个性化药物的制作方法
【技术领域】
[0001] 本发明涉及诊断和治疗领域。其提供了用于评价促炎细胞因子的抑制剂和/或B 细胞的抑制剂的效力并由此选择用于怀疑患有自身免疫和/或炎症性疾病和/或病症的受 试者的最好的可能治疗的方法。
【背景技术】
[0002] 克罗恩氏病和溃疡性结肠炎是炎症性肠病（IBD)，其中在发病机理中肠道粘膜中 的失调性炎症性反应起主要作用。在生理条件下促炎细胞因子（例如TNFa或IL-Ιβ)和 抗炎细胞因子（例如IL-10或TGFP )之间存在平衡。白细胞介素_1β是先天免疫系统的 最重要的促炎介体（mediator)中的一种，并且它在IBD发病机理中的作用已经广泛证实 ⑴。
[0003] 自噬是调节IL-I β分泌的主要过程中的一种（2)，并且已经显示自噬基因多态性 (例如ATG16LUIRGM)与克罗恩氏病相关联（3)。近来，我们已证实了 Τ300Α ATG16L1多态 性强调节IL-I β生产，并且风险变量（risk variant)与细胞因子增加的合成和释放相关 联（4) C3IL-I β的产生受到称为炎症小体（炎性小体，inflammasomes)的细胞内蛋白平台的 高度控制（5, 6)。与IL-I β产生关联的炎症小体包含前-半胱天冬酶-I (pro-caspase-l)， 关键酶，当被激活时用于细胞内前-IL-I β (pro-IL-Ιβ)的切割（7)。我们评价了特定的 半胱天冬酶-1抑制剂是否能够阻断IL-I β的加工和释放，并因此可以对在IBD中的炎症 性过程产生有利的影响。此外，我们已经研究了半胱天冬酶-1抑制剂是否在一方面具有 高IL-I β生产能力的个体，以及在另一方面具有Τ300Α ATG16L1多态性的那些个体中更有 效。
[0004] 令人惊奇的是，我们注意到，在所筛选的受试者中产生细胞因子的固有能力是不 同的，而抗炎剂的效果依赖于细胞因子产生。其揭示了我们可以区分所述细胞因子的高、中 和低产生者。所述细胞因子的高产生者可以是另一种细胞因子的高、中或低产生者。这些 结果导致下述观点：识别细胞因子产生的个体分布（情形，profile)并由此基于患者在高 和低细胞因子产生者中的分级（stratification)，将患有（自身）炎症性疾病的个体患者 差响应者分级（分配）为特定的抗炎生物治疗以及将较好的响应者分级为另一种生物治疗 成为可能。这种分级预期适用于所有基于当前使用的生物疗法的治疗。患者的分级，对于 不太可能成功的限制性治疗（spared treatment)以及具有潜在重要副作用的患者而言， 以及由于这样的个性化（personalised)方法显著的成本节省方面而对于卫生保健系统而 言，可能是非常有意义的。
【具体实施方式】
[0005] 评价方法
[0006] 第一方法：评价促炎细朐闵子抑制剂的效力
[0007] 在第一方面，本发明涉及用于在受试者中评价促炎细胞因子抑制剂的效力的方 法，所述方法包括以下步骤：
[0008] (a)从所述受试者获得样品，
[0009] (bl)用能够在所述样品中诱导促炎细胞因子产生的化合物接触所述样品以及 [0010] (b2)用所述样品中所述促炎细胞因子的所述抑制剂与所述样品接触，
[0011] (C)在步骤（bl)和（b2)结束时确定所述促炎细胞因子在所述样品中的表达水平 分布（表达水平谱，profile of expression level)以及
[0012] (d)当在步骤（bl)结束时，检测到所述促炎细胞因子的可检测的分布或表达水 平，或者分布或表达水平的增加时，和当在步骤（b2)结束时，检测到所述促炎细胞因子的 可检测的分布或表达水平降低时，评价所述抑制剂的效力为足够的。
