超长互补决定区及其用途

超长互补决定区及其用途
【专利摘要】本文公开了免疫球蛋白构建体，其包含至少一个免疫球蛋白结构域或其片段；以及连接到或插入所述免疫球蛋白结构域的治疗性多肽或其衍生物或变体。本文还提供了免疫球蛋白构建体，其包含含有互补决定区3(CDR3H)或其片段中的隆突结构域的至少一部分的哺乳动物免疫球蛋白重链；以及连接到或插入所述CDR3H的隆突结构域的治疗性多肽。本文还提供了免疫球蛋白构建体，其包含含有互补决定区3(CDR3H)或其片段中的茎结构域的至少一部分的哺乳动物免疫球蛋白重链；以及连接到和插入所述CDR3H的茎结构域的治疗性多肽。本文还描述了用于治疗和预防受试者的疾病或状况的方法和包含本文所述免疫球蛋白构建体的组合物。
【专利说明】超长互补决定区及其用途 相关申请的夺叉引用
[0001] 本申请要求2012年1月9日提交的美国临时申请No. 61/584,680和2012年7月 13日提交的美国临时申请No. 61/671，629的权益，这两篇申请均通过引用全部并入本文。

【技术领域】
[0002] 本文描述了包含超长CDR3的至少一部分的免疫球蛋白构建体，制备此类构建体 的方法，包含此类构建体的药物组合物和药物，以及利用此类构建体和组合物来预防、抑制 和/或治疗受试者的疾病或状况的方法。

【背景技术】
[0003] 抗体是脊椎动物免疫系统响应于外来物质（抗原）而形成的天然蛋白质，主要用 于防御感染。一个世纪以来，在人工条件下，在动物中诱导并得到抗体以便用于疾病状况的 治疗或诊断或用于生物研究。每个产生个体抗体的细胞生成单一类型的具有化学上确定的 组合物的抗体，然而直接从动物血清中获得的以应对抗原接种的抗体实际上包含由产生个 体抗体的细胞群组生成的不同分子群组（例如，多克隆抗体）。
[0004] 与其他脊椎动物抗体相比，一些牛抗体具有不寻常的长VH⑶R3序列。例如，约 10%IgM包含多达61个氨基酸长的"超长"⑶R3序列。这些不寻常的⑶R3通常具有多个 半胱氨酸。通过称为V(D)J重组的过程形成功能性VH基因，其中D-区域编码⑶R3的很大 一部分。编码超长序列的独特D-区域已经在牛中进行了确认。超长CDR3部分在牛基因 组中编码，并与人相比为其抗体所有组成成分提供了独有特征。Kaushik等人（美国专利 6, 740, 747和No. 7, 196, 185)公开了阐明作为探针是有用的牛特有的多种牛种系D-基因序 列和阐明作为疫苗载体是有用的牛VDJ盒。


【发明内容】

[0005] 本发明提供了包含超长⑶R3的抗体，包括含有超长⑶R3的文库，及其用途。
[0006] 本发明还提供了抗体或其结合片段的文库，其中该抗体或其结合片段包含超长 CDR3。
[0007] 在每个或任何上文或下文提到的实施方案的一些实施方案中，超长CDR3是35个 或更多个氨基酸长度、40个或更多个氨基酸长度、45个或更多个氨基酸长度、50个或更多 个氨基酸长度、55个或更多个氨基酸长度或60个或更多个氨基酸长度。
[0008] 在每个或任何上文或下文提到的实施方案的一些实施方案中，超长CDR3是35个 或更多个氨基酸长度。
[0009] 在每个或任何上文或下文提到的实施方案的一些实施方案中，超长⑶R3包含3个 或更多个半胱氨酸残基、4个或更多个半胱氨酸残基、5个或更多个半胱氨酸残基、6个或更 多个半胱氨酸残基、7个或更多个半胱氨酸残基、8个或更多个半胱氨酸残基、9个或更多个 半胱氨酸残基、10个或更多个半胱氨酸残基、11个或更多个半胱氨酸残基或12个或更多个 半胱氨酸残基。
[0010] 在每个或任何上文或下文提到的实施方案的一些实施方案中，超长⑶R3包含3个 或更多个半胱氨酸残基。
[0011] 在每个或任何上文或下文提到的实施方案的一些实施方案中，抗体或其结合片段 包含半胱氨酸基序。
[0012] 在每个或任何上文或下文提到的实施方案的一些实施方案中，半胱氨酸基序选自 包含SEQIDN0S:45-156的组。在每个或任何上文或下文提到的实施方案的一些实施方案 中，半胱氨酸基序选自包含SEQIDN0S:45-99的组。在每个或任何上文或下文提到的实施 方案的一些实施方案中，半胱氨酸基序选自包含SEQIDNOS:45-135的组。在每个或任何上 文或下文提到的实施方案的一些实施方案中，半胱氨酸基序选自包含SEQIDN0S: 100-135 的组。在每个或任何上文或下文提到的实施方案的一些实施方案中，半胱氨酸基序选自包 含SEQSEQIDN0S: 136-156 的组。
[0013] 在每个或任何上文或下文提到的实施方案的一些实施方案中，超长CDR3包含非 人DH或其衍生物。
[0014] 在每个或任何上文或下文提到的实施方案的一些实施方案中，超长⑶R3包含JH 序列或其衍生物。
[0015] 在每个或任何上文或下文提到的实施方案的一些实施方案中，超长CDR3包含非 人VH序列或其衍生物、非人DH序列或其衍生物和/或JH序列或其衍生物。
[0016] 在每个或任何上文或下文提到的实施方案的一些实施方案中，超长⑶R3包含位 于VH序列和DH序列之间的含有2个至6个或更多个氨基酸残基的附加氨基酸序列。
[0017] 在每个或任何上文或下文提到的实施方案的一些实施方案中，超长CDR3包含非 牛序列。
[0018] 在每个或任何上文或下文提到的实施方案的一些实施方案中，非牛序列是非抗体 或人类序列。
[0019] 在每个或任何上文或下文提到的实施方案的一些实施方案中，非牛序列取代超长 ⑶R3的至少一部分。
[0020] 在每个或任何上文或下文提到的实施方案的一些实施方案中，非牛序列是激素、 淋巴因子、白介素、趋化因子、细胞因子、毒素或其组合。
[0021] 在每个或任何上文或下文提到的实施方案的一些实施方案中，非牛序列是细胞因 子。
[0022] 在每个或任何上文或下文提到的实施方案的一些实施方案中，细胞因子是粒细胞 集落刺激因子（G-SCF)。
[0023] 在每个或任何上文或下文提到的实施方案的一些实施方案中，超长CDR3包含是 接头的附加序列。
[0024] 在每个或任何上文或下文提到的实施方案的一些实施方案中，接头与非抗体序列 的C-端、N-端或两个C-端和N-端连接。
[0025] 在每个或任何上文或下文提到的实施方案的一些实施方案中，接头是（GGGGS) n(SEQIDN0:339)，其中n是0至5的整数。另外或此外，接头是（GSG)n(SEQIDN0:342)、 GGGSGGGGS(SEQIDN0:337)或GGGGSGGGS(SEQIDN0:338)。
[0026] 在每个或任何上文或下文提到的实施方案的一些实施方案中，超长CDR3包含 X1X2X3X4X5Xn基序，其中X1是苏氨酸（T)、甘氨酸（G)、丙氨酸（A)、丝氨酸（S)或缬氨酸（V)， 其中&是丝氨酸（S)、苏氨酸（T)、脯氨酸（P)、异亮氨酸（I)、丙氨酸（A)、缬氨酸（V)或天 冬酰胺（N)，其中&是缬氨酸（V)、丙氨酸（A)、苏氨酸（T)或天冬氨酸（D)，其中X4是组氨 酸（H)、苏氨酸（T)、精氨酸（R)、酪氨酸（Y)、苯丙氨酸（F)或亮氨酸（L)，其中&是谷氨酰 胺（Q)，且其中η是27-54。
[0027] 在每个或任何上文或下文提到的实施方案的一些实施方案中，X1X2X3X4X5基序是 TTVHQ(SEQIDΝ0:159)或TSVHQ(SEQIDΝ0:160)。
[0028] 在每个或任何上文或下文提到的实施方案的一些实施方案中，超长CDR3进一步 包含（XaXb)z基序，其中Xa是任何氨基酸残基，Xb是选自包含酪氨酸（Υ)、丙氨酸（F)、色氨 酸（W)和组氨酸（H)的组的芳香族氨基酸，且其中ζ是1-4。
[0029] 在每个或任何上文或下文提到的实施方案的一些实施方案中，（XaXb)z基序是 YXYXYX。
[0030] 在每个或任何上文或下文提到的实施方案的一些实施方案中，超长CDR3包含 X1X2X3X4X5Xn(XaXb)z基序，其中X1是苏氨酸（T)、甘氨酸（G)、丙氨酸（A)、丝氨酸（S)或缬氨酸 (V) ，其中X2是丝氨酸（S)、苏氨酸（T)、脯氨酸（P)、异亮氨酸（I)、丙氨酸（A)、缬氨酸（V) 或天冬酰胺（N)，其中X3是缬氨酸（V)、丙氨酸（A)、苏氨酸（T)或天冬氨酸（D)，其中X4是 组氨酸（H)、苏氨酸（T)、精氨酸（R)、酪氨酸（Y)、苯丙氨酸（F)或亮氨酸（L)，且其中X5是 谷氨酰胺（Q)，其中Xa是任何氨基酸残基，Xb是选自包含酪氨酸（Y)、苯丙氨酸（F)、色氨酸 (W) 和组氨酸⑶，其中η是27-54且其中ζ是1-4。
[0031] 在每个或任何上文或下文提到的实施方案的一些实施方案中，X1X2X3X4X5基序是 TTVHQ(SEQIDN0:159)或TSVHQ(SEQIDN0:160)，且其中（XaXb)z基序是YXYXYX。
[0032] 在每个或任何上文或下文提到的实施方案的一些实施方案中，超长CDR3包含 TSVHQETKKYQ(SEQIDNO. 157)〇
[0033] 在每个或任何上文或下文提到的实施方案的一些实施方案中，超长CDR3包含 VHQETKKYQ(SEQIDNO:158)〇
[0034] 在每个或任何上文或下文提到的实施方案的一些实施方案中，超长CDR3包含 CTTVHQXn(SEQIDNO. 223)。
[0035] 在每个或任何上文或下文提到的实施方案的一些实施方案中，超长CDR3包含 CTSVHQXn(SEQIDNO. 223)，其中η是 1-8。
[0036] 在每个或任何上文或下文提到的实施方案的一些实施方案中，超长CDR3包含 TTVHQ(SEQIDNO. 159)〇
[0037] 在每个或任何上文或下文提到的实施方案的一些实施方案中，超长CDR3包含 TSVHQ(SEQIDNO. 160)〇
[0038] 在每个或任何上文或下文提到的实施方案的一些实施方案中，超长CDR3包含 VHQ。
[0039] 在每个或任何上文或下文提到的实施方案的一些实施方案中，超长CDR3包含 KKQ。
[0040] 在每个或任何上文或下文提到的实施方案的一些实施方案中，超长CDR3包含 VYQ。
[0041] 在每个或任何上文或下文提到的实施方案的一些实施方案中，超长CDR3包含 CX1X2X3X4Q(SEQIDN0:228)，其中X1是T、S、A或G，其中X2是T、S、A、P或I，其中X3是V或 K，且其中X4是H、K或Y。
[0042] 在每个或任何上文或下文提到的实施方案的一些实施方案中，超长CDR3包含 CXfVHQGEQID勵:230)，其中父1是1\5、六或6，且其中父2是1\5、六、？或1。
[0043] 在每个或任何上文或下文提到的实施方案的一些实施方案中，超长CDR3包含 CXiX2VX3QGEQID勵:232)，其中乂1是1\5^或6，其中乂2是1\5、六、？或1，且其中乂 3是!1、 Y或K。
[0044] 在每个或任何上文或下文提到的实施方案的一些实施方案中，超长CDR3包含 CXfKKQGEQID勵:234)，其中父1是1\5、4或6，且其中父2是1\5、六、？或1。
[0045] 在每个或任何上文或下文提到的实施方案的一些实施方案中，超长CDR3包含 YTYNYEW(SEQIDNO:235)。
[0046] 在每个或任何上文或下文提到的实施方案的一些实施方案中，超长CDR3包含 YX1YX2GEQIDNO: 296)，其中X2是E或D。
[0047] 在每个或任何上文或下文提到的实施方案的一些实施方案中，超长CDR3包含 YX1YX2Y(SEQIDNO:297) 〇
[0048] 在每个或任何上文或下文提到的实施方案的一些实施方案中，超长CDR3包含 YEX，其中X是H、W、N、F、I或Y。
[0049] 在每个或任何上文或下文提到的实施方案的一些实施方案中，超长CDR3包含 YDX，其中X是H、W、N、F、I或Y。
[0050] 在每个或任何上文或下文提到的实施方案的一些实施方案中，超长CDR3包含 XYE，其中X是T、S、N或I。
[0051] 在每个或任何上文或下文提到的实施方案的一些实施方案中，超长CDR3包含 XYD，其中X是T、S、N或I。
[0052] 在每个或任何上文或下文提到的实施方案的一些实施方案中，超长CDR3包含 Y(E/D)X1XnWKSEQIDNOS:304-305)，其中X1是H、W、N、F、I或Y，且其中η是 1-4。
[0053] 在每个或任何上文或下文提到的实施方案的一些实施方案中，抗体或其结合片段 是嵌合的、人工程化的或人源化的。
[0054] 在每个或任何上文或下文提到的实施方案的一些实施方案中，超长CDR3是反刍 动物CDR3。
[0055] 在每个或任何上文或下文提到的实施方案的一些实施方案中，反刍动物是母牛。
[0056] 本公开还提供了多核苷酸编码的抗体或其结合片段的文库，其中编码的抗体或其 结合片段包含超长⑶R3。
[0057] 在每个或任何上文或下文提到的实施方案的一些实施方案中，超长CDR3是35个 或更多个氨基酸长度、40个或更多个氨基酸长度、45个或更多个氨基酸长度、50个或更多 个氨基酸长度、55个或更多个氨基酸长度或60个或更多个氨基酸长度。
[0058] 在每个或任何上文或下文提到的实施方案的一些实施方案中，超长CDR3是35个 或更多个氨基酸长度。
[0059] 在每个或任何上文或下文提到的实施方案的一些实施方案中，超长⑶R3包含3个 或更多个半胱氨酸残基、4个或更多个半胱氨酸残基、5个或更多个半胱氨酸残基、6个或更 多个半胱氨酸残基、7个或更多个半胱氨酸残基、8个或更多个半胱氨酸残基、9个或更多个 半胱氨酸残基、10个或更多个半胱氨酸残基、11个或更多个半胱氨酸残基或12个或更多个 半胱氨酸残基。
[0060] 在每个或任何上文或下文提到的实施方案的一些实施方案中，超长⑶R3包含3个 或更多个半胱氨酸残基。
[0061] 在每个或任何上文或下文提到的实施方案的一些实施方案中，抗体或其结合片段 包含半胱氨酸基序。
[0062] 在每个或任何上文或下文提到的实施方案的一些实施方案中，半胱氨酸基序选自 包含SEQIDN0S:45-156的组。在每个或任何上文或下文提到的实施方案的一些实施方案 中，半胱氨酸基序选自包含SEQIDN0S:45-99的组。在每个或任何上文或下文提到的实施 方案的一些实施方案中，半胱氨酸基序选自包含SEQIDNOS:45-135的组。在每个或任何上 文或下文提到的实施方案的一些实施方案中，半胱氨酸基序选自包含SEQIDN0S: 100-135 的组。在每个或任何上文或下文提到的实施方案的一些实施方案中，半胱氨酸基序选自包 含SEQIDN0S: 136-156 的组。
[0063] 在每个或任何上文或下文提到的实施方案的一些实施方案中，超长CDR3包含非 人DH或其衍生物。
[0064] 在每个或任何上文或下文提到的实施方案的一些实施方案中，超长⑶R3包含JH 序列或其衍生物。
[0065] 在每个或任何上文或下文提到的实施方案的一些实施方案中，超长CDR3包含非 人VH序列或其衍生物、非人DH序列或其衍生物和/或JH序列或其衍生物。
[0066] 在每个或任何上文或下文提到的实施方案的一些实施方案中，超长⑶R3包含位 于VH序列和DH序列之间的含有2个至6个或更多个氨基酸残基的附加氨基酸序列。
[0067] 在每个或任何上文或下文提到的实施方案的一些实施方案中，超长CDR3包含非 牛序列。
[0068] 在每个或任何上文或下文提到的实施方案的一些实施方案中，非牛序列是非抗体 或人类序列。
[0069] 在每个或任何上文或下文提到的实施方案的一些实施方案中，非牛序列取代超长 ⑶R3的至少一部分。
[0070] 在每个或任何上文或下文提到的实施方案的一些实施方案中，非抗体序列是激 素、淋巴因子、白介素、趋化因子、细胞因子、毒素或其组合。
[0071] 在每个或任何上文或下文提到的实施方案的一些实施方案中，非牛序列是细胞因 子。
[0072] 在每个或任何上文或下文提到的实施方案的一些实施方案中，细胞因子是粒细胞 集落刺激因子（G-CSF)。
[0073] 在每个或任何上文或下文提到的实施方案的一些实施方案中，超长CDR3包含是 接头的附加序列。
[0074] 在每个或任何上文或下文提到的实施方案的一些实施方案中，接头与非抗体序列 的C-端、N-端或两个C-端和N-端连接。
[0075] 在每个或任何上文或下文提到的实施方案的一些实施方案中，接头是（GGGGS) n(SEQIDN0:339)，其中η是0 至 5 的整数。另外，接头是（GSG)n(SEQIDN0:342)、 GGGSGGGGS(SEQIDN0:337)或GGGGSGGGS(SEQIDN0:338)。
[0076] 在每个或任何上文或下文提到的实施方案的一些实施方案中，超长CDR3包含 X1-X2-X3-X4-X5基序，其中X1是苏氨酸（T)、甘氨酸（G)、丙氨酸（A)、丝氨酸（S)或缬氨酸 (V)，其中X2是丝氨酸（S)、苏氨酸（T)、脯氨酸（P)、异亮氨酸（I)、丙氨酸（A)、缬氨酸（V) 或天冬酰胺（N)，其中&是缬氨酸（V)、丙氨酸（A)、苏氨酸（T)或天冬氨酸（D)，其中X4是 组氨酸（H)、苏氨酸（T)、精氨酸（R)、酪氨酸（Y)、苯丙氨酸（F)或亮氨酸（L)，且其中&是 谷氨酰胺（Q)。
[0077] 在每个或任何上文或下文提到的实施方案的一些实施方案中，X1X2X3X4X5基序是 TTVHQ(SEQIDN0:159)或TSVHQ(SEQIDN0:160)。
[0078] 在每个或任何上文或下文提到的实施方案的一些实施方案中，超长CDR3进一步 包含（XaXb)z基序，其中Xa是选自包含酪氨酸（Y)、丙氨酸（F)、色氨酸（W)和组氨酸⑶的 组的芳香族氨基酸，其中Xb是任何氨基酸残基，且其中z是1-4。
[0079] 在每个或任何上文或下文提到的实施方案的一些实施方案中，（XaXb)z基序是 YXYXYX。
[0080] 在每个或任何上文或下文提到的实施方案的一些实施方案中，超长⑶R3包含X1X 2X3X4X5Xn(X6X7)z基序，其中X1是苏氨酸（T)、甘氨酸（G)、丙氨酸（A)、丝氨酸⑶或缬氨酸 (V)，其中X2是丝氨酸（S)、苏氨酸（T)、脯氨酸（P)、异亮氨酸（I)、丙氨酸（A)、缬氨酸（V)或 天冬酰胺（N)，其中X3是缬氨酸（V)、丙氨酸（A)、苏氨酸（T)或天冬氨酸（D)，其中X4是组 氨酸（H)、苏氨酸（T)、精氨酸（R)、酪氨酸（Y)、丙氨酸（F)或亮氨酸（L)，且其中X5是谷氨 酰胺（Q)，其中Xa是任何氨基酸残基，Xb是选自包含酪氨酸（Y)、苯丙氨酸（F)、色氨酸（W) 和组氨酸（H)的组的芳香族氨基酸，其中η是27-54,且其中z是1-4。
[0081] 在每个或任何上文或下文提到的实施方案的一些实施方案中，X1X2X3X4X5基序是 TTVHQ(SEQIDN0:159)或TSVHQ(SEQIDN0:160)，且其中（Xa-Xb)z基序是YXYXYX。
[0082] 在每个或任何上文或下文提到的实施方案的一些实施方案中，超长CDR3包含 TSVHQETKKYQ(SEQIDNO. 157)〇
[0083] 在每个或任何上文或下文提到的实施方案的一些实施方案中，超长CDR3包含 VHQETKKYQ(SEQIDNO:158)〇
[0084] 在每个或任何上文或下文提到的实施方案的一些实施方案中，超长CDR3包含 CTTVHQXn(SEQIDNO. 223)〇
[0085] 在每个或任何上文或下文提到的实施方案的一些实施方案中，超长CDR3包含 CTSVHQXn(SEQIDNO. 224)，其中η是 1-8。
[0086] 在每个或任何上文或下文提到的实施方案的一些实施方案中，超长CDR3包含 TTVHQ(SEQIDNO. 159)〇
[0087] 在每个或任何上文或下文提到的实施方案的一些实施方案中，超长CDR3包含 TSVHQ(SEQIDNO. 160)〇
[0088] 在每个或任何上文或下文提到的实施方案的一些实施方案中，超长CDR3包含 VHQ。
[0089] 在每个或任何上文或下文提到的实施方案的一些实施方案中，超长CDR3包含 KKQ。
[0090] 在每个或任何上文或下文提到的实施方案的一些实施方案中，超长CDR3包含 VYQ。
[0091] 在每个或任何上文或下文提到的实施方案的一些实施方案中，超长CDR3包含 CX1X2X3X4Q,其中X1是T、S、A或G，其中X2是T、S、A、P或I，其中X3是V或K，且其中X4是 H、K*Y。
[0092] 在每个或任何上文或下文提到的实施方案的一些实施方案中，超长CDR3包含 CX1X2VHQ,其中X1是T、S、A或G，且其中X2是T、S、A、P或I。
