糖尿病肾脏疾病的新型生物标记及其用图
【专利说明】糖尿病肾脏疾病的新型生物标记及其用途 发明领域
[0001] 本发明设及用于诊断或检测受试者中病患，具体地说，糖尿病肾脏并发症的遗传 易感性的方法、试剂盒和阵列。
[0002] 发巧背景
[0003] 糖尿病处于亚洲的流行病之中[1，2]。根据国际糖尿病联盟（ID巧和世界卫生组 织（WHO)，目前全世界2. 85亿人受到糖尿病的影响，其中60%来自亚洲巧]。来自中国的 最新流行病学数据表明10%，即1亿人受到影响，其中显著比例的青少年已经患有该疾病
[4] 。随着发病年龄的日益年轻化，由于生产力损失和卫生保健支出而引起的财务问题为巨 大的。在2004年，中国在糖尿病上的总的直接花费估计为57, 6490亿RMB扣S$69. 7亿）或 7. 57%的国家总计医疗保健支出[5]。因此，在中国预防糖尿病和糖尿病并发症已经被确定 为医疗保健的头等大事。
[0004] 与欧洲或其它族群相比，在亚洲人群中存在增加风险的糖尿病肾脏并发症[6, 7]。 具有蛋白尿的中国人糖尿病肾脏疾病为晚期肾衰竭、屯、血管并发症和死亡的主要预测器 并且为与糖尿病相关的增加医疗保健负担的主要贡献者，所述蛋白尿反映了广泛的血管损 伤。糖尿病视网膜病变为发达国家中失明的主要原因，并且与糖尿病肾病共有类似的致病 途径。除了年龄、性别和病程之外，常见的风险因素诸如血压、异常脂质、肥胖和高血糖与糖 尿病蛋白尿相互作用而产生每年事件率为2-5%的屯、-肾并发症巧]。
[0005] 虽然仅很少的遗传因素已经一致地显示与糖尿病肾脏疾病巧，10]或糖尿病视网 膜病变[11]相关，但糖尿病肾病和糖尿病肾脏并发症显示中等至高等的遗传可能性。预测 运些并发症的遗传因素的鉴定可促进用于治疗的高风险受试者的早期鉴定W及提供药物 治疗的新型祀标。
[0006] 鉴定糖尿病并发症的遗传因素的传统策略主要利用了候选基因方法。使用该方 法，早期研究已经产生醒糖还原酶基因的多态性与糖尿病肾病[12]和糖尿病视网膜病变 [12, 13]相关的鉴定。其它研究已经支持了晚期糖化终产物（RAGE) [14]基因W及血管紧张 素I转化酶基因[1引设及形成糖尿病肾脏并发症的作用。也已经发现运些遗传因素中的 一些与糖尿病眼并发症的存在相关。重要的是，仅很少的研究在中国人口中进行，此外，大 多数研究受到仅包含相对中等的样本大小的限制[10]。
[0007] 另一传统的方法为通过使用大的受累家族的连锁分析。迄今为止，主要在欧洲人 群中的研究已经鉴定与2型糖尿病的肾脏并发症相关的若干常见的连锁峰，包括在染色体 18q22-23、7q35-35、7pl5和10q26上的那些巧]。重要的是，一些运些区域内的变体已经一 致地显示与糖尿病肾脏并发症相关，如在染色体7pl4上的化gulfmentandCellMotility UELMOl)基因内的多态性的情况巧，10]。
[0008] 最近，全基因组关联研究（GWA巧的使用已经改革了与不同的常见多基因病症相 关的遗传标记的发现。该方法已经导致超过60个与2型糖尿病相关的基因座的成功鉴定， 从而经常产生新的生物见解[16]。虽然该强大的方法已经成功地鉴定与非糖尿病人群的肾 损害相关的若干遗传基因座[17-19]，但仅很少的研究在具有糖尿病肾脏并发症的患者中 进行，并且仅非常少的公布的研究已经针对非裔美国人或其它人群的2型糖尿病的肾脏并 发症进行巧0]。
[0009] 在香港中国人2型糖尿病患者中，40 %的患者为非肥胖的（身体质量指数： BMK25kg/m2)并且具有与高的糖化血红蛋白（Ale)相关的低的血浆C肤水平（其反映膜腺 0细胞储备）[21]。在运些糖尿病患者中，低的BMI与增加的肾功能障碍风险相关巧]，所 述肾功能障碍很强地预测CVD和相关死亡巧2]。使用自1995年W来香港糖尿病登记处登 记的8000名中国糖尿病患者，超出3000名患者已经死亡或发展成主要的临床事件（癌症、 肾衰竭、屯、脏病、中风）巧3]巧4]。
