新型基因分类器及其在自身免疫性疾病中的用途的制作方法
交叉引用
本申请要求于2018年5月9日提交的美国临时申请号62/669,297的权益，该申请通过引用以其全文并入于此。
背景技术：
皮肤病是人类最常见的疾病之一，并且对全球医疗保健造成重要负担。三种皮肤病是全球十大最流行疾病，并且八种进入前50位。如果综合考虑，皮肤病况是导致多年残疾的第二至第十一大原因。
技术实现要素：
在某些实施方案中，本文公开了基于分子风险因素检测自身免疫性疾病的存在的方法。在一些情况下，本文描述了基于分子风险因素检测银屑病、狼疮或特应性皮炎的存在的方法。在一些情况下，本文还描述了基于分子风险因素监测自身免疫性疾病(例如，银屑病、狼疮或特应性皮炎)的进展的方法。
在某些实施方案中，本文公开了在疑似患有银屑病的受试者中检测il-17a、il-17f、il-8、cxcl5、s100a9和defb4a中至少两个的基因表达水平的方法，包括：(a)从获自所述受试者的皮肤样品中分离核酸，其中所述皮肤样品包括来自角质层的细胞；以及(b)通过使所述分离的核酸与一组探针接触，检测il-17a、il-17f、il-8、cxcl5、s100a9和defb4a中至少两个的表达水平，所述一组探针识别il-17a、il-17f、il-8、cxcl5、s100a9和defb4a中的至少两个，并检测il-17a、il-17f、il-8、cxcl5、s100a9和defb4a中的至少两个与所述一组探针之间的结合。
在某些实施方案中，本文公开了在疑似患有银屑病的受试者中检测来自第一基因分类器和第二基因分类器的基因表达水平的方法，包括：(a)从获自所述受试者的皮肤样品中分离核酸，其中所述皮肤样品包括来自角质层的细胞；(b)通过使所述分离的核酸与一组探针接触，检测来自所述第一基因分类器：il-17a、il-17f、il-8、cxcl5、s100a9和defb4a的一个或多个基因的表达水平，所述一组探针识别来自所述第一基因分类器的一个或多个基因，并检测来自所述第一基因分类器的一个或多个基因与所述一组探针之间的结合；以及(c)通过使所述分离的核酸与额外的一组探针接触，检测来自所述第二基因分类器：il-17c、s100a7、il-17ra、il-17rc、il-23a、il-22、il-26、il-24、il-6、cxcl1、ifn-γ、il-31、il-33、tnfα、lcn2、ccl20和tnfrsf1a的一个或多个基因的表达水平，所述额外的一组探针识别来自所述第二基因分类器的一个或多个基因，并检测来自所述第二基因分类器的一个或多个基因与所述额外的一组探针之间的结合。
在某些实施方案中，本文公开了用tnfα、il-17a或il-23的抑制剂治疗受试者的方法，其中所述受试者患有银屑病，所述方法包括以下步骤：通过从包括来自角质层的细胞的皮肤样品中分离核酸，并通过使所述分离的核酸与一组探针接触，对所述皮肤样品进行或已进行了表达分析，所述一组探针识别il-17a、il-17f、il-8、cxcl5、s100a9和defb4a中的至少两个，并检测il-17a、il-17f、il-8、cxcl5、s100a9和defb4a中的至少两个与所述一组探针之间的结合，从而确定所述受试者的基因表达水平是否改变；以及如果所述受试者的il-17a、il-17f、il-8、cxcl5、s100a9和defb4a中的至少两个的基因表达水平改变，则向所述受试者施用tnfα、il-17a或il-23的抑制剂或提高采用所述抑制剂的治疗的水平；以及如果所述受试者的il-17a、il-17f、il-8、cxcl5、s100a9和defb4a中的至少两个的基因表达水平没有改变，则不施用所述抑制剂或终止所述抑制剂的治疗。
在某些实施方案中，本文公开了在疑似患有特应性皮炎的受试者中检测il-13、il-31和tslp中至少两个的基因表达水平的方法，包括：(a)从获自所述受试者的皮肤样品中分离核酸，其中所述皮肤样品包括来自角质层的细胞；以及(b)通过使所述分离的核酸与一组探针接触，检测il-13、il-31和tslp中至少两个的表达水平，所述一组探针识别il-13、il-31和tslp中的至少两个，并检测il-13、il-31和tslp中的至少两个与所述一组探针之间的结合。
在某些实施方案中，本文公开了在疑似患有特应性皮炎的受试者中检测来自第一基因分类器和第二基因分类器的基因表达水平的方法，包括：(a)从获自所述受试者的皮肤样品中分离核酸，其中所述皮肤样品包括来自角质层的细胞；(b)通过使所述分离的核酸与一组探针接触，检测来自所述第一基因分类器：il-13、il-31和tslp的一个或多个基因的表达水平，所述一组探针识别来自所述第一基因分类器的一个或多个基因，并检测来自所述第一基因分类器的一个或多个基因与所述一组探针之间的结合；以及(c)通过使所述分离的核酸与额外的一组探针接触，检测来自所述第二基因分类器：il-13r、il-4r、il-17、il-22、cxcl9、cxcl10、cxcl11、s100a7、s100a8、s100a9、ccl17、ccl18、ccl19、ccl26、ccl27和nos2的一个或多个基因的表达水平，所述额外的一组探针识别来自所述第二基因分类器的一个或多个基因，并检测来自所述第二基因分类器的一个或多个基因与所述额外的一组探针之间的结合。
在某些实施方案中，本文公开了用与白细胞介素-13(il-13)或白细胞介素-13受体(il-13r)特异性结合的抗体治疗受试者的方法，其中所述受试者患有特应性皮炎，所述方法包括以下步骤：通过从包括来自角质层的细胞的皮肤样品获得或已获得分离的核酸；并通过使所述分离的核酸与一组探针接触，对所述皮肤样品进行或已进行了表达分析，所述一组探针识别il-13、il-31和tslp中的至少两个，并检测il-13、il-31和tslp中的至少两个与所述一组探针之间的结合，从而确定所述受试者的基因表达水平是否改变；以及如果所述受试者的il-13、il-31和tslp中的至少两个的基因表达水平改变，则向所述受试者施用与il-13或il-13r特异性结合的抗体；以及如果所述受试者的il-13、il-31和tslp中的至少两个的基因表达水平没有改变，则不施用与il-13或il-13r特异性结合的所述抗体。
附图说明
在所附权利要求书中具体阐述了本公开内容的各个方面。通过参考对在其中利用到本公开内容的原理的说明性实施方案加以阐述的以下详细描述和附图，将会获得对本公开内容的特征和优点的更好的理解，在附图中：
图1示出了th17细胞因子通路。
图2示出了皮肤中从il-23/17通路起的激活周期，导致诸如银屑病和特应性皮炎等疾病。
图3示出了在慢性特应性皮炎中升高的多个炎症通路，包括th1、th2、th17和th22。
图4示出了表皮的结构，其中细胞从真皮层发展到角质层所经历的时间为约28天。
图5示出了在银屑病损伤和无损伤的皮肤中角质层基因表达的各种标志物的检测。
图6示出了许多靶向il-17/th-17通路的药物，及其影响炎症周期的位置。
图7示出了特应性皮炎测定的靶标及其在激活周期中的位置。
图8示出了在用300mg度匹鲁单抗(dupilumab)或安慰剂治疗16周后，达到湿疹面积和严重性指数从基线降低75％(easi-75)或iga分数为清除(0)或最低(1)(iga0-1)的受试者百分比。
图9示出了在以125mg/周用来瑞组单抗(lebrikizumab)或安慰剂治疗12周后，达到easi-75或iga1/0的受试者百分比。
图10示出了在用曲罗芦单抗(tralokinumab)或安慰剂治疗12周后，在未选择人群以及针对dpp-4水平升高进行选择的受试者中达到easi-75或iga0/1的受试者百分比。
图11示出了使用角质层的粘片采样检测到il-13通路成分或受体表达的受试者百分比。
图12a示出了与健康正常皮肤相比，在损伤和无损伤的皮肤中ccl17的表达。
图12b示出了与健康正常皮肤相比，在损伤和无损伤的皮肤中ccl17的标准化基因表达变化。
图13a示出了与健康正常皮肤相比，在损伤和无损伤的皮肤中il-13的表达。
图13b示出了与健康正常皮肤相比，在损伤和无损伤的皮肤中il-13的标准化基因表达变化。
图14a示出了与健康正常皮肤相比，在损伤和无损伤的皮肤中il-22的表达。
图14b示出了与健康正常皮肤相比，在损伤和无损伤的皮肤中il-22的标准化基因表达变化。
图15a示出了与健康正常皮肤相比，在损伤和无损伤的皮肤中il-23a(p19)的表达。
图15b示出了与健康正常皮肤相比，在损伤和无损伤的皮肤中il-23a(p19)的标准化基因表达变化。
图16a示出了与健康正常皮肤相比，在损伤和无损伤的皮肤中il-31的表达。
图16b示出了与健康正常皮肤相比，在损伤和无损伤的皮肤中il-31的标准化基因表达变化。
图17a示出了与健康正常皮肤相比，在损伤和无损伤的皮肤中il-31ra(1)的表达。
图17b示出了与健康正常皮肤相比，在损伤和无损伤的皮肤中il-31ra(1)的标准化基因表达变化。
图18a示出了与健康正常皮肤相比，在损伤和无损伤的皮肤中il-31ra(2)的表达。
图18b示出了与健康正常皮肤相比，在损伤和无损伤的皮肤中il-31ra(2)的标准化基因表达变化。
图19示出了il-13和il-4信号传导通路。
图20a示出了与健康正常皮肤相比，在损伤和无损伤的皮肤中il-13的表达。
图20b示出了与健康正常皮肤相比，在损伤和无损伤的皮肤中il-13的标准化基因表达变化。
图21a示出了与健康正常皮肤相比，在损伤和无损伤的皮肤中il-13ra1的表达。
图21b示出了与健康正常皮肤相比，在损伤和无损伤的皮肤中il-13ra1的标准化基因表达变化。
图22a示出了与健康正常皮肤相比，在损伤和无损伤的皮肤中il-4r的表达。
图22b示出了与健康正常皮肤相比，在损伤和无损伤的皮肤中il-4r的标准化基因表达变化。
图23示出了与正常样品相比，ad样品中的示例性基因表达变化(在这种情况下为nos2表达)。
图24示出了狼疮的发病机理。
图25示出了在未受累的无损伤皮肤和银屑病损伤皮肤中均检测到基因表达增加的细胞因子。
图26示出了在未受累的无损伤皮肤中基因表达降低但在银屑病损伤皮肤中基因表达增加的细胞因子。
图27a示出了与正常皮肤中il-31ra的表达相比，il-31ra在ad损伤皮肤和无损伤皮肤中的表达。
图27b示出了与正常皮肤中il-31ra(2)的表达相比，il-31ra(2)在ad损伤皮肤和无损伤皮肤中的表达。
图27c示出了与正常皮肤中ccl17的表达相比，ccl17在ad损伤皮肤和无损伤皮肤中的表达。
图27d示出了与正常皮肤中il-23a的表达相比，il-23a在ad损伤皮肤和无损伤皮肤中的表达。
图27e示出了与正常皮肤中il-4r的表达相比，il-4r在ad损伤皮肤和无损伤皮肤中的表达。
图27f示出了与正常皮肤中il-22的表达相比，il-22在ad损伤皮肤和无损伤皮肤中的表达。
图27g示出了与正常皮肤中il-13的表达相比，il-13在ad损伤皮肤和无损伤皮肤中的表达。
图27h示出了与正常皮肤中il-13ra1的表达相比，il-13ra1在ad损伤皮肤和无损伤皮肤中的表达。
图27i示出了ad无损伤皮肤样品中il13ra1和il-13的附加表达数据。
图28a示出了银屑病患者的损伤(psor)和无损伤(nl)皮肤的总rna产量(pg)。
图28b示出了无损伤组和银屑病组的性别组成。
图28c示出了无损伤组和银屑病组的年龄分布。
图29a示出了在不同rna输入水平下，对损伤(psor)和正常皮肤(ns)中actb和defb4a表达的测量。
图29b示出了在不同rna输入水平下，对损伤(psor)和正常皮肤(ns)中actb和s100a9表达的测量。
图29c示出了在不同rna输入水平下，对损伤(psor)和正常皮肤(ns)中actb和il-17a表达的测量。
图29d示出了在不同rna输入水平下，对损伤(psor)和正常皮肤(ns)中actb和il-17f表达的测量。
图29e示出了在不同rna输入水平下，对损伤(psor)和正常皮肤(ns)中actb和il-17c表达的测量。
图29f示出了在不同rna输入水平下，对损伤(psor)和正常皮肤(ns)中actb和il-23a表达的测量。
图30示出了用基于粘片的装置收集的来自正常(nml)、银屑病损伤(psor)和无损伤(nl)皮肤样品的13个关键基因的ct值的热图。
图31示出了从未经治疗的银屑病患者收集的成对的损伤(psor)和无损伤(nl)皮肤的13个基因的ct值的热图，损伤组织(psor-1和-2)中有2个不同的基因表达亚组。
具体实施方式
当人自身的免疫系统错误地攻击健康细胞时，就会发生自身免疫性皮肤病。示例性皮肤病包括，但不限于，银屑病、狼疮和特应性皮炎。银屑病是一种持续的慢性皮肤病，可以改变皮肤细胞的生命周期。银屑病可以导致细胞在皮肤表面迅速积聚。多余的皮肤细胞会形成厚厚的银色鳞片和发痒、干燥、红色的斑点，有时会疼痛。
特应性皮炎是影响皮肤的慢性疾病。在特应性皮炎中，皮肤极度瘙痒。抓挠会导致发红、肿胀、龟裂、“渗出”透明液体，最后导致结痂和鳞片化。在大多数情况下，有恶化期，随后有缓解期。尽管很难准确确定有多少人患有特应性皮炎，但估计有20％的婴幼儿经历该疾病的症状。这些婴儿中约有60％在成年后继续出现一种或多种特应性皮炎症状。因此，在美国有超过一千五百万人具有该疾病的症状。“损伤区域”是特应性皮炎影响的皮肤区域。通常，损伤的特征是皮肤干燥(干燥症)、发红、水泡、结痂或任何组合。无损伤区域不受特应性皮炎或任何其他皮肤病理的影响。
狼疮，又称为红斑狼疮，是一种自身免疫性疾病，其影响体内的多个器官和系统。个人自身的免疫系统攻击各种细胞，从而导致各种各样的体征和症状。就皮肤而言，存在狼疮特异性皮肤损伤和非特异性皮肤损伤。在一些情况下，狼疮包括一系列适应症，其一端包括皮肤型红斑狼疮(cle)，另一端包括系统性红斑狼疮(sle)(影响其他器官和系统)。在一些情况下，皮肤狼疮分为三个主要实体：慢性皮肤型狼疮(ccle)、亚急性皮肤型狼疮(scle)和急性皮肤型狼疮(acle)。
系统性红斑狼疮(sle)是一种自身免疫性疾病，其中身体的免疫系统错误地攻击身体许多部位的健康组织。症状因人而异，并且可轻可重。常见症状包括关节疼痛和肿胀、发烧、胸痛、脱发、口腔溃疡、淋巴结肿大、感到疲倦，以及最常见的面部红疹。通常会有生病期，称为爆发，并且缓解期很少有症状。
在一些实施方案中，本文公开了利用基因分类器中的基因表达水平来确定自身免疫性皮肤病(例如，银屑病、特应性皮炎或狼疮)的存在的方法。在一些情况下，本文还描述了基于基因分类器中的基因表达水平治疗被确定为患有自身免疫性皮肤病(例如，银屑病、特应性皮炎或狼疮)的受试者的方法。
银屑病基因分类器及使用方法
在一些实施方案中，本文公开了检测来自与银屑病相关的基因分类器的基因表达水平的方法。在一些情况下，该方法包括检测白细胞介素17a(il-17a)、白细胞介素17f(il-17f)、白细胞介素8(il-8)、c-x-c基序趋化因子配体5(cxcl5)、s100钙结合蛋白a9(s100a9)、防御素β4a(defb4a)或其组合的表达水平。在一些情况下，该方法包括(a)从获自受试者的皮肤样品中分离核酸，其中皮肤样品例如包括来自角质层的细胞；以及(b)通过使分离的核酸与一组探针接触，检测il-17a、il-17f、il-8、cxcl5、s100a9、defb4a或其组合的表达水平，所述一组探针识别il-17a、il-17f、il-8、cxcl5、s100a9、defb4a或其组合，并检测il-17a、il-17f、il-8、cxcl5、s100a9、defb4a或其组合与所述一组探针之间的结合。
在一些实施方案中，该方法包括检测来自基因分类器：il-17a、il-17f、il-8、cxcl5、s100a9和defb4a的两个或更多个、三个或更多个、四个或更多个或五个或更多个基因的表达水平。在一些情况下，该方法包括检测il-17a、il-17f、il-8、cxcl5、s100a9和defb4a的表达水平。在一些情况下，该方法包括检测il-17a、il-17f、il-8、cxcl5和s100a9的表达水平。在一些情况下，该方法包括检测il-17a、il-17f、il-8和cxcl5的表达水平。在一些情况下，该方法包括检测il-17a、il-17f和il-8的表达水平。在一些情况下，该方法包括检测il-17a和il-17f的表达水平。
在一些情况下，表达水平是上调的基因表达水平。在一些情况下，与来自对照样品的等同基因的基因表达水平相比，表达水平是上调的基因表达水平。在一些情况下，对照样品是正常皮肤样品。在一些情况下，il-17a、il-17f、il-8、cxcl5、s100a9、defb4a或其组合的基因表达水平上调。在一些情况下，上调的基因表达水平发生在包括银屑病斑块的皮肤区域中。
