信号转导及转录激活蛋白3(stat3)表达的调节的制作方法

信号转导及转录激活蛋白3(stat3)表达的调节的制作方法
【专利摘要】本文公开的是用于降低STAT3mRNA和蛋白质表达的反义化合物和方法。此类方法、化合物和组合物用于治疗、预防或改善过度增殖性疾病。
【专利说明】信号转导及转录激活蛋白3(STAT3)表达的调节
[0001]序列表
[0002]本申请与电子格式的序列表一起被递交。提供的序列表是2012年3月29日创建的标题为B10L0142W0SEQ.txt，大小为672Kb的文件。电子格式的序列表中的信息通过引用整体并入本文。
[0003]领域
[0004]在某些实施方案中，提供的是用于抑制动物中STAT3mRNA和蛋白质的表达的方法、化合物和组合物。此类方法、化合物和组合物可用于治疗、预防或改善过度增殖性疾病。
[0005]背景
[0006]蛋白质STAT(信号转导及转录激活蛋白)家族是在信号转导和转录激活中起双重作用的DNA结合蛋白质。目前，存在6种不同的STAT家族成员(STAT1、STAT2、STAT3、STAT4、STAT5 和 STAT6)和几种同工型(STAT1 a、STATl β、STAT3 α 和 STAT3 β )。STAT 的活性受到多种细胞因子和促有丝分裂刺激物的调节。细胞因子与其受体的结合导致与这些受体相关的Janus蛋白质酪氨酸激酶(JAK)的活化。这磷酸化STAT，导致其转位进入细胞核和STAT应答基因的转录激活。STAT上特定酪氨酸残基的磷酸化导致它们的活化，从而形成与特定基因启动子序列结合的STAT同二聚体和/或异二聚体。由细胞因子通过STAT激活介导的事件包括细胞增殖和分化以及防止细胞凋亡。
[0007]STAT激活的特异性归因于特异细胞因子，即每种STAT对少量特异细胞因子起反应。还发现，其它非细胞因子信号分子如生长因子也可以活化STAT。这些因子与蛋白质酪氨酸激酶相关的细胞表面受体`的结合导致STAT的磷酸化作用。
[0008]特别地，已经发现STAT3(也就是急性期反应因子(APRF))对白介素-6(IL_6)和表皮生长因子(EGF)产生反应(Darnell, Jr., J.E.,等人，Science, 1994，264，1415-1421)。此外，还已经发现STAT3在干扰素介导的信号转导中具有重要作用(Yang，C.-H.，等A , Proc.Natl.Acad.Sc1.USA, 1998，95，5568-5572)。存在的证据表明 STAT3 可以受到MAPK途径的调节。ERK2诱导丝氨酸磷酸化作用并且还与STAT3相关联(Jain、N.，等人,Oncogene, 1998, 17, 3157-3167)。
[0009]STAT3 在大多数细胞类型中表达(Zhong, Z.,等人，Proc.Natl.Acad.Sc1.USA, 1994,91,4806-4810)。其诱导参与对组织损伤和炎症作出反应的基因的表达。还证实STAT3 通过 bcl-2 的表达阻止细胞凋亡(Fukada, T.,等人,Immunity, 1996, 5, 449-460)。
[0010]最近，在转化细胞的线粒体中检测出STAT3，显示其促进与癌细胞类似的糖分解的和氧化的磷酸化活性(Gough, D.J.，等人，Science, 2009，324，1713-1716)。线粒体中 STAT3的抑制损害由激活的Ras介导的恶性转化。该数据证实线粒体中STAT3的Ras介导的转化功能(除其在细胞核中的作用之外)。
[0011]STAT3的异常表达或组成型表达与多种疾病过程有关。
[0012]概述
[0013]本文提供的是用于调节STAT3mRNA和蛋白质的表达的方法、化合物和组合物。在某些实施方案中，可用于调节STAT3mRNA和蛋白质的表达的化合物是反义化合物。在某些实施方案中，反义化合物是反义寡核苷酸。
[0014]在某些实施方案中，调节可在细胞或组织中发生。在某些实施方案中，细胞或组织是动物中的。在某些实施方案中，所述动物是人。在某些实施方案中，STAT3mRNA水平被降低。在某些实施方案中，STAT3蛋白水平被降低。此类降低可以以时间依赖性方式或剂量依赖性方式发生。
[0015]还提供的是可用于预防、治疗和改善疾病、病症和病况的方法、化合物和组合物。在某些实施方案中，此类疾病、病症和病况是过度增殖性疾病、病症和病况。在某些实施方案中，此类过度增殖性疾病、病症和病况包括癌症以及相关的恶性肿瘤和转移。在某些实施方案中，此类癌症包括肺癌，包括非小细胞肺癌(NSCLC)、胰腺癌、结直肠癌、多发性骨髓瘤、肝细胞癌(HCC)、成胶质细胞瘤、卵巢癌、骨肉癌、头颈癌、乳腺癌、鳞状细胞癌、肠道腺瘤、前列腺癌和胃癌。
[0016]此类疾病、病症和病况可具有共同的一种或多种危险因素、原因或结果。形成过度增殖性疾病的某些危险因素和原因包括老龄化；烟草使用；暴露于阳光和电离辐射；与某些化学品接触；被某些病毒和细菌感染；某些激素治疗；癌症家族史；饮酒；和某些生活方式选择(包括不良饮食、缺乏身体活动、和/或体重超重)。与形成过度增殖性疾病相关的某些症状和结果包括乳房或身体任何其它部分的增厚或肿块；新痣或现有痣的变化；不能治愈的溃疡；持续不消失的声音撕哑或咳嗽；肠或膀胱习性的变化；进食后的不适；吞咽困难；无法解释的体重增加或减轻；不正常的出血或排泄；疲劳；一种或多种肿瘤在体内的转移；心血管并发症,包括心搏停止和中风；以及死亡。
[0017]在某些实施方案中，治疗方法包括给需要其的个体施用STAT3反义化合物。在某些实施方案中，治疗方法包括给需要其的个体施用STAT3反义寡核苷酸。
[0018]详述
[0019]应理解，前面的一般说明和后面的详细说明都仅仅是示例性的和说明性的，且不限制所要求保护的发明。在本文，除非另有特别指`明，否则单数的使用包括复数。如本文所用，除非另有指明，否则使用“或”是指“和/或”。而且，使用术语“包括”以及其它形式如“包括”和“被包括”不是限制性的。此外，除非另有特别指明，否则术语如“元素”或“组分”涵盖包含一个单元的元素和组分，也涵盖包含一个以上子单元的元素和组分。
[0020]本文所用的分段标题仅用于组织的目的，不应被解释为限制所描述的主题。本申请中引用的所有文件或文件部分，包括但不限于专利、专利申请、文章、书籍和论文，据此通过引用对于本文论述的文件的部分以及以其整体明确并入。
[0021]定义
[0022]除非提供特别定义，否则本文描述的术语结合分析化学、合成有机化学和医药化学的方法和技术是那些本领域所熟知和通用的。在化学合成和化学分析中可使用标准技术。在允许的情况下，所有专利、申请、已公布的申请和其他出版物、从如国家生物技术信息中心(NCBI)等数据库中获得的GENBANK登录号和相关序列信息以及在本公开中提及的其他数据，其在此被讨论的部分被作为参考，并且这些部分的全部内容被并入本申请。据此通过引用对于本文论述的文件的部分以及以其整体明确并入。
[0023]除非另有说明，否则下列术语具有下列含义:
[0024]“2’ -脱氧核苷”意指包含2’ -H呋喃糖基糖部分的核苷，如在脱氧核糖核苷(DNA)中天然存在地发现。在某些实施方案中，2’ -脱氧核苷可包含修饰的核碱基或可包含RNA核碱基(例如，尿嘧啶)。
[0025]“2’-O-甲氧基乙基”(也称为2’-MOE和2’-O (CH2)2-OCH3)是指呋喃糖基(furosyl)环的2’位的O-甲氧基-乙基修饰。2’ -O-甲氧基乙基修饰的糖是修饰的糖。
[0026]“2’ -MOE核苷”(也称为2’ -O-甲氧基乙基核苷)意指包含2’ -MOE修饰的糖部分的核苷。
[0027]“2’ -取代的核苷”意指核苷包含在2’ -位的不是H或OH的取代基。除非另外指明，2’ -取代的核苷不是双环核苷。
[0028]“5’ -甲基胞嘧啶”意指用连接于5’位的甲基修饰的胞嘧啶。5-甲基胞嘧啶是修饰的核碱基。
[0029]“约”意指在值的土 10%内。例如，若陈述“化合物影响STAT3的至少约70%抑制”，则暗指STAT3水平在63%至77%的范围内被抑制。
[0030]“活性药物试剂”意指当向个体时施用提供疗效的药物组合物中的一种或多种物质。例如，在某些实施方案中，靶向于STAT3的反义寡核苷酸是活性药物试剂。
[0031]“活性靶区”或“靶区”意指一种或多种活性反义化合物靶向的区域。“活性反义化合物”意指降低靶核酸水平或蛋白质水平的反义化合物。
[0032]“伴随施用”是指两种试剂以它们的药理学效果在患者体内都显现的任何方式同时施用。伴随施用不需要在单一药物组合物中、相同剂型中或以相同施用途径施用两种试剂。两种试剂的效果不需要同时显现它们自己。效果只需要在一段时间重叠，且不需要同久远。`
[0033]“施用”意指将药物试剂提供给个体，并且包括但不限于医疗专业人员施用和自我施用。
[0034]“改善”是指相关疾病、病症或病况的至少一种指标、迹象或症状的减轻。指标的严重程度可以通过本领域普通技术人员已知的主观或客观的测量来确定。
[0035]“动物”是指人或非人动物(包括但不限于小鼠、大鼠、兔、狗、猫、猪)和非人灵长类(包括但不限于猴和黑猩猩)。
[0036]“抗体”是指以通过某种方式与抗原特异性反应为特征的分子，其中抗体和抗原各自根据对方来定义。抗体可能是指完整的抗体分子或其中任何片段或区域，如重链、轻链、Fab区以及Fe区。
[0037]“反义活性”意指可归因于反义化合物与其靶核酸相杂交的任何可检测或可测量的活性。在某些实施方案中，反义活性是靶核酸或此类靶核酸编码的蛋白的量或表达的降低。
[0038]“反义化合物”意指能够通过氢键合进行与靶核酸相杂交的寡聚化合物。反义化合物的实例包括单链和双链化合物，如反义寡核苷酸、siRNA, shRNA, snoRNA、miRNA和卫星重复。
[0039]“反义抑制”意指与不存在反义化合物时靶核酸水平或靶蛋白水平相比，在与靶核酸互补的反义化合物存在时，靶核酸水平或靶蛋白水平降低。
[0040]“反义寡核苷酸”意指具有允许与靶核酸的相应区域或区段杂交的核碱基序列的单链寡核苷酸。[0041]“双环糖”意指通过两个原子的桥接而修饰的呋喃糖基环。双环糖是修饰的糖。
[0042]“双环核苷”(也称为BNA)意指具有糖部分的核苷，所述糖部分包含连接糖环的两个碳原子的桥，由此形成双环环系统。在某些实施方案中，该桥连接糖环的4’-碳和2’-碳。
[0043]“帽结构”或“末端帽部分”意指已在反义化合物任一端并入的化学修饰。
[0044]“cEt”或“受约束的乙基”意指具有糖部分的双环核苷，所述糖部分包含连接4’ -碳和2’ -碳的桥，其中该桥具有式:4’ -CH(CH3)-0-2’。
[0045]“受约束的乙基核苷”(也称为cEt核苷)意指包含含有4’ -CH(CH3)_0_2’桥的双环糖部分的核苷。
[0046]“化学不同的区域”是指在某些方面在化学上不同于相同反义化合物的其它区域的反义化合物中的区域。例如，具有2’ -O-甲氧基乙基核苷酸的区域在化学上不同于含有无2’ -O-甲氧乙基修饰的核苷酸的区域。
[0047]“嵌合反义化合物”意指具有至少两个化学不同的区域的反义化合物。
[0048]“共施用”意指向个体施用两种或更多种药物试剂。两种或更多种药物试剂可以在单一药物组合物中，或也可能在分开的药物组合物中。两种或更多种药物试剂中的每一种可通过相同或不同的施用途径施用。共施用涵盖平行或相继施用。
[0049]“互补性”意指第一核酸与第二核酸的核碱基之间的配对能力。
[0050]“连续核碱基”意指彼此直接相邻的核碱基。
[0051]“稀释剂”意指缺乏药理学活性，但药学必需或需要的组合物中的成分。例如，在注射的组合物中的稀释剂可以是液体，例如盐水溶液。
`[0052]“剂量”意指单次施用中或规定时间段内提供的药物试剂的规定量。在某些实施方案中，剂量可能以一份、两份或多份丸剂、片剂或注射剂施用。例如，在需要皮下施用的某些实施方案中，所需剂量需要通过单次注射不容易容纳的体积，因此，可以使用两次或更多次注射以达到所需剂量。在某些实施方案中，药物试剂是通过在延长时间内或连续输注而施用的。剂量可以按每小时、每天、每周或每月药物试剂的量来规定。
[0053]“有效量”意指在需要药剂的个体中足以实现所需生理学结果的活性药物试剂的量。根据待处理个体的健康与生理状况、待处理个体的分类群、组合物的剂型、个体医疗状况的评估以及其他有关因素，个体间的有效量可能有变化。
[0054]“完全互补”或“ 100%互补”意指第一核酸的每个核碱基在第二核酸中具有互补核碱基。在某些实施方案中，第一核酸是反义化合物且靶核酸是第二核酸。
[0055]“缺口聚体(Gapmer) ”意指一种嵌合反义化合物，其中具有多个支持RNA酶H切割的核苷的内部区域位于具有一个或多个核苷的外部区域之间，其中包含内部区域的核苷化学上不同于包含外部区域的核苷或核苷。内部区域可被称为“缺口”且外部区域可被称为
“留，，
異 ο
[0056]“缺口扩大的”意指在具有一到六个核苷的5’和3’翼区段之间并且与其直接相邻处具有12或更多个连续2’ -脱氧核糖核苷的嵌合反义化合物。
[0057]“杂交”意指互补核酸分子的退火。在某些实施方案中，互补核酸分子包括反义化合物和靶核酸。
[0058]“过度增殖性疾病”意指特征在于细胞的快速或过度生长和繁殖的疾病。过度增殖性疾病的实例包括癌症，例如癌、肉瘤、淋巴瘤和白血病以及相关恶性肿瘤和转移。[0059]“鉴定具有过度增殖性疾病风险的动物”意指鉴定已经诊断具有过度增殖性疾病的动物或鉴定具有发展过度增殖性疾病倾向性的动物。具有发展过度增殖性疾病倾向性的动物包括那些具有一种或多种过度增殖性疾病危险因素的动物，这些因素包括高龄；其它过度增殖性疾病史；烟草使用史；暴露于阳光和/或电离辐射的历史；之前与某些化学品接触、尤其是连续接触；过去或现在被某些病毒和细菌感染；过去或现在使用某些激素治疗；遗传易感性；饮酒；和某些生活方式选择(包括不良饮食、缺乏身体活动、和/或体重超重)。此类鉴定可通过包括评价个体的医疗史和标准临床试验或评估的任何方法来实现。
[0060]“直接相邻”意指在直接相邻的元素之间没有任何介入元素。
[0061]“抑制STAT3”意指与在不存在STAT3反义化合物(如反义寡核苷酸)时STAT3mRNA和/或蛋白质水平的表达相比，在存在STAT3反义化合物(包括STAT3反义寡核苷酸)下降低STAT3mRNA和/或蛋白质水平的表达。
[0062]“个体”意指被选择用于治疗或疗法的人或非人动物。
