技术特征：
1.检测来自受试者的癌症样品中的高突变标志物的试剂在制备用于鉴定所述受试者为用免疫检查点调节剂治疗的候选者的诊断剂中的用途。2.根据权利要求1所述的用途，其中所述突变数目将所述受试者鉴定为用免疫检查点调节剂治疗的候选者。3.根据权利要求1所述的用途，其中所述新表位数目将所述受试者鉴定为用免疫检查点调节剂治疗的候选者。4.根据权利要求1所述的用途，其中所述新表位将所述受试者鉴定为用免疫检查点调节剂治疗的候选者。5.根据权利要求1所述的用途，其中所述癌症选自包括以下的组：肺癌、黑素瘤、肾癌、膀胱癌、小细胞癌和头颈癌。6.根据权利要求1所述的用途、其中所述免疫检查点调节剂与细胞毒性t淋巴细胞抗原4(ctla4)、程序性死亡蛋白1(pd-1)或其配体、淋巴细胞活化基因-3(lag3)、b7同源物3(b7-h3)、b7同源物4(b7-h4)、吲哚胺(2,3)-加双氧酶(ido)、腺苷a2a受体、神经营养因子、b-和t-淋巴细胞衰减因子(btla)、杀伤免疫球蛋白样受体(kir)、t细胞免疫球蛋白和含粘蛋白结构域的蛋白3(tim-3)、诱导型t细胞共刺激因子(icos)、cd27、cd28、cd40、cd137或其组合相互作用。7.根据权利要求1所述的用途，其中所述癌症选自包括以下的组：肺癌、黑素瘤、肾癌、膀胱癌、小细胞癌和头颈癌。8.检测包括含有九聚物的新表位的高突变标志物的试剂在用于制备用于确定受试者患有包含高突变标志物的癌症和为所述受试者选择包括免疫检查点调节剂的癌症治疗的诊断剂中的用途。9.根据权利要求8所述的用途，其中所述免疫检查点调节剂与细胞毒性t淋巴细胞抗原4(ctla4)、程序性死亡蛋白1(pd-1)或其配体、淋巴细胞活化基因-3(lag3)、b7同源物3(b7-h3)、b7同源物4(b7-h4)、吲哚胺(2,3)-加双氧酶(ido)、腺苷a2a受体、神经营养因子、b-和t-淋巴细胞衰减因子(btla)、杀伤免疫球蛋白样受体(kir)、t细胞免疫球蛋白和含粘蛋白结构域的蛋白3(tim-3)、诱导型t细胞共刺激因子(icos)、cd27、cd28、cd40、cd137或其组合相互作用。10.免疫检查点调节剂在制备用于治疗此前已被鉴定为患具有高突变标志物的癌症的受试者的药物中的用途，其中所述突变包括由t细胞识别的新表位。11.根据权利要求10所述的用途，其中所述免疫检查点调节剂与细胞毒性t淋巴细胞抗原4(ctla4)、程序性死亡蛋白1(pd-1)或其配体、淋巴细胞活化基因-3(lag3)、b7同源物3(b7-h3)、b7同源物4(b7-h4)、吲哚胺(2,3)-加双氧酶(ido)、腺苷a2a受体、神经营养因子、b-和t-淋巴细胞衰减因子(btla)、杀伤免疫球蛋白样受体(kir)、t细胞免疫球蛋白和含粘蛋白结构域的蛋白3(tim-3)、诱导型t细胞共刺激因子(icos)、cd27、cd28、cd40、cd137或其组合相互作用。12.免疫检查点调节剂在制备用于在鉴定为患具有高突变标志物的癌症的受试者中改善癌症疗法的效力的药物中的用途，所述高突变标志物包括由t细胞识别的新表位。13.免疫检查点调节剂在制备用于治疗鉴定为患具有一种或多种高突变标志物的癌症的受试者中的癌症的药物中的用途，所述高突变标志物包括由t细胞识别的新表位。
