预测并克服对卵巢癌化疗的抗性的方法及预测结肠癌发生的方法

专利名称：预测并克服对卵巢癌化疗的抗性的方法及预测结肠癌发生的方法
预测并克服对卵巢癌化疗的抗性的方法及预测结肠癌发生的方法本申请是申请日为2004年12月30日、中国申请号为200480042148. 6、发明名称为“预测并克服对卵巢癌化疗的抗性的方法及预测结肠癌发生的方法”的发明申请的分案·申请。本申请涉及并权利要求2003年12月31日提交的系列号为60/533，505的美国临时申请的优先权，其公开在此全文引入作为参考。
背景技术：
本发明涉及预测卵巢癌患者是否会对化疗有抗性的方法及确定是否个体患者患结肠癌的方法。本发明也涉及监测在接受卵巢癌治疗的患者中的治疗有效性的方法。本发明还涉及治疗卵巢癌及结肠癌的方法。另外，本发明涉及筛选能抑制肿瘤细胞，具体是卵巢癌细胞或结肠癌细胞的生长的化合物的方法。本发明也涉及具体在对常用化疗方案有抗性的卵巢癌细胞中，降低或抑制对化疗药物治疗或疗法的抗性的方法。
背景技术：
卵巢癌是死亡率达60%的致死性最强的妇科恶性肿瘤。对于此疾病的多个临床阶段的五年存活率如下阶段1>90%，阶段11=80%，阶段111=20%和阶段IV=10%;在此疾病的较晚阶段存活率有显著的降低。对于此疾病的晚期(advanced)阶段的标准(Standard-of-care)治疗包括减少细胞数的手术后化疗。大多数患者存活的可能性低，因为所有患者中的大约75%是在疾病的阶段III和IV诊断的，且预后差与疾病在晚期阶段的晚诊断相关。对于现存的化疗剂的抗性是另一个主要问题。尽管在最初的治疗后75%的患者出现了完全临床反应(complete clinicalresponse)，大多数会疾病复发并需要再治疗。不幸的是,绝大多数会最终患化学抗性并死于此疾病。化学抗性是一种复杂的现象，它涉及多种基因和基因产物的表达和生物活性的改变。所述在反应性和非反应性个体差异表达的基因或基因家族可被用作分子标记物，来预测哪位患者可能会对在临床中通常所用的具体化疗剂或其组合有抗性。另外，在化学抗性个体过表达的基因可以是抑制作用的靶标，它可能降低癌细胞对化疗剂或药剂(agents)的抗性。与卵巢癌一样，当疾病诊断得早时，患结肠直肠癌的患者的存活最好。如果癌症检出早，结肠癌患者的5年存活率大约为90% ;不幸的是，尽管监测和预防手段增多，只有37%的癌症发现于早期阶段。当癌症在区域(regionally)扩散涉及到其他器官时，存活率降到大约64%，并且在癌症转移后存活率急剧降低(8%) (Cancer Facts and Figures2002;American Cancer Society publication)。因此，在疾病进行的过程中需要及早鉴定出结肠癌和卵巢癌，并具体需要鉴定出化学抗性的癌症。更具体地，因为癌细胞的表现在本领域公知，考虑到它们的致瘤性(tumorigenicity)及它们对化疗药物的抗性是由具体基因的不完全确定的组和(definedset)的表达所介导的，所以本领域需要鉴定可作为卵巢癌中化学抗性的有效分子标记物的基因及基因的集合(collection)或组，以及为卵巢癌和结肠癌提供临床有效的治疗靶标的基因或基因组。发明概述本发明提供了鉴定这样的基因的方法和试剂，所述基因涉及对化疗药物治疗的抗性、或其表达受对化疗药物治疗的抗性的调控、或其中所述受调控的表达与对化疗药物治疗的抗性有关或导致该抗性。具体地，本发明提供了这样的基因，所述基因涉及对化疗药物治疗的抗性、或其表达受对化疗药物治疗的抗性调控，或其中所述受调控的表达与对化疗药物治疗的抗性有关或导致该抗性，以及多种基因的受调控基因表达的模式，其中所述模式是化疗药物抗性细胞，具体为药物抗性卵巢癌细 胞的特征。本发明还提供了鉴定与一或多种所述基因的表达或活性相互作用或对其有影响的化合物的方法。本发明还提供了用作化疗剂的替代或与其联用的所述化合物，所述化疗剂治疗卵巢癌，具体治疗对通常的化疗有抗性或发展出抗性的癌症。本发明还提供了监测化疗的方法和试剂来鉴别其肿瘤对化疗剂是有抗性的或已变为有抗性的患者。本发明提供了鉴定化合物的方法，所述化合物降低化疗药物抗性并抑制、推迟或预防有化疗剂抗性的肿瘤细胞、最优选卵巢癌细胞的生长，所述方法包含如下步骤(a)使化疗药物抗性细胞接触被试化合物，所述细胞在化疗药物存在的条件下生长了一段时间或在使得所述细胞对所述药物有抗性的化疗药物浓度条件下生长，并且其中所述细胞表达至少一种在化学抗性卵巢癌细胞中过表达的基因，其中所述过表达的基因是 S100A10, S100A11,需钙蛋白酶(Calpain) 2, SPARC, MetAP2, KLK6, ARA9,钙调理蛋白(Calponin) 2，RNPSl, eIF5, eIF2B ε，HSF2，WDR1, Fused toes, NM23D, ADARl,粒钙蛋白(Grancalcin), NBR1, SAPK/Erkl,锌指蛋白-262MYM, HYA22, MRPL4, Vinexinβ，G-CSFR, IGFBP-7, FAST 激酶，TESK2, SRBl 或 KIAA0082 (如表 I 所列 GenBank 登录号所鉴定)；(b)测定所述细胞的一或多种所述基因或基因产物在被试化合物存在或缺无时的表达或活性；和/或(c)比较细胞生长和/或至少一种所述基因或基因产物在被试化合物存在或缺无时的表达或活性，其中如果所述基因或基因产物在被试化合物存在时的表达或活性相对于所述基因在被试化合物缺无时的表达降低，或如果细胞生长在所述化合物存在时受抑制，或两种情况都出现，那么该化合物被鉴定为抑制化学抗性肿瘤细胞生长的化合物。在某些具体实施方案中，通过用对本发明所鉴定的多种基因产物特异的核酸(基因)探针或抗体等的阵列测定生物样本来检测基因表达。本发明还提供鉴定这样的化合物的方法，所述化合物可降低药物抗性并抑制、推迟或预防有化疗剂抗性的肿瘤细胞、最优选卵巢癌细胞的生长，所述方法包含如下步骤a)使细胞接触被试化合物，其中所述细胞在化疗药物存在的条件下生长了一段时间或在使得所述细胞对所述药物有抗性的化疗药物浓度下生长，并且其中所述细胞表达与在化学敏感性细胞中的情况相比在化学抗性卵巢癌细胞中以较低水平表达的基因，其中所述基因是HMTI, NAIP, eEFl ε，RAB22A, NC0R2, MTl 或 MPPlO (如表 I 所列 GenBank 登录号所鉴定)；b)测定在被试化合物存在或缺无时所述细胞的细胞生长和/或基因表达或基因产物活性；和c)比较在被试化合物存在或缺无时的基因表达或基因产物活性，其中如果(i)所述基因的表达或基因产物的活性在被试化合物存在时相比所述基因的表达或基因产物的活性在被试化合物缺无时升高，和/或(ii)如果细胞生长在所述化合物存在时受抑制，和/或(iii)如果细胞生长受抑制且所述基因表达和/或活性升高，那么该化合物被鉴定为抑制化学抗性肿瘤细胞生长的化合物。