[0010] 随着高血糖的发病，代谢环境、细胞生长W及钢和水体内平衡存在干扰，导致广泛 的内皮功能障碍和增加的血栓形成趋势。使用一组已知增加屯、血管风险的候选基因，我们 已经证明表型-基因型在预测肾疾病中的复杂的相互作用巧引。使用随访平均8年时段 的一个1500名2型糖尿病患者的前瞻性群组，我们能够证明运些风险变体的累加效应，具 有10种或更多种风险变体的受试者（特别是在具有低BMI的那些中）中CVD的风险增加 5-10倍。然而，多重治疗目标（包括血糖、血压、血脂）的获得W及RAS抑制剂的使用可将 2型糖尿病患者中的屯、-肾终点的风险降低50-70%巧6]巧7]。
[0011] 歷
[0012] 本文公开的一个方面设及用于检测或诊断受试者中病患的方法，所述方法包括
[0013] 从受试者的样品中获得核酸分子，
[0014] 确定至少一种多态性序列是否存在于所述样品中，
[0015] 其中所述多态性序列在至少一种选自W下的基因内：DLGAP3基因及其化b侧翼区 域、CRIM1基因及其约2化侧翼区域、PDE11A基因及其2化侧翼区域、肥化1及其2化侧翼 区域、MP阳D2及其化b侧翼区域、M0N2及其化b侧翼区域、STXBP6及其化b侧翼区域、醒糖 还原酶（ALR2)及其2化侧翼区域、蛋白激酶CP(P服CB1)及其2化侧翼区域，
[0016] 并且其中存在多态性序列表明受试者患有选自W下的病患，处于选自W下的病患 的风险中或疑似患有W下的病患：糖尿病肾脏并发症，糖尿病肾脏疾病，糖尿病肾病或糖尿 病晚期肾病，由于2型糖尿病或1型糖尿病而引起的屯、血管疾病（CVD)诸如动脉粥样硬化 周围性血管疾病、高血压、缺血性屯、肌病和屯、肌梗塞。
[0017] 在本文公开的方法的一个实施方案中，在所述方法中检测的多态性序列在至少 一种选自W下的基因内：DLGAP3基因及其化b侧翼区域、CRIM1基因及其化b侧翼区域、 PDE11A基因及其化b侧翼区域。
[0018] 在另一实施方案中，在本文公开的方法中检测的多态性序列为
[0019] 至少一种选自W下的多态性：DLGAP3基因中的rsl0493064、CRIM1基因中的 rsl0199869 和PDE11A基因中的rsl6865645、肥LL1 基因中的rsl459865、MP阳D2 基因中 的r巧59519、M0N2 基因中的rs7953138、STXBP6 基因中的rsl241486、STXBP6 基因中的 rsl241499 和 / 或
[0020] 至少一种选自表A中列出的风险变体（SNP)的风险变体。
[0021] 在本文公开的方法的一些实施方案中，受试者为亚洲血统或中国血统。
[0022] 在本文公开的方法的其它实施方案中，在本文描述的方法中检测的来自受试者的 样品为血液、唾液或其它组织。
[0023] 在本文公开的方法的一些实施方案中，在方法中检测的核酸分子选自DM、RNA、 mRNAo
[0024] 本文公开的另一方面设及用于诊断受试者中病患的阵列或诊断试剂盒，其包含，
[0025] 用于检测受试者的样品中的至少一种多态性序列的试剂，其中所述多态性序列在 至少一种选自W下的基因内：DLGAP3基因及其化b侧翼区域、CRIM1基因及其化b侧翼区 域、PDE11A基因及其化b侧翼区域、肥LL1及其化b侧翼区域、MP阳D2及其化b侧翼区域、 M0N2及其化b侧翼区域、STXBP6及其化b侧翼区域、醒糖还原酶（ALR2)及其化b侧翼区 域、蛋白激酶CP(PRKCB1)及其化b侧翼区域，W及
[0026] 使用试剂盒的说明书，其包括用法说明，运提示存在多态性序列表明受试者患有 选自W下的病患、处于选自W下的病患的风险中或疑似患有选自W下的病患：糖尿病肾脏 并发症，糖尿病肾脏疾病，糖尿病肾病，糖尿病晚期肾病，由于2型糖尿病而引起的屯、血管 疾病诸如动脉粥样硬化周围性血管疾病、高血压、缺血性屯、肌病和屯、肌梗塞。
[0027] 在本文公开的阵列或试剂盒的实施方案中，包含在其中的试剂选自在基于PCR的 技术中使用的试剂、至少一种用于延伸在MassARRAY平台上通过MLDI-T0F质谱检测的多 重产物的引物、一种或多种用于杂交所述多态性序列的探针。
[0028] 在本文公开的阵列或试剂盒的一个实施方案中，用阵列或试剂盒检测的多态性序 列在至少一种选自W下的基因内：DLGAP3基因及其化b侧翼区域、CRIM1基因及其化b侧翼 区域、PDE11A基因及其化b侧翼区域。
