衣原体抗原组合物及其用途
【专利摘要】本发明的部分内容提供了来源自衣原体属的肽和多肽。本发明的部分内容还提供了使用肽和多肽治疗、预防或诊断衣原体感染的方法。
【专利说明】衣原体抗原组合物及其用途
[0001]关于联邦资助研究的声明
[0002]该研究至少部分得到来自国家过敏症和传染病研究所(the National InstituteOf Allergy and Infectious Diseases, NIAID)的美国联邦政府基金 N0.R01A1076483 的资助。美国联邦政府可以具有本发明的某些权利。
【技术领域】
[0003]本发明涉及细菌感染的治疗。更具体地，本发明的部分内容提供了用于对抗衣原体感染的肽和多肽。
【背景技术】
[0004]沙眼衣原体(Chlamydia trachomatis)是导致了全世界每年超过9200万例性传播感染和8500例眼部感染的细胞内病原体(Starnbach, M.N.和N.R.Roan.2008.Conquering sexually transmitted diseases.Nat Rev Tmmunol 8:313-317)。性传播的沙眼衣原体是女性长期疾病后遗症(如不孕症和异位妊娠)的主要原因(Brunham，R.C., D.J.Zhang, X.Yang和 G.M.McClarty.2000.The potential for vaccine developmentagainst chlamydial infection and disease.J Infect Disl81Suppl3:S538-543 ;Igietseme, J.U., C.M.Black和H.D.Caldwell.2002.Chlamydia vaccines: strategies andstatus.BioDrugsl6 :19-35)。女性的沙眼衣原体感染常常被忽视，直至已经产生严重的生殖损害(不育、盆腔炎、异位妊娠)。此外，女性感染沙眼衣原体增加了暴露后感染HIV的风险。
[0005]预防和控制沙眼衣原体性传播感染的“寻找并治疗”(seek and treat)的项目似乎是失败的，因为患病率和再感染率持续上升(Brunham，R.C.，B.Pourbohloul，S.Mak,R.White 和 Μ.L.Rekart.2005.The unexpected impact of a Chlamydia trachomatisinfection control program on susceptibility to reinfection.J InfectDisl92:1836-1844)，其可能是由于早期治疗干扰了保护性免疫应答的发展(Su，H.，R.Morrison, R.Messer, ff.Whitmire, S.Hughes 和 H.D.Caldwell.1999.The effect ofdoxycycline treatment on the development of protective immunity in a murinemodel of chlamydial genital infection.J Infect Disl80:1252-1258)。
[0006]之前曾经试图利用死的原生小体(EB)在人类和小鼠模型中接种疫苗以对抗沙眼衣原体和鼠衣原体(C.muridarum)感染,死的原生小体是在受感染细胞破裂时所释放的不可复制的具有传染性的颗粒，并提供了有限的保护(Grayston，J.T.和S.P.Wang.1978.The potential for vaccine against infection of the genital tract withChlamydia trachomatis.Sex Transm Dis5:73-77 ；Grayston, J.T., S.P.Wang, L.J.Yeh和 C.C.Ku0.1985.1mportance of reinfection in the pathogenesis of trachoma.RevInfect Dis7:717-725 ；Lu,H., Z.Xing 和 R.C.Brunham.2002.GM-CSF transgene-basedadjuvant allows the establishment of protective mucosal immunity followingvaccination with inactivated Chlamydia trachomatis.J Immunol169:6324-6331 ；Schachterj J.和 H.D.Caldwell.1980.Chlamydiae.Annu Rev Microbiol34:285-309)。然而，用活鼠衣原体EB免疫的小鼠显示产生了更好的保护(Lu，H.，Z.Xing和R.C.Brunham.2002.GM-CSF transgene-based adjuvant allows the establishment ofprotective mucosal immunity following vaccination with inactivated Chlamydiatrachomatis.J Immunol169:6324-6331 ;Su，H.，R.Messer, W.Whitmire, E.Fischer,J.C.Portis 和 H.D.Caldwell.1998.Vaccination against chlamydial genital tractinfection after immunization with dendritic cells pulsed ex vivo with nonviableChlamydiae.J Exp Medl88:809-818)。
[0007]活鼠衣原体与死的有机体相比所提供的免疫的有效诱导的机理的研究表明，暴露于活的或死的鼠衣原体下的树突细胞(DC)发育成不同的表型。具体地，暴露于活的鼠衣原体下的DC变的成熟并刺激抗原特异性的CD4T细胞，而暴露于死的鼠衣原体下的DC被抑制，不能发展为成熟的表型。用死的EB和CpG寡脱氧核苷酸共刺激DC表明，其部分克服了死的 EB 对 DC 成熟的抑制(Rey-Ladino, J.，K.M.Koochesfahani, M.L.Zaharik, C.Shen 和R.C.Brunham.2005.A live and inactivated Chlamydia trachomatis mouse pneumonitisstrain induces the maturation of dendritic cells that are phenotypicallyand immunologically distinct.1nfect Immun73:1568-1577)。利用基因芯片微阵列研究暴露于活的和死的鼠衣原体后的骨髓起源的DC的转录反应揭示了暴露于活的或死的生物体的DC在CXC趋化因子谱上的显著不同(Zaharik，M.L.，T.Nayar, R.White，C.Ma, B.A.Vallance，Ν.Straka, X.Jiang, J.Rey-Ladino, C.Shen 和 R.C.Brunham.2007.Genetic profiling of dendritic cells exposed to live-or ultraviolet-1rradiatedChlamydia muridarum reveals marked differences in CXC chemokine profiles.1mmunologyl20:160-172)。总之，数据表明，暴露于活的EB的DC在表型上和功能上都与暴露于死的EB所产生的DC不同。
[0008]对鼠衣原体感染的免疫被认为主要由细胞介导，因此，其依赖于通过抗原呈递细胞上的MHC分子呈递于⑶4T细胞上的衣原体衍生肽(Brunham, R.C.和J.Rey-Ladin0.2005.1mmunology of Chlamydia infection:1mplications for aChlamydia trachomatis vaccine.Nat Rev Immunol5:149-161 ；Steinman, R.M.和M.Pope.2002.Exploiting dendritic cells to improve vaccine efficacy.J ClinInvestl09:1519-1526 ；Su,H.和 H.D.Caldwell.1995.CD4+T cells play a significantrole in adoptive immunity to Chlamydia trachomatis infection of the mousegenital tract.1nfect Immun63: 3302-3308 ；Morrison, S.G.，H.Su, H.D.Caldwell 和R.P.Morrison.2000.1mmunity to murine Chlamydia trachomatis genital tractreinfection involves B cells and CD4(+)T cells but not CD8(+)T cells.1nfect Immun68:6979-6987 ;Morrison，R.P.和 Η.D.Caldwell.2002.1mmunity tomurine chlamydial genital infection.1nfect Immun70:2741—2751 ;Igietseme，J.U.，Κ.H.Ramsey, D.M.Magee, D.M.Williams, T.J.Kincy 和 R.G.Rank.1993.Resolutionof murine chlamydial genital infection by the adoptive transfer of abiovar-specific, Thllymphocyte clone.Reg Immunol 5:317-324)。