在某些具体实施方案中，通过用对本发明所鉴定的多种基因产物特异的核酸(基因)探针或抗体等的阵列测定生物样本来检测基因表达。本发明提供了降低化疗药物抗性和/或抑制、推迟或预防肿瘤细胞生长的方法，所述方法包含使所述肿瘤细胞与细胞基因的至少一种抑制剂接触的步骤，所述步骤在化疗药物存在一段时间、或该化疗药物的浓度使得所述细胞在缺乏细胞基因抑制剂时对所述药物有抗性的条件下进行，其中所述细胞基因是S100A10，S100A11，需钙蛋白酶 2，SPARC, MetAP2, KLK6, ARA9,钙调理蛋白 2，RNPSI, eIF5, eIF2B ε，HSF2, WDRl，Fusedtoes, NM23D, ADARl,粒钙蛋白，NBRl, SAPK/Erkl,锌指蛋白-262MYM, HYA22, MRPL4, Vinexinβ，G-CSFR, IGFBP-7, FAST激酶，TESK2, SRBl或KIAA0082。在优选的具体实施方案中，所述肿瘤细胞是人肿瘤细胞，更优选卵巢癌细胞。在具体方面，根据本发明鉴定的一或多种基因用具体设计为靶向一或多种所述基因的反义RNA或SiRNA分子来抑制。其他方面，所述基因的基因产物用这些蛋白的抑制剂来抑制。
本发明提供了降低肿瘤细胞的药物抗性的方法，所述方法包含使所述肿瘤细胞与至少一种提高细胞基因的表达或活性的化合物接触的步骤，其中所述细胞基因是HMTI, NAIP, eEFl ε，RAB22A，NC0R2，MTl或MPP10，所述步骤中的条件为化疗药物缺无或存在一段时间或该药物以使得可提高ΗΜΤΙ,ΝΑΙΡ，eEFl ε , RAB22A, NC0R2，MTl或MPPlO的表达或活性的化合物缺无时所述细胞对其有抗性的浓度存在。在优选的具体实施方案中，所述肿瘤细胞是人肿瘤细胞，更优选卵巢癌细胞。本发明也提供了抑制、推迟或预防肿瘤细胞生长的方法，所述方法包含使所述肿瘤细胞与至少一种提高细胞基因的表达或活性的化合物接触的步骤，其中所述细胞基因是ΗΜΤ1, NAIP, eEFl ε，RAB22A, NC0R2, MTl或ΜΡΡ10，所述步骤中的条件为在化疗药物缺无或存在一段时间或该化疗药物以使得存在所述提高ΗΜΤΙ,ΝΑΙΡ，eEFl ε , RAB22A, NC0R2,MT1或MPPlO的表达或活性的化合物时的细胞增殖相对于该所述化合物缺无时的细胞增殖变慢或受抑制的浓度存在。在优选的具体实施方案中，所述肿瘤细胞是人肿瘤细胞，更优选卵巢癌细胞。另一方面，本发明提供了抑制、推迟或预防肿瘤细胞、最优选卵巢癌细胞生长的方法，所述方法包含使所述肿瘤细胞接触一或多种化疗剂与细胞基因的至少一种抑制剂的组合的步骤，其中所述细胞基因是S100A10，S100A11,需钙蛋白酶 2，SPARC, MetAP2, KLK6, ARA9,钙调理蛋白 2，RNPSl, eIF5, eIF2B ε，WDRl, Fusedtoes, NM23D,粒钙蛋白，SAPK/Erkl,锌指蛋白-262MYM, HYA22, Vinexin β，G-CSFR, IGFBP-7,或KIAA0082。在一个具体方面，所述细胞基因是MetAP2，所述化疗剂是基于钼的化疗剂(platinum-based),并且所述至少一种抑制剂是烟曲霉素(fumagillin)或烟曲霉素的衍生物。在另一个具体方面，所述细胞基因是需钙蛋白酶2，所述化疗剂是基于钼的化疗剂，并且所述至少一种抑制剂是N-乙酰基-亮氨酰基-亮氨酰基-正亮氨酸(N-acetyl-leucy1-leucyl-norleucinal, ALLN)或其衍生物。表I所示细胞基因的抑制剂可以是，例如具体设计为靶向表I所示基因的SiRNA分子或shRNA分子，或小分子抑制剂。另一方面，本发明提供了抑制、推迟或预防肿瘤细胞、最优选卵巢癌细胞生长的方法，所述方法包含使所述肿瘤细胞接触化疗剂或药剂与至少一种提高细胞基因的表达或活性的化合物的步骤，其中所述细胞基因是ΗΜΤΙ,ΝΑΙΡ，eEFl ε , RAB22A, NC0R2，MTl或ΜΡΡ10。在优选的具体实施方案中，所述肿瘤细胞是人肿瘤细胞，更优选卵巢癌细胞。本发明也提供预测卵巢癌患者的肿瘤是否对化疗有抗性的方法，所述方法包含如下步骤(a)检测一或多种被表达的基因或由其编码的基因产物在取自所述患者的生物样本中的量，其中所述被表达的基因是S100A10，S100A11，需钙蛋白酶2, SPARC, MetAP2, KLK6, ARA9,钙调理蛋白 2, RNPSl, eIF5, eIF2B ε , HSF2, WDRl, Fusedtoes, NM23D, ADARl,粒钙蛋白，NBRl, SAPK/Erkl,锌指蛋白-262MYM, HYA22, MRPL4, Vinexinβ，G-CSFR, IGFBP-7, FAST 激酶，TESK2，SRBI,或KIAA0082 ； (b)对应于在亚部分(a)中检测的一或多种被表达的基因或基因广物，检测所述一或多种被表达的基因或由其编码的基因产物在对照样本中的量，所述样本包括非肿瘤组织样本，最优选来自肿瘤来源的组织或来自对化疗反应良好的患者的组织样本，其中所述被表达的基因是SIOOA10，SIOOA11，需钙蛋白酶 2，SPARC, MetAP2, KLK6, ARA9,钙调理蛋白 2, RNPSl, eIF5, eIF2B ε , HSF2, WDRl, Fusedtoes, NM23D, ADARl,粒钙蛋白，NBRl, SAPK/Erkl,锌指蛋白-262MYM, HYA22, MRPL4, Vinexinβ，G-CSFR, IGFBP-7, FAST 激酶，TESK2, SRBI,或 KIAA0082 ;和(c)比较在步骤(a)中测定的所述被表达的基因或基因产物的量和在步骤(b)中检测的所述被表达的基因或基因产 物的量，其中如果步骤(a)中的检出量比步骤(b)中的检出量高至少20%的因数，那么预测所述患者对化疗有抗性。在具体方面，所述生物样本是肿瘤样本。在具体方面，所述对照样本是得自对化疗有反应的癌症患者的生物样本。在某些具体实施方案中，通过用对本发明所鉴定的多种基因产物特异的核酸(基因)探针或抗体等的阵列测定生物样本来检测基因表达。在具体方面，当在来自癌症患者的生物样本中表达的MetAP2的测得量高于在对化疗药物有反应的个体中或在来自不患卵巢癌的个体的卵巢组织中的检出量时，所述方法可预测所述患者会对基于钼的化疗有抗性。本发明也提供预测卵巢癌患者的肿瘤是否对化疗有抗性的方法，所述方法包含如下步骤(a)检测一或多种被表达的基因或由其编码的基因产物在取自所述患者的生物样本中的量，其中所述被表达的基因是ΗΜΤΙ,ΝΑΙΡ，eEFl ε , RAB22A, NC0R2,MT1,或MPPlO ；(b)对应于在亚部分(a)中检测的一或多种被表达的基因或基因产物,检测所述一或多种被表达的基因或由其编码的基因产物在对照样本中的量，其中所述被表达的基因是ΗΜΤΙ,ΝΑΙΡ, eEFl ε，RAB22A，NC0R2，MTl或MPPlO ;和(c)比较在步骤(a)中测定的被表达的基因或基因产物的量和在步骤(b)中检测的被表达的基因或基因产物的量，其中如果在步骤(a)中的检出量比在步骤(b)中的检出量高至少20%、更优选至少50%的因数，那么预测所述患者对化疗有抗性。