用于鉴定可用抗egfr药物治疗的食管癌患者的生物标志物的制作方法_5

文档序号:9649786阅读:来源:国知局
型所观察到的显著较低的对西妥昔单抗的RR的形成鲜明 对比,这些癌症类型包括结肠直肠癌(CRC)(ChenD,等CetuximabresponseinAsianCRC patienet-derivedxenograftsispredictedbyRASpathwayactivationnotKRAS mutationstatus.提交中)、胃癌(GC)(Li等,未发表的观察结果)和NSCLC(YangM,等 Squamousnon-smallcelllungcancer(NSCLC-SCC)patient-derivedxenografts(PDX) fromAsianpatienthavehighresponserate(RR)tocetuximabthanthosefrom non-SCCpatient.提交中))。多例ESC-SCC对西妥昔单抗的强应答提示EGFR在驱动它们 的癌症形成中可能扮演至关重要的角色。因此西妥昔单抗可以是用于ESC-SCC的有效疗 法,特别是针对亚洲患者,如东亚患者。
[0088] 随后通过实施单剂量药物动力学研究对EGFR信号传导是否确实在这些通过西妥 昔单抗治疗的肿瘤中失活进行了研究。带有肿瘤的动物用lmg/kg的单剂量西妥昔单抗进 行治疗,且在不同时间点收获肿瘤(给药后2、6和24小时)。通过IHC染色检测组织的 pEGFR,以及pERK和ρΑΚΤ,两个关键下游信号传导生物标志物。ES110IHC分析的代表性实 例示于图2Α(图像)和2Β(分数量化)。该结果清楚表明所有这些信号传导生物标志物的 降低。
[0089] EGFR基因扩增和/或过表达在展示最强应答的ESC-SCCHuftrfme?亚组中似乎 是强致癌驱动者。虽然几乎所有测试的ESC-SCC模型目前都证实了应答,但所述应答的程 度有很大变化,且因此表明在模型中的遗传变异可能控制了所述应答。因此对在这些模型 中可能控制了观察到的应答的遗传和基因组生物标志物进行了研究。由于EGFR是对于应 答者的治疗靶和明显的致癌驱动者,因此首先致力于对这些模型的EGFR进行研究。
[0090] 使用IHC,一种临床上通常使用的方法,对EGFR的表达进行了确认。结果表明所有 ESC-SCC都在蛋白质水平表达EGFR。接下来,使用AffymetixHG-U219基因芯片分析在mRNA 水平对EGFR的表达进行了研究。有趣的是,在所有这些模型中,应答程度全部与EGFR的水 平相关(表1和图3)。由于经由更高表达的EGFR的更高活性可能在这些肿瘤中驱动致癌 的转化,通过西妥昔单抗的失活可抑制肿瘤生长,因此该观察似乎合理。
[0091] 此外,还使用AffymetrixSNP6和/或qPCR通过首先检测基因拷贝的变化对在更 高的EGFR表达背后的基因缺陷进行了研究。有趣的是,所有应答者/EGFR高表达者都具有 相应的EGFR基因扩增(表1和图3)。该观察结果提示EGFR基因扩增在应答者中可能是关 键的致癌驱动者且在ESC-SCC中是用于预测对西妥昔单抗的应答的潜在实用生物标志物。 为进一步确认基因扩增,实施了EGFR-荧光原位杂交或FISH,一种实用的临床测定,来评估 所有这些模型的EGFR基因扩增状态。FISH数据确实证实了由SNP6所见的观察结果。举例 来说,图3,底部图,描述了GA110FISH分析,清楚表明了EGFR的扩增(图4,左图)。临床上 接受的FISH使得在临床上对西妥昔单抗疗法的伴随诊断的开发成为可能。
[0092] 一个重要的问题是PDX来源的原始肿瘤是否也具有在模型中发现的相同基因扩 增,或更高表达。为此,进一步将该患者肿瘤样品与测试的样品共同分析。在所测试的患者 样品中,证实了扩增。图4,右图,证明了原始的患者样品也具有EGFR的基因扩增。
[0093] 此外,对激活突变的多个常见致癌基因包括KRAS、EGFR、AKT、c-met和BRAF等也 进行了分析。有意思的是,忽略对西妥昔单抗的应答水平,所测试的模型在测试的致癌基因 中,包括KRAS、BRAF、AKT、PI3KC、c-met、c-kit等,没有展示任何激活突变(表1)。
[0094] 讨论
