用于鉴定可用抗egfr药物治疗的食管癌患者的生物标志物的制作方法
【专利说明】用于鉴定可用抗EGFR药物治疗的食管癌患者的生物标志 物
[0001] 相关申请的交叉引用
[0002] 本申请要求2012年7月31日提交的国际专利申请号PCT/CN2012/079411的优先 权，其在此通过提述以其整体并入。 发明领域
[0003] 本发明涉及食管癌患者的治疗以及用于使用针对表皮生长因子受体（EGFR)的药 物的治疗，如抗EGFR抗体治疗，例如，西妥昔单抗（cetuximab)，的食管癌患者的鉴定和选 择。
[0004] 发明背景
[0005] 食管癌（ESC)是最致命的癌症之一，其具有低于10%的5年生存率（全国食管-胃 癌审查：一项在英格兰和威尔士对患有食管-胃癌的人士获得的护理的审查。第三次年度 报告伦敦，NHS信息中心；2010)。现有两种主要的ESC组织学类型：鳞状细胞癌（SCC)和腺 癌（ADC)。除手术外，标准的治疗选择为化学放射疗法（CRT)。所有这些都具有有限的效 果。食管SCC在中国的部分地区特别流行，且没有有效的靶向疗法。本领域对食管癌的治 疗存在需要。
[0006] 本发明满足了该需要并提供了用于有效治疗食管癌的方法。 发明概要
[0007] 本发明提供了用于在患者中通过抗表皮生长因子受体（EGFR)作用剂治疗食管癌 的方法。
[0008] 在一些实施方案中，所述方法包括对患者施用有效量的抗EGFR作用剂。在一些实 施方案中，所述药物直接靶向EGFR。在一些实施方案中，所述药物靶向EGFR的下游信号传 导途径。在一些实施方案中，所述药物是EGFR配体的拮抗剂或抗体，举例来说，表皮生长因 子（EGF)、转化生长因子a(TGFa)、HB-EGF、双调蛋白（amphiregulin)、β细胞素、epigen 和/或表皮调节素的拮抗剂或抗体。在一些实施方案中，所述药物是小分子。在一些实施 方案中，所述药物针对由EGFR和ErbB受体家族的其他成员如EfbB2/Her2/neu形成的异二 聚体。在一些实施方案中，所述药物针对由EGFR形成的同二聚体。在一些实施方案中，所 述药物是抗EGFR作用剂，其包括抗EGFR抗体疗法，例如，西妥昔单抗。
[0009] 本发明进一步提供了用抗EGFR作用剂治疗的方法，其中用抗EGFR作用剂进行治 疗的患者具有一种或多种EGFR生物标志物。在一些实施方案中，所述抗EGFR作用剂包括 抗EGFR抗体。在一些实施方案中，所述抗EGFR抗体包括西妥昔单抗。
[0010] 本发明还提拱了用于检测一种或多种EGFR生物标志物存在或不存在以及当一种 或多种EGFR生物标志物存在时用抗EGFR作用剂治疗患者。在一些实施方案中，所述抗EGFR 作用剂包括抗EGFR抗体。在一些实施方案中，所述抗EGFR抗体包括西妥昔单抗。
[0011]本发明进一步提供用于鉴定抗EGFR作用剂疗法的应答者和/或非应答者患者的 方法。在一些实施方案中，所述抗EGFR作用剂包括抗EGFR抗体。在一些实施方案中，所述 抗EGFR抗体包括西妥昔单抗。应答者和非应答者患者通过在从患有食管癌的患者获得的 生物样品中检测一种或多种EGFR生物标志物的存在或不存在进行鉴定。根据本方法，一种 或多种EGFR生物标志物的存在指示抗EGFR作用剂疗法的应答者，且一种或多种EGFR生物 标志物的不存在指示抗EGFR作用剂疗法的非应答者。
[0012] 本发明还提供了用于确定在患者中用于治疗食管癌的治疗方案的方法。在这方 面，所述方法包括在来自患有食管癌的患者的生物样品中检测一种或多种EGFR生物标志 物的存在或不存在。一种或多种EGFR生物标志物的存在指示所述患者是抗EGFR作用剂 疗法的应答者，且EGFR生物标志物的不存在指示所述患者是抗EGFR作用剂疗法的非应答 者。在一些实施方案中，所述抗EGFR作用剂包括抗EGFR抗体。在一些实施方案中，所述 抗EGFR抗体包括西妥昔单抗。当一种或多种EGFR生物标志物存在时，所述患者随后用抗 EGFR作用剂疗法进行治疗。
[0013]本发明还提供了通过检测在来自接受标准食管癌护理或抗EGFR作用剂疗法的患 者的生物样品中一种或多种EGFR生物标志物的存在或不存在用于变更或修改抗EGFR作用 剂疗法的治疗方案并基于一种或多种EGFR生物标志物在所述生物样品中的存在或不存在 变更和修改治疗方案的方法。在一些实施方案中，所述抗EGFR作用剂包括抗EGFR抗体。在 一些实施方案中，所述抗EGFR抗体包括西妥昔单抗。举例来说，当一种或多种EGFR生物标 志物存在时，持续抗EGFR作用剂疗法，而当一种或多种EGFR生物标志物不存在时，终止抗 EGFR作用剂疗法。
