苎麻中控制纤维细度的主效数量性状位点、方法及用图
【技术领域】
[0001] 本发明涉及苎麻中控制纤维细度的主效数量性状位点RAM0298,及苎麻纤维细度 的主效数量性状位点SSR标记RAM0298用于苎麻品种选育及苎麻纤维细度提高中的用途。
【背景技术】
[0002] 关联分析是基于自然变异群体、利用连锁不平衡规律来研究遗传变异与目标性状 相关关系的研究方法（Mackay et al.，2007)。与传统的QTL相比，关联分析不需要构建作 图群体、广度大、精度高、能检测到同一位点多个等位基因 （Meuwissen et al.，2000 ;Khush et al.，2001)。2001年，Thornsberry等（2001)首次成功地将关联分析应用于植物，发现 dwarfS基因不但与赤霉素新陈代谢有关，而且可以影响玉米株高。这个结果说明基于LD的 关联分析可以用来进行基因功能的验证，也可以进行基因挖掘，用于研究植物的数量遗传 性状有一定的可行性。
[0003] 纤维细度是衡量苎麻纤维质量好坏的重要指标，纤维越细，纺织出来的成品耐磨 和抗压性越好。如何培育出细度大，可适合生产生活使用的苎麻新品种是目前苎麻育种迫 切需要解决的问题。改良新品种的方法之一就是从分子水平上改变苎麻老品种的遗传结 构，使之产生对生产有利的遗传变异。但是目前，有关于苎麻纤维细度发育相关基因的研究 仍然很少，佘玮等（2007)构建了 2个高质量的苎麻茎皮cDNA文库，获得了 8个纤维发育相 关基因序列、得到了 275条有效ESTs。秦占军（2008)对国家种质长沙苎麻圃的213份材料 进行分析，筛选出了 FB27和CFE-I两个纤维细度候选基因。这些基因的发掘和克隆为苎麻 品种的遗传改良和种质创新奠定了基础。但是并没有获得苎麻纤维细度的主效QTL。
【发明内容】
[0004] 本发明的一个目的是解决至少上述问题和/或缺陷，并提供至少后面将说明的优 点。
[0005] 本发明还有一个目的是提供一种苎麻中控制纤维细度的主效数量性状位点，该控 制纤维细度的主效数量性状位点为SSR标记RAM0298。
[0006] 本发明再有一个目的是提供一种获得苎麻中控制纤维细度的主效数量性状位点 的方法。
[0007] 本发明又一目的是提供苎麻中控制纤维细度的主效数量性状位点SSR标记 RAM0298用于苎麻品种选育及苎麻纤维细度提高中的用途。
[0008] 为此，本发明提供的技术方案为：
[0009] -种苎麻中控制纤维细度的主效数量性状位点，所述控制纤维细度的主效数量性 状位点为SSR标记RAM0298。
[0010] 一种获得苎麻中控制纤维细度的主效数量性状位点的方法，其特征在于，包括如 下步骤：
[0011] 步骤一、利用93对SSR标记引物，对多份苎麻种质进行检测以得到该多份苎麻种 质的93个SSR标记的基因型；
[0012] 步骤二、利用Tassel软件的连锁不平衡分析程序，分析步骤一中得到的该多份苎 麻种质的SSR标记的基因型，计算出连锁不平衡配对检测的K矩阵图；
[0013] 步骤三、利用Structure软件和该多份芒麻种质的93个SSR标记的基因型对所述 多份苎麻种质进行群体结构分析生成Q值矩阵；
[0014] 步骤四、利用Tassel软件的MLM程序，以步骤二中得到的K矩阵图和步骤三中得 到的Q值矩阵作为协方差，在显著性水平P < 〇. 05下，将分子标记数据和所述多份苎麻种 质纤维细度的数量性状数据进行Q值矩阵、K矩阵图和MLM程序混合线性模型的逻辑回归 率检验，输出各SSR位点的显著性水平P及其对表型变异的解释率R 2数据；
[0015] 步骤五、首先利用GenALEx软件分析该多份芒麻种质的93个SSR标记的基因型输 出PCA矩阵，再利用Tassel软件的MLM程序，以该PCA矩阵和步骤二中得到的K矩阵图作 为协方差，在显著性水平P < 〇. 05下，将分子标记数据和所述多份苎麻种质的纤维细度的 数量性状数据进行PCA矩阵、K矩阵图和MLM程序混合线性模型的逻辑回归率检验，也输出 各SSR位点的显著性水平P及其对表型变异的解释率R 2数据；以及，