[0013] 促炎细胞因子是能够促进系统性炎症（systemic inflammation)的细胞因子。促 炎细胞因子优选参与如本文所定义的炎症性和/或自身免疫性疾病或病症，或者与如本文 所定义的炎症性和/或自身免疫性疾病或病症相关联，或者是如本文所定义的炎症性和/ 或自身免疫性疾病或病症的结果。促炎细胞因子优选选自由IL-I β、TNFa或IFNy、IL-6、 IL-12、IL-17、IL-23、IL-5所组成的组。IL-Ιβ是优选的促炎细胞因子。已知IL-Ιβ参 与克罗恩氏病。
[0014] 这种促炎细胞因子抑制剂可以是能够抑制所述促炎细胞因子产生和/或能够降 低所述促炎细胞因子的表达水平和/或能够降低所述促炎细胞因子的活性和/或能够抑制 所述细胞因子的受体和/或能够竞争所述细胞因子与其受体结合的化合物。此类抑制剂可 抑制所述细胞因子受体的链，和/或可通过靶向其受体的一条链竞争所述细胞因子与其受 体的结合。这种抑制剂可在受试者中或在所述受试者的样品中表现出这种抑制和/或减 少，如本文中稍后所定义的。IL-6的抑制剂可以是IL-6R的抑制剂。IL-6R的抑制剂优选为 IL-6R的一条链的抑制剂，更优选IL-6R的a链的抑制剂。IL-17的抑制剂可以是IL-17A 或IL-17F的抑制剂。IL-12的抑制剂可以是IL-12P40的抑制剂。优选的促炎细胞因子的 抑制剂鉴别在表2中。
[0015] 已知并已开发了若干促炎细胞因子的抑制剂，并且一些仍在开发用于治疗、延 缓、治愈、预防炎症性和/或自身免疫性疾病或病症。优选的炎症性和/或自身免疫性疾 病或病症的实例包括炎症性肠病（IBD)、类风湿性关节炎（RA)、其他RA样疾病（RA-Iike diseases)、克罗恩氏病（Crohn disease)、多发性硬化（MS)、银肩病、化脓性汗腺炎 (Hidradenitis Suppurativa)、慢性阻塞性肺病（COPD)、肉状瘤病（Sarcoidosis)、痛风、 韦格内氏疾病（Wegener Disease)、2型糖尿病、动脉粥样硬化、莱姆病（Lyme disease)、 败血症、哮喘、溃疡性结肠炎、强直性脊柱炎（ankylosing spondylitis)。其他RA样疾 病包括银肩病关节炎（Sporiatic arthritis)、强直性脊柱炎或幼年型关节炎（juvenile arthritis)。优选的炎症性和/或自身免疫性疾病或病症鉴别在表1中。
[0016] 促炎细胞因子的抑制剂的实例包括，抗这些促炎细胞因子产生的抑制抗体，如来 自Novartis的Ilaris(即，卡那单抗（canakinumab))，其是抗IL-I β产生的人单克隆抗 体，来自Abbott的修美乐（Humira)(即，阿达木单抗（Adalimumab))或来自Wyeth/Pfizer 的另一种TNFa抑制剂恩利（Enbrel)(即，依那西普（Etanercept))，或来自Roche的IL-6R 的抑制剂托珠单抗（Tocilizumab)。抑制这种促炎细胞因子的小分子（或肽模拟物（拟 肽））为半胱天冬酶1抑制剂VRT(Vertex)。在稍后的部分中，提供了更多关于如何产生抑 制抗体或肽模拟物的信息。已知半胱天冬酶1抑制剂VRT抑制IL-I β的产生，且所述半 胱天冬酶1抑制剂已经用于治疗克罗恩氏病，如在实验部分所解释的。托珠单抗已经用于 治疗克罗恩氏病和RA。恩利已经用于治疗RA、强直性脊柱炎和银肩病关节炎（psoriatic anthritis)〇
[0017] 第二方法：评价B细朐的抑制剂的效力
[0018] 在另一方面，本发明涉及用于在受试者中评价B细胞抑制剂的效力的方法，所述 方法包括以下步骤：