[0063]“核苷间连接”是指核苷间的化学键。
[0064]“连接的核苷”意指键合在一起的相邻核苷。
[0065]“错配”或“非互补核碱基”是指当第一核酸的核碱基不能与第二或靶核酸的相应核碱基配对时的情形。
[0066]“修饰的核苷间连接”是指天然存在的核苷间键(即磷酸二酯核苷间键)的替换或任何改变。
[0067]“修饰的核碱基”是指除了腺嘌呤、胞嘧啶、鸟嘌呤、胸腺嘧啶或尿嘧啶之外的任何核碱基。“未修饰的核碱基”意指嘌呤碱基腺嘌呤(A)和鸟嘌呤(G)，以及嘧啶碱基胸腺嘧啶(T)、胞嘧啶(C)和尿嘧啶(U)。
[0068]“修饰的核苷酸”意指独立具有修饰的糖部分、修饰的核苷间连接或修饰的核碱基的核苷酸。“修饰的核苷”意指独立具有修饰的糖部分或修饰的核碱基的核苷。
[0069]“修饰的寡核苷酸”意指包含修饰的核苷间连接、修饰的糖和/或修饰的核碱基的
寡核苷酸。
[0070]“修饰的糖”是指由天然糖的取代或变化。
[0071]“基序”意指反义化合物中化学不同的区域的模式。
[0072]“天然存在的核苷间连接”意指3’至5’磷酸二酯连接。
[0073]“天然糖部分”意指在DNA (2’ -H)或RNA (2’ -0H)中发现的糖。
[0074]“核酸”是指由单体核苷酸组成的分子。核酸包括核糖核酸(RNA)、脱氧核糖核酸(DNA)、单链核酸、双链核酸、小干扰核糖核酸(siRNA)和微RNA(miRNA)。
[0075]“核碱基”意指能与另一核酸的碱基配对的杂环部分。
[0076]“核碱基序列”意指不依赖于任何糖、连接或核碱基修饰的连续核碱基的顺序。
[0077]“核苷”意指连接于糖的核碱基。
[0078]“核苷模拟物”包括用于替代寡聚化合物的一个或多个位置处的糖或糖和碱基且未必是连接的那些结构，例如具有吗啉代、环己烯基、环己基、四氢吡喃基、诸如非呋喃糖单元的双环或三环糖模拟物的核苷模拟物。核苷酸模拟物包括用于替代寡聚化合物的一个或多个位置处的核苷和连接的那些结构，如例如肽核酸或吗啉代(-N (H)-C (=0)-0-或其它非磷酸二酯连接而连接的吗啉代)。糖代用品与稍广义术语核苷模拟物有重叠，但旨在仅表示糖单元(呋喃糖环)的替代。本文提供的四氢吡喃基环是糖代用品的实例的展示，其中，呋喃糖基团已被四氢吡喃基环系统所替代。
[0079]“核苷酸”意指具有与核苷的糖部分共价连接的磷酸基团的核苷。
[0080]“脱靶效应”是指与基因而不是预期靶核酸的RNA或蛋白质表达的调节相关的不需要或有害的生物效应。
[0081]“寡聚化合物”或“寡聚物”意指能够与核酸分子的至少一个区域杂交的连接的单体亚单位的聚合物。
[0082]“寡核苷酸”意指连接的核苷的聚合物，这些核苷中的每一个可以是修饰的或未修饰的，并且彼此独立。
[0083]“胃肠外施用”意指通过注射(例如，弹丸注射)或输注而施用。胃肠外施用包括皮下施用、静脉内施用、肌内施用、动脉内施用、腹膜内施用或颅内施用，例如鞘内施用或脑室内施用。
[0084]“肽”意指通过以酰胺键连接至少两个氨基酸而形成的分子。肽是指多肽和蛋白质。
[0085]“药物组合物”意指适用于向个体施用的物质的混合物。例如，药物组合物可包含一种或多种活性药物试剂和无菌水溶液。在某些实施方案中，药物组合物在某些细胞系的自由摄取测定中显示活性。
[0086]“药学上可接受的衍生物”涵盖本文所述的化合物的药学上可接受的盐、偶联物、前药或异构体。
[0087]“药学上可接受的盐”`意指反义化合物的生理学上和药学上可接受的盐，即保留亲本寡核苷酸的所需生物活性，且不向其赋予不需要的毒性效果的盐。
[0088]“硫代磷酸连接”意指核苷之间的连接，其中通过用硫原子替代非桥接氧原子之一来修饰磷酸二酯键。硫代磷酸连接(P=S)是修饰的核苷间连接。
[0089]“部分”意指核酸中确定数量的连续(即，连接的)核碱基。在某些实施方案中，部分是靶核酸中确定数量的连续核碱基。在某些实施方案中，部分是反义化合物中确定数量的连续核碱基。
[0090]“预防”是指延迟或阻止疾病、病症或病况的发作或发展达数分钟至无限的时间。预防也意指降低发展疾病、病症或病况的风险。
[0091]“前药”意指以非活性形式制备的在身体或细胞内通过内源酶或其他化学品或条件的作用而转化为活性形式的治疗剂。
[0092]“副作用”意指由治疗所引起的除所需效应之外的生理反应。在某些实施方案中，副作用包括注射部位反应、肝功能测试异常、肾功能异常、肝脏毒性、肾脏毒性、中枢神经系统异常、肌肉疾病以及不适。例如，血清中提高的转氨酶水平可能表明肝脏毒性或肝功能异常。例如，增高的胆红素可能表明肝脏毒性或肝功能异常。
[0093]“信号转导及转录激活蛋白3核酸”或“STAT3核酸”意指编码STAT3的任何核酸。例如，在某些实施方案中，STAT3核酸包括编码STAT3的DNA序列、由编码STAT3的DNA转录的RNA序列(包括包含内含子和外显子的基因组DNA)和编码STAT3的mRNA序列。“STAT3mRNA”意指编码STAT3蛋白质的mRNA。
[0094]“单链寡核苷酸”意指没有与互补链杂交的寡核苷酸。[0095]“可特异性杂交的”是指反义化合物在反义寡核苷酸与靶核酸之间具有足以诱导所需效应的互补度，而在期望特异性结合的条件下即在体内测定和治疗性治疗时的生理条件下表现出对非祀核酸最低影响或无影响。
[0096]“祀向(targeting)”或“祀向(targeted) ”意指设计和选择与祀核酸特异性杂交并诱导预期效应的反义化合物的过程。
[0097]“靶核酸”、“靶RNA”、“靶mRNA”和“靶RNA转录本”均是指能够被反义化合物靶向
的核酸。
[0098]“靶区段”意指靶向反义化合物的靶核酸的核苷酸的序列。“5’靶位点”是指靶区段的最5’端核苷酸。“3’靶位点”是指靶区段的最3’端核苷酸。
[0099]“治疗有效量”意指为个体提供疗效的药物试剂的量。
[0100]“治疗”是指施用药物组合物以实现疾病、病症或病况的改变或改善。
[0101]“未修饰的核苷酸”意指由天然存在的核碱基、糖部分和核苷间连接组成的核苷酸。在某些实施方案中，未修饰的核苷酸是RNA核苷酸(即β-D-核糖核苷)或DNA核苷酸(即β -D-脱氧核糖核苷)。
[0102]某些实施方案
[0103]在某些实施方案中，提供的是用于抑制STAT3mRNA或蛋白质表达的方法、化合物和组合物。
[0104]在某些实施方案中，提供的是用于预防肿瘤生长和肿瘤体积的方法。在某些实施方案中，提供的是用于降低肿瘤生长和肿`瘤体积的方法。
[0105]在某些实施方案中，提供的是用于治疗、预防和改善需要其的个体中与STAT3相关的疾病、病症和病况的方法、化合物和组合物。还构思的是用于制备用于治疗、预防和改善与STAT3相关的疾病、病症或病况的药剂的方法和化合物。STAT3相关的疾病、病症和病况包括过度增殖性疾病，例如，癌、肉瘤、淋巴瘤和白血病以及相关恶性肿瘤和转移。
[0106]在某些实施方案中，提供的是用于治疗、预防或改善STAT3相关疾病的STAT3反义化合物。在某些实施方案中，STAT3反义化合物是STAT3反义寡核苷酸，其能够抑制细胞、组织或动物中STAT3mRNA和/或STAT3蛋白质的表达。
[0107]在某些实施方案中，提供的是用于治疗或预防肺癌的如本文所述的STAT3反义化合物，所述肺癌包括非小细胞肺癌(NSCLC)、胰腺癌、结直肠癌、多发性骨髓瘤、肝细胞癌(HCC)、成胶质细胞瘤、卵巢癌、骨肉癌、头颈癌、乳腺癌、鳞状细胞癌、肠道腺瘤、前列腺癌和胃癌。
[0108]在某些实施方案中，提供的是用于治疗癌症或预防癌症转移的如本文所述的STAT3反义化合物。
[0109]在某些实施方案中，提供的是如本文所述的STAT3反义化合物，用于治疗、预防或改善过度增殖性疾病，例如，癌症、癌、肉瘤、淋巴瘤和白血病以及相关恶性肿瘤和转移。
[0110]在某些实施方案中，提供的是靶向于STAT3核酸的反义化合物。在某些实施方案中，STAT3核酸是下列序列的任一个:于GENBANK登录号NM_139276.2列出的序列(以SEQID NO:1并入本文)或由核苷酸4185000至4264000截短的GENBANK登录号NT_010755.14的互补序列(以SEQ ID NO:2并入本文)。
[0111]在某些实施方案中，本文提供的反义化合物靶向于SEQ ID NOl的下列区域中的任一个:250-286 ；250-285 ;264_285 ;264_282 ;728_745 ;729_745 ;729_744 ；787-803 ；867-883 ;955_978 ;1146_1170 ;1896_1920 ； 1899-1920 ;1899_1919 ;1899_1918 ；1899-1916 ；1901-1916 ;1946_1963 ;1947_1963 ；2155-2205 ;2155_2187 ;2156_2179 ；2204-2221 ；2681-2696 ；2699-2716 ；3001-3033 ；3008-3033,3010-3033,3010-3032,3015-3033、3015-3032、3015-3031、3016-3033、3016-3032、3016-3033 ;3452_3499 ；3460-3476 ；3583-3608 ；3591-3616 ；3595-3615 ；3595-3614 ；3595-3612 ；3675-3706 ；3713-3790 ;3715_3735 ;3833_3878 ;3889_3932 ；3977-4012 ；4067-4100 ;4225_4256 ；4234-4252 ;4235_4252 ;4235_4251 ;4236_4252 ；4306-4341 ;4431_4456 ;4439_4454 ；4471-4510 ；4488-4505 ；4530-4558 ；4539-4572 ；4541-4558 ；4636-4801 ；4782-4796 ；4800-4823 ；4811-4847 ；4813-4859 ；4813-4815 ；4813-4831 ；4827-4859 ；4827-4844 ；4842-4859 ο
[0112]在某些实施方案中，本文提供的反义化合物在SEQ ID NOl的下列区域中的任一个内互补:250-286 ；250-285 ;264_285 ;264_282 ;728_745 ;729_745 ;729_744 ；787-803 ；867-883 ;955_978 ;1146_1170 ;1896_1920 ； 1899-1920 ;1899_1919 ;1899_1918 ；1899-1916 ；1901-1916 ;1946_1963 ;1947_1963 ；2155-2205 ;2155_2187 ;2156_2179 ；2204-2221 ；2681-2696 ；2699-2716 ；3001-3033 ；3008-3033,3010-3033,3010-3032,
3015-3033、3015-3032、3015-3031、3016-3033、3016-3032、3016-3033;3452_3499 ；3460-3476 ；3583-3608 ；3591-3616 ；3595-3615 ；3595-3614 ；3595-3612 ；3675-3706 ；3713-3790 ;3715_3735 ;3833_3878 ;3889_3932 ；3977-4012 ；4067-4100 ;4225_4256 ；4234-4252 ;4235_4252 ;4235_4251 ;4236_4252 ；4306-4341 ;4431_4456 ;4439_4454 ；4471-4510 ；4488-4505 ；4530-4558 ；4539-4572 ；4541-4558 ；4636-4801 ；4782-4796 ；4800-4823 ；4811-4847 ；4813-4859 ；4813-4815 ；4813-4831 ；4827-4859 ；4827-4844 ；4842-4859。在某些实施方案中，提供的是包含由12至22个连接的核苷组成的修饰的反义寡核苷酸的化合物，其中所述修饰的反义寡核苷酸包含:
[0113]由I至5个连接的核苷组成的5’ -翼；
[0114]由I至5个连接的核苷组成的3’ -翼；
[0115]由8至12个连接的2’ -脱氧核苷组成的5’ -翼和3’ -翼之间的缺口 ；且其中5’ -翼和3’ -翼中的至少一个包含至少一个双环核苷或2’ -取代的核苷；
[0116]其中所述修饰的反义寡核苷酸的核碱基序列与SEQ ID NO:1的核碱基序列的任何下述核碱基的等长部分互补:核碱基250-286 ；250-285 ;264_285 ;264_282 ;728_745 ；729-745 ；729-744 ；787-803 ;867_883 ;955_978 ；1146-1170 ；1896-1920 ;1899_1920 ；1899-1919 ；1899-1918 ;1899_1916 ；1901-1916 ;1946_1963 ;1947_1963 ;2155_2205 ；2155-2187 ；2156-2179 ；2204-2221；2681-2696 ；2699-2716 ；3001-3033 ;3008_3033、3010-3033、3010-3032、3015-3033、3015-3032、3015-3031、3016-3033、3016-3032、
3016-3033；3452-3499 ；3460-3476 ；3583-3608 ；3591-3616 ；3595-3615 ；3595-3614 ；3595-3612 ；3675-3706 ；3713-3790 ;3715_3735 ;3833_3878 ;3889_3932 ;3977_4012 ；4067-4100 ；4225-4256 ;4234_4252 ;4235_4252 ;4235_4251 ;4236_4252 ；4306-4341 ；4431-4456 ；4439-4454 ；4471-4510 ；4488-4505 ；4530-4558 ；4539-4572 ；4541-4558 ；4636-4801 ;4782_4796 ；4800-4823 ；4811-4847 ;4813_4859 ;4813_4815 ;4813_4831 ；4827-4859 ；4827-4844 ;4842_4859。
