使用粘土矿物和碱性溶液制备含核酸样品的方法_3

文档序号:9438188阅读:来源:国知局
is)、 幽口螺杆菌(Helicobacterpylori)、梅毒螺旋体(Tr邱onemapalladium)、伯氏疏螺旋 体化orreliaburgdorferi)、回归热螺旋体化orreliarecurrentis)、立克次体病原体 巧ickettsialpathogens)、诺卡氏菌(Nocardia)、放线菌(Acitnomycetes)和 / 或不动杆 菌(Acinetobacter)D
[0048] 在另一些实施方案中,可由本发明检测的真菌感染原包括,但不限于,新型 隐球菌(Cryptococcusneoformans)、皮炎芽生菌化lastomycesdermatitidis)、芙膜 组织胞浆菌(Histoplasmacapsulatum)、粗球抱子菌(Coccidioidesimmitis)、己西 副球抱子菌巧aracoccicioidesbrasiliensis)、白色念珠菌(Candidaa化icans)、烟 曲霉(Aspergillusfumigau化S)、藻菌脚lycomycetes)(根霉(Rhizopus))、申克氏抱 子丝菌(Sporo化rixschenckii)、着色真菌病(Qiromomycosis)、和/或足分支菌病 (Maduromycosis)〇
[0049] 在其它的实施方案中,可由本发明检测的寄生虫感染原包括,但不限于,恶 性追原虫巧lasmodiumfalciparum)、追疾追原虫巧lasmodiummalaria)、间日追原虫 (Plasmodiumvivax)、卵形追原虫(Plasmodiumovale)、Onchovervavolvulus、利什曼 原虫(Xeishmania)、锥虫属(Trypanosomaspp.)、裂体吸虫属(Schistosomaspp.)、溶组 织阿米己瓜itamoebahistolytica)、隐抱菌(Oyptosporidum)、贾第鞭毛虫属(Giardia spp.)、毛滴虫属(Trichomonasspp.)、Balatidiumcoli、班氏吴策线虫(Wuchereria bancrofti)、弓浆虫属(Toxoplasmaspp.)、蠕形住肠线虫(Enterobiusvermicularis)、 似蝴咖线虫(Ascarislumbricoides)、毛首鞭形线虫(Trichuristrichiura)、麦地那 龙线Oracunculusmedinesis)、吸虫(trematodes)、阔节裂头缘虫Oiphyllobothrium latum)、缘虫属(Taeniaspp.)、卡氏肺抱子虫巧neumocystiscarinii)、和/或美州板口 线虫(Necatoramericanis)。
[0050] 通常,术语"粘±矿物",如本文所使用和定义的,指任何含水侣娃酸盐或含水儀娃 酸盐(包括页娃酸盐)族,其具有层(薄片状)结构和非常小的颗粒尺寸(通常小于2微 米)。粘±矿物可化含有显著量的铁、碱金属、或碱±金属。粘±矿物构成天然存在的粘± 和粘±岩的主要矿物储备,并且可W由运些地质沉积物来生产。粘上矿物还可W来自于其 他天然来源,例如粉砂岩、黏板岩、一些砂子和砂岩。粘±矿物还可W通过合成产生。
[0051] 术语"页娃酸盐(phyllosilicate)",如本文所使用和定义的,包括许多被称为层 状娃酸盐(sheetsilicates)的矿物,其形成娃酸盐四面体的平行层,成分是Si2〇5或娃与 氧的比例为2:5。页娃酸盐包括下述族:叶蛇纹石和纤维蛇纹石的蛇纹石族、鱼眼石族、葡 萄石族、和粘±矿物族,如下所述。任何运些页娃酸盐,包括已知为滑石的矿物,都适用于本 发明。
[0052] 粘±矿物已被根据不同的标准来进行分类,所述标准包括化学成分的不同。用于 本文公开的实施方案的适合的粘±矿物包括,但不限于下述族:高岭石族或(例如高岭石、 地开石、珍珠陶±、埃洛石、娃铁石);蒙脱石(montmorillonite)/蒙脱石(smectite)族 (例如贝德石、971'〇地如1116¥61'111;[州1;[16、锋蒙脱石、皂石、绿脱石和蒙脱石);滑石通常, 但并不总是放在运族中);伊利石(或粘±-云母)族(例如白云母、伊利石);和绿泥石 族(例如儀绿泥石、baileychlore、麵绿泥石、斜绿泥石、铭绿泥石、裡绿泥石、脆绿泥石、铁 绿泥石、铁叶绿泥石、富儘绿泥石、儀绿泥石、铁云母、正麵绿泥石、叶绿泥石、pannantite、 ;rhipidolite、p;rochlore、侣绿泥石、鱗绿泥石)。其它适合于本发明的粘±矿物包括,但不 限于钢长石、巧十字石、方沸石、和=水侣石。
