微生物聚生体的制作方法

本申请要求于2016年1月29日提交的美国临时申请第62/289,020号的权益，其全部内容通过引用并入本说明书中。本公开涉及微生物聚生体和使用该聚生体中所包含的微生物的方法，特别用于生物降解和农业方法和用途。
背景技术：
在人口增长加快的压力下，世界食物需求量持续增加。然而，农业劳动者面临着可供农业使用的土地量缩小、土壤耗竭和环境条件变化及其它挑战。因此，需要开发可以增加食物产量的组合物和技术。也需要这样做的同时减少潜在有害的除草剂、杀昆虫剂和杀真菌剂的使用。发明概述本文公开了用于农业或生物降解应用的微生物聚生体和包括微生物的组合物。在一些实施方案中，本公开的微生物组合物是于2015年12月23日保藏于美国典型培养物保藏中心(americantypeculturecollection，atcc，manassas，va)并且指定保藏号为pta-122728(本文称为a1007)的微生物聚生体，或包括a1007中的一些或全部微生物的组合物。在其他实施方案中，本公开的组合物包括来自五种或更多种选自以下的微生物物种的细胞：芽孢杆菌属物种(bacillusspp.)、乳杆菌属物种(lactobacillusspp.)、梭菌属物种(clostridiumspp.)、枝芽孢杆菌属物种(virgibacillusspp.)、短小芽孢杆菌属物种(brevibacillusspp.)、类芽孢杆菌属物种(paenibacillusspp.)、大洋芽孢杆菌属物种(oceanobacillusspp.)、lysinibacillusspp.、醋杆菌属物种(acetobacterspp.)、鲁梅尔芽孢杆菌属物种(rummeliibacillusspp.)和假丝酵母属物种(candidaspp.)。在额外的实施方案中，本公开的组合物包括来自五种或更多种选自以下的微生物物种的细胞：芽孢杆菌属物种、乳杆菌属物种、梭菌属物种、链霉菌属物种(streptomycesspp.)、枝芽孢杆菌属物种、短小芽孢杆菌属物种、类芽孢杆菌属物种、大洋芽孢杆菌属物种、lysinibacillusspp.、醋杆菌属物种、鲁梅尔芽孢杆菌属物种和假丝酵母属物种。在一些实施方案中，所述组合物还包括来自以下的一种或多种的细胞：假单胞菌属物种(pseudomonasspp.)、脱硫球菌属物种(desulfococcusspp.)、脱硫肠状菌属物种(desulfotomaculumspp.)、海杆菌属物种(marinobacterspp.)、亚硝化侏儒菌属物种(nitrosopumilusspp.)、异常球菌属物种(deinococcusspp.)、固氮螺菌属物种(azospirillumspp.)、细鞘丝藻属物种(leptolyngbyaspp.)、瘤胃球菌属物种(ruminococcusspp.)、acidisomaspp.、钩端螺菌属物种(leptospirillumspp.)、红育菌属物种(rhodoferaxspp.)、假单胞菌属物种(pseudomonasspp.)、盐棍菌属物种(halorhabdusspp.)、微杆菌属物种(microbacteriumspp.)、芽孢八叠球菌属物种(sporosarcinaspp.)、涅斯捷连科氏菌属物种(nesterenkoniaspp)、土壤球菌属物种(agrococcusspp.)、异球藻属物种(xenococcusspp.)、噬细胞菌属物种(cytophagaspp.)、放线菌属物种(actinomycesspp.)、德沃斯氏菌属物种(devosiaspp.)、candidatusspp.、水杆菌属物种(aquabacterimspp.)、慢生根瘤菌属物种(bradyrhizobiumspp.)、微鞘藻属物种(microcoleusspp.)、醋杆菌属物种(acetobacterspp.)、短杆菌属物种(brevibacteriumspp.)、甲烷鬃毛菌属物种(methanosaetaspp.)和支顶孢属物种(acremoniumspp.)。在额外的实施方案中，组合物包括来自表1中列出的两种或更多种(例如5、10、15、20、25或更多种)微生物的细胞。所公开的组合物还可以包括额外的组分，包括但不限于几丁质、壳聚糖、葡糖胺、氨基酸、肥料和/或粘合剂。还公开了所公开的微生物聚生体或组合物的农业用途。在一些实施方案中，所述方法(用途)包括使土壤、植物和/或植物部分(例如种子、幼苗、芽、叶、茎或分枝)与所公开的微生物聚生体(例如a1007)、包括来自a1007的一些或全部微生物的组合物、或包括表1中列出的两种或更多种微生物物种的细胞的组合物接触。可以将微生物聚生体或含微生物的组合物单独或与额外组分(例如几丁质、壳聚糖、葡糖胺、氨基酸和/或肥料如液体肥料)组合应用于土壤、植物和/或植物部分。在额外的实施方案中，所公开的微生物聚生体或包括微生物的组合物用于降解生物材料(例如含几丁质的生物材料)的方法中。在一些实例中，将含几丁质的材料与微生物聚生体(例如a1007)或包括表1中列出的五种或更多种微生物物种的组合物混合，并使其发酵以产生发酵混合物。发酵混合物任选地可被分离成固体和液体部分。这些部分随后可以例如与所公开的微生物聚生体或组合物组合用于农业应用，或者可以用于进一步的降解过程中，例如在固体和/或液体部分中产生提高水平的降解产物。本公开的前述和其他特征将因以下详细描述而变得更加明显，以下详细描述参考附图进行。附图说明图1是显示用于获得a1007微生物聚生体的示例性发酵方法的示意图。图2是显示用所公开的微生物聚生体或微生物组合物生物降解含几丁质的生物材料(例如虾废料)的示例性方法的示意图。图3是显示用所公开的微生物聚生体(例如a1007)或微生物组合物生物降解几丁质的示例性方法的示意图。图4a-4c是显示在水分胁迫条件下用微生物组合物(图4a)、hytb(图4b)或微生物组合物(图4c)处理玉米对谷物产量(每英亩蒲式耳)的影响的图。图5是显示用a1007加未活化hytb(trt1)、a1007加一半比率未活化hytb(trt2)、a1007加三天活化hytb(trt3)或对照处理的番茄植物的产量的图。对于每种处理，不同的条带表示收获1-10(从下到上)。图6a和6b是显示在生长后用包括hyta(a1007)或nemathorin(图6a)处理的线虫流行率(左轴-虚线)和局部块茎产量(右轴-条)，以及在生长后用指定的处理的马铃薯总产量的图(图6b)。图7是显示用hyta(a1007)处理的植物在第27天的第三叶片面积指数(lai)的黄瓜活力测定图。字母(a、b、c)表示anova分析在p<0.05时的显著差异。序列表如37c.f.r.§1.822中所定义，使用用于核苷酸碱基和氨基酸的标准字母缩写来显示本文或所附序列表中所列的任何核酸和氨基酸序列。至少在某些情况下，只显示每个核酸序列的一条链，但应理解互补链包括在对所显示链的任何引用中。seqidno：1是来自分离自a1007的微生物的16srdna核苷酸序列，并被鉴定为(副干酪/干酪(paracasei/casei))乳杆菌(lactobacillussp.)。seqidno：2是来自分离自a1007的微生物的16srdna核苷酸序列，并被鉴定为拜氏梭菌(clostridiumbeijerinckii)。seqidno：3是来自分离自a1007的微生物的16srdna核苷酸序列，并被鉴定为巴氏醋杆菌(acetobacterpasteurianum)。seqidno：4是来自分离自a1007的微生物的16srdna核苷酸序列，并被鉴定为布氏乳杆菌(lactobacillusbuchneri)。seqidno：5是来自分离自a1007的微生物的16srdna核苷酸序列，并被鉴定为枯草芽孢杆菌(bacillussubtilis)。seqidno：6是来自分离自a1007的微生物的16srdna核苷酸序列，并被鉴定为库氏类芽孢杆菌(paenibacilluscookii)。seqidno：7是来自分离自a1007的微生物的16srdna核苷酸序列，并被鉴定为lactobacillusvini。seqidno：8是来自分离自a1007的微生物的16srdna核苷酸序列，并被鉴定为lactobacilluslautus。seqidno：9是来自分离自a1007的微生物的16srdna核苷酸序列，并被鉴定为oceanobacillusoncorhynchisubsp.incaldanensis。seqidno：10是来自分离自a1007的微生物的16srdna核苷酸序列，并鉴定为解淀粉芽孢杆菌(bacillusamyloliquefaciens)。seqidno：11是来自分离自a1007的微生物的16srdna核苷酸序列，并且鉴定为与抱川芽孢杆菌(bacilluspocheonensis)高度相似。seqidno：12是来自分离自a1007的微生物的16srdna核苷酸序列，并被鉴定为千叶类芽孢杆菌(paenibacilluschibensis)。seqidno：13是来自分离自a1007的微生物的16srdna核苷酸序列，并被鉴定为弯曲芽孢杆菌(bacillusflexus)。seqidno：14是来自分离自a1007的微生物的16srdna核苷酸序列，并被鉴定为巴氏梭菌(clostridiumpasteurianum)。seqidno：15是来自分离自a1007的微生物的16srdna核苷酸序列，并被鉴定为virgibacillushalophilus。seqidno：16是来自分离自a1007的微生物的16srdna核苷酸序列，并被鉴定为地衣芽孢杆菌(bacilluslicheniformis)。seqidno：17是来自分离自a1007的微生物的16srdna核苷酸序列，并被鉴定为streptomycesgriseus。发明详述在自然中，土壤中微生物物种的平衡受许多因素包括土壤类型、土壤肥力、水分、竞争微生物和植物的影响(lakshmananetal.,plantphysiol.166：689-700,2014)。微生物物种与植物之间的相互作用进一步受到农业实践的影响，所述农业实践可以改良或降解土壤微生物群落(adairetal.,environmicrobiolrep.5：404-413,2013；carbonettoetal.,plosone9：e999492014；ikedaetal.,microbesenviron.29：50-59,2014)。肥沃的或高产的土壤含有不同于耗尽营养物并与低作物生产力相关的土壤的天然微生物组成。不同微生物物种与植物密切相关，在叶际中的地上植物表面、在土壤根际中的根部表面、或密切地以内生菌形式。大规模dna分析这些微生物群(microbeassociations)已经揭示了意想不到的系统发育复杂性(rincon-florezetal.,diversity5：581-612,2013；lakshmananetal.,plantphysiol.166：689-700,2014)。研究已经确定复杂的微生物组可以与植物生产力、农作物产量、胁迫耐受性、次级代谢物积累和疾病耐受性相关(bhardwajetal.,microbialcellfactories13：66-75,2014；vacheronetal.,frontiersplantscience4：1-19,2014)。此外，植物可以特异性从本地环境中选择微生物混合物，并且可以在农作物品种的水平上潜在地微调微生物组(hartmannetal.,plantsoil321：235-257,2009；doornbosetal.,agron.sustain.dev.2012；marascoetal.,plosone7：e48479，2012；peifferetal.,proc.natl.acad.sci.usa110：6548-6553,2013；bulgarellietal.,ann.rev.plantbiol.64：807-838,2014)。