个性化药物的制作方法_3

文档序号:9553120阅读:来源:国知局
细胞的数量。本领域技术人员知晓用以评价B细胞的数量或活性的方法。可以 利用本文较早所解释的FACS技术评价B细胞的数量。B细胞活性可以是产生促炎细胞因 子(例如IL-6)或促进由其它细胞,如T辅助细胞(Thl7)产生促炎细胞因子。产生促炎细 胞因子如IL-6的评价已在本文中在第一方法的上下文中予以解释。因此,在第二方法的实 施方式中,在步骤(bl)和(b2)结束时在所述样品中确定促炎细胞因子的分布或表达水平。 以与本文中用于第一方法所描述的相同的方式评价该分布或表达水平。可如同B细胞利用 FACS分析或通过细胞因子流表型分型(Cytokine flow phenotyping)评价T辅助细胞17 的数量。细胞因子流表型分型允许评价所述细胞的标记物的细胞内表达。Thl7细胞的标记 物的实例包括IL-17A、IL-17F、IL-21、IL-22、CD4。用于评价这些标记物的存在的化合物的 实例包括:
[0144] 对于 IL-17A :eBio64DEC17FITC
[0145] 对于 IL-17F :SHLR17PE
[0146] 对于 IL-21 :eBio3A3-N2Alexa Fluor? 647
[0147] 对于 IL-22 :22URTI PerCP-eFIuon? 710
[0148] 对于 CD4 :RPA_T4 ePtoor? 450
[0149] 所有这些都来自 e-Biosciences,USA
[0150] 编码IL-I β的优选的核苷酸序列包括SEQ ID NO :1或由SEQ ID NO :1所组成。 优选的相应的IL-I β氨基酸序列包括SEQ ID NO :2或由SEQ ID NO :2所组成。
[0151] 编码IL-6的优选的核苷酸序列包括SEQ ID NO :3或由SEQ ID NO :3所组成。优 选的相应的IL-6氨基酸序列包括SEQ ID NO :4或由SEQ ID NO :4所组成。
[0152] 编码IL-17的优选的核苷酸序列包括SEQ ID NO :5或由SEQ ID NO :5所组成。优 选的相应的IL-17氨基酸序列包括SEQ ID NO :6或由SEQ ID NO :6所组成。
[0153] 编码IL-23的优选的核苷酸序列包括SEQ ID NO :7或由SEQ ID NO :7所组成。优 选的相应的IL-23氨基酸序列包括SEQ ID NO :8或由SEQ ID NO :8所组成。
[0154] 编码TNF α的优选的核苷酸序列包括SEQ ID NO :9或由SEQ ID NO :9所组成。优 选的相应的TNFa氨基酸序列包括SEQ ID NO :10或由SEQ ID NO :10所组成。
[0155] 编码IFNy的优选的核苷酸序列包括SEQ ID NO : 11或由SEQ ID NO : 11所组成。 优选的相应的IFNy氨基酸序列包括SEQ ID NO : 12或由SEQ ID NO : 12所组成。
[0156] 编码IL-12的优选的核苷酸序列包括SEQ ID NO :25或由SEQ ID NO :25所组成。 优选的相应的IL-12氨基酸序列包括SEQ ID NO :26或由SEQ ID NO :26所组成。
[0157] 编码IL-5的优选的核苷酸序列包括SEQ ID NO :29或由SEQ ID NO :29所组成。 优选的相应的IL-5氨基酸序列包括SEQ ID NO :30或由SEQ ID NO :30所组成。
[0158] 在优选实施方式中,促炎细胞因子包括IL-Ιβ或由IL-Ιβ组成。更优选地, IL-I β :
[0159] -由包括与 SEQ ID NO :2 至少 60%、70%、80%、90%、95%、或100%的同一性的 氨基酸序列所表示和/或
[0160] -由具有与 SEQ ID NO :1 至少 60%、70%、80%、90%、95%、或100%的同一性的 核苷酸序列所编码。
[0161] 在另一优选的实施方式中,编码IL-I β的核苷酸序列具有:
[0162] -与 SEQ ID NO :1 至少 60%、70%、80%、90%、95%、或100%的同一性和/或
[0163] -编码IL-I β的氨基酸序列,其具有与由SEQ ID NO :2编码的氨基酸序列至少 60%、70%、80%、90%、95%,或 100% 的同一性。
[0164] 在优选实施方式中,促炎细胞因子包括IL-6或由IL-6组成。更优选地,IL-6 :
