Hsp90组合疗法
【专利摘要】本发明涉及一种用于选择癌症涉及路径或癌症涉及路径的组分的抑制剂以与HSP90抑制剂一起向罹患癌症的个体共投予的方法，所述方法包含以下步骤：(a)在使得来自个体的含有癌细胞的样品中存在的一种或一种以上癌症路径组分结合于HSP90抑制剂或HSP90抑制剂的类似物、同源物或衍生物的条件下使所述样品与所述HSP90抑制剂或所述HSP90抑制剂的所述类似物、同源物或衍生物接触；(b)检测结合于所述HSP90抑制剂或所述HSP90抑制剂的类似物、同源物或衍生物的路径组分；(c)分析步骤(b)中所检测的路径组分以便鉴别如下路径，所述路径包括步骤(b)中所检测的组分和所述路径的其它组分；和(d)选择步骤(c)中所鉴别的路径或路径组分的抑制剂。本发明进一步涉及一种通过共投予HSP90抑制剂和癌症涉及路径或其组分的抑制剂来治疗癌症患者的方法。
【专利说明】HSP90组合疗法
[0001]本文所描述的本发明至少部分是通过得到国家癌症研究所的健康与人类服务部(National Cancer Institute, Department of Health and Human Services)的授权书第 ROICA155226号的支持而进行的；并且美国政府(U.S.Government)对任何所述本发明具有权利。
[0002]在整个本申请案中，鉴别了许多公开文献，包括已颁布和正在申请中的专利申请案、公开案等。这些文献是以全文引用的方式并入本申请案中以帮助定义如所属领域的技术人员已知的当前工艺水平。
【技术领域】
[0003]无
【背景技术】
[0004]极大的需要了解维持癌细胞的恶性表型的分子畸变。所述了解将能够更有选择性地靶向促肿瘤分子并且帮助开发更有效和毒性更小的抗癌治疗。大部分癌症由多种分子损伤引起，并且很可能所产生的冗余限制了信号传导分子的特异性抑制剂的活性。虽然对活性路径的组合抑制就会有较好的临床结果，但对致癌路径的全面鉴别目前力所不及。
[0005]基因组技术(包括大规模基因组测序)的应用已使得在各种癌症中鉴别出许多基因突变，从而突出了这种疾病的复杂性(莱伊(Ley)等人，2008;帕森斯(Parsons)等人，2008)。然而，尽管这些基因分析适用于提供关于肿瘤基因构成的信息，但其本质上缺乏阐明因基因缺陷而异常活化的信号传导网络的功能复杂性的能力。因此以患者和疾病阶段特异性方式鉴定肿瘤固有的分子损伤的互补蛋白质组学方法的开发必须跟进。
[0006]大部分蛋白质组策略限于测量特定肿瘤中的蛋白质表达，允许鉴别与病理学病况相关的新蛋白质，但无法提供关于这些发现的功能意义的信息(哈纳斯(Hanash)和塔古奇(Taguchi)，2010)。一些功能信息可使用针对特定蛋白质的抗体或翻译后修饰并且通过使用针对某些酶的活性位点的小分子进行基于活性的蛋白质谱分析来获得(库驰(Kolch)和皮特(Pitt)，2010 ;野村(Nomura)等人，2010;布雷默(Brehme)等人，2009;阿什曼(Ashman)和维拉尔(Villar)，2009)。尽管这些方法已证明适用于查询特定路径或翻译后修饰，但其同样不适于捕获关于恶性病况的更全面信息(哈纳斯和塔古奇，2010)。此外，当前蛋白质组学方法成本高又费时。举例来说，蛋白质组分析经常需要对样品进行昂贵的SILAC标记或二维凝胶分离。
[0007]因此，需要开发捕获关于恶性病况的重要信息的更简单、更成本有效的蛋白质组学方法。因为认识到分子伴侣蛋白(chaperone protein)热休克蛋白(heat shock protein)(Hsp90)维持许多致癌蛋白(oncoprotein)呈假稳定状态(祖侯克(Zuehlke)和约翰逊(Johnson), 2010 ;沃克曼(Workman)等人，2007),所以Hsp90可能是开发新蛋白质组学方法中的重要蛋白质。
[0008]在这一假设的支持下，认识到热休克蛋白(Hsp90)(—种起使许多蛋白质适当地折叠成其活性构象作用的伴侣蛋白)在维持转化表型中起重要作用(祖侯克和约翰逊，2010 ;沃克曼等人，2007) OHSP90和其相关共伴侣(co-chaperone)帮助细胞蛋白质(统称为“客户蛋白(client protein)”)的正确构象折叠，其中许多是控制细胞生长、分化、DNA损伤反应和细胞存活的信号转导路径的效应物。肿瘤细胞对失调蛋白质的成瘾(即通过突变、异常表达、不当细胞移位等)可因此变得决定性地取决于Hsp90 (沃克曼等人，2007)。虽然Hsp90是在大部分细胞类型和组织中表达，但卡莫尔(Kamal)等人的研究工作证明正常Hsp90和癌细胞Hsp90之间的重要区别(卡莫尔等人，2003)。具体来说，其显示肿瘤的特征为对于某些Hsp90抑制剂具有高亲和力的多伴侣复合的Hsp90，而正常组织具有对于这些抑制剂具有低亲和力的潜在、未复合的Hsp90。
[0009]Hsp90的许多客户蛋白还在数种病理(包括癌症)的疾病发作和进展中起主要作用。(怀特赛(Whitesell)和林德奎斯特(Lindquist),自然评论:癌症(Nat RevCancer) 2005.5，761 ;沃克曼等人，纽约科学研究会年报(Ann NY Acad Sci) 2007.1113，202 ；罗(Luo)等人，分子神经退化(Mol Neurodegener) 2010, 5，24。)因此，还显著关注Hsp90抑制剂在癌症治疗中的应用。(塔尔多内(Taldone)等人，药理学见解(OpinPharmacol) 2008, 8, 370 ;加宁(Janin),最新药物发现(Drug Discov Today) 2010, 15, 342?)