[0117]在某些实施方案中，本文提供的反义化合物靶向于SEQ ID N02的下列区域中的任一个:2668-2688 ;2703_2720 ;5000_5021 ;5001_5017 ;5697_5722 ;5699_5716 ；6475 - 6490 ；6475 - 6491 ；6476 - 6491 ；7682-7705 ；8078-8097 ；8079-8095 ；9862-9811 ；9870-9897 ；9875-9893 ；9875-9891 ；9877-9893 ；11699-11719 ； 12342-12366 ；12345-12364 ；12346-12364;12347_12364 ；12353-12380 ;12357_12376 ;12358_12376 ;12358_12373 ；12360-12376 ;14128_14148 ;16863_16883 ;46091_46111 ；50692-50709 ；50693-50709 ；50693-50708;61325_61349;66133_66157 ;66136_66157 ；66136 - 66155 ;66136_66153 ；66138-66153 ；66184-66200 ；67067-67083 ；4171-74220 ；74199-74220 ；74202-74220 ；74171-74219 ;74199_74219 ;74202_74219 ;74171_74218 ;74199_74218 ;74202_74218 ；74723-74768 ；74764-74803 ；74782-74802 ；74782-74801 ；74782-74800 ；74782-74799 ；74783-74802 ；74783-74801 ；74783-74800 ；74783-74799 ；74862-74893 ；74900-74977 ；74902-74922 ；74902-74920 ；75070-75119 ；75164-75199 ；75254-75287 ；75412-75443 ；75421-75439 ;75422_75439 ;75422_75438 ;75423_75439 ;75423_75438 ;75493_75528 ；75616-75643 ；75626-75641 ；75658-75699 ；75676-75692 ；75717-75745 ；75726-75759 ；75726-75745 ；75727-75745 ；75728-75745 ；75831-75988 ；75852-75969 ；75969-75984 ；75987-76056 ；76000-76046 ；76000-76032 ；76000-76018 ；76014-76046 ；76014-76032 ；76029-76046 ;和 76031-76046。
[0118]在某些实施方案中，本文提供的反义化合物在SEQ ID N02的下列区域中的任一个内互补:2668-2688 ;2703_2720 ;5000_5021 ;5001_5017 ;5697_5722 ;5699_5716 ；6475 - 6490 ；6475 - 6491 ；6476 - 6491 ；7682-7705 ；8078-8097 ；8079-8095 ；9862-9811 ；9870-9897 ；9875-9893 ；9875-9891 ；9877-9893 ；11699-11719 ；12342-12366 ； 12345-12364 ；12346-12364;12347_12364 ；12353-12380 ;12357_12376 ;12358_12376 ;12358_12373 ；12360-12376 ;14128_14148 ;16863_16883 ;46091_46111 ；50692-50709 ；50693-50709 ；50693-50708 ;61325_61349 ;66133_66157 ;66136_66157 ；66136 - 66155 ;66136_66153 ；66138-66153 ;66184_66200 ;67067_67083 ;4171_74220 ;74199_74220 ;74202_74220 ；74171-74219 ;74199_74219 ；74202-74219 ;74171_74218 ;74199_74218 ；74202-74218 ；74723-74768 ；74764-74803 ；74782-74802 ；74782-74801 ；74782-74800 ；74782-74799 ；74783-74802 ；74783-74801 ；74783-74800 ；74783-74799 ；74862-74893 ；74900-74977 ；74902-74922 ；74902-74920 ；75070-75119 ;75164_75199 ;75254_75287 ;75412_75443 ；75421-75439 ;75422_75439 ;75422_75438 ;75423_75439 ;75423_75438 ;75493_75528 ；75616-75643 ；75626-75641 ；75658-75699 ；75676-75692 ；75717-75745 ；75726-75759 ；75726-75745 ；75727-75745 ；75728-75745 ；75831-75988 ；75852-75969 ；75969-75984 ；75987-76056 ；76000-76046 ；76000-76032 ；76000-76018 ；76014-76046 ；76014-76032 ；76029-76046 ;和 76031-76046。
[0119]在某些实施方案中，提供的是包含由12至22个连接的核苷组成的修饰的反义寡核苷酸的化合物，其中所述修饰的反义寡核苷酸包含:
[0120]由I至5个连接的核苷组成的5’ -翼`；
[0121]由I至5个连接的核苷组成的3’ -翼；[0122]由8至12个连接的2’ -脱氧核苷组成的5’ -翼和3’ -翼之间的缺口 ；且
[0123]其中5’ -翼和3’ -翼中的至少一个包含至少一个双环核苷或2’ -取代的核苷；
[0124]其中所述修饰的反义寡核苷酸的核碱基序列与SEQ ID N0:2的核碱基序列的任何下述核碱基的等长部分互补:核碱基2668-2688 ;2703_2720 ；5000-5021 ；5001-5017 ；5697-5722 ；5699-5716 ；6475 - 6490 ；6475 - 6491 ；6476 - 6491 ；7682-7705 ；8078-8097 ；8079-8095 ；9862-9811 ；9870-9897 ；9875-9893 ；9875-9891 ；9877-9893 ；11699-11719 ；12342-12366 ;12345_12364;12346_12364 ;12347_12364 ；12353-12380 ;12357_12376 ；12358-12376 ;12358_12373 ；12360-12376 ;14128_14148 ;16863_16883 ；46091-46111 ；50692-50709 ；50693-50709 ；50693-50708 ；61325-61349 ；66133-66157 ；66136-66157 ；66136 - 66155 ;66136_66153 ;66138_66153 ；66184-66200 ；67067-67083 ;4171_74220 ；74199-74220 ；74202-74220 ；74171-74219 ；74199-74219 ；74202-74219 ；74171-74218 ；74199-74218 ；74202-74218 ；74723-74768 ；74764-74803 ；74782-74802 ；74782-74801 ；74782-74800 ；74782-74799 ；74783-74802 ；74783-74801 ；74783-74800 ；74783-74799 ；74862-74893 ；74900-74977 ；74902-74922 ；74902-74920 ；75070-75119 ；75164-75199 ；75254-75287 ;75412_75443 ;75421_75439 ;75422_75439 ;75422_75438 ;75423_75439 ；75423-75438 ；75493-75528 ；75616-75643 ；75626-75641 ；75658-75699 ；75676-75692 ；75717-75745 ；75726-75759 ；75726-75745 ；75727-75745 ；75728-75745 ；75831-75988 ；75852-75969 ；75969-75984；75987-76056 ；76000-76046 ；76000-76032 ；76000-76018 ；76014-76046 ;76014_76032 ;76029_76046 ;和 76031-76046。
[0125]某些实施方案提供包含由12至30个连接的核苷组成的修饰的寡核苷酸的化合物，所述修饰的寡核苷酸具有的核碱基序列包含与SEQ ID NO:1的核碱基3008至3033的等长部分互补的至少12个连续核碱基的部分，其中所述核碱基序列与SEQ ID NO:1互补。
[0126]某些实施方案提供包`含由12至30个连接的核苷组成的修饰的寡核苷酸的化合物，所述修饰的寡核苷酸具有的核碱基序列包含与SEQ ID NO:1的核碱基3016至3031的等长部分互补的至少12个连续核碱基的部分，其中所述核碱基序列与SEQ ID NO:1互补。
[0127]某些实施方案提供包含由12至30个连接的核苷组成的修饰的寡核苷酸的化合物，所述修饰的寡核苷酸具有的核碱基序列包含与SEQ ID NO: 2的核碱基6476至6491的等长部分互补的至少12个连续核碱基的部分，其中所述核碱基序列与SEQ ID NO:2互补。
[0128]某些实施方案提供包含由12至30个连接的核苷组成的修饰的寡核苷酸的化合物，所述修饰的寡核苷酸具有的核碱基序列包含与SEQ ID NO:1的下述核碱基的等长部分互补的至少12个连续核碱基的部分:核碱基2250-286 ;250-285 ;264-285 ;264-282 ；728-745 ；729-745 ；729-744 ；787-803 ；867-883 ；955-978 ；1146-1170 ;1896_1920 ；1899-1920 ；1899-1919 ;1899_1918 ;1899_1916 ；1901-1916 ;1946_1963 ;1947_1963 ；2155-2205 ；2155-2187 ;2156_2179 ；2204-2221 ;2681_2696 ;2699_2716 ；3001-3033 ；3008-3033、3010-3033、3010-3032、3015-3033、3015-3032、3015-3031、3016-3033、
3016-3032,3016-3033 ；3452-3499 ；3460-3476 ；3583-3608 ；3591-3616 ；3595-3615 ；3595-3614；3595-3612 ；3675-3706 ；3713-3790 ；3715-3735 ；3833-3878 ；3889-3932 ；3977-4012 ；4067-4100 ;4225_4256 ;4234_4252 ;4235_4252 ;4235_4251;4236_4252 ；4306-4341 ；4431-4456 ；4439-4454 ；4471-4510 ；4488-4505 ；4530-4558 ；4539-4572 ；4541-4558 ；4636-4801 ；4782-4796 ；4800-4823 ；4811-4847 ；4813-4859 ；4813-4815 ；4813-4831 ;4827_4859 ;4827_4844 ;或4842-4859，其中所述修饰的寡核苷酸的核碱基序列与 SEQ ID NO:1 互补。
[0129]某些实施方案提供包含由12至30个连接的核苷组成的修饰的寡核苷酸的化合物，所述修饰的寡核苷酸具有的核碱基序列包含与SEQ ID N0:2的下述核碱基的等长部分互补的至少12个连续核碱基的部分:核碱基2668-2688 ;2703-2720 ;5000-5021 ；5001-5017 ；5697-5722 ；5699-5716 ；6475 - 6490 ；6475 - 6491 ；6476 - 6491 ；7682-7705 ；8078-8097 ；8079-8095 ；9862-9811 ；9870-9897 ；9875-9893 ；9875-9891 ；9877-9893 ；11699-11719 ;12342_12366 ;12345_12364 ;12346_12364 ;12347_12364 ;12353_12380 ；12357-12376 ;12358_12376 ;12358_12373 ;12360_12376 ;14128_14148 ;16863_16883 ；46091-46111 ；50692-50709 ；50693-50709 ；50693-50708 ；61325-61349 ;66133_66157 ；66136-66157 ；66136 - 66155 ;66136_66153 ;66138_66153 ；66184-66200 ；67067-67083 ；4171-74220 ；74199-74220 ；74202-74220 ；74171-74219 ；74199-74219 ；74202-74219 ；74171-74218 ；74199-74218 ；74202-74218 ；74723-74768 ；74764-74803 ；74782-74802 ；
74782-74801；74782-74800 ；74782-74799 ；74783-74802 ；74783-74801 ；74783-74800 ；
