使用基因表达测定预测肽受体放射治疗的制作方法

文档序号:21697909发布日期:2020-07-31 22:49阅读:来源:国知局

技术特征:

1.一种为患有神经内分泌肿瘤(net)的受试者提供肽受体放射治疗(prrt)治疗建议的方法,所述方法包括:

通过使来自所述受试者的测试样品与多种特异性检测至少9种生物标志物的表达的试剂接触来确定来自所述测试样品的所述至少9种生物标志物的表达水平,其中所述9种生物标志物包括araf1、braf、kras、raf-1、atp6v1h、oaz2、pank2、pld3和alg9;

将araf1、braf、kras、raf-1、atp6v1h、oaz2、pank2和pld3中每一种的表达水平标准化为alg9的表达水平,从而获得araf1、braf、kras、raf-1、atp6v1h、oaz2、pank2和pld3中每一种的标准化表达水平;

将araf1、braf、kras、raf-1、atp6v1h、oaz2、pank2和pld3中每一种的标准化表达水平求和,从而获得总和表达水平;

确定第一分数,其中当所述总和表达水平等于或大于第一预定的截止值时,第一分数为1,或者当所述总和表达水平低于第一预定的截止值时,第一分数为0;

基于net的组织学等级确定第二分数,其中当将net指定为高等级时,第二分数为1,或者当将net指定为低等级时,第二分数为0;基于以下公式计算第三分数:

第三分数=39.22787-40.80341*(第一分数)-18.441*(第二分数);和

当第三分数等于或小于第二预定的截止值时,提供net将对prrt有反应的建议,或者

当第三分数高于第二预定的截止值时,提供net将对prrt没有反应的建议。

2.权利要求1的方法,其中第一预定的截止值为5.9。

3.权利要求1或2的方法,其中第二预定的截止值为0。

4.权利要求1-3中任何一项的方法,其具有大于90%的灵敏度。

5.权利要求1-4中任何一项的方法,其具有大于90%的特异性。

6.权利要求1-5中任何一项的方法,其中所述至少9种生物标志物中的至少一种为rna、cdna或蛋白。

7.权利要求6的方法,其中当所述生物标志物为rna时,将所述rna反转录以产生cdna,并检测产生的cdna表达水平。

8.权利要求1-7中任何一项的方法,其中所述生物标志物的表达水平通过在所述生物标志物与标记的探针或引物之间形成复合物来检测。

9.权利要求6的方法,其中当所述生物标志物为蛋白时,所述蛋白通过在所述蛋白与标记的抗体之间形成复合物来检测。

10.权利要求6的方法,其中当所述生物标志物为rna或cdna时,所述rna或cdna通过在所述rna或cdna与标记的核酸探针或引物之间形成复合物来检测。

11.权利要求10的方法,其中所述rna或cdna与所述标记的核酸探针或引物之间的所述复合物为杂交复合物。

12.权利要求1-11中任何一项的方法,其中所述测试样品为血液、血清、血浆或赘生性组织。

13.权利要求12的方法,其中所述测试样品为血液。

14.权利要求1-12中任何一项的方法,其中当所述net分化不良时,将所述net指定为高等级。

15.权利要求1-14中任何一项的方法,其中当所述net为分化良好的、支气管典型类癌或支气管非典型类癌时,将所述net指定为低等级。

16.权利要求1-15中任何一项的方法,其进一步包括当第三分数等于或小于第二预定的截止值时,给予所述受试者prrt。

17.一种为患有神经内分泌肿瘤(net)的受试者提供肽受体放射治疗(prrt)治疗建议的方法,所述方法包括:

通过使来自所述受试者的测试样品与多种特异性检测至少12种生物标志物的表达的试剂接触来确定来自所述测试样品的所述至少12种生物标志物的表达水平,其中所述12种生物标志物包括araf1、braf、kras、raf-1、atp6v1h、oaz2、pank2、pld3、nap1l1、nol3、tecpr2和alg9;

将araf1、braf、kras、raf-1、atp6v1h、oaz2、pank2、pld3、nap1l1、nol3和tecpr2中每一种的表达水平标准化为alg9的表达水平,从而获得araf1、braf、kras、raf-1、atp6v1h、oaz2、pank2、pld3、nap1l1、nol3和tecpr2中每一种的标准化表达水平;

将araf1、braf、kras、raf-1、atp6v1h、oaz2、pank2、pld3、nap1l1、nol3和tecpr2中每一种的标准化表达水平求和,从而获得总和表达水平;

确定第一分数,其中当所述总和表达水平等于或大于第一预定的截止值时,第一分数为1,或者当所述总和表达水平低于第一预定的截止值时,第一分数为0;