在具体方面，所述对照样本是得自对化疗有反应的癌症患者的生物样本。在具体方面，所述生物样本是肿瘤样本。在某些具体实施方案中，通过用对本发明所鉴定的多种基因产物特异的核酸(基因)探针或抗体等的阵列测定生物样本来检测基因表达。本发明还提供监测在卵巢癌患者、具体为接受化疗的卵巢癌患者中的疾病进展的方法，所述方法包含如下步骤(a)检测一或多种被表达的基因或由其编码的基因产物在取自所述患者的生物样本中的量，其中所述被表达的基因是S100A10，S100A11，需钙蛋白酶 2，SPARC, MetAP2, KLK6, ARA9,钙调理蛋白 2，RNPSI, eIF5, eIF2B ε，HSF2, WDRl, Fusedtoes, NM23D, ADARl,粒钙蛋白，NBRl, SAPK/Erkl,锌指蛋白-262MYM, HYA22, MRPL4, Vinexinβ，G-CSFR, IGFBP-7, FAST 激酶，TESK2, SRBI,或 KIAA0082 ； (b)用随后收集自所述患者的生物样本重复步骤(a);和(c)比较步骤(a)中被表达的基因或基因产物的检出量和步骤(b)中被表达的基因或基因产物的检出量，其中通过检测被表达的基因或基因产物在随后收集的生物样本中的量相对于其在步骤(a)中的生物样本中的量的变化来监测疾病进展，并且在步骤(b)中所述被表达的基因或表达的基因产物的检出量高于步骤(a)中所述被表达的基因或基因产物的检出量时检测到疾病的进展。在某些具体实施方案中，所述患者在检测步骤(a)中的基因表达量与检测步骤(b)中的检出量之间的时期接受化疗或其他治疗。在具体方面，所述生物样本是肿瘤样本。在优选具体实施方案中，通过用对本发明所鉴定的多种基因产物特异的核酸(基因)探针或抗体等的阵列测定生物样本来检测基因表达。本发明还提供监测在卵巢癌患者、具体为接受化疗的卵巢癌患者中的疾病进展的方法，所述方法包含如下步骤(a)检测一或多种被表达的基因或由其编码的基因产物在取自所述患者的生物样本中的量，其中所述被表达的基因是HMT1，NAIP，eEFl ε，RAB22A, NC0R2, MTl或MPPlO ； (b)用随后收集自所述患者的生物样本重复步骤(a);和(C)比较步骤(a)中被表达的基因或基因产物的检出量和步骤(b)中被表达的基因或基因产物的检出量，其中通过检测被表达的基因或基因产物在随后收集的生物样本中的量相对于其在步骤(a)中的生物样本中的量的变化来监测疾病进展，并且在步骤(b)中所述被表达的基因或表达的基因产物的检出量低于或等于步骤(a)中所述被表达的基因或基因产物的检出量时检测到疾病的进展。在某些具体实施方案中，所述患者在检测步骤(a)中的基因表达量与检测步骤(b)中的检出量之间的时期接受化疗或其他治疗。在具体方面，所述生物样本是肿瘤样本。在某些具体实施方案中，通过用对本发明所鉴定的多种基因产物特异的核酸(基因)探针或抗体等的阵列测定生物样本来检测基因表达。另外，本发明提供监测药物组合物作为治疗患者的癌症、具体为卵巢癌或结肠癌的药剂的有效性的方法，所述方法包含如下步骤(a)检测一或多种被表达的基因或由其编码的基因产物在取自患者的生物样本中的量，其中所述被表达的基因是S100A10, S100A11，需钙蛋白酶 2，SPARC, MetAP2, KLK6, ARA9,钙调理蛋白 2，RNPSI, elF5, eIF2B ε，HSF2, WDRl, Fused toes, NM23D, ADARl,粒钙蛋白，NBRl, SAPK/Erkl,锌指蛋白-262MYM, HYA22, MRPL4, Vinexin β，G-CSFR, IGFBP-7, FAST 激酶，TESK2, SRBI,或KIAA0082 ； (b)将一定量的药物组合物给予所述患者；(c)用随后收集自所述患者的生物样本重复步骤(a);和(d)比较步骤(a)中被表达的基因或基因产物的检出量和步骤(C)中被表达的基因或基因产物的检出量，其中通过检测被表达的基因或基因产物在随后收集的生物样本中的量相对于其在步骤(a)中的生物样本中的量的变化来监测所述药物组合物的有效性，并且其中在步骤(C)中所述被表达的基因或基因产物的检出量低于步骤(a)中所述被表达的基因或基因产物的检出量时，且在所述药物组合物存在时肿瘤生长下降(即减慢、推迟或抑制)时，所述药物组合物是有效的。在具体方面，所述生物样本是肿瘤样本。在某些具体实施方案中，通过用对本发明 所鉴定的多种基因产物特异的核酸(基因)探针或抗体等的阵列测定生物样本来检测基因表达。本发明也提供监测药物组合物作为治疗患者的癌症、具体为卵巢癌或结肠癌的药剂的有效性的方法，所述方法包含如下步骤(a)检测一或多种被表达的基因或由其编码的基因产物在取自所述患者的生物样本中的量，其中所述被表达的基因是HMT1，NAIP,eEFl ε，RAB22A, NC0R2, MTl或MPPlO ； (b)将一定量的药物组合物给予所述患者；(c)用随后收集自所述患者的生物样本重复步骤(a);和(d)比较步骤(a)中被表达的基因或基因产物的检出量和步骤(C)中被表达的基因或基因产物的检出量，其中通过检测被表达的基因或基因产物在随后收集的生物样本中的量相对于其在步骤(a)中的生物样本中的量的变化来监测所述药物组合物的有效性，并且其中如果步骤(C)中所述被表达的基因或表达的基因产物的检出量高于步骤(a)中所述被表达的基因或基因产物的检出量，且在所述药物组合物存在时肿瘤生长下降(即减慢、推迟或抑制)，所述药物组合物是有效的。在具体方面，所述生物样本是肿瘤样本。在某些具体实施方案中，通过用对本发明所鉴定的多种基因产物特异的核酸(基因)探针或抗体等的阵列测定生物样本来检测基因表达。·本发明也提供检测检测结肠癌的方法，所述方法包含如下步骤(a)从动物、优选人获得生物样本；(b)检测一或多种被表达的基因或由其编码的基因产物在所述生物样本中的量，其中所述被表达的基因是S100A10，S100A11，需钙蛋白酶2，SPARC，或MetAP2;(c)检测在对照样本中检出的所述一或多种被表达的基因或基因产物的量，所述对照样本包括非肿瘤结肠组织样本；(d)比较所述一或多种被表达的基因或基因产物在步骤(b)中的量和在步骤(c)中的量，其中如果步骤(b)中的量与步骤(C)中的量相比有差别，则可检出结肠癌。在步骤(a)中用的生物样本和步骤(C)中用的生物样本中检出的差别可以是一或多种所述基因的过表达，或可以是一或多种所述基因的缺乏或不足表达(underexpression)。