[0093] 在每个或任何上文或下文提到的实施方案的一些实施方案中，超长CDR3包含 CX1X2VX3Q,其中X1是T、S、A或G，其中X2是T、S、A、P或I，且其中X3是H、Y或K。
[0094] 在每个或任何上文或下文提到的实施方案的一些实施方案中，超长CDR3包含 CX1X2KKQ,其中X1是T、S、A或G，且其中X2是T、S、A、P或I。
[0095] 在每个或任何上文或下文提到的实施方案的一些实施方案中，超长CDR3包含 YTYNYEW(SEQIDNO:235)。
[0096] 在每个或任何上文或下文提到的实施方案的一些实施方案中，超长CDR3包含 YX1YX2,其中X2是E或D。
[0097] 在每个或任何上文或下文提到的实施方案的一些实施方案中，超长CDR3包含 YX1YX2Yo
[0098] 在每个或任何上文或下文提到的实施方案的一些实施方案中，超长CDR3包含 YEX，其中X是H、W、N、F、I或Y。
[0099] 在每个或任何上文或下文提到的实施方案的一些实施方案中，超长CDR3包含 YDX，其中X是H、W、N、F、I或Y。
[0100] 在每个或任何上文或下文提到的实施方案的一些实施方案中，超长CDR3包含 XYE，其中X是T、S、N或I。
[0101] 在每个或任何上文或下文提到的实施方案的一些实施方案中，超长CDR3包含 XYD，其中X是T、S、N或I。
[0102] 在每个或任何上文或下文提到的实施方案的一些实施方案中，超长CDR3包含 Y(EzD)X1XnW，其中Xl是H、W、N、F、I或Y，且其中η是 1-4。
[0103] 在每个或任何上文或下文提到的实施方案的一些实施方案中，抗体或其结合片段 是嵌合的、人工程化的或人源化的。
[0104] 在每个或任何上文或下文提到的实施方案的一些实施方案中，超长CDR3包含反 刍动物CDR3。
[0105] 在每个或任何上文或下文提到的实施方案的一些实施方案中，反刍动物是母牛。
[0106] 在每个或任何上文或下文提到的实施方案的一些实施方案中，抗体或其结合片段 以空间寻址的格式（spatiallyaddressedformat)存在。
[0107] 在每个或任何上文或下文提到的实施方案的一些实施方案中，多核苷酸编码的抗 体或其结合片段以空间寻址的形式存在。
[0108] 本发明还提供了包含本文公开的多核苷酸的任何文库的载体文库。
[0109] 本发明还提供了包含本文公开的载体的任何文库的宿主细胞文库。
[0110] 在每个或任何上文或下文提到的实施方案的一些实施方案中，细胞是细菌、病毒 或噬菌体。
[0111] 在每个或任何上文或下文提到的实施方案的一些实施方案中，抗体或其结合片段 在细胞表面上展示。
[0112] 在每个或任何上文或下文提到的实施方案的一些实施方案中，细胞分泌抗体或其 结合片段。
[0113] 在每个或任何上文或下文提到的实施方案的一些实施方案中，抗体或其结合片段 以空间寻址的形式出现。
[0114] 本发明还提供了包含超长CDR3的抗体或其结合片段，其中超长CDR3包含非牛序 列。
[0115] 在每个或任何上文或下文提到的实施方案的一些实施方案中，超长CDR3是35个 或更多个氨基酸长度、40个或更多个氨基酸长度、45个或更多个氨基酸长度、50个或更多 个氨基酸长度、55个或更多个氨基酸长度或60个或更多个氨基酸长度。
[0116] 在每个或任何上文或下文提到的实施方案的一些实施方案中，超长CDR3是35个 或更多个氨基酸长度。
[0117] 在每个或任何上文或下文提到的实施方案的一些实施方案中，超长CDR3包含3个 或更多个半胱氨酸残基、4个或更多个半胱氨酸残基、5个或更多个半胱氨酸残基、6个或更 多个半胱氨酸残基、7个或更多个半胱氨酸残基、8个或更多个半胱氨酸残基、9个或更多个 半胱氨酸残基、10个或更多个半胱氨酸残基、11个或更多个半胱氨酸残基或12个或更多个 半胱氨酸残基。
[0118] 在每个或任何上文或下文提到的实施方案的一些实施方案中，超长⑶R3包含3个 或更多个半胱氨酸残基。
[0119] 在每个或任何上文或下文提到的实施方案的一些实施方案中，抗体或其结合片段 包含半胱氨酸基序。
[0120] 在每个或任何上文或下文提到的实施方案的一些实施方案中，半胱氨酸基序选自 包含SEQIDN0S:45-156的组。在每个或任何上文或下文提到的实施方案的一些实施方案 中，半胱氨酸基序选自包含SEQIDN0S:45-99的组。在每个或任何上文或下文提到的实施 方案的一些实施方案中，半胱氨酸基序选自包含SEQIDNOS:45-135的组。在每个或任何上 文或下文提到的实施方案的一些实施方案中，半胱氨酸基序选自包含SEQIDN0S: 100-135 的组。在每个或任何上文或下文提到的实施方案的一些实施方案中，半胱氨酸基序选自包 含SEQIDN0S: 136-156 的组。
[0121] 在每个或任何上文或下文提到的实施方案的一些实施方案中，非牛序列是非抗体 序列或人类序列。
[0122] 在每个或任何上文或下文提到的实施方案的一些实施方案中，超长CDR3包含非 人DH或其衍生物。
[0123] 在每个或任何上文或下文提到的实施方案的一些实施方案中，超长CDR3包含JH 序列或其衍生物。
[0124] 在每个或任何上文或下文提到的实施方案的一些实施方案中，超长CDR3包含：非 人VH序列或其衍生物、非人DH序列或其衍生物和/或JH序列或其衍生物。
[0125] 在每个或任何上文或下文提到的实施方案的一些实施方案中，超长⑶R3包含位 于VH序列和DH序列之间的含有2个至6个或更多个氨基酸残基的附加氨基酸序列。
[0126] 在每个或任何上文或下文提到的实施方案的一些实施方案中，非牛序列取代超长 ⑶R3的至少一部分。
[0127] 在每个或任何上文或下文提到的实施方案的一些实施方案中，非牛序列是激素、 淋巴因子、白介素、趋化因子、细胞因子、毒素或其组合。
[0128] 在每个或任何上文或下文提到的实施方案的一些实施方案中，非牛序列是细胞因 子
[0129] 在每个或任何上文或下文提到的实施方案的一些实施方案中，细胞因子是粒细胞 集落刺激因子（G-CSF)。
[0130] 在每个或任何上文或下文提到的实施方案的一些实施方案中，抗体或其结合片段 是嵌合的、人工程化的或人源化的。
[0131] 在每个或任何上文或下文提到的实施方案的一些实施方案中，超长CDR3是反刍 动物CDR3。
[0132] 在每个或任何上文或下文提到的实施方案的一些实施方案中，反刍动物是母牛。
[0133] 本发明还提供了本文公开的多核苷酸编码的任何抗体或其结合片段。
[0134] 本发明还提供了包含本文公开的任何多核苷酸编码的抗体或其结合片段。
[0135] 本发明还提供了包含本文公开的任何载体的宿主细胞。
[0136] 在每个或任何上文或下文提到的实施方案的一些实施方案中，细胞是细菌、病毒 或噬菌体。
[0137] 在每个或任何上文或下文提到的实施方案的一些实施方案中，抗体或其结合片段 在细胞表面上展示。
[0138] 在每个或任何上文或下文提到的实施方案的一些实施方案中，细胞分泌抗体或其 结合片段。
[0139] 本发明还提供了制备包含超长CDR3或其片段的抗体或其结合片段的方法，包括： 在其中表达多核苷酸序列且产生包含超长CDR3或其片段的抗体或其结合片段的条件下， 培养包含编码本文公开的任何抗体的多核苷酸的宿主细胞。
[0140] 在每个或任何上文或下文提到的实施方案的一些实施方案中，该方法进一步包括 从宿主细胞培养回收包含超长CDR3或其片段的抗体或其结合片段。
[0141] 本发明还提供了包含本文公开的任何抗体或其结合片段的药物组合物。
[0142] 本发明还提供了治疗有需要的哺乳动物的方法，其包括向哺乳动物施用一定量的 本文公开的任何抗体。
[0143] 在每个或任何上文或下文提到的实施方案的一些实施方案中，哺乳动物是人类。
[0144] 在一些实施方案中是组合抗体或其片段，其中组合抗体或其片段的至少一部分是 基于或来源于超长⑶R3的至少一部分。
[0145] 在一些实施方案中是包含超长⑶R3序列的至少一部分和非牛序列的至少一部分 的抗体或其片段。
[0146] 在一些实施方案中是抗体或其片段，其包含：(a)第一抗体序列，其中第一抗体序 列的至少一部分是来源于超长CDR3的至少一部分；(b)非抗体序列；以及（c)任选地，第二 抗体序列，其中第二抗体序列来源于超长CDR3的至少一部分。
[0147] 本文公开的抗体可以是嵌合的、人工程化的或人源化的抗体。本文公开的抗体可 以是牛工程化的、牛源化的或全牛的抗体。本文公开的抗体可包含：Fab、scFv、dsFv、双抗 体、（dsFv)2、微抗体、柔性微抗体或双特异性片段。本文公开的抗体可以是分离的抗体。
[0148] 本文公开的抗体可进一步包含非抗体序列。非抗体序列可源自哺乳动物。该哺乳 动物可以是牛、人或非牛哺乳动物。本文公开的抗体可包含源自非牛动物的非抗体序列。非 牛动物可以是蝎子。非牛动物可以是蜥蜴。蜥蜴可以是希拉毒蜥。非抗体序列可以是来源 于生长因子。生长因子可以是GCSF、GMCSF或FGF21。GCSF可以是牛GCSF。另外，GCSF可以 是人GCSF。GMCSF和/或FGF21可以是来自人类。非抗体序列可以来源于细胞因子。细胞 因子可以是β-干扰素。非抗体序列可以来源于激素。激素可以是毒蜥外泌肽-4、GLP-1、 生长激素抑制素或红细胞生成素。GLP-I和/或红细胞生成素可以是来自人类。非抗体序列 可以是来源于毒素。毒素可以是Mokal、VM-24、齐考诺肽、氯代毒素或原毒素2 (Pr0TxII)。 非抗体序列可以是IL8、齐考诺肽、生长激素抑制素、氯代毒素、SDFl(α)或IL21。非抗体序 列可包含基于或来源于SEQIDN0S:317-332的氨基酸序列。非抗体序列可取代超长⑶R3 的至少一部分。非抗体序列可插入至超长⑶R3的序列。非抗体序列可与抗体的至少一部 分（例如，超长CDR3、可变区、重链、轻链）偶联。非抗体序列可与超长CDR3、接头、切割位 点、非牛序列、非超长CDR3抗体序列或其组合连接。非抗体序列可与超长CDR3、接头、切割 位点、非牛序列、非超长CDR3抗体序列或其组合毗邻。
[0149] 本文公开的抗体可包含基于或来源于母牛超长CDR3的超长CDR3。本文公开的抗 体的至少一部分可源自哺乳动物。本文公开的抗体的第一抗体序列的至少一部分和/或第 二抗体序列的至少一部分可源自哺乳动物。哺乳动物可以是牛、人或非牛哺乳动物。
[0150] 本文公开的抗体可包含3个或更多个氨基酸长度。本文公开的抗体可包含基于或 来源于超长CDR3的序列。本文公开的抗体可包含基于或来源于超长CDR3的茎结构域的1 个或多个氨基酸残基。本文公开的抗体可包含基于或来源于超长CDR3的隆突结构域的1 个或多个氨基酸残基。
[0151] 本文公开的抗体的至少一部分可基于或来源于本文公开的超长⑶R3的至少一部 分。基于或来源于超长CDR3的至少一部分的部分抗体可以是20个或更少个氨基酸长度。 基于或来源于超长CDR3的至少一部分的部分抗体可以是3个或更多个氨基酸长度。
[0152] 本文公开的抗体可包含来源于超长CDR3的茎结构域的1个或多个保守基序。来 源于超长CDR3的茎结构域的1个或多个保守基序可包含本文公开的任何茎结构域保守基 序。
[0153] 本文公开的部分超长⑶R3可包含超长⑶R3的茎结构域的至少一部分、超长⑶R3 的隆突结构域的至少一部分或其组合。
[0154] 本文公开的抗体可包含选自SEQIDN0S: 157-307和SEQIDN0S: 333-336中任一 个的序列。本文公开的抗体可包含与选自SEQIDN0S: 157-224和235-295中任一个的序 列具有50%或更1?同源的序列。
[0155] 部分本文公开的任何抗体可基于或来源于超长CDR3序列的至少一部分。部分本 文公开的抗体可基于或来源于两个或更多个不同超长CDR3序列的至少一部分。
[0156] 在本文公开的任何实施方案中，部分超长CDR3基于或来源于BLV1H12超长CDR3 序列。部分超长〇01?3可基于或来源于与^^1!112超长001?3序列具有50(%或更高同源的序 列。部分超长CDR3可基于或来源于BLV5B8、BLVCV1、BLVOT3、BLV8C11、BFlHl或F18超长 CDR3序列。部分超长CDR3可基于或来源于与BLV5B8、BLVCV1、BLV?3、BLV8C11、BF1H1或 F18超长⑶R3序列具有50%或更高同源的序列。
[0157] 本文公开的抗体可包含含有3个或更多个氨基酸长度的第一和/或第二抗体序 列。来源于超长⑶R3的至少一部分的部分第一抗体序列和/或来源于超长⑶R3的至少一 部分的部分第二抗体序列可以是20个或更少氨基酸长度。来源于超长CDR3的至少一部分 的部分第一抗体序列和/或来源于超长CDR3的至少一部分的第二抗体序列可以是3个或 更多个氨基酸长度。
[0158] 在本文公开的任何实施方案中，第一和/或第二抗体序列包含基于或来源于超长 CDR3的茎结构域的一个或多个氨基酸残基。第一和/或第二抗体序列可包含基于或来源于 超长CDR3的隆突结构域的一个或多个氨基酸残基。来源于超长CDR3的隆突结构域的一个 或多个氨基酸残基可以是丝氨酸和/或半胱氨酸残基。第一和/或第二抗体序列可包含来 源于超长CDR3的茎结构域的一个或多个保守基序。来源于超长CDR3的茎结构域的一个或 多个保守基序可包含选自任一SEQIDN0S:157-307和SEQIDN0S:333-336的序列。
[0159] 在本文公开的任何实施方案中，来源于超长CDR3的至少一部分的第一抗体序列 的部分和/或来源于超长CDR3的至少一部分的第二抗体序列的部分包含选自任一SEQID N0S:157-307和SEQIDN0S:333-336的序列。来源于超长CDR3的至少一部分的第一抗体 序列的部分和/或来源于超长CDR3的至少一部分的第二抗体序列的部分可包含与选自任 一SEQIDN0S: 157-224和235-295的序列具有50%或更高同源的序列。来源于超长CDR3 的至少一部分的部分第一抗体序列可包含选自任一SEQIDN0S: 157-234的序列。来源于 超长⑶R3的至少一部分的部分第一抗体序列可包含与选自任一SEQIDNOS:157-224序列 具有50%或更商同源的序列。
[0160] 在本文公开的任何实施方案中，来源于超长CDR3的至少一部分的部分第二抗体 序列包含选自任一SEQIDNOS:235-307和SEQIDNOS:333-336的序列。来源于超长CDR3 的至少一部分的部分第二抗体序列可包含可与选自任一SEQIDN0S:235-295的序列具有 50%或更高同源的序列。来源于超长CDR3的至少一部分的部分第一抗体序列和/或来源 于超长CDR3的至少一部分的第二抗体序列可来源于相同的超长CDR3序列。
[0161] 在本文公开的任何实施方案中，来源于超长CDR3的至少一部分的部分第一抗体 序列和/或来源于超长CDR3的至少一部分的第二抗体序列是由两个或更多个不同超长 CDR3序列衍生。第一和/或第二抗体序列的部分超长CDR3可基于或来源于BLV1H12超长 CDR3序列。第一和/或第二抗体序列的部分超长CDR3可基于或来源于与BLV1H12超长 CDR3序列具有50%或更高同源的序列。第一和/或第二抗体序列的部分超长CDR3可基于 或来源于BLV5B8、BLVCV1、BLVOT3、BLV8C11、BFlHl或F18 超长CDR3 序列。第一和 / 或第 二抗体序列的部分超长CDR3可基于或来源于与BLV5B8、BLVCV1、BLVOT3、BLV8C11、BFlHl 或F18超长⑶R3序列具有50 %或更高同源的序列。
[0162] 在本文公开的任何实施方案中，超长CDR3基于或来源于具有35个或更多个氨基 酸长度的超长CDR3。超长CDR3可基于或来源于包含3个或更多个半胱氨酸残基的超长CDR3。
[0163] 在本文公开的任何实施方案中，超长CDR3基于或来源于可包含一个或多个半胱 氨酸基序的超长⑶R3。一个或多个半胱氨酸基序可选自包含SEQIDN0S:45-156的组。在 每个或任何上文或下文提到的实施方案的一些实施方案中，半胱氨酸基序选自包含SEQID NOS: 45-99的组。在每个或任何上文或下文提到的实施方案的一些实施方案中，半胱氨酸基 序选自包含SEQIDN0S:45-135的组。在每个或任何上文或下文提到的实施方案的一些实 施方案中，半胱氨酸基序选自包含SEQIDN0S: 100-135的组。在每个或任何上文或下文提 到的实施方案的一些实施方案中，半胱氨酸基序选自包含SEQIDN0S: 136-156的组。
[0164] 本文公开的抗体可基于或来源于具有35个或更多个氨基酸长度的超长CDR3。本 文公开的抗体可基于或来源于包含3个或更多个半胱氨酸残基的超长CDR3。本文公开的抗 体可基于或来源于包含1个或多个半胱氨酸基序的超长CDR3。
[0165] 本文公开的抗体可包含具有35个或更多个氨基酸长度的超长CDR3。本文公开的 抗体可包含含有3个或更多个半胱氨酸残基的超长CDR3。本文公开的抗体可包含含有一个 或多个半胱氨酸基序的超长CDR3。
[0166] 在本文公开的任何实施方案中，超长⑶R3可以是重链⑶R3。超长⑶R3可包含来 源于或基于非人DH序列的氨基酸序列。超长CDR3可包含来源于或基于JH序列的氨基酸 序列。超长CDR3可包含来源于或基于非人VH序列的氨基酸序列、来源于或基于非人DH序 列的氨基酸序列和/或来源于或基于JH序列的氨基酸序列。超长CDR3可包含位于在VH 衍生的氨基酸序列和DH衍生的氨基酸序列间的含有至少约2个氨基酸残基的附加氨基酸 序列。
[0167] 本文公开的任何抗体可包含基于或来源于选自SEQIDN0S: 24-44的序列的序列、 编码基于或来源于SEQIDNOS:2-22的DNA的DNA序列的抗体或其结合片段。本文公开的 任何抗体可包含基于或来源于选自SEQIDN0:23的序列的序列，该抗体或其结合片段由基 于或来源于SEQIDNO: 1的DNA的DNA序列编码。
[0168] 本文公开的任何超长⑶R3可包含基于或来源于选自SEQIDN0S: 24-44的序列的 序列。本文公开的任何抗体可包含基于或来源于选自SEQIDN0:23的序列的序列。本文 公开的任何超长CDR3可由来源于或基于SEQIDN0S: 2-22的DNA序列进行编码。本文公 开的任何抗体可包含：由来源于或基于SEQIDNO: 1的DNA序列编码的部分。
[0169] 本文公开的任何抗体可包含一个或多个接头。本文公开的任何抗体可包含第一接 头序列。本文公开的任何抗体可包含第二接头序列。第一和第二接头序列可包含相同序列。 第一和第二接头序列可包含不同的序列。第一和第二接头序列可以是相同的长度。第一和 /或第二接头序列可以是不同的长度。第一和/或第二接头序列可以是3个或更多个氨基 酸长度。
[0170] 第一和/或第二接头序列可将非抗体序列连接到基于或来源于超长CDR3的部分 的部分。第一和/或第二连接序列可将非抗体序列连接到第一抗体徐列。第一和/或第二 接头序列可将非抗体序列连接到第二抗体序列。第一和/或第二接头序列可与非抗体序 列、超长CDR3序列的部分、切割位点序列、非牛序列、抗体序列或其组合毗邻。
[0171] 第一和/或第二接头序列可包含一个或多个甘氨酸残基。第一和/或第二接头序 列可包含两个或多个连续的甘氨酸残基。第一和/或第二接头序列可包含一个或多个丝氨 酸残基。第一和/或第二接头序列可包含一个或多个极性氨基酸残基。一个或多个极性氨 基酸残基可选自丝氨酸、苏氨酸、天冬酰胺或谷氨酰胺。极性氨基酸残基可包含不带电荷的 侧链。第一和/或第二接头序列可包含（GGGGS)J^^l」，其中η= 1至5 ;GGGSGGGGS序列； GGGGSGGGS序列；(GSG)n序列，其中η> 1 ;或其组合。
[0172] 本文公开的任何抗体可包含一个或多个切割位点。该一个或多个切割位点可包含 蛋白酶的识别位点。蛋白酶可以是Xa或凝血酶因子。一个或多个切割位点可包含IEGR的 氨基酸序列。
[0173] 一个或多个切割位点可在第一抗体序列和非抗体序列之间。一个或多个切割位点 可在一个或多个接头和非抗体序列之间。一个或多个切割位点可在第一抗体序列和一个或 多个接头之间。一个或多个切割位点可在第二抗体序列和一个或多个接头之间。一个或多 个切割位点可与非抗体序列、超长CDR3序列的一部分、接头序列、抗体序列或其组合毗邻。
[0174] 在一些实施方案中是抗体或其结合片段的文库，其中抗体或其片段可包含超长 CDR3。
[0175] 在一些实施方案中是抗体或其结合片段的文库，其中抗体或其结合片段可包含本 文公开的任何抗体。