在一些情况下，il-17a、il-17f、il-8、cxcl5、s100a9或defb4a的基因表达水平提高至少1倍、2倍、3倍、4倍、5倍、10倍、20倍、30倍、40倍、50倍、60倍、70倍、80倍、90倍、100倍、110倍、120倍、130倍、150倍、200倍、300倍、500倍或更多。在一些情况下，il-17a、il-17f、il-8、cxcl5、s100a9或defb4a的基因表达水平提高至少10倍。在一些情况下，il-17a、il-17f、il-8、cxcl5、s100a9或defb4a的基因表达水平提高至少20倍。在一些情况下，il-17a、il-17f、il-8、cxcl5、s100a9或defb4a的基因表达水平提高至少30倍。在一些情况下，il-17a、il-17f、il-8、cxcl5、s100a9或defb4a的基因表达水平提高至少40倍。在一些情况下，il-17a、il-17f、il-8、cxcl5、s100a9或defb4a的基因表达水平提高至少50倍。在一些情况下，il-17a、il-17f、il-8、cxcl5、s100a9或defb4a的基因表达水平提高至少80倍。在一些情况下，il-17a、il-17f、il-8、cxcl5、s100a9或defb4a的基因表达水平提高至少100倍。在一些情况下，il-17a、il-17f、il-8、cxcl5、s100a9或defb4a的基因表达水平提高至少130倍。在一些情况下，il-17a、il-17f、il-8、cxcl5、s100a9或defb4a的基因表达水平提高至少150倍。在一些情况下，il-17a、il-17f、il-8、cxcl5、s100a9或defb4a的基因表达水平提高至少200倍。在一些情况下，il-17a、il-17f、il-8、cxcl5、s100a9或defb4a的基因表达水平提高至少300倍。在一些情况下，il-17a、il-17f、il-8、cxcl5、s100a9或defb4a的基因表达水平提高至少500倍。在一些情况下，将提高的基因表达水平与来自对照样品的等同基因的基因表达水平进行比较。在一些情况下，对照样品是正常皮肤样品。在一些情况下，上调的基因表达水平发生在包括银屑病斑块的皮肤区域中。
在一些情况下，il-17a、il-17f、il-8、cxcl5、s100a9或defb的基因表达水平提高至少10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、100％、200％、300％、400％、500％或更多。在一些情况下，il-17a、il-17f、il-8、cxcl5、s100a9或defb的基因表达水平提高至少10％。在一些情况下，il-17a、il-17f、il-8、cxcl5、s100a9或defb的基因表达水平提高至少20％。在一些情况下，il-17a、il-17f、il-8、cxcl5、s100a9或defb的基因表达水平提高至少30％。在一些情况下，il-17a、il-17f、il-8、cxcl5、s100a9或defb的基因表达水平提高至少40％。在一些情况下，il-17a、il-17f、il-8、cxcl5、s100a9或defb的基因表达水平提高至少50％。在一些情况下，il-17a、il-17f、il-8、cxcl5、s100a9或defb的基因表达水平提高至少80％。在一些情况下，il-17a、il-17f、il-8、cxcl5、s100a9或defb的基因表达水平提高至少90％。在一些情况下，il-17a、il-17f、il-8、cxcl5、s100a9或defb的基因表达水平提高至少100％。在一些情况下，il-17a、il-17f、il-8、cxcl5、s100a9或defb的基因表达水平提高至少150％。在一些情况下，il-17a、il-17f、il-8、cxcl5、s100a9或defb的基因表达水平提高至少200％。在一些情况下，il-17a、il-17f、il-8、cxcl5、s100a9或defb的基因表达水平提高至少300％。在一些情况下，il-17a、il-17f、il-8、cxcl5、s100a9或defb的基因表达水平提高至少500％。在一些情况下，将提高的基因表达水平与来自对照样品的等同基因的基因表达水平进行比较。在一些情况下，对照样品是正常皮肤样品。在一些情况下，下调的基因表达水平发生在包括银屑病斑块的皮肤区域中。
在一些实施方案中，一组探针识别选自il-17a、il-17f、il-8、cxcl5、s100a9和defb的至少一个但不超过六个基因。在一些情况下，一组探针识别il-17a和il-17f。在一些情况下，一组探针可识别il-8、cxcl5、s100a9和defb4a。在一些情况下，一组探针识别il-17a、il-8和defb4a。在一些情况下，一组探针识别il-17f、cxcl5和s100a9。在一些情况下，一组探针识别il-17a、il-17f、il-8、cxcl5、s100a9和defb。
在一些实施方案中，该方法进一步包括检测白细胞介素17c(il-17c)、s100钙结合蛋白a7(s100a7)、白细胞介素17受体a(il-17ra)、白细胞介素17受体c(il-17rc)、白细胞介素23亚基α(il-23a)、白细胞介素22(il-22)、白细胞介素26(il-26)、白细胞介素24(il-24)、白细胞介素6(il-6)、c-x-c基序趋化因子配体1(cxcl1)、干扰素γ(ifn-γ)、白细胞介素31(il-31)、白细胞介素33(il-33)、肿瘤坏死因子(tnfα)、脂质运载蛋白2(lcn2)、c-c基序趋化因子配体20(ccl20)、tnf受体超家族成员1a(tnfrsf1a)或其组合的表达水平。在一些情况下，检测包括使分离的核酸与额外的一组探针接触，所述额外的一组探针识别il-17c、s100a7、il-17ra、il-17rc、il-23a、il-22、il-26、il-24、il-6、cxcl1、ifn-γ、il-31、il-33、tnfα、lcn2、ccl20、tnfrsf1a或其组合，并检测il-17c、s100a7、il-17ra、il-17rc、il-23a、il-22、il-26、il-24、il-6、cxcl1、ifn-γ、il-31、il-33、tnfα、lcn2、ccl20、tnfrsf1a或其组合与所述额外的一组探针之间的结合。
在一些情况下，额外的一组探针识别一个但不超过十个基因。在一些情况下，额外的一组探针识别选自il-17c、s100a7、il-17ra、il-17rc、il-23a、il-22、il-26、il-24、il-6、cxcl1、ifn-γ、il-31、il-33、tnfα、lcn2、ccl20和tnfrsf1a的2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16或17个基因。
在一些情况下，选自il-17c、s100a7、il-17ra、il-17rc、il-23a、il-22、il-26、il-24、il-6、cxcl1、ifn-γ、il-31、il-33、tnfα、lcn2、ccl20和tnfrsf1a的一个或多个基因的表达水平是升高的基因表达水平。在这种情况下，基因表达水平升高至少1倍、2倍、3倍、4倍、5倍、10倍、20倍、30倍、40倍、50倍、60倍、70倍、80倍、90倍、100倍、110倍、120倍、130倍、150倍、200倍、300倍、500倍或更多。在一些情况下，基因表达水平升高至少10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、100％、200％、300％、400％、500％或更多。在一些情况下，将表达水平与来自对照样品的等同基因的基因表达水平进行比较。在一些情况下，对照样品是正常皮肤样品。
在一些实施方案中，本文描述的方法进一步包括检测受银屑病影响的皮肤区域。在一些情况下，本文还描述了监测受银屑病影响的皮肤区域持续约1周、2周、3周、1个月、2个月、6个月或更长时间的方法。
在一些情况下，当检测il-17a、il-17f、il-8、cxcl5、s100a9、defb或其组合的基因表达水平时，该方法具有至少或约70％、75％、80％、85％、90％或大于95％的改进的特异性。在一些实施方案中，当检测il-17c、s100a7、il-17ra、il-17rc、il-23a、il-22、il-26、il-24、il-6、cxcl1、ifn-γ、il-31、il-33、tnfα、lcn2、ccl20、tnfrsf1a或其组合的基因表达水平时，特异性为至少或约70％、75％、80％、85％、90％或大于95％。
在一些情况下，该方法还具有改进的灵敏度。在一些实施方案中，当检测il-17a、il-17f、il-8、cxcl5、s100a9、defb或其组合的基因表达水平时，灵敏度为至少或约70％、75％、80％、85％、90％或大于95％。在一些情况下，当检测il-17c、s100a7、il-17ra、il-17rc、il-23a、il-22、il-26、il-24、il-6、cxcl1、ifn-γ、il-31、il-33、tnfα、lcn2、ccl20、tnfrsf1a或其组合的基因表达水平时，灵敏度为至少或约70％、75％、80％、85％、90％或大于95％。
在一些实施方案中，本文所述的方法包括在有需要的受试者中检测来自第一基因分类器和第二基因分类器的基因表达水平，包括：(a)从获自受试者的皮肤样品中分离核酸，其中皮肤样品例如包括来自角质层的细胞；(b)通过将分离的核酸与一组探针接触，检测来自第一基因分类器的一个或多个基因：il-17a、il-17f、il-8、cxcl5、s100a9和defb的表达水平，所述一组探针识别来自第一基因分类器的一个或多个基因，并检测来自第一基因分类器的一个或多个基因与一组探针之间的结合；以及(c)通过将分离的核酸与额外的一组探针接触，检测来自第二基因分类器：il-17c、s100a7、il-17ra、il-17rc、il-23a、il-22、il-6、il-24、il-6、cxcl1、ifn-γ、il-31、il-33、tnfα、lcn2、ccl20和tnfrsf1a的一个或多个基因的表达水平，所述额外的一组探针识别来自第二基因分类器的一个或多个基因，并检测来自第二基因分类器的一个或多个基因与额外的一组探针之间的结合。
在一些实施方案中，本文还提供了治疗银屑病的方法，其包括施用一种或多种抑制剂。本文所述的银屑病治疗方法中包括的抑制剂包括，但不限于，tnfα、il-17a和il-23抑制剂。tnfα的示例性抑制剂包括，但不限于，阿达木单抗(adalimumab)、赛妥珠单抗(certolizumab)、依那西普(etanercept)、戈利木单抗(golimumab)和英夫利昔单抗(infliximab)。il-17a的示例性抑制剂包括，但不限于，伊克珠单抗(ixekizumab，ly2439821)、布罗达单抗(brodalumab，amg827)和苏金单抗(secukinumab)。il-23的示例性抑制剂包括，但不限于，古塞库单抗(guselkumab)、替拉珠单抗(tildrakizumab)和瑞莎珠单抗(risankizumab)。
在一些情况下，本文所述的用于治疗银屑病的方法中包括的抑制剂是tnfα抑制剂。在一些情况下，用tnfα抑制剂如阿达木单抗、赛妥珠单抗、依那西普、戈利木单抗或英夫利昔单抗治疗受试者。
在一些情况下，本文所述的用于治疗银屑病的方法中包括的抑制剂是il-17a抑制剂。在一些情况下，用il-17a抑制剂如伊克珠单抗(ly2439821)、布罗达单抗(amg827)或苏金单抗治疗受试者。
在一些情况下，本文所述的用于治疗银屑病的方法中包括的抑制剂是il-23抑制剂。在一些情况下，用il-23抑制剂如古塞库单抗、替拉珠单抗或瑞莎珠单抗治疗受试者。
特应性皮炎基因分类器与使用方法
在一些实施方案中，本文公开了检测来自与特应性皮炎相关的基因分类器的基因表达水平的方法。在一些情况下，该方法包括检测白细胞介素13(il-13)、白细胞介素31(il-31)、胸腺基质淋巴细胞生成素(tslp)或其组合的表达水平。在一些情况下，该方法包括(a)从获自受试者的皮肤样品中分离核酸，其中皮肤样品例如包括来自角质层的细胞；以及(b)通过使分离的核酸与一组探针接触，检测il-13、il-31、tslp或其组合的表达水平，所述一组探针识别il-13、il-31、tslp或其组合，并检测il-13、il-31、tslp或其组合与一组探针之间的结合。
在一些实施方案中，该方法包括检测来自基因分类器：il-13、il-31和tslp的两个或更多个，或三个或更多个基因的表达水平。在一些情况下，该方法包括检测il-13、il-31和tslp的表达水平。在一些情况下，该方法包括检测il-31和tslp的表达水平。在一些情况下，该方法包括检测il-13和il-31的表达水平。在一些情况下，该方法包括检测il-13和tslp的表达水平。
在一些情况下，表达水平是上调的基因表达水平。在一些情况下，与来自对照样品的等同基因的基因表达水平相比，表达水平是上调的基因表达水平。在一些情况下，对照样品是正常皮肤样品。在一些情况下，il-13、il-31、tslp或其组合的基因表达水平上调。在一些情况下，上调的基因表达水平发生在包括特应性皮炎的皮肤区域中。
在一些情况下，il-13、il-31或tslp的基因表达水平提高至少1倍、2倍、3倍、4倍、5倍、10倍、20倍、30倍、40倍、50倍、60倍、70倍、80倍、90倍、100倍、110倍、120倍、130倍、150倍、200倍、300倍、500倍或更多。在一些情况下，il-13、il-31或tslp的基因表达水平提高至少10倍。在一些情况下，il-13、il-31或tslp的基因表达水平提高至少20倍。在一些情况下，il-13、il-31或tslp的基因表达水平提高至少30倍。在一些情况下，il-13、il-31或tslp的基因表达水平提高至少40倍。在一些情况下，il-13、il-31或tslp的基因表达水平提高至少50倍。在一些情况下，il-13、il-31或tslp的基因表达水平提高至少80倍。在一些情况下，il-13、il-31或tslp的基因表达水平提高至少100倍。在一些情况下，il-13、il-31或tslp的基因表达水平提高至少130倍。在一些情况下，il-13、il-31或tslp的基因表达水平提高至少150倍。在一些情况下，il-13、il-31或tslp的基因表达水平提高至少200倍。在一些情况下，il-13、il-31或tslp的基因表达水平提高至少300倍。在一些情况下，il-13、il-31或tslp的基因表达水平提高至少500倍。在一些情况下，将降低的基因表达水平与来自对照样品的等同基因的基因表达水平进行比较。在一些情况下，对照样品是正常皮肤样品。在一些情况下，下调的基因表达水平发生在包括特应性皮炎的皮肤区域中。
在一些情况下，il-13、il-31或tslp的基因表达水平提高至少10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、100％、200％、300％、400％、500％或更多。在一些情况下，il-13、il-31或tslp的基因表达水平提高至少10％。在一些情况下，il-13、il-31或tslp的基因表达水平提高至少20％。在一些情况下，il-13、il-31或tslp的基因表达水平提高至少30％。在一些情况下，il-13、il-31或tslp的基因表达水平提高至少40％。在一些情况下，il-13、il-31或tslp的基因表达水平提高至少50％。在一些情况下，il-13、il-31或tslp的基因表达水平提高至少80％。在一些情况下，il-13、il-31或tslp的基因表达水平提高至少90％。在一些情况下，il-13、il-31或tslp的基因表达水平提高至少100％。在一些情况下，il-13、il-31或tslp的基因表达水平提高至少150％。在一些情况下，il-13、il-31或tslp的基因表达水平提高至少200％。在一些情况下，il-13、il-31或tslp的基因表达水平提高至少300％。在一些情况下，il-13、il-31或tslp的基因表达水平提高至少500％。在一些情况下，将降低的基因表达水平与来自对照样品的等同基因的基因表达水平进行比较。在一些情况下，对照样品是正常皮肤样品。在一些情况下，下调的基因表达水平发生在包括特应性皮炎的皮肤区域中。
