衣原体抗原的制作方法

专利名称：衣原体抗原的制作方法
衣原体抗原本发明涉及编码来自衣原体(Chlamydia)物种的抗原的分离的核酸分子、包括 此类核酸分子的载体和包括此类载体的宿主细胞。此外，本发明提供来自来自衣原体 (Chlamydia)物种的抗原、以及其片段和变体、用于生产此类抗原的方法和用于生产表达此 类抗原的细胞的方法。更具体地此类抗原由肺炎衣原体(Chlamydia pneumoniae)生产或 与由肺炎衣原体(Chlamydia pneumoniae)引起的细菌感染相关。此外，本发明提供与此类 抗原结合的抗体、生产此类抗体的杂交瘤细胞、用于生产此类抗体的方法、包括此类核酸分 子、抗原、载体或抗体的药物组合物、此类核酸分子、抗原、载体或抗体在制备药物组合物上 的用途、用于鉴定能够结合此类抗原或降低或抑制此类抗原的相互作用活性的拮抗剂的方 法、用于诊断衣原体(Chlamydia)感染的方法和用于治疗或预防衣原体(Chlamydia)感染 的方法。肺炎衣原体(Chlamydia pneumoniae) (C. pneumoniae)为专性细胞内细菌，并认为 是重要的人类病原体。其是医院和门诊环境中肺炎和上呼吸道疾病的通常原因，占成人中 社区获得性肺炎病例的约7至10% (Montigiani, S.等，2002)。肺炎衣原体(Chlamydia pneumoniae)感染还与其它呼吸道疾病例如支气管炎、鼻窦炎、哮喘性支气管炎、成人发 作的哮喘(adult-onset asthma)和慢性阻塞性肺疾病(C0PD ；Murdin, A. D.等，2000)有 关。重要的是，肺炎衣原体(Chlamydiapneumoniae)感染还与动脉粥样硬化和心血管疾 病有关，其例如通过动脉粥样硬化斑块中肺炎衣原体的血清流行病学研究或检测来指示 (Montigiani，S.等，2002)。近来建议革兰氏阴性衣原体科(Chlamydiaceae)，不确定起源的科和衣原体 目(Chlamydiales)的唯一成员，可以按照16S rRNA系统发生分为两个属，衣原体属 (Chlamydia)和嗜衣体属(Chlamydophila) (Everett，K. D.等，1999)。根据该建议，在 衣原体属(Chlamydia)中描述了三个物种沙眼衣原体(Chlamydia trachomatis)、鼠 型沙眼衣原体(Chlamydia muridarum)和猪衣原体(Chlamydia suis)。建议将物种鹦 鹉热衣原体(Chlamydia psittaci)、兽类衣原体(Chlamydiapecorum)和肺炎衣原体 (Chlamydia pneumoniae)重命名为鹦鹉热嗜衣原体(Chlamydophila psittaci)、兽类嗜衣 原体(Chlamydophilapecorum)禾口月市炎嗜衣原体(Chlamydophila pneumoniae)。然而，两 种属的细菌共有生物和生化性质。对于本发明，未使用新建议的命名法，但因为完整的原 因，应该提到物种肺炎衣原体(Chlamydia pneumoniae)和肺炎嗜衣原体(Chlamydophila pneumoniae)是相同的。来自四种不同物种的7个衣原体科(Chlamydiaceae)基因组的测序已经证明在 宿主范围和疾病上的显著差异可能由基因含量上的十分微妙的变化引起(Read，T.D.等， 2003)。衣原体科(Chlamydiaceae)在真细菌中分类为十分独立的组，与浮霉状菌属 (planctomyces)有非常弱的关系。因此，衣原体科(Chlamydiaceae)在真细菌内显示某些 独特性质，特别是它们的发育周期和它们的膜的结构。它们具有独特的两阶段细胞周期原 体(elementary body) (EB)，小的细胞外形式，其附着至宿主并且被吞噬。随后，其在吞噬 体中转化成复制的细胞内形式，网状体(reticulate body)。作为专性细胞内细菌，衣原体
15科(Chlamydiaceae)在真核细胞中依靠其能量储备和核苷酸库增殖；它们是哺乳动物和鸟 类中各种疾病的原因。物种沙眼衣原体(Chlamydia trachomatis)为表征最好的。沙眼衣原体 (C. trachomatis)由两种人类生物变种(biovar)组成沙眼型和性病淋巴肉芽肿(LGV) 型。过去归类为该物种的鼠和猪菌株现在属于单独的种(分别为鼠型沙眼衣原体 (C. muridarum)和猪衣原体(C. suis)。在两种沙眼衣原体(C. trachomatis)生物变种中的 血清变型引起沙眼、性传播疾病、某些形式的哮喘和新生儿包涵体性结膜炎以及肺炎。沙眼 型生物变种目前具有14种血清变型，并且感染主要限于粘膜的上皮细胞。其在取自患有颞 颂关节疾病的患者的背部双层组织(posterior bilaminar tissue)中也检测到。LGV生物 变种由四种血清变型组成，Ll，L2，L2a和L3，其能够入侵淋巴组织。尽管沙眼型生物变种的 特定菌株主要发现于眼睛感染中，沙眼型生物变种和LGV的其它菌株为生殖器进入感染的 主要原因。应该提及LGV菌株为全身疾病的原因。从历史观点上说，沙眼衣原体(Chlamydia trachomatis)微生物的表征仅在细胞培养物中一系列分离后，在1957年成功地进行。物种鹦鹉热衣原体(Chlamydia psittaci)感染许多动物，特别是鸟类，并且传播 给人类。其是非典型肺炎、肝和肾障碍、心内膜炎和结膜炎的原因。兽类衣原体(Chlamydia pecorum)不感染人类，而是为反刍动物的病原体。在1983年肺炎衣原体(Chlamydia pneumoniae)被认为是人类病原体(Grayston， J. Τ.等，1986)。其后，对该细菌付出特别的关注，并且估计(Gaydos,C. Α.等，1994) 10%的 肺炎，和5%的支气管炎以及鼻窦炎归因于肺炎衣原体(Chlamydia pneumoniae) (Aldous, Μ. B.等，1992)。最近，该细菌与哮喘疾病和心血管损伤的发病机理的关系日益令人感兴趣。血清学研究已经显示肺炎衣原体(Chlamydia pneumoniae)感染在5至16岁之间 的儿童中是常见的。比该年龄小，很少发现针对肺炎衣原体(C. pneumoniae)的抗体，最有 效的数据指示儿童在约5岁开始血清转化。然后携带抗体的个体数目的增加与年龄相关直 至20岁。因此，50%至70%的成人为抗体的携带者。由于随时间诱导抗体的持续性限于首 次感染后3或最多5年，说明一生期间发生经常再感染。在8至16岁之间每年的血清转化 率为约6至8% (Kuo, C. -C.等，1995)，15岁之前疾病的血清阳性率在两性之间是相同的。 比该年龄大，在世界所有地区中男性比女性更经常地受感染。这些衣原体(Chlamydia)感染地理上高度分布广泛遍及全世界(Tong，C. Y.等， 1993)，最低感染率在北部发达国家例如加拿大和斯堪的纳维亚国家中观察到。相反，最高 流行率在热带地区的欠发达国家发现，其中感染可能在5岁之前发生。对于肺炎衣原体 (Chlamydiapneumoniae)人类是唯一已知的贮主，这可能是感染通过呼吸道分泌物的人对 人的传播引起(Aldous, M. B.等，1992)。传播链还似乎是间接的(Kleemola, M.等，1988)， 暗示存在由有效传播引起的感染和无症状携带者的可能性，这可以解释该疾病的高流行。 这还与肺炎衣原体(Chlamydia pneumoniae)可以在不利环境中存活达30小时的发现一致 (Falsey,A. R.等，1993)，经在露天中的微生物的感染性在高相对湿度条件下快速降低。潜 伏期为几个周，这比许多其它呼吸性病原菌显著更长。由肺炎衣原体(Chlamydia pneumoniae)引起的主要临床表现主要为呼吸道疾病。 肺炎和支气管炎是最经常的，因为它们在临床上是明显的，并且可以鉴定感染原。病原体 (etiologicagent)的分离是困难的，尽管成对的急性和康复期的血清需要使用抗体测试确认诊断。由肺炎衣原体(Chlamydia pneumoniae)引起的无症状疾病可能有许多(例如 Grayston, J. T.，1992)。其它症状例如鼻窦炎、化脓性中耳炎(0gawa,H. et al.，1992)或咽 炎已经描述，并且患有呼吸道损伤的感染与哮喘类似(Hahn，D.L.et al.，1991)。肺炎衣原 体(Chlamydia pneumoniae)还与结节病以及结节性红斑相关(Sundelof，B. et al.，1993)， 并且已经描述了格林-巴利综合症(Guillain-Barr6syndrome)的一个病例(Haidl，S. et al.，1992)。肺炎衣原体(Chlamydia pneumoniae)在赖特综合症(Reiter' s syndrome) 中的参与也已经评价(Braun, J. et al.，1994)。心血管疾病为西方世界国家中死亡的主要原因。由于在患有心脏病的患者中观察 到的高抗体水平，首次怀疑肺炎衣原体(Chlamydiapneumoniae)与心血管疾病例如冠状动 脉心脏病和心肌梗塞的发育的关系(例如Shor，A.等，1992)。此外，病理解剖学和微生物学 研究能够在血管中检测肺炎衣原体(C. pneumoniae)。来自几个国家的研究还显示肺炎衣原 体(Chlamydia pneumoniae)感染与患者中的动脉粥样损伤有关(例如Grayston，J. T.等， 1996)。这样还似乎细菌在晚期动脉粥样损伤比在早期损伤中更经常地出现，但是在无动脉 粥样疾病的患者中未发现。因此动脉粥样斑块与肺炎衣原体(Chlamydiapneumoniae)的存 在强烈相关是得到这些研究支持的。然而，该细菌在血管病理学中所起的作用尚未被界定。对于肺炎衣原体(Chlamydia pneumoniae)感染的治疗，仅存在有限的从受控的临 床研究中获得的数据。与莱姆病和支原体感染类似并且由于肺炎衣原体(C. pneumoniae) 的细胞内性质，需要长期的抗菌治疗。该长期的抗菌治疗需要从感染动脉的巨噬细胞和内 皮细胞中根除肺炎衣原体(C. pneumoniae)。不同于青霉素、氨苄青霉素或硫酰胺，抗生素 例如红霉素、四环素、强力霉素、氧氟沙星、克林沙星、环丙沙星、阿奇霉素、克林霉素和米诺 环素显示针对肺炎衣原体(C. pneumoniae)的体外抗菌活性。然而，任何高剂量的治疗应该 持续几个周以避免感染的复发。因此，现在优选使用两种新的大环内酯，克拉霉素和阿奇霉 素，其扩散、生物利用度和半衰期允许较短和更好的耐受治疗。不幸的是，许多针对衣原体 (Chlamydia)的传统治疗仍然失败，导致显著的复发率和发病率。因此在不存在基于临床研 究结果的权威证据时，仍然需要肺炎衣原体(Chlamydia pneumoniae)感染的有效且良好耐 受的治疗，所述治疗还保护免受再感染。非常重要的问题在于开发特异和敏感的诊断，其可以方便快速地执行，允许早期 筛选该感染。肺炎衣原体(C. pneumoniae)感染的实验室诊断基于微生物的分离和培养、血 清学和/或通过PCR的DNA检测。不幸的是，由于涉及在合适条件下的菌株收集、保存和贮 存的困难，基于肺炎衣原体(Chlamydia pneumoniae)培养的方法是缓慢的，并且需要相当 多的专有技术(know-how)。肺炎衣原体(C. pneumoniae)可以从来自患者的鼻咽或喉拭子、痰或胸水中分离。 鼻咽似乎是用于分离的最佳位点(Block，S.等，1995)。分离时，有机体需要在组织培养物 中生长。肺炎衣原体(C. pneumoniae)易于在衍生自呼吸道组织的细胞系中生长，特别是 !fep-2和HL细胞系(Roblin，P.M.等，1992)。将试样培养72小时后，通过用肺炎衣原体 (C. pneumoniae)物种-特异性或衣原体(Chlamydia)属-特异性荧光素-缀合的单克隆抗 体染色来进行培养物确认。衣原体(Chlamydia)的血清学诊断通常通过使用微免疫荧光测试进行。该方法基 于抗体的显微检测，所述抗体对固定在载玻片上作为独特斑点的衣原体抗原特异。如果临床试样包含与抗原反应的抗体，则该检验被认为是阳性的。然后使用荧光素-缀合的二抗 使该免疫反应可视化(Tuuminen，T.等，2000)。已经证明微免疫荧光测试为非常特异和敏 感的方法，然而需要专门的荧光显微设备和完整的纯化有机体作为用于测试性能的抗原使 得其不适用于在标准实验室中使用。另一方面，基于抗原检测(酶联免疫检测(EIA)、直接荧光抗体测试(DFA))或基于 核酸扩增(聚合酶链反应(PCR))的方法提供更适合用于实验室实践的测试。PCR似乎在 开发用于检测肺炎衣原体(C. pneumoniae)的快速方法中是最有希望的技术。在文献中报 道对于在临床试样中检测该病原体存在至少19种内部(in-houSe)PCR检验(Boman，J.等， 1999)。然而，这些检验没有一种被标准化，或与培养方法相比已经充分地被验证，并且它们 不是商业上可获得的或获得FDA批准。在这些方法中的主要变体包括以下方式收集和加 工试样、引物设计、核酸提取、扩增产物检测和鉴定。因此，高度期望允许区分血清组之间、更不必说肺炎衣原体(Chlamydia pneumoniae)物种之间的可信、敏感和方便的测试。这是更加重要的，因为肺炎衣原体 (Chlamydia pneumoniae)感染的症状缓慢地出现，并且不是所有与这些感染相关的病理学 都已经鉴定出。此外，在这些感染和严重的慢性感染、哮喘和动脉粥样硬化之间怀疑有相关 性。虽然已经开发基于抗原检测的敏感和特异性测试，仍然存在对于标准化的基于PCR的 检测策略和测试的需要(Dowell，S.F.等，2001)。衣原体感染经常是慢性和复发性的，暗示针对衣原体(Chlamydia)的保护性免疫 是弱的并且不必须是杀菌性的或灭活的。目前没有针对衣原体感染的有效疫苗。虽然研究 和开发的动物模型数量很高，所用的抗原尚未诱导充分的保护性免疫以导致人类疫苗的开 发。肺炎衣原体(Chlamydia pneumoniae)生物学，该菌与其宿主的相互作用、特别是 它们逃脱宿主的免疫防御，以及它们参与相关疾病的发育的更详细地理解，将允许更好的 控制、治疗或预防衣原体(Chlamydia)诱导的疾病。因此必须使用允许开发新的预防性和 治愈性治疗的新的分子工具，特异、有效和耐受的新的诊断方法和新的疫苗策略。这正好是 本发明的目的。疫苗可以包括各种不同的抗原。抗原的实例为完整_杀死的或减毒的有机体、这 些有机体/器官的亚组分(subfractions)、蛋白质、或以它们的最简单形式，肽。抗原还可 以以糖基化蛋白或肽的形式被免疫系统识别，并且可以为或包含多糖或脂质。可以使用短 肽，因为例如细胞毒性T细胞(CTL)识别以短的，通常8-11个氨基酸长的形式、与主要组织 相容性复合物(MHC)连接的肽的抗原。B细胞可以识别短至4-5个氨基酸的线性表位，以及 三维结构(构象表位)。为了获得持续的、抗原特异性的免疫应答，佐剂需要触发参与免疫系统所有细胞 的免疫级联。首先，佐剂作用在所谓的抗原呈递细胞(APCs)上，但不限于其作用模式。这 些细胞通常首先遭遇抗原，然后呈递加工或未修饰的抗原至免疫效应子细胞。还可以包括 中间细胞类型。仅具有合适特异性的效应子细胞在产生的免疫应答中激活。佐剂还可以局 部地保留抗原和可能共注射的其它因子。此外，佐剂还可以充当用于其它免疫细胞的化学 引诱物或可以局部地和/或全身地充当用于免疫系统的刺激剂。通过人类免疫系统针对衣原体(Chlamydia)产生并且在人类血清中存在的抗体指示抗原性蛋白的体内表达和其免疫原性。通过血清抗体识别的线性表位的识别可以基于 短至4-5个氨基酸的序列。当然，其不必须意味着这些短肽能够在体内诱导给定的抗体。为 此原因，所定义的表位、多肽和蛋白质在动物中(主要在小鼠中)就其诱导针对所选体内蛋 白的T细胞和抗体的能力进一步测试。作为专门细胞内寄生生物的肺炎衣原体(C. pneumoniae)具有独特的两阶段生命 周期较小的细胞外形式，感染性的、非复制的、代谢上相对惰性的原体(EB)；和较大的细 胞内形式，感染性的、复制的、代谢上活性的网状体。EB附着至易感的宿主细胞，并通过吞 噬作用摄入。在细胞内它们回复至网状体，并在宿主细胞裂解前在它们回复至EB前复制。 尽管针对肺炎衣原体(C. pneumoniae)的保护的免疫相关性未良好地定义，使用如实地模 拟人类感染重要方面的小鼠模型的研究指示特别是CD8+T细胞和IFN-Y对于小鼠中的保 护是关键的(Wizel，B.等，2002)。此外，⑶4+T细胞也可以是重要的，因为它们刺激B细胞 增殖和分化成抗体分泌细胞。由于Thl型CD4+T细胞也可以产生IFN- γ，因此它们可以以 几种方式有助于抗体-衣原体免疫性。由于肺炎衣原体(C. pneumoniae)残留在膜结合空 泡，优选的抗原必须到达感染细胞的胞液，并且需要随后被CD8+T细胞识别为MHC I类-肽 复合物。大多数之前报道的抗原-其似乎因此能够到达胞液-位于细胞表面(例如外膜 蛋白)或被分泌(例如Murdin, A. D.等，2000 ；Wizel, B.等，2002)。已经显示肺炎衣原体 (C. pneumoniae)肽特异性⑶8+CTL及其可溶因子可以抑制体外衣原体生长(Wizel，B.等， 2002)。除了 T细胞-介导免疫应答之外，由B细胞表位诱导的针对细胞壁蛋白的抗体可以 帮助T细胞-介导的免疫应答，和用作多种目的它们可以抑制粘附、干扰养分吸收、抑制免 疫逃避和促进吞噬作用(Hornef，Μ.等，2002)。针对分泌蛋白的抗体在中和它们作为毒素 或致病性组分的功能上潜在地有益。还已知该菌通过分泌蛋白相互通信。针对这些蛋白的 中和抗体将中断衣原体物质之间或内的生长_促进交叉通信。描述的试验方法基于使用从 人类血清中纯化的通过肺炎衣原体(C. pneumoniae)特异诱导的抗体。由此通过基因组筛 选鉴定的抗原显示在宿主中体内表达，以及能够诱导抗体应答。由于对于许多蛋白已经显 示B细胞和T细胞表位位于相同的蛋白质，通过基因组筛选鉴定的最有希望的候选物可以 进一步就诱导体内有效的T细胞应答评估。作为第一步骤，生物信息学分析已经用于鉴定 计算的(in silico)有效T细胞表位，然后其可以在合适的感染的鼠模型中测试。这样本 发明将免疫原性蛋白质的试验鉴定与T细胞表位的生物信息学预测组合，以提供针对有效 疫苗的候选物，从而治疗或预防衣原体感染。由于可能诱导针对人类抗原的交叉反应抗体的潜在风险，已经关心开发用于 人类的失活的全细胞疫苗。因此，认为亚单位疫苗在预防由肺炎衣原体(Chlamydia pneumoniae)引起的感染上具有最大的可能。肺炎衣原体(C. pneumoniae)的三个分离株(AR 39，J138，CWL029)的完整基因组 序列由各种机构确定(Ka Iman, S.等，1999 ;Read，T. D.等，2000 ;Shirai，M.等，2000;还参 见 http://www. tiRr. orR/tiRr-scripts/CMR2/CMRHomePaRe. spl)。虽然两个菌株 AR 39 禾口 CWL029分别在美国在1987年之前和在日本于1994年分离，其序列高度同一性，指示在最 近人类历史上的趋异。除了这三个肺炎衣原体(C. pneumoniae)菌株之外，已经确定两个沙 眼衣原体(C. trachomatis)菌株，D/UW-3/CX (血清变型 D)和 HAR-13 (Kalman，S.等，1999 ； Stephens, R. S.等，1998 ；Carlson，J. H.等，2005)，相关的鼠型沙眼衣原体(C. muridarum)
19菌株MoPn (Read，Τ. D.等，2000)以及鹦鹉热衣原体(C. psittacl)的菌株(Read, Τ. D.等， 2003)的序列。以本发明为基础的课题在于提供用于开发针对由衣原体(Chlamydia)引起的感 染的药物组合物例如疫苗的方法。更具体地，该课题在于提供来自衣原体(Chlamydia)的 核酸分子或抗原，或其片段或变体的有效、相关和综合的组，其可用于制备所述药物组合 物。另一课题在于提供用于生产抗原，其片段或变体的方法和手段。另一课题在于提供包 括所述核酸或所述抗原的药物组合物。本发明的另一课题在于提供抗体、包括所述抗体的 药物组合物、用于生产所述抗体的方法和所述抗体在制备药物制剂上的用途。此外，本发明 的目的在于提供用于鉴定能够结合抗原，或其片段或变体的拮抗剂的方法，以及在于提供 用于鉴定能够降低或抑制此类抗原与其相互作用伴侣的相互作用活性的拮抗剂的方法。本 发明的另一课题在于提供用于诊断衣原体(Chlamydia)有机体感染的方法。以本发明为基 础的另一课题在于提供治疗衣原体(Chlamydia)感染的方法，和提供用于免疫动物或人类 的方法。以本发明为基础的课题在一个方面通过编码抗原或其片段的分离的核酸分子而 解决，包括选自以下的核酸序列a)与具有选自Seq ID Nos 1至98的核苷酸序列的核酸分子具有至少70%序列 同一性的核酸分子，b)与a)的核酸分子互补的核酸分子，c)包括a)或b)的核酸分子的至少15个连续碱基的核酸分子，d)在严紧杂交条件下与a)、b)或c)的核酸分子退火的核酸分子，和e)要不是遗传密码的简并性，将与a)、b)、c)或d)中定义的核酸分子杂交的核酸 分子。在本发明的一个实施方式中，与Seq ID Nos 1至98的序列同一性为至少80%，更 优选至少90 %，仍更优选至少95 %，96 %，97 %，98 %，或99 %，或最优选100 %。在一个实施方式中所述核酸为DNA。在另一实施方式中所述核酸为RNA。在另一实施方式中所述核酸分离自基因组DNA，所述基因组DNA优选来自 衣原体(Chlamydia)物种，更优选来自肺炎衣原体(C. pneumoniae)、沙眼衣原体 (C. trachomatis)、鹦鹉热衣原体(C. psittaci)、兽类衣原体(C. pecorum)、鼠型沙眼衣原 体(C. muridarum)、或猪衣原体(C. suis)，最优选来自肺炎衣原体(C. pneumoniae)、沙眼衣 原体(C. trachomatis)或鹦鹉热衣原体(C. psittaci)。在本发明的一个实施方式中编码的抗原片段为其活性片段或活性变体。在实施方式中所述核酸编码抗原或其片段，其包括或由来自以下的多肽或肽 片段组成肺炎衣原体(C. pneumoniae)、沙眼衣原体(C. trachomatis)、鹦鹉热衣原体 (C. psittaci)、兽类衣原体(C. pecorum)、鼠型沙眼衣原体(C. muridarum)、或猪衣原体 (C. suis)，更优选来自肺炎衣原体(C. pneumoniae)、沙眼衣原体(C. trachomatis)或鹦鹉 热衣原体(C. psittaci)。以本发明为基础的课题还通过包括如上所述的核酸分子的载体来解决。在实施方式中，所述载体适合于由如上定义的核酸分子编码的抗原或其片段的重组表达。本发明还涉及包括如上定义的载体的宿主细胞。在另一方面以本发明为基础的课题还通过免疫学上与血清反应的抗原来解 决，所述血清来自患有衣原体(Chlamydia)感染的人类或之前被衣原体(Chlamydia) 感染的未感染的健康人类，其中所述抗原包括来自以下的分离的多肽或其活性片段或 活性变体衣原体(Chlamydia)，优选来自肺炎衣原体(C. pneumoniae)、沙眼衣原体 (C. trachomatis)、鹦鹉热衣原体(C. psittaci)、兽类衣原体(C. pecorum)、鼠型沙眼衣原 体(C. muridarum)、或猪衣原体(C. suis)，更优选来自肺炎衣原体(C. pneumoniae)、沙眼衣 原体(C. trachomatis)或鹦鹉热衣原体(C. psittaci)。如本文所用的术语“未感染的健康人类”包括具有多次遭遇病原体的那些个体，其 可能导致定殖(colonization)，但其不会导致任何症状，或其导致轻度疾病。所述术语和就 抗原鉴定选择未感染的健康人类的血清的基本原理进一步定义于Nagy，E.等(2003)。本发明的另一方面涉及包括或由选自Seq ID Nos 99至196的分离多肽组成的抗 原，或其活性片段或活性变体。在本发明的实施方式中所述多肽由如上定义的核酸分子编码。在另一实施方式中，所述抗原的活性片段由所述多肽，特别是由Seq ID Nos 99 至196中任一个所定义的多肽的至少50%，特别是至少60%，优选至少70%，更优选至少 80 %，更优选至少90 %，更优选至少95 %，96 %，97 %或98 %，最优选99 %组成。在实施方式中，所述抗原的活性变体与所述多肽，特别是由SeqID Nos 99至196 中任一个所定义的多肽具有至少50 %，特别是至少60 %，优选至少70 %，更优选至少80 %， 更优选至少90 %，更优选至少95 %，96 %，97 %或98 %，最优选99 %的序列同一性。在本发明的一个实施方式中，所述抗原的活性片段包括或由SeqID No 123的氨基 酸 2-872、Seq ID No 124 的氨基酸 2-812、Seq IDNo 125 的氨基酸 2-514 或 516 至 1090、 Seq ID No 127 的氨基酸 2_252、Seq ID No 128 的氨基酸 2_324、Seq ID No 130 的氨基酸 2-235、Seq ID No 131 的氨基酸 2-792、Seq ID No 132 的氨基酸 2-252、SeqID No 135 的 氨基酸 8-245、Seq ID No 138 的氨基酸 2-393、Seq IDNo 139 的氨基酸 2-237、Seq ID No 140 的氨基酸 16-620、Seq ID Nol55 的氨基酸 2-287、Seq ID No 156 的氨基酸 27-231、 Seq ID No 157 的氨基酸 2_550、Seq ID No 165 的氨基酸 2_644、Seq ID No 168 的氨基酸 2-343、Seq ID No 170 的氨基酸 2-325、Seq ID No 171 的氨基酸 2-458 或 Seq ID No 172 的氨基酸31-379组成。如上所列的片段进一步在各Seq ID Nos中定义；S卩，Seq ID No 123的氨基酸 2-872 与 Seq ID No 99 相同、Seq ID No 124 的氨基酸 2-812 与 Seq ID No 100 相同、Seq ID No 125 的氨基酸 2-514 与 Seq ID No 101 相同、Seq ID No 125 的 516 至 1090 与 Seq ID No 102 相同、Seq ID Nol27 的氨基酸 2-252 与 Seq ID No 104 相同、Seq ID No 128 的 氨基酸 2-324 与 Seq ID No 105 相同、Seq ID No 130 的氨基酸 2-235 与 Seq IDNo 106 相 同、Seq ID No 131 的氨基酸 2-792 与 Seq ID No 107 相同、Seq ID No 132 的氨基酸 2-252 与 Seq ID No 108 相同、Seq ID No 135 的氨基酸 8-245 与 Seq ID No 109 相同、Seq ID No 138 的氨基酸 2-393 与 Seq ID No 110 相同、Seq ID No 139 的氨基酸 2-237 与 Seq ID No 111 相同、Seq ID No 140 的氨基酸 16-620 与 Seq ID No 112 相同、Seq IDNo 155 的氨基酸 2-287 与 Seq ID No 114 相同、Seq ID No 156 的氨基酸 27-231 与 Seq ID No 115 相 同、Seq ID No 157 的氨基酸 2-550 与 Seq ID No 116 相同、Seq ID No 165 的氨基酸 2-644 与 Seq ID No 117 相同、Seq ID No 168 的氨基酸 2-343 与 Seq ID No 118 相同、Seq IDNo 170 的氨基酸 2-325 与 Seq ID No 120 相同、Seq ID No 171 的氨基酸 2-458 与 Seq ID No 121相同或Seq ID No 172的氨基酸31-379与Seq ID No 122相同。当三种鉴定的抗原氨基酸序列与整个开放阅读框(ORF)相同时，Seq ID No 103 与 Seq ID No 126 相同；Seq ID No 113 与 Seq ID No 151 相同；Seq ID No 119 与 Seq ID No 169相同。在另一实施方式中，所述抗原的活性变体与Seq ID No 123的氨基酸2_872、Seq ID No 124 的氨基酸 2_812、Seq ID No 125 的氨基酸 2-514 或 516 至 1090、Seq ID No 127 的氨基酸 2-252、Seq ID Nol28 的氨基酸 2-324、Seq ID No 130 的氨基酸 2-235、Seq ID No 131 的氨基酸 2-792、Seq ID No 132 的氨基酸 2-252、Seq ID No 135 的氨基酸 8-245、 Seq ID No 138 的氨基酸 2_393、Seq ID No 139 的氨基酸 2_237、Seq ID No 140 的氨基酸 16-620, Seq ID No 155 的氨基酸 2-287、Seq ID No 156 的氨基酸 27-231、Seq ID No 157 的氨基酸 2-550、Seq ID No 165 的氨基酸 2-644、Seq ID No 168 的氨基酸 2-343、Seq ID No 170 的氨基酸 2_325、Seq ID No 171 的氨基酸 2-458 或 Seq ID No 172 的氨基酸 31-379 具有至少50 %，特别是至少60 %，优选至少70 %，更优选至少80 %，更优选至少90 %，更优 选至少95 %，96 %，97 %或98 %，最优选99 %的序列同一性。在另一实施方式中，所述抗原进一步由以下定义a) 1至570个另外的氨基酸残基，优选1至500，1至400，1至300，1至250，1至 200，或1至150，更优选1至100，更优选1至50，最优选1，2，3，4，5，10，20，30或40个另外 的氨基酸残基至包括或由Seq ID No 125的氨基酸2至514组成的抗原的活性片段；或b)l至510个另外的氨基酸残基，优选1至400，1至300，1至250，1至200，或1 至150，更优选1至100，更优选1至50，最优选1，2，3，4，5，10，20，30或40个另外的氨基酸 残基至包括或由Seq ID No 125的氨基酸516至1090组成的活性片段；或c) 1至25个另外的氨基酸残基，优选1，2，3，4，5，10，15，或20个另外的氨基酸残 基至包括或由Seq ID No 172的氨基酸31-379组成的抗原的活性片段；或d) 1至20个另外的氨基酸残基，优选1，2，3，4，5，10，或15个另外的氨基酸残基至 包括或由Seq ID No 156的氨基酸27-231组成的抗原的活性片段；或e) 1至10个另外的氨基酸残基，优选1，2，3，4，5，6，7，8，或9个另外的氨基酸残基 至包括或由Seq ID No 140的氨基酸16至620组成的抗原的活性片段；或f) 1至5个另外的氨基酸残基，优选1，2，3，或4个另外的氨基酸残基至包括或由 Seq ID No 135的氨基酸8至245组成的抗原的活性片段。另外的氨基酸残基可以与如上定义的抗原是同源的。同源是指与片段衍生自其的 衣原体(Chlamydia)抗原的氨基酸序列同一或类似的任何氨基酸残基。作为选择或另外，多肽可以包括或由抗原、任选地如上定义的另外的序列和与抗 原同源的至少一个氨基酸残基组成。在本发明的实施方式中，所述抗原进一步包括或由与所述抗原同源的至少一个氨 基酸残基、优选标记蛋白的氨基酸序列组成。
如上定义的另外的序列或氨基酸残基由氨基酸残基组成，其可为任何氨基酸，其 可以为L-和/或D-氨基酸，无论天然发生的或其它。优选地所述氨基酸为任何天然发生 的氨基酸，例如丙氨酸、半胱氨酸、天冬氨酸、谷氨酸、苯丙氨酸、甘氨酸、组氨酸、异亮氨酸、 赖氨酸、亮氨酸、蛋氨酸、天冬酰胺、脯氨酸、谷氨酰胺、精氨酸、丝氨酸、苏氨酸、缬氨酸、色 氨酸或酪氨酸。然而，该氨基酸还可以为修饰的或为非天然氨基酸。这些的实例为2-氨基己二 酸、3-氨基己二酸、β -丙氨酸、2-氨基丁酸、4-氨基丁酸、6-氨基己酸、2-氨基庚酸、2-氨 基异丁酸、3-氨基异丁酸、2-氨基庚二酸、2，4-二氨基丁酸、锁链素、2，2’ - 二氨基庚二酸、 2，3- 二氨基丙酸、N-乙基甘氨酸、N-乙基天冬酰胺、羟基赖氨酸、别-羟基赖氨酸、3-羟基 脯氨酸、4-羟基脯氨酸、异锁链素、别-异亮氨酸、N-甲基甘氨酸、N-甲基异亮氨酸、6-Ν-甲 基甘氨酸、N-甲基缬氨酸、正缬氨酸、正亮氨酸或鸟氨酸。此外，氨基酸可以进行修饰例如 翻译后修饰。修饰的实例包括乙酰化、酰胺化、阻断、甲酰化、Y-羧基谷氨酸羟基化、糖基 化、甲基化、磷酸化和硫酸化。如果超出一种另外的或异源氨基酸残基存在于肽中，氨基酸 残基可以相互相同或不同。特征“异源氨基酸”或“与抗原异源的氨基酸”是指任何氨基酸，其不同于位置与 在衣原体(Chlamydia)、优选肺炎衣原体(C. pneumoniae)、沙眼衣原体(C. trachomatis)、 鹦鹉热衣原体(C.psittaci)、兽类衣原体(C. pecorum)、鼠型沙眼衣原体(C. muridarum)、 或猪衣原体(C. suis)，更优选肺炎衣原体(C. pneumoniae)、沙眼衣原体(C. trachomatis) 或鹦鹉热衣原体(C.psittaci)的任何天然发生的蛋白中的抗原相邻的氨基酸。因此， 包括至少一个或一种异源氨基酸的本发明的蛋白质是指这样的蛋白质，其不同于衣原体 科(Chlamydiae)或其片段，优选肺炎衣原体、沙眼衣原体(C. trachomatis)、鹦鹉热衣原 体(C.psittaci)、兽类衣原体(C. pecorum)、鼠型沙眼衣原体(C. muridarum)、或猪衣原体 (C. suis)，更优选肺炎衣原体(C. pneumoniae)、沙眼衣原体(C. trachomatis)或鹦鹉热衣 原体(C.psittaci)的任何天然发生的蛋白质。在一种实施方式中，另外的氨基酸残基侧翼于抗原N-末端、C-末端或N-和C-末端。在另一种实施方式中，另外的氨基酸残基侧翼于由以下定义的抗原a) Seq ID No 125的氨基酸2至514或其C-末端衍生的变体，或b)Seq ID No 125 的氨基酸 516 至 1090、Seq ID No 135 的 8 至 245、Seq ID No 140 的 16 至 620、Seq ID No 156 的 27-231、Seq IDNo 172 的 31-379，或其 N-末端衍生的变体。在另一种实施方式中，抗原进一步包括或者由前导序列或分泌序列、用于纯化的 序列，或者前蛋白序列组成。以本发明为基础的课题在另一方面通过抗原解决，由此所述抗原包括如在表1的 “预测的免疫原性aa”或“预测的II类-限制性T细胞表位/区域”或“鉴定的免疫原性区 域(aa)的位置”栏中所示的核心氨基酸序列，由此更优选核心氨基酸序列选自以下Seq ID No 123 的氨基酸 20-28，32-40，45-56，85-96，102-118，120-130，132-154， 158-172，174-181，193-202，208-221，228-241，250-259，274—283，285—291，296—309， 317-324，328-339，348-354，383—391，402—412，418—428，443—455，467—482，484—490，519-525,545-557,568-582,601-606,613-638,646-656,661-676,687-694,706-724, 741-766，776-782，789-798，812-822 和 847-869 ；Seq IDNo 124 的氨基酸 28-37，44-88， 95-102,107-115,142-150,212-226,228-233,235-245,262-269,278-311,319-338,