74783-74799；74862-74893 ；74900-74977 ；74902-74922 ；74902-74920 ；75070-75119 ；75164-75199 ;75254_75287 ;75412_75443 ;75421_75439 ;75422_75439 ;75422_75438 ；75423-75439 ；75423-75438 ；75493-75528 ；75616-75643 ；75626-75641 ；75658-75699 ；75676-75692 ；75717-75745 ；75726-75759 ；75726-75745 ；75727-75745 ；75728-75745 ；75831-75988 ；75852-75969 ；75969-75984 ；75987-76056 ；76000-76046 ；76000-76032 ；76000-76018 ;76014_76046 ;76014_76032 ;76029_76046 ;或 76031-76046，其中所述修饰的寡核苷酸的核碱基序列与SEQ ID N0:2互补。
[0130]在某些实施方案中，所述修饰的寡核苷酸的核碱基序列包含SEQ ID N0:245的序列。
[0131]在某些实施方案中，所述修饰的寡核苷酸的核碱基序列由SEQ ID N0:245的序列组成。
[0132]在某些实施方案中，所述修饰的寡核苷酸的核碱基序列包含SEQ ID N0:413的序列。
[0133]在某些实施方案中，所述修饰的寡核苷酸的核碱基序列由SEQ ID N0:413的序列组成。
[0134]在某些实施方案中，所述修饰的寡核苷酸与SEQ ID NO:1或2100%互补。
[0135]在某些实施方案中，所述修饰的寡核苷酸由单链修饰的寡核苷酸组成。
[0136]在某些实施方案中，所述修饰的寡核苷酸具有至少一个修饰的核苷间连接。
[0137]在某些实施方案中，每个核苷间连接是硫代磷酸核苷间连接。
[0138]在某些实施方案中，至少一个核苷包含修饰的糖。
[0139]在某些实施方案中，至少一个修饰的糖是双环糖。
[0140]在某些实施方案中，所述双环糖包含4 ’ -CH2-0-2 ’桥。
[0141]在某些实施方案中，所述双环糖包含4 ’ -CH (CH3) -0-2 ’桥。
[0142]在某些实施方案中，所述修饰的糖包含2’ -O(CH2)2-OCH3基团。[0143]在某些实施方案中，所述修饰的糖包含2’ -O-CH3基团。
[0144]在某些实施方案中,所述修饰的寡核苷酸的至少一个核苷包含修饰的核碱基。
[0145]在某些实施方案中，所述修饰的核碱基是5’ -甲基胞嘧啶。
[0146]在某些实施方案中，所述修饰的寡核苷酸包含:
[0147]由I至5个连接的核苷组成的5’ -翼；
[0148]由I至5个连接的核苷组成的3’ -翼；
[0149]由8至12个连接的2’ -脱氧核苷组成的5’ -翼和3’ -翼之间的缺口 ；且其中5’ -翼和3’ -翼中的至少一个包含至少一个双环核苷或一个2’ -取代的核苷。
[0150]在某些实施方案中，所述修饰的寡核苷酸包含:
[0151]由I至5个连接的核苷组成的5’ -翼；
[0152]由I至5个连接的核苷组成的3’ -翼；
[0153]由8至12个连接的2’ -脱氧核苷组成的5’ -翼和3’ -翼之间的缺口 ；且其中5’ -翼和3’ -翼中的至少一个包含至少一个双环核苷和至少一个2’ -取代的核苷。
[0154]在某些实施方案中，所述2 ’ -取代的核苷包含由2 ’ -O (CH2) 2_0CH3基团或2 ’ -O-CH3基团组成的组中的任一个。
[0155]在某些实施方案中，所`述双环核苷包含由4’ -CH2-0_2’桥和4’ -CH (CH3) _0_2 ’桥组成的组中的任一个。
[0156]在某些实施方案中，所述修饰的寡核苷酸包含:
[0157]由3个连接的核苷组成的5’ -翼；
[0158]由3个连接的核苷组成的3’ -翼；
[0159]由10个连接的2’ -脱氧核苷组成的5’ -翼和3’ -翼之间的缺口 ；
[0160]其中5’ -翼和3’ -翼中的每一个的每个核苷包含受约束的乙基核苷；
[0161]其中每个核苷间连接是硫代磷酸连接；和
[0162]其中每个胞嘧啶是5’ -甲基胞嘧啶。
[0163]某些实施方案提供包含修饰的寡核苷酸的化合物，所述修饰的寡核苷酸由12至30个连接的核苷组成且具有包含SEQ ID NO:245的核碱基序列的至少12个连续核碱基的核碱基序列。
[0164]某些实施方案提供包含修饰的寡核苷酸的化合物，所述修饰的寡核苷酸由12至30个连接的核苷组成且具有包含SEQ ID N0:413的核碱基序列的至少12个连续核碱基的核碱基序列。
[0165]某些实施方案提供包含修饰的寡核苷酸的化合物，所述修饰的寡核苷酸由12至30个连接的核苷组成且具有包含SEQ ID NO:9-426,430-442,445-464,471-498,500-1034,1036-1512和1541-2757的核碱基序列中的任一个的至少12个连续核碱基的核碱基序列。
[0166]在某些实施方案中，所述修饰的寡核苷酸由单链修饰的寡核苷酸组成。
[0167]在某些实施方案中，所述修饰的寡核苷酸的至少一个核苷间连接是修饰的核苷间连接。
[0168]在某些实施方案中，每个核苷间连接是硫代磷酸核苷间连接。
[0169]在某些实施方案中，至少一个核苷包含修饰的糖。
[0170]在某些实施方案中，至少一个修饰的糖是双环糖。[0171]在某些实施方案中，所述双环糖包含4’ -CH2-0_2’桥。
[0172]在某些实施方案中，所述双环糖包含4 ’ -CH (CH3) -0-2 ’桥。
[0173]在某些实施方案中，所述修饰的糖包含2’ -O(CH2)2-OCH3基团。
[0174]在某些实施方案中，所述修饰的糖包含2’ -O-CH3基团。
[0175]在某些实施方案中，所述修饰的寡核苷酸的至少一个核苷包含修饰的核碱基。
[0176]在某些实施方案中，所述修饰的核碱基是5’ -甲基胞嘧啶。
[0177]在某些实施方案中，所述修饰的寡核苷酸包含:
[0178]由I至5个连接的核苷组成的5’ -翼；
[0179]由I至5个连接的核苷组成的3’ -翼；
[0180]由8至12个连接的2’ -脱氧核苷组成的5’ -翼和3’ -翼之间的缺口 ；且其中5’ -翼和3’ -翼中的至少一个包含至少一个双环核苷或2’ -取代的核苷。
[0181]在某些实施方案中，所述修饰的寡核苷酸包含:
[0182]由I至5个连接的核苷组成的5’ -翼；
[0183]由I至5个连接的核苷组成的3’ -翼；
[0184]由8至12个连接的2’ -脱氧核苷组成的5’ -翼和3’ -翼之间的缺口 ；且其中5’ -翼和3’ -翼中的至少一个包含至少一个双环核苷和至少一个2’ -取代的核苷。
`[0185]在某些实施方案中，所述2 ’ -取代的核苷包含由2 ’ -O (CH2) 2_0CH3基团或2 ’ -O-CH3基团组成的组中的任一个。
[0186]在某些实施方案中，所述双环核苷包含由4’ -CH2-0_2’桥和4’ -CH (CH3) _0_2 ’桥组成的组中的任一个。
[0187]在某些实施方案中，所述修饰的寡核苷酸包含:
[0188]由3个连接的核苷组成的5’ -翼；
[0189]由3个连接的核苷组成的3’ -翼；
[0190]由10个连接的2’ -脱氧核苷组成的5’ -翼和3’ -翼之间的缺口 ；
[0191]其中5’ -翼和3’ -翼中的每一个的每个核苷包含受约束的乙基核苷；
[0192]其中每个核苷间连接是硫代磷酸连接；和
[0193]其中每个胞嘧啶是5’ -甲基胞嘧啶。
[0194]某些实施方案提供包含由12至22个连接的核苷组成的修饰的寡核苷酸的化合物，其中所述修饰的寡核苷酸包含:
[0195]由I至5个连接的核苷组成的5’ -翼；
[0196]由I至5个连接的核苷组成的3’ -翼；
[0197]由8至12个连接的2’ -脱氧核苷组成的5’ -翼和3’ -翼之间的缺口 ；
[0198]其中5’ -翼和3’ -翼中的至少一个包含至少一个双环核苷或2’ -取代的核苷；
[0199]其中所述修饰的寡核苷酸的核碱基序列与SEQ ID NO:1的核碱基序列的核碱基3016至3031的等长部分互补；且
[0200]其中所述化合物抑制STAT3mRNA表达的表达。
[0201]某些实施方案提供包含由12至22个连接的核苷组成的修饰的寡核苷酸的化合物，其中所述修饰的寡核苷酸包含:
[0202]由I至5个连接的核苷组成的5’ -翼；[0203]由I至5个连接的核苷组成的3’ -翼；
[0204]由8至12个连接的2’ -脱氧核苷组成的5’ -翼和3’ -翼之间的缺口 ；
[0205]其中5’ -翼和3’ -翼中的至少一个包含至少一个双环核苷或2’ -取代的核苷；
[0206]其中所述修饰的寡核苷酸的核碱基序列与SEQ ID NO:2的核碱基序列的核碱基6476至6491的等长部分互补；且
[0207]其中所述化合物抑制STAT3mRNA表达的表达。
[0208]在某些实施方案中，5’ -翼和3’ -翼中的至少一个包含至少一个2’ -脱氧核苷。
[0209]在某些实施方案中，所述修饰的寡核苷酸由单链修饰的寡核苷酸组成。
[0210]在某些实施方案中，所述修饰的寡核苷酸包含至少一个双环核苷。
[0211]在某些实施方案中，至少一个双环核苷包含4’ -CH (CH3)-0-2’桥。
[0212]在某些实施方案中，每个双环核苷包含4’ -CH (CH3)-0-2’桥。
[0213]在某些实施方案中，至少一个双环核苷包含4’ -CH2-0_2’桥。
[0214]在某些实施方案 中，每个双环核苷包含4’ -CH2-0_2’桥。
[0215]在某些实施方案中，所述修饰的寡核苷酸包含至少一个2’ -取代的核苷。
[0216]在某些实施方案中，至少一个2’ -取代的核苷包含2’ -O(CH2)2-OCH3基团。
[0217]在某些实施方案中，每个2’ -取代的核苷包含2’ -O(CH2)2-OCH3基团。
[0218]在某些实施方案中，至少一个2’ -取代的核苷包含2’ -O-CH3基团。
[0219]在某些实施方案中，每个2’ -取代的核苷包含2’ -O-CH3基团。
[0220]在某些实施方案中，至少一个核苷间连接是修饰的核苷间连接。
[0221]在某些实施方案中，每个修饰的核苷间连接是硫代磷酸连接。
[0222]在某些实施方案中，所述修饰的寡核苷酸的至少一个核苷包含修饰的核碱基。
[0223]在某些实施方案中，所述修饰的核碱基是5’ -甲基胞嘧啶。
[0224]在某些实施方案中，所述修饰的寡核苷酸具有如下式A所述的糖基序:
[0225](J) m- (B) n- (J) p- (B) r- (A) t- (D) g- (A) v_ (B) w_ (J) x_ (B) y- (J) z
[0226]其中:
[0227]每个A独立地是2’ -取代的核苷；
[0228]每个B独立地是双环核苷；
[0229]每个J独立地是2’ -取代的核苷或2’ -脱氧核苷；
[0230]每个D是2 ’ -脱氧核苷；
[0231 ]m 是 0_4 ；n 是 0_2 ；p 是 0_2 ；r 是 0_2 ；t 是 0_2 ；v 是 0_2 ；w 是 0_4 ；x 是 0_2 ；y 是0-2 ；z 是 0-4 ；g 是 6-14 ；
[0232]前体条件是:
[0233]m、η和r中的至少一个不是O ;
[0234]w和y中的至少一个不是O ;
[0235]m、n、p、r和t的总和是2至5 ;和
[0236]V、W、X、y和z的总和是2至5。
[0237]在某些实施方案中，所述修饰的寡核苷酸具有由以下组成的组中的任一个的糖基序:
[0238]k-d (10)-k[0239]e-d(10)-k
[0240]k-d(10)-e
[0241]k-k-d(10)-k-k
[0242]k-k-d(10)-e-e
[0243]e-e-d(10)-k-k
[0244]k-k-k-d(10)-k-k-k
[0245]e-e—e—d(10)—k—k—k
[0246]k-k-k-d(10)~e~e~e
[0247]k-k-k-d(10)-k-k-k
[0248]e-k-k-d(10)-k-k-e
[0249]e-e—k—d(10)—k—k—e
[0250]e-d-k-d(10)-k-k-e
[0251]e-k-d (10)-k-e-k-e
[0252]k_d(10)-k-e—k—e—e`[0253]e-e—k—d(10)—k—e—k—e
[0254]e-d-d-k-d(9)-k-k-e
[0255]e-e-e—e—d(9)—k—k—e
[0256]其中，k是受约束的乙基核苷，e是2’ -MOE取代的核苷，且d是2’ -脱氧核苷。
[0257]某些实施方案提供治疗动物的过度增殖性疾病的方法，包括向需要其的动物施用包含由12至30个连接的核苷组成且具有包含SEQ ID NO:9_426、430_442、445_464、471-498、500-1034、1036-1512和1541-2757的核碱基序列中的任一个的至少12个连续核碱基的核碱基序列的修饰的寡核苷酸的化合物。
[0258]某些实施方案提供治疗动物的过度增殖性疾病的方法，包括向需要其的动物施用包含由12至30个连接的核苷组成且具有包含SEQ ID NO:245的至少12个连续核碱基的核碱基序列的修饰的寡核苷酸的化合物。
[0259]某些实施方案提供治疗动物的过度增殖性疾病的方法，包括向需要其的动物施用包含由12至30个连接的核苷组成且具有包含SEQ ID N0:413的至少12个连续核碱基的核碱基序列的修饰的寡核苷酸的化合物。
[0260]在某些实施方案中，所述施用减小动物中的肿瘤大小。
[0261]在某些实施方案中，所述施用减小动物中的肿瘤体积。
[0262]在某些实施方案中，所述施用防止动物中的转移。
[0263]在某些实施方案中，所述施用延长动物的存活。
[0264]在某些实施方案中，所述施用减少动物中的恶病质。
[0265]某些实施方案提供降低动物中STAT3的表达的方法，包括向需要其的动物施用包含由12至30个连接的核苷组成且具有包含SEQ ID NO: 9-426,430-442,445-464,471-498,500-1034、1036-1512和1541-2757的核碱基序列中的任一个的至少12个连续核碱基的核碱基序列的修饰的寡核苷酸的化合物。