[0010]基于上文所阐述的一堆证据，我们假设可鉴别与Hsp90相关的关键致癌蛋白的蛋白质组学方法可提供对个别肿瘤的生物学的全面了解并且可广泛应用于开发新的癌症疗法。因此，本发明提供用于鉴别与Hsp90相关的致癌蛋白的工具和方法。此外，本发明提供用于鉴别用于癌症患者的治疗方案的方法。
【发明内容】
[0011]本发明涉及 如下发现:能够靶向肿瘤富集的Hsp90复合物的小分子(例如Hsp90抑制剂)可用于亲和力捕获Hsp90依赖性致癌客户蛋白。后续鉴别结合生物信息分析能够产生转化特异性损伤的详细分子图谱。这一图谱可指导对于特定患者最佳有效的组合疗法的开发。所述分子图谱具有某些优于更常见基因标志方法的优点，因为大部分抗癌剂是靶向蛋白质而非基因的小分子，并且许多靶向特定分子变化的小分子目前正在药物开发阶段。
[0012]因此，本发明涉及基于Hsp90抑制剂的化学生物学/蛋白质组学方法，其结合生物信息分析来发现致癌蛋白和路径。我们表明所述方法可提供恶性细胞中的Hsp90依赖性蛋白质组的肿瘤逐一全面概述，所述蛋白质组包含许多关键信号传导网络并且认为是代表相当大部分功能恶性蛋白质组。
[0013]本发明提供可亲和力捕获Hsp90依赖性致癌客户蛋白的小分子探针。另外，本发明提供利用分子探针亲和力捕获Hsp90依赖性致癌客户蛋白的能力来设计蛋白质组学方法的方法，所述蛋白质组学方法在结合生物信息路径分析时鉴别不同类型癌症中的失调信号传导网络和关键致癌蛋白。
[0014]一方面，本发明提供衍生自基于嘌呤和嘌呤样(例如ro-H71、MPC-3100、德拜(Debio) 0932)、异噁唑(例如NVP-AUY922)和吲唑~4~酮(例如SNX-2112)化学种类的Hsp90抑制剂的小分子探针(参见图3)。在一个实施例中，Hsp90抑制剂是PU-H71，8-(6-碘-苯并[1，3] 二氧杂环戊烯-5-基硫基)-9-(3-异丙基氨基-丙基)-9H-嘌呤-6-基胺(参见图3)。TO-H71分子可通过拴系物(tether)或连接子连接于固体载体(例如珠粒)。选择连接位点和拴系长度以确保分子维持对于Hsp90的高亲和力。在一个特定实施例中，基于TO-H71的分子探针具有图30中所示的结构。连接于固体载体的Hsp90抑制剂的其它实施例展示于图32-35和38中。所属领域的技术人员应了解，与看家Hsp90复合物相比，分子维持对于致癌Hsp90复合物物质的更高亲和力。两种Hsp90物质如莫里克(Moulick)等人，自然:化学生物学(Nature chemical biology) (2011)中所定义。当结合于Hsp90时，Hsp90抑制剂捕获呈客户蛋白结合构象的Hsp90。
[0015]另一方面，本发明提供鉴别与Hsp90相关的特定致癌蛋白的方法，所述致癌蛋白与癌症的发展和进展有关。所述方法涉及使来自罹患癌症的个体的含有癌细胞的样品与Hsp90抑制剂接触，并且检测结合于所述Hsp90抑制剂的致癌蛋白。在特定实施例中，Hsp90抑制剂连接于固体载体，例如珠粒。在这些实施例中，可将结合于固体载体的Hsp90蛋白所具有的致癌蛋白洗脱于缓冲液中并提交标准SDS-PAGE，并且可通过传统手段分离和分析所洗脱的蛋白质。在所述方法的一些实施例中，致癌蛋白的检测包含使用质谱法。有利的是，本发明的方法不需要对样品进行昂贵的SILAC标记或二维分离。
[0016]在本发明的某些实施例中，路径组分的分析包含使用生物信息计算机程序，例如用来定义所述组分网络的组分。
[0017]本发明的方法可用于确定与各种类型的癌症相关的致癌蛋白，包括(但不限于)乳癌、肺癌(包括小细胞肺癌和非小细胞肺癌)、子宫颈癌、结肠癌、绒膜癌、膀胱癌、子宫颈癌、基底细胞癌、绒膜癌、结肠癌、结肠直肠癌、子宫内膜癌、食道癌、胃癌、头颈部癌、急性淋巴细胞癌(acute lymphocytic cancer, ACL)、骨髓性白血病(包括急性骨髓性白血病(acute myeloid leukemia, AML)和慢性骨髓性白血病(chronic myeloid leukemia, CML))、多发性骨髓瘤、T细胞白血病淋巴瘤、肝癌、淋巴瘤(包括霍奇金氏病(Hodgkin’s disease)、淋巴细胞性淋巴瘤、神经母细胞瘤、滤泡性淋巴瘤和弥漫性大B细胞淋巴瘤)、口腔癌、卵巢癌、胰脏癌、前列腺癌、直肠癌、肉瘤、皮肤癌(例如黑色素瘤)、睾丸癌、甲状腺癌、肾癌、脊髓增生性病症、胃肠癌(包括胃肠基质肿瘤)、食道癌、胃癌、胆囊癌、肛门癌、脑肿瘤(包括神经胶质瘤)、淋巴瘤(包括滤泡性淋巴瘤和弥漫性大B细胞淋巴瘤)。另外，本发明提供用于鉴别与特定癌症相关的失调信号传导网络的蛋白质组学方法。另外，所述方法可用于鉴别新的致癌蛋白和机制。