343-354,372-405,409-418,426-435,439-445,447-462,471-478,481-490,502-514, 522-529,539-565,568-589,595-605,608-622,645-651,656-662,665-670,679-685, 696-715，731-744，775-781 和 789-809 ；Seq IDNo 125 的氨基酸 6-14，21-44，52-70，74-93， 106-132，136-157，162-168，174-184，186-223，232-248，250-262，264-270，278-284， 303-324，342-348，352-357，409-415，423-442，444-454，458-478，480-494，499-509， 514-521,529-538,541-559,561-575,582-605,611-619,630-638,647-665,672-683, 696-719,727-739,748-791,800-806,815-822,848-855,860-868,876-884,891-896, 898-950，956-962，971-980，995-1008，1036-1043，1045-1061 和 1069-1074 ；Seq ID No 126 的氨基酸 7-13，21-27，33-57，63-72，74-80，82-88，94-105，107-119，121-132， 134-152，162-199，201-225，229-237，239-246，252-258，261-267，277-298，300-325， 340-366,373-383 和 391-401 ;Seq ID No 127 的氨基酸 4-17，22-32，45-58，60-70，72-86， 88-98，100-108，112-121，128-138，148-162，167-176，184-198，216-231和 241-248 ；Seq ID No 128 的氨基酸 6-23，32-52，60-77，84-90，92-107，117-163，165-239，249-254，273-280 和 289-308 ;Seq ID No 129 的氨基酸 5-49，52-59，65-95，102-108，115-123，126-139， 142-153，180-186，193-204，206-214，225-247，270-278，280-297，303-319，321-337，
344-358，363-371，378-389，399-406和 412-419 ;Seq I D No 130 的氨基酸 4-30，32-38， 43-50，55-62，64-72，76-83，97-119，125-132，139-156，158-172，204-210 和 221-227 ；Seq ID No 131 的氨基酸 4-16，21-31，39-57，61-67，73-99，105-111，119-128，135-147， 150-159，163-196，213-246，248-255，257-284，286-293，295-317，333-360，369-387， 389-413，415-422，424-438，443-454，461-467，478-490，508-520，527-532，534-551，
557-564，566-576，578-588，596-684，687-711，713-724，729-741，749-758和 770-782 ；Seq ID No 132 的氨基酸 4-13，38-59，80-90，95-102，108-123，130-183，190-223 和 239-249 ； Seq ID No 133 的氨基酸 4-13，27-38，43-48，53-74，82-100，104-110，112-137，147-154， 169-179，184-192，196-223,234-249 和 252-262 ;Seq ID No 134 的氨基酸 7-36，45-50， 52-92,103-125,129-138,140-154,163-176,178-188,194-203,207-222,230-239, 244-297，299-314，324-332，335-343，361-368，370-404，409-416，426-443，451-456， 459-469,477-493,496-513,515-522,529-535,540-546,549-561,578-586,588-596, 609-628,636-645,659-665,668-687,708-724,726-739,761-770,788-795,818-825, 842-869,872-883,887-897,905-972,976-984,988-998,1015-1030,1033-1051, 1076-1082, 1084-1107, 1141-1151,1167-1180,1184-1189,1193-1205,1221-1228, 1235-1254，1258-1305，1307-1314，1326-1335，1350-1369和 1371-1395 ;Seq ID No 135 的 氨基酸 4-14，22-32，48-61，63-71，79-111，119-145，147-167，179-186，188-201,217-223 和 227-235 ;Seq ID No 136 的氨基酸 14-29，31-38，50-56，68-74，81-89，108-118， 125-138，144-151，167-175，215-228，252-262，272-279，281-288，322-344，358-374， 386-395,406-418,426-441,455-465,485-490,513-519,521-528,538-543,548-555,
558-574,577-583,585-596,608-624,636-643,665-672,680-686,699-707,715-730,747-755,775-786,812-818,824-841,856-868,892-899,930-946,963-972,979-984, 1008-1015,1032-1038,1044-1050,1052-1060,1092-1110,1143-1148,1157-1181, 1184-1196,1215-1222,1229-1244,1248-1255,1267-1272,1282-1295, 1300-1311, 1323-1329,1390-1396,1399-1407,1423-1431,1452-1458,1478-1484,1488-1501, 1504-1511，1521-1551，1573-1599，1622—1641，1644—1663，1669—1675，1681-1688 禾口 1692-1711 ；Seq ID No 137 的氨基酸 7-33，39-47，53-66，72-104，117-126，132-138， 146-154,160-167,182-188，199-213，259-270，283-289，291-308，314-326，328-334， 352-358,364-370,372-379,407-417,424-445,461-475,477-485,488-497,510-516, 539-553,567-581,589-595,668-687,697-707,709-731,733-752,756-765,772-780, 797-827，845-852，860-876，884-891，896-903 和 915-922 ;Seq ID No 138 的氨基酸 17-23， 26-34,36-42,45-51,53-63,69-79,89-97,106-119，146-161，175-184，186-201，217-244， 252-265，268-278，280-294，304-315，324-340，343-351 和 353-374 ;Seq ID No 139 的氨基 酸 17-27，34-40，47-65，68-112，114-126，133-148，150-157，163-187，190-204 和 207-234 ； Seq I D No 140 的氨基酸 4-16，20-42，60-66，75-108，112-117，131-138，148-153， 157-174，201-206，213-228，235-243，246-259，266-271，295-301，311-316，331-337， 344-353,364-377,383-389,405-412,452-458,470-487,491-505,508-517,540-555, 557-565，576-587，593-603 和 612-617 ；Seq ID No 141 的氨基酸 7-14，18-25，30-35， 43-48,82-98,102-111，139-149，165-185，189-197，203-219，231-236，268-277，291-301， 303-311，315-330，332-340，344-354，365-374，381-400，404-409，419-426，431-441， 457-467，469-475，481-490，556-562，605-613 和 649-655 ;Seq ID No 142 的氨基酸 4-15， 23-32,48-67,76-83,86-94,97-105,107-120,127-136,180-185,206-212,251-257, 313-322,325-331,340-353,374-381,397-403,407-413,420-432,450-457,471-483, 492-503,505-515,519-530,539-548,558-579,602-611,625-633,636-643,650-656,
658-666,677-683,686-694,707-714,716-730,745-763,765-786,791-830,841-857, 864-870，873-885，887-895，912-919，921-938 和 940-949 ;Seq ID No 143 的氨基酸 4-32， 34-61,65-75,81-91,99-106,121-132，150-156，162-170，174-182，189-196，201-214， 230-236,239-246,276-285,287-295,301-310,335-354,366-383,390-398,408-433, 439-445，466-478，499-519，525-544，550-555，572-580，589-603，624-633，648-655，
659-671和 677-682 ；Seq ID No 144 的氨基酸 5-29，42-60，72-77，114-143，151-157， 162-174，177-182，185-193，233-251，266-274，279-298，301-308，321-335，338-365，
378-386，388-396，401-407，412-434，439-459，475-480和 499-505 ;Seq ID No 145 的氨基 酸 4-26，28-34，57-64，75-81，95-100，126-141，144-150，158-163，200-210，216-221， 243-249,291-309,326-339,363-369,380-389,396-403,410-422,436-455,485-498, 516-525,54卜576,608-619,635-641,664-674,683-692,697-703,707-723,737-749, 760-765，775-808，827-839，851-859，869-875，877-884，886-906 和 910-927 ；Seq ID No 146 的氨基酸 4-29，43-48，56-66，70-82，93-102，107-113，127-152，159-164，179-184， 201-207，216-224，231-239，244-250，262-269，291-305，307-313，333-340，368-374，
379-387,414-422,432-438,440-461,487-498,518-524,539-548,557-567,610-615, 644-651,667-675,681-693,709-718,721-726,734-758,780-817,833-843,856-865,
25872-879，893-900，902-908 和 913-921 ;Seq ID No 147 的氨基酸 4-22，58-73，85-106， 115-129，139-145，170-181，185-191，199-204，242-249，270-276，293-303，332-339， 353-359,387-392,424-439,459-472,532-538,555-563,593-604,631-636,654-659, 679-686,689-705,718-733,740-751,756-771,789-796,798-805,834-842,851-856, 885-894,922-930,934-947,953-960,963-975,983-988,1008-1019,1026-1038, 1041-1083，1086-1098，1121-1157，1159-1166，1169-1182，1192-1207，1209-1216 禾口 1232-1260 ；Seq ID No 148 的氨基酸 5-12，38-50，70-91，109-157，169-182，185-191， 205-229, 234-251,262-279,287-314,321-331，335-351，356-364，366-373，377-383， 386-394,396-415,417-429,437-448,456-467,490-496,504-512,518-530,533-543, 545-555,577-586,603-610,617-628,635-662,670-682,689-699,713-719,724-741, 745-769，779-784，790-808，816-850，866-879 和 894-905 ;Seq ID No 149 的氨基酸 6-23， 26-31,35-99,108-120，134-146，154-167，171-178，183-189，194-203，206-212，241-250，
252-270，278-298和 302-338 ；Seq ID No 150 的氨基酸 21-26，31-37，42-92，100-127， 131-149,182-188,190-214,216-231,249-257,264-289,305-326,332-342,348-357, 360-368，379-385，387-393，396-410，421-427 和 435-452 ;Seq IDNo 151 的氨基酸 4-9， 16-21，23-29，34-41，46-51，58-73，104-113，115-122，125-134 和 141-168 ;Seq ID No 152 的氨基酸 4-11，16-34,82-98，103-114，132-147，151-158，164-182，215-221，236-244，
253-259，261-267，272-283和 285-307 ；Seq ID No 153 的氨基酸 4-18，20-34，50-56， 64-69，100-109，114-131，142-150 和 159-165 ;Seq ID No 154 的氨基酸 10-23，36-48，
55-66,68-75,95-109,116-151,156-169,173-192，199-205，208-213，219-226，232-238， 246-256,276-284,295-314,332-343,358-373,381-393,406-426,431-438,454-469, 481-492,519-533,536-551,556-561,567-572,594-608,612-619,629-638,665-681, 685-697，710-727，759-777 和 792-798 ；Seq ID No 155 的氨基酸 7-13，29-39，54-60， 62-68,99-104,126-138，140-153，159-190，204-210，217-223，234-240，243-262 禾P 270-278 ；Seq ID No 156 的氨基酸 4-22，50-58，71-77，83-93，108-127，143-153，158-191， 205-213 和 221-228 ;Seq ID No 157 的氨基酸 4-22，26-35，38-61，63-76，85-99，101-109，
145-151，153-160，162-172，180-187，194-202，208-215，223-231，235-247，253-273， 278-295,302-323,337-358,366-404,420-434,436-450,454-468,474-485,491-514, 524-533 和 539-545 ;Seq IDNo 158 的氨基酸 7-30，35-45，53-70，78-105，120-127， 129-143，151-158，162-193，208-216，219-249，252-258，277-308，311-321，323-347， 359-364，375-385，389-395，401-409，414-420，436-449，467-474，491-507 和 513-519 ；Seq ID No 159 的氨基酸 12-22，27-35，38-53，60-81，87-94，96-113，115-136，144-172， 189-196，208-237，239-251，258-265，272-292，296-305，319-331，351-371，378-389， 404-425，428-436，443-448，458-477，501-513，535-541，547-554，557-565，574-584 和 590-598 ；Seq ID No 160 的氨基酸 10-30，36-46，56-67，78-105，116-124，126-142，
146-160，166-172，186-198，207-224，249-256，278-289，297-304，307-315，318-350， 352-367,373-388,395-413,427-438,444-455,457-472,482-490,495-501,512-522, 529-535，537-552，572-580 和 589-620 ；Seq IDNo 161 的氨基酸 4-14，16-22，26-34，40-50，
56-65,75-86,88-101,105-117,126-132，134-142，145-170，172-191，193-205，214-223，227-235,247-290,294-319,332-339,345-355,363-369,394-403,407-412,429-466, 468-475,494-510,515-522,528-534,539-545,556-562,574-589,596-604,609-627, 637-647，663-671，679-689，694-702，708-715，718-727，738-744，750-758，774-808， 815-836，840-883，890-906，910-929，933-943，951-967，972-986，988-1027，1032-1041， 1045-1058,1069-1079,1081-1102,1117-1123,1125-1143,1145-1168,1173-1178, 1186-1199,1202-1209,1214-1220,1225-1242,1244-1251,1257-1266,1269-1275, 1295-1313,1339-1345,1364-1377,1390-1410,1412-1431,1438-1459,1472-1499, 1511-1537,1543-1549,1553-1560,1566-1579,1585-1609,1621-1632, 1636-1665, 1669-1718，1721-1730，1734-1761，1763-1787，1796-1802 和 1805-1823 ；SeqID No 162 的 氨基酸 11-21，27-48，58-69，73-89，100-110，142-152，165-178，187-196,203-216， 238-246，254-262，278-288，294-299，308-315，334-340，366-374，376-386，392-401， 406-412，444-459，463-469，474-479，484-490，500-517，524-534，542-552，566-578， 586-594,603-628,643-664,668-692,699-706,714-726,729-735,747-755,765-771, 778-785,804-814,822-837,848-855,860-886,898-909,912-919,925-933,936-942, 945-957，966-975，978-997，1015-1035，1045-1055，1066-1076，1082-1107，1141-1179， 1193-1214，1240-1246 和 1252-1259 ;Seq ID No 163 的氨基酸 7-15，17-28，34-39，83-96，
100-107，119-149，152-158，168-174，176-213，220-231，237-262，264-273，280-286， 318-327,338-348,358-369,371-386,405-410,413-421,427-443,445-462,467-473, 483-490，498-503，513-527，529-537，540-546 和 581-590 ；Seq IDNo 164 的氨基酸 4-16, 18-24,57-69，121-140，151-157，159-166，175-183，206-212，261-272，276-283，285-305， 321-327,343-350,352-367,383-389,410-416,424-435,448-455,457-464,469-478, 493-499,509-528,543-555,564-575,584-594,608-631,635-658,667-676,683-689, 692-698，708-731，737-750，757-774，778-784，798-805 和 809-815 ;Seq ID No 165 的氨基 酸 4-30，35-47，49-67，73-86，114-120，123-132，140-160，168-176，195-201，211-218， 220-256，261-285，313-328，330-349，367-373，375-385，388-422，449-488，509-547， 553-569,582-597 和 599-606 ;Seq ID No 166 的氨基酸 6-11，19-44，62-72，78-87，
101-108，128-142，149-185，191-198，204-222，224-241，284-294，296-301，304-311和 327-356 ；Seq ID No 167 的氨基酸 6-23，34-59，66-75，79-96，106-117，119-130，133-143， 164-172，179-193，195-207，215-241，247-261，285-293，300-307，317-329，346-352， 357-362,368-384,397-408,416-424,432-453,461-485,493-501,518-527,533-544, 552-562,574-588 和 604-613 ;Seq ID No 168 的氨基酸 4-13，15-21，32-41，43-54，56-84， 86-93，95-113，120-126，130-165，175-189，195-202，210-222，244-250，253-270，273-280， 283-291,301-313 和 315-339 ;Seq ID No 169 的氨基酸 6-25，28-87，93-100，105-112， 118-133，138-145，157-165，167-184，198-209，220-237，245-252，254-262，265-277， 288-299，310-326 和 335-362 ;Seq ID No 170 的氨基酸 8-19，21-27，29-36，49-67，84-101， 103-122，128-157，159-166，168-177，181-187，192-205，207-217，222-251，255-266， 272-280,284-297 和 306-322 ;Seq ID No 171 的氨基酸 9-25，33-41，48-73，78-86，89-97， 100-106，117-135，141-147，164-181，189-195，200-215，226-251，267-283，289-300， 318-324，332-340，355-362，374-382，389-394，397-402，422-448 和 450-455;Seq IDNo172 的氨基酸 4-31，36-45，52-76，78-118，120-135，145-164，167-228，241-250，269-279， 283-312，315-333，337-362 和 364-376 ；Seq ID No 173 的氨基酸 24-34，39-50，52-60，
70-93，96-105，124-130，146-168，173-183，195-213，217-231，248-259，267-285，304-312， 314-322,334-350,365-388,391-403,408-416,418-443,450-477,496-503,516-522, 544-550,565-592,594-600,614-635,639-670,691-705,707-714,733-744,751-764, 777-787,797-829,848-856,864-887,901-913,919-938,941-950,955-961,966-990, 1004-1023,1027-1033,1040-1047,1053-1058,1063-1073, 1079-1090, 1104-1109, 1112-1124，1128-1134，1138-1145 和 1149-1155 ;Seq ID No 174 的氨基酸 4-28，59-66， 93-98,128-134,140-164,166-186,198-208,211-227,233-240,246-258,264-277, 282-291, 297-302,318-349,362-370,372-386,393-417,420-427,437-462,464-473, 481-503, 508-514, 519-533,543-549,554-568,584-592,636-647,655-662,680-688, 702-707，716-723，726-731 和 738-746 ;Seq ID No 175 的氨基酸 16-31，78-84，131-140， 145-155，168-174，176-193，219-225，253-292，303-368，376-406，420-436，444-453 和 468-485 ；Seq ID No 176 的氨基酸 4-14 ;SeqID No 177 的氨基酸 18-35，47-55，65-82， 106-112 和 117-140 ；SeqID No 178 的氨基酸 15-38 ；Seq ID No 179 的氨基酸 31-48 和 50-55 ；Seq ID No 181 的氨基酸 6-14 ；Seq ID No 182 的氨基酸 4-10 ；Seq IDNo 183 的氨 基酸 9-18 和 21-30 ;Seq ID No 184 的氨基酸 4-13，31-39，56-74，76-83 和 85-91 ;Seq ID No 185 的氨基酸 8-32，38-49 和 57-66 ;Seq ID No 186 的氨基酸 4-19 和 25-31 ;Seq ID No 187 的氨基酸 1-9，17-25，38-49 和 52-58 ；Seq ID No 188 的氨基酸 4-16 和 20-27 ；Seq ID No 189 的氨基酸 20-26 和 32-41 ;Seq IDNo 190 的氨基酸 4-15，21-41，45-55，63-92 和 105-123 ；Seq ID Nol92 的氨基酸 4-17 和 19-25 ；Seq ID No 193 的氨基酸 5-31 和 33-50 ； Seq ID No 194 的氨基酸 10-17 ;Seq ID No 195 的氨基酸 4-21 和 52-69 ;Seq ID No 196 的氨基酸 11-29 ;Seq ID No 123 的氨基酸 48-59，267-277，452-467，497-512 和 659-673 ； Seq ID No 124 的氨基酸 315-326，428-442，741-756 和 789-808 ;Seq ID No 125 的氨基酸 24-38，108-123，599-620，775-788 和 939-949 ；Seq ID No126 的氨基酸 17-30，40-59，
71-83，93-113，216-231，260-277，371-385和 392-404 ;Seq ID No 127 的氨基酸 3-37， 42-52，58-67，72-83，94-114，123-137，142-160，197-209 和 218-250 ；Seq ID No 128 的氨基 酸 7-22，24-35，78-93，97-110，124-136，162-176，193-209，213-225 和 230-239 ；Seq ID No 129 的氨基酸 12-27，125-138，190-202，260-277 和 394-417 ;Seq ID No 130 的氨基酸 9-21，26-37，49-63，84-97，107-120，127-137，142-154，197-208 和 223-235 ;Seq ID No 131 的氨基酸 526-543，609-624，654-673 和 682-699 ;Seq ID No 132 的氨基酸 7-25， 45-63,91-122，173-183 和 216-227 ;Seq ID No 133 的氨基酸 1-11，30-43，70-86，142-150， 192-207 和 217-229 ；Seq ID No 134 的氨基酸 428-440，561-572，859-870，919-930 和 1055-1067 ；Seq ID No 135 的氨基酸 12-25，44-60，72-88，97-117，145-158，178-201 和 211-221 ；Seq ID Nol36 的氨基酸 6-26，1430-1441 和 1648-1666 ;Seq ID No 137 的氨基酸 84-94，113-125，141-152，331-342，716-728 和 743-763 ；SeqID No 138 的氨基酸 17-27， 110-120，166-179，220-234，251-262，282-294，322-339，354-366 和 379-387 ；Seq ID No 139 的氨基酸 5-25，34-51，115-125，140-152，166-181，191-201 和 215-233 ;Seq ID No 140 的氨基酸 20-31，159-177，235-244，362-371 和 444-454 ;Seq ID No 141 的氨基酸 8-23，
28122-130，289-300，289-300，336-345，388-398 和 590-614 ;Seq ID No 142 的氨基酸84-97， 141-152，181-189，318-328，439-447，498-512，656-668 和 819-828 ;Seq ID No 143 的氨基 酸 3-17，53-72，187-199，452-465，468-483 和 592-601 ;Seq ID No 144 的氨基酸 7-21， 74-84，91-101，119-130,363-372 和 387-396 ;Seq ID No 145 的氨基酸 2-13，542-552， 627-637,652-660 和 798-807 ;Seq ID No 146 的氨基酸 7-23，173-185，530-540 和 726-734 ；Seq ID No 147 的氨基酸 10-24，1065-1079，1101-1110 和 1141-1156 ;Seq ID No
148的氨基酸 80-90，212-221，233-243，286-296，356-367，531-541 和 859-869 ；Seq IDNO
