治疗和诊断膀胱癌的方法和组合物的制作方法

治疗和诊断膀胱癌的方法和组合物的制作方法
【专利摘要】本发明提供用于检测和治疗膀胱癌的方法、组合物和试剂盒。
【专利说明】治疗和诊断膀胱癌的方法和组合物
[0001]本申请要求2011年11月15日提交的美国临时申请号61/559，806的优先权，其整个内容通过引用并入本文。
发明领域
[0002]发明领域涉及癌症和癌症的诊断和治疗。
[0003]背景
[0004]癌症的早期检测可影响治疗结果和疾病进展。典型地，癌症检测依赖从活检、X射线、CAT扫描、NMR等获得的诊断信息。这些程序可为侵入性的、费时的和昂贵的。此外，其具有关于灵敏度和特异性的限制。在癌症诊断领域存在对于诊断癌症的高度特异性、高灵敏度的、快速、廉价和相对非侵入性方法的需要。以下描述的本发明的各种实施方案满足此需要以及存在于诊断和治疗癌症领域中的其它需要。

【发明内容】

[0005]本公开的实施方案提供诊断、预后和治疗癌症例如膀胱癌的方法。其它实施方案提供关于诊断、预后和治疗癌症如膀胱癌的组合物。
[0006]在某些实施方案中，本发明提供检测受试者的膀胱癌的方法，其包括a)从受试者获得样品山)使从受试者获得的样品与检测由膀胱癌细胞表达的一个或多个标志物的一种或多种试剂接触c)使非癌细胞与来自b)的一种或多种试剂接触；和(1)将从受试者获得的样品中的标志物的表达水平与非癌细胞中的表达水平比较，其中与非癌细胞相比，样品中的标志物的较高表达水平指示受试者患有膀胱癌。合适标志物包括由SEQ ID NO:1-41编码的基因。
[0007]在一些实施方案中，本发明提供检测受试者的膀胱癌的方法，其包括a)从受试者获得样品b)使从受试者获得的样品与检测由选自L0C650517、FCRLB、IL1A、S100A2、MMP11、S100A7A、UGT1A6、FAM83A、SLC1A6、UPK3B、BX116033、MMP12、KRT16、UBD、UGT1A6、S100A7、WISP3、PTHLH、C0L10A1、SERPINB4、UBE2C、BTBD16、SFN、KRT17P3、VGLLU CDH3、CXCLlO,S100A9、GJB2、TH、GSTM1、AM2、NMU、MAGEA10、DSCR8、GTSF1、KRT6A、CXCL9、SERPINB5、DSCR6或其补体的基因编码的一个或多个标志物的表达的一种或多种试剂接触；c)使非癌细胞与来自b)的一种或多种试剂接触；和d)将非癌细胞中的由选自L0C650517、FCRLB、ILIA、S100A2、MMPl1、S100A7A、UGT1A6、FAM83A、SLC1A6、UPK3B、BXl 16033、MMP12、KRT16、UBD、UGT1A6、S100A7、WISP3、PTHLH、C0L10A1、SERPINB4、UBE2C、BTBD16, SFN、KRT17P3、VGLLl、CDH3、CXCLlO、S100A9、GJB2、TH、GSTMl、AM2、NMU, MAGEA10、DSCR8、GTSFl、KRT6A、CXCL9、SERPINB5、DSCR6或其补体的基因编码的一个或多个标志物的表达水平比较，其中与非癌细胞相比，从受试者获得的样品中的由选自L0C650517、FCRLB、IL1A、S100A2、MMP11、S100A7A、UGT1A6、FAM83A、SLC1A6、UPK3B、BXl 16033、MMP12、KRT16、UBD、UGT1A6、S100A7、WISP3、PTHLH、C0L10A1、SERPINB4、UBE2C、BTBD16, SFN、KRT17P3、VGLLl、CDH3、CXCLlO, S100A9、GJB2、TH、GST Ml、AM2、NMU、MAGEA10、DSCR8、GTSFl、KRT6A、CXCL9、SERPINB5、DSCR6 或其补体的基因编码的一个或多个标志物的较高表达水平指示受试者患有膀胱癌。
[0008]在其它实施方案中，本发明提供检测受试者的膀胱癌的方法，包括a)从受试者获得样品b)使从受试者获得的样品与检测由基因L0C650517、FCRLB, ILIA、S100A2、MMPl1、S100A7A、UGT1A6、FAM83A、SLC1A6、UPK3B、BXl 16033、MMP12、KRT16、UBD、UGT1A6、S100A7、WISP3、PTHLH、C0L10A1、SERPINB4、UBE2C、BTBD16、SFN、KRT17P3、VGLLU CDH3、CXCLlO,S100A9、GJB2、TH、GSTMU A頂2、NMU、MAGEAlO, DSCR8、GTSFU KRT6A、CXCL9、SERPINB5、DSCR6或其补体编码的一组标志物的表达的一种或多种试剂接触；c)使非癌细胞与来自
b)的一种或多种试剂接触；和d)将从受试者获得的样品中的由基因L0C650517、FCRLB,ILIA、S100A2、MMPl1、S100A7A、UGT1A6、FAM83A、SLC1A6、UPK3B、BXl 16033、MMP12、KRT16、UBD、UGT1A6、S100A7、WISP3、PTHLH、⑶LlOAl、SERPINB4、UBE2C、BTBD16, SFN、KRT17P3、VGLLl、CDH3、CXCLlO、S100A9、GJB2、TH、GSTMl、AM2、NMU, MAGEA10、DSCR8、GTSFl、KRT6A、CXCL9、SERPINB5、DSCR6或其补体编码的一组标志物的表达水平与非癌细胞中的由基因 L0C650517、FCRLB, ILIA、S100A2、MMPlU S100A7A、UGT1A6、FAM83A、SLC1A6、UPK3B、BX116033、MMP12、KRT16、UBD、UGT1A6、S100A7、WISP3、PTHLH、C0L10A1、SERPINB4、UBE2C、BTBD16,SFN、KRT17P3、VGLL1、CDH3、CXCLlO,S100A9、GJB2、TH、GSTMl、AM2、NMU、MAGEA10、DSCR8、GTSF1、KRT6A、CXCL9、SERPINB5、DSCR6或其补体编码的一组标志物的表达水平比较，其中与非癌细胞相比 ，样品中的由基因L0C650517、FCRLB、ILIA、S100A2、MMP11、S100A7A、UGT1A6、FAM83A、SLC1A6、UPK3B、BXl 16033、MMP12、KRT16, UBD、UGT1A6、S100A7、WISP3、PTHLH、C0L10A1、SERPINB4、UBE2C、BTBD16, SFN、KRT17P3、VGLLl、CDH3、CXCLlO, S100A9、GJB2、TH、GSTM1、AM2、NMU、MAGEA10、DSCR8、GTSF1、KRT6A、CXCL9、SERPINB5、DSCR6 或其补体编码的一组标志物的较高表达水平指示受试者患有膀胱癌。
[0009]在其它实施方案中，本发明提供检测受试者的膀胱癌的方法，其包括a)从受试者获得样品b)使从受试者获得的样品与检测由基因L0C650517、FCRLB、IL1A、S100A2、MMP11、S100A7A、UGT1A6、FAM83A、SLC1A6、UPK3B、BX116033、MMP12、KRT16、UBD、UGT1A6、S100A7、WISP3、PTHLH、COLO IOA K SERPINB4、UBE2C、SFN、KRT17P3、SERPINB5、DSCR6 或其补体编码的一组标志物的表达的一种或多种试剂接触；c)使非癌细胞与来自b)的一种或多种试剂接触；和d)将从受试者获得的样品中的由基因L0C650517、FCRLB, ILIA、S100A2、MMPlUS100A7A、UGT1A6、FAM83A、SLC1A6、UPK3B、BXl 16033、MMP12、KRT16、UBD、FCRLB, SERPINB5、DSCR6UGTIA6、S100A7、WISP3、PTHLH、COLOIOAUSERPINB4、UBE2C、SFN、KRT17P3、SERPINB5、DSCR6或其补体编码的一组标志物的表达水平与非癌细胞中的由基因L0C650517、FCRLB,ILIA、S100A2、MMPl1、S100A7A、UGT1A6、FAM83A、SLC1A6、UPK3B、BXl 16033、MMP12、KRT16、UBD、UGT1A6、S100A7、WISP3、PTHLH、COLOIOAK SERPINB4、UBE2C、SFN、KRT17P3、SERPINB5、DSCR6或其补体编码的一组标志物的表达水平比较，其中与非癌细胞相比，样品中的由基因 L0C650517、FCRLB, ILIA、S100A2、MMPlU S100A7A、UGT1A6、FAM83A、SLC1A6、UPK3B、BXl 16033、MMP12、KRT16、UBD、UGT1A6、S100A7、WISP3、PTHLH、C0L010A1、SERPINB4、UBE2C、SFN、KRT17P3SERPINB5、DSCR6或其补体编码的一组标志物的较高表达水平指示受试者患有膀胱癌。
[0010]在其它实施方案中，本发明提供检测样品中的膀胱癌细胞的方法，包括a)获得样品 b)使 a)中获得的样品与检测由选自 L0C650517、FCRLB、IL1A、S100A2、MMP11、S100A7A、UGT1A6、FAM83A、SLC1A6、UPK3B、BXl 16033、MMP12、KRT16、UBD、UGT1A6、S100A7、WISP3、PTHLH、C0L10A1、SERPINB4、UBE2C、BTBD16, SFN、KRT17P3、VGLLl、CDH3、CXCLlO, S100A9、GJB2、TH、GSTMl、A頂2、NMU、MAGEA10、DSCR8、GTSFl、KRT6A、CXCL9、SERPINB5、DSCR6 或其补体的基因编码的一个或多个标志物的表达的一种或多种试剂接触；c)使非癌细胞与来自b)的一种或多种试剂接触；和d)将a)中获得的样品中的由选自L0C650517、FCRLB,ILIA、S100A2、MMPl1、S100A7A、UGT1A6、FAM83A、SLC1A6、UPK3B、BXl 16033、MMP12、KRT16、UBD、UGT1A6、S100A7、WISP3、PTHLH, C0L10A1、SERPINB4、UBE2C、BTBD16、SFN、KRT17P3、VGLLl、CDH3、CXCLlO、S100A9、GJB2、TH、GSTMl、AM2、NMU, MAGEA10、DSCR8、GTSFl、KRT6A、CXCL9、SERPINB5、DSCR6或其补体的基因编码的一个或多个标志物表达水平与非癌细胞中的由选自 L0C650517、FCRLB, ILIA、S100A2、MMPl1、S100A7A、UGT1A6、FAM83A、SLC1A6、UPK3B、BXl 16033、MMP12、KRT16、UBD、UGT1A6、S100A7、WISP3、PTHLH、C0L10A1、SERPINB4、UBE2C、BTBD16, SFN、KRT17P3、VGLLl、CDH3、CXCLlO, S100A9、GJB2、TH、GSTMl、AIM2、NMU,MAGEA10、DSCR8、GTSFl、KRT6A、CXCL9、SERPINB5、DSCR6 或其补体的基因编码的一个或多个标志物的表达水平比较，其中与非癌细胞相比，样品中的由选自L0C650517、FCRLB、IL1A、S100A2、MMPl1、S100A7A、UGT1A6、FAM83A、SLC1A6、UPK3B、BXl 16033、MMP12、KRT16、UBD、UGT1A6、S100A7、WISP3、PTHLH、C0L10A1、SERPINB4、UBE2C、BTBD16, SFN、KRT17P3、VGLLl、CDH3、CXCLlO、S100A9、GJB2、TH、GSTMl、AM2、NMU, MAGEA10、DSCR8、GTSFl、KRT6A、CXCL9、SERPINB5、DSCR6或其补体的基因编码的一个或多个标志物的较高表达水平指示样品含有膀胱癌细胞。样品可为体外样品或体内样品，或从体内样品获得。