[0165] -由包括与 SEQ ID NO :4至少 60%、70%、80%、90%、95%、100%的同一性的氨基 酸序列所表示和/或
[0166] -由具有与 SEQ ID NO :3 至少 60%、70%、80%、90%、95%、100% 的同一性的核苷 酸序列所编码。
[0167] 在另一优选的实施方式中,编码IL-6的核苷酸序列具有:
[0168] -与SEQIDN0:3至少60%、70%、80%、90%、95%、100%的同一性和/或
[0169] -编码IL-6的氨基酸序列,其具有与由SEQ ID NO :4编码的氨基酸序列至少60%、 70%、80%、90%、95%,或100%的同一性。
[0170] 在优选实施方式中,促炎细胞因子包括IL-17或由IL-17组成。更优选地,IL-17 :
[0171] -由包括与 SEQ ID NO :6 至少 60%、70%、80%、90%、95%、100%的同一性的氨基 酸序列所表示和/或
[0172] -由具有与 SEQ ID NO :5 至少 60%、70%、80%、90%、95%、100%的同一性的核苷 酸序列所编码。
[0173] 在另一优选的实施方式中,编码IL-17的核苷酸序列具有:
[0174] -与 SEQ ID NO :5 至少 60%、70%、80%、90%、95%、100%的同一性和/或
[0175] -编码IL-17的氨基酸序列,其具有与由SEQ ID NO :6编码的氨基酸序列至少 60%、70%、80%、90%、95%,或 100% 的同一性。
[0176] 在优选实施方式中,促炎细胞因子包括IL-23或由IL-23组成。更优选地,IL-23 :
[0177] -由包括与 SEQ ID NO :8 至少 60%、70%、80%、90%、95%、100%的同一性的氨基 酸序列所表示和/或
[0178] -由具有与 SEQ ID NO :7 至少 60%、70%、80%、90%、95%、100%的同一性的核苷 酸序列所编码。
[0179] 在另一优选的实施方式中,编码IL-23的核苷酸序列具有:
[0180] -与SEQIDN0:7至少60%、70%、80%、90%、95%、100%的同一性和/或
[0181] -编码IL-23的氨基酸序列,其具有与由SEQ ID NO :8编码的氨基酸序列至少 60%、70%、80%、90%、95%,或 100% 的同一性。
[0182] 在优选实施方式中,促炎细胞因子包括TNF α或由TNF α组成。更优选地,TNF α :
[0183] -由包括与 SEQ ID NO :10 至少 60%、70%、80%、90%、95%、100%的同一性的氨 基酸序列所表示和/或
[0184] -由具有与 SEQ ID NO :9 至少 60%、70%、80%、90%、95%、100% 的同一性的核苷 酸序列所编码。
[0185] 在另一优选的实施方式中,编码TNFa的核苷酸序列具有:
[0186] -与SEQIDN0:9至少60%、70%、80%、90%、95%、100%的同一性和/或
[0187] -编码TNFa的氨基酸序列,其具有与由SEQ ID NO :10编码的氨基酸序列至少 60%、70%、80%、90%、95%,或 100% 的同一性。
[0188] 在优选实施方式中,促炎细胞因子包括IFNy或由IFNy组成。更优选地,IFNy :
[0189] -由包括与 SEQ ID NO :12 至少 60%、70%、80%、90%、95%、100%的同一性的氨 基酸序列所表示和/或
[0190] -由具有与 SEQ ID NO :11 至少 60%、70%、80%、90%、95%、100%的同一性的核 苷酸序列所编码。
[0191] 在另一优选的实施方式中,编码IFNy的核苷酸序列具有:
[0192] -与 SEQ ID NO :11 至少 60%、70%、80%、90%、95%、100%的同一性和/或
[0193] -编码IFNy的氨基酸序列,其具有与由SEQ ID NO :12编码的氨基酸序列至少 60%、70%、80%、90%、95%,或 100% 的同一性。
[0194] 在优选实施方式中,促炎细胞因子包括IL-12或由IL-12组成。更优选地,IL-12 :
[0195] -由包括与 SEQ ID NO :26 至少 60%、70%、80%、90%、95%、100%的同一性的氨 基酸序列所表示和/或
[0196] -由具有与 SEQ ID NO :25 至少 60%、70%、80%、90%、95%、100%的同一性的核 苷酸序列所编码。