[0009]用免疫蛋白质组学方法(Hunt,D.F., R.A.Henderson, J.Shabanowitz,K.Sakaguchi, H.Michel, N.Sevilir, A.L.Cox, E.Appel la 和 V.H.Engelhard.1992.Characterization of peptides bound to the class I MHC molecule HLA—A2.1bymass spectrometry.Science255:1261-1263 ；de Jong, A.1998.Contribution of massspectrometry to contemporary immunology.Mass Spectrom Rev 17:311-335 ；01sen, J.V., L.M.de Godoy, G.Li, B.Macek, P.Mortensen, R.Pesch, A.Makarov, 0.Lange, S.Horning和M.Mann.2005.Parts per million mass accuracy on an Orbitrap mass spectrometervia lock mass injection into a C-trap.Mol Cell Proteomics4:2010-2021)鉴定鼠衣原体T细胞抗原，其基于与呈递于经活的EB刺激(pulsed)后的DC的表面上的MHC II类分子相结合的病 原体衍生肽的分离和测序，鉴定了大量衍生自8个新表位的鼠衣原体妝(Karunakaran, K.P., J.Rey-Ladino, N.Stoynov, K.Berg, C.Shen, X.Jiang,
B.R.Gabel, H.Yu, L.J.Foster 和 R.C.Brunham.2008.1mmunoproteomic discovery ofnovel T cell antigens from the obligate intracellular pathogen Chlamydia.JImmunol 180:2459-2465)。这些肽在体外被抗原特异性⑶4T细胞所识别并且含有MHC结合肽的重组蛋白能够在体内通过抗鼠衣原体感染的免疫来诱导部分保护(Yu，H.,X.Jiang,
C.Shen, K.P.Karunakaran 和 R.C.Brunham.2009.Novel Chlamydia muridarum T cellantigens induce protective immunity against lung and genital tract infection inmurine models.J Tmmunol 182:1602-1608)。
[0010]衣原体序列(核酸和多肽)描述于，例如US6030799、US6696421、US6676949、US6464979、US6653461、US6642023、US6887843 和 US7459524 ;或美国专利公布2005/0232941,2009/0022755和2008/0102112。具体的衣原体抗原描述于，例如PCT公布N0.W02010/085896 ο
【发明内容】
[0011]本发明的部分内容提供了衍生自衣原体属的肽和多肽。本发明的部分内容还提供了利用肽和多肽治疗、预防或诊断衣原体感染的方法。
[0012]在一个实施方式中，本发明提供了免疫原性组合物，其包括包含实质上(substantially)与 SPQVLTPNVIIPFKGDD、 SMLIIPALGG、 LAAAVMHADSGAILKEK、DDPEVIRAYIVPPKEP, KIFSPAGLLSAFAKNGA, DPVDMFQMTKIVSKH, KLEG11NNNNTPS、AVPRTSLIF、GGAEVILSRSHPEFVKQ、APILARLS相同的氨基酸序列的多肽或这些多肽的组合和生理上可接受的载体。
[0013]在一些实施方式中，多肽包含与:多形态膜蛋白H(PmpH)、核苷三磷酸酶(YggV)、D-丙氨酰-D-丙氨酸羧肽酶(DacC)、与基因座标签CT538对应的假想蛋白、DNA修复蛋白(RecO)、SWIB (YM74)复合体蛋白、转位磷酸肌动蛋白(Tarp)、外切脱氧核糖核酸酶V α亚基(RecD_2)、N利用物质蛋白A(NusA)、与基因座标签CT017对应的假想蛋白实质上相同的氨基酸序列，或这些多肽的组合，以及生理上可接受的载体。
[0014]在其他实施方式中，组合物进一步包括另外的多肽，多肽包含实质上与AFHLFASPAANYIHTG、NAKTVFLSNVASPIYVDPA、ASPIYVDPAAAGGQPPA、VKGNEVFVSPAAHI IDRPG,SPGQTNYAAAKAGIIGFS, KLDGVSSPAVQESISE、IGQEITEPLANTVIA、MTTVHAATATQSVVD、DLNVTGPKIQTDVD、 EGTKIPIGTPIAVFSTEQN、 SVPSYVYYPSGNRAPVV, YDHIIVTPGANADIL、LPLMIVSSPKASESGAA、GANAIPVHCPIGAESQ、VFffLGSKINIIDTPG, ISRALYTPVNSNQSVG、FEVQLISPVALEEGMR、⑶AAYIEKVRELMQ、SRALYAQPMLAISEA 或 KPAEEEAGSIVHNAREQ 相同的氨基酸序列，或这些多肽的组合。
[0015]在一些实施方式中，另外的多肽包括包含实质上与:多形态膜蛋白F(PmpF)、多形态膜蛋白G(PmpG)、核糖体蛋白L6 (RplF)、3_氧代酰基_(酰基载体蛋白)还原酶(FabG)、抗-抗-σ因子(Aasf)、ATP依赖Clp蛋白酶的蛋白水解亚基(ClpP)、甘油醛3_磷酸脱氢酶(Gap)、与基因座标签CT143对应的假想蛋白、丙酮酸脱氢酶(PdhC)、巯基二硫化物互换蛋白(DsbD)、氧化还原酶DadA家族、金属蛋白酶胰岛素酶家族、翻译延长因子G(FusA)、翻译延长因子Ts(Tsf)、翻译延长因子Tu(Tuf)、多形态膜蛋白E(PmpE)、V型ATP合酶亚基E (AtpE)相同的氨基酸序列的多肽，或这些多肽的组合。
[0016]在一些实施方式中，组合物包括PmpG、PmpE、PmpF和PmpH和任选的Μ0ΜΡ。在其他实施方式中，组合物包括PmpG、PmpE, PmpF和TC0420和任选的Μ0ΜΡ。
[0017]在其他实施方式中，组合物进一步包括佐剂，例如DDA/TDB、DDA/MMG或DDA/MPL。
[0018]在一些实施方式中，本发明提供了在动物中引发抗衣原体属或抗衣原体属组分的免疫应答的方法，其通过给动物施用有效量的本文所述的组合物，从而引发动物的免疫应答。在其他实施方式中，本发明提供了本文所述的组合物用于引发动物的抗衣原体属或抗其组分的免疫应答的用途。免疫应答可以是细胞免疫应答。
[0019]在一些实施方式中，本发明提供了治疗或预防动物的衣原体属感染的方法，其通过给动物施用有效量的本文所述的组合物，从而治疗或预防动物的衣原体属感染。在其他实施方式中，本发 明提供了本文所述的组合物用于治疗或预防动物的衣原体属感染的用途。
[0020]在一些实施方式中，本发明提供了诊断动物的衣原体感染的方法，其通过测定动物样品中存在或不存在对多肽的T细胞应答进行，其中多肽包括实质上与 SPQVLTPNVIIPFKGDD、 SMLIIPALGG、 LAAAVMHADSGAILKEK、 DDPEVIRAYIVPPKEP、KIFSPAGLLSAFAKNGA、DPVDMFQMTKIVSKH、KLEGIINNNNTPS、AVPRTSLIF、GGAEVILSRSHPEFVKQ 或APILARLS相同的氨基酸序列，其中存在T细胞应答表明动物中存在衣原体感染。
[0021]在一些实施方式中，多肽包含实质上与:多形态膜蛋白H(PmpH)、核苷三磷酸酶(YggV)、D-丙氨酰-D-丙氨酸羧肽酶(DacC)、与基因座标签CT538对应的假想蛋白、DNA修复蛋白(RecO)、SWIB (YM74)复合体蛋白、转位磷酸肌动蛋白(Tarp)、外切脱氧核糖核酸酶V的α亚基(RecD_2)、N利用物质蛋白A(NusA)、与基因座标签CT017对应的假想蛋白相同的氨基酸序列。
[0022]在其他实施方式中，样品可以是阴道液、阴道组织、阴道冲洗物、阴道拭子、尿道拭子、尿液、血液、血清、血浆、唾液、精液、尿道分泌物、阴道分泌物、眼液(ocular fluid)、眼分泌物或其任意组合；动物可以是人类；衣原体属可以是沙眼衣原体或鼠衣原体。
[0023]该
【发明内容】
并不必然公开了本发明的所有特性。
【专利附图】
【附图说明】
[0024]通过下述描述并参考附图，本发明的这些特征和其它特征变得更加明确，其中:[0025]图1是涉及用于衣原体T细胞疫苗开发的免疫蛋白质组学方法的步骤顺序的示意图。
[0026] 图2显示了在免疫接种了不同的独立的用DDA/MPL佐剂配制的衣原体蛋白的C57小鼠中抗衣原体生殖道感染的保护性功效。在感染后的6天、13天和20天时取得子宫颈阴道洗液，并且在HeLa229细胞上测定细菌滴度。*、**和***分别表示，相对于PBS组，P值〈0.05、〈0.01 和〈0.001。
[0027]图3列出了表1所列多肽的氨基酸序列。
【具体实施方式】
[0028]本发明部分内容提供了衍生自衣原体属的肽和多肽。本发明部分内容还提供了利用肽和多肽治疗、预防或诊断衣原体感染的方法。
[0029]利用如图1所述的免疫蛋白质组学方法，我们已经鉴定了几个新的抗原。在一些实施方式中，这些抗原可以用作用于衣原体属感染的预防或治疗中的疫苗或诊断剂。
[0030]衣原体属
[0031]“衣原体属”是指细菌的属，其是专性细胞内寄生虫。衣原体属包括沙眼衣原体(人类病原体)和鼠衣原体(对于小鼠和仓鼠是致病性的)。由于鼠衣原体和沙眼衣原体是高度同源的病原微生物，其与其宿主物种共进化，鼠衣原体用作用于研究细胞免疫和疫苗开发的稳健的动物模型。