[0016] 步骤六、选取步骤四和步骤五中显著性水平P <0. 01和表型变异解释率R2>0. 20 的SSR位点，以得到苎麻中控制纤维细度的主效数量性状基因。
[0017] 优选的是，所述的获得苎麻中控制纤维细度的主效数量性状位点的方法中，所述 步骤三中，利用Structure软件进行群体结构分析时，设定亚群数目k = 2或k = 6,使用 Clummpp软件合并亚群数目k = 2或k = 6时的各自3个运行的结果生成两个Q值矩阵；
[0018] 所述步骤四中，利用Tassel软件的MLM程序分别采用该两个Q值矩阵作为协方差 进行两次PCA矩阵、K矩阵图和MLM程序混合线性模型的逻辑回归率检验，输出两组各SSR 位点的显著性水平P及其对表型变异的解释率R2数据。
[0019] 优选的是，所述的获得苎麻中控制纤维细度的主效数量性状位点的方法中，所述 步骤一中，所述93对SSR标记引物的核苷酸序列依次分别为SEQ ID NO :1~186所示。
[0020] 优选的是，所述的获得苎麻中控制纤维细度的主效数量性状位点的方法中，所述 步骤五中，所述多份苎麻种质的纤维细度的数量性状数据为各个苎麻品种的单纤维支数数 据。
[0021] 优选的是，所述的获得苎麻中控制纤维细度的主效数量性状位点的方法中，所述 步骤二中，计算连锁不平衡配对检测的K矩阵图前，首先过滤掉该多份苎麻种质的SSR标记 的基因型中基因频率小于5%的基因型。
[0022] 优选的是，所述的获得苎麻中控制纤维细度的主效数量性状位点的方法中，所述 多份苎麻种质为104份苎麻种质。
[0023] 苎麻中控制纤维细度的主效数量性状位点SSR标记RAM0298用于苎麻品种选育及 苎麻纤维细度提高中的用途。
[0024] 本发明至少包括以下有益效果：
[0025] 本发明利用93对多态性SSR引物对104份苎麻核心种质进行全基因组多态性位 点扫描，在其纤维细度得到精确测量的基础上，对苎麻的群体结构进行分析，同时利用关联 分析的方法，获得了与纤维细度显著关联的位点，为今后筛选优良种质、基因定位和克隆以 及分子标记辅助育种打下基础。本发明的主效数量性状位点SSR标记RAM0298苎麻纤维发 育相关基因对于现阶段我国苎麻的育种和生产具有重要意义。同时，本发明也为分子标记 育种提供了有益的借鉴。
[0026] 本发明的其它优点、目标和特征将部分通过下面的说明体现，部分还将通过对本 发明的研究和实践而为本领域的技术人员所理解。
【附图说明】
[0027] 图1为本发明93对SSR引物的变性聚丙烯酰氨凝胶垂直电泳条带图的部分结果。
[0028] 图2本发明中全基因组连锁不平衡直观图的部分结果。
[0029] 图3为本发明群体结构分析中对数似然值随亚群个数的变化的结果图。
[0030] 图4为本发明群体结构分析中△ K值随亚群个数变化的结果图。
【具体实施方式】
[0031] 下面结合附图对本发明做进一步的详细说明，以令本领域技术人员参照说明书文 字能够据以实施。
[0032] 本发明利用2012年104份核心种质三季麻混合样的纤维细度数据，结合采用93 对SSR引物对核心种质分析所得的亲缘关系和群体结构的分析结果，将纤维细度相关性状 数据与分子多态性标记进行关联分析，寻找与纤维细度发育相关基因产生紧密连锁的分子 标记，用来为苎麻分子标记辅助选择、设计育种、相关基因分离等后续研究以及实现苎麻纤 维细度遗传改良提供依据。
[0033] 苎麻中控制纤维细度的主效数量性状位点，所述控制纤维细度的主效数量性状位 点为SSR标记RAM0298。
[0034] 一种获得苎麻中控制纤维细度的主效数量性状位点的方法，包括如下步骤：
[0035] 步骤一、利用93对SSR标记引物，对多份苎麻种质进行检测以得到该多份苎麻种 质的93个SSR标记的基因型；
[0036] 步骤二、利用Tassel软件的连锁不平衡分析程序，分析步骤一中得到的该多份苎 麻种质的SSR标记的基因型，计算出连锁不平衡配对检测的K矩阵图；
[0037] 步骤三、利用Structure软件和该多份芒麻种质的93个SSR标记的基因型对所述 多份苎麻种质进行群体结构分析生成Q值矩阵；
[0038] 步骤四