪便微生物群，所述粪便微生物群包含不大于20％、25％、30％、35％、40％、45％、50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％或95％重量的非生物材料/生物材料。在另一方面，本文提供或施用的治疗组合物包含、由或基本上由非生物材料颗粒和/或粪便样本的生物材料颗粒组成，所述粪便样品通过筛子、柱子或类似的过滤装置，其筛子、排除物或颗粒过滤器的尺寸为2.0mm、1.0mm、0.33mm、0.5mm、0.25mm、0.212mm、0.180mm、0.150mm、0.125mm、0.106mm、0.090mm、0.075mm、0.063mm、0.053mm、0.045mm、0.038mm、0.032mm、0.025mm、0.020mm、0.01mm、0.002mm、0.1mm或0.2mm。“非生物材料”不包括赋形剂，例如添加到处理过的粪便物质中的药物非活性物质，例如防冻剂。“生物材料”是指粪便中的活的材料，包括微生物，且微生物包括原核细胞，如细菌和古细菌(如活原核细胞和可以囊胞化以成为活原核细胞的孢子)；真核细胞，如原生动物、真菌以及病毒。在一方面，“生物材料”是指存在于正常健康人结肠中的活的材料，例如微生物、真核细胞和病毒。在一方面，本文提供或施用的治疗组合物包含人类粪便提取物，其中该组合物基本上无味。在一方面，本文提供或施用的治疗组合物包含冻干、粗制、半纯化或纯化制剂中的粪便物质或粪便菌群制剂。
在一方面，治疗组合物中的粪便微生物群包含高度精制或纯化的粪便菌群，例如基本上不含非菌群粪便物质。在一方面，粪便微生物群可以被进一步处理，例如，在筛分之前、筛分之后或筛分之前和之后都进行微滤。在另一方面，高度纯化的粪便微生物群产品被超滤以除去大分子，但保留治疗微生物菌群，例如细菌。
在另一方面，本文使用的治疗组合物中的粪便微生物群包含或基本上由大体分离或纯化的粪便菌群或完整(或大体完整)的微生物群组成，所述微生物群是(或包含)至少约90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％、99.5％、99.6％、99.7％、99.8％或99.9％分离或纯的粪便菌群的分离物，或具有不超过约0.1％、0.2％、0.3％、0.4％、0.5％、0.6％、0.7％、0.8％、0.9％或1.0％或更多的非粪便菌群物质；或者，如sadowsky等人的wo2012/122478al，或如borody等人的wo2012/016287a2中所述的大体分离、纯化或大体完整的微生物群。
在一方面，治疗组合物中的粪便微生物群包括供体的基本上完整的或未选择的粪便微生物群、重组粪便物质或合成粪便物质。在另一方面，治疗组合物中的粪便微生物群不包含抗生素抗性种群。在另一方面，治疗组合物包含粪便微生物群，并且基本上不含外来物质(例如，非生物物质，包括脱细胞物质，例如残余纤维、dna、rna、病毒外壳材料、非活性物质；和生物物质，例如来自粪便供体的真核细胞)。
在一方面，本文使用的治疗组合物中的粪便微生物群来自疾病筛选的新鲜同源粪便或等同的冷冻干燥和重组粪便。在一方面，新鲜同源粪便不包括抗生素抗性种群。在另一方面，治疗组合物中的粪便微生物群来自合成粪便组合物。在一方面，合成粪便组合物包含活性菌群的制剂，该制剂优选在比例含量上类似于不包括抗生素抗性种群的正常健康人类粪便菌群。合适的微生物可以选自以下：拟杆菌属、真细菌属、梭杆菌属、丙酸杆菌属、乳杆菌属、瘤胃球菌属、大肠杆菌属、吉米菌属、梭菌属、脱硫单胞菌属、消化链球菌属、双歧杆菌属、柯林斯菌属、粪球菌属、多尔氏菌属和瘤胃球菌属。
在一方面，本文公开的治疗中使用的治疗组合物包含无菌粪便滤液或非细胞粪便滤液。在一方面，无菌粪便滤液来源于供体粪便。在另一方面，无菌粪便滤液来源于培养的微生物。在另一方面，无菌粪便滤液包含非细胞非颗粒粪便成分。在一方面，无菌粪便滤液按照2014年5月30日公布的wo2014/078911中描述的制备。在另一方面，无菌粪便滤液如ott等人在gastroenterology152:799-911(2017)中描述的制备。
在一方面，粪便滤液包含分泌、排泄或其他液体成分或微生物群，例如生物活性分子(bam)，其可以是抗生素或抗炎剂，保存、保留或重建在菌群提取物中。
在一方面，示例性治疗组合物包括来自限定供体池的供体的起始材料，其中该供体提供离心的粪便，然后使用例如金属筛或微孔过滤器或等同物进行非常高水平的过滤，以最终仅允许细菌来源的细胞保留下来，例如通常直径小于约5微米。初始离心后，将固体材料与液体分离，然后在逐渐减小尺寸的过滤器和切向过滤器中过滤固体，例如使用微孔过滤，并且任选地，还包括使用纳米膜过滤。过滤也可以通过wo2012/122478中所述的筛子来完成，但是相比之下，使用小于0.0120mm，低至约0.0110mm的筛子，会使得最后仅存在细菌细胞。
离心过程中分离出的上清液现在被取出，并通过例如微孔过滤或等效系统逐渐过滤，最终得到通过约0.22微米过滤器精细过滤的液体。从而去除所有微粒物质，包括所有生物物质，包括细菌和病毒。然后得到无菌产物，但目的是除去细菌但保留它们的分泌物，特别是抗菌细菌素、细菌衍生的细胞因子样产品和所有伴随的生物活性分子(bam)，包括：苏云金菌素(其由供体粪便中的杆菌分泌)、细菌素(包括大肠杆菌素、troudulixine或putaindicine或小菌素或subtilosina)、lanbiotic(包括乳酸链球菌素、枯草杆菌素、表皮素、变链素、美杀菌素、actagardine、肉桂霉素)、乳酸链球菌素和其他抗菌或抗炎化合物。