[0018]另一方面，本发明的方法可用于提供用于设计癌症患者的个人化疗法的合理基础。个人化癌症治疗方法是基于如下前提:个别癌症患者将具有造成疾病发展和进展的不同因素。举例来说，如通过目前可用的方法所确定，不同的致癌蛋白和/或癌症涉及路径可造成疾病的发作和后续进展，即使当考虑具有相同癌症类型和处于相同进展阶段的患者时。此外，致癌蛋白和癌症涉及路径经常在个别癌症患者中随疾病进展而改变。因此，癌症治疗方案在理论上应达到以个体为基础治疗患者的目标。通过使用所述个体化方法所确定的治疗方案将允许抗肿瘤活性增强并且毒性更小和化疗或放射更少。
[0019]因此，一方面，本发明提供以个体为基础鉴别癌症患者的治疗方案的方法。所述方法涉及使来自罹患癌症的个体的含有癌细胞的样品与Hsp90抑制剂接触，检测结合于所述Hsp90抑制剂的致癌蛋白，并选择靶向至少一种结合于Hsp90抑制剂的致癌蛋白的癌症疗法。在某些方面，可根据结合于Hsp90的致癌蛋白的鉴别来选择药物组合。本发明的方法可用于鉴别各种不同癌症的治疗方案，包括(但不限于)乳癌、肺癌、脑癌、子宫颈癌、结肠癌、绒膜癌、膀胱癌、子宫颈癌、绒膜癌、结肠癌、子宫内膜癌、食道癌、胃癌、头颈部癌、急性淋巴细胞癌(ACL)、骨髓性白血病、多发性骨髓瘤、T细胞白血病淋巴瘤、肝癌、淋巴瘤(包括霍奇金氏病和淋巴细胞性淋巴瘤、神经母细胞瘤)、口腔癌、卵巢癌、胰脏癌、前列腺癌、直肠癌、肉瘤、皮肤癌、睾丸癌、甲状腺癌和肾癌。
[0020]另一方面，方法涉及使来自罹患癌症的个体的含有癌细胞的样品与Hsp90抑制剂接触，检测结合于所述Hsp90抑制剂的致癌蛋白，确定与这些致癌蛋白相关的蛋白质网络并选择靶向来自结合于Hsp90抑制剂的致癌蛋白网络的至少一种分子的癌症疗法。
[0021]在某些方面，可根据结合于Hsp90的致癌蛋白的鉴别来选择药物组合。在其它方面，可根据与结合于Hsp90的致癌蛋白相关的网络的鉴别来选择药物组合。本发明的方法可用于鉴别各种不同癌症的治疗方案，包括(但不限于)乳癌、肺癌、脑癌、子宫颈癌、结肠癌、绒膜癌、膀胱癌、子宫颈癌、绒膜癌、结肠癌、子宫内膜癌食道癌、胃癌、头颈部癌、急性淋巴细胞癌(ACL)、骨髓性白血病、多发性骨髓瘤、T细胞白血病淋巴瘤、肝癌、淋巴瘤(包括霍奇金氏病和淋巴细胞性淋巴瘤神经母细胞瘤)、口腔癌、卵巢癌、胰脏癌、前列腺癌、直肠癌、肉瘤、皮肤癌、睾丸癌、甲状腺癌和肾癌。
[0022]在本发明的一个实施例中，在使用上述方法鉴别癌症患者的个人化治疗方案后，向所述患者投予所选的药物或药物组合。在服用所选药物或药物组合的足够量的时间后，可从患者取得另一样品并且可再次进行本发明的分析以确定患者的致癌概况(oncogenicprofile)是否改变。必要时，可改变药物剂量或可鉴别新的治疗方案。因此，本发明提供监测癌症患者随时间进展和根据需要改变治疗方案的方法。
[0023]另一方面，本发明的方法可用于提供用于设计围绕Hsp90抑制剂所构建的癌症患者的个人化组合性疗法的合理基础。所述治疗方案可允许抗肿瘤活性增强并且毒性更小和化疗更少。靶向Hsp90和互补肿瘤驱动路径可提供较好的抗肿瘤策略，因为数条数据线表明完全抑制致癌靶可能是治疗活性的关键，同时限制肿瘤适应和逐渐形成抗药性的能力。
[0024]因此，本发明提供一种用于选择癌症涉及路径或癌症涉及路径的组分的抑制剂以与HSP90抑制剂一起向罹患癌症的个体共投予的方法，所述方法包含以下步骤:
[0025](a)使来自所述个体的含有癌细胞的样品与以下接触:⑴当所述Hsp90结合于所述样品中存在的癌症路径组分时结合于Hsp90的Hsp90抑制剂；或(ii)当所述Hsp90结合于所述样品中的所述癌症路径组分时结合于Hsp90的所述Hsp90抑制剂的类似物、同源物或衍生物；