149的氨基酸 3-14，31-45，51-69，70-91，152-165,257-268 和 299-311 ;Seq ID No 150 的 氨基酸 42-51，62-75，79-88，264-276，336-353 和 398-406 ；Seq ID No 151 的氨基酸 17-32，44-70，89-103，122-133 和 150-165 ;Seq ID No 152 的氨基酸 4-13，23-40，61-74， 169-191，203-212 和 289-297 ;Seq ID No 153 的氨基酸 3-20，48-59，75-83 和 104-122 ;Seq ID No 154 的氨基酸 191-200，276-285，307-321，523-535，568-577，721-729 和 772-780 ； Seq ID No 155 的氨基酸 6-17，79-88，98-107，125-137，159-167，173-191 和 267-276 ;Seq ID No 156 的氨基酸 6-27，36-45，147-157 和 172-197 ；Seq ID No 157 的氨基酸 175-187， 242-254，377-389，450-467，493-503 和 528-538 ;Seq ID No 158 的氨基酸 6-27，94-106， 135-145,255-265 和 289-311 ;Seq ID No 159 的氨基酸 36-49，59-70，100-113，121-130， 147-155 和 351-360 ;Seq ID No 160 的氨基酸 17-28，291-300，340-352，362-371 和 387-396 ；Seq ID Nol61 的氨基酸 425-443 ;Seq ID No 162 的氨基酸 685-693，699-709， 1065-1075 和 1147-1158 ;Seq ID No 163 的氨基酸 66-80，169-178，262-271，333-348， 360-370 和 554-564 ;Seq ID No 164 的氨基酸 5-17，131-141，183-198 和 376-385 ;Seq ID No 165 的氨基酸 33-43，187-200，223-232，259-272，306-316，443-452 和 461-472 ；Seq IDNo 166 的氨基酸 62-70，141-161，224-238，297-305 和 339-354 ;Seq ID No 167 的氨基 酸 12-22,82-94，186-194，371-382，434-447 和 580-589 ;Seq ID No 168 的氨基酸 27-38， 56-38，77-102，174-185，259-270，298-309 和 319-331 ;Seq ID No 169 的氨基酸 10-18， 28-51,59-68，127-138，167-177 和 338-347 ;Seq ID No 170 的氨基酸 52_67，86_98， 127-138，144-167，227-237，282-296 和 307-319 ;Seq ID No 171 的氨基酸 1-18，124-137， 244-258，298-310，324-343，368-384 和 431-450 ;Seq ID No 172 的氨基酸 9-25，75-88， 104-116，121-133，180-197,215-227 和 324-338 ；Seq ID No 173 的氨基酸 234-244， 336-346,457-468 和 1002-1012 ；Seq ID No 174 的氨基酸 3-18，332-340，445-454 和 580-591 ；Seq ID No 175 的氨基酸 251-270，342-352，380-405，407-417 和 443-451 ;Seq IDNo 176 的氨基酸 1-27 ；Seq ID No 177 的氨基酸 22-46，56-70，79-96，98-107 和 119-135 ；Seq ID No 178 的氨基酸 10-38 ;Seq ID No 179 的氨基酸 10-20 和 29-43 ;Seq ID No 180 的氨基酸 3-18 ；Seq ID No 181 的氨基酸 8-19 ；Seq ID No 182 的氨基酸 5-22 ；Seq ID No 183 的氨基酸 7-34 ;Seq ID No 184 的氨基酸 21-34，61-72 和 74-92 ;Seq ID No 185 的氨基酸 5-14，21-34 和 42-54 ;Seq ID No 186 的氨基酸 4-32 ;Seq ID No 187 的氨基酸 1-9 和 38-55 ;Seq ID No 188 的氨基酸 4-12 和 20-30 ;Seq ID No 189 的氨基酸 20-42 ;Seq ID No 190 的氨基酸 41-52，66-81 和 104-121 ；Seq ID No 191 的氨基酸 1-17 ；Seq ID No 192 的氨基酸4-32 ;Seq ID No 193 的氨基酸 10-45 ;Seq ID No 194 的氨基酸 2-23 ;Seq ID No 195 的氨基酸 8-29，41-50 和 52-72 ;Seq ID No 196 的氨基酸 3-26 ;Seq ID No 123 的氨基酸 249-260 ;Seq ID No 124 的氨基酸 569-636 ;Seq ID No 125 的氨基酸 697-758 和 808-875 ；Seq ID No 126 的氨基酸 3-23 ;Seq ID Nol27 的氨基酸 139-199 ;Seq ID No 128 的氨基酸 20-89 ;Seq ID No 129 的氨基酸 168-178 ;Seq ID No 130 的氨基酸 112-182 和 167-216 ；Seq ID No 131 的氨基酸 518-538 ;Seq ID No 132 的氨基酸 31-105 ;Seq ID No 133 的氨基酸 119-187 ；Seq ID No 134 的氨基酸 34-43 ；SeqID No 135 的氨基酸 223-241 ； Seq ID No 136 的氨基酸 91-170，1369-1393 和 1423-1486 ;Seq ID No 137 的氨基酸 397-456 ；Seq IDNo 138 的氨基酸 32-48 ;Seq ID No 139 的氨基酸 5-66 ;Seq ID No 140 的 氨基酸 271-367 ;Seq ID No 141 的氨基酸 270-279 和 621-632 ;Seq ID No 142 的氨基酸 146-221 和 782-847 ；Seq ID No 143 的氨基酸 216-283 ；Seq ID No 144 的氨基酸 245-264 和 367-374 ;Seq IDNo 145 的氨基酸 716-781 ;Seq ID No 146 的氨基酸 692-760 ;Seq IDNo 147 的氨基酸 1189-1244 ;Seq ID No 148 的氨基酸446-462 ;SeqID No 149 的氨基酸 79-94 和 136-145 ;Seq ID No 150 的氨基酸 97-165 ;Seq ID No 151 的氨基酸 106-123 ;Seq ID No 152 的氨基酸 16-80 ;Seq ID No 153 的氨基酸 36-113 ;Seq ID No 154 的氨基酸 303-330 ；Seq ID No 155 的氨基酸 154-168 ;Seq ID No 156 的氨基酸 28-49 ;Seq ID No 157 的氨基酸 406-485 ;Seq ID No 158 的氨基酸 421-488 ;Seq ID No 159 的氨基酸 442-492 和 526-610 ;Seq IDNo 160 的氨基酸 194-207 ;Seq ID No 161 的氨基酸 1058-1076 ^P 1643-1700 ；Seq ID No 162 的氨基酸 1068-1077 ;Seq ID No 163 的氨基酸 228-287 ;Seq ID No 164 的氨基酸 786-836 ;Seq ID No 165 的氨基酸 306-370 ;Seq ID No 166 的氨基酸 259-277 和 298-320 ;Seq ID No 167 的氨基酸 498-506 ;Seq ID No 168 的氨基酸 138-205 ； Seq ID No 169 的氨基酸 247-293 ;Seq ID No 170 的氨基酸 61-74 ;SeqID No 171 的氨基 B. 201-262 ；Seq ID No 172 的氨基酸 208-288 ;SeqID No 173 的氨基酸 938-1000 ;Seq ID No 174 的氨基酸 309-374 ;SeqID No 175 的氨基酸 36-109 和 375-388 ;Seq ID No 176 的 氨基酸 10-21 ；Seq ID No 177 的氨基酸 71-134 ;Seq ID No 178 的氨基酸 5-26 ;Seq ID No 179 的氨基酸 21-36 ;Seq ID No 180 的氨基酸 1-10 ;SeqID No 181 的氨基酸 13-23 ;Seq ID No 182 的氨基酸 5-11 ;Seq ID Nol83 的氨基酸 22-32 ;Seq ID No 184 的氨基酸 11-72 ;Seq ID No 185 的氨基酸4-18 ;Seq ID No 186 的氨基酸 13-26 ;Seq ID No 187 的氨基酸8-77; Seq ID No 188 的氨基酸 5-27 ;Seq ID No 189 的氨基酸 4-18 ;Seq ID No 190 的氨基酸 30-45 ；Seq ID No 191 的氨基酸 4-16 ；Seq ID No 192 的氨基酸 12-25 ；Seq ID No 193 的 氨基酸 37-48 ;Seq ID No 194 的氨基酸 4-21 ；Seq ID No 195 的氨基酸 18-44 和 SeqID No 196的氨基酸11-22。在一种实施方式中，抗原进一步由以下组成a) 1至50个另外的氨基酸残基，优选1至40，更优选1至30，更优选最多1至25， 更优选最多1至10，最优选1，2，3，4或5个另外的氨基酸残基；和/或b)与核心氨基酸序列同源的至少一个氨基酸序列。所述另外的氨基酸残基进一步如上定义。在另一实施方式中，所述氨基酸残基侧翼于核心氨基酸序列N-末端、C-末端或 N-末端和C-末端。在本发明的实施方式中，所述抗原包括如上定义的至少2，至少3，至少4，至少5或 至少6个核心氨基酸序列。
以本发明为基础的课题在另一方面通过用于生产如本发明中定义的抗原，或其活 性片段或活性变体的方法解决，包括表达如上定义的核酸分子。本发明还涉及用于生产表达如上定义的抗原，或其活性片段或活性变体的细胞的 方法，包括将合适的宿主细胞用如上定义的载体转化或转染。在实施方式中，所述抗原或其活性片段或活性变体，分离自衣原体(Chlamydiae)、 优选分离自肺炎衣原体(C. pneumoniae)、沙眼衣原体(C. trachomatis)、鹦鹉热衣原体 (C. psittaci)、兽类衣原体(C. pecorum)、鼠型沙眼衣原体(C. muridarum)、或猪衣原体 (C. suis)，更优选分离自肺炎衣原体(C. pneumoniae)、沙眼衣原体(C. trachomatis)或鹦 鹉热衣原体(C. psittaci)。以本发明为基础的课题在另一方面通过药物组合物，优选疫苗来解决，其包括如 上定义的抗原或活性片段或活性变体；或如上定义的核酸分子；或如上定义的载体。本发明的另一方面提供药物组合物，优选疫苗，包括如上定义的抗原，或其活性 片段或活性变体；或如上定义的核酸分子；或如上定义的载体，以用于治疗或预防衣原体 (Chlamydia)、优选肺炎衣原体(C. pneumoniae)、沙眼衣原体(C. tra chomatis)、鹦鹉热衣 原体(C. psittaci)、兽类衣原体(C. pecorum)、鼠型沙眼衣原体(C. muridarum)、或猪衣原 体(C. suis)，更优选肺炎衣原体(C. pneumoniae)、沙眼衣原体(C. trachomatis)或鹦鹉热 衣原体(C. psittaci)感染。在优选的实施方式中本发明的药物组合物还包括免疫刺激物质，优选聚阳离子聚 合物(polycationic polymer)，特别是聚阳离子肽，免疫刺激寡脱氧核苷酸(ODNs)，特别 是Oligo (dldC) 13，包含至少两个Lys LeuLys基序的肽，特别是KLKLLLLLKLK，神经活性化合 物，特别是人类生长激素，明矾，弗罗因德(Freimd)完全或不完全佐剂，或其组合。在本发明药物组合物的更优选的实施方式中，免疫刺激物质为聚阳离子聚合物和 免疫刺激脱氧核苷酸，或包含至少两个Lys LeuLys基序的肽和免疫刺激脱氧核苷酸的组 合,优选 KLKLLLLLKLK 和 Oligo (dldC) 13 的组合。在本发明药物组合物的更优选的实施方式中，聚阳离子聚合物为聚阳离子肽，特 别是聚精氨酸。本发明的另一方面还提供如上定义的抗原或其活性片段或活性变体，或如上定义 的核酸分子，或如上定义的载体，以用于用于治疗或预防衣原体(Chlamydia)、优选肺炎衣 原体(C. pneumoniae)、沙眼衣原体(C. trachomatis)、鹦鹉热衣原体(C. psittaci)、兽类衣 原体(C. pecorum)、鼠型沙眼衣原体(C. muridarum)、或猪衣原体(C. suis)，更优选肺炎衣 原体(C. pneumoniae)、沙眼衣原体(C. trachomatis)或鹦鹉热衣原体(C. psittaci)感染。本发明的另一优选方面涉及如上定义的抗原或其活性片段或活性变体，如上定义 的核酸分子，或如上定义的载体在用于制备治疗或预防衣原体(Chlamydia)、优选肺炎衣原 体(C. pneumoniae)、沙眼衣原体(C. trachomatis)、鹦鹉热衣原体(C. psittaci)、兽类衣原 体(C. pecorum)、鼠型沙眼衣原体(C. muridarum)、或猪衣原体(C. suis)，更优选肺炎衣原 体(C. pneumoniae)、沙眼衣原体(C. trachomatis)或鹦鹉热衣原体(C. psittaci)感染的 药物组合物，特别是制备疫苗上的用途。以本发明为基础的课题在另一方面通过抗体，或至少其有效部分来解决，其结合 至至少如上定义的抗原的选择性部分或其片段，优选其活性片段，或其变体，优选其活性变体。在优选的实施方式中，所述抗体为单克隆抗体。在另一优选的实施方式中所述有效部分包括Fab片段，F(ab)片段，F (ab) N片段， F(ab)2片段或Fv片段。在本发明另一优选的实施方式中所述抗体为嵌合抗体。在另一实施方式中所述抗体为人源化抗体。在另一实施方式中所述抗体为IgA抗体。本发明的另一方面涉及杂交瘤细胞系，其产生如上定义的抗体。以本发明为基础的课题还通过产生如上定义的抗体的方法来解决，其特征在于以 下步骤a)在非人动物中通过给药如上定义的抗原，或其活性片段或活性变体给所述动物 来引发免疫应答，b)从所述动物中除去包含抗体的体液，和c)通过将所述包含抗体的体液进行进一步的纯化步骤来产生抗体。本发明还涉及生产如上定义的抗体的方法，其特征在于以下步骤a)在非人动物中通过给药如上定义的抗原或其活性片段或活性变体给所述动物 来引发免疫应答，b)从所述动物中除去脾或脾细胞，和c)产生所述脾或脾细胞的杂交瘤细胞，d)选择和克隆对所述抗原或对所述活性片段或对其所述活性变体特异的杂交瘤 细胞，e)通过培养所述克隆的杂交瘤细胞产生抗体，和f)任选地进行进一步纯化步骤。本发明的另一方面涉及包括如上指出的抗体的药物组合物。另一方面还涉及如上定义的抗体或包括如上定义的抗体的药物组合物，以 用于治疗或预防衣原体(Chlamydia)、优选肺炎衣原体(C. pneumoniae)、沙眼衣原体 (C. trachomatis)、鹦鹉热衣原体(C. psittaci)、兽类衣原体(C. pecorum)、鼠型沙眼衣原 体(C. muridarum)、或猪衣原体(C. suis)，更优选肺炎衣原体(C. pneumoniae)、沙眼衣原体 (C. trachomatis)或鹦鹉热衣原体(C. psittaci)感染。以本发明为基础的课题在另一方面通过使用如上定义的抗体在制备治疗或预防 衣原体(Chlamydia)、优选肺炎衣原体(C. pneumoniae)、沙眼衣原体(C. tra chomatis)、鹦 鹉热衣原体(C. psittaci)、兽类衣原体(C. pecorum)、鼠型沙眼衣原体(C. muridarum)、或 猪衣原体(C. suis)，更优选肺炎衣原体(C. pneumoniae)、沙眼衣原体(C. trachomatis)或 鹦鹉热衣原体(C. psittaci)感染的药物组合物上的用途来解决。根据另一方面本发明提供拮抗剂，其结合或能够结合在本发明中所公开的抗原、 或其活性片段或活性变体。根据另一方面，根据本发明的拮抗剂为能够降低或抑制根据本 发明的抗原或其活性片段或其活性变体与其相互作用伴侣的相互作用活性的拮抗剂。在 优选的实施方式中，此类相互作用伴侣为所述抗原或其活性片段或其活性变体的抗体或受 体，优选生理学上的受体。
根据另一方面本发明提供用于鉴定能够结合如上定义的抗原或其活性片段或活 性变体的拮抗剂的方法，包括a)使分离或固定的如上定义的抗原或其活性片段或活性变体与候选拮抗剂在允 许所述候选拮抗剂与所述抗原或其活性片段或活性变体结合的条件下，在能够提供应答于 所述候选拮抗剂与所述抗原或其活性片段或活性变体的结合的可检测信号的组分的存在 下接触；和b)检测应答于所述拮抗剂与所述抗原或其活性片段或活性变体的结合产生的信 号的存在或不存在。以本发明为基础的课题还通过用于鉴定能够降低或抑制如上定义的抗原或其活 性片段或活性变体与其相互作用伴侣的相互作用活性的拮抗剂的方法来解决，包括a)提供如上定义的抗原，或其活性片段或活性变体，b)提供所述抗原，或其活性片段或活性变体的相互作用伴侣，特别是如上定义的 抗体，c)使所述抗原，或其所述活性片段或活性变体与所述相互作用伴侣相互作用以形 成相互作用复合物，d)提供候选拮抗剂，e)使所述候选拮抗剂和所述相互作用复合物之间出现竞争反应，f)确定所述候选拮抗剂是否抑制或降低所述抗原或其活性片段或活性变体与所 述相互作用伴侣的相互作用活性。本发明还涉及任何如上定义的抗原或其活性片段或活性变体在分离和/或纯化 和/或鉴定所述抗原或其所述活性片段或活性变体的相互作用伴侣上的用途。本发明的另一方面涉及用于诊断衣原体(Chlamydia)有机体感染的方法，包括以 下步骤a)使获自受试者的样品与如上定义的抗原或其活性片段或活性变体接触；和b)检测样品中针对所述衣原体(Chlamydia)有机体的抗体的存在。根据本方法的实施方式，针对所述衣原体(Chlamydia)有机体的的一种或多种抗 体的存在指示衣原体(Chlamydia)感染。在所述方法的另一实施方式中所述抗体为IgA抗体。在另一方面本发明提供用于诊断衣原体(Chlamydia)有机体感染的方法，包括以 下步骤a)使获自受试者的样品与如上定义的抗体接触；和b)检测样品中所述衣原体(CHlamydia)有机体的抗原的存在。在所述方法的实施方式中所述衣原体(Chlamydia)有机体的抗原为如上定义的 抗原或其活性片段或活性变体。根据所述方法的实施方式，所述衣原体(Chlamydia)有机体的一种或多种抗原的 存在指示衣原体(Chlamydia)感染。在所述方法的另一实施方式中所述抗体为IgA抗体。另一方面还涉及用于诊断衣原体(Chlamydia)有机体感染的方法，包括以下步 骤
a)使获自受试者的样品与对如上定义的核酸分子，或其片段特异的引物或探针接 触；和b)检测样品中此类核酸分子或其片段的存在。根据所述方法的实施方式，一种或多种所述核酸分子或其片段的存在指示衣原体 (Chlamydia)感染。本发明还提供用于体外诊断与根据本发明的抗原或其片段的表达有关的疾病的 方法，包括确定编码根据本发明的所述抗原或其片段的核酸序列的存在，或确定根据本发 明的抗原或其片段的存在。在用于诊断衣原体(Chlamydia)有机体感染的任何上述方法的实施方式中， 衣原体(Chlamydia)有机体为致病性衣原体(Chlamydia)有机体，更优选肺炎衣原体 (C. pneumoniae)、沙眼衣原体(C. trachomatis)、鹦鹉热衣原体(C. psittaci)、兽类衣原体 (C. pecorum)、鼠型沙眼衣原体(C. muridarum)、或猪衣原体(C. suis)，最优选肺炎衣原体 (C. pneumoniae)、沙眼衣原体(C. trachomatis)或鹦鹉热衣原体(C. psittaci)。此外，本发明提供如本发明中定义的抗原，或其片段或变体在产生与所述抗原，或 其片段或其变体结合的肽上的用途，其中所述肽为抗促成素(anticaline)。此外，本发明提供如上定义的抗原，或其活性片段或活性变体在制备功能性核酸 上的用途，其中所述功能性核酸选自适配子和镜像异构体(spiegelmer)。在另一方面，本发明提供如上定义的核酸分子在制备功能性核糖核酸上的用途， 其中所述功能性核糖核酸选自核酶、反义核酸和siRNA。以本发明为基础的课题还通过用于在优选需要其的动物或人类中治疗衣原体 (Chlamydia)感染的方法来解决，包括给药给所述动物或人类以治疗有效量的如任何之前 方面所定义的抗原，或其活性片段或活性变体、或核酸分子、或载体，或抗体，或药物组合 物。在一个实施方式中所述衣原体(Chlamydia)感染为肺炎衣原体(C. pneumoniae)、 沙眼衣原体(C. trachomatis)、鹦鹉热衣原体(C. psittaci)、兽类衣原体(C. pecorum)、鼠 型沙眼衣原体(C. muridarum)、或猪衣原体(C. suis)，优选肺炎衣原体(C. pneumoniae)、沙 眼衣原体(C. trachomatis)或鹦鹉热衣原体(C. psittaci)感染。以本发明为基础的课题在另一方面通过用于使动物或人类免疫衣原体 (Chlamydia)有机体感染的方法来解决，包括给予所述动物或人类以有效量的如上定义的 抗原，或其活性片段或活性变体、或如上定义的核酸分子、或如上定义的载体，或如上定义 的抗体，或如上定义的药物组合物，其中所述有效量适合在所述动物或人类中引起免疫应答。在用于使动物或人类免疫衣原体(Cglamydia)有机体感染的所述方法的实施方 式中，所述衣原体(Chlamydia)有机体优选为肺炎衣原体(C. pneumoniae)、沙眼衣原体 (C. trachomatis)、鹦鹉热衣原体(C. psittaci)、兽类衣原体(C. pecorum)、鼠型沙眼衣原 体(C. muridarum)、或猪衣原体(C. suis)，更优选为肺炎衣原体(C. pneumoniae)、沙眼衣原 体(C. trachomatis)或鹦鹉热衣原体(C. psittaci)。以本发明为基础的课题在另一方面通过用于针对衣原体(Chlamydia)有机体在 动物或人类中刺激免疫应答的方法来解决，包括给予所述动物或人类以有效量的如上定义的抗原，或其活性片段或活性变体、或如上定义的核酸分子、或如上定义的载体，或如上定 义的抗体，或如上定义的药物组合物，其中所述有效量适合在所述动物或人类中刺激免疫应答。在用于针对衣原体(Chlamydia)有机体在动物或人类中刺激免疫应答的所述方 法的实施方式中，所述衣原体(Chiamydia)有机体优选为肺炎衣原体(C. pneumoniae)、沙 眼衣原体(C. trachomatis)、鹦鹉热衣原体(C. psittaci)、兽类衣原体(C. pecorum)、鼠型 沙眼衣原体(C. muridarum)、或猪衣原体(C. suis)，更优选为肺炎衣原体(C. pneumoniae)、 沙眼衣原体(C. trachomatis)或鹦鹉热衣原体(C. psittaci)。其中使用如在本发明中所定义的抗原的各种方法和用途，分别还可以使用此类抗 原的片段，优选其活性片段，或此类抗原的变体，优选其活性变体(每一个都如优选地在本 文所述)来进行或实施，这在本发明内。与根据本发明的抗原相互作用或靶向其的本文公 开的各种化合物，可以另外地或备选地与所述抗原的活性片段或活性变体相互作用或靶向 其，这也在本发明内。在其中使用抗体的实践的每一方法和任何方法，原则上也可以当使用本文定义的 抗促成素或功能性核酸代替抗体时实施，这也在本发明内，由此优选此类功能性核酸选自 适配子或镜像异构体。这等效地适用于本申请的各种用途。在优选的实施方式中本文公开的抗原的片段为显示此类抗原的至少一种特征的 此类抗原的部分。优选此类特征为选自以下的特征用于治疗感染的适合性、使包括人类的 动物的免疫、和/或在包括人类的动物中刺激免疫应答。与衣原体(Chlamydia)、特别是肺炎衣原体(C. pneumoniae)有关本文造成的 任何公开还同样地适用于任何衣原体(Chlamydia)物种，这也在本发明内，由此衣原体 (Chlamydia)物种优选为肺炎衣原体(C. pneumoniae)、沙眼衣原体(C. trachomatis)、鹦鹉 热衣原体(C. psittaci)、兽类衣原体(C. pecorum)、鼠型沙眼衣原体(C. muridarum)、或猪 衣原体(C. suis)，更优选为肺炎衣原体(C. pneumoniae)、沙眼衣原体(C. trachomatis)或 鹦鹉热衣原体(C. psittaci)。术语“多肽”、“肽”、“蛋白质”或“抗原”在整个本说明书中可相互替换地使用，并 且以综合的方式指根据本发明的抗原，包括每一个或任何其变体、片段、类似物或衍生物， 特别本文所述的那些。在这个范围，无论何时术语多肽、肽、蛋白质或抗原在本文中使用，并 且如果不明确地另外指出，各公开还涉及或关于根据本发明的任何抗原，包括每一个或任 何其变体、片段、类似物或衍生物，特别本文所述的那些。还应该理解被根据本发明的术语 多肽、肽、蛋白质或抗原覆盖的，与任何上述化合物相关描述的任何用途或方面应该还适用 于被根据本发明的术语多肽、肽、蛋白质或抗原覆盖的，每一个和任何其它上述化合物。本发明使用来自多个人类血浆池的抗体制剂以及衍生自肺炎衣原体 (C. pneumoniae)的表面表达文库，有利地提供了有效、相关和综合的分离的核酸分子以 及由其编码的抗原(包括其活性片段和活性变体)的组。这样，本发明满足了对于肺 炎衣原体(C. pneumoniae)抗原、疫苗、诊断和产品的广泛迫切的需要，所述肺炎衣原体 (C. pneumoniae)抗原、疫苗、诊断和产品在用于制备抗体和用于鉴定针对由以下引起的 感染有效的化合物的方法中是有用的致病性衣原体(Chlamydia)物种，优选肺炎衣原体 (C. pneumoniae)、沙眼衣原体(C. trachomatis)、鹦鹉热衣原体(C. psittaci)、兽类衣原体(C. pecorum)、鼠型沙眼衣原体(C. muridarum)、或猪衣原体(C. suis)，更优选肺炎衣原体 (C. pneumoniae)、沙眼衣原体(C. trachomatis)或鹦鹉热衣原体(C.psittaci)0有效的疫苗应该由蛋白质或多肽组成，其能够被所有菌株表达并且能够诱导高亲 和力的、丰富的针对以下的细胞表面组分的抗体所述致病性衣原体(Chlamydiae)，优选 肺炎衣原体(C. pneumoniae)、沙眼衣原体(C. trachomatis)、鹦鹉热衣原体(C. psittaci)、 兽类衣原体(C. pecorum)、鼠型沙眼衣原体(C. muridarum)、或猪衣原体(C. suis)， 更优选肺炎衣原体(C. pneumoniae)、沙眼衣原体(C. trachomatis)或鹦鹉热衣原体 (C. psittaci)。抗体应该为用于调理作用(opsonisation)的IgGl和/或IgG3，任何IgG 亚型，和/或用于中和粘附或毒素作用的IgA。肺炎衣原体(C. pneumoniae)通过呼吸道的粘膜上皮感染宿主，因此认为粘膜免 疫性对于控制感染是重要的。IgA为在粘膜位置诱导的主要免疫球蛋白(Ig)亚型，并且认 为在这些位置介导防御功能。事实上，观察到IgA-缺陷小鼠比野生型小鼠更容易受感染(Rodriguez，Α.等， 2006)，表明局部IgA应答可能在针对肺炎衣原体(C. pneumoniae)感染的呼吸道感染的保 护上起作用。IgA可以在被肺炎衣原体(C. pneumoniae)感染后的患者中在血清和痰样品中都 检测到(CiarrocchLG.等，2004)。因此，已经选择IgA抗体来鉴定本发明方法中的相关抗 原。这样，通过IgA筛选鉴定的抗原，以及通过根据本发明方法产生的各IgA抗体良好地适 合用作治疗或预防衣原体(Chlamydia)物种感染，特别是肺炎衣原体(C. pneumoniae)感染 的药物组合物。化学上定义的疫苗与全细胞疫苗(减毒的或杀死的)相比必须明确地较 好，因为与人类组织交叉反应或抑制调理作用(opsonisation)的所述致病性衣原体 (Chlamydia)，优选肺炎衣原体(C. pneumoniae)、沙眼衣原体(C. trachomatis)、鹦鹉热衣 原体(C. psittaci)、兽类衣原体(C. pecorum)、鼠型沙眼衣原体(C. muridarum)、或猪衣原 体(C. suis)，更优选肺炎衣原体(C. pneumoniae)、沙眼衣原体(C. trachomatis)或鹦鹉热 衣原体(C. psittaci)的组分，可以被消除，并且可以选择诱导保护性抗体和/或保护性免 疫应答的个体多肽。在本发明的优选实施方式中，核酸分子在其全长上与Seq ID No 1至98中提出的 核苷酸序列显示70%的同一性。更优选的是包括在其全长上与Seq ID No 1至98中所示 的核酸分子有至少80%或至少85%同一性的区域的核酸。在这点上，在其全长上与同样的 具有至少90 %，91 %，92 %，93 %，94 %，95 %，或96 %同一性的核酸分子特别优选。此外，高 度优选具有至少97%的那些，特别高度优选具有至少98%和至少99%的那些，更优选具有 至少99%或99. 5%的，特别优选具有100%同一性的。此外，在该方面优选的实施方式为核 酸，其编码抗原或其片段(多肽)，其基本上保留与在Seq ID No s 99至196中所示的成熟 多肽相同的生物功能或活性。根据本发明的核酸分子编码优选为抗原的蛋白质，这也在本 发明内。由Seq ID No s 99至196定义的分子为优选为抗原的蛋白质，这还在本发明内。本领域所知和本文所用的同一性，为通过比较序列确定的两种或多种多肽序列或 两种或多种多核苷酸序列之间的关系。在本领域，同一性还意味着多肽或多核苷酸序列之 间的序列相关性的程度，因为该情形可以通过在此类序列的串之间匹配来确定。同一性可以容易地计算。由于存在许多方法测定两个多核苷酸或两个多肽序列之间的同一性， 该术语对本领域技术人员是已知的(例如Sequence AnalysisinMolecular Biology, von Heinje,G. ,Academic Press，1987)。确定同一性的优选方法被设计成给出测试的序列之间 的最大匹配。确定同一性的方法在计算机程序中编码。确定两个序列之间的同一性的优选 计算机程序方法包括，但不限于，GCG程序包(Devereux，J.等，1984)，BLASTP, BLASTN, and FASTA(Altschul, S.等，1990)。作为通过称为Seq ID Nos 1至98的本文所述的核酸分子(其描述在本文中称为 第一备选方案)的第二备选方案，根据本发明的核酸分子还可以为这样的核酸分子，其与 符合本文的第一备选方案所述的核酸至少基本上互补。本领域技术人员将知道个体核酸分 子与另一个体核酸分子至少基本上互补。如本文所用，互补是指核酸链与第二核酸链通过 Watson-Crick碱基配对原则而碱基配对。如本文所用的基本上互补是指碱基配对不对于 各链的所有碱基而发生，而是留下特定数量或百分比的碱基不配对或错误地配对。正确配 对碱基的百分比优选为至少70 %，更优选80 %，更优选90 %和最优选比90 %更高的任何百 分比。此类更高的百分比包括91，92，93，94，95，96，97，98，99和100%，由此此类限定适用 于其中使用此类术语的本申请的各方面。应该注意认为70%百分比匹配的碱基为同源的， 并且认为具有此种程度匹配碱基的杂交为严紧的。用于此类严紧杂交的杂交条件可以获自 Current Protocols in Molecular Biology (John Wiley and Sons, Inc.，1987)。更具体 地，杂交条件如下-例如在5x SSPE，5x Denhardt ‘ s 试剂(Denhardt ‘ s reagent), 0. 1% SDS, 100g/mL剪切的DNA中在68°C下进行杂交-在0.2x SSC，0. SDS在42°C下中等严紧洗涤-在0. Ix SSC, 0. 1% SDS 在 68°C下高严紧洗涤。具有50% GC含量的基因组DNA具有约96°C的TM。对于错配，Tm降低约1°C。此外，本文所述的任何其它杂交条件原则上也是适用的。当然，编码与本发明鉴定出的那些相同的多肽分子的所有核酸序列分子被任何公 开的给定的编码序列包括，因为遗传密码的简并性直接适用于明确地确定编码给定多肽分 子的所有可能核酸分子，即使此类简并的核酸分子的数目可能高。这还适用于给定抗原的 活性片段或活性变体，只要所述片段或变体编码适合使用的抗原，以能够获得如同使用全 长抗原的相同效果。优选地，此类抗原或其活性片段或活性变体可以用于接种应用，例如作 为主动或被动接种。作为第三备选方案，根据本发明的核酸分子还可以为这样的核酸，其包括根据如 上所述依照本发明的第一或第二备选方案的核酸分子的核酸分子的至少15个碱基的伸 长。优选地，所述碱基形成碱基的相邻伸长。然而，该伸长由两个或更多个通过一定数量碱 基分开的部分组成，这也在本发明的范围内。根据本发明的核酸分子优选由来自本文公开的序列的20，更优选至少30，特别至 少50个相邻碱基组成。由于使用的目的领域(例如作为(PCR)引物，探针，捕获分子(例如 在(DNA)芯片上)，等)，合适的长度易于优化。优选的核酸分子包含至少表1中列出的一 种或多种免疫原性氨基酸序列的至少相邻的15个碱基部分。特别优选的是这样的核酸，其 包含在本申请的 列策略中包含的任何序列的DNA序列的相邻部分，其与可获得的肺炎衣原体(C. pneumoniae)AR 39，CWL029, TW183和J138的基因组序列相比显示1个以上，优选 超过2个，特别优选超过5个非同一的核酸残基(http://www. ncbi. nlm. nih. gov/genomes/ lproks. CRi, gK http //pedant. Rsf. de/,禾口 http //cmr. tiRr. ors/) 牛寺另ll优选的非同—— 的核酸残基为导致非同一的氨基酸残基的残基。优选地，核酸序列编码具有与上述出版或 列出的肺炎衣原体(C. pneumoniae)配对物(counterpart)相比至少1，优选至少2，优选至 少3个不同氨基酸残基的多肽、蛋白质或抗原。优选地，此类多肽、蛋白质或抗原仍具有至 少一种本文公开的具有相同氨基酸残基的分子的特性。还优选的是此类分离的多肽，其为 例如在序列表中本文公开的蛋白质或抗原的片段，具有至少6，7，或8个氨基酸残基并被本 文所述的核酸编码。作为第四备选方案，根据本发明的核酸分子，还可以为在严紧杂交条件下与根据 本文公开的第一、第二或第三备选方案的本发明的任何核酸退火的核酸分子。严紧杂交条 件典型地为本文所述的那些。最后，作为第五备选方案，根据本发明的核酸分子还可以为要不是遗传密码的简 并性，将与根据本文所述的第一、第二、第三或第四备选方案的本发明的任何核酸分子杂交 的核酸分子。此类核酸分子是指以下事实优选根据本发明的核酸编码根据本发明的抗原， 或其片段或变体。此类核酸分子特别有用之处在于检测根据本发明的核酸分子并且从而诊 断各微生物例如肺炎衣原体(C. pneumoniae)或任何致病性衣原体(Chlamydia)物种，特别 是本文公开的那些致病性衣原体(Chlamydia)物种，以及其中涉及这些类微生物的任何疾 病或疾病状况。优选地此类微生物，特别是机会主义的微生物，直接或间接引起此类疾病。 优选地，杂交将在与本文所述第四备选方案有关所述的严紧条件下进行。本文所述的核酸分子通常是指任何核糖核酸分子，例如mRNA或cRNA，或脱氧核糖 核酸分子，包括例如，通过克隆或通过化学合成技术生产或通过其组合获得的cDNA和基因 组DNA。核酸分子可以是未修饰的RNA或DNA或修饰的RNA或DNA。这样，例如，除了别的 以夕卜，本文所用的核酸分子是指单链和双链DNA、为单链和双链DNA的混合物的DNA，以及为 单链和双链区域的混合物的RNA，包括DNA和RNA的杂交分子，所述DNA和RNA可以为单链， 或更典型地，双链，或三链，或单和双链区域的混合物。此外，本文所用的核酸分子是指包括 RNA或DNA或RNA和DNA 二者的三链区域。在此类区域中的链可以来自相同的分子或来自 不同的分子。所述区域可以衍生自一种或多种分子，但更典型地仅包括某些分子的区域。三 螺旋区域的分子之一通常为寡核苷酸。单链DNA可以为编码链，也称为正义链，或其可为非 编码链，也称为反义链。如本文所用，术语核酸分子包括如上所述包含一种或多种修饰碱基 的DNA或RNA。这样，具有为了稳定性或为了其它原因修饰的主链的DNA或RNA为按照该 术语在本文中所规定的核酸分子。此外，包括非常见碱基，例如肌苷(inosine)，或修饰的 碱基，例如三苯甲基化碱基(仅列举两个实例)的DNA或RNA为按照该术语在本文中所规 定的核酸分子。将意识到各种修饰可以对DNA和RNA进行，其对本领域技术人员已知的许 多有用目的起作用。本文所用的术语核酸分子包括核酸分子的此类化学上、酶促地或代谢 上修饰的形式，以及特征在于病毒和细胞的DNA和RNA的化学形式，包括简单或复杂的细胞 等。术语核酸分子还包括通常被称为寡核苷酸的短核酸分子。本文“多核苷酸”和“核酸” 或“核酸分子”通常可相互替换地使用。在本发明中提供的核酸分子还包括许多独特的片段，其比本申请的序列表中提出