[0019] (a)从所述受试者获得样品，
[0020] (bl)用能够在所述样品中诱导B细胞产生的化合物接触所述样品以及
[0021] (b2)用所述样品中所述B细胞的所述抑制剂与所述样品接触，
[0022] (c)在步骤（bl)和（b2)结束时确定所述B细胞在所述样品中的数量以及
[0023] (d)当在步骤（bl)结束时，检测到所述B细胞的可检测的数量或数量增加时，和当 在步骤（b2)结束时，检测到所述B细胞的可检测的数量减少时，评价所述抑制剂的效力为 足够的。
[0024] 作为促炎细胞因子的B细胞能够促进系统性炎症。B细胞可参与如本文所定义的 炎症性和/或自身免疫性疾病或病症，或与如本文所定义的炎症性和/或自身免疫性疾病 或病症相关联，或是如本文所定义的炎症性和/或自身免疫性疾病或病症的结果。可以通 过利用本领域技术人员已知的技术评价B细胞特异性标记的存在而在样品中识别B细胞。 如果标记物是在细胞表面表达，优选的技术为利用识别所述标记物的（部分）细胞外结构 域的特异性抗体的FACS (荧光激活细胞分选术）分析。优选的B细胞特异性标记物为CD20 或⑶19。在这种FACS分析中使用的优选市售抗⑶20抗体为来自Millipore的抗-⑶20， 克隆2H7。本领域的技术人员清楚B细胞标记物可以用于本发明，以评价存在于样品中的B 细胞的数量。其还可以作为本文所鉴别的B细胞的抑制剂的靶标。
[0025] B细胞的这种抑制剂可以是能够抑制所述B细胞产生和/或能够减小所述B细胞 的数量和/或能够减小所述B细胞的活性的化合物。B细胞的抑制剂也可以称为能够耗尽 /捕获/灭活B细胞和/或耗尽/捕获/灭活由这样的B细胞产生的抗体的化合物。B细 胞的活性可以是产生促炎细胞因子如IL-6或IL-10,或者可以是促进通过其它细胞产生促 炎细胞因子，例如T辅助细胞（Thl7)。已知Thl7能够产生IL-17作为促炎细胞因子。
[0026] 已知并已开发了若干B细胞的抑制剂，并且一些仍在开发用于治疗、延缓、治愈、 预防炎症性和/或自身免疫性疾病或病症。优选的B细胞抑制剂为CD20的抑制剂，更优选 如表2中所鉴别的：利妥昔单抗（Roche，CH)、奥法木单抗（GSK，UK)、维妥珠单抗（Takeda， JP)或奥瑞珠单抗（Roche CH)。B细胞的另一种优选的抑制剂为CD19的抑制剂。优选的 CD19 抑制剂为 GBR 401 (Glenmark Pharmaceuticals，CH)。
[0027] 本文中已经定义了优选的炎症性和/或自身免疫性疾病或病症的实例。更优选的 炎症性和/或自身免疫性疾病或病症（B细胞可能参与这样的疾病或病症，或与这样的疾病 或病症关联，或是这样的疾病或病症的结果）包括类风湿性关节炎（RA)和多发性硬化症 (MS)。优选的炎症性和/或自身免疫性疾病或病症鉴别在表1中。
[0028] 在优选实施方式中，将第一方法（即评价促炎细胞因子的抑制剂的效力的方法） 和第二方法（即评价B细胞的抑制剂的效力的方法）应用在同一受试者上。以下进一步定 义了第一方法中的各种特征。除非另有说明，第一方法的各特征可以应用在第二方法上。
[0029] 因此，本发明涉及一种用于在受试者中评价促炎细胞因子抑制剂的效力和/或评 价B细胞抑制剂的效力的方法，所述方法包括以下步骤：
[0030] (a)从所述受试者获得样品，
[0031] (bl)用能够在所述样品中诱导促炎细胞因子产生的化合物接触所述样品，和/或 用能够在所述样品中诱导B细胞产生的化合物接触所述样品以及
[0032] (b2)用所述样品中的所述促炎细胞因子的所述抑制剂与所述样品接触，和/或用 所述样品中的所述B细胞的所述抑制剂与所述样品接触