[0011]关于之前段落描述的实施方案，样品可为如以下描述的任何样品，例如，体液如血液、血清或尿液。样品可为细胞样品或细胞样品的提取物。样品可为组织样品。核酸和/或蛋白质可从样品分离。核酸如RNA可转录至cDNA中。试剂可为一个或多个分子，其特异性结合至癌细胞表达的一 个或多个蛋白质或细胞表达的一个或多个核酸。举例来说，试剂可为蛋白质如抗体，其特异性结合至由以下识别的标记基因之一所表达的蛋白质。试剂可为一个或多个核酸，其杂交至由癌细胞表达的核酸。由癌细胞表达的核酸可为RNA分子，例如mRNA分子。杂交至由癌细胞表达的核酸的核酸分子可为DNA分子，如DNA探针。
[0012]在其它实施方案中，本发明提供适用于区分膀胱癌细胞与非癌细胞的主题组合物，其包括的一个或多个分子特异性结合至与非癌细胞相比，由膀胱癌细胞以较高水平来表达的分子。举例来说，组合物可包括蛋白质，其结合至与非癌细胞相比，由膀胱癌细胞以较高水平表达的一个或多个分子。作为另一个实例，组合物可包括核酸，其结合至与非癌细胞相比，由膀胱癌细胞以较高水平表达的一个或多个分子。
[0013]在一些实施方案中，本发明提供主题组合物，其包括的一个或多个蛋白质，如抗体，特异性结合至选自由SEQ ID NO:1-41编码的标志物的由膀胱癌细胞表达的分子。由膀胱癌细胞表达的分子可由癌细胞以比非癌细胞表达的水平更高的水平来表达。
[0014]在一些实施方案中，本发明提供组合物，其包括的一个或多个蛋白质，如抗体，特异性结合至选自由基因 L0C650517、FCRLB、IL1A、S100A2、MMP11、S100A7A、UGT1A6、FAM83A、SLC1A6、UPK3B、BXl 16033、MMP12、KRT16、UBD、UGT1A6、S100A7、WISP3、PTHLH、COLO IOA KSERPINB4、UBE2C、SFN、SERPINB5、DSCR6编码的标志物的由膀胱癌细胞表达的分子。由膀胱癌细胞表达的分子可由癌细胞以比非癌细胞表达的相同标志物水平更高的水平来表达。[0015] 在其它实施方案中，本发明提供组合物，其包括的多个蛋白质，如多个抗体，特异性结合至由膀胱癌细胞表达的一组分子，其中一组标志物包括由基因L0C650517、FCRLB,ILIA、S100A2、MMPl1、S100A7A、UGT1A6、FAM83A、SLC1A6、UPK3B、BXl 16033、MMP12、KRT16、UBD、UGT1A6、S100A7、WISP3、PTHLH、C0L10A1、SERPINB4、UBE2C、BTBD16, SFN、KRT17P3、VGLL1、CDH3、CXCLIO、S100A9、G JB2、T H、GSTMl、AM2、NMU、MAGEAIO、DSCR8、GTSF1、KRT6A、CXCL9、SERPINB5、DSCR6或其补体编码的分子。一组标志物可以比非癌细胞中的一组标志物的水平更高的水平来表达。
[0016]在其它实施方案中，本发明提供组合物，其包括的多个蛋白质，如多个抗体，特异性结合至由膀胱癌细胞表达的一组分子，其中一组标志物包括由基因L0C650517、FCRLB,ILIA、S100A2、MMPl1、S100A7A、UGT1A6、FAM83A、SLC1A6、UPK3B、BXl 16033、MMP12、KRT16、UBD、UGT1A6、S100A7、WISP3、PTHLH、⑶L010A1、SERPINB4、UBE2C、SFN、K SERPINB5、DSCR6RT17P3或其补体编码的分子。一组标志物可以比非癌细胞中的一组标志物的水平更高的水平来表达。
[0017]在某些实施方案中，本发明提供组合物，其包括的蛋白质，如抗体，特异性结合至由膀胱癌细胞表达的分子，所述分子选自由选自L0C650517、FCRLB, ILIA、S100A2、MMPl1、S100A7A、UGT1A6、FAM83A、SLC1A6、UPK3B、BXl 16033、MMP12、KRT16、UBD、UGT1A6、S100A7、WISP3、PTHLH、C0L10A1、SERPINB4、UBE2C、BTBD16、SFN、KRT17P3、VGLLU CDH3、CXCL10,S100A9、G JB2、TH、GSTMl、AM2、NMU、MAGEAIO、DSCR8、GTSF1、KRT6A、CXCL9、SERPINB5、DSCR6或其补体的一个或多个基因编码的分子。由膀胱癌细胞表达的分子可由膀胱癌细胞以比非癌细胞表达的水平更高的水平来表达。
[0018]在其它实施方案中，本发明提供包括核酸的主题组合物，所述核酸特异性结合至由膀胱癌细胞表达的分子如mRNA分子，其中所述分子选自SEQ ID NO:1_40中列出的基因编码的标志物。由膀胱癌细胞表达的分子可由膀胱癌细胞以比非癌细胞表达的水平更高的水平来表达。
[0019]在其它实施方案中，本发明提供包括核酸的主题组合物，所述核酸特异性结合至由膀胱癌细胞表达的分子如mRNA分子，其中所述分子选自由基因L0C650517、FCRLB、IL1A、S100A2、MMPl1、S100A7A、UGT1A6、FAM83A、SLC1A6、UPK3B、BXl 16033、MMP12、KRT16、UBD、UGT1A6、S100A7、WISP3、PTHLH、C0L010A1、SERPINB4、UBE2C、SFN、KRT17P3SERPINB5、DSCR6编码的标志物。由膀胱癌细胞表达的分子可由癌细胞以比非癌细胞表达的水平更高的水平来表达。
[0020]在更进一步实施方案中，本发明提供确定受试者的膀胱癌是否在推进的方法，其包括a)在第一时间点测量与膀胱癌相关的一个或多个标志物的表达水平；b)在第二时间点测量a)中测量的一个或多个标志物的表达水平，其中第二时间点在第一时间点之后；和
c)将a)和b)中测量的表达水平比较，其中与a)相比，b)中的一个或多个标志物的表达水平的增加指示受试者的膀胱癌在推进。合适标志物包括由SEQ ID NO:1-40和/或SEQ IDN041中提供的基因编码的那些标志物。
[0021]在一些实施方案中，本发明提供确定受试者的膀胱癌是否在推进的方法，其包括
a)在第一时间点测量由基因 L0C650517、FCRLB, ILIA、S100A2、MMPlU S100A7A、UGT1A6、FAM83A、SLC1A6、UPK3B、BXl 16033、MMP12、KRT16、UBD、UGT1A6、S100A7、WISP3、PTHLH,COLO IOA K SERPINB4、UBE2C、SFN、KRT17P3、SERPINB5、DSCR6 编码的一组标志物的表达水平；b)在第二时间点测量在a)中测量的标志物的表达水平，其中第二时间点在第一时间点之后；和(3)将在a)和b)中测量的表达水平比较，其中与第一时间点相比，第二时间点的标志物的表达水平的增加指示受试者的膀胱癌在推进。
[0022]在一些实施方案中，本发明提供与膀胱癌相关的抗原(即癌症相关多肽)作为诊断和/或治疗抗体的目标。在一些实施方案中，抗原可选自由SEQ ID N0:l-40中列出的基因编码的蛋白质、其片段，或由SEQ ID N01-40和/或SEQ ID N041列出的基因编码的蛋白质的组合。
[0023]在一些实施方案中，本发明提供与膀胱癌相关的抗原(即癌症相关多肽)作为诊断和/或治疗抗体的目标。在一些实施方案中，抗原可包括由基因L0C650517、FCRLB、IL1A、S100A2、MMPl1、S100A7A、UGT1A6、FAM83A、SLC1A6、UPK3B、BXl 16033、MMP12、KRT16、UBD、UGTIA6、S100A7、WISP3、PTHLH、COLOIOAUSERPINB4、UBE2C、SFN、KRT17P3、SERPINB5、DSCR6或其片段编码的一组蛋白质。
[0024]在其它实施方案中，本发明提供诱导对于膀胱癌细胞的免疫反应的方法，其包括使受试者与由膀胱癌细胞表达的蛋白质或蛋白质片段接触，从而诱导对于膀胱癌细胞的免疫反应。举例来说，受试者可静脉内或肌肉内与蛋白质或蛋白质片段接触。
[0025]在其它实施方案中，本发明提供诱导对于膀胱癌细胞的免疫反应的方法，其包括使受试者与由选自SEQ ID NO:1-40和/或SEQ ID NO:41中列出基因的基因编码的一个或多个蛋白质或蛋白质片段接触，从而诱导对于膀胱癌细胞的免疫反应。举例来说，受试者可静脉内或肌肉内与 蛋白质或蛋白质片段接触。
[0026]在其它实施方案中，本发明提供检测样品中的膀胱癌细胞的试剂盒。试剂盒可包括检测以下公开的任何癌症相关序列例如SEQ ID N01-41的表达的一种或多种试剂。试剂可结合至一个或多个以下公开的癌症相关序列。试剂盒可包括例如蛋白质和/或核酸的试剂。在一个实施方案中，试剂盒提供多个试剂。试剂可能够检测由包括L0C650517、FCRLB、ILIA、S100A2、MMPl1、S100A7A、UGT1A6、FAM83A、SLC1A6、UPK3B、BXl 16033、MMP12、KRT16、UBD、UGT1A6、S100A7、WISP3、PTHLH、C0L10A1、SERPINB4、UBE2C、BTBD16, SFN、KRT17P3、VGLLl、CDH3、CXCLlO、S100A9、GJB2、TH、GSTMl、AM2、NMU、MAGEA10、DSCR8、GTSFl、KRT6A、CXCL9、SERPINB5、DSCR6或其补体的基因编码的一组标志物。
[0027]在其它实施方案中，本发明提供检测样品中的膀胱癌细胞的试剂盒。试剂盒可包括检测任何以下公开的癌症相关序列的表达的一种或多种试剂。试剂盒可包括例如蛋白质和/或核酸的试剂。在一个实施方案中，试剂盒提供多个试剂。试剂可能够检测由包括 L0C650517、FCRLB, ILIA、S100A2、MMPl1、S100A7A、UGT1A6、FAM83A、SLC1A6、UPK3B、B X116033、MMP12、KRT16、UBD、UGT1A6、S100A7、WISP3、PTHLH、C0L010A1、SERPINB4、UBE2C、SFN、KRT17P3、SERPINB5、DSCR6或其补体的基因编码的一组标志物。
[0028]在其它实施方案中，本发明提供检测样品中的膀胱癌的试剂盒，其包括特异性结合至由基因 L0C650517、FCRLB, ILIA、S100A2、MMPl1、S100A7A、UGT1A6、FAM83A、SLC1A6、UPK3B、BXl 16033、MMP12、KRT16、UBD、UGT1A6、S100A7、WTSP3、PTHLH、C0L10A1、SERPINB4、UBE2C、BTBD16, SFN、KRT17P3、VGLLl、CDH3、CXCL10, S100A9、GJB2、TH、GSTMl、A頂2、NMU,MAGEA10、DSCR8、GTSFl、KRT6A、CXCL9、SERPINB5、DSCR6 编码的分子的多个试剂。[0029]在其它实施方案中，本发明提供检测从受试者获得的样品中的膀胱癌的试剂盒。试剂盒可包括一种或多种试剂，其特异性结合至由膀胱癌细胞特异性表达的分子，例如由SEQ ID N0;l-41编码的一个或多个标志物。试剂盒可包括用于确定是否样品关于癌症呈阳性的一个或多个容器和说明书。试剂盒可任选地含有一个或多个多孔板、可检测物质如染料、放射性标记分子、化学发光标记分子等。可检测物质可连接至试剂，所述试剂特异性结合至由膀胱癌细胞表达的分子。试剂盒可进一步含有阳性对照(例如一个或多个膀胱癌细胞；或特定已知数量的由膀胱癌细胞表达的分子)和阴性对照(例如非癌的组织或细胞样品)。 [0030]在一些实施方案中，本发明提供检测膀胱癌的试剂盒，其包括的一种或多种试剂特异性结合至由选自以下公开基因的基因编码的一个或多个标志物，例如L0C650517、FCRLB, ILIA、S100A2、MMPlU S100A7A、UGT1A6、FAM83A、SLC1A6、UPK3B、BX116033、MMP12、KRT16、UBD、UGT1A6、S100A7、WISP3、PTHLH、⑶LlOAl、SERPINB4、UBE2C、BTBD16、SFN、KRT17P3、VGLL1、CDH3、CXCLIO、S100A9、G JB2、TH、GSTMl、AM2、NMU、MAGEAIO、DSCR8、GTSF1、KRT6A、CXCL9、SERPINB5、DSCR6。试剂可为蛋白质，如抗体。或者，试剂可为核酸如DNA分子或RNA分子。试剂盒可包括用于确定是否样品关于癌症呈阳性的一个或多个容器和说明书。试剂盒可任选地含有一个或多个多孔板、可检测物质如染料、放射性标记分子、化学发光标记分子等。可检测物质可连接至特异性结合至以下公开的一个或多个标志物的试剂。试剂盒可进一步含有阳性对照(例如一个或多个膀胱癌细胞；或特定已知数量的由膀胱癌细胞表达的分子)和阴性对照(例如非癌的组织或细胞样品)。举例来说，试剂盒可采用ELISA或DNA微阵列的形式。在一些实施方案中，试剂盒可包括适用于荧光活化细胞分类器，例如使用流式细胞术的一个或多个抗体。