38的核酸分子序列，更具体地肺炎衣原体(C. pneumoniae)编码区域更长或更短，其可以通 过标准克隆方法产生。为了独特起见，片段必须具有足够的大小以将其与其它已知核酸 序列区分开，最容易通过将任何所选的肺炎衣原体(C. pneumoniae)片段与生物序列数据 库例如GenBank中的核苷酸序列比较来确定。本领域技术人员将意识到在关于肺炎衣原 体(C. pneumoniae)的本文所述的任何方面将同样地适合于任何其它本文所述的衣原体 (Chlamydia)物种，更优选任何本文所述的任何致病性衣原体(Chlamydia)物种。此外，修饰可以对本发明包括的核酸分子和多肽进行。例如，核酸还可以包括遗传 密码的简并性的结果的序列。存在20种天然氨基酸，大多数被多于一种的密码指定。这样 可以进行不影响由核酸编码的多肽的核苷酸取代。因此，本发明包括编码抗原或其片段的 任何核酸分子。此外，编码本发明提供的抗原或其片段的任何核酸分子可以使用标准技术例如标 准克隆技术，功能上连接至任何所需的调控序列，无论是肺炎衣原体(C. pneumoniae)调控 序列或异源调控序列、异源前导序列、异源标记序列或异源编码序列，以形成融合蛋白。本发明还涉及本文所述核酸分子的变体，其编码序列表中提出的具有扣除 (deducted)的肺炎衣原体(C. pneumoniae)氨基酸序列的抗原的片段、类似物及其衍生物 或其片段。核酸分子的变体可以为天然发生的变体例如天然发生的等位变体，或其可为已 知不是天然发生的变体。核酸分子的此类非天然发生的变体可以通过突变形成技术，包括 应用到核酸分子、细胞或有机体的那些来进行。在这点上的变体中为通过核苷酸取代、缺失或添加与前述核酸分子不同的变体。 取代、缺失或添加可以包括一个或多个核苷酸。变体可以在编码或非编码区或二者都改 变。在编码区的改变可能产生保守或非保守性氨基酸取代、缺失或添加。优选地为编码 变体、类似物、衍生物或片段，或片段的变体、类似物或衍生物的核酸分子，其具有序列表 中提出的肺炎衣原体(C. pneumoniae)序列，其中几个、少数、5至10、1至5、1至4、3、2、 1或没有氨基酸以任何组合被取代、缺失或添加。这些中特别优选的是沉默取代(silent substitution)、添加和缺失，其不改变序列表中提出的肺炎衣原体(C. pneumoniae)多肽 的性质和活性。在这点上还特别优选的是保守性取代。本发明的核酸分子还可以用作用于例如RNA，cDNA和基因组DNA的杂交探针以分 离编码本发明多肽的全长cDNA和基因组克隆，和以分离与本发明核酸分子具有高度序列 相似性的其它基因的cDNA和基因组克隆。此类探针通常将包括至少15个碱基。优选地， 此类探针将具有至少20，至少25或至少30个碱基，和可以具有至少50个碱基。特别优选 的探针将具有至少30个碱基，以及将具有50个碱基或更少，例如30，35，40，45，或50个碱 基。例如，本发明核酸分子的编码区可以使用已知的DNA序列以合成寡核苷酸探针， 通过筛选相关文库来分离。具有与本发明基因的序列互补的序列的标记的寡核苷酸然后用 于筛选cDNA、基因组DNA或mRNA的文库，来确定该探针与文库的哪些成员杂交。本发明的核酸分子和多肽将用作用于开发或制备药物组合物和/或诊断本文进 一步讨论的疾病，特别是人类疾病的试剂和材料。为寡核苷酸的本发明的核酸分子可用于本文所述的方法，但优选用于PCR，以确定 本文鉴定的肺炎衣原体(C. pneumoniae)基因是否以全部或部分在感染组织例如皮肤、滑液或血液中存在和/或转录。意识到此类序列还将在诊断病原体导致的感染的阶段和感染 的类型上具有用途。为这种和其它目的，可以使用阵列，所述阵列为在本领域已知的并且包 括至少根据本文所述的本发明的核酸或多肽的至少一种。根据本发明的核酸分子可用于检测核酸分子和包含这些核酸分子的有机体或 样品。优选地，此类检测用于诊断，更优选用于诊断与衣原体(Chlamydiae)或衣原体 (Chlamydia)属的任何其它病原体物种，优选肺炎衣原体(C. pneumoniae)、沙眼衣原体 (C. trachomatis)、鹦鹉热衣原体(C. psittaci)、兽类衣原体(C. pecorum)、鼠型沙眼衣原 体(C. muridarum)、或猪衣原体(C. suis)，更优选肺炎衣原体(C. pneumoniae)、沙眼衣原体 (C. trachomatis)或鹦鹉热衣原体(C. psittaci)的存在或丰度相关或有关的疾病的诊断。被衣原体(Chlamydiae)或衣原体(Chlamydia)属的任何其它病原体物种，优选肺 炎衣原体(C. pneumoniae)、沙眼衣原体(C. trachomatis)、鹦鹉热衣原体(C. psittaci)、兽 类衣原体(C. pecorum)、鼠型沙眼衣原体(C. muridarum)、或猪衣原体(C. suis)，更优选肺 炎衣原体(C. pneumoniae)、沙眼衣原体(C. trachomatis)或鹦鹉热衣原体(C. psittaci)感 染的真核生物(本文也称为“个体”)，特别是哺乳动物，以及特别是人类，可以通过检测通 过各种技术在DNA水平检测的根据本发明的任何核酸分子来鉴定。可以获得用于将衣原体 (Chlamydiae)或所述其它致病性衣原体(Chlamydia)从其它有机体区分开的优选的核酸 分子候选物。本发明提供用于诊断由衣原体(Chlamydiae)或衣原体(Chlamydia)属的任何其 它病原体物种，优选肺炎衣原体(C. pneumoniae)、沙眼衣原体(C. trachomatis)、鹦鹉热衣 原体(C. psittaci)、兽类衣原体(C. pecorum)、鼠型沙眼衣原体(C. muridarum)、或猪衣原 体(C. suis)，更优选肺炎衣原体(C. pneumoniae)、沙眼衣原体(C. trachomatis)或鹦鹉热 衣原体(C. psittaci)感染引起的疾病的方法，包括从分离的样品或源自个体的样品确定 具有本文公开的，更优选序列表中提出的核酸分子的序列的核酸分子表达的增加水平。核 酸分子的表达可以使用本领域已知方法的任何一种测定以用于定量核酸分子，例如，比如， PCR、RT-PCR、核糖核酸酶保护、Northern印迹、其它杂交方法以及本文所述的阵列。本文所用的分离是指“借助于人工”从其天然状态分离，即，如果其在自然中出现， 其已经从其起始环境改变或除去，或二者。例如，如本文所用，以其天然状态天然地存在于 活的有机体中的天然发生的核酸分子或多肽为未“分离”的，但是从其天然状态的共存材料 中分离的相同核酸分子或多肽为“分离”的。作为分离的部分或分离后，此类核酸分子可以 连接至其它核酸分子，例如DNA，用于突变形成，以形成融合基因，并且例如用于在宿主中增 殖或表达。可以将分离的核酸分子，单独或与其它核酸分子例如载体连接，引入培养或完整 有机体的宿主细胞。如本文所用的术语，引入培养或完整有机体的宿主细胞，此类DNA仍将 是分离的，因为他们将不以其天然发生的形式或环境。类似地，核酸分子和多肽可以出现在 组合物，例如用于将核酸分子或多肽引入细胞的培养基制剂、溶液；用于化学或酶促反应的 组合物或溶液，例如，其不是天然发生的组合物，但其中仍保留如本文所用的该术语的意义 内的分离的核酸分子或多肽。该核酸可以例如通过本领域技术人员已知的方法从以下分离衣原体 (Chlamydiae)或衣原体(Chlamydia)属的任何其它病原体物种，优选肺炎衣原体 (C. pneumoniae)、沙眼衣原体(C. tra chomatis)、鹦鹉热衣原体(C. psittaci)、兽类衣原体
40(C. pecorum)、鼠型沙眼衣原体(C. muridarum)、或猪衣原体(C. suis)，更优选肺炎衣原体 (C. pneumoniae)、沙眼衣原体(C. trachomatis)或鹦鹉热衣原体(C. psittaci)。同样地还 适用于根据本发明的多肽。优选地，本发明的核酸分子可以最初在体外形成，例如通过化学合成，或最初在细 胞培养物中形成以及随后分离或纯化。通常，核酸可以借助于内切核酸酶和/或外切核酸 酶和/或聚合酶和/或连接酶和/或重组酶通过核酸的操作或熟练从业者已知的其它方法 来获得以产生核酸。Seq ID Nos 1至98所定义的核酸序列以要插入载体的片段所包括的第一完整密 码子起始，并且编码Seq ID Nos 99至196所定义的第一氨基酸。然而，对于重组产物另外 的核酸可能是有用的或需要的，以促进克隆和表达。本发明还涉及载体，其包括本发明的一个或多个核酸分子。载体可以另外地包括 允许其在宿主细胞复制的核酸序列，例如复制的起点(origin)、一种或多种治疗性基因和 /或选择标记基因和其它本领域已知的基因元件，例如指导编码蛋白的转录、翻译和/或分 泌的调控元件。载体可以用于转导、转化或感染细胞，从而引起细胞表达除对细胞是天然的 那些之外的核酸和/或蛋白质。载体任选地包括有助于实现核酸进入细胞的材料，例如病 毒颗粒，脂质体、蛋白涂层等。本发明还涉及被本发明载体遗传上操纵的宿主细胞，以及通过重组技术产生根据 本发明的多肽。各种表达载体可用于表达根据本发明的多肽。通常，在这点上，在宿主中适合保 持、增殖或表达核酸以表达多肽的任何载体可以用于表达。根据本发明的这方面，载体可以 为例如质粒载体，单链或双链噬菌体载体，单链或双链RNA或DNA病毒载体。本文公开的起 始质粒可商业上获得、公众可获得或可以从获得的质粒通过已知的出版的方法的常规应用 构建。在某些方面，载体中优选的为用于表达根据本发明的核酸分子和多肽的那些。在宿主 细胞中的核酸构建体可以以传统的方式用于生产由重组序列编码的基因产物。作为选择， 根据本发明的多肽可以通过传统的肽合成仪合成地生产。成熟蛋白可以在合适的启动子的 控制下在哺乳动物细胞、酵母、细菌或其它细胞中表达。无细胞翻译系统也可用于使用从本 发明的DNA构建体衍生的RNA生产此类蛋白。宿主细胞可以被遗传上操作以弓I入核酸分子和表达本发明的核酸分子。合适宿主 的代表性实例包括细菌细胞，例如链球菌(str印tococci)、葡萄球菌(staphylococci)、大 肠杆菌(E. coli)，链霉菌(str印tomyces)和枯草杆菌(Bacillus subtilis)细胞；真菌细 胞例如酵母细胞和曲霉菌(Aspergillus)细胞；昆虫细胞例如果蝇(Drosophila) S2和草 地贪夜蛾(Spodoptera) Sf9 细胞；动物细胞例如 CH0, COS, HeLa, C127, 3T3, BHK, 293，Vero, PER. C6 和人黑色素瘤(Bowes melanoma)细胞；以及植物细胞。宿主细胞可以被转染，例如通过传统的方法例如用至少一种包含在转录调控序列 的控制下的本发明核酸的表达载体电穿孔。根据本发明的另一方面，提供综合性的新多肽的组。本文之前所述的此类多肽，为 本文公开的抗原或其片段，优选其活性片段，及其变体，优选其活性变体。优选地，根据本发 明的多肽为抗原或其片段。在本发明的优选实施方式中，提供包括氨基酸序列的抗原，所述 氨基酸序列优选由本文公开的任何一种核酸分子及其片段编码。在本发明另一优选的实施方式中，提供新的蛋白质和抗原和其活性片段以及活性变体的组，其包括选自Seq ID Nos 99至196的氨基酸序列。由本发明提供的根据本发明的多肽，即抗原，优选包括在序列表中提出的任何多 肽或分子，以及以下多肽其与根据本发明的此类多肽具有至少70%同一性，优选与根据 本发明的此类多肽具有至少80%或85%同一性，更优选与根据本发明，更优选如在序列表 中提出的此类多肽有至少90%相似性(更优选至少90%同一性)，仍更优选与根据本发明 的此类多肽具有至少95 %，96 %，97 %，98 %，99 %或99. 5 %相似性(仍更优选至少95 %， 96 %，97 %，98 %，99 %，或99. 5 %同一性)，并且还包括此类多肽的部分，所述该多肽的此 类部分通常包含至少4个氨基酸，更优选至少8，更优选至少30，更优选最多50个氨基酸， 例如4，8，10，20，30，35，40，45或50个氨基酸。在优选的实施方式中此类部分为根据本发 明的多肽的活性片段。本发明还涉及根据本发明多肽的片段、类似物及衍生物。当指其氨基酸序列是优 选在序列表中提出的此类多肽时，术语“片段”，“衍生物”和“类似物”是指这样的多肽，其基 本上保持与此类多肽相同或相似的生物活性。本领域技术人员将承认本文所用的术语“相 似的生物活性”依赖于考虑中的多肽，以及更具体地其功能。本文所用的术语“生物活性”进 一步如下定义。更优选地，相似的生物功能和活性在活性、亲和力、免疫原性、稳定性和/或 特异性的程度方面不同于非片段或非衍生物的功能。在优选的实施方式中差异低于50%， 低于75%或低于90%。在实施方式中根据本发明的多肽的片段、衍生物、变体或类似物为1)其中一个或 多个氨基酸残基被保守性或非保守性氨基酸残基(优选保守性氨基酸残基)取代并且此类 取代的氨基酸残基可以或可以不为由遗传密码编码的氨基酸残基的那些，或2)其中一个 或多个氨基酸残基包括取代基的那些，或3)其中根据本发明的多肽或其片段与另一化合 物，例如增加根据本发明的多肽或其片段的半衰期的化合物，例如比如聚乙二醇融合的那 些，或4)其中另外的氨基酸融合到根据本发明的多肽或其片段，例如前导或分泌序列，或 用于纯化根据本发明的多肽或其片段的序列，或前蛋白序列的那些。相信此类片段、衍生 物、变体和类似物从本文教导下在本领域技术人员的范围内。本发明还涉及不同衣原体(Chlamydia)物种，优选致病性衣原体(Chlamydia) 物种，优选肺炎衣原体(C. pneumoni ae)、沙眼衣原体(C. trachomat i s)、鹦鹉热衣原体 (C. psittaci)、兽类衣原体(C. pecorum)、鼠型沙眼衣原体(C. muridarum)、或猪衣原体 (C. suis)，更优选肺炎衣原体(C. pneumoniae)、沙眼衣原体(C. trachomatis)或鹦鹉热衣 原体(C. psittaci)的蛋白质或抗原，其优选是同源的。此类同源物可以易于基于本文公开 的核酸和氨基酸序列分离。迄今为止对于每一病原体存在多种可区分的血清型、基因型或临床菌株，并且分 型基于血清型特异的抗血清或分子方法。因此任何抗原的存在可以就每一血清型、基因型 或菌株来确定。各种血清型对不同衣原体(Chlamydia)感染的贡献在不同年龄组特别是地 理区域中变化。最有价值的保护性抗原在各种临床菌株中需要是保守的，这是重要的方面。此外，包括此类抗原、变体、类似物、衍生物或其片段，或片段的变体、类似物或衍 生物的融合多肽，也被本发明包括。此类融合多肽和蛋白，以及编码其的核酸分子，可以使 用标准技术，包括用于生产和表达编码融合蛋白的重组多核酸的标准重组技术易于获得。
在本发明在另一实施方式中，如上定义的肽可以通过各种化学技术修饰来产生具 有与未修饰的肽基本上相同活性(如上定义对于片段和变体)，以及任选地具有其它所需 性质的衍生物。例如，蛋白质的羧酸基团，无论C末端或侧链，可以以药学上可接受的阳离 子的盐或酯化以形成酯，或转换成酰胺的形式提供。肽的氨基，无论氨基末端或侧链，可以 为药学上可接受的酸加成盐，例如HCl、HBr、乙酸、苯甲酸、甲苯磺酸、马来酸、酒石酸和其它 有机盐的形式，或可以转换成酰胺。肽侧链的羟基可以使用公知的技术转换成烷氧基或酯。 肽侧链的苯基或酚环(phenolic rings)可以被一种或多种卤素原子，例如氟、氯、溴或碘取 代，或被烷基、烷氧基、羧酸或其酯，或此类羧酸的酰胺取代。巯基可以用许多公知的保护基 团的任何一种，例如乙酰胺基团保护。在这点上还特别优选的是变体、类似物、衍生物和片段，以及片段的变体、类似物 和衍生物，其具有本文所公开，优选在序列表中提出的根据本发明的任何多肽的氨基酸序 列，其中几个、少数、5至10、1至5、1至4、3、2、1或没有氨基酸残基以任何组合被取代、缺失 或添加。这些中特别优选的是沉默取代、添加和缺失，其不改变本发明肽的性质和活性。在 这点上还特别优选的是保守性取代。最高度优选的是具有序列表中提出的没有取代的氨基 酸序列的肽。在本文公开的其各种实施方式中任何抗原的变体，特别是Seq IDNos 99至196 规定的抗原和肽，可以典型地借助于生物信息学来表征。各工具例如NCBI Basic Local Alignment Search Tool (BLAST) (Altschul，S.等，1990)可以从几种来源获得，包括国家生 iIUii^ffEΦ(National Center for Biotechnology Information) (NCBI, Bethesda, MD)和在因特网上，以连同序列分析程序blastp，blastn, blastx, tblastn和tblastx — 起使用。为了比较至少35氨基酸的氨基酸序列，使用NCBI Blast 2. 0的Blast 2序列功 能，使用设定为默认参数的默认的BL0SUM62矩阵(matrix)(空位的blastp ；空位存在成本 (gap existence cost) 11，以及每残基空位成本(per residuegap cost)为 1)。当比对短 肽(低于约35个氨基酸)时，将使用Blast 2序列功能，使用设定成默认参数(开放的空 位(open gap)9，延伸空位(extension gap) 1罚分)的PAM30矩阵。用于在此类短窗口例 如15个氨基酸或更少上确定序列同一性的方法描述于由在马里兰的贝塞斯达(Bethesda) 的国家生物技术信息中心维护的网址(http://www. ncbi. nlm. nih. rov/BLAST/)。抗原的活性变体通过在抗原上的序列改变而获得，如果不明确地指出相反，包括 其每一和任何变体、片段、类似物或衍生物，其中具有序列改变的根据本发明的多肽保持 未改变的根据本发明的多肽的功能，例如具有与完整抗原所展示的相似的生物活性，包括 例如在衣原体(Chlamydia)感染的小鼠模型中诱导免疫应答和/或显示保护免受衣原体 (Chlamydia)有机体的能力。合适的小鼠模型为，例如，如在Yang，Ζ. P.等· (1993)中所 述的肺炎的小鼠模型；如Little，C. S.等(2004)所述的阿耳茨海默疾病(Alzheimer’ s disease)的小鼠模型；Ma rangoni,A.等(2006)所述的原发性胆汁性肝硬化的小鼠模型； 和/或Hauer，A.D.等(2006)所述的动脉粥样硬化的小鼠模型。保留未改变的根据本发明的多肽的功能的另一实例为抗原的活性变体与多肽特 异性抗体特异性结合，所述抗体结合根据本发明的多肽的未改变形式。提到“生物功能”或 “生物活性”优选指多肽在其中天然地发生的细胞或有机体中的多肽的功能，即使该功能对 于细胞和有机体的生长或存活分别是不需要的。例如，孔蛋白的生物功能允许在细胞外基质中存在的化合物进入细胞。该生物功能不同于抗原性功能。根据本发明的多肽可以具有 超过一种生物功能。此类变体的序列改变可以包括，但不限于，保守性取代、缺失、突变或插入。优选的 变体为不同于保守性氨基酸取代所指的那些。保守性取代为在根据本发明的多肽中给定的 氨基酸被类似性质的另一氨基酸取代的那些，即发生在其侧链和化学性质相关的氨基酸家 族内的那些取代。此类家族的实例为具有碱性侧链、具有酸性侧链，具有非极性脂肪性侧 链、具有非极性芳香性侧链、具有不带电的极性侧链、具有小侧链、具有大侧链等的氨基酸。 典型看作保守性取代的是脂肪性氨基酸Ala，Val，Leu和Ile中一个对另一个的置换；羟基 残基Ser和Thr的相互交换；酸性残基Asp和Glu的交换，酰胺残基Asn和Gln之间的取 代，碱性残基Lys和Arg的交换，以及芳香性残基Phe和Tyr中的置换。在一种实施方式中，一种保守性取代包括在肽中。在另一种实施方式中，两种保守 性取代或更少包括在肽中。在另一实施方式中，三种保守性取代或更少包括在肽中。保守性氨基酸取代的实例包括，但不限于，以下列举的这些
起始残基保守性取代AlaSerArgLysAsnGln;HisAspGluCysSerGlnAsnGluAspHisAsnGlnIleLeuValLeuIleValLysArgGin;MetLeuliePheMetLeu;SerThrThrSerTrpTyrTyrTrp; PheVallie; Leu
Asn
Tyr 优选地，活性变体显示与患有衣原体(Chlamydia)感染的患者的人类血清的反应性，更优选介导血清转化，最优选显示杀菌活性。活性变体的这些特性可以例如按照实施 例中具体地评估。在本发明的上下文中，变体特异性结合特异性抗体(优选针对动物例如 小鼠、兔中的重组蛋白产生的多克隆抗体或在小鼠中产生的单克隆抗体)，显示与来自患有 衣原体(Chlamydia)感染的患者的人类血清的反应性，介导血清转化或显示杀菌活性，如 果变体的活性总计为没有序列改变的抗原的活性的至少10%，优选至少25%，更优选至少 50%，更优选至少70%，更优选至少80%，特别是至少90%，特别是至少95%，最优选至少 99%。所述活性变体包括天然发生的等位变体，以及突变体或任何其它非天然发生的变 体。在本领域已知，等位变体为(多)肽的改变形式，如上所述，其特征在于具有基本上不 改变多肽的生物功能的一个或多个氨基酸的取代、缺失或添加。在生活世界的任何物种内，等位变体为常规的。例如，任何细菌物种，例如肺炎衣 原体(C. pneumoniae)，通常由相互不同之处在于微小的等位变化的各种菌株(特征在于克 隆繁殖)代表。实际上，在不同菌株中履行相同生物功能的多肽可以具有在每一菌株中不 相同的氨基酸序列。此类等位变化同样地反映在核苷酸水平。等位变化对于外膜蛋白A在所述的衣原体(Chlamydia)物种内非常常见 (BruneiIe, B. W.等，2006)。在优选的实施方式中，通过氨基酸交换、缺失或插入衍生自根据本发明的多肽的 活性变体或活性片段还可以保持，或更优选改进活性(如本文定义的反应性、血清转化和/ 或杀菌活性)。此外，这些多肽还可以包括表位，其触发相同或优选改进的T细胞应答。如 本文进一步定义，这些表位称为”异变的(heteroclitic)”。它们对MHC/HLA分子具有类 似的或优选更高的亲和力，以及以类似或优选更强的方式刺激针对起始表位的T细胞受体 (TCR)。异变表位可以通过合理设计获得，即例如Rammensee H.等(1999)所述，考虑个别残 基对结合MHC/HLA的贡献，结合可能与TCR相互作用的残基的有规则交换，用具有针对起始 表位的T细胞测试所得的序列。此类设计对于本领域技术人员无需过度试验即是可行的。在本发明更优选的实施方式中，根据本发明的多肽的活性变体为任何本文公开的 多肽，更具体地为由Seq ID Nos 99至196定义的任何多肽，其与任何所述Seq ID Nos 99 至196的多肽具有至少50%的序列同一性，特别与任何所述Seq ID Nos 99至196的多肽 具有至少60 %，优选至少70 %，更优选至少80 %，更优选至少90 %，更优选至少95 %，96 %， 97 %，98%，最优选99%的序列同一性，和/或通过如上定义的保守性取代衍生自Seq ID Nos 99至196的任何序列的所述多肽。根据本发明的多肽、其片段或变体还包括或由修饰的表位(modified epitope) 以及编码此类修饰表位的核酸序列组成，其中优选给定表位的一种或两种氨基酸根据在例 如，ToUrdot，S.等，(2000)中公开的规则修饰或取代。由根据本发明多肽呈现的表位本文 还称为呈递表位(或称“本发明的表位”)。通过氨基酸交换衍生自呈递表位的，改进、保持或至少不显著地阻碍表位的T细 胞激活能力的表位，也包含在根据本发明的表位中，这是明显的。因此，呈递表位还包括这 样的表位，其不包含衍生自肺炎衣原体(C. pneumoniae)的起始序列，但是触发相同或优选 改进的T细胞应答。这些表位还称为"异变的"，它们需要具有类似的或优选更高的与 MHC/HLA分子的亲和力，并且需要以类似或优选更强的方式刺激针对起始表位的T细胞应答(TCR)。用于鉴定表位特别是异变的表位的另一种可能包括用针对一种或几种呈递表位 的T细胞筛选肽文库。优选方式为合成肽文库的位置扫描。此类方法已经例如由Hemmer， B.等，(1999)和其中给出的参考文献具体地描述。作为由本文公开的本发明衍生的氨基酸序列或异变表位代表的表位的备 选方案，模拟这些表位的本文也称为"拟肽(ρ印tidemimetica)“或"反向释放肽 (retro-inverse-peptides)“的物质或化合物也可使用并且从而在本发明内。改进表位的设计的另一方面为其用增加其刺激T细胞的能力的物质的配制或修 饰。这些包括T辅助细胞表位、脂质或脂质体或优选如在WO 01/78767中公开的修饰。增加表位的T细胞刺激能力的另一方式为其用免疫刺激物质的配制，所述免疫刺 激物质例如细胞因子或趋化因子如白介素-2，_7，-12，-18，I类和II干扰素(IFN)，特别是 IFN- γ，GM-CSF，TNF- α，flt3_ 配体和其它。根据本发明的多肽优选以分离的形式提供，优选纯化成同质的。在本发明的另一实施方式中变体为片段。片段的特征在于通过一个或多个氨基酸 缺失衍生自如上定义的抗原。缺失可以为C-末端、N-末端和/或内部的。优选片段通过最 多 10，20，30，40，50，60，80，100，150 或 200，更优选最多 10，20，30，40 或 50，更优选最多 5， 10或15，更优选最多5或10，最优选1，2，3，4或5个缺失来获得。本发明的活性片段的特 征在于具有与完整抗原显示的类似的生物活性，包括例如如上所述诱导免疫应答和/或显 示保护免受例如在衣原体(Chlamydia)感染的小鼠模型中的衣原体(Chlamydia)的能力。 抗原的片段在本发明的上下文中是活性的，如果片段的活性总计为没有序列改变的抗原的 活性的至少10 %，优选至少25 %，更优选至少50 %，更优选至少70 %，更优选至少80 %，特 别是至少90%，特别是至少95%，最优选至少99%。这些片段可以以任何所需的长度设计 或获得，包括长度上小至约50至80个氨基酸。在进一步的实施方式中，根据本发明的多肽的片段，更优选活性片段的特征在于 结构或功能属性，即包括根据本发明的多肽的α-螺旋或α-螺旋形成区域、折叠和
折叠形成区域、转角和转角-形成区域、卷曲(coil)或卷曲-形成区域、亲水性区域、疏 水性区域、α-两性区域、β-两性区域、柔性区域(flexible regions)、表面-形成区域、 底物结合区域、以及高抗原性指示区域的片段，以及此类片段的组合。优选的区域为介导根 据本发明的多肽的抗原性和抗体结合活性的那些。在这点上最高度优选的为具有本发明的 抗原及其片段的化学、生物或其它活性的片段，包括具有类似或改进活性的那些，由此此类 改进活性为免疫原性和稳定性，或具有降低的不期望的活性，由此此类降低的不期望的活 性为酶促和毒性功能，并且产生人类交叉反应抗体。特别优选的是包含酶的受体或结构域 的片段，其赋予对于衣原体(Chlamydiae)或其它任何致病性衣原体(Chlamydia)物种的存 活关键的功能，或在人类中引起疾病的功能。根据本发明的多肽的进一步优选的片段为包 括或包含在动物，特别是人类中的抗原性或免疫原性决定子的那些。此类片段还称为抗原 性片段。抗原性片段还优选定义为其自身为抗原性或当以半抗原提供时可以获得抗原性 的片段。因此，显示一个，特别对于更长的片段，显示仅几个氨基酸交换的抗原或抗原性片 段，也能够通过本发明实现，条件是具有氨基酸交换的此类片段的抗原性或抗原性能力因交换不严重地恶化，即适合在用此抗原接种的个体中引发合适的免疫应答并且通过来自个 体血清的个体抗体制备来鉴定。根据本发明的多肽的此类片段的优选实例为在表1的“预测的免疫原性aa”或“预 测的II类限制性τ细胞表位/区域”或“鉴定的免疫原性区域(aa)的位置”栏中所示的核 心氨基酸序列。表1中列出的所有这些片段单独地和独立地每一个形成本发明的优选方面。将意识到，除了其它，本发明还涉及编码前述片段、变体、活性变体和活性片段的 核酸分子，与编码片段、变体、活性变体和活性片段的核酸分子杂交的核酸分子，特别是在 严紧条件下杂交的那些，以及用于扩增编码片段的核酸分子的核酸分子，例如PCR引物。在 这些方面，优选的核酸分子为符合如上讨论的优选片段的那些。根据本发明的多肽可以以修饰的形式表达，例如融合蛋白，并且可以不仅包括分 泌信号还包括另外的异源功能区域。这样，例如，另外的氨基酸的区域，特别是带电的氨基 酸，可以添加至多肽的N-或C-末端以改进在纯化期间或在随后的处理和贮存期间在宿主 细胞中的稳定性和持续性。同样地，区域可以添加至多肽以促进纯化或以增强表达。此类 区域还可以在最终制备多肽之前除去。将肽部分添加至多肽以引起分泌或排泄，以改进稳 定性，以增强表达或以促进纯化等，在本领域是熟悉和例行的技术。优选的融合蛋白包括 来自免疫球蛋白的异源区域，其用于使多肽溶解或纯化。例如，EP 0464533公开了包括免 疫球蛋白分子的恒定区的各种部分以及另一蛋白或其部分的融合蛋白。在药物发现中，例 如，蛋白质已经与抗体Fc部分融合，以旨在高通量筛选检测，从而鉴定拮抗剂。参见例如， (Bennett, D.等，1995)and(Johanson，K.等，1995)。融合还可以包括融合或偶合至除了氨 基酸部分(包括脂质和碳水化合物)的根据本发明的多肽。此外，本发明的抗原还可以与现 有技术描述的其它疫苗试剂，以及与衍生自其它微生物的其它物种疫苗试剂组合使用。此 类蛋白可用于预防、治疗和诊断由广谱衣原体(Chlamydia)分离物引起的疾病。在进一步的实施方式中本发明的肽融合至表位标记，其提供抗-标记物质可以选 择性结合至其的表位。表位标记通常位于肽的氨基_或羧基_末端，但是只要生物活性允 许就可以引入作为内部插入物或取代物。肽的此类表位-标记的形式的存在可以使用例 如针对标记的肽的抗体的物质来检测。同样地，表位标记的提供允许肽通过使用抗标记 (anti-tag)抗体或与表位标记结合的其它类型的亲和基质的亲和纯化来容易地纯化。各种 标记肽及其各抗体在本领域是已知的。实例包括聚组氨酸(poly-his)、聚组氨酸-甘氨酸 (poly-his-gly)标记、HA标记多肽、c-myc标记、Strep标记禾口 FLAG标记。本发明的多肽可以通过许多传统技术中的任一制备。例如，它们可以通过化学合 成以及通过生物技术手段生产。后者包括用包含根据本发明的核酸的载体转染或转化宿主 细胞。在优选的实施方式中，载体为根据本发明的载体。根据本发明的多肽的生物技术生 产进一步包括在允许蛋白质表达并且对本领域技术人员而言是已知的条件下，转染或转化 的宿主细胞的培养。将表达的蛋白质通过对本领域技术人员已知的合适手段从细胞(或从 培养基，如果细胞外地表达)回收、分离和任选地纯化。例如，蛋白质使用已知的技术，例如 在盐酸胍中在细胞裂解或提取后以溶液的形式分离。包括本发明多肽和抗原的分子可以使 用各种传统方法中的任何进一步纯化，所述传统方法包括但不限于硫酸铵或乙醇沉淀、酸 提取、液相色谱例如正相或反相，使用HPLC，FPLC等；亲和色谱(例如使用无机配体或单克隆抗体)，尺寸排阻色谱、阴离子或阳离子交换色谱、磷酸纤维素色谱、疏水相互作用色谱、 羟基磷灰石色谱、凝集素色谱、固定金属螯合物色谱、凝胶电泳等。本领域技术人员可以选 择最合适的分离和纯化技术而无需背离本发明的范围。此类纯化提供基本上不含微生物的 其它蛋白质和非蛋白质材料的形式的抗原。制备根据本发明的多肽的备选方案涉及通过酶促消化已知肽的片段产生，例如通 过用已知在由特定氨基酸残基限定的位点处裂解蛋白质的酶处理，或通过用合适的限制 性酶消化DNA，表达消化的DNA和分离所需片段。另一合适的技术涉及通过聚合酶链反应 (PCR)分离和扩增编码所需肽片段的DNA片段。限定DNA片段的所需末端(termini)的寡 核苷酸在PCR中用作5'和3'弓丨物。具有在已知序列的DNA中，并从而在蛋白质中的预定 位点处，用于形成突变，例如缺失、插入和取代的技术是已知的。使用传统技术，例如PCR， 本领域技术人员可以容易地使用本文提供的抗原和肽，来鉴定和分离其它类似的蛋白。此 类方法是常规的，并且认为如果根据本文提供的信息，不需要过度的试验。例如，使用寡 核苷酸介导的定点突变形成(Carter，P.等，1985 ；Zoller, M. J.等，1987)、盒式突变形成 (cassette mutagenesis) (Wells, J. Α.等，1985)、限制性选择突变形成(Wells, J. Α.等， 1986)、PCR突变形成或其它已知的技术，可以形成变化，以在克隆的DNA上进行，从而产生 本发明的肽。根据本发明的多肽可以用于检测有机体或在包含这些有机体或蛋白质或抗原 (包括其片段)的样品中的有机体。优选此类检测用于诊断，更优选用于诊断疾病，最优 选用于诊断与革兰氏阴性细菌，特别是致病性衣原体(Chlamydia)物种，优选肺炎衣原体 (C. pneumoniae)、沙眼衣原体(C. trachomatis)、鹦鹉热衣原体(C. psittaci)、兽类衣原体 (C. pecorum)、鼠型沙眼衣原体(C. muridarum)、或猪衣原体(C. suis)，更优选肺炎衣原体 (C. pneumoniae)、沙眼衣原体(C. trachomatis)或鹦鹉热衣原体(C. psittaci)的存在或丰 度有关或相关的疾病。根据本发明的核酸还可用于诊断或检测样品中的有机体，由此有机体分别为与在 根据本发明的多肽和根据本发明的抗体使用方面公开的相同的有机体。基本上，其在本领 域技术人员的技能内以分别按照本公开内容设计和实施此类诊断和检测检验和方法。更优 选此类诊断或检测使用引物或探针以特异地与根据本发明的核酸分子相互作用。此类引物 和探针的长度和设计分别依赖于具体方法或实施的诊断而变化。在优选的实施方式中，使 用用于例如基于PCR的检测或诊断系统，即方法或检验的引物，引物的长度将从约10个核 苷酸至约30个核苷酸，更优选约16至25个核苷酸。在基于探针的检测或诊断系统的情况 下，探针的长度优选约与基于引物的系统所规定的相同。此外，在基于探针的系统的情况 下，探针将包括允许其直接或间接检测的部分。用于直接检测的此类部分可以为本领域技 术人员已知的放射性标记或荧光标记。用于间接检测的此类部分可以为生物素或任何其它 部分，其介导与其它化合物的相互作用，所述其它化合物又被标记以允许其检测。本发明还涉及诊断检验，例如用于检测在细胞和组织中的根据本发明的多肽，更 优选本发明的抗原及其片段的水平(包括确定正常和异常水平)的定量诊断检验。这样， 例如，用于检测根据本发明的多肽相对于正常对照组织样品的过度表达的根据本发明的诊 断检验可以用于检测感染的存在，例如，鉴定感染的有机体。可用于确定在衍生自宿主的样 品中的此类多肽水平的检验技术对本领域技术人员是已知的。此类检验方法包括放射性免疫检验、竞争结合检验、Western印迹分析和ELISA检验。其中，经常优选ELISA和Western 印迹分析。ELISA检验最初包括制备对根据本发明的多肽之一特异的抗体，优选单克隆抗 体。此外，通常制备与单克隆抗体结合的报道抗体。报道抗体连接至可检测试剂例如放射 性、荧光或酶试剂，例如辣根过氧化物酶。根据本发明的多肽的一种或几种，更优选根据本 发明的抗原及其片段可以固定在ELISA平板上以用于检测要测试的患者或受试者中的反 应性抗体。Western印迹分析最初单独地或与SDS-聚丙烯酰胺凝胶电泳组合地分离根据本 发明的多肽，并且其随后转移并固定到固相载体基质上，例如硝基纤维素、尼龙或其组合。 与报道抗体一起反应性抗体可以被检测。报道抗体连接至可检测试剂例如放射性、荧光或 酶试剂，例如辣根过氧化物酶上。还可以使用如本文所述的根据本发明的多肽或根据本发明的核酸分子或针对其 的引物或探针，以用于阵列目的或与其一起使用。在根据本发明的核酸分子或针对其的引 物或探针的情况下，探针和引物的长度可优选为约25至约75个核苷酸，更优选从约35至 约50个核苷酸。更具体地，根据本发明的多肽的至少一种可以固定在载体上。所述载体典 型地包括各种根据本发明的多肽和/或其抗原和片段，从而通过使用根据本发明的抗原及 其片段，和/或不同的抗原及其片段的一种或几种可以形成变化。此类阵列以及通常的任 何阵列的特性化特征在于以下事实在所述载体或其表面上的独特或预定义区域或位置， 独特的多肽被固定。因为这个在阵列的独特位置或区域的任何活性可以与特定多肽有关。 在载体上固定的不同多肽，更优选不同抗原及其片段的数量可以分别从少至10个至几千
不同的多肽和抗原及其片段。每cm22所述分子的密度在优选的实施方式中可以少至10每 Cm22至少400个不同的此类多肽每cm2，更特别是至少1，000个不同的此类多肽，更优选不