[0176] 在一些实施方案中是包含多个多核苷酸的核酸文库，所述多核苷酸含有编码抗体 或其结合片段的序列，其中抗体或其结合片段可包含超长CDR3。
[0177] 在一些实施方案中是包含多个多核苷酸的核酸文库，所述多核苷酸含有编码抗体 或其结合片段的序列，其中抗体或其结合片段可包含本文公开的任何抗体。
[0178] 在一些实施方案中是包含编码可变区的核酸序列的多核苷酸，其中可变区可包含 超长CDR3。
[0179] 在一些实施方案中是包含多核苷酸的载体，其中该多核苷酸包含编码可变区的核 酸序列，其中可变区可包含超长⑶R3。
[0180] 在一些实施方案中是包含多核苷酸的宿主细胞，其中该多核苷酸包含编码可变区 的核酸序列，其中该可变区可包含超长CDR3。
[0181] 在一些实施方案中是包含核酸序列的多核苷酸，该核酸序列编码本文公开的任何 抗体的所述抗体或其结合片段。
[0182] 在一些实施方案中是包含多核苷酸的载体，其中该多核苷酸包含核酸序列，所述 核酸序列编码本文公开的任何抗体的所述抗体和其结合片段。
[0183] 在一些实施方案中是包含多核苷酸的宿主细胞，其中该多核苷酸包含核酸序列， 该核酸序列编码本文公开的任何抗体的所述抗体或其结合片段。
[0184] 在一些实施方案中是生产包含超长CDR3或其片段的抗体或其结合片段的方法， 包括在其中可表达多核苷酸序列和可产生包含超长⑶R3或其片段的抗体或其结合片段的 条件下，培养包含多核苷酸的宿主细胞，其中多核苷酸可包含核酸序列，该核酸序列编码本 文公开的任何抗体的所述抗体或其结合片段。该方法可包括从宿主细胞培养回收包含超长 CDR3或其片段的抗体或其结合片段。
[0185] 在一些实施方案中是包含本文公开的任何抗体的药物组合物。药物组合物可包含 两个或更多个抗体，其中两个或更多个抗体中的至少一个包含超长CDR3的至少一部分。
[0186] 在一些实施方案中是药物组合物，该药物组合物包含：(a)包含基于或来源于超 长CDR3的至少一部分的序列的抗体或其片段；以及（b)药学上可接受的斌形剂。
[0187] 在一些实施方案中是在有需要的受试者中治疗疾病或状况的方法，该方法包括： 向哺乳动物施用治疗有效剂量的本文公开的任何抗体。在一些情况下，本文公开的抗体 包含超长⑶R3序列和非抗体序列。在一些情况下，非抗体序列选自包含Mokal、Vm24、人 GLP-1、毒蜥外泌肽-4、β-干扰素、人ΕΡ0、人FGF21、人GM-CSF、人干扰素-β、牛GCSF、人 GCSF、beIL8、齐考诺肽、生长激素抑制素、氯代毒素、SDFl(a)、IL21以及其衍生物或变体。 非抗体序列可包含基于或来源于任何SEQIDN0S:317-332的氨基酸序列。
[0188] 疾病或状况可选自包含自身免疫性疾病、异种免疫疾病或状况、炎性疾病、病原性 感染、血栓栓塞性障碍、呼吸道疾病或状况、代谢性疾病、中枢神经系统（CNS)障碍、骨疾 病、癌症、血液疾病、肥胖症、糖尿病、骨质疏松症、贫血或疼痛的组。
[0189] 疾病或状况可受益于离子通道的调制。离子通道可选自包含钾离子通道、钠离子 通道或酸敏感离子通道的组。离子通道可选自包含KvL3离子通道、NavL7离子通道和酸 敏感离子通道（ASIC)的组。
[0190] 疾病或状况可受益于受体的调制。受体可选自包含 FGF21R、CSFR、GMCSFR、IL8R、IL21R和GCSFR的组。
[0191] 疾病或状况可以是乳腺炎。
[0192] 受试者可以是哺乳动物。该哺乳动物可以是牛或人。
[0193] 在一些实施方案中是基于或来源于本文公开的抗体的晶体。该晶体可具有PZPj1 空间群。在一些情况下，晶体具有介于约40埃至80埃、介于45埃至约75埃或介于约50 埃至约75埃的晶胞参数"a"，介于约40埃至140埃、介于约50埃至约130埃、介于约55埃 至约130埃的晶胞参数"b"以及介于100埃至约350埃、介于120埃至约340埃或介于约 125埃至约330埃的晶胞参数"c"。晶体可包含牛抗体或其部分。晶体可包含基于或来源 于牛抗体的Fab片段。晶体可以是分离的晶体。
[0194] 在一些实施方案中是包含含有SEQIDNO: 24和SEQIDNO: 23的牛抗体Fab片段 的分离的晶体，其中晶体具有P2PA空间群以及a= 71. 4埃、b= 127. 6埃和c= 127.9 埃的晶胞参数。
[0195] 在一些实施方案中是包含含有SEQIDNO: 340和SEQIDNO: 341的牛抗体Fab片 段的分离的晶体，其中晶体具有PZPj1空间群以及a= 54. 6埃、b= 53. 7埃和C= 330. 5 埃的晶胞参数。
[0196] 在利用包含超长CDR3的抗体的任何或全部上文或下文的发明或实施方案中，包 含超长CDR3的任何抗体可以进行使用，例如包括任何含有超长CDR3的上述抗体。

【专利附图】

【附图说明】
[0197] 本公开的上述内容以及下列详细描述，结合附图阅读时将更好的被理解。用于说 明本发明的目的，图中所示的是目前优选的实施方案。然而应当理解：本发明并不限于所示 的确切的安排、实施例和手段。
[0198] 图IA到图IC显示了牛抗体中的新结构域的鉴定。图IA示出了⑶R3长度在鼠、人 和牛所有组成成分间的比较。在牛重链中独特地发现了 60个氨基酸以上的超长亚群。图 IB示出了来自文献的鼠（mu)、人（hu)或牛序列的代表性CDRH3序列以及从我方深度测序 得到的6种牛序列（B-Sl至B-S4和B-Ll以及B-L2)。定义所有抗体可变区的⑶RH3边界 的构架3的保守半胱氨酸和构架4的色氨酸用灰色着色以供参考。CDRH3的长度在右侧显 示。鼠抗体包括D44. 1、抗-HEL抗体、93F3、醛缩酶以及针对人⑶3的治疗性抗体0KT3。这些 抗体因在⑶R3H3中具有游离半胱氨酸而不同寻常。人抗体包括Yvo、冷沉球蛋白、CR6261、 抗A型流感血凝素以及具有最长的人CDRΗ3之一的抗-HIV抗体PG9。牛抗体表现了文献 中的超长序列和进行比较的短序列。BLV5B8和BLV1H12 (粗体显示）用于我们的结构测定 中。相对保守TTVHQ和CPDG基序是粗体。图IC示出：与具有"标准"⑶RΗ3 (右）的93F3 相比较，FabBLVlH12(左）和BLV5B8(中）Fab的晶体结构。一条超长的、两个β链的茎从 各个牛Vh免疫球蛋白结构域中伸出并在异常的三个二硫键连接的隆突结构域处终止。
[0199] 图2Α到图2C显示了超长牛抗体的结构多样性。图2Α示出：两个隆突结构的比较 以二硫键的模式显示差异。除隆突和其二硫键模式的二维表示外，示出了BLV1H12(左）和 BLV5H8(右）的隆突的近距离视图。对二硫键进行编号并圈出。在下方示出了球形区域的 序列，并且在具有DH2种系基因段的保守半胱氨酸下划线。在各个序列的上方表明二硫键 模式。图2B示出：BLV1H12和BLV5B8的可变区的叠加在除上部的茎和隆突外的可变区中 显示结构同源，并明显趋异化。图2C示出：BLV1H12(左）和BLV5B8(右）的表面和电荷密 度的表示在球形区域中显示不同的形状和电荷。
[0200] 图3A到图3C显示了对超长抗体的形成的遗传基础。图3A示出超长抗体中使用 的种系可变区VhBUL的鉴定。前导序列是浅灰色，编码序列用上方的氨基酸翻译来表明，内 含子是斜体以及独特的TTVHQ延伸是粗体，该独特的TTVHQ延伸形成茎的上升链的一部分。 在重组信号序列七聚物和九聚物下划线。图3B示出=VhBUL区在21号染色体上发现。局部 牛细胞中期扩展（左）和放大的第21号染色体（右上）通过具有318H2和14-74H6的BAC 克隆的双色FISH示出VhBUL区在BTA21q24中的位置。对BTA21的国际命名在底部写出。 图3C示出：优选地在超长抗体中使用的描述为VhBUUDH2和VaIx的牛免疫球蛋白基因座 示意图。V(D)J重组过程装配基因段以形成功能性超长重和轻链基因。（左下）将V-D-J 区定位到BLVlH12Fab结构。VhBUL因编码⑶RHl和⑶RH2残基以及TTVHQ基序而独特， 所述⑶RHl和⑶RH2残基与茎相互作用，所述TTVHQ基序引发上升β-链。同样，VaIx轻 链编码与茎相互作用的⑶RLl和⑶RL2残基。箭头表明潜在的连接多样性区域。相对较 长的V-D插入物用紫色表明。还不清楚这些序列是否由N-添加、基因转变或另一种机理产 生。（右下）详细描述了⑶RHl、H2、L1和L2与茎的相互作用以及上升链的YxYxY基序的 位置。
[0201] 图4A到图4C描述了牛超长VhCDRH3的深度序列多样性。图4A示出在IgM和IgG 的牛超长CDRH3中的半胱氨酸数目分布。图4B示出超长CDR3的长度分布。要注意的是： 在免疫应答期间选定的任何给定长度的克隆序列可偏离比例。图4C示出超长牛VhCDRH3 的代表性序列。示出了VhBUL区的末端部分以及在V-D连接、DH2和Jh (顶部）的连接多样 性。示出BLVH12和BLV5B8的序列以进行比较，随后示出20个超长⑶RH3序列（底部） 在由DH2保守的半胱氨酸下划线。定义所有抗体可变区的CDRH3边界的保守半胱氨酸和 色氨酸用灰色突出显示以供参考。在CPDG基序下标灰色划线，编码YxYxY基序的上升链区 标灰色下划线。
[0202] 图5A到图5C示出：半胱氨酸的突变有助于超长⑶RH3多样性。图5A示出：超长 CDRH3深层序列的共有区与DH2比对。三次深度测序运行的共有序列（来自两头牛）进行 确定并与彼此以及DH2比对。除一些插入物/缺失区外，共有区比对完好。因此，无论一个 Dh基因还是高度相关的基因都产生超长CDRH3抗体的序列多样性。图5B示出：DH2基因区 域分析显示可很容易地突变成半胱氨酸的残基，包括SH热点。上边是核苷酸序列且下边是 翻译的氨基酸序列。由用于SH和/或基因转变的AID识别的RGYW热点框出。在（B)中位 置 3、15、19、21、25、27、31、33、39、43、45、49、51、57、60、64、73、75、79、81、84、88、90、93、97、 102、106、112、117、121、123、127、129、133、139和145处的核苷酸可在一个突变中变异成编 码半胱氨酸的密码子。图5C示出亲和成熟组，显示向半胱氨酸的突变或由半胱氨酸的的突 变。鉴定几组克隆相关的序列并针对体细胞高频突变对其进行分析。三个组作为实例（左 侧标有1至3)示出。来自半胱氨酸的序列差异用灰色突出显示。右侧示出各个序列在簇 中的代表次数。
[0203] 图6A到图6D示出：具有超长⑶RH3的牛抗体结合抗原。图6A示出用于鉴定抗 原-特异性、超长CDRH3抗体的免疫实验方案。分离，通过RTPCR对重链可变区mRNA进 行分离、扩增并与变体轻链配对以产生在HEK239细胞中生成的IgG的小文库。图6示出： 132个超长⑶RH3抗体针对BVDV的ELISA(左图）和在滴定试验中B8、B9和H12 "点击" 的结合活性（右图）。图6C示出：B8、H9和H12相较于BLV1H12和DH2种系区域的序列。 右侧是鉴定的CDRH3的长度。在由DH2保守的半胱氨酸下划线。图6D示出细胞中H12结 合NS2-3。标贴flag的BVDVNS2-3蛋白质构建体转染至HEK293A细胞并用作为阳性对照 的抗-Flag(左）、H12抗体（中间）和B8 (右）进行着色。未转染的细胞的结合试验在底 部示出。
[0204] 图7A到图7B描述了在新的minifold中的超长CDRH3多样化的模式。图7A示 出：左侧图示具有4个半胱氨酸的DH2隆突的示意图，右侧图示由SH和基因转变生成多个 新半胱氨酸模式和新环。图7B示出产生抗体多样性的机理。在人类和小鼠（左）中，通过 V⑶J组合和Vh-'配对的组合多样性产生了多个不同的结合位点，该结合位点在抗原暴露 后由体细胞高频突变进一步优化。在牛（右）中，严格限制结合多样性；突变成或始自半胱 氨酸的体细胞突变可重塑"球形"区域，在超长⑶RH3中产生大量结构多样性。这些抗体 可通过SH进一步优化并可与独特的靶标（诸如孔或通道）结合。
[0205] 图8A到图8J描述的方案示出：将牛G-CSF与牛BLV1H12抗体的重链区的隆突结构 域连接进而设计本文公开的免疫球蛋白构建体。图8A示出牛BLV1H12抗体的重链区和轻链 区的带状图。盒装区突出显示包含茎和隆突结构域的超长CDR3的延伸区。图8B示出：生 长因子（例如，牛G-CSF)的带状图，该生长因子插入或替换牛BLV1H12抗体的重链区的隆 突结构域的一部分。图8C示出：毒素（例如，Mokal、VM-24)的带状图，该毒素插入或替换 牛BLV1H12抗体的重链区的隆突结构域的一部分。图8D示出：受体配体（例如，GLP-1、毒 蜥外泌肽-4)的带状图，该受体配体插入或替换牛BLV1H12抗体的重链区的隆突结构域的 一部分。图8E示出：激素（例如，红细胞生成素）的带状图，该激素插入或替换牛BLV1H12 抗体的重链区的隆突结构域的一部分。图8F示出：动画描述了牛BLV1H12抗体的重链区和 轻链区。图8G示出：生长因子（例如，牛G-CSF)的动画，该生长因子插入或替换牛BLV1H12 抗体的重链区的隆突结构域的一部分。图8H示出：毒素（例如，Mokal、VM-24)的动画，该毒 素插入或替换牛BLV1H12抗体的重链区的隆突结构域的一部分。图81示出：受体配体（例 如，GLP-1、毒蜥外泌肽-4)的动画，该受体配体插入或替换牛BLV1H12抗体的重链区的隆突 结构域的一部分。左侧展板示出：受体配体的两个末端，该受体配体插入或替换牛BLV1H12 抗体的重链区的隆突结构域的一部分。右侧展板示出：受体配体的N-端，该受体配体在用 蛋白酶治疗后从隆突结构域释放。图8J示出激素（例如，红细胞生成素）的动画，该激素 插入或替换牛BLV1H12抗体的重链区的隆突结构域的一部分。生长因子、毒素、受体配体和 激素可通过GGGGS(Ab-肽LI)或GGGSGGGGS和GGGGSGGGS(Ab-肽L2)序列的多肽接头进行 连接。未通过接头进行连接的另一构建体（Ab-肽LO)未在本动画中示出。
[0206] 图9A到图9E呈现对于Ab-bGCSF融合蛋白的说明性鼠NFS-60细胞增殖活性。图 9A到9B分别描述了牛G-CSF和人G-CSF的增殖活性。图9C描述了无G-CSF时，对于牛 BLV1H12抗体的增值活性的缺乏。图9D描述了无接头（Ab-bGCSFL0)时，插入至或替换隆 突结构域一部分的牛G-CSF的增殖活性。图9E描述了通过GGGGS(Ab-bGCSFLI)序列的多 肽接头时，插入至或替换隆突结构域一部分的牛G-CSF的增殖活性。
[0207] 图IOA至图IOE呈现了Ab-GCSF融合蛋白的人粒细胞先祖细胞增殖活性。图IOA 至图IOB分别描述了牛G-CSF和人G-CSF的增殖活性。图IOC描述了无G-CSF时，对于牛 BLV1H12抗体（Ab)缺乏增殖活性。图IOD描述了无接头（Ab-bGCSFL0)时，插入至或替换 隆突结构域一部分的牛G-CSF的增殖活性。图IOE描述了通过GGGGS(Ab-bGCSFLI)序列 的多肽接头的所述连接，插入至或替换隆突结构域一部分的牛G-CSF的增殖活性。
[0208] 图IlA至图IlB描述了小鼠的Ab-bGCSF融合蛋白的药代动力学。
[0209] 图12A至图12B提供了在小鼠嗜中性粒细胞中Ab-bGCSF融合蛋白的增殖活性，该 小鼠嗜中性粒细胞是血着色的并在注射后第10天计数。
[0210] 图13A至图13C显示在毕赤酵母中Ab-bGCSF融合蛋白的表达和纯化。图13A示 出：对于本文提供的免疫球蛋白构建体的毕赤酵母表达载体的示意图。图13B提供了免疫 球蛋白构建体Ab-bGCSFLO和Ab-bGCSFLl的表达诱导后的Western印迹。图13C提供了 在0-70μg每IOOmL培养液的产率下，在毕赤酵母中表达的纯化的Ab-bGCSFLO和Ab-bGCSF LI的SDS-PAGE凝胶。
[0211] 图14A至图14C示出了在游离式HEK293细胞中用于表达免疫球蛋白构建体的载 体。图14A提供了在游离式HEK293细胞中用于表达的Ab-bGCSFLO重链的载体。图14B 提供了在游离式HEK293细胞中用于表达的Ab-bGCSFLl重链的载体。图14C提供了在游 离式HEK293细胞中用于表达的Ab-bGCSF轻链的载体。
[0212] 图15A示出纯化的抗体融合的SDS-PAGE凝胶。图15A示出来自HEK293细胞的纯 化的Ab-bGCSFLO和Ab-bGCSFLl蛋白质的SDS-PAGE凝胶。图15B提供了包含连接至原 毒素2两末端的GGGGS接头的免疫球蛋白构建体Ab-原毒素2的SDSPAGE。
[0213] 图16A至图16B提供了Ab-MokalLO(无接头）和Ab-MokalLl(有接头）免疫球蛋 白构建体的SDSPAGE和活性。图16A提供了Ab-MokalLO和Ab-MokalLl免疫球蛋白融合 蛋白的SDSPAGE。图16B提供了关于T细胞活化的BLVlH12-Mokal融合蛋白抑制活性。
[0214] 图17提供了在人外周血单核细胞（PBMC)中BLVlH12_Mokal融合蛋白抑制活性。
[0215]图 18A至图 18C提供了Ab-VM24L1(GGGGS接头）和Ab-VM24L2(GGGSGGGGS和 GGGGSGGGS接头）免疫球蛋白构建体的SDSPAGE和活性。图18A提供了Ab-VM24L1 和Ab-VM24L2免疫球蛋白融合蛋白的SDSPAGE。图18B提供了关于T细胞活性的BLV1H12-VM24L1融合蛋白抑制活性。图18C提供了关于T细胞活性的BLV1H12-VM24L2融 合蛋白抑制活性。
[0216] 图19提供了Ab-GLP-I和Ab-毒蜥外泌肽-4免疫球蛋白构建体的SDSPAGE。
[0217] 图20提供了在HEK293细胞表达GLP-I受体中Ab-GLP-I和Ab-毒蜥外泌肽-4 的活性。
[0218] 图21提供了TFl细胞中的Ab-hEPO融合蛋白的增殖活性。
[0219] 图22A至图22C描述了超长⑶R3序列。（顶部）从VHBUL、DH2和JH种系的翻译。 文献报道的5个全长超长CDRH3包含4个到8个半胱氨酸并彼此不高度同源；然而当这些 ⑶RH3的第一半胱氨酸在比对前"固定"时，可见用0#保守的一些半胱氨酸残基。七个序 列（BLV1H12、BLVOT3、BLV8C11和BF4E9)中的4个序列如DH2 -样在相同的位置包含4个 半胱氨酸，但也具有附加半胱氨酸。81^588与0112种系一样具有两个半胱氨酸。与一些半 胱氨酸保留具有的限定的同源提示DH2的突变可产生这些序列。第一组包含鉴定的最长的 CDRH3并显示克隆相关性。*表明重复出现167次的序列，暗示其是根据功能严格选定的。 许多8个半胱氨酸序列根据功能选定因它们重复多次，在宽括号中表明。其他各种长度的 代表性序列在最后一组中表明。在定义CDRH3边界的构架半胱氨酸和色氨酸残基下划双 下划线。在表2A-C中列出的BLV1H12至UL-77序列（最左侧列）分割成4部分进行描述 以鉴定有某些种系序列衍生的氨基酸残基片段。从左向右移动，第一部分是由％种系衍生 并在整个公开内容中用X1X2X3X4X5基序代表。第二部分是在整个公开内容中设计为父"残基 的一系列间隔区的氨基酸残基。第三部分是由种系DH2区衍生的一系列氨基酸残基以及第 四部分是由种系JhI区衍生的一系列氨基酸残基。 具体实施方案
[0220] 本文公开了抗体及其片段。通常，抗体及其片段包含超长⑶R3的至少一部分。超 长CDR3的一部分可来源于或基于超长CDR3序列。超长CDR3的一部分可基于或来源于超长 ⑶R3序列的茎结构域。另外或此外，超长⑶R3的一部分可基于或来源于超长⑶R3序列的 隆突结构域。抗体或其片段可进一步包含一个或多个治疗性多肽。治疗性多肽可插入至超 长CDR3的一部分。治疗性多肽可替代超长CDR3的一部分的氨基酸序列中的一个或多个氨 基酸残基。治疗性多肽可替代超长CDR3的一部分的核酸序列中的一个或多个核苷酸。另 夕卜，治疗性多肽可与超长CDR3的一部分偶联或连接。本文公开的抗体及其片段进一步包含 切割位点。本文公开的抗体及其片段的一部分可基于或来源于产生超长CDR3的不同动物 或种类的抗体序列。例如超长CDR3可基于或来源于牛抗体序列，且抗体序列的附加或其他 部分可基于或来源于非牛抗体序列。本文描述了抗体或其片段的进一步细节。 轺长CDR3蛋白质
[0221] 本发明提供了包含超长CDR3序列或其部分的抗体或免疫球蛋白构建体。