[0031]一些实施方案针对治疗受试者的膀胱癌的方法，所述方法包括向有需要的受试者施用治疗剂，所述治疗剂调节膀胱癌相关蛋白质的活性，其中癌症相关蛋白质由SEQ IDNO:1-40和/或SEQ ID N041中列出的基因、其同源物、其组合或其片段来编码。在一些实施方案中，治疗剂结合至癌症相关蛋白质。在一些实施方案中，治疗剂是抗体。在一些实施方案中，抗体可为单克隆抗体或多克隆抗体。在一些实施方案中，抗体是人源化或人抗体。在一些实施方案中，抗体可与药物或毒素偶联。
[0032]在一些实施方案中，治疗受试者的膀胱癌的方法可包括向有需要的受试者施用治疗剂，所述治疗剂调节选自SEQ ID NO: 1-40，和/或SEQ ID NO:41中列出基因的一个或多个基因、其片段、其同源物和/或其补体的表达。
[0033]在其它实施方案中，本发明提供治疗膀胱癌的方法，可包括SEQ ID NO:1_40中列出的一个或多个基因、其片段、其同源物和或其补体的基因敲除。
[0034]在其它实施方案中，本发明提供针对抗御膀胱癌的活性来筛选候选药物的方法，所述方法包括:(a)使表达选自SEQ ID NO:1-40和/或SEQ ID NO:41列出基因的一个或多个膀胱癌相关基因的细胞与候选药物接触；(b)检测候选药物对于来自a)的细胞中的一个或多个膀胱癌相关基因的表达的效应；和(C)将不存在候选药物时的a)中列举的一个或多个基因的表达水平与存在候选药物时的a)中列举的一个或多个基因的表达水平比较；其中存在候选药物时的膀胱癌相关基因表达的减少指示候选物具有抗御膀胱癌的活性。
[0035]在一些实施方案中，本发明提供显现膀胱癌肿瘤的方法，包括a)用特异性结合至癌症肿瘤的标记分子来靶向一个或多个膀胱癌相关蛋白质，其中膀胱癌相关蛋白质选自由选自SEQ ID NO:1-40和/或SEQ ID NO:41列出基因的一个或多个基因编码的蛋白质；和
b)检测标记分子，其中标记分子显现肿瘤。显现可体内或体外完成。
[0036]在其它实施方案中，本发明提供显现膀胱癌肿瘤的方法，包括a)用标记分子，如特异性结合至选自SEQ ID NO:1-40中列出基因的癌症肿瘤基因的核酸来靶向一个或多个膀胱癌相关基因，例如由SEQ ID NO:1-40编码的一个或多个基因；和b)检测标记分子，其中标记分子显现肿瘤。显现可体内或体外完成。
【专利附图】

【附图说明】
[0037]为了更完全地理解本发明的性质和优点，应结合附图来参考以下的详述，在所述附图中:
[0038]图1展示L0C650517在膀胱肿瘤(相比于正常组织)中的表达。
[0039]图2展示FCRLB在膀胱肿瘤(相比于正常组织)中的表达。
[0040]图3展示ILlA在膀胱肿瘤(相比于正常组织)中的表达。
[0041]图4展示S100A2在膀胱肿瘤(相比于正常组织)中的表达。 [0042]图5展示MMPll在膀胱肿瘤(相比于正常组织)中的表达。
[0043]图6展示S100A7A在膀胱肿瘤(相比于正常组织)中的表达。
[0044]图7展示UGT1A6在膀胱肿瘤(相比于正常组织)中的表达。
[0045]图8展示FAM83A在膀胱肿瘤(相比于正常组织)中的表达。
[0046]图9展示SLC1A6在膀胱肿瘤(相比于正常组织)中的表达。
[0047]图10展示UPK3B在膀胱肿瘤(相比于正常组织)中的表达。
[0048]图11展示BXl 16033在膀胱肿瘤(相比于正常组织)中的表达。
[0049]图12展示MMP12在膀胱肿瘤(相比于正常组织)中的表达。
[0050]图13展示KRT16在膀胱肿瘤(相比于正常组织)中的表达。
[0051]图14展示UBD在膀胱肿瘤(相比于正常组织)中的表达。
[0052]图15展示UGT1A6在膀胱肿瘤(相比于正常组织)中的表达。
[0053]图16展示S100A7在膀胱肿瘤(相比于正常组织)中的表达。
[0054]图17展示WISP3在膀胱肿瘤(相比于正常组织)中的表达。
[0055]图18展示PTHLH在膀胱肿瘤(相比于正常组织)中的表达。
[0056]图19展示C0L010A1在膀胱肿瘤(相比于正常组织)中的表达。
[0057]图20展示SERPINB4在膀胱肿瘤(相比于正常组织)中的表达。
[0058]图21展示UBE2C在膀胱肿瘤(相比于正常组织)中的表达。
[0059]图22展示SFN在膀胱肿瘤(相比于正常组织)中的表达。
[0060]图23展示KRT17P3在膀胱肿瘤(相比于正常组织)中的表达。
[0061]图24展示MMPll在膀胱肿瘤(相比于正常组织)中的表达。
[0062]图25展示MMP12在膀胱肿瘤(相比于正常组织)中的表达。
[0063]图26展示C0L10A1在膀胱肿瘤(相比于正常组织)中的表达。
[0064]图27展示KRT6A在膀胱肿瘤(相比于正常组织)的表达。
[0065]图28展示SFN在膀胱肿瘤(相比于正常组织)中的表达。[0066]图29展示FCRLB在膀胱肿瘤(相比于正常组织)中的表达。
[0067]图30展示SERPINB5在膀胱肿瘤(相比于正常组织)中的表达。
[0068]图31展示ILlA在膀胱肿瘤(相比于正常组织)中的表达。
[0069]图32展示KRT16在膀胱肿瘤(相比于正常组织)中的表达。
[0070]图33展示SLC1A6在膀胱肿瘤(相比于正常组织)中的表达。
[0071]图34展示S100A2在膀胱肿瘤(相比于正常组织)中的表达。
[0072]图35展示S100A7A在膀胱肿瘤(相比于正常组织)中的表达。
[0073]图36展示DSCR6在膀胱肿瘤(相比于正常组织)中的表达。
[0074]图37展示UBE2C在膀胱肿瘤(相比于正常组织)中的表达。
[0075]图38展示MMPll在膀胱肿瘤(相比于正常组织)中的表达。
[0076]图39展示C0L10A1在膀胱肿瘤(相比于正常组织)中的表达。
[0077]图40是显示C0L10A、MMP11、SFN和FCRLB在膀胱癌患者的尿液中的表达的琼脂糖凝胶。
[0078]图41是免疫荧光显微术图像并且展示MMPll可在膀胱癌样品中，但是不在正常膀胱组织中检测到。
[0079]详细描述
[0080]在描述本发明组合物和方法之前，应理解本发明不限于所描述的具体过程、组合物或方法，因为这些都可以变化。还应理解，在本描述中使用的术语仅出于描述具体变型或实施方案的目的并且不意图限制本发明的范围，本发明的范围将仅由随附权利要求书来限制。除非另有定义，否则本文中使用的所有技术和科学术语具有与本领域普通技术人员通常理解的含义相同的含义。虽然与本文中所述的那些方法和材料相似或相等的任何方法和材料也可用于实践或测试本公开的实施方案，但是现在描述优选方法、装置和材料。本文的内容都不应解释为承认本发明由于在先发明而被视为先于此类公开。
[0081]除非上下文另外明确地指出，否则本文所用的单数形式“一个(种)(a/an) ”和“所述(the)”包括复数对象。因此，例如，提及一种“治疗剂”是指一种或多种治疗剂及本领域技术人员已知的它的等效物，等等。
[0082]如本文中使用的术语“约”意指与它一起使用的数字的数值加或减10%。因此，约50%意指在45%至55%的范围内。
[0083]当连同治疗剂使用时，“施用”意指直接将治疗剂施用到目标组织之中或之上或向患者施用治疗剂，由此使所述治疗剂治疗它所靶向的组织。因此，在连同治疗剂使用时，如本文使用的术语“施用”可包括但是不限于将治疗剂提供至目标组织之中或之上；通过例如静脉内注射将治疗剂全身提供至患者，由此使治疗到达目标组织；将呈其编码序列形式的治疗剂提供至目标组织(例如，通过所谓基因治疗技术)。“施用”组合物可通过口腔施用、静脉内注射、腹膜 内注射、肌肉内注射、皮下注射、经皮扩散或电泳、局部注射、缓释输送装置(包括局部植入缓释装置如可生物蚀解的或基于储槽的植入物)、作为蛋白质治疗剂或作为经由基因治疗载体的核酸治疗剂、局部施用，或通过任何这些方法以及其它已知技术来完成。这类组合技术包括但不限于加热、辐射和超声。
[0084]如本文使用，“试剂”是指特异性结合至癌症相关序列或由癌症相关序列编码分子的分子或结合至由癌症相关序列编码的分子的受体。试剂实例包括核酸分子，如DNA和蛋白质，如抗体。试剂可与如以下描述的标记或可检测物质连接。试剂可与治疗剂或毒素连接。
[0085]如本文使用，术语“扩增”是指产生扩增产物，其可包括，例如，额外目标分子、或目标样分子或与目标分子互补的分子，所述分子由于在样品中存在目标分子而产生。在其中目标是核酸的情况下，扩增产物可通过DNA或RNA聚合酶或逆转录酶，或其任何组合来酶促制成。
[0086]如本文使用，术语“动物”、“患者”或“受试者”包括但不限于人、非人灵长类和非人脊椎动物如野生、驯养和农畜，包括任何哺乳动物，如猫、犬、奶牛、绵羊、猪、马、兔、啮齿动物如小鼠和大鼠。在一些实施方案中，术语“受试者”、“患者”或“动物”是指雄性。在一些实施方案中，术语“受试者”、“患者”或“动物”是指雌性。
[0087]如本文使用，术语“抗体”是指免疫球蛋白或其一部分，并且涵盖包括抗原结合部位的任何多肽，不论来源、产生方法或其它特性。此术语包括例如多克隆、单克隆、单特异性、多特异性、人源化、单链、嵌合、合成、重组、杂种、突变和CDR枝接抗体。抗体的一部分可包括可结合抗原的任何片段，例如，Fab、F(ab’)2、Fv、scFv。
[0088]如本文使用，术语“生物来源”是指可产生目标多核苷酸或蛋白质或肽片段的来源。来源可为如以下描述的任何形式的“样品”，包括但不限于细胞、组织或流体。“不同生物来源”可涉及同一个体的不同细胞/组织/器官，或来自相同物种的不同个体的细胞/组织/器官，或来自不 同物种的细胞/组织/器官。
[0089]术语“捕获试剂”是指能够结合将要在样品中检测的目标分子或分析物的试剂，例如抗体或抗原结合蛋白。
[0090]术语“基因表达结果”是指关于基因或基因产物的表达的定性和/或定量结果。在本领域中已知的任何方法可用于定量基因表达结果。基因表达结果可为一定量或拷贝数的基因、由基因编码的RNA、由基因编码的mRNA、由基因编码的蛋白质产物或其任何组合。基因表达结果还可相对于标准来标准化或比较。基因表达结果可用于，例如，确定是否基因在两个或更多个样品中表达、过表达或差异表达，方法是通过将来自2或更多个样品或一个或多个样品的基因表达结果与标准或对照进行比较。
[0091]如本文使用，术语“同源性”是指一定程度的互补性。可存在部分同源性或完整同源性。措词“同一性”可替代措词“同源性”。至少部分地抑制相同序列杂交至目标核酸的部分互补核酸序列被称为“大致上同源”。完全互补核酸序列杂交至目标序列的抑制可使用杂交测定(DNA印迹或RNA印迹、溶液杂交等)在严格性降低条件下来检查。大致上同源序列或杂交探针在严格性降低条件下竞争并且抑制完全同源序列结合至目标序列。这并不是说严格性降低的条件使得允许非特异性结合，因为严格性降低条件要求两个序列彼此结合必须是特异性(即，选择性)相互作用。不存在非特异性结合可使用没有甚至部分程度互补性(例如，小于约30%同源性或同一性)的第二目标序列来测试。在不存在非特异性结合的情况下，大致上同源序列或探针不杂交至第二非互补目标序列。