根部相关微生物可以通过促进营养物循环和获取、通过直接植物刺激(phytostimulation)、通过介导生物肥力或通过病原体的生物防治提供生长优势来促进植物和根部生长。农业上有用的种群包括植物根际促生菌(plantgrowthpromotingrhizobacteria，pgpr)、病原体抑制细菌、菌根、固氮蓝细菌、胁迫耐受性内生菌，以及具有一系列生物降解能力的微生物。参与氮循环的微生物包括固氮的固氮菌属(azotobacter)和慢生根瘤菌属(bradyrhizobium)、固氮蓝细菌、氨氧化细菌(例如亚硝化单胞菌属(nitrosomonas)和硝化螺菌属(nitrospira))、亚硝酸盐氧化属如硝化螺菌属(nitrospira)和硝化杆菌属(nitrobacter)、以及异养反硝化细菌(例如假单胞菌属(pseudomonas)和固氮螺菌属(azospirillum)；isobeandohte，microbesenviron.29：4-16,2014)。据报道在溶解和增加植物对磷的获取方面具有活性的细菌包括假单胞菌属(pseudomonas)、芽孢杆菌属(bacillus)、微球菌属(micrococcus)和黄杆菌属(flavobacterium)，加上许多真菌属(pindietal.,j.biofertil.biopest.3：4,2012)，而芽孢杆菌属(bacillus)和梭菌属(clostridium)物种帮助钾的溶解和移动(mohammadietal.,j.agric.biol.sci.7：307-316,2012)。植物生长的植物刺激以及生物和非生物胁迫的缓解由许多细菌和真菌群实现，直接经由产生刺激性次级代谢物或间接通过触发低级植物防御反应(gaieroetal.,amer.j.bot.100：1738-1750,2013；bhardwajetal.,microbialcellfactories13：66-76,2014)。除了在环境中的活性外，微生物还可以在定向发酵条件下在体外提供独特的生物降解特性。使用特定的微生物混合物降解几丁质和总蛋白可以产生新的生物活性分子，例如游离l-氨基酸、l-肽、几丁质和壳聚糖，已知其通过激活植物先天免疫来增强生长或提高胁迫耐受性(hilletal.,plosone6：e19220,2011；tanakaetal.,plantsignalbehav.e22598-147,2013)。特定微生物群落可通过提供独特的发酵分解产物(其本身是在生物学上对农作物有益的)加所得微生物聚生体(其可作为农业产品提供以提高农作物生产力)来用于多种任务。如本文所述，已经成功地对衍生自肥沃土壤和海洋来源的好氧和/或厌氧微生物的聚生体共发酵和稳定化，从而为作物提供直接的生长和生产益处。这些微生物混合物的酶活性已经进一步产生具有几丁质、葡糖胺、蛋白质和/或氨基酸的发酵产物。在一些实施方案中，直接递送微生物聚生体和/或组合物可以允许早期根部定殖并促进根际或内生关联。在一些实施方案中，将微生物聚生体递送至植物的益处包括以下一个或多个：增加根部生长、增加根毛产生、增加根部表面积、植物更强壮以能够承受移植冲击(transplantationshock)、成苗(standestablishment)更快、对非生物胁迫的抗性以及更高的植物生产力和产量。复杂的微生物混合物可以跨越植物物种和基因型，与微生物土壤群落相互作用，以向在不同农业条件下生长的广泛农作物提供益处。i.术语除非另有说明，否则根据常规用法使用技术术语。分子生物学中常用术语的定义可见于krebsetal.,lewin'sgenesxi，由jonesandbartlettlearning出版，2012(isbn1449659853)；kendrewetal.(编)，theencyclopediaofmolecularbiology，由blackwellpublishers出版，1994(isbn0632021829；roberta.meyers(编)，molecularbiologyandbiotechnology：acomprehensivedeskreference，由wiley，john&sons，inc.出版，2011(isbn8126531789)；和georgep.rédei，encyclopedicdictionaryofgenetics,genomics,andproteomics，第2版，2003(isbn：0-471-26821-6)。提供以下对术语和方法的解释以更好地描述本公开并指导本领域普通技术人员实践本公开。除非上下文另有明确规定，否则单数形式“一个/一种”和“所述”是指一个或超过一个。例如，术语“包含一个细胞”包括单数或复数细胞并且被认为等效于短语“包含至少一个细胞”。如本文所用，“包含”意指“包括”。因此，“包含a或b”表示“包括a、b、或a和b”，而不排除额外元素。出于所有目的，本文提及的所有出版物、专利申请、专利和其他参考文献的全部内容通过引用并入本说明书。如果发生冲突，将以本说明书(包括术语解释)为准。尽管与本文描述的方法和材料相似或等效的方法和材料可以用于实践或测试所公开的技术，但是下面描述了合适的方法和材料。材料、方法和实施例仅是说明性的而非限制性的。为了便于浏览本公开的各种实施方案，提供特定术语的以下解释：水生动物：在盐水或淡水中生活的动物。在本文公开的具体实施方案中，水生动物包括水生节肢动物，例如虾、磷虾、桡足类、藤壶、蟹、龙虾和螯虾。在其他实施方案中，水生动物包括鱼类。水生动物副产物包括水生动物的任何部分，特别是由对水生动物进行商业加工而产生的部分。因此，在一些实例中，水生动物副产物包括以下的一种或多种：虾头胸部或外骨骼、蟹或龙虾外骨骼，或鱼皮或鱼鳞。接触：直接物理性联系的放置，包括以固体和液体形式。例如，接触可以在一种或多种微生物(例如微生物聚生体中的微生物)和溶液中的生物样品发生。接触还可以在一种或多种微生物(例如微生物聚生体中的微生物)和土壤、植物和/或植物部分(如叶、茎、幼苗、根部和/或种子)发生。培养：一种或多种生物体或细胞在可同化的碳、氮和矿物盐源存在下有意生长。在一个实例中，这种生长可发生在固体或半固体营养培养基中，或在营养物溶解或悬浮的液体培养基中。在另一个实例中，培养可以发生在表面上或通过浸没培养。营养培养基可以由复杂营养物组成或可以化学明确的。发酵：引起复杂有机化合物分解为更简单化合物的过程，例如通过微生物细胞(如细菌和/或真菌)进行。发酵过程可以在好氧条件、厌氧条件下或两者下发生(例如，在其中一些部分是好氧的而其他部分是厌氧的大体积中)。在一些非限制性实施方案中，发酵包括酶促和/或非酶促分解存在于水生动物或水生动物副产物中的化合物(如几丁质)。液体肥料：含有可溶性氮的水溶液或悬浮液。在一些实例中，液体肥料中的可溶性氮包括有机氮源，例如尿素，或衍生自无水氨的尿素(例如尿素和硝酸铵(uan)的溶液)。也可以使用氨水(20-32％无水氨)。在其他实例中，液体肥料中的可溶性氮包括含氮无机盐，例如氢氧化铵、硝酸铵、硫酸铵、焦磷酸铵、硫代硫酸铵或其两种或更多种的组合。在一些实施方案中，液体肥料包括非天然存在的氮源(例如焦磷酸铵或硫代硫酸铵)和/或其他非天然存在的组分。常见的液体非天然肥料掺混物(blend)由其氮-磷酸-钾含量(n-p-k百分比)指定，并包括添加其他组分如硫或锌。人造掺混物的实例包括10-34-0、具有2％硫和0.25％锌(螯合)的10-30-0、11-37-0、具有3％硫的12-30-0、2-4-12、2-6-12、4-10-10、3-18-6、7-22-5、8-25-3、15-15-3、具有2％硫的17-17-0、18-18-0、具有2％硫的18-18-0、28-0-0uan、含2％硫和硫代硫酸钾的9-27-0。微生物：微小生物体，包括但不限于细菌、古细菌、真菌和藻类(如微藻)。在一些实例中，微生物是单细胞生物体(例如，细菌、蓝细菌、一些真菌或一些藻类)。在其他实例中，术语微生物包括多细胞生物体，例如某些真菌或藻类(例如，多细胞丝状真菌或多细胞藻类)。微生物组合物：包括至少一种微生物(或至少一种微生物群体)的组合物(其可以是固体、液体或至少部分两者均有)。在一些实例中，微生物组合物是液体培养基(例如储存、培养或发酵培养基)中的一种或多种微生物(或一种或多种微生物群体)，例如，作为液体培养基中的悬浮物。在其他实例中，微生物组合物是固体或胶状培养基(包括但不限于培养板)或浆料或糊状物的表面上或嵌入其中的一种或多种微生物(或一种或多种微生物群体)。微生物聚生体：两种或更多种微生物物种的混合物、联合物(association)或聚集物(assemblage)，其在某些情况下彼此物理接触。聚生体中的微生物可能通过直接物理接触或经由生物化学相互作用或通过这两种方式相互影响。例如，聚生体中的微生物可以彼此交换营养物、代谢物或气体。因此，在一些实例中，聚生体中的至少一些微生物可以是代谢上相互依赖的。这种相互依赖的相互作用可能随着时间和培养条件的变化而在性质和程度上发生变化。ii.微生物聚生体和组合物本文公开了几种微生物聚生体。本公开的示例性微生物聚生体于2015年12月23日保藏于美国典型培养物保藏中心(atcc，manassas，va)，并指定保藏号pta-122728，在本文中称为a1007。a1007聚生体至少包括芽孢杆菌属物种(bacillusspp.)、乳杆菌属物种(lactobacillusspp.)、梭菌属物种(clostridiumspp.)、链霉菌属物种(streptomycesspp.)、枝芽孢杆菌属物种(virgibacillusspp.)、短小芽孢杆菌属物种(brevibacillusspp.)、类芽孢杆菌属物种(paenibacillusspp.)、大洋芽孢杆菌属物种(oceanobacillusspp.)、lysinibacillusspp.、醋杆菌属物种(acetobacterspp.)、鲁梅尔芽孢杆菌属物种(rummeliibacillusspp.)和假丝酵母属物种(candidaspp.)。本文还公开了包括a1007中两种或更多种(例如2种或更多种、5种或更多种、10种或更多、20种或更多、或50种或更多种)或全部微生物的聚生体或微生物组合物。在一些实施方案中，本文公开的微生物组合物是确定的组合物，例如包括特定微生物物种和任选地额外的非微生物组分(包括但不限于盐、微量元素、几丁质、壳聚糖、葡糖胺和/或氨基酸)的组合物。在一些实例中，微生物聚生体或组合物包括好氧和厌氧微生物。如下所述，使用菌落纯化和dna序列分析(例如16srdna测序，实施例4)和/或微阵列分析(实施例14)测定存在于a1007中的至少一些微生物的鉴定。用于鉴定微生物混合物或聚生体中存在的微生物的额外技术是本领域普通技术人员已知的，包括1)基于核酸的方法，其基于微生物dna的分析和区分(例如核酸的dna微阵列分析、宏基因组学、或原位杂交联合荧光激活细胞分选(facs))；2)依赖于分离和鉴定一系列生物分子的生物化学方法，包括脂肪酸甲酯分析(fame)、基质辅助激光解吸电离-飞行时间(maldi-tof)质谱分析或通过高效液相色谱(myco-lcs)分析的细胞霉菌酸分析；和3)依赖传统工具的微生物学方法(如选择性生长和显微镜检查)，以提供整个群落的更广泛特征，和/或缩小并仅鉴定该群落成员的小子集。在一些实例中，分离混合物或聚生体中的微生物(例如使用物理尺寸和/或细胞分选技术)，然后对所得微生物(或微生物的亚组或亚群)进行深度dna或全基因组测序。由于所选分析技术的敏感性和特异性的差异，使用不同的微阵列或使用其他鉴定技术可能鉴定不同微生物的存在(更多、更少或不同的微生物分类群或物种)。