同的抗原及其片段每em22。本文关于固定根据本发明的多肽及其用途所述的，还适用于核 酸分子和本领域技术人员已知的分别针对其的引物和探针。此类阵列的制造对于本领域技术人员是已知的，并且，例如，描述于美国专利 5，744，309。阵列优选包括具有至少第一表面的平坦的、多孔或非多孔的固相载体。根据本 发明的多肽固定在所述表面上。其中，优选的载体材料为玻璃或纤维素。阵列用于本文所 述诊断应用任一项，这也在本发明内。除了根据本发明的多肽之外，根据本发明的核酸分子 也可以用于产生如上所述阵列，其原则上可用于任何公开的针对包含多肽的阵列所公开的 目的。其中，这也应用到由本文所述的抗体，优选单克隆抗体组成的阵列。在另一方面，本发明涉及针对根据本发明的多肽、根据本发明的其衍生物、片段、 变体、活性片段和活性变体的任何的抗体。本发明包括，例如，单克隆和多克隆抗体、嵌合、 单链和人源化抗体、以及Fab片段或Fab表达文库的产物。抗体可以是嵌合的，即其不同部 分源于不同物种或至少各序列取自不同物种，这在本发明内。通常和特别针对对应于本发明序列的抗原及其片段的此类抗体可以通过将根据 本发明的多肽直接注射入动物或通过给药所述多肽给动物，优选非人类来获得。如此获得 的抗体然后结合所述多肽自身。以此方式，甚至仅编码所述多肽片段的序列可以用于产生 结合根据本发明的完整天然多肽的抗体。此类抗体然后可以用于从表达抗原及其片段的组 织分离根据本发明的多肽。本领域技术人员将理解该方法还适用于所述多肽的片段、变体、其活性片段和活性变体。本发明的另一方面涉及用于生产根据本发明的抗体的方法。这包括，例如，单克隆 和多克隆抗体、嵌合、单链和人源化抗体、以及Fab片段或Fab表达文库的产物，其能够特异 地与根据本发明的多肽或组合物结合。在优选的实施方式中，抗体为单克隆、多克隆、嵌合或人源化抗体或其功能性活性 片段。在另一优选地实施方式中所述功能性活性片段包括Fab片段。针对根据本发明的肽或抗原或组合物产生的抗体可以通过将根据本发明的肽或 抗原或组合物直接注射入动物或给药根据本发明的肽或抗原或组合物给动物，优选非人类 来获得。这样获得的抗体将然后结合根据本发明的肽或抗原或组合物。此类抗体可以然后 用于从表达这些的组织分离反应性抗原、肽或蛋白质。为了制备单克隆抗体，可以使用提供通过连续细胞系培养物产生的抗体的本领域 已知的任何技术(如最初在KShler，g.等，1975中描述)。可以使为了生产单链抗体描述的技术(美国专利No. 4，946，778)适合在根据本发 明的各种实施方式中生产针对免疫原性抗原及其片段的单链抗体。同样地，转基因小鼠，或 其它有机体例如其它哺乳动物，可以用于表达针对根据本发明多肽的人源化抗体。抗体还可以使用杂交瘤细胞系来生产。本发明的另一方面还涉及生产本发明抗体的杂交瘤细胞系。表达所需单克隆抗体的杂交瘤细胞系通过已知的传统技术产生。杂交瘤细胞可以 通过将正常激活的，抗体-产生B细胞与骨髓瘤细胞融合来产生。在本发明的上下文中，杂 交瘤细胞能够产生特异性结合本发明抗原的抗体。类似地，所述高滴度抗体可以通过将已知的重组技术应用到为这些抗原开发的单 克隆或多克隆抗体来产生(参见，例如，PCT专利申请No. PCT/GB85/00392 ；英国专利申请公 开 No. GB2188638A ；Amit, A. G.等，1986 ；Queen, C.等，1989 ；PCT 专利申请 No. W090/07861 ； Riechmann, L.等，1988 ;Huse，W. D.等，1988)。作为选择，抗体可以使用展示文库来产生。例如，可以使用噬菌体展示技术或 核糖体展示来选择具有针对根据本发明多肽的结合活性的抗体基因，所述多肽来自源于 人类的筛选以具有各靶抗原结合抗体的淋巴细胞的PCR扩增ν-基因的库或来自天然文 库(McCafferty, J. ^,1990 ；Marks, J.等，1992)。这些抗体的亲和性还可以通过链改组 (chain shuffling)来改进(Clackson, Τ.等，1991)。如果存在两种抗原结合结构域，每一结构域可以针对不同的表位-称为‘双特异’ 抗体。上述抗体可以用于通过将抗体连接到固相载体上来分离或鉴定表达根据本发明 的多肽的克隆以用于通过亲和色谱分离和/或纯化。这样，其中，针对根据本发明的多肽的抗体可以用于抑制和/或治疗感染，特别是 细菌感染，更特别是由以下引起的感染致病性衣原体(Chlamydia)物种，优选肺炎衣原体 (C. pneumoniae)、沙眼衣原体(C. trachomatis)、鹦鹉热衣原体(C. psittaci)、兽类衣原体 (C. pecorum)、鼠型沙眼衣原体(C. muridarum)、或猪衣原体(C. suis)，更优选肺炎衣原体 (C. pneumoniae)、沙眼衣原体(C. trachomatis)或鹦鹉热衣原体(C. psittaci)。在其各种实施方式中根据本发明的多肽，更具体地抗原及其片段包括抗原学上、表位学上或免疫学上的等效衍生物，其形成本发明的特别方面。如本文所用的术语“抗原学 上的等效衍生物”包括根据本发明的此类多肽或其等效物(equivalent)，其将被特定抗体 特异性地识别，所述特定抗体当针对所述多肽产生时，干扰病原体与哺乳动物宿主之间的 相互作用。如本文所用的术语“免疫学上的等效衍生物”包括这样的肽或其等效物，当在合 适的制剂中使用以在脊椎动物中产生抗体时，抗体起作用以干扰病原体与哺乳动物宿主之 间的相互作用。在其各种实施方式中根据本发明的多肽，更具体地抗原及其片段，例如其抗原学 上或免疫学上的等效衍生物或其融合蛋白可用作抗原以使小鼠或其它动物例如大鼠或鸡 免疫。融合蛋白可以提供稳定性给根据本发明的多肽。此类多肽可以例如通过与免疫原性 载体蛋白，例如胎牛血清白蛋白(BSA)或钥孔血蓝蛋白(KLH)缀合而连接。作为选择，包括 根据本发明的多肽，更优选抗原及其片段，或抗原学上或免疫学上的等效抗原及其片段的 多拷贝的抗原性肽，可以为充分抗原性的，以改进免疫原性从而避免使用载体。优选地将抗体或其衍生物修饰以使其在个体中较少免疫原性。例如，如果个体为 人类，抗体可以最优选为“人源化的”，其中杂交瘤衍生的抗体的互补决定区已经移植到人 类单克隆抗体，例如如在(JOnes, P.等，1986)或(Tempest, P.等，1991)中所述。在遗传免疫中根据本发明的核酸分子的使用将优选使用合适的递送方法，例如 将质粒DNA直接注射入肌肉，递送与特异蛋白载体复合的DNA，使DNA与磷酸钙共沉淀， 以脂质体的各种形式封装DNA，粒子轰击(particle bombardment) (Tang, D.等，1992 ； Eisenbraun,M.等，1993)和使用克隆的逆转录病毒载体体内感染(Seeger, C.等，1984)。在另一方面本发明涉及与任何根据本发明的多肽结合的肽，以及用于制备此类肽 的方法，由此该方法特征在于使用所述多肽和本领域技术人员已知的基本步骤。此类肽可以通过使用根据现有技术的方法例如噬菌体展示或核糖体展示来产生。 在噬菌体展示的情况下，基本上以噬菌体的形式产生肽的文库，并且将此类文库与靶分子 (在该情况下为根据本发明多肽)接触。与靶分子结合的这些肽随后优选作为具有靶分子 的复合物从各反应中除去。本领域技术人员已知结合特性，至少在某种程度上，依赖于具 体实行的试验构建例如盐浓度等。从文库的未结合成员中分离具有更高亲和力或更强力的 与靶分子结合的这些肽后，并且任选地还在从靶分子和肽的复合物除去靶分子之后，各肽 可以随后表征。在表征之前，任选地实行扩增步骤，例如通过使编码肽的噬菌体增殖。表征 优选包括靶结合肽的测序。基本上，肽不在其长度上受限，然而优选具有约8至20个氨基 酸长度的肽优选在各方法中获得。文库的大小可为约IO2至1018，优选IO8至IO15个不同的 肽，然而不限于此。在优选的实施方式中此类肽为高亲和力的结合肽。在更优选的实施方 式中，肽为肽适配子。本文所用的肽适配子是指结合特定的靶分子的肽分子。肽适配子设计成干扰细胞 内其它蛋白的相互作用。它们由在两端连接至蛋白支架(protein scaffold)的可变肽环 组成。该双结构限制极大地将肽适配子的结合亲和力增加到可与抗体相比的水平(纳摩尔 范围)。可变环长度典型地由10至20个氨基酸组成，支架可以为具有良好溶解度和兼容 性(compacity properties)的任何蛋白质。目前，细菌蛋白硫氧还蛋白-A为最常用的支 架蛋白，可变环插入还原活性的位点内，其在野生型蛋白中为-Cys-Gly-Pro-Cys-环，两个 半胱氨酸侧链能够形成二硫键。可以使用不同的系统进行肽适配子选择，但是最常用的为
51目前的酵母双杂交系统。已经证明了配体调节的肽适配子(LiRPAs)的选择。通过从基于 三聚FKBP-雷帕霉素-FRB结构的新支架蛋白展示7个氨基酸的肽，随机肽和靶分子之间的 相互作用可以通过小分子雷帕霉素(Rapamycin)或非免疫抑制性类似物来控制。如上所述的靶结合肽的特别形式为所谓的“抗促成素”，其中，其描述于德国专利 申请DE 19742706。迄今为止，本发明还涉及与根据本发明的多肽特异性结合的肽，以及其 用于本文所述治疗性和诊断性应用的任何之一，优选用于抗体的用途。在另一方面，本发明涉及与任何根据本发明的多肽相互作用的功能性核酸，以及 用于制备此类功能性核酸的方法，由此该方法特征在于使用根据本发明的多肽，并且基本 步骤对本领域技术人员而言是已知的。功能性核酸优选为核酸适配子和镜像异构体。迄今 为止，本发明还涉及与根据本发明的多肽特异性结合的核酸适配子和镜像异构体，以及其 用于本文所述治疗性和诊断性应用的任何之一，优选用于抗体的用途。核酸适配子为D-核酸，其为单链或双链的并且其与靶分子特异性地相互作用。 适配子的制备或选择例如描述于欧洲专利EP 0 533 838。基本上实行以下步骤。首先， 提供核酸的混合物，即潜在的适配子，由此各核酸典型地包括几个，优选至少8个连续的 (subsequent)随机核苷酸的片段。将该混合物随后与靶分子接触，由此核酸例如基于与候 选混合物相比，增加的针对靶的亲和力或具有至其的更大的力，与靶分子结合。结合核酸然 后从剩下的混合物分离。任选地，将这样获得的核酸使用例如聚合酶链反应扩增。这些步 骤可以重复几次，最后给出具有与靶特异性结合的核酸的比率增加的混合物，从其最终的 结合核酸然后任选地选择。这些特异性结合核酸被称为适配子。显然可以在用于产生或鉴 定个体核酸的混合物的适配子样品的方法的任何阶段，使用标准技术确定其序列。适配子 可以被例如通过引入预定义的化学基团来稳定化，所述化学基团对于产生适配子领域的技 术人员而言是已知的。此类修饰可以例如在于在核苷酸的糖部分的2’ -位置处引入氨基。 适配子目前用作治疗剂。然而，这样选择或产生的适配子可以用于靶验证和/或用作前导 物质，以用于开发药物组合物，优选基于小分子的药物组合物，这也在本发明内。这实际上 通过竞争检验来完成，由此靶分子和适配子之间的特异性相互作用被候选药物抑制，从而 当从靶和适配子的复合物置换为适配子时，可以假定各药物候选物允许特异性抑制靶和适 配子之间的相互作用，并且如果该相互作用是特异的，所述候选药物将至少原则上适合阻 断靶，从而降低其在包括此类靶的各系统上的生物利用度或活性。这样获得的小分子可以 然后进行进一步的衍生化和修饰以优化其物理、化学、生物和/或医学性质例如毒性、特异 性、生物降解性和生物利用度。镜像异构体及其产生或制备基于类似的原理。镜像异构体的制备描述于国际专利 申请WO 98/08856。镜像异构体为L-核酸，其是指它们由L-核苷酸组成而不是如适配子那 样由D-核苷酸组成。镜像异构体的特征在于以下事实它们在生物系统中具有非常高的稳 定性，并且与适配子相比，特异性地与它们针对的靶分子相互作用。在产生镜像异构体的过 程中，形成D-核酸的异源群体，并且使该群体与靶分子的光学对映体接触，在本案中例如 与根据本发明的抗原或其片段的天然发生的L-对映异构体的D-对映异构体接触。随后， 分离不与靶分子的光学对映体相互作用的那些D-核酸。但是将与靶分子的光学对映体相 互作用的那些D-核酸分离、任选地鉴定和/或测序，并且随后基于从D-核酸获得的核酸序 列信息合成相应的L-核酸。这些L-核酸，其和上述与靶分子的光学对映体相互作用的那些D-核酸在序列方面相同，将特异性地与天然发生的靶分子而不是与其光学对映体相互 作用。与用于产生适配子的方法类似，还可以重复各种步骤几次，从而富集与靶分子的光学 对映体特异性地相互作用的那些核酸。在另一方面，本发明涉及与根据本发明的任何核酸分子相互作用的功能性核酸， 和用于制备此类功能性核酸的方法，由此该方法的特征在于使用根据本发明的核酸分子及 其各序列，并且基本步骤对本领域技术人员而言是已知的。功能性核酸优选为核酶、反义寡 核苷酸和siRNA。迄今为止，本发明还涉及与根据本发明的多肽特异性结合的此类功能性核 酸，以及其用于本文所述的任何治疗性和诊断性应用，优选用于抗体的用途。核酶为催化活性的核酸，其优选由RNA组成，其基本上包括两部分。第一部分显 示催化活性而第二部分负责与靶核酸特异性地相互作用，在本案中所述核酸编码根据本发 明的多肽。当靶核酸与核酶的第二部分之间相互作用时，典型地通过杂交和与在两条杂交 链上的碱基的基本上互补的延伸的Watson-Crick碱基配对，催化活性部分可以变得有活 性，这意味着在核酶的催化活性为磷酸二酯酶活性的情况下，其分子内或分子间地催化靶 核酸。随后可以存在靶核酸的进一步降解，其最终导致靶核酸以及从所述靶核酸衍生的蛋 白质的降解。核酶、其用途和设计原则对于本领域技术人员而言是已知的，并且例如描述于 (Doherty, E.等，2001)和(Lewin, Α.等，2001)。分别用于制备药物组合物和作为诊断试剂的反义寡核苷酸的活性和设计，基于类 似的作用模式。基本上，反义寡核苷酸基于碱基互补性与靶RNA，优选与mRNA杂交，由此激 活核糖核酸酶H。核糖核酸酶H被磷酸二酯和硫代磷酸酯偶合的DNA激活。然而磷酸二酯偶 合的DNA被细胞核酸酶迅速地降解，除了硫代磷酸酯偶合的DNA之外。当与RNA杂交时，这 些有抗性的、非天然发生的DNA衍生物不抑制核糖核酸酶H。换句话说，反义多核苷酸仅作 为DNA RNA杂交复合物有效。其中此类反义寡核苷酸的实例描述于美国专利US 5，849，902 和US 5，989，912。换句话说，基于靶分子的核酸序列(其在本案中为用于根据本发明的抗 原及其片段的核酸分子，其来自从其原则上可以推断出各核酸序列的靶蛋白，或通过知道 核酸序列等，特别是mRNA)，合适的反义寡核苷酸可以基于碱基互补的原理而设计。特别优选的为反义寡核苷酸，其具有短延伸的硫代磷酸酯DNA (3至9个碱基)。最 少3个DNA的碱基需要细菌核糖核酸酶H的激活，而最少5个碱基需要哺乳动物核糖核酸酶 H的激活。在这些嵌合寡核苷酸中，存在形成核糖核酸酶H的底物的中心区域，其侧翼于由 修饰的核苷酸组成的不形成核糖核酸酶H的底物的杂交“臂”。嵌合寡核苷酸的杂交臂可以 被例如2’-0_甲基或2’ ‘-氟修饰。备选方法在所述臂中使用甲基磷酸酯或氨基磷酸酯 键。用于实施本发明的反义寡核苷酸的进一步实施方式为P-甲氧基寡核苷酸，部分P-甲 氧基寡脱氧核糖核苷酸或P-甲氧基寡脱氧_核糖核苷酸。更具体地描述于上述两篇提到的美国专利中的那些反义寡核苷酸与本发明尤 其相关和对本发明有用。这些寡核苷酸不包含天然发生的5' =>3'-连接的核苷 酸。而是该寡核苷酸具有两种类型的核苷酸激活核糖核酸酶H的2’ -脱氧硫代磷酸酯 (deoxyphosphorothioate)，以及不激活的2，-修饰核苷酸。2，-修饰核苷酸之间的键可以 为磷酸二酯、硫代磷酸酯或P-乙氧基磷酸二酯。核糖核酸酶H的激活通过相邻的核糖核酸 酶H-激活区域实现，其在3’和5’之间包含2’ -脱氧硫代磷酸酯核苷酸以激活细菌核糖核 酸酶H，以及在5和10之间包含2’ -脱氧硫代磷酸酯核苷酸以激活真核，特别是哺乳动物核糖核酸酶H。保护免受降解通过使5’和3’末端碱基高度核酸酶抗性，并且任选地通过在 3’末端放置阻断基团来实现。更具体地，反义寡核苷酸包括5’末端和3’末端；并且从位置11至595'=> 3'-连接的核苷酸独立地选自2’ -修饰的磷酸二酯核苷酸和2’ -修饰的P-烷氧基磷酸 三酯核苷酸；并且其中所述5’ -末端核苷连接至三和十邻近的硫代磷酸酯_连接的脱氧 核糖核苷酸之间的核糖核酸酶H-激活区域，并且其中所述寡核苷酸的3’末端选自倒置的 (inverted)脱氧核糖核苷酸、1至3个硫代磷酸酯2’-修饰的核糖核苷酸的相邻延伸、生物 素基团和P-烷氧基磷酸三酯核苷酸。同样地还可以使用这样的反义寡核苷酸，其中不是5’末端核苷酸连接到核糖核酸 酶H-激活区域，而是如上指出的3’末端核苷酸。同样地，5’末端选自特定的组而不是所述 核苷酸的3’末端。在各种实施方式中根据本发明的核酸和多肽可用作或用于制备药物组合物， 特别是疫苗。优选地此类药物组合物，优选疫苗用于预防或治疗由以下相关或有关引 起的疾病衣原体(Chlamydia)物种，优选致病性衣原体(Chlamydia)，优选肺炎衣原体 (C. pneumoniae)、沙眼衣原体(C. trachomatis)、鹦鹉热衣原体(C. psittaci)、兽类衣原 体(C.pecorum、鼠型沙眼衣原体(C. muridarum)、或猪衣原体(C. suis)，更优选肺炎衣原体 (C. pneumoniae)、沙眼衣原体(C. trachomatis)或鹦鹉热衣原体(C. psittaci)。迄今为止 本发明的另一方面涉及用于在个体，特别在哺乳动物中诱导免疫应答的方法，其包括用在 其各种实施方式中的根据本发明的多肽，或其片段或变体接种个体，所述多肽，或其片段或 变体足以产生抗体或保护所述个体免受上述微生物的感染。本发明的另一方面还涉及在个体中诱导免疫应答的方法，其包括，通过基因治疗 或其它，递送根据本发明的核酸分子，优选其在各种实施方式中功能性编码抗原或其片段， 以用于在体内表达根据本发明的多肽，从而诱导免疫应答以产生抗体或细胞介导的T细胞 应答(细胞因子_产生T细胞或细胞毒性T细胞)，以保护所述个体免受疾病，无论该疾病 已经在个体中确立与否。单因素给药(One-way ofadministering)该基因通过促进其进入 所需细胞作为颗粒或其它上的涂层。本发明的另一方面涉及免疫组合物，当引入能够在其内诱导免疫应答的宿主时， 所述免疫组合物在此类宿主中诱导免疫应答，其中所述组合物包括重组DNA，所述重组DNA 在其各种实施方式中编码和表达根据本发明的多肽的至少一种。免疫应答可以治疗学上或 预防学上地使用，并且可以采用抗体免疫性或细胞免疫性的形式例如由CTL或CD4+T细胞 产生的形式。在其各种实施方式中根据本发明的多肽可以与辅蛋白(co-protein)融合，该辅 蛋白自身不能产生抗体，但是能够稳定第一蛋白并且产生具有免疫原性和保护性质的融合 蛋白。该融合重组蛋白优选进一步包括抗原性辅蛋白，例如谷胱甘肽-S-转移酶(GST)或 β-半乳糖苷酶；相对大的辅蛋白，其使蛋白溶解并促进其生产和纯化。此外，辅蛋白在提 供免疫系统的普遍刺激的意义上可以充当佐剂。辅蛋白可以与第一蛋白的氨基或羧基末端 连接。通过本发明还提供这样的方法，其在其各种实施方式中在具有任何以下感染 的动物模型中的此类基因免疫试验中使用根据本发明的核酸分子本文所述的衣原体(Chlamydia)物种，优选肺炎衣原体(C. pneumoniae)、沙眼衣原体(C. trachomatis)、鹦鹉 热衣原体(C.psittaci)、兽类衣原体(C.pecorum)、鼠型沙眼衣原体(C. muridarum)、或猪 衣原体(C. suis)，更优选肺炎衣原体(C. pneumoniae)、沙眼衣原体(C. trachomatis)或鹦 鹉热衣原体(C. psittaci)。此类分子将特别地用于鉴定能够激起预防性或治疗性免疫应答 的蛋白表位。该方法能够允许随后从成功地抵抗或清除感染的动物的必要器官中制备特定 价值的单克隆抗体，以用于开发在哺乳动物中，特别在人类中以下感染的预防性试剂或治 疗性治疗本文所述的衣原体(Chlamydia)物种，优选肺炎衣原体(C. pneumoniae)、沙眼衣 原体(C. trachomatis)、鹦鹉热衣原体(C. psittaci)、兽类衣原体(C. pecorum)、鼠型沙眼 衣原体(C. muridarum)、或猪衣原体(C. suis)，更优选肺炎衣原体(C. pneumoniae)、沙眼衣 原体(C. trachomatis)或鹦鹉热衣原体(C.psittaci)感染。在其各种实施方式中根据本发明的多肽可以用作用于接种宿主的抗原，以产生特 异性抗体，所述抗体例如通过阻断细菌粘附到受损组织上来保护防止细菌的入侵。组织损 伤和进而受损组织的实例包括例如由病毒感染(特别是呼吸性的，例如流感)、机械的、化 学的或热损伤或由植入留置装置引起的皮肤或结缔组织和肌肉组织中的创伤，或在粘膜， 例如口、乳腺、尿道或阴道中的创伤。本发明还包括疫苗制剂，其包括在其各种实施方式中的根据本发明的一种或几种 多肽以及一种或多种合适的载体和/或赋形剂。用于本发明的药学上可接受的载体和/ 或赋形剂是常规的，并且可以包括缓冲剂、稳定剂、稀释剂、防腐剂和增溶剂。E.W.Martin， Mack PublishingCo.，Easton，PA，15th Edition(1975)的 Remington' sPharmaceutical Sciences，描述了适合药学上递送本文所述(多)肽的组合物和制剂。通常，载体或赋形剂 的性质将依赖于所用的给药的具体模式。例如，胃肠外制剂通常包括注射液，其包括药学上 和生理学上可接受的流体例如水、生理盐水、平衡的盐溶液、水性右旋糖、甘油等作为载体。 对于固体组合物(例如粉末、丸剂、片剂或胶囊形式)，传统的非毒性固体载体可以包括，例 如，医药级的甘露醇、乳糖、淀粉或硬脂酸镁。除了生物学上的中性载体之外，要给药的药物 组合物可以包含少量的非毒性助剂物质，例如增湿或乳化剂、防腐剂、PH缓冲剂等，例如乙 酸钠或去水山梨糖醇月桂酸酯。由于根据本发明的所述多肽可以在胃中分解，它们优选胃肠外地给药，包括，例如 为以下的给药皮下地、肌肉内的、静脉内的、皮内的、鼻内的或透皮的。适合胃肠外给药的 制剂包括水性或非水性无菌注射液，其可以包含抗氧化剂、缓冲剂、抑菌剂和赋予制剂与体 液等渗性的溶质，优选个体的血液；以及水性和非水性无菌悬浮液，其可以包含悬浮剂或 增稠剂。制剂可以存在于单位剂量或多剂量容器(container)，例如，密封的安瓿或小瓶 (vials)中，并且可以在冷冻干燥条件下贮存，其在立即使用之前仅需要添加无菌液体载 体。疫苗制剂还可以包括佐剂系统以增强制剂的免疫原性，例如水包油系统和其它本领域 已知的其它系统。剂量将依赖于疫苗的比活性并且可以通过常规试验容易地确定。根据另一方面，本发明涉及药物组合物，其包括在其各种实施方式中的一种或几 种根据本发明的多肽以用于本文所述的各种衣原体(Chlamydia)物种，优选肺炎衣原体 (C. pneumoniae)、沙眼衣原体(C. trachomatis)、鹦鹉热衣原体(C. psittaci)、兽类衣原体 (C. pecorum)、鼠型沙眼衣原体(C. muridarum)、或猪衣原体(C. suis)，更优选肺炎衣原体 (C. pneumoniae)、沙眼衣原体(C. trachomatis)或鹦鹉热衣原体(C.psittaci)。此类药物组合物可以包括针对所述衣原体(Chlamydia)物种的所述多肽的一种，优选至少两种或更 多。任选地，在组合药物组合物中此类多肽还可以与针对另一病原体的抗原组合。优选地， 所述药物组合物为用于预防或治疗由以下引起的感染的疫苗衣原体(Chlamydia)物种， 优选本文公开的致病性衣原体(Chlamydia)，优选肺炎衣原体(C. pneumoniae)、沙眼衣原 体(C. trachomatis)、鹦鹉热衣原体(C. psittaci)、兽类衣原体(C. pecorum)、鼠型沙眼衣 原体(C. muridarum)、或猪衣原体(C. suis)，更优选肺炎衣原体(C. pneumoiae)、沙眼衣原 体(C. trachomatis)或鹦鹉热衣原体(C. psittaci)，和/或其它病原体(针对其抗原已经 包含在疫苗中)。根据另一方面，本发明涉及包括根据本发明的核酸分子的药物组合物。此类药物 组合物可以包括编码根据本发明的多肽的一种或多种根据本发明的核酸分子。任选地，在 组合的药物组合物中使此类编码根据本发明的多肽的核酸分子与编码针对其它病原体的 抗原的核酸分子组合。优选地，所述药物组合物为用于预防或治疗由以下引起的感染的疫 苗衣原体(Chlamydia)物种，优选本文公开的致病性衣原体(Chlamydia)，优选肺炎衣原 体(C. pneumoniae)、沙眼衣原体(C. trachomatis)、鹦鹉热衣原体(C. psittaci)、兽类衣原 体(C. pecorum)、鼠型沙眼衣原体(C. muridarum)、或猪衣原体(C. suis)，更优选肺炎衣原 体(C. pneumoniae)、沙眼衣原体(C. trachomatis)或鹦鹉热衣原体(C. psittaci)，和/或 其它病原体(针对其抗原已经包含在疫苗中)。药物组合物可以包含任何合适的助剂物质(auxiliarysubstance)，例如缓冲物 质、稳定剂或其它活性成分，特别是关于药物组合物和/或疫苗生产已知的成分。在优选的实施方式中药物组合物还包括免疫刺激物质例如佐剂。佐剂可以基于 给药方法选择，并可以包括聚阳离子物质，特别是聚阳离子肽，免疫刺激性核酸分子，优选 免疫刺激性寡脱氧核苷酸(ODNs)，特别是Oligo (dIdC)13，包含至少两个LysLeuLys基序的 肽，特别是肽KLKLLLLLKLK，明矾、无机油类佐剂例如弗罗因德(Freund)完全佐剂、弗罗因 德(Freimd)不完全佐剂，神经活性化合物，特别是人类生长激素，或一种或多种上述佐剂 的任何组合。其它合适的佐剂可以从以下选择=Montanide不完全S印pic佐剂(incomplete Seppic adjuvant)例如ISA、水包油乳化佐剂例如Ribi佐剂系统、包含胞壁酰二肽的 syntax佐剂制剂，或铝盐佐剂或其组合。本发明中所用的术语“01igO(dIdC)13”是指包含13个脱氧(肌酐_胞嘧啶)基序 的磷酸二酯主链的单链DNA分子，还定义为术语[oligo-d(IC)13]。确切序列为5’-dIdCdId CdIdCdIdCdIdCdIdCdIdCdIdCdIdCdIdCdIdCdIdCdIdC-3，。01igo(dIdC)13 还可以定义为术语 (oligo-dIC26) ；oligo_dIC26_mer ；oligo-deoxy IC, 26-mer ；或 oligo-dlC, 26-mer,例如在 WO 01/93903 和 WO 01/93905 中所指出。药物组合物，特别是疫苗，包括除了在其各种实施方式中的一种或几种根据本发 明的多肽和/或根据本发明的核酸分子之外，还包括生物学上或药学上活性的其它化合 物。优选地，疫苗组合物包括至少一种聚阳离子肽。根据本发明要使用的聚阳离子化合物 可以为任何聚阳离子化合物，其显示根据WO 97/30721的特性效果。优选的聚阳离子化合 物选自碱性多肽、有机聚阳离子、碱性聚氨基酸或其混合物。这些聚氨基酸应该具有至少 4个氨基酸残基的链长(W0 97/30721)。特别优选的为例如以下物质聚赖氨酸、聚精氨酸 和包含在多于8个，特别多于20个氨基酸残基中碱性氨基酸超过20%，特别超过50%的多肽，或其混合物。其它优选的聚阳离子及其药物组合物描述于WO 97/30721 (例如聚乙烯亚 胺)和WO 99/38528。优选地这些多肽包含20至500个氨基酸残基，特别是30至200个残基。这些聚阳离子化合物可以化学地或重组地生产，或可以来自天然来源。阳离子(多)肽还可以为具有在(Ganz，Τ.，1999)中所述性质的抗菌剂。这些 (多)肽可以为原核或动物或植物来源，或可以化学地或重组地生产(W0 02/13857)。肽 还可以属于防御素类(W0 02/13857)。此类肽的序列可以例如在以下网址的抗菌序列数 据库(AntimicrobialSequences Database)中发现:http://www. bbcm. univ. trieste. it/~tossi/pag2. html。此类宿主防御肽或防御剂(defensives)还为根据本发明的聚阳离子聚合物的优 选形式。通常，将允许适应性免疫系统的激活(或下调)(优选通过APC (包括树突细胞) 介导的)作为最终产物的化合物用作聚阳离子聚合物。用作在本发明中聚阳离子物质的特别优选的为导管素(cathelicidin)衍生的抗 菌肽或其衍生物(国际专利申请W002/13857，在此通过参考引入)，特别是衍生自哺乳动物 导管素，优选来自人类、牛或小鼠的抗菌肽。来自天然来源的聚阳离子化合物包括HIV-REV或HIV-TAT (衍生的阳离子肽、触角 足(antermapedia)肽、壳聚糖或几丁质的其它衍生物)或衍生自这些肽的其它肽或通过生 化或重组生产的蛋白质。其它优选的聚阳离子化合物为凯萨林(cathelin)或与凯萨林相 关或衍生的物质。例如，小鼠凯萨林为肽，其具有氨基酸序列NH 2-RLAGLLRKGGEKIGEKLKKI G0KIKNFFQKLVPQPE-C00H。相关或衍生的凯萨林物质包含具有至少15-20个氨基酸残基的凯 萨林序列的全部或部分。衍生可以包括天然氨基酸被不在20种标准氨基酸中的氨基酸的 取代或修饰。此外，其它阳离子残基可以引入此类凯萨林分子。这些凯萨林分子优选与抗 原组合。这些凯萨林分子令人惊奇地被证明作为用于抗原的佐剂而无需添加其它佐剂也是 有效的。因此可以使用此类凯萨林分子作为在具有或不具有其它免疫激活物质的疫苗制剂 中的有效佐剂。根据本发明使用的另一优选的聚阳离子物质为包含被3至7个疏水性氨基酸分开 的至少2个2KLK-基序的合成肽(国际专利申请W002/32451，在此通过参考引入)。本发明的药物组合物还可以包括免疫刺激性核酸。免疫刺激性核酸为例如中性或 人工的包含CpG的核酸、衍生自非脊椎动物的核酸的短延伸(stretches)；或以短的寡核苷 酸(ODNs)的形式，所述寡核苷酸(ODNs)在特定的碱基背景(base context)中包含未甲基 化的胞嘧啶-鸟嘌呤二核苷酸(CpG)(例如描述于WO 96/02555)。作为选择，例如描述于WO 01/93903的基于肌苷和胞苷的核酸，或包含脱氧肌苷和/或脱氧尿苷残基的脱氧核酸(描 述于WO 01/93905和WO 02/095027，在此通过参考引入)可以优选用作与本发明相关的免 疫刺激性核酸。优选地，不同免疫刺激性核酸的混合物可以根据本发明使用。任何上述聚阳离子化合物与任何上述免疫刺激性核酸组合，这也在本发明内。 优选地，此类组合根据描述于以下的那些W0 01/93905，WO 02/32451，WO 01/54720，WO 01/93903, WO 02/13857 和 W002/095027 和 WO 03/047602，在此通过参考引入。此外或作为选择，除了根据本发明的多肽和根据本发明的核酸分子(优选根据本 发明的编码核酸分子)之外，此类疫苗组合物可以包括优选神经活性化合物。优选地，神经活性化合物为如例如描述于W001/24822的人类生长因子。同样优选地，神经活性化合物与 上述的任何聚阳离子化合物和/或免疫刺激性核酸组合。同样地，根据本发明的药物组合物为这样的药物组合物，其包括至少任何以下化 合物或其组合在其各种实施方式中的根据本发明的核酸分子、根据本发明的多肽、根据本 发明的载体、根据本发明的细胞、根据本发明的抗体、根据本发明的功能性核酸和分别根据 本发明的结合肽例如抗促成素和高亲和力结合肽和肽适配子、优选按照本文所述筛选的根 据本发明的激动剂和拮抗剂。与其相关的任何这些化合物可以与用于细胞、组织或有机体 的未灭菌或灭菌的载体，例如适用于施用于受试者的药学上的载体组合使用。此类组合物 包括，例如介质添加剂或治疗有效量的本发明的抗原及其片段，和药学上可接受的载体或 赋形剂。此类载体可以包括，但不限于，生理盐水、缓冲生理盐水、右旋糖、水、甘油、乙醇及 其组合。制剂应该适合给药模式。所述组合物可以例如用于免疫或治疗受试者。所述药物组合物包括至少一种本发 明的肽；然而，其还可以包括鸡尾酒(即，简单的混合物)，所述鸡尾酒包含本发明的不同肽 (包括片段和其它变体)，任选地与其它病原体的不同的抗原性蛋白质或肽混合。这些肽、 多肽、蛋白质或其片段或变体的此类混合物例如用于产生针对广谱衣原体(Chlamydia)分 离株的所需抗体。本发明的肽还可以以药学上可接受的盐的形式使用。能够与本发明的肽 形成盐的合适的酸和碱对于本领域技术人员而言是已知的，并且包括无机和有机酸和碱。本发明的另一方面为包含选自以下的核酸的药物组合物(i)本发明的核酸和/或与其互补的核酸，和(ii)任选地药学上可接受的载体或赋形剂。单独或与其它核酸序列组合的核酸序列可以进一步用作药物组合物的成分，所 述其它核酸序列编码抗原或抗体或针对其它致病性微生物。所述组合物可以用于免疫或 治疗患有以下感染引起的疾病的人类和/或动物衣原体(Chlamydia)，优选肺炎衣原体 (C. pneumoniae)、沙眼衣原体(C. rachomatis)、鹦鹉热衣原体(C. psittaci)、兽类衣原体 (C. pecorum)、鼠型沙眼衣原体(C. muridarum)、或猪衣原体(C. suis)，更优选肺炎衣原体 (C. pneumoniae)、沙眼衣原体(C. trachomatis)或鹦鹉热衣原体(C. psittaci)。药学上可 接受的载体或赋形剂可以如上定义。在另一种实施方式中，单独或与编码来自其它致病性微生物的其它抗原或抗 体的其它核酸序列组合的本发明的核酸序列，可以进一步用于组合物，所述组合物旨在 主动地诱导针对受试者中的病原体的保护性免疫应答。本发明的这些组分在用于诱导 针对患有以下感染的人类和/或动物中的保护性免疫应答的方法中是有用的衣原体 (Chlamydia)，优选肺炎衣原体(C. pneumoniae)、沙眼衣原体(C. trachomatis)、鹦鹉热衣 原体(C. psittaci)、兽类衣原体(C. pecorum)、鼠型沙眼衣原体(C. muridarum)、或猪衣原 体(C. suis)，更优选肺炎衣原体(C. pneumoniae)、沙眼衣原体(C. trachomatis)或鹦鹉热 ^fe(C. psittaci)。为了用于制备治疗剂或疫苗组合物，核酸递送组合物和方法是有用的，其对于本 领域技术人员而言是已知的。本发明的核酸还可用于本发明的方法或用于本文所述的组合 物作为DNA序列，其或者作为裸DNA给药，或与药学上可接受的载体一起给药，并且提供了 抗原、肽或多肽的体内表达。所谓的“裸DNA”可以用于在患者中在体内表达本发明的抗原、肽或多肽(参见，例如，Cohen，J.，1993，其描述了“裸DNA”的类似用途)。例如，与调控序 列相关的“裸DNA”可以治疗等上地或作为疫苗组合物的部分例如通过注射给药。作为选择，编码本发明的抗原或肽的核酸或与其互补的核酸可以用于药物组合物 内，例如以在体内表达本发明的抗原或肽或多肽，例如以诱导抗体。本发明的优选实施方式涉及药物组合物，其中根据本发明的核酸包括在载体和/ 或细胞内。适合本发明上下文的载体和/或细胞如上所述。载体特别地用于DNA疫苗。用 于递送的合适的载体可以由本领域技术人员容易地选择。用于体内基因递送的示例性载 体容易地获自各种学院和商业来源，并且包括，例如腺相关病毒(国际专利申请No. PCT/ US91/03440)、腺病毒载体(Kay, Μ.等，1994 ;Ishibashi，S.等，1993)或其它病毒载体，例 如各种痘病毒、牛痘等。重组病毒载体，例如逆转录病毒或腺病毒，优选用于将外源DNA整 合入细胞的染色体。本发明的药物组合物可以任何有效传统的方式给药，包括例如，通过局部、口服、 肛门、阴道、静脉内、腹膜内、皮下、鼻内、气管内或皮内途径等给药。为了治疗或作为预防剂，本发明的药物组合物的活性剂可以作为注射组合物，例 如作为优选等渗的无菌水分散液给药给个体。优选地，本发明的药物组合物可以鼻内地例如作为气溶胶制剂给药。通常，鼻内接种代表替代基于针的注射的有吸引力的非入侵性方案，并且在粘膜 表面提供较优的保护。此外，可以在鼻内免疫后诱导粘膜以及全身免疫性。在上述Rodriguez Α.等，(2006)的公开的研究中已经显示，使用DNA疫苗的鼻内 免疫在小鼠中提供针对肺炎衣原体(C. pneumoniae)感染的保护。同样地，使用蛋白质疫苗 的鼻内免疫在小鼠的呼吸道中诱导局部免疫应答。因此，鼻内应用特别适合用于根据本发明的衣原体(Chlamydiae)疫苗，特别是用 于肺炎衣原体(C. pneumoniae)疫苗。作为选择，所述组合物，优选药物组合物可以例如以软膏剂、霜剂、洗剂、眼膏、滴 眼剂、滴耳剂、嗽口水、浸渍敷料(impregnateddressing)和缝合以及气溶胶的形式配制以 用于局部应用，并且可以包含合适的常规添加剂，包括，例如防腐剂，帮助药物渗透的溶剂 和在软膏剂和霜剂中的润肤剂。此类局部制剂还可以包含相容的常规载体，例如软膏剂和 霜剂基质，和用于洗剂的乙醇或油醇。此类载体可以占制剂重量的约至约98%，更通常 它们占制剂质量的达约80%。除本文所述的治疗之外，本发明的药物还通常用作伤口处理剂以防止细菌粘附到 在伤口组织中暴露的基质蛋白，并且以用于预防性应用，所述预防性应用在牙科治疗中作 为抗生素预防的替代方案或与其联合使用。在优选的实施方式中药物组合物为疫苗组合物。优选地，此类疫苗组合物方便地 以注射形式或以气溶胶制剂以用于鼻内递送。常规佐剂可用于增强免疫应答。用于使用蛋 白质抗原接种的合适的单位剂量对于成人为约0. 02至3 μ g抗原/每kg体重，对于儿童为 约0. 2至10 μ g抗原/每kg体重，并且此类剂量优选以2至24个周的间隔给药1-3次。本发明的抗原、核酸、载体、抗体或药物组合物的“有效量”或“治疗有效量”可 以按照能够显示体内效应的量计算，例如预防或改善以下感染的迹象或症状衣原体 (Chlamydia)，优选肺炎衣原体(C. pneumoniae)、沙眼衣原体(C. trachomatis)、鹦鹉热衣原体(C.psittaci)、兽类衣原体(C.pecorum)、鼠型沙眼衣原体(C. muridarum)、或猪衣原 体(C. suis)，更优选肺炎衣原体(C. pneumoniae)、沙眼衣原体(C. trachomatis)或鹦鹉热 衣原体(Cpsittaci)。此类量可以由本领域技术人员确定。使用指出的剂量范围，期望使用本发明的化合物没有不利地毒理学效应，其将排 除它们给药给合适的个体。在进一步的实施方式中本发明涉及诊断包和药物包和试剂盒，其包括填充有本发 明的上述组合物的一种或多种成分的一个或多个容器。成分可以以有用的量、剂量、制剂或 组合存在。与此类容器相关的为以由政府机构规定形式的注意事项(notice)，该机构调节 药物或生物产品的制备、使用或销售，反映由机构批准用于人类给药的产品的制备、使用或销售。关于本发明，如本文所述的任何疾病相关的用途例如，比如，药物组合物或疫苗 用途，特别地为疾病或患病状况，其由以下引起，与以下相关或有关衣原体(Chlamydia)， 更优选任何衣原体(Chlamydia)物种，优选肺炎衣原体(C. pneumoniae)、沙眼衣原体 (C. trachomatis)、鹦鹉热衣原体(C. psittaci)、兽类衣原体(C. pecorum)、鼠型沙眼衣原 体(C. muridarum)、或猪衣原体(C. suis)，更优选肺炎衣原体(C. pneumoniae)、沙眼衣原体 (C. trachomatis)或鹦鹉热衣原体(C. psittaci)。根据本发明要预防和/或治疗的，与细 菌感染相关、由其引起或有关的疾病，包括慢性感染。常见位置包括上和下呼吸道。临床症 状的范围包括肺炎、上呼吸道疾病、支气管炎、鼻窦炎、哮喘性支气管炎、成人发作的哮喘和 慢性阻塞性肺疾病。此外，衣原体(Chlamydia)感染还与动脉粥样硬化和心血管疾病以及 阿耳茨海默疾病有关。本文所述的每一和任何症状、疾病、障碍或综合症分别地和独立地为本发明意义 上的适应症、疾病或障碍，这也在本发明的范围内，所述症状、疾病、障碍或综合症直接或 间接与有机体的接触有关或由其引起，所述有机体例如患有以下的动物或人类衣原体 (Chlamydia)物种，优选致病性衣原体(Chlamydia)，优选肺炎衣原体(C. pneumoniae)、沙 眼衣原体(C. trachomatis)、鹦鹉热衣原体(C. psittaci)、兽类衣原体(C. pecorum)、鼠型 沙眼衣原体(C. muridarum)、或猪衣原体(C. suis)，更优选肺炎衣原体(C. pneumoniae)、沙 眼衣原体(C. trachomatis)或鹦鹉热衣原体(C.psittaci)。