基于net的组织学等级确定第二分数,其中当将net指定为高等级时,第二分数为1,或者当将net指定为低等级时,第二分数为0;基于以下公式计算第三分数:

第三分数=39.22787-40.80341*(第一分数)-18.441*(第二分数);和

当第三分数等于或小于第二预定的截止值时,提供net将对prrt有反应的建议,或者

当第三分数高于第二预定的截止值时,提供net将对prrt没有反应的建议。

18.权利要求17的方法,其中第一预定的截止值为10.9。

19.权利要求17或18的方法,其中第二预定的截止值为0。

20.一种为患有神经内分泌肿瘤(net)的受试者提供肽受体放射治疗(prrt)治疗建议的方法,所述方法包括:

通过使来自所述受试者的测试样品与多种特异性检测至少12种生物标志物的表达的试剂接触来确定来自所述测试样品的所述至少12种生物标志物中每一种的表达水平,其中所述12种生物标志物包括araf1、braf、kras、raf-1、atp6v1h、oaz2、pank2、pld3、nap1l1、nol3、tecpr2和alg9;

将araf1、braf、kras、raf-1、atp6v1h、oaz2、pank2、pld3、nap1l1、nol3和tecpr2中每一种的表达水平标准化为alg9的表达水平,从而获得araf1、braf、kras、raf-1、atp6v1h、oaz2、pank2、pld3、nap1l1、nol3和tecpr2中每一种的标准化表达水平;

将araf1、braf、kras、raf-1、atp6v1h、oaz2、pank2、pld3、nap1l1、nol3和tecpr2中每一种的标准化表达水平求和,从而获得总和表达水平;和

当所述总和表达水平等于或大于预定的截止值时,提供net将对prrt有反应的建议,或者

当所述总和表达水平小于预定的截止值时,提供net将对prrt没有反应的建议。

21.权利要求20的方法,其中所述预定的截止值为10.9。

22.一种为患有低等级或高等级神经内分泌肿瘤(net)的受试者提供肽受体放射治疗(prrt)治疗建议的方法,所述方法包括:

通过使来自所述受试者的测试样品与多种特异性检测至少12种生物标志物的表达的试剂接触来确定来自所述测试样品的所述至少12种生物标志物中每一种的表达水平,其中所述12种生物标志物包括araf1、braf、kras、raf-1、atp6v1h、oaz2、pank2、pld3、nap1l1、nol3、tecpr2和alg9;

将araf1、braf、kras、raf-1、atp6v1h、oaz2、pank2、pld3、nap1l1、nol3和tecpr2中每一种的表达水平标准化为alg9的表达水平,从而获得araf1、braf、kras、raf-1、atp6v1h、oaz2、pank2、pld3、nap1l1、nol3和tecpr2中每一种的标准化表达水平;

将araf1、braf、kras、raf-1、atp6v1h、oaz2、pank2、pld3、nap1l1、nol3和tecpr2中每一种的标准化表达水平求和,从而获得总和表达水平;和

当所述总和表达水平等于或大于预定的截止值时,提供低等级或高等级net将对prrt有反应的建议,或者

当所述总和表达水平小于预定的截止值时,提供低等级或高等级net将对prrt没有反应的建议。

23.权利要求22的方法,其中所述预定的截止值为10.9。

24.一种为患有低等级或高等级神经内分泌肿瘤(net)的受试者提供肽受体放射治疗(prrt)治疗建议的方法,所述方法包括:

通过使来自所述受试者的测试样品与多种特异性检测至少9种生物标志物的表达的试剂接触来确定来自所述测试样品的所述至少9种生物标志物中每一种的表达水平,其中所述9种生物标志物包括araf1、braf、kras、raf-1、atp6v1h、oaz2、pank2、pld3和alg9;将araf1、braf、kras、raf-1、atp6v1h、oaz2、pank2和pld3中每一种的表达水平标准化为alg9的表达水平,从而获得araf1、braf、kras、raf-1、atp6v1h、oaz2、pank2和pld3中每一种的标准化表达水平;