[0026](b)检测结合于Hsp90的路径组分；
[0027](C)分析步骤(b)中所检测的路径组分以便鉴别包括步骤(b)中所检测的组分和所述路径的其它组分的路径；和
[0028](d)选择步骤(C)中所鉴别的路径或路径组分的抑制剂。
[0029]关于本发明，癌症涉及路径是与代谢、基因信息加工、环境信息加工、细胞过程或有机体系统有关的路径，包括表I中所列的任何路径。
[0030]在本发明的实践中，癌症涉及路径或癌症涉及路径的组分与选自由以下组成的群组的癌症有关:结肠直肠癌、胰脏癌、甲状腺癌、白血病(包括急性骨髓性白血病和慢性骨髓性白血病)、基底细胞癌、黑色素瘤、肾细胞癌、膀胱癌、前列腺癌、肺癌(包括小细胞肺癌和非小细胞肺癌)、乳癌、神经母细胞瘤、脊髓增生性病症、胃肠癌(包括胃肠基质肿瘤、食道癌、胃癌)、肝癌、胆囊癌、肛门癌、脑肿瘤(包括神经胶质瘤)、淋巴瘤(包括滤泡性淋巴瘤和弥漫性大B细胞淋巴瘤)和妇科癌症(包括卵巢癌、子宫颈癌和子宫内膜癌)。举例来说，癌症涉及路径的组分和/或路径可以是图1中所鉴别的任何组分。
[0031]在涉及个人化医学的一个优选实施例中，在步骤(a)中个体是与癌症涉及路径或癌症涉及路径的组分的抑制剂待投予对象相同的个体，但本发明在步骤(a)中还预期个体是癌症参照个体。
[0032]在本发明的实践中，在步骤(a)中样品包含任何肿瘤组织或任何生物流体，例如血液。
[0033]适合用于本发明中的样品包括(但不限于)受到破坏的癌细胞、经过溶解的癌细胞和经过声波处理的癌细胞。
[0034]关于本发明的实践，待向个体投予的Hsp90抑制剂可与以下相同或不同:(a)所用的Hsp90抑制剂，或(b)步骤(a)中所用的Hsp90抑制剂、Hsp90抑制剂的类似物、同源物或衍生物。
[0035]在一个实施例中，其中待向个体投予的Hsp90抑制剂是ro_H71或具有PU-H71的生物活性的PU-H71的类似物、同源物或衍生物。
[0036]在另一个实施例中，PU-H71是所用的Hsp90抑制剂，或是步骤(a)中所用的Hsp90抑制剂、其类似物、同源物或衍生物。或者，Hsp90抑制剂可以是选自由图3中所示的化合物组成的群组。
[0037]在一个实施例中，在步骤(a)中Hsp90抑制剂或Hsp90抑制剂的类似物、同源物或衍生物优选地固定于固体载体(例如珠粒)上。
[0038]在某些实施例中，在步骤(b)中路径组分的检测包含使用质谱法，并且在步骤(C)中路径组分的分析包含使用生物信息计算机程序。
[0039]在本发明的一个实例中，癌症是淋巴瘤，并且在步骤(C)中所鉴别的路径组分是Syk。在另一个实例中，癌症是慢性骨髓性白血病(CML)并且在步骤(c)中所鉴别的路径或路径组分是图15中所示的网络中的任一种所示的路径或组分，例如图15中所鉴别的以下路径组分中的一种，即 mTOR、IKK、MEK、NF κ B、STAT3、STAT5A、STAT5B、Raf-U bcr-abl,Btk、CARMl或c-MYC。在一个这种实例中，在步骤(c)中所鉴别的路径组分是mTOR并且在步骤(d)中所选择的抑制剂是PP242。在另一个这种实例中，在步骤(c)中所鉴别的路径是选自以下路径的路径:PDK/mT0R-、NF κ B-、MAPK-, STAT-, FAK-, MYC和TGF- β介导的信号传导路径。在本发明的另一个实例中，癌症是淋巴瘤，并且在步骤(c)中所鉴别的路径组分是Btk。在又一个实例中，癌症是胰脏癌，并且在步骤(c)中所鉴别的路径或路径组分是图16和图24的网络1-10中的任一种所示的路径或路径组分。在另一个实例中，在步骤(c)中所鉴别的路径和路径组分是mTOR，并且在其一个实例中，在步骤(d)中所选择的mTOR抑制剂是PP242。本发明还提供一种治疗罹患癌症的个体的方法，所述方法包含向所述个体共投予(A)Hsp90抑制剂和(B)癌症涉及路径的组分的抑制剂，所述抑制剂在(B)中不需要但可以通过本文所描述的方法来选择。因此，本发明提供一种治疗方法，其中共投予包含同时、伴随、依序或附加投予(A)中的抑制剂和(B)中的抑制剂。