[0032]在一些实施方式中，沙眼衣原体包括但不限于沙眼衣原体血清型D/UW-3/CX以及血清型A、B、Ba、C(涉及沙眼)，血清型D、E、F、G、H、1、J、K(涉及泌尿生殖道感染)和L1、L2、L3(性病淋巴肉芽肿血清型)。
[0033]在一些实施方式中，鼠衣原体包括鼠衣原体小鼠肺炎(MoPn)株Nigg。
[0034]各种衣原体属的基因组序列已然确定。沙眼衣原体株D/UW-3/CX的基因组序列描述于，例如 Stephens, R.S.等人，1998 (Genome sequence of an obligate intracellularpathogen of humans:Chlamydia trachomatis.Science282(5389):754-759), 并以GenBank登录号NC_000117.1，G1:15604717提供；本文称为“沙眼衣原体基因组序列”)。
[0035]鼠衣原体的基因组序列描述于，例如Read, T.等人,2000 (Genome sequencesof Chlamydia trachomatis MoPn and Chlamydia pneumoniae AR39Nucleic AcidsRes.28 (6): 1397-1406)，并以 GenBank 登录号 NC_002620.2，G1:29337300 提供；本文称为“鼠衣原体基因组序列”)。
[0036]衣原体属的多肽和核酸分子
[0037]用于根据本发明的组合物和方法的化合物包括但不限于本文所述的肽或多肽，例如那些在表1-4中所列的，以及编码这些肽或多肽的核酸分子。
[0038]在一些实施方式中，用于根据本发明的组合物和方法的化合物包括但不限于鼠衣原体或沙眼衣原体序列，如与表1-4所列的一个或多个序列实质相同的氨基酸序列。
[0039]在一些实施方式，用于根据本发明的组合物和方法的化合物包括但不限于鼠衣原体或沙眼衣原体序列，如编码与表1-4所列的一个或多个序列实质相同的氨基酸序列的核酸序列。
[0040]在其他实施方式中，用于根据本发明的组合物和方法的化合物包括但不限于表1所述的肽或多肽的一个或多个。
[0041]在其他实施方式中，用于根据本发明的组合物和方法的化合物包括但不限于一个或多个包括下列氨基酸序列的肽:SPQVLTPNVIIPFKGDD、SMLIIPALGG、LAAAVMHADSGAILKEK、DDPEVIRAYIVPPKEP、KIFSPAGLLSAFAKNGA, DPVDMFQMTKIVSKH, KLEGIINNNNTPS、AVPRTSLIF、GGAEVILSRSHPEFVKQ 或 APILARLS(SEQ ID NO:1-10)。
[0042]在其他实施方式中，用于根据本发明的组合物和方法的化合物包括但不限于表1所述的肽或多肽的一个或多个与表2所述的肽或多肽中的一个或多个的组合。
[0043]在其他实施方式中，用于根据本发明的组合物和方法的化合物包括但不限于表1所述的肽或多肽中的一个或多个与表3或4所述的肽或多肽中的一个或多个的组合。
[0044]在其他实施方式中，用于根据本发明的组合物和方法的化合物还包括但不限于一种或多种沙眼衣原体多肽，如氨基酸通透酶(g1:3328837)、核糖体蛋白L6(RpIF，g1:3328951)、3_氧代酰基-(酰基载体蛋白)还原酶(FabG, g1: 15604958)、抗-抗-σ因子(Aasf，g1:15605151)、多形态膜蛋白 G(PmpG, g1:3329346)、假想蛋白(TC0420，g1: 15604862)、ATP 依赖 CIp 蛋白酶(Clpl，g1: 15605439)、多形态膜蛋白 F (PmpF, gi:3329345)、甘油醛3-磷酸脱氢酶(Gap, g1:15605234)和主要外膜蛋白I (MOMP) (gi:3329133)或其片段或部分。上述参考的多肽的片段或部分的实例包括PmpG的氨基酸25-512 (PmpG25^512)、PmpF 的氨基酸 26-585 (PmpF26^585)和 MOMP 的氨基酸 22-393。
[0045]在其他实施方式中，用于根据本发明的组合物和方法的化合物还包括但不限于一种或多种鼠衣原体多肽，例如氨基酸通透酶(gi =15835268)、核糖体蛋白L6(RpIF，gi:15835415)、3_氧代酰基-(酰基载体蛋白)还原酶(FabG，g1:15835126)、抗-抗-σ因子(Aasf，g1:15835322)、多形态膜蛋白 G(PmpG 或 PmpG-1，g1: 15834883)、假想蛋白TC0420(g1:15835038)、ATP依赖CIp蛋白酶的蛋白水解亚基(CIp, g1:15834704)、多形态膜蛋白 F(PmpF*PmpE/F，g1:15834882)、甘油醛 3-磷酸脱氢酶(Gap, g1:15835406)和主要外膜蛋白1(M0MP，gi7190091)或其片段或部分。上述参考的多肽的片段或部分的实例包括 PmpG-1 的氨基酸 25-500 (PmpG-125^500)、PmpE/F-2 的氨基酸 25-575 (PmpE/F_225_575)和MOMP的氨基酸23-387。
[0046]在一些实施方式中，用于根据本发明的组合物和方法的化合物包括但不限于来自PmpG、PmpF、PmpE、PmpH、RplF、Aasf、Rec0、Tarp、AtpE、TC0420、TC0190、TC0825 或 TC0285 中的两种或更多种的组合的肽或多肽，只要至少一个多肽是PmpH、RecO, Tarp、AtpE、TC0190、TC0825或TC0285或其免疫原性片段。
[0047]在一些实施方式中，用于根据本发明的组合物和方法的化合物包括但不限于来自PmpE, σ调节因子(RsbV)、50S核糖体蛋白L6(R16)、PmpH、预测的D-氨基酸脱氢酶、3-酮脂酰_(酰基载体蛋白)还原酶(FabG)、二氢硫乙酰转移酶(PdhC)、甘油醛3-磷酸脱氢酶(GapA)、假想蛋白CT143和PmpG中的两种或更多种的组合的肽或多肽，只要至少一个多肽是PmpH或其免疫原性片段。
[0048] 在一些实施方式中，用于根据本发明的组合物和方法的化合物包括但不限于来自金属蛋白酶(胰岛素酶家族)、PmpE、AtpE、PmpH、TC0825、RecO、SffIB(YM74)复合体蛋白和TC0285中的两种或更多种的组合的肽或多肽，只要至少一个多肽是PmpH、RecO、AtpE或TC0825或其免疫原性片段。[0049]在一些实施方式中，用于根据本发明的组合物和方法的化合物包括但不限于来自PmpG> PmpE> PmpF和PmpH以及任选的MOMP中的组合的肽或多肽。
[0050]在一些实施方式中，用于根据本发明的组合物和方法的化合物包括但不限于来自PmpG、PmpE, PmpF和TC0420以及任选的MOMP中的组合的肽或多肽。
[0051]通常，应当理解，本文所参考的多肽和氨基酸的序列对应于在沙眼衣原体基因组序列和/或鼠衣原体基因组序列中所参考的基因座标签所示的那些序列。
[0052]在一些实施方式中，根据本发明使用的组合物包括多个肽和/或多肽，例如至少
2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16 或更多个。
[0053]本领域公知，可在多肽的结构上进行一些修饰和变化，而没有实质性改变肽的生物学功能，以获得生物学等效的多肽。因此，本领域技术人员理解，序列内氨基酸位置的数字标号是相对于特定序列而言的。相同的位置也可被赋予不同的数字标号，这取决于序列编号和序列选择的方式。此外，序列变化如插入或缺失可以改变位点和位点周围的特定的氨基酸的相对位置以及随后的数字标号。
[0054]在一些实施方式中，可以以异源肽或多肽的组合来提供肽或多肽，例如表位标签。
[0055]“蛋白”、“肽”或“多肽”是两个或更多个氨基酸的任何链，包括天然存在的或非天然存在的氨基酸或氨基酸类似物，而不考虑是否存在翻译后修饰(例如，糖基化或磷酸化)。本发明的“氨基酸序列”、“多肽”、“肽”或“蛋白”可以包括具有异常连接、交叉连接和末端帽、非肽键或替 代的修饰基团的肽或蛋白。这样的修饰的肽也在本发明的范围之内。术语“修饰基团”包括直接连接到肽结构(如通过共价偶联)的结构，以及那些间接连接到肽结构(如通过稳定的非共价交联或通过共价偶联到另外的氨基酸残基或其模拟物、类似物或衍生物，其可位于核心肽结构的侧翼)的结构。例如，修饰基团可以被偶联到肽结构的氨基末端或羧基末端，或核心结构域侧翼的肽或模拟肽区域。
[0056]或者，修饰基团可以被偶联到肽结构的至少一个氨基酸残基的侧链或核心结构域侧翼的肽或模拟肽区域(例如，通过赖氨酰残基的ε氨基、通过天冬氨酸残基或谷氨酸残基的羧基、通过酪氨酰残基、丝氨酸残基或苏氨酸残基的羟基基团或通过氨基酸侧链上的其它合适反应基团)。共价偶联到肽结构的修饰基团可以利用本领域公知的用于连接化学结构的手段和使用方法进行连接，包括如酰胺、烷基氨基、氨基甲酸酯或脲键。
[0057]在本发明的一个方面中，本发明的多肽还拓展至生物学等效的肽或“变体”，其通过保守的氨基酸取代或通过不影响生理功能如免疫原性的非保守取代，而与本发明的多肽的序列的部分不同。如本文所用，术语“保守的氨基酸取代”是指在肽的给定位置的一个氨基酸取代另一个氨基酸，其中产生该取代而不实质性损失相关功能。在作出这样的变化时，类似氨基酸残基的取代可以基于侧链取代基的相对相似性，例如其大小、电荷、疏水性、亲水性等而完成，并且这样的取代可以通过常规测试来测定其对肽的功能的影响。
[0058]如本文所用，术语“氨基酸”是指那些天然存在的蛋白中常见的L-氨基酸、D-氨基酸和那些被修饰的氨基酸。因此，本发明的氨基酸可以包括例如:2_氨基己二酸；3_氨基己二酸；β -丙氨酸；β -氨基丙酸；2_氨基丁酸；4_氨基丁酸；哌啶酸；6_氨基己酸；2_氨基庚酸；2_氨基异丁酸；3_氨基异丁酸；2_氨基庚二酸；2，4 二氨基丁酸；锁链素；2，2’ - 二氨基庚二酸；2，3- 二氨基丙酸；Ν-乙基甘氨酸；Ν-乙基天冬酰胺；羟赖氨酸?’异-羟赖氨酸；