将araf1、braf、kras、raf-1、atp6v1h、oaz2、pank2和pld3中每一种的标准化表达水平求和,从而获得总和表达水平;和

当所述总和表达水平等于或大于预定的截止值时,提供低等级或高等级net将对prrt有反应的建议,或者

当所述总和表达水平小于预定的截止值时,提供低等级或高等级net将对prrt没有反应的建议。

25.权利要求24的方法,其中当所述net分化不良时,将所述net指定为高等级。

26.权利要求24的方法,其中当所述net为分化良好的、支气管典型类癌或支气管非典型类癌时,将所述net指定为低等级。

27.权利要求24-26中任何一项的方法,其中所述预定的截止值为5.9。

28.权利要求24-27中任何一项的方法,其具有大于90%的灵敏度。

29.权利要求24-28中任何一项的方法,其具有大于90%的特异性。

30.权利要求24-29中任何一项的方法,其中所述至少9种生物标志物中的至少一种为rna、cdna或蛋白。

31.权利要求30的方法,其中当所述生物标志物为rna时,将所述rna反转录以产生cdna,并检测产生的cdna表达水平。

32.权利要求24-31中任何一项的方法,其中所述生物标志物的表达水平通过在所述生物标志物与标记的探针或引物之间形成复合物来检测。

33.权利要求30的方法,其中当所述生物标志物为蛋白时,所述蛋白通过在所述蛋白与标记的抗体之间形成复合物来检测。

34.权利要求30的方法,其中当所述生物标志物为rna或cdna时,所述rna或cdna通过在所述rna或cdna与标记的核酸探针或引物之间形成复合物来检测。

35.权利要求34的方法,其中所述rna或cdna与所述标记的核酸探针或引物之间的所述复合物为杂交复合物。

36.权利要求24-35中任何一项的方法,其中所述测试样品为血液、血清、血浆或赘生性组织。

37.权利要求36的方法,其中所述测试样品为血液。

38.权利要求24-37中任何一项的方法,其进一步包括当所述总和表达水平等于或大于预定的截止值时,给予所述受试者prrt。

39.一种用肽受体放射治疗(prrt)治疗受试者的方法,其中所述受试者患有神经内分泌肿瘤(net),所述方法包括:

通过使来自所述受试者的测试样品与多种特异性检测至少9种生物标志物的表达的试剂接触来确定来自所述测试样品的所述至少9种生物标志物的表达水平,其中所述9种生物标志物包括araf1、braf、kras、raf-1、atp6v1h、oaz2、pank2、pld3和alg9;

将araf1、braf、kras、raf-1、atp6v1h、oaz2、pank2和pld3中每一种的表达水平标准化为alg9的表达水平,从而获得araf1、braf、kras、raf-1、atp6v1h、oaz2、pank2和pld3中每一种的标准化表达水平;

将araf1、braf、kras、raf-1、atp6v1h、oaz2、pank2和pld3中每一种的标准化表达水平求和,从而获得总和表达水平;

确定第一分数,其中当所述总和表达水平等于或大于第一预定的截止值时,第一分数为1,或者当所述总和表达水平低于第一预定的截止值时,第一分数为0;

基于net的组织学等级确定第二分数,其中当将net指定为高等级时,第二分数为1,或者当将net指定为低等级时,第二分数为0;基于以下公式计算第三分数:

第三分数=39.22787-40.80341*(第一分数)-18.441*(第二分数);和

当第三分数等于或大于预定的截止值时,给予所述受试者prrt。

40.一种用肽受体放射治疗(prrt)治疗受试者的方法,其中所述受试者患有神经内分泌肿瘤(net),所述方法包括:

通过使来自所述受试者的测试样品与多种特异性检测至少12种生物标志物的表达的试剂接触来确定来自所述测试样品的所述至少12种生物标志物的表达水平,其中所述12种生物标志物包括araf1、braf、kras、raf-1、atp6v1h、oaz2、pank2、pld3、nap1l1、nol3、tecpr2和alg9;

将araf1、braf、kras、raf-1、atp6v1h、oaz2、pank2、pld3、nap1l1、nol3和tecpr2中每一种的表达水平标准化为alg9的表达水平,从而获得araf1、braf、kras、raf-1、atp6v1h、oaz2、pank2、pld3、nap1l1、nol3和tecpr2中每一种的标准化表达水平;

将araf1、braf、kras、raf-1、atp6v1h、oaz2、pank2、pld3、nap1l1、nol3和tecpr2中每一种的标准化表达水平求和,从而获得总和表达水平;

确定第一分数,其中当所述总和表达水平等于或大于第一预定的截止值时,第一分数为1,或者当所述总和表达水平低于第一预定的截止值时,第一分数为0;

基于net的组织学等级确定第二分数,其中当将net指定为高等级时,第二分数为1,或者当将net指定为低等级时,第二分数为0;基于以下公式计算第三分数:

第三分数=39.22787-40.80341*(第一分数)-18.441*(第二分数);和

当第三分数等于或大于预定的截止值时,给予所述受试者prrt。

41.一种用肽受体放射治疗(prrt)治疗受试者的方法,其中所述受试者患有神经内分泌肿瘤(net),所述方法包括:

通过使来自所述受试者的测试样品与多种特异性检测至少12种生物标志物的表达的试剂接触来确定来自所述测试样品的所述至少12种生物标志物中每一种的表达水平,其中所述12种生物标志物包括araf1、braf、kras、raf-1、atp6v1h、oaz2、pank2、pld3、nap1l1、nol3、tecpr2和alg9;