[0266]某些实施方案提供降低动物中STAT3的表达的方法，包括向需要其的动物施用包含由12至30个连接的核苷组成且具有包含SEQ ID NO:245的至少12个连续核碱基的核碱基序列的修饰的寡核苷酸的化合物。
[0267]某些实施方案提供降低动物中STAT3的表达的方法，包括向需要其的动物施用包含由12至30个连接的核苷组成且具有包含SEQ ID N0:413的至少12个连续核碱基的核碱基序列的修饰的寡核苷酸的化合物。
[0268]在某些实施方案中，所述化合物不具有2-10-2的翼-缺口 -翼基序。
[0269]反义化合物
[0270]寡聚化合物包括但不限于，寡核苷酸、寡核苷、寡核苷酸类似物、寡核苷酸模拟物、反义化合物、反义寡核苷酸和siRNA。寡聚化合物可以与靶核酸“反义”，是指它能够通过氢键合与靶核酸进行杂交。
[0271]在某些实施方案中，反义化合物具有核碱基序列，当以5’至3’方向书写时，其包含其靶向的靶核酸的靶区段的反向互补序列。在某些此类实施方案中，反义寡核苷酸具有核碱基序列，当以5’至3’方向书写时，其包含其靶向的靶核酸的靶区段的反向互补序列。
[0272]在某些实施方案中，靶向STAT3核酸的反义化合物为12至30个亚单位长。在某些实施方案中，靶向STAT3核酸的反义化合物为14至30个亚单位长。在某些实施方案中，靶向STAT3核酸的反义化合物为12至22个亚单位长。换句话说，此类反义化合物分别为12至30个连接的亚单位、14至30个连接的亚单位、或12至22个连接的亚单位。在其它实施方案中，反义化合物为8至80、12至50、13至30、13至50、14至30、14至50、15至30、15 至 50、16 至 30、16 至 50、17 至 30、17 至 50、18 至 22、18 至 24、18 至 30、18 至 50、19 至22、19至30、19至50或20至30个连接的亚单位。在某些此类实施方案中，反义化合物为8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、
`59、60、61、62、63、64、65、66、67、68、69、70、71、72、73、74、75、76、77、78、79 或 80 个连接的亚单位长，或上述值的任何两个所定义的范围。在一些实施方案中，反义化合物是反义寡核苷酸，且连接的亚单位是核苷酸。
[0273]在某些实施方案中，靶向于STAT3核酸的反义寡核苷酸可能被缩短或截短。例如，可以从5’末端(5’截短)、或可选地从3’末端(3’截短)删除单个亚单位。靶向于STAT3核酸的缩短或截短的反义化合物可能有两个从反义化合物的5’末端删除的亚单位，或可选地可能有两个从反义化合物的3’末端删除的亚单位。可选地，被删除的核苷可能散布在整个反义化合物中，例如，在有一个从5’末端删除的核苷以及一个从3’末端删除的核苷的反义化合物中。
[0274]当加长的反义化合物中存在单个附加的亚单位时，该附加的亚单位可以位于反义化合物的5’或3’末端。当存在两个或多个附加的亚单位时，这些增加的亚单位可能彼此相邻，例如，在具有两个亚单位被加到反义化合物的5’末端(5，添加)或者3’末端(3’添加)的反义化合物中。可选地，增加的亚单位可以散布在整个反义化合物中，例如，在具有一个亚单位被添加到5’末端以及一个亚单位被添加到3’末端的反义化合物中。
[0275]增加或降低反义化合物如反义寡核苷酸的长度，和/或引入错配碱基而不消除活性是可能的。例如，在 Woolf 等人(Proc.Natl.Acad.Sc1.USA89:7305-7309, 1992)，对一系列长度为13-25个核碱基的反义寡核苷酸在卵母细胞注射模型中诱导靶RNA切割的能力进行了测试。具有8或11个错配碱基靠近反义寡核苷酸末端的长度为25个核碱基反义寡核苷酸能够引导靶mRNA的特异性切割，虽然其程度小于不含错配的反义寡核苷酸。类似地，用13个核碱基反义寡核苷酸(包括具有I个或3个错配的那些)实现了靶特异性切割。
[0276]Gautschi 等人(J.Natl.CancerInst.93:463-471，2001 年 3 月)说明了与bcl-2mRNA100%互补并且与bcl-xL mRNA具有3个错配的寡核苷酸在体外和体内降低bcl_2和bcl-xL两者的表达的能力。而且，这种寡核苷酸在体内表现出有效的抗肿瘤活性。
[0277]Maher 和 Dolnick (Nuc.Acid.Res.16:3341-3358，1988)分别对一系列串联的 14个核碱基反义寡核苷酸、以及由两个或三个串联反义寡核苷酸的序列组成的28和42个核碱基反义寡核苷酸测试了它们在兔网织红细胞测定中阻止人DHFR翻译的能力。三条14个核碱基反义寡核苷酸的每一个单独能抑制翻译，虽然水平比28或42个核碱基反义寡核苷酸的水平要更弱些。
[0278]在某些实施方案中，如本文所述的化合物由于当如本文所述的那样递送至HuVEC细胞时具有小于20uM、小于19uM、小于18uM、小于17uM、小于16uM、小于15uM、小于14uM、小于13uM、小于12uM、小于lluM、小于10uM、小于9uM、小于8uM、小于7uM、小于6uM、小于5uM、小于4uM、小于3uM、小于2uM、小于IuM的体外IC5tl中的至少一者，因而是有效的。
[0279]在某些实施方案中，如本文所述的化合物由于当如本文所述的那样递送至HuVEC细胞时具有1.0uM、小于0.9uM、小于0.8uM、小于0.7uM、小于0.6uM、小于0.5uM、小于0.4uM、小于0.3uM、小于0.2uM、小于0.1uM的体外IC50中的至少一者，因而是有效的。
[0280]在某些实施方案中，如本文所述的化合物由于当如本文所述的那样递送至HuVEC细胞时具有0.95uM、小于0.9 0uM、小于0.85uM、小于0.80uM、小于0.75uM、小于0.70uM、小于 0.65uM、小于 0.60uM、小于 0.55uM、小于 0.50uM、小于 0.45uM、小于 0.40uM、小于 0.35uM、小于0.30uM、小于0.25uM、小于0.20uM、小于0.15uM、小于0.1OuM,小于0.05uM、小于0.04uM、小于0.03uM、小于0.02uM、小于0.01uM的体外IC50中的至少一者，因而是有效的。
[0281]在某些实施方案中，如本文所述的化合物由于当如本文所述的那样通过自由摄取方法递送至癌细胞系时具有小于20uM、小于15uM、小于10uM、小于5uM、小于2uM的体外IC5tl中的至少一者，因而是有效的。
[0282]在某些实施方案中，如通过ALT或AST值增加不超过盐水治疗的动物的4倍、3倍或2倍或者肝、脾或肾重量增加不超过30%、20%、15%、12%、10%、5%或2%中的至少一者所示，如本文所述的化合物是高度可耐受的。在某些实施方案中，如通过ALT或AST比盐水治疗的动物没有增加所示，如本文所述的化合物是高度可耐受的。在某些实施方案中，如通过肝、脾或肾重量比盐水治疗的动物没有增加所示，如本文所述的化合物是高度可耐受的。在某些实施方案中，这些化合物包括ISIS455265、ISIS455269、ISIS455271、ISIS455272、ISIS455291、ISIS455371、ISIS455394、ISIS455703、ISIS455429、ISIS455471、ISIS455527、ISIS455530、ISIS455536、ISIS455548、ISIS455611、ISIS465236、ISIS465237、ISIS465588、ISIS465740、ISIS465754、ISIS465830、ISIS466670、ISIS466720 ;ISIS481374、ISIS481390、ISIS481420、ISIS481431、ISIS481453、ISIS481464、ISIS481475、ISIS481495、ISIS481500、ISIS481501、ISIS481525、ISIS481548、ISIS481549、ISIS481597、ISIS481695、ISIS481700、ISIS481702、ISIS481710、ISIS481725、ISIS481750 和 ISIS481763。在某些实施方案中，此类化合物包括包含 SEQ ID N057、90、90、175、223、245、267、307、317、318、366、411、413、54、258、268、272、288、464、367、393、1564、1568、1571、1572、1590、1670、1693、1728、1770、1826、1829、1835、1847、1910、1997、2168、2198、2325、2339、2720、2731、2732 和 2756 中的任何一个的序列的化合物。
[0283]反义化合物基序
[0284]在某些实施方案中，靶向于STAT3核酸的反义化合物具有模式或基序中排列的化学修饰的亚单位，以赋予反义化合物性质如增强的对靶核酸的抑制活性、增加的结合亲合力或抗体内核酶的降解。
[0285]嵌合反义化合物通常含有至少一个修饰区域，以赋予增加的核酶降解抗性、增加的细胞摄入、增加的对靶核酸的结合亲合力和/或增加的抑制活性。嵌合反义化合物的第二个区域可以充当细胞内切核酸酶RNA酶H的底物，RNA酶H切割RNA = DNA双链体的RNA链。
[0286]具有缺口聚体基序的反义化合物被认为是嵌合反义化合物。在缺口聚体中，具有多个支持RNA酶H切割的核苷酸的内部区域位于具有多个与内部区域的核苷化学差异的核苷酸的外部区域之间。在具有缺口聚体基序的反义寡核苷酸的情况下，缺口区段一般充当内切核酸酶切割的底物，然而翼区段包含修饰的核苷。在某些实施方案中，缺口聚体的区域通过包含每个不同区域的糖部分的类型而区分。在一些实施方案中，用于区分缺口聚体区域的糖部分类型可包括β -D-核糖核苷、β -D-脱氧核糖核苷、2’ -修饰的核苷(此类2’ -修饰的核苷可包括2’ -MOE和2’ -O-CH3,以及其它)和双环糖修饰的核苷(此类双环糖修饰的核苷可包括具有受约束的乙基的那些)。在某些实施方案中，翼可包括数个修饰的糖部分，包括例如2’ -MOE和受约束的乙基。在某些实施方案中，翼可包括数个修饰的和未修饰的糖部分。在某些实施方案中，翼可包括2’ -MOE核苷、受约束的乙基核苷和2’ -脱氧核苷的各种组合。
[0287]每个不同的区域可包含一致的糖部分、变体或交替糖部分。翼-缺口-翼基序通常被描述为“Χ-Υ-Ζ”，其中“X”代表5’ -翼的长度，“Y”代表缺口的长度，且“Ζ”代表3’ -翼的长度。“X”和“Ζ”可包含一致的变体、或交替糖部分。在某些实施方案中，“X”和“Y”可包括一个或多个2’ -脱氧核苷。`
[0288]“Y”可包含2’ -脱氧核苷。如本文所用的，被描述为“Χ-Υ-Ζ”的缺口聚体的结构使得缺口与5’ -翼和3’翼中的每一个的位置直接相邻。因此，在5’ -翼与缺口之间、或缺口与3’ -翼之间不存在插入核苷酸。本文所述的反义化合物中的任一个可具有缺口聚体基序。在某些实施方案中，“X”和“Ζ”是相同的，在其它实施方案中，它们是不同的。在某些实施方案中，“Y”为8至15个核苷。Χ、Υ或Z可以为1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、25、30 或更多个核苷中的一个。
[0289]在某些实施方案中，本文提供的缺口聚体包括，例如，具有1-9-1的基序的11聚体。
[0290]在某些实施方案中，本文提供的缺口聚体包括，例如，具有1-9-2、2-9_1或1_10_1的基序的12聚体。
[0291]在某些实施方案中，本文提供的缺口聚体包括，例如，具有1-9-3、2-9-2、3-9_1、
1-10-2或2-10-1的基序的13聚体。
[0292]在某些实施方案中，本文提供的缺口聚体包括，例如，具有1-9-4、2-9-3、3-9_2、
4-9-1、1-10-3、2-10-2 或 3-10-1 的基序的 14 聚体。[0293]在某些实施方案中，本文提供的缺口聚体包括，例如，具有1-9-5、2-9-4、3-9_3、
4-9-2、5-9-1、1-10-4、2-10-3、3-10-2、或4-10-1 的基序的 15 聚体。
[0294]在某些实施方案中，本文提供的缺口聚体包括，例如，具有2-9-5、3-9-4、4-9_3、
5-9-2、1-10-5、2-10-4、3-10-3、4-10-2、或5-10-1 的基序的 16 聚体。
[0295]在某些实施方案中，本文提供的缺口聚体包括，例如，具有3-9-5、4-9-4、5-9_3、
2-10-5、3-10-4、4-10-3、或 5-10-2 的基序的 17 聚体。
[0296]在某些实施方案中，本文提供的缺口聚体包括，例如，具有4-9-5、5-9-4、3-10_5、
4-10-4、或5-10-3的基序的18聚体。
[0297]在某些实施方案中，本文提供的缺口聚体包括，例如，具有5-9-5、4-10-5、或
5-10-4的基序的19聚体。
[0298]在某些实施方案中，本文提供的缺口聚体包括，例如，具有5-10-5的基序的20聚体。
[0299]在某些实施方案中，反义化合物具有“翼聚体(wingmer) ”基序，具有翼-缺口或缺口-翼结构，即如上所述对于缺口聚体结构的X-Y或Y-Z结构。因此，本文提供的翼聚体结构包括但不限于，例如 5-10 、8-4、4-12、12-4、3-14、16-2、18-1、10-3、2-10、1-10、8-2、2-13、
5-13、5-8、或 6-8。
[0300]在某些实施方案中，靶向于STAT3核酸的反义化合物具有2-10-2缺口聚体基序。
[0301]在某些实施方案中，靶向于STAT3核酸的反义化合物具有3-10-3缺口聚体基序。
[0302]在某些实施方案中，靶向于STAT3核酸的反义化合物具有5-10-5缺口聚体基序。
[0303]在某些实施方案中，靶向于STAT3核酸的反义化合物具有1-10-5缺口聚体基序。
[0304]在某些实施方案中，靶向于STAT3核酸的反义化合物具有3-10-4缺口聚体基序。
[0305]在某些实施方案中，靶向于STAT3核酸的反义化合物具有2-10-4缺口聚体基序。
[0306]在某些实施方案中，靶向于STAT3核酸的反义化合物具有4-9-3缺口聚体基序。