例如，如果S100A10，S100A11，SPARC和/或MetAP2在步骤(b)中的量比步骤(c)中的量高，和/或如果需钙蛋白酶2在步骤(b)中的量低于在步骤(c)中的量，则检出了结肠癌。在某些具体实施方案中，所述动物是人，优选患结肠癌的人。优选，所述生物样本是结肠组织样本，更优选息肉并更优选腺癌性息肉(adematous polyp),它们在本领域常用作结肠筛选活性的组织样本。在某些具体实施方案中，通过用对本发明所鉴定的多种基因产物特异的核酸(基因)探针或抗体等的阵列测定生物样本来检测基因表达。在另一具体实施方案中，本发明提供了诊断动物、优选人的癌症和/或化疗药物抗性的方法，所述方法包含检测两或多种被表达基因或由其编码的基因产物的量的改变模式的步骤。在具体的具体实施方案中，所述被表达的基因是表I所示的基因。通常地，本发明的这些方法包含如下步骤(a)从动物、优选人获得生物样本；(b)检测两或多种被表达的基因或由其编码的基因产物在所述生物样本中的量，其中所述被表达的基因如表I所示；(C)检测两或多种被表达的基因或基因产物在对照样本中的检出量；(d)通过比较两或多种被表达的基因或基因产物在步骤(b)中的量和在步骤(C)中的量，确定所述两或多种被表达基因或由其编码的基因产物的量的改变模式，其中所述模式与癌症例如结肠或卵巢癌、或药物抗性例如顺钼(cis-platin)抗性相关。在某些具体实施方案中，通过用对本发明所鉴定的多种基因产物特异的核酸(基因)探针或抗体等的阵列测定生物样本来检测基因表达。本发明也提供了检测患卵巢癌的动物的化疗药物抗性的方法，所述方法包含如下步骤(a)检测多种被表达的基因或由其编码的基因产物在取自所述动物的生物样本中的量，其中所述被表达的基因是S100A10，S100A11，需钙蛋白酶2，SPARC, MetAP2, KLK6, ARA9,钙调理蛋白 2，RNPSl，eIF5，eIF2B ε，HSF2，WDRl，Fused toes, NM23D, ADARl,粒钙蛋白，NBRl, SAPK/Erkl,锌指蛋白-262MYM, HYA22, MRPL4, Vinexin β，G-CSFR, IGFBP-7, FAST激酶，TESK2，SRBl，或KIAA0082 ; (b)对应于在亚部分(a)中检测的所述多种被表达的基因或基因产物，检测所述多种被表达的基因或由其编码的基因产物在对照样本中的量，所述对照样本包含非肿瘤卵巢组织或来自对化疗有反应的患者的肿瘤组织，其中所述被表达的基因是 S100A10, SlOOAl 1，需钙蛋白酶 2，SPARC, MetAP2, KLK6, ARA9,钙调理蛋白 2，RNPSI, eIF5, eIF2B ε，HSF2, WDRl, Fused toes, NM23D, ADARl,粒钙蛋白，NBRl, SAPK/Erkl,锌指蛋白-262MYM, HYA22, MRPL4, Vinexin β，G-CSFR, IGFBP-7, FAST 激酶，TESK2, SRBI,或KIAA0082 ;和(c)比较在步骤(a)中测定的所述被表达的基因或基因产物的量和步骤(b)中所述被表达的基因或基因产物的检出量，其中如果步骤(a)中的检出量比步骤(b)中的检出量高至少20%的因数，则预测所述患者对化疗有抗性。如本文所公开，其中在步骤(a)中的检出量比在步骤(b)中的检出量高至少20%的因数的多种所述基因，可限定对化疗药物有抗性的肿瘤样本所特有的基因表达模式。在具体方面，所述对照样本是得自对化疗有反应的患者的生物样本。优选地，一或多种所述基因的表达在步骤(a)中所检测的肿瘤样本中的水平比在步骤(b)中所检测的对照样本中的水平高。在优选的具体实施方案中，所 述动物是人，最优选人癌症患者。如本文所公开，本发明还提供了预测对所述化疗药物的抗性的基因表达模式，条件是所述基因表达模式被检出。在优选的具体实施方案中，通过用对本发明所鉴定的多种基因产物特异的核酸(基因)探针或抗体等的阵列测定生物样本来检测基因表达。有利地，一些本文鉴定的基因从未被认识到与卵巢癌或结肠癌有关，并可证明是其干涉这些疾病的新靶标。通过下面对某些优选的具体实施方案及权利要求书更具体的描述，本发明的具体优选的具体实施方案将会变得明显。本发明涉及下述各项。1. 一种降低肿瘤细胞对化疗药物的抗性的方法，所述方法包含使所述肿瘤细胞接触细胞基因的至少一种调节剂的步骤，其中所述细胞基因是S100A10，S100A11，需钙蛋白酶 2，SPARC, MetAP2, KLK6, ARA9,钙调理蛋白 2，RNPSI, eIF5, eIF2B ε，HSF2, WDRl，Fused toes, NM23D, ADARl,粒钙蛋白，NBRl, SAPK/Erkl,锌指蛋白-262MYM, HYA22, MRPL4, Vinexinβ，G-CSFR, IGFBP-7, FAST 激酶，TESK2, SRBI, KIAA0082, MPP10, HMT1, NAIP,eEFl ε , RAB22A, NC0R2或MTl ;其中所述细胞对所述化疗药物的抗性在所述调节剂存在时比所述调节剂缺无时弱。2.项I所述的方法，其中所述化疗药物是顺钼。3.项I所述的方法，其中所述调节剂是抑制剂并且所述基因是MetAP-2。4.项3所述的方法，其中所述抑制剂是siRNA。5.项4所述的方法，其中所述siRNA是SEQ ID NO:4,SEQ ID N0:5或SEQ ID N0:6。6.项3所述的方法，其中所述抑制剂是烟曲霉素或烟曲霉素的衍生物。7.项I所述的方法，其中所述肿瘤细胞是卵巢癌肿瘤细胞。8.项I所述的方法，其中所述调节剂是抑制剂并且所述基因是SPARC。9.项8所述的方法，其中所述抑制剂是siRNA。
10.项 9 所述的方法，其中所述 siRNA 是 SEQ ID NO:1、SEQ ID NO:2 或 SEQ IDN0:3。11.项I所述的方法，其中所述调节剂是抑制剂并且所述基因是需钙蛋白酶2。12.项11所述的方法，其中所述抑制剂是ALLN或ALLN的衍生物。13.项11所述的方法，其中所述抑制剂是siRNA。14.项 13 所述的方法，其中所述 siRNA 是 SEQ ID NO:7, SEQ ID N0:8 或 SEQ IDN0:9。 15.项I所述的方法，其中所述调节剂是抑制剂并且所述基因是S100A11。16.项15所述的方法，其中所述抑制剂是siRNA。17.项 16 所述的方法，其中所述 siRNA 是 SEQ ID NO: 10,SEQ ID N0:11 或 SEQ IDNO:12。18.项I所述的方法，其中所述调节剂是抑制剂并且所述基因是S100A10。19.项18所述的方法，其中所述抑制剂是siRNA。20.项 19 所述的方法，其中所述 siRNA 是 SEQ ID NO:59,SEQ ID N0:60 或 SEQ IDN0:61。21.