专利名称：一种遗传性痉挛性截瘫基因诊断芯片的制作方法
技术领域：
本发明涉及一种基因诊断芯片，尤其是涉及一种遗传性痉挛性截瘫基因诊断芯片。
背景技术：
遗传性痉挛性截瘫(hereditaryspastic paraplegia, HSP 或 SPG)，又名家族性 Mrilmpell-Lorrain痉挛性截瘫，是一类主要由皮质脊髓束受损所引起的遗传性神经退行性疾病，具有明显的临床及遗传异质性。HSP可呈常染色体显性遗传(autosomal dominant hereditary spastic paraplegia, AD-HSP)、常染色体隐性遗传(autosomal recessive hereditary spastic paraplegia, AR-HSP)、X 连锁遗传(X-linked hereditary spastic paraplegia, X-linked HSP)，某些病例呈散发。研究表明遗传性痉挛性截瘫是单个基因的病理性突变而引起的疾病。这是一组遗传异质性很强的疾病，可由不同基因的不同突变引起。因此，找寻及鉴定本病的致病基因及其突变类型不仅是了解、阐明本病发病的必须途径，同时也是建立本病的基因诊断和产前诊断的先决条件。在已了解本病的致病基因及其突变类型之后，可以建立起基于这一基因及其突变类型的诊断技术，以期对临床上可疑的患者进行确凿的基因水平的诊断，还可以通过羊水及脐血的检测，判断胎儿是否携带有这一基因的突变，从而预测胎儿出生后是否会患有这一疾病，并将这一信息提供给孕妇及其家人，从而决定继续或终止妊娠。由于基因的突变是本病发生的原因，从长远看，对突变的鉴定使我们有可能使用纠正突变的基因疗法或其他针对这一突变的生物学效应的方法去治疗本病。迄今为止， AD-HSP已定位17种基因亚型，AR-HSP已定位21种基因亚型。其突变类型包括点突变、插入突变、重排突变、缺失突变等多种类型，而点突变占有很重要的地位。由于遗传性痉挛性截瘫的临床及遗传高度异质性，给基因检测带来巨大困难，且需要耗费相当大的人力和物力。
发明内容
本发明要解决的技术问题是，克服现有技术的不足，提供一种耗资少，能方便、快速进行筛查的遗传性痉挛性截瘫基因诊断芯片。本发明解决所述技术问题所采用的技术方案是
本发明之遗传性痉挛性截瘫基因诊断芯片共有96个突变点序列，包含57恭划7个， SPG4 20 ^,SPG6 1 个，57 Y今’SPGlO 5 ^,SPG31 ~々’SPG42 Y 今’ SPG5 5 ^,SPG7 6 个，SPGll 21 个，SPG15 4 个，SPG17 5 个，SPGl 12 个，SPG2 4 个。本发明之遗传性痉挛性截瘫基因诊断芯片96个突变点序列的设计步骤(1) 利用 pubmed 数据库(http//www. ncbi. nlm. nih. gov/pubmed)禾口万方数据库(http:// www. wanfangdata. com. cn)在线查阅遗传性痉挛性截瘫疾病基因相关文献，检索词分别为 "hereditary spastic paraplegia OR SPG”和“痉挛性截瘫 OR HSP OR SPG”，选择 HSP 各基因型中已报导的点突变(错义突变或剪切位点突变)位点，UCSC Genome Bioinformatics 网站(http://genome.ucsc. edu)在线查询相应序列，突变点上下游各包含60个碱基，突变位点等位基因用“/”分开(TAG[T/G]ACG)，将每个位点编号，输入序列、染色体定位信息， 以EXCEL文档保存；(2)将初步选定的点突变位点的序列文档，用芯片设计软件(Asaay Design Tool, ADT)进行评分，得到评分文件，包含设计成功率、最小等位基因频率(minor allele frequencies. MAFs); (3)合分析各位点评分结果，除去错误序列，选择设计成功率评分大于0. 5的位点，进入下一步分析；(3)选择热点突变，选择的突变点，确保两序列之间距离大于60bp，突变点上下游各包含60bp，以避免交叉，影响芯片质量，最终确定96个突变点序列；(4)将SNPs资料交由Illumina公司制备成HSP GoldenGate Universal-32 BeadChips基因诊断芯片。本发明之遗传性痉挛性截瘫基因诊断芯片是在光纤微珠上固定能与突变点杂交的探针。 本发明之遗传性痉挛性截瘫基因诊断芯片，耗资少，能方便、快速的进行筛查，由于有多位点，可以有效地减少因个体差异所引起的漏检。
图1为SPG3A基因c. 3060A突变位点的基因分型示意图。
具体实施例方式以下结合具体实施例对本发明作进一步详细说明。 实施例本发明之遗传性痉挛性截瘫基因诊断芯片共有96个突变点序列，包含AD-HSP 44 个，AR-HSP 36 个，X-Iinked-HSP 16 个，其中 SPG3A 7 个，SPG4 20 个，SPG6 1 个，SPG钱 1 个，SPGlO 5 个，SPG31 4 个，SPG42 1 个，SPG5 5 个，SPG7 6 个，SPGll 21 个，SPG15 4 个， SPG17 5 个，SPGl 12 个，SPG2 4 个。本发明之遗传性痉挛性截瘫基因诊断芯片是在光纤微珠上固定能与突变点杂交的探针，所述探针的序列表为
编号I序列
1gtggtaactaacctggaagtgctgacaagcaaatgcctccatgggaagaactactgtcgayaggtcctctgtctgtatgatcttgccaaggtatgtgcc _aaggggtggggctcctctttct_
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权利要求
1.一种遗传性痉挛性截瘫基因诊断芯片，其特征在于，遗传性痉挛性截瘫基因诊断芯片共有96个突变点序列，包含AD-HSP 44个，AR-HSP 36个，X-Iinked-HSP 16个，其中 SPG3A 7 个，SPG4 20 个，SPG6 1 个，SPG衫 1 个，SPGlO 5 个，SPG31 4 个，SPG42 1 个，SPG5 5 个，SPG7 6 个，SPGll 21 个，SPG15 4 个，SPG17 5 个，SPGl 12 个，SPG2 4 个。
2.根据权利要求1所述的遗传性痉挛性截瘫基因诊断芯片，其特征在于，采用 Illumina GoldenGate高通量基因芯片，检测步骤包括制作SUD板；沉淀SUD板；重悬SUD 板；制作ASE板；加MEL ；PCR前期工作；PCR产物的结合；芯片前样品准备；芯片杂交；清洗芯片；芯片扫描及数据读取；数据分析。
全文摘要
一种遗传性痉挛性截瘫基因诊断芯片，该基因诊断芯片共有96个突变点序列，包含AD-HSP44个，AR-HSP36个，X-linked-HSP16个，其中SPG3A7个，SPG420个，SPG61个，SPG81个，SPG105个，SPG314个，SPG421个，SPG55个，SPG76个，SPG1121个，SPG154个，SPG175个，SPG112个，SPG24个。其检测步骤包括制作SUD板；沉淀SUD板；重悬SUD板；制作ASE板；加MEL；PCR前期工作；PCR产物的结合；芯片前样品准备；芯片杂交；清洗芯片；芯片扫描及数据读取；数据分析。本发明之遗传性痉挛性截瘫基因诊断芯片，耗资少，能方便、快速进行筛查。
文档编号C12Q1/68GK102286629SQ20111026565
公开日2011年12月21日 申请日期2011年9月8日 优先权日2011年9月8日
发明者杜鹃, 沈璐, 罗莹莹 申请人:中南大学湘雅医院