[0222] 在一个实施方案中，本发明提供了包含超长⑶R3的抗体。超长⑶R3可以是35个 或更多个氨基酸长度（例如，40个或更多个、45个或更多个、50个或更多个、55个或或更多 个、60个或更多个）。超长⑶R3可包含⑶R3的隆突结构域的至少一部分、⑶R3的茎结构 域的至少一部分或其组合。⑶R3的隆突结构域的一部分可包含来源于超长⑶R3的隆突结 构域的一个或多个保守基序。CDR3的茎结构域的一部分可包含来源于超长CDR3的茎结构 域的一个或多个保守基序。此类抗体可包含在超长CDR3内的至少3个或更多个半胱氨酸 残基（例如，4个或更多个、6个或更多个、8个或更多个）。抗体可包含一个或多个半胱氨 酸基序。抗体可包含在超长CDR3内的非抗体序列。另外或此外，抗体包含非牛序列。非牛 序列可与超长⑶R3序列连接。抗体可进一步包含接头。接头可包含（GGGGS)n氨基酸序列， 其中η= 1至5。另外，接头包含（GSG)n、GGGSGGGGS或GGGGSGGGS氨基酸序列。抗体可包 含在超长CDR3内的非牛序列。抗体可进一步包含抗体序列，其中该抗体序列不包含超长 CDR3序列。抗体可进一步包含抗体序列，其中抗体肽序列与超长CDR3肽序列的氨基酸序列 同一性是约40 %或更少（例如，约35 %或更少、约30 %或更少、约25 %或更少、约20 %或 更少、约15%或更少、10%或更少、约5%或更少、约3%或更少、约1 %或更少）。抗体可包 含细胞毒性药剂或治疗性多肽。细胞毒性药剂或治疗性多肽可与超长CDR3偶联。抗体可 与靶标结合。靶标可以是蛋白质靶标。该蛋白质靶标可以是横跨膜蛋白质靶标。抗体可以 包含BLV1H12和/或BLVCVl抗体的至少一部分。另外或此外，抗体包含BLV?3、BLV8C11、 BF1H1、BLV5B8和/或F18抗体的至少一部分。抗体可包含人抗体的至少一部分。抗体可 以是嵌合的、重组的、工程化的、合成的、人源化的、全人或人工程化的抗体。抗体可包含来 自两个或更多个不同抗体的抗体序列。所述两个或更多个不同抗体可以来自相同的种类。 例如，该种类可以是牛种类、人种类或鼠种类。所述两种或更多种不同抗体可以来自相同类 型的动物。例如，该两种或更多种不同抗体可以来自人。另外，两种或更多种不同抗体是来 自不同物种。例如，该两种或更多种不同抗体是来自人物种和牛物种。在另一个实例中，该 两种或更多种不同抗体可以是来自牛物种和非牛物种。在另一个实例中，该两种或更多种 不同抗体是来自人物种和非人物种。
[0223] 在另一个实施方案中，本发明提供了包含超长CDR3的抗体，其中CDR3是35个或 更多个氨基酸长度并基于或来源于非人类序列。超长CDR3序列可来源于自然产生超长 ⑶R3抗体的任何物种包括反刍动物诸如牛（奶牛）。抗体可包含BLV1H12和/或BLVCVl 抗体的至少一部分。另外或此外，抗体包含BLV?3、BLV8C11、BF1H1、BLV5B8和/或F18抗 体的至少一部分。另外，超长⑶R3序列可由骆驼或鲨鱼⑶R3序列衍生。
[0224] 在另一个实施方案中，本发明提供了包含超长CDR3序列的抗体，其中CDR3包含非 抗体序列。非抗体序列可来源于任何蛋白质家族包括但不限于：趋化因子、生长因子、肽、细 胞因子、细胞表面蛋白质、血清蛋白质、毒素、细胞外基质蛋白质、凝血因子、分泌的蛋白质 等。非抗体序列可由治疗性多肽衍生。非抗体序列可以是人或非人源。非抗体序列可包含 合成序列。非抗体序列可包含非抗体蛋白质诸如肽或结构域的一部分。超长CDR3的非抗 体序列可包含来自其自然序列的突变，包括氨基酸改变（例如，取代）、插入或缺失。可制备 在非抗体序列间的接点处的工程附加氨基酸以促进或增强抗体内非抗体序列的适当折叠。 ⑶R3可以是35个或更多个氨基酸长度。超长⑶R3可包含⑶R3的隆突结构域的至少一部 分XDR3的茎结构域的至少一部分或其组合。⑶R3的隆突结构域的一部分可包含来源于超 长⑶R3的隆突结构域的一个或多个保守基序。⑶R3的茎结构域的一部分可包含来源于超 长CDR3的茎结构域的一个或多个保守基序。另外或此外，抗体包含至少3个或更多个半胱 氨酸残基。抗体可包含一个或多个半胱氨酸基序。抗体可包含BLV1H12和/或BLVCVl抗 体的至少一部分。另外或此外，抗体包含BLV?3、BLV8C11、BF1H1、BLV5B8和/或F18抗体 的至少一部分。
[0225] 在另一个实施方案中，本发明提供了包含超长CDR3和非牛序列的抗体。超长CDR3 可源自反刍动物。反刍动物可以是牛。非牛序列可以来源于或基于非牛哺乳动物序列。例 如，非牛序列可来源于或基于人、小鼠、大鼠、绵羊、狗和/或山羊序列。超长CDR3序列可包 含非牛序列。此外，非牛序列与超长CDR3序列连接。非牛序列可来源于或基于抗体序列的 至少一部分。抗体序列可编码可变区、恒定区或其组合。CDR3可以是35个或更多个氨基酸 长度。超长⑶R3可包含⑶R3的隆突结构域的至少一部分XDR3的茎结构域的至少一部分 或其组合。CDR3的隆突结构域的一部分可包含来源于超长CDR3的隆突结构域的一个或多 个保守基序。CDR3的茎结构域的一部分可包含来源于超长CDR3的茎结构域的一个或多个 保守基序。另外或此外，抗体包含至少3个或更多个半胱氨酸残基。抗体可包含一个或多 个半胱氨酸基序。
[0226] 在另一个实施方案中，本发明提供了包含超长CDR3的抗体，其中CDR3是35个或 更多个氨基酸长度且包含至少3个或更多个半胱氨酸残基，例如包括：4个或更多个、6个或 更多个和8个或更多个。
[0227] 在另一个实施方案中，本发明提供了包含超长CDR3的抗体，其中CDR3是35个或 更多个氨基酸长度且包含至少3个或更多个半胱氨酸残基并且其中超长CDR3是多特异性 抗体的组分。多特异性抗体可以是双特异性或包含更高的化合价。
[0228] 在另一个实施方案中，本发明提供了包含超长CDR3的抗体，其中CDR3是35个或 更多个氨基酸长度且包含至少3个或更多个半胱氨酸残基，其中超长CDR3是免疫连接物。
[0229] 在另一个实施方案中，本发明提供了包含超长CDR3的抗体，其中CDR3是35个或 更多个氨基酸长度且包含至少3个或更多个半胱氨酸残基，其中包含超长CDR3的抗体与横 跨膜蛋白质靶标结合。此类横跨膜靶标可包括但不限于：GPCR、离子通道、转运体和细胞表 面受体。
[0230] 在另一个实施方案中，本发明提供了包含超长CDR3的抗体，其中包含超长CDR3的 抗体与横跨膜蛋白质靶标结合。此类横跨膜靶标可包括但不限于：GPCR、离子通道、转运体 和细胞表面受体。⑶R3可以是35个或更多个氨基酸长度。超长⑶R3可包含⑶R3的隆突 结构域的至少一部分XDR3的茎结构域的至少一部分或其组合。⑶R3的隆突结构域的至少 一部分可包含来源于超长⑶R3的隆突结构域的一个或多个保守基序。⑶R3的茎结构域的 一部分可包含来源于超长CDR3的茎结构域的一个或多个保守基序。此外或另外，抗体包含 至少3个或更多个半胱氨酸残基。抗体可包含一个或多个半胱氨酸基序。
[0231] 本文提供了免疫球蛋白构建体，其包含含有互补决定区3(⑶R3H)的至少一部分 的哺乳动物免疫球蛋白重链以及治疗性多肽，其中该治疗性多肽插入至或替换⑶R3H的至 少一部分。免疫球蛋白构建体可包含一个或多个接头。一个或多个接头可将治疗性多肽与 重链连接。在一些实施方案中，接头包含（GGGGS)n氨基酸序列，其中n= 1至5。此外或另 夕卜，接头包含（GSG)n(SEQIDN0:342)、GGGSGGGGS(SEQIDN0:337)或GGGGSGGGS氨基酸 序列。在一些实施方案中提供了本文所述的免疫球蛋白构建体，其中治疗性多肽选自激素、 淋巴因子、白介素、趋化因子、细胞因子或其组合。在某些实施方案中，治疗性多肽是细胞因 子。在一些实施方案中，治疗性多肽是集落刺激因子多肽。在某些实施方案中，集落刺激因 子是巨噬细胞集落刺激因子（M-CSF)、粒细胞-巨噬细胞集落刺激因子（GM-CSF)、粒细胞集 落刺激因子（G-CSF)或其片段或变体。在一个实施方案中，集落刺激因子是哺乳动物G-CSF或其衍生物或变体。在其他实例中，治疗性多肽是Mokal、Vm24、人GLP-1、毒蜥外泌肽-4、 人EP0、人FGF21、人GMCSF或人干扰素-β。本文提供了免疫球蛋白构建体，其包含在互补 决定区3 (CDR3H)中含有隆突结构域的哺乳动物免疫球蛋白重链或其片段以及与CDR3H的 所述保守结构域连接的治疗性多肽，其中所述哺乳动物免疫球蛋白是牛免疫球蛋白。在一 些实施方案中，牛免疫球蛋白是BLV1H12抗体。在本文所述的免疫球蛋白构建体的一些实 施方案中，隆突结构域的至少一部分被治疗性多肽替换。CDR3H的隆突结构域可包含来源于 超长CDR3H的隆突结构域的一个或多个保守基序。免疫球蛋白构建体可进一步包含CDR3H 的茎结构域的至少一部分。⑶R3H的茎结构域的一部分可包含来源于超长⑶R3H的茎结构 域的一个或多个保守基序。
[0232] 本文进一步提供了抗体或其片段，其包含互补决定区3 (⑶R3H)的茎结构域或其 片段以及治疗性多肽。在一些情况下，互补决定区3 (CDR3H)是由牛超长CDR3H衍生。治疗 性多肽可以是本文公开的任何治疗性多肽。例如，治疗性多肽是Mokal、Vm24、GLP-1、毒蜥 外泌肽-4、人EP0、人FGF21、人GMCSF或人干扰素-β。治疗性多肽可与茎结构域连接。在 一些情况下，抗体或其片段进一步包含接头。接头可将治疗性多肽与茎结构域连接。此外 或另外，抗体或其片段进一步包含⑶R3H的隆突结构域的至少一部分。在一些情况下，接头 将治疗性多肽与隆突结构域连接。在一些情况下，隆突结构域与茎结构域连接。⑶R3的隆 突结构域的一部分可包含来源于超长CDR3的隆突结构域的一个或多个保守基序。CDR3的 茎结构域可包含来源于超长CDR3的茎结构域的一个或多个保守基序。
[0233] 在一些情况下，本文提供了抗体或其片段。抗体或其片段可包含至少一个免疫球 蛋白结构域或其片段以及治疗性多肽或其衍生物或变体。治疗性多肽或其衍生物或变体 可与免疫球蛋白结构域连接。在一些情况下，治疗性多肽是Mokal、Vm24、GLP-1、毒蜥外泌 肽-4、人EP0、人FGF21、人GMCSF、人干扰素-β或其衍生物或变体。在一些实施方案中，免 疫球蛋白结构域是免疫球蛋白Α、免疫球蛋白D、免疫球蛋白Ε、免疫球蛋白G或免疫球蛋白 Μ。免疫球蛋白结构域可以是免疫球蛋白重链区或其片段。在一些情况下，免疫球蛋白结构 域是来自哺乳动物抗体。此外，免疫球蛋白结构域是来自嵌合的抗体。在一些情况下，免疫 球蛋白结构域是来自工程抗体或组合抗体。在其他情况下，免疫球蛋白结构域是来自人源 化的，人工程化的或全人抗体。在某些实施方案中，哺乳动物抗体是牛抗体。在其他情况下， 哺乳动物抗体是人抗体。在其他情况下，哺乳动物抗体是鼠抗体。在一些情况下，免疫球蛋 白结构域是包含互补决定区3(CDR3H)的隆突结构域的重链区或其片段。治疗性多肽可以 与隆突结构域连接。此外或另外，免疫球蛋白结构域是包含互补决定区3 (⑶R3H)的茎结构 域的重链区或其片段。在一些情况下，治疗性多肽与茎结构域连接。在一些情况下，抗体或 其片段进一步包含接头。接头可将治疗性多肽与免疫球蛋白结构域或其片段连接。CDR3的 隆突结构域可包含来源于超长CDR3的隆突结构域的一个或多个保守基序。CDR3的茎结构 域可包含来源于超长CDR3的茎结构域的一个或多个保守基序。
[0234] 本文提供了免疫球蛋白构建体，其包含至少一个免疫球蛋白结构域或其片段以及 与所述免疫球蛋白结构域连接的G-CSF多肽或其衍生物或变体。在一些实施方案中，免疫 球蛋白结构域是免疫球蛋白A、免疫球蛋白D、免疫球蛋白E、免疫球蛋白G或免疫球蛋白M。 在一些实施方案中，免疫球蛋白结构域是免疫球蛋白重链区或其片段。在一个实施方案中， 免疫球蛋白结构域是来自哺乳动物或嵌合的抗体。在其他情况下，免疫球蛋白结构域是来 自人源化的，人工程或全人抗体。在某些实施方案中，哺乳动物抗体是牛抗体。在一些情 况下，哺乳动物抗体是人抗体。在其他情况下，哺乳动物抗体是鼠抗体。在一个实施方案 中，免疫球蛋白结构域是包含互补决定区3(CDR3H)的隆突结构域的重链区或其片段。在一 个实施方案中，G-CSF多肽可以与隆突结构域连接。免疫球蛋白结构域是包含互补决定区 3(⑶R3H)的茎结构域的重链区或其片段。G-CSF多肽可以与茎结构域连接。⑶R3的隆突结 构域可包含来源于超长CDR3的隆突结构域的一个或多个保守基序。CDR3的茎结构域可包 含来源于超长CDR3的茎结构域的一个或多个保守基序。
[0235]在某些实施方案中提供了免疫球蛋白构建体，其包含至少一个免疫球蛋白结构域 或其片段以及与所述免疫球蛋白结构域连接的G-CSF多肽或其衍生物或变体，其中所述 G-CSF多肽是牛G-CSF多肽或其衍生物或变体。在一些实施方案中，本文提供了包含本文提 供的免疫球蛋白构建体以及药学上可接受的载体的药物组合物。在一些实施方案中提供了 在有需要的哺乳动物中预防或治疗疾病的方法，该方法包含向所述哺乳动物施用药物组合 物。免疫球蛋白结构域可以是包含互补决定区3 (CDR3H)的隆突结构域的重链区或其片段。 G-CSF多肽可以与隆突结构域连接。免疫球蛋白结构域是包含互补决定区3 (⑶R3H)的茎 结构域的重链区或其片段。G-CSF多肽可以与茎结构域连接。⑶R3的隆突结构域可包含来 源于超长CDR3的隆突结构域的一个或多个保守基序。CDR3的茎结构域可包含来源于超长 CDR3的茎结构域的一个或多个保守基序。
[0236]在一些实施方案中是抗体或其片段，其包含：(a)第一抗体序列，其中第一抗体序 列的至少一部分是由超长⑶R3的至少一分部衍生；以及（b)非抗体序列。抗体或其片段 可进一步包含第二抗体序列，其中第二抗体序列的至少一部分是由超长⑶R3的至少一部 分衍生。衍生第一抗体序列和/或第二抗体序列的超长CDR3是来自反刍动物。反刍动物 可以是牛。第一抗体序列的至少一部分和/或第二抗体序列的至少一部分可来源于哺乳动 物。哺乳动物可以是牛。此外，哺乳动物是非牛哺乳动物，诸如人。第一和/或第二抗体序 列可以是3个或更多个氨基酸长度。氨基酸可以是连续氨基酸。此外，氨基酸是非连续氨 基酸。第一和/或第二抗体序列可包含含有3个或更多个氨基酸长度的牛抗体序列。牛抗 体可以是BLVH12、BLV5B8、BLVCVl、BLVOT3、BLV8C11、BFlHl或F18 抗体。第一和 / 或第二 抗体序列可包含含有3个或更多个氨基酸长度的人抗体序列。来源于超长CDR3的至少一 部分的第一抗体序列的部分和/或来源于超长CDR3的至少一分部的第二抗体序列的部分 可以是20个或更少个氨基端长度。来源于超长CDR3的至少一部分的第一抗体序列的部分 和/或来源于超长CDR3的至少一分部的第二抗体序列的部分可以是3个或更多个氨基端 长度。第一和/或第二抗体序列可包含1个或多个、2个或更多个、3个或更多个、4个或更 多个、5个或更多个、6个或更多个、7个或更多个、8个或更多个、9个或更多个、10个或更多 个、15个或更多个、20个或更多个、30个或更多个或40个或更多个来源于超长CDR3的隆突 结构域的氨基酸残基。一个或多个来源于超长CDR3的隆突结构域的氨基酸残基可以是丝 氨酸和/或半胱氨酸残基。第一和/或第二抗体序列可包含1个或多个、2个或更多个、3个 或更多个、4个或更多个、5个或更多个、6个或更多个、7个或更多个、8个或更多个、9个或 更多个或10个或更多个来源于超长CDR3的茎结构域的氨基酸残基。第一和/或第二抗体 序列可包含1个或多个、2个或更多个、3个或更多个、4个或更多个或5个或更多个来源于 超长CDR3的茎结构域的保守基序。一个或多个来源于超长CDR3的茎结构域的保守基序可 包含选自任一SEQIDNOS:157-307和SEQIDNOS:333-336的序列。来源于超长CDR3的 至少一部分的第一抗体序列的部分和/或来源于超长CDR3的至少一分部的第二抗体序列 的部分可以包含选自任一SEQIDNOS:157-307和SEQIDNOS:333-336的序列。来源于超 长⑶R3的至少一部分的第一抗体序列的部分和/或来源于超长⑶R3的至少一分部的第二 抗体序列的部分可以包含与选自任一SEQIDN0S: 157-224和235-295的序列具有50%或 更高同源的序列。来源于超长CDR3的至少一部分的第一抗体序列的部分可包含选自任一 SEQIDN0S: 157-234的序列。来源于超长⑶R3的至少一部分的第一抗体序列的部分可包 含与选自任一SEQIDN0S: 157-224的序列具有50%或更高同源的序列。来源于超长⑶R3 的至少一部分的第一抗体序列的部分可包含与选自任一SEQIDN0S:225-227的序列具有 50%或更高同源的序列。来源于超长⑶R3的至少一部分的第二抗体序列的一部分可包含 选自任一SEQIDNOS:235-307和SEQIDNOS:333-336的序列。来源于超长CDR3的至少一 部分的第二抗体序列的一部分可包含与选自任一SEQIDN0S:235-295的序列可具有50% 或更高同源的序列。来源于超长CDR3的至少一部分的第一抗体序列的部分和/或来源于 超长CDR3的至少一分部的第二抗体序列的部分可来源于相同的超长CDR3序列。来源于超 长⑶R3的至少一部分的第一抗体序列的部分和/或来源于超长⑶R3的至少一分部的第二 抗体序列的部分可来源于两个或更多个不同的超长CDR3序列。第一和/或第二抗体序列 的超长CDR3的一部分可基于或来源于BLV1H12超长CDR3序列。第一和/或第二抗体序列 的超长CDR3的部分可基于或来源于BLV5B8、BLVCV1、BLVOT3、BLV8C11、BFlHl或F18超长 ⑶R3序列。抗体可进一步包含一个或多个接头序列。
[0237] 本发明还提供了包含重链多肽的抗体，其中重链多肽包含超长CDR3序列的至少 一部分。重链多肽可包含基于或来源于SEQIDN0S:24-44的多肽序列中的任一个的多肽 序列。重链多肽可包含由基于或来源于SEQIDN0S:2-22的任何一个DNA序列编码的多肽 序列。本文还提供了包含重链多肽的抗体，其中重链多肽包含超长CDR3序列且重链多肽序 列基本上类似于由SEQIDNOS:24-44的任何一个提供的这些多肽序列。重链多肽序列可 以认为基本上类似于由SEQIDNOS:24-44的任何一个提供的多肽序列，其中重链多肽序列 与由SEQIDN0S:24-44的任何一个提供的核苷酸序列具有60%、70%、80%、90%、95%、 99%或更高核酸同一性。抗体可进一步包含轻链多肽。轻链多肽可包含基于或来源于SEQ IDN0:23的多肽序列的多肽序列。轻链多肽可包含由基于或来源于SEQIDNO: 1的DNA序 列的DNA序列编码的多肽序列。本文还提供了抗体，其进一步包含轻链多肽，其中轻链多肽 包含超长⑶R3序列且轻链多肽序列基本上类似于由SEQIDN0:23提供的这些多肽序列。 轻链多肽序列可认为基本上类似于由SEQIDNO: 1提供的多肽序列，其中轻链多肽序列与 由SEQIDN0:1的任何一个提供的核苷酸序列具有60%、70%、80%、90%、95%、99%或更 高核酸同一'I"生。抗体在动物中可具有治疗活性。抗体在受试者的感染的疾病中具有治疗活 性。抗体可包含单克隆抗体、多克隆抗体、嵌合抗体、组合抗体、工程抗体或合成抗体。抗体 可包含哺乳动物抗体。抗体可包含牛抗体。抗体可包含G-CSF多肽或其衍生物或变体。抗 体可包含哺乳动物G-CSF多肽或其衍生物或变体。抗体可包含牛G-CSF或其衍生物或变体。 在一些实施方案中，治疗剂的药物组合物包含本文所述的抗体和药学上可接受的载体。在 某些实施方案中，抗体被用于以治疗有效量的本文所述的抗体或药物组合治疗有需要的受 试者的方法中。在一些实施方案中，核酸分子或其补体编码本文所述的治疗性免疫球蛋白。 遗传序列
[0238] 本发明提供了编码包含超长CDR3序列或其部分的抗体的遗传序列（例如，基因、 核酸、多核苷酸）。本发明提供了编码包含隆突结构域和/或超长CDR3序列的隆突结构域 的抗体的遗传序列（例如，基因、核酸、多核苷酸）。在另一个实施方案中，本发明提供了编 码本文所述的抗体或免疫球蛋白构建体的遗传序列。
[0239] 本发明还提供了编码包含超长⑶R3序列或其部分的遗传序列（例如，基因、核酸、 多核苷酸）。本发明还提供了编码隆突结构域和/或超长CDR3的隆突结构域的遗传序列 (例如，基因、核酸、多核苷酸）。