3-羟脯氨酸；4_羟基脯氨酸；异锁链素；异-异亮氨酸；Ν-甲基甘氨酸；肌氨酸；Ν-甲基异亮氨酸；6-N-甲基赖氨酸；N-甲基缬氨酸；正缬氨酸；正亮氨酸和鸟氨酸。
[0059]在一些实施方式中，产生的保守的氨基酸取代可以是由另一个具有相似亲水性值的氨基酸残基取代该氨基酸残基(例如，在加或减2.0、加或减1.5、加或减1.0或加或减0.5的值内)，其中，以下可以是具有被分配给氨基酸残基的约-1.6的亲水指数的氨基酸，如酪氨酸(-1.3)或脯氨酸(-1.6)(在美国专利号4，554，101中详述，通过引用并入本文):Arg (+3.0)、Lys (+3.0)、Asp (+3.0)、Glu (+3.0)、Ser (+0.3)、Asn (+0.2)、Gin (+0.2)、Gly(O) ,Pro (-0.5) ,Thr (-0.4)、Ala(_0.5)、His(_0.5) ,Cys (-1.0)、Met(_l.3) ,Val (-1.5)、Leu (-1.8), lie (-1.8)、Tyr (-2.3)、Phe (-2.5)和 Trp (-3.4)。
[0060]在其他实施方式中，产生的保守的氨基酸取代可以是由另一个具有相似亲水性指数的氨基酸残基取代该氨基酸残基(例如，在加或减2.0、加或减1.5、加或减1.0或加或减0.5的值内)。在这样的实施方式中，每个氨基酸残基可基于其疏水性和电荷特性来分配亲水指数，如下所示:He (+4.5)、Val (+4.2)、Leu (+3.8)、Phe (+2.8)、Cys (+2.5)、Met (+1.9)、Ala (+1.8)、Gly (-0.4)、Thr (-0.7)、Ser (-0.8)、Trp (-0.9)、Tyr (-1.3)、Pro (—1.6)、His (-3.2)、Glu (-3.5)、Gin (-3.5)、Asp (-3.5)、Asn (-3.5)、Lys (-3.9)和 Arg (-4.5)。 [0061]在其他实施方式中，保守的氨基酸取代的产生可利用公开可用的相似性矩阵的家族(60、70、102、103、94、104、86)?41矩阵基于从演化模型得出的计数，而犯0811111矩阵使用从比对内的高度保守模块获得的计数。在PAM或Blosum矩阵中大于O的相似性分数可以用来产生保守的氨基酸取代。
[0062]在其他实施方式中，产生的保守的氨基酸取代可以是由另一个同一类型的氨基酸残基取代该氨基酸残基，其中氨基酸分为非极性、酸性、碱性和中性类型，如下所示:非极性:Ala、Val、Leu、He、Phe> Trp> Pro、Met ;酸性:Asp、Glu ;碱性:Lys、Arg、His ;中性:Gly、Serλ Thrλ Cys、Asn、Gin、Tyr0
[0063]保守的氨基酸改变可以包括用相应的D-氨基酸、用保守的D-氨基酸或用氨基酸的天然存在的非遗传编码形式的形式以及L-氨基酸的保守取代来取代L-氨基酸。天然存在的非遗传编码的氨基酸包括β -丙氨酸、3-氨基-丙酸、2，3- 二氨基丙酸、α -氨基异丁酸、4-氨基-丁酸、N-甲基甘氨酸(肌氨酸)、羟脯氨酸、鸟氨酸、瓜氨酸、叔丁基丙氨酸、叔丁基甘氨酸、N-甲基异亮氨酸、苯基甘氨酸、环己基丙氨酸、正亮氨酸、正缬氨酸、2-萘基丙氨酸、吡啶基丙氨酸、3-苯并噻吩基丙氨酸、4-氯苯丙氨酸、2-氟苯丙氨酸、3-氟苯丙氨酸、4-氟苯丙氨酸、青霉胺、1，2，3，4-四氢-异喹啉-3-羧酸、β -2-噻吩丙氨酸、甲硫氨酸亚砜、高精氨酸、N-乙酰基赖氨酸、2-氨基丁酸、2-氨基丁酸、2，4，- 二氨基丁酸、对-氨基苯丙氨酸、N-甲基缬氨酸、高半胱氨酸、高丝氨酸、磺基丙氨酸、ε -氨基己酸、δ -氨基戊酸或2，3-二氨基丁酸。
[0064]在其他实施方式中，保守的氨基酸改变包括基于亲水性或疏水性、大小或体积或电荷的考虑的改变。氨基酸通常可以表征为疏水的或亲水的，这主要取决于氨基酸侧链的性质。疏水氨基酸表现了大于O的疏水性且亲水氨基酸表现了小于O的亲水性，这基于Eisenberg 等人的归一化的一致疏水性标度(Ann.Rev.Biochem.53:595 - 623, 1984)。遗传编码的疏水氨基酸包括Gly、Ala、Phe, Val、Leu、He、Pro、Met和Trp，遗传编码的亲水氨基酸包括Thr、His、Glu、Gin、Asp、Arg、Ser和Lys。非遗传编码的疏水氨基酸包括叔丁基丙氨酸，而非遗传编码的亲水氨基酸包括瓜氨酸和高半胱氨酸。[0065]疏水或亲水氨基酸可以进一步根据其侧链的特征进行细分。例如，芳香族氨基酸是具有包含至少一个芳族或杂芳族环的侧链的疏水氨基酸，其可包含一个或多个取代基，如-OH、-SH、-CN、-F、-Cl、-Br、-1、-NO2, -NO、-NH2, -NHR、-NRR、-C(O)R、-C(O)OH, -C(O)
OR、-C(O) NH2、-C (O) NHR、-C (O) NRR 等，其中 R 独立地是(-C6)烷基、取代的(C1-C6)烷基、(CC6)烯基、取代的(-C6)烯基、(Cj-C6)炔基、取代的(C 1-C6)炔基、(C5-C2O)芳基、取代的(C5-C20)芳基、(C6-C26)烷芳基、取代的(C6-C26)烷芳基、5-20元的杂芳基、取代的5-20元的杂芳基、6-26元的烷杂芳基或取代的6-26元的烷杂芳基。遗传编码的芳族氨基酸包括Phe、Tyl和Trp，而非遗传编码的芳族氨基酸包括苯基甘氨酸、2-萘基丙氨酸、β _2_噻吩基丙氨酸、I, 2, 3, 4-四氢-异喹啉-3-羧酸、4-氯苯丙氨酸、2-氟苯基丙氨酸、3-氟苯基丙氨酸和 4-氟苯基丙氨酸。
[0066]非极性氨基酸是具有在生理pH下不带电荷且其具有其中两个原子所共享的一对电子通常被两个原子的每个原子均等占据的键的侧链的(即，侧链不是极性的)疏水氨基酸。遗传编码的非极性氨基酸包括Gly、Leu、Val、He、Ala和Met，而非遗传编码的非极性氨基酸包括环己基丙氨酸。非极性氨基酸可以进一步细分以包括脂肪族氨基酸，其是具有脂肪族烃侧链的疏水氨基酸。遗传编码的脂肪族氨基酸包括Ala、Leu、Val和He，而非遗传编码的脂肪族氨基酸包括正亮氨酸。
[0067]极性氨基酸是具有在生理pH下不带电荷但其具有其中两个原子通常所共享的一对电子更接近于原子之一的一个键的侧链的亲水氨基酸。遗传编码的极性氨基酸包括Ser、Thr> Asn和Gin,而非遗传编码的极性氨基酸包括瓜氨酸、N-乙酰基赖氨酸和甲硫氨酸亚砜。
[0068]酸性氨基酸是具有小于7的侧链pKa值的亲水氨基酸。酸性氨基酸通常具有在生理pH下带负电荷的侧链，这是由于氢离子的缺失。遗传编码的酸性氨基酸包括Asp和Glu。碱性氨基酸是具有大于7的侧链pKa值的亲水氨基酸。碱性氨基酸通常具有在生理pH下带正电荷的侧链，这是由于与水合离子的结合。遗传编码的碱性氨基酸包括Arg、Lys和His，非遗传编码的碱性氨基酸包括非环状氨基酸鸟氨酸、2，3，- 二氨基丙酸、2，4- 二氨基丁酸和高精氨酸。本领域技术人员理解，上述分类不是绝对的，并且氨基酸可以被归类于多个类型中。此外，氨基酸可以基于已知的行为和/或基于特定分析的特征性的化学、物理或生物性质或与先前鉴定的氨基酸相比较来分类。氨基酸还可以包括具有类氨基酸侧链的双官能部分。
[0069]保守的改变还可以包括化学衍生的部分取代非衍生的残基，其通过例如，氨基酸的官能侧基团的反应。因此，这些取代可以包括这样的化合物，其游离的氨基基团被衍生成胺盐酸盐、对甲苯磺酰基、苄氧羰基、叔丁氧羰基、氯乙酰基或甲酰基。相似地，游离的羧基可以被衍生形成盐、甲酯和乙酯或其它类型的酯或酰肼，并且侧链可以被衍生以对于游离的羟基形成O-酰基或O-烷基衍生物，或对于组氨酸的咪唑氮形成N-1m-苄基组氨酸。
[0070]肽或肽类似物可以通过标准化学技术进行合成，例如，通过利用液相或固相合成方法进行自动合成。自动化的肽合成器是市售的，并且所使用的技术是本领域公知的。肽和妝类似物也可利用使用如 Sambrook 等人(Molecular Cloning:A Laboratory Manual.第3版，冷泉港实验室，冷泉港实验室出版社，冷泉港，纽约，2000)或Ausubel等人(CurrentProtocols in Molecular Biology, John Wiley&Sons,纽约，纽约，1987-2012)中所述的那些标准方法的重组DNA技术进行制备。
[0071]因此，如本文所讨论，根据本发明所使用的化合物包括编码本文所述的肽或多肽的核酸分子。
[0072]术语“核酸”或“核酸分子”包括RNA (正和负链)和DNA 二者，DNA包括cDNA、基因组DNA和合成的(如化学合成的)DNA。核酸可以是双链或单链。当其是单链时，核酸可以是正义链或反义链。核酸分子可以是具有两个或更多个共价键合的核苷酸的任何链，其包括天然存在的或非天然存在的核苷酸、核苷酸类似物或衍生物。“RNA”是指具有两个或更多个共价键合的天然存在的或修饰的核糖核苷酸的序列。该术语所包括的修饰的RNA的一个实例是硫代磷酸酯RNA。“DNA”是指具有两个或更多个共价键合的天然存在的或修饰的脱氧核糖核苷酸的序列。“cDNA”是指通过RNA依赖的DNA聚合酶(逆转录酶)的作用而产生自RNA模板的互补或复制DNA。因此，“cDNA克隆”是指互补于目标RNA分子并装入克隆载体中的双链DNA序列。“互补”是指两个核酸，如DNA或RNA，包含足够数量的核苷酸，所述核苷酸能够形成Watson-Crick碱基对，以产生两个核酸之间的双链区域。因此，DNA或RNA的一条链上的腺嘌呤与相对的互补DNA链上的胸腺嘧啶配对或与相对的互补RNA链上的尿嘧啶配对。应当理解，核酸分子上不必每个核苷酸都与相对的互补链上的核苷酸形成匹配的Watson-Crick碱基配对以形成双链。核酸分子“互补”于另一个核酸分子，如果其在高严谨条件下与第二核酸分子杂交。