因此并且仅借助于举例，本发 明意义上的疾病为肺炎以及支气管炎和慢性阻塞性肺疾病。本文所述各种化合物用于的疾病还可以为其中表达根据本发明的多肽的那些疾 病或其中本文所述的化合物例如根据本发明的多肽、疫苗、抗体或任何适配子和镜像异构 体分别适合治疗和/或诊断其的任何疾病，这也在本发明内。此类潜在应用可以分别由交 叉反应性和同源性产生。本领域技术人员理解，与根据本发明的药物组合物相关描述的任 何疾病可以进行使用本文所述的药物组合物，反之亦然。本发明上下文的治疗是指治疗性治疗和预防性(prophylactic)或预防性 (preventative)措施，其中目的在于预防或降低(减轻)靶向的致病性状况或障碍。需要 治疗的那些包括已经患有疾病的那些以及倾向于患有疾病的那些或在其中要预防疾病的 那些。在更进一步的实施方式中，本发明涉及使用任何根据本发明的多肽或任何根据本 发明的核酸的筛选方法。像这样的筛选方法对于本领域技术人员而言是已知的，并且可以如此设计以筛选激动剂或拮抗剂。与此类筛选方法相关，优选地筛选这样的拮抗剂，其在本 案中抑制或预防根据本发明的任何抗原或其片段与相互作用伴侣的结合。此类相互作用伴 侣可以为天然发生的相互作用伴侣或非天然发生的相互作用伴侣。本发明还提供用于筛选化合物以鉴定增强(激动剂)或阻断(拮抗剂)根据本发 明的多肽或本发明的核酸分子的功能，例如其与结合分子的相互作用的那些。筛选方法可 以包括高通量的。例如，为了筛选激动剂或拮抗剂，根据本发明的多肽的相互作用伴侣，可能为合 成反应混合、细胞区室(cellular compartment)，例如膜，细胞包膜或细胞壁，或其任何 的制剂，其可以从细胞制备，所述细胞表达与根据本发明的多肽结合的分子。将制剂与标 记形式的此类多肽在候选分子的不存在或存在下一起孵育，所述候选分子可以为激动剂 或拮抗剂。候选分子与结合分子结合的能力反映了标记的配体的降低的结合。无效地 (gratuitously)结合，即不诱导所述多肽的功能效应的分子最可能是良好的拮抗剂。良好 地结合并且引发与相对于根据本发明的多肽相同或紧密相关的功能效应的分子为良好的 激动剂。潜在激动剂和拮抗剂的功能效应可以例如通过以下测定确定报道系统的活性， 然后使候选分子与细胞或合适的细胞制剂相互作用，将该效应与根据本发明的多肽或与所 述多肽引起相同效应的分子的效应比较。关于此点可以使用的报道系统包括但不限于转化 成产物的比色标记的底物，对根据本发明的多肽的功能活性上的改变应答的报道基因和结 合检验是本领域已知的。用于拮抗剂的检验的另一实例为竞争检验，其使根据本发明的多肽和潜在的拮抗 剂与膜_结合结合分子、重组结合分子、天然底物或配体、或底物或配体模拟物在用于竞争 抑制检验的合适条件下结合。根据本发明的多肽可以例如通过放射性或比色化合物标记， 以使与结合分子结合的或转化成产物的根据本发明的多肽的分子数可以精确地确定以评 估潜在拮抗剂的有效性。潜在的拮抗剂包括小有机分子、肽、多肽和抗体，其与根据本发明的多肽结合并由 此抑制其活性或使其活性消失。潜在的拮抗剂还可以为小有机分子、肽、多肽例如紧密相 关的蛋白质或抗体，其与结合分子上的相同位点结合而不诱导根据本发明的多肽的功能活 性。潜在的拮抗剂包括小分子，其结合并占据根据本发明的多肽的结合位点，由此防 止与细胞结合分子的结合，从而预防正常的生物活性。小分子的实例包括但不限于小有机 分子、肽或类肽分子(peptide-likemolecules).其它潜在的拮抗剂包括反义分子(参见(Okano，H.等，1991)； 0LIG0DE0XYNUCLE0TIDES AS ANTISENSE INHIBITORS OF GENEEXPRESSI0N ；CRC Press,Boca Raton, FL(1988)，用于这些分子的描述)。优选的潜在的拮抗剂包括本发明的抗原及其片段的衍生物。如本文所用，根据本发明的多肽的活性为其与任何其相互作用伴侣结合的能力或 此类与其或任何相互作用伴侣结合的能力的程度。在特别方面，本发明提供根据本发明的多肽、抗原及其片段、本发明的核酸分子或 抑制剂在干扰病原体和哺乳动物宿主之间的起始物理相互作用上的用途，所述相互作用对感染的后遗症负责。具体地，本发明的分子可以用于i)预防本文公开的以下有机体粘附 至哺乳动物细胞外基质蛋白衣原体(Chlamydia)物种，更优选其致病性物种，优选肺炎衣 原体(C. pneumoniae)、沙眼衣原体(C. trachomatis)、鹦鹉热衣原体(C. psittaci)、兽类衣 原体(C. pecorum)、鼠型沙眼衣原体(C. muridarum)、或猪衣原体(C. suis)，更优选肺炎衣 原体(C. pneumoniae)、沙眼衣原体(C. tra chomatis)或鹦鹉热衣原体(C. psittaci) ；ii) 阻断哺乳动物细胞外基质蛋白和细菌蛋白之间的细菌粘附，所述细菌蛋白介导组织反应； iii)或导致免疫防御的规避(evasion) ；iv)例如通过抑制营养获得阻断感染中发病机理 的正常进展，所述感染由除了植入留置装置(in-dwelling device)或通过其它外科技术之 外的引起。本文提供的各DNA编码序列可以用于发现、开发和/或制备抗菌化合物。当表达 时编码的蛋白可以用作筛选抗菌药物的靶。此外，编码编码蛋白的氨基区域的DNA序列或 Shine-Delgarno或各mRNA的其它翻译促进序列可用于构建反义序列以控制目的编码序列 的表达。拮抗剂或激动剂可以用于例如抑制由以下感染引起的疾病衣原体(Chlamydia) 物种，优选肺炎衣原体(C. pneumoniae)、沙眼衣原体(C. trachomatis)、鹦鹉热衣原体 (C. psittaci)、兽类衣原体(C. pecorum)、鼠型沙眼衣原体(C. muridarum)、或猪衣原体 (C. suis)，更优选肺炎衣原体(C. pneumoniae)、沙眼衣原体(C. trachomatis)或鹦鹉热衣 原体(C. psittaci)。在另一方面本发明涉及亲和装置。此类亲和装置包括至少载体材料和连接到载体 材料的任何根据本发明的多肽。由于所述多肽对于其靶细胞或靶分子或其相互作用伴侣的 特异性，所述多肽允许从应用到载体材料上的任何种类的样品中选择性地除去其相互作用 伴侣，条件是满足结合的条件。样品可以是生物或医学样品，包括但不限于，发酵肉汤、细胞 碎片、细胞制剂、组织制剂、器官制剂、血液、尿、淋巴液、酒(liquor)等。根据本发明的多肽可以以共价或非共价方式连接到基质上。合适的载体材料对 于本领域技术人员而言是已知的，并且可以选自纤维素、硅、玻璃、铝、顺磁珠、淀粉和右旋 糖。本发明通过以下图、表、实施例和序列表进一步描述，从其可以获得进一步的特 性、实施方式和优点。应该理解本实例仅以例举的方式而不是限制公开内容地给出。关于本发明

图1显示作为病原体特异性抗体的来源的人类血清的表征。图2显示文库的表征。图3显示使用生物素化的人类IgA通过MACS选择细菌细胞。图4显示PCR分析以在各细菌病原体的临床分离株中确定所选抗原的基因分布。表1显示使用基因组肺炎衣原体(C. pneumoniae) AR 39文库和人类血清进行的筛 选的总结表2显示用于基因分布分析的菌株。表3显示对于所选数量的抗原在各细菌物种的各种菌株中的基因分布分析的总结。说明书中可能引用的图和表在以下更详细地描述。
图1显示通过免疫印迹测定的就抗-肺炎衣原体(C. pneumoniae)抗体的人类血 清的表征。血清使用衣原体(Chlamydia)原体(EB)制剂通过IgG-ELISA就高抗-肺炎衣 原体(C. pneumoniae) IgG抗体水平预选择。从肺炎衣原体(C. pneumoniae)AR 39感染的 海拉细胞中分离的原体的蛋白质在SDS-PAGE凝胶上分离并转移到硝基纤维素膜。显示以 5，OOOx稀释使用所选患者血清的代表性试验的结果。使用抗_人IgG 二抗试剂使印迹显 影。选择反应最强的样品进入筛选池(用*指示)。Mw:分子量标记。图2(A)显示肺炎衣原体(C. pneumoniae) AR39大片段基因组文库，LCPn-50的片 段大小分布。测序480个随机选择克隆后，将序列修剪(trimmed)以消除载体残基，绘制具 有各种基因组片段大小的克隆的数量。(B)显示相同的LCPn-50的随机测序克隆的组在肺 炎衣原体(C. pneumoniae)染色体(根据AR39的基因组数据)上的分布的图形描述。矩形 表示针对有注释的ORF的匹配序列，菱形表示针对非编码染色体序列分别在+/+或+/_方 向的完全匹配克隆。圆形用嵌合序列定位所有克隆。碱基对的数值距离在环形基因组上就 取向指示。各种克隆组在文库内的划分在图的底部以数字和百分比给出。图3 (A)显示使用人IgA的MACS选择。用15至30 μ glgA (P14_IgA，从人类血清纯 化)和10 μ g生物素化的抗-人IgA抗体筛选在PMAL9. 1中的LCPn-50文库。作为阴性对 照，不添加血清至用于筛选的文库细胞。对于两轮选择的每一次显示在Ist和/或2nd洗脱 后所选择的细胞的数量。(B)显示按照通过使用人类血清I gA池(P14-I gA)的免疫印迹 分析分析的，通过细菌表面展示所选择的特定克隆(1-22)的反应性，所述人类血清IgA池 用于通过MACS选择，浓度为lyg/ml。图4显示使用各寡核苷酸和17个肺炎衣原体(C. pneumoniae)和沙眼衣原体 (C. trachomatis)菌株，对于两种基因的基因分布分析的PCR分析的实例。基因组DNA以 1 25至1 50的稀释使用。2微升的各PCR加载到琼脂糖凝胶上。衍生自来自肺 炎衣原体(C. pneumoniae)的抗原CP0238和CP0242的PCR片段的预测大小，分别为683 和935bp。1-13，15-17，菌株或临床分离株如表2中所示；-，无基因组DNA ；+，肺炎衣原体 (C. pneumoniae)菌株AR 39 (表2中的菌株14)的基因组DNA0表1 通过细菌表面展示鉴定的免疫原性蛋白A，在具有 P14-IgA 的 IamB 中的肺炎衣原体(C. pneumoniae) AR39 的 50bp 文 库(LCPn-50)(修剪后的克隆数量767) ；B，在具有P14_IgA的fhuA中的300bp文库 (LCPn-300) (883)。列出所选择的克隆的数量每ORF以及由所选择的克隆描绘(delineate) 的免疫原性区域。CP0019，有注释的肺炎衣原体(C. pneumoniae)的阅读框；ARF 0008，在 CP0008的另一阅读框中预测的新ORF ；CRF0082，在CP0082的互补阅读框上预测的新0RF。 *，长于5个的能够诱导抗体应答的序列的预测使用程序ANTIGENICOfolaskar，Α. S. and Tongaonkar, P. C.，1990)进行；**，能够诱导II类-限制性T细胞应答的序列的预测使 用程序 IEDBAnalysis resource (Bui, H. H.等，2005)进行。进行针对 12 种 MHCII 型 HLA DRB1*0101,*0301, *0401，*0405，*0701,*0802, *0901，*1101，*1302，Φ1501，HLADRB牡0101 和HLADRB5*0101预测。选择具有比IC50 = 5000nM更强的结合的表位。表3.在肺炎衣原体(C. pneumoniae)和沙眼衣原体(C. trachomatis)的各种菌株 中的所选数量的抗原的基因分布分析使用对编码相关抗原的基因特异的寡核苷酸通过PCR测试包括如表2中所示AR39 菌株作为阳性PCR对照的17个衣原体(Chlamydia)菌株。基因分布表就各基因列出了来 自15个肺炎衣原体(C. pneumoniae)和2个沙眼衣原体(C. trachomatis)菌株的阳性PCR 结果的数量，并且为在肺炎衣原体(C. pneumoniae)和沙眼衣原体(C. trachomatis)(例如 14/1 ；14肺炎衣原体(C. pneumoniae)和1沙眼衣原体(C. trachomatis)菌株阳性)的各 种分离株中基因的存在和保守的指示。实施例实施例1 用于鉴定根据本发明的肽的一般筛选过程已经用于本发明的方法，基于由肺炎衣原体(C. pneumoniae)编码的蛋白质或肽 与在人类血清中存在的抗体的相互作用。由人类免疫系统针对肺炎衣原体(C. pneumoniae) 产生并且存在于人类血清中的抗体，指示抗原性蛋白的体内表达及其免疫原性。此外，使用 预选择的血清的池通过细菌表面展示表达文库鉴定的抗原性蛋白，通过个体选择或产生的 血清在第2和3轮筛选中处理。这样，本发明提供有效、相关、综合的抗原的组作为药物组 合物，特别是防止由肺炎衣原体(C. pneumoniae)引起的感染的疫苗。在用于鉴定根据本发明的综合的抗原的组的抗原鉴定程序中，用几种血清池或血 浆组分(抗体池)筛选来自肺炎衣原体(C. pneumoniae)的至少两种不同的细菌表面表达 文库。抗体池源自血清收集，其已经针对肺炎衣原体(C. pneumoniae)的抗原性化合物，例 如全细胞、总提取物测试。确定具有高ELISA滴度的血清必须与多种蛋白在免疫印迹中反 应，以在用于本发明的筛选方法中被认为是相关的。本发明中所用的表达文库应该允许所有潜在的抗原的表达，所述抗原例如衍生自 肺炎衣原体(C. pneumoniae)的所有分泌的表面蛋白。细菌表面展示文库将由细菌宿主的 重组文库代表，所述细菌宿主在细菌宿主膜处展示肺炎衣原体(C. pneumoniae)的有关两 个所选择的外膜蛋白(LamB和FhuA)的表达的肽序列的(全部)组(Georgiou, G.，1997 ； Etz, H.等，2001)。使用重组表达文库的优点之一在于鉴定的血清-反应性抗原可以立即 通过筛选和选择的克隆的编码序列的表达产生而无需进一步的重组DNA技术或必需的克 隆步骤，所述筛选和选择的克隆表达该抗原。通过根据本发明所述的程序鉴定的综合的抗原的组可以进一步通过一轮或多轮 另外的筛选来分析。因此，可以使用鉴定为免疫原性的个体抗体制剂或针对所选择的肽产 生的抗体。根据优选实施方式，用于第二轮筛选的个体抗体制剂源自健康成人和/或人工 感染的成人(challenged adult)，其显示在特定最低水平之上的抗体滴度，例如高于测试 的人类(患者或健康个体)血清80个百分点，优选高于90个百分点，特别是高于95个百 分点的抗体滴度。在第二轮筛选中使用此类高滴度个体抗体制剂允许高度选择性地鉴定来自肺炎衣原体(C. pneumoniae)的抗原及其片段。综合筛选过程后，选择的抗原性蛋白，其表达为重组蛋白，或万一它们不能在原 核表达系统中表达-体外翻译产物，或合成产生的抗原性肽，可以通过一系列的ELISA和 Western印迹检验测试，以用于使用大的人类血清收集(最小值 20个健康和患者血清) 评估其免疫原性。重要的是个体抗体制剂(其还可以为选择的血清)允许选择性地鉴定来自第一轮 的所有有希望的候选物的所有血清_反应性抗原中的最有希望的候选物。因此，优选至少 10个个体抗体制剂(即来自暴露到所选病原体的至少10个不同个体的抗体制剂(例如血 清))应该用于在第二轮筛选中鉴定这些抗原。当然，还可以使用低于10个个体制剂，然而， 使用低数量的个体抗体制剂该步骤的选择性可能不是最佳的。另一方面，如果给定的抗原 (或其抗原性片段)被至少10个个体抗体制剂，优选至少30，特别是至少50个个体抗体制 剂识别，抗原的鉴定对于合适的鉴定也是充分选择性的。当然可以使用尽可能多的个体制 剂测试血清_反应性(例如使用超过100个，或甚至超过1，000个)。因此，根据本发明方法的抗体制剂的相关部分应该优选至少10，更优选至少30， 特别是至少50个体抗体制剂。作为选择(或组合)抗原还可以优选使用用于第二轮筛选 的所有个体抗体制剂的至少20%，优选至少30%，特别是至少40%来鉴定。根据本发明的优选实施方式，从其制备用于第二轮筛选的个体抗体制剂的血清 (或其用作抗体制剂)，通过其针对肺炎衣原体(C. pneumoniae)(例如针对该病原体的制 剂，例如裂解液、细胞壁组分或重组蛋白)的滴度来选择。优选地，当全有机体(总裂解液 或全细胞)用作在ELISA中的抗原时，一些使用在1，000U之上，特别在5，000U(U =单位， 在给定稀释下从OD4tl5nm读数计算)之上的IgG滴度来选择。被血清抗体识别的线性表位的识别可以基于短至4-5个氨基酸的序列。当然，这 不必然地意味着这些短肽能够在体内诱导给定的抗体。由于这个原因，定义的表位、多肽和 蛋白质被进一步在动物中(主要在小鼠中)就其在体内诱导针对所选择的蛋白的抗体的能 力进行测试。用于细胞外细菌的优选抗原位于细胞表面或被分泌，并且因此为细胞外可及的。 来自在宿主细胞中细胞内阶段的细菌的抗原还可以源自细胞内位置，但必须在宿主细胞 上作为抗原呈递。期望针对细胞壁蛋白的抗体用作多种目的抑制粘附、干扰营养获得， 抑制免疫逃避，和促进噬菌作用(Hornef，M.等，2002)。针对分泌蛋白的抗体的有益之处 在于其作为毒素或毒性组分的功能的中和作用。还已知细菌通过分泌蛋白相互通信。针 对这些蛋白的中和抗体将干扰引起感染的病原体物种之间或内部的生长-促进交叉对话 (cross-talk)。生物信息分析(信号序列、细胞壁定位信号、以及跨膜结构域)证明在评估 细胞表面定位或分泌上非常有用。试验方法包括从人类血清中具有相应表位的抗体和蛋白 的分离，在小鼠中针对(多)肽的免疫血清的产生，所述(多)肽通过细菌表面展示筛选 选择。这些血清然后用于第三轮筛选作为在至少一种以下检验中的试剂在不同条件下生 长的肺炎衣原体(C. pneumoniae)的细胞表面染色(FACS或显微镜检查)、中和能力的确定 (毒性、粘附性)、和调理作用(opsonisation)和噬菌作用的促进(体外噬菌作用检验)。为此目的，将细菌大肠杆菌(E. coli)克隆直接注射入小鼠，并且取免疫血清并在 相关的体外检验中测试。作为选择，特异抗体可以从人类或小鼠血清中使用肽或蛋白质作为底物来纯化。根据本文使用的抗原鉴定方法，如本文所述，本发明可以令人惊奇地提供肺炎衣 原体(C. pneumoniae)的综合的新核酸和新蛋白质、抗原及其片段，等的组。编码此类抗原 的根据本发明的核苷酸序列优选具有Seq ID Nos 1至98单独地所示的核苷酸序列，由此 相应的编码氨基酸序列具有如Seq ID Nos 99至196所示的氨基酸序列。特定抗原的所有线性片段可以通过具有至少10个氨基酸长度的1个氨基酸重 叠的肽组，通过分析蛋白质抗原的全序列来鉴定。随后，非线性表位可以通过使用血清使 用表达的全长蛋白质或其结构域多肽分析抗原来鉴定。假定蛋白质的独特结构域足以形 成独立于天然蛋白的3D结构，使用血清分析各重组或合成产生的结构域多肽将允许鉴定 多结构域蛋白的各结构域内的构象表位。对于这些其中结构域拥有线性以及构象表位 (conformational印itope)的抗原，使用符合线性表位的肽的竞争试验可以用于确认构象 表位的存在实施例2基于抗衣原体抗体的人类血清样品的表征和选择以及抗体筛选试剂的 制备试验步骤酶联免疫吸附检验(ELISA).商业上获得的ELISA试剂盒，Chlamydien-IgG-ELISA medac (Medac Gmbh, Germany)，其使用高度纯化和特异的抗原，用于测定抗肺炎衣原体 (C. pneumoniae)抗体滴度。测定血清的三种稀释液，400χ，200χ，ΙΟΟχ，并且反应性表达为滴 度> 1 400 ;1 400 ；1 200 ； 1 100 和 <1 100。免疫印迹.将用作细菌抗原提取物的原体(EB)，从肺炎衣原体(C. pneumoniae) AR39感染的海拉细胞培养物中根据Wang等(1991)分离。EB的感染性被破坏，并且蛋白质 通过添加包含SDS和2-巯基乙醇的SDS-PAGE样品缓冲液来溶解。约5 μ g的总蛋白质通 过SDS-PAGE使用BioRad Mini-Protean 3Cell电泳系统分离，并且将蛋白质转移至硝基纤 维素膜(ECL，Amersham Pharmacia)。在5%牛奶中封闭过夜后，以5，OOOx的稀释添加人类 血清，并且HRP标记的抗-人IgG用于检测。用于基因组筛选的抗体的纯化.基于总体的抗_衣原体滴度筛选5种血清以用于 用于筛选步骤的血清池。针对大肠杆菌(E.coli)蛋白的抗体通过将热失活的血清与全细 胞大肠杆菌(E. coli)细胞(DH5ci，用pHIEll转化，在与用于细菌表面展示相同的条件下生 长)一起孵育来除去。来自合并的耗竭血清(cbpleted sera)的高度富集的IgA的制剂通 过亲和色谱使用在抗生蛋白链菌素-琼脂糖(GIBC0 BRL)上固定的生物素-标记的抗-人 IgA(Southern Biotech)来纯化。IgA纯化品的有效性通过SDS-PAGE和蛋白质浓度测定 (OD280nm)来检查。结果如上所述，针对肺炎衣原体(C. pneumoniae)由人类免疫系统产生的并且 存在于人类血清中的抗体指示抗原性蛋白的体外表达及其免疫原性。这些分子在 本发明所述的方法中鉴定个体抗原是必需的，其基于特异性抗-衣原体抗体和相应 的肺炎衣原体(C. pneumoniae)肽或蛋白质的相互作用。为了可以使用相关的抗体 库(antibodyr印ertoires)，人类血清从具有肺炎衣原体(C. pneumoniae)相关感染， 例如肺炎和支气管炎的症状的患者中选择。通过医学血清学的测试指示肺炎衣原体(C. pneumoniae) ^/^Ι .' Φ (causative agent)。肺炎衣原体(Chlamydia pneumoniae)感染通过血清学来检测和诊断，因为病原 体使用常规的微生物方法不能培养。基于抗原检测的高度特异和选择性的诊断试剂盒已 经开发出并且可以商业上获得。我们已经选择具有高滴度的患者血清，所述高滴度针对肺 炎衣原体(C. pneumoniae)并通过标准衣原体(Chlamydia)ELISA试剂盒检测，所述试剂 盒常规地用于临床以诊断由衣原体(Chlamydia)引起的急性、慢性和持续性感染。测试 了 185个血清样品，选择源自个体的所有样品以基于临床症状就肺炎衣原体(Chlamydia pneumoniae)的特异性抗体的存在诊断测试。83个血清显示抗体滴度> 1 400;34个血 清显示约1 400的滴度；14个血清1 200 ；20个血清1 100以及34个血清具有滴度 < 1 100。根据流行病学研究肺炎衣原体(C. pneumoniae)运输和感染是普遍的，一生中 具有经常的再感染。为此原因，血清的初次选择目的在于鉴定具有最高IgG滴度(> 400) 的样品以降低非特异性、假阳性诊断的风险。随后，通过免疫印迹分析预选择的血清以确保针对在肺炎衣原体(C. pneumoniae) 中存在的多种蛋白质抗原的抗体反应性。图1中所示的代表性免疫印迹证明，当针对从在 体外培养物中感染的人类细胞(海拉)分离的原体的蛋白质测试时，不同模式的反应性使 用个体血清检测。基于这些免疫印迹分析选择展示不同模式反应性的血清，获得了特别的关注。将5个选择的血清合并以进一步就丰富的抗体富集，但仍具有不同个体的抗体库 的表现。基于关于IgG抗体获得的数据，IgA从合并的血清(包括个体血清P922，P923，P 925，P928，和P949 ；后三个示于图1)通过亲和色谱纯化，并减少大肠杆菌(E. coli)-反应 性抗体以避免在细菌表面展示筛选中的背景。实施例3 肺炎衣原体(C. pneumoniae)的高度随机、读框选择(frame-selected)、 小片段的基因组DNA文库的产生试验步骤衣原体基因组DNA的制备。肺炎衣原体(C. pneumoniae)AR39按照Campbell， L.A.等(1989)所述培养。分离原体(EB)并将其用于制备基因组DNA。来自肺炎衣原体 (C. pneumoniae) EB的基因组DNA按照Cox，R.L.等(1988)所述制备。将最终的基因组DNA 制剂溶解于ddH20。小基因组DNA片段的制备。来自肺炎衣原体(C. pneumoniae) AR39的基因组DNA使 用杯角(cup-horn)超声破碎器(Bandelin Sonoplus UV2200sonicator，配备有 BB5 杯角， IOsec.脉冲，以100%功率输出)机械地剪切成大小为150至300bp的片段或通过温和的 DNA酶I处理(Novagen)剪切成大小50至70bp的片段。观察到当将DNA破碎成150_300bp 大小范围的片段时，超声波处理产生紧密地多的片段大小分布。然而，尽管将DNA暴露到超 声波-诱导的流体力学剪切力，随后片段大小的降低不能有效和可再现地实现。因此，50至 70bp大小的片段将通过温和的DNA酶I处理使用Novagen' s鸟枪裂解试剂盒(shotgun cleavage kit)获得。制备试剂盒配备的DNA酶I的1 20稀释液，并且在MnCl2存在下以 60 μ L的体积在20°C下进行消化5分钟，以确保通过酶的双链裂解。用2 μ L的0. 5M EDTA 停止反应，在2% TAE-琼脂糖凝胶上评价片段效率。该处理导致基因组DNA的总体片段化 成近50-70bp的片段。片段然后使用T4DNA聚合酶在100 μ M各dNTP的存在下平末端化两
96次，以确保有效地清洗末端。片段在连接反应中立即使用或在-20°C下冷冻以用于随后的使用。载体的描述。载体pMAL4. 31在pASK-IBA主链(Skerra，Α.，1994)上构建，所述 pASK-IBA主链具有与卡那霉素抗性基因交换的β-内酰胺酶(bla)基因。此外，将bla基 因克隆入多克隆位点。将编码成熟β-内酰胺酶的序列置于ompA的前导肽序列之前以穿 过细胞膜有效地分泌。此外，编码成熟β -内酰胺酶的前12个氨基酸(间隔序列)的序列 在ompA前导肽序列之后，以避免前导肽酶切割位点后序列立即融合，因为在该区域带正电 的氨基酸的聚簇(cluster)将降低或禁止移动穿过细胞膜(Kajava，A.等，2000)。SmaI限 制性位点用于文库插入。用于所选择片段的恢复(recovery)的上游FseI位点和下游NotI 位点，侧翼于SmaI位点。这三个限制性位点在编码12个氨基酸间隔序列的序列之后以这 样的方式插入，以使bla基因在-1阅读框中转录，导致在NotI位点之后15bp处的终止密 码子。+Ibp插入恢复(restoredbla 0RF，以产生具有随后获得氨苄青霉素抗性的β -内 酰胺酶蛋白。载体pMAL 9. 1通过将IamB基因克隆入pEHl的多克隆位点来构建 (Hashemzadeh-Bonehi, L.等，1998)。随后，将包含限制性位点 Fsel，SmaI and NotI 的序 列插入在氨基酸154之后的IamB中。用于此插入的阅读框以如此的方式构建，从而使通过 使用FseI和NotI消化从质粒pMAL4. 31切下的读框-选择的DNA片段的转移产生IamB和 各插入的连续阅读框。载体pHIEll通过将fhuA基因克隆入pEHl的多克隆位点来构建。其后，将包含限 制性位点FseI，XbaI和NotI的序列插入在氨基酸405之后的thuA中。用于此插入的阅读 框以如此的方式选择，从而使通过使用FseI和NotI消化从质粒pMAL4. 31切下的读框-选 择的DNA片段的转移产生fhuA和各插入的连续阅读框。用于读框选择(frame selection)的文库的克隆和评价。将基因组肺炎衣原体 (C. pneumoniae) AR39DNA片段连接到载体pMAL4. 31的SmaI位点。重组DNA电穿孔到DHlOB 电感受态的大肠杆菌(E.coll)细胞(GIBC0 BRL)，并使转化体在补充有卡那霉素(50 μ g/ ml)和氨苄青霉素(50yg/ml)的LB-琼脂上铺平板。平板在37°C下孵育过夜，并且收集克 隆以用于大规模DNA提取。将代表性的平板贮存和保存以用于收集用于克隆PCR分析和大 规模测序的克隆。简单的克隆PCR检验用于最初确定大致的片段大小分布以及插入效率。 从测序数据计算精确的片段大小，插入位点处的接合完整性以及读框筛选精度(3n+l规律 (rule))ο用于细菌表面展示的文库的克隆和评价。将包含具有限制性酶FseI和NotI的肺 炎衣原体(C. pneumoniae)文库的基因组DNA片段从pMAL4. 31载体切下。全部群体的片段 然后转移到质粒PMAL9. 1 (LamB)或pHIEll (FhuA)，其已经用FseI和NotI消化。使用这两 种限制性酶，其识别8bp富GC序列(8bp GC rich sequence)，将在pMAL4. 31载体中选择 的阅读框保持在各平台载体中。质粒文库然后通过电穿孔转化入大肠杆菌(E.Coli)DH5a 细胞。将细胞在补充有50 μ g/mL卡那霉素的大LB-琼脂平板上铺平板，并在37°C以产生清 楚可见单个克隆的密度生长过夜。然后将细胞从这些平板的表面刮下，用新鲜LB培养基洗 涤，并以用于文库筛选的等分试样形式贮存在-80°C。结果
用于读框筛选(frame selection)的文库。两个文库(LCPn-50和LCPn-300)在 PMAL4. 31载体中产生，分别具有约50和300bp的大小。对于每一文库，约1 μ g pMAL4. 31 质粒DNA和50ng片段化的基因组肺炎衣原体(C. pneumoniae)基因组AR 39DNA的连接和 随后转化在读框筛选后产生6xl04至3xl05个克隆。为了评估文库的随机性，测序LCPn-50 的480个随机选择的克隆。将载体序列修剪(trimming)后，390个可以进行生物信息分析， 显示这些克隆中仅非常少的可以呈现多于一次。此外，显示98%的克隆落入25至IOObp的 大小范围，平均大小46bp(图2)。几乎所有的序列遵循3n+l规律，显示所有的克隆合适地 被读框选择。细菌表面展示文库。在大肠杆菌(E. coli)表面上的肽的展示需要来自LCPn文库 的插入物从读框筛选载体PMAL4. 31转移到展示质粒pMAL9. 1 (LamB)或pHIEll (FhuA)。将 基因组DNA片段用FseI和NotI限制性酶切下并且将5ng插入物与0. 1 μ g质粒DNA连接， 随后转化入DH5ci细胞，产生2xl05至2xl06个克隆。将克隆从LB平板上刮下，并冷冻而不
进一步扩增。实施例4:使用细菌表面展示的基因组文库和人类血清鉴定来自肺炎衣原体 (C. pneumoniae)的高免疫原性肽序列试验步骤MACS筛选。约2. 5xl08个来自给定文库的细胞在5mL补充有50 μ g/mL卡那霉素 的LB-培养基中在37°C下生长2h。通过添加ImM IPTG30min诱导表达。将细胞用新鲜LB 培养基洗涤两次，使约2xl07个细胞再悬浮于100 μ L LB培养基并转移到Eppendorf管。将从血清纯化的10至20 μ g生物素化的、人类IgA添加至细胞，使悬浮液在4°C下 轻微摇动过夜。添加900 μ L的LB培养基，使悬浮液混合并随后以6，OOOrpm在4°C下离心 IOmin0细胞用ImL LB洗涤一次，然后再悬浮于100 μ L LB培养基。添加10 μ L与抗生蛋 白链菌素偶合的MACS微珠(Miltenyi Biotech, Germany)，并且孵育在4°C下持续20min。 其后添加900 μ L LB培养基，将MACS微珠细胞悬浮液加载到固定到磁体上的平衡的MS柱 (Miltenyi Biotech, Germany)上。(MS 柱通过用 ImL 70% EtOH 洗涤 1 次和用 2mL LB 培 养基洗涤2次来平衡)。然后用3mL LB培养基将柱洗涤3次。除去磁体后，细胞通过用2mL LB培养基洗 涤来洗脱。用3mL LB培养基将柱洗涤后，在同一柱上第二次加载2mL洗脱液，并且重复洗 涤和洗脱过程。第三次进行加载、洗涤和洗脱过程，产生2ml的终洗脱液。将两轮筛选后选择的细胞在补充有50 μ g/mL卡那霉素的LB-琼脂平板上铺平板， 并在37°C下生长过夜。通过测序和Western印迹分析评价所选择的克隆。随机选择的克隆在3mL补充有 50 μ g/mL卡那霉素的LB培养基上在37°C下生长过夜，以使用标准方法制备质粒DNA。测序 在MWG (德国)或Agowa (德国)上进行。对于Western印迹分析，约10至20 μ g的总细胞蛋白通过10% SDS-PAGE分离并 在印迹至Ij HybondC 膜(Amersham Pharmacia Biotech,England)上。LamB 或 FhuA 融合蛋白 使用以约1 3，000至1 5，000的稀释的人类血清作为一抗，以1 5，000稀释的与HRP 偶合的抗-人IgA抗体作为二抗。使用ECL检测试剂盒(Amersham Pharmacia Biotech, England)进行检测。作为选择，兔抗-FhuA或兔抗-LamB多克隆免疫血清用作一抗与和HRP偶合的各二抗联合以用于检测融合蛋白。结果通过磁性激活细胞分选(MACS)使用生物素化的IgA筛选细菌表面展示文库。在 PMAL9. 1中的文库LCPn-50和在pHIEll中的LCPn-300用来自患者血清的生物素化的人IgA 的池筛选(参见实施例2 用于基因组筛选的抗体的纯化，和实施例2的结果的最后一段)。 按照试验步骤下的描述进行选择步骤。图3A显示使用LCPn-50文库和P14_IgA筛选获得 的数据。从来自MACS筛选的第一次选择循环之后的克隆计数可以看出，最后恢复的细胞的 总数从IxlO8细胞显著地降低至约5xl04细胞，而不使用添加的抗体的选择显示降低至约 IxlO4细胞的数量(图3A)。第二轮后，使用PH-IgA约IxlO4细胞恢复，而当不添加来自人 类血清的IgA时恢复仅1-2χ103细胞，清楚地显示选择依赖于肺炎衣原体(C. pneumoniae) 特异性抗体。为了评价筛选的性能，随机挑选25个选择的克隆，并使用筛选IgA(PH-IgA) 池进行免疫印迹分析(图3B)。该分析揭示，约80%的选择的克隆显示与在相关血清中存在 的抗体的反应性，而表达LamB且没有肺炎衣原体(C. pneumoniae)特异性插入物的对照菌 株不与相同的血清反应(未示出)。通常，观察到反应率在40至80%的范围内。克隆PCR 分析显示所有选择的克隆包含期望大小范围内的插入物。随后较大数量的随机挑选的克隆的测序(约600个克隆每筛选)导致基因和相应 的肽或蛋白质序列的鉴定，所述基因和相应的肽或蛋白质序列被用于筛选的人类血清抗体 特异性识别。特异性克隆选择的频率至少部分反映用于筛选的血清中特异性抗体的丰度和 /或亲和力，和识别通过此克隆呈递的表位。在这点上，引人注目的是，衍生自某些ORF(例 如CP0210，CP0212)的克隆非常频繁地被挑选出(27至50次)，指示他们的高免疫原性质。 表1总结了就两次进行的筛选获得的数据。在表1中存在的所有克隆已经通过免疫印迹分 析使用来自单个克隆的全细胞提取物证明，以显示与用于各筛选的人类血清的池的指出的 反应性。从表1中可以看出，各ORF的不同区域鉴定为免疫原性，因为蛋白质可变大小的片 段通过平台蛋白在表面上展示。进一步还值得注意的是，通过细菌表面展示筛选鉴定的大量表面编码肺炎衣原体 (C. pneumoniae)的蛋白质，其不具有指定的功能或甚至可以组成尚未被之前生物信息学分 析预测的蛋白质。这样，许多这些候选物组成肺炎衣原体(C. pneumoniae)的新抗原性蛋白。实施例5 从肺炎衣原体(C. pneumoniae)鉴定的具有高免疫原性蛋白质的基因分 布研究试验步骤通过PCR的抗原的基因分布。理想的疫苗抗原将为这样的抗原，其存在于 疫苗针对的所有，或大多数靶有机体的菌株中。为了确定编码鉴定出的肺炎衣原体 (C. pneumoniae)抗原的基因是否在相关菌株中普遍存在地出现，在一系列独立细菌分离株 上使用对目的基因特异的引物进行PCR。作为引物的寡核苷酸序列针对约1，OOObp的所有 鉴定的ORF产生产物而设计，如果可能覆盖所有鉴定的免疫原性表位。为了制备基因组DNA，收获在一个6孔板中培养的衣原体(Chlamydia)细胞，并将 其转移至Falcon管。在玻璃珠的存在下通过摇晃IOmin来破坏细胞，细胞碎片通过在4°C 下以900rpm随后离心5min来除去。上清液在10°C下以13，OOOrpm离心1小时，以收集染色体DNA。将球团(pellet)再悬浮于ImL PBS中并以200 μ L等分试样的形式贮存。基因 组DNA的提取使用QIAamp DNA MiniKit(Qiagen)根据制造商的建议进行。使用Taq聚合酶(IU)、200nM dNTP sUOpMol各寡核苷酸和根据制造商说明书的 试剂盒(Invitrogen，The Netherlands)以25 μ L的反应体积进行PCR。作为标准，进行30 个循环(lx :5min. 95°C，30x :30s ec. 95°C，30sec. 56°C，30sec. 72°C, lx4min. 72°C )，除非 条件必须适合各引物对。结果编码免疫原性蛋白的27个鉴定的基因的选择在17个不同衣原体(Chlamydia)菌 株(15个肺炎衣原体(C. pneumoniae)和2个沙眼衣原体(C. trachomatis)；表2)中通过 PCR就其存在进行测试。所有的阴性PCR数据通过独立的试验确认，以消除假阴性结果。由 于针对各特定基因的特异性寡核苷酸的使用，阴性PCR还可由寡核苷酸的3’区域的错配导 致。然而在大多数情况下，通过另外的手段确认基因的不存在不认为是必需的。在>90%的 肺炎衣原体(C. pneumoniae)菌株(> 13/15)中检测到85% (23/27)，而在> 75%的肺炎衣 原体(C. pneumoniae)菌株(< 12/17)中仅1个失去，因此分类为不充分保守的。此外，几 种基因还可存在于分析的两种沙眼衣原体(C. trachomatis)菌株(例如CP0064，CP0664)。 作为实例，图4显示使用所有指定的17种菌株，对于两种肺炎衣原体(C. pneumoniae)抗原 CP0238和CP0242的PCR反应。可以清楚地看出，CP0242基因存在于所有分析的菌株中，而 CP0238基因在3个菌 株中不存在，并且从另外的5-6个菌株仅微弱地扩增。使用选择的抗 原的所有结果总结于表3.重要的是，超过90%的测试抗原在肺炎衣原体(C. pneumoniae) 的分析菌株中良好地保守，涉及基因_特异性PCR产物的存在和大小。因此，这些抗原表示 有价值的候选物以保证进一步的研究，从而评价其疫苗潜力。实施例6 在所选择抗原内的HLAII类限制性T细胞表位或表位区域的鉴定试验步骤HLA II类限制性表位预测使用程序IEDB Analysis resource (Bui，H. H.等，2005)进行通过细菌展示在鉴定 的抗原内的HLA II类限制性表位的预测。预测就12种MHC II类HLA DRB1*0101，*0301， *0401，*0405，*0701，*0802，*0901，*1101，*1302，*1501，HLADRB4*0101 和 HLADRB 5*0101 进行。选择具有高于IC50 = 5000nM的结合的表位。为了确定其中大多数表位位于的区域， 对于各等位基因确定十个最强结合表位的定位。这允许我们查看来自不同等位基因的表位 是否与相同区域结合。这些区域然后可以在IEDB程序中就MHCII结合肽选择和分析。选 择在至少4个MHCII等位基因中包含命中的区域。仅在其中表位在较大的区域中连续地重 叠的情况下，预测整个区域(可能大于25个氨基酸)。结果T细胞表位为源自刺激细胞(T细胞)免疫应答的非自身(或自身)蛋白的信息的 最小必须单位。它们存在于在针对T细胞受体(TCR)的抗原呈递细胞的表面处的MHC I类 或II类分子的裂缝(cleft)中。在MHC分子的裂缝中由TCR和病原体-衍生的肽表位的相 互作用触发的细胞事件的接下来的级联反应(cascade)，起通知细胞免疫系统存在细菌、病 毒或寄生虫的作用。表位_特异性T细胞应答的诱导可以改进针对病原体的免疫应答并从 而提供允许保护免受感染或清除由各病原体引起的感染的方法，对于所述病原体不存在传统的疫苗。对于T细胞表位的生物信息学预测方法的精度是显著的(Martin，W.等，2003)， 并且因此通过细菌表面展示提供针对所述抗原鉴定方法的补充方法，其基于在B细胞表位 上的试验鉴定。由于0RF，对应于在通过人类血清中的抗体识别的基础上鉴定的抗原，很可 能还包含线性T细胞表位，本发明的目的在于还提供用于所列抗原的T细胞表位的组。相应HLA II类辅助-表位的分子定义用于设计合成的人抗衣原体疫苗，其可以包 括免疫记忆，因为衍生自衣原体抗原的辅助-表位提供"同源帮助(cognate help)“给针 对这些抗原或其片段的B细胞应答。此外，可以使用这些辅助-表位来诱导对T-非依赖性 抗原例如碳水化合物(缀合疫苗)的记忆。MHC II类分子结合由11至25个氨基酸组成的 肽(具有9个氨基酸的识别序列)，并且被⑶4+辅助T细胞显著地识别。从表1明显的看 出，通过细菌表面展示鉴定的几乎所有抗原包含许多潜在的MHC II类-限制性表位，其还 可以与鉴定的B细胞表位(例如CP0444)重叠。此外，细胞内肺炎衣原体(Chlamydia pneumoniae)可以被⑶8+细胞毒性T细胞 消除，其识别HLA I类限制性表位。MHC I类分子在具有两个保守锚定残基的长度为8至 10个氨基酸的一般肽中呈递。在保护性免疫应答的背景下，表位特异性T细胞可以持续作 为记忆细胞，从而当遭遇时允许针对病原体的更快的应答。因此两种类型的细胞免疫应答 是互补的，预防性以及治疗性疫苗应该被设计成包含I类-限制性和II类-限制性表位。 表位还可以使用生物信息学算法预测，但在此不具体地列出。鉴定出的肽或抗原的片段(例如重叠15个(overlappinglS-mers))可以合成并 就其与各种MHC分子在体外结合的能力测试。其免疫原性还可以通过评估肽(抗原-)_驱 动的增殖(BrdU或3H-胸腺嘧啶的引入)或体外T细胞的细胞因子(ELIspot，细胞内细胞 因子染色)的分泌(Schmittel, A.等，2000 ;Sester，M.等，2000)。在这点上，确定针对在 患有不同衣原体感染的患者中，或在克隆个体vs既不是近期感染也不是克隆的健康个体 中的衣原体抗原或所选择的混合性肽(promiscuous peptide)或其片段的T细胞应答上的 定量和定性差异，这是令人感兴趣的。此外，预测的肽的免疫原性可以在HLA-转基因的小 鼠中测试(Sonderstrup，G.等，1999)。此外，可以将抗原/表位注入小鼠，并且然后可以确定诱导的抗体和T细胞应答。 通过抗原通过接种诱导的抗体和T细胞的保护能力可以在动物模型中评估。所有这些方法 对于本领域技术人员而言是可以获得的。参考文献以下在本说明书中以节略形式已经引用的参考文献在此通过参考将其全文引入Aldous, M. 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10权利要求