[0197] 在另一优选的实施方式中,编码IL-12的核苷酸序列具有:
[0198] -与SEQIDN0:25至少60%、70%、80%、90%、95%、100%的同一性和/或
[0199] -编码IL-12的氨基酸序列,其具有与由SEQ ID NO :26编码的氨基酸序列至少 60%、70%、80%、90%、95%,或 100% 的同一性。
[0200] 在优选实施方式中,促炎细胞因子包括IL-5或由IL-5组成。更优选地,IL-5 :
[0201] -由包括与 SEQ ID NO :30 至少 60%、70%、80%、90%、95%、100%的同一性的氨 基酸序列所表示和/或
[0202] -由具有与 SEQ ID NO :29 至少 60%、70%、80%、90%、95%、100%的同一性的核 苷酸序列所编码。
[0203] 在另一优选的实施方式中,编码IL-12的核苷酸序列具有:
[0204] -与SEQIDN0:29至少60%、70%、80%、90%、95%、100%的同一性和/或
[0205] -编码IL-12的氨基酸序列,其具有与由SEQ ID NO :30编码的氨基酸序列至少 60%、70%、80%、90%、95%,或 100% 的同一性。
[0206] 在本文中同一性在后面进行定义。编码促炎细胞因子(优选IL-Ιβ、IL-6、IL_17、 IL-23、IL-12、IL-5、TNFa和/或IFN-γ)的核苷酸序列的量的定量优选利用经典分子生 物学技术如(实时)PCR、阵列或RNA印迹分析(northern analysis)来进行。在该实施方 式中,编码如本文所描述的所述促炎细胞因子(优选IL-Ιβ、IL-6、IL-17、IL-23、IL-12、 IL-5、TNF α和/或IFN- γ )的核苷酸序列意指信使RNA(mRNA)。可替换地,根据另一优 选的实施方式,在该方法中所述促炎细胞因子(优选IL-Ιβ、IL-6、IL-17、IL-23、IL-12、 IL-5、TNF α和/或IFN- γ )的表达水平直接通过定量所述促炎细胞因子(优选IL-I β、 IL-6、IL-17、IL-23、IL-12、IL-5、TNFa和/或IFN-γ)的量来确定。可通过任何已知的 技术来定量多肽量。优选地,利用与所述促炎细胞因子(优选IL-li3、IL-6、IL-17、IL-23、 IL-12、IL-5、TNFa和/或IFN-γ)特异性结合的分子来定量多肽量。优选的结合分子选 自:已特异性产生(raise)用于识别所述促炎细胞因子(优选IL-I β、IL-6、IL-17、IL-23、 IL-12、IL-5、TNF α和/或IFN- γ )的抗体、已知特异性地结合所述所述促炎细胞因子(优 选 IL-10、IL-6、IL-17、IL-23、IL-12、IL-5、TNFa 和 / 或 IFN-γ)的任何其它分子。可以 在任何技术人员已知的免疫测定如免疫印迹(western blotting),或ELISA(酶联免疫吸 附试验)或利用乳胶珠粒(latex bead)的FACS (荧光激活细胞分选术)中使用这类抗体。 制备抗体对于本领域技术人员来说是已知的。优选地,如在实验数据中进行的,评价促炎细 胞因子如IL-I β的存在。可以用于制备抗体的方法的简短解释在本文中后面给出。在本发 明的上下文中,已知与所述促炎细胞因子(优选IL-I β、IL-6、IL-17、IL-23、IL-12、IL-5、 TNF α和/或IFN- γ )结合的任何其它分子可以是核酸,例如DNA调控区,多肽,代谢产物, 底物,调控元件,结构组分,伴侣(chaperone)(转运)分子,肽模拟物,非肽模拟物,或任何 其它类型的配体。肽模拟物在本文后面定义。已知与所述促炎细胞因子(优选IL-I β、 IL-6、IL-17、IL-23、IL-12、IL-5、TNFa和/或IFN-γ)结合的分子的实例,包括所述促炎 细胞因子(优选 IL-I β、IL-6、IL-17、IL-23、IL-12、IL-5、TNF a 和 / 或 IFN- γ )的受体 如IL-I β受体、IL-6受体、IL-17受体、IL-23受体、TNF a受体和/或IFN- γ受体,针对 所述促炎细胞因子(优选 IL-I β、IL-6、IL-17、IL-23、IL-12、IL-5、TNF a 和 / 或 IFN- γ ) 的抗体。所述促炎细胞因子(优选IL-I β、IL-6、IL-17、IL-23、IL-12、IL-5、TNF a和/ 或IFN-γ)与第二结合分子的结合可通过本领域技术人员已知的任何标准方法来检测。合 适的方法包括亲和层析共电泳(ACE)分析和ELISA。