[0014]本发明进一步提供了选择可用抗EGFR作用剂疗法治疗的患有食管癌的患者的方 法。这些方法包括检测来自所述患者的生物样品中一种或多种EGFR生物标志物存在或不 存在，其中一种或多种EGFR生物标志物的存在指示抗EGFR作用剂疗法的应答者，且EGFR 生物标志物的不存在指示抗EGFR作用剂疗法的非应答者。随后选择存在一种或多种EGFR 生物标志物的患者用于抗EGFR作用剂疗法的治疗。在一些实施方案中，所述抗EGFR作用 剂包括抗EGFR抗体。在一些实施方案中，所述抗EGFR抗体包括西妥昔单抗。
[0015]对于本发明的所述方法，所述EGFR生物标志物可以是EGFR基因的活性和/或扩 增、EGFR表达、EGFRRNA水平、EGFR活性、EGFR途径激活或EGFR途径信号传导的任何体 内或体外指示剂，其与对照组相比时可为增加或减少。在一个实施方案中，EGFR生物标志 物包括任何形式的与EGFR活性相关的在DNA、RNA或蛋白质水平的突变，例如，EGFR的激 活或基因的扩增。在另一实施方案中，EGFR生物标志物包括直接或间接与EGFR活性相关 的任何量度，例如，EGFR的激活或基因的扩增。在另一实施方案中，EGFR生物标志物包括 L858R/T790M双突变，插入突变（外显子20:2319-2320AACCCCCAC)以及缺失突变（外显子 19:2236-2350)。在另一实施方案中，EGFR生物标志物包括与EGFR活性相关且在有SCC组 织学的食管癌背景下的任何生物标志物。在一些实施方案中，所述方法包括检测EGFR的蛋 白质表达水平。EGFR的蛋白质表达水平可通过本领域的技术人员已知的任何合适的方法进 行确定。在一些实施方案中，所述蛋白质表达水平通过免疫组织化学（IHC)、免疫印迹、蛋白 质免疫染色、蛋白质免疫沉淀、免疫电泳、免疫印迹、BCA测定法、分光光度法、质谱法或酶测 定法进行确定。
[0016]本发明还提供了为确定、评估或监测食管癌的治疗或治疗效力提供有用信息的方 法。所述方法包括在来自患者的生物样品中确定一种或多种EGFR生物标志物的存在或不 存在，并向实体提供所述一种或多种EGFR生物标志物存在或不存在的确定结果，所述实体 基于一种或多种EGFR生物标志物的存在或不存在来提供对治疗或治疗效力的确定或评 估。
[0017] 本发明还提供试剂盒。所述试剂盒包括用于测量生物样品中一种或多种EGFR生 物标志物的试剂以及任选的用于使用所述一种或多种EGFR生物标志物的结果来确定食管 癌的疗法的说明书。举例来说，一种或多种EGFR生物标志物的存在指示抗EGFR作用剂疗 法的应答者，且EGFR生物标志物的不存在指示抗EGFR作用剂疗法的非应答者。
[0018] 附图简述
[0019] 图1表明代表性的ESC-SCCHuPrime?对西妥昔单抗的应答。如图所示，小鼠接 受lmg的西妥昔单抗或媒介对照（盐水）。
[0020] 图2表明西妥昔单抗在ESC-SCC模型中的药物动力学效果。用与图1所述相同 的作用剂进行单剂量治疗。在所示的时间点收获GA022肿瘤样品用于pERK生物标志物的 IHC分析：IHC图像㈧和IHC分数（B)。代表性的照片（400x)展示了在用单剂量治疗的 GAM022异种移植中pERK生物标志物的阳性细胞核和细胞质染色。当第一抗体用作为阴性 对照的正常兔IgG替代时，无可检测的免疫染色。
[0021] 图3概括了西妥昔单抗的活性和EGFR的参数。从上至下的小图表明通过ΔΤ/ΔC 值测量的对肿瘤应答的定量、通过基因芯片分析测量的EGFRmRNA表达和EGFR表达。
[0022] 图4表明代表性的FISH分析。左图：ES110P5,以及右图：患者样品（PA)。
[0023] 图5的柱状图定量小图，从上至下表明通过ΔΤ/AC值测量的对肿瘤应答的定 量、通过基因芯片分析测量的EGFR表达、EGFR基因拷贝数（PICNIC)和EGFR基因拷贝数 (PennCNV)〇
[0024] 图6表明对结果的柱状图总结。小图从上至下表明通过ΔΤ/AC值测量的对肿瘤 应答的定量、通过基因芯片分析测量的EGFR表达、EGFR基因拷贝数（PICNIC)和EGFR基因 拷贝数（PennCNV)。