编码抗原或其片段的分离的核酸分子，包括选自选自以下的核酸序列a)与具有选自Seq ID Nos 1至98的核苷酸序列的核酸分子具有至少70％序列同一性的核酸分子，b)与a)的核酸分子互补的核酸分子，c)包括a)或b)的核酸分子的至少15个连续碱基的核酸分子，d)在严紧杂交条件下与a)、b)或c)的核酸分子退火的核酸分子，和e)要不是遗传密码的简并性，将与a)、b)、c)或d)中定义的核酸分子杂交的核酸分子。
2.根据权利要求1所述的分离的核酸分子，其中与SeqID Nos 1至98的序列同一 性为至少80 %，更优选至少90 %，仍更优选至少95 %，96 %，97 %，98 %，或99 %，或最优选 100%。
3.根据权利要求1或2任一项所述的核酸分子，其中所述核酸为DNA。
4.根据权利要求1至2任一项所述的核酸分子，其中所述核酸为RNA。
5.根据权利要求1至3任一项所述的分离的核酸分子，其中所述核酸分离自基 因组DNA，所述基因组DNA优选来自衣原体(Chlamydia)物种，更优选来自肺炎衣原体 (C. pneumoniae)、沙眼衣原体(C. trachomatis)、鹦鹉热衣原体(C. psittaci)、兽类衣原体 (C. pecorum)、鼠型沙眼衣原体(C. muridarum)、或猪衣原体(C. suis)，最优选来自肺炎衣 原体(C. pneumoniae)、沙眼衣原体(C. trachomatis)或鹦鹉热衣原体(C. psittaci)。
6.根据权利要求1至5任一项所述的核酸分子，其中编码的抗原片段为其活性片段或 活性变体。
7.根据权利要求1至6任一项所述的编码抗原或其片段的核酸分子，其包括或由来 自以下的多肽或肽片段组成肺炎衣原体(C. pneumoniae)、沙眼衣原体(C. trachomatis)、 鹦鹉热衣原体(C. psittaci)、兽类衣原体(C. pecorum)、鼠型沙眼衣原体(C. muridarum)、 或猪衣原体(C. suis)，更优选来自肺炎衣原体(C. pneumoniae)、沙眼衣原体 (C. trachomatis)或鹦鹉热衣原体(C. psittaci)。
8.载体，包括根据权利要求1至7任一项所述的核酸分子。
9.根据权利要求8所述的载体，其中所述载体适合于由在权利要求1至7任一项中所 定义的核酸分子编码的抗原或其片段的重组表达。
10.宿主细胞，包括根据权利要求8或9所定义的载体。
11.抗原，其与血清免疫学上反应，所述血清来自患有衣原体(Chlamydia)感染的人类 或来自之前被衣原体(Chlamydia)感染的未感染的健康人类，其中所述抗原包括或由来自 以下的分离的多肽或其活性片段或活性变体组成衣原体(Chlamydia)，优选来自肺炎衣 原体(C. pneumoniae)、沙眼衣原体(C. trachomatis)、鹦鹉热衣原体(C. psittaci)、兽类衣 原体(C. pecorum)、鼠型沙眼衣原体(C. muridarum)、或猪衣原体(C. suis)，更优选来自肺 炎衣原体(C. pneumoniae)、沙眼衣原体(C. trachomatis)或鹦鹉热衣原体(C. psittaci)。
12.包括或由选自SeqID Nos 99至196的分离多肽组成的抗原，或其活性片段或活性 变体。
13.根据权利要求11或12所述的抗原，其中所述多肽由在权利要求1至7任一项中所 定义的核酸分子编码。
14.根据权利要求11至13任一项所述的抗原，其中所述其活性片段由所述多肽，特别是由Seq ID Nos 99至196中任一个所定义的多肽的至少50%，特别是至少60%，优选至 少70 %，更优选至少80 %，更优选至少90 %，更优选至少95 %，96 %，97 %或98 %，最优选 99%组成。
15.根据权利要求11至14任一项所述的抗原，其中所述其活性变体与所述多肽，特别 是由Seq ID Nos 99至196中任一个所定义的多肽具有至少50%，特别是至少60%，优选 至少70 %，更优选至少80 %，更优选至少90 %，更优选至少95 %，96 %，97 %或98 %，最优选 99%的序列同一性。
16.根据权利要求14所述的抗原，其中所述其活性片段包括或由SeqID No 123的氨 基酸 2_872、Seq ID No 124 的氨基酸 2_812、Seq IDNo 125 的氨基酸 2-514 或 516 至 1090、 Seq ID No 127 的氨基酸 2_252、Seq ID No 128 的氨基酸 2_324、Seq ID No 130 的氨基酸 2-235、Seq IDNo 131 的氨基酸 2-792、Seq ID No 132 的氨基酸 2-252、Seq ID No 135 的 氨基酸 8_245、Seq ID No 138 的氨基酸 2_393、Seq ID No 139 的氨基酸 2_237、Seq ID No 140 的氨基酸 16-620、Seq ID No 155 的氨基酸 2-287、Seq ID No 156 的氨基酸 27-231、 Seq ID No 157 的氨基酸 2_550、Seq ID No 165 的氨基酸 2_644、Seq ID No 168 的氨基酸 2-343、Seq ID No 170 的氨基酸 2-325、Seq ID No 171 的氨基酸 2-458 或 Seq IDNo 172 的氨基酸31-379组成。
17.根据权利要求16所述的抗原，其中所述其活性变体与SeqID Nol23的氨基酸 2-872,Seq ID No 124 的氨基酸 2_812、Seq ID No 125 的氨基酸 2-514 或 516 至 1090、Seq ID No 127 的氨基酸 2_252、Seq IDNo 128 的氨基酸 2_324、Seq ID No 130 的氨基酸 2-235、 Seq ID No 131 的氨基酸 2_792、Seq ID No 132 的氨基酸 2_252、Seq ID No 135 的氨基酸 8-245,Seq ID No 138 的氨基酸 2_393、Seq ID No 139 的氨基酸 2_237、Seq ID No 140 的 氨基酸 16-620、Seq ID No 155 的氨基酸 2-287、Seq ID No 156 的氨基酸 27-231、Seq ID No 157 的氨基酸 2-550、SeqID No 165 的氨基酸 2-644、Seq ID No 168 的氨基酸 2-343、 Seq ID Nol70 的氨基酸 2-325、Seq ID No 171 的氨基酸 2-458 或 Seq ID No 172 的氨基 酸31-379具有至少50%，特别是至少60%，优选至少70%，更优选至少80%，更优选至少 90 %，更优选至少95 %，96 %，97 %或98 %，最优选99 %的序列同一性。
18.根据权利要求16至17任一项所述的抗原，由此所述抗原进一步由以下定义a)1至570个另外的氨基酸残基，优选1至500，1至400，1至300，1至250，1至200， 或1至150，更优选1至100，更优选1至50，最优选1，2，3，4，5，10，20，30或40个另外的氨 基酸残基至包括或由Seq ID No 125的氨基酸2至514组成的抗原的活性片段；或b)1至510个另外的氨基酸残基，优选1至400，1至300，1至250，1至200，或1至150， 更优选1至100，更优选1至50，最优选1，2，3，4，5，10，20，30或40个另外的氨基酸残基至 包括或由Seq I D No 125的氨基酸516至1090组成的活性片段；或c)1至25个另外的氨基酸残基，优选1，2，3，4，5，10，15，或20个另外的氨基酸残基至 包括或由Seq ID No 172的氨基酸31-379组成的抗原的活性片段；或d)1至20个另外的氨基酸残基，优选1，2，3，4，5，10，或15个另外的氨基酸残基至包括 或由Seq ID No 156的氨基酸27-231组成的抗原的活性片段；或e)1至10个另外的氨基酸残基，优选1，2，3，4，5，6，7，8，或9个另外的氨基酸残基至包 括或由Seq ID No 140的氨基酸16至620组成的抗原的活性片段；或f) 1至5个另外的氨基酸残基，优选1，2，3，或4个另外的氨基酸残基至包括或由Seq ID No 135的氨基酸8至245组成的抗原的活性片段。
19.根据权利要求11至18任一项所述的抗原，由此所述抗原包括或由与所述抗原，优 选标记蛋白同源的至少一个氨基酸残基组成。
20.根据权利要求18或19所述的抗原，其中所述另外的氨基酸残基侧翼于抗原N-末 端、C-末端或N-和C-末端。
21.根据权利要求18至20任一项所述的抗原，由此所述另外的氨基酸残基侧翼于由以 下定义的抗原a)Seq ID No 125的氨基酸2至514或其C-末端衍生的变体，或b)SeqID No 125 的氨基酸 516 至 1090、Seq ID No 135 的 8 至 245、Seq ID No 140 的 16 至 620、Seq ID No 156 的 27-231、Seq ID Nol72 的 31-379，或其 N-末端衍生的变体。
22.根据权利要求11至21任一项所述的抗原，由此所述抗原进一步包括或由前导序列 或分泌序列、用于纯化的序列或前蛋白序列组成。
23.抗原，其包括如在表1的“预测的免疫原性aa”或“预测的II类-限制性T细胞表 位/区域”或“鉴定的免疫原性区域(aa)的位置”栏中所示的至少一个核心氨基酸序列，由 此更优选所述核心氨基酸序列选自以下Seq ID No 123 的氨基酸 20-28，32-40，45-56，85-96，102-118，120-130，132-154， 158-172，174-181，193-202，208-221，228-241，250-259，274-283，285-291，296-309， 317-324，328-339，348-354，383-391，402-412，418-428，443-455，467-482，484-490， 519-525,545-557,568-582,601-606,613-638,646-656,661-676,687-694,706-724, 741-766，776-782，789-798，812-822 和 847-869 ；Seq ID No 124 的氨基酸 28-37，44-88， 95-102,107-115,142-150,212-226,228-233,235-245,262-269,278-311,319-338,343-354,372-405, 409-418,426-435,439-445,447-462,471-478,481-490,502-514, 522-529,539-565,568-589,595-605,608-622,645-651,656-662,665-670,679-685, 696-715，731-744，775-781 和 789-809 ；Seq IDNo 125 的氨基酸 6-14，21-44，52-70，74-93， 106-132，136-157，162-168，174-184，186-223，232-248，250-262，264-270，278-284， 303-324，342-348，352-357，409-415，423-442，444-454，458-478，480-494，499-509， 514-521,529-538,541-559,56卜575,582-605,611-619,630-638,647-665,672-683, 696-719,727-739,748-791,800-806,815-822,848-855,860-868,876-884,891-896, 898-950，956-962，971-980，995-1008，1036-1043，1045-1061 和 1069-1074 ；Seq ID No 126 的氨基酸 7-13，21-27，33-57，63-72，74-80，82-88，94-105，107-119，121-132， 134-152，162-199，201-225，229-237，239-246，252-258，261-267，277-298，300-325， 340-366,373-383 和 391-401 ;Seq ID No 127 的氨基酸 4-17，22-32，45-58，60-70，72-86， 88-98，100-108，112-121，128-138，148-162，167-176，184-198，216-231 和 241-248 ；Seq ID No 128 的氨基酸 6-23，32-52，60-77，84-90，92-107，117-163，165-239，249-254，273-280 和 289-308 ；Seq ID No 129 的氨基酸 5-49，52-59，65-95，102-108，115-123，126-139， 142-153，180-186，193-204，206-214，225-247，270-278，280-297，303-319，321-337，344-358，363-371，378-389，399-406和 412-419 ;Seq ID No 130 的氨基酸 4-30，32-38， 43-50，55-62，64-72，76-83，97-119，125-132，139-156，158—172，204—210 和 221-227 ；SeqID No 131 的氨基酸 4-16，21-31，39-57，61-67，73-99，105-111，119-128，135-147， 150-159，163-196，213-246，248-255，257-284，286-293，295-317，333-360，369-387， 389-413, 415-422, 424-438,443-454,461-467,478-490,508-520,527-532,534-551,557-564，566-576，578-588，596-684，687-711，713-724，729-741，749-758和 770-782 ；Seq ID No 132 的氨基酸 4-13，38-59，80-90，95-102，108-123，130-183，190-223 和 239-249 ； Seq ID No 133 的氨基酸 4-13，27-38，43-48，53-74，82-100，104-110，112-137，147-154， 169-179，184-192，196-223,234-249 和 252-262 ;Seq ID No 134 的氨基酸 7-36，45-50， 52-92,103-125,129-138,140-154,163-176,178-188,194-203,207-222,230-239, 244-297,299-314,324-332,335-343,361-368,370-404,409-416,426-443, 451-456, 459-469,477-493,496-513,515-522,529-535,540-546,549-561,578-586,588-596, 609-628,636-645,659-665,668-687,708-724,726-739,761-770,788-795,818-825, 842-869,872-883,887-897,905-972,976-984,988-998,1015-1030,1033-1051, 1076-1082,1084-1107,1141-1151,1167-1180,1184-1189,1193-1205,1221-1228, 1235-1254，1258-1305，1307-1314，1326-1335，1350-1369 和 1371-1395 ；Seq IDNo 135 的 氨基酸 4-14，22-32，48-61，63-71，79-111，119-145，147-167，179-186，188-201,217-223 和 227-235 ;Seq ID No 136 的氨基酸 14-29，31-38，50-56，68-74，81-89，108-118， 125-138，144-151，167-175，215-228，252-262，272-279，281-288，322-344，358-374， 386-395,406-418,426-441,455-465,485-490,513-519,521-528,538-543,548-555,558-574,577-583,585-596,608-624,636-643,665-672,680-686,699-707,715-730, 747-755,775-786,812-818,824-841,856-868,892-899,930-946,963-972,979-984, 1008-1015,1032-1038,1044-1050,1052-1060,1092-1110,1143-1148,1157-1181, 1184-1196,1215-1222,1229-1244,1248-1255,1267-1272,1282-1295,1300-1311, 1323-1329,1390-1396,1399-1407,1423-1431,1452-1458,1478-1484,1488-1501, 1504-1511，1521-1551，1573-1599，1622—1641，1644—1663，1669—1675，1681-1688 禾口 1692-1711 ；Seq ID No 137 的氨基酸 7-33，39-47，53-66，72-104，117-126，132-138， 146-154，160-167，182-188,199-213，259-270，283-289，291-308，314-326，328-334， 352-358,364-370,372-379,407-417,424-445,461-475,477-485,488-497,510-516, 539-553,567-581,589-595,668-687,697-707,709-731,733-752,756-765,772-780, 797-827，845-852，860-876，884-891，896-903 和 915-922 ;Seq ID No 138 的氨基酸 17-23， 26-34，36-42，45-51，53-63，69-79，89-97，106-119，146-161，175-184，186-201，217-244， 252-265，268-278，280-294，304-315，324-340，343-351 和 353-374 ;Seq ID No 139 的氨基 酸 17-27，34-40，47-65，68-112，114-126，133-148，150-157，163-187，190-204 和 207-234 ； Seq ID No 140 的氨基酸 4-16，20-42，60-66，75-108，112-117，131-138，148-153，157-174， 201-206，213-228，235-243，246-259，266-271，295-301，311-316，331-337，344-353， 364-377,383-389,405-412,452-458,470-487,491-505,508-517,540-555,557-565, 576-587,593-603 和 612-617 ;Seq ID No 141 的氨基酸 7-14，18-25，30-35，43-48，82-98， 102-111，139-149，165-185，189-197，203-219，231-236，268-277，291-301，303-311， 315-330，332-340，344-354，365-374，381-400，404-409，419-426，431-441，457-467， 469-475，481-490，556-562，605-613 和 649-655 ;Seq ID No 142 的氨基酸 4-15，23-32，48-67，76-83，86-94，97-105，107-120，127-136，180-185，206-212，251-257，313-322， 325-331,340-353,374-381,397-403,407-413,420-432,450-457,471-483,492-503, 505-515,519-530,539-548,558-579,602-611,625-633,636-643,650-656,658-666, 677-683,686-694,707-714,716-730,745-763,765-786,791-830,841-857,864-870, 873-885，887-895，912-919，921-938 和 940-949 ;Seq ID No 143 的氨基酸 4-32，34-61， 65-75,81-91,99-106,121-132，150-156，162-170，174-182，189-196，201-214，230-236， 239-246,276-285,287-295,301-310,335-354,366-383,390-398,408-433,439-445, 466-478，499-519，525-544，550-555，572-580，589-603，624-633，648-655，659-671 和 677-682 ；Seq ID No 144 的氨基酸 5-29，42-60，72-77，114-143，151-157，162-174， 177-182，185-193，233-251，266-274，279-298，301-308，321-335，338-365，378-386， 388-396，401-407，412-434，439-459，475-480 和 499-505 ;Seq ID No 145 的氨基酸 4-26， 28-34，57-64，75-81，95-100，126-141，144-150，158-163，200-210，216-221，243-249， 291-309,326-339,363-369,380-389,396-403,410-422,436-455,485-498,516-525, 541-576,608-619,635-641,664-674,683-692,697-703,707-723,737-749,760-765, 775-808，827-839，851-859，869-875，877-884，886-906 和 910-927 ;Seq ID No 146 的氨基 酸 4-29，43-48，56-66，70-82，93-102，107-113，127-152，159-164，179-184，201-207， 216-224，231-239，244-250，262-269，291-305，307-313，333-340，368-374，379-387， 414-422,432-438,440-461,487-498,518-524,539-548,557-567,610-615,644-651, 667-675,681-693,709-718,721-726,734-758,780-817,833-843,856-865,872-879, 893-900，902-908 和 913-921 ;Seq ID No 147 的氨基酸 4-22，58-73，85-106，115-129， 139-145,170-181，185-191，199-204，242-249，270-276，293-303，332-339，353-359， 387-392,424-439,459-472,532-538,555-563,593-604,631-636,654-659,679-686, 689-705,718-733, 740-751,756-771,789-796,798-805,834-842,851-856,885-894, 922-930,934-947,953-960,963-975,983-988,1008-1019,1026-1038,1041-1083, 1086-1098，1121-1157，1159-1166，1169-1182，1192-1207，1209-1216 和 1232-1260 ；Seq IDNo 148 的氨基酸 5-12，38-50，70-91，109-157，169-182，185-191，205-229，234-251， 262-279，287-314，321-331，335-351，356-364，366-373，377-383，386-394，396-415， 417-429,437-448,456-467,490-496,504-512,518-530,533-543,545-555,577-586, 603-610,617-628,635-662,670-682,689-699,713-719,724-741,745-769,779-784, 790-808，816-850，866-879 和 894-905 ；Seq ID No 149 的氨基酸 6-23，26-31，35-99， 108-120，134-146，154-167，171-178，183-189，194-203，206-212，241-250，252-270， 278-298 和 302-338 ;Seq ID No 150 的氨基酸 21-26，31-37，42-92，100-127，131-149， 182-188，190-214，216-231，249-257，264-289，305-326，332-342，348-357，360-368， 379-385，387-393，396-410，421-427 和 435-452 ;Seq ID No 151 的氨基酸 4-9，16-21， 23-29，34-41，46-51，58-73，104-113，115-122，125-134 和 141-168 ;Seq ID No 152 的氨基 酸 4-11，16-34,82-98,103-114，132-147，151-158，164-182，215-221，236-244，253-259， 261-267,272-283 和 285-307 ;Seq ID No 153 的氨基酸 4-18，20-34，50-56，64-69， 100-109，114-131，142-150 和 159-165 ;Seq ID No 154 的氨基酸 10-23，36-48，55-66， 68-75,95-109,116-151，156-169，173-192，199-205，208-213，219-226，232-238，246-256，276-284,295-314,332-343,358-373,381-393,406-426,431-438,454-469,481-492, 519-533,536-551,556-561,567-572,594-608,612-619,629-638,665-681,685-697, 710-727，759-777 和 792-798 ;Seq ID No 155 的氨基酸 7-13，29-39，54-60，62-68，99-104， 126-138，140-153，159-190，204-210，217-223，234-240，243-262 和 270-278 ；Seq ID No 156 的氨基酸 4-22，50-58，71-77，83-93，108-127，143-153，158-191，205-213 和 221-228 ； Seq ID No 157 的氨基酸 4-22，26-35，38-61，63-76，85-99，101-109，145-151，153-160， 162-172,180-187,194-202,208-215,223-231,235-247,253-273,278-295,302-323, 337-358，366-404，420-434，436-450，454-468，474-485，491-514，524-533 和 539-545 ；Seq ID No 158 的氨基酸 7-30，35-45，53-70，78-105，120-127，129-143，151-158，162-193， 208-216，219-249，252-258，277-308，311-321，323-347，359-364，375-385，389-395， 401-409，414-420，436-449，467-474，491-507 和 513-519 ;Seq ID No 159 的氨基酸 12-22， 27-35, 38-53,60-81,87-94,96-113,115-136,144-172,189-196,208-237,239-251, 258-265,272-292,296-305,319-331,351-371,378-389,404-425,428-436, 443-448, 458-477，501-513，535-541，547-554，557-565，574-584 和 590-598 ;Seq ID No 160 的氨基 酸 10-30，36-46，56-67，78-105，116-124，126-142，146-160，166-172，186-198，207-224， 249-256，278-289，297-304，307-315，318-350，352-367，373-388，395-413，427-438， 444-455，457-472，482-490，495-501，512-522，529-535，537-552，572-580 和 589-620 ；Seq ID No 161 的氨基酸 4-14，16-22，26-34，40-50，56-65，75-86，88-101，105-117，126-132， 134-142，145-170，172-191，193-205，214-223，227-235，247-290，294-319，332-339， 345-355,363-369,394-403,407-412,429-466,468-475,494-510,515-522,528-534,539-545,556-562,574-589,596-604,609-627,637-647,663-671,679-689,694-702, 708-715,718-727,738-744,750-758,774-808,815-836,840-883,890-906,910-929, 933-943,951-967,972-986,988-1027,1032-1041，1045-1058，1069-1079，1081-1102， 1117-1123，1125-1143，1145-1168，1173-1178，1186-1199，1202-1209，1214-1220， 1225-1242,1244-1251,1257-1266,1269-1275,1295-1313, 1339-1345, 1364-1377, 1390-1410，1412-1431，1438-1459，1472-1499，1511-1537，1543-1549，1553-1560， 1566-1579,1585-1609,1621-1632,1636-1665,1669-1718,1721-1730,1734-1761, 1763-1787，1796-1802 和 1805-1823 ;Seq ID No 162 的氨基酸 11-21，27-48，58-69，73-89， 100-110，142-152，165-178，187-196，203-216，238-246，254-262，278-288，294-299， 