在一些实施方案中，一组探针识别选自il-13、il-31和tslp的至少一个但不超过三个基因。在一些情况下，一组探针识别il-13和il-31。在一些情况下，一组探针识别il-31和tslp。在一些情况下，一组探针识别il-13和tslp。在一些情况下，一组探针识别il-13、il-31和tslp。
在一些实施方案中，该方法进一步包括检测白细胞介素13受体(il-13r)、白细胞介素4受体(il-4r)、白细胞介素17(il-17)、白细胞介素22(il-22)、c-x-c基序趋化因子配体9(cxcl9)、c-x-c基序趋化因子配体10(cxcl10)、c-x-c基序趋化因子配体11(cxcl11)、s100钙结合蛋白a7(s100a7)、s100钙结合蛋白a8(s100a8)、s100钙结合蛋白a9(s100a9)、c-c基序趋化因子配体17(ccl17)、c-c基序趋化因子配体18(ccl18)、c-c基序趋化因子配体19(ccl19)、c-c基序趋化因子配体26(ccl26)、c-c基序趋化因子配体27(ccl27)、一氧化氮合成酶2(nos2)或其组合的表达水平。在一些情况下，检测包括使分离的核酸与额外的一组探针接触，所述额外的一组探针识别il-13r、il-4r、il-17、il-22、cxcl9、cxcl10、cxcl11、s100a7、s100a8、s100a9、ccl17、ccl18、ccl19、ccl26、ccl27、nos2或其组合，并检测il-13r、il-4r、il-17、il-22、cxcl9、cxcl10、cxcl11、s100a7、s100a8、s100a9、ccl17、ccl18、ccl19、ccl26、ccl27、nos2或其组合与额外的一组探针之间的结合。
在一些情况下，额外的一组探针识别一个但不超过十个基因。在一些情况下，额外的一组探针识别选自il-13r、il-4r、il-17、il-22、cxcl9、cxcl10、cxcl11、s100a7、s100a8、s100a9、ccl17、ccl18、ccl19、ccl26、ccl27和nos2的2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15或16个基因。
在一些情况下，选自il-13r、il-4r、il-17、il-22、cxcl9、cxcl10、cxcl11、s100a7、s100a8、s100a9、ccl17、ccl18、ccl19、ccl26、ccl27和nos2的一个或多个基因的表达水平是升高的基因表达水平。在这种情况下，基因表达水平升高至少1倍、2倍、3倍、4倍、5倍、10倍、20倍、30倍、40倍、50倍、60倍、70倍、80倍、90倍、100倍、110倍、120倍、130倍、150倍、200倍、300倍、500倍或更多。在一些情况下，基因表达水平升高至少10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、100％、200％、300％、400％、500％或更多。在一些情况下，将表达水平与来自对照样品的等同基因的基因表达水平进行比较。在一些情况下，对照样品是正常皮肤样品。
在一些实施方案中，本文描述的方法进一步包括检测受特应性皮炎影响的皮肤区域。在一些情况下，本文还描述了监测受特应性皮炎影响的皮肤区域持续约1周、2周、3周、1个月、2个月、6个月或更长时间的方法。
在一些情况下，当检测il-13、il-31、tslp或其组合的基因表达水平时，该方法具有至少或约70％、75％、80％、85％、90％或大于95％的改进的特异性。在一些实施方案中，当检测il-13r、il-4r、il-17、il-22、cxcl9、cxcl10、cxcl11、s100a7、s100a8、s100a9、ccl17、ccl18、ccl19、ccl26、ccl27、nos2或其组合的基因表达水平时，特异性为至少或约70％、75％、80％、85％、90％或大于95％。
在一些情况下，该方法还具有改进的灵敏度。在一些实施方案中，当检测il-13、il-31、tslp或其组合的基因表达水平时，灵敏度为至少或约70％、75％、80％、85％、90％或大于95％。在一些情况下，当检测il-13r、il-4r、il-17、il-22、cxcl9、cxcl10、cxcl11、s100a7、s100a8、s100a9、ccl17、ccl18、ccl19、ccl26、ccl27、nos2或其组合的基因表达水平时，灵敏度为至少或约70％、75％、80％、85％、90％或大于95％。
在一些实施方案中，本文所述的方法包括在有需要的受试者中检测来自第一基因分类器和第二基因分类器的基因表达水平，包括：(a)从获自受试者的皮肤样品中分离核酸，其中皮肤样品例如包括来自角质层的细胞；(b)通过将分离的核酸与一组探针接触，检测来自第一基因分类器：il-13、il-31和tslp的一个或多个基因的表达水平，所述一组探针识别来自第一基因分类器的一个或多个基因，并检测来自第一基因分类器的一个或多个基因与一组探针之间的结合；以及(c)通过将分离的核酸与额外的一组探针接触，检测来自第二基因分类器：il-13r、il-4r、il-17、il-22、cxcl9、cxcl10、cxcl11、s100a7、s100a8、s100a9、ccl17、ccl18、ccl19、ccl26、ccl27和nos2的一个或多个基因的表达水平，所述额外的一组探针识别来自第二基因分类器的一个或多个基因，并检测来自第二基因分类器的一个或多个基因与额外的一组探针之间的结合。
本文提供了治疗特应性皮炎的方法，包括施用本文所述的一种或多种抑制剂。本文所述的治疗特应性皮炎的方法中包括的抑制剂包括，但不限于，il-13、pde4或il-31的抑制剂。在一些情况下，本文所述的治疗特应性皮炎的方法中包括的抑制剂是il-13抑制剂。在一些情况下，本文所述的治疗特应性皮炎的方法中包括的抑制剂是pde4抑制剂。在一些情况下，本文所述的治疗特应性皮炎的方法中包括的抑制剂是il-31抑制剂。
在一些情况下，il-13抑制剂包括，但不限于，来瑞组单抗和曲罗芦单抗。在一些情况下，il-13抑制剂是来瑞组单抗。在一些情况下，il-13抑制剂是曲罗芦单抗。在一些情况下，用il-13抑制剂如来瑞组单抗或曲罗芦单抗治疗受试者。
在一些情况下，pde4抑制剂包括，但不限于，克立硼罗(crisaborole)。在一些情况下，用pde4抑制剂如克立硼罗治疗受试者。
在一些情况下，il-31抑制剂包括，但不限于，奈莫利珠单抗(nemolizumab)。在一些情况下，用il-31抑制剂如奈莫利珠单抗治疗受试者。
狼疮基因分类器与使用方法
在一些实施方案中，本文公开了检测来自与红斑狼疮相关的基因分类器的基因表达水平的方法。在一些情况下，该方法包括检测干扰素α1(ifna1)、干扰素α2(ifna2)、干扰素α4(ifna4)、干扰素α和β受体亚基1(ifnr1)、干扰素α和β受体亚基2(ifnr2)、c-c基序趋化因子配体5(ccl5)或其组合的表达水平。在一些情况下，该方法包括(a)从获自受试者的皮肤样品中分离核酸，其中皮肤样品例如包括来自角质层的细胞；以及(b)通过使分离的核酸与一组探针接触，检测ifna1、ifna2、ifna4、ifnr1、ifnr2、ccl5或其组合的表达水平，所述一组探针识别ifna1、ifna2、ifna4、ifnr1、ifnr2、ccl5或其组合，并检测ifna1、ifna2、ifna4、ifnr1、ifnr2、ccl5或其组合与一组探针之间的结合。
在一些实施方案中，该方法包括检测来自基因分类器：ifna2、ifna4、ifnr1、ifnr2和ccl5的两个或更多个、三个或更多个、四个或更多个或五个或更多个基因的表达水平。在一些情况下，该方法包括检测ifna1、ifna2、ifna4、ifnr1、ifnr2和ccl5的表达水平。在一些情况下，该方法包括检测ifna1、ifna2、ifna4、ifnr1和ifnr2的表达水平。在一些情况下，该方法包括检测ifna1、ifna2、ifna4和ifnr1的表达水平。在一些情况下，该方法包括检测ifna1、ifna2和ifna4的表达水平。在一些情况下，该方法包括检测ifna1、ifna4和ccl5的表达水平。
在一些情况下，表达水平是上调的基因表达水平。在一些情况下，与来自对照样品的等同基因的基因表达水平相比，表达水平是上调的基因表达水平。在一些情况下，对照样品是正常皮肤样品。在一些情况下，ifna1、ifna2、ifna4、ifnr1、ifnr2、ccl5或其组合的基因表达水平上调。在一些情况下，上调的基因表达水平发生在包括狼疮损伤的皮肤区域中。
在一些情况下，ifna1、ifna2、ifna4、ifnr1、ifnr2或ccl5的基因表达水平提高至少1倍、2倍、3倍、4倍、5倍、10倍、20倍、30倍、40倍、50倍、60倍、70倍、80倍、90倍、100倍、110倍、120倍、130倍、150倍、200倍、300倍、500倍或更多。在一些情况下，ifna1、ifna2、ifna4、ifnr1、ifnr2或ccl5的基因表达水平提高至少10倍。在一些情况下，ifna1、ifna2、ifna4、ifnr1、ifnr2或ccl5的基因表达水平提高至少20倍。在一些情况下，ifna1、ifna2、ifna4、ifnr1、ifnr2或ccl5的基因表达水平提高至少30倍。在一些情况下，ifna1、ifna2、ifna4、ifnr1、ifnr2或ccl5的基因表达水平提高至少40倍。在一些情况下，ifna1、ifna2、ifna4、ifnr1、ifnr2或ccl5的基因表达水平提高至少50倍。在一些情况下，ifna1、ifna2、ifna4、ifnr1、ifnr2或ccl5的基因表达水平提高至少80倍。在一些情况下，ifna1、ifna2、ifna4、ifnr1、ifnr2或ccl5的基因表达水平提高至少100倍。在一些情况下，ifna1、ifna2、ifna4、ifnr1、ifnr2或ccl5的基因表达水平提高至少130倍。在一些情况下，ifna1、ifna2、ifna4、ifnr1、ifnr2或ccl5的基因表达水平提高至少150倍。在一些情况下，ifna1、ifna2、ifna4、ifnr1、ifnr2或ccl5的基因表达水平提高至少200倍。在一些情况下，ifna1、ifna2、ifna4、ifnr1、ifnr2或ccl5的基因表达水平提高至少300倍。在一些情况下，ifna1、ifna2、ifna4、ifnr1、ifnr2或ccl5的基因表达水平提高至少500倍。在一些情况下，将提高的基因表达水平与来自对照样品的等同基因的基因表达水平进行比较。在一些情况下，对照样品是正常皮肤样品。在一些情况下，上调的基因表达水平发生在包括狼疮损伤的皮肤区域中。
在一些情况下，ifna1、ifna2、ifna4、ifnr1、ifnr2或ccl5的基因表达水平提高至少10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、100％、200％、300％、400％、500％或更多。在一些情况下，ifna1、ifna2、ifna4、ifnr1、ifnr2或ccl5的基因表达水平提高至少10％。在一些情况下，ifna1、ifna2、ifna4、ifnr1、ifnr2或ccl5的基因表达水平提高至少20％。在一些情况下，ifna1、ifna2、ifna4、ifnr1、ifnr2或ccl5的基因表达水平提高至少30％。在一些情况下，ifna1、ifna2、ifna4、ifnr1、ifnr2或ccl5的基因表达水平提高至少40％。在一些情况下，ifna1、ifna2、ifna4、ifnr1、ifnr2或ccl5的基因表达水平提高至少50％。在一些情况下，ifna1、ifna2、ifna4、ifnr1、ifnr2或ccl5的基因表达水平提高至少80％。在一些情况下，ifna1、ifna2、ifna4、ifnr1、ifnr2或ccl5的基因表达水平提高至少90％。在一些情况下，ifna1、ifna2、ifna4、ifnr1、ifnr2或ccl5的基因表达水平提高至少100％。在一些情况下，ifna1、ifna2、ifna4、ifnr1、ifnr2或ccl5的基因表达水平提高至少150％。在一些情况下，ifna1、ifna2、ifna4、ifnr1、ifnr2或ccl5的基因表达水平提高至少200％。在一些情况下，ifna1、ifna2、ifna4、ifnr1、ifnr2或ccl5的基因表达水平提高至少300％。在一些情况下，ifna1、ifna2、ifna4、ifnr1、ifnr2或ccl5的基因表达水平提高至少500％。在一些情况下，将降低的基因表达水平与来自对照样品的等同基因的基因表达水平进行比较。在一些情况下，对照样品是正常皮肤样品。在一些情况下，上调的基因表达水平发生在包括特应性皮炎的皮肤区域中。
在一些实施方案中，一组探针识别选自ifna1、ifna2、ifna4、ifnr1、ifnr2和ccl5的至少一个但不超过六个基因。在一些情况下，一组探针识别ifna1、ifna2和ifna4。在一些情况下，一组探针识别ifnr1、ifnr2和ccl5。在一些情况下，一组探针识别ifna1、ifna4和ifnr2。在一些情况下，一组探针识别ifna2、ifnr1和ccl5。
在一些实施方案中，该方法进一步包括检测干扰素β1(ifnb1)、干扰素ε(ifne)、干扰素ω1(ifnw1)、rna特异性腺苷脱氨酶(adar)、具有三角形四肽重复的干扰素诱导蛋白(ifit)、干扰素诱导的p200蛋白家族(ifi)、干扰素调节因子(irf)、2'-5'-寡腺苷酸合成酶1(oas1)、白细胞介素1受体相关激酶1(irak1)、tnfα诱导蛋白3(tnfaip3)、自噬相关蛋白5(atg5)、酪氨酸激酶2(tyk2)、信号转导及转录激活蛋白4(stat4)、骨桥蛋白(opn)、角蛋白(krt)或其组合的表达水平。在一些情况下，检测包括使分离的核酸与额外的一组探针接触，所述额外的一组探针识别ifnb1、ifne、ifnw1、adar、ifit、ifi、irf、oas1、irak1、tnfaip3、atg5、tyk2、stat4、opn、krt或其组合以及额外的一组探针。
在一些情况下，额外的一组探针识别一个但不超过十个基因。在一些情况下，额外的一组探针识别选自ifnb1、ifne、ifnw1、adar、ifit、ifi、irf、oas1、irak1、tnfaip3、atg5、tyk2、stat4、opn和krt的2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14或15个基因。
在一些情况下，选自ifnb1、ifne、ifnw1、adar、ifit、ifi、irf、oas1、irak1、tnfaip3、atg5、tyk2、stat4、opn和krt的一个或多个基因的表达水平是升高的基因表达水平。在这种情况下，基因表达水平升高至少1倍、2倍、3倍、4倍、5倍、10倍、20倍、30倍、40倍、50倍、60倍、70倍、80倍、90倍、100倍、110倍、120倍、130倍、150倍、200倍、300倍、500倍或更多。在一些情况下，基因表达水平升高至少10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、100％、200％、300％、400％、500％或更多。在一些情况下，将表达水平与来自对照样品的等同基因的基因表达水平进行比较。在一些情况下，对照样品是正常皮肤样品。
在一些实施方案中，本文描述的方法进一步包括检测受红斑狼疮影响的皮肤区域。在一些情况下，本文还描述了监测受红斑狼疮影响的皮肤区域持续约1周、2周、3周、1个月、2个月、6个月或更长时间的方法。
在一些情况下，当检测ifna1、ifna2、ifna4、ifnr1、ifnr2、ccl5或其组合的基因表达水平时，该方法具有至少或约70％、75％、80％、85％、90％或大于95％的改进的特异性。在一些实施方案中，当检测ifnb1、ifne、ifnw1、adar、ifit、ifi、irf、oas1、irak1、tnfaip3、atg5、tyk2、stat4、opn、krt或其组合的基因表达水平时，特异性为至少或约70％、75％、80％、85％、90％或大于95％。
在一些情况下，该方法还具有改进的灵敏度。在一些实施方案中，当检测ifna1、ifna2、ifna4、ifnr1、ifnr2、ccl5或其组合的基因表达水平时，灵敏度为至少或约70％、75％、80％、85％、90％或大于95％。在一些情况下，当检测ifnb1、ifne、ifnw1、adar、ifit、ifi、irf、oas1、irak1、tnfaip3、atg5、tyk2、stat4、opn、krt或其组合的基因表达水平时，灵敏度为至少或约70％、75％、80％、85％、90％或大于95％。