[0240] 在一个实施方案中，本发明提供了编码包含超长CDR3的抗体的遗传序列。超长 CDR3可以是35个或更多个氨基酸长度（例如，40个或更多个、45个或更多个、50个或更多 个、55个或更多个、60个或更多个）。超长⑶R3可包含⑶R3的隆突结构域的至少一部分、 ⑶R3的茎结构域的至少一部分或其组合。此类抗体可在超长⑶R3内包含至少3个或更多 个半胱氨酸残基（例如，4个或更多个、6个或更多个、8个或更多个）。抗体可包含一个或 多个半胱氨酸基序。抗体可在超长CDR3内包含非抗体序列。此外或另外，抗体包含非牛序 列。抗体可进一步包含抗体序列。抗体可包含细胞毒性剂或治疗性多肽。细胞毒性剂或治 疗性多肽可以与超长CDR3偶联。抗体可与靶标结合。靶标可以是蛋白靶标，诸如横跨膜蛋 白靶标。
[0241] 在另一个实施方案中，本发明提供了编码包含超长CDR3的抗体的遗传序列，其中 CDR3是35个或更多个氨基酸长度且来源于或基于非人序列。编码超长CDR3的遗传序列 可以由自然产生超长CDR3抗体的任何物种包括反刍动物诸如牛（奶牛）衍生。此外，超长 ⑶R3序列可以来源于骆驼或鲨鱼⑶R3序列。
[0242] 在另一个实施方案中，本发明提供了编码包含超长CDR3的抗体的遗传序列，其中 CDR3包含非抗体蛋白序列。编码非抗体蛋白序列的遗传序列可以来源于任何蛋白质家族包 括但不限于：趋化因子、生长因子、肽、细胞因子、细胞表面蛋白质、血清蛋白质、毒素、细胞 外基质蛋白质、凝血因子、分泌的蛋白质等。非抗体序列可以来源于治疗性多肽。非抗体蛋 白质序列可以是人或非人源。非抗体序列可包含合成序列。非抗体序列可包含非抗体蛋白 质（诸如肽或结构域）的一部分。超长CDR3的非抗体蛋白序列可包含来自其自然序列的 突变，包括氨基酸改变（例如，取代）、插入或缺失。可制备在非抗体序列间的接点处的工程 附加氨基酸以促进或增强抗体内非抗体序列的适当折叠。CDR3可以是35个或更多个氨基 酸长度。超长⑶R3可包含⑶R3的隆突结构域的至少一部分XDR3的茎结构域的至少一部 分或其组合。此外或另外，抗体包含至少3个或更多个半胱氨酸残基。抗体可包含一个或 多个半胱氨酸基序。
[0243] 在另一个实施方案中，本发明提供了编码包含超长CDR3和非牛序列的抗体的遗 传序列。超长CDR3可以源自反刍动物。反刍动物可以是牛。非牛序列可来源于或基于非牛 哺乳动物序列。例如，非牛序列可来源于或基于人、小鼠、大鼠、绵羊、狗和或山羊序列。非 牛序列可以在超长⑶R3内。此外，非牛序列连接或附加至在超长⑶R3序列。非牛序列可 来源于或基于抗体序列的至少一部分。抗体序列可编码可变区、恒定区或其组合。CDR3可 以是35个或更多个氨基酸长度。超长⑶R3可包含⑶R3的隆突结构域的至少一部分XDR3 的茎结构域的至少一部分或其组合。此外或另外，抗体包含至少3个或更多个半胱氨酸残 基。抗体可包含一个或多个半胱氨酸基序。
[0244] 在另一个实施方案中，本发明提供了编码包含超长CDR3的抗体的遗传序列，其中 CDR3是35个或更多个氨基酸长度且包含至少3个或更多个半胱氨酸残基，包括例如4个或 更多个、6个或更多个和8个或更多个。
[0245] 在另一个实施方案中，本发明提供了编码包含超长CDR3的抗体的遗传序列，其中 CDR3是35个或更多个氨基酸长度并包含至少3个或更多个半胱氨酸残基且其中超长CDR3 是多特异性抗体的组分。多特异性抗体可以是双特异性或包含较高的化合价。
[0246] 在另一个实施方案中，本发明提供了编码包含超长CDR3的抗体的遗传序列，其中 CDR3是35个或更多个氨基酸长度并包含至少3个或更多个半胱氨酸残基，其中超长CDR3 是免疫连接物的组分。
[0247] 在另一个实施方案中，本发明提供了编码包含超长CDR3的抗体的遗传序列，其中 CDR3是35个或更多个氨基酸长度并包含至少3个或更多个半胱氨酸残基且其中包含超长 CDR3的抗体与横跨膜蛋白质靶标结合。此类横跨膜靶标可包括但不限于：GPCR、离子通道、 转运体和细胞表面受体。
[0248] 在另一个实施方案中，本发明提供了编码包含超长CDR3的抗体的遗传序列，其中 包含超长CDR3的抗体与横跨膜蛋白质靶标结合。此类横跨膜靶标可包括但不限于：GPCR、 离子通道、转运体和细胞表面受体。CDR3可以是35个或更多个氨基酸长度。超长CDR3可 包含⑶R3的隆突结构域的至少一部分、⑶R3的茎结构域的至少一部分或其组合。此外或 另外，抗体包含至少3个或更多个半胱氨酸残基。抗体可包含一个或多个半胱氨酸基序。
[0249] 在另一个实施方案中，本发明提供了编码抗体或其片段的遗传序列，其包含：(a) 第一抗体序列，其中第一抗体序列的至少一部分来源于超长CDR3的至少一部分；以及（b) 非抗体序列。抗体或其片段可进一步包含第二抗体序列，其中第二抗体序列的至少一部分 来源于超长CDR3的至少一部分。衍生第一抗体序列和/或第二抗体序列的超长CDR3是来 自反刍动物。反刍动物可以是牛。第一抗体序列的至少一部分和/或第二抗体序列的至少 一部分可来源于哺乳动物。哺乳动物可以是牛。此外，哺乳动物是非牛哺乳动物，诸如人。 第一和/或第二抗体序列可以是3个或更多个氨基酸长度。氨基酸可以是连续氨基酸。此 夕卜，氨基酸是非连续氨基酸。第一和/或第二抗体序列可包含含有3个或更多个氨基酸长度 的牛抗体序列。牛抗体可以是BLVH12、BLV5B8、BLVCV1、BLVOT3、BLV8C11、BFlHl或F18 抗 体。第一和/或第二抗体序列可包含含有3个或更多个、4个或更多个、5个或更多个、6个 或更多个、7个或更多个、8个或更多个、9个或更多个、10个或更多个、15个或更多个、20个 或更多个、30个或更多个、40个或更多个、50个或更多个、60个或更多个或70个或更多个 氨基酸长度的人抗体序列。来源于超长CDR3的至少一部分的第一抗体序列的部分和/或 来源于超长CDR3的至少一分部的第二抗体序列的部分可以是20个或更少个氨基酸长度。 来源于超长CDR3的至少一部分的第一抗体序列的部分和/或来源于超长CDR3的至少一 分部的第二抗体序列的部分可以是3个或更多个、4个或更多个、5个或更多个、6个或更多 个、7个或更多个、8个或更多个、9个或更多个、10个或更多个、15个或更多个或20个或更 多个酸长度。第一和/或第二抗体序列可包含1个或多个、2个或更多个、3个或更多个、4 个或更多个、5个或更多个、6个或更多个、7个或更多个、8个或更多个、9个或更多个、10个 或更多个、15个或更多个、20个或更多个、30个或更多个或40个或更多个来源于超长CDR3的隆突结构域的氨基酸残基。一个或多个来源于超长CDR3的隆突结构域的氨基酸残基可 以是丝氨酸和/或半胱氨酸残基。第一和/或第二抗体序列可包含1个或多个、2个或更多 个、3个或更多个、4个或更多个、5个或更多个、6个或更多个、7个或更多个、8个或更多个、 9个或更多个或10个或更多个来源于超长CDR3的茎结构域的氨基酸残基。第一和/或第 二看题序列可包含1个或多个、2个或更多个、3个或更多个、4个或更多个或5个或更多个 来源于超长CDR3的茎结构域的保守基序。一个或多个来源于超长CDR3的茎结构域的保守 基序可包含选自SEQ ID N0S:157-307和SEQ ID NOS:333-336中任一个的序列。来源于超 长⑶R3的至少一部分的第一抗体序列的部分和/或来源于超长⑶R3的至少一分部的第二 抗体序列的部分可包含选自SEQ ID N0S:157-307和SEQ ID NOS:333-336的任一的序列。 来源于超长CDR3的至少一部分的第一抗体序列的部分和/或来源于超长CDR3的至少一分 部的第二抗体序列的部分可包含与选自SEQ ID NOS: 157-224和235-295的任一的序列具 有50%或更高同源的序列。来源于超长⑶R3的至少一部分的第一抗体序列的部分可包含 选自SEQ ID NOS:157-234的任一的序列。来源于超长⑶R3的至少一部分的第一抗体序列 的部分可包含与选自SEQ ID N0S:157-224的任一的序列具有50%或更高同源的序列。来 源于超长⑶R3的至少一部分的第一抗体序列的部分可包含与选自SEQ ID N0S:225-227的 任一的序列具有50%或更高同源的序列。来源于超长CDR3的至少一分部的第二抗体序列 的部分可包含选自SEQ ID N0S:235-307和SEQ ID N0S:333-336的任一的序列。来源于超 长⑶R3的至少一部分的第二抗体序列的部分可包含与选自SEQ ID N0S:235-295的任一的 序列具有50%或更高同源的序列。来源于超长CDR3的至少一部分的第一抗体序列的部分 和/或来源于超长CDR3的至少一分部的第二抗体序列的部分可来源于相同的超长CDR3序 列。来源于超长CDR3的至少一部分的第一抗体序列的部分和/或来源于超长CDR3的至少 一分部的第二抗体序列的部分可来源于两个或更多个不同的超长CDR3序列。第一和/或 第二抗体序列的超长CDR3的一部分可基于或来源于BLV1H12超长CDR3序列。第一和/或 第二抗体序列的超长CDR3的部分可基于或来源于BLV5B8、BLVCV1、BLV?3、BLV8C11、BF1H1 或F18超长⑶R3序列。抗体可进一步包含一个或多个接头序列。
[0250] 本发明还提供了分离的遗传序列（例如，基因、核酸、多核苷酸、寡核苷酸），诸如 由包含超长⑶R3序列（包括例如，由SEQIDN0S:2-22的任一提供的⑶R3序列）的抗体的 遗传序列。本发明还提供了基本上与由SEQIDN0S:2-22的任一提供的这些CDR3序列相类 似的超长⑶R3核酸序列。⑶R3序列可认为基本上类似于由SEQIDNOS:2-22的任一提供的 CDR3序列，其中CDR3序列与由SEQIDN0S:2-22的任一提供的CDR3序列具有80%、85%、 90%、95%、99%或更高核酸序列同一性，或者在严格杂交的条件下与SEQIDN0S:2-22的 任一序列杂交。
[0251] 本发明还提供了分离的遗传序列（例如，基因、核酸、多核苷酸、寡核苷酸），诸如 编码包含重链多肽的抗体的遗传序列，其中重链多肽包含超长CDR3序列的至少一部分。重 链多肽可包含SEQIDN0S:24-44的任一的多肽序列。重链多肽可包含由SEQIDN0S:2-22 的任一的DNA编码的多肽序列。本发明还提供了分离的遗传序列（例如，基因、核酸、多核 苷酸、寡核苷酸），诸如编码包含重链多肽的抗体的遗传序列，其中重链多肽包含超长⑶R3 序列且重链多肽序列基本上类似于由SEQIDN0S:24-44的任一提供的这些多肽序列。重 链多肽序列可认为基本上类似于由SEQIDNOS:24-44的任一提供的多肽序列，其中重链多 肽序列与由SEQIDNOS: 24-44的任一提供的核苷酸序列具有60 %、70 %、80 %、90 %、95 %、 99%或更高核酸同一性，或者在严格杂交条件下与SEQIDN0S:24-44的任一序列杂交。分 离的遗传序列（例如，基因、核酸、多核苷酸、寡核苷酸）诸如编码抗体的遗传序列可进一 步包含轻链多肽。轻链多肽可包含SEQIDN0:23的多肽序列。轻链多肽可包含由SEQID N0:1的DNA编码的多肽序列。本发明还提供了分离的遗传序列（例如，基因、核酸、多核苷 酸、寡核苷酸）诸如编码抗体的遗传序列，该分离的遗传序列进一步包含轻链多肽，其中轻 链多肽包含超长CDR3序列且轻链多肽序列基本上类似于由SEQIDNO: 23提供的这些多肽 序列。轻链多肽序列可认为基本上类似于由SEQIDNO: 1提供的多肽序列，其中轻链多肽 序列与由SEQIDN0:1的任一提供的核苷酸序列具有60%、70%、80%、90%、95%、99%或 更高核酸同一性，或者在严格杂交条件下与SEQIDNOS:1杂交。 文库和阵列
[0252]本发明提供了包含超长⑶R3序列的抗体的组群、文库和阵列。在一些实施方案 中，组群、文库和阵列的成员可显示序列多样性。
[0253]在一个实施方案中，本发明提供了包含超长CDR3序列的抗体的文库或阵列，其中 文库或阵列的至少两个成员在超长CDR3序列的至少一个半胱氨酸的位置上不同。结构多 样性可通过在超长CDR3序列中不同数量的半胱氨酸（例如，至少3个或更多个半胱氨酸残 基诸如4个或更多个、6个或更多个和8个或更多个）和/或通过不同二硫键形成和此后的 不同环结构得到加强。
[0254]在另一个实施方案中，本发明了包含超长CDR3序列的抗体的文库或阵列，其中文 库或阵列的至少两个成员在位于超长⑶R3的半胱氨酸间的至少一个氨基酸上不同。就这 点而言，文库或阵列的成员可包括在CDR3的相同位置上的半胱氨酸，导致类似的整体结构 折叠，但具有通过不同氨基酸侧链引起的细微差异。此类文库或阵列可有助于亲和力成熟。
[0255]在另一个实施方案中，本发明提供了包含超长CDR3序列的抗体的文库或阵列，其 中超长CDR3序列的至少两个在长度上不同（例如，35个或更多个氨基酸长度诸如40个或 更多个、45个或更多个、50个或更多个、55个或更多个和60个或更多个）。氨基酸和半胱 氨酸含量可以或不可以在文库或阵列间进行改变。超长CDR3序列的不同长度可提供独特 的结合位点，包括例如，由于空间差异、由于改变的长度。
[0256]在另一个实施方案中，本发明提供了包含超长CDR3的抗体的文库或阵列，其中文 库的至少另个成员在构建包含超长CDR3的抗体中使用的人构架上不同。
[0257]在另一个实施方案中，本发明提供了包含超长CDR3序列的抗体的文库或阵列，其 中文库或阵列的至少两个成员在具有包含超长CDR3的一部分的非抗体蛋白质序列上不 同。此类文库或阵列可包括多种非抗体蛋白质序列，包括趋化因子、生长因子、肽、细胞因 子、细胞表面蛋白质、血清蛋白质、毒素、细胞外基质蛋白质、凝血因子、分泌的蛋白质、病毒 或细菌蛋白质等。非抗体蛋白质序列可以是人或非人源的并可包含非抗体蛋白质的一部分 诸如肽或结构域。超长CDR3的非抗体蛋白质序列可包含来自其自然序列的突变，包括氨基 酸改变（例如，取代）、插入或缺失。可制备在非抗体序列间的接点处的工程附加氨基酸以 促进或增强抗体内非抗体序列的适当折叠。
[0258]在另一个实施方案中，本发明提供了包含超长CDR3序列的抗体的文库或阵列，其 中文库或阵列的至少两个成员在具有非牛序列上不同。非牛序列可来源于或基于非牛哺乳 动物序列。例如，非牛序列可来源于或基于人、小鼠、大鼠、绵羊、狗和/或山羊序列。非牛 序列可以在超长⑶R3内。此外，非牛序列连接或附加至超长⑶R3序列。非牛序列可来源 于或基于抗体序列的至少一部分。抗体序列可编码可变区、恒定区或其组合。
[0259] 在另一个实施方案中，本发明提供了包含超长CDR3序列的抗体的文库或阵列，其 中文库或阵列的至少两个成员在具有与超长CDR3偶联的细胞毒性剂或治疗性多肽上不 同。细胞毒性剂或治疗性多肽可包括但不限于：化疗剂、药物、生长抑制剂、毒素（例如， 细菌、真菌、植物或动物源的酶促活性毒素或其片段）或放射性同位素（例如，放射性连接 物）。细胞毒性剂或治疗性多肽可由非抗体序列进行编码。
[0260] 在另一个实施方案中，本发明提供了包含超长CDR3序列的抗体的文库或阵列，其 中文库或阵列的至少两个成员在于靶标结合上不同。靶标可以是蛋白质靶标。该蛋白质靶 标可以是横跨膜蛋白质靶标。此类横跨膜靶标可包括但不限于：GPCR、离子通道、转运体和 细胞表面受体。
[0261] 本发明的文库或阵列可以是本领域中已知的多种形式。文库或阵列可以是可寻址 的文库或可寻址的阵列。文库或阵列可以是展示的形式，例如抗体序列可以在噬菌体、核糖 体、mRNA、酵母或哺乳动物细胞上展示。 细胞
[0262] 本发明提供了包含编码抗体的遗传序列的细胞，该抗体含有超长CDR3序列或其 部分。本发明提供了包含编码抗体的遗传序列的细胞，该抗体含有超长序列CDR3的隆突结 构域的至少一部分或茎结构域的至少一部。
[0263] 本发明提供了包含编码超长CDR3或其部分的遗传序列（例如，基因、核酸、多核苷 酸）的细胞。本发明还提供了包含编码隆突结构域或超长CDR3的隆突结构域的遗传序列 (例如，基因、核酸、多核苷酸）的细胞。
[0264] 在一个实施方案中，本发明提供了表达含有超长CDR3的抗体的细胞。细胞可以是 原核的或真核的，且包含超长CDR3的抗体可在细胞表面上表达或分泌到培养基中。当抗体 在细胞表面展示时，该抗体优选包含用于插入到质粒膜上的基序，诸如在C-端上的跨膜结 构域或脂质附着位点。对于细菌细胞，包含超长CDR3的抗体可分泌到周质中。细胞是真核 细胞时，其可被编码包含超长CDR3的抗体的遗传序列瞬时转染。此外，通过本领域中技术 人员已知的方法由编码包含超长CDR3的抗体的转染或转导遗传序列来创建稳定细胞系或 稳定池。细胞可通过荧光激活细胞分选（FACS)或通过选择编码药物抗性的基因进行选定。 有助于产生包含超长CDR3序列的抗体的细胞包括原核细胞（如大肠杆菌）、真核细胞（如 酿酒酵母和毕赤酵母）、昆虫细胞（例如，Sf9、Hi5)、中国仓鼠卵巢（CHO)细胞、猴细胞（如 C0S-1)或人细胞（如HEK-293、HeLa、SP-1)。 文库方法
[0265] 本发明提供了用于对包含含有超长CDR3序列的抗体的文库进行创建的方法。用 于创建空间寻址文库的方法在WO2010/054007中进行了描述。创建酵母、噬菌体、大肠杆 菌或哺乳动物细胞的文库的方法在本领域中是众所周知的。
[0266] 本发明还提供了对包含超长CDR3序列的抗体的文库进行筛选的方法。 定义
[0267] 在描述实例性实施方案的上下文（特别是以下权利要求的上下文中）中使用的术 语"一个"、"一种"、"该"和类似指示物应被解释为既包括复数又包括单数，除非本文另有说 明或上下文明显矛盾。本文中数值范围的列举仅意在作为单独提及落在范围内的每个单独 的值的速写方法。除非另有说明，每个单独的值犹如其在本文中单独列举一样并入本说明 书。本文所述的全部方法在任何合适的顺序下都可完成，除非本文另有说明或上下文明显 矛盾。本文提供的任何实例或示例性语言（例如，"诸如"）仅意在更好地说明示例性实施 方案并不对示例性实施方案构成限制的示例性实施例中，除非另有要求。在说明书中没有 语言应被解释为意指任何未要求保护的对示例性实施方案的实施至关重要的因素。