另外，各种技术(包括微阵列分析或pcrdna分析)可能无法检测特定的微生物(即使它们存在于样品中)，例如，如果分析中不包括能够检测特定微生物的探针和/或引物。此外，本领域普通技术人员将认识到，微生物分类和命名可随时间变化并导致微生物的重分类和/或重命名。在一些实施方案中，本公开的组合物包括来自五种或更多种选自以下微生物物种的细胞：芽孢杆菌属物种(bacillusspp.)、乳杆菌属物种(lactobacillusspp.)、梭菌属物种(clostridiumspp.)、枝芽孢杆菌属物种(virgibacillusspp.)、短小芽孢杆菌属物种(brevibacillusspp.)、类芽孢杆菌属物种(paenibacillusspp.)、大洋芽孢杆菌属物种(oceanobacillusspp.)、lysinibacillusspp.、醋杆菌属物种(acetobacterspp.)、鲁梅尔芽孢杆菌属物种(rummeliibacillusspp.)和假丝酵母属物种(candidaspp.)。在一些实例中，所述组合物包括5种或更多种、6种或更多种、7种或更多种、8种或更多种、9种或更多种、10种或更多种、或全部选自以下的细胞：芽孢杆菌属物种、乳杆菌属物种、梭菌属物种、枝芽孢杆菌属物种、短小芽孢杆菌属物种、类芽孢杆菌属物种、大洋芽孢杆菌属物种、lysinibacillusspp.、醋杆菌属物种、鲁梅尔芽孢杆菌属物种和假丝酵母属物种。在额外的实施方案中，本公开的组合物包括来自五种或更多种选自以下微生物物种的细胞：芽孢杆菌属物种、乳杆菌属物种、梭菌属物种、链霉菌属物种、枝芽孢杆菌属物种、短小芽孢杆菌属物种、类芽孢杆菌属物种、大洋芽孢杆菌属物种、(lysinibacillusspp.)、醋杆菌属物种、鲁梅尔芽孢杆菌属物种和假丝酵母属物种。在一些实例中，组合物包括5种或更多种、6种或更多种、7种或更多种、8种或更多种、9种或更多种、10种或更多种、11种或更多种、或全部选自以下的细胞：芽孢杆菌属物种、乳杆菌属物种、梭菌属物种、链霉菌属物种、枝芽孢杆菌属物种、短小芽孢杆菌属物种、类芽孢杆菌属物种、大洋芽孢杆菌属物种、lysinibacillusspp.、醋杆菌属物种、鲁梅尔芽孢杆菌属物种和假丝酵母属物种。在其他实施方案中，所公开的微生物聚生体或组合物包括、基本上由以下组成、或由以下组成：表1中所列的微生物的两种或更多种(例如5种或更多种、6种或更多种、7种或更多种、8种或更多种、9种或更多种、10种或更多种、11种或更多种、12种或更多种、13种或更多种、14种或更多种、15种或更多种、20种或更多种，或全部)微生物。在进一步的实施方案中，所公开的微生物聚生体或组合物包括、基本上由以下组成、或由以下组成：两种或更多种(例如5种或更多种、10种或更多种、15种或更多种，或全部)具有与seqidno：1-17具有至少95％相同性(例如至少96％、97％、98％、99％或更多)的16srdna序列的微生物。表1.微生物在一些实施方案中，与a1007相比，微生物组合物包括增加量的特定微生物。例如，用液体肥料培养a1007(例如，如实施例5中所述)导致微生物组合物中以下一种或多种的量增加：芽孢杆菌属物种(bacillusspp.)(例如，环状芽孢杆菌(bacilluscirculans)、抱川芽孢杆菌(bacilluspocheonensis)、弯曲芽孢杆菌(bacillusflexus)、bacillussubterraneus、坚强芽孢杆菌(bacillusfirmus)或bacillusoceanisediminis中的一种或多种)、短杆菌属物种(brevibacillusspp.)(例如短短小芽孢杆菌(brevibacillusbrevis)、lysinibacillusspp.(例如，lysinibacillusfusiformis)、类芽孢杆菌属物种(paenibacillusspp.)(例如，强壮类芽孢杆菌(paenibacillusvalidus)、paenibacillusanaericanus、paenibacillusagaridevorans、paenibacilluscineris、paenibacillusrhizoospherae、paenibacillusfavisporus或paenibacillustimonensis)、梭菌属物种(clostridiumspp.)(例如clostridiumnitrophenolicum、酪丁酸梭菌(clostridiumtyrobutyricum)或楔形梭菌(clostridiumsphenoides))、大洋芽孢杆菌属物种(oceanobacillusspp.)(例如oceanobacillusoncorhynchisubsp.incaldanensis)、鲁梅尔芽孢杆菌属物种(rummeliibacillusspp.)(例如stamixirummeliibacillus)，和/或枝芽孢杆菌属物种(virgibacillusspp.)(例如，virgibacillushalophilus)。在一些实例中，与a1007相比，微生物组合物包括至少约10％以上的以下一种或多种：芽孢杆菌属物种(例如，环状芽孢杆菌、抱川芽孢杆菌、弯曲芽孢杆菌、bacillussubterraneus、坚强芽孢杆菌或bacillusoceanisediminis中的一种或多种)、短杆菌属物种(例如短短小芽孢杆菌、lysinibacillusspp.(例如lysinibacillusfusiformis)、类芽孢杆菌属物种(例如，强壮类芽孢杆菌、paenibacillusanaericanus、paenibacillusagaridevorans、paenibacilluscineris、paenibacillusrhizoospherae、paenibacillusfavisporus或paenibacillustimonensis)、梭菌属物种(例如clostridiumnitrophenolicum、酪丁酸梭菌或楔形梭菌)、大洋芽孢杆菌属物种(例如oceanobacillusoncorhynchisubsp.incaldanensis)、鲁梅尔芽孢杆菌属物种(例如stamixirummeliibacillus)，和/或枝芽孢杆菌属物种(例如，virgibacillushalophilus)。聚生体或组合物可以任选地包括来自除了表1中列出的那些之外的一种或多种额外的微生物物种的细胞。在一些实施方案中，所述额外的微生物包括固氮菌属物种(azotobacterspp.)(例如，棕色固氮菌(azotobactervinelandii)和/或褐球固氮菌(azotobacterchroococcum))或根瘤菌属物种(rhizobiumspp.)(例如，日本根瘤菌(rhizobiumjaponicus)和/或豌豆根瘤菌(rhizobiumleguminosarum))。额外的微生物包括但不限于以下一种或多种：脱硫球菌属物种(desulfococcusspp.)、脱硫肠状菌属物种(desulfotomaculumspp.)、海杆菌属物种(marinobacterspp.)(例如，苔藓虫海杆菌(marinobacterbryozoorum))、亚硝化侏儒菌属物种(nitrosopumilusspp.)、瘤胃球菌属物种(ruminococcusspp.)(例如，产黄瘤胃球菌(ruminococcusflavefaciens))、假单胞菌属物种(pseudomonasspp.)(例如，荧光假单胞菌(pseudomonasfluorescens)或恶臭假单胞菌(pseudomonasputida))、异常球菌属物种(deinococcusspp.)、固氮螺菌属物种(azospirillumspp.)、水杆菌属物种(aquabacteriumspp.)、梭菌属物种(clostridiumspp.)(例如，丁酸梭菌(clostridiumbutyricum))、噬细胞菌属物种(cytophagaspp.)、微杆菌属物种(microbacteriumspp.)(例如，砖红色微杆菌(microbacteriumtestaceum))、lysinibacillus(例如，lysinibacillussphaericus)、芽孢八叠球菌属物种(sporosarcinaspp.)、涅斯捷连科氏菌属物种(nesterenkoniaspp.)、土壤球菌属物种(agrococcusspp.)(例如，土地土壤球菌(agrococcusterreus))、枝顶孢属物种(acremoniumspp.)(例如，杆孢枝顶孢(acremoniumbacillisporum))、芽孢杆菌属物种(bacillussp.)(例如，巨大芽孢杆菌(bacillusmegaterium)、苏云金芽孢杆菌(bacillusthuringiensis)、地衣芽孢杆菌(bacilluslicheniformis)、枯草芽孢杆菌(bacillussubtilis)、蜡样芽孢杆菌(bacilluscereus))、乳杆菌属物种(lactobacillusspp.)(例如，嗜酸乳杆菌(lactobacillusacidophilus))、醋杆菌属物种(acetobacterspp.)(例如，醋化酸杆菌(acetobacteraceti))、acidisomaspp.、固氮菌属物种(azotobacterspp.)(例如，棕色固氮菌(azotobactervinelandii)或褐球固氮菌(azotobacterchroococcum))、密螺旋体属物种(treponemaspp.)(例如，原始密螺旋体(treponemaprimitia))、慢生根瘤菌属物种(bradyrhizobiumspp.)(例如，埃氏慢生根瘤菌(bradyrhizobiumelkanii))、乳球菌属物种(lactococcusspp.)、细鞘丝藻属物种(leptolyngbyaspp.)、钩端螺菌属物种(leptospirillumspp.)(例如，leptospirillumferrodiazotrophum)、盐棍菌属物种(halorhabdusspp.)、异球藻属物种(xenococcusspp.)、类芽孢杆菌属物种(paenibacillusspp.)(例如，解淀粉类芽孢杆菌(paenibacillusamyloticus))、片球菌属物种(pediococcus)(例如，戊糖片球菌(pediococcuspentosceus))、变形杆菌属物种(proteusspp.)(例如，普通变形杆菌(proteusvulgaris))、根瘤菌属物种(rhizobium)(例如，日本根瘤菌(rhizobiumjaponicus)或豌豆根瘤菌(rhizobiumleguminosarum))、红育菌属物种(rhodoferaxspp.)、链霉菌属物种(streptomycesspp.)(例如，streptomycesgriseus)、链球菌属物种(streptococcusspp.)、木霉属物种(trichodermaspp.)(例如，哈茨木霉菌(trichodermaharzianum))、微鞘藻属物种(microcoleusspp.)、微球菌属物种(micrococcusspp.)(例如，藤黄微球菌(micrococcusluteus))、硝化杆菌属物种(nitrobacterspp.)、亚硝化单胞菌属物种(nitrosomonasspp.)、硝化螺菌属物种(nitrospiraspp.)、放线菌属物种(actinomycesspp.)、德沃斯氏菌属物种(devosiaspp.)、短杆菌属物种(brevibacteriumspp.)、甲烷鬃毛菌属物种(methanosaetaspp.)、酵母菌属物种(saccharomycesspp.)