[0073]当化合物从天然伴随其的组分中分离出来时，化合物是“分离的”。通常，化合物被分离时，其按重量计是样品中的总物质的至少10 %、20 %、30 %、40 %、50 %或60 %或更通常至少70 %、75 %、80 %、85 %、90 %、95 %或99 %。因此，例如，化学合成的或通过重组技术产生的多肽通常基本上不含其天然相关的组分。核酸分子通常基本上是纯的或“分离的”时，当其不是直接连接到(例如，共价连接到)编码序列，编码序列通常连接到本发明的DNA来源的有机体的天 然存在的基因组上。因此，“分离的”基因或核酸分子是指基因或核酸分子，其侧翼并没有通常(天然)在基因或核酸分子侧翼的核酸分子(例如在基因组序列中)，和/或其是指从其它转录的序列中完全或部分纯化的(如在cDNA或RNA文库中)。例如，本发明的分离的核酸可基本上与其天然存在其中的复杂细胞环境相分离。因此该术语包括例如插入载体如自主复制质粒或病毒的重组核酸；或插入原核生物或真核生物的基因组DNA的重组核酸，或其作为独立于其它序列的单独的分子(例如，通过PCR或限制性内切酶处理所产生的cDNA或基因组DNA片段)存在的重组核酸。其也包括是编码另外的多肽序列的杂合基因的部分的重组核酸。优选地，分离的核酸包括所存在的所有大分子种类的至少约50、80或90% (以摩尔计)。因此，分离的基因或核酸分子可以包括化学合成的或通过重组方法合成的基因或核酸分子。包含于载体中的重组DNA包括在本文所用的“分离的”的定义中。此外，分离的核酸分子包括异源宿主细胞中的重组DNA分子，以及溶液中的部分或基本上纯化的DNA分子。本发明的DNA分子的体内和体外RNA转录物也包括在“分尚的”核酸分子内。
[0074]本发明的各种基因和核酸序列可以是重组序列。术语“重组”是指某物已经被重组，因此，涉及核酸构建体时，该术语是指由连接在一起的或通过分子生物学技术手段产生的核酸序列组成的分子。涉及蛋白或多肽时，术语“重组”是指由分子生物学技术手段产生的重组核酸构建体所表达的蛋白或多肽分子。涉及遗传组合物时，术语“重组”是指具有与未出现在亲本基因组中的等位基因新组合的配子或后代。重组核酸构建体可以包括被连接至或被操纵以连接至核酸序列的核苷酸序列，而该核酸序列在天然中未曾被连接至该核苷酸序列或其在天然中连接于不同的位置。涉及核酸构建体时，“重组”表示核酸分子已经利用遗传工程，即通过人为干预，进行了操作。
[0075]重组核酸构建体可例如通过转化导入宿主细胞。这样的重组核酸构建体可以包括来自相同宿主细胞物种或来自不同宿主细胞物种的序列，其被分离并被重新引入到宿主物种的细胞中。重组核酸构建体的序列可以被整合到宿主细胞基因组中，或者作为宿主细胞的原始转化的结果，或者作为随后重组和/或修复事件的结果。
[0076]如本文所使用，涉及核酸或蛋白的“异源的”是指通过人为干预操作分子，使其位于天然发现其的位置以外的位置上。例如，来自一个物种的核酸序列可以被引入到另一个物种的基因组中，或来自一个基因座的核酸序列可以被移动到同一物种中的另一个基因座或染色体外基因座(extrachromasomal locus)。异源蛋白包括,例如从异源编码序列表达的蛋白或从天然不表达该蛋白的细胞中的重组基因所表达的蛋白。
[0077]“实质相同的”序列是仅仅因本文所讨论的一个或多个保守取代，或者因在不破坏氨基酸或核酸分子的生物功能的序列位置上的一个或多个非保守的取代、缺失或插入，而不同于参考序列的氨基酸或核苷酸序列。这样的序列可以在氨基酸或核酸水平，相对于用于使用如比对程序(Align Program) (96)或FASTA比较的序列，具有从10%至99%的任何整数，或更通常地至少 10%、20%、30%、40%、50%、55%或 60%，或至少 65%、75%、80%、85%、90%或95%，或高达96%、97%、98%或99%的同一性。对于多肽，比较序列的长度可以是至少2、5、10或15个氨基酸，或至少20、25或30个氨基酸。在其他实施方式中，比较序列的长度可以是至少35、40或50个氨基酸，或超过60、80或100个氨基酸。对于核酸分子，比较序列的长度可以是至少5、10、15、20或25个核苷酸，或者至少30、40或50个核苷酸。在其他实施方式 中，比较序列的长度可以是至少60、70、80或90个核苷酸，或超过100、200或500个核苷酸。序列同一性可以通过使用公开可得的序列分析软件容易地测量(如Genetics Computer Group 的序列分析软件包(Sequence Analysis Software Package),University of Wisconsin Biotechnology Center,1710University Avenue, Madison,Wis.53705，或来自国立医学图书馆(National Library ofMedicine)的BLAST软件，或如本文所述的)。有用的软件的实例包括程序Pile-up和PrettyBox。这样的软件通过对各种的取代、缺失、取代和其它修饰赋予同源性程度来匹配相似的序列。
[0078]可选地或另外地，如果两个核酸序列在高严谨条件下杂交，其可以是“实质相同的”。在一些实施方式中，高严谨条件是例如允许可与使用至少500个核苷酸长的DNA探针、在含有0.5M NaHPO4, pH值7.2,7% SDSUMmEDTA和1% BSA(部分V)的缓冲液中、温度为65°C 的条件，或在含有 48% 甲酰胺、4.8XSSC、0.2M Tris-Cl，pH 值 7.6、I XDenhardt 氏溶液、10%硫酸葡聚糖和0.1% SDS的缓冲液中、温度为42°C的条件(这样的条件是典型的高严谨的Northern或Southern杂交的件)下发生的杂交相比的杂交发生的条件。杂交可进行约20至30分钟，或约2至6小时，或约10至15小时，或者超过24小时或更长时间。高严谨杂交还依赖于由分子生物学家常规进行的多种技术的成功，如高严谨PCR、DNA测序、单链构象多态性分析和原位杂交。相比于Northern和Southern杂交,这些技术通常用相对短的探针进行(例如，通常约16个核苷酸，或对于PCR或测序则更长，并且对于原位杂交则约40个核苷酸或更长)。这些技术中所使用的高严谨条件对于分子生物学领域的技术人员是公知的(Ausubel 等人，Current Protocols in Molecular Biology, John ffiley&Sons,New York, N.Y.，1998)。
[0079]实质相同的序列可以例如是实质上与如本文所述或所参考的衣原体属序列相同的序列。实质相同的序列可以例如是实质上与SEQ ID NO:1-76任意一个的序列或与本文所述的沙眼衣原体基因组序列和/或鼠衣原体基因组序列中所引用的基因座标签所指的任何一个序列或其片段或变体相同的氨基酸序列；或实质上与SEQ ID NO:1-76任意一个的序列或本文所述的沙眼衣原体基因组序列和/或鼠衣原体基因组序列中所引用的基因座标签所指的任何一个序列或其片段或其变体相同的核苷酸序列。在一些实施方式中，实质相同的序列可以例如是与SEQ ID NO:1-76任意一个的序列或本文所述的沙眼衣原体基因组序列和/或鼠衣原体基因组序列中所引用的基因座标签所指的任何一个序列或其片段或其变体互补或杂交的核苷酸序列。在一些实施方式中，实质相同的序列可来源于衣原体属，如沙眼衣原体或鼠衣原体。
[0080]药学或兽医组合物、剂量和给药
[0081]本文所述的化合物和组合物可用于制备疫苗或其它制剂。化合物和组合物可以单独提供或与其它化合物(例如，核酸分子、小分子、多肽、肽或肽类似物)组合提供，在存在脂质体、佐剂或任何药学上可接受的载体时，并以适于施用给动物受试者如小鼠、人、猪等的形式。如果需要的话，利用本发明的化合物的治疗可以与更传统的和现有的衣原体感染疗法相组合。
[0082]可以采用常规的药学实践，以提供合适的制剂，以对感染了衣原体病原体的受试者施用化合物或组合物。可以采用任何合适的施用途径，例如肠胃外、静脉内、皮下、肌内、颅内、鞘内、眶内、眼部、心室内、囊内、脊柱内、脑池内、腹膜内、鼻内、表皮、经皮、粘膜气雾剂、经鼻、直肠、阴道、局部或口服给药。在一些实施方式中，本文所述的化合物或组合物可应用于上皮细胞表面。一些上皮细胞表面可包括粘膜，例如口腔、齿銀、鼻、气管、支气管、胃肠、直肠、尿道、阴道、宫颈、子宫等。一些上皮细胞表面可包括角化细胞，例如皮肤、舌、牙銀、上颗等。
[0083]制剂可以是液体溶液或悬浮液、片剂或胶囊剂、粉剂、滴鼻剂或气雾剂的形式。方法是制剂领域公知的(Berge 等人 1977.J.Pharm Sc1.66:1 - 19 ;Remington_The Scienceand Practice of Pharmacy,第 21 版，Gennaro 等人编，Lippincott ffilliams&ffilkinsPhiladelphia)。这样的赋形剂可以包括,例如盐、缓冲剂、抗氧化剂、络合剂、等渗剂、冷冻保护剂、冻干保护剂、助悬剂、乳化剂、抗菌剂、防腐剂、螯合剂、粘合剂、表面活性剂、润湿剂、抗粘着剂、崩解剂(disentegrant)、包衣、助流剂、抗絮凝剂、抗成核剂、表面活性剂、稳定剂、非水性载体如固定油、用于缓释或控释的聚合物或密封剂、软膏基质、脂肪酸、膏基、润肤剂、乳化剂、增稠剂、防腐剂、增溶剂、保湿剂、水、醇等。
[0084] 用于肠胃外给药的制剂可以例如包含赋形剂、无菌水或盐水、聚亚烷基二醇如聚乙二醇、植物来源的油或氢化萘类。生物相容的、可生物降解的丙交酯聚合物、丙交酯/乙交酯共聚物或聚氧乙烯-聚氧丙烯共聚物可以用于控制化合物或组合物的释放。用于调节化合物的其它潜在有用的胃肠外递送系统包括乙烯-醋酸乙烯酯共聚物颗粒、渗透泵、可植入输注系统和脂质体。用于吸入的制剂可以含有赋形剂，例如乳糖，或可以是含有如聚氧乙烯-9-月桂基醚、甘胆酸盐和脱氧胆酸盐的含水溶液，或可以是以滴鼻剂形式或作为凝胶的用于给药的油性溶液。
[0085]对于治疗或预防的组合物,对动物施用有效量的化合物或组合物以阻止或减缓衣原体感染。