[0268] 本文可互换使用的"超长⑶R3"或"超长⑶R3序列"包含并非来源于人抗体序列 的CDR3或CDR3序列。超长CDR3可以是35个氨基酸长度或更长，例如，40个氨基酸长度或 更长、45个氨基酸长度或更长、50个氨基酸长度或更长、55个氨基酸长度或更长或60个氨 基酸长度或更长。超长CDR3的长度可包含非抗体序列。超长CDR3可包含隆突结构域的至 少一部分或隆突结构域。超长CDR3可包含非抗体序列，包括例如细胞因子、趋化因子、生长 因子或激素序列。优选地，超长⑶R3是重链⑶R3(⑶R-H3或⑶RH3)。优选地，超长⑶R3 是基于或来源于反刍动物（例如牛）序列的序列。超长CDR3可包含至少3个或更多个半 胱氨酸残基，例如，4个或更多个半胱氨酸残基、6个或更多个半胱氨酸残基、8个或更多个 半胱氨酸残基。超长CDR3可包含一个或多个半胱氨酸基序。超长CDR3可包含氨基酸序 列；该氨基酸序列来源于或基于SEQIDN0S:23-44,或编码来源于或基于SEQIDN0S:2-22 的DNA序列。包含超长CDR3的可变区可包含氨基酸序列；该氨基酸序列来源于或基于SEQ IDN0S:23-44,或编码来源于或基于SEQIDN0S:2-22的DNA序列。此类序列可来源于或 基于牛种系VH基因序列。超长CDR3可包含基于非人D或来源于H基因序列的序列（参 见，例如，Koti等人，（2010)M〇1.Immunol. 47:2119-2128)。超长CDR3可包含基于来源于 JH序列或的序列（参见，例如：Hosseini等人，（2004)Int.Immunol. 16:843-852)。在一 个实施方案中，超长CDR3可包含基于来源于非人VH序列或的序列和/或基于来源于非人 DH序列或的序列和/或基于或来源于JH序列的序列，以及任选地包含2至6个或更多个 氨基酸的附加序列，例如，在VH衍生的序列和DH衍生的序列间。在其他实施方案中，超长 ⑶R3可包含与来源于或基于SEQIDN0S:23-44的序列具有约50%或更高同源的序列。例 如，超长CDR3可包含与来源于或基于SEQIDN0S:23-44的序列具有约60%、70%、80%、 85%、90%、95%、97%或更高同源的序列。在另一个实施方案中，超长^1?3可包含序列， 该序列与来源于或基于SEQIDN0S:23-44的序列的5个或更多个氨基酸进行比对。例如， 超长⑶R3可包含序列，该序列与将来源于或基于SEQIDNOS:23-44的序列的5个、10个、 15个、20个、25个、30个、35个、40个、45个、50个、55个、60个或更多个氨基酸进行比对。 在另一个实施方案中，超长CDR3可包含序列，该序列含有来源于或基于SEQIDN0S:23-44 的序列的5个或更多个连续氨基酸。例如，超长CDR3可包含序列，该序列含有来源于或基 于SEQIDN0S:23-44的序列的5个、10个、15个、20个、25个、30个、35个、40个、45个、50 个、55个、60个或更多个连续氨基酸。在另一个实施方案中，超长⑶R3可包含与来源于或 基于SEQIDN0S:2-22的DNA序列具有约50%或更高同源的序列。例如，超长⑶R3可包含 与来源于或基于SEQIDN0S:2-22 的DNA序列具有约 60%、70%、80%、85%、90%、95%、 97%或更高同源的序列。在另一个实施方案中，超长CDR3可包序列，该序列与来源于或基 于SEQIDN0S:2-22的DNA序列的5个或更多个核酸进行比对。例如，超长⑶R3可包序列， 该序列与来源于或基于SEQIDNOS: 2-22的DNA序列的5个、10个、15个、20个、25个、30 个、35 个、40 个、45 个、50 个、55 个、60 个、80 个、100 个、120 个、140 个、150 个、175 个、200 个、225个、250个、275个、300个、350个、400个、450个、500个、550个、600个或更多个核 酸进行比对。在另一个实施方案中，超长CDR3可包含序列，该序列含有来源于或基于SEQ IDNOS: 2-22的DNA序列的5个或更多个连续核酸。例如，超长⑶R3可包含序列，该序列含 有来源于或基于SEQIDNOS:2-22的DNA序列的5个、10个、15个、20个、25个、30个、35 个、40 个、45 个、50 个、55 个、60 个、80 个、100 个、120 个、140 个、150 个、175 个、200 个、225 个、250个、275个、300个、350个、400个、450个、500个、550个、600个或更多个连续氨基 酸。在另一个实施方案中，超长CDR3可包含与来源于或基于隆突结构域序列的序列具有约 50%或更高同源的序列。例如，超长CDR3可包含与来源于或基于隆突结构域序列的序列具 有约60%、70%、80%、85%、90%、95%、97%或更高同源的序列。在另一个实施方案中，超 长CDR3可包含序列，该序列与基于或来源于隆突结构域序列的序列的5个或更多个氨基酸 进行比对。例如，超长CDR3可包含序列，该序列与基于或来源于隆突结构域序列的序列的 5个、10个、15个、20个、25个、30个、35个、40个、45个、50个、55个、60个或更多个氨基酸 进行比对。在另一个实施方案中，超长CDR3可包含序列，该序列含有基于或来源于隆突结 构域序列的序列的5个或更多个连续氨基酸。例如，超长CDR3可包含序列，该序列含有基 于或来源于隆突结构域序列的序列的5个、10个、15个、20个、25个、30个、35个、40个、45 个、50个、55个、60个或更多个连续氨基酸。在另一个实施方案中，超长⑶R3可包含与来源 于或基于隆突结构域序列的序列具有约50%或更高同源的序列。例如，超长CDR3可包含 与来源于或基于隆突结构域序列的序列具有约60%、70%、80%、85%、90%、95%、97%或 更高同源的序列。在另一个实施方案中，超长CDR3可包含序列，该序列与基于或来源于隆 突结构域序列的序列的5个或更多个氨基酸进行比对。例如，超长CDR3可包含序列，该序 列与基于或来源于隆突结构域序列的序列的5个、10个、15个、20个、25个、30个、35个、40 个、45个、50个、55个、60个或更多个氨基酸进行比对。在另一个实施方案中，超长CDR3可 包含序列，该序列含有基于或来源于茎结构域序列的序列的5个或更多个连续氨基酸。例 如，超长⑶R3可包含序列，该序列含有基于或来源于茎结构域序列的序列的5个、10个、15 个、20个、25个、30个、35个、40个、45个、50个、55个、60个或更多个连续氨基酸。本文公 开的抗体可包含来源于或基于本文公开的任何超长CDR3序列的超长CDR3的至少一部分。 可修饰或改变超长CDR3或其部分的序列以含有一个或多个基于非牛抗体的核苷酸和/或 氨基酸。超长CDR3或其部分的序列的修饰和/或改变可提高表达的抗体的一个或多个特 性。例如，修饰和/或改变可提高抗体的表达、折叠、半衰期、活性和/或溶解度。
[0269] "分离的"生物分子，诸如本文公开的各种多肽、多核苷酸和抗体，是指已经从其自 然环境的至少一种组分中鉴定和分离和/或回收的生物分子。
[0270] "拮抗剂"是指部分或完全阻断、抑制或中和多肽的活性（例如，生物活性）的任何 分子。另外，"拮抗剂"还涵盖完全或部分抑制编码多肽的mRNA的转录或翻译的分子。合适 的拮抗剂分子包括：例如拮抗剂抗体或抗体片段、天然多肽的片段或氨基酸序列变体、肽、 反义寡核苷酸、小的有机分子以及编码多肽拮抗剂或拮抗剂抗体的核酸。涉及到"一种"拮 抗剂涵盖一种拮抗剂或两种或更多种不同拮抗剂的组合。
[0271] "激动剂"是指部分或完全模拟多肽的生物活性的任何分子。另外，"激动剂"还涵 盖促进编码多肽的mRNA的转录或翻译的分子。合适的激动剂分子包括：例如激动剂抗体或 抗体片段、天然多肽、天然多肽的片段或氨基酸序列变体、肽、反义寡核苷酸、小的有机分子 以及编码多肽激动剂或抗体的核酸。涉及到"一种"激动剂涵盖一种激动剂或两种或多种 不同激动剂的组合。
[0272] "分离的"抗体是指已经从其自然环境的组分中鉴定和分离和/或回收的抗体。其 自然环境的污染组分是可干扰抗体的诊断或治疗用途的物质，并可包括酶、激素以及其他 蛋白质或非蛋白质溶质。在优选实施方案中，抗体将被纯化（1)至大于抗体重量的95% (例 如，通过Lowry法的测定），并优选至多于99% (按重量计）；（2)至足以获得N末端或内部 氨基酸序列的至少15个残基的程度（通过使用转杯式测序仪）；或（3)在还原或非还原条 件下经SDS-PAGE达到同质性（例如，使用Coomassie?蓝或优选银着色）。由于将不存在 抗体自然环境的至少一个组分，因此分离的抗体包括在组合细胞内的原位抗体。同样的，分 离的抗体包括在重组细胞周围的介质中的抗体。可经至少一个纯化步骤制备分离的抗体。
[0273] "分离的"核酸分子是指核酸分子，该核酸分子从在抗体核酸的自然来源中通常与 其相关联的至少一个污染核酸分子中鉴定和分离。分离的核酸分子不同于其在自然界中发 现的形式或构建。分离的核酸分子因此从在自然细胞中存在的核酸分子中区分开来。然 而，分尚的核酸分子包括在表达抗体的细胞中含有的核酸分子，其中例如，核酸分子是在染 色体位置中不同于天然细胞的核酸分子。
[0274] 如在Kabat中编号的可变域残基或如在Kabat中编号的氨基酸位置及其变体是 指在Kabat等人，SequencesofProteinsofImmunologicalInterest,第 5 版，Public HealthService,NationalInstitutesofHealth,Bethesda,Md. (1991)中用于编译抗体 的重链可变域或轻链可变域的编号系统。使用该编号系统，对应于缺乏或插入至可变域的 FR或CDR，实际的线性氨基酸序列包含更少或附加的氨基酸。例如，重链可变域可含有在H2 的第52个残基之后的氨基酸插入物（例如，根据Kabat的52a残基）以及在重链FR第82 个残基之后的插入残基（例如，根据Kabat的82a、82b和82c残基）。经抗体序列的同源性 区域与"标准的"Kabat编号的序列的比对，针对给定抗体来确定残基的Kabat编号。
[0275] "基本上类似"或"基本上相同"是指两个数值之间（通常，与本文公开的抗体相关 的一个和与参考/对比抗体相关的另一个）具有足够高相似性以至于一个本领域中的技术 人员可认为两个值间的差异在由所述值测量的生物学特性背景内是几乎没有或没有生物 学或统计学显著性。在所述两个值间的差异作为参考/对比抗体的数值的函数，是优选少 于约50 %，优选少于约40 %，优选少于约30 %，优选少于约20 %，优选少于约10 %。
[0276] "结合亲和力"通常是指在分子（例如抗体）的一个结合位点和其结合配偶体（例 如抗原）之间的总非共价相互作用的强度。除非另有说明，"结合亲和力"是指反应在结合 对（例如，抗体和抗原）成员间的1:1相互作用的固有结合亲和力。分子X对其配偶体Y的 亲和力通常由解离常数来表示。亲和力可通过本领域的常规方法包括本文所述的方法来进 行测量。低亲和力抗体通常与抗原结合缓慢并且倾向于容易解离，反之高亲和力抗体通常 与抗原结合迅速并且倾向于保持更长时间的结合。在领域中已知多种测量亲和力的方法， 任何测量方法都可用于本发明的目的。
[0277] "on-rate"或"关联的比率"或"关联率"或"Km"可由表面等离子体共振技术诸如 Biacore(例如，BiacoreA100,Biacore?-2000,Biacore?-3000,Biacore，Inc.，Piscatawa y，N.J.)羧甲基葡聚糖生物传感器芯片并按照供应商的说明书来确定。
[0278] "载体"是指核酸分子，该核酸分子能够转运另一个与其结合的核酸分子。一种类 型的载体是"质粒"，该质粒是指可与附加DNA片段结合的环状双链DNA环。另一种类型的 载体是噬菌体载体。另一种类型的载体是病毒载体，其中附加DNA片段可与病毒基因组连 接。某些载体能够在引入载体的宿主细胞中自主复制（例如，具有复制的细菌源的细菌载 体和附加型哺乳动物载体）。其他载体（例如非附加型哺乳动物载体）经引入至宿主细胞 而被整合到宿主细胞基因组，从而与宿主基因组一起被复制。此外，某些载体能够指导与载 体连接的基因的表达。此类载体在本文称为"重组表达载体"（或简称"重组载体")。通常， 在重组DNA技术中使用的表达载体通常是质粒的形式。由于质粒是载体的一种常用形式， 因此"质粒"和"载体"有时可以互换使用。
[0279] "基因"是指包含对多肽、前驱体或RNA(例如，mRNA、rRNA、tRNA)的产生是必需的 编码序列的核酸（例如，DNA)序列。只要能够保留全长或片段的期望活性或功能特性（例 如，酶促活性，配体结合，信号转导，免疫原性等），多肽可由全长编码序列或编码序列的任 何部分进行编码。该术语还涵盖结构基因的编码区以及位于与两个5'和3'末端上的编码 区毗邻且在任一末端上与编码区具有约1个或多个Kb距离的序列，以至于基因对应于全长 mRNA的长度。位于编码区的5'并存在于mRNA中的序列被称为5'非翻译序列。位于编码 区的3'或下游并存在于mRNA中的序列被称为3'非翻译序列。术语"基因"涵盖cDNA和 基因的基因组形式。基因的基因组形式或克隆含有由非编码序列中断的编码区，该非编码 序列被称为"内含子"或"间插区域"或"间插序列"。内含子是转录到核RNA(hnRNA)的基 因片段；内含子可含有调节元件诸如：增强子。内含子从核或初级转录体中移除或剪接掉； 内含子因此在信使RNA(mRNA)转录中缺失。翻译过程中mRNA的功能是指定新生多肽的氨 基酸的序列或次序。除含有内含子外，基因的基因组形式还可包括位于在RNA转录体中存 在的序列的两个5'和3'末端上的序列。这些序列被称为"侧翼"序列或区域（这些侧翼 序列位于在mRNA转录体中存在的非翻译序列的5'或3'）。5'侧翼区域可含有控制和影响 基因转录的调节序列，诸如启动子和增强子。3'侧翼区域可含有指导转录终止，转录后切割 和多聚腺苷酸化的序列。
[0280] 如本文中可互换使用的"多核苷酸"或"核酸"是指任何长度的核苷酸聚合物并包 含DNA和RNA。核苷酸可以是脱氧核糖核苷酸、核糖核苷酸、修饰的核苷酸或碱基和/或其 类似物，或通过DNA或RNA聚合酶或通过合成反应可掺入到聚合物的任何基底。多核苷酸 包括修饰的核苷酸，诸如甲基化的核苷酸和其类似物。如果存在的话，核苷酸结构的修饰可 以在聚合物的组装之后或之前赋予。核苷酸序列可被非核苷酸组分中断。多核苷酸可在合 成后进一步修饰，诸如通过与标记偶联。其他类型的修饰包括，例如"帽";一个或多个天然 存在的核苷酸用类似物取代；核苷酸间修饰例如使用不带电荷的键合（例如甲基磷酸酯、 磷酸三脂、氨基磷酸酯、氨基甲酸酯等）和使用带电荷的键合（例如硫代磷酸盐、二硫代磷 酸盐等）的修饰；含悬挂物部分例如蛋白质（例如核酸酶、毒素、抗体、信号肽、聚-L-赖氨 酸等）的修饰；使用插层剂（例如吖啶、补骨脂素等）的修饰；含螯合剂（例如金属、放射性 金属、硼、氧化金属等）的修饰；含烷化剂的修饰、使用修饰的键合（例如α异头核酸）；以 及多核苷酸的未修饰的形式。另外，通常存在于糖中的任何羟基基团可以例如被磷酸酯基 团、磷酸盐基团替换，被标准保护基团保护或被活化以制备与附加核苷酸的附加键合，或者 可以与固态或半固态支撑物偶联。5'和3'末端的OH可以磷酸化或被胺或从1个至20个 碳原子的有机加帽基团部分取代。其他氢氧根也可衍生成标准保护基团。多核苷酸还可包 括本领域已知的核糖或脱氧核糖的类似形式，例如包括：2' -0-甲基_、2' -0-烯丙基、2' -氟 代-或2' -叠氮基-核糖，碳环糖类似物，α-异头糖，差向异构糖诸如阿拉伯糖、木糖或来 苏糖，吡喃糖，呋喃糖，景天庚酮糖，无环类似物以及基本的核糖类似物诸如甲基核苷。一个 或多个磷酸二酯键合可被备选的连接基团替换。这些备选的连接基团包括但不限于：实施 方案，其中磷酸酯被P(〇)S(〃硫代〃）、P(S)S(〃二硫代〃）、〃 (0)NR2 (〃酰胺化〃）、P(0)R、P(0) OR'、C0或CH2 (〃缩醛形式〃）替换，其中各个R或R'独立地是H或任选的含有醚（-0-)、键 合、芳基、烯基、环烷基、环烯基或芳烷基（araldyl)的取代或未取代的烷基（1-20个C)。并 非所有的多核苷酸的键合需要是相同的。前述描述适用于本文中涉及到的所有多核苷酸， 包括RNA和DNA。
[0281] "寡核苷酸"是指短的，通常是单链，通常是一般但不一定具有小于约200个核苷酸 长度的合成多核苷酸。术语"寡核苷酸"和"多核苷酸"并不相互排斥。上文对多核苷酸的 描述同样和完全适用于寡核苷酸。
[0282] "严格杂交条件"是指在该条件下，探针通常在核酸的复杂混合物中将与其 靶亚序列杂交但不与其他序列杂交的条件。严格条件是依赖序列的并在不同的情况 下是不同的。较长的序列在较高温度下特异性杂交。核酸杂交的大量的指导可见于 Tijssen,TechniquesinBiochemistryandMolecularBiology-Hybridizationwith NucleicProbes,''Overviewofprinciplesofhybridizationandthestrategyof nucleicacidassays" (1993)。通常，严格条件选定为比在给定离子强度pH值下的特异性 序列的热熔点（Tm)低约5°C-KTC。Tm是温度（在确定的离子强度、pH和核浓度下），在 该温度下，50%与靶标互补的探针与靶序列平衡杂交（因为靶序列过量存在时，在Tm时，在 平衡下，50%探针被使用）。严格条件还可通过加入去稳定剂诸如甲酰胺来实现。对选择性 或特异性杂交，正信号是至少两次背景杂交，优选10次背景杂交。实例性严格杂交条件可 以是如下：50%甲酰胺，5xSSC和1%SDS，在42°C下培养或5xSSC、l%SDS，在65°C下培养， 并在65 °C下用0. 2xSSC和0. 1 %SDS进行洗涤。
[0283] "重组体"当参照细胞、核酸、蛋白质、抗体或载体使用时，表明该细胞、核酸、蛋白 质或载体已经通过异源核酸或蛋白质的引入、天然核酸或蛋白质的改变进行了修饰，或表 明该细胞由被如此修饰的细胞衍生。例如，重组细胞表达在细胞的天然（非组合）形式中 未发现的基因或表达过表达或以其他方式异常表达的天然基因，例如作为非天然发生片段 或剪接变体。本文通过术语"组合核酸"意指：一般而言，通过一般不会在自然中发现的核 酸例如使用聚合酶和内切酶在体外最初形成的核酸。以这种方式，完成不同序列的可操作 的键合。因此，线性形式的分离核酸或通过连接一般不会连接的DNA分子在体外形成表达 载体，出于本公开的目的而都被认为是重组体。应当理解：一旦形成重组核酸并引入至宿主 细胞或有机体，重组核酸将复制非重组核酸，例如使用所述宿主细胞的体内细胞机器而非 体外操作；然而，此类核酸一旦重组产生，尽管随后复制非重组，出于本公开的目的而都被 认为是重组体。同样，"重组蛋白质"是使用重组技术例如通过本文所述的重组核酸的表达 制备的蛋白质。
[0284] 关于肽或多肽序列的"百分比（％ )氨基酸序列同一性"是指在如果需要的以达 到最大百分比序列同一性的比对序列和引入缺口并且任何保守取代不认为是序列同一性 的一部分后，在与特异性肽或多肽序列的氨基酸残基相同的候选序列中的氨基酸残基百分 t匕。为测定百分比氨基酸序列同一性的比对可以以本领域技术范围内的各种方式例如使用 公众可获得的计算机软件诸如BLAST、BLAST-2、ALIGN或MegAlign(DNASTAR)软件来完成。 本领域的技术人员可确定用于测量比对的适当的参数，包括在对照序列的全长上达到最大 对比所需的任何算法。
[0285] 可互换使用的"多肽"、"肽"、"蛋白质"和"蛋白质片段"是指氨基酸残基的聚合物。 该术语适用于氨基酸聚合物，其中一个或多个氨基酸残基是相应的天然存在的氨基酸的人 工化学模拟物，该术语还适用于天然存在的氨基酸聚合物和非天然存在的氨基酸聚合物。
[0286] "氨基酸"是指天然存在的和合成的氨基酸以及功能与天然发生的氨基酸相类似 的氨基酸类似物和氨基酸模拟物。天然发生的氨基酸是由遗传密码编码的氨基酸以及后来 被修饰的这些氨基酸，例如羟基脯氨酸、Y-羧基谷氨酸和〇-磷酸丝氨酸。氨基酸类似物是 指具有相同的基本化学结构的天然存在的氨基酸的化合物，例如，结合到氢、羧基、氨基和R 基的α碳，例如，高丝氨酸、正亮氨酸、蛋氨酸亚砜、蛋氨酸甲基锍。此类类似物可具有修饰 的R基（例如正亮氨酸）或修饰的肽骨架，但保持天然发生的氨基酸的相同的基本化学结 构。氨基酸模拟物是指具有的结构与氨基酸的一般化学结构不同但功能与天然存在的氨基 酸相类似的化学化合物。
[0287] "保守修饰的变体"适用于氨基酸和氨基酸序列。"氨基酸变体"是指氨基酸序列。 对于特定的核酸序列，保守修饰的变体是指编码相同或基本相同的氨基酸序列的那些核酸 或其中所述核酸不编码氨基酸序列，还指基本相同或相关联的（例如天然连续的）序列。由 于遗传密码的简并性，大量功能相同的核酸编码大多数蛋白质。例如，密码子GCA，GCC，GCG 和GCU全部编码氨基酸丙氨酸。因此，在由密码子指定丙氨酸的每个位置，该密码子可改变 成另一个所述相应密码子而不用改变编码的多肽。这样的核酸变异是"沉默变异"，该"沉 默变异"是一种保守修饰的变异。编码多肽的本文所述的每个核酸序列还描述了核酸的沉 默变异。一个技术人员将认识到：在某些情况下，核酸中的各个密码子（除通常是蛋氨酸的 唯一密码子的AUG和通常是色氨酸的唯一密码子的TGG之外）可进行修饰以产生功能相同 的分子。同样，编码多肽的核酸的沉默变异隐含在相对于表达产物但不相对于实际探针序 列的所述序列。至于氨基酸序列，一个技术人员将认识到：核酸、肽、多肽或蛋白质序列的 取代、缺失或添加是"保守修饰的变体"包括其中改变导致用化学上相似的氨基酸取代氨基 酸，该核酸、肽、多肽或蛋白质序列改变、添加或删除编码序列的一个氨基酸或小百分比的 氨基酸。提供功能相似的氨基端的保守取代表在本领域中是众所周知的。此类保守修饰的 变体是除本文所述的多态变体、种间同系物和等位基因之外但并不将其排出。通常保守取 代包括：1)丙氨酸（A)、甘氨酸（G) ;2)天冬氨酸（D)、谷氨酸（E) ;3)天冬酰胺（N)、谷氨酰 胺（Q) ;4)精氨酸（R)、赖氨酸⑷；5)异亮氨酸（I)、亮氨酸（L)、蛋氨酸（M)、缴氨酸（V); 6)苯基丙氨酸（F)、酪氨酸（Y)、色氨酸（W) ;7)丝氨酸（S)、苏氨酸⑴以及8)半胱氨酸 (C)、蛋氨酸（M)(参见，例如，Creighton,Proteins(1984))。
[0288] "抗体" (Abs)和"免疫球蛋白"（Igs)是具有类似结构特性的糖蛋白质。然而抗体 对特定的抗原可显示结合特异性，免疫球蛋白可包括抗体和通常缺乏抗原特异性的其他抗 体样分子。后一种多肽，例如，由淋巴系统以低水平生成和由骨髓瘤以升高的水平生成。