[0092]本文使用的术语“杂交”意思是互补核苷或核苷酸碱基之间的氢键合，所述氢键合可以是Watson_Crick、Hoogsteen或反转的Hoogsteen氢键合。例如，腺嘌呤与胸腺嘧唳是通过形成氢键配对的互补核碱基。如本文涉及核酸分子所使用，“互补”是指两个核苷酸之间精确配对的能力。例如，如果寡核苷酸的某一位置处的核苷酸能够与DNA或RNA分子的相同位置的核苷酸氢键合，则认为寡核苷酸与DNA或RNA在那一位置彼此互补。当每个分子中足够数量的对应位置被可以与彼此氢键合的核苷酸占据时，寡核苷酸与DNA或RNA彼此互补。因此，“可特异性杂交”和“互补”是用来表示足够程度的互补性或精确配对以使得在寡核苷酸与DNA或RNA目标之间发生稳定且特异性的结合的术语。在本领域中应了解核酸序列不一定与其可特异性杂交的目标核酸100%互补。当存在分子与目标的结合，并且在需要特异性结合的条件下，存在足够程度的互补性以避免分子与非目标序列的非特异性结合，g卩，在体内测定或治疗性处理的情况下在生理条件下，并且在体外测定的情况下，在执行测定的条件下时，核酸化合物可特异性杂交。
[0093]术语“抑制”包括施用本公开的化合物以预防症状发作、减轻症状或消除疾病、病状或病症。术语“抑制”还可以是指降低基因，如编码癌症相关序列的基因的表达水平。RNA和/或蛋白质的表达水平可降低。
[0094]术语“标记”和/或可检测物质是指能够产生指示在测定样品中的目标多核苷酸或多肽或蛋白质的存在的可检测信号的组合物。合适标记包括放射性同位素、核苷酸发色团、酶、底物、荧光分子、化学发光部分、磁性颗粒、生物发光部分等。因此，标记是可通过装置或方法，诸如但不限于分光、光化学、生物化学、免疫化学、电学、光学、化学检测装置或任何其它适当装置来检测的任何组合物。在一些实施方案中，标记可不借助于装置来视觉检测。术语“标记”用于指具有可检测物理性质的任何化学基团或部分或能够导致化学基团或部分展现可检测物理性质的任何化合物，如催化底物转化成可检测产物的酶。术语“标记”还包括抑制具体物理性质的表达的化合物。标记还可以是结合对的成员的化合物，另一个成员具有可检测物理性质。
[0095]“微阵列”是在固体载体的表面上形成的例如离散区域的线性或二维阵列，每个区域具有限定面积。微阵列上的离散区域的密度通过单一固相载体的表面上检测的目标多核苷酸的总数来确定，优 选地至少约50/cm2更优选地至少约100/cm2、甚至更优选地至少约500/cm2并且仍然更优选地至少约1，000/cm2。如本文使用，DNA微阵列是安置于用于识别、扩增、检测或克隆目标多核苷酸的芯片或其它表面上的寡核苷酸引物的阵列。因为阵列中的每一组具体引物的位置是已知的，所以目标多核苷酸的特性可基于其结合至微阵列中的具体位置来确定。
[0096]如本文使用，术语“天然存在”是指可呈通常在自然界中发现的形式的序列或结构。“天然存在”可包括呈通常在任何动物中发现的形式的序列。
[0097]在本文中“核酸”、“多核苷酸”或“寡核苷酸”或等效物的使用是指共价连接一起的至少两个核苷酸。在一些实施方案中，寡核苷酸是6、8、10、12、20、30或多达100个核苷酸的寡聚物。在一些实施方案中，寡核苷酸是至少6、8、10、12、20、30、40、50、60、70、80、90、100、150、200、300、400或500个核苷酸的寡聚物。“多核苷酸”或“寡核苷酸”可包括DNA、RNA、PNA或通过磷酸二酯和/或任何替代键连接的核苷酸的聚合物。
[0098]如本文使用，术语“任选”或“任选地”是指其中随后描述的结构、事件或环境可发生或可不发生的实施方案，并且此描述包括其中事件发生的情况和其中事件不发生的情况。
[0099]短语“同源性百分比”、“同源性％”、“同一性百分比”或“同一性是指在两个或更多个氨基酸或核酸序列的比较中发现的序列相似性的百分比。同一性百分比可以电子方式确定，例如，使用MEGALIGN程序(LASERGENE软体包，DNASTAR)。MEGALIGN程序可根据不同方法，例如，Clustal方法来产生两个或更多个序列之间的比对(Higgins, D.G.和P.M.Sharp (1988) Gene73:237-244.)。Clustal算法通过检查所有对之间的距离来将序列分组成集群。集群以成对的方式比对，然后分组比对。两个氨基酸序列，例如，序列A和序列B之间的相似性百分比的计算方法是将序列A的长度，减去序列A中的空位残基的数目，减去序列B中的空位残基的数目，除以序列A与序列B之间匹配残基的总和，乘以一百。在确定相似性百分比中，不包括两个氨基酸序列之间的低或无同源性的空位。核酸序列之间的同一性百分比还可通过Clustal方法，或在本领域中已知的其它方法，如Jotun Hein方法来计算(参见例如Hein, J.(1990)Methods Enzymol.183:626-645.)。序列之间的同一性还可通过在本领域中已知的其它方法，例如，改变杂交条件来确定。
[0100]“药学上可接受的”是指载体、稀释剂或赋形剂必须与制剂的其它成分相容并且对
于其接受者无害。
[0101]如本文使用，“重组蛋白”是指使用重组技术，例如但是不限于如以下描述，经由表达重组核酸来制得蛋白质 。重组蛋白可通过至少一个或更多个特性而不同于天然存在的蛋白质。举例来说，蛋白质可从通常在其野生型宿主中缔合在一起的一些或所有蛋白质和化合物分离或纯化出，并且因而可大致上纯的。举例来说，分离蛋白质不伴有通常在其天然状态下缔合在一起的至少一些材料，所述材料优选地构成给定样品中的总蛋白质重量的至少约0.5%、更优选地至少约5%。大致上纯的蛋白质占约50-75%、约80%或约90%。在一些实施方案中，大致上纯的蛋白质占总蛋白质重量的约80-99%、85-99%、90-99%、95-99%或97-99%。重组蛋白还可包括来自一个有机体(例如人)的癌症相关蛋白质在不同有机体(例如酵母、大肠杆菌等)或宿主细胞中产生。或者，蛋白质可以与通常所见浓度相比显著较高的浓度来制得，方法是经由使用可诱导启动子或高表达启动子，以使得蛋白质在增加浓度水平下制得。或者，蛋白质可呈通常在自然界中不存在的形式，如添加表位标记或氨基酸取代、插入和缺失，如本文论述。
[0102]如本文使用，术语“样品”是指用试剂、药剂、捕获试剂、结合配偶体等测试或处理的组合物。样品可从受试者获得。在一些实施方案中，样品可为血液、血浆、血清或其任何组合。样品可从血液、血浆、血清或其任何组合获得。其它典型样品包括但不限于从哺乳动物受试者、组织活检、唾液、淋巴液、血细胞(例如外周血单核细胞)、组织或细针活检样品、尿液、腹膜液、初乳、母乳、胎液、粪便、眼泪、胸膜液或来自其中的细胞获得的任何体液。样品可在用于本文所述方法之前以某种方式处理，例如具体组分根据以下描述的任何方法来分析或测试。一个或多个分子可从样品分离。
[0103]术语“特异性结合”、“特异性地结合”等是指其中两个或更多个分子形成可在生理或测定条件下测量并且具有选择性的复合物的情况。抗体或抗原结合蛋白或其它分子被认为“特异性结合”至蛋白质、抗原或表位，只要在适当选择条件下，这类结合大致上不被抑制，同时非特异性结合被抑制。特异性结合的特征为高亲和力，并且对于化合物、蛋白质、表位或抗原具有选择性。非特异性结合通常具有低亲和力。特异性结合的实例包括酶和底物、抗体和其抗原表位、细胞信号转导分子和其相应细胞受体的结合。
[0104]如本文使用，从指定序列“获得”的多核苷酸是指由近似至少约6个核苷酸、优选地至少约8个核苷酸、更优选地至少约10-12个核苷酸，并且甚至更优选地至少约15-20个核苷酸的序列组成的多核苷酸序列，其对应于指定核苷酸序列的区域。“对应”是指与指定序列同源或互补。优选地，产生多核苷酸的区域的序列与癌症相关基因独有的序列同源或互补。
[0105]如本文使用，术语“标记”、“序列标记”或“引物标记序列”是指具有特异性核酸序列的寡核苷酸，此序列用来识别在其中携带这类标记的一批多核苷酸。来自相同生物来源的多核苷酸以特异性序列标记共价加标记以使得在后续分析中，多核苷酸可根据其来源来识别。序列标记也充当核酸扩增反应的引物。
[0106]术语“载体”是指常规载体如珠粒、颗粒、试纸、纤维、过滤器、膜和硅烷或硅酸盐载体如载玻片。
[0107]如本文使用，术语“治疗剂(therapeutic) ”或“治疗剂”是指可用于治疗、抗击、改善、预防或改进患者的不需要的病状或疾病的试剂。部分地，本公开的实施方案针对治疗癌症或减少细胞增殖。在一些实施方案中，术语“治疗剂(therapeutic)”或“治疗剂”可涉及关联与或影响以下公开的目标标志物或癌症相关序列、其表达或其功能的任何分子。在各种实施方案中，这类治疗剂可包括分子例如治疗性细胞、治疗性肽、治疗性基因、治疗性化合物等，其关联与或影响以下公开的目标标志物或癌症相关序列、其表达或其功能。
[0108]组合物的“治疗有效量”或“有效量”是计算获得所需效应，即，抑制、阻断或逆转细胞的活化、迁移、转移或增殖的预定量。在一些实施方案中，有效量是预防量。在一些实施方案中，有效量是用于医学上治疗疾病或病状的量。当然，根据本发明来施用以获得治疗性和/或预防性作用的化合物的具体剂量将通过围绕病例的具体情况来确定，所述具体情况包括例如所施用的化合物、施用途径以及正被治疗的病状。应了解所施用的有效量由医师按照相关情况包括将要治疗的病状，将要施用的组合物的选择，和所选择的施用途径来确定。本发明的组合物的治疗有效量通常是如下量，这种量使得在它在生理可耐受赋形剂组合物中施用，它足以在目标组织中获得有效全身浓度或局部浓度。
[0109]如本文中使用的术语“治疗”、“经过治疗的”或“正治疗的”是指治疗性治疗和/或预防性或防止性措施，其中目标是为了预防或减慢(减少)不希望的生理病状、症状、病症或疾病，或为了获得有益或所需临床结果。在一些实施方案中，此术语可意指治疗和预防。出于本发明的目的，有益或所需临床结果包括但不限于:症状的减轻；病状、病症或疾病的程度减小；病状、病症或疾病的状态稳定(即，没有恶化)；病状、病症或疾病的发作延迟或病状、病症或疾病的进展减慢；病状、病症或疾病状态的改善(amelioration);以及病状、病症或疾病的缓解(无论部分或全部)(无论可检测或不可检测)或增强或改善。治疗包括在没有过度水平的副作用的情况下引出临床上显著的反应。治疗可包括与不接受治疗时的预期存活相比延长的存活。
[0110]术语“组织”是指在具体的功能执行中联合在一起的类似特化细胞的任何聚集体。
[0111]癌症相关序列
[0112] 在一些实施方案中，本公开提供与癌症相关的核酸和蛋白质序列，在本文中被称为“癌症相关”或“CA”序列。在一些实施方案中，本公开提供与膀胱癌或如下癌症相关的核酸和蛋白质序列，这些癌症例如不限于尿路上皮癌、移行细胞癌、非移行细胞癌，例如不限于鳞状细胞癌、腺癌、横纹肌肉瘤、神经细胞肿瘤、宫颈癌或淋巴瘤、复发和转移性膀胱癌或其组合。诊断方法可包括测量本文公开的癌症相关标志物的表达水平。此方法可进一步包括将癌症相关序列的表达水平与标准和/或对照比较。标准可来自已知含有膀胱癌细胞的样品。对照可包括已知膀胱癌细胞和/或非癌细胞，如从膀胱组织获得的非癌细胞。
[0113]癌症相关序列可包括在癌症中的上调(即在较高水平下表达)，以及下调(即在较低水平下表达)的序列。癌症相关序列还可包括如下序列，这些序列已经改变(即，易位、截短序列或具有取代、缺失或插入的序列，包括但不限于点突变)并且展示相同表达谱或变化谱。在一些实施方案中，癌症相关序列来自人；然而，如本领域技术人员认识到，来自其它生物体的癌症相关序列可适用于疾病和药物评估的动物模型；因而，其它癌症相关序列可为适用的，包括从任何受试者获得的序列，例如不限于来自脊椎动物，包括哺乳动物，如啮齿动物(大鼠、小鼠、仓鼠、豚鼠等)、灵长类和农畜(包括绵羊、山羊、猪、奶牛、马等)的序列。来自其它生物体的癌症相关序列可使用在本文中概述的技术来获得。
[0114]癌症相关序列的实例包括SEQ ID N0:l-41。
[0115]在一些实施方案中，癌症相关序列是核酸。如本领域技术人员了解并且如本文描述，本文中的实施方案的癌症相关序列可适用于各种应用，包括检测受试者的核酸或其表达水平的诊断应用，治疗应用或其组合。进一步，本文中的实施方案的癌症相关序列可用于筛选应用；例如，产生包括癌症相关序列的核酸探针的生物芯片。