[0307]在某些实施方案中，靶向于STAT3核酸的反义化合物具有缺口扩大的基序。
[0308]在某些实施方案中，靶向于STAT3核酸的反义化合物具有下列糖基序中的任一个:
[0309]k-d(10)-k
[0310]e-d(10)-k
[0311]k-d(10)-e
[0312]k-k-d(10)-k-k
[0313]k-k-d(10)-e-e
[0314]e-e-d (10) _k_k
[0315]k-k-k-d (10)-k-k-k
[0316]e-e-e-d(10)-k-k-k
[0317]k-k-k-d (10) ~e~e~e
[0318]k-k-k-d (10)-k-k-k
[0319]e-k-k-d(10)-k-k-e
[0320]e-e-k-d(10)-k-k-e
[0321]e-d-k-d(10)-k-k-e[0322]e—k—d (10)—k—e—k—e
[0323]k_d (10)-k-e—k—e—e
[0324]e-e-k-d(10)-k-e-k-e
[0325]e-d-d-k-d(9)—k—k—e
[0326]e-e-e—e—d(9)—k—k—e
[0327]其中，k是受:约束的乙基核苷，e是2’ -MOE取代的核苷，且d是2’ -脱氧核苷。
[0328]在某些实施方案中，所述反义寡核苷酸具有如下式A描述的糖基序:(J)m-(B)n_ (J) ρ- (B) r- (A) t- (D) g- (A) v- (B) w- (J) x- (B) y- (J) z
[0329]其中:
[0330]每个A独立地是2’ -取代的核苷；
[0331 ] 每个B独立地是双环核苷；
[0332]每个J独立地是2’ -取代的核苷或2’ -脱氧核苷；
[0333]每个D是2 ’ -脱氧核苷；
[0334]m 是 0_4 ；n 是 0_2 ；p 是 0_2 ；r 是 0_2 ；t 是 0_2 ；V 是 0_2 ；w 是 0_4 ；x 是 0_2 ；y 是0-2 ；z 是 0-4 ；g 是 6-14 ；
`[0335]前体条件是:
[0336]m、η和r中的至少一个不是O ;
[0337]w和y中的至少一个不是O ;
[0338]m、n、p、r和t的总和是2至5 ;和
[0339]V、W、X、y和ζ的总和是2至5。
[0340]靶核酸、靶区域和核苷酸序列
[0341]编码STAT3的核苷酸序列包括且不限于下列:GENBANK登录号NM_139276.2(以SEQ ID NO:1并入本文)和由核苷酸4185000至4264000截短的GENBANK登录号ΝΤ_010755.14的互补序列(以SEQ ID NO:2并入本文)。
[0342]应理解，本文所含的实施例中的每个SEQ ID NO中列出的序列独立于对糖部分、核苷间连接或核碱基的任何修饰。因此，SEQ ID NO定义的反义化合物可独立地包含对糖部分、核苷间连接或核碱基的一个或多个修饰。Isis号(IsisNo)描述的反义化合物指示核碱基序列和基序的组合。
[0343]在某些实施方案中，靶区是结构限定的靶核酸区域。例如，靶区可涵盖3’ UTR、5’ UTR、外显子、内含子、外显子/内含子结点、编码区域、翻译起始区域、翻译终止区域、或其他定义的核酸区域。STAT3的结构限定的区域可通过登录号从如NCBI的序列数据库获得，且此类信息通过并入本文。在某些实施方案中，靶区可涵盖从靶区中的一个靶区段的5’靶位点到同一靶区中另一个靶区段的3’靶位点的序列。
[0344]靶向包括确定反义化合物与之杂交以便发生所需效应的至少一个靶区段。在某些实施方案中，所需效应是mRNA靶核酸水平的降低。在某些实施方案中，所需效应是由靶核酸编码的蛋白质的水平的降低或与靶核酸相关的表型变化。
[0345]靶区可含有一个或多个靶区段。靶区中的多个靶区段可以重叠。可选地，它们可以不重叠。在某些实施方案中，靶区中的靶区段被至多约300个核苷酸分开。在某些实施方案中，靶区中的靶区段被靶核酸上的若干核苷酸分开，所述若干核苷酸为、为约、为至多、为至多约250、200、150、100、90、80、70、60、50、40、30、20或10个核苷酸，或为任意两个前述
值所定义的范围的数量的核苷酸。在某些实施方案中，靶区中的靶区段被靶核酸上的至多、或至多约、5个核苷酸分开。在某些实施方案中，靶区段是连续的。构思的是具有本文所列的5’靶位点或3’靶位点中的任一个的起始核酸的范围所定义的靶区。
[0346]合适的靶区段可能在5’UTR、编码区域、3’UTR、内含子、外显子、或外显子/内含子结点中被发现。含有起始密码子或终止密码子的靶区段也是合适的靶区段。合适的靶区段可特异性地排除某些结构限定的区域如起始密码子或终止密码子。
[0347]合适的靶区段的确定可包括靶核酸序列与基因组中的其它序列的比较。例如，BLAST算法可用于鉴定不同核酸中有相似性的区域。这种比较可防止挑选出可能与所选靶核酸之外的序列靶核酸(即，非靶序列或脱靶序列)以非特异性方式杂交的反义化合物序列。
[0348]反义化合物在活性靶区中的活性(例如，如通过靶核酸水平的降低百分比来定义)可能会变化。在某些实施方案中，STAT3mRNA水平的降低表明STAT3表达的抑制。STAT3蛋白质水平的降低也表明靶mRNA表达的抑制。而且，表型变化表明STAT3表达的抑制。在某些实施方案中，降低的细胞生长、降低的肿瘤生长和减小的肿瘤体积可表明STAT3表达的抑制。在某些实施方案中，与癌症相关的症状的改善可表明STAT3表达的抑制。在某些实施方案中，恶病质的减少表明STAT3表达的抑制。在某些实施方案中，癌症标记物的减少可表明STAT3表达的抑制。
[0349]杂交
[0350]在一些实施方案中，杂交发生在本文公开的反义化合物与STAT3核酸之间。杂交最常见的机制涉及核酸分子的互补核碱基之间的氢键合(例如，ffatson-Crick, Hoogsteen或反相Hoogsteen氢键合)。
[0351]杂交可以在不同条件下`发生。严格条件是序列依赖的，且取决于待杂交的核酸分子的特性和组成。
[0352]确定序列是否与靶核酸特异性杂交的方法为本领域所熟知。在某些实施方案中，本文提供的反义化合物可与STAT3核酸特异性杂交。
[0353]互补性
[0354]当反义化合物的足够数量的核碱基与靶核酸的相应核碱基发生氢键作用以产生所需效应时(例如，靶核酸，如STAT3核酸的反义抑制)，那么反义化合物与靶核酸彼此互补。
[0355]假如反义化合物保持能够与靶核酸特异性杂交，则反义化合物与STAT3核酸之间的非互补核碱基可被耐受的。而且，反义化合物可与STAT3核酸的一个或多个区段杂交，以至于插入或相邻区段不参与到杂交事件(例如，环结构、错配或发夹结构)。
[0356]在某些实施方案中，本文提供的反义化合物、或其指定部分与STAT3核酸、靶区、靶区段、或其指定部分为、或至少为 70%、80%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、或100%互补。反义化合物与靶核酸的互补性百分比可以用常规方法测定。
[0357]例如，反义化合物的20个核碱基中的18个与靶区互补并因此特异性杂交的反义化合物表示90%的互补性。在该实例中，剩余的非互补核碱基可以是聚集的或点缀有互补核碱基，不必彼此之间或与互补核碱基相连续。同样地，长度为18个核碱基且具有四个两侧为与靶核酸完全互补的两个区域的非互补核碱基的反义化合物具有与靶核酸77.8%的总互补性，因此落在本发明的范围之内。可以使用本领域已知的BLAST程序(基本的局部比对搜索工具)和 PowerBLAST 程序(Altschul 等人，J.Mol.Biol.，1990，215，403410 ；Zhang和Madden, Genome Res., 1997, 7, 649656)常规地确定反义化合物与祀核酸区域的互补性百分比。同源百分比、序列同一性或互补性可以用例如采用默认设置的Gap程序(Wisconsin序列 Analysis Package, Unix 的版本8，Genetics Computer Group, UniversityResearch Park, Madison ffis.)来确定，其利用 Smith 和 Waterman 的算法(Adv.App1.Math.，1981, 2，482489)。
[0358]在某些实施方案中，本文提供的反义化合物、或其指定部分与靶核酸或其指定部分完全互补(即100%互补)。例如，反义化合物可与STAT3核酸或靶区、或其靶区段或靶序列完全互补。如本文所用的，“完全互补”意指反义化合物的每个核碱基能够与靶核酸的相应核碱基准确碱基配对。例如，20个核碱基反义化合物与400个核碱基长的靶序列完全互补，只要该靶核酸的相应20个核碱基部分与反义化合物互补。完全互补也可以用于是指第一条和/或第二条核酸的指定部分。例如，30个核碱基反义化合物中的20个核碱基部分可以与400个核碱基长的靶序列“完全互补”。如果靶序列有相应的20个核碱基，其中每个核碱基与反义化合物的20个核碱基部分互补，那么30个核碱基寡核苷酸的20个核碱基部分与靶序列完全互补。同时，根据反义化合物的剩余的10个核碱基是否也与靶序列互补，整个30个核碱基反义化合物与靶序列可能完全互补或可能不完全互补。
[0359]非互补核碱基的位置可在反义化合物的5’末端或3’末端。可选地，非互补核碱基或核碱基可在反义化合物的内部位置。当存在两个或多个非互补核碱基时，它们可以是连续的(即连接的)或非连续的。在一个实施方案中，非互补核碱基位于缺口聚体反义寡核苷酸的翼区段。
[0360]在某些实施方案 中，相对于靶核酸如STAT3核酸、或其指定部分，长度为或高至11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个核碱基的反义化合物包含至多4、至多3、至多2、或至多I个非互补核碱基。
[0361]在某些实施方案中，相对于靶核酸如STAT3核酸、或其指定部分，长度为或高至11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29 或 30 个核碱基的反义化合物包含至多6、至多5、至多4、至多3、至多2、或至多I个非互补核碱基。
[0362]本文提供的反义化合物还包括与靶核酸部分互补的化合物。如本文所用的，“部分”是指在靶核酸的区域或区段中确定数量的连续(即连接的)核碱基。“部分”也可以是指反义化合物的确定数量的连续核碱基。在某些实施方案中，反义化合物与靶区段的至少8个核碱基部分互补。在某些实施方案中，反义化合物与靶区段的至少9个核碱基部分互补。在某些实施方案中，反义化合物与靶区段的至少10个核碱基部分互补。在某些实施方案中，反义化合物与靶区段的至少11个核碱基部分互补。在某些实施方案中，反义化合物与靶区段的至少12个核碱基部分互补。在某些实施方案中，反义化合物与靶区段的至少13个核碱基部分互补。在某些实施方案中，反义化合物与靶区段的至少14个核碱基部分互补。在某些实施方案中，反义化合物与靶区段的至少15个核碱基部分互补。还构思的是与革巴区段的至少9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20或更多个核碱基部分、或由任意两个这些值所定义的范围互补的反义化合物。
[0363]同一性
[0364]本文提供的反义化合物也可与特定核苷酸序列、SEQ ID NO、或由特定Isis号代表的化合物、或其部分具有确定的同一性百分比。如本文所用的，如果具有相同的核碱基配对能力，则反义化合物与本文公开的序列相同。例如，在公开的DNA序列中，含有取代胸腺嘧啶的尿嘧啶的RNA会被认为是与DNA序列相同，因为尿嘧啶和胸腺嘧啶均与腺嘌呤配对。本文所述的反义化合物的缩短的和加长的版本以及具有相对于本文提供的反义化合物的非相同碱基的化合物也被构思。非相同的碱基可以彼此邻近或散布于整个反义化合物中。根据相对于被比较序列具有相同碱基配对的碱基的数量计算反义化合物的百分比同一性。
[0365]在某些实施方案中，反义化合物或其部分与本文公开的一个或多个反义化合物或SEQ ID NO、或其部分有至少 70%、75%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99% 或 100% 相同。
[0366]在某些实施方案中，反义化合物的部分与靶核酸的等长部分相比较。在某些实施方案中，8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24 或 25 个核碱基部分与靶核酸的等长部分相比较。
[0367]在某些实施方案中，反义寡核苷酸的部分与靶核酸的等长部分相比较。在某些实施方案中，8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24 或 25 个核碱基部分与革巴核酸的等长部分相比较。
[0368]修饰
[0369]核苷是碱基-糖组合。核苷的核碱基(也称为碱基)部分通常为杂环碱基部分。核苷酸是进一步包括共价连接到核苷的糖部分的磷酸根的核苷。对于包括戊呋喃糖基糖的那些核苷，磷酸基团可连接到糖`的2’、3’或5’羟基部分。寡核苷酸通过相邻的核苷彼此共价连接形成线形的聚合寡核苷酸而形成。在寡核苷酸结构内，磷酸基团通常被称为形成寡核苷酸的核苷间连接。
[0370]对反义化合物的修饰涵盖取代或改变核苷间连接、糖部分或核碱基。修饰的反义化合物通常比天然形式优选，因为它们具有期望的性质，如，例如增强的细胞摄入、增强的对核酸靶的亲合力、在存在核酸酶时增加的稳定性或增加的抑制活性。
[0371]化学修饰的核苷也可用来增加缩短的或截短的反义寡核苷酸对其靶核酸的结合亲合力。因此，用具有此类化学修饰的核苷的较短反义化合物经常可以获得类似的结果。
[0372]修饰的核苷间连接
[0373]RNA和DNA的天然存在的核苷间连接是3’至5’磷酸二酯连接。具有一个或多个修饰的，即非天然存在的、核苷间连接的反义化合物常常比具有天然存在的核苷间连接的反义化合物优先被选择，因为它们具有期望的性质，如，例如增强的细胞摄入、增强的对核酸靶的亲合力、和在存在核酸酶时增加的稳定性。
[0374]具有修饰的核苷间连接的寡核苷酸包括保留磷原子的核苷间连接以及没有磷原子的核苷间连接。代表性含磷核苷间连接包括但不限于，磷酸二酯、磷酸三酯、甲基磷酸酯、氨基磷酸酯和硫代磷酸。制备含磷的和不含磷的连接的方法是公知的。