在一方面，本文使用的治疗组合物包含基本上由纯化的粪便微生物群和非细胞粪便滤液的组合组成的重组粪便菌群。在另一方面，本文使用的治疗组合物包含添加有一种或多种非细胞非颗粒粪便成分的纯化粪便微生物群。在一方面，本文使用的治疗组合物包含一种或多种非细胞非颗粒粪便成分。在一方面，一种或多种非细胞非颗粒粪便成分包括合成分子、粪便微生物产生的生物活性分子或两者都有。在另一方面，一种或多种非细胞非颗粒粪便成分包括生物活性蛋白质或肽、微量营养素、脂肪、糖、小碳水化合物、微量元素、矿物盐、灰分、粘液、氨基酸、营养素、维生素、矿物质或其任意组合。在一方面，一种或多种非细胞非颗粒粪便成分包含一种或多种选自细菌素、lanbiotic和乳链球菌素的生物活性分子。在另一方面，一种或多种非细胞非颗粒粪便成分包含一种或多种细菌素，所述细菌素选自大肠杆菌素、troudulixine、putaindicine、小菌素和subtilosina。在一方面，一种或多种非细胞非颗粒粪便成分包含一种或多种lanbiotic，所述lanbiotic选自苏云金菌素、乳链菌肽、枯草菌素、表皮素、变链素、美杀菌素、actagardine和肉桂霉素。在另一方面，一种或多种非细胞非颗粒粪便成分包括抗孢子化合物、抗菌化合物、抗炎化合物或其任意组合。在另一方面，一种或多种非细胞非颗粒粪便成分包括白细胞介素、细胞因子、白三烯、类花生酸或其任意组合。
在另一方面，本文提供的治疗方法包括使用粪便细菌细胞，例如人类胃肠道微生物群的部分或全部代表，以及菌群(微生物群)的分离、加工、过滤、浓缩、重构和/或人工液体组分(例如粪便滤液)，其中包括细菌分泌产物，例如细菌素(细菌产生的蛋白质毒素，包括大肠杆菌素、troudulixine或putaindicine，或小菌素或subtilosina)、lanbiotic(肽抗生素的一类，其包含特征性多环硫醚氨基酸羊毛硫氨酸或甲基羊毛硫氨酸，以及不饱和氨基酸脱氢丙氨酸和2-氨基异丁酸；包括苏云金菌素(其由供体粪便中的杆菌分泌)、乳链菌肽、枯草菌素、表皮素、变链素、美杀菌素、actagardine、肉桂霉素)、乳链球菌素(成孔肽毒素家族)和其他抗菌或抗炎化合物和/或由微生物群的细菌或其他微生物产生的额外生物活性分子(bam)，和/或在微生物群的“液体组分”中发现的额外生物活性分子(bam)。
在一方面，基于粪便细菌的治疗组合物与基于粪便非细胞滤液的治疗组合物同时使用。在另一方面，在给予患者第二种基于粪便细菌的治疗组合物之前，用第一种基于粪便非细胞滤液的治疗组合物治疗患者，或者反过来。在另一方面，治疗方法包括三个步骤：第一，抗生素预治疗以未选择的地去除传染性病原体；第二，基于粪便非细胞滤液的治疗步骤，以进一步抑制选定的传染性病原体；第三，给予患者基于粪便细菌的治疗组合物，以重建功能性肠道微生物组。
在一方面，将治疗组合物与其他佐剂如抗酸剂(如胃能达、胃卡因锭、胃凝胶)结合，以抑制胃中的细菌灭活。在另一方面，胃中的酸分泌也可以用h2拮抗剂或质子泵抑制剂进行药理学抑制。h2拮抗剂的一个示例是雷尼替丁。质子泵抑制剂的一个示例是奥美拉唑。在一方面，在施用治疗组合物之前或与治疗组合物共同施用酸抑制剂。
在一方面，治疗组合物的形式为：灌肠组合物，其可以用合适的稀释剂重构；肠溶胶囊；肠溶微胶囊；耐酸片剂；耐酸胶囊；耐酸微胶囊；通过鼻肠输注或结肠镜输注的用合适稀释剂重构的粉末；口服的用适当稀释剂、调味剂和胃酸抑制剂重构的粉末；用食物或饮料重构的粉末；或包含组合物、粉末、凝胶或液体的肠溶和/或耐酸微胶囊的食品或食品补充剂。
在一方面，治疗方法实现了pd的治愈、症状的减轻或症状的百分比减少。在另一方面，治疗方法也影响菌群的变化。菌群的变化最好尽可能“接近完全”，并且菌群被活的生物体所取代，这些生物体会排挤掉任何剩余的原始菌群。典型地，肠道菌群的变化包括将一系列预定菌群引入胃肠系统，因此在优选形式中，治疗方法包括基本上或完全置换需要这种治疗的患者体内的致病肠道菌群。
在另一方面，治疗组合物可以与药学上可接受的载体一起提供。本文所用的“药学上可接受的载体”是指无毒的溶剂、分散剂、赋形剂、佐剂或与活细菌混合的其它物质，以便形成药物组合物，例如能够给药于患者的剂型。药学上可接受的载体可以是液体(例如盐水)、凝胶或固体形式的稀释剂、佐剂、赋形剂或耐酸胶囊成分。合适的稀释剂和赋形剂包括药物级生理盐水、葡萄糖、甘油、甘露醇、乳糖、淀粉、硬脂酸镁、糖精钠、纤维素、碳酸镁等及其组合。在另一方面，治疗组合物可以包含辅助物质，例如润湿剂或乳化剂、稳定剂或酸碱度缓冲剂。在一方面，治疗组合物包含约1％-5％、5％-10％、10％-15％、15％-20％、20％-25％、25％-30％、30％-35％、40％-45％、50％-55％、1％-95％、2％-95％、5％-95％、10％-95％、15％-95％、20％-95％、25％-95％、30％-95％、35％-95％、40％-95％、45％-95％、50％-95％、55％-95％、60％-95％、65％-95％、70％-95％、45％-95％、80％-95％或85％-95％的活性成分。在一方面，治疗组合物包含约2％-70％、5％-60％、10％-50％、15％-40％、20％-30％、25％-60％、30％-60％或35％-60％的活性成分。