[0116]本公开的核酸可包括磷酸二酯键，但是在一些情况下，如以下概述(例如，在反义应用中或在核酸是候选药物试剂时)，核酸类似物可具有替代骨架，包括例如氨基磷酸酯(Beaucage 等人 Tetrahedron49 (10): 1925 (1993)和其中的参考文献；Letsinger, J.0rg.Chem.35:3800(1970) ；Sprinzl 等人 Eur.J.Bioche.81: 579 (1977) ；Letsinger 等人 Nucl.Acids Re s.14:3487(1986) ；Sawai 等人 Chem.Lett.805(1984), Letsinger 等人J.Am.Client.Soc.110:4470 (1988)；以及 Pauwels 等人 Chemica Scripta26:14191986))、硫代磷酸酯(Mag 等人，Nucleic Acids Res.19:1437 (1991);和美国专利号 5，644，048)、二硫代磷酸酯(Briu等人J.Am.Chem.Soc.111:2321 (1989)、O-甲基亚磷酰胺键合(参见 Eckstein, Oligonucleotides and Analogues:A Practical Approach, OxfordUniversity Press)和妝核酸骨架和键合(参见 Egholm, J.Am.Chem.Soc.114:1895 (1992)；Meier 等人 Chem.1nt.Ed.Engl.31:1008(1992) ；Nielsen, Nature, 365:566(1993)；Carlsson等人Nature380:207(1996),)。其它类似核酸包括具有正性骨架(Denpcy等人 Proc.Natl.Acad.Sc1.USA92:6097 (1995);非离子骨架(美国专利号 5，386，023，5，637，684，5，602，240，5，216，141 和 4，469，863 ；Kiedrowshi 等人 Angew.Chem.1ntl.Ed.English30:423 (1991) ；Letsinger 等人 J.Am.Chem.Soc.110:4470 (1988)；Letsinger 等人 Nucleoside&Nucleotidel3:1597 (1994)；第 2 和 3 章，ASC SymposiumSeries580,"Carbohydrate Modifications in Antisense Research", Y.S.Sanghui 和P.Dan Cook 编；Mesmaeker 等人 Bioorganic&Medicinal Chem.Lett.4:395 (1994) ；Jeffs等人 J.Biomolecular NMR34:17 (1994) ；Tetrahedron Lett.37:743 (1996))和非核糖骨架的核酸，包括那些在美国专利号5，235，033和5，034，506，和第6和7章，ASC SymposiumSeries580,"Carbohydrate Modifications in Antisense Research", Y.S.Sanghui 和P.Dan Cook编中描述的核酸。含有一个或多个碳环糖的核酸也包括于核酸的一个定义内(参见Jenkins等人Chem.Soc.Rev.(1995)第169-176页)。若干核酸类似物描述于Rawls, C&ENews Jun.2，1997第35页中。核糖磷酸骨架的这些修饰可出于各种原因来完成，例如增加这类分子在用于反义应用的生理环境中或作为生物芯片的探针的稳定性和半衰期。
[0117]如本领域技术人员了解，这类核酸类似物可用于本公开的一些实施方案。另外，可产生天然存在的核酸和类似物的混合物；替代地，可产生不同核酸类似物的混合物，和天然存在的核酸和类似物的混合物。
[0118]在一些实施方案中，核酸可为单链或双链或可含有双链或单链序列的一部分。如本领域技术人员了解，单一链的描述也定义另一个链的序列；因而本文描述的序列也包括序列的补体。核酸可为DNA、基因组和cDNA、RNA或杂种，其中核酸含有脱氧核糖核苷酸和核糖核苷酸的任何组合，和碱基的任何组合，包括尿嘧啶、腺嘌呤、胸腺嘧啶、胞嘧啶、鸟嘌呤、肌苷、黄嘌呤、次黄嘌呤、异胞嘧啶、异鸟嘌呤等。如本文使用，术语“核苷”包括核苷酸和核苷和核苷酸类似物，和修饰核苷如氨基修饰核苷。另外，“核苷”包括非天然存在的类似结构。因此，例如，各自含有碱基的肽核酸的主题单元在本文中称为核苷。
[0119]在一些实施方案中，癌症相关序列可包括核酸和氨基酸序列。在一些实施方案中，癌症相关序列可包括与公开序列具有至少约60%同源性的序列。在一些实施方案中，癌症相关序列可与公开序列具有至少约65%、约70%、约75%、约80%、约85%、约90%、约95%、约97%、约99%、约99.8%同源性。在一些实施方案中，癌症相关序列可为“突变型核酸"。如本文使用，“突变型核酸”是指缺失突变体、插入、点突变、取代、易位。
[0120]在一些实施方案中，癌症相关序列可为重组核酸。本文中的术语“重组核酸”是指总体上通过用聚合酶和核酸内切酶处理核酸而最初在体外形成的核酸分子，其呈通常在自然界中不存在的形式。因此重组核酸还可为呈线性形式的分离核酸，或通过连接通常不连接的DNA分子在体外形成的载 体中克隆，出于本发明目的，其均被认为是重组的。应了解一旦重组核酸制成并且重新引入宿主细胞或有机体中，它可使用宿主细胞的体内细胞机制而非体外操作来复制；然而，这类核酸，一旦重组产生，虽然随后在体内复制，但是出于本发明目的，仍然被认为重组或分离。如本文使用，“多核苷酸”或“核酸”为聚合物形式的任何长度的核苷酸，核糖核苷酸或脱氧核糖核苷酸。此术语包括双链和单链DNA和RNA。它也包括已知类型的修饰，例如，本领域中已知的标记、甲基化、“帽”、用类似物来取代一个或多个天然存在的核苷酸、核苷酸间修饰，例如，具有不带电键合(例如，硫代磷酸酯、二硫代磷酸酯等)的修饰、含有悬垂部分例如蛋白质(包括例如核酸酶、毒素、抗体、信号肽、聚-L-赖氨酸等)的修饰、具有插入剂(例如，吖啶、补骨脂素等)的修饰、含有螯合剂(例如，金属、放射性金属等)的修饰、含有烷化剂的修饰、具有修饰键合(例如，α异头核酸等)的修饰，以及未修饰形式的多核苷酸。
[0121]使用基因表达的微阵列分析允许识别与膀胱癌相关的宿主序列。然后，这些序列可以多个不同方法来使用，包括诊断、预后、筛选调节剂(包括激动剂和拮抗剂)、抗体产生(用于免疫疗法和成像)等。然而，如本领域技术人员了解，在一种类型的癌症中识别的序列可具有也涉及其它类型癌症的较强可能性。因此，虽然在本文中概述的序列最初识别为与膀胱癌相关联，但是其还可发现于其它类型癌症中。
[0122]本文描述的一些实施方案可针对使用癌症相关序列来诊断和治疗膀胱癌。在一些实施方案中，癌症相关序列可选自:L0C650517、FCRLB、ILIA、S100A2、MMP11、S100A7A、UGT1A6、FAM83A、SLC1A6、UPK3B、BX116033、MMP12、KRT16, UBD、UGT1A6、S100A7、WISP3、PTHLH、C0L10A1、SERPINB4、UBE2C、BTBD16, SFN、KRT17P3、VGLLl、CDH3、CXCLlO, S100A9、GJB2、TH、GSTM1、AM2、NMU、MAGEA10、DSCR8、GTSFl、KRT6A、CXCL9、SERPINB5、DSCR6 或其组合。在一些实施方案中，这些癌症相关序列可与膀胱癌相关，包括不限于尿路上皮癌、移行细胞癌、非移行细胞癌，例如不限于鳞状细胞癌、腺癌、横纹肌肉瘤、神经细胞肿瘤、宫颈癌或淋巴瘤、复发和转移性膀胱癌或其组合。
[0123] 在一些实施方案中，癌症相关序列可为编码上述mRNA的DNA序列或由上述mRNA或其同源物表达的癌症相关蛋白质或癌症相关多妝。在一些实施方案中，癌症相关序列可为以上公开序列的突变型核酸。在一些实施方案中，同源物可与公开多肽序列具有至少约60 %、至少约65 %、至少约70 %、至少约75 %、至少约80 %、至少约85 %、至少约90 %、至少约95%、至少约97%、至少约98%、至少约99%、至少约99.5%同一性。
[0124]在一些实施方案中，分离核酸包括选自由SEQ ID N01-40中公开的癌症相关多核苷酸序列组成的组的序列的至少10、12、15、20或30个邻接核苷酸。
[0125]在一些实施方案中，多核苷酸，或其补体或其片段进一步包括可检测标记，其连接至固体载体、至少部分地通过化学合成来制备、是反义片段、是单链、是双链或包括微阵列。
[0126]在一些实施方案中，本发明提供在选自SEQ ID N01-40中展示的多核苷酸序列或其补体的癌症相关序列的开放阅读框内编码的分离多肽。在一些实施方案中，本发明提供分离多肽，其中所述多肽包括选自由SEQ ID N01-40中公开的序列组成的组的多核苷酸编码的氨基酸序列。在一些实施方案中，本发明提供分离多肽，其中所述多肽包括由如以下描述的癌症相关多肽编码的氨基酸序列。
[0127]在一些实施方案中，本发明进一步提供分离多肽，其包括以下公开的癌症相关多肽的氨基酸序列的表位的氨基酸序列。多肽或其片段可连接至固体载体。在一些实施方案中，本发明提供结合至这类多肽的分离抗体(单克隆或多克隆)或其抗原结合片段。分离抗体或其抗原结合片段可连接至固体载体。分离抗体或其抗原结合片段可进一步包括可检测物质。
[0128]一些实施方案也提供与作为诊断和/或治疗抗体的目标的各种癌症，例如膀胱癌相关的抗原(例如，癌症相关多肽)。这些抗原还可适用于药物发现(例如，小分子)并且用于进一步表征细胞调控、生长和分化。
[0129]检测和诊断膀胱癌的方法
[0130]在一些实施方案中，检测或诊断膀胱癌的方法可包括测定有需要的受试者的基因表达。在本领域中已知的任何方法可用于测定以下公开的一个或多个标志物的基因表达。在一些实施方案中，检测癌症相关序列水平可包括技术诸如但不限于PCR、质谱分析、微阵列、凝胶电泳、使用特异性结合编码以下公开的癌症相关序列的核酸的一个更多个探针的杂交。关于受体表达的信息还可适用于确定旨在使用激动剂或拮抗剂来上调或下调癌症相关序列的信号转导的疗法。
[0131]在一些实施方案中，诊断膀胱癌的方法可包括检测受试者的癌症相关蛋白质的水平。在一些实施方案中，筛选癌症的方法可包括检测癌症相关蛋白质的水平。在一些实施方案中，癌症相关蛋白质由选自SEQ ID N01-40公开的序列、其片段或其互补序列的核苷酸序列来编码。在一些实施方案中，检测样品中的癌症的方法可包括使从受试者获得的样品与特异性结合蛋白质的抗体接触。在一些实施方案中，抗体可为单克隆抗体或多克隆抗体。在一些实施方案中，抗体可为人源化或重组抗体。可使用已知方法来产生特异性结合至此区域的抗体并且任何方法为合适的。在一些实施方案中，抗体特异性结合至由以下公开的一个或多个癌症相关序列编码的一个或多个分子，如蛋白质或肽。
[0132]在一些实施方案中，抗体结合至SEQ ID NO:1_40中公开的核苷酸序列编码的蛋白质的表位，其中抗体抗御所述蛋白质。在一些实施方案中，表位是由以下公开的任何癌症相关序列的核苷酸序列编码的蛋白质序列的片段。在一些实施方案中，表位包括癌症相关序列的约1-10、1-20、1-30、3-10或3-15个残基。在一些实施方案中，表位是非线性的。
[0133]在一些实施方案中，抗体结合至本文描述的区域或与所述区域具有至少90、95或99%同源性或同一性的肽。在一些实施方案中，本文描述区域的片段是5-10个残基长度。在一些实施方案中，本文描述的区域(例如表位)的片段是3-5个残基长度。片段基于所提供的长度来描述。在一些实施方案中，表位为约3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15或20个残基长度。
[0134]在一些实施方案中，抗体结合的序列可包括核酸和氨基酸序列。在一些实施方案中，抗体结合的序列可包括与公开序列具有至少约60%同源性的序列。在一些实施方案中，抗体结合的序列可与公开序列具有至少约65%、约70%、约75%、约80%、约85%、约90 %、约95 %、约97 %、约99 %约99.8 %同源性。在一些实施方案中，序列可被称为“突变型核酸”或“突变型肽序列”。