治疗罹患癌症的个体的方法的一个实例包含向所述个体共投予(A)Hsp90抑制剂和(B)Btk抑制剂。治疗罹患癌症的个体的方法的另一个实例包含向所述个体共投予(A)Hsp90抑制剂和(B)Syk抑制剂。在所述方法中，癌症可以是淋巴瘤。治疗罹患慢性骨髓性白血病(CML)的个体的方法的另一个实例包含向所述个体共投予(A)Hsp90抑制剂和(B)mTOR、IKK、MEK、NF κ B、STAT3、STAT5A、STAT5B、Raf-1、bcr-abl、CARMl、CAMKII或c_MYC中的任一种的抑制剂。在本发明的一个实施例中，(B)中的抑制剂是mTOR抑制剂。在上述方法的另一个实施例中，在(a)中Hsp90抑制剂或所述Hsp90抑制剂的类似物、同源物或衍生物的结合捕获呈癌症路径组分结合状态的Hsp90。此外，本发明提供一种治疗罹患胰脏癌的个体的方法，所述方法包含所述个体共投予(A)Hsp90抑制剂和(B)图16和24中所示的网络中的任一种所示的路径或路径组分的抑制剂。本发明还提供一种治疗罹患乳癌的个体的方法，所述方法包含向所述个体共投予(A)Hsp90抑制剂和(B)图22中所示的网络中的任一种所示的路径或路径组分的抑制剂。此外，本发明提供一种治疗罹患淋巴瘤的个体的方法，所述方法包含向所述个体共投予(A)Hsp90抑制剂和(B)图23中所示的网络中的任一种所示的路径或路径组分的抑制剂。在立即进行的方法中，⑶中的抑制剂可以是mTOR抑制剂，例如PP242。此外，本发明提供一种治疗罹患慢性骨髓性白血病(CML)的个体的方法，所述方法包含所述个体投予CARMl抑制剂。在另一个实施例中，本发明提供一种用于鉴别罹患癌症的个体的癌症涉及路径或癌症涉及路径的一种或一种以上组分的方法，所述方法包含:
[0040](a)使来自所述个体的含有癌细胞的样品与以下接触:⑴当所述Hsp90结合于所述样品中存在的癌症路径组分时结合于Hsp90的Hsp90抑制剂；或(ii)当所述Hsp90结合于所述样品中的所述癌症路径组分时结合于Hsp90的所述Hsp90抑制剂的类似物、同源物或衍生物；
[0041](b)检测结合于Hsp90的路径组分，以便由此鉴别癌症涉及路径或所述一种或一种以上路径组分。在这个实施例中，癌症涉及路径或癌症涉及路径的组分可与选自由以下组成的群组的任何癌症有关:结肠直肠癌、胰脏癌、甲状腺癌、白血病(包括急性骨髓性白血病和慢性骨髓性白血病)、基底细胞癌、黑色素瘤、肾细胞癌、膀胱癌、前列腺癌、肺癌(包括小细胞肺癌和非小细胞肺癌)、乳癌、神经母细胞瘤、脊髓增生性病症、胃肠癌(包括胃肠基质肿瘤、食道癌、胃癌)、肝癌、胆囊癌、肛门癌、脑肿瘤(包括神经胶质瘤)、淋巴瘤(包括滤泡性淋巴瘤和弥漫性大B细胞淋巴瘤)和妇科癌症(包括卵巢癌、子宫颈癌和子宫内膜癌)。此外，在步骤(a)中样品可包含肿瘤组织或生物流体，例如血液。在某些实施例中，在步骤(a)中样品可包含受到破坏的癌细胞、经过溶解的癌细胞或经过声波处理的癌细胞。然而，可使用其它形式的细胞。
[0042]在这种方法的实践中，Hsp90抑制剂可以是ro_H71或PU-H71的类似物、同源物或衍生物，尽管PU-H71是目前优选的抑制剂。然而，在本发明的实践中，Hsp90抑制剂可以是选自由图3中所示的化合物组成的群组。在一个实施例中，在步骤(a)中Hsp90抑制剂或Hsp90抑制剂的类似物、同源物或衍生物固定于固体载体(例如珠粒)上；和/或在步骤(b)中路径组分的检测包含使用质谱法；和/或在步骤(c)中路径组分的分析包含使用生物信息计算机程序。
[0043]在本发明的一个合乎需要的实施例中，在(a)中Hsp90抑制剂或所述Hsp90抑制剂的类似物、同源物或衍生物的结合捕获呈癌症路径组分结合状态的Hsp90。
[0044]本发明还提供一种用于进行所述方法的试剂盒，所述试剂盒包含固定于固体载体(例如珠粒)上的Hsp90抑制剂。通常，所述试剂盒将另外包含对照物珠粒、缓冲溶液和使用说明书。本发明还提供一种固定于固体载体上的Hsp90抑制剂，其中所述抑制剂适用于本文所描述的方法。一个实例是所述抑制剂是PU-H71。另一方面，本发明提供一种具有以下结构的化合物:
[0045]
【权利要求】
1.一种用于选择癌症涉及路径或癌症涉及路径的组分的抑制剂以与HSP90抑制剂一起向罹患癌症的个体共投予的方法，所述方法包含以下步骤: (a)使来自所述个体的含有癌细胞的样品与以下接触:(i)当所述Hsp90结合于所述样品中存在的癌症路径组分时结合于Hsp90的Hsp90抑制剂；或(ii)当所述Hsp90结合于所述样品中的所述癌症路径组分时结合于Hsp90的所述Hsp90抑制剂的类似物、同源物或衍生物； (b)检测结合于Hsp90的路径组分； (c)分析步骤(b)中所检测的路径组分以便鉴别如下路径，其包括步骤(b)中所检测的组分和所述路径的其它组分；和 (d)选择步骤(c)中所鉴别的路径或路径组分的抑制剂。
2.根据权利要求1所述的方法，其中所述癌症涉及路径是与代谢、遗传信息加工、环境信息加工、细胞过程或有机体系统有关的路径。
3.根据权利要求2所述的方法，其中所述癌症涉及路径是表1中所列之路径。
4.根据权利要求1所述的方法，其中所述癌症涉及路径或所述癌症涉及路径的组分与选自由以下组成的群组的癌症有关:结肠直肠癌、胰脏癌、甲状腺癌、包括急性骨髓性白血病和慢性骨髓性白血病的白血病、基底细胞癌、黑色素瘤、肾细胞癌、膀胱癌、前列腺癌、包括小细胞肺癌和非小细胞肺癌的肺癌、乳癌、神经母细胞瘤、脊髓增生性病症、包括胃肠基质肿瘤、食道癌、胃 癌的胃肠癌、肝癌、胆囊癌、肛门癌、包括神经胶质瘤的脑肿瘤、包括滤泡性淋巴瘤和弥漫性大B细胞淋巴瘤的淋巴瘤、以及包括卵巢癌、子宫颈癌和子宫内膜癌的妇科癌症。
5.根据权利要求4所述的方法，其中所述癌症涉及路径的组分和/或所述路径是在图1中鉴别。
6.根据权利要求1所述的方法，其中在步骤(a)中所述个体是与所述癌症涉及路径或所述癌症涉及路径的组分的抑制剂待投予对象相同的个体。
7.根据权利要求1所述的方法，其中在步骤(a)中所述个体是癌症参照个体。
8.根据权利要求1所述的方法，其中在步骤(a)中所述样品包含肿瘤组织。
9.根据权利要求1所述的方法，其中在步骤(a)中所述样品包含生物流体。
10.根据权利要求9所述的方法，其中所述生物流体是血液。
11.根据权利要求1所述的方法，其中在步骤(a)中所述样品包含受到破坏的癌细胞。
12.根据权利要求11所述的方法，其中所述受到破坏的癌细胞是经过溶解的癌细胞。
13.根据权利要求11所述的方法，其中所述受到破坏的癌细胞是经过声波处理的癌细胞。
14.根据权利要求1所述的方法，其中待向所述个体投予的所述Hsp90抑制剂与以下相同:(a)所用的Hsp90抑制剂，或(b)步骤(a)中所用的Hsp90抑制剂、Hsp90抑制剂的类似物、同源物或衍生物。
15.如权利要求1所述的方法，其中待向所述个体投予的所述Hsp90抑制剂与以下不同:(a)所用的Hsp90抑制剂，和(b)步骤(a)中所用的Hsp90抑制剂、其类似物、同源物或衍生物。
16.根据权利要求1、14或15所述的方法，其中待向所述个体投予的所述Hsp90抑制剂是TO-H71或具有PU-H71的生物活性的ro-H71的类似物、同源物或衍生物。
17.根据权利要求16所述的方法，其中待向所述个体投予的所述Hsp90抑制剂是PU-H71。
18.如权利要求1、14或15所述的方法，其中ro-H71是所用的Hsp90抑制剂，或是步骤(a)中所用的Hsp90抑制剂、其类似物、同源物或衍生物。
19.根据权利要求1、14或15所述的方法，其中所述Hsp90抑制剂是选自由图3中所示的化合物组成的群组。
20.根据权利要求1所述的方法，其中在步骤(a)中所述Hsp90抑制剂或所述Hsp90抑制剂的类似物、同源物或衍生物是固定于固体载体上。
21.根据权利要求1所述的方法，其中在步骤(b)中所述路径组分的检测包含使用质谱法。
22.根据权利要求1所述的方法，其中在步骤(c)中所述路径组分的分析包含使用生物信息学计算机程序。
23.根据权利要求1所述的方法，其中所述癌症是淋巴瘤，并且在步骤(c)中所鉴别的路径组分是Syk。
24.根据权利要求1所述的方法，其中所述癌症是慢性骨髓性白血病(CML)并且在步骤(c)中所鉴别的路径或路径组分是图15中所示的任一种网络中所示的路径或组分。