[0095] 这些研究清楚证明了从中国患者建立的ESC-SCCI-IuPrime?模型大多在某种程 度上对西妥昔单抗应答。应答的程度与EGFR的基因表达和拷贝数相关。具有基因扩增 和升高表达的那些对西妥昔单抗应答显著更佳。该数据因此表明西妥昔单抗可以是对于 ESC-SCC患者的有效治疗选择,特别是来自东亚的患者。此外,该数据还支持了EGFR基因 扩增可作为预测性生物标志物用于ESC-SCC患者中推定的西妥昔单抗应答者。针对EGFR 基因扩增的EGFRFISH测定常规用于临床以及ESC-SCC治疗的伴随诊断。因此,这样的预期 试验可轻松实施。临床上的确认可促进西妥昔单抗用于治疗ESC-SCC患者的用途的监管许 可,其为ESC-SCC患者提供了第一种靶向疗法。
[0096] ESC-SCCHuPrime?模型对西妥昔单抗的应答依赖于EGFR的高表达和高拷贝 数,与表达和拷贝数显著作用较低的NSCLC和CRCFIuPrinie妒(ChenD,等,Cetuximab responseinAsianCRCpatient-derivedxenograftsispredictedbyRASpathway activationnotKRASmutationstatus,insubmissionandYangM,等Squamous non-smallcelllungcancer(NSCLC-SCC)patient-derivedxenografts(PDX)from Asianpatientshavehighresponserate(RR)tocetuximabthanthosefromnon-SCC patients,insubmission)形成鲜明对比。在ESC-SCC中EGFR过表达(升高的基因 拷贝数)_西妥昔单抗应答关系与GC中Her2过表达(升高的基因拷贝数)-曲妥单抗 (trastuzumab)应答关系相似。该相似性提供了用于针对ESC-SCC的西妥昔单抗疗法的伴 随诊断的清楚可行的开发和监管途径(developmentandregulatorypath),正如用于曲 妥单抗的伴随诊断。
[0097] 总之,在15例测试的食管SCCPDX模型中,其在某种程度上全部对西妥昔单抗应 答,与那些在其他癌症类型中的发现相比伴随显著更高的应答率(RR)。表达概况分析和拷 贝数变化分析揭示了所述应答与EGFR基因扩增和高表达直接相关。该数据表明EGFR是针 对该疾病的关键癌症驱动者。西妥昔单抗是针对食管SCC患者的治疗选择,且EGFR基因扩 增/表达是针对该ESC亚组的预测性生物标志物。
[0098] 前述内容仅仅说明了本发明的原理。本领域的技术人员将能够设计不同的方案, 这些方案虽然未被本文明确阐述或展示,但体现本发明的原理,并且包括在本发明的精神 和范围之内。此外,本文记载的所有实施例和条件性语言主要意在使读者理解本发明的原 理和由发明者提出的推进技术的概念,且不应该被理解为对这些特定的记载的实施例和条 件的限制。
[0099] 此外,本文记载的原理、方面和本发明的实施方案及其特定实施例的全部声明都 意在涵盖其结果上和功能上的等同物。此外,这些等同物意在包括目前已知的等同物和未 来发展出的等同物两者,即开发的实施相同功能的任何元素,而无论结构如何。因此本发明 的保护范围意在不限于本文所示和描述的示例性实施方案。本发明的保护范围和精神进一 步由附加的权利要求体现。
【主权项】
1. 一种用于在患者中治疗食管癌的方法,其包括对所述患者施用有效量的抗EGFR作 用剂疗法。2. 权利要求1的方法,其中所述患者具有一种或多种EGFR生物标志物。3. -种用于在患者中治疗食管癌的方法,其包括检测一种或多种EGFR生物标志物的 存在或不存在以及当一种或多种EGFR生物标志物存在时用抗EGFR作用剂疗法治疗患者。4. 一种用于鉴定应答者和/或非应答者患者的方法,其包括在来自患有食管癌的患者 的生物样品中检测一种或多种EGFR生物标志物的存在或不存在,其中一种或多种EGFR生 物标志物的存在指示抗EGFR作用剂疗法的应答者且EGFR生物标志物的不存在指示抗EGFR 作用剂疗法的非应答者。5. -种用于确定在有需要的患者中用于治疗食管癌的治疗方案的方法,其中包括在来 自患有食管癌的患者的生物样品中检测一种或多种EGFR生物标志物的存在或不存在,其 中一种或多种EGFR生物标志物的存在指示抗EGFR作用剂疗法的应答者且EGFR生物标志 物的不存在指示抗EGFR作用剂疗法的非应答者,且当一种或多种EGFR生物标志物存在时 用抗EGFR作用剂疗法治疗所述患者。6. -种用于变更抗EGFR作用剂疗法的治疗方案的方法,其包括在来自接受抗EGFR作 用剂疗法的患者的生物样品中检测一种或多种EGFR生物标志物的存在或不存在并基于 一种或多种EGFR生物标志物在所述生物样品中的存在变更治疗方案,其中当一种或多种 EGFR生物标志物存在时持续所述疗法。