[0086]本发明的化合物的“有效量”包括治疗有效量或预防有效量。“治疗有效量”是指达到所需的治疗结果所需的剂量和时间段的有效的量，，例如减少衣原体感染或诱导对抗衣原体抗原或表位的免疫应答。化合物的治疗有效量可根据因素如受试者的疾病状态、年龄、性别和体重以及化合物在受试者中引发所需应答的能力而变化。可以调整剂量方案以提供最佳的治疗反应。治疗有效量也是一个其中治疗有利作用优于化合物的任何毒性或有害作用的剂量。“预防有效量”是指达到所需的预防结果所需的剂量和时间段的有效的量，例如预防衣原体感染或诱导对抗衣原体抗原或表位的免疫应答。通常，预防剂量用于受试者的疾病的前期或早期阶段，因此预防有效量可以少于治疗有效量。化合物的治疗或预防有效量的合适的范围可以是从 0.1nM-0.1M、0.1nM-0.05Μ、0.05ηΜ_15 μ M 或 0.01nM-1O μ M中的任意整数。
[0087]在一些实施方式中，有效量可以基于质量/质量进行计算(例如，微克或毫克每千克受试者)，或可以基于质量/体积进行计算(例如浓度，微克或毫克每毫升)。使用质量/体积单位时，一个或多个肽或多肽可以是以约0.lug/ml至约20mg/ml的量或其间的任意量而存在，例如 0.1,0.5、1、2、5、10、15、20、25、30、35、40、50、60、70、80、90、100、120、140、160、180、200、250、500、750、1000、1500、2000、5000、10000、20000ug/ml 或其间的任意量；或约 lug/ml 至约 2 000ug/ml 或其间的任意量，例如 1.0,2.0,5.0、10.0、15.0,20.0,25.0、
30.0.35.0.40.0.50.0.60.0.70.0.80.0.90.0、100、120、140、160180、200、250、500、750、1000、1500、2000ug/ml或其间的任意量；或约10ug/ml至约1000ug/ml或其间的任意量，例如 10.0,15.0,20.0,25.0,30.0,35.0,40.0,50.0,60.0,70.0,80.0,90.0、100、120、140、160、180、200、250、500、750、1000ug/ml 或其间的任意量；或约 30ug/ml 至约 1000ug/ml 或其间的任意量，例如 30.0,35.0,40.0,50.0,60.0,70.0,80.0,90.0、100、120、140、160、180、200、250、500、750、1000ug/ml。
[0088]数量和/或浓度可以基于质量/质量进行计算(例如，微克或毫克每千克受试者)，或可以基于质量/体积进行计算(例如浓度，微克或毫克每毫升)。使用质量/体积单位时，一个或多个肽或多肽可以是以约0.lug/ml至约20mg/ml或其间的任意量而存在，例如 0.1,0.5、1、2、5、10、15、20、25、30、35、40、50、60、70、80、90、100、120、140、160、180、200、250、500、750、1000、1500、2000、5000、10000、20000ug/ml 或其间的任意量；或约 Iug/ml 至约 2000ug/ml 或其间的任意量，例如 1.0,2.0,5.0,10.0,15.0,20.0,25.0,30.0,35.0、
40.0.50.0.60.0.70.0.80.0.90.0、100、120、140、160、180、200、250、500、750、1000、1500、2000ug/ml或其间的任意量；或约10ug/ml至约1000ug/ml或其间的任意量，例如10.0、
15.0.20.0.25.0.30.0.35.0.40.0.50、0,60.0,70.0,80.0,90.0、100、120、140、160、180、200、250、500、750、1000ug/ml或其间的任意量；或约30ug/ml至约1000ug/ml或其间的任意量，例如 30.0,35.0,40.0,50.0,60.0,70.0,80.0,90.0、100、120、140、160、180、200、250、500、750、1000ug/ml。
[0089]包括治疗组合物在内的根据本发明的各种实施方式的组合物可以按包含有效量的一种或多种肽或多肽的剂量进行施用。剂量可以包括约0.lug/kg至约20mg/kg(基于受试者的质量)，例如 0.1,0.5、1、2、5、10、15、20、25、30、35、40、50、60、70、80、90、100、120、140、160、180、200、250、500、750、1000、1500、2000、5000、10000、20000ug/kg 或其间的任意量；或约 lug/kg 至约 2000ug/kg 或其间的任意量，例如 1.0、2.0、5.0、10.0、15.0、20.0、25.0,30.0,35.0,40.0,50.0,60.0,70.0,80.0,90.0、100、120、140、160、180、200、250、500、750、1000、1500、2000ug/kg或其间的任意量；或约10ug/kg至约1000ug/kg或其间的任意量，例如 10.0、15.0、20.0、25.0、30.0、35.0、40.0、50.0、60.0、70.0、80.0、90.0、100、120、140、160、180、200、250、500、750、1000ug/kg 或其间的任意量；或约 30ug/kg 至约 1000ug/kg或其间的任意量，例如 30.0,35.0,40.0,50.0,60.0,70.0,80.0,90.0、100、120、140、160、180、200、250、500、750、1000ug/kg。
[0090]本领域技术人员能够容易地根据需要互相转换单位，将受试者的质量，组合物、各个组分或其组合的浓度，组合物、各个组分或其组合的体积转换成适合于所需应用的格式。
[0091]应当指出，剂量值可以随待缓解疾病的严重程度而变化。对任何特定的受试者而言，具体的剂量方案可根据个体需要和施用组合物或监督组合物给药的人的专业判断而随时间调整。本文所述的剂量范围仅是示例性的，并不限制医生可以选择的剂量范围。组合物中的活性化合物的量可根据因素例如个体的疾病状态、年龄、性别和体重而不同。剂量方案可以进行调整以获得最佳的治疗反应。例如，可以施用单一的推注，可以一段时间内施用几个分份剂量，或者可以依据治疗情况的紧急程度所示，按比例减少或增加剂量。以剂量单位形式配制胃肠外组合物以易于给药和使剂量均匀是有利的。
[0092]当施用时，所施用的组合物的量，给药方式和给药期限都可以影响所观察到的效果。例如，组合物可以全身给药，例如静脉内给药且具有毒性或不良效果，而同样的组合物通过皮下或鼻内给药可以不产生相同的不良效果。在一些实施方式中，在接近皮下注射部位的淋巴结中的免疫细胞的局部刺激可以是有利的，而全身性免疫刺激可以是不利的。
[0093]通常，使用化合物或组合物而没有造成实质性的毒性。本发明的化合物的毒性可以使用标准技术来确定，例如通过检测细胞培养物或实验动物并确定治疗指数，即LD50(群体的50%致死的剂量)和LD100 (群体的100%致死的剂量)之间的比。然而，在某些情况下，例如在严重的疾病的条件下，施用大量过量的组合物可能是必需的。
[0094]根据本发明的各种实施方式的组合物可以以单位剂量形式或以适合在使用点配制或稀释的散装形式(bulk form)来提供。根据本发明的各种实施方式的组合物可以以单剂量或一段时间内施用的几个剂量施用于受试者。剂量时间表可以依赖于例如受试者的病况、年龄、性别、体重、给药途径、剂型或一般健康状况。剂量时间表可以通过测量受试者的吸收、分布、代谢、排泄和毒性进行计算，或可以从实验动物如大鼠或小鼠的测量推算出人类受 试者的使用情况。剂量和治疗方案的优化讨论于例如Goodman&Gilman的 The Pharmacological Basis of Therapeutics,第 11 版，2006, LL Brunton,编辑，McGraw-Hi 11, New York 5? Remington-The Science and Practice of Pharmacy,第 21 版，Gennaro 等人编，Lippincott ffilliams&ffilkins Philadelphia。
[0095]“疫苗”是包含引发所需的免疫应答的材料的组合物。所需的免疫应答可以包括防止衣原体属病原体的感染。例如，所需的免疫应答可以包括，与未经免疫接种的动物相比，在免疫接种的动物中防止10%至100%之间任意值的衣原体属病原体的感染，例如10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、90%、100%。
[0096]“免疫应答”通常可以指适应性免疫系统的应答，如体液应答、细胞介导的应答。体液应答是免疫的一个方面，其是由B淋巴细胞谱系的细胞(B细胞)产生的分泌的抗体所介导。分泌的抗体在入侵的微生物(如病毒或细菌)的表面上结合抗原，其标记它们以进行摧毁。体液免疫通常用来指抗体的产生以及伴随其的过程，以及抗体的效应子功能，包括Th2细胞活化和细胞因子产生，记忆细胞产生，吞噬作用的调理素增强，病原体消除等。细胞介导的应答可以指不涉及抗体而是涉及巨噬细胞、天然杀伤细胞(NK)、抗原特异性细胞毒性T-淋巴细胞的活化以及各种响应抗原的细胞因子的释放的免疫应答。细胞介导的免疫通常是指某些Th细胞的活化、Tc细胞的活化和T细胞介导的应答。
[0097]抗原提呈细胞(APC)如树突细胞(DC)吸收多肽并在DC MHC I和II复合物的环境内呈递这样的多肽的表位至包括⑶4+和⑶8+细胞的其它免疫细胞。“MHC复合物”或“MHC受体”是由受试者的主要组织相容性复合物编码的细胞表面受体，其在免疫系统中具有抗原呈递的作用。数种细胞类型中都可发现MHC蛋白，包括抗原提呈细胞(APC)如巨噬细胞或树突细胞(DC)，或在哺乳动物中发现的其它细胞。与MHC I类相关的表位的长度范围可为约8-11个氨基酸，而与MHC II类相关的表位可以更长，长度范围为约9-25个氨基酸。