[0289] "抗体"、"免疫球蛋白"和"免疫球蛋白构建体"在广义上可互换使用且包括单克 隆抗体（例如，全长或完整的单克隆抗体）、多克隆抗体、多价抗体、多特异性抗体（双特异 性抗体，只要它们展现出期望的生物学活性）并还可包括某些抗体片段（如本文中更详细 地描述）。术语"抗体"可指全长抗体或其一部分。抗体可指包含至少一个抗体序列的肽。 抗体序列可包含5个或更多个氨基酸的抗体序列。例如抗体序列可包含6、7、8、9、10、11、 12、13、14、15、16、17、18、19、20或更多个氨基酸的抗体序列。5个或更多个氨基酸可以是抗 体序列的连续氨基酸。或者，5个或多个氨基酸是抗体序列的非连续氨基酸。例如，5个或 更多个氨基酸可包含在抗体序列内的保守基序。例如，5个或更多个氨基酸可包含在超长 CDR3序列内的保守基序。抗体可以是人的、人源化的，全人的和/或亲和力成熟的。抗体可 以是嵌合抗体。抗体可以是重组的、工程化的或合成的抗体。抗体可以是牛、牛工程化的、 全牛和/或亲和力成熟的。牛工程化的抗体可包含由牛抗体序列衍生的一个或多个核苷酸 或肽。全牛抗体可包含用基于牛抗体序列的一个或多个核苷酸或肽替换非牛抗体序列的一 个或多个核苷酸或肽。抗体可指无论自然的或部分或完全合成的（诸如重组产生的）免疫 球蛋白和免疫球蛋白部分，所述免疫球蛋白或免疫球蛋白部分包括足以形成抗原结合位点 的免疫球蛋白分子可变区的至少一部分。因此，抗体或其部分包含与免疫球蛋白抗原结合 位点同源或基本同源的具有结合结构域的任何蛋白质。例如，抗体可指包含两条重链（其 可表示为H和H'）和两条轻链（其可表示为L和L'）的抗体，其中各个重链可以是足以形 成抗原结合位点的全长免疫球蛋白重链或其部分（例如，重链包括但不限于：VH链、VH-CHl 链和VH-CH1-CH2-CH3链）并且各个轻链可以是足以形成抗原结合位点的全长轻链或其部 分（例如，轻链包括但不限于：VL链和VL-CL链）。各个重链（H和H'）与一条轻链（分别 是L和L'）成对。通常，抗体最低限度地包括可变重链（VH)和/或可变轻链（VL)的全部 或至少一部分。抗体还可包括恒定区的全部或至少一部分。例如，全长抗体是具有两条全 长重链（例如VH-CH1-CH2-CH3或VH-CH1-CH2-CH3-CH4)和两条全长轻链（VL-CL)以及铰 链区的抗体，诸如由抗体分泌B细胞产生的抗体和合成产生的具有相同结构域的抗体。此 外，"抗体"是指包含能够非共价、可逆并以特定方式与相应的抗原结合的免疫球蛋白片段 的免疫球蛋白家族或多肽的一部分。实例性抗体结构单元包括四聚物。各个四聚物包含两 个相同的多肽链对，具有一条"轻链"（约25kD)和一条"重链"（约50-70kD)的各个对通 过二硫键连接。公认的免疫球蛋白基因包括κ、λ、α、Υ、δ、ε和μ恒定区基因以及大 量免疫球蛋白可变区基因。轻链被分类为κ或λ。重链被分类为依次分别定义免疫球蛋 白种类IgG、IgM、IgA、IgD和IgE的γ、μ、α、δ或ε。各个链的N-端定义约100至110 或更多个主要负责抗原识别的氨基酸的可变区。术语"可变轻链（VL) "和"可变重链（VH) " 分别是指轻链和重链的这些区域。在一些情况下，本文提供的抗体包含来自禽类抗体、爬虫 类抗体、两栖类抗体、昆虫抗体或其嵌合组合物的至少一个免疫球蛋白结构域。抗体可包含 来自嵌合结构域的至少一个免疫球蛋白结构域。嵌合抗体可由俩个或多个不同种类衍生 (例如，鼠和人，牛和人）。抗体可包含来自工程化的、重组或合成抗体的至少一个免疫球蛋 白结构域。在一些情况下，使用实验室制备或从细胞提取的抗体基因创建工程化的、重组或 合成抗体。抗体基因源自一种或多种哺乳动物。例如，抗体基因源自人类。抗体基因源自 牛。此外或另外，本文公开的抗体包含来自人源化的、人工程化的或全人抗体的至少一个免 疫球蛋白结构域。抗体可包含来自两种或更多种不同抗体的抗体序列。两种或更多种不同 抗体可以来自相同种类。例如，该种类可以是牛种类、人种类或鼠种类。两种或更多种不同 抗体可以来自相同类型的动物。例如，两种或更多种不同抗体可以来自牛。两种或更多种 不同抗体可以来自人。此外，两种或更多种不同抗体是来自不同种类。例如，两种或更多种 不同抗体是来自人种类和牛种类。在另一个实例中，两种或更多种不同抗体是来自牛种类 和非牛种类。在另一个实例中，两种或更多种不同抗体是来自人种类和非人种类。两种或 更多种不同抗体可以来自不同动物。例如，两种不同动物是人和母牛。不同动物可以来自 相同种类。例如，不同动物是人和母牛。不同动物可以是来自相同种类，例如不同动物可以 是母牛和水牛。
[0290]"可变"是指可变域的某些部分（亦被称为可变区）在抗体的序列间差异广泛并 用于各个特定抗体与其特定抗原的结合和特异性。然而，可变性不是均匀分布于整个抗体 的可变域。可变性主要集中在三个区域，该三个区域被称为：两个都在轻链的互补决定区 (CDR)或高变区（HVR)以及重链可变域。CDR包括这些指定为如本文所示的在可变区序列 内的Kabat、Chothia和頂GT。可变域的更高度保守部分被称为构架（FR)。天然重链和轻 链的可变区各自包含大多采取β-片层构型并由三个形成环的CDR连接的四个FR区，该环 连接β-片层结构并在一些情况形成β-片层结构的一部分。在各个链中的⑶R通过FR 区域紧密保持在一起，并与来自其他链的CDR-起促成抗体的抗原-结合位点的形成（参 见:Kabat等人，SeauencesofProteinsofTmmunologicalInterest,第五版，National InstituteofHealth,Bethesda,Md. (1991))。恒定域不直接参与抗体与抗原的结合，但现 实多种效应子功能，诸如抗体参与到抗体-依赖性细胞的细胞毒性。
[0291] 抗体的木瓜蛋白酶消化产生两个相同的被称为"Fab"片段的抗原-结合片段，各 自具有一个抗原-结合位点和残余"Fc"片段，"Fab"片段的名称反映了其易于结晶的能力。 胃蛋白酶处理产生具有两个抗原-结合位点的F(ab)2片段并仍能够交联抗原。
[0292]"Fv"是指包含抗原-识别和抗原结合位点的抗体。在双链Fv种类中，该区域包含 一条重链和一条轻链可变域的非共价结合的二聚体。在单链Fv(scFv)种类中，一条重链和 一条轻链可变域可由柔性肽接头共价地连接，进而轻链和重链可以"二聚的"结构连接，该 "二聚的"结构的结构类似于轻链和重链在双链Fv(scFv)种类中。正是在这种构型中，各个 可变域的3个⑶R相互作用以将抗原-结合位点限定在VH-VL二聚体的表面上。6个⑶R 共同赋予抗体的抗原-结合特异性。然而，即使一个可变域（或只含有三个抗原特异性的 Fv的一半）也具有识别和结合抗原的能力，虽然比完整结合位点更低的亲和力。
[0293]Fab片段还含有轻链的恒定域和重链的第一恒定域（CHl)。Fab'片段因在包含抗 体铰链区的一个或多个半胱氨酸的重链CHl结构域的羰基末端处添加几个残基而与Fab片 段不同。Fab' -SH本文指定为Fab'，其中恒定域的半胱氨酸残基具有游离地硫醇基。F(ab'）2 抗体片段最初是作为Fab'片段对产生，该Fab'片段在其之间具有铰链半胱氨酸。还已知 抗体片段的其他化学偶联。
[0294] 基于脊椎动物种类恒定域的氨基酸序列，将来自任何脊椎动物种类的抗体（免疫 球蛋白）的"轻链"分配到两个明显不同类型的被称为kappa(K)和IambdaU)的其中之 〇
[0295] 基于它们的重链恒定域的氨基酸序列，将免疫球蛋白分配成不同的类别。存在五 个重要类别的免疫球蛋白：IgA、IgD、IgE、IgG和IgM以及可进一步分为亚类（同种型）的 一些免疫球蛋白，例如IgGpIgG2、IgG3、IgG4、IgAJPIgA2。对应于免疫球蛋白的不同种类 的重链恒定域分别被称为a、S、ε、Y和μ。免疫球蛋白不同类别的亚基结构和三维构 型是众所周知的。
[0296] "抗体片段"包含完整抗体的仅仅一部分，其中该部分优选保留在完整抗体存在 时通常与该部分相关联的至少一个、优选大部分或全部功能。抗体片段的实例包括：Fab、 Fab'、F(ab'）2、单链Fvs(scFv)、Fv、dsFv、双抗体（例如（dsFv)2)、Fd和Fd' 片段、Fab 片段、Fd片段、scFv片段、线性抗体、单链抗体分子、微抗体、柔性微抗体、双特异性片段和 由抗体片段形成的多特异性抗体（参见，例如MethodsinMolecularBiology,第207 卷：RecombinantAntibodiesforCancerTherapyMethodsandProtocols(2003);第一 章；第3-25页，Kipriyanov)。其他已知的片段包括但不限于：scFab片段（Hust等人，BMC Biotechnology(2007)，7:14)。在一个实施方案中，抗体片段包含完整抗体的抗原结合位点 以及因此保留结合抗原的能力。在另一个实施方案中，抗体片段，例如包含Fc区域的抗体 片段，保留在完整抗体存在时通常与该Fc区域相关联的至少一个生物学功能，诸如FcRn结 合、抗体半衰期调控、ADCC功能和互补结合。在一个实施方案中，抗体片段是具有体内半衰 期基本类似于完整抗体的单价抗体。例如，此类抗体片段可包含与Fc序列连接的能够赋予 片段体外稳定性的抗原结合臂。再例如，抗体片段或抗体部分是指全长抗体的任何部分，该 部分小于全长但包含足以形成抗原结合位点的抗体可变区的至少一部分（例如，一个或多 个CDR)并因此保留全长抗体、抗体片段、包括由全长抗体酶处理产生的抗体衍生物以及合 成例如重组产生的衍生物的结合特异性和/或活性。
[0297] "dsFv"是指具有工程化分子间二硫键并稳定VH-VL对的Fv。
[0298] "Fd片段"是指包含可变区（VH)和抗体重链的一个恒定区结构域（CHl)的抗体片 段。
[0299] "Fab片段"是指含有由全长免疫球蛋白在木瓜蛋白酶下的消化产生的全长抗体的 一部分的抗体片段或具有合成例如重组产生的相同结构的片段。Fab片段包含轻链（含有 VL和CL部分）以及含有重链可变域（VH)和重链的一个恒定区域结构域部分（CHl)的另一 条链；Fab片段可重组产生。
[0300] "F(ab'）2片段"是指由免疫球蛋白在胃蛋白酶pH4.0-4.5下的消化产生的抗体 片段或合成例如重组产生的具有相同结构的抗体。F(ab'）2片段包含两个Fab片段但其中 各个重链部分包含几个附加氨基酸，包括形成二硫键的半胱氨酸残基，该二硫键连接两个 片段；F(ab'）2片段可重组产生。
[0301] "Fab'片段"是指包含F(ab'）2片段的一半（一条重链和一条轻链）的片段。
[0302] "Fd'片段"是指包含F(ab'）2片段的一条重链部分的抗体的片段。
[0303] "Fv'片段"是指仅仅包含抗体分子的VH和VL结构域的片段。
[0304] "scFv片段"是指包含可变轻链（VL)和可变重链（VH)的抗体片段，该可变轻链 (VL)和可变重链（VH)由多肽接头以任何顺序共价连接。接头具有长度以便于桥接两个可 变域而无本质干扰。示例性接头是具有整个分散以增加溶解度的一些Glu或Lys残基的 (Gly-Ser)η残基。
[0305] 双特异抗体是二聚的scFv;双特异抗体通常具有比acFv短的肽接头，并且双特异 抗体优选成为二聚体。
[0306] "HsFv"是指抗体片段，其中通常存在于Fab片段中的恒定域已经被异源二聚卷曲 螺旋结构域取代（参见，例如Arndt等人，（2001)JMolBiol. 7:312:221-228)。
[0307] "高变区"、"HVR"或"HV"、以及"互补决定区"或"⑶R"，可指抗体可变域的区域， 该抗体可变域是序列高变的和/或形成限定的环。通常，抗体包含6个高变或CDR区域、 3个VH(H1，H2,H3)和3个VL(L1，L2,L3)。许多高变区域或⑶R划定都在使用中并涵盖 于本文。Kabat互补决定区（Kabat⑶R)是基于序列可变性并且是最常使用的（Kabat 等人，SequencesofProteinsofImmunologicalInterest,第 5 版PublicHealth Service，NationalInstitutesofHealth，Bethesda,Md. (1991))。Chothia改为是指结构 环的位置（Chothia和Lesk,J.Mol.Biol. 196:901-917(1987))。AbM高变区代表在Kabat ⑶R和Chothia结构环（Chothia"⑶R"）间的折中并被牛津分子AbM抗体建模软件采用。 "接触"高变区域是基于可获得复合物晶体结构的分析。来自各个这些高变区域的残基记录 如下。（另请参见，例如，图1和12. 3ICI抗体的粗体、斜体文本是Kabat⑶R且加下划线的 文本是ChothiaCDR)

【权利要求】
1. 一种抗体或其结合片段的文库，其中该抗体或其结合片段包含超长CDR3。
2. -种编码抗体或其结合片段的多核苷酸的文库，其中该编码的抗体或其结合片段包 含超长CDR3。
3. 如权利要求1或2所述的文库，其中所述超长CDR3的长度为35个氨基酸或更长、 长度为40个氨基酸或更长、长度为45个氨基酸或更长、长度为50个氨基酸或更长、长度为 55个氨基酸或更长或者长度为60个氨基酸或更长。
4. 如权利要求3所述的文库，其中所述超长CDR3的长度为35个氨基酸或更长。
5. 如权利要求1或2所述的文库，其中所述超长CDR3包含3个或更多个半胱氨酸残 基、4个或更多个半胱氨酸残基、5或更多个半胱氨酸残基、6个或更多个半胱氨酸残基、7个 或更多个半胱氨酸残基、8个或更多个半胱氨酸残基、9个或更多个半胱氨酸残基、10个或 更多个半胱氨酸残基、11个或更多个半胱氨酸残基或12个或更多个半胱氨酸残基。
6. 如权利要求5所述的文库，其中所述超长CDR3包含3个或更多个半胱氨酸残基。
7. 如权利要求1或2所述的文库，其中所述抗体或其结合片段包含半胱氨酸基序。
8. 如权利要求7所述的文库，其中所述半胱氨酸基序是SEQ ID NOS:45-99中的任一个 或 SEQ ID N0S: 100-56 中的任一个。
9. 如权利要求1或2所述的文库，其中所述超长CDR3包含非人DH或其衍生物。
10. 如权利要求1或2所述的文库，其中所述超长⑶R3包含JH序列或其衍生物。
11. 如权利要求1或2所述的文库，其中所述超长CDR3包含：(a)非人VH序列或其衍 生物；(b)非人DH序列或其衍生物；和/或（c) JH序列或其衍生物。
12. 如权利要求11所述的文库，其中所述超长CDR3包含额外的氨基酸序列，该额外的 氨基酸序列包含位于VH序列与DH序列之间的2-6个或更多个氨基酸残基。
13. 如权利要求1或2所述的文库，其中所述超长CDR3包含非牛序列。
14. 如权利要求13所述的文库，其中所述非牛序列为非抗体或人序列。
15. 如权利要求13所述的文库，其中所述非牛序列代替了所述超长CDR3的至少一部 分。
16. 如权利要求12-14中任一项所述的文库，其中所述非牛序列是激素、淋巴因子、白 介素、趋化因子、细胞因子、毒素或它们的组合。
17. 如权利要求16所述的文库，其中所述非牛序列是细胞因子。
18. 如权利要求17所述的文库，其中所述细胞因子是粒细胞集落刺激因子（G-CSF)。
19. 如权利要求13所述的文库，其中所述超长CDR3包含额外的序列，该额外的序列是 接头。
20. 如权利要求19所述的文库，其中所述接头连接至所述非抗体序列的C-末端，N-末 端，或同时连接至C-末端和N-末端。
21. 如权利要求19所述的文库，其中所述接头是（GGGGS) n(SEQ ID NO:339)，其中η为 1至5的整数。
22. 如权利要求1或2所述的文库，其中所述超长⑶R3包含X 1X2X3X4X5基序，其中X 1S 苏氨酸（T)、甘氨酸（G)、丙氨酸（A)、丝氨酸（S)或缬氨酸（V)，其中X2为丝氨酸（S)、苏氨 酸（T)、脯氨酸（P)、异亮氨酸（I)、丙氨酸（A)、缬氨酸（V)或天冬酰胺（N)，其中X 3为缬氨 酸（V)、丙氨酸（A)、苏氨酸（T)或天冬氨酸（D)，其中X4为组氨酸（H)、苏氨酸（T)、精氨酸 (R) 、酪氨酸（Y)、苯丙氨酸（F)或亮氨酸（L)，且其中X5为谷氨酰胺（Q)。
23. 如权利要求21的所述的文库，其中所述X1X2X3X4X 5基序选自SEQ ID N0S:159-191。
24. 如权利要求22所述的文库，其中所述超长CDR3还包含（X aXb) z基序，其中X a为任 意氨基酸残基，Xb为选自下组的芳族氨基酸：酪氨酸（Y)、苯丙氨酸（F)、色氨酸（W)和组氨 酸⑶，并且其中z为1-4。
25. 如权利要求24所述的文库，其中所述（X aXb) z基序为YXYXYX。
26. 如权利要求1或2所述的文库，其中所述超长CDR3包含X 1X2X3X4X5X n(XaXb)z基序， 其中X1为苏氨酸（T)、甘氨酸（G)、丙氨酸（A)、丝氨酸（S)或缬氨酸（V)，其中X 2为丝氨酸 (S) 、苏氨酸（T)、脯氨酸（P)、异亮氨酸（I)、丙氨酸（A)、缬氨酸（V)或天冬酰胺（N)，其中X3 为缬氨酸（V)、丙氨酸（A)、苏氨酸（T)或天冬氨酸（D)，其中X4为组氨酸（H)、苏氨酸（T)、 精氨酸（R)、酪氨酸（Y)、苯丙氨酸（F)或亮氨酸（L)，且其中X5为谷氨酰胺（Q)，其中XaS 任意氨基酸残基，Xb为选自下组的芳族氨基酸：酪氨酸（Y)、苯丙氨酸（F)、色氨酸（W)和组 氨酸（H)，其中η为27-54,并且其中z为1-4。
27. 如权利要求26所述的文库，其中所述X 1X2X3X4X5基序是TTVHQ(SEQ ID NO. 159)或 TSVHQ (SEQ ID NO. 160)，并且其中所述（XaXb)z基序是 YXYXYX。
28. 如权利要求1或2所述的文库，其中所述超长⑶R3包含TSVHQETKKYQ(SEQ ID NO. 157), VHQETKKYQ(SEQ ID NO: 158), CTTVHQXn (SEQ ID NO. 223)m CTSVHQXn (SEQ ID NO. 224)，其中 n 为 1-8, TTVHQ(SEQ ID NO. 159)、TSVHQ(SEQ ID NO. 160)、VHQ、KKQ、VYQ、 YTYNYEW(SEQ ID NO: 235)，或它们的组合。
29. 如权利要求I或2所述的文库，其中所述超长⑶R3包含CX 1X2X3X4Q,其中X1为T、S、 A或G，其中X2为T、S、A、P或I，其中X 3为V或K，并且其中X 4为H、K或Y。
30. 如权利要求1或2所述的文库，其中所述超长⑶R3包含CX 1X2VHQ,其中X1为T、S、 A或G，并且其中X2为T、S、A、P或I。
31. 如权利要求1或2所述的文库，其中所述超长⑶R3包含CX 1X2VX3Q,其中X1为T、S、 A或G，其中X2为T、S、A、P或I，并且其中X 3为H、Y或K。
32. 如权利要求1或2所述的文库，其中所述超长⑶R3包含CX 1X2KKQ,其中X1为T、S、 A或G，并且其中X2为T、S、A、P或I。
33. 如权利要求1或2所述的文库，其中所述超长⑶R3包含YX 1YX2,其中X2为E或D。
34. 如权利要求1或2所述的文库，其中所述超长⑶R3包含YX 1YX2Y15
35. 如权利要求1或2所述的文库，其中所述超长⑶R3包含Y (E/D)X，其中X为H、W、 N、F、I 或 Y。
36. 如权利要求1或2所述的文库，其中所述超长⑶R3包含XY(E/D)，其中X为T、S、N 或I。
37. 如权利要求1或2所述的文库，其中所述超长⑶R3包含Y (E/D) X 1XnW，其中X1为H、 W、N、F、I或Y，并且其中η为1-4。
38. 如权利要求1或2的文库，其中所述抗体或其结合片段是嵌合的、人工程化的或人 源化的。
39. 如权利要求1或2所述的文库，其中所述超长CDR3是反刍动物的CDR3。
40. 如权利要求39所述的文库，其中所述反刍动物是牛。
41. 一种载体的文库，其包含如权利要求2-40中任一项所述的多核苷酸文库。
42. -种宿主细胞的文库，其包含如权利要求41所述的载体文库。
43. 如权利要求42所述的文库，其中所述细胞是细菌、昆虫、病毒或噬菌体。
44. 如权利要求42所述的文库，其中所述细胞是哺乳动物细胞。
45. 如权利要求42所述的文库，其中所述抗体或其结合片段被展示在细胞表面上。
46. 如权利要求42所述的文库，其中所述抗体或其结合片段是从细胞分泌的。
47. 如权利要求42所述的文库，其中所述抗体或其结合片段以空间寻址的格式存在。
48. -种重组抗体或其片段，其中所述重组抗体或其片段的至少一部分基于或来源于 超长⑶R3的至少一部分。
49. 一种抗体或其片段，其包含：(a)第一抗体序列，其中该第一抗体序列的至少一部 分来源于超长CDR3的至少一部分；(b)非抗体序列；和（c)任选的第二抗体序列，其中该第 二抗体序列的至少一部分来源于超长⑶R3的至少一部分。
50. 如权利要求48或49所述的抗体，其中所述抗体是嵌合抗体、人工程化抗体或人源 化抗体。
51. 如权利要求48或49所述的抗体，其中所述抗体是牛抗体、牛源化抗体、牛工程化抗 体或全牛抗体。