在一些实施方案中，本文所述的方法包括在有需要的受试者中检测来自第一基因分类器和第二基因分类器的基因表达水平，包括：(a)从获自受试者的皮肤样品中分离核酸，其中皮肤样品例如包括来自角质层的细胞；(b)通过将分离的核酸与一组探针接触，检测来自第一基因分类器：ifna1、ifna2、ifna4、ifnr1、ifnr2和ccl5的一个或多个基因的表达水平，所述一组探针识别来自第一基因分类器的一个或多个基因，并检测来自第一基因分类器的一个或多个基因与一组探针之间的结合；以及(c)通过将分离的核酸与额外的一组探针接触，检测来自第二基因分类器：ifnb1、ifne、ifnw1、adar、ifit、ifi、irf、oas1、irak1、tnfaip3、atg5、tyk2、stat4、opn和krt的一个或多个基因的表达水平，所述额外的一组探针识别来自第二基因分类器的一个或多个基因，并检测来自第二基因分类器的一个或多个基因与额外的一组探针之间的结合。
目前狼疮的治疗形式集中于诱导治疗，以实现缓解和长期维持治疗以防止复发。皮肤病的治疗可以包括用抗疟药、氨苯砜、类视黄醇、皮质类固醇、免疫抑制药物或沙利度胺治疗。在一些情况下，抗疟药羟氯喹已被证明可以减少爆发并有助于疾病的长期治疗。最近的研究表明janus激酶抑制剂(jakinib)对改善小鼠疾病症状有效(mok,cc,expertopininvestigdrugs.2019jan；28(1):85-92)。
本文提供通过本文所述的非发明方法治疗被确定为患有狼疮的受试者的方法。本文所述的狼疮治疗方法中包括的组合物包括，但不限于，抗疟药、氨苯砜、类视黄醇、皮质类固醇、免疫抑制药物、沙利度胺、janus激酶抑制剂、巴瑞克替尼(baricitinib)或其任何组合。在一些情况下，本文所述的狼疮治疗方法中包括的组合物包括抗疟药。在一些情况下，本文所述的狼疮治疗方法中包括的组合物包括氨苯砜。在一些情况下，本文所述的狼疮治疗方法中包括的组合物包括类视黄醇。在一些情况下，本文所述的狼疮治疗方法中包括的组合物包括皮质类固醇。在一些情况下，本文所述的狼疮治疗方法中包括的组合物包括免疫抑制药物。在一些情况下，本文所述的狼疮治疗方法中包括的组合物包括沙利度胺。在一些情况下，本文所述的狼疮治疗方法中包括的组合物包括janus激酶抑制剂。在一些情况下，本文所述的狼疮治疗方法中包括的组合物包括巴瑞克替尼。
在一些情况下，抗疟药是羟氯喹。在一些情况下，抗疟药是奎纳克林。在一些情况下，抗疟药是氯喹。
在一些情况下，免疫抑制药物是甲氨蝶呤。在一些情况下，免疫抑制药物是硫唑嘌呤。
诊断工具与方法
在一些实施方案中，用一组探针检测一个或多个基因。在一些实施方案中，一组探针包括至少或约1、2、3、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、25、30或超过30个探针。在一些实施方案中，一组探针包括约6个探针。在一些实施方案中，一组探针包括约7个探针。在一些实施方案中，一组探针包括约8个探针。在一些实施方案中，一组探针包括约9个探针。在一些实施方案中，一组探针包括约10个探针。在一些实施方案中，一组探针包括约13个探针。在一些实施方案中，一组探针包括约15个探针。在一些实施方案中，一组探针包括约20个探针。
在一些实施方案中，一组探针包括一个或多个引物对。在一些实施方案中，引物对的数目为至少或约1、2、3、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、25、30或超过30个引物对。在一些实施方案中，引物对的数目为约8个引物对。在一些实施方案中，引物对的数目为约9个引物对。在一些实施方案中，引物对的数目为约10个引物对。
在一些实施方案中，标记一组探针中的一个或多个探针。在一些实施方案中，一个或多个探针用放射性标记、荧光标记、酶、化学发光标签、比色标签、亲和标签或本领域已知的其他标记或标签来标记。
示例性的亲和标签包括，但不限于，生物素、脱硫生物素、组氨酸、聚组氨酸、myc、血凝素(ha)、flag、谷胱甘肽s转移酶(gst)或其衍生物。在一些实施方案中，亲和标签由亲和素、链霉亲和素、镍或谷胱甘肽识别。
在一些实施方案中，荧光标记是荧光团、荧光蛋白、荧光肽、量子点、荧光染料、荧光材料或其变体或组合。
示例性的荧光团包括，但不限于，alexa-fluor染料(例如，alexa
荧光肽的实例包括gfp(绿色荧光蛋白)或gfp衍生物(例如ebfp、ebfp2、石青、mkalama1、ecfp、cerulean、cypet、yfp、citrine、venus和ypet)。
荧光染料的实例包括，但不限于，呫吨(例如，罗丹明、对甲氨基酚和荧光素及其衍生物)；双满(bimane)；香豆素及其衍生物(例如，伞形酮和氨甲基香豆素)；芳香胺(例如，丹酰；方酸染料)；苯并呋喃；荧光菁；吲哚羰花菁；咔唑；二氰亚甲基吡喃；聚次甲基；氧杂苯并蒽(oxabenzanthrane)；呫吨；噁英鎓；carbostyl；苝；吖啶酮；喹吖啶酮；红荧烯；蒽；晕苯；菲；芘；丁二烯；茋；卟啉；酞菁；镧系金属螯合物；稀土金属螯合物；以及这些染料的衍生物。在一些实施方案中，荧光素染料是，但不限于，5-羧基荧光素、5-异硫氰酸荧光素、6-异硫氰酸荧光素和6-羧基荧光素。在一些实施方案中，罗丹明染料是，但不限于，四甲基罗丹明-6-异硫氰酸酯、5-羧基四甲基罗丹明、5-羧基罗丹明衍生物、四甲基罗丹明和四乙基罗丹明、二苯基二甲基罗丹明和二苯基二乙基罗丹明、二萘基罗丹明和罗丹明101磺酰氯(以texas
在一些实施方案中，使用pcr测量il-13、tslp、il-31或其组合的基因表达水平。pcr技术的实例包括，但不限于定量pcr(qpcr)、单细胞pcr、pcr-rflp、数字pcr(dpcr)、液滴数字pcr(ddpcr)、单标记qpcr、热启动pcr和巢式pcr。
在一些实施方案中，使用pcr测量il-13r、il-4r、il-17、il-22、cxcl9、cxcl10、cxcl11、s100a7、s100a8、s100a9、ccl17、ccl18、ccl19、ccl26、ccl27、nos2或其组合的基因表达水平。pcr技术的实例包括，但不限于定量pcr(qpcr)、单细胞pcr、pcr-rflp、数字pcr(dpcr)、液滴数字pcr(ddpcr)、单标记qpcr、热启动pcr和巢式pcr。
在一些实施方案中，使用pcr测量il-17a、il-17f、il-8、cxcl5、s100a9、defb4a或其组合的基因表达水平。pcr技术的实例包括，但不限于定量pcr(qpcr)、单细胞pcr、pcr-rflp、数字pcr(dpcr)、液滴数字pcr(ddpcr)、单标记qpcr、热启动pcr和巢式pcr。
在一些实施方案中，使用pcr测量il-17c、s100a7、il-17ra、il-17rc、il-23a、il-22、il-6、il-24、il-6、cxcl1、ifn-γ、il-31、il-33、tnfα、lcn2、ccl20和tnfrsf1a或其组合的基因表达水平。pcr技术的实例包括，但不限于定量pcr(qpcr)、单细胞pcr、pcr-rflp、数字pcr(dpcr)、液滴数字pcr(ddpcr)、单标记qpcr、热启动pcr和巢式pcr。
在一些实施方案中，使用pcr测量ifna1、ifna2、ifna4、ifnr1、ifnr2、ccl5或其组合的基因表达水平。pcr技术的实例包括，但不限于定量pcr(qpcr)、单细胞pcr、pcr-rflp、数字pcr(dpcr)、液滴数字pcr(ddpcr)、单标记qpcr、热启动pcr和巢式pcr。
在一些实施方案中，使用pcr测量ifnb1、ifne、ifnw1、adar、ifit、ifi、irf、oas1、irak1、tnfaip3、atg5、tyk2、stat4、opn、krt或其组合的基因表达水平。pcr技术的实例包括，但不限于定量pcr(qpcr)、单细胞pcr、pcr-rflp、数字pcr(dpcr)、液滴数字pcr(ddpcr)、单标记qpcr、热启动pcr和巢式pcr。
在一些实施方案中，使用qpcr测量表达水平。在一些实施方案中，qpcr包括使用荧光染料或荧光探针。在一些实施方案中，荧光染料是嵌入染料。嵌入染料的实例包括，但不限于，嵌入染料包括sybr绿i、sybr绿ii、sybr金、溴化乙锭、亚甲基蓝、派洛宁y、dapi、吖啶橙、blueview或藻红蛋白。在一些实施方案中，qpcr包括使用多个荧光探针。在一些实施方案中，多个荧光探针的使用允许多路复用。例如，不同的非经典变体与不同的荧光探针杂交，并且可以在单个qpcr反应中检测到。
皮肤收集试剂盒的组件
在一些实施方案中，本文所述的样品收集试剂盒的粘片包括包含粘附基质的第一收集区域和从第一收集区域的外围延伸的第二区域。粘附基质位于第一收集区域的面向皮肤的表面上。第二区域用作耳片(tab)，适用于施加和取下粘片。耳片的大小足够使得在将粘片施加至皮肤表面时，施加者不会与第一收集区域的基质材料接触。在一些实施方案中，粘片不含有第二区域耳片。在一些情况下，用手套来处理粘片，以减少使用前对粘附基质的污染。
在一些实施方案中，第一收集区域是聚氨酯载体膜。在一些实施方案中，粘附基质由合成橡胶化合物组成。在一些实施方案中，粘附基质是苯乙烯-异戊二烯-苯乙烯(sis)线性嵌段共聚物化合物。在一些情况下，粘片不包括乳胶、硅酮或两者都不包括。在一些情况下，通过将粘附材料作为液体-溶剂混合物施加至第一收集区域并随后去除溶剂来制造粘片。
基质材料足够粘，以粘附至皮肤样品。基质材料不能太粘，否则会造成疤痕或出血或难以取下。在一些实施方案中，基质材料由透明材料组成。在一些情况下，基质材料是生物相容的。在一些情况下，基质材料在取下后不会在皮肤表面留下残留物。在某些情况下，基质材料不是皮肤刺激性的。
在一些实施方案中，粘片包括柔性材料，使得贴片在施加时能够顺应皮肤表面的形状。在一些情况下，至少第一收集区域是柔性的。在一些情况下，耳片是塑料的。在说明性实例中，粘片不包括乳胶、硅酮或两者都不包括。在一些实施方案中，粘片由透明材料制成，使得在将粘片施加于皮肤表面后，受试者的皮肤采样区域可见。透明性确保将粘片施加于所需皮肤区域，该皮肤区域包括待采样的皮肤区域。在一些实施方案中，粘片的长度在约5与约100mm之间。在一些实施方案中，第一收集区域的长度在约5mm与约40mm之间。在一些实施方案中，第一收集区域的长度在约10mm与约20mm之间。在一些实施方案中，第一收集区域的长度被配置为容纳待采样的皮肤表面区域，包括，但不限于，约19mm、约20mm、约21mm、约22mm、约23mm、约24mm、约25mm、约30mm、约35mm、约40mm、约45mm、约50mm、约55mm、约60mm、约65mm、约70mm、约75mm、约80mm、约85mm、约90mm和约100mm。在一些实施方案中，第一收集区域是椭圆形的。
在进一步的实施方案中，本发明的粘片提供在粘附皮肤样品收集试剂盒中的可剥离释放片上。在一些实施方案中，提供在可剥离释放片上的粘片被配置为在-80℃和30℃之间的温度下稳定至少6个月、至少1年、至少2年、至少3年和至少4年。在一些情况下，可剥离释放片是三折式皮肤样品收集器的面板。
在一些情况下，当在存储一段时间或在特定温度下存储时，核酸在一个或多个粘片上稳定。在一些情况下，该时间段为至少或约1天、2天、3天、4天、5天、6天、7天、2周、3周、4周或超过4周。在一些情况下，该时间段为约7天。在一些情况下，该时间段为约10天。在一些情况下，温度为至少或约-80℃、-70℃、-60℃、-50℃、-40℃、-20℃、-10℃、-4℃、0℃、5℃、15℃、18℃、20℃、25℃、30℃、35℃、40℃、45℃、50℃或超过50℃。在一些实施方案中，一个或多个粘片上的核酸在本文所述的任何特定温度下存储本文所述的任何时间段。例如，一个或多个粘片上的核酸在约25℃下存储至少或约7天，在约30℃下存储7天，在约40℃下存储7天，在约50℃下存储7天，在约60℃下存储7天，或在约70℃下存储7天。在一些情况下，一个或多个粘片上的核酸在约-80℃下存储至少或约10天。
在某些实施方案中，可剥离释放片被配置为容纳多个粘片，包括，但不限于，12、11、10、9、8、7、6、5、4、3、2、1，约2至约8、约2至约7、约2至约6、约2至约4、约3至约6、约3至约8、约4至约10、约4至约8、约4至约6、约4至约5、约6至约10、约6至约8或约4至约8。在一些情况下，可剥离释放片被配置为容纳约12个粘片。在一些情况下，可剥离释放片被配置为容纳约11个粘片。在一些情况下，可剥离释放片被配置为容纳约10个粘片。在一些情况下，可剥离释放片被配置为容纳约9个粘片。在一些情况下，可剥离释放片被配置为容纳约8个粘片。在一些情况下，可剥离释放片被配置为容纳约7个粘片。在一些情况下，可剥离释放片被配置为容纳约6个粘片。在一些情况下，可剥离释放片被配置为容纳约5个粘片。在一些情况下，可剥离释放片被配置为容纳约4个粘片。在一些情况下，可剥离释放片被配置为容纳约3个粘片。在一些情况下，可剥离释放片被配置为容纳约2个粘片。在一些情况下，可剥离释放片被配置为容纳约1个粘片。
在某些实施方案中，本文提供使用粘片获得样品的方法和组合物，其中将粘片施加至皮肤并从皮肤取下。在一些情况下，在从皮肤表面取下用过的粘片后，贴片剥离方法进一步包括将用过的贴片存储在放置区域片上，所述贴片保留于此直到皮肤样品被分离或以其他方式使用为止。在一些情况下，用过的贴片被配置为在-80℃和30℃之间的温度下在放置区域片上存储至少1周。在一些实施方案中，用过的贴片被配置为在-80℃至30℃之间的温度下在放置区域片上存储至少2周、至少3周、至少1个月、至少2个月、至少3个月、至少4个月、至少5个月和至少6个月。
在一些情况下，放置区域片包括可去除衬垫，不过在将用过的贴片存储在放置区域片上之前要去除可去除衬垫。在一些情况下，放置区域片被配置为容纳多个粘片，包括，但不限于，12、11、10、9、8、7、6、5、4、3、2、1，约2至约8、约2至约7、约2至约6、约2至约4、约3至约6、约3至约8、约4至约10、约4至约8、约4至约6、约4至约5、约6至约10、约6至约8或约4至约8。在一些情况下，放置区域片被配置为容纳约12个粘片。在一些情况下，放置区域片被配置为容纳约11个粘片。在一些情况下，放置区域片被配置为容纳约10个粘片。在一些情况下，放置区域片被配置为容纳约9个粘片。在一些情况下，放置区域片被配置为容纳约8个粘片。在一些情况下，放置区域片被配置为容纳约7个粘片。在一些情况下，放置区域片被配置为容纳约6个粘片。在一些情况下，放置区域片被配置为容纳约5个粘片。在一些情况下，放置区域片被配置为容纳约4个粘片。在一些情况下，放置区域片被配置为容纳约3个粘片。在一些情况下，放置区域片被配置为容纳约2个粘片。在一些情况下，放置区域片被配置为容纳约1个粘片。
在一些情况下，存储用过的贴片，使得用过的贴片的含有基质、面向皮肤的表面与放置区域片接触。在一些情况下，放置区域片是三折式皮肤样品收集器的面板。在一些情况下，三折式皮肤样品收集器进一步包括透明面板。在一些情况下，三折式皮肤样品收集器用分配给受试者的唯一条形码标记。在一些情况下，三折式皮肤样品收集器包括用于标记受试者信息的区域。
在说明性实施方案中，粘附皮肤样品收集试剂盒包括三折式皮肤样品收集器，所述三折式皮肤样品收集器包括存储在可剥离释放面板上的粘片。在一些情况下，三折式皮肤样品收集器进一步包括带有可去除衬垫的放置区域面板。在一些情况下，贴片剥离方法包括从三折式皮肤样品收集器的可剥离释放面板取下粘片，将粘片施加至皮肤样品，取下含有皮肤样品的用过的粘片，并将用过的贴片放置在放置区域片上。在一些情况下，放置区域面板是单个放置区域面板片。在一些情况下，通过使用条形码或在收集器或面板片上打印患者信息，将收集的皮肤样品的身份索引至三折式皮肤样品收集器或放置区域面板片。在一些情况下，将有索引的三折式皮肤样品收集器或放置片发送至诊断实验室进行处理。在一些情况下，用过的贴片被配置为在-80℃与25℃之间的温度下在放置面板上存储至少1周。在一些实施方案中，用过的贴片被配置为在-80℃与25℃之间的温度下在放置区域面板上存储至少2周、至少3周、至少1个月、至少2个月、至少3个月、至少4个月、至少5个月和至少6个月。在一些实施方案中，使用ups或fedex将有索引的三折式皮肤样品收集器或放置片发送至诊断实验室。
在示例性实施方案中，贴片剥离方法进一步包括在施加粘片之前制备皮肤样品。皮肤样品的制备包括，但不限于，去除皮肤表面上的毛发、清洁皮肤表面和/或干燥皮肤表面。在一些情况下，用防腐剂清洁皮肤表面，所述防腐剂包括，但不限于，醇、季铵化合物、过氧化物、氯己定、卤代酚衍生物和喹诺酮衍生物。在一些情况下，醇为约0至约20％、约20至约40％、约40至约60％、约60至约80％或约80至约100％的异丙醇。在一些情况下，防腐剂是70％的异丙醇。