308-315，334-340，366-374，376-386，392-401，406-412，444-459，463-469，474-479， 484-490，500-517，524-534，542-552，566-578，586-594，603-628，643-664，668-692， 699-706，714-726，729-735，747-755，765-771，778-785，804-814，822-837，848-855， 860-886，898-909，912-919，925-933，936-942，945-957，966-975，978-997，1015-1035， 1045-1055，1066-1076，1082-1107，1141-1179，1193-1214，1240-1246 和 1252-1259 ；Seq ID No 163 的氨基酸 7-15，17-28，34-39，83-96，100-107，119-149，152-158，168-174， 176-213,220-231,237-262,264-273,280-286,318-327,338-348,358-369,371-386, 405-410,413-421,427-443,445-462,467-473,483-490,498-503,513-527,529-537,540-546和 581-590 ；Seq ID No 164 的氨基酸 4-16，18-24，57-69，121-140，151-157， 159-166，175-183，206-212，261-272，276-283，285-305，321-327，343-350，352-367，383-389,410-416,424-435,448-455,457-464,469-478,493-499, 509-528, 543-555, 564-575,584-594,608-631,635-658,667-676,683-689,692-698,708-731,737-750, 757-774，778-784，798-805 和 809-815 ；S eq IDNo 165 的氨基酸 4-30，35-47，49-67， 73-86,114-120,123-132,140-160,168-176,195-201,211-218,220-256,261-285, 313-328，330-349，367-373，375-385，388-422，449-488，509-547，553-569，582-597 和 599-606 ；Seq ID No 166 的氨基酸 6-11，19-44，62-72，78-87，101-108，128-142，149-185， 191-198，204-222，224-241，284-294，296-301，304-311 和 327-356 ;Seq ID No 167 的氨基 酸 6-23，34-59，66-75，79-96，106-117，119-130，133-143，164-172，179-193，195-207， 215-241,247-261,285-293,300-307,317-329,346-352,357-362,368-384,397-408, 416-424，432-453，461-485，493-501，518-527，533-544，552-562，574-588 和 604-613 ；Seq ID No 168 的氨基酸 4-13，15-21，32-41，43-54，56-84，86-93，95-113，120-126，130-165， 175-189，195-202，210-222，244-250，253-270，273-280，283-291，301-313 和 315-339 ；Seq ID No 169 的氨基酸 6-25，28-87，93-100，105-112，118-133，138-145，157-165，167-184， 198-209，220-237，245-252，254-262，265-277，288-299，310-326 和 335-362 ；Seq ID No170的氨基酸 8-19，21-27，29-36，49-67，84-101，103-122，128-157，159-166，168-177， 181-187，192-205，207-217，222-251，255-266，272-280，284-297 和 306-322 ；Seq ID No171的氨基酸 9-25，33-41，48-73，78-86，89-97，100-106，117-135，141-147，164-181， 189-195,200-215,226-251,267-283,289-300,318-324,332-340,355-362,374-382, 389-394，397-402，422-448 和 450-455 ；Seq ID No 172 的氨基酸 4-31，36-45，52-76， 78-118，120-135，145-164，167-228，241-250，269-279，283-312，315-333，337-362 和 364-376 ；Seq ID No 173 的氨基酸 24-34，39-50，52-60，70-93，96-105，124-130，146-168， 173-183，195-213，217-231，248-259，267-285，304-312，314-322，334-350，365-388， 391-403,408-416,418-443,450-477,496-503,516-522,544-550,565-592,594-600, 614-635,639-670,691-705,707-714,733-744,751-764,777-787,797-829,848-856, 864-887,901-913,919-938,941-950,955-961,966-990,1004-1023,1027-1033, 1040-1047,1053-1058,1063-1073,1079-1090,1104-1109,1112-1124,1128-1134, 1138-1145 和 1149-1155 ;Seq ID No 174 的氨基酸 4-28，59-66，93-98，128-134，140-164， 166-186,198-208,211-227,233-240,246-258,264-277,282-291,297-302,318-349, 362-370,372-386,393-417,420-427,437-462,464-473,481-503,508-514,519-533, 543-549，554-568，584-592，636-647，655-662，680-688，702-707,716-723，726-731 和 738-746 ；Seq ID No 175 的氨基酸 16-31，78-84，131-140，145-155，168-174，176-193， 219-225，253-292，303-368，376-406，420-436，444-453 和 468-485 ;Seq ID No 176 的氨基 酸 4_14;Seq IDNo 177 的氨基酸 18-35，47-55，65-82，106-112 和 117-140 ;Seq IDNo 178 的氨基酸 15-38 ；Seq ID No 179 的氨基酸 31-48 和 50-55 ；SeqID No 181 的氨基酸 6-14 ； Seq ID No 182 的氨基酸 4-10 ;Seq ID No 183 的氨基酸 9-18 和 21-30 ;Seq ID No 184 的 氨基酸 4-13，31-39，56-74，76-83 和 85-91 ;Seq ID No 185 的氨基酸 8-32，38-49 和 57-66 ； SeqID No 186 的氨基酸 4-19 和 25-31 ;Seq ID No 187 的氨基酸 1-9，17-25，38-49 和 52-58 ；Seq ID No 188 的氨基酸 4-16 和 20-27 ;SeqID No 189 的氨基酸 20-26 和 32-41 ； Seq ID No 190 的氨基酸 4-15，21-41，45-55，63-92 和 105-123 ;Seq ID No 192 的氨基酸4-17 和 19-25 ;Seq ID No 193 的氨基酸 5-31 和 33-50 ;Seq ID No 194 的氨基酸 10-17 ； Seq ID No 195 的氨基酸 4-21 和 52-69 ;Seq ID No 196 的氨基酸 11-29 ;Seq ID No 123 的氨基酸 48-59，267-277，452-467，497-512 和 659-673 ；Seq ID No 124 的氨基酸 315-326，428-442，741-756 和 789-808 ;Seq ID No 125 的氨基酸 24-38，108-123，599-620， 775-788 和 939-949 ；Seq ID No 126 的氨基酸 17-30，40-59，71-83，93-113，216-231， 260-277,371-385 和 392-404 ；Seq ID No 127 的氨基酸 3-37，42-52，58-67，72-83，94-114， 123-137，142-160，197-209 和 218-250 ；Seq ID No 128 的氨基酸 7-22，24-35，78-93， 97-110，124-136，162-176，193-209，213-225 和 230-239 ；Seq ID No 129 的氨基酸 12-27， 125-138，190-202，260-277 和 394-417 ；Seq IDNo 130 的氨基酸 9-21，26-37，49-63，84-97， 107-120，127-137，142-154，197-208 和 223-235 ;Seq ID No 131 的氨基酸 526-543， 609-624,654-673 和 682-699 ;Seq ID No 132 的氨基酸 7-25，45-63，91-122，173-183 和 216-227 ；Seq ID No 133 的氨基酸 1-11，30-43，70-86，142-150，192-207 和 217-229 ;Seq ID No 134 的氨基酸 428-440，561-572，859-870，919-930 和 1055-1067 ;Seq ID No 135 的 氨基酸 12-25，44-60，72-88，97-117，145-158，178-201 和 211-221 ;Seq ID No 136 的氨基 酸 6-26,1430-1441 和 1648-1666 ；SeqID No 137 的氨基酸 84-94，113-125，141-152， 331-342，716-728 和 743-763 ;Seq ID No 138 的氨基酸 17-27，110-120，166-179，220-234， 251-262，282-294，322-339，354-366 和 379-387 ;Seq ID No 139 的氨基酸 5-25，34-51， 115-125，140-152，166-181，191-201 和 215-233 ;Seq ID No 140 的氨基酸 20-31，159-177， 235-244,362-371 和 444-454 ;Seq ID No 141 的氨基酸 8-23，122-130，289-300，289-300， 336-345，388-398 和 590-614 ;Seq ID No 142 的氨基酸 84-97，141-152，181-189，318-328， 439-447，498-512，656-668 和 819-828 ;Seq ID No 143 的氨基酸 3-17，53-72，187-199， 452-465,468-483 和 592-601 ;Seq ID No 144 的氨基酸 7-21，74-84，91-101，119-130， 363-372 和 387-396 ;Seq ID No 145 的氨基酸 2-13，542-552，627-637，652-660 和 798-807 ；Seq ID No 146 的氨基酸 7-23，173-185，530-540 和 726-734 ;Seq ID No 147 的 氨基酸 10-24，1065-1079，1101-1110 和 1141-1156 ;Seq ID No 148 的氨基酸 80-90， 212-221，233-243，286-296，356-367，531-541 和 859-869 ;Seq ID No 149 的氨基酸 3-14， 31-45，51-69，70-91，152-165，257-268 和 299-311 ;Seq ID No 150 的氨基酸 42_51，62_75， 79-88，264-276，336-353 和 398-406 ；Seq ID No 151 的氨基酸 17-32，44-70，89-103， 122-133 和 150-165 ;Seq ID No 152 的氨基酸 4-13，23-40，61-74，169-191，203-212 和 289-297 ；Seq ID No 153 的氨基酸 3-20，48-59，75-83 和 104-122 ;Seq ID No 154 的氨基 酸 191-200，276-285，307-321，523-535，568-577，721-729 和 772-780 ;Seq ID No 155 的氨 基酸 6-17，79-88，98-107，125-137，159-167，173-191 和 267-276 ；Seq ID No 156 的氨基酸 6-27，36-45，147-157 和 172-197 ;Seq ID No 157 的氨基酸 175-187，242-254，377-389， 450-467，493-503 和 528-538 ;Seq ID No 158 的氨基酸 6-27，94-106，135-145，255-265 和 289-311 ；Seq ID No 159 的氨基酸 36-49，59-70，100-113，121-130，147-155 和 351-360 ； Seq ID No 160 的氨基酸 17-28，291-300，340-352，362-371 和 387-396 ;Seq ID No 161 的 氨基酸 425-443 ;Seq ID No 162 的氨基酸 685-693，699-709，1065-1075 和 1147-1158 ;Seq ID No 163 的氨基酸66-80，169-178，262-271，333-348，360-370 和 554-564 ;SeqID No 164 的氨基酸 5-17，131-141，183-198 和 376—385 ；Seq ID Nol65 的氨基酸 33-43，187-200，223-232，259-272，306-316，443-452和 461-472 ;Seq ID No 166 的氨基酸62-70，141-161，224-238，297-305和 339-354 ;Seq ID No 167 的氨基酸 12-22，82-94，186-194，371-382， 434-447 和 580-589 ;Seq ID No 168 的氨基酸 27-38，56-38，77-102，174-185，259-270， 298-309 和 319-331 ;Seq ID No 169 的氨基酸 10-18，28-51，59-68，127-138，167-177 和 338-347 ；Seq IDNo 170 的氨基酸 52-67，86-98，127-138，144-167，227-237，282-296 和 307-319 ；Seq ID No 171 的氨基酸 1-18，124-137，244-258，298-310，324-343，368-384 和 431-450 ；Seq ID No 172 的氨基酸 9-25，75-88，104-116，121-133，180-197，215-227 和 324-338 ；Seq ID Nol73 的氨基酸 234-244，336-346，457-468 和 1002-1012 ；Seq ID No 174 的氨基酸 3-18，332-340，445-454 和 580-591 ;Seq ID No 175 的氨基酸 251-270，342-352， 380-405，407-417 和 443-451 ;Seq IDNo 176 的氨基酸 1-27 ;Seq ID No 177 的氨基酸 22-46，56-70，79-96，98-107 和 119-135 ;Seq ID No 178 的氨基酸 10-38 ;Seq ID No 179 的氨基酸 10-20和 29-43 ;Seq ID No 180 的氨基酸3-18 ;Seq ID N0I8I 的氨基酸8-19 ;Seq ID No 182 的氨基酸 5-22 ;Seq ID No 183 的氨基酸 7-34 ;Seq ID No 184 的氨基酸 21-34， 61-72 和 74-92 ；Seq IDNo 185 的氨基酸 5-14，21-34 和 42-54 ；Seq ID No 186 的氨基酸4-32；Seq ID No 187 的氨基酸 1-9 和 38-55 ；Seq ID No 188 的氨基酸 4-12 和 20-30 ；Seq ID No 189 的氨基酸 20-42 ；Seq ID No 190 的氨基酸 41-52，66-81 和 104-121 ；Seq ID No 191 的氨基酸 1-17 ；Seq ID Nol92 的氨基酸 4-32 ；Seq ID No 193 的氨基酸 10-45 ；Seq ID No 194 的氨基酸 2-23 ;Seq ID No 195 的氨基酸 8-29，41-50 和 52-72 ;SeqID No 196 的氨 基酸 3_26;Seq ID No 123 的氨基酸 249-260 ;Seq ID Nol24 的氨基酸 569-636 ;Seq ID No 125 的氨基酸 697-758 和 808-875 ；Seq ID No 126 的氨基酸 3-23 ；Seq ID No 127 的氨基 酸 139-199 ；SeqID No 128 的氨基酸 20-89 ；Seq ID No 129 的氨基酸 168-178 ；Seq IDNo 130 的氨基酸 112-182 和 167-216 ;Seq ID No 131 的氨基酸 518-538 ;Seq ID No 132 的氨 基酸 31-105 ;Seq ID No 133 的氨基酸 119-187 ;Seq ID No 134 的氨基酸 34-43 ;Seq ID No 135 的氨基酸 223-241 ;Seq ID No 136 的氨基酸 91-170，1369-1393 和 1423-1486 ;Seq ID No 137 的氨基酸 397-456 ;Seq ID No 138 的氨基酸 32-48 ;SeqID No 139 的氨基酸5-66；Seq ID No 140 的氨基酸 271-367 ；Seq ID Nol41 的氨基酸 270-279 和 621-632 ；Seq ID No 142 的氨基酸 146-221 和 782-847 ；Seq ID No 143 的氨基酸 216-283 ；Seq ID No 144 的氨基酸 245-264 和 367-374 ；Seq ID No 145 的氨基酸 716-781 ；Seq ID No 146 的氨 基酸 692-760 ;Seq ID No 147 的氨基酸 1189-1244 ;Seq ID Nol48 的氨基酸 446-462 ;Seq ID No 149 的氨基酸 79-94 和 136-145 ;Seq ID No 150 的氨基酸 97-165 ;Seq ID No 151 的氨基酸 106-123 ；SeqID No 152 的氨基酸 16-80 ；Seq ID No 153 的氨基酸 36-113 ；Seq ID No 154 的氨基酸 303-330 ；Seq ID No 155 的氨基酸 154-168 ；Seq ID No 156 的氨基酸 28-49 ；Seq ID No 157 的氨基酸 406-485 ;Seq ID No 158 的氨基酸 421-488 ;Seq ID No 159 的氨基酸 442-492 和 526-610 ；SeqID No 160 的氨基酸 194-207 ；Seq ID No 161 的氨 基酸 1058-1076 和 1643-1700 ;Seq ID No 162 的氨基酸 1068-1077 ;Seq ID No 163 的氨基 酸 228-287 ;Seq ID No 164 的氨基酸 786-836 ;Seq ID No 165 的氨基酸 306-370 ;Seq ID No 166 的氨基酸 259-277 和 298-320 ;Seq IDNo 167 的氨基酸 498-506 ;Seq ID No 168 的 氨基酸 138-205 ;Seq ID Nol69 的氨基酸 247-293 ;Seq ID No 170 的氨基酸 61-74 ;Seq ID No 171 的氨基酸 201-262 ;Seq ID No 172 的氨基酸 208-288 ;Seq ID No 173 的氨基酸938-1000 ；Seq ID No 174 的氨基酸 309-374 ;Seq ID No 175 的氨基酸 36-109 和 375-388 ； Seq ID No 176 的氨基酸 10-21 ;Seq IDNo 177 的氨基酸 71-134 ;Seq ID No 178 的氨基酸 5-26 ；Seq ID No 179 的氨基酸 21-36 ;Seq ID No 180 的氨基酸 1-10 ;Seq ID No 181 的氨 基酸 13-23 ;Seq ID No 182 的氨基酸 5-11 ;Seq ID No 183 的氨基酸 22-32 ;Seq ID No 184 的氨基酸 11-72 ;Seq ID No 185 的氨基酸 4-18 ;Seq ID No 186 的氨基酸 13-26 ;Seq ID No 187 的氨基酸 8-77 ;Seq IDNo 188 的氨基酸 5-27 ;Seq ID No 189 的氨基酸 4-18 ； Seq ID No 190 的氨基酸 30-45 ；Seq ID No 191 的氨基酸 4-16 ；Seq ID No 192 的氨基酸 12-25 ；Seq ID No 193 的氨基酸 37-48 ；Seq ID No 194 的氨基酸 4-21 ；Seq ID No 195 的 氨基酸18-44和Seq ID No 196的氨基酸11-22。
24.根据权利要求23所述的抗原，由此所述抗原进一步由以下组成a)1至50个另外的氨基酸残基，优选1至40，更优选1至30，更优选最多1至25，更优 选最多1至10，最优选1，2，3，4或5个另外的氨基酸残基；和/或b)与核心氨基酸序列同源的至少一个氨基酸残基。
25.根据权利要求24所述的抗原，其中所述另外的氨基酸残基侧翼于核心氨基酸序列 N-末端、C-末端或N-末端和C-末端。
26.根据权利要求23至25任一项所述的抗原，其中所述抗原包括在权利要求23中所 定义的至少2，至少3，至少4，至少5或至少6个核心氨基酸序列。
27.用于生产权利要求11至26任一项中所定义的抗原，或其活性片段或活性变体的方 法，包括表达权利要求1至7任一项中所定义的核酸分子。
28.用于生产表达权利要求11至26任一项中所定义的抗原，或其活性片段或活性变体 的细胞的方法，包括将合适的宿主细胞用权利要求8或9中所定义的载体转化或转染。
29.根据权利要求27或28任一项所述的方法，其中所述抗原或其活性片段或活 性变体，分离自衣原体(Chlamydia)、优选肺炎衣原体(C. pneumoniae)、沙眼衣原体 (C. trachomatis)、鹦鹉热衣原体(C. psittaci)、兽类衣原体(C. pecorum)、鼠型沙眼衣原 体(C. muridarum)、或猪衣原体(C. suis)，更优选肺炎衣原体(C. pneumoniae)、沙眼衣原体 (C. trachomatis)或鹦鹉热衣原体(C. psittaci)。
30.药物组合物，优选疫苗，包括权利要求11至26任一项中所定义的抗原或其活性片 段或活性变体；或权利要求1至7任一项中所定义的核酸分子；或权利要求8至9任一项中 所定义的载体。
31.药物组合物，优选疫苗，包括权利要求11至26任一项中所定义的抗原或活性片段 或活性变体；或权利要求1至7任一项中所定义的核酸分子；或权利要求8至9任一项中所 定义的载体，以用于治疗或预防衣原体(Chlamydia)、优选肺炎衣原体(C. pneumoniae)、沙 眼衣原体(C. trachomatis)、鹦鹉热衣原体(C. psittaci)、兽类衣原体(C. pecorum)、鼠型 沙眼衣原体(C. muridarum)、或猪衣原体(C. suis)，更优选肺炎衣原体(C. pneumoniae)、沙 眼衣原体(C. trachomatis)或鹦鹉热衣原体(C. psittaci)感染。
32.根据权利要求30或31所述的药物组合物，其特征在于其还包括免疫刺激物 质，优选聚阳离子聚合物，特别是聚阳离子肽，免疫刺激寡脱氧核苷酸(ODNs)，特别是 Oligo (dldC) 13，包含至少两个LysLeuLys基序的肽，特别是KLKLLLLLKLK，神经活性化合物， 特别是人类生长激素，明矾，弗罗因德完全或不完全佐剂，或其组合。
33.根据权利要求32所述的药物组合物，其中所述免疫刺激物质为聚阳离子聚合物 和免疫刺激脱氧核苷酸，或包含至少两个LysLeuLys基序的肽和免疫刺激脱氧核苷酸的组 合,优选 KLKLLLLLKLK 和 Oligo (dldC) 13 的组合。
34.根据权利要求32或33所述的药物组合物，其中所述聚阳离子肽为聚精氨酸。
35.权利要求11至26任一项中所定义的抗原或其活性片段或活性变体；或权利 要求1至7任一项中所定义的核酸分子；或权利要求8至9任一项中所定义的载体， 以用于治疗或预防衣原体(Chlamydia)、优选肺炎衣原体(C. pneumoniae)、沙眼衣原体 (C. trachomatis)、鹦鹉热衣原体(C. psittaci)、兽类衣原体(C. pecorum)、鼠型沙眼衣原 体(C. muridarum)、或猪衣原体(C. suis)，更优选肺炎衣原体(C. pneumoniae)、沙眼衣原体 (C. trachomatis)或鹦鹉热衣原体(C. psittaci)感染。
36.权利要求11至26任一项中所定义的抗原或其活性片段或活性变体；或权利要 求1至7任一项中所定义的核酸分子；或权利要求8至9任一项中所定义的载体在制 备用于治疗或预防衣原体(Chlamydia)、优选肺炎衣原体(C. pneumoniae)、沙眼衣原体 (C. trachomatis)、鹦鹉热衣原体(C. psittaci)、兽类衣原体(C. pecorum)、鼠型沙眼衣原 体(C. muridarum)、或猪衣原体(C. suis)，更优选肺炎衣原体(C. pneumoniae)、沙眼衣原体 (C. trachomatis)或鹦鹉热衣原体(C. psittaci)感染的药物组合物，特别是用于制备疫苗 上的用途。
37.抗体，或至少其有效部分，其与权利要求11至26任一项中所定义的抗原或其片段， 优选其活性片段，或其变体，优选其活性变体的至少选择性部分结合。
38.根据权利要求37所述的抗体，其中所述抗体为单克隆抗体。
39.根据权利要求37或38所述的抗体，其中所述有效部分包括Fab片段，F(ab)片段， F (ab) N片段，F (ab) 2片段或Fv片段。
40.根据权利要求37至39任一项所述的抗体，其中所述抗体为嵌合抗体。
41.根据权利要求37至40任一项所述的抗体，其中所述抗体为人源化抗体。
42.根据权利要求37至41任一项所述的抗体，其中所述抗体为IgA抗体。
43.杂交瘤细胞系，其产生权利要求37至42任一项中所定义的抗体。
44.用于产生权利要求37至42任一项中所定义的抗体的方法，其特征在于以下步骤a)在非人动物中通过给药权利要求11至26任一项中所定义的抗原，或其活性片段或 活性变体给所述动物来引发免疫应答，b)从所述动物中除去包含抗体的体液，和c)通过将所述包含抗体的体液进行进一步的纯化步骤来产生抗体。
45.用于产生权利要求37至42任一项中所定义的抗体的方法，其特征在于以下步骤a)在非人动物中通过给药权利要求11至26任一项中所定义的抗原或其活性片段或活 性变体给所述动物来引发免疫应答，b)从所述动物中除去脾或脾细胞，和c)产生所述脾或脾细胞的杂交瘤细胞，d)选择和克隆对所述抗原或对所述活性片段或对其所述活性变体特异的杂交瘤细胞，e)通过培养所述克隆的杂交瘤细胞产生抗体，和f)任选地进行进一步纯化步骤。
46.药物组合物，包括根据权利要求37至42任一项所述的抗体。
47.根据权利要求37至42任一项所述的抗体或包括根据权利要求37至42任一 项所述的抗体的药物组合物，以用于治疗或预防衣原体(Chlamydia)、优选肺炎衣原体 (C. pneumoniae)、沙眼衣原体(C. trachomatis)、鹦鹉热衣原体(C. psittaci)、兽类衣原体 (C. pecorum)、鼠型沙眼衣原体(C. muridarum)、或猪衣原体(C. suis)，更优选肺炎衣原体 (C. pneumoniae)、沙眼衣原体(C. trachomatis)或鹦鹉热衣原体(C. psittaci)感染。
48.权利要求37至42任一项中所定义的抗体在制备用于治疗或预防衣原体 (Chlamydia)、优选肺炎衣原体(C. pneumoniae)、沙眼衣原体(C. trachomatis)、鹦鹉热衣 原体(C. psittaci)、兽类衣原体(C. pecorum)、鼠型沙眼衣原体(C. muridarum)、或猪衣原 体(C. suiis)，更优选肺炎衣原体(C. pneumoniae)、沙眼衣原体(C. trachomatis)或鹦鹉热 衣原体(C. psittaci)感染的药物组合物上的用途。
49.用于鉴定能够结合权利要求11至26任一项中所定义的抗原或其活性片段或活性 变体的方法，包括a)使权利要求11至26任一项中所定义的分离或固定的抗原或其活性片段或活性变体 与候选拮抗剂在允许所述候选拮抗剂与所述抗原或其活性片段或活性变体结合的条件下， 在能够提供应答于所述候选拮抗剂与所述抗原或其活性片段或活性变体的结合的可检测 信号的组分的存在下接触；和b)检测应答于所述拮抗剂与所述抗原或其活性片段或活性变体的结合产生的信号的 存在或不存在。
50.用于鉴定拮抗剂的方法，所述拮抗剂能够降低或抑制权利要求11至26任一项中所 定义的抗原或其活性片段或活性变体与其相互作用伴侣的相互作用活性，包括a)提供权利要求11至26任一项中所定义的抗原，或其活性片段或活性变体，b)提供所述抗原，或其活性片段或活性变体的相互作用伴侣，特别是权利要求37至42 任一项中所定义的抗体，c)使所述抗原，或其活性片段或活性变体与所述相互作用伴侣相互作用以形成相互作 用复合物，d)提供候选拮抗剂，e)使所述候选拮抗剂和所述相互作用复合物之间出现竞争反应，f)确定所述候选拮抗剂是否降低或抑制所述抗原或其活性片段或活性变体与所述相 互作用伴侣的相互作用活性。
51.权利要求11至26任一项中所定义的抗原或其活性片段或活性变体在用于分离和 /或纯化和/或鉴定所述抗原或其所述活性片段或活性变体的相互作用伴侣上的用途。
52.用于诊断衣原体(Chlamydia)有机体感染的方法，包括以下步骤a)使获自受试者的样品与权利要求11至26任一项中所定义的抗原或其活性片段或活 性变体接触，和b)检测样品中针对所述衣原体(Chlamydia)有机体的抗体的存在。
53.用于诊断衣原体(Chlamydia)有机体感染的方法，包括以下步骤a)使获自受试者的样品与根据权利要求37至42任一项所述的抗体接触；和b)检测样品中所述衣原体(Chlamydia)有机体的抗原的存在。
54.根据权利要求53所述的方法，其中所述衣原体(Chlamydia)有机体的抗原为权利 要求11至26任一项所定义的抗原或其活性片段或活性变体。
55.根据权利要求52至54任一项所述的方法，其中所述抗体为IgA抗体。
56.用于诊断衣原体(Chlamydia)有机体感染的方法，包括以下步骤a)使获自受试者的样品与对权利要求1至7任一项中所定义的核酸分子，或其片段特 异的引物或探针接触；和b)检测样品中此类核酸分子或其片段的存在。
57.根据权利要求52至56任一项所述的方法，其中所述衣原体(Chlamydia)有机 体为致病性衣原体(Chlamydia)有机体，更优选肺炎衣原体(C. pneumoniae)、沙眼衣原体 (C. trachomatis)、鹦鹉热衣原体(C. psittaci)、兽类衣原体(C. pecorum)、鼠型沙眼衣原 体(C. muridarum)、或猪衣原体(C. suis)，最优选肺炎衣原体(C. pneumoniae)、沙眼衣原体 (C. trachomatis)或鹦鹉热衣原体(C. psittaci)。
58.权利要求11至26任一项中所定义的抗原，或其活性片段或活性变体在制备功能性 核酸上的用途，其中所述功能性核酸选自适配子和镜像异构体。
59.权利要求1至7任一项中所定义的核酸分子在制备功能性核糖核酸上的用途，其中 所述功能性核糖核酸选自核酶、反义核酸和siRNA。
60.用于在优选需要其的动物或人类中治疗衣原体(Chlamydia)感染的方法，包括给 药给所述动物或人类以治疗有效量的权利要求11至26任一项中所定义的抗原，或其活性 片段或活性变体、或权利要求1至7任一项中所定义的核酸分子、或权利要求8至9任一项 中所定义的载体，或权利要求37至42任一项中所定义的抗体，或权利要求30至34、46或 47任一项中所定义的的药物组合物的步骤。
61.用于使动物或人类免疫衣原体(Chlamydia)有机体感染的方法，包括给药给所述 动物或人类以治疗有效量的权利要求11至26任一项中所定义的抗原，或其活性片段或活 性变体、或权利要求1至7任一项中所定义的核酸分子、或权利要求8至9任一项所定义的 载体，或权利要求37至42任一项中所定义的抗体，或权利要求30至34、46或47任一项中 所定义的的药物组合物的步骤，其中所述有效量适合在所述动物或人类中引起免疫应答。
62.用于在动物或人类中刺激针对衣原体(Chlamydia)有机体的免疫应答的方法，包 括给药给所述动物或人类以治疗有效量的权利要求11至26任一项中所定义的抗原，或其 活性片段或活性变体、或权利要求1至7任一项中所定义的核酸分子、或权利要求8至9任 一项中所定义的载体，或权利要求37至42任一项中所定义的抗体，或权利要求30至34、 46或47任一项中所定义的的药物组合物的步骤，所述有效量适合在所述动物或人类中刺 激免疫应答。
63.根据权利要求60至62任一项所述的方法，其中所述衣原体(Chlamydia)有 机体优选为肺炎衣原体(C. pneumoniae)、沙眼衣原体(C. trachomatis)、鹦鹉热衣原体 (C. psittaci)、兽类衣原体(C. pecorum)、鼠型沙眼衣原体(C. muridarum)、或猪衣原体 (C. suis)，更优选为肺炎衣原体(C. pneumoniae)、沙眼衣原体(C. trachomatis)或鹦鹉热 ^fe(C. psittaci)。
全文摘要
本发明涉及编码来自衣原体(Chlamydia)物种的抗原的分离的核酸分子、包括此类核酸分子的载体和包括此类载体的宿主细胞。此外，本发明提供来自来自衣原体(Chlamydia)物种的抗原、以及其片段和变体、用于生产此类抗原的方法和用于生产表达此类抗原的细胞的方法。更具体地此类抗原由肺炎衣原体(Chlamydia pneumoniae)生产或与由肺炎衣原体(Chlamydia pneumoniae)引起的细菌感染相关。此外，本发明提供与此类抗原结合的抗体、生产此类抗体的杂交瘤细胞、用于生产此类抗体的方法、包括此类核酸分子、抗原、载体或抗体的药物组合物、此类核酸分子、抗原、载体或抗体在制备药物组合物上的用途、用于鉴定能够结合此类抗原或降低或抑制此类抗原的相互作用活性的拮抗剂的方法、用于诊断衣原体(Chlamydia)感染的方法和用于治疗或预防衣原体(Chlamydia)感染的方法。
文档编号C07K14/295GK101883782SQ200880022125
公开日2010年11月10日 申请日期2008年6月13日 优先权日2007年6月18日
发明者A·范格贝恩, A·迈因克, B·诺伊杰斯, E·纳吉, J·阿斯克林 申请人:英特塞尔股份公司