项I所述的方法，其中所述调节剂是抑制剂并且所述基因是KLK6，ARA9，钙调理蛋白 2，RNPSl，eIF5，eIF2B ε，WDRl，Fused toes, NM23D,粒钙蛋白，SAPK/Erkl,锌指蛋白-262MYM, HYA22, Vinexin β，G-CSFR, IGFBP-7, SRBI,或 KIAA0082。22.项21所述的方法，其中所述抑制剂是siRNA。23.项 22 所述的方法，其中所述 siRNA 是 SEQ ID NO:64-108 或 134-144 之一。24. 一种抑制肿瘤细胞生长的方法，所述方法包含使所述肿瘤细胞接触一或多种化疗剂与细胞基因的至少一种抑制剂的组合的步骤，其中所述细胞基因是 SPARC,需钙蛋白酶 2，S100A10, S100All，MetAP2，KLK6，ARA9,钙调理蛋白2，RNPSI, eIF5, eIF2B ε，WDRl, Fused toes, NM23D,粒钙蛋白，SAPK/Erkl,锌指蛋白-262MYΜ, ΗΥΑ22, Vinexinβ，G-CSFR, IGFBP-7, SRBI,或 KIAA0082。25.项24所述的方法，其中所述化疗剂是基于钼的化疗剂。26.项24所述的方法，其中所述至少一种抑制剂是MetAP_2活性的抑制剂。27.项26所述的方法，其中所述至少一种抑制剂是烟曲霉素或烟曲霉素的衍生物。28.项24所述的方法，其中所述肿瘤细胞是卵巢癌细胞。29.项24所述的方法，其中所述抑制剂是siRNA。30.项29所述的方法，其中所述siRNA被鉴定为SEQ ID NO:1, SEQ ID NO: 2, SEQ IDNO:3，SEQ ID NO:4，SEQ ID NO:5，SEQ ID NO:6，SEQ ID NO:7，SEQ ID NO:8，SEQ ID NO:9，SEQID NO: 59，SEQ ID NO: 60，SEQ ID NO: 61，或SEQ ID NO:64-108 或SEQ ID NO: 134-144之一。31. 一种预测卵巢癌患者的肿瘤是否对化疗药物有抗性的方法，所述方法包含如下步骤(a)检测一或多种被表达的基因或由该被表达的基因编码的基因产物在取自所述患者的生物样本中的量，其中所述被表达的基因是S100A10，S100A11，需钙蛋白酶 2，SPARC, MetAP2, KLK6, ARA9,钙调理蛋白 2, RNPSl, eIF5, eIF2B ε , HSF2, WDRl, Fused toes, NM23D, ADARl,粒钙蛋白，NBRl, SAPK/Erkl,锌指蛋白-262MYM, HYA22, MRPL4，Vinexinβ，G-CSFR, IGFBP-7,FAST 激酶，TESK2, SRBI, KIAA0082, MPP10, HMTI, NAIP,eEFl ε，RAB22A, NC0R2 或 MTl ；(b)检测一种或对应的多种被表达的基因或由其编码的基因产物在对照样本中的量，其中所述被表达的基因是S100A10，S100A11，需钙蛋白酶2，SPARC, MetAP2, KLK6, ARA9,钙调理蛋白 2，RNPSl，eIF5，eIF2B ε，HSF2，WDRl，Fused toes, NM23D, ADARl,粒钙蛋白，NBRl, SAPK/Erkl,锌指蛋白-262MYM, HYA22, MRPL4, Vinexin β，G-CSFR, IGFBP-7, FAST激酶，TESK2, SRBI, KIAA0082, MPP10, HMT1, NAIP, eEFl ε，RAB22A, NC0R2 或 MTl ；(c)比较所述被表达的基因或基因产物在步骤(a)中的检出量和所述被表达的基因或基因产物在步骤(b)中的检出量，其中当步骤(a)中的检出量与步骤(b)中的检出量相差至少20%的因数时，预测 所述患者对所述化疗药物有抗性。32.项31所述的方法，其中所述化疗是基于钼的化疗。33.项31所述的方法，其中所述被表达的基因是MetAP2或SPARC。34. 一种监测患者中卵巢癌的疾病进展的方法，所述方法包含如下步骤(a)检测一或多种被表达的基因或由该被表达的基因编码的基因产物在取自所述患者的生物样本中的量，其中所述被表达的基因是S100A10，S100A11，需钙蛋白酶 2，SPARC, MetAP2, KLK6, ARA9,钙调理蛋白 2, RNPSl, eIF5, eIF2B ε , HSF2, WDRl, Fused toes, NM23D, ADARl,粒钙蛋白，NBRl, SAPK/Erkl,锌指蛋白-262MYM, HYA22, MRPL4，Vinexinβ，G-CSFR, IGFBP-7,FAST 激酶，TESK2, SRBI, KIAA0082, MPP10, HMTI, NAIP,eEFl ε，RAB22A, NC0R2,或 MTl ；(b)用随后收集自所述患者的生物样本重复步骤(a);和(c)比较所述被表达的基因或基因产物在步骤(a)中的检出量和所述被表达的基因或基因产物在步骤(b)中的检出量，其中如果所述步骤(b)中的检出量i)不低于步骤(a)中 S100A10, S100A11，需钙蛋白酶 2，SPARC, MetAP2, KLK6, ARA9,钙调理蛋白 2，RNPSl，Eif5，Eif2B ε，HSF2，WDRl，Fused toes, NM23D, ADARl,粒钙蛋白，NBRl, SAPK/Erkl,锌指蛋白-262MYM, HYA22, MRPL4, Vinexin β，G-CSFR, IGFBP-7, FAST激酶，TESK2, SRBl或KIAA0082的检出量；并且ii)不超过步骤(a)中 MPP10, HMT1, NAIP, Eefl ε，RAB22A, NC0R2,或 MTl 的检出量，则认为所述癌症有进展。35.项34所述的方法，其中所述被表达的基因是Eif5或SPARC。36. 一种鉴定降低化学抗性肿瘤细胞的药物抗性的化合物的方法，所述方法包含如下步骤(a)使细胞接触被试化合物及使细胞对其产生抗性的浓度的化疗药物，所述细胞表达在化学抗性卵巢癌细胞中过表达的基因，其中所述基因是S100A10，S100A11，需钙蛋白酶 2，SPARC, MetAP2, KLK6, ARA9,钙调理蛋白 2，RNPSI, Eif5, Eif2B ε，HSF2, WDRl, Fusedtoes, NM23D, ADARl,粒钙蛋白，NBRl, SAPK/Erkl,锌指蛋白-262MYM, HYA22, MRPL4, Vinexinβ，G-CSFR, IGFBP-7, FAST 激酶，TESK2, SRBI,或 KIAA0082 ；