25.根据权利要求24所述的方法，其中在步骤(c)中所鉴别的路径组分是mTOR、IKK、MEK, NF κ B、STAT3、STAT5A、STAT5B、Raf-1、bcr-abl、Btk、CARMl 或 c_MYC。
26.根据权利要求24所述的方法，其中在步骤(c)中所鉴别的路径组分是mTOR并且在步骤(d)中所选择的抑制剂是PP242。
27.根据权利要求24所述的方法，其中在步骤(c)中所鉴别的路径是选自以下路径的路径:PI3K/mT0R-、NF κ B-、MAPK-, STAT-, FAK-, MYC 和 TGF- β 介导的信号传导路径。
28.根据权利要求1所述的方法，其中所述癌症是淋巴瘤，并且在步骤(c)中所鉴别的路径组分是Btk。
29.如权利要求1所述的方法，其中所述癌症是胰脏癌，并且在步骤(c)中所鉴别的路径或路径组分是图16和图24的网络1-10中的任一种所示的路径或路径组分。
30.根据权利要求1所述的方法，其中在步骤(c)中所鉴别的路径和路径组分是mTOR。
31.根据权利要求30所述的方法，其中在步骤(d)中所选择的mTOR抑制剂是PP242。
32.—种治疗罹患癌症的个体的方法，所述方法包含向所述个体共投予(A)Hsp90抑制剂和(B)癌症涉及路径的组分的抑制剂。
33.根据权利要求32所述的方法，其中⑶中的所述抑制剂是通过根据权利要求1到31中任一权利要求所述的方法来选择。
34.根据权利要求32所述的方法，其中共投予包含同时、伴随、依序或附加投予(A)中的所述抑制剂和(B)中的所述抑制剂。
35.一种治疗罹患癌症的个体的方法，所述方法包含向所述个体共投予(A)Hsp90抑制剂和(B)Btk抑制剂。
36.一种治疗罹患癌症的个体的方法，所述方法包含向所述个体共投予(A)Hsp90抑制剂和(B) Syk抑制剂。
37.根据权利要求35所述的方法，其中所述癌症是淋巴瘤。
38.一种治疗罹患慢性骨髓性白血病(CML)的个体的方法，所述方法包含向所述个体共投予(A) Hsp90 抑制剂和(B)mTOR, IKK、MEK、NFk B、STAT3、STAT5A、STAT5B、Raf-Ubcr-abl、CARMl、CAMKII或c_MYC中的任一种的抑制剂。
39.根据权利要求38所述的方法，其中⑶中的所述抑制剂是mTOR抑制剂。
40.根据权利要求1所述的方法，其中在(a)中所述Hsp90抑制剂或所述Hsp90抑制剂的类似物、同源物或衍生物的结合捕获呈癌症路径组分结合状态的Hsp90。
41.一种治疗罹患胰脏癌的个体的方法，所述方法包含向所述个体共投予(A)Hsp90抑制剂和(B)图16和24中所示的任一种网络中所示的路径或路径组分的抑制剂。
42.一种治疗罹患乳癌的个体的方法，所述方法包含向所述个体共投予(A)Hsp90抑制剂和(B)图22中所示的任一种网络中所示的路径或路径组分的抑制剂。
43.一种治疗罹患淋巴瘤的个体的方法，所述方法包含向所述个体共投予(A)Hsp90抑制剂和(B)图23中所示的任一种网络中所示的路径或路径组分的抑制剂。
44.根据权利要求41、42或43所述的方法，其中(B)中的所述抑制剂是mTOR抑制剂。
45.根据权利要求44所述的方法，其中所述mTOR抑制剂是PP242。
46.一种治疗罹患慢性骨髓性白血病(CML)的个体的方法，所述方法包含向所述个体投予CARMl抑制剂。
47.一种用于鉴别摧患癌症的个体中的癌症涉及路径或癌症涉及路径的一种或一种以上组分的方法，所述方法包含: (a)使来自所述个体的含有癌细胞的样品与以下接触:(i)当所述Hsp90结合于所述样品中存在的癌症路径组分时结合于Hsp90的Hsp90抑制剂；或(ii)当所述Hsp90结合于所述样品中的所述癌症路径组分时结合于Hsp90的所述Hsp90抑制剂的类似物、同源物或衍生物； (b)检测结合于Hsp90的路径组分； 以便由此鉴别所述癌症涉及路径或所述一种或一种以上路径组分。