[0375]在某些实施方案中，靶向于STAT3核酸的反义化合物包含一个或多个修饰的核苷间连接。在某些实施方案中，修饰的核苷间连接是硫代磷酸连接。在某些实施方案中，反义化合物的每个核苷间连接是硫代磷酸核苷间连接。[0376]修饰的糖部分
[0377]本文提供的反义化合物可任选地含有一个或多个其中糖基团已被修饰的的核苷。此类糖修饰的核苷可以赋予反义化合物增强的核酸酶稳定性、增加的结合亲合力或一些其它有益的生物特性。在某些实施方案中，核苷包含化学修饰的呋喃核糖环部分。化学修饰的呋喃核糖环的实例包括且不限于，加入取代基(包括5’和2’取代基)；形成双环核酸(BNA)的非偕环原子的桥接；用S、NI或C (Rl) 12 (R=H、C1-C12烷基或保护基)替代核糖基环氧原子；和其组合。化学修饰的糖的实例包括，2’-F-5’_甲基取代的核苷(参见，于8/21/08公布的PCT国际申请W02008/101157中的其它公开的5’，2’ -双取代的核苷)，用S替代核糖基环氧原子且在2’-位具有进一步取代(参见，于2005年6月16日公布的美国专利请US2005/0130923)，或可选地BNA的5’ -取代(参见，于11/22/07公布的PCT国际申请W02007/134181，其中LNA被例如5，-甲基或5’ -乙烯基取代)。
[0378]具有修饰的糖部分的核苷的实例包括但不限于，包含5’ -乙烯基、5’ -甲基(R或S)、4’ -S、2 ’ -F、2 ’ -OCH3和2 ’ -O (CH2) 20CH3取代基的核苷。在2 ’位的取代基也可选自烯丙基、氨基、叠氮基、硫代、O-烯丙基、O-C1-Cltl 烷基、0CF3、O(CH2) 2SCH3、O(CH2) 2-0-N(Rm) (Rn)和O-CH2-C (=0) -N (Rm) (Rn)，其中每个Rm和Rn独立地是H或取代的或未取代的C1-Cltl烷基。
[0379]如本文所用的，“双环核苷”是指修饰的核苷包含双环糖部分。双环核苷的实例包括但不限于，包含4’与2’核糖基环原子之间的桥的核苷。在某些实施方案中，本文提供的反义化合物包括一个或多个双环核苷，其中桥包含4’至2’双环核苷。此类4’至2’双环核苷的实例包括但不限于，下式之一:4’ _(CH2)-0-2’ (LNA) ;4’ _(CH2)-S_2’ ；4’ - (CH2) 2-0-2’ (ENA) ;4’ -CH(CH3)-0-2’ 和 4’ -CH(CH2OCH3)-0-2’、及其类似物(参见，于2008年7月15日授权的美国专利7，399，845) ;4，-C(CH3) (CH3)H、及其类似物(参见，于 2009 年 I 月 8 日公布的 PCT 国际申请 W02009/006478) ;4，-CH2-N(OCH3)-2，、及其类似物(参见，于2008年12月11日公布的PCT国际申请W02008/150729)；4，-CH2-O-N (CH3)-2，(参见，于2004年9月2日公布的美国专利申请US2004/0171570)；4’ -CH2-N1-0-2’，其中R是H、C1-C12烷基、或保护基(参见，于2008年9月23日授权的美国专利 7, 427，672) ;4，-CH2-C(H) (CH3) _2，(参见，Chattopadhyaya,等人，J.0rg.Chem.，2009，74，118-134)；和 4，-CH2-C (=CH2)-2 ’、及其类似物(参见，于 2008年12月8日公布的PCT国际申请W02008/154401)。还参见例如:Singh等人，Chem.Commun., 1998, 4, 455-456 ；Koshkin 等人,Tetrahedron, 1998, 54, 3607-3630 ；ffahlestedt等人，Proc.Natl.Acad.Sc1.U.S.A., 2000, 97, 5633-5638 ；Kumar 等人,Bioorg.Med.Chem.Lett., 1998, 8, 2219-2222 ；Singh 等人，J.0rg.Chem., 1998, 63, 10035-10039 ；Srivastava等人,J.Am.Chem.Soc., 129(26)8362-8379(2007 年 7 月 4 日)；Elayadi 等人,Curr.0pinion Invens.Drugs, 2001, 2, 558-561 ；Braasch 等人，Chem.Biol.，2001，8，1-7 ;Orum 等人，Curr.0pinion Mol.Ther.，2001，3，239-243 ;美国专利号 U.S.6，670，461、7，053，207,6, 268，490,6, 770，748,6, 794，499,7, 034，133,6, 525，191,7, 399，845 ;公布的 PCT 国际申请 W02004/106356、W094/14226、W02005/021570 和 W02007/134181 ；美国专利公布 N0.US2004/0171570、US2007/0287831 和 US2008/0039618 ;和美国专利序列号12/129，154,60/989,574,61/026,995,61/026, 998,61/056, 564,61/086, 231,61/097, 787和 61/099，844 ；和 PCT 国际申请 N0.PCT/US2008/064591、PCT/US2008/066154 和 PCT/US2008/068922。上述双环核苷中的每一个可被制备成具有一个或多个立体化学糖结构，包括例如a -L-呋喃核糖和β -D-呋喃核糖(参见于1999年3月25日以W099/14226公布的 PCT 国际申请 PCT/DK98/00393)。
[0380]在某些实施方案中，BNA核苷的双环糖部分包括但不限于，具有戊呋喃糖基糖部分的4’位与2’位之间的至少一个桥的化合物，其中此类桥独立地包含I个或2至4个连接的基团，所述基团独立地选自-[C (Ra) (Rb)Jn-,-C (Ra) =C (Rb) -、-C (Ra) =N-,-C (=NRa) -、_C (=0)-、-C (=S) -、-O-、-Si (Ra) 2_、-S (=0) x-和-N (Ra)-；
[0381]其中:
[0382]X 是 O、1、或 2;
[0383]η 是 1、2、3、或 4;
[0384]每个Ra和Rb独立地是H、保护基、羟基、C「C12烷基、取代的C1-C12烷基、C2-C12链烯基、取代的C2-C12链烯基X2-C12炔基、取代的C2-C12炔基、C5-C2tl芳基、取代的C5-C2tl芳基、杂环基团、取代的杂环基团、杂芳基、取代的杂芳基、C5-C7脂环族基团、取代的C5-C7脂环族基团、卤素、OJ1、NJ1J2、SJ1、N3、COOJ1、酰基(C (=0) -H)、取代的酰基、CN、磺酰基(S (=0) ^J1)、或亚砜基(SbO)-J1);和
[0385]每个J1和J2独立地是H、C1-C12烷基、取代的C1-C12烷基、C2-C12链烯基、取代的C2-C12链烯基、C2-C12炔基、取代的C2-C12炔基、C5-C2tl芳基、取代的C5-C2tl芳基、酰基(C(=0)-H)、取代的酰基、杂环基团、取代的杂环基团、C1-C12氨基烷基、取代的C1-C12氨基烷基、或保护基。
[0386]在某些实施方案中，双环糖部分的桥是-[C(Ra) (Rb)Jn-, -[C(Ra) (Rb)]n-0-、-C(RaRb)-N(R)-O-或-C (RaRb)-O-N(R) _。在某些实施方案中，桥是 4’_CH2_2’、4’ _ (CH2) 2_2，、4’ _ (CH2) 3`_2，、4’ _CH2_0_2，、4，_ (CH2) 2_0_2，、4，_CH2_0_N (R) _2，和4’ -CH2-N(R)-0-2’ _，其中每个R独立地是H、保护基、或C1-C12烷基。
[0387]在某些实施方案中，双环核苷进一步由异构体结构限定。例如，包含4’ -2’亚甲基-氧基桥的核苷可以呈a-L结构或呈β-D结构。之前，a-L-亚甲基氧基(4’-CH2-0_2’)BNA’ s已被并入显示反义活性的反义寡核苷酸中(Frieden等人，Nucleic AcidsResearch, 2003, 21, 6365-6372)。
[0388]在某些实施方案中，双环核苷包括但不限于，(A) a -L-亚甲基氧基(4’-CH2-0-2’)BNA、(B) β-D-亚甲基氧基(4，-CH2-0-2，)BNA、(C)亚乙基氧基(4，-(CH2)2H )BNA、(D)氨基氧基(4，-CH2-O-N (R)-2’)BNA、(E)氧基氨基(4，-CH2-N (R)-0-2 ’)BNA、(F)甲基(亚甲基氧基)(4，-CH(CH3)-0-2，)BNA、(G)亚甲基-硫代(4，-CH2-S_2，)BNA、(H)亚甲基-氨基(4’-CH2-N(R)-2’)BNA、(I)甲基碳环(4，-CH2-CH (CH3)-2，)BNA 和(J)亚丙基碳环(4’ -(CH2)3-2, )BNA，如下所描绘。
[0389]
【权利要求】
1.一种包含由12至30个连接的核苷组成的修饰的寡核苷酸的化合物，所述修饰的寡核苷酸具有的核碱基序列包含与SEQ ID NO:1的核碱基3008至3033的等长部分互补的至少12个连续核碱基的一部分，其中所述核碱基序列与SEQ ID NO:1互补。
2.一种包含由12至30个连接的核苷组成的修饰的寡核苷酸的化合物，所述修饰的寡核苷酸具有的核碱基序列包含与SEQ ID NO:1的核碱基3016至3031的等长部分互补的至少12个连续核碱基的一部分，其中所述核碱基序列与SEQ ID NO:1互补。
3.一种包含由12至30个连接的核苷组成的修饰的寡核苷酸的化合物，所述修饰的寡核苷酸具有的核碱基序列包含与SEQ ID NO: 2的核碱基6476至6491的等长部分互补的至少12个连续核碱基的一部分，其中所述核碱基序列与SEQ ID NO: 2互补。
4.一种包含由12至30个连接的核苷组成的修饰的寡核苷酸的化合物，所述修饰的寡核苷酸具有的核碱基序列包含与SEQ ID NO:1的下述核碱基的等长部分互补的至少12个连续核碱基的一部分:核碱基 250-286 ；250-285 ;264_285 ;264_282 ;728_745 ;729_745 ；.729-744 ；787-803 ;867_883 ;955_978 ；1146-1170 ；1896-1920 ；1899-1920 ;1899_1919 ；.1899-1918 ；1899-1916 ；1901-1916 ;1946_1963 ;1947_1963 ；2155-2205 ;2155_2187 ；.2156-2179 ；2204-2221 ；2681-2696 ；2699-2716 ；3001-3033 ；3008-3033,3010-3033,.3010-3032、3015-3033、3015-3032、3015-3031、3016-3033、3016-3032、3016-3033 ；.3452-3499 ；3460-3476 ；3583-3608 ；3591-3616 ；3595-3615 ；3595-3614 ；3595-3612 ；.3675-3706 ；3713-3790 ;3715_3735 ;3833_3878 ;3889_3932 ；3977-4012 ；4067-4100 ；.4225-4256 ;4234_4252 ;4235_4252 ;4235_4251 ;4236_4252 ；4306-4341 ;4431_4456 ；.4439-4454 ；4471-4510 ；4488-4505 ；4530-4558 ；4539-4572 ；4541-4558 ；4636-4801 ；.4782-4796 ；4800-4823 ；4811-4847 ；4813-4859 ；4813-4815 ；4813-4831 ；4827-4859 ；.4827-4844 ;或4842-4859，其中所述修饰的寡核苷酸的核碱基序列与SEQ ID NO:1互补。
5.一种包含由12至30个连接的核苷组成的修饰的寡核苷酸的化合物，所述修饰的寡核苷酸具有的核碱基序列包含与SEQ ID NO: 2的下述核碱基的等长部分互补的至少12个连续核碱基的一部分:核碱基 2668-2688 ;2703_2720 ;5000_5021 ;5001_5017 ;5697_5722 ；.5699-5716 ；6475 - 6490 ；6475 - 6491 ；6476 - 6491 ；7682-7705 ；8078-8097 ；.8079-8095 ；9862-9811 ；9870-9897 ；9875-9893 ；9875-9891 ；9877-9893 ；11699-11719 ；.12342-12366 ;12345_12364 ;12346_12364 ;12347_12364 ；12353-12380 ;12357_12376 ；.12358-12376 ;12358_12373 ;12360_12376 ;14128_14148 ;16863_16883 ;46091_46111 ；.50692-50709 ；50693-50709 ；50693-50708 ;61325_61349 ;66133_66157 ;66136_66157 ；.66136 - 66155 ;66136_66153 ;66138_66153 ；66184-66200 ；67067-67083 ;4171_74220 ；.74199-74220 ；74202-74220 ；74171-74219 ；74199-74219 ；74202-74219 ；74171-74218 ；.74199-74218 ；74202-74218 ；74723-74768 ；74764-74803 ；74782-74802 ；74782-74801；.74782-74800 ；74782-74799 ；74783-74802 ；74783-74801 ；74783-74800 ；74783-74799 ；.74862-74893 ；74900-74977 ；74902-74922 ；74902-74920 ；75070-75119 ;75164_75199 ；.75254-75287 ;75412_75443 ;75421_75439 ;75422_75439 ;75422_75438 ;75423_75439 ；.75423-75438 ；75493-75528 ；75616-75643 ；75626-75641 ；75658-75699 ；75676-75692 ；.75717-75745 ；75726-75759 ；75726-75745 ；75727-75745 ；75728-75745 ；75831-75988 ；.75852-75969 ；75969-75984 ；75987-76056 ；76000-76046 ；76000-76032 ；76000-76018 ；76014-76046 ；76014-76032 ；76029-76046 ;或 76031-76046，其中所述修饰的寡核苷酸的核碱基序列与SEQ ID NO: 2互补。