(b)检测所述基因在所述被试化合物存在和缺无时的表达；和(C)比较所述基因在所述被试化合物存在和缺无时的表达，其中如果所述基因在所述被试化合物存在时的表达相对于所述基因在所述被试化合物缺无时的表达降低，且肿瘤细胞生长在所述化合物存在时下降，则该化合物被鉴定为抑制化学抗性肿瘤细胞生长的化合物。37. 一种鉴定降低化学抗性肿瘤细胞的药物抗性的化合物的方法，所述方法包含如下步骤(a)使细胞接触被试化合物及使细胞对其产生抗性的浓度的化疗药物，所述细胞表达在化学抗性卵巢癌细胞中以低于正常的水平表达的基因，其中所述基因是HMT1，NAIP, Eefl ε，RAB22A, NC0R2, MTl 或 MPPlO ；(b)检测所述基因在所述被试化合物存在和缺无时的表达；和(C)比较所述基因在所述被试化合物存在和缺无时的表达，其中当所述基因在所述被试化合物存在时的表达相对于所述基因在所述被试化合物缺无时的表达升高，且肿瘤细胞生长在所述化合物存在时下降，该化合物被鉴定为抑制化学抗性肿瘤细胞生长的化合物。38. 一种监测药物组合物作为治疗患者中癌症的药剂的有效性的方法，所述方法包含如下步骤(a)检测一或多种被表达的基因或由其编码的基因产物在取自患者的生物样本中的量，其中所述被表达的基因是S100A10，S100A11,需钙蛋白酶2, SPARC, MetAP2, KLK6, ARA9,钙调理蛋白 2，RNPSl, Eif5, Eif2B ε，HSF2, WDRl, Fused toes, NM23D, ADARl,粒钙蛋白，NBRl, SAPK/Erkl,锌指蛋白-262MYM, HYA22, MRPL4, Vinexinβ，G-CSFR, IGFBP-7, FAST 激酶，TESK2, SRBI, KIAA0082,或 MPP10, HMT1, NAIP,Eefl ε , RAB22A, NC0R2,MT1 ；(b)给予所述患者一定量的所述药物组合物；(c)用随后收集自所述患者的生物样本重复步骤(a);和(d)比较所述被表达基因或基因产物在步骤(a)中的检出量和所述被表达基因或基因产物在步骤(C)中的检出量，其中所述药物组合物的有效性通过检测所述被表达基因或基因产物在随后收集的生物样本中的量相对于在步骤(a)中所述生物样本中的量的变化来进行监测，且肿瘤细胞生长在所述组合物存在时下降。39. 一种检测结肠癌的方法，所述方法包含如下步骤(a)从患者获得生物样本；(b)检测一或多种被表达的基因或由其编码的基因产物在所述生物样本中的量，其中所述被表达的基因是S100A10，S100A11，需钙蛋白酶2，SPARC，或MetAP2 ;(c)检测在对照样本中检出的所述一或多种被表达的基因或基因产物的量；(d)比较所述一或多种被表达的基因或基因产物在步骤(b)中的检出量和其在步骤(C)中的检出量；其中如果所述一或多种基因在步骤(b)中的检出量与所述一或多种基因在步骤(C)中的检出量不同，则认为检出结肠癌。40.项 39 所述的方法，其中如果 S100A10，S100A11, SPARC,或 MetAP2 在步骤(b)中的检出量相对于其在步骤(C)中的检出量增加，则认为检出结肠癌。41.项39所述的方法，其中如果需钙蛋白酶2在步骤(b)中的检出量相比在步骤(C)中的检出量降低，则认为检出结肠癌。42.项I所述的方法，其中所述调节剂是siRNA或shRNA。43.项42所述的方法，其中所述调节剂是19，20或21个核苷酸长的siRNA。44.项42所述的方法，其中所述调节剂是形成发夹环且臂是19，20或21个核苷酸长的shRNA。
附图简述

图1是显示Northern印迹分析结果的放射自显影照片及该Northern印迹结果的图示，显示S100A10在对化疗药物抗性增加的卵巢癌细胞系中以升高的水平表达。图2是显示Northern印迹分析结果的放射自显影照片及该Northern印迹结果的图示，显示S100A11在对化疗药物抗性增加的卵巢癌细胞系中以升高的水平表达。图3是显示Northern印迹分析结果的放射自显影照片及该Northern印迹结果的图示，显示S100A10和S100A11的mRNA在对化疗抗性较强的患者肿瘤样本中水平相对在来自反应性较强的患者的样本中的水平升高。图4是定量实时PCR结果的图示，其显示SPARC在化学抗性细胞系中以升高的水平表达。图5是显示Northern印迹分析结果的放射自显影照片，其显示SPARCmRNA在取自癌症已经复发的患者的样品中升高。图6是显示Northern印迹分析结果的放射自显影照片及该Northern印迹结果的图示，显示需钙蛋白酶2mRNA的水平在化学抗性卵巢癌细胞系中升高。图7是Northern印迹结果的图示，显示粒钙蛋白mRNA在化学抗性细胞系中的水平相对于在对顺钼处理敏感的细胞系中的水平升高。图8是显示Northern印迹分析结果的放射自显影照片及该Northern印迹结果的图示，显示MetAP2蛋白质的表达在高度化学抗性的细胞系OVCA 429中升高，并在对顺钼处理敏感的Hey细胞系中下调。图9是显示Northern印迹分析结果的放射自显影照片及该Northern印迹结果的图示，显示在组织样本中的MetAP2蛋白质的表达，所述组织样本得自三个对基于顺钼的化疗抗性水平不同的患者。相比具有中等(CAP2)和低(CAPl)化疗抗性水平的患者，在患抗性最强的肿瘤(CAP3)的患者样本中MetAP2升高得最多。图10是显示Northern印迹分析结果的放射自显影照片及该Northern印迹结果的图示，显示可检出eIF5的两种转录物，并且这两者的表达水平在对顺钼抗性水平最高的卵巢癌细胞系中是升高的。图11是显示Northern印迹分析结果的放射自显影照片及该Northern印迹结果的图示，显示在肿瘤复发前(CAP2)和肿瘤复发后(CAP2+)的化学抗性患者肿瘤样本中的eIF5表达。图12是显示Northern印迹分析结果的放射自显影照片及该Northern印迹结果的图示，显示eIF2B ε的mRNA在化学抗性细胞系中升高。图13是显示Northern印迹分析结果的放射自显影照片及该Northern印迹结果的图示，显示eEFl ε mRNA在对顺钼抗性最强的卵巢癌细胞系中下调。图14显示了 Northern印迹结果的图示,显示相对于敏感细胞系，SAPK/ErkImRNA水平在对顺钼有抗性的细胞系中升高。图15显示了 Northern印迹结果的图示，显示TESK2mRNA在对顺钼有抗性的细胞·系中升高。图16显示了 Northern印迹结果的图示，显示FAST激酶mRNA在对顺钼有抗性的细胞系中升高。图17是显示Northern印迹分析结果的放射自显影照片及该Northern印迹结果的图示，显示KLK6的表达水平在被试的对顺钼有抗性的细胞系中升高。图18是显示Northern印迹分析结果的放射自显影照片及该Northern印迹结果的图示，显示HMTl的表达水平在对顺钼有抗性的细胞中下调。图19是显示Northern印迹分析结果的放射自显影照片及该Northern印迹结果的图示，显示ARA9的mRNA在对顺钼有抗性的细胞系中升高。