在一些实施方案中，贴片剥离方法用于从表面收集皮肤样品，所述表面包括，但不限于，面部、头部、颈部、手臂、胸部、腹部、背部、腿部、手或脚。在一些情况下，皮肤表面不位于粘膜上。在一些情况下，皮肤表面没有溃疡或出血。在某些情况下，皮肤表面以前未进行过活检。在某些情况下，皮肤表面不位于脚掌或手掌上。
本文所述的贴片剥离方法、装置和系统对于从皮肤损伤处收集皮肤样品是有用的。皮肤损伤是外观或生长与周围皮肤不同的皮肤部分。在一些情况下，皮肤损伤是有色素的。有色素的损伤包括，但不限于，痣、深色皮肤斑点和含有黑色素的皮肤区域。在一些实施方案中，皮肤损伤的直径为约5mm至约16mm。在一些情况下，皮肤损伤的直径为约5mm至约15mm、约5mm至约14mm、约5mm至约13mm、约5mm至约12mm、约5mm至约11mm、约5mm至约10mm、约5mm至约9mm、约5mm至约8mm、约5mm至约7mm、约5mm至约6mm、约6mm至约15mm、约7mm至约15mm、约8mm至约15mm、约9mm至约15mm、约10mm至约15mm、约11mm至约15mm、约12mm至约15mm、约13mm至约15mm、约14mm至约15mm、约6至约14mm、约7至约13mm、约8至约12mm和约9至11mm。在一些实施方案中，皮肤损伤的直径为约10mm至约20mm、约20mm至约30mm、约30mm至约40mm、约40mm至约50mm、约50mm至约60mm、约60mm至约70mm、约70mm至约80mm、约80mm至约90mm和约90mm至约100mm。在一些情况下，直径是皮肤损伤的最长直径。在一些情况下，直径是皮肤损伤的最小直径。
在一些实施方案中，粘附皮肤样品收集试剂盒包括至少一个粘片、样品收集器和使用说明书。在示例性实施方案中，样品收集器是三折式皮肤样品收集器，包括包含至少一个粘片的可剥离释放面板，包含可去除衬垫的放置区域面板，以及透明面板。在一些情况下，三折式皮肤样品收集器进一步包括条形码和/或用于记录患者信息的区域。在一些情况下，粘附皮肤样品收集试剂盒被配置为包括多个粘片，包括但不限于12、11、10、9、8、7、6、5、4、3、2、1，约2至约8、约2至约7、约2至约6、约2至约4、约3至约6、约3至约8、约4至约10、约4至约8、约4至约6、约4至约5、约6至约10、约6至约8或约4至约8。使用说明书为试剂盒操作员提供了执行贴片剥离方法的所有必要信息。使用说明书最好包括用于说明贴片剥离方法的图。
在一些情况下，粘附皮肤样品收集试剂盒提供了用于执行贴片剥离方法的所有必要组件。在一些实施方案中，粘附皮肤样品收集试剂盒包括用于提供患者信息的实验室申请表。在一些情况下，试剂盒进一步包括附件。附件包括，但不限于，标志物、可重复密封的塑料袋、手套和清洁剂。清洁剂包括，但不限于，防腐剂，如异丙醇。在一些情况下，皮肤样品收集试剂盒的组件是在纸板箱中提供。
细胞材料和样品处理
在某些实施方案中，本文提供的方法和装置涉及以某种方式将粘片或其他类似的贴片施加至皮肤，以使有效或足够量的组织(如皮肤样品)粘附至粘片的粘附基质。例如，皮肤样品的有效量或足够量是可取下地粘附至材料(诸如基质或粘片)的量。在某些实施方案中，粘附的皮肤样品包括包括含核酸的细胞材料。在一些情况下，核酸是rna或dna。有效量的皮肤样品含有足以进行诊断测定的量的细胞材料。在一些情况下，使用从用过的粘片粘附上的皮肤样品分离的细胞材料进行诊断测定。在一些情况下，对粘附至用过的粘片的细胞材料进行诊断测定。在一些实施方案中，皮肤样品的有效量包括足以进行基因表达分析的rna的量。足够量的rna包括，但不限于，皮克、纳克和微克的量。
在一些情况下，核酸是rna分子或片段化rna分子(rna片段)。在一些情况下，rna是微小rna(mirna)、pre-mirna、pri-mirna、mrna、pre-mrna、病毒rna、类病毒rna、拟病毒rna、环状rna(circrna)、核糖体rna(rrna)、转移rna(trna)、pre-trna、长非编码rna(lncrna)、小核rna(snrna)、循环rna、无细胞rna、外泌体rna、表达载体的rna、rna转录物、合成rna或其组合。在一些情况下，rna是mrna。在一些情况下，rna是无细胞循环rna。
在一些情况下，核酸是dna。dna包括，但不限于，基因组dna、病毒dna、线粒体dna、质粒dna、扩增dna、环状dna、循环dna、无细胞dna或外泌体dna。在一些情况下，dna是单链dna(ssdna)、双链dna、变性双链dna、合成dna及其组合。在一些情况下，dna是基因组dna。在一些情况下，dna是无细胞循环dna。
在额外的实施方案中，粘附的皮肤样品包括细胞材料，所述细胞材料包括rna或dna等核酸，其量为至少约1皮克。在一些实施方案中，细胞材料的量不超过约1纳克。在进一步或额外的实施方案中，细胞材料的量不超过约1微克。在进一步或额外的实施方案中，细胞材料的量不超过约1克。
在进一步或额外的实施方案中，细胞材料的量为约1皮克至约1克。在进一步或额外的实施方案中，细胞材料包括的量为约50微克至约1克、约100皮克至约500微克、约500皮克至约100微克、约750皮克至约1微克、约1纳克至约750纳克或约1纳克至约500纳克。在额外的实施方案中，细胞材料包括的量为约50皮克至约1微克、约100皮克至约500皮克、约200皮克至约500皮克、约500皮克至约1纳克、约500皮克至约500纳克或约1纳克至约500纳克。
在进一步或额外的实施方案中，包括核酸如rna或dna的细胞材料包括的量为约50微克至约500微克、约100微克至约450微克、约100微克至约350微克、约100微克至约300微克、约120微克至约250微克、约150微克至约200微克、约500纳克至约5纳克或约400纳克至约10纳克、或约200纳克至约15纳克、或约100纳克至约20纳克、或约50纳克至约10纳克、或约50纳克至约25纳克。在一些实施方案中，包括核酸如rna或dna的细胞材料包括的量为约皮克至约1微克、约100皮克至约500皮克、约200皮克至约500皮克、约500皮克至约1纳克、约500皮克至约500纳克或约1纳克至约500纳克。
在进一步或额外的实施方案中，包括核酸如rna或dna的细胞材料的量小于约1克、小于约500微克、小于约490微克、小于约480微克、小于约470微克、小于约460微克、小于约450微克、小于约440微克、小于约430微克、小于约420微克、小于约410微克小于约400微克、小于约390微克、小于约380微克、小于约370微克、小于约360微克、小于约350微克、小于约340微克、小于约330微克、小于约320微克、小于约310微克、小于约300微克、小于约290微克、小于约280微克、小于约270微克、小于约260微克、小于约250微克、小于约240微克、小于约230微克、小于约220微克、小于约210微克、小于约200微克、小于约190微克、小于约180微克、小于约170微克、小于约160微克、小于约150微克、小于约140微克、小于约130微克、小于约120微克、小于约110微克、小于约100微克、小于约90微克、小于约80微克、小于约70微克、小于约60微克、小于约50微克、小于约20微克、小于约10微克、小于约5微克、小于约1微克、小于约750纳克、小于约500纳克、小于约250纳克、小于约150纳克、小于约100纳克、小于约50纳克、小于约25纳克、小于约15纳克、小于约1纳克、小于约750皮克、小于约500皮克、小于约250皮克、小于约100皮克、小于约50皮克、小于约25皮克、小于约15皮克或小于约1皮克。
在一些实施方案中，将来自收集的皮肤样品的分离的rna逆转录为cdna，例如用于通过pcr扩增以富集靶基因。这些靶基因的表达水平通过基因表达测试中的定量pcr进行定量。在一些情况下，结合定量pcr，利用在计算机上执行的软件程序对从收集的皮肤样品中分离的rna进行定量。在一些情况下，利用软件程序或模块将来自皮肤样品的一定量的rna与基因表达特征相关联，其中基因表达特征与疾病(如皮肤癌)相关。在一些实施方案中，软件程序或模块基于基因表达水平对样品评分。在一些实施方案中，将样品评分与参考样品评分进行比较，以确定基因表达特征和疾病之间是否存在统计显著性。
在一些情况下，皮肤层包括表皮、真皮或皮下组织。表皮的外层是角质层，其次是透明层、颗粒层、棘层和基底层。在一些情况下，皮肤样品是从表皮层获得的。在一些情况下，皮肤样品是从角质层获得的。在一些情况下，皮肤样品是从真皮获得的。
在一些情况下，从角质层获得细胞，其包括角质形成细胞。在一些情况下，黑素细胞不是从皮肤样品中获得。
在从生物样品中提取核酸之后，在一些情况下，核酸被进一步纯化。在一些情况下，核酸是rna。在一些情况下，核酸是dna。在一些情况下，rna是人类rna。在一些情况下，dna是人类dna。在一些情况下，rna是微生物rna。在一些情况下，dna是微生物dna。在一些情况下，人类核酸和微生物核酸是从同一生物样品中纯化的。在一些情况下，使用基于柱或树脂的核酸纯化方案纯化核酸。在一些情况下，该技术利用包括表面区域的载体来结合核酸。在一些情况下，载体由玻璃、二氧化硅、乳胶或聚合材料制成。在一些情况下，载体包括球形珠。
在某些实施方案中，分离核酸的方法包括使用球形珠。在一些情况下，珠包括用于分离核酸的材料。使用珠分离核酸的示例性材料包括，但不限于，玻璃、二氧化硅、乳胶和聚合材料。在某些情况下，珠是磁性的。在一些情况下，珠是二氧化硅涂覆的。在一些情况下，珠是二氧化硅涂覆的磁珠。在一些情况下，球形珠的直径为至少或约0.5um、1um、1.5um、2um、2.5um、3um、3.5um、4um、4.5um、5um、5.5um、6um、6.5um、7um、7.5um、8um、8.5um、9um、9.5um、10um或大于10um。
在一些情况下，使用本文所述方法获得的核酸产物的产量为约500皮克或更高、约600皮克或更高、约1000皮克或更高、约2000皮克或更高、约3000皮克或更高、约4000皮克或更高、约5000皮克或更高、约6000皮克或更高、约7000皮克或更高、约8000皮克或更高、约9000皮克或更高、约10000皮克或更高、约20000皮克或更高、约30000皮克或更高、约40000皮克或更高、约50000皮克或更高、约60000皮克或更高、约70000皮克或更高、约80000皮克或更高、约90000皮克或更高或约100000皮克或更高。
在一些情况下，使用本文所述的方法获得的核酸产物的产量为约100皮克、500皮克、600皮克、700皮克、800皮克、900皮克、1纳克、5纳克、10纳克、15纳克、20纳克、21纳克、22纳克、23纳克、24纳克、25纳克、26纳克、27纳克、28纳克、29纳克、30纳克、35纳克、40纳克、50纳克、60纳克、70纳克、80纳克、90纳克、100纳克、500纳克或更高。
在一些情况下，本文所述的方法在样品之间产物产量变化小于10％、小于8％、小于5％、小于2％、小于1％或小于0.5％。
在一些情况下，本文所述的方法提供核酸产物的基本同质的群体。
在一些情况下，本文所述的方法提供小于30％、小于25％、小于20％、小于15％、小于10％、小于8％、小于5％、小于2％、小于1％或小于0.5％的污染物。
在一些情况下，核酸在提取之后被存储。在一些情况下，核酸在随后的分析前被存储在水、tris缓冲液或tris-edta缓冲液中。在一些情况下，该存储小于8℃。在一些情况下，该存储小于4℃。在某些实施方案中，该存储小于0℃。在一些情况下，该存储小于-20℃。在某些实施方案中，该存储小于-70℃。在一些情况下，核酸被存储约1、2、3、4、5、6或7天。在一些情况下，核酸被存储约1、2、3或4周。在一些情况下，核酸被存储约1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11或12个月。
在一些情况下，使用本文所述方法分离的核酸在分离和纯化后进行扩增反应。在一些情况下，待扩增的核酸是rna，包括但不限于人类rna和人类微生物rna。在一些情况下，待扩增的核酸是dna，包括但不限于人类dna和人类微生物dna。非限制性扩增反应包括，但不限于，定量pcr(qpcr)、自我持续的序列复制、转录扩增系统、q-β复制酶法、滚环复制或本领域已知的任何其他核酸扩增。在一些情况下，扩增反应是pcr。在一些情况下，扩增反应是定量的，如qpcr。
本文提供了从分离自生物样品的核酸检测一个或多个感兴趣基因的表达水平的方法。在一些情况下，在扩增反应后检测表达水平。在一些情况下，核酸是rna。在一些情况下，rna是人类rna。在一些情况下，rna是微生物rna。在一些情况下，核酸是dna。在一些情况下，dna是人类dna。在一些情况下，dna是微生物dna。在一些情况下，使用pcr确定表达水平。在一些情况下，使用qpcr确定表达水平。在一些情况下，表达水平是使用微阵列确定的。在一些情况下，表达水平是通过测序确定的。
某些术语
除非另有定义，否则本文所使用的所有技术和科学术语具有与所要求保护的主题所属领域的技术人员通常理解的相同含义。应理解，详细描述仅是示例性和说明性的，并且不限制所要求保护的任何主题。在本申请中，单数的使用包括复数，除非另有明确说明。必须注意，在说明书中使用的单数形式“一”、“一个”和“该”包括复数所指物，除非上下文另有明确指出。在本申请中，除非另有说明，否则“或”的使用表示“和/或”。此外，术语“包括”以及其他形式，如“包含”和“含有”的使用不是限制性的。
尽管本发明的各种特征可以在单个实施方案的上下文中描述，但这些特征也可以单独或以任何合适的组合提供。相反，尽管本发明为了清楚性可以在不同实施方案的上下文中描述，但本发明也可以在单个实施方案中实现。
在说明书中对“一些实施方案”、“实施方案”、“一个实施方案”或“其他实施方案”的引用意味着结合这些实施方案所描述的特定特征、结构或特性包括在至少一些实施方案中，但不一定包括在本发明的所有实施方案中。
如本文所用，范围和量可以表示为“约”特定值或范围。约还包括确切的数量。因此，“约5μl”是指“约5μl”以及“5μl”。通常，术语“约”包括预期在实验误差内的量。
本文中使用的章节标题仅出于组织目的，并且不应被解释为限制所述主题。
如本文所用，术语“个体”、“受试者”和“患者”是指任何哺乳动物。在一些实施方案中，哺乳动物是人。在一些实施方案中，哺乳动物是非人类。这些术语均不要求且不限于以医护人员(例如，医生、注册护士、执业护士、医生助理、护工或临终关怀工作者)进行(例如，持续或间断的)监督为特征的情况。
标志物
c-c基序趋化因子配体20(ccl20)，也称为小诱导型细胞因子亚家族a(cys-cys)、成员20、mip3a或st38，是小细胞因子cc基因家族的成员，其产物以两个相邻的半胱氨酸为特征。ccl20编码对淋巴细胞具有趋化活性的蛋白质，可以抑制髓样祖细胞的增殖。在一些情况下，ccl20的基因id为6364。
c-x-c基序趋化因子配体1(cxcl1)，也称为趋化因子(c-x-c基序)配体1、成纤维细胞分泌蛋白或gro1，编码趋化因子cxc亚家族中的蛋白质。cxcl1编码分泌的生长因子，所述生长因子通过g蛋白偶联受体cxc受体2发出信号。在一些情况下，cxcl1的基因id为2919。
c-x-c基序趋化因子配体5(cxcl5)，也称为小诱导型细胞因子亚家族b(cys-x-cys)、成员5、ena-78或scyb5，编码趋化因子cxc亚家族中的蛋白质。编码的蛋白质被认为结合g蛋白偶联受体趋化因子(c-x-c基序)受体2，以募集嗜中性粒细胞，促进血管生成，并重塑结缔组织。在一些情况下，cxcl5的基因id为6374。
防御素β4a(defb4a)，也称为防御素β4、hbd-2或sap1，是由嗜中性粒细胞制备的杀微生物和细胞毒性肽家族的一部分。编码的蛋白质防御素β4是抗生素肽，受炎症局部调节。在一些情况下，defb4a的基因id为1673。
干扰素γ(ifn-γ)，也称为ifn-γ或免疫干扰素，是ii型干扰素类别的一部分。编码的蛋白质是同二聚体，其与干扰素γ受体结合，触发对病毒和微生物感染的细胞反应。在一些情况下，ifng的基因id为3458。
白细胞介素17a(il-17a)，也称为il-17、ctla-8或细胞毒性t淋巴细胞相关蛋白8，是由活化t细胞产生的促炎细胞因子。该细胞因子调节nf-κb和促分裂原活化蛋白激酶的活性，并可以刺激il6和环氧合酶-2(ptgs2/cox-2)的表达，并提高一氧化氮(no)的产生。在一些情况下，il-17a的基因id为3605。