在一方面，可以将治疗组合物掺入片剂、浸剂、丸剂、胶囊或预混剂中。可以通过药物制剂领域中众所周知的方法来将这些活性成分配制成这样的剂型。参见，例如，美国专利第4,394,377号。用任何所需形式的活性成分填充明胶胶囊容易生产胶囊。如果需要，这些材料可以用惰性粉末稀释剂稀释，例如糖、淀粉、奶粉、纯化的结晶纤维素等，以增加体积，便于填充胶囊。
在一方面，常规制剂工艺可用于制备含有治疗组合物的片剂。除了活性成分之外，片剂还可以含有基料、崩解剂、吸收剂、粘合剂和润滑剂。典型的基料包括乳糖、糖、氯化钠、淀粉和甘露醇。淀粉和海藻酸一样，也是一种很好的崩解剂。有时也使用表面活性剂，如月桂基硫酸钠和二辛磺化丁二酸钠。常用的吸收剂包括淀粉和乳糖。碳酸镁也适用于油性物质。粘合剂可以使用例如明胶、树胶、淀粉、糊精、聚乙烯吡咯烷酮和各种纤维素衍生物。常用润滑剂包括硬脂酸镁、滑石、石蜡、各种金属皂和聚乙二醇。
在一方面，为了制备固体组合物如片剂，活性成分与药物载体混合，例如常规压片成分如玉米淀粉、乳糖、蔗糖、山梨醇、滑石、硬脂酸、硬脂酸镁、磷酸二钙或树胶，或其它药物稀释剂如水，以形成包含本发明组合物的均质混合物的固体预制剂组合物。当用均质来形容这些制剂前组合物时，意味着活性成分均匀地分散在完整组合物中，使得组合物可以容易地细分为同等有效的单位剂型，例如片剂、丸剂和胶囊。然后，将该固体预制剂组合物细分为上述类型的单位剂型，其包含所需量的活性成分(例如，至少约105、106、107、108、109、1010、1011、1012或1013cfu或总细胞数)。本文使用的治疗组合物可以调味。
在一方面，治疗组合物可以是片剂或丸剂。在一方面，片剂或丸剂可以被包衣或以其他方式复合，以提供具有长效优点的剂型。例如，片剂或丸剂可以包括内部剂量和外部剂量组分，后者是前者之上的包膜形式。这两种组分可以通过肠溶层分离，肠溶层用于抵抗胃中崩解，并允许内部组分完整地进入十二指肠或延迟释放。这种肠溶层或包衣可使用多种材料，包括多种聚合酸和聚合酸与虫胶、十六醇和醋酸纤维素等的混合物。
在一方面，治疗组合物可以是浸剂。在一方面，通过选择治疗组合物的盐水悬浮形式来制备浸剂。通过制备一种成分与另一种成分的水溶液的悬浮液，一种成分的水溶性形式可以与另一种成分的水不溶性形式结合使用。任一种活性成分的水不溶性形式可以制成悬浮液，或在一些生理学上可接受的溶剂如聚乙二醇中制备。任一种活性成分的水不溶性形式的悬浮液可以在油如花生、玉米、芝麻油等中制备；在二醇如丙二醇或聚乙二醇中制备；或者在水中制备，取决于特定活性成分的溶解度。为了保持活性成分悬浮，可能需要合适的生理学上可接受的佐剂。佐剂可以包括并选自增稠剂，例如羧甲基纤维素、聚乙烯吡咯烷酮、明胶和藻酸盐。表面活性剂通常用于悬浮活性成分，特别是脂溶性丙酸酯增强化合物。最适用于在液体非溶剂中制备悬浮液的是烷基酚聚环氧乙烷加合物、萘磺酸盐、烷基苯磺酸盐和聚氧乙烯脱水山梨醇酯。此外，许多影响液体亲水性、密度和表面张力的物质可以在个别情况下帮助制备悬浮液。例如，硅酮抗泡沫剂、乙二醇、山梨醇和糖可以是有用的悬浮剂。
在一方面，一种治疗组合物包含一种或多种、两种或更多种、三种或更多种或四种或更多种梭菌属的非致病孢子，所述梭菌属选自不同梭菌、阿根廷梭菌、巴氏梭菌、肉毒梭菌、尸毒梭菌、肉梭菌、隐藏梭菌、肖氏梭菌、梭状梭菌、匙形梭菌、谲诈梭菌、费氏梭菌、戈氏梭菌、乙二醇梭菌、溶血梭菌、矛形梭菌、溶组织梭菌、吲哚梭菌、非规则梭菌、泥渣梭菌、恶名梭菌、诺氏梭菌、乳清酸梭菌、类腐败梭菌、产气荚膜梭菌、梭状杆菌、腐化梭菌、腐败梭菌、撒丁岛梭菌、煎盘梭菌、闪烁梭菌、败毒梭菌、索氏梭菌、楔状杆菌、螺旋梭菌、产芽胞梭菌、近端梭菌、共生梭菌、第三梭菌、破伤风梭菌、魏氏梭菌和绒毛梭菌。
在一方面，一种治疗组合物包含纯化的、分离的或培养的活的非致病梭菌和多种纯化的、分离的或培养的活的非致病微生物，所述微生物来自选自柯林斯菌属、粪球菌属、多尔氏菌属、真细菌属和瘤胃球菌属的一个或多个属。在另一方面，一种治疗组合物包含多种纯化的、分离的或培养的活的非致病微生物，所述微生物来自选自梭菌属、柯林斯菌属、粪球菌属、多尔氏菌属、真细菌属和瘤胃球菌属的一个或多个属。
在一方面，一种治疗组合物包含选自柯林斯菌属、粪球菌属、多尔氏菌属、真细菌属和瘤胃球菌属的两个或更多个属。在另一方面，一种治疗组合物包含选自粪球菌属、多尔氏菌属、真细菌属和瘤胃球菌属的两个或更多个属。在另一方面，一种治疗组合物包含一种或多种、两种或更多种、三种或更多种、四种或更多种或五种或更多种选自灵巧粪球菌、陪伴粪球菌、dorealongicatena、挑剔真杆菌、庞大真杆菌、霍氏真杆菌、直肠真杆菌和扭链胃球菌的物种。
在一方面，一种治疗组合物包含至少约105、106、107、108、109、1010、1011、1012或1013cfu或总细胞数。在另一方面，一种治疗组合物包含最多约105、106、107、108、109、1010、1011、1012、1013或1014cfu或总细胞数。
在另一方面，一种治疗组合物包含至少约105、106、107、108、109、1010、1011、1012或1013个细胞或总细胞数。在另一方面，一种治疗组合物包含最多约105、106、107、108、109、1010、1011、1012、1013或1014个细胞或总细胞数。