图20是显示Northern印迹分析结果的放射自显影照片及该Northern印迹结果的图示，显示钙调理蛋白2的表达在化学抗性细胞系中与在化学敏感的卵巢癌细胞系中相比升高。图21是显示Northern印迹分析结果的放射自显影照片及该Northern印迹结果的图示，显示神经元细胞凋亡抑制型蛋白(neuronal apoptosis inhibitory protein)的基因表达在对顺钼抗性最强的细胞系中降低。图22是显示Northern印迹分析结果的放射自显影照片及该Northern印迹结果的图示，显示RNPSl水平在对顺钼有抗性的细胞系中升高。图23是显示Northern印迹分析结果的放射自显影照片及该Northern印迹结果的图示，显示HSF2的mRNA水平在化学抗性细胞系中升高。图24是显示Northern印迹分析结果的放射自显影照片及该Northern印迹结果的图示，显示WDRl的mRNA在化学抗性细胞系中的水平与在化学敏感细胞系中的水平相比升高。图25是显示Northern印迹分析结果的放射自显影照片及该Northern印迹结果的图示，显示FtlmRNA的水平在对顺钼有抗性的细胞系中升高。图26是显示Northern印迹分析结果的放射自显影照片及该Northern印迹结果的图示，显示NME4mRNA在化学抗性细胞系中升高。图27显示了 Northern印迹结果的图示，显示ADARlmRNA在对顺钼有抗性的细胞
系中升高。图28显示了 Northern印迹结果的图示,显示NBRlmRNA在化学抗性最强的细胞系OVCA 429中的水平与在其他被试细胞系中的水平相比升高。图29显示了 Northern印迹结果的图示，显示锌指蛋白262的mRNA在顺钼抗性最强的细胞系中相比其他被试细胞系升高。图30显示了 Northern印迹结果的图示,显示MRPL4mRNA在化学抗性细胞系中升闻。图31显示了 Northern印迹结果的图示,显示HYA22mRNA在化学抗性细胞系中相比化学敏感的细胞系升高。图32显示了 Northern印迹结果的图示,显示vinexin β的mRNA在化学抗性细胞
系中升高。图33显示了 Northern印迹结果的图示，显示G-CSFR的mRNA在化学抗性细胞系
中升高。图34显示了 Northern印迹结果的图示，显示SRBlmRNA在化学抗性细胞系中升闻。图35显示了 Northern印迹结果的图示，显示IGFBP_7mRNA在化学抗性细胞系中 升高。图36显示了 Northern印迹结果的图示,显示RAB22A mRNA在化学抗性细胞系中降低并在反应性更强的细胞系中升高。图37显示了 Northern印迹结果的图示，显示KIAA0082mRNA的表达在化学抗性细胞系中升闻。图38显示了 Northern印迹结果的图示，显示NC0R2的mRNA在对顺钼有抗性的细胞系中的水平与敏感的细胞系中的水平相比降低。图39显示了基于MTT分析结果，根据五个卵巢癌细胞系对顺钼的敏感性水平对其进行的等级划分。图40 (上图)图示了浓度升高的烟曲霉素对暴露于该药物4小时后的OVCA 429细胞存活的影响。下示在0.1 μ g/ml烟曲霉素存在时顺钼的作用增强，但当在10 μ g/ml烟曲霉素存在时用顺钼处理所述细胞4小时不导致顺钼作用的增强。图41 (上图)图示了浓度升高的烟曲霉素对暴露于该药物8小时后的OVCA 429细胞存活的影响。图41 (下图)图示在0.1 μ g/ml烟曲霉素存在时顺钼的作用增强，但存在10 μ g/ml烟曲霉素时用顺钼处理所述细胞8小时不导致顺钼作用的增强。图42 (上图)图示了浓度升高的烟曲霉素对暴露于该药物24小时后的OVCA 429细胞存活的作用。图42 (下图)图示在0.1 μ g/ml烟曲霉素存在时顺钼的细胞毒性作用增强，但当存在10 μ g/ml烟曲霉素时用顺钼处理细胞24小时不导致顺钼作用的增强。图 43 是三种 siRNA(#1，SEQ ID NO:4; #2，SEQ ID NO: 5;和 #3，SEQ ID NO:6)的示意图，所述三种siRNA被设计为靶向MetAP-2信使RNA的不同区域。图44显示了通过定量实时PCR测定的siRNA#l对于MetAP-2在0VCA429中的表达水平的影响。图45图示在siRNA#l存在时将OVCA 429暴露于顺钼后，通过MTT分析测定对细
胞存活定量。图46是进行MTT分析后含OVCA 429细胞的96孔板的照片(定量显示在图45)，该照片显示顺钼对用MetAP-2siRNA#l转染的这些细胞的作用。图 47 是三种 siRNA (#1，SEQ ID NO:1; #2，SEQ ID N0:2jP#3，SEQ ID NO: 3)的示意图，所述三种siRNA被设计为靶向SPARC信使的不同区域。图48图示在用图47所示的siRNAs转染的OVCA 429细胞中的SPARC表达的定量实时PCR分析结果。图49是进行MTT分析后含OVCA 429细胞的96孔板的照片，来确定顺钼在SPARCsiRNA#2存在时对OVCA 429细胞的作用。图50图示siRNA-介导的SPARC基因表达降低对OVCA 429细胞的顺钼敏感性的影响。图51显示了 Northern印迹结果的图示,显示MTlmRNA在对顺钼最敏感的细胞系(Hey)中显著升高。图52显示了 Northern印迹结果的图示,显示MPPlOmRNA随着对顺钼的敏感性的 提闻而增加。图53图示siRNA-介导的需钙蛋白酶2基因表达降低在0VCA429细胞中的影响。图54图示需钙蛋白酶2siRNA#3对OVCA 429细胞的顺钼敏感性的影响。图55图示需钙蛋白酶2抑制剂ALLN对OVCA 429细胞的顺钼敏感性的影响。图56图示siRNA-介导的SA100A10基因表达降低对OVCA 429细胞的顺钼敏感性的影响。图57图示siRNAs对OVCA 429细胞中的S100A11基因mRNA表达水平的影响。图58图示在正常和结肠癌细胞cDNA中的MetAp_2mRNA表达水平。图59图示在正常和结肠癌细胞cDNA中的SPARC mRNA表达水平。图60图示在正常和结肠癌细胞cDNA中的SlOOAllmRNA表达水平。图61图示在正常和结肠癌细胞cDNA中的SlOOAlOmRNA表达水平。图62图示在正常和结肠癌细胞cDNA中的需钙蛋白酶_2mRNA表达水平。图63显示肿瘤体积为两只裸鼠体重的函数，这两只裸鼠注射了 0VCAR-3细胞(15百万/每次注射，得自美国典型培养物保藏中心(American Type CultureCollection), Manassas, VA,保藏号HTB-161),并在35天后用顺钼以4 μ g/kg体重、通过IP注射、每周三次、持续处理2周，之后的I周不处理或用单独的生理盐水溶液作为对照来处理。图64是显示针对需钙蛋白酶2或S100A11的siRNAs在0VCAR-3细胞中的稳定表达的图。在对照道(lane),在无处理或含有无关GFP siRNA的细胞(cells withouttreatment or the irrelevant GFPsiRNA)中测定两种mRNA的表达。需I丐蛋白酶2和S100A11的mRNA表达在相关的siRNA道中明显降低。