48.根据权利要求47所述的方法，其中所述癌症涉及路径或所述癌症涉及路径的组分与选自由以下组成的群组的癌症有关:结肠直肠癌、胰脏癌、甲状腺癌、包括急性骨髓性白血病和慢性骨髓性白血病的白血病、基底细胞癌、黑色素瘤、肾细胞癌、膀胱癌、前列腺癌、包括小细胞肺癌和非小细胞肺癌的肺癌、乳癌、神经母细胞瘤、脊髓增生性病症、包括胃肠基质肿瘤、食道癌、胃癌的胃肠癌、肝癌、胆囊癌、肛门癌、包括神经胶质瘤的脑肿瘤、包括滤泡性淋巴瘤和弥漫性大B细胞淋巴瘤的淋巴瘤、以及包括卵巢癌、子宫颈癌和子宫内膜癌的妇科癌症。
49.根据权利要求47所述的方法，其中在步骤(a)中所述样品包含肿瘤组织。
50.根据权利要求47所述的方法，其中在步骤(a)中所述样品包含生物流体。
51.根据权利要求50所述的方法，其中所述生物流体是血液。
52.根据权利要求47所述的方法，其中在步骤(a)中所述样品包含受到破坏的癌细胞。
53.根据权利要求52所述的方法，其中所述受到破坏的癌细胞是经过溶解的癌细胞。
54.根据权利要求52所述的方法，其中所述受到破坏的癌细胞是经过声波处理的癌细胞。
55.根据权利要求47到54中任一权利要求所述的方法，其中所述Hsp90抑制剂是TO-H71或PU-H71的类似物、同源物或衍生物。
56.根据权利要求55所述的方法，其中所述Hsp90抑制剂是TO-H71。
57.根据权利要求47到55中任一权利要求所述的方法，其中所述Hsp90抑制剂是选自由图3中所示的化合物组成的群组。
58.根据权利要求47到57中任一权利要求所述的方法，其中在步骤(a)中所述Hsp90抑制剂或所述Hsp90抑制剂的类似物、同源物或衍生物是固定于固体载体上。
59.根据权利要求47到58中任一权利要求所述的方法，其中在步骤(b)中所述路径组分的检测包含使用质谱法。
60.根据权利要求47到59中任一权利要求所述的方法，其中在步骤(c)中所述路径组分的分析包含使用生物信息学计算机程序。
61.根据权利要求47所述的方法，其中在(a)中所述Hsp90抑制剂或所述Hsp90抑制剂的类似物、同源物或衍生物的结合捕获呈癌症路径组分结合状态的Hsp90。
62.一种用于进行根据权利要求1到22或47到60中任一权利要求所述的方法的试剂盒，所述试剂盒包含固定于固体载体上的Hsp90抑制剂。
63.根据权利要求62所述的试剂盒，其进一步包含对照物珠粒、缓冲溶液和使用说明书。
64.一种固定于固体载体上的Hsp90抑制剂，其中所述抑制剂适用于根据权利要求1或47所述的方法。
65.根据权利要求64所述的抑制剂，其中所述抑制剂是TO-H71。
66.一种固定于固体载体上的TO-H71。
67.一种具有以下结构的化合物，
68.一种用于选择癌症涉及路径或癌症涉及路径的组分的抑制剂的方法，所述方法包含依据权利要求44的方法鉴别所述癌症涉及路径或所述路径的一种或一种以上组分，然后选择所述路径或所述组分的抑制剂。
69.一种治疗个体的方法，所述方法包含依据权利要求68的方法选择抑制剂并向所述个体投予所述抑制剂。
70.根据权利要求69所述的方法，其进一步包含向所述个体投予所述抑制剂和Hsp90抑制剂。
71.根据权利要求68或69所述的方法，其中所述投予是重复实现的。
72.根据权利要求47或68所述的方法，其中所述方法对同一个体进行至少两次。
73.一种用于监测用Hsp90抑制剂治疗癌症的功效的方法，所述方法包含测量作为与所述癌症有关的路径的组分的生物标记的变化。
74.根据权利要求73所 述的方法，其中所述生物标记是通过根据权利要求47所述的方法鉴别的组分。
75.一种用于监测用Hsp90抑制剂和与所述癌症有关且Hsp90抑制的路径的组分的第二抑制剂两者治疗癌症的功效的方法，所述方法包含监测作为所述路径的组分的生物标记的变化。
76.根据权利要求75所述的方法，其中所述生物标记是由所述第二抑制剂抑制的路径的组分。
77.一种用于鉴别癌症疗法的新靶的方法，所述方法包含通过根据权利要求47所述的方法鉴别与所述癌症有关的路径的组分，其中如此鉴别的组分先前尚未与所述癌症有关。
【文档编号】C12Q1/68GK103998935SQ201280030064
【公开日】2014年8月20日 申请日期:2012年4月27日 优先权日:2011年4月28日
【发明者】加布里拉·奇奥斯 申请人:斯隆-凯特林癌症研究所