[0098]因此，“免疫应答”包括但不限于下列的哺乳动物中的一个或多个应答:施用组合物或疫苗后，诱导特异性针对组合物或疫苗中的抗原的抗体、B细胞、T细胞(包括辅助性T细胞、抑制性T细胞、细胞毒性T细胞、Y δΤ细胞)。因此，针对组合物或疫苗的免疫应答通常包括在宿主哺乳动物中发展针对目标组合物或疫苗的细胞和/或抗体介导的应答。通常，免疫应答导致预防或减少衣原体属病原体的感染。在一些实施方式中，免疫应答具体指细胞介导的应答。在一些实施方式中，免疫应答具体指针对衣原体属病原体的细胞介导的应答。
[0099]本发明的疫苗可包括本文所述的多肽和核酸分子或其免疫原性片段，并且可以使用本领域已知的或本文所述的任何给药形式进行给药。
[0100]多肽或核酸分子的“免疫原性片段”是指引发免疫应答的表位或氨基酸或核苷酸序列。术语“表位”是指在蛋白中的氨基酸的排布或其上的修饰(例如糖基化)。氨基酸可以线性方式进行排布，如蛋白的一级序列，或可以是，当蛋白部分地或完全地装配时，紧密相邻的氨基酸的二级或三级排列。表位可以特异性结合于抗体、抗体片段、肽、模拟肽等，或可以特异性结合配体或保持在MHC I或MHC II复合物内。
[0101] 因此，免疫原性片段可以包括但不限于本文所述的任何序列或与其实质相同的序列的任何部分，其包括一个或多个表位(由特异性的免疫系统细胞如T细胞所识别的位点)。例如，免疫原性片段可以包括但不限于，来自本文所述的任意一个或多个序列的氨基酸长度为6和60之间或超过60的任意值的肽，例如氨基酸长度为10和20之间任意值的肽或氨基酸长度为20和40之间任意值的肽。这些片段可以使用本领域技术人员已知的标准方法来鉴定，如表位作图技术或使用Oxford Molecular Group的Omigal.0版程序(参见，例如美国专利4，708，871)(76，77，81，92，73，)的抗原性或亲水性图。表位可以具有一系列尺寸-例如线性表位可以小至2个氨基酸或可更大，约3个氨基酸至约20个氨基酸。在一些实施方式中，表位长度可以是约5个氨基酸至约10个氨基酸或约15个氨基酸。具有氨基酸的二级或三级排列的表位可以包含小至2个氨基酸或可更大，约3个氨基酸至约20个氨基酸。在一些实施方式中，二级或三级的表位可以是邻近表位内的一些或其它的约5个氨基酸至约10个氨基酸或约15个氨基酸。
[0102]在一些实施方式中，疫苗包含合适的载体如佐剂，该试剂的作用在于以非特异性方式增加针对特定抗原或一组抗原的免疫应答，使得能够减少在任何给定的疫苗剂量中的抗原的量，或减少产 生所需的免疫应答所需的剂量频率。
[0103]示例性的佐剂包括但不限于氢氧化铝、明矾、铝胶?(三水合铝)或其它含铝的盐、病毒体、包括CpG基序如CpG寡脱氧核苷酸(CpG-ODN)的核酸、角鲨烯、油、MF59 (Novartis), LTK63 (Novartis), QS21、各种皂甙、病毒样颗粒、单分枝酰甘油(MMG)、单磷酰脂质A(MPL)/海藻糖二棒分枝菌酸酯(trehalose dicorynomycolate)、toll样受体激动剂、共聚物如聚氧丙烯和聚氧乙烯、AbISCO, ISCOM(AbISCO-1OO)、Montanide ISA51、Montanide ISA720+CpG等或其任意的组合。在一些实施方式中，示例性的佐剂包括阳离子脂质传递剂如二甲基双十八烷基溴化铵(DDA)以及修饰的分枝杆菌索状因子海藻糖6，6’ - 二山嵛酸酯(TDB) (DDA/TDB)、DDA/MMG或DDA/MPL或其任意的组合。掺入或未掺入MPL的脂质体进一步被吸附到氢氧化铝中也可以是有用的，参见，例如美国专利6093406和6793923B2。在一些实施方式中，示例性的佐剂包括原核生物RNA。在一些实施方式中，示例性的佐剂包括描述于例如美国专利公布2006/0286128中的佐剂。在一些实施方式中，示例性的佐剂包括DDA/TDB、DDA/MMG或DDA/MPL和原核生物RNA。
[0104]在一些实施方式中，疫苗组合物包括但不限于来自PmpG、PmpE、PmpF和PmpH和任选的MOMP的组合中的肽或多肽与DDA/TDB、DDA/MMG或DDA/MPL和任选的原核生物RNA的组合。
[0105]在一些实施方式中，用于根据本发明的组合物和方法的化合物包括但不限于来自PmpG、PmpE、PmpF和TC0420和任选的MOMP的组合中的肽或多肽与DDA/TDB、DDA/MMG或DDA/MPL和任选的原核生物RNA的组合。
[0106]在一些实施方式中，本文所述的组合物可用于接种测试受试者，例如衣原体感染的动物模型如小鼠。实验性接种实验动物的方法是本领域已知的。例如，测试衣原体属疫苗可以包括在感染之前，对小鼠鼻内接种包括具有感染性的衣原体菌株的接种物，并评估肺炎的发展。示例性的分析描述于例如Tammiruusu等人,2007.Vaccine25 (2): 283-290或Rey-Ladino 等人,2005.1nfection and Immunity73:1568-1577。本领域技术人员能做出任何细微的修改以使该分析适应特定的病原体模型。
[0107]在另一个实施例中，测试衣原体疫苗可以包括用如上所述克隆和表达的候选T-细胞抗原连续接种雌性小鼠。连续接种可以包括2、3或更多个连续接种。候选T-细胞抗原可以与佐剂组合。连续接种的最后一次接种后约三周，给小鼠皮下注射2.5mg的狄波普维拉，I周后，使未经处理的和免疫接种的小鼠阴道内感染衣原体。感染过程后，监测脱落的有机体数量，每隔2至7天监测一次，连续6周。脱落的有机体数量可以通过使用适当稀释的阴道冲洗样品对HeLa细胞中衣原体包裹体的形成进行计数来确定。免疫可以通过相较于未经处理的小鼠，免疫接种的小鼠中所减少的脱落的有机体数量来测定。
[0108]在一些实施方式中，本发明还提供了用于诱导受试者的免疫应答的组合物。根据本发明的各种实施方式的组合物可以用作疫苗或用于疫苗的制备。
[0109]在另一个实施方式中，本文所述的肽或多肽可以用于制备药物，如用于预防或治疗衣原体感染的疫苗组合物。治疗包括预防，除非预防已明确排除在外，如在本发明的其他实施方式中。治疗是指完全地或部分地降低衣原体感染的严重程度，和/或延缓衣原体感染的发作，和/或降低衣原体感染的一种或多种症状或特征的发生率，所述症状或特征包括降低存活、生长和/或衣原体属如鼠衣原体或沙眼衣原体的传播。在一些实施方式中，治疗包括诱导动物受试者的免疫。在其他实施方式中，治疗包括诱导动物受试者的细胞免疫。治疗可以施用给未表现出疾病、紊乱和/或病况的征兆的受试者(无症状受试者)和/或仅表现出疾病、紊乱和/或病况的早期征兆的受试者，其目的在于降低与疾病、紊乱和/或病况相关病理的发展的风险。在一些实施方式中，治疗包括递送免疫原性组合物(例如，疫苗)到受试者。
[0110]组合物或药物可以用于预防或治疗患有或怀疑患有衣原体感染的受试者的衣原体感染。在一些实施方式中，组合物或药物可以用于泌尿生殖道或眼部病况的预防或治疗。泌尿生殖病况包括但不限于尿道炎、宫颈炎、咽头炎(pharyngitis)、直肠炎、附睾炎和前列腺炎。眼部病况包括但不限于沙眼和结膜炎。
[0111]在一些实施方式中，单独或组合使用的本文所述的肽或多肽可用于诊断受试者中衣原体感染的存在，例如甚至在无症状受试者中。诊断可是测定T细胞应答，并且可以通过使用本文所述的或本领域技术人员已知的任何技术来实施。 [0112]制造的物品
[0113]本发明还提供了制造的物品，其包括包装材料和包含一种或多种本文所述的肽或多肽的组合物。组合物包含生理学上或药学上可接受的赋形剂，并可以进一步包括佐剂、递送剂或佐剂和递送剂，包装材料可以包括显示组合物的活性成分(如存在的肽或多肽、佐剂或递送剂)的标签。标签可进一步包括组合物的预期用途，例如作为以本文所述的方式进行使用的治疗或预防组合物。
[0114]试剂盒
[0115]在另一个实施方式中，提供了用于制备药物的试剂盒，其包括包含本文所述的一个或多个肽的组合物，以及其使用说明书。说明书可包括一系列用于制备药物的步骤，药物用于诱导被给药的受试者的治疗性或预防性免疫应答。试剂盒可以进一步包括药物用于治疗的说明书，其中治疗是为了治疗、预防或改善衣原体感染的一种或多种症状，并且说明书包括例如剂量浓度、剂量间隔、优选的给药方法等。
[0116]在下述实施例中进一步说明了本发明。
[0117]实施例
[0118]材料与方法
[0119]衣原体
[0120]鼠衣原体小鼠肺炎(MoPn)菌株Nigg生长于补充有10% FCS的Eagle基本必需培养基(Invitrogen)中的Hela229中。原生小体(EB)通过不连续密度梯度离心进行纯化,如先前所述(Caldwell, H.D., J.Kromhout 和 J.Schachter.1981.Purification and partialcharacterization of the major outer membrane protein of Chlamydia trachomatis.1nfect Immun31:1161-1176)。将纯化的EB等分并于鹿糖-磷酸盐-谷氨酸缓冲液中储存在_80°C，使用前解冻。纯化的EB的感染性和包裹体形成单位的数量(IFU)通过使用抗-EB小鼠多克隆抗体、然后的生物素标记的抗-小鼠IgG(Jackson ImmunoResearchLaboratories)和二氨基联苯胺(DAB)底物(Vector Laboratories)的免疫染色来确定(Yang, X.,K.T.HayGlass和R.C.Brunham.1996.Genetically determined differences inIL-1Oand IFN-gamma responses correlate with clearance of Chlamydia trachomatismouse pneumonitis infection.J Immunol 156:4338-4344)。活的 EB 的 IFU 由如上所述的纯化的起始鼠衣原体EB储液所确定的滴度进行计算。
[0121]小鼠
[0122]雌性 C57BL/6 或 BALB/c 小鼠(5-6 周龄)购自 Charles River Canada,并饲养于无病原体的条件下。