[0135]在一些实施方案中，受试者可通过检测从受试者获得的样品的癌症相关序列(例如SEQ ID NO:1-40)的存在来诊断患有膀胱癌。在一些实施方案中，所述方法包括检测选自SEQ ID N01-40中公开序列的癌症相关序列的存在或不存在，其中不存在癌症相关序列指示不存在膀胱癌。在一些实施方案中，方法进一步包括以抗体来治疗诊断患有膀胱癌的受试者，所述抗体结合至以下公开的癌症相关序列并且抑制膀胱癌的生长或进展。如讨论，可在任何类型样品，包括但不限于血清、血液肿瘤等中检测膀胱癌。样品可为本文描述的任何类型的样品。
[0136]在本领域中已知的任何测定可用于筛选以下描述的癌症相关序列编码的一个或多个蛋白质的存在、不存在或表达水平。在一些实施方案中，测定可例如为ELISA、放射免疫测定、蛋白质印迹、流式细胞术测定等。
[0137]在一些实施方案中，诊断受试者患有膀胱癌的方法包括获得样品并且检测选自SEQ ID NO:1-41中公开序列的癌症相关序列的存在，其中存在癌症相关序列指示受试者患有膀胱癌。在一些实施方案中，检测选自以下公开序列的癌症相关序列的存在包括使样品与特异性结合至癌症相关序列蛋白质的抗体或其它类型捕获试剂或特异性结合配偶体接触并且检测样品中的癌症相关序列蛋白质结合的存在或不存在。
[0138]在一些实施方案中，本公开提供诊断受试者的膀胱癌或肿瘤病状的方法，所述方法包括获得从受:试者获得的样品的选自以下公开序列的癌症相关序列的癌症相关序列基因表达结果；并且基于癌症相关序列基因表达结果来诊断受试者的膀胱癌或肿瘤病状，其中如果癌症相关序列以一定水平表达，那么受试者被诊断为患有膀胱癌或肿瘤病状，所述水平I)高于阴性对照 诸如非癌膀胱组织或细胞样品和/或2)高于或等于标准或阳性对照中的癌症相关序列的表达水平，其中标准或阳性对照已知含有膀胱癌细胞。
[0139]—些实施方案针对包括编码一个或多个癌症相关蛋白质的一个或多个核酸序列的生物芯片。在一些实施方案中，生物芯片包括编码至少一部分癌症相关蛋白质的核酸分子。在一些实施方案中，癌症相关蛋白质由选自SEQ ID N01-40的序列、其同源物、其组合或其片段来编码。在一些实施方案中，核酸分子与选自SEQ ID N01-40的核酸序列特异性杂交。在一些实施方案中，生物芯片包括第一和第二核酸分子，其中第一核酸分子与选自以下公开的癌症相关序列的第一序列特异性杂交，并且第二核酸分子与选自以下公开的癌症相关序列的第二序列特异性杂交，其中第一和第二序列并非相同序列。在一些实施方案中，本发明提供检测或诊断癌症，如膀胱癌的方法，包括检测选自SEQ ID NO:1-40中公开的序列的核酸序列的表达，其中样品与包括选自SEQ ID NO:1-40中公开的序列的序列、其同源物、其组合或其片段的生物芯片接触。
[0140]本文还提供诊断或确定癌症(例如膀胱癌)倾向的方法，通过测量样品中的一个或多个以下公开的癌症相关序列的表达水平并且将样品中的一个或多个癌症相关序列的表达水平与非癌细胞中的相同癌症相关序列的表达水平比较。与非癌细胞相比，一个或多个以下公开的癌症相关序列的较高表达水平指示患上癌症，例如，膀胱癌的倾向。
[0141]在一些实施方案中，本发明提供通过试样中的多肽的表达来检测癌症相关序列的方法，包括检测至少一个多肽例如不限于，由以下公开的序列编码的癌症相关蛋白质，或其片段的表达水平。在一些实施方案中，所述方法包括将试样中的多肽的表达水平与正常样品即非癌样品中的多肽的表达水平比较，其中相对于正常样品中的多肽表达水平，试样中的多肽的改变表达水平指示试样中的癌症的存在。在一些实施方案中，多肽表达与癌症样品相比，其中表达水平至少与癌症相同指示试样中的癌症的存在。在一些实施方案中，试样与正常，例如非 癌样品相比，其中试样中的表达水平大于正常样品中发现的表达水平指示试样中的癌症的存在。在一些实施方案中，样品是细胞样品。在一些实施方案中，样品是组织样品。在一些实施方案中，样品是体液。合适体液的实例包括但不限于血液、血清、唾液或尿液。在一些实施方案中，样品是血液样品。在一些实施方案中，样品是血清样品。在一些实施方案中，样品是尿样。
[0142]在一些实施方案中，本发明提供通过检测测试血清样品中的抗体的存在来检测癌症的方法。在一些实施方案中，抗体识别本文公开的癌症相关序列的多肽或表位。在一些实施方案中，所述方法包括检测抗御抗原性多肽例如不限于癌症相关蛋白质如以下公开的癌症相关序列编码的蛋白质，或其抗原性片段的抗体的水平。在一些实施方案中，所述方法包括将试样中的抗体水平与对照样品中的抗体水平比较，其中相对于对照样品中的抗体水平，所述试样中的改变抗体水平指示试样中的癌症的存在。在一些实施方案中，对照样品是来自非癌样品例如从无癌症的受试者获得的血液或血清的样品。在一些实施方案中，对照来自癌症样品，并且因此，在一些实施方案中，所述方法包括比较样品中的结合水平和/或抗体量，其中当水平或量与癌症对照样品相同时指示试样中的癌症的存在。
[0143]在一些实施方案中，诊断癌症或肿瘤病状的方法包括a)在第一个体的第一样品类型(例如组织、体液等)中，确定包括选自由SEQ ID NO:1-40中描述的人基因组和mRNA序列组成的组的核酸序列的一个或多个基因的表达；和b)比较来自所述第一个体或第二未患病个体的第二正常样品类型的所述基因的所述表达；其中所述表达的差异指示第一个体患有癌症。在一些实施方案中，与正常样品相比，表达增加。
[0144]在一些实施方案中，本发明还提供检测受试者的癌细胞的存在或不存在的方法。在一些实施方案中，所述方法包括使受试者的一个或多个细胞与如本文描述的抗体接触。抗体可偶联至可检测物质。在一些实施方案中，结合至由以下公开的癌症相关序列编码的蛋白质的抗体可结合至第二抗体，其中第二抗体偶联至可检测物质。在一些实施方案中，结合至由以下公开的癌症相关序列编码的蛋白质的抗体结合至固体载体。在一些实施方案中，所述方法包括检测癌症相关蛋白质与抗体的复合物，其中复合物的检测指示受试者中的癌细胞的存在。复合物可包括如以下描述的可检测物质。复合物可包括固体载体，如珠粒、芯片、磁铁、多孔板等。
[0145]在一些实施方案中，本公开提供检测试样的癌症的方法，包括:(i)检测为基因产物的至少一个多肽的活性水平；和(ii)将试样中的多肽的活性水平与正常样品中的多肽的活性水平比较，其中相对于正常样品中的多肽活性水平，试样中的多肽的改变活性水平指不试样中的癌症的存在，其中所述基因广物是选自以下提供的一个或多个癌症相关序列的基因的产物。
[0146]捕获试剂和具体结合配偶体
[0147]本发明提供特异性结合配偶体和捕获试剂，其特异性结合至以下公开的癌症相关序列和由那些序列编码的多肽或蛋白质。捕获试剂和特异性结合配偶体可用于如以下公开的诊断测定和/或以下描述的治疗方法以及以下公开的药物筛选测定。捕获试剂包括例如核酸和蛋白质。合适蛋白质包括抗体。
[0148]如本文使用，术语“特异性结合”是指可测量地不同于非特异性相互作用的结合。特异性结合可例如通过测定分子的结合相较于对照分子的结合来测量，所述对照分子一般为不具有结合活性的结构类似分子。举例来说，如果与不表达由以下公开的癌症相关序列编码的蛋白质的细胞相比，分子对于表达由以下公开的癌症相关序列编码的相同蛋白质的细胞具有可测量地较高亲和力，那么指示特异性结合。特异性结合可例如通过已知结合分子的竞争抑制来确定。
[0149]如本文使用，术语“特异性结合”包括低和高亲和力特异性结合。特异性结合可由例如具有至少约10_4m的Kd的低亲和力归巢分子来展示。特异性结合也可由高亲和力归巢分子，例如，具有至少约10_5m的Kd的归巢分子来展示。这类分子可具有例如至少约10_6m、至少约10-7Μ、至少约10-8Μ、至少约10-9Μ、至少约ΙΟ,Μ的kD或可具有至少约10-ηΜ或10-12Μ或更大的kD。低和高亲和力归巢分子是适用的并且由本发明涵盖。低亲和力归巢分子适用于靶向例如多价偶联物。高亲和力归巢分子适用于靶向例如多价和单价偶联物。
[0150] 在一些实施方案中，特异性结合配偶体或捕获试剂是抗体。IgG抗体中的结合例如总体上由至少约KT7M或更高如至少约10-8Μ或更高或至少约KT9M或更高或至少约1(T1qM或更高或至少约IO-11M或更高或至少约IO-12M或更高的亲和力来表征。当例如抗原结合域对于未由许多抗原携带的具体表位具有特异性时，此术语也可为适用的，在此情况下携带抗原结合域的抗体或抗原结合蛋白总体上不结合其它抗原。在一些实施方案中，捕获试剂具有针对其结合配偶体(例如抗原)的等于或小于Κ^Μ'ΙΟ,Μ、或10_ηΜ的kD。在一些实施方案中，捕获试剂具有针对其结合配偶体的大于或等于IO9M4的Ka。捕获试剂还可意指例如抗体。完整抗体，也称为免疫球蛋白，是通常四聚体糖基化蛋白质，其主要由各自近似25kDa的两个轻(L)链,和各自近似50kDa的两个重(H)链组成。两种类型的轻链，被称为λ和K，存在于抗体中。取决于重链的恒定域的氨基酸序列，免疫球蛋白分成五个主要类别:A、D、E、G和M，并且这些类别中的几个可进一步划分成子类(同种型)，例如，IgGl、IgG2、IgG3、IgG4、IgAl和IgA2。每个轻链主要由N-末端可变(V)域(VL)和恒定(C)域(CL)组成。每个重链主要由N-末端V域(VH)、三个或四个C域(CHs)和铰链区组成。最接近于VH的CH域称为CHl。VH和VL域由被称为框架区的四个相对保守序列区域(FR1、FR2、FR3和FR4)组成，这些区域形成三个高变序列区域(互补决定区，⑶R)的支架。⑶R含有负责抗体或抗原结合蛋白与抗原的特异性相互作用的大多数残基。CDR被称为CDR1、CDR2和⑶R3。因此，重链上的⑶R成分被称为H1、H2和H3，而轻链上的⑶R成分被称为L1、L2和L3。CDR3是抗体或抗原结合蛋白结合部位内的分子多样性的最大来源。H3，例如，可短至两个氨基酸残基或大于26个氨基酸。不同类别免疫球蛋白的亚单位结构和三维构造在本领域中是熟知的。关于抗体结构的综述，参见Antibodies:A Laboratory Manual, ColdSpring Harbor Laboratory, Harlow等人编，1988。本领域技术人员认识到每个亚单位结构，例如，CH、VH、CL、VL、⑶R和/或FR结构包括活性片段。举例来说，活性片段可由结合抗原的VH、VL或CDR亚单位的一部分，即，抗原结合片段，或结合至和/或活化Fe受体和/或补体的CH亚单位的一部分组成。
[0151]术语“抗原结合抗体”内涵盖的结合片段的非限制性实例包括(i)Fab片段，一种由VL、VH、CL和CHl结构域组成的单价片段；(ii) F (ab’)2片段，一种由两个通过二硫桥键在铰链区连接的Fab片段组成的二价片段；(iii)由VH和CHl结构域组成的Fd片段；(iv)由抗体的单一臂的VL和VH结构域组成的Fv片段；(V)由VH结构域组成的dAb片段；和(vi)分离的CDR。此外，虽然Fv片段的两个域，VL和VH，由单独基因编码，但是其可通过合成接头来重组连接，产生VL和VH域配对以形成一价分子的单一蛋白质链(称为单链Fv(ScFv))。最通常使用的接头是15-残基(Gly4Ser)3肽，但是其它接头在本领域中也是已知的。单链抗体也意欲涵盖于术语“抗体或抗原结合蛋白”或抗体的“抗原结合片段”内。抗体还可为多克隆抗体、 单克隆抗体、嵌合抗体、抗原结合片段、Fe片段、单链抗体或其任何衍生物。
[0152]抗体可使用本领域技术人员已知的常规技术获得，并且以与完整抗体相同的方式针对效用来筛选片段。抗体多样性由编码可变域和各种体细胞事件的多个种系基因来产生。体细胞事件包括可变基因节段与多样性(D)和连接(J)基因节段重组以产生完整VH域，以及可变与连接基因节段重组以产生完整VL域。重组过程本身是不精确的，导致V(D) J结点处损失或添加氨基酸。这些多样性机制在抗原暴露之前在发育B细胞中出现。在抗原性刺激之后，B细胞中的表达抗体基因经历体细胞突变。基于种系基因节段的估计数量、这些节段的随机重组，和随机VH-VL配对，可产生多达1.6X IO7个不同抗体(Fundamental Immunology,第 3 版(1993), Paul 编，Raven Press, New York, N.Y.)。当考虑到促成抗体多样性的其它过程(如体细胞突变)时，认为可产生多达IXIO10个不同抗体(Immunoglobulin Genes,第 2版(1995)，eds.Jonio 等人，Academic Press, SanDiego, Calif.)。因为许多过程涉及产生抗体多样性，具有相同抗原特异性的独立获得的单克隆抗体不可能具有相同氨基酸序列。