(例如，酿酒酵母(saccharomycescerevisiae))、青霉菌属物种(penicilliumspp.)(例如，娄格法尔特氏青霉菌(penicilliumroqueforti))、红曲霉属物种(monascus)(例如，红色红曲霉(monascusruber))、曲霉菌属物种(aspergillusspp.)(例如，米曲霉菌(aspergillusoryzae))、节旋藻属物种(arthrospiraspp.)(例如，钝顶节旋藻(arthrospiraplatensis))和ascophyllumspp.(例如，ascophyllumnodosum)。本领域技术人员可以鉴定合适的额外微生物，例如基于包括于聚生体或组合物中期望的特征。除所述微生物外，所公开的组合物可包括一种或多种其他组分，包括但不限于盐、金属离子和/或缓冲剂(例如，kh2po4、k2hpo4、cacl2、mgso4、fecl3、namoo4、和/或na2moo4中的一种或多种)、微量元素(如硫、硫酸盐、亚硫酸盐、铜或硒)、微量营养素(如硼(b)、锌(zn)、锰(mn)、铁(fe)、铜(cu))、钼(mo)、氯(cl))、维生素(如维生素b族或维生素k)、糖类(如蔗糖、葡萄糖或果糖)、几丁质、壳聚糖、葡糖胺、蛋白质和/或氨基酸。组合物中还可包括的额外组分包括hytb、hytc和/或hytd、一种或多种肥料(例如液体肥料)、一种或多种杀虫剂、一种或多种杀真菌剂、一种或多种除草剂、一种或更多种杀昆虫剂、一种或多种植物激素、一种或多种植物诱导剂，或这些组分中两种或更多种的组合。在一些实施方案中，所公开的微生物聚生体或组合物(例如包括本文所述的微生物聚生体中的五种或更多种微生物物种的那些)在液体培养基(例如培养物或发酵培养基)或接种物中。在其他实施方案中，微生物聚生体或组合物(例如包括表1中列出的五种或更多种微生物物种的组合物)存在于含有或支持该微生物的固体或胶状培养基(例如培养板)上。在其他实施方案中，微生物聚生体或组合物(例如包括表1中列出的五种或更多种微生物物种的组合物)以干燥制剂(例如干粉、丸剂或颗粒)存在。干燥制剂可通过向溶液中的微生物组合物以所需比例加入渗透保护剂(例如糖，例如海藻糖和/或麦芽糊精)来制备。将该溶液与干燥载体或吸收剂(如木粉或粘土)以所需微生物组合物浓度(例如2-30％，例如2.5-10％、5-15％、7.5-20％或15-30％)组合。颗粒可以通过掺入用以将颗粒固定在一起或提供特定物理或降解特性的粘土或聚合物粘合剂来产生。颗粒可以使用旋转造粒、混合造粒或挤压作为几种可能的方法来形成。在其他实例中，干燥制剂可以通过将液体微生物组合物喷雾或浸泡在固体载体如膨润土上或将液体微生物组合物直接包衣在肥料颗粒上来制备。用于制备包括一种或多种微生物物种的干燥制剂的额外方法是本领域普通技术人员已知的，例如如formulationofmicrobialbiopesticides:beneficialmicroorganisms,nematodesandseedtreatments,burges编.,springerscience,1998；bashan,biotechnol.adv.16:729-770,1998；ratuletal.,int.res.j.pharm.4:90-95,2013中所描述的。在一些实例中，包括微生物的微生物聚生体或组合物可维持在支持微生物生长的温度，例如在约25-45℃(例如约30-35℃、约30-40℃或约35-40℃)。在其它实例中，组合物在微生物不生长或无活性的温度储存，例如低于25℃(例如4℃、-20℃、-40℃、-70℃或以下)。本领域技术人员可以配制用于冷藏的组合物，例如通过包括稳定剂(例如甘油)。在另外的实例中，组合物在环境温度例如约0-35℃(例如约10-30℃或约15-25℃)储存。iii.生物降解过程所公开的微生物聚生体和组合物可用于降解生物材料，例如富含几丁质的材料，例如水生动物或水生动物副产物、昆虫或真菌。因此，本文公开的方法包括将一种或多种所公开的微生物聚生体或组合物与含几丁质的生物材料混合以形成混合物，并将所述混合物发酵。在一些实施方案中，所述方法还包括在发酵后将混合物分离成固体、水性和任选的脂质部分(图2)。在一些实施方案中，本文公开的生物降解过程包括将微生物聚生体(如a1007、包括a1007中的一些或全部微生物的组合物，或包括表1中的五种或更多种微生物物种的组合物)与一种或多种含几丁质的生物材料混合。含几丁质的生物材料包括但不限于水生动物或水生动物副产物、昆虫或真菌。在一些实例中，含几丁质的生物材料是水生动物，例如水生节肢动物(例如，软甲纲的成员)。用于所公开的方法的水生节肢动物包括虾、蟹、龙虾、鳌虾或磷虾；预期两种或更多种的混合物。在一些实例中，在本文公开的生物降解方法中使用整个水生动物(例如水生节肢动物)或水生动物副产物。水生动物副产物包括水生动物的任何部分，如通过加工水生动物产生的任何部分。在一些实例中，水生动物副产物是水生动物外骨骼的全部或一部分，例如虾、蟹、鳌虾或龙虾外壳。在其他实例中，水生动物副产物是水生动物的一部分，例如，虾头胸部。在其他实例中，含几丁质的生物材料包括真菌，如来自接合菌门(zygomycota)、担子菌门(basidiomycota)、子囊菌门(ascomycota)或半知菌门(deuteromycota)的真菌。具体的示例性真菌包括曲霉菌属物种(aspergillusspp.)、青霉菌属物种(penicilliumspp.)、木霉菌属物种(trichodermaspp.)、酵母菌属物种(saccharomycesspp.)和裂殖酵母属物种(schizosaccharomycesspp.)。因此，烘炉、酿酒器皿和蒸馏器废料流可以提供含几丁质的生物材料的来源。在更进一步的实例中，含几丁质的生物材料包括在其外骨骼中含有几丁质的昆虫，如蚱蜢、蟋蟀、甲虫和其他昆虫。加工这些昆虫的副产物也被认为是几丁质的来源。将含几丁质的生物材料与包括上述章节ii中描述的微生物的组合物(例如章节ii中描述的微生物聚生体a1007或其他聚生体或组合物)混合以形成基本均质的混合物。在一些实例中，含几丁质的生物材料在与本文所述的微生物或微生物聚生体混合之前被研磨、压碎、剁碎、磨碎或以其他方式分散。在具体实例中，混合物在接种物中含有约10-50％(例如约10-20％、约20-30％、约30-40％、约25-40％，例如约25％、约30％、约35％、约40％、约45％或约50％)的含几丁质的材料(例如虾头和/或外壳)(w/v)，该接种物含有0.1-1.5％(例如约0.1-1％、约0.5-2％、约1-2％、约2-3％、约0.1％、约0.2％、约0.3％、约0.5％、约0.8％、约1％、约1.25％、约1.5％、约1.75％、约2％、约2.5％、约3％、约4％或约5％))的微生物(v/v)。在一些实例中，将接种物、含几丁质的生物材料和糖(或其他碳源)混合在一起，例如通过搅拌或搅动。在其他实例中，在与含几丁质的生物材料混合和发酵之前，任选地使微生物组合物或聚生体中的一种或多种微生物活化。活化不是本文公开的方法必需的。本领域技术人员可以根据微生物在发酵前是否被活化来调节发酵的时间和/或温度。微生物组合物的活化可以是通过将微生物的接种物与碳源(例如糖，如葡萄糖、蔗糖、果糖或其他糖)在使微生物生长的温度孵育足以使微生物生长的时间段。在一些实例中，在液体培养基中微生物的接种物(例如本文所述的微生物聚生体或组合物)具有约0.05-5％v/v(例如，约0.5-5％、约0.5-2％、约1-2％，或约2-3％)的浓度。将接种物用含有约0.1-1％糖(例如，约0.1-0.5％、约0.1-0.3％、约0.2-0.6％、或约0.5-1％，例如约0.1％、约0.2％、约0.3％、约0.4％、约0.5％、约0.6％、约0.7％、约0.8％、约0.9％或约1％)的溶液稀释，并在环境温度例如约20-40℃(例如约20℃、约25℃、约30℃、约35℃或约40℃)孵育约1-5天(例如约24小时、约48小时、约72小时、约96小时或约120小时)。在其他实例中，微生物组合物的活化可以通过将微生物的接种物在使微生物生长的温度孵育足以使微生物生长的时间段，例如在约20-40℃(例如约25-35℃)孵育12小时至5天(例如1-4天或2-3天)来活化。在一些非限制性实例中，当培养物达到在600nm的光密度>0.005时，认为微生物被活化。在将含几丁质的生物材料与微生物或微生物聚生体(其任选地被活化)混合后，将混合物发酵。在一些实例中，在发酵之前测量混合物的ph。如果需要，在发酵之前将ph调节至选定的范围(例如，ph约3至约4或约3.5至4)。该混合物在约20-40℃(例如约30℃-36℃、如约30℃、约31℃、约32℃、约33℃、约34℃、约35℃、约36℃、约37℃、约38℃、约39℃或约40℃)的温度孵育约1-30天(例如约3-28天、约7-21天、约3、5、7、10、14、16、20、24、28或30天)。定期搅动混合物(例如不连续搅动)。在一些实例中，每1-7天例如每1、2、3、4、5、6或7天搅动混合物一段时间。在一些非限制性实例中，发酵进行到可滴定酸度(tta)为约3-5％且ph为约4-5。发酵后，将所得发酵混合物分离成至少固体和液体部分。在一些实例中，使发酵从罐传送到沉淀设备。随后对液体进行倾析和离心。在一个非限制性实例中，发酵混合物在约5℃以1250rpm(930×g)离心15分钟以获得液体和脂质(例如色素)部分。可将得自生物降解过程的液体(或含水)部分储存在环境温度。在一些非限制性实例中，将糖加入液体部分中，例如以1-10％v/v加入。液体部分可以包括组分如蛋白质、氨基酸、葡糖胺、微量元素(如钙、镁、锌、铜、铁和/或锰)和/或酶(诸如乳酸酶、蛋白酶、脂肪酶、和/或几丁质酶)。在一些非限制性实例中，液体部分含有(w/v)约1-5％总氨基酸、约3-7％蛋白质、约0.1-2％氮、少于约0.2％磷、约0.5-1％钾、约4-8％碳、约0.2-1％钙、少于约0.2％镁、少于约0.2％钠、和/或约0.1-0.4％硫。在额外的非限制性实例中，液体部分包括约0.01-0.2％葡糖胺(例如约0.1％或更少)。液体部分还可含有一种或多种微生物(例如来自用于启动发酵过程的接种物)和/或痕量的壳聚糖或几丁质。在一些实例中，液体部分在本文中被称为“hytb”。得自生物降解过程的固体部分含有几丁质(例如约50-70％或约50-60％几丁质)。固体部分还可以含有一种或多种微量元素(如钙、镁、锌、铜、铁和/或锰)、蛋白质或氨基酸，和/或一种或多种来自用于启动发酵过程的接种物的微生物。在一些实例中，固体部分在本文中被称为“hytc”。hytc任选地被微粉化以形成微粉化几丁质和残余几丁质。在一些非限制性实例中，固体部分含有(w/v)约9-35％总氨基酸、约30-50％粗蛋白质、约5-10％氮、约0.3-1％磷、少于约0.3％钾、约35-55％碳、约0.5-2％钙、少于约0.1％镁、约0.1-0.4％钠和/或约0.2-0.5％硫。在一些实例中，脂质部分也与固体和液体部分分离。脂质部分是液体部分的上相。脂质部分含有如固醇、维生素a和/或维生素e、脂肪酸(例如dha和/或eha)的化合物，并且在一些实例中含有类胡萝卜素色素(例如虾青素)。脂质部分可用于多种目的，包括但不限于生产化妆品或营养产品。在额外的实施方案中，使几丁质与微生物聚生体(例如a1007或a1007中的一些或全部微生物)或含有表1中五种或更多种微生物物种的组合物发酵。在一些实例中，将几丁质(例如hytc，或如上所述产生的微粉化和/或残余几丁质)与微生物聚生体或含有本文所述的微生物的组合物和蛋白质水解产物(例如hytb)混合，并发酵以形成发酵混合物。作为发酵的结果，起始混合物中的至少一部分几丁质被消化。