在一方面，治疗组合物被配制成口服胶囊、微胶囊、片剂或丸剂。在另一方面，胶囊、微胶囊、片剂或丸剂适于肠内递送。在另一方面，胶囊、微胶囊、片剂或丸剂是肠溶胶囊、微胶囊、片剂或丸剂。在另一方面，胶囊、微胶囊、片剂或丸剂具有肠溶性、耐酸性或两者兼有。
在一方面，本申请提供了以下实施例：
实施例1.一种治疗需要治疗的受试者的帕金森氏病(pd)的方法，所述方法包括给所述受试者施用药学活性剂量的治疗组合物，所述治疗组合物包含活的非致病粪便细菌或非细胞粪便滤液。
实施例2.根据实施例1所述的方法，其中所述受试者还患有胃肠疾病。
实施例3.根据实施例1所述的方法，其中所述受试者还患有慢性便秘。
实施例4.根据实施例1所述的方法，其中所述受试者所患pd的临床阶段选自i期至v期。
实施例5.根据实施例1所述的方法，其中所述受试者是早期pd患者。
实施例6.根据实施例1所述的方法，其中所述受试者表现出一种或多种pd的早期症状。
实施例7.根据实施例1所述的方法，其中所述方法降低了所述受试者pd的进展速度。
实施例8.根据实施例1所述的方法，其中所述方法延迟了所述受试者对症状性抗帕金森氏病治疗的需求。
实施例9.根据实施例1所述的方法，其中所述组合物包含所述活的非致病粪便细菌的分离或纯化群体。
实施例10.根据实施例1所述的方法，其中所述组合物包含未选择的粪便微生物群。
实施例11.根据实施例1所述的方法，其中所述给药是每天进行的。
实施例12.根据实施例1所述的方法，其中所述给药持续至少1、2、3、4、5、6、7、8、9或10周。
实施例13.根据实施例1所述的方法，其中所述剂量至少每天给药一次或至少每周给药一次，持续至少2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14或15个连续天或连续周。
实施例14.根据实施例1所述的方法，其中所述剂量至少每天给药一次或至少每周给药一次，持续至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11或12个连续周。
实施例15.根据实施例1所述的方法，其中所述剂量至少每天给药一次或至少每周给药一次，持续最多3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个连续天或连续周。
实施例16.根据实施例1所述的方法，其中所述剂量至少每天给药一次或至少每周给药一次，持续最多1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11或12个连续周。
实施例17.根据实施例1所述的方法，其中所述剂量至少每天给药两次或至少每周给药两次，持续至少两个连续天或连续周。
实施例18.根据实施例17所述的方法，其中所述剂量至少每天给药两次或至少每周给药两次，持续至少3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14或15个连续天或连续周。
实施例19.根据实施例17所述的方法，其中所述剂量至少每天给药两次或至少每周给药两次，持续至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11或12个连续周。
实施例20.根据实施例17所述的方法，其中所述剂量至少每天给药两次或至少每周给药两次，持续最多3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个连续天或连续周。
实施例21.根据实施例17所述的方法，其中所述剂量至少每天给药两次或至少每周给药两次，持续最多1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11或12个连续周。
实施例22.根据实施例1所述的方法，其中所述剂量至少每天给药三次或至少每周给药三次，持续至少一天或一周。
实施例23.根据实施例22所述的方法，其中所述剂量至少每天给药三次或至少每周给药三次，持续至少2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14或15个连续天或连续周。
实施例24.根据实施例22所述的方法，其中所述剂量至少每天给药三次或至少每周给药三次，持续最多2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14或15个连续天或连续周。
实施例25.根据实施例1所述的方法，其中所述治疗组合物包含活的非致病粪便细菌和非细胞粪便滤液二者。
实施例26.根据实施例1所述的方法，其中所述治疗组合物包含添加有非细胞粪便滤液的活的非致病粪便细菌。
实施例27.根据实施例1、25或26所述的方法，其中所述非细胞粪便滤液包含生物活性蛋白质或肽、微量营养素、脂肪、糖、小碳水化合物、微量元素、矿物盐、灰分、粘液、氨基酸、营养素、维生素、矿物质或其任意组合。
实施例28.根据实施例1、25或26所述的方法，其中所述非细胞粪便滤液包含一种或多种选自细菌素、lanbiotic和乳链球菌素的生物活性分子。
实施例29.根据实施例1、25或26所述的方法，其中所述非细胞粪便滤液包含一种或多种细菌素，所述细菌素选自大肠杆菌素、troudulixine、putaindicine、小菌素和subtilosina。