[0153]能够与抗原、表位或本文描述的其它分子特异性相互作用的抗体或抗原结合蛋白分子可通过本领域技术人员熟知的方法来产生。举例来说，单克隆抗体可根据已知方法生成杂交瘤细胞来产生。然后，用这种方式形成的杂交瘤细胞可使用标准方法来筛选，如酶联免疫吸附测定(ELISA)和Biacore分析，以识别产生与所感兴趣的分子或化合物特异性相互作用的抗体的一个或多个杂交瘤细胞。如制备单克隆抗体分泌杂交瘤细胞的替代方案，本公开的多肽的单克隆抗体可被识别并且分离，方法是用本公开的多肽来筛选重组组合免疫球蛋白文库(例如，抗体噬菌体展示文库)，从而分离结合至多肽的免疫球蛋白文库成员。产生并且筛选噬菌体展示文库的技术和可购得试剂盒是本领域技术人员熟知的。另外，尤其适合用于产生并且筛选抗体或抗原结合蛋白展示文库的方法和试剂的实例可发现于文献中。
[0154]嵌合抗体的实例包括但不限于人源化抗体。本文描述的抗体还可为人抗体。在一些实施方案中，捕获试剂包括检测试剂。检测试剂可为可用于检测结合至其特异性结合配偶体的捕获试剂的存在的任何试剂。捕获试剂可直接包括检测试剂或捕获试剂可包括包含检测试剂的颗粒。在一些实施方案中，捕获试剂和/或颗粒包括颜色、胶体金、放射性标记、荧光标记或化学发光底物。颗粒可为，例如，病毒颗粒、胶乳颗粒、脂质颗粒或荧光颗粒。
[0155]本公开的捕获试剂(例如抗体)还可包括抗-抗体，即识别另一个抗体但是对于抗原不具有特异性的抗体，诸如但不限于抗-1gG、抗-1gM或抗-1gE抗体。此非特异性抗体可用作阳性对照以检测是否抗原特异性抗体存在于样品中。
[0156]核酸捕获试剂包括例如DNA、RNA和PNA分子。核酸可为约5核苷酸长、约10核苷酸长、约15核苷酸长、约核苷酸长、约20核苷酸长、约25核苷酸长、约30核苷酸长、约35核苷酸长约40核苷酸 长。核酸可大于30核苷酸长。核酸可小于30核苷酸长。
[0157]治疗膀胱癌
[0158]在一些实施方案中，表达以下公开的癌症相关序列之一的膀胱癌可通过拮抗癌症相关序列的活性来治疗。在一些实施方案中，治疗膀胱癌的方法可包括施用治疗剂，例如不限于拮抗配体结合至癌症相关序列的抗体、抑制癌症相关序列的表达或活性的小分子、针对癌症相关序列的siRNA等。
[0159]在一些实施方案中，治疗癌症(例如膀胱或其它类型的癌症)的方法包括检测癌症相关序列的受体的存在并且施用癌症疗法。所述疗法可特异性结合至癌症相关序列的受体。癌症疗法可以为任何癌症疗法或对于抑制癌症相关序列的作用具有特异性的疗法。举例来说，在给出癌症治疗之前，测试各种癌症以确定是否特异性分子存在。因此，在一些实施方案中，从患者获得样品并且针对癌症相关序列的存在或如本文描述的癌症相关序列的过表达来进行测试。在一些实施方案中，如果发现癌症相关序列过表达，那么将膀胱癌疗法或治疗剂施用至受试者。膀胱癌治疗可为常规非特异性疗法，如化学疗法，或所述疗法可包括只针对癌症相关序列或癌症相关序列所结合的受体的活性的特异性疗法。这些疗法可为例如特异性结合至癌症相关序列并且抑制其活性的抗体。疗法可为下调或沉默癌症相关序列的表达的核酸。
[0160]本文中的一些实施方案描述治疗癌症或肿瘤病状的方法，包括将抗御癌症相关序列的抗体施用至受试者。在一些实施方案中，抗体可为单克隆或多克隆。在一些实施方案中，抗体可为人源化或重组抗体。在一些实施方案中，抗体可通过结合至且/或干扰癌症相关序列的受体来中和癌症相关序列的生物活性。在一些实施方案中，抗体可结合至由并非受体的癌症相关DNA序列编码的蛋白质上的部位。在一些实施方案中，抗体可施用至生物流体或组织，例如不限于，血液、尿液、血清、肿瘤组织等。[0161]在一些实施方案中，治疗癌症的方法可包括施用干扰癌症相关蛋白质或其受体的合成、分泌、受体结合或受体信号转导的试剂。在一些实施方案中，癌症可选自包括但不限于尿路上皮癌、移行细胞癌、非移行细胞癌，例如不限于鳞状细胞癌、腺癌、横纹肌肉瘤、神经细胞肿瘤、宫颈癌或淋巴瘤、复发和转移性膀胱癌或其组合。
[0162]在一些实施方案中，癌细胞可基于差异表达基因或基因产物来用治疗剂特异性靶向。举例来说，在一些实施方案中，差异表达基因产物可为酶，其可将抗癌前药转化成其活性形式。因此，在其中差异表达基因产物未表达或以显著较低水平表达的正常细胞中，前药可未活化或以较小量活化，并且可因此对于正常细胞具有较小毒性。因此，在一些实施方案中，癌症前药可以较高剂量给出以使得癌细胞可代谢前药，所述前药例如杀灭癌细胞，并且正常细胞也不代谢前药，并且因此对于患者具有较小毒性。此实例是其中肿瘤细胞过表达金属蛋白酶，其描述于Atkinson等人British Journal ofPharmacology (2008) 153, 1344-1352中。使用蛋白酶来革巴向癌细胞也描述于Carl等人PNAS,第77卷，第4期，第2224-2228页，1980年4月中。举例来说，多柔比星或其它类型的化学治疗剂可连接至由差异表达基因产物特异性裂解或辨识的肽序列。然后，多柔比星或其它类型的化学治疗剂从肽序列上裂解并且活化以使得它可杀灭或抑制癌细胞的生长，而在正常细胞中，化学治疗剂永不内化至细胞中或未有效地代谢，并且因此具有较小毒性。
[0163]在一些实施方案中，治疗膀胱癌的方法可包括本文描述的一个或多个癌症相关序列的基因敲除。基因敲除是指藉以减少一个或多个有机体的基因的表达的技术，其实现方法是经由遗传修饰(改变有机体的染色体例如不限于编码癌症相关序列染色体之一的DNA)或通过用具有与mRNA转录物或基因互补的序列的试剂如短DNA或RNA寡核苷酸来治疗。在一些实施方案中，所使用的寡核苷酸可选自RNA酶-H感受态反义,例如不限于ssDNA寡核苷酸、ssRNA寡核苷酸、硫代磷酸酯寡核苷酸或嵌合寡核苷酸；RNA酶独立反义，如吗啉代寡核苷酸、2’ -O-甲基硫代磷酸酯寡核苷酸、锁核酸寡核苷酸或肽核酸寡核苷酸；RNAi寡核苷酸，例如不限于siRNA双链寡核苷酸或shRNA寡核苷酸；或其任何组合。在一些实施方案中，质粒可引入细胞中，其中质粒表达反义RNA转录物或shRNA转录物。所引入的寡核苷酸或所表达的转录物可通过互补碱基配对(正义-反义相互作用)来与目标mRNA (例如表I中公开的序列)相互作用。
[0164]具体机制沉默可随着寡核苷酸化学而变化。在一些实施方案中，本文描述的寡核苷酸结合至活性基因或其转录物可导致经由以下作用来降低表达:阻断转录、降级mRNA转录物(例如通过小干扰RNA(SiRNA)或RNA酶-H依赖性反义)或阻断mRNA翻译、用于使其它功能性RNA如miRNA成熟(例如通过吗啉代寡核苷酸或其它RNA酶-H独立反义)的预mRNA剪接部位或核酸酶裂解部位。举例来说，RNA酶-H感受态反义寡核苷酸(和反义RNA转录物)可与裂解RNA链的酶RNA酶-H所辨识的RNA形成双链。作为另一个实例，RNA酶独立寡核苷酸 可结合至mRNA并且阻断翻译过程。在一些实施方案中，寡核苷酸可结合于5’ -UTR并且当其从5’ -帽行进至起始密码子时停止起始复合物，从而阻止核糖体组装。RNAi寡核苷酸的单一链可负载至RISC复合物中，所述复合物催化性裂解互补序列并且抑制携带部分互补序列的一些mRNA的翻译。寡核苷酸可通过任何技术来引入细胞中，所述技术包括但不限于电穿孔、显微注射、盐休克方法例如CaCl2休克；通过阳离子脂质例如Lipofectamine来转染阴离子寡核苷酸；通过内含体释放剂例如Endo-Porter来转染不带电的寡核苷酸；或其任何组合。在一些实施方案中，寡核苷酸可使用选自纳米颗粒复合物、病毒介导转染、连接至八胍盐树形化合物的寡核苷酸(吗啉代寡核苷酸)或其任何组合的技术来从血液传输至细胞溶质。
[0165]在一些实施方案中，治疗膀胱癌的方法可包括用合适试剂治疗受试者以敲除或抑制编码SEQ ID NO:1-40中公开的mRNA或SEQ ID NO:41中公开的蛋白质或其组合的基因的表达。在其它实施方案中，本发明提供例如在体外培养细胞或从受试者获得的样品获得的细胞中，SEQ ID NO:1-40中公开的一个或多个基因或编码SEQ ID NO:41中公开的蛋白质的基因的表达的体外敲除。
[0166]所述方法可包括将hES细胞源性克隆胚胎祖细胞系CM02和EN13(参见题为“Methods to accelerate the isolation of novel cell strains from pluripotentstem cells and cells obtained thereby” 的美国专利公布 2008/0070303 ;和 2009 年
7月 16 日提交并且标题为 “Methods to Accelerate the Isolation of Novel CellStrains from Pluripotent Stem Cells and Ceils Obtained Thereby，，的美国专利申请号12/504，630)与表达针对癌症相关序列的沉默RNA的逆转录病毒一起培养。在一些实施方案中，所述方法可进一步包括通过qPCR来证实下调。在一些实施方案中，所述方法进一步包括冷冻保存细胞。在一些实施方案中，所述方法进一步包括将细胞重编程序。在一些实施方案中，所述方法包括在两天内通过外源性施用0CT4、MYC、KLF4和S0X2 (参见Takahashi 和 Yamanaka2006 年 8 月 25 日；126(4):663-76 ;公开为 US2009/0068742 并且题为“Nuclear Reprogramming Factor”的美国专利申请序列号12/086，479)并且通过公开为W0/2007/019398并且 题为“Improved Methods of Reprogramming Animal Somatic Cells”的PCT/US06/30632中描述的方法来将细胞冷冻保存或重编程序。在一些实施方案中，所述方法可包括在促进ES细胞繁殖的条件下培养哺乳动物分化细胞。在一些实施方案中，任何便利的ES细胞繁殖条件可例如在馈给器上或没有能够繁殖ES细胞的培养基的馈给器中使用。在一些实施方案中，所述方法包括识别来自培养物中的ES集落的细胞。然后，来自所识别的ES集落的细胞可针对ES标志物例如0ct4、TRAl-60、TRAl-81、SSEA4等来进行评估，并且具有ES细胞表型的那些细胞可加以扩增。未通过敲除来预处理的对照谱系可并行重新编程以证明预处理的有效性。
[0167]在一些实施方案中，癌症通过调节表1和或SEQ ID NO:1_41中公开的序列或其基因产物的活性或表达来治疗。
[0168]在一些实施方案中，治疗癌症方法包括施用特异性结合至在细胞表面上表达的癌症相关蛋白质的抗体(例如单克隆抗体、人抗体、人源化抗体、重组抗体、嵌合抗体等)。在一些实施方案中，抗体结合至癌症相关蛋白质的细胞外域。在一些实施方案中，相对于正常细胞表面，抗体结合至差异地表达于癌细胞表面上的癌症相关蛋白质，或在一些实施方案中，结合至至少一个人癌细胞系。在一些实施方案中，抗体连接至治疗剂或毒素。
[0169]在一些实施方案中，治疗、减少癌症或肿瘤的症状或预防癌症或肿瘤的免疫疗法策略的实行方案(例如，疫苗)可使用本领域技术人员可获得的许多不同技术来获得。
[0170]免疫疗法或用于治疗用途的抗体的使用最近几年中已经用于治疗癌症。被动的免疫疗法涉及在癌症治疗中使用单克隆抗体。参见例如Cancer:Principles and Practiceof Oncology,第6版(2001)第20章第495-508页。这些抗体的内在治疗生物活性包括直接抑制肿瘤细胞生长或存活，和募集身体免疫系统的天然细胞杀灭活性的能力。这些试剂可单独或结合辐射或化学治疗剂来施用。或者，抗体可用于产生抗体偶联物，其中抗体连接至毒性剂并且通过特异性结合至肿瘤来将所述试剂引导至肿瘤。
[0171] 筛选癌症治疗剂
[0172]本发明提供筛选测定以确定是否候选分子对于膀胱癌细胞的生长和或转移具有抑制效应。合适候选物包括蛋白质、肽、核酸如DNA、RNA shRNA sm RNA等、小分子包括小有机分子和小无机分子。小分子可包括小于50kd的分子。