14.根据权利要求1所述的组合物，其中所述新表位示出对i类mhc分子增加的结合亲和力或由细胞毒性t细胞改善的识别。15.根据权利要求1所述的组合物，其中所述癌症选自包括以下的组：肺癌、黑素瘤、肾癌、膀胱癌、小细胞癌和头颈癌。16.根据权利要求1所述的组合物，其中所述新表位示出对i类mhc分子增加的结合亲和力或由细胞毒性t细胞改善的识别。17.根据权利要求1所述的组合物，其中所述癌症选自包括以下的组：肺癌、黑素瘤、肾癌、膀胱癌、小细胞癌和头颈癌。18.根据权利要求1所述的组合物，其中所述新表位示出对i类mhc分子增加的结合亲和力或由细胞毒性t细胞改善的识别。19.根据权利要1所述的组合物，其中所述癌症选自包括以下的组：肺癌、黑素瘤、肾癌、膀胱癌、小细胞癌和头颈癌。20.根据权利要求1所述的组合物，其中所述新表位示出对i类mhc分子增加的结合亲和力或由细胞毒性t细胞改善的识别。21.根据权利要求1所述的组合物，其中所述癌症选自包括以下的组：肺癌、黑素瘤、肾癌、膀胱癌、小细胞癌和头颈癌。22.一种定义与对使用免疫检查点调节剂的疗法的响应性相关的突变标记的方法，所述方法包括：确定共享对免疫检查点调节剂疗法响应特征的多个肿瘤样品中的一个或多个突变特征；将所述确定的一个或多个突变特征与不共享所述响应特征的多个肿瘤样品中的那些突变特征进行比较；和鉴定其存在与所述响应特征相关的突变特征组。23.根据权利要求22所述的方法，其中所述一个或多个突变特征包括选自由以下组成的组的突变特征：突变负荷、非同义突变负荷、新抗原负荷、颠换负荷、转换负荷、相对颠换与转换负荷、与dna修复相关的基因中的突变负荷、与dna修复相关的一个或多个特定基因中的突变的存在、与dna修复相关的一个或多个特定基因中的突变的特性及其组合。24.根据权利要求23所述的方法，其中所述确定的负荷是或包括比率或数目。25.根据权利要求22所述的方法，其中所述与dna修复相关的基因是或包括选自由以下组成的组的基因：pold1、prkdc、dna-pk、rad17、pole和msh2。26.根据权利要求23-25中任一项所述的方法，其中所述响应特征是或包括选自由以下组成的组的特征：持续超过6个月的部分或稳定响应(“持久临床益处”；“dcb”)、肿瘤尺寸减小超过4周(“客观响应率”；“orr”)、无疾病进展超过9周(“无进展生存期”；“pfs”)及其组合。27.一种表征肿瘤样品的方法，其通过确定与对免疫检查点调节剂疗法的响应特征相关的突变特征组的存在来实现。28.根据权利要求27所述的方法，其中所述突变特征组包括选自由以下组成的组的突变特征：突变负荷、非同义突变负荷、新抗原负荷、颠换负荷、转换负荷、相对颠换与转换负荷、与dna修复相关的基因中的突变负荷、与dna修复相关的一个或多个特定基因中的突变
的存在、与dna修复相关的一个或多个特定基因中的突变的特性及其组合。29.根据权利要求28所述的方法，其中所述确定的负荷是或包括比率或数目。30.根据权利要求28所述的方法，其中与dna修复相关的所述基因是或包括选自由以下组成的组的基因：pold1、prkdc、dna-pk、rad17、pole和msh2。31.根据权利要求27-30中任一项所述的方法，其中所述响应特征是或包括选自由以下组成的组的特征：持续超过6个月的部分或稳定响应(“持久临床益处”；“dcb”)、肿瘤尺寸减小超过4周(“客观响应率”；“orr”)、无疾病进展超过9周(“无进展生存期”；“pfs”)及其组合。32.根据权利要求27-31中任一项所述的方法，其中所述确定步骤包括通过核酸测序检测至少一个所述突变特征。33.根据权利要求32所述的方法，其中所述核酸测序是或包括全外显子组测序。
技术总结
描述了癌症对免疫疗法的响应的分子决定因素，以及用于鉴定和/或表征可能响应免疫疗法的癌症的系统和工具。法的癌症的系统和工具。
技术研发人员：T
受保护的技术使用者：纪念斯隆凯特琳癌症中心
技术研发日：2015.11.23
技术公布日：2022/6/28