一种检测茶卡羊SHE基因CNV标记的方法及其应用与流程

文档序号:18145664发布日期:2019-07-10 11:47

技术特征:

1.一种检测茶卡羊SHE基因CNV标记的方法,其特征在于:包括以下步骤:

利用实时荧光定量PCR,以待测茶卡羊基因组DNA为模板,分别扩增茶卡羊SHE基因拷贝数变异区域,以及作为内参序列的ANKRD1基因部分片段,然后根据定量结果鉴定茶卡羊个体SHE基因拷贝数变异类型;所述的SHE基因拷贝数变异区域位于SHE基因参考基因组序列NC_019458.2的103174001bp至103176000bp。

2.如权利要求1所述一种检测茶卡羊SHE基因CNV标记的方法,其特征在于:所述的拷贝数变异类型是根据2*2-ΔCt将定量结果分为的三类:插入型,2*2-ΔCt>2.5;缺失型,2*2-ΔCt<1.5;正常型,1.5≤2*2-ΔCt≤2.5。

3.如权利要求1所述一种检测茶卡羊SHE基因CNV标记的方法,其特征在于:所述的SHE基因拷贝数变异区域的扩增引物对为:

上游引物F1:5’-AACAAAGCGCATTTAGGGCA-3’

下游引物R1:5’-ACGTCATGATCCAGCGATAGT-3’;

所述的ANKRD1基因部分片段的扩增引物对为:

上游引物F2:5’-TGGGCACCACGAAATTCTCA-3’

下游引物R2:5’-TGGCAGAAATGTGCGAACG-3’。

4.如权利要求1所述一种检测茶卡羊SHE基因CNV标记的方法,其特征在于:所述的实时荧光定量PCR的反应程序为:95℃预变性10min;95℃变性15s,60℃退火1min,共40个循环。

5.如权利要求1-4中任意一项权利要求所述的方法在茶卡羊分子标记辅助选择育种中的应用。

6.如权利要求5所述的应用,其特征在于:具有正常型拷贝数变异类型的个体在生长性状上优于缺失型和插入型拷贝数变异类型的个体。

7.一种检测茶卡羊SHE基因CNV标记的实时荧光定量PCR试剂盒,其特征在于:该试剂盒包括用于扩增茶卡羊SHE基因拷贝数变异区域的引物对,所述的SHE基因拷贝数变异区域位于SHE基因参考基因组序列NC_019458.2的103174001bp至103176000bp。

8.如权利要求7所述一种检测茶卡羊SHE基因CNV标记的实时荧光定量PCR试剂盒,其特征在于:所述的SHE基因拷贝数变异区域的扩增引物对为:

上游引物F1:5’-AACAAAGCGCATTTAGGGCA-3’

下游引物R1:5’-ACGTCATGATCCAGCGATAGT-3’。

9.如权利要求7所述一种检测茶卡羊SHE基因CNV标记的实时荧光定量PCR试剂盒,其特征在于:所述试剂盒还包括用于扩增内参序列的引物对,内参序列选自ANKRD1基因部分片段。

10.如权利要求9所述一种检测茶卡羊SHE基因CNV标记的实时荧光定量PCR试剂盒,其特征在于:所述的ANKRD1基因部分片段的扩增引物对为:

上游引物F2:5’-TGGGCACCACGAAATTCTCA-3’

下游引物R2:5’-TGGCAGAAATGTGCGAACG-3’。

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