将araf1、braf、kras、raf-1、atp6v1h、oaz2、pank2、pld3、nap1l1、nol3和tecpr2中每一种的表达水平标准化为alg9的表达水平,从而获得araf1、braf、kras、raf-1、atp6v1h、oaz2、pank2、pld3、nap1l1、nol3和tecpr2中每一种的标准化表达水平;

将araf1、braf、kras、raf-1、atp6v1h、oaz2、pank2、pld3、nap1l1、nol3和tecpr2中每一种的标准化表达水平求和,从而获得总和表达水平;和

当所述总和表达水平等于或大于预定的截止值时,给予所述受试者prrt。

42.一种用肽受体放射治疗(prrt)治疗受试者的方法,其中所述受试者患有低等级或高等级神经内分泌肿瘤(net),所述方法包括:通过使来自所述受试者的测试样品与多种特异性检测至少12种生物标志物的表达的试剂接触来确定来自所述测试样品的所述至少12种生物标志物中每一种的表达水平,其中所述12种生物标志物包括araf1、braf、kras、raf-1、atp6v1h、oaz2、pank2、pld3、nap1l1、nol3、tecpr2和alg9;

将araf1、braf、kras、raf-1、atp6v1h、oaz2、pank2、pld3、nap1l1、nol3和tecpr2中每一种的表达水平标准化为alg9的表达水平,从而获得araf1、braf、kras、raf-1、atp6v1h、oaz2、pank2、pld3、nap1l1、nol3和tecpr2中每一种的标准化表达水平;

将araf1、braf、kras、raf-1、atp6v1h、oaz2、pank2、pld3、nap1l1、nol3和tecpr2中每一种的标准化表达水平求和,从而获得总和表达水平;和

当所述总和表达水平等于或大于预定的截止值时,给予所述受试者prrt。

43.一种用肽受体放射治疗(prrt)治疗受试者的方法,其中所述受试者患有低等级或高等级神经内分泌肿瘤(net),所述方法包括:

通过使来自所述受试者的测试样品与多种特异性检测至少9种生物标志物的表达的试剂接触来确定来自所述测试样品的所述至少9种生物标志物中每一种的表达水平,其中所述9种生物标志物包括araf1、braf、kras、raf-1、atp6v1h、oaz2、pank2、pld3和alg9;将araf1、braf、kras、raf-1、atp6v1h、oaz2、pank2和pld3中每一种的表达水平标准化为alg9的表达水平,从而获得araf1、braf、kras、raf-1、atp6v1h、oaz2、pank2和pld3中每一种的标准化表达水平;

将araf1、braf、kras、raf-1、atp6v1h、oaz2、pank2和pld3中每一种的标准化表达水平求和,从而获得总和表达水平;和

当所述总和表达水平等于或大于预定的截止值时,给予所述受试者prrt。

44.权利要求39-43中任何一项的方法,其中给予所述受试者prrt包括给予基于177lu的prrt。

45.权利要求44的方法,其中所述基于177lu的prrt为177lu-dota-tyr3-thr8-奥曲肽。

46.权利要求45的方法,其中约每8周一次以约7.4gbq(200mci)的剂量给予177lu-dota-tyr3-thr8-奥曲肽,持续共约4个剂量。

47.权利要求45的方法,其中约每8周一次以约6.5gbq的剂量给予177lu-dota-tyr3-thr8-奥曲肽,持续共约4个剂量。

48.权利要求45的方法,其中约每8周一次以约4.6gbq的剂量给予177lu-dota-tyr3-thr8-奥曲肽,持续共约4个剂量。

49.权利要求45的方法,其中约每8周一次以约3.2gbq(100mci)的剂量给予177lu-dota-tyr3-thr8-奥曲肽,持续共约4个剂量。

50.权利要求45的方法,其中约每8周一次以约3.7gbq的剂量给予177lu-dota-tyr3-thr8-奥曲肽,持续共约4个剂量。

51.权利要求44的方法,其中基于177lu的prrt静脉内给予。

52.权利要求44的方法,其中基于177lu的prrt动脉内给予。


技术总结
本发明涉及用于通过确定包括ARAF1、BRAF、KRAS、RAF‑1、ATP6V1H、OAZ2、PANK2、PLD3和ALG9的至少9种生物标志物中每一种的表达水平来为患有神经内分泌肿瘤的受试者提供肽受体放射治疗治疗建议的方法。在一些实施方案中,所述方法可进一步包括确定NAP1L1、NOL3和TECPR2中每一种的表达水平。

技术研发人员:I.M.莫林;M.基德;I.德罗斯多夫
受保护的技术使用者:液体活检研究有限责任公司
技术研发日:2018.11.29
技术公布日:2020.07.31
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