合。
[0031] 图2.
[0032] 图2显示了本发明的实施例2的扩增产物(事先变性)与具有包含本发明的S EQ ID 和SEQ 的探针的微阵列杂交的可视化。
[0033] 被矩形包围的"斑点"对应于SEQ IDN21和SEQ IDN22的探针的位置。在被每个矩 形包围的两个"斑点"中，第一个对应于SEQ ΙΟΝ?.，并且第二个对应于SEQ IDN22。矩形外 显示信号的"斑点"对应于位置标记物。
[0034] 含有轻型链球菌的实施例2的样品在对应于SEQ IDN91的探针的位置处显示阳性 信号，并且在SEQ idn22的探针的位置处显示低得多的强度的信号。在SEQ IDN02的位置 处出现的信号具有小于在SEQ IDN叫的位置处出现的信号的20%的强度。
[0035] 图3.
[0036] 图3示出了本发明的实施例3的扩增产物(事先变性)与具有包含本发明的SEQ ID 妒1和SEQ ID 的探针的微阵列杂交的可视化。
[0037] 被矩形包围的"斑点"对应于SEQ IDN01和SEQ IDN22的探针的位置。在被每个矩 形包围的两个"斑点"中，第一个对应于SEQ ID IsPl，并且第二个对应于SEQ IDN22。矩形外 显示信号的"斑点"对应于位置标记物。
[0038] 含有口腔链球菌的实施例3的样品仅在对应于SEQ 10巧22的探针的位置处显示阳 性信号，并且在SEQ IDN21的探针的位置处不显示信号。
[0039] 图4.
[0040] 图4示出了本发明的实施例4的扩增产物(事先变性)与具有包含本发明的SEQ ID Ν?和SEQ IDN22的探针的微阵列杂交的可视化。
[0041 ]被矩形包围的"斑点"对应于SEQ IDN91和SEQ IDispl的探针的位置。在被每个矩 形包围的两个"斑点"中，第一个对应于SEQ IDN01,并且第二个对应于SEQ IDN92。矩形外 显示信号的"斑点"对应于位置标记物。
[0042]含有停乳链球菌的实施例4的样品在SEQ 或SEQ IDN^的探针的位置处不 显示任何类型的信号。
[0043] 发明详述
[0044] 在W下章节中，更详细地定义了本发明的不同方面。除非明确有相反指示，如此定 义的每个方面均可W与任何其他一个方面或多个方面组合。尤其是，指出作为优选的或特 别有利的任何特征均可W与任何其他优选的或有利的一个特征或多个特征组合。
[0045] 本发明的第一方面对应于一种用于检测试验样品中肺炎链球菌的方法，所述方法 包括使所述样品与SEQ IDN21和SEQ IDN02的探针接触。
[0046] 本发明的第二方面设及一种用于检测试验样品中肺炎链球菌的试剂盒，其中所述 试剂盒包含一个阵列容器或一组阵列容器，其各自包含其中设置SEQ IDN21和SEQ IDN^ 的探针的微阵列。
[0047] 本发明的第Ξ和第四方面分别对应于探针组，所述探针组包括SEQ IDN91和SEQ IDN^的探针，并且对应于一种微阵列，所述微阵列包含该探针组。另一个方面设及由SEQ IDispl组成的分离的核酸序列。另一个方面设及由SEQ IDN92组成的分离的核酸序列。
[0048] 本发明的另外的方面对应于本发明的方法、试剂盒、微阵列、分离的核酸序列或探 针组用于检测肺炎链球菌W及用于诊断患者中由肺炎链球菌导致的感染的用途。尤其是， 感染是脈毒性感染或呼吸道感染。
[0049] 在另一个方面中，本发明设及一种用于诊断患者中由肺炎链球菌导致的感染的方 法，所述方法包括使来自所述患者的样品与由SEQ IDNPl和SEQ IDN22定义的探针接触。 所述方法可W包括如W下进一步解释的扩增步骤。如果两种探针都与样品中存在的DNA杂 交，则将患者诊断为患有由肺炎链球菌(S化巧tococcus pneumonia)引起的感染。所述方法 优选在体外或离体进行。
[0050] 本发明还设及一种用于检测试验样品中肺炎链球菌的测定，所述方法包括使所述 样品与SEQ ID妒1和SEQ IDN22的探针接触。
[0051] 定义；
[0化2]如在本文中所使用的术语"SEQ IDN^l和SEQ IDN92的/定义的探针"是指描绘为 SEQ ID:评1和SEQ IDN22的两条核巧酸序列，而且还指它们的明显的等同物，如它们的互补 序列或具有与SEQ IDN叫和SEQ 或它们的互补序列等同的结合能力的序列（例如， 与SEQ IDN&l和2的序列或与它们的互补序列区别在于其1个突变的序列）。