白细胞介素17c(il-17c)，也称为细胞因子cx2，是与il17享有序列相似性的t细胞来源的细胞因子。该细胞因子从单核细胞系释放肿瘤坏死因子α和白细胞介素1β。该细胞因子的表达限于活化的t细胞。在一些情况下，il-17c的基因id为27189。
白细胞介素17f(il-17f)，也称为细胞因子ml-1或candf6，是与il17享有序列相似性的细胞因子。该细胞因子由活化的t细胞表达，并刺激其他几种细胞因子的产生，包括il6、il8和csf2/gm_csf。该细胞因子还抑制内皮细胞的血管生成，并诱导内皮细胞产生il2、tgfb1/tgfb和单核细胞趋化蛋白-1。在一些情况下，il-17f的基因id为112744。
白细胞介素17受体a(il-17ra)，也称为cdw217或il17r，是由活化的t淋巴细胞分泌的促炎细胞因子。它是cd34阳性造血前体成熟为嗜中性粒细胞的有效诱导剂。该基因(白细胞介素17a受体；il17ra)编码的跨膜蛋白是普遍存在的i型膜糖蛋白，以低亲和力与白细胞介素17a结合。白细胞介素17a及其受体在许多炎症和自身免疫性疾病(如类风湿关节炎)中发挥致病作用。在一些情况下，il-17ra的基因id为23765。
白细胞介素17受体c(il-17rc)，也称为zcytor14、il17rhom、白细胞介素17受体样蛋白或candf9，编码与白细胞介素17受体(il-17ra)享有相似性的单程i型膜蛋白。该蛋白在非造血组织中表达，并以相似的亲和力结合il-17a和il-17f。已为该基因检测到编码不同同工型的多个交替剪接的转录变体，并且缺乏跨膜和细胞内结构域的可溶性分泌蛋白可以作为细胞因子信号传导的细胞外拮抗剂。在一些情况下，il-17rc的基因id为84818。
白细胞介素22(il-22)，也称为细胞因子zcyto18、il-tif、il-d110或tifa，是介导细胞炎症反应的细胞因子il10家族的成员。编码的蛋白质在粘膜表面的抗菌防御和组织修复中发挥作用。该蛋白还具有促炎特性，并在几种肠道疾病的发病机理中发挥作用。在一些情况下，il-22的基因id为50616。
白细胞介素23亚基α(il-23a)，也称为il-23、sgrf或p19，编码异二聚细胞因子白细胞介素23(il23)的亚基。il23由该蛋白和白细胞介素12(il12b)的p40亚基组成。il23的受体由il12的β1亚基(il12rb1)和il23特异性亚基il23r形成。il23和il12均可激活转录激活因子stat4，并刺激干扰素-γ(ifng)的产生。与主要作用于幼稚cd4(+)t细胞的il12相反，il23优先作用于记忆cd4(+)t细胞。在一些情况下，il-23a的基因id为51561。
白细胞介素24(il-24)，也称为st16、mda7、il10b或c49a，编码细胞因子il10家族的成员。它被鉴定为在黑色素瘤细胞终末分化过程中诱导的基因。该基因编码的蛋白质可以在各种癌细胞中选择性诱导凋亡。该基因的过表达导致几个gadd家族基因的表达升高，这与细胞凋亡的诱导相关。发现该基因在黑色素瘤细胞中诱导促分裂原活化蛋白激酶14(mapk7/p38)和热休克27kda蛋白1(hspb2/hsp27)的磷酸化，但在正常的永生黑素细胞中却没有。在一些情况下，il-24的基因id为11009。
白细胞介素26(il-26)，也称为ak155，通过其在疱疹病毒samimiri转化的t细胞中的过表达而被鉴定。编码的蛋白质是细胞因子il10家族的成员。它是分泌蛋白，并可以作为同型二聚体发挥作用。该蛋白质被认为有助于在由疱疹病毒samimiri感染后t细胞的转化表型。在一些情况下，il-26的基因id为55801。
白细胞介素31(il-31)，也称为il-31，其主要由活化的th2型t细胞产生，与由il31ra(mim609510)和osmr(mim601743)组成的异二聚体受体相互作用，该受体在上皮细胞和角质形成细胞上组成表达。il31可以参与促进变态反应性皮肤病，并调节其他变态反应性疾病，如哮喘。在一些情况下，il-31的基因id为386653。
白细胞介素33(il-33)，也称为dvs27相关蛋白、c9orf26、il1f11或nfehev，编码作为与il1rl1/st2受体结合的细胞因子的蛋白质。编码的蛋白质参与th2细胞的成熟以及肥大细胞、嗜碱性粒细胞、嗜酸性粒细胞和自然杀伤细胞的激活。已发现该基因的几种编码不同同工型的转录物变体。在一些情况下，il-33的基因id为90865。
白细胞介素5(il-5)，也称为嗜酸性粒细胞分化因子、t细胞取代因子、b细胞分化因子i、trf或edf，编码作为b细胞和嗜酸性粒细胞两者的生长和分化因子的细胞因子。编码的细胞因子在调节嗜酸性粒细胞的形成、成熟、募集和存活中起主要作用。该细胞因子的产量增加可以与嗜酸性粒细胞依赖性炎症疾病的发病机理有关。该细胞因子通过结合其受体发挥作用，该受体为异二聚体，其β亚基与白细胞介素3(il3)和集落刺激因子2(csf2/gm-csf)的受体共享。在一些情况下，il-5的基因id为3567。
白细胞介素6(il-6)，也称为b细胞刺激因子2、ctl分化因子、杂交瘤生长因子或ifn-β-2，编码在炎症和b细胞成熟中发挥作用的细胞因子。此外，编码的蛋白质是能够在患有自身免疫性疾病或感染的受试者中诱导发热的内源热原。该蛋白质主要在急性和慢性炎症部位产生，在该部位分泌到血清中，并通过白细胞介素6受体α诱导转录炎症反应。该基因的功能涉及多种与炎症相关的疾病状态，包括对糖尿病和系统性幼年型类风湿关节炎的易感性。在一些情况下，il-6的基因id为3569。
白细胞介素8(il-8)，也称为cxc基序趋化因子配体8、gcp-1或nap-1，编码作为cxc趋化因子家族的成员的蛋白质，并且是炎症反应的主要介质。编码的蛋白质主要由嗜中性粒细胞分泌，其中它作为趋化因子，引导嗜中性粒细胞到达感染部位。这种趋化因子也是有效的血管生成因子。据信该基因在毛细支气管炎的发病机理中发挥作用，毛细支气管炎是由病毒感染引起的常见呼吸道疾病。在一些情况下，il-8的基因id为3576。
脂质运载蛋白2(lcn2)，也称为ngal、p25或24p3，编码属于脂质运载蛋白家族的蛋白质。该家族的成员运输小的疏水分子，如脂质、类固醇激素和类视黄醇。该基因编码的蛋白质是嗜中性粒细胞明胶酶相关的脂质运载蛋白，并通过螯合含铁的铁载体来限制细菌生长而在先天免疫中发挥作用。在一些情况下，lcn2的基因id为3934。
s100钙结合蛋白a7(s100a7)，也称为psor1或牛皮癣蛋白(psoriasin)，编码作为含有2个ef手型钙结合基序的蛋白质s100家族的成员的蛋白质。s100蛋白位于许多细胞的细胞质和/或细胞核中，并参与许多细胞过程的调控，如细胞周期进程和分化。该蛋白质在增生性皮肤病中过表达，对细菌表现出抗菌活性，并诱导免疫调节活性。在一些情况下，s100a7的基因id为6278。
s100钙结合蛋白a9(s100a9)，也被称为mrp-14、cagb或l1ag，编码作为含有2个ef手型钙结合基序的蛋白质s100家族的成员的蛋白质。s100蛋白位于许多细胞的细胞质和/或细胞核中，并参与许多细胞过程的调控，如细胞周期进程和分化。s100基因包括至少13个成簇位于1q21号染色体上的成员。这种抗菌蛋白表现出抗真菌和抗细菌活性。在一些情况下，s100a9的基因id为6280。
肿瘤坏死因子(tnf)，也称为tnf-α、chachectin或dif，编码属于肿瘤坏死因子(tnf)超家族的多功能促炎细胞因子。该细胞因子主要由巨噬细胞分泌。它可以结合其受体tnfrsf1a/tnfr1和tnfrsf1b/tnfbr并通过其受体发挥作用。该细胞因子参与多种生物过程的调节，包括细胞增殖、分化、凋亡、脂质代谢和凝血。该细胞因子与多种疾病有关，包括自身免疫性疾病、胰岛素抵抗和癌症。在一些情况下，tnf的基因id为7124。
tnf受体超家族成员1a(tnfrsf1a)，也称为tnf-r1、p55、p60或cd120a抗原，编码蛋白质的tnf受体超家族的成员。编码的受体被发现呈膜结合和可溶形式，分别与其配体肿瘤坏死因子α的膜结合和可溶形式相互作用。膜结合的肿瘤坏死因子α与膜结合受体的结合诱导受体三聚化和激活，这在细胞存活、凋亡和炎症中发挥作用。编码的受体的蛋白水解过程导致受体可溶形式的释放，该可溶形式可以与游离肿瘤坏死因子α相互作用以抑制炎症。该基因的突变也可能与人类患者的多发性硬化症有关。在一些情况下，tnfrsf1a的基因id为7132。
胸腺基质淋巴细胞生成素(tslp)编码被认为通过异二聚体受体复合物发出信号的造血细胞因子，所述异二聚体受体复合物由胸腺基质淋巴细胞生成素受体和il-7rα链组成。它主要影响骨髓细胞并诱导单核细胞释放吸引t细胞的趋化因子，并增强cd11c(+)树突状细胞的成熟。该蛋白促进2型t辅助细胞(th2)的细胞反应，这些反应与各种炎症疾病(包括哮喘、过敏性炎症和慢性阻塞性肺病)的免疫力有关。在一些情况下，tslp的基因id为85480。
c-c基序趋化因子配体17(ccl17)，也称为小诱导型细胞因子a17、tarc或abcd-2，是聚集在16号染色体q臂上的几种cys-cys(cc)细胞因子基因之一。cc细胞因子是以两个相邻的半胱氨酸为特征的蛋白质。该基因编码的细胞因子对t淋巴细胞具有趋化活性，但对单核细胞或粒细胞没有趋化活性。该基因的产物结合趋化因子受体ccr4和ccr8。这种趋化因子在胸腺中的t细胞发育以及成熟t细胞的运输和激活中发挥重要作用。在一些情况下，tslp的基因id(geneid)为85480。
c-c基序趋化因子配体18(ccl18)，也称为scya18、cd-ck1或amac1，是聚集在17号染色体q臂上的几种cys-cys(cc)细胞因子基因之一。cc细胞因子是以两个相邻的半胱氨酸为特征的蛋白质。该基因编码的细胞因子对幼稚t细胞、cd4+和cd8+t细胞以及未激活的淋巴细胞显示趋化活性，但对单核细胞或粒细胞没有趋化活性。这种趋化因子将幼稚t淋巴细胞吸引到淋巴结中的树突状细胞和活化巨噬细胞。在一些情况下，ccl18的基因id为6362。
c-c基序趋化因子配体19(ccl19)，也称为ckβ-11、exodus-3或mip3b，是聚集在9号染色体p臂上的几种cc细胞因子基因之一。cc细胞因子是以两个相邻的半胱氨酸为特征的蛋白质。该基因编码的细胞因子可以在正常的淋巴细胞再循环和归巢中发挥作用。它还在胸腺中的t细胞转运以及t细胞和b细胞向次级淋巴器官的迁移中发挥重要作用。它特异性结合趋化因子受体ccr7。在一些情况下，ccl19的基因id为6363。
c-c基序趋化因子配体(ccl26)，也称为巨噬细胞炎性蛋白4-α、嗜酸性粒细胞趋化因子-3或scya26，是聚集在7号染色体q臂上的两个cys-cys(cc)细胞因子基因之一。cc细胞因子是以两个相邻的半胱氨酸为特征的蛋白质。该基因编码的细胞因子对正常外周血嗜酸性粒细胞和嗜碱性粒细胞表现出趋化活性。该基因的产物是特异性激活趋化因子受体ccr3的三个相关趋化因子之一。这种趋化因子可以有助于嗜酸性粒细胞在特应性疾病中的积累。在一些情况下，ccl26的基因id为10344。
c-c基序趋化因子配体(ccl27)，也称为skinkine、il-11、rα基因座趋化因子或ctack，是聚集在9号染色体p臂上的几种cc细胞因子基因之一。cc细胞因子是以两个相邻的半胱氨酸为特征的蛋白质。该基因编码的蛋白质对与皮肤相关的记忆t淋巴细胞具有趋化作用。该细胞因子还可以在介导淋巴细胞归巢至皮肤部位中发挥作用。它与趋化因子受体10(ccr10)特异性结合。对相似的鼠蛋白质的研究表明，这些蛋白质-受体相互作用在t细胞介导的皮肤炎症中具有关键作用。在一些情况下，ccl27的基因id为10850。
c-x-c基序趋化因子配体10(cxcl10)，也称为γip10、scyb10或crg-2，编码cxc亚家族的趋化因子和受体cxcr3的配体。该蛋白质与cxcr3的结合产生多效作用，包括刺激单核细胞、自然杀伤和t细胞迁移，以及调节粘附分子表达。在一些情况下，cxcl10的基因id为3627。
c-x-c基序趋化因子配体11(cxcl11)，也称为β-r1、scyb11或itac，是趋化因子超家族的cxc成员。其编码的蛋白质在激活的t细胞中诱导趋化反应，并且是cxc受体3的主要配体。ifn-γ是该基因转录的有效诱导物。在一些情况下，cxcl11的基因id为6373。
c-x-c基序趋化因子配体9(cxcl9)，也称为小诱导型细胞因子b9、scyb9、crg-10或humig，编码被认为与t细胞转运有关的蛋白质。编码的蛋白质与c-x-c基序趋化因子3结合，并且是淋巴细胞的化学引诱物，而不是嗜中性粒细胞的化学引诱物。在一些情况下，cxcl9的基因id为4283。
白细胞介素13(il-13)编码主要由激活的th2细胞产生的免疫调节细胞因子。这种细胞因子参与b细胞成熟和分化的几个阶段。它上调cd23和mhcii类表达，并促进b细胞的ige同型转换。该细胞因子下调巨噬细胞活性，从而抑制促炎细胞因子和趋化因子的产生。该细胞因子被发现对变应原诱发的哮喘的发病机制至关重要，但其作用机制独立于ige和嗜酸性粒细胞。该基因、il3、il5、il4和csf2在5q染色体上形成细胞因子基因簇，其中该基因特别接近il4。在一些情况下，il-13的基因id为：3596。
白细胞介素13受体(il-13r)是结合白细胞介素13的i型细胞因子受体。它由分别由il13ra1和il4r编码的两个亚基组成。这两个基因编码蛋白质il-13rα1和il-4rα。它们形成二聚体，il-13结合至il-13rα1链，并且il-4rα稳定这种相互作用。
白细胞介素4(il-4)，也称为淋巴细胞刺激因子1、bcgf-1或bsf1，编码作为由活化t细胞产生的多效细胞因子的蛋白质。该细胞因子是白细胞介素4受体的配体。白细胞介素4受体也与il13结合，这可以有助于该细胞因子和il13的许多重叠的功能。stat6是信号转导及转录激活蛋白，已被证明在介导该细胞因子的免疫调节信号中发挥核心作用。该基因、il3、il5、il13和csf2在5q染色体上形成细胞因子基因簇，其中该基因特别接近il13。发现该基因、il13和il5由在染色体上超过120千碱基的范围内的几种远程调控元件来协同调控。在一些情况下，il-4的基因id为3565。
一氧化氮合成酶2(nos2)，也称为诱导型nos2或肝细胞nos，编码一氧化氮合酶，该酶在肝脏中表达，并且可由脂多糖和某些细胞因子的组合诱导。在一些情况下，nos2的基因id为4843。
s100钙结合蛋白a8(s100a8)，也称为白细胞l1复合物轻链、囊性纤维化抗原或钙粒蛋白a，编码作为含有2个ef手型钙结合基序的蛋白质s100家族的成员的蛋白质。该蛋白质可以在酪蛋白激酶的抑制中发挥作用并且作为细胞因子。该蛋白质的表达改变与疾病囊性纤维化有关。在一些情况下，s100a8的基因id为6279。
rna特异性腺苷脱氨酶(adar)，也称为干扰素诱导蛋白4、k88dsrbp或p136，编码通过腺苷的位点特异性脱氨来负责rna编辑的酶。该酶通过将腺苷转化为肌苷使双链rna不稳定。该基因的突变与遗传性对称性色素异常症有关。在一些情况下，adar的基因id为103。
自噬相关5(atg5)，也称为凋亡特异性蛋白、apg51或hapg5，编码与自噬蛋白12结合在泛素样缀合系统中发挥e1样活化酶作用的蛋白质。编码的蛋白质参与多个细胞过程，包括自噬小泡形成、氧化损伤后线粒体质量控制、先天抗病毒免疫反应的负调控、淋巴细胞发育和增殖、mhcii抗原呈递、脂肪细胞分化和凋亡。在一些情况下，atg5的基因id为9474。
c-c基序趋化因子配体5(ccl5)，也称为sis-δ、嗜酸性粒细胞趋化因子或tcp228，是聚集在17号染色体q臂上的几种趋化因子基因之一。该趋化因子是cc亚家族的成员，作为血液单核细胞、记忆t辅助细胞和嗜酸性粒细胞的化学引诱物。它导致嗜碱性粒细胞释放组胺并激活嗜酸性粒细胞。该细胞因子是cd8+细胞产生的主要hiv抑制因子之一。它充当趋化因子受体趋化因子(c-c基序)受体5(ccr5)的天然配体之一，并抑制使用ccr5作为共受体的hiv-1r5菌株的体外复制。在一些情况下，ccl5的基因id为6352。
干扰素诱导的p200蛋白家族(ifi)是干扰素(ifn)诱导的基因产物。该家族中的蛋白质具有显著的同源性，其中的人类同源蛋白包括ifi-16、髓细胞核分化抗原(mnda)和黑色素瘤缺乏因子(aim)2。基于p200蛋白与rb和p53等多种转录因子相互作用并调节其活性的能力，p200蛋白参与了细胞周期的调控和分化。
具有四肽重复序列(ifit)的干扰素诱导的蛋白质赋予抵抗病毒感染的免疫力。这些蛋白质通常是在病毒感染、干扰素(ifn)治疗期间以及感染时免疫系统识别病原体(病原相关分子模式识别)期间产生。