6.如权利要求1或2所述的化合物，其中所述修饰的寡核苷酸的核碱基序列包含SEQID NO: 245的序列。
7.如权利要求1或2所述的化合物，其中所述修饰的寡核苷酸的核碱基序列由SEQIDNO: 245的序列组成。
8.如权利要求3所述的化合物，其中所述修饰的寡核苷酸的核碱基序列包含SEQIDNO: 413的序列。
9.如权利要求3所述的化合物，其中所述修饰的寡核苷酸的核碱基序列由SEQID NO:413的序列组成。
10.如权利要求1-9任一项所述的化合物，其中所述修饰的寡核苷酸与SEQID NO:1或2 100%互补。
11.如权利要求ι-?ο任一项所述的化合物,其由单链修饰的寡核苷酸组成。
12.如权利要求1-11任一项所述的化合物，其中至少一个核苷间连接是修饰的核苷间连接。
13.如权利要求12所述的化合物，其中每个核苷间连接是硫代磷酸核苷间连接。
14.如权利要求1-13任一项所述的化合物，其中至少一个核苷包含修饰的糖。`
15.如权利要求14所述的化合物，其中至少一个修饰的糖是双环糖。
16.如权利要求15所述的化合物，其中所述双环糖包含4’- CH2-0-2’桥。
17.如权利要求15所述的化合物，其中所述双环糖包含4’-CH(CH3)-0-2’桥。
18.如权利要求14所述的化合物，其中所述修饰的糖包含2’-O(CH2)2-OCH3基团。
19.如权利要求14所述的化合物，其中所述修饰的糖包含2’-O-CH3基团。
20.如权利要求1-19任一项所述的化合物，其中至少一个核苷包含修饰的核碱基。
21.如权利要求20所述的化合物，其中所述修饰的核碱基是5’-甲基胞嘧啶。
22.如权利要求1-13任一项所述的化合物，其中所述修饰的寡核苷酸包含: 由I至5个连接的核苷组成的5’ -翼； 由I至5个连接的核苷组成的3’ -翼； 由8至12个连接的2’ -脱氧核苷组成的5’ -翼和3’ -翼之间的缺口 ；且 其中5’ -翼和3’ -翼中的至少一个包含至少一个双环核苷或一个2’ -取代的核苷。
23.如权利要求1-13任一项所述的化合物，其中所述修饰的寡核苷酸包含: 由I至5个连接的核苷组成的5’ -翼； 由I至5个连接的核苷组成的3’ -翼； 由8至12个连接的2’ -脱氧核苷组成的5’ -翼和3’ -翼之间的缺口 ；且 其中5’ -翼和3’ -翼中的至少一个包含至少一个双环核苷和至少一个2’ -取代的核苷。
24.如权利要求22或23所述的化合物，其中所述2’-取代的核苷包含由2’ -O(CH2)2-OCH3基团或2’ -O-CH3基团组成的组中的任一个。
25.如权利要求22或23所述的化合物，其中所述双环核苷包含由4’- CH2-0_2’桥和4’ -CH (CH3)-0-2’桥组成的组中的任一个。
26.如权利要求1-13任一项所述的化合物，其中所述修饰的寡核苷酸包含: 由3个连接的核苷组成的5’-翼； 由3个连接的核苷组成的3’-翼； 由10个连接的2’ -脱氧核苷组成的5’ -翼和3’ -翼之间的缺口 ； 其中5’ -翼和3’ -翼中的每一个的每个核苷包含受约束的乙基核苷； 其中每个核苷间连接是硫代磷酸连接；和 其中每个胞嘧啶是5’ -甲基胞嘧啶。
27.—种包含修饰的寡核苷酸的化合物，所述修饰的寡核苷酸由12至30个连接的核苷组成且具有包含SEQ ID NO: 245的核碱基序列的至少12个连续核碱基的核碱基序列。
28.—种包含修饰的寡核苷酸的化合物，所述修饰的寡核苷酸由12至30个连接的核苷组成且具有包含SEQ ID NO: 413的核碱基序列的至少12个连续核碱基的核碱基序列。
29.—种包含修饰的寡核苷酸的化合物，所述修饰的寡核苷酸由12至30个连接的核苷组成且具有包含SEQ ID NO: 9-426、430-442、445-464、471-498、500-1034、1036-1512和1541-2757的核碱基序列中的任一个的至少12个连续核碱基的核碱基序列。
30.如权利要求26-29任一项所述的化合物，其由单链修饰的寡核苷酸组成。
31.如权利要求27-30任一项所述的化合物，其中至少一个核苷间连接是修饰的核苷间连接。
32.如权利要求31所述的化合物，其中每个核苷间连接是硫代磷酸核苷间连接。
33.如权利要求27-32任一项所述的化合物，其中至少一个核苷包含修饰的糖。
34.如权利要求33所述的化合物，其中至少一个修饰的糖是双环糖。
35.如权利要求34所述的化合物，其中所述双环糖包含4’- CH2-0-2’桥。
36.如权利要求35所述的化合物，其中所述双环糖包含4’-CH(CH3)-0-2’桥。
37.如权利要求33所述的化合物，其中所述修饰的糖包含2’-O(CH2)2-OCH3基团。
38.如权利要求33所述的化合物，其中所述修饰的糖包含2’-O-CH3基团。
39.如权利要求27-38任一项所述的化合物，其中至少一个核苷包含修饰的核碱基。
40.如权利要求38所述的化合物，其中所述修饰的核碱基是5’-甲基胞嘧啶。
41.如权利要求27-30任一项所述的化合物，其中所述修饰的寡核苷酸包含: 由I至5个连接的核苷组成的5’ -翼； 由I至5个连接的核苷组成的3’ -翼； 由8至12个连接的2’ -脱氧核苷组成的5’ -翼和3’ -翼之间的缺口 ；且 其中5’ -翼和3’ -翼中的至少一个包含至少一个双环核苷或2’ -取代的核苷。
42.如权利要求27-30任一项所述的化合物，其中所述修饰的寡核苷酸包含: 由I至5个连接的核苷组成的5’ -翼； 由I至5个连接的核苷组成的3’ -翼； 由8至12个连接的2’ -脱氧核苷组成的5’ -翼和3’ -翼之间的缺口 ；且 其中5’ -翼和3’ -翼中的至少一个包含至少一个双环核苷和至少一个2’ -取代的核苷。
43.如权利要求 41或42所述的化合物，其中所述2’-取代的核苷包含由2’ -O(CH2)2-OCH3基团或2’ -O-CH3基团组成的组中的任一个。
44.如权利要求41或42所述的化合物，其中所述双环核苷包含由4’- CH2-0-2’桥和4’ -CH (CH3)-0-2’桥组成的组中的任一个。
45.如权利要求27-30任一项所述的化合物，其中所述修饰的寡核苷酸包含: 由3个连接的核苷组成的5’-翼； 由3个连接的核苷组成的3’-翼； 由10个连接的2’ -脱氧核苷 组成的5’ -翼和3’ -翼之间的缺口 ； 其中5’ -翼和3’ -翼中的每一个的每个核苷包含受约束的乙基核苷； 其中每个核苷间连接是硫代磷酸连接；和 其中每个胞嘧啶是5’ -甲基胞嘧啶。
46.一种包含由12至22个连接的核苷组成的修饰的寡核苷酸的化合物，其中所述修饰的寡核苷酸包含: 由I至5个连接的核苷组成的5’ -翼； 由I至5个连接的核苷组成的3’ -翼； 由8至12个连接的2’ -脱氧核苷组成的5’ -翼和3’ -翼之间的缺口 ； 其中5’ -翼和3’ -翼中的至少一个包含至少一个双环核苷或2’ -取代的核苷；其中所述修饰的寡核苷酸的核碱基序列与SEQ ID NO:1的核碱基序列的核碱基3016至3031的等长部分互补；且 其中所述化合物抑制STAT3 mRNA表达的表达。
47.一种包含由12至22个连接的核苷组成的修饰的寡核苷酸的化合物，其中所述修饰的寡核苷酸包含: 由I至5个连接的核苷组成的5’ -翼； 由I至5个连接的核苷组成的3’ -翼； 由8至12个连接的2’ -脱氧核苷组成的5’ -翼和3’ -翼之间的缺口 ； 其中5’ -翼和3’ -翼中的至少一个包含至少一个双环核苷或2’ -取代的核苷；其中所述修饰的寡核苷酸的核碱基序列与SEQ ID NO: 2的核碱基序列的核碱基6476至6491的等长部分互补；且 其中所述化合物抑制STAT3 mRNA表达的表达。
48.如权利要求46或47所述的化合物，其中5’-翼和3’ -翼中的至少一个包含至少一个2’ -脱氧核苷。
49.如权利要求46-48任一项所述的化合物，其由单链修饰的寡核苷酸组成。
50.如权利要求46-49任一项所述的化合物，包含至少一个双环核苷。
51.如权利要求50所述的化合物，其中至少一个双环核苷包含4’-CH(CH3) -O^桥。
52.如权利要求51所述的化合物，其中每个双环核苷包含4’-CH(CH3)-0-2’桥。
53.如权利要求50所述的化合物，其中至少一个双环核苷包含4’- CH2-0-2’桥。
54.如权利要求53所述的化合物，其中每个双环核苷包含4’- CH2-0-2’桥。
55.如权利要求46-54任一项所述的化合物，包含至少一个2’-取代的核苷。
56.如权利要求55所述的化合物，其中至少一个2’-取代的核苷包含2’-O(CH2)2-OCH3基团。
57.如权利要求56所述的化合物，其中每个2’-取代的核苷包含2’ -O(CH2)2-OCH3基团。
58.如权利要求55所述的化合物，其中至少一个2’-取代的核苷包含2’ -O-CH3基团。
59.如权利要求58所述的化合物，其中每个2’-取代的核苷包含2’ -O-CH3基团。
60.如权利要求46-59任一项所述的化合物，其中至少一个核苷间连接是修饰的核苷间连接。
61.如权利要求60所述的化合物，其中每个修饰的核苷间连接是硫代磷酸连接。
62.如权利要求46-61任一项所述的化合物，其中至少一个核苷包含修饰的核碱基。
63.如权利要求62所述的化合物，其中所述修饰的核碱基是5’-甲基胞嘧啶。
64.如权利要求46-49任一项所述的化合物，其中所述修饰的寡核苷酸具有如下式A所述的糖基序:
(J) ηΤ (B) n- (J) ρ- (B) r- (A) t- (D) g- (A) v- (B) w- (J) x- (B) y- (J) z
其中: 每个A独立地是2’ -取代的核苷； 每个B独立地是双环核苷； 每个J独立地是2’ -取代的核苷或2’ -脱氧核苷； 每个D是2’-脱氧核苷；
m 是 0_4 ；n 是 0_2 ；p 是 0_2 ；r 是 0_2 ；t 是 0_2 ；v 是 0_2 ；w 是 0_4 ；x 是 0_2 ；y 是 0_2 ；z 是 0-4 ；g 是 6-14 ； 前体条件是: m、η和r中的至少一个不是O ; w和y中的至少一个不是O ; m、n、p、r和t的总和是2至5 ;和 v、w、x、y和z的总和是2至5。
65.如权利要求46-49任一项所述的化合物，其中所述修饰的寡核苷酸具有由以下组成的组中的任一个的糖基序:
k~d (10)-k
e~d (10)-k
k~d (10)-e
k_k_d(10) _k_k
k_k_d(10)_e_e
e_e_d(10) _k_k
k-k-k-d(10)-k_k_k
e-e-e-d(10)-k_k_k
k-k-k-d(10)-e_e_e
k-k-k-d(10)-k_k_k
e-k-k-d(10)-k_k_e
e-e-k-d(10)-k_k_e
e-d-k-d(10)-k_k_e
e_k_d(10)-k-e-k-ek-d (10)-k-e-k-e-e
e-e-k-d(10)-k-e-k-e
e_d_d_k_d(9)_k_k_e
e_e_e_e_d(9)_k_k_e 其中，k是受:约束的乙基核苷，e是2’ -MOE取代的核苷，且d是2’ -脱氧核苷。
66.一种治疗动物的过度增殖性疾病的方法，包括向需要其的动物施用包含由12至30个连接的核苷组成且具有包含 SEQ ID NO: 9-426、430-442、445-464、471-498、500-1034、1036-1512和1541-2757的核碱基序列中的任一个的至少12个连续核碱基的核碱基序列的修饰的寡核苷酸的化合物。
67.一种治疗动物的过度增殖性疾病的方法，包括向需要其的动物施用包含由12至30个连接的核苷组成且具有包含SEQ ID NO: 245的至少12个连续核碱基的核碱基序列的修饰的寡核苷酸的化合物。
68.一种治疗动物的过度增殖性疾病的方法，包括向需要其的动物施用包含由12至30个连接的核苷组成且具有包含SEQ ID NO: 413的至少12个连续核碱基的核碱基序列的修饰的寡核苷酸的化合物。
69.如权利要求66-68任一项所述的方法，其中所述施用减小所述动物中的肿瘤大小。
70.如权利要求66-68任一项所述的方法，其中所述施用减小所述动物中的肿瘤体积。
71.如权利要求66-68任一项所述的方法，其中所述施用防止所述动物中的转移。
72.如权利要求66-68任一项所述的方法，其中所述施用延长所述动物的存活。
73.如权利要求66-68任一项所述的方法，其中所述施用减少所述动物的恶病质。
74.一种降低动物中STAT3的表达的方法，包括向需要其的动物施用包含由12至30个连接的核苷组成且具有包含 SEQ ID NO: 9-426、430-442、445-464、471-498、500-1034、1036-1512的核碱基序列中的任一个的至少12个连续核碱基的核碱基序列的修饰的寡核苷酸的化合物。
75.一种降低动物中STAT3的表达的方法，包括向需要其的动物施用包含由12至30个连接的核苷组成且具有包含SEQ ID NO: 245的至少12个连续核碱基的核碱基序列的修饰的寡核苷酸的化合物。
76.一种降低动物中STAT3的表达的方法，包括向需要其的动物施用包含由12至30个连接的核苷组成且具有包含SEQ ID NO: 413的至少12个连续核碱基的核碱基序列的修饰的寡核苷酸的化合物。
【文档编号】C12N15/11GK103562215SQ201280026065
【公开日】2014年2月5日 申请日期:2012年3月30日 优先权日:2011年4月1日
【发明者】E.E.斯韦兹, S.M.弗赖尔, R.A.麦克劳德, Y.金 申请人:埃西斯药品公司