[0123]使用免疫蛋白质组学方法分离和质谱鉴定MHC-结合肽
[0124]本发明使用的衣原体疫苗的候选T细胞抗原的鉴定的总体过程示意性示于图1中并在下文进行详述。
[0125]用活EB进行DC脉冲
[0126]DC 的产生如先前所述(Inaba, K.，M.1naba, N.Romani, H.Aya, M.Deguchi，S.1kehara, S.Muramatsu 和 R.M.Steinman.1992.Generation of large numbers ofdendritic cell from mouse bone marrow cultures supplemented with granulocyte/macrophage colony-stimulating factor.J Exp Medl76:1693-1702)。简言之，骨髓细胞分离自BALB/c小鼠的股骨或胫骨中，并于Falcon培养皿中以4X IO7个细胞在50ml DC培养基中进行培养。DC培养基是Iscove改良的Dulbecco培养基(MDM)并且其补充有10%FCS,0.5mM2-ME、4mM L-谷氨酰胺、50 μ g/ml 庆大霉素和分别含有 10ng/ml GM-CSF和 IOng/ml IL-4的5%鼠GM-CSF-转染的浆细胞瘤X63_Ag8的培养物上清和5%鼠IL-4转染的浆细胞瘤X63-Ag8的培养物上清。在第3天，去除一半的培养物上清并加入新鲜的DC培养基。在第5天，非贴壁细胞(CDllc+纯度>50% )、所指定的来自骨髓的树突细胞(BM-DC)被转移到新的皿中，并于50ml的含有25 X IO7的IFU活EB的DC培养基中以25 X IO7个细胞进行培养，37°C，5% C02，12h。然后，收获用活EB脉冲的细胞并储存于-80°C。
[0127]MHC II类-结合肽的鉴定
[0128]我们获得了 6 X IO9的用活EB脉冲的BM-DC。从脉冲的DC中鉴定MHC 11类-结合肽的免疫蛋白质组学方法包括如先前所述的多个步骤(Karunakaran, K.P.,J.Rey-Ladino, N.Stoynov, K.Berg, C.Shen, X.Jiang, B.R.Gabel, H.Yu, L.J.Foster 和R.C.Brunham.2008.1mmunoproteomic discovery of novel T cell antigens from theobligate intracellular pathogen Chlamydia.J Immunoll80:2459_2465)。简言之，脉冲的DC被裂解，并且MHC II类(1-Ab)分子使用等位基因特异性抗-MHC单克隆抗体亲和柱进行纯化。然后，结合到亲和层析柱的MHC II类分子进行洗脱，通过乙酸处理和通过5-kDa截断值膜的超滤从MHC分子分离MHC-结合肽，以去除高分子量的材料。纯化的MHC-结合肽通过使用偶联了使用纳米喷雾电离源的纳米流HPLC的在线LTQ-OrbitrapXL(ThermoElectron)进行定性分析。质谱仪设定为每循环5个最强烈的多电荷离子的片段。片段谱使用 DTASuperCharge (http://msquant.sourceforge.net)进行提取，并使用 Mascot 算法在由来自鼠衣原体的蛋白序列组成的数据库中进行检索。
[0129]统计分析
[0130]数据在GraphPad Prism软件程序的辅助下进行分析。进行Kruskal-Wallis检验以分析来自多个组的鼠衣原体脱落物的数据，并采用Mann-WhitneyU检验来比较对之间的中值。P值〈0.05认为是显著。数据表示为平均值土平均值的标准误差(SEM)。
[0131]利用免疫蛋白质组学鉴定候选T细胞疫苗抗原(MHC-结合肽的分离和质谱鉴定)
[0132]表1列出了在轻微修改的试验条件下应用免疫蛋白质组学方法所鉴定的抗原。在这种情况下，从BALB/c小鼠分离来源于骨髓的树突细胞(BM-DC)(相对于C57BL/6系)并与鼠衣原体孵育12小时。
[0133]表2列出了在两个采用不同实验条件的先前的研究中分别鉴定的T细胞抗原。
[0134]
【权利要求】
1.一种免疫原性组合物，其包括包含与SPQVLTPNVIIPFKGDD、SMLIIPALGG,LAAAVMHADSGAILKEK、DDPEVIRAYIVPPKEP、KIFSPAGLLSAFAKNGA、DPVDMFQMTKIVSKH、KLEGIINNNNTPS, AVPRTSLIF、GGAEVILSRSHPEFVKQ、APILARLS 实质上相同的氨基酸序列的多肽或其组合，以及生理上可接受的载体。
2.如权利要求1所述的组合物，其中多肽包含实质上与下述蛋白相同的氨基酸序列:多形态膜蛋白H(PmpH)、核苷三磷酸酶(YggV)、D-丙氨酰-D-丙氨酸羧肽酶(DacC)、与基因座标签CT538对应的假想蛋白、DNA修复蛋白(RecO) ,SffIB(YM74)复合体蛋白、转位磷酸肌动蛋白(Tarp)、外切脱氧核糖核酸酶V的α亚基(RecD_2)、Ν利用物质蛋白A(NusA)、与基因座标签CT017对应的假想蛋白或其组合，以及生理上可接受的载体。
3.如权利要求1或2所述的组合物，其还包括包含与AFHLFASPAANYIHTG、NAKTVFLSNVASPIYVDPA,ASPIYVDPAAAGGQPPA、VKGNEVFVSPAAHIIDRPG、SPGQTNYAAAKAGIIGFS,KLDGVSSPAVQESISE、IGQEITEPLANTVIA、MTTVHAATATQSVVD、DLNVTGPKIQTDVD、EGTKIPIGTPIAVFSTEQN、SVPSYVYYPSGNRAPVV, YDHIIVTPGANADIL、LPLMIVSSPKASESGAA、GANAIPVHCPIGAESQ、VFffLGSKINIIDTPG, ISRALYTPVNSNQSVG、FEVQLISPVALEEGMR、GDAAYIEKVRELMQ、SRALYAQPMLAISEA 或 KPAEEEAGSIVHNAREQ 实质上相同的氨基酸序列的多肽或其组合。
4.如权利要求1或2所述的组合物，其还包括包含与下述蛋白实质上相同的氨基酸序列的多肽:多形态膜蛋白F(PmpF)、多形态膜蛋白G(PmpG)、核糖体蛋白L6 (RplF)、3_氧代酰基_(酰基载体蛋白)还原酶(FabG)、抗-抗-σ因子(Aasf)、ΑΤΡ依赖Clp蛋白酶的蛋白水解亚基(ClpP)、甘油醛3-磷酸脱氢酶(Gap)、与基因座标签CT143对应的假想蛋白、丙酮酸脱氢酶(PdhC)、巯基二硫化物互换蛋白(DsbD)、氧化还原酶DadA家族、金属蛋白酶胰岛素酶家族、翻译延长因子G(FusA)、翻译延长因子Ts(Tsf)、翻译延长因子Tu (Tuf)、多形态膜蛋白E (PmpE)、V型ATP合酶亚基E (AtpE)、或其组合。
5.如权利要求1至4任一项所述的组合物,其中组合物包括PmpG、PmpE、PmpF和PmpH,以及任选的MOMP。
6.如权利要求1至4任一项所述的组合物，其中组合物包括PmpG、PmpE>PmpF和TC0420,以及任选的MOMP。
7.如权利要求1至6任一项所述的组合物，其还包括佐剂。
8.如权利要求7所述的组合物，其中佐剂选自DDA/TDB、DDA/MMG或DDA/MPL。
9.一种引发动物对抗衣原体属或其组分的免疫应答的方法，包括对动物施用有效量的权利要求1至8任一项所述的组合物，借此引发动物的免疫应答。
10.如权利要求9所述的方法，其中免疫应答是细胞免疫应答。
11.一种治疗或预防动物的衣原体属感染的方法，包括对动物施用有效量的权利要求1至8任一项所述的组合物,借此治疗或预防动物的衣原体属感染。
12.如权利要求9至11任一项所述的方法，其中衣原体属是沙眼衣原体或鼠衣原体。
13.如权利要求9至12任一项所述的方法，其中所述动物是人类。
14.权利要求1至9任一项所述的组合物用于引发动物对抗衣原体属或其组分的免疫应答的用途。
15.如权利要求13所述的用途，其中免疫应答是细胞免疫应答。
16.权利要求1至9任一项所述的组合物用于治疗或预防动物的衣原体属感染的用途。
17.如权利要求14至16任一项所述的用途，其中衣原体属是沙眼衣原体或鼠衣原体。
18.如权利要求14至16任一项所述的用途，其中所述动物是人类。
19.一种诊断动物中衣原体感染的方法，包括测定在来自动物的样品中存在或不存在针对多肽的T细胞应答，其中所述多肽包含与SPQVLTPNVIIPFKGDD、SMLIIPALGG、LAAAVMHADSGAILKEK、DDPEVIRAYIVPPKEP、KIFSPAGLLSAFAKNGA、DPVDMFQMTKIVSKH、KLEGI INNNNTPS、AVPRTSLIF、GGAEVILSRSHPEFVKQ 或 APILARLS 实质上相同的氨基酸序列，其中存在T细胞应答表明动物中存在衣原体感染。
20.如权利要求21所述的方法，其中多肽包含与下述蛋白实质上相同的氨基酸序列:多形态膜蛋白H(PmpH)、核苷三磷酸酶(YggV)、D-丙氨酰-D-丙氨酸羧肽酶(DacC)、与基因座标签CT538对应的假想蛋白、DNA修复蛋白(RecO) ,SffIB(YM74)复合体蛋白、转位磷酸肌动蛋白(Tarp)、外切脱氧核糖核酸酶V的α亚基(RecD_2)、Ν利用物质蛋白A(NusA)、与基因座标签CT017对应的假想蛋白。
21.如权利要求20或21所述的方法，其中所述样品选自阴道液、阴道组织、阴道洗液、阴道拭子、尿道拭子、尿液、血液、血清、血浆、唾液、精液、尿道分泌物、阴道分泌物、眼液体、眼分泌物或其任意组合。
22.如权利要求20-2 1任一项所述的方法，其中所述动物是人类。
【文档编号】A61P31/04GK103987404SQ201280058664
【公开日】2014年8月13日 申请日期:2012年10月1日 优先权日:2011年9月30日
【发明者】R·C·布鲁汉姆, L·J·福斯特 申请人:英属哥伦比亚大学