在一些实例中，混合物在约20-40℃(例如，约30℃-35℃，如约30℃、约31℃、约32℃、约33℃、约34℃、约35℃、约36℃、约37℃、约38℃、约39℃或约40℃)的温度孵育约1天至30天(例如约2-28天、约4-24天、约16-30天、约10-20天、或约12-24天)。在一些实例中，定期搅动混合物(例如不连续搅动)。在其他实例中，混合物被连续搅动。在一个非限制性实例中，将混合物每天搅动约1-12小时(例如约2-8小时或约4-10小时)。可以定期监测发酵混合物的ph。在一些实例中，所述ph任选保持在约4-5。在一些实例中，发酵进行到总可滴定酸度(tta)为至少约1-10％(例如约2-8％、约4-8％或约5-10％)。在发酵之后，将所得发酵混合物分离成至少固体和液体部分，例如通过倾析、过滤和/或离心。在一些实例中，由hytb和几丁质与微生物组合物发酵得到的液体部分在本文中称为“hytd”。在一些非限制性实例中，所述液体部分含有(w/v)约0.5-2％总氨基酸、约3-7％蛋白质、约0.5-1％氮、少于约0.1％磷、约0.4-1％钾、约3-7％碳、少于约0.5％钙、少于约0.1％镁、少于约0.3％钠和/或少于约0.3％硫。另外，hytd含有少于约50％几丁质(例如少于约45％、少于约40％、少于约35％或少于约30％几丁质)和少于2％葡糖胺(例如少于约1.5％或少于约1％葡糖胺)。在其他实例中，hytd含有约25-50％几丁质和约0.5-2％葡糖胺。iv.用于处理土壤、植物和/或种子的方法所公开的微生物聚生体、含有微生物的组合物和/或本文所公开的产品(例如hytb、hytc和/或hytd)可用于处理土壤、植物或植物部分(如根、茎、叶、种子或幼苗)。在一些实例中，用微生物聚生体、含有微生物的组合物和/或产品处理改善植物生长，改善胁迫耐受性和/或增加农作物产量。产生hytb、hytc和hytd的方法如上所述，并且也描述于美国专利第8,748,124号和国际专利申请公开号wo2012/175738，两者均通过引用整体并入本说明书。在一些实施方案中，所述方法包括使土壤、植物(例如植物叶、茎、根、幼苗或其他植物部分)或种子与聚生体(例如a1007)或包括存在于一种或多种所公开的微生物聚生体或组合物中的微生物的组合物接触。所述方法还可以包括使经处理的植物、植物部分或种子生长，和/或在经处理的土壤中培育植物、植物部分或种子。应用前任选地使微生物活化。在一些实例中，微生物的活化如上文章节iii中所述。在其他实例中，微生物通过将100份水和1份微生物聚生体或组合物混合并在约15-40℃(例如约20-40℃、约15-30℃，或约25℃-35℃)孵育约12小时至14天(例如约1-14天、3-10天、3-5天或5-7天)而活化。如果微生物聚生体或组合物待与hytb组合应用，则活化混合物任选地还可以包括1份hytb。在其他实施方案中，所述方法包括使土壤、植物(或植物部分)或种子与所公开的微生物聚生体或组合物的产品(例如hytb、hytc、hytd或其组合)接触。在更进一步的实施方案中，所述方法包括使土壤、植物或种子与所公开的微生物聚生体或包括所公开微生物的组合物以及hytb、hytc和hytd中的一种或多种(例如hytb、hytc和hytd中的一种、两种或全部)接触。hytb、hytc和/或hytd可以分开地应用于土壤、植物(或植物部分)和/或种子，例如与所公开的微生物聚生体或含有微生物的组合物顺序地、同时地或基本上同时地应用。在一些实例中，所述方法还包括使土壤、植物(或植物部分)或种子与一种或多种额外组分接触，所述额外组分包括但不限于几丁质、壳聚糖、葡糖胺、蛋白质、氨基酸、液体肥料、一种或多种杀虫剂、一种或多种杀真菌剂、一种或多种除草剂、一种或多种杀昆虫剂、一种或多种植物激素、一种或多种植物诱导剂或其两种或更多种的组合。额外组分可以包括在本文所公开的包括微生物的组合物或微生物聚生体中，或可以分开地应用于土壤、植物(或植物部分)和/或种子，例如与所公开的微生物聚生体或含有微生物的组合物顺序地、同时地或基本上同时地应用。在具体的实施方案中，将微生物聚生体或组合物与液体肥料(例如含有可溶性氮的溶液或悬浮液)组合。在一些实例中，液体肥料包括有机氮源例如尿素，或含氮无机盐例如氢氧化铵、硝酸铵、硫酸铵、焦磷酸铵、硫代硫酸铵或其组合。氨水(20-24.6％无水氨)也可用作可溶性氮。在一些实例中，微生物聚生体或组合物在使用前或使用前短时间内(例如在使用前10分钟至24小时内，例如在使用前约30分钟、1小时、2小时、3小时、4小时、6小时、8小时、12小时、16小时、18小时或24小时)与液体肥料立刻组合(例如与液体肥料混合)。在其他实例中，微生物聚生体或组合物在使用前至少24小时(例如使用前24小时至6个月，例如至少36小时、至少48小时、至少72小时、至少96小时、至少一周、至少两周、至少四周、至少八周或至少12周)与液体肥料组合(例如与液体肥料混合)。在一些实例中，计算待应用的组合物的量(例如每英亩或公顷)并且将组合物在水(或在一些实例中，液体肥料)中稀释到足以喷洒或灌溉待处理的区域的量(如果该组合物是液体，例如微生物聚生体或组合物、hytb或hytd)。在其他实例中，组合物可以与稀释的除草剂、杀昆虫剂、杀虫剂或植物生长调节化学品混合。如果待应用的组合物是固体(例如微生物、hytc、几丁质、葡糖胺、壳聚糖或氨基酸的干燥制剂)，则该固体可以直接应用于土壤、植物或植物部分，或者可以在使用前使其悬浮或溶解于水(或其他液体)中。在一些实例中，hytc在使用前干燥并微粉化。取决于种植情况和农业实践，所公开的微生物组合物(单独或与本文公开的其它组分例如hytb、hytc和/或hytd组合)可以在植物的不同发育阶段以各种方式递送。在一些实例中，将公开的微生物组合物和hytb混合并用液体肥料稀释，并在种子播种时以0.5至1至2升每英亩的比率应用，或者替代性地单独应用。在其他实例中，公开的微生物组合物和hytb混合并稀释并以0.5至1至2升每英亩的比率，在种子播种时应用，并且还在植物生长期间多次应用于接近根部的土壤处，或替代性地单独应用。在更进一步的实例中，公开的微生物组合物和hytb被稀释并且在幼苗或移植苗成苗时以低浓度的滴灌一起递送，以漫灌递送，或者与营养物一起作为稀释的混合物在温室中向幼苗或成苗植物以高空喷灌或滴灌的形式分配，或替代性地单独应用。在额外的实例中，将公开的微生物组合物加入到田间的其他土壤处理中，例如加入到杀虫剂处理，以使易于使用。在其他实例中，例如在温室，所公开的微生物组合物和hytb单独使用或与液体肥料(例如鱼肥料)和其他营养物组合一起使用，并在整个植物生长过程中注入到高空喷水灌溉系统或滴灌管线中。在一个温室实例中，公开的微生物组合物和hytb一起使用，例如对其稀释并在幼苗出芽时以0.25至1升的比率用高空灌溉或滴灌施肥应用，然后在生长周期中期以0.25比1升的比率以滴灌施肥应用，并且最后在生长周期最后5-10天以0.25至1升的比率以滴灌施肥施用。在一些实施方案中，公开的微生物组合物或聚生体(如a1007)和hytb一起应用或单独应用(例如依次)以提高农作物的产量、活力、类型、品质、根部发育或胁迫耐受性。在农作物为玉米的一个具体实例中，1至2升/英亩的微生物组合物在种子播种时与液体肥料一起开沟施肥(in-furrow)添加，或者在v3阶段之后在施肥期间以侧施肥应用，后接在v5阶段之后以叶面喷洒应用0.5至2升/英亩的hytb，添加并用除草剂、叶面杀虫剂、微量营养物或肥料稀释。在农作物为马铃薯的另一具体实例中，将1至3升/英亩的微生物组合物稀释并在块茎栽植时单独使用或与1至3升/英亩的hytb一起使用；后接在块茎形成之前后续的单独(例如依次)或一起土壤应用微生物组合物和hytb。植物出苗后，可以1至2升/英亩的hytb应用于马铃薯叶片，其可以单独稀释应用或与除草剂、叶面杀虫剂、微量营养物和/或肥料处理混合应用，并且在生长季期间应用一次、两次、三次、四次或更多次。在农作物是棉花的又一具体实例中，在栽植时将1至2升/英亩的微生物组合物作为侧施肥开沟施肥应用，或在存在或不存在肥料的情况下2×2(距离种子侧面2英寸并且在种子下方2英寸)应用。在第一朵白色棉花开花时，0.5至2升/英亩的hytb的叶面处理可单独稀释应用或与其他营养物、除草剂或杀虫剂处理组合应用。在作物是小麦的另一具体实例中，在冬季休眠(s4阶段)后应用微生物组合物(1至2升/英亩)，且叶面应用hytb(0.5至2升/英亩；s4至s10阶段)。在作物是甘蔗的实例中，一种应用方法以各自2-4升/英亩使用公开的微生物组合物和hytb，在甘蔗栽植期间应用于土壤或作为侧施肥，并且叶面hytb以1至2升/英亩与水或肥料或微量营养物混合应用。hytb可在所有农作物中以叶面处理单独使用，以改善性状，如植物胁迫耐受性、营养体活力、收获品质和产量。在作物是玉米的实例中，hytb可以以1/2或1升/英亩在与水或杀虫剂或除草剂混合的情况下应用一次或多次。在另一个实例中，hytb可以作为叶面喷雾用于处理小麦，其与水或杀虫剂或除草剂混合，以1/2至1升/英亩的比率应用一次或多次。在所有农作物中，hytc可以以约0.5-2kg/英亩(例如约0.5kg/英亩、约1kg/英亩、约1.5kg/英亩或约2kg/英亩)的比率在农作物成苗或栽植时加入土壤。在其他实例中，将hytc添加到所公开的微生物组合物和hytb的滴灌溶液中，或者将其添加到温室中的含有所公开的微生物组合物和hytb的施肥应用中，例如上述实例。在额外的实施方案中，hytd(单独或与本文公开的微生物或其它组分组合)以约1-20l/公顷(例如约1-15l/公顷、约3-10l/公顷或约3-5升/公顷)使用。在其他实例中，将hytd(单独或与本文公开的微生物或其他组分组合)用作种子处理以提高农作物产量和性能(例如，约1-10l/kg种子，如约1-3l/kg、约3-5l/kg或约5-10l/kg)。或者，hytd可以以约1-3升/公顷用于土壤中(单独或与本文公开的微生物或其他组分组合)，以增加植物生长，例如以帮助植物在胁迫条件下保持生产力。在一些实例中，用包含所公开的微生物聚生体中的微生物的组合物处理土壤、种子、植物或植物部分，使植物生长(例如整体植物尺寸、叶量、根数目、根直径、根长度、分蘖产生、果实产生、花粉产生或种子产生)增加至少约5％(例如至少约10％、至少约30％、至少约50％、至少约75％、至少约100％、至少约2倍、至少约3倍、至少约5倍、至少约10倍或更多)。在其他实例中，与未处理的农作物相比，所公开的方法导致农作物产量增加约10-75％(例如约20-60％或约30-50％)。农作物性能的其它度量包括果实品质、产量、淀粉或固体含量、糖含量或白利糖度、果实或可收获产品的存放期、可销售成品的产量或目标尺寸、果实或产品品质、草分蘖和对步行的抗性、授粉和结果、开花、花数量、花生命期、开花品质、生根和根质量、农作物抗倒伏性、针对热、干旱、冷的非生物胁迫的耐受性和胁迫之后的恢复、对贫瘠土壤的适应性、光合作用和绿化水平以及植物健康。为了确定产品的功效，对照包括平行进行的没有添加微生物的相同农艺学实践。所公开的方法和组合物可以用于与任何农作物相关的使用(例如，用于直接农作物处理或用于在栽植之前或之后的土壤处理)。示例性农作物包括但不限于苜蓿、扁桃、香蕉、大麦、花椰菜、油菜、胡萝卜、柑橘和果树作物、玉米、棉花、黄瓜、花和观赏植物、大蒜、葡萄、啤酒花、园艺植物、韭葱、甜瓜、油棕、洋葱、花生和豆科植物、菠萝、白杨、松树和产木材树木、马铃薯、覆盆子、水稻、芝麻、高粱、大豆、南瓜、草莓、甘蔗、向日葵、番茄、草皮和草料草、西瓜、小麦和桉树。提供以下实施例以说明某些具体特征和/或实施方案。这些实施例不应被解释为将本公开限制于所描述的具体特征或实施方案。实施例1微生物聚生体a1007该实施例描述了微生物聚生体a1007的产生。