[0173]在一些实施方案中，提供识别抗癌剂的方法，其中所述方法包括使候选试剂与样品接触；和确定样品中的癌症相关序列的活性。在一些实施方案中，如果在接触之后，样品中的癌症相关序列的活性减少，那么候选试剂识别为抗癌剂。在其它实施方案中，候选试剂减少一个或多个以下公开的癌症相关序列的表达水平。
[0174]在一些实施方案中，候选试剂是抗体。在一些实施方案中，所述方法包括使结合至癌症相关序列的候选抗体与样品接触，和测定癌症相关序列的活性，其中如果在接触之后，样品中的癌症相关序列的活性减少，那么候选试剂识别为抗癌剂。癌症相关序列的活性可为癌症相关序列的任何活性。活性的实例可包括抑制癌症相关序列本身或酶的酶活性，所述酶在核酸水平或蛋白质水平与癌症相关序列相互作用或受其调节。
[0175]在一些实施方案中，本公开提供识别抗癌(例如膀胱癌)试剂的方法，包括使候选试剂与细胞样品接触；和确定癌症相关序列的活性，其中如果在接触之后，细胞样品中的癌症相关序列的活性减少，那么候选试剂识别为抗癌剂。在一些实施方案中，本公开提供识别抗癌剂的方法，所述方法包括使结合至选自L0C650517、FCRLB, ILIA、S100A2、MMPlUS100A7A、UGT1A6、FAM83A、SLC1A6、UPK3B、BXl 16033、MMP12、KRT16、UBD、UGT1A6、S100A7、WISP3、PTHLH、C0L10A1、SERPINB4、UBE2C、BTBD16、SFN、KRT17P3、VGLLU CDH3、CXCL10,S100A9、G JB2、TH、GSTMl、AM2、NMU、MAGEAIO、DSCR8、GTSF1、KRT6A、CXCL9、SERPINB5、DSCR6或其组合的癌症相关序列的候选试剂与细胞样品接触，和测定癌症相关序列的活性或表达水平，其中如果在接触之后，细胞样品中的癌症相关序列的活性减少，那么候选试剂识别为抗癌剂。
[0176]在一些实施方案中，筛选候选药物的方法包括将不存在候选药物时的癌症相关序列的表达水平与存在候选药物时的表达水平比较。
[0177]一些实施方案针对筛选能够结合癌症相关序列(核酸或蛋白质)的治疗剂的方法，所述方法包括将癌症相关序列与候选治疗剂组合，和确定候选试剂结合至癌症相关序列。
[0178]本文进一步提供筛选能够调节癌症相关序列的活性的治疗剂的方法。在一些实施方案中，所述方法包括将癌症相关序列与候选治疗剂组合，和确定候选试剂对于癌症相关序列的生物活性的效应。调节癌症相关序列的生物活性的试剂可用作能够调节癌症相关序列的活性的治疗剂。
[0179]在某些实施方案中，本发明提供筛选抗癌活性的方法，包括:(a)使表达选自一个或多个以下公开的癌症相关序列、其同源物、其组合或其片段的癌症相关基因的细胞与抗癌候选药物接触；(b)检测抗癌候选药物对于癌症相关序列在细胞(在核酸或蛋白质水平下)中的表达的效应；和(C)将不存在候选药物时的表达水平与存在候选药物时的表达水平比较；其中对于癌症相关多核苷酸的表达的效应指示候选物具有抗癌活性。举例来说，候选药物可降低细胞中的癌症相关序列的表达水平。
[0180]在一些实施方案中，评估候选癌症药物的效应的方法可包括将药物施用至患者和从患者移除细胞样品。然后确定细胞的表达谱。在一些实施方案中，所述方法可进一步包括将患者的表达谱与健康个体的表达谱比较。在一些实施方案中，表达谱包括测量本文公开的序列的一个或多个或其任何组合的表达。在一些实施方案中，其中本文公开序列的一个或多个或其任何组合的表达谱变化(增加或降低)，候选癌症药物被认为是有效的。
[0181]在一些实施方案中，本发明提供筛选抗癌活性的方法，包括:(a)提供表达编码核酸序列的癌症相关基因的细胞，所述核酸序列选自由SEQ ID N01-40中展示的癌症相关序列或编码SEQ ID NO:41的基因或其片段的组成的组，(b)使可从癌细胞获得的细胞与抗癌候选药物接触；(c)监测抗癌候选药物对于样品中的癌症相关序列细胞的表达的效应，和任选地(d)将不存在所述候选药物时的表达水平与存在候选药物时的表达水平比较。
[0182]合适候选药物包括但不限于转录抑制剂、G-蛋白质偶联受体拮抗剂、生长因子拮抗剂、丝氨酸-苏氨酸激酶拮抗剂、酪氨酸激酶拮抗剂。在一些实施方案中，其中候选调节癌症相关序列的表达，候选物被认为具有抗癌活性。在一些实施方案中，抗癌活性通过测量细胞生长来确定。在一些实施方案中，候选物抑制或减慢细胞生长并且被认为具有抗癌活性。在一些实施方案中，候 选物导致细胞死亡，并且因而，候选物被认为具有抗癌活性。
[0183]在一些实施方案中，本发明提供筛选抗御膀胱癌的活性的方法。在一些实施方案中，所述方法包括使过度表达与选自以下公开的癌症相关序列、其同源物、其组合或其片段的癌症相关序列互补的癌症相关基因的细胞与膀胱癌候选药物接触。在一些实施方案中，所述方法包括检测膀胱癌候选药物对于细胞中的癌症相关多核苷酸的表达效应或对于细胞生长或生存力的效应。在一些实施方案中，所述方法包括将不存在候选药物时的表达水平、细胞生长或生存力与存在候选药物时的表达水平、细胞生长或生存力比较；其中对于癌症相关多核昔酸的表达、细胞生长或生存力的效应指不候选物具有抗御过度表达癌症相关基因的膀胱癌细胞的活性，其中所述基因包括序列，所述序列选自SEQ ID NO:1-40中公开的序列或编码SEQ ID NO:41的基因，或其互补物、其同源物、其组合或其片段。在一些实施方案中，候选药物可包括，例如，转录抑制剂、G-蛋白质偶联受体拮抗剂、生长因子拮抗剂、丝氨酸-苏氨酸激酶拮抗剂或酪氨酸激酶拮抗剂。
[0184]确定膀胱癌标记的方法
[0185]具体活细胞中的基因表达模式可为其当前状态所特有的。细胞状态或类型的几乎所有差异反映于一个或多个基因的RNA水平的差异中。未表征基因的表达模式的比较可提供其功能的线索。数百或数千基因的表达的高通量分析可帮助(a)识别复杂遗传疾病，(b)分析组织与疾病状况之间随着时间的推移的差异基因表达，和(C)药物发现和毒理学研究。某些基因的表达水平的增加或降低与癌症生物学相关。举例来说，癌基因是肿瘤形成的正调控剂，而肿瘤抑制基因是肿瘤形成的负调控剂。(Marshall，Cell, 64:313-406 (1991)；Weinberg, Science, 254:1138-1146 (1991))。因此，本文中的一些实施方案提供多核苷酸和涉及癌症，尤其瘤形成的多肽序列。
[0186]癌基因是可导致癌症的基因。癌形成可通过多种机制来发生，包括用含有癌基因的病毒来感染细胞、原癌基因在宿主基因组中的活化，和原癌基因和肿瘤抑制基因的突变。癌形成基本上通过体细胞演化(即逐渐丧失生长控制的变体的突变和自然选择)来驱动。充当这些体细胞突变的目标的基因归类为原癌基因或肿瘤抑制基因，取决于是否其突变表型分别是显性或隐性的。
[0187]本发明的一些实施方案针对癌症相关序列(“目标标志物”)。一些实施方案针对识别适用于诊断和治疗癌症的新颖目标标志物的方法，其中包括但不限于磷酸化和SUMO化的mRNA、miRNA、蛋白质或蛋白质翻译后修饰的表达水平在五个类别的细胞类型之间比较:(I)永生多能干细胞(如胚胎干(“ES”)细胞、诱导多能干(“iPS”)细胞，和生殖系细胞如胚胎性癌(“EC”)细胞)或性腺组织；(2) ES、iPS或EC源性克隆胚胎祖细胞(“EP”)细胞系，⑶成核血细胞，包括但不限于CD34+细胞和CD133+细胞；(4)正常必死体细胞成人源性组织和培养细胞，包括:皮肤成纤维细胞、血管内皮细胞、正常非淋巴和非癌组织等，和(5)恶性癌细胞，包括培养癌细胞系或人肿瘤组织。总体上在类别1、3和5中，或在类别I和5中表达(或不表达)但是在类别2和4中不表达(或表达)的mRNA、miRNA或蛋白质是癌症诊断和治疗的候选目标。本文中的一些实施方案针对人应用、非人兽医应用或其组合。
[0188]在一些实施方案中，识别目标标志物的方法包括以下步骤:1)获得永生多能干细胞(如胚胎干(“ES”)细胞、诱导多能干(“iPS”)细胞和生殖系细胞如胚胎性癌(“EC”)细胞)的mRNA、miRNA、蛋白质或蛋白质修饰的分子谱；2)ES、iPS或EC源性克隆胚胎祖(“EF”)细胞系恶性癌细胞，包括培养癌细胞系或人肿瘤组织，并且将那些分子与存在于必死的体细胞类型如培养克隆人胚胎祖细胞、来自胎儿或成人来源的培养体细胞，或恶性癌细胞的正常组织对应物的分子进行比较。在多能干细胞如hES细胞和恶性癌细胞之间共用，但是不存在于大部分体细胞类型中的目标标志物可为候选诊断标志物和治疗目标。
[0189]本文中的实施方案的癌症相关序列公开于例如SEQ ID N01-41中。这些序列从倍数变化和过滤器分析中提取。正常和膀胱肿瘤组织中的癌症相关序列的表达在以下公开。
[0190]一旦表达确定，基因序列结果可考虑到癌细胞系相比于正常组织中的倍数变化；一般特异性；分泌与否、癌细胞系中的表达水平；和信噪比来进一步过滤。
[0191]应认识到存在获得表达数据和使用表达数据的各种方法。举例来说，可用于检测或诊断患有癌症的受试者的表达数据可实验上获得。在一些实施方案中，获得表达数据包括获得样品并且处理样品以实验上确定表达数据。表达数据可包括本文描述的一个或多个癌症相关序列的表达数据。表达数据可例如使用微阵列或定量扩增方法诸如但不限于那些本文所述微阵列或定量扩增方法来实验上确定。在一些实施方案中，获得与样品相关的表达数据包括从处理样品以实验上确定表达数据的第三方接收表达数据。
[0192]检测表达水平或本文描述的类似步骤可实验上完成或如本文描述由第三方提供。因此，例如，“检测表达水平”可意指实验上测量数据和/或获得由处理样品以确定和检测表达水平数据的另一方所提供的数据。
[0193] 可使用对于mRNA水平的基因表达比较,这一比较利用杂化至RNA探针序列的Illumina基因表达微阵列。举例来说，样品可由不同类别的细胞类型来制备:1)人胚胎干(“ES”)细胞，或性腺组织2)ES、iPS或EC源性克隆胚胎祖(“EP”)细胞系，3)成核血细胞，包括但不限于CD34+细胞和CD133+细胞；4)正常必死的成人体细胞获得的组织和培养细胞，包括:皮肤成纤维细胞、血管内皮细胞、正常非淋巴和非癌组织等，和5)恶性癌细胞，包括培养癌细胞系或人肿瘤组织，并且执行过滤以检测总体上在类别1、3和5，或类别I和5中表达(或不表达)但是在类别2和4中不表达(或表达)的基因。基于这一观察结果的这些癌症的治疗基于减少在癌症中上调的上述转录物的表达，或以其它方式减少基因广物的表达。
[0194]分析样品的技术
[0195]在本领域中已知的任何技术可用于根据以下公开的方法来分析样品，所述方法如检测或诊断样品中的癌症或识别新癌症相关序列的方法。示例性技术提供如下:
[0196]基因表达测定:测量基因表达水平可在本领域中的任何已知方法来执行，包括但不限于定量PCR，或微阵列基因表达分析、珠粒阵列基因表达分析和RNA印迹分析。基因表达水平可以相对于ADPRT (登录号NM_001618.2)、GAPD (登录号NM_002046.2)或在本领域中已知的其它管家基因来标准化的相对表达来表示。在mRNA表达的微阵列探针的情况下，基因表达数据也可通过中位数的中位数方法来标准化。在此方法中，每个阵列给出不同总强度。使用中位数值是在实验中比较细胞系(阵列)的稳健方法。举例来说，发现每个细胞系的中位数，然后那些中位数的中位数变为标准化值。来自每个细胞系的信号相对于每个其它细胞系来产生。
[0197]RNA提取:本公开的细胞可与0.05%胰蛋白酶和0.5mM EDTA —起孵育，随后收集于具有 0.5% BSA 的 DMEM(Gibco, Gaithersburg, MD)中。总 RNA 可从细胞使用 RNeasy 微型试剂盒(Qiagen, Hilden, Germany)来纯化。
[0198]从细胞分离总RNA和miRNA:富集小RNA物质的总RNA或样品可从细胞培养物中分离，所述培养物在收获RNA之前经历血清饥饿以近似在许多成熟组织中观察到的细胞生长停滞。细胞生长停滞可通过更换至含有0.5%血清的培养基5天来执行，其中在首先添加低血清培养基之后2-3天更换一份培养基。RNA可根据分离总RNA的Qiagen RNEasy试剂盒或分离富集小RNA物质的RNA的Ambion mirVana试剂盒的供应商说明书来收获。RNA浓度可通过分光光度测定法来确定