专利名称：超级细菌基因特征的生物信息学研究方法
技术领域：
本发明涉及一种超级细菌基因特征的生物信息学研究方法。
背景技术：
超级病菌是一种耐药性细菌。这种超级病菌能在人身上造成浓疮和毒疱，甚至逐渐让人的肌肉坏死。更可怕的是，抗生素药物对它不起作用，病人会因为感染而引起可怕的炎症，高烧等直到最后死亡。这种病菌的可怕之处并不在于它对人的杀伤力，而是它对普通杀菌药物——抗生素的抵抗能力，对这种病菌，人们几乎无药可用。NDM-I (新德里金属-β -内酰胺酶1)是一种泛耐药性的超级细菌，对多种抗菌素发生耐药，并可在细菌中广泛复制和转染，今后将可能在更多的细菌中播及，现在印度、巴基斯坦、欧洲已发现这种细菌的病例，现在全球已有170多人感染了这种超级细菌，并已漫延至美国、加拿大、澳大利亚。在英国已有5人死亡，在比利时有1人死亡。预计，NDM-I将威胁全球性人类的健康。因此掌握超级细菌的基因特征便是当务之急。
发明内容
本发明的目的在于提供一种超级细菌基因特征的生物信息学研究方法。所谓生物信息学，是研究生物信息的采集，处理，存储，传播，分析和解释等各方面的一门学科，它通过综合利用生物学，计算机科学和信息技术而揭示大量而复杂的生物数据所赋有的生物学奥秘。本发明提供的超级细菌基因特征的生物信息学研究方法，包括以下步骤(a)利用CodomW软件对超级细菌的基因进行分析，确定AT含量和GC含量；(b)利用BLAST查找与超级细菌相关的基因序列；(c)利用Clastalx软件对超级细菌与BLAST上查找到的超级细菌相关的基因序列进行比对；(d)利用MEGA进行同源性画树。根据本发明，所述超级细菌为NDM-1。所述GC的含量>90%。所述相关的基因序列如 SEQ ID NO 1, SEQ ID NO :2，SEQ ID NO :3，SEQ ID NO :4，SEQ ID NO 5 所示。采用本发明的石if究方法，发现在Enterococcus faecium ；Klebsiella pneumoniae ；Escherichia coli三种基因上发现有NDM-1，且NDM-I具有稳定性高、灵活性高的基因特征，为后续研究
奠定有益基础。
图1为NDM-I在5种菌株上的基因比对结果图。
具体实施方式
以下结合具体实施例，对本发明做进一步说明。应理解，以下实施例仅用于说明本发明而非用于限制本发明的范围。在本发明的实施例中，数据收集方法为利用NCBI基因库(http://WWW. ncbi. nlm. nih. gov/)，收集含有NDM-I的基因序列，利用BLAST功能查找NDM-I相关的基因序列。使用的软件包括=CodomW软件；Clastalx软件；MEGA软件。1. ICodomff软件分析NDM-I碱基含量、GC含量与AT含量及其密码子首先采用CodomW软件对肺炎杆菌Klebsiella pneumoniae中的NDM-1和大肠杆
COli中的NDM-I进行分析，分析结果如碱基含量如表1所示，GC含量与AT 含量如表2所示，密码子分析结果如表3及表4所示。表1NDM-1碱基含量以及相关指标
T3sC3sA3sG3s CAIKlebsiella pneumoniae 中的 NDM-I0. 24270. 4660.06980. 4444 0. 33Escherichia coli 中的 NDM-I0. 20930.5190. 05360. 4466 0. 34CBIFopNcGC3s GCKlebsiella pneumoniae 中的 NDM-I0. 2480. 57450. 590. 73 0. 613Escherichia coli 中的 NDM-I0. 2590. 57546. 240. 774 0. 616L_symL_aaGravy AromoKlebsiella pneumoniae 中的 NDM-I1151190. 02437 0. 067227Escherichia coli 中的 NDM-I146152-0. 01776 0.065789表2. NDM-IGC含量与AT含量GC含量％AT含量％Klebsiella pneumoniae 中的 NDM-I91.048. 96Escherichia coli 中的 NDM-I96. 563. 44表 3. Klebsiella pneumoniae 中的 NDM—1 的密码子分析
权利要求
1.一种超级细菌基因特征的生物信息学研究方法，其特征在于，包括(a)利用CodomW软件对超级细菌的基因进行分析，确定AT含量和GC含量；(b)利用BLAST查找与超级细菌相关的基因序列；(c)利用Clastalx软件对超级细菌与BLAST上查找到的超级细菌相关的基因序列进行比对；(d)利用MEGA进行同源性画树。
2.根据权利要求1所述的研究方法，其特征在于，所述超级细菌为NDM-I。
3.根据权利要求2所述的研究方法，其特征在于，所述相关的基因序列如SEQID NO 1，SEQ ID NO 2, SEQ ID NO :3，SEQ ID NO :4，SEQ ID NO 5 所示。
4.根据权利要求2所述的研究方法，其特征在于，所述GC的含量>90%。
全文摘要
本发明公开了一种超级细菌基因特征的生物信息学研究方法，包括(a)利用CodomW软件对超级细菌的基因进行分析，确定AT含量和GC含量；(b)利用BLAST查找与超级细菌相关的基因序列；(c)利用Clastalx软件对超级细菌与BLAST上查找到的超级细菌相关的基因序列进行比对；(d)利用MEGA进行同源性画树。采用本发明的研究方法研究NDM-1基因特征，发现在Enterococcus faecium；Klebsiella pneumoniae；Escherichia coli三种基因上有NDM-1，且NDM-1具有稳定性高、灵活性高的基因特征，为后续对超级细菌的研究提供有益的参考。
文档编号C12Q1/68GK102184347SQ20111002741
公开日2011年9月14日 申请日期2011年1月25日 优先权日2011年1月25日
发明者陆广琴 申请人:上海市金山区青少年活动中心