a1007由原先衍生自肥沃土壤的微生物的种子批次和额外的微生物(例如芽孢杆菌属物种)产生(参见例如美国专利第8,748,124，通过引用并入本说明书中)。将“种子”培养物与含有5.5％w/w乳清蛋白和1.2％w/w酸奶的于水中的悬浮液(“c桶”)和含有0.1％w/w螺旋藻和0.1％w/w海带提取物于水中的悬浮液(“a桶”)混合。在与种子培养物混合并在环境温度下培育之前3天单独各自制备a桶和c桶悬浮液。将种子培养物、c桶和a桶以约81：9：9的比例混合。混合后，将含有约70％v/v糖蜜、0.5％v/vhytb、0.003％w/v阿拉伯胶和0.02％w/v啤酒酵母(brewer'syeast)(酿酒酵母(s.cerevisiae))的额外组分的悬浮液与种子培养物、c桶和a桶的混合物，以及额外的水以约16:34:50的比例混合。将混合物在环境温度(约19-35℃)发酵约7天。7天后，每隔一天对罐充气30分钟。加入额外的水(约10％以上v/v)并在相同条件下继续发酵约10天。加入额外的水(约4％以上v/v)并继续发酵约7天，此时收集样品用于分析并在atcc保藏。随后将所得的聚生体(称为a1007)储存在处于环境温度的搬运箱中。图1中显示用于产生a1007的示例性方法的示意图。实施例2通过铺板分析a1007中的微生物计数该实施例描述了在好氧和厌氧条件下通过涂布铺板分析a1007中存在的活微生物载量。使用经消毒的手持式虹吸管回转泵从充分混合的a1007搬运箱中收集样品(1l至5l)。使用涂布铺板方法进行微生物计数的分析以确定样品(一个或多个)中的菌落形成单位(cfu)。所有样品储存在室温的透光(light)和气密容器中。在用力混合样品以确保内容物均匀分散后，保留1ml。从该等分试样中无菌收集0.1ml并在培养管中与9.9ml无菌水混合(10-2稀释)。然后将管涡旋(例如，在2000rpm进行60秒)并在水中制备10倍系列稀释液(直至1：109稀释)。随后使用无菌l形涂布器将100微升各稀释液涂布在100mm培养皿中的半固体培养基上。使用含有标准方法琼脂(sma；bd#247940)、营养琼脂(na；bd#213000)或其他选择性生长培养基(表2)的平板。然后将接种的平板在22℃至35℃温度控制的室中孵育。为了评估厌氧微生物计数，在期望温度孵育之前首先将板置于厌氧箱(例如bdgaspaktmezcontainersystems，bddiagnostics)中。在一些情况下，在进行如上所述的系列稀释和铺板之前，首先将待测试的等分试样在无菌蛋白胨水中在最高35℃的温度孵育最多3天的时间。表2.用于从a1007中分离微生物的半固体培养基种属半固体培养基*芽孢杆菌属物种(bacillusspp.)na、ypd、sma、ama、amag乳杆菌属物种(lactobacillusspp.)ypd、mrs、na、sma枝芽孢杆菌属物种(virgibacillusspp.)ypd短小芽孢杆菌属物种(brevibacillusspp.)rma类芽孢杆菌属物种(paenibacillusspp.)ama、na、rma、mrs梭菌属物种(clostridiumspp.)sma、rcm大洋芽孢杆菌属物种(oceanobacillusspp.)rmalysinibacillusspp.na、mrs、ypd醋杆菌属物种(acetobacterspp.)ypd、pa鲁梅尔芽孢杆菌属物种(rummeliibacillusspp.)na假丝酵母属物种(candidaspp.)ypd*na：营养琼脂(bd#213000)；sma：标准方法琼脂(bd#247940)；ypd：酵母蛋白胨葡萄糖(bd#242720)；ama：固氮菌培养基琼脂(himedia#m372)；amag：补充有10g/l葡萄糖的固氮菌培养基琼脂(himedia#m371)；rcm：加强梭菌培养基(bd#218081)；rma：根瘤菌培养基琼脂(himedia#m408)；pa：pikovskaya培养基(himedia#m520；mrs：乳杆菌mrs(bd#288210)。孵育后，使用菌落计数器例如dark-fieldcolonycounter(reichert)计数所选平板上的所有菌落并计算cfu/ml。对于蛋白胨处理的a1007，在好氧条件下铺板显示8.73×109cfu/ml，在厌氧条件下铺板显示1.4×109cfu/ml。对于未与蛋白胨一起孵育的a1007，在好氧条件下铺板显示3.28×105cfu/ml，在厌氧条件下显示3.55×105cfu/ml。实施例3通过菌落纯化分析a1007中的微生物该实施例描述了菌落纯化和分析a1007中存在的微生物子集(subset)。在用力混合a1007样品以确保内容物均匀分散后，获得1ml等分试样。从该等分试样中，使用上述涂布铺板方法将0.1ml直接铺板在半固体培养基上。选择各种组合物的培养基用于选择性和非选择性生长条件。表2总结了用于从a1007中分离微生物的培养基。如实施例2中所述，在从22℃至35℃变化的温度好氧或厌氧孵育平板。用于进一步研究的微生物菌株的选择基于在半固体培养基上生长的菌落的经典宏观和微观特征(bergey’smanualofsystematicsofarchaeaandbacteria；editor(s):williamb.whitman,2012)。使用标准如菌落颜色、密度或形态。此外，使用细胞形态和差异染色如革兰氏染色，并使用明场数字显微镜研究衍生自菌落的个体细胞。实施例4通过测序分析a1007中的微生物该实施例描述了通过测序16srdna分析a1007中的微生物。从如实施例3所述获得的分离的菌落中提取基因组dna。通过pcr扩增16srdna并测序，例如使用microseqid微生物鉴定系统(appliedbiosystems/lifetechnologies，grandisland，ny)。例如使用sherlockdna软件(midilabs，newark，de)分析测序数据。将序列与公共数据库进行比较以鉴定微生物。获得的16srdna序列在本文中以seqidno：1-17提供。实施例5在氮肥中微生物的生长该实施例描述了使用不同的生长条件选择微生物聚生体的亚群，例如暴露于液体肥料。该实施例还证明了微生物对高浓度氮肥的耐受性以及利用微生物聚生体与农业中使用的肥料的组合。将a1007与液体尿素-氨-氮肥(uan32)肥料在50ml培养管中以80：1(肥料：微生物)的比率组合，保持在室温和黑暗中。从孵育开始直至3周收集小等分试样(0.1ml)，并使用实施例3所述的涂布铺板/系列稀释方法进行菌落分离。如上所述使用选择性和非选择性培养基进行菌落的铺板和分离。基于菌落形态、颜色、尺寸和生长条件(包括革兰氏染色)选择微生物菌落。将干净分离的菌落送至midilabsinc.(newark，de)，用于16s可变区核糖体dna的测序，用于物种鉴定(如实施例4中所述)。鉴定纯化的分离物并列于表3中，显示这些菌株在非uan或uan生长条件下的回收。如果未知和最接近匹配之间的％gd(一般差异)小于该特定遗传家族中物种之间的近似平均％gd(通常为1％)，则指定物种水平匹配。当序列不满足物种水平匹配的要求时，但仍在明确界定的属的分支内丛集时，则指定属水平匹配(1％<％gd<3％)。表3.通过对在uan存在或不存在下培养的a1007的菌落进行测序而鉴定的微生物。实施例6生物降解含几丁质材料该实施例描述了使用微生物聚生体a1007生物降解含几丁质的生物材料的示例性方法。然而，本领域技术人员将理解，偏离这些特定方法的方法也可用于成功的生物降解含几丁质的生物材料。虾副产物得自虾加工厂，并在封闭的冷藏容器中运输。在检查原料品质后，加工虾副产物以将颗粒尺寸减小至约3-5mm。将预活化(例如，用糖(约2.5g/l))的a1007微生物培养物(约0.2-100ml/l)和蔗糖(约5g/l)与均质化的虾副产物(约50g/l)混合并搅动直至混合物均匀。在连续搅动下，将温度保持在环境温度(约19-35℃)并用柠檬酸将ph调节至3.5-4.0。将混合的成分转移到经消毒的发酵罐(25,000升)中，并在30-36℃发酵120小时。每天至少实施搅动两次，每次30分钟。在发酵过程中，监测ph，并且通过用0.1nnaoh滴定测定总可滴定酸度(tta，％)。当tta为约3.5％和/或ph为约4-5时停止发酵。将发酵的培养物进料到连续倾析器中。将来自倾析步骤的分离的固体层进行离心以除去脂质层。将纯化的液体(hytb)与糖(例如糖蜜，10％v/v)混合，然后储存在保存中或分配到搬运箱中。来自倾析步骤的固体材料用120℃的过热空气干燥直至其水分含量低于8％，然后研磨至200目。干燥的产物(hytc)包装在包或袋中。实施例7几丁质的生物降解该实施例描述了使用微生物聚生体a1007生物降解几丁质的示例性方法。然而，本领域技术人员将理解，偏离这些特定方法的方法也可用于成功生物降解几丁质。a1007微生物培养物在10,000l罐中用糖(约2.5g/l)预活化3天。将活化的接种物与蛋白质水解产物如hytb(约500ml/l)和几丁质(hytc，例如，如实施例6中所述产生)混合。将混合物轻轻混合1小时以实现完全均质。将混合物在环境温度(例如，约19-35℃)发酵20天，每天搅动约8小时并监测ph(ph4.0-5.0)。可定期(例如每两天)收集样品，以定量葡糖胺和任选定量壳聚糖。发酵完成后，将混合物通过保留300目颗粒(主要是残留的几丁质)的过滤器过滤。在产物表征后保留滤液并装瓶。实施例8微生物组合物处理饲料玉米(fieldcorn)该实施例描述了使用微生物聚生体获得增加的玉米作物产量的代表性方法。本领域技术人员将理解，偏离这些特定方法的方法也可用于提高农作物产量。用类似于a1007的微生物组合物或hytb处理饲料玉米，显示出最终可收获产量的极大增加。施肥、培育、杂草控制和害虫控制的所有农艺学实践对于微生物组合物或hytb处理的地块(测试)和对照(检验)地块是相同和并行的。试验a证明，在评估重复地块设计试验时，在v6阶段以1升/英亩开沟施肥微生物组合物对玉米进行单次土壤接种，并与28％氮肥一起经由滴灌递送，这提供了相对于未经处理的对照的五个重复地块14％的产量增加(图4a)。试验b表明，当在随机重复地块设计试验中测试时，hytb在作为叶面处理单独用于玉米时，还提供了相较于未经处理的对照9.5％的产量增加。在v8阶段和vt阶段，在两次应用中叶面喷洒hytb，每次应用1升/英亩(图4b)。试验c也是在水分胁迫条件下进行的玉米中的随机和重复地块设计试验。在这项研究中，灌溉量限制于11英寸水与接受17英寸灌溉的恰当浇灌地块对比。相对于单独用肥料处理的地块(未经处理的检验)，在阶段v6与28％氮肥一起经由滴灌递送的单次1升/英亩微生物组合物处理(处理)产生38％的产量增加。观察到用微生物组合物处理的收获增加代表了潜在的高出31蒲式耳/英亩的产量(图4c)。实施例9用a1007处理番茄该实施例描述了a1007微生物组合物对番茄农作物产量的影响。用微生物组合物处理番茄显示出最终可收获产量的极大增加。施肥、培育、杂草控制和害虫控制的所有农艺学实践对于微生物组合物处理的地块(测试)和对照(检验)地块是相同和并行的。微生物聚生体a1007(在该实施例中称为“hyta”)在不确定番茄栽培品种的完全随机重复地块温室试验中测试，比较微生物应用的频率和剂量以及对产量的影响。在所有情况下，采用相同的标准农民实践，包括营养输入、授粉和害虫控制。用hyta(2升/公顷)加hytb(6升/公顷)预处理土壤，栽植时另加剂量(hyta1升/公顷，hytb3升/公顷)。在植物生长期间，处理代表三个重复，每个30平方米的地块，其中通过滴灌以三周间隔应用hyta和hytb，首剂量加倍(hyta2升/公顷，hytb4升/公顷)且后续剂量为其一半比率(hyta1升/公顷和hytb2升/公顷)。在六个月的收获周期中，在每次果实收获时测量产量。