52. 如权利要求48或49所述的抗体，其中所述抗体包含Fab、scFv、dsFv、双抗体、 (dsFv) 2、微抗体、柔性微抗体或双特异性片段。
53. 如权利要求48或49所述的抗体，其中所述抗体是分离的抗体。
54. 如权利要求48所述的抗体，其进一步包含非抗体序列。
55. 如权利要求49或54所述的抗体，其中所述非抗体序列来源于哺乳动物。
56. 如权利要求55所述的抗体，其中所述哺乳动物是牛、人或非牛哺乳动物。
57. 如权利要求49或54所述的抗体，其中所述非抗体序列来源于非牛动物。
58. 如权利要求57所述的抗体，其中所述非牛动物是蝎子、蜥蜴或蜗牛。
59. 如权利要求58所述的抗体，其中所述蜥蜴是钝尾毒蜥。
60. 如权利要求49或54所述的抗体，其中所述非抗体序列来源于生长因子、细胞因子、 激素或毒素。
61. 如权利要求60所述的抗体，其中所述生长因子是GSCF、GMCSF或FGF21。
62. 如权利要求61所述的抗体，其中所述GCSF是牛GCSF或人GCSF。
63. 如权利要求60所述的抗体，其中所述细胞因子是β-干扰素。
64. 如权利要求60所述的抗体，其中所述激素是毒蜥外泌肽-4、GLP-1、促生长素抑制 素或促红细胞生成素。
65. 如权利要求60所述的抗体，其中所述毒素是Mokal、VM-24、氯毒素、齐考诺肽或原 毒素2。
66. 如权利要求49或54所述的抗体，其中所述非抗体序列是合成序列。
67. 如权利要求49或54所述的抗体，其中所述非抗体序列是细胞因子序列、淋巴因子 序列、趋化因子序列、生长因子序列、激素序列或毒素序列。
68. 如权利要求49或54所述的抗体，其中所述非抗体序列是IL-8序列、IL-21序列 中、SDF-I ( α )序列、促生长素抑制素序列、氯毒素序列、原毒素2序列或齐考诺肽序列。
69. 如权利要求49或54所述的抗体，其中所述非抗体序列选自SEQ ID NOS: 317-332。
70. 如权利要求48或49所述的抗体，其中所述超长CDR3基于或来源于牛超长CDR3。
71. 如权利要求48所述的抗体，其中所述抗体的至少一部分来自哺乳动物。
72. 如权利要求49所述的抗体，其中所述第一抗体序列的至少一部分和/或所述第二 抗体序列的至少一部分来自哺乳动物。
73. 如权利要求71-72中任一项所述的抗体，其中所述哺乳动物是牛、人或非牛哺乳动 物。
74. 如权利要求48所述的抗体，其中所述抗体在长度上为3个或更多个氨基酸。
75. 如权利要求48所述的抗体，其中所述基于或来源于超长CDR3的至少一部分的抗体 的部分在长度上为20个或更少的氨基酸。
76. 如权利要求48所述的抗体，其中所述基于或来源于超长CDR3的至少一部分的抗体 的部分在长度上为3个或更多个氨基酸。
77. 如权利要求48所述的抗体，其中所述抗体包含基于或来源于超长CDR3的茎结构 域、超长CDR3的隆突结构域或其组合的一个或多个氨基酸残基。
78. 如权利要求48所述的抗体，其中该抗体包含来源于超长⑶R3的茎结构域的一个或 多个保守基序。
79. 如权利要求54所述的抗体，其中所述非抗体序列代替了所述超长CDR3的至少一部 分。
80. 如权利要求48或49所述的抗体，其中所述超长CDR3的部分包含超长CDR3的茎结 构域的至少一部分、超长CDR3的隆突结构域的至少一部分或其组合。
81. 如权利要求48所述的抗体，其中该抗体包含选自SEQ ID N0S: 157-307和SEQ ID NOS:333-336中的任一个的序列。
82. 如权利要求48所述的抗体，其中该抗体包含与选自SEQ ID N0S:157-224和 235-295中任一个的序列50 %或更高同源的序列。
83. 如权利要求48所述的抗体，其中该抗体包含选自SEQ ID N0S: 157-234的第一序列 和选自 SEQ ID NOS :235-307 和 SEQ ID NOS :333-336 的第二序列。
84. 如权利要求48所述的抗体，其中所述重组抗体或其片段的一部分基于或来源于单 个超长⑶R3序列的至少一部分。
85. 如权利要求48所述的抗体，其中所述重组抗体或其片段的一部分基于或来源于两 种或更多种不同的超长CDR3序列的至少一部分。
86. 如权利要求48所述的抗体，其中所述超长CDR3的一部分基于或来源于BLV1H12超 长Q)R3序列。
87. 如权利要求48所述的抗体，其中所述超长CDR3的一部分基于或来源于与BLV1H12 超长⑶R3序列50 %或更高同源的序列。
88. 如权利要求48所述的抗体，其中所述超长⑶R3的一部分基于或来源于BLV5B8、 BLVCVl、BLVOT3、BLV8C1 UBFlHl 或 F18 超长 CDR3 序列。
89. 如权利要求48所述的抗体，其中所述超长CDR3的一部分基于或来源于与BLV5B8、 81^(^1、81^^)3、81^8(：11、8?1!11或？18超长〇)1?3序列50%或更高同源的序列。
90. 如权利要求49所述的抗体，其中所述第一和第二抗体序列的长度为3个或更多个 氨基酸。
91. 如权利要求49所述的抗体，其中所述来源于超长CDR3的至少一部分的第一抗体序 列的一部分和/或来源于超长CDR3的至少一部分的第二抗体序列的一部分在长度上为20 个或更少的氨基酸。
92. 如权利要求49所述的抗体，其中所述来源于超长CDR3的至少一部分的第一抗体 序列的一部分和/或来源于超长CDR3的至少一部分的第二抗体序列的一部分在长度上为 3个或更多的氨基酸。
93. 如权利要求49所述的抗体，其中所述第一和/或第二抗体序列包含基于或来源于 超长CDR3的茎结构域、超长CDR3的隆突结构域或其组合的一个或多个氨基酸残基。
94. 如权利要求77或93所述的抗体，其中所述来源于超长CDR3的隆突结构域的一个 或多个氨基酸残基是丝氨酸和/或半胱氨酸残基。
95. 如权利要求49所述的抗体，其中所述第一和/或第二抗体序列包含来源于超长 CDR3的茎结构域的一个或多个保守基序。
96. 如权利要求78或95所述的抗体，其中所述来源于超长CDR3的茎结构域的一个或 多个保守基序包含选自SEQ ID NOS:157-307和SEQ ID NOS:333-336中的任一个的序列。
97. 如权利要求49所述的抗体，其中所述来源于超长CDR3的至少一部分的第一抗体 序列的一部分和/或来源于超长CDR3的至少一部分的第二抗体序列的一部分包含选自SEQ ID NOS:157-307 和 SEQ ID NOS:333-336 中的任一个的序列。
98. 如权利要求49所述的抗体，其中所述来源于超长CDR3的至少一部分的第一抗体 序列的一部分和/或来源于超长CDR3的至少一部分的第二抗体序列的一部分包含与选自 SEQ ID N0S: 157-224和235-295中的任一个的序列50%或更高同源的序列。
99. 如权利要求49所述的抗体，其中所述来源于超长CDR3的至少一部分的第一抗体序 列的一部分包含选自SEQ ID NOS:157-234中的任一个的序列。
100. 如权利要求49所述的抗体，其中所述来源于超长CDR3的至少一部分的第一抗体 序列的一部分包含与选自SEQ ID N0S: 157-224中的任一个的序列50%或更高同源的序列。
101. 如权利要求49所述的抗体，其中所述来源于超长CDR3的至少一部分的第二抗体 序列的一部分包含选自SEQ ID NOS:235-307和SEQ ID NOS:333-336中的任一个的序列。
102. 如权利要求49所述的抗体，其中所述来源于超长CDR3的至少一部分的第二抗体 序列的一部分包含与选自SEQ ID N0S:235-295中的任一个的序列50%或更高同源的序列。
103. 如权利要求49所述的抗体，其中所述来源于超长CDR3的至少一部分的第一抗体 序列的一部分和所述来源于超长CDR3的至少一部分的第二抗体序列的一部分来源于相同 的超长⑶R3序列。
104. 如权利要求49所述的抗体，其中所述来源于超长CDR3的至少一部分的第一抗体 序列的一部分和所述来源于超长CDR3的至少一部分的第二抗体序列的一部分来源于两种 或更多种不同的超长CDR3序列。
105. 如权利要求49所述的抗体，其中所述第一和/或第二抗体序列的超长CDR3的部 分基于或来源于BLV1H12超长CDR3序列。
106. 如权利要求49所述的抗体，其中所述第一和/或第二抗体序列的超长CDR3的部 分基于或来源于与BLV1H12超长⑶R3序列50%或更高同源的序列。
107. 如权利要求49所述的抗体，其中所述第一和/或第二抗体序列的超长CDR3的部 分基于或来源于 BLV5B8、BLVCV1、BLVOT3、BLV8C11、BFlHl 或 F18 超长 CDR3 序列。
108. 如权利要求49所述的抗体，其中所述第一和/或第二抗体序列的超长CDR3的部 分基于或来源于与81^588、81^(^1、81^^)3、81^8(：11、8?1!11或？18超长〇)1?3序列50%或 更高同源的序列。
109. 如权利要求48-49中任一项所述的抗体，其中所述超长CDR3基于或来源于长度为 35个或更多个氨基酸的超长CDR3。
110. 如权利要求48-49中任一项所述的抗体，其中所述超长CDR3基于或来源于包含3 个或更多个半胱氨酸残基的超长CDR3。
111. 如权利要求48-49中任一项所述的抗体，其中所述超长CDR3基于或来源于包含一 个或多个半胱氨酸基序的超长CDR3。
112. 如权利要求111所述的抗体，其中所述一个或多个半胱氨酸基序选自SEQ ID NOS:45-99。
113. 如权利要求112所述的抗体，其中所述一个或多个半胱氨酸基序选自SEQ ID N0S:100-156。
114. 如权利要求48-49中任一项所述的抗体，其中所述抗体基于或来源于长度为35个 或更多个氨基酸的超长CDR3。
115. 如权利要求48-49中任一项所述的抗体，其中所述抗体基于或来源于包含3个或 更多个半胱氨酸残基的超长CDR3。
116. 如权利要求48-49中任一项所述的抗体，其中所述抗体基于或来源于包含一个或 多个半胱氨酸基序的超长CDR3。
117. 如权利要求48-49中任一项所述的抗体，其中所述抗体包含长度为35个或更多个 氨基酸的超长CDR3。
118. 如权利要求48-49中任一项所述的抗体，其中所述抗体含有包含3个或更多个半 胱氨酸残基的超长CDR3。
119. 如权利要求48-49中任一项所述的抗体，其中所述抗体含有包含一个或多个半胱 氨酸基序的超长CDR3。
120. 如权利要求48-49中任一项所述的抗体，其中所述超长⑶R3是重链⑶R3。
121. 如权利要求48-49中任一项所述的抗体，其中所述超长CDR3包含来源于或基于非 人DH序列的氨基酸序列。
122. 如权利要求48-49中任一项所述的抗体，其中所述超长CDR3包含来源于或基于 JH序列的氨基酸序列。
123. 如权利要求48-49中任一项所述的抗体，其中所述超长⑶R3包含： a. 来源于或基于非人VH序列的氨基酸序列； b. 来源于或基于非人DH序列的氨基酸序列；和/或 c. 来源于或基于JH序列的氨基酸序列。
124. 如权利要求48-49中任一项所述的抗体，其中所述超长CDR3包含额外的氨基酸序 列，该额外的氨基酸序列包含位于VH衍生的氨基酸序列与DH衍生的氨基酸序列之间的至 少约两个氨基酸残基。
125. 如权利要求48所述的抗体，其中所述抗体或其结合片段包含选自SEQ ID NOS :24-44的序列，该抗体或其结合片段由SEQ ID NOS :2-22的DNA编码。
126. 如权利要求48所述的抗体，其中所述抗体或其结合片段包含选自SEQ ID NO:23 的序列，该抗体或其结合片段由SEQ ID NO: 1的DNA编码。
127. 如权利要求48所述的抗体，其中所述超长⑶R3包含选自SEQ ID NOS :24-44的序 列。
128. 如权利要求48所述的抗体，其中所述超长⑶R3包含选自SEQ ID NO:23的序列。
129. 如权利要求48所述的抗体，其中所述超长CDR3是由来源于或基于SEQ ID NOS :2-22的DNA序列所编码的。
130. 如权利要求48所述的抗体，其中所述超长⑶R3是由来源于或基于SEQ ID NO: 1 的DNA序列所编码的。
131. 如权利要求48、49或54所述的抗体，其进一步包含第一接头序列。
132. 如权利要求131所述的抗体，其进一步包含第二接头序列。
133. 如权利要求132所述的抗体，其中所述第一和第二接头序列包含相同的序列。
134. 如权利要求132所述的抗体，其中所述第一和第二接头序列包含不同的序列。
135. 如权利要求131-132中任一项所述的抗体，其中所述第一和/或第二接头序列将 所述非抗体序列连接到基于或来源于超长CDR3的部分的部分上。
136. 如权利要求132所述的抗体，其中所述第一和/或第二接头序列将所述非抗体序 列连接到所述第一抗体序列上。
137. 如权利要求132所述的抗体，其中所述第一和/或第二接头序列将所述非抗体序 列连接到所述第二抗体序列上。
138. 如权利要求132所述的抗体，其中所述第一和/或第二接头序列包含序列GGGGS。
139. 如权利要求132的抗体，其中所述第一和/或第二接头序列包含（a)序列（GGGGS) n且其中 η = 1 至 5 ; (b)序列 GGGSGGGGS ; (c)序列 GGGGSGGGS ;或（d) (a) - (c)的组合。
140. 如权利要求132所述的抗体，其中所述第一和/或第二接头序列为相同的长度。
141. 如权利要求132的抗体，其中所述第一和/或第二接头序列为不同的长度。
142. 如权利要求132所述的抗体，其中所述第一和/或第二接头序列的长度为3个或 更多个氨基酸。
143. 如权利要求132所述的抗体，其中所述第一和/或第二接头序列包含1个或多个 甘氨酸残基。
144. 如权利要求132所述的抗体，其中所述第一和/或第二接头序列包含2个或更多 个连续甘氨酸残基。
145. 如权利要求132所述的抗体，其中所述第一和/或第二接头序列包含1个或多个 丝氨酸残基。
146. 如权利要求132所述的抗体，其中所述第一和/或第二接头序列包含1个或多个 极性氨基酸残基。
147. 如权利要求146所述的抗体，其中所述1个或多个极性氨基酸残基选自丝氨酸、苏 氨酸、天冬酰胺或谷氨酰胺。
148. 如权利要求146所述的抗体，其中所述极性氨基酸残基包含不带电荷的侧链。
149. 如权利要求48所述的抗体，其进一步包含一个或多个切割位点。
150. 如权利要求149所述的抗体，其中所述一个或多个切割位点包括蛋白酶的识别位 点。
151. 如权利要求149所述的抗体，其中所述蛋白酶为因子Xa。
152. 如权利要求149所述的抗体，其中所述一个或多个切割位点包括IEGR的氨基酸序 列。
153. 如权利要求149所述的抗体，其中所述一个或多个切割位点位于所述第一抗体序 列与所述非抗体序列之间。
154. 如权利要求149所述的抗体，其中所述一个或多个切割位点位于所述第二抗体序 列与所述非抗体序列之间。
155. 如权利要求49所述的抗体，其进一步包含一个或多个切割位点和一个或多个接 头。
156. 如权利要求155所述的抗体，其中所述一个或多个切割位点位于所述一个或多个 接头与所述非抗体序列之间。
157. 如权利要求155所述的抗体，其中所述一个或多个切割位点位于所述第一抗体序 列与所述一个或多个接头之间。
158. 如权利要求155所述的抗体，其中所述一个或多个切割位点位于所述第二抗体序 列与所述一个或多个接头之间。
159. -种抗体或其结合片段的文库，其中该抗体或其结合片段包含超长CDR3。
160. -种抗体或其结合片段的文库，其中该抗体或其结合片段包含如权利要求 48-158中任一项所述的抗体或结合片段。
161. -种核酸文库，其包含多个包含编码抗体或其结合片段的序列的多核苷酸，其中 该抗体或其结合片段包含超长CDR3。
162. -种核酸文库，其包含多个包含编码抗体或其结合片段的序列的多核苷酸，其中 该抗体或其结合片段包含如权利要求48-158中任一项所述的抗体或结合片段。
163. -种多核苷酸，其包含编码可变区的核酸序列，其中该可变区包含超长⑶R3。
164. -种包含多核苷酸的载体，其中该多核苷酸包含编码可变区的核酸序列，其中该 可变区包含超长⑶R3。
165. -种包含多核苷酸的宿主细胞，其中该多核苷酸包含编码可变区的核酸序列，其 中该可变区包含超长⑶R3。
166. -种多核苷酸，其包含编码如权利要求48-158中任一项所述的抗体或其结合片 段的核酸序列。
167. -种包含多核苷酸的载体，其中该多核苷酸包含编码如权利要求 [00144] -[00173]中任一项所述的抗体或其结合片段的核酸序列。
168. -种包含多核苷酸的宿主细胞，其中该多核苷酸包含编码如权利要求48-158中 任一项所述的抗体或其结合片段的核酸序列。
169. -种产生包含超长CDR3或其片段的抗体或其结合片段的方法，其包括在其中所 述多核苷酸序列得到表达并且所述包含超长CDR3或其片段的抗体或其结合片段得以产生 的条件下培养权利要求168的宿主细胞。
170. 如权利要求169所述的方法，其进一步包括从宿主细胞培养物中回收所述包含超 长CDR3或其片段的抗体或其结合片段。
171. -种药物组合物，其包含如权利要求48-158中任一项所述的抗体或其片段。
172. -种药物组合物，其包含（a)包含基于或来源于超长⑶R3的至少一部分的序列的 抗体或其片段；和（b)药学上可接受的赋形剂。
173. 如权利要求172或173所述的药物组合物，其进一步包含治疗剂。
174. 如权利要求172或173的药物组合物，其中所述治疗剂是抗体、小分子、有机化合 物、肽、蛋白质。
175. -种治疗有需要的受试者的疾病或病症的方法，其包括向哺乳动物施用治疗有效 量的如权利要求48-158中任一项所述的抗体。
176. 如权利要求175所述的方法，其中所述抗体包含超长CDR3序列和非抗体序列。
177. 如权利要求176所述的方法，其中所述非抗体序列选自Mokal、Vm24、GLP-l、毒蜥 外泌肽-4、β -干扰素、人EPO、人FGF21、人GMCSF、人干扰素-β、牛GCSF、人GCSF、IL8、齐 考诺肽、促生长素抑制素、氯毒素 、SDFl ( α )、IL21、原毒素2以及它们的衍生物或变体。
178. 如权利要求175所述的方法，其中所述疾病或病症选自：自身免疫性疾病、异种免 疫性疾病或病症、炎性疾病、病原性感染、血栓栓塞性病症、呼吸系统疾病或病症、代谢病、 中枢神经系统（CNS)病症、骨病、癌症、血液病症、肥胖症、糖尿病、骨质疏松症、贫血或疼 痛。
179. 如权利要求175所述的方法，其中所述疾病或病症将受益于离子通道的调节。
180. 如权利要求179所述的方法，其中所述离子通道选自钾离子通道、钠离子通道或 酸敏感离子通道。
181. 如权利要求175所述的方法，其中所述离子通道选自KvL 3离子通道、NavL 7离 子通道和酸敏感离子通道（ASIC)。
182. 如权利要求175所述的方法，其中所述疾病或病症将受益于受体的调节。
183. 如权利要求182所述的方法，其中所述受体选自GLPIR、GCGR、EPO受体、FGFR、 FGF21R、CSFR、GMCSFR、IL8R、IL21R 和 GCSFR。
184. 如权利要求175所述的方法，其中所述疾病或病症是乳腺炎。
185. 如权利要求175所述的方法，其中所述受试者是哺乳动物。
186. 如权利要求185所述的方法，其中所述哺乳动物是牛或人。
187. -种分离的晶体，其含有包含SEQ ID NO: 24和SEQ ID NO: 23的牛抗体Fab片段， 其中该晶体具有空间群a = 71. 4埃、b = 127. 6埃且c = 127. 9埃的晶胞尺寸。
188. -种分离的晶体，其含有包含SEQ ID NO: 340和SEQ ID NO: 341的牛抗体Fab片 段，其中该晶体具有空间群a = 54. 6埃、b = 53. 7埃且c = 330. 5埃的晶胞尺 寸。
【文档编号】C07K16/18GK104520321SQ201380013323
【公开日】2015年4月15日 申请日期:2013年1月9日 优先权日:2012年1月9日
【发明者】奥马尔·A·巴兹甘, 茅洪源, 沃恩·斯密德, 达米安·爱可尔特, P·舒尔茨, 峰·王, 伊恩·威尔森, 勇·张 申请人:斯克利普斯研究所, 奥马尔·A·巴兹甘, 茅洪源