技术人员将会理解,替代地或结合定 量编码所述促炎细胞因子(优选IL-I β、IL-6、IL-17、IL-23、IL-12、IL-5、TNF a和/或 IFN-γ)和/或相应多肽的核酸序列,利用特异性试验定量相应多肽的底物、或已知与相应 多肽的功能或活性相关联的任何化合物、或定量相应多肽的功能或活性包括在本发明的方 法的范围内。例如,可以确定和量化通过所述促炎细胞因子(优选IL-Ιβ、IL-6、IL-17、 IL-23、IL-12、IL-5、TNF a和/或IFN- γ )或能够结合所述促炎细胞因子(优选IL-I β、 IL-6、IL-17、IL-23、IL-12、IL-5、TNFa和/或IFN-γ)的分子对目的基因的反式激活 (trans-activation),例如,在瞬时转染测定中,革El基因的启动子与报告基因,例如,P-半乳 糖苷酶或荧光素酶连接。这样的评估可以在体外或体内或离体地完成。
[0207] 用于检测编码促炎细胞因子的核苷酸序列的优选的引物在下面给出。
[0208] 用于IL-I β PCR的优选的引物被鉴别为
[0209] 正向引物 CAGCTACGAATCTCCGACCAC(SEQ ID NO :13);以及
[0210] 反向引物 GGCAGGGAACCAGCATCTTC(SEQ ID NO :14)。
[0211] 用于IL-6PCR的优选的引物被鉴别为
[0212] 正向引物 AATTCGGTACATCCTCGACGG(SEQ ID NO :15);以及
[0213] 反向引物 GGTTGTTTTCTGCCAGTGCCT(SEQ ID NO :16)。
[0214] 用于IL-17PCR的优选的引物被鉴别为
[0215] 正向引物 TCCCACGAAATCCAGGATGC (SEQ ID NO : 17);以及
[0216] 反向引物 GGATGTTCAGGTTGACCATCAC (SEQ ID NO : 18)。
[0217] 用于IL-23PCR的优选的引物被鉴别为
[0218] 正向引物 CTCAGGGACAACAGTCAGTTC (SEQ ID NO : 19);以及
[0219] 反向引物 ACAGGGCTATCAGGGAGCA- (SEQ ID NO :20)。
[0220] 用于TNF a PCR的优选的引物被鉴别为
[0221] 正向引物 TGGCCCAGGCAGTCAGA(SEQ ID NO :21);以及
[0222] 反向引物 GGTTTGCTACAACATGGGCTACA(SEQ ID NO :22)。
[0223] 用于IFNy PCR的优选的引物被鉴别为
[0224] 正向引物 TCGGTAACTGACTTGAATGTCCA(SEQ ID NO :23);以及
[0225] 反向引物 TCCTTTTTCGCTTCCCTGTTTT(SEQ ID NO :24)。
[0226] 用于IL-12PCR的优选的引物被鉴别为
[0227] 正向引物 CCTTGCACTTCTGAAGAGATTGA(SEQ ID NO :27);以及
[0228] 反向引物 ACAGGGCCATCATAAAAGAGGT (SEQ ID NO :28)。
[0229] 用于E-5PCR的优选的引物被鉴别为
[0230] 正向引物 CCTTGCACTTCTGAAGAGATTGA(SEQ ID NO :31);以及
[0231] 反向引物 ACAGGGCCATCATAAAAGAGGT (SEQ ID NO :32)。
[0232] 可选地,在本发明的第一方法中,可以将在步骤(C)中确定的促炎细胞因子的分 布或表达水平与用于所述表达水平或分布的参考值比较,参考值优选为在对照样品中的所 述表达水平或分布的平均值。
[0233] 在本发明的上下文中,用于所述促炎细胞因子的分布或表达水平的"参考值"优选 为对照样品中的所述表达水平或分布的平均值。
[0234] 同样适用于第二方法,其中B细胞的数量与用于参考的,优选对照样品的B细胞数 量进行比较。在本发明的上下文中,用于B细胞的数量的"参考值"优选为对照样品中的B 细胞的平均数量。
[0235] 两种类型的优选对照样品在本文中后面定义:一种用于步骤(bl),一种用于步骤 (b2)。
[0236] 在第一方法(即用于评价促炎细胞因子抑制剂的效力)的优选实施方式中,在接 触步骤(bl)和/或(b2)结束时,将上清液通过离心分离并由本领域技术人
当前第3页1 2 3 4 5 6 
网友询问留言 已有0条留言
  • 还没有人留言评论。精彩留言会获得点赞!
1