[0033] (C)在步骤（bl)和（b2)结束时在所述样品中确定所述促炎细胞因子的分布或表 达水平和/或确定所述B细胞的数量以及
[0034] 步骤（d):
[0035] (dl)当在步骤（bl)结束时，检测到所述促炎细胞因子的可检测的分布或表达水 平，或者分布或表达水平的增加时，和当在步骤（b2)结束时，检测到所述促炎细胞因子的 可检测的分布或表达水平减少时，评价所述促炎细胞因子抑制剂的效力为足够的，和/或
[0036] (d2)当在步骤（bl)结束时，检测到所述B细胞的可检测的数量或数量增加时，和 当在步骤（b2)结束时，检测到所述B细胞的可检测的数量减少时，评估所述B细胞的所述 抑制剂的效力为足够的。
[0037] 可以在受试者正治疗给定的自身免疫性和/或炎症性疾病和/或病症之前，执行 本发明的方法（即，第一和/或第二方法）。本发明也包括：一旦这样的治疗已经开始，执 行本发明的方法。在这种情况下，当前治疗（即，在第一方法中的促炎细胞因子抑制剂和 在第二方法中的B细胞抑制剂）的效力可与其他可能的一种治疗（即，在第一种方法中的 促炎细胞因子的其它抑制剂和在第二种方法中的B细胞的抑制剂）相比较。如果本发明的 方法指示预期其它治疗的效力优于当前治疗中的一种，可以修改给予所述受试者的治疗类 型，并可选择具有最佳效力的抑制剂。
[0038] 在本发明的上下文中，受试者可以是人类或动物。该方法（即，第一和/或第二方 法）在受试者可以按照需要的频率（as often as necessary)应用。如果受试者是人类，该 受试者可以是怀疑具有患有或发展自身免疫性和/或炎症性疾病或病症的高风险的个人， 例如由于其遗传背景。
[0039] 因此在优选的实施方式中，本发明提供了在怀疑患有自身免疫和/或炎症性疾病 或病症的受试者中评价促炎细胞因子抑制剂的效力的方法，其中所述促炎细胞因子选自由 IL-I- β、IL-6、IL-17、IL-23、IL-12、IL-5、TNF α 和 IFN γ 所组成的组，并且所述方法包括 下列步骤：
[0040] (a)从所述受试者获得样品，
[0041] (bl)用能够在所述样品中诱导促炎细胞因子产生的化合物接触所述样品以及
[0042] (b2)用所述样品中的所述促炎细胞因子的所述抑制剂与所述样品接触，
[0043] (C)在步骤（bl)和（b2)结束时确定所述促炎细胞因子在所述样品中的分布或表 达水平以及
[0044] (d)当在步骤（bl)结束时，检测到所述促炎细胞因子的可检测的表达水平或表达 水平的增加时，和当在步骤（b2)结束时，检测到所述促炎细胞因子的可检测的表达水平减 少时，评估所述促炎细胞因子的所述抑制剂的效力为足够的。
[0045] 表1提供了几种自身免疫性和/或炎症性疾病和/或病症以及已知参与到所述疾 病和/或病症中的主要的促炎细胞因子的概述。表1还提供了几种其中怀疑B细胞参与或 发挥作用的自身免疫性和/或炎症性疾病和/或病症的概述。表2给出一些促炎细胞因子 的一些已知的抑制剂的概述。表2还提供了一些已知的B细胞抑制剂的概述。
[0046] 在一实施方式中，如本文中较早定义的本发明的方法（即用于在受试者中评价促 炎细胞因子抑制剂的效力和/或评价B细胞抑制剂的效力，优选其中所述受试者怀疑患有 自身免疫性和/或炎症性疾病或病症）是这样的：
[0047] -自身免疫性和/或炎症性疾病或病症为：RA (类风湿性关节炎）和/或
[0048] -促炎细胞因子选自由了陬€1、11-10、11^-6、几-12、几-17和几-23所组成的组和 /或
[0049] -由B细胞抑制剂靶向的B细胞标记物是⑶20或⑶19。