[0053] 本领域中粘±矿物也通过它们的原子结构来定义。每个由一系列的1四面体层和 1八面体层形成的粘±矿物被称为双层粘±矿物,1:1的矿物,或者被称为四面体层间距后 (在专业术语中被称为层间距)7產粘±矿物。运一族包括,例如,高岭石、埃洛石、地开石 和nacrite。由1四面体层和2八面体层形成的粘±矿物被称为S层、lOA矿物,或2:1矿 物。运一族包括,例如伊利石和蒙脱石,海绿石和赔石。蒙脱石石蒙脱石族的主要代表,并 且是膨润±的主要成分。事实上,对于多层娃酸盐来说,膨润±、蒙脱石(smectite)和蒙脱 石(montmorilIonite)通常作为同义词使用。如果在S层形态中进一步插入独立的八面体 层,产生四层,或者14乂矿物。运一族的代表是绿泥石。一个特殊的粘上矿物组W夹层矿 物为代表。在层(layerpackages)之间,可1^,例如嵌入铁和水分子。这可能导致层间距 的扩大(膨胀),这在蒙脱石中常常被观察到。本文所述的任何粘±矿物和粘±矿物结构适 合于本发明的实施。
[0054] 本文所述的各种类型的粘上矿物可从公司例如化ieleKaolinCo.(Sandersvi lie,Ga.),Imerys(民oswell,Ga.),DryBranchKaolinCo.(DryBranch,Ga.),Millennium InorganicChemicals(Baltimore,Md.),和MineralsTechnologyInc.(Specialty Minerals,Bethlehem,Pa. )BYK-ChemieGmbH(Wesel,Germany),Sigma-Aldritch(St. Louis,Mo.),AmericanColloidCompany(ArlingtonHeights,II.)商贝勾获得D
[0055] 如上所述,本发明的实施方案涉及粘上矿物在制备用于核酸分析的生物样品中的 应用。在本发明意义内的粘±矿物可是任何单一的粘±矿物或不同粘±矿物的纔合物。 根据本发明的特定实施方案,使用蒙脱石或膨润±。蒙脱石可W商品名MKIO获得。事实上, 对于多层娃酸盐来说,膨润上、蒙脱石(smectite)和蒙脱石(montmorilIonite)通常作为 同义词使用。蒙脱石(montmorillonite)是纯的粘±矿物。膨润±是不纯的混合物,主要 是蒙脱石,还可W含有伊利石和高岭石。膨润±的主要类型由粘±层之间的优势阳离子定 义:钟、侣、钢、或巧。如运里所使用的,膨润±含有钢,但是所有类型的膨润±粘±都适用于 本发明的实施。根据另一个实施方案,使用埃洛石作为粘±矿物。根据发明的另一个实施 方案,使用漂白±作为粘±矿物。漂白±是本领域已知的,是复杂的混合物,包括蒙脱石、高 岭石和凹凸棒石,W及其它矿物如方解石和石英。根据本发明的另一个实施方案,使用合成 的粘±裡皂石度YK-化emieGmbH(Wesel,Ge;rmany)作为粘±矿物。在本文中无论任何时候 提及由"粘上矿物"制成,该术语还包括上述粘上的混合物。
[0056] 根据本发明的实施方案,在进行碱裂解处理之前使怀疑含有感兴趣核酸的样品与 粘±矿物混合。使用碱性溶液的目的是裂解样品中的细胞和/或病毒颗粒,W释放核酸。对 于本发明的方法来说,缓冲液中变性碱性碱的存在足W使细胞和/或病毒颗粒裂解。
[0057] 在本发明的方法中,怀疑含有感兴趣核酸的样品,例如生物样品首先与粘±矿物 接触。在一些实施方案中,当样品是生物样品时,生物样品是悬浮溶液的形式。用于将给定 生物样品悬浮在溶液中的方法取决于其性质。一些液体样品不需要其他的悬液,例如血液 制品或尿液。在一些情况中,液体溶液需要用憐酸盐缓冲液(PB巧或类似稀释剂稀释。许 多形式的动物组织在悬浮之前需要更剧烈的处理,例如冷冻和/或研磨,或者用揽拌机或 其它机械混合装置进行匀浆。本发明的悬浮溶液优选是水溶液,更优选是含有缓冲剂的水 溶液,进一步更优选包含大约pH6. 0的醋酸盐缓冲液。
[0058] 当与样品接触时,粘±矿物可W是干燥的。在样品是在水溶液中时,粘上矿物与水 发生化合,并悬浮在样品溶液中。或者,粘±矿物可W在与样品接触之前被水化并悬浮在水 性缓冲液中。在本发明的一个实施方案中,水性缓冲液是大约pH6.0的醋酸盐缓冲液。
[0059] 在本发明的一个实施方案中,粘±矿物W大约20mg/mL的浓度被加入到样品溶液 中。其它适合的浓度也在设想之内,例如从大约lmg/mL、5mg/mL、lOmg/mL、15mg/mL、25mg/ mL、30mg/mL、40mg/mL、50mg/mL、60mg/mL、75mg/mL、90mg/mL、1OOmg/mL、125mg/mL、150mg/mL 一直到大约160mg/血。应当理解,加入到生物样品溶液中的粘±矿物的量是足W防止祀核 酸的降解和下游分子分析的干扰的量。
[0060] 在本发明的制备样品的方法中,样品进一步与粘±矿物混合。优选通过将样品和 粘±矿物在环境溫度下溫育运样的一段时间,直至样品中的能够降解核酸的蛋白质基本失 活,来进行混合步骤。通常,运将是粘±矿物变得均匀分散在样品中的
当前第3页1 2 3 4 5 
网友询问留言 已有0条留言
  • 还没有人留言评论。精彩留言会获得点赞!
1