在植物暴露之前，处理1未被活化或预孵育，而处理3代表在应用前已经一起预孵育并活化三天的hyta/hytb。在这种情况下，非活化和活化的番茄产量几乎相同，为370kg/地块和369kg/地块。与对照(处理4)相比，该增加的产量为约50kg/30平方米的地块(15％产量增加)，其代表16600kg/公顷潜在的提高产量。甚至一半比率的hyta和hytb(处理2)使总生产率提高25千克/地块或约8％的产量增加(图5)。实施例10马铃薯增加的胁迫耐受性该实施例描述了在胁迫田间条件下生长期间通过用类似于a1007的微生物组合物和hytb处理来获得增加的马铃薯块茎品质的代表性方法。在重复的地块试验(四个重复)中并且经过处理(在栽植时以每英亩各自1l微生物组合物加hytb开沟施肥，后接在栽植之后55天及85天以1升/英亩两次叶面喷洒应用hytb)或未处理(对照)的情况下，使russetburbank品种马铃薯在常规条件下生长。russetburbank品种在水、热或营养物胁迫下容易降低品质。在该试验中，微生物组合物和hytb处理增强了对称为空心病的胁迫诱导品质缺陷的耐受性。与具有8.35％空心病缺陷的对照相比，用微生物组合物处理的地块收获的块茎具有空心病的发生率为1.68％(表4)。表4.马铃薯空心病品质缺陷处理产量(kg/英亩)空心病比例未处理(对照)32,1818.35％微生物组合物加hytb32,6361.68％**与未处理相比，p<0.01实施例11马铃薯增加的线虫耐受性在马铃薯胞囊线虫(pcn)侵染发生率高的土地上栽植马铃薯品种nectar的大型条带试验(0.12公顷/处理)。在试验开始时，对在每个地块的8个多gps地点土壤中的pcn卵和胞囊计数，从中取出20个独立样品并在每个位置组合为一个合并样品，这代表初始pcn感染水平。在收获时间在同一gps位置在试验结束时重复这些卵和胞囊的计数，以评估处理对全季节(season-long)pcn复制的影响。根据地点，在每个地块的每个gps位置收获10到24个植物，以测量接近特定pcn测量的产量。此外，收获来自每个处理的整个0.12公顷条带试验的块茎，得到总地块产量。比较了五种不同的处理，包括a1007(“hyta”)加hytb(一次栽植和一次出苗)，以4升/公顷的hyta和2.5升/公顷的hytb的比率，有或没有额外的4升hytd(两次，在栽植和出苗时应用)或1.5kg/公顷hytc(两次，在栽植和出苗时应用)。本研究中的检验地块使用了用杀线虫剂噻唑磷(fosthiazate)(含有10％w/w噻唑磷的nemathorin10g，30kg/公顷)的常规农业实践，或未处理对照地块。当在特定gps位置评估时，与其他处理相比，nemathorin处理显著降低了线虫卵/胞囊比率计数(图6a)。当比较来自每种处理的总收获时，用hyta-hytb-hytd组合处理产生的产率比未处理对照高15％，并且比nemathorin处理产率高约25％(图6b)。这些结果表明，组合的hyta-hytb-hytd处理不是杀线虫的，但可以帮助植物在线虫存在下保持生产性，例如通过潜在地支持营养物的摄取，从而维持植物健康。实施例12在模式植物系统中提高植物活力基于植物的快速功能测定可用于快速评估植物对新微生物组合物的反应。使用黄瓜活力和植物生长测定，该实施例证明a1007增强植物叶子生长和扩增的速率。将微生物组合物a1007在营养肥料培养基中以1：2000稀释。在营养物浸泡的发芽卷纸中(rolledgerminationpaper)将黄瓜幼苗预发芽4天后，用液体肥料和a1007的稀释混合物处理经过分期和同步的植物。将小植物移植到所制备的用肥料和a1007预处理的无土生长培养基中。作为对照处理，与添加等量水的营养培养基或0.2μm过滤灭菌的a1007的1：2000稀释液相比较。将在盆中生长的每种处理的至少18株植物(包括对照植物)随机分到浅苗床上，并在控制温度和光的明确的生长条件下生长。17天后，测量每株植物的第一片真叶片的叶面积指数(lai)。在第28天左右进行第三真叶片的第二次lai测量。并记录植物总湿重。通过one-wayanova(方差分析)分析数据，并用事后tukey检验以比较实验内的样品。在第17天，三种处理的第一片叶片lai评分显示出微小的差异。到第27天，a1007促进的第三片叶片(lai)的增强生长显著大于水或过滤灭菌的a1007对照(图7)。实施例13微阵列分析a1007中的微生物该实施例描述了a1007中存在的微生物的微阵列分析。使用dna分离试剂盒(mobiolaboratories，carlsbad，ca)将1ml充分混合的a1007溶液样品用于基因组dna制备。使用分离的基因组dna，用phylochip测定(secondgenome，southsanfrancisco，ca)分析a1007的微生物群落。通过该分析，从a1007中鉴定了总共578个操作分类单位(otu)。来自微阵列分析的数据并组合实施例2-4中描述的数据用于选择包括在本文所述组合物中的微生物。特别地，微阵列分析从a1007鉴定了链霉菌属物种(streptomycesspp.)的存在，选择其包括在本文所述的一些微生物组合物中。各种实施方案列表除了上述之外或作为上述的替代，描述了以下实施方案：实施方案1涉及包含atcc保藏物pta-122728(a1007)中的微生物的组合物。实施方案2涉及一种包含五种或更多种选自以下的微生物物种的组合物：芽孢杆菌属物种、乳杆菌属物种、梭菌属物种、枝芽孢杆菌属物种、短小芽孢杆菌属物种、类芽孢杆菌属物种、大洋芽孢杆菌属物种、lysinibacillusspp.、醋杆菌属物种、鲁梅尔芽孢杆菌属物种和假丝酵母属物种。实施方案3涉及一种包含十种或更多种选自以下的微生物物种的组合物：芽孢杆菌属物种、乳杆菌属物种、梭菌属物种、枝芽孢杆菌属物种、短小芽孢杆菌属物种、类芽孢杆菌属物种、大洋芽孢杆菌属物种、lysinibacillusspp.、醋杆菌属物种、鲁梅尔芽孢杆菌属物种和假丝酵母属物种。实施方案4涉及一种包含每一种选自以下的微生物物种的微生物组合物：芽孢杆菌属物种、乳杆菌属物种、梭菌属物种、枝芽孢杆菌属物种、短小芽孢杆菌属物种、类芽孢杆菌属物种、大洋芽孢杆菌属物种、lysinibacillusspp.、醋杆菌属物种、鲁梅尔芽孢杆菌属物种和假丝酵母属物种。实施方案5涉及实施方案2至4中任一项的包含微生物物种的微生物组合物，其进一步包含来自链霉菌属物种(streptomycesspp.)的微生物物种。实施方案6涉及一种包含五种或更多种选自以下的微生物物种的微生物组合物：芽孢杆菌属物种、乳杆菌属物种、梭菌属物种、链霉菌属物种、枝芽孢杆菌属物种、短小芽孢杆菌属物种、类芽孢杆菌属物种、大洋芽孢杆菌属物种、lysinibacillusspp.、醋杆菌属物种、鲁梅尔芽孢杆菌属物种和假丝酵母属物种。实施方案7涉及一种包含十种或更多种选自以下的微生物物种的微生物组合物：芽孢杆菌属物种、乳杆菌属物种、梭菌属物种、链霉菌属物种、枝芽孢杆菌属物种、短小芽孢杆菌属物种、类芽孢杆菌属物种、大洋芽孢杆菌属物种、lysinibacillusspp.、醋杆菌属物种、鲁梅尔芽孢杆菌属物种和假丝酵母属物种。实施方案8涉及一种包含每一种选自以下的微生物物种的微生物组合物：芽孢杆菌属物种、乳杆菌属物种、梭菌属物种、链霉菌属物种、枝芽孢杆菌属物种、短小芽孢杆菌属物种、类芽孢杆菌属物种、大洋芽孢杆菌属物种、lysinibacillusspp.、醋杆菌属物种、鲁梅尔芽孢杆菌属物种和假丝酵母属物种。实施方案9涉及实施方案2至8中任一项的组合物，其中芽孢杆菌属物种包含弯曲芽孢杆菌、环状芽孢杆菌、枯草芽孢杆菌、短小芽孢杆菌、地衣芽孢杆菌、解淀粉芽孢杆菌、抱川芽孢杆菌和克劳氏芽孢杆菌中的一种或多种。实施方案10涉及实施方案2至9中任一项的组合物，其中所述乳杆菌属物种包含lactobacillusvini和/或布氏乳杆菌。实施方案11涉及实施方案2至10中任一项的组合物，其中所述梭菌属物种包含clostridiumnitrophenolcium、拜氏梭菌和巴氏梭菌中的一种或多种。实施方案12涉及实施方案2至11中任一项的组合物，其中所述类芽孢杆菌属物种包含paenibacillusbrevis、库氏类芽孢杆菌、灿烂类芽孢杆菌、千叶类芽胞杆菌、paenibacillusanaericanus和paenibacillusagaridevorans中的一种或多种。实施方案13涉及实施方案2至12中任一项的组合物，其中所述大洋芽孢杆菌属物种包含oceanobacillusoncorhynchisubsp.incaldanensis。实施方案14涉及实施方案2至13中任一项的组合物，其中所述lysinibacillusspp.包含lysinibacillusxylanilyticus。实施方案15涉及实施方案2至14中任一项的组合物，其中所述醋杆菌属物种包括巴氏醋杆菌。实施方案16涉及实施方案2至15中任一项的组合物，其中所述鲁梅尔芽孢杆菌属物种包含rummeliibacilluspycnus。实施方案17涉及实施方案2至16中任一项的组合物，其中所述假丝酵母属物种包含candidaethanolica·。实施方案18涉及实施方案2至17中任一项的组合物，其进一步包含bacillussubterraneus、bacillusoceanisediminis、坚强芽孢杆菌、virgibacillushalophilus、短短小芽孢杆菌、强壮类芽孢杆菌、paenibacillustimonensis、paenibacilluscineris、paenibacillusrhizoospherae、paenibacillusfavisporus、酪丁酸梭菌、楔形梭菌、lysinibacillusfusiformis和rummeliibacillusstabekisii中的一种或多种。实施方案19涉及实施方案2至18中任一项的组合物，其进一步包含固氮菌属物种和根瘤菌属物种中的一种或多种。实施方案20涉及实施方案19的组合物，其中固氮菌属物种包含棕色固氮菌和/或褐球固氮菌，或者根瘤菌属物种包含日本根瘤菌和/或豌豆根瘤菌。实施方案21涉及实施方案2至20中任一项的组合物，其进一步包含几丁质、壳聚糖、葡糖胺和氨基酸中的一种或多种。实施方案22涉及一种方法，其包含将含几丁质的生物源与实施方案1至21中任一项的组合物混合以形成混合物；发酵混合物；将发酵的混合物分离成固体、含水和脂质部分。实施方案23涉及实施方案22的方法，其中所述含几丁质的生物源包含海洋动物或海洋动物副产物、昆虫或真菌。实施方案24涉及实施方案23的方法，其中所述海洋动物是海洋节肢动物。实施方案25涉及实施方案24的方法，其中所述海洋节肢动物是虾、蟹或磷虾。实施方案26涉及通过实施方案22至25中任一项的方法制备的含水部分。实施方案27涉及通过实施方案22至24中任一项的方法制备的固体部分。实施方案28涉及一种方法，其包含使土壤、植物或植物部分与实施方案1至21中任一项的组合物接触。实施方案29涉及实施方案28的方法，其进一步包含使土壤、植物或植物部分与几丁质、壳聚糖、葡糖胺和氨基酸中的一种或多种接触。实施方案30涉及实施方案28或29的方法，其进一步包含使土壤、植物或植物部分与实施方案26的含水部分和/或实施方案27的固体部分接触。实施方案31涉及实施方案28至30中任一项的方法，其进一步包含使土壤、植物或植物部分与液体肥料接触。实施方案32涉及实施方案28至31中任一项的方法，其进一步包含使土壤、植物或植物部分与一种或多种杀虫剂、一种或多种杀真菌剂、一种或多种除草剂、一种或多种杀昆虫剂、一种或多种植物激素、一种或多种植物诱导剂或其两种或更多种的组合接触。鉴于可应用本公开的原理的许多可能的实施方案，应该认识到，所说明的实施方案仅是示例，不应被视为限制本发明的范围。