[0053] 如在本文中所使用的"引物"、"扩增引物"或"PCR扩增引物'意指"核酸扩增反应的 引物"。如在本文中所使用的"低得多的结合程度"理解为意指与作为参照的结合水平相比 20% W下的结合水平。待测试的DNA和任何探针的结合通过杂交发生。
[0054] 在优选的实施方案中，探针设置在微阵列中，例如固定在固体支持物上。微阵列是 微小寡核巧酸斑点的集合。DNA微阵列(通常也被称为基因忍片、DNA忍片、或生物忍片)是连 接至固体表面的微小DNA斑点的集合。合成探针并且之后将其经由表面改造 （surface engineering)通过与化学基质（经由环氧基-硅烷、氨基硅烷、赖氨酸、聚丙締酷胺或其他） 的共价键连接至固体表面。固体表面是本领域中已知的并且包括微珠 W及固体支持物。
[0055] 因此，具体地，本发明的探针可W固定在固体支持物上。运种固体支持物可W是阵 列容器的底部或者连接至阵列容器的底部的不同固体支持物。运意味着，微阵列的表面可 W是阵列容器的平坦底部。备选地，微阵列的表面可W是连接至阵列容器的底部的固体支 持物。本发明的探针可w包含在单个阵列容器中，或者包含在一组阵列容器中。
[0056] 在本文中所描述的并且根据本发明，探针容纳在微阵列中，所述微阵列可W置于 载玻片上，或者容纳在反应容器中，其之后被称为阵列容器。阵列容器可W具有不同的提供 形式，包括单个阵列容器，如孔或管，或排列在孔或管的条带，或平板中的阵列容器组。通 常，板由阵列容器条带的组构成。因此，本发明的微阵列可W容纳在单个阵列容器中。备选 地，两个W上微阵列可W容纳在容器的条带中。在优选的实施方案中，容器的条带由8个容 器构成。此外，Ξ个W上阵列容器可W排列在容器条带的组中。在另一个优选的实施方案 中，容器条带的组是微量滴定板。在此外另一个优选实施方案中，微量滴定板由96个阵列容 器组成。
[0057] 本发明的探针可W通过不同方法获得，诸如化学合成(例如，通过常规憐酸Ξ醋方 法）；或遗传工程技术，例如通过重组质粒的分子克隆，对应的核巧酸序列插入所述重组质 粒中并且W后可W通过用核酸酶消化而获得。
[0化引根据本发明的方法和试剂盒，试验样品可W在与SEQ IDN9]和SEQ IDN22的探针 接触之前扩增。应该是运样的情况，任何技术人员已知的对于核酸扩增并且尤其是对于PCR 扩增所需的组分也可W存在于扩增混合物中。因此，PCR扩增引物，适当的Ξ憐酸核巧酸如 dATP、dCTP、dGTP、dTTP，和适合的用于聚合的酶也可W存在于扩增试剂的混合物中。
[0059] 可W使用任何方便的用于聚合的酶。具体地，QIAGEN多重PCR试剂盒的化t StarTaq DM聚合酶表现特别良好。运种DM聚合酶是化q DM聚合酶的改进形式，其在环境溫度下没 有聚合酶活性，并且通过在95°C的15分钟的溫育而活化。也可W优选使用现有技术水平中 已知的任何其他具有运些特征的酶。
[0060] 标准热循环条件可W用于进行根据本发明的扩增。一些特别优选的条件是：
[0061]
[0062]
[0063] 一些特别优选的PCR扩增引物是包含由W下表3中显示的SEQ 10的26和569 ID 巧97形成的组中的任何序列的核酸序列。最优选地，PCR扩增引物由核酸序列SEQ IDN%和 沈Q IDN27组成。
[0064] 表3:
[00 化]
[0066] M=A/C；R=A/G；Y = C/T
[0067] 扩增引物并非必须是SEQ IDN26和SEQ 的那些。可W备选地使用产生包含 与SEQ 1〇1^叫和56〇 10妒2的探针杂交的区域的扩增产物的其他扩增引物对。
[0068] 本发明容许在同一反应混合物中存在用于其他微生物的扩增引物。此外，其还容 许包含用于扩增至少一个内部对照（Internal Control)和一个提取对照化xtraction Control)的引物对。
[0069] 优选地，在扩增过程之后，将所得到的扩增产物转化为单链DNA，之后与相应探针 杂交。最优选地，通过变性扩增产物，最优选通过热变性，得到单链DNA。
[0070] 在与探针溫育前不扩增待测试样品的情况下，可W通过任何本领域中已知的DNA 标记方法来标记样品中存在的核酸。
[0071] 此外，可W在扩增期间在DNA扩增产物中引入标记W允许进一步的检测;尤其是， 提供可W通过比色法、通过巧光法、或通过任何本领域中已知的标记方法检测的信号的标 记。标记可W是放射性试剂、化学发光试剂、发光试剂和巧光试剂。在优选的方面