干扰素α1(ifna1)，也称为干扰素α-d、ifna13或lelfd，编码由巨噬细胞产生并具有抗病毒活性的蛋白质。在一些情况下，ifna1的基因id为3439。
干扰素α2(ifna2)，也称为α-2a干扰素、ifn2b或ifna2c，是9号染色体上α干扰素基因簇的成员。编码的蛋白质是响应于病毒感染而产生的细胞因子。使用这种蛋白质的重组形式已被证明可有效减轻感冒的症状和持续时间。在一些情况下，ifna2的基因id为3440。
干扰素α4(ifna4)，也称为干扰素α-4b、干扰素α-m1或干扰素α-76，是蛋白质编码基因。与ifna4有关的疾病包括狂犬病。其相关的通路包括rig-i/mda5介导的ifn-α/β通路的诱导和免疫系统中的细胞因子信号传导。在一些情况下，ifna4的基因id为3441。
干扰素α和β受体亚基1(ifnar1)，也称为细胞因子受体ii类成员1、ifn-r-1或avp，编码的蛋白质是形成干扰素α和β的受体的两条链之一的i型膜蛋白。该受体的结合和激活刺激janus蛋白激酶，进而使包括stat1和stat2在内的几种蛋白质磷酸化。编码的蛋白质还发挥抗病毒因子的作用。在一些情况下，ifnar1的基因id为3454。
干扰素α和β受体亚基(ifnar2)，也称为ifnabr、干扰素α结合蛋白或imd45，编码的蛋白质是形成干扰素α和β的受体的两条链之一的i型膜蛋白。该受体的结合和激活刺激janus蛋白激酶，进而使包括stat1和stat2在内的几种蛋白质磷酸化。在一些情况下，ifnar2的基因id为3455。
干扰素β1(ifnb1)，也称为成纤维细胞干扰素、ifn-β或iff，编码属于信号传导蛋白的干扰素家族的细胞因子，其作为对病原体的先天免疫应答的一部分被释放。该基因编码的蛋白质参与细胞分化和抗肿瘤防御。响应于病原体而分泌后，i型干扰素结合同源受体复合物，并诱导基因的转录，如编码炎症细胞因子和趋化因子的基因。i型干扰素分泌的过度激活与自身免疫性疾病有关。在一些情况下，ifnb1的基因id为3456。
干扰素ε(ifne)，也称为干扰素tau-1或pro655，是蛋白质编码基因。其相关的通路包括pedf诱导的信号传导和jak-stat信号传导通路(kegg)。在一些情况下，ifne的基因id为338376。
干扰素ω1(ifnw1)，也称为干扰素α-ii-1，编码作为干扰素并具有抗病毒活性的蛋白质。编码的蛋白与干扰素α/β受体结合，但不与干扰素γ受体结合。在一些情况下，ifnw1的基因id为3467。
白细胞介素1受体相关激酶1(irak1)，也称为ec2.7.11.1或pelle，编码白细胞介素1受体相关激酶1，该激酶是两个推定的丝氨酸/苏氨酸激酶之一，其在刺激后与白细胞介素1受体(il1r)相关联。该基因部分负责il1诱导的转录因子nf-κb的上调。在一些情况下，irak1的基因id为3654。
干扰素调节因子(irf)是调节干扰素转录的蛋白质。它们用于jak-stat信号传导通路。irf基因的表达受启动子dna甲基化的表观遗传调控。
角蛋白(krt)是构成头发、指甲、角、爪、蹄和人类皮肤外层的纤维结构蛋白家族。角蛋白也是保护上皮细胞免受损伤或应激的蛋白质。
2'-5'-寡腺苷酸合成酶1(oas1)，也称为e18/e16、oias或p46/p42oas，由干扰素诱导并编码合成2',5'-寡腺苷酸的蛋白质(2-5a)。该蛋白质激活潜在的rna酶l，从而导致病毒rna降解并抑制病毒复制。
骨桥蛋白(opn)，也称为涎蛋白i(bsp-1或bnsp)、早期t淋巴细胞活化(eta-1)、分泌的磷蛋白1(spp1)、2ar和立克次体抗性(ric)，是在人类中由spp1基因编码的蛋白质(分泌的磷蛋白1)。在一些情况下，spp1的基因id为6966。
信号转导及转录激活子4(stat4)，也称为sleb11，编码是转录因子的stat家族成员的蛋白质。在响应于细胞因子和生长因子时，stat家族成员被受体相关的激酶磷酸化，然后形成同二聚体或异二聚体，这些同二聚体或异二聚体移位至细胞核，并在细胞核中作为转录激活因子。该蛋白质对于介导淋巴细胞中对il12的应答以及调节t辅助细胞的分化至关重要。该基因的突变可能与系统性红斑狼疮和类风湿关节炎有关。在一些情况下，stat4的基因id为6775。
tnfα诱导蛋白3(tnfaip3)，也称为推定dna结合蛋白a20、锌指蛋白a20或otud7c，是肿瘤坏死因子(tnf)快速诱导表达的基因。该基因编码的蛋白质是锌指蛋白质和泛素编辑酶，并显示抑制nf-κb激活以及tnf介导的凋亡。编码的蛋白质具有泛素连接酶和去泛素酶活性，参与细胞因子介导的免疫和炎症反应。在一些情况下，tnfaip3的基因id为7128。
酪氨酸激酶2(tyk2)，也称为非受体酪氨酸蛋白激酶tyk2、ec2.7.10.2或imd35，编码酪氨酸激酶的成员，并且更具体地，编码janus激酶(jak)蛋白家族。该蛋白质与i型和ii型细胞因子受体的胞质结构域相关联，并通过将受体亚基磷酸化来传递细胞因子信号。它也是i型和iii型干扰素的信号传导通路的组成部分。因此，它可以在抗病毒免疫中发挥作用。在一些情况下，tyk2的基因id为7297。
实施例
提供这些实例仅为说明性目的，并不限制本文提供的权利要求的范围。
实施例1-银屑病的非侵入性基因表达分析
通过阻断tnfα、il-17a和il-23，在中度至重度银屑病的治疗中已取得进展。受影响的通路如图6所示。此外，疾病监测、突然发作的预测和治疗选择仍然具有挑战性。下面描述的是用于评估银屑病基因表达并预测治疗反应的非侵入性方法。
使用本文所述的基于粘片的皮肤活检平台来测定样品。qrt-pcr测定的模块化结构使其可用于多种炎症性皮肤病，包括银屑病、特应性皮炎或狼疮。在银屑病中，该测定法集中于参与扩展的th17通路的20个靶标。
来自中度至重度银屑病患者的损伤和无损伤皮肤的500多个粘片活检样品显示，通过qrt-pcr检测到20个选定的靶标，并且损伤、无损伤和非银屑病对照皮肤的基因表达特征存在差异(p<0.001，n＝24)。无损伤样品的分析避免了控制个体银屑病损伤的疾病活动的需要，并提供了临床有用的信息。在无损伤银屑病样品中，与正常皮肤相比，il-17a、il-17c、il-17f、il-17受体、il-23a、il-22、il-24、il-6、il-8、cxcl1、cxcl5、defb4a、lcn2、s100a7以及tnf-α及其受体的基因表达水平改变了2至200倍。在2周后，与基线水平相比，靶向治疗药物如伊克珠单抗(p<0.001)的治疗干预降低了靶基因表达(包括il-17a和17f、tnf-α和cxcl1和cxcl5)。
结果表明损伤和无损伤表皮皮肤样品的非侵入性基因表达分析是监测疾病活动的方法，具有预测银屑病突然发作和治疗失败的潜力。
实施例2-使用不同测试人群对银屑病的非侵入性基因表达分析
如本文所述的基于粘片的装置被用于通过非侵入性程序从测试受试者(作为对照的健康人和未经治疗的银屑病患者)收集表皮皮肤细胞(从银屑病患者中同时收集了损伤和无损伤的皮肤)。从这些样品中提取总rna，并用于通过taqmanrt-qpcr的细胞因子基因表达分析。研究了涉及银屑病的13种细胞因子(主要在th17通路中)，并通过qpcr的阈值周期计数(ct)来计算其表达水平。
使用基于粘片的装置，从所有测试受试者中收集表皮组织，并分离总rna(图28a-图28c)。由于银屑病损伤的皮肤通常较厚，且组织层干燥呈片状，粘片采样通常产生更多的皮肤组织，因此银屑病损伤皮肤的rna产量高于正常或无损伤皮肤。
通过qpcr测试分离的rna允许检测基因表达变化。图29a-图29f示出了对几个关键基因(il-17、il-23、defb4和s100a9)的测试，并采用稀释的rna输入在qpcr中将其在psor和ns(正常皮肤)中的表达水平进行比较。对于大多数靶标，在psor皮肤中发现基因表达升高(显示为ct值的下移)，而靶基因和管家基因actb中的ct随qpcr中rna输入的变化的线性平行变化证实了用于基因表达的分离rna的质量以及目前用于细胞因子基因表达分析的qpcr分析的准确性。
银屑病受多种细胞因子及其相互作用的影响。图30示出了从来自53个rna样品(14个nml、15个nl和24个psor皮肤)的13种细胞因子基因的ct值构建的热图。热图上的深红色表示细胞中ct较低或基因表达增加，而深灰色表示细胞中ct较高或基因表达较低。银屑病损伤皮肤呈现与其他两种类型的皮肤(正常和无损伤)不同的热图。与传统的活检方法(如液体活检或手术活检)相比，psro组内的基因表达模式也显示出高度的一致性。
此外，非侵入性基因表达分析测定还检测到在th17通路中关键基因(il-17、22、26)的表达水平有所不同的psor损伤的亚组(图31)，这可能与药物治疗无效的患者有关。
实施例3-银屑病损伤和无损伤皮肤中的角质层基因表达测量
使用本文所述的基于粘片的装置收集样品。在24个银屑病损伤和15个无损伤皮肤样品中，评估了针对细胞因子靶标(包括其受体)的选择性抗体的表达水平。测试了样品与il-17rc、il-26、il-22、il-17a、il-17f、il-17c、tnfα、il-6、il-23a、defb4a、s100a9、cxcl5和il-8的结合。图5是示出筛选结果的热图。在银屑病样品中，检测到与defb4a、s100a9、cxcl5和il-8的抗体结合水平较低。在非银屑病样品中，检测到与il-17rc、il-26、il-22、il-17a、il-17f、il-17c、tnfα、il-6和il-23a的结合增加。
实施例4-来自粘片样品的细胞因子转录水平
使用本文所述的粘片收集方法从银屑病皮肤收集两个rna样品。表1示出了来自il-23/th17轴的银屑病细胞因子的表达水平升高。
表1
注：δδct＝(δct_损伤-δct_正常)；fc(变化倍数)＝2^δδct
实施例5-银屑病的基因表达变化
根据本文所述的方法收集样品并进行分析。计算银屑病损伤皮肤与正常皮肤，以及无损伤皮肤与正常皮肤相比的基因表达水平的倍数变化。图25示出了在损伤皮肤和无损伤区域都检测到基因表达增加的细胞因子。图26示出了在未受累的无损伤皮肤中基因表达降低，但在银屑病损伤皮肤中基因表达升高的细胞因子。
实施例6-特应性皮炎的扩展th2测定
使用本文所述的基于粘片的皮肤活检平台收集样品并进行分析。qrt-pcr测定的模块化结构使其可用于多种炎症性皮肤病，包括银屑病、特应性皮炎或狼疮。在特应性皮炎中，该测定集中于参与扩展的th2通路的18个靶标(参见图7)。靶标包括il-4、il-13、il-17、il-22、il-31、tslp、cxcl9、cxcl10、cxcl11、s100a7、s100a8、s100a9、ccl17、ccl18、ccl19、ccl26、ccl27和nos2。
从39位患有特应性皮炎的受试者中筛选样品。如图11所示，在不到一半(约41％)的受试者中检测到il-13表达。没有样品显示il-4表达。100％的样品显示il-13/4受体表达，约95％的样品显示ccl17表达。
结果表明，选择具有il-13表达的患者将导致受体阻断剂治疗的应答者比例更高。
实施例7-ad样品中的表达水平
根据本文所述的方法收集来自ad受试者的样品并进行分析。测定来自损伤区域的40个样品，来自无损伤区域的17个样品和来自正常皮肤的20个样品的il-31ra、ccl17、il-23a、il-4r、il22、il-13和il-13ra1的表达水平，参见图27a-图27i。
实施例8-用度匹鲁单抗阻断il-13/4受体
向ad受试者每隔一周皮下给药300mg度匹鲁单抗进行治疗，持续16周。如实施例5所述收集样品。
约50％的测试受试者的症状减少75％(easi-75)，相比之下，约15％安慰剂受试者达到easi-75(图8)。此外，约38％的受试者的iga评分为清除(0)或最低(1)(iga0-1)，而对于安慰剂受试者则为约10％。
实施例9-用来瑞组单抗阻断il-13
ad受试者每周用125mg来瑞组单抗(一种il-13阻断单克隆抗体)和皮质类固醇治疗，持续12周。如实施例5所述收集样品。
约55％的测试受试者达到easi-75，而对于安慰剂受试者则为约34％(n-50/组，p＝0.05)(参见图9)。
实施例10-用曲罗芦单抗阻断il-13
测试ad受试者的血液中的dpp-4水平。针对升高的dpp-4水平，进一步选择治疗组和安慰剂组。治疗组接受曲罗芦单抗(一种il-13阻断单克隆抗体)和局部类固醇持续12周。如实施例5所述收集样品。
如图10所示，在未选择dpp-4水平升高的组中，约26％的治疗受试者达到iga0-1，而对于安慰剂受试者则为约12％。在选择dpp-4水平升高的组中，约35％的测试受试者达到iga0-1，而8％的安慰剂受试者达到iga0-1。在选择dpp-4水平升高的组中，约52％的治疗受试者达到easi-75，而对于安慰剂受试者则为约13％。
结果显示，曲罗芦单抗缓解了受试者的ad症状，并且在表现出血液dpp-4水平升高的患者中，曲罗芦单抗在更大程度上缓解了症状。
实施例11-ccl17在ad损伤和无损伤区域中的表达
使用本文所述的基于粘片的皮肤活检平台收集ad样品并进行分析。测试了损伤和无损伤区域以及正常皮肤的ccl17表达(图12a和图12b)。δct分析表明，尽管损伤样品中的变化更为严重，但ad受试者的损伤和无损伤样品中的变化模式相似，这表明无损伤样品可用作疾病诊断的模式。δct＝标准化基因表达变化(＝ct靶基因–ctactb)。δct值越大，意味着靶基因的表达越少。δct值越小，意味着靶基因的表达越多。
实施例12-ad样品中il-13、il-22和il-23a的表达水平
使用本文所述的基于粘片的皮肤活检平台收集ad样品并进行分析。测试了损伤和无损伤区域以及正常皮肤的il-13、il-22和il-23a表达水平(图13a、图13b、图14a、图14b、图15a和图15b)。δct分析显示，在健康的皮肤样品(三角形)中，所有三个细胞因子的基因表达水平都非常低，但在不同的ad样品(菱形)中显示出不同的基因表达模式。表达水平要么显著增加，如降低的ct所示，要么保持不变，如高ct所示。认为差异基因表达可能与疾病的“应答者”或“非应答者”有关，因此，il-13、il-22和il-23a的表达可能有助于筛选应答者与非应答者。
实施例13-ad样品中il-31和il-31r的表达水平
使用本文所述的基于粘片的皮肤活检平台收集ad样品并进行分析。测试了损伤和无损伤区域以及正常皮肤的il-31和il-31r表达水平(图16a、图16b、图17a、图17b、图18a和图18b)。与细胞因子il-4相似，il-31是另一种调节ad疾病的重要细胞因子。在损伤样品中检测到il-31有所升高。il-31受体(il-31r)在损伤样品中显示出降低的基因表达。
实施例14-ad样品中il-13和il31ra1的表达水平
根据图19所示的通路，提出il-13和il-4在ad中发挥作用。使用本文所述的基于粘片的皮肤活检平台收集ad样品并进行分析。测试了损伤和无损伤区域以及正常皮肤的il-13、il-13ra1和il4r表达。结果显示在图20a、图20b、图21a、图21b、图22a和图22b中。检测到il-13表达升高，并伴随其受体il-13ra1的基因表达降低。在样品中未检测到il-4基因表达，而与正常皮肤相比，ad样品中il-4r的表达水平显示保持不变。
这些结果表明il-13在ad疾病调控中比il-4发挥更重要的作用。
实施例15-ad样品中nos2的表达水平
使用本文所述的基于粘片的皮肤活检平台收集ad样品，并测定nos2表达水平。图23中的结果显示，与正常皮肤样品相比，ad样品的平均ct较低，表明在ad样品中的表达水平升高。
实施例16-针对狼疮的扩展的干扰素应答基因分析
使用本文所述的基于粘片的皮肤活检平台收集样品并进行分析。qrt-pcr测定的模块化结构使其可用于多种炎症性皮肤病，包括银屑病、特应性皮炎或狼疮。在狼疮中，该测定集中于嗜中性粒细胞介导的爆发中所涉及的21个靶标(参见图24)。靶标包括ifna1、ifna2、ifna4、ifnar1、ifnar2、ifnb1、ifne、ifnw1、adar、ccl5、ifit、ifi、irf、oas1、irak1、tnfaip3、atg5、tyk2、stat4、opn和krt。
通过qrt-pcr针对21个选择的靶标测试了中度至重度狼疮患者的损伤和无损伤粘片活检样品，以显示损伤皮肤、无损伤皮肤和非狼疮对照皮肤的基因表达特征的差异。
实施方案1：一种在疑似患有银屑病的受试者中检测il-17a、il-17f、il-8、cxcl5、s100a9和defb4a中至少两个的基因表达水平的方法，包括：(a)从获自所述受试者的皮肤样品中分离核酸，其中所述皮肤样品包括来自角质层的细胞；以及(b)通过使所述分离的核酸与一组探针接触，检测il-17a、il-17f、il-8、cxcl5、s100a9和defb4a中至少两个的表达水平，所述一组探针识别il-17a、il-17f、il-8、cxcl5、s100a9和defb4a中的至少两个，并检测il-17a、il-17f、il-8、cxcl5、s100a9和defb4a中的至少两个与所述一组探针之间的结合。