实施例30.根据实施例1、25或26所述的方法，其中所述非细胞粪便滤液包含一种或多种lanbiotic，所述lanbiotic选自苏云金菌素、乳链菌肽、枯草菌素、表皮素、变链素、美杀菌素、actagardine和肉桂霉素。
实施例31.根据实施例1、25或26所述的方法，其中所述非细胞粪便滤液包含抗孢子化合物、抗菌化合物、抗炎化合物或其任意组合。
实施例32.根据实施例1、25或26所述的方法，其中所述非细胞粪便滤液包含白细胞介素、细胞因子、白三烯、类花生酸或其任意组合。
实施例33.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述方法包括第一给药方案和随后的第二给药方案。
实施例34.根据实施例33所述的方法，其中所述第二给药方案包括低于或等于所述第一给药方案剂量的维持剂量。
实施例35.根据实施例34所述的方法，其中所述第二给药方案持续至少约2、4、6、8、10、12、18、24、36、48、72或96个月。
实施例36.根据实施例34所述的方法，其中所述第二给药方案长期持续。
实施例37.根据实施例33所述的方法，其中所述第一和第二给药方案之间的间隔至少约为1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11或12周。
实施例38.根据实施例33所述的方法，其中所述第二给药方案是持续给药方案。
实施例39.根据实施例33所述的方法，其中所述第二给药方案是间歇给药方案。
实施例40.根据实施例39所述的方法，其中所述间歇给药方案包括至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13或14天的治疗期，随后是至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13或14天的休息期。
实施例41.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述组合物被配制成延迟或逐渐肠溶释放形式。
实施例42.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述给药包括口服、灌肠或直肠栓剂给药。
实施例43.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述组合物被配制成肠溶胶囊、耐酸肠溶胶囊、肠溶微胶囊，或者被配制成食品的一部分、食品添加剂、乳制品、大豆制品或其衍生物、果冻或酸奶。
实施例44.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述方法消除或减少胃肠失调。
实施例45.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述方法增加所述受试者胃肠道中的细菌多样性。
实施例46.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述药学活性剂量包括至少约105、106、107、108、109、1010、1011、1012或1013cfu或细胞总数。
实施例47.根据实施例1所述的方法，其中所述药学活性剂量包括最多约105、106、107、108、109、1010、1011、1012或1013cfu或细胞总数。
实施例48.根据实施例1所述的方法，其中所述药学活性剂量选自105到1014，106到1014，107到1014，108到1014,109到1013,1010到1012,109到1014,109到1012,109到1011,109到1010,1010到1014，1010到1013,1011到1014,1011到1013,1012到1014，以及1013到1014cfu或细胞总数。
实施例49.根据实施例1所述的方法，其中所述组合物包含添加有粪便微生物的粪便微生物群。
实施例50.根据实施例49所述的方法，其中所述粪便微生物选自脆弱类杆菌普通种、产气柯林斯菌、脆弱类杆菌多形种、产消化链球菌ii型、狄氏副拟杆菌、普拉梭杆菌、一致粪球菌、产气柯林斯菌iii型、产消化链球菌i型、瘤胃球菌、青春双歧杆菌、甲酸芽殖菌、长双歧杆菌、惰性真杆菌、扭链胃球菌、直肠真杆菌、挑剔真杆菌、埃氏拟杆菌、柔嫩梭菌、脆弱类杆菌a种、两形真杆菌、婴儿双歧杆菌，直肠真杆菌iii-f、陪伴粪球菌、pseudoflavonifractorcapillosus、白色瘤胃球菌、长链多尔氏菌、霍氏真杆菌、凸腹真杆菌i型、fusobacteriumrussi、卵形瘤胃球菌、直肠真杆菌、多枝梭菌、赖氏乳杆菌、伶俐瘤胃球菌、穗状丁酸弧菌、发酵氨基酸球菌、凸腹真杆菌、脆弱类杆菌脆弱种、拟杆菌ar、灵巧粪球菌、aerostipeshadrus、圆柱状真杆菌、反刍真杆菌、真杆菌ch-1、表皮葡萄球菌、消化链球菌bl、粘液真杆菌、极尖蒂西耶菌、拟杆菌l、死亡梭杆菌i型、舟形梭杆菌、无害芽孢梭菌、多枝梭菌、痤疮丙酸杆菌、生黄瘤胃球菌、瘤胃球菌at、消化球菌au-1、脆弱类杆菌卵圆种、拟杆菌l-1和l-5、具核梭杆菌、死亡梭杆菌、大肠杆菌、麻疹孪生球菌、大芬戈尔德菌、消化球菌g,-au-2、中链球菌、酸奶瘤胃球菌、瘤胃球菌co、吉米菌x、粪球菌bh,-cc、纤细真杆菌、枝真杆菌、梭状类杆菌梭状种、凝固拟杆菌、口腔普雷沃菌、栖瘤胃普雷沃菌、odoribactersplanchnicus、desuifomonaspigra、乳酸杆菌g、琥珀酸弧菌a及其组合。