7. -种选择患有食管癌的患者用于用抗EGFR作用剂疗法治疗的方法,其包括在来自 所述患者的生物样品中检测一种或多种EGFR生物标志物的存在或不存在,其中一种或多 种EGFR生物标志物的存在指示抗EGFR作用剂疗法的应答者且EGFR生物标志物的不存在 指示抗EGFR作用剂疗法的非应答者,并选择存在一种或多种EGFR生物标志物的那些患者 用于用抗EGFR作用剂疗法的治疗。8. 权利要求2-7任一项的方法,其中所述EGFR生物标志物选自EGFR基因的扩增、EGFR 的表达、EGFRRNA水平、组成型活性的EGFR、EGFR活性、EGFR途径激活或EGFR途径信号传 导。9. 权利要求8的方法,其中所述EGFR基因的扩增是与预先确定的参照EGFR基因拷贝 数目相比的EGFR基因拷贝数目的增加。10. 权利要求9的方法,其中所述EGFR基因拷贝数目选自至少3、4、5和6个或更多拷 贝。11. 权利要求1-11任一项的方法,其中所述患者是亚裔(Asiandescent)。12. 权利要求1-11任一项的方法,其中所述食管癌是食管鳞状细胞癌。13. 权利要求1-12任一项的方法,其中所述抗EGFR作用剂疗法是抗EGFR抗体疗法。14. 权利要求1-12任一项的方法,其中所述抗EGFR作用剂疗法是西妥昔单抗、其生物 类似物或衍生物的疗法。15. 权利要求1-12任一项的方法,其中所述抗EGFR作用剂疗法与一种或多种化学疗 法、放射疗法、化学放射疗法或靶向疗法共同施用。16. 权利要求15的方法,其中所述化学疗法选自:长春碱(vinblastine)、长 春新碱(vincristine)、更生霉素(dactinomycin)、柔红霉素(daunorubicin)、阿 霉素(doxorubicin)、依托泊苷(etoposide)、光神霉素(mithramycin)、紫杉醇 (paclitaxel)、多西他赛(docetaxel)、顺钼(cisplatin)、卡钼(carboplatin)、氣尿啼啶 (fluorouracil)、亚叶酸(folinicacid)和依立替康(irinotecan)。17. 权利要求15的方法,其中所述革巴向疗法选自:贝伐单抗(bevacizumab)、曲 妥珠单抗(trastuzumab)、厄洛替尼(erlotinib)、帕尼单抗(panitumumab)、索拉非 尼(sorafenib)、英夫利昔单抗(infliximab)、阿达木单抗(adalimumab)、巴利昔单抗 (basiliximab)、达利珠单抗(daclizumab)和奥马珠单抗(omalizumab)。18. -种为确定、评估或监测用抗EGFR抗体疗法对食管癌的治疗或治疗效力提供有用 信息的方法,其包括在来自患者的生物样品中确定一种或多种EGFR生物标志物的存在或 不存在,并向实体提供所述一种或多种EGFR生物标志物存在或不存在的确定结果,所述实 体基于一种或多种EGFR生物标志物的存在或不存在来提供对治疗或效力的确定或评估。19. 一种试剂盒,其包含用于在生物样品中测量一种或多种EGFR生物标志物的试剂以 及任选的用于使用所述测量的说明书,其中所述一种或多种EGFR生物标志物的存在指示 抗EGFR作用剂疗法的应答者且一种或多种EGFR生物标志物的不存在指示抗EGFR作用剂 疗法的非应答者。20. 权利要求7的方法,其中所述方法包括检测EGFR的蛋白质表达水平。21. 权利要求20的方法,其中所述蛋白质表达水平通过免疫组织化学(IHC)、免疫印 迹、蛋白质免疫染色、蛋白质免疫沉淀、免疫电泳、免疫印迹、BCA测定法、分光光度法、质谱 法或酶测定法进行确定。
【专利摘要】本发明提供了用于治疗食管癌患者的方法以及可用抗EGFR作用剂疗法,包括抗EGFR抗体疗法,例如,西妥昔单抗(cetuximab)疗法,治疗的食管癌患者的鉴定和选择。在一些实施方案中,所述药物针对由EGFR和另一ErbB受体家族成员如EfbB2/Her2/neu形成的异二聚体。
【IPC分类】A61K39/00
【公开号】CN105407913
【申请号】CN201380050712
【发明人】H·Q·李, 杨劼, 邓建云
【申请人】中美冠科生物技术(太仓)有限公司
【公开日】2016年3月16日
【申请日】2013年7月31日
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