发明内容
本发明提供了抑制、推迟或预防肿瘤细胞生长的方法，所述方法包含在化疗药物以所述细胞产生抗性的浓度存在时使所述肿瘤细胞接触一或多种细胞基因的表达或活性的至少一种调节剂的步骤，其中所述细胞基因是表I所示的基因，并且其中使所述肿瘤细胞接触所述基因表达的调节剂会降低、抑制、推迟或预防所述肿瘤细胞的药物抗性。所述肿瘤细胞可以是例如，卵巢癌。在一个具体实施方案中，可以在体内接触所述肿瘤细胞(例如未从患者取出的细胞)。本文所用术语“生物样本”包括但不限于得自动物、优选哺乳动物、最优选人的组织或体液。例如，生物样本可以是活体解剖材料、骨髓样本、血、血浆、血清或或其细胞级分，尿、唾液、泪液或来自生物来源的细胞。在一个具体实施方案中，所述哺乳动物是疑似患有或以前诊断出患有或需要筛查癌症、具体为卵巢癌或结肠癌的人。在某些具体实施方案中，生物样本是组织样本。本文所用术语“卵巢癌”据理解通常指上皮卵巢癌，其包括所有诊断为来自卵巢组织的人癌症的几乎80%的一些癌症。其余的癌症，包括源自种系(germline)的卵巢癌和透明细胞(clear cell)卵巢癌，是罕见并通常被误诊的。鉴于在这些少数肿瘤类型中也发现本文公开的基因表达的改变，本发 明的方法和组合物可以适用于所述疾病。本文所用的基因表达或基因产物活性的“调节剂”可以是任何会造成基因表达或基因产物活性升高或降低的化学化合物、核酸分子、肽或多肽。在某些具体实施方案中，本发明的调节剂是造成一或多种细胞基因的表达或活性升高的化合物，所述一或多种细胞基因的表达或活性在对化疗剂有抗性的肿瘤细胞中是降低的；这些调节剂在本文被称为“活化剂”。在其他具体实施方案中，调节剂是一或多种细胞基因、具体为其表达在对化疗剂有抗性的肿瘤细胞中升高的基因的表达或活性的抑制剂；这些调节剂在本文被称为“抑制剂”。本文所用的“抑制剂”可以是任何能降低基因产物活性或直接干扰基因表达的化学化合物、核酸分子、肽或多肽，如抗基因产物的抗体。例如本发明的抑制剂能直接或间接地抑制基因编码的蛋白质的活性。直接抑制可通过，诸如结合蛋白质从而预防该蛋白质结合意向的靶标，如受体进行来实现。间接抑制可通过，诸如结合蛋白质的意向靶标，如受体或结合配偶体，从而阻断或降低所述蛋白质的活性来实现。并且，本发明的抑制剂可通过降低或抑制所述基因的表达等来抑制基因，这可通过干扰基因表达(转录、加工、翻译、翻译后修饰)，例如通过干扰所述基因的mRNA并阻断所述基因产物的翻译或通过基因产物的翻译后修饰，或通过造成细胞内定位的改变来进行。本文所用的“活化剂”可以是任何能提高基因产物活性(例如通过稳定化所述基因产物，预防其蛋白水解降解或增强其酶活性或结合活性或直接活化基因表达)的化学化合物、核酸分子、肽或多肽。本发明的活化剂可直接或间接地增强基因编码的蛋白质的活性。直接活化可通过，诸如结合蛋白质从而增强该蛋白质与意向靶标，如受体的结合来实现。间接活化可通过，诸如结合蛋白质的意向靶标，如受体或结合配偶体，并增强活性，例如通过提高所述靶标的有效浓度来实现。并且，本发明的活化剂可通过，提高所述基因的表达来活化基因，这可通过例如提高基因表达(转录、加工、翻译、翻译后修饰)，例如通过稳定化所述基因的mRNA或阻断所述mRNA转录物的降解，或通过基因产物的翻译后修饰，或通过造成细胞内定位的改变来进行。如本文所述，在化学抗性卵巢肿瘤细胞中的数种基因的表达显著不同于其在化学敏感卵巢肿瘤细胞中的表达。表I提供了用下面实施例中所述的方法鉴定的所述基因的列表。该表也汇总了在对广泛使用的化疗剂顺钼敏感或有抗性的细胞中的这些基因的表达模式。表I
权利要求
1.至少一种SiRNA分子作为在卵巢癌细胞中表达的细胞基因的抑制剂在制备用于通过与卵巢癌肿瘤细胞接触而降低肿瘤细胞对顺钼的抗性的药剂中的用途，其中所述受到抑制的细胞基因是需钙蛋白酶2、SPARC、或KLK6，其中所述卵巢癌肿瘤细胞对顺钼的抗性在所述抑制剂存在时比所述抑制剂缺无时弱。
2.权利要求1所述的抑制剂的用途，其中所述受到抑制的基因是SPARC。
3.权利要求2所述的抑制剂的用途，其中所述siRNA是SEQID N0:2。
4.权利要求1所述的抑制剂的用途，其中所述受到抑制的基因是需钙蛋白酶2。
5.权利要求4所述的抑制剂的用途，其中所述siRNA是SEQID N0:9。
6.权利要求1所述的抑制剂的用途，其中所述受到抑制的基因是KLK6。
7.权利要求6所述的抑制剂的用途，其中所述siRNA是SEQID NO: 142。
8.至少一种siRNA分子作为在卵巢癌细胞中表达的细胞基因的抑制剂和顺钼的组合，作为用于治疗卵巢癌的药物，其中所述受到抑制的细胞基因是需钙蛋白酶2、SPARC、或 KLK6。
9.权利要求8所述的组合，其中所述至少一种抑制剂是SPARC活性的抑制剂。
10.权利要求9所述的组合，其中所述siRNA被鉴定为SEQID N0:2。
11.权利要求8所述的组合，其中所述至少一种抑制剂是是需钙蛋白酶2活性的抑制剂。
12.权利要求11所述的组合，其中所述siRNA被鉴定为SEQID N0:9。
13.权利要求8所述的组合，其中所述至少一种抑制剂是KLK6活性的抑制剂。
14.权利要求13所述的组合，其中所述siRNA被鉴定为SEQID NO: 1420
15.—种鉴定降低对基于钼的化疗药物有抗性的卵巢癌肿瘤细胞的药物抗性的化合物的方法，所述方法包含如下步骤(a)使卵巢癌肿瘤细胞接触被试化合物及使细胞对其有抗性的浓度的基于钼的化疗药物，所述细胞表达在对基于钼的化疗药物有抗性的卵巢癌细胞中过表达的基因，其中所述基因是需钙蛋白酶2、SPARC、或KLK6 ；(b)检测所述基因在所述被试化合物存在和缺无时的表达；并(c)比较所述基因在所述被试化合物存在和缺无时的表达，其中如果所述基因在所述被试化合物存在时的表达相对于所述基因在所述被试化合物缺无时的表达降低，且卵巢癌肿瘤细胞生长在所述化合物存在时下降，则该化合物被鉴定为抑制对基于钼的化疗药物有抗性的卵巢癌肿瘤细胞生长的化合物。
全文摘要
本申请涉及预测并克服对卵巢癌化疗的抗性的方法及预测结肠癌发生的方法。本发明提供了预测卵巢癌患者的肿瘤是否对化疗有抗性的方法。本发明也提供了检测治疗、具体为化疗在治疗卵巢癌的患者中的有效性的方法。本发明还提供了通过降低所述细胞中化疗药物抗性来治疗卵巢癌的方法。另外，本发明提供了筛选化合物的方法来鉴定对传统化疗方案有抗性的肿瘤细胞的肿瘤细胞生长抑制剂。
文档编号C12N15/113GK102989009SQ20121047207
公开日2013年3月27日 申请日期2004年12月30日 优先权日2003年12月31日
发明者萨默.阿尔-穆拉尼 申请人:宾夕法尼亚州研究基金会