实施例51.根据实施例10所述的方法，其中所述粪便微生物群进一步添加有细菌孢子。
实施例52.根据实施例51所述的方法，其中所述细菌孢子是梭菌孢子或芽孢杆菌孢子。
实施例53.根据实施例10所述的方法，其中所述粪便微生物群的制备包括选自乙醇处理、洗涤剂处理、热处理、辐射和超声波处理的处理方法。
实施例54.根据实施例10所述的方法，其中所述粪便微生物群的制备不涉及选自乙醇处理、洗涤剂处理、热处理、辐射和超声波处理的处理方法。
实施例55.根据实施例10所述的方法，其中所述粪便微生物群的制备涉及选自密度梯度、过滤和色谱法的分离步骤。
实施例56.根据实施例10所述的方法，其中所述粪便微生物群的制备不涉及选自密度梯度、过滤和色谱法的分离步骤。
实施例57.根据实施例10所述的方法，其中所述粪便微生物群包括供体的完整粪便微生物群。
实施例58.根据实施例10所述的方法，其中所述组合物基本上不含来自所述粪便微生物群供体的真核细胞。
实施例59.根据实施例10所述的方法，其中所述粪便微生物群来自重组粪便物质。
实施例60.根据实施例10所述的方法，其中所述粪便微生物群来自合成粪便物质。
实施例61.根据实施例10所述的方法，其中所述粪便微生物群不包含抗生素抗性群体。
实施例62.根据实施例10所述的方法，其中所述粪便微生物群包含活菌群制剂，其在比例含量上类似于正常健康的人类粪便菌群。
实施例63.根据实施例10所述的方法，其中所述粪便微生物群包括来自至少七个不同家系的细菌。
实施例64.根据实施例10所述的方法，其中所述粪便微生物群的香农多样性指数为0.4-5.0。
实施例65.根据实施例10所述的方法，其中所述粪便微生物群包含一种或多种微生物，所述微生物选自梭菌属、芽孢杆菌属、柯林氏菌属、拟杆菌属、真细菌属、梭杆菌属、丙酸杆菌属、乳杆菌属、瘤胃球菌属、大肠杆菌属、吉米菌属、脱硫单胞菌属、消化链球菌属、双歧杆菌属和念珠菌属。
实施例66.根据实施例10所述的方法，其中所述粪便微生物群不包含活的拟杆菌属、梭杆菌属、丙酸杆菌属、乳杆菌属、瘤胃球菌属、大肠杆菌属、吉米菌属、脱硫单胞菌属、消化链球菌属、双歧杆菌属、念珠菌属或其任意组合。
实施例67.根据实施例10所述的方法，其中所述粪便微生物群包含一种或多种微生物，所述微生物选自脆弱类杆菌普通种、产气柯林斯菌、脆弱类杆菌多形种、产消化链球菌ii型、狄氏副拟杆菌、普拉梭杆菌、一致粪球菌、产气柯林斯菌iii型、产消化链球菌i型、瘤胃球菌、青春双歧杆菌、甲酸芽殖菌、长双歧杆菌、惰性真杆菌、扭链胃球菌、直肠真杆菌、挑剔真杆菌、埃氏拟杆菌、柔嫩梭菌、脆弱类杆菌a种、两形真杆菌、婴儿双歧杆菌，直肠真杆菌iii-f、陪伴粪球菌、pseudoflavonifractorcapillosus、白色瘤胃球菌、长链多尔氏菌、霍氏真杆菌、凸腹真杆菌i型、fusobacteriumrussi、卵形瘤胃球菌、直肠真杆菌、多枝梭菌、赖氏乳杆菌、伶俐瘤胃球菌、穗状丁酸弧菌、发酵氨基酸球菌、凸腹真杆菌、脆弱类杆菌脆弱种、拟杆菌ar、灵巧粪球菌、aerostipeshadrus、圆柱状真杆菌、反刍真杆菌、真杆菌ch-1、表皮葡萄球菌、消化链球菌bl、粘液真杆菌、极尖蒂西耶菌、拟杆菌l、死亡梭杆菌i型、舟形梭杆菌、无害芽孢梭菌、多枝梭菌、痤疮丙酸杆菌、生黄瘤胃球菌、瘤胃球菌at、消化球菌au-1、脆弱类杆菌卵圆种、拟杆菌l-1和l-5、具核梭杆菌、死亡梭杆菌、大肠杆菌、麻疹孪生球菌、大芬戈尔德菌、消化球菌g,-au-2、中链球菌、酸奶瘤胃球菌、瘤胃球菌co、吉米菌x、粪球菌bh,-cc、纤细真杆菌、枝真杆菌、梭状类杆菌梭状种、凝固拟杆菌、口腔普雷沃菌、栖瘤胃普雷沃菌、odoribactersplanchnicus、desuifomonaspigra、乳酸杆菌g、琥珀酸弧菌a及其组合。
实施例68.根据实施例1所述的方法，其中所述组合物包含至少约20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、85％、90％、95％、99％或99.5％的细菌孢子。
实施例69.根据实施例1所述的方法，其中所述组合物为液体、冷冻、冷冻干燥、喷雾干燥、泡沫干燥、冻干或粉末形式。
实施例70.根据实施例1所述的方法，其中所述组合物包含赋形剂、盐水、缓冲液、缓冲剂或流体-葡萄糖-纤维二糖琼脂(rgca)培养基。
实施例71.根据实施例1所述的方法，其中所述组合物包含防冻剂。
实施例72.根据实施例71所述的方法，其中所述防冻剂包含聚乙二醇、脱脂乳、赤藓糖醇、阿拉伯糖醇、山梨醇、葡萄糖、果糖、丙氨酸、甘氨酸、脯氨酸、蔗糖、乳糖、核糖、海藻糖、二甲基亚砜(dmso)、甘油或其组合。
实施例73.根据实施例1所述的方法，其中所述组合物进一步包含酸抑制剂、抗酸剂、h2拮抗剂、质子泵抑制剂或其组合。
实施例74.根据实施例1所述的方法，其中所述组合物基本上不含非生物物质。
实施例75.根据实施例1所述的方法，其中所述组合物基本上不含选自残余纤维、dna、病毒外壳材料和非活性材料的脱细胞材料。
实施例76.根据实施例1所述的方法，其中所述组合物被配制成肠溶胶囊或微胶囊、耐酸胶囊或微胶囊、适于重构的粉末、鼻十二指肠输注或以灌肠剂或结肠镜输注的形式递送。