实施方案2：根据实施方案1所述的方法，其中所述方法包括检测il-17a、il-17f、il-8、cxcl5、s100a9和defb4a中的至少三个、至少四个或至少五个的表达水平。
实施方案3：根据实施方案1所述的方法，其中所述方法包括检测il-17a、il-17f、il-8、cxcl5、s100a9和defb4a的表达水平。
实施方案4：根据实施方案1所述的方法，其中所述方法包括检测il-17a、il-17f、il-8、cxcl5和s100a9的表达水平。
实施方案5：根据实施方案1所述的方法，其中所述方法包括检测il-17a、il-17f、il-8和cxcl5的表达水平。
实施方案6：根据实施方案1所述的方法，其中所述方法包括检测il-17a、il-17f和il-8的表达水平。
实施方案7：根据实施方案1所述的方法，其中所述方法包括检测il-17a和il-17f的表达水平。
实施方案8：根据实施方案1-7中任一项所述的方法，其中与来自对照样品的等同基因的基因表达水平相比，所述表达水平是上调的基因表达水平。
实施方案9：根据实施方案8所述的方法，其中il-17a、il-17f、il-8、cxcl5、s100a9和defb4a的基因表达水平上调。
实施方案10：根据实施方案1-9中任一项所述的方法，其中所述一组探针识别至少两个但不超过六个基因。
实施方案11：根据实施方案1所述的方法，其中所述检测包括使所述分离的核酸与额外的一组探针接触，所述额外的一组探针识别il-17c、s100a7、il-17ra、il-17rc、il-23a、il-22、il-26、il-24、il-6、cxcl1、tnfα、lcn2、ccl20、tnfrsf1a或其组合。
实施方案12：根据实施方案11所述的方法，其中所述额外的一组探针识别一个但不超过十四个基因。
实施方案13：一种在疑似患有银屑病的受试者中检测来自第一基因分类器和第二基因分类器的基因表达水平的方法，包括：(a)从获自所述受试者的皮肤样品中分离核酸，其中所述皮肤样品包括来自角质层的细胞；(b)通过使所述分离的核酸与一组探针接触，检测来自所述第一基因分类器：il-17a、il-17f、il-8、cxcl5、s100a9和defb4a的一个或多个基因的表达水平，所述一组探针识别来自所述第一基因分类器的一个或多个基因，并检测来自所述第一基因分类器的一个或多个基因与所述一组探针之间的结合；以及(c)通过使所述分离的核酸与额外的一组探针接触，检测来自所述第二基因分类器：il-17c、s100a7、il-17ra、il-17rc、il-23a、il-22、il-26、il-24、il-6、cxcl1、ifn-γ、il-31、il-33、tnfα、lcn2、ccl20和tnfrsf1a的一个或多个基因的表达水平，所述额外的一组探针识别来自所述第二基因分类器的一个或多个基因，并检测来自所述第二基因分类器的一个或多个基因与所述额外的一组探针之间的结合。
实施方案14：根据实施方案13所述的方法，其中所述方法包括检测来自所述第一基因分类器的il-17a和il-17f的表达水平。
实施方案15：根据实施方案13所述的方法，其中所述方法包括检测来自所述第一基因分类器的il-8、cxcl5、s100a9和defb4a的表达水平。
实施方案16：根据实施方案13所述的方法，其中所述方法包括检测来自所述第一基因分类器的il-17a、il-8和defb4a的表达水平。
实施方案17：根据实施方案13所述的方法，其中所述方法包括检测来自所述第一基因分类器的il-17f、cxcl5和s100a9的表达水平。
实施方案18：根据实施方案13所述的方法，其中所述方法包括检测来自所述第一基因分类器的il-17a、il-17f、il-8、cxcl5、s100a9和defb4a的表达水平。
实施方案19：根据实施方案13-18中任一项所述的方法，其中与来自对照样品的等同基因的基因表达水平相比，所述表达水平是上调的基因表达水平。
实施方案20：根据实施方案19所述的方法，其中il-17a、il-17f、il-8、cxcl5、s100a9或defb4a的基因表达水平上调。
实施方案21：根据实施方案13-20中任一项所述的方法，其中所述一组探针识别至少一个但不超过六个基因。
实施方案22：根据实施方案13-20中任一项所述的方法，其中所述额外的一组探针识别至少一个但不超过17个基因。
实施方案23：根据实施方案13-22中任一项所述的方法，其中所述方法进一步包括确定来自所述第二分类器的一个或多个基因的表达水平是上调的。
实施方案24：根据实施方案1-23中任一项所述的方法，进一步包括向所述受试者施用tnfα、il-17a或il-23的抑制剂。
实施方案25：根据实施方案24所述的方法，其中如果所述受试者的il-17a、il-17f、il-8、cxcl5、s100a9和defb4a中的至少两个的基因表达水平改变，则向所述受试者施用tnfα抑制剂，或提高所述治疗的水平。
实施方案26：根据实施方案24所述的方法，其中如果所述受试者的il-17a、il-17f、il-8、cxcl5、s100a9和defb4a中的至少两个的基因表达水平改变，则向所述受试者施用il-17a抑制剂，或提高所述治疗的水平。
实施方案27：根据实施方案24所述的方法，其中如果所述受试者的il-17a、il-17f、il-8、cxcl5、s100a9和defb4a中的至少两个的基因表达水平改变，则向所述受试者施用il-23抑制剂，或提高所述治疗的水平。
实施方案28：一种用tnfα、il-17a或il-23的抑制剂治疗受试者的方法，其中所述受试者患有银屑病，所述方法包括以下步骤：
通过以下方法确定所述受试者的基因表达水平是否改变：
从包括来自角质层的细胞的皮肤样品中分离核酸；以及
通过使所述分离的核酸与一组探针接触，对所述皮肤样品进行或已进行了表达分析，所述一组探针识别il-17a、il-17f、il-8、cxcl5、s100a9和defb4a中的至少两个，并检测il-17a、il-17f、il-8、cxcl5、s100a9和defb4a中的至少两个与所述一组探针之间的结合；以及
如果所述受试者的il-17a、il-17f、il-8、cxcl5、s100a9和defb4a中的至少两个的基因表达水平改变，则向所述受试者施用tnfα、il-17a或il-23的抑制剂或提高采用所述抑制剂的治疗的水平，以及
如果所述受试者的il-17a、il-17f、il-8、cxcl5、s100a9和defb4a中的至少两个的基因表达水平没有改变，则不施用所述抑制剂或终止采用所述抑制剂的治疗。
实施方案29：根据实施方案28所述的方法，其中如果所述受试者的il-17a、il-17f、il-8、cxcl5、s100a9和defb4a中的至少两个的基因表达水平改变，则向所述受试者施用tnfα抑制剂，或提高所述治疗的水平。
实施方案30：根据实施方案29所述的方法，其中所述改变的基因表达是表达的增加。
实施方案31：根据实施方案28所述的方法，其中如果所述受试者的il-17a、il-17f、il-8、cxcl5、s100a9和defb4a中的至少两个的基因表达水平改变，则向所述受试者施用il-17a抑制剂，或提高所述治疗的水平。
实施方案32：根据实施方案31所述的方法，其中所述改变的基因表达是表达的增加。
实施方案33：根据实施方案28所述的方法，其中如果所述受试者的il-17a、il-17f、il-8、cxcl5、s100a9和defb4a中的至少两个的基因表达水平改变，则向所述受试者施用il-23抑制剂，或提高所述治疗的水平。
实施方案34：根据实施方案33所述的方法，其中所述改变的基因表达是表达的增加。
实施方案35：根据实施方案28所述的方法，其中所述一组探针识别il-17a、il-17f和il-8中的至少两个。
实施方案36：根据实施方案28所述的方法，其中所述一组探针识别cxcl5、s100a9和defb4a。
实施方案37：一种在疑似患有特应性皮炎的受试者中检测il-13、il-31和tslp中至少两个的基因表达水平的方法，包括：(a)从获自所述受试者的皮肤样品中分离核酸，其中所述皮肤样品包括来自角质层的细胞；以及(b)通过使所述分离的核酸与一组探针接触，检测il-13、il-31和tslp中至少两个的表达水平，所述一组探针识别il-13、il-31和tslp中的至少两个，并检测il-13、il-31和tslp中的至少两个与所述一组探针之间的结合。
实施方案38：根据实施方案37所述的方法，其中所述方法包括检测il-13、il-31和tslp中至少两个或至少三个的表达水平。
实施方案39：根据实施方案37所述的方法，其中所述方法包括检测il-13、il-31和tslp的表达水平。
实施方案40：根据实施方案37所述的方法，其中所述方法包括检测il-13和il-31的表达水平。
实施方案41：根据实施方案37所述的方法，其中所述方法包括检测il-13和tslp的表达水平。
实施方案42：根据实施方案37所述的方法，其中与来自对照样品的等同基因的基因表达水平相比，所述表达水平是上调的基因表达水平。
实施方案43：根据实施方案42所述的方法，其中il-13、il-31和tslp的基因表达水平上调。
实施方案44：根据实施方案37所述的方法，其中所述一组探针识别至少两个但不超过三个基因。
实施方案45：根据实施方案37所述的方法，其中所述检测包括使所述分离的核酸与额外的一组探针接触，所述额外的一组探针识别il-13r、il-4r、il-17、il-22、cxcl9、cxcl10、cxcl11、s100a7、s100a8、s100a9、ccl17、ccl18、ccl19、ccl26、ccl27、nos2或其组合。
实施方案46：根据实施方案45所述的方法，其中所述额外的一组探针识别一个但不超过十六个基因。
实施方案47：一种在疑似患有特应性皮炎的受试者中检测来自第一基因分类器和第二基因分类器的基因表达水平的方法，包括：(a)从获自所述受试者的皮肤样品中分离核酸，其中所述皮肤样品包括来自角质层的细胞；(b)通过使所述分离的核酸与一组探针接触，检测来自所述第一基因分类器：il-13、il-31和tslp的一个或多个基因的表达水平，所述一组探针识别来自所述第一基因分类器的一个或多个基因，并检测来自所述第一基因分类器的一个或多个基因与所述一组探针之间的结合；以及(c)通过使所述分离的核酸与额外的一组探针接触，检测来自所述第二基因分类器：il-13r、il-4r、il-17、il-22、cxcl9、cxcl10、cxcl11、s100a7、s100a8、s100a9、ccl17、ccl18、ccl19、ccl26、ccl27和nos2的一个或多个基因的表达水平，所述额外的一组探针识别来自所述第二基因分类器的一个或多个基因，并检测来自所述第二基因分类器的一个或多个基因与所述额外的一组探针之间的结合。
实施方案48：根据实施方案47所述的方法，其中所述方法包括检测来自所述第一基因分类器的il-13和il-31的表达水平。
实施方案49：根据实施方案47所述的方法，其中所述方法包括检测来自所述第一基因分类器的il-31和tslp的表达水平。
实施方案50：根据实施方案47所述的方法，其中所述方法包括检测来自所述第一基因分类器的il-13和tslp的表达水平。
实施方案51：根据实施方案47-50中任一项所述的方法，其中与来自对照样品的等同基因的基因表达水平相比，所述表达水平是上调的基因表达水平。
实施方案52：根据实施方案51所述的方法，其中il-13、il-31或tslp的基因表达水平上调。
实施方案53：根据实施方案47-52中任一项所述的方法，其中所述一组探针识别至少一个但不超过三个基因。
实施方案54：根据实施方案47-52中任一项所述的方法，其中所述额外的一组探针识别至少一个但不超过16个基因。
实施方案55：根据实施方案47-54中任一项所述的方法，其中所述方法进一步包括确定来自所述第二分类器的一个或多个基因的表达水平是上调的。
实施方案56：根据实施方案37-55中任一项所述的方法，进一步包括向所述受试者施用il-13、pde4或il-31的抑制剂。
实施方案57：根据实施方案56所述的方法，其中如果所述受试者的il-13、il-31或tslp中的至少两个的基因表达水平改变，则向所述受试者施用il-13抑制剂，或提高所述治疗的水平。
实施方案58：根据实施方案57所述的方法，其中所述il-13抑制剂为来瑞组单抗或曲罗芦单抗。
实施方案59：根据实施方案56所述的方法，其中如果所述受试者的il-13、il-31或tslp中的至少两个的基因表达水平改变，则向所述受试者施用pde4抑制剂，或提高所述治疗的水平。
实施方案60：根据实施方案56所述的方法，其中如果所述受试者的il-13、il-31或tslp中的至少两个的基因表达水平改变，则向所述受试者施用il-31抑制剂，或提高所述治疗的水平。
实施方案61：一种用与白细胞介素-13(il-13)或白细胞介素-13受体(il-13r)特异性结合的抗体治疗受试者的方法，其中所述受试者患有特应性皮炎，所述方法包括以下步骤：
通过以下方法确定所述受试者的基因表达水平是否改变：
从包括来自角质层的细胞的皮肤样品获得或已获得分离的核酸；以及
通过使所述分离的核酸与一组探针接触，对所述皮肤样品进行或已进行了表达分析，所述一组探针识别il-13、il-31和tslp中的至少两个，并检测il-13、il-31和tslp中的至少两个与所述一组探针之间的结合；以及
如果所述受试者的il-13、il-31和tslp中的至少两个的基因表达水平改变，则向所述受试者施用与il-13或il-13r特异性结合的抗体，以及
如果所述受试者的il-13、il-31和tslp中的至少两个的基因表达水平没有改变，则不施用与il-13或il-13r特异性结合的所述抗体。
实施方案62：根据实施方案61所述的方法，其中如果所述受试者的il-13、il-31和tslp中的至少两个的基因表达改变，则向所述受试者施用il-13或il-13r的抑制剂，或提高治疗的水平。
实施方案63：根据实施方案62所述的方法，其中所述改变的基因表达是表达的增加。
实施方案64：根据实施方案61所述的方法，其中与il-13特异性结合的所述抗体是来瑞组单抗或曲罗芦单抗。
实施方案65：根据实施方案61所述的方法，其中与il-13r特异性结合的所述抗体是度匹鲁单抗。
实施方案66：根据实施方案1-65中任一项所述的方法，其中所述核酸包括rna、dna或其组合。
实施方案67：根据实施方案66所述的方法，其中所述rna是mrna。
实施方案68：根据实施方案66所述的方法，其中所述rna是无细胞循环rna。
实施方案69：根据实施方案1-68中任一项所述的方法，其中来自角质层的所述细胞包括t细胞或t细胞的组分。
实施方案70：根据实施方案1-68中任一项所述的方法，其中来自角质层的所述细胞包括角质形成细胞。
实施方案71：根据实施方案1-70中任一项所述的方法，其中所述皮肤样品通过以足以将细胞粘附至粘片的方式将所述粘片施加于所述受试者的皮肤区域，并以足以将所述粘附的细胞保持在所述粘片上的方式从所述皮肤区域取下所述粘片来获得。
实施方案72：根据实施方案1-70中任一项所述的方法，其中所述皮肤样品通过以足以将细胞粘附至每个粘片的方式将多个所述粘片施加于所述受试者的皮肤区域，并以足以将所述粘附的细胞保持在每个所述粘片上的方式从所述皮肤区域取下每个所述粘片来获得。
实施方案73：根据实施方案72所述的方法，其中所述多个粘片包括至少4个粘片。
实施方案74：根据实施方案1-73中任一项所述的方法，其中从所述皮肤样品分离的核酸的量为约100皮克至约100微克、约200皮克至约10微克或约500皮克至约1微克。
实施方案75：根据实施方案1-74中任一项所述的方法，其中在1周、2周、3周、1个月、2个月、6个月或更长时间的过程中监测基因的表达水平。
实施方案76：根据前述实施方案中任一项所述的方法，其中所述受试者是人。
尽管本文中已经示出并描述了本发明的优选实施方案，但对于本领域技术人员显而易见的是，这些实施方案仅以示例的方式提供。本领域技术人员在不脱离本发明的情况下现将想到多种变化、改变和替代。应当理解，本文中所述的本发明的实施方案的各种可替选方案可用于实施本发明。以下权利要求旨在限定本发明的范围，并由此涵盖这些权利要求范围内的方法和结构及其等同方案。
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