[0029] 在另一实施方案中，用本文公开的阵列或试剂盒检测的多态性序列为
[0030] 至少一种选自W下的多态性：DLGAP3基因中的rsl0493064、CRIM1基因中的 rsl0199869 和PDE11A基因中的rsl6865645、肥LL1 基因中的rsl459865、MP阳D2 基因中 的r巧59519、M0N2 基因中的rs7953138、STXBP6 基因中的rsl241486、STXBP6 基因中的 rsl241499 和 / 或
[0031] 至少一种选自在表A中列出的风险变体（SNP)的风险变体。
[0032] 在本文公开的阵列或试剂盒的又一实施方案中，用阵列或试剂盒检测的多态性序 列为至少一种或两种或所有选自W下的遗传变体：DLGPAP3基因的遗传变体rsl0493064、 CRIM1基因的遗传变体rsl0199869和PDE11A基因的遗传变体rsl6865645。
[0033] 在本文公开的阵列或试剂盒的一些实施方案中，受试者为亚洲血统或中国血统。
[0034] 在本文公开的阵列或试剂盒的其它实施方案中，在本文描述的方法中检测的来自 受试者的样品为血液、唾液或其它组织。
[0035] 在本文公开的阵列或试剂盒的一些实施方案中，用阵列或试剂盒检测的核酸分子 选自DNA、RNA、mRNA。
[0036] 在本文公开的阵列或试剂盒的一些实施方案中，它们可用于进行本文公开的方 法。
[0037] 本文公开的另一方面提供用于治疗或预防受试者中选自W下的病患的方法：糖尿 病肾脏并发症，包括糖尿病肾脏疾病、糖尿病肾病、糖尿病晚期肾病；由于2型糖尿病而引 起的屯、血管疾病，诸如动脉粥样硬化周围性血管疾病、高血压、缺血性屯、肌病和屯、肌梗塞。 用于治疗或预防如本文公开的病患的方法包括向受试者施用抵消任何所述多态性在受试 者中的作用的化合物。
[0038] 在用于治疗受试者的病患的方法的实施方案中，化合物包括用于抑制至少一种本 文公开的SNP的药剂（其选自抑制性RNA、抗体、反义核酸或用于抑制本文公开的SNP的其 它药剂），W及用于降低血压、葡萄糖控制、脂质参数的药剂或药物和用于调节肾素-血管 紧张素系统的那些。
[0039] 本文公开的另一方面提供用于抑制至少一种、两种或S种SNP或多态性的试剂 在制备用于治疗或预防受试者中选自W下的病患的药物中的用途：糖尿病肾脏并发症， 包括糖尿病肾脏疾病、糖尿病肾病、糖尿病晚期肾病；由于2型糖尿病而引起的屯、血管疾 病，诸如动脉粥样硬化周围性血管疾病、高血压、缺血性屯、肌病和屯、肌梗塞，所述SNP或多 态性选自DLGAP3基因中的rsl0493064、CRIM1基因中的rsl0199869和PDE11A基因中 的rsl6865645、肥LL1基因中的rsl459865、MP阳D2基因中的r巧59519、M0N2基因中的 rs7953138、STXBP6 基因中的rsl241486 和STXBP6 基因中的rsl241499。
[0040] 本文公开的另一方面提供用于抑制至少一种、两种或S种SNP或多态性的试剂在 用于治疗或预防受试者中选自W下的病患中的用途：糖尿病肾脏并发症，包括糖尿病肾脏 疾病、糖尿病肾病、糖尿病晚期肾病；由于2型糖尿病而引起的屯、血管疾病，诸如动脉粥样 硬化周围性血管疾病、高血压、缺血性屯、肌病和屯、肌梗塞，所述SNP或多态性选自DLGAP3基 因中的rsl0493064、CRIMl基因中的rsl0199869 和PDE11A基因中的rsl6865645、肥LL1 基 因中的rsl459865、MP阳D2基因中的r巧59519、M0N2基因中的rs7953138、STXBP6基因中 的rsl241486 和STXBP6 基因中的rsl241499。
[0041] 附图简沐
[0042] 图1示出来自糖尿病肾脏疾病的全基因组关联研究的曼哈顿图（manhattan plot)。
[0043] 图2示出DLGAP：3rs7555884与CKD的关联（显性模型）。
[0044] 图3示出PDE11Arsl6865645与C邸的关联（显性模型）。