实施例77.根据实施例1所述的方法，其中所述组合物与食品、液体饮料、食品添加剂、乳制品、大豆制品或其衍生物、果冻或酸奶一起给药。
实施例78.根据实施例1所述的方法，其中在施用所述组合物之前，用抗生素预治疗所述受试者。
实施例79.根据实施例78所述的方法，其中所述抗生素选自利福布丁、克拉霉素、氯法齐明、万古霉素、利福平、硝基咪唑、氯霉素及其组合。
实施例80.根据实施例78所述的方法，其中所述抗生素选自利福昔明、利福霉素衍生物、利福平、利福布丁、利福喷丁、利福拉齐、双环霉素、氨基糖苷类、庆大霉素、新霉素、链霉素、巴龙霉素、威大霉素、突变霉素、西索米星、奈替米星、瑞替米星、卡那霉素、氨曲南、氨曲南大环内酯、克拉霉素、地红霉素、罗红霉素、泰利霉素、阿奇霉素、次水杨酸铋、万古霉素、链霉素、非达霉素、阿米卡星、阿贝卡星、新霉素、奈替米星、巴龙霉素、红链霉素、妥布霉素、安普霉素及其组合。
实施例81.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中在施用所述组合物之前，用抗炎药物预治疗所述受试者。
实施例82.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述组合物包含一种或多种、两种或更多种、三种或更多种或四种或更多种梭菌属的非致病孢子，所述梭菌属选自不同梭菌、阿根廷梭菌、巴氏梭菌、肉毒梭菌、尸毒梭菌、肉梭菌、隐藏梭菌、肖氏梭菌、梭状梭菌、匙形梭菌、谲诈梭菌、费氏梭菌、戈氏梭菌、乙二醇梭菌、溶血梭菌、矛形梭菌、溶组织梭菌、吲哚梭菌、非规则梭菌、泥渣梭菌、恶名梭菌、诺氏梭菌、乳清酸梭菌、类腐败梭菌、产气荚膜梭菌、梭状杆菌、腐化梭菌、腐败梭菌、撒丁岛梭菌、煎盘梭菌、闪烁梭菌、败毒梭菌、索氏梭菌、楔状杆菌、螺旋梭菌、产芽胞梭菌、近端梭菌、共生梭菌、第三梭菌、破伤风梭菌、魏氏梭菌和绒毛梭菌。
实施例83.根据实施例1所述的方法，其中所述组合物包含纯化的、分离的或培养的活的非致病梭菌和多种纯化的、分离的或培养的活的非致病微生物，所述微生物来自选自柯林斯菌属、粪球菌属、多尔氏菌属、真细菌属和瘤胃球菌属的一个或多个属。
实施例84.根据实施例1所述的方法，其中所述组合物包含多种纯化的、分离的或培养的活的非致病微生物，所述微生物来自选自梭菌属、柯林斯菌属、粪球菌属、多尔氏菌属、真细菌属和瘤胃球菌属的一个或多个属。
实施例85.根据实施例83所述的方法，其中所述组合物包含选自柯林斯菌属、粪球菌属、多尔氏菌属、真细菌属和瘤胃球菌属的两个或更多个属。
实施例86.根据实施例83所述的方法，其中所述组合物包含选自粪球菌属、多尔氏菌属、真细菌属和瘤胃球菌属的两个或更多个属。
实施例87.根据实施例83或84所述的方法，其中所述多种活的非致病微生物包含一种或多种、两种或更多种、三种或更多种、四种或更多种或五种或更多种选自灵巧粪球菌、陪伴粪球菌、dorealongicatena、挑剔真杆菌、庞大真杆菌、霍氏真杆菌、直肠真杆菌和扭链胃球菌的物种。
实施例88.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述方法消除或减少一种或多种pd症状，所述pd症状选自震颤、行动减慢(运动迟缓)、肌肉僵硬、姿势和平衡受损、自发运动丧失、语音变化和书写变化。
实施例89.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述方法还包括对所述受试者进行症状性抗帕金森氏病治疗。
实施例90.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述方法还包括施用溴隐亭、苯托品、左旋多巴、罗匹尼罗、普拉克索、罗替戈汀、卡麦角林、恩他卡朋、托卡朋、金刚烷胺、司来吉兰或其组合。
根据实施例1所述的方法，基本上如本文描述和举例说明的，并参考附图描述。
通过参考以下非限制性示例，可以更好地理解本公开，其作为本公开的示例而提供。给出以下示例是为了更充分地说明本公开的优选方面，然而，这些示例决不应被解释为限制本公开的广泛范围。因此，所附权利要求的范围不应局限于本文所包含的方面的描述。
示例
示例1.粪便微生物群的制备。
粪便微生物群基本上是根据us2014/0147417或wo2014/152484中公布的方案制备的。下面总结了一个示例性方案。
根据用于排除不合适供体的标准列表，筛选潜在的粪便微生物群供体。如果潜在的粪便微生物群供体在之前三个月内接受过抗生素、泻药、减肥药、免疫调节剂或化疗，则排除在外。如果潜在的粪便微生物群供体具有所有已知传染病、病态肥胖、糖尿病、肠易激综合征、炎症性肠病、慢性腹泻、便秘、结肠直肠息肉或癌症、免疫系统受损、代谢综合征、慢性疲劳综合征、胃肠大手术或其他可能与粪便微生物群特定变化相关的疾病或病症的病史，则排除在外。如果潜在的粪便微生物群供体对c反应蛋白、红细胞沉降率、甲型肝炎、乙型肝炎、丙型肝炎、人类免疫缺陷病毒、人类嗜t淋巴细胞病毒或梅毒的实验室检测呈阳性，则排除在外。如果潜在的粪便微生物群供体对粪便虫卵、寄生虫或病毒检测呈阳性，则排除在外。如果潜在的粪便微生物群供体在过去三个月内有高危性行为、被监禁或者在有疾病流行的地区接受过纹身或身体穿孔，则排除在外。