相反，本发明的范围由以下权利要求限定。因此，我们要求所有落入这些权利要求的范围和精神内的全部作为我们的发明。序列表<110>阿坤纳斯公司<120>微生物聚生体<130>9223-95587-02<150>us62/289,020<151>2016-01-29<160>17<170>patentinversion3.5<210>1<211>1579<212>dna<213>lactobacillussp.<400>1tatgagagtttgatcctggctcaggatgaacgctggcggcgtgcctaatacatgcaagtc60gaacgagttctcgttgatgatcggtgcttgcaccgagattcaacatggaacgagtggcgg120acgggtgagtaacacgtgggtaacctgcccttaagtgggggataacatttggaaacagat180gctaataccgcatagatccaagaaccgcatggttcttggctgaaagatggcgtaagctat240cgcttttggatggacccgcggcgtattagctagttggtgaggtaacggctcaccaaggcg300atgatacgtagccgaactgagaggttgatcggccacattgggactgagacacggcccaaa360ctcctacgggaggcagcagtagggaatcttccacaatggacgcaagtctgatggagcaac420gccgcgtgagtgaagaaggctttcgggtcgtaaaactctgttgttggagaagaatggtcg480gcagagtaactgttgtcggcgtgacggtatccaaccagaaagccacggctaactacgtgc540cagcagccgcggtaatacgtaggtggcaagcgttatccggatttattgggcgtaaagcga600gcgcaggcggttttttaagtctgatgtgaaagccctcggcttaaccgaggaagcgcatcg660gaaactgggaaacttgagtgcagaagaggacagtggaactccatgtgtagcggtgaaatg720cgtagatatatggaagaacaccagtggcgaaggcggctgtctggtctgtaactgacgctg780aggctcgaaagcatgggtagcgaacaggattagataccctggtagtccatgccgtaaacg840atgaatgctaggtgttggagggtttccgcccttcagtgccgcagctaacgcattaagcat900tccgcctggggagtacgaccgcaaggttgaaactcaaaggaattgacgggggcccgcaca960agcggtggagcatgtggtttaattcgaagcaacgcgaagaaccttaccaggtcttgacat1020cttttgatcacctgagagatcaggtttccccttcgggggcaaaatgacaggtggtgcatg1080gttgtcgtcagctcgtgtcgtgagatgttgggttaagtcccgcaacgagcgcaaccctta1140tgactagttgccagcatttagttgggcactctagtaagactgccggtgacaaaccggagg1200aaggtggggatgacgtcaaatcatcatgccccttatgacctgggctacacacgtgctaca1260atggatggtacaacgagttgcgagaccgcgaggtcaagctaatctcttaaagccattctc1320agttcggactgtaggctgcaactcgcctacacgaagtcggaatcgctagtaatcgcggat1380cagcacgccgcggtgaatacgttcccgggccttgtacacaccgcccgtcacaccatgaga1440gtttgtaacacccgaagccggtggcgtaacccttttagggagcgagccgtctaaggtggg1500acaaatgattagggtgaagtcgtaacaaggtagccgtaggagaacctgcggctggatcac1560ctcctttaagcaccgatca1579<210>2<211>1510<212>dna<213>clostridiumbeijerinckii<400>2tattgagagtttgatcctggctcaggacgaacgctggcggcgtgcttaacacatgcaagt60cgagcgatgaagttccttcgggaatggattagcggcggacgggtgagtaacacgtgggta120acctgcctcatagaggggaatagcctttcgaaaggaagattaataccgcataagattgta180gtgccgcatggcatagcaattaaaggagtaatccgctatgagatggacccgcgtcgcatt240agctagttggtgaggtaacggctcaccaaggcgacgatgcgtagccgacctgagagggtg300atcggccacattgggactgagacacggcccagactcctacgggaggcagcagtggggaat360attgcacaatgggggaaaccctgatgcagcaacgccgcgtgagtgatgacggtcttcgga420ttgtaaagctctgtcttcagggacgataatgacggtacctgaggaggaagccacggctaa480ctacgtgccagcagccgcggtaatacgtaggtggcaagcgttgtccggatttactgggcg540taaagggagcgtaggtggatatttaagtgggatgtgaaatactcgggcttaacctgggtg600ctgcattccaaactggatatctagagtgcaggagaggaaagtagaattcctagtgtagcg660gtgaaatgcgtagagattaggaagaataccagtggcgaaggcgactttctggactgtaac720tgacactgaggctcgaaagcgtggggagcaaacaggattagataccctggtagtccacgc780cgtaaacgatgaatactaggtgtaggggttgtcatgacctctgtgccgccgctaacgcat840taagtattccgcctggggagtacggtcgcaagattaaaactcaaaggaattgacgggggc900ccgcacaagcagcggagcatgtggtttaattcgaagcaacgcgaagaaccttacctagac960ttgacatctcctgaattacccttaatcggggaagcccttcggggcaggaagacaggtggt1020gcatggttgtcgtcagctcgtgtcgtgagatgttgggttaagtcccgcaacgagcgcaac1080ccttattgttagttgctaccatttagttgagcactctagcgagactgcccgggttaaccg1140ggaggaaggtggggatgacgtcaaatcatcatgccccttatgtctagggctacacacgtg1200ctacaatggctggtacagagagatgctaaaccgtgaggtggagccaaactttaaaaccag1260tctcagttcggattgtaggctgaaactcgcctacatgaagctggagttgctagtaatcgc1320gaatcagaatgtcgcggtgaatacgttcccgggccttgtacacaccgcccgtcacaccat1380gagagttggcaatacccaaagttcgtgagctaacgcgcaagcggggcagcgacctaaggt1440agggtcagcgattggggtgaagtcgtaacaaggtagccgtaggagaacctgcggctggat1500cacctccttt1510<210>3<211>1485<212>dna<213>acetobacterpasteurianus<400>3cctgagagtttgatcctggctcagagcgaacgctggcggcatgcttaacacatgcaagtc60gcacgaaggtttcggccttagtggcggacgggtgagtaacgcgtaggtatctatccatgg120gtgggggataacactgggaaactggtgctaataccgcatgacacctgagggtcaaaggcg180caagtcgcctgtggaggagcctgcgtttgattagctagttggtggggtaaaggcctacca240aggcgatgatcaatagctggtttgagaggatgatcagccacactgggactgagacacggc300ccagactcctacgggaggcagcagtggggaatattggacaatgggggcaaccctgatcca360gcaatgccgcgtgtgtgaagaaggtcttcggattgtaaagcactttcgacggggacgatg420atgacggtacccgtagaagaagccccggctaacttcgtgccagcagccgcggtaatacga480agggggctagcgttgctcggaatgactgggcgtaaagggcgtgtaggcggtttgtacagt540cagatgtgaaatccccgggcttaacctgggagctgcatttgatacgtgcagactagagtg600tgagagagggttgtggaattcccagtgtagaggtgaaattcgtagatattgggaagaaca660ccggtggcgaaggcggcaacctggctcattactgacgctgaggcgcgaaagcgtggggag720caaacaggattagataccctggtagtccacgctgtaaacgatgtgtgctagatgttgggt780gacttagtcattcagtgtcgcagttaacgcgttaagcacaccgcctggggagtacggccg840caaggttgaaactcaaaggaattgacgggggcccgcacaagcggtggagcatgtggttta900attcgaagcaacgcgcagaaccttaccagggcttgaatgtagaggctgcaagcagagatg960tttgtttcccgcaagggacctctaacacaggtgctgcatggctgtcgtcagctcgtgtcg1020tgagatgttgggttaagtcccgcaacgagcgcaacccctatctttagttgccatcaggtt1080gggctgggcactctagagagactgccggtgacaagccggaggaaggtggggatgacgtca1140agtcctcatggcccttatgtcctgggctacacacgtgctacaatggcggtgacagtggga1200agctaggtggtgacaccatgctgatctctaaaagccgtctcagttcggattgcactctgc1260aactcgagtgcatgaaggtggaatcgctagtaatcgcgga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