[0050] 优选地，如果促炎细胞因子是IL-12, IL-12的抑制剂是IL-12P40的抑制剂。这 种优选的抑制剂是优特克单抗（Ustekinumab) (Janssen-Ci lag，BE)。优选地，如果促 炎细胞因子是IL-17, IL-17的抑制剂是IL-17A的抑制剂。IL-17A的优选的抑制剂为 Brodalumab(Amgen, USA) ;Ixekizumab(Lilly(Eli)，USA)或 Secukinumab(Novartis，CH)〇
[0051] 优选地，如果促炎细胞因子是IL-23, IL-23的抑制剂是优特克单抗 (Janssen-Cilag，BE)〇
[0052] 优选地，如果促炎细胞因子是⑶20,⑶20的抑制剂是利妥昔单抗（Roche，CH)
[0053] 优选地，如果促炎细胞因子是几-6, E-6的抑制剂是托珠单抗（Roche，CH)。
[0054] 优选地，如果促炎细胞因子是IL-I β，IL-I β的抑制剂是阿那白滞素（Anakinra) (IL-IR a ) (Sobi，SE) ;Ilaris (抗-IL-lb) (Novartis，CH) 〇
[0055] 优选地，如果促炎细胞因子是TNF α，TNF α的抑制剂是恩利（Embrel) (Amgen和 Whyett，USA);修美乐（Abbott，USA);英夫利昔单抗（Infliximab) (Centocor Pharmaceuti cals (Johnson&Johnson)，USA);高利单抗（Golimumab)(MSD)0
[0056] 优选的⑶20抑制剂是利妥昔单抗（Roche，CH)、奥法木单抗（GSK，UK)、维妥珠单 抗（TakedaJP)或奥瑞珠单抗（Roche CH)。另一种优选的B细胞抑制剂为⑶19的抑制剂。 优选的 CD19 抑制剂是 GBR 401 (Glenmark Pharmaceuticals，CH)。
[0057] 在另一实施方式中，如本文中较早定义的本发明的方法（即用于在受试者中评价 促炎细胞因子抑制剂的效力，优选其中所述受试者怀疑患有自身免疫性和/或炎症性疾病 或病症）是这样的：
[0058] -自身免疫性和/或炎症性疾病或病症为：另一种RA样疾病和/或
[0059] -促炎细胞因子为TNF α。
[0060] 优选地，如果促炎细胞因子是TNF α，TNF α的抑制剂是恩利（Amgen和Whyett， USA);修美乐（Abbott，USA);英夫利昔单抗（Centocor Pharmaceuticals (Johnson&Johns on)，USA);高利单抗（MSD)。
[0061] 在另一实施方式中，如本文中较早定义的本发明的方法（即用于在受试者中评价 促炎细胞因子抑制剂的效力，优选其中所述受试者怀疑患有自身免疫性和/或炎症性疾病 或病症）是这样的：
[0062] -自身免疫性和/或炎症性疾病或病症是溃疡性结肠炎和/或
[0063] -促炎细胞因子是TNF α
[0064] 优选地，如果促炎细胞因子是TNF a，TNF α的抑制剂是恩利（Amgen和Whyett， USA);修美乐（Abbott，USA);英夫利昔单抗（Centocor Pharmaceuticals (Johnson&Johns on)，USA);高利单抗（MSD)。
[0065] 在另一实施方式中，如本文中较早定义的本发明的方法（即用于在受试者中评价 促炎细胞因子抑制剂的效力，优选其中所述受试者怀疑患有自身免疫性和/或炎症性疾病 或病症）是这样的：
[0066] -自身免疫性和/或炎症性疾病或病症是克罗恩氏病和/或
[0067] -促炎细胞因子选自由TNFa、IL-I β、IL-12、IL-17和