供体粪便物质(新鲜粪便)收集在无菌容器中，然后转移到搅拌机中。将大约500-1000ml0.9％的盐溶液加入搅拌机中，并与粪便样本充分混合。在收集最终悬浮液之前，所得悬浮液通过过滤器过滤至少4次。最终得到的悬浮液在50ml试管中以1200xg离心3分钟。弃去上清液，将沉淀在约50ml无菌0.9％盐溶液中轻轻再悬浮。离心和再悬浮步骤再重复2至4次。最后一次离心后，弃去上清液。如果要立即使用粪便微生物群，通过轻轻混合，将所得沉淀在1.5倍体积的0.9％盐溶液中再悬浮。如果要储存粪便微生物群，将所得沉淀在10％无菌甘油中再悬浮，并储存在-80摄氏度。如果粪便微生物群被冷冻，在对患者给药前需要加热到室温。如果粪便微生物群被冻干，冻干保护剂配方和冻干程序基本上遵循2016年11月17日公布的us2016/0331791。
示例2：肠功能障碍pd患者口服胶囊治疗方案(短期方案)。
患者分为四组(第1组至第4组)。第1组患者接受抗生素(如万古霉素、甲硝唑和秋水仙碱)预治疗，直到患者出现排便改善的迹象。第2组不接受抗生素。第1组和第2组均接受结肠镜检查前肠道准备，然后接受胶囊粪便微生物组治疗。第3组和第4组不接受肠道准备，而第3组，而不是第4组，也接受抗生素预治疗。胶囊按如下方式给药2周：两个胶囊(各含有109到1011个细菌生物体)，每天给药两次，共4天；两个胶囊，每隔一天给药两次，共10天。高剂量胶囊(细胞总数约为1012)用于最初4天的负荷剂量(也称为治疗剂量)。低剂量胶囊(细胞总数约为109)用于随后10天的维持剂量。接受抗生素预治疗的患者，在停用抗生素后一天服用胶囊。在口服胶囊治疗之前、期间和之后，观察患者症状并进行临床检查。还进行治疗前、治疗中和治疗后dna宏基因组学研究(2-4天；1周；6周；12周)。
示例3：肠功能障碍pd患者口服胶囊治疗方案(中期方案)。
患者分为四组(第1组至第4组)。第1组患者接受抗生素(如万古霉素、甲硝唑和秋水仙碱，条件是有便秘问题)预治疗，直到患者出现排便改善的迹象。第2组不接受抗生素。第1组和第2组均接受结肠镜检查前肠道准备，然后接受胶囊粪便微生物组治疗。第3组和第4组不接受肠道准备，而第3组，而不是第4组，也接受抗生素预治疗。胶囊给药时间为18周或更长，如下所示：两个胶囊一天两次，持续14天；两个胶囊，隔天给药，一天两次，持续14天；4个胶囊一周两次，持续14天；四个胶囊一周一次(例如，每个周一)，持续12周。高剂量胶囊(细胞总数约为1012)用于最初4周的负荷剂量(也称为治疗剂量)。低剂量胶囊(细胞总数约为109)用于随后14周的维持剂量。接受抗生素预治疗的患者，在停用抗生素后一天服用胶囊。在口服胶囊治疗之前、期间和之后，观察患者症状并进行临床检查。还进行治疗前、治疗中和治疗后dna宏基因组学研究(2-4天；1周；6周；12周)。
示例4：pd患者的治疗。
一名59岁pd患者接受了基于粪便微生物组的治疗，该治疗基于耐酸/延迟释放双封装口服胶囊，其中含有冻干的供体来源的未选择的粪便微生物群。患者的症状包括严重腹胀、严重尿急、左臂僵硬、不平衡问题、行走时不能转头以及不能集中注意力。患者每天排便一次。患者接受为期8周的治疗方案，包括在两周的诱导期内进行10次粪便微生物组治疗液体直肠灌肠输注，然后在6周的维持治疗期内每天服用4粒胶囊(每个胶囊的细胞总数约109到1012)。在初始治疗后的第三周，患者不再出现腹胀，精力增加，左臂可轻微活动，并且无需使用处方pd药物即可下床。患者仍感到胃灼热。患者每天排便2次。在初始治疗后的第四周，患者经历了数秒钟的尿急感，没有处方pd药物无法下床，出现pd症状，手掌出现白垩样图案，以及严重头痛。患者每天排便2-3次。在初始治疗后的第五周，患者出现轻度尿急、干呕、手势使用增加、胀气和打嗝，以及整体运动改善(右臂改善不明显，左臂僵硬仍然存在)。患者对生活的态度有所改善。患者每天排便一次。患者的病情在第7周仍有改善，改善程度与第5周相似。患者在第8周因甲状腺切除术停止治疗。
示例5：pd患者的治疗。
一名55岁pd患者接受了基于粪便微生物组的治疗，该治疗基于耐酸/延迟释放双封装口服胶囊，其中含有冻干的供体来源的未选择的粪便微生物群。患者的症状包括轻度腹胀、轻度尿急、轻度腹部不适、感觉丧失、喉咙发紧。患者之前有感觉丧失、喉咙发紧、左无名指震颤、左肩失去知觉、咳嗽持续时间长、左臂僵硬、严重便秘、排便前疼痛和左腿震颤的症状。患者每天排便两次。患者接受为期7周的治疗计划，包括在1周的诱导期内进行5次粪便微生物组结肠镜输注，在维持期内每天4粒胶囊，持续6周。在初始粪便微生物组治疗后的第5周，患者没有出现腹胀、腹部不适或尿急。此外，还观察到pd症状有所改善。例如，左腿和手臂的震颤减少。然而，也观察到平衡力变差。在第6周，没有观察到pd症状的重大改善。
示例6：pd患者的治疗。
一名60岁pd患者接受了基于粪便微生物组的治疗。患者的症状包括语音问题、手部震颤、行走困难和字体过小。患者接受持续8周的治疗计划，包括在2周的诱导期内接受10次新鲜的粪便微生物组输注，在维持期内每天4粒胶囊，持续6周。
由于在不脱离本公开的范围的情况下，可以对本文描述和示出的结构和方法进行各种修改，因此前述描述中包含的所有内容应当被解释为说明性的，而不是限制性的。本公开的宽度和范围不应受任何上述示例性实施例的限制，而应仅根据所附权利要求及其等同物来定义。本说明书中引用的所有专利和非专利文件通过完整引用并入本文。