[0025] 发明详述
[0026] 本发明部分是基于抗EGFR作用剂可用于治疗食管癌的发现。此外，其部分上还基 于EGFR生物标志物可用作预测性的生物标志物用于确定患者是否会对抗EGFR作用剂疗法 应答的发现。相应地，本发明提供了用于治疗食管癌的方法以及用于鉴定适合于用抗EGFR 作用剂疗法治疗的食管癌患者的方法。在一些实施方案中，所述药物靶向EGFR。在一些实 施方案中，所述药物靶向EGFR下游的信号传导途径。在一些实施方案中，所述药物是EGFR 配体的拮抗剂或抗体，举例来说，表皮生长因子（EGF)、转化生长因子a(TGFa)、HB_EGF、 双调蛋白、β细胞素、epigen和/或表皮调节素的拮抗剂或抗体。在一些实施方案中，所 述药物是小分子。在一些实施方案中，所述药物针对由EGFR和ErbB受体家族的其他成员 如EfbB2/Her2/neu形成的异二聚体。在一些实施方案中，所述药物针对由EGFR形成的同 二聚体。
[0027] 本发明提供了在患者中治疗食管癌的方法，其包括对患者施用有效量的抗EGFR 作用剂疗法。在一些实施方案中，正在用抗EGFR作用剂治疗的患者具有一种或多种EGFR 生物标志物。
[0028] 在一些实施方案中，本发明提供了在有一种或多种EGFR生物标志物的患者中治 疗食管癌的方法，其包括对患者施用有效量的抗EGFR作用剂疗法。在一些其他实施方案 中，本发明提供了在有一种或多种EGFR生物标志物的患者中治疗食管癌的方法，其包括对 所述患者施用有效量的抗EGFR抗体疗法，例如，西妥昔单抗。
[0029] 在一些实施方案中，本发明提供了用于在患者中治疗食管癌的方法，其包括检测 一种或多种EGFR生物标志物的存在或不存在。当一种或多种EGFR生物标志物存在时，随 后用有效量的抗EGFR作用剂疗法对患者进行治疗。
[0030] 在一些实施方案中，本发明还提供了用于鉴定应答者和非应答者患者的方法，其 包括在来自患有食管癌的患者的生物样品中检测一种或多种EGFR生物标志物的存在或不 存在。一种或多种EGFR生物标志物的存在指示抗EGFR作用剂疗法的应答者，而一种或多 种EGFR生物标志物的不存在指示抗EGFR作用剂疗法的非应答者。
[0031] 在一些实施方案中，本发明提供了用于确定用于在患者中治疗食管癌的治疗方案 的方法。这些方法包括在来自患有食管癌患者的生物样品中检测一种或多种EGFR生物标 志物的存在或不存在。一种或多种EGFR生物标志物的存在指示抗EGFR作用剂疗法的应答 者，而EGFR生物标志物的不存在指示抗EGFR作用剂疗法的非应答者。当一种或多种EGFR 生物标志物存在时，所述方法可进一步包括用抗EGFR作用剂疗法治疗患者。
[0032] 在一些实施方案中，本发明提供用于变更抗EGFR作用剂疗法的治疗方案的方法。 这些方法包括在生物样品中检测一种或多种EGFR生物标志物的存在或不存在，并基于一 种或多种EGFR生物标志物的存在或不存在变更所述治疗方案。当一种或多种EGFR生物标 志物存在时，持续抗EGFR作用剂疗法且在某些情况下根据医学领域已知的方法进行变更， 而当一种或多种EGFR生物标志物不存在时，终止抗EGFR作用剂疗法。
[0033] 在一些实施方案中，本发明提供了用于选择用抗EGFR作用剂疗法治疗的患有食 管癌的患者的方法，其包括在来自患者的生物样品中检测一种或多种EGFR生物标志物的 存在或不存在。一种或多种EGFR生物标志物的存在指示抗EGFR作用剂疗法的应答者，且 EGFR生物标志物的不存在指示抗EGFR作用剂疗法的非应答者。所述方法进一步提供为用 抗EGFR作用剂疗法进行的治疗选择那些存在一种或多种EGFR生物标志物的患者。
[0034] 一种或多种EGFR生物标志物的存在指示抗EGFR作用剂疗法的应答者。在一些实 施方案中，所述一种或多种EGFR生物标志物在抗EGFR作用剂疗法之前进行检测。在一些 实施方案中，对所述一种或多种EGFR生物标志物在抗EGFR作用剂疗法的过程中进行检测。 在一些实施方案中，对所述一种或多种EGFR生物标志物在抗EGFR作用剂疗法后进行检测。
[0035] 根据本发明的应答者是展示治疗效力的个体，而非应答者不展现治疗效力。短语 "确定治疗效力"或"确定疗法的效力"及其变化可包括任何用于确定疗法为受试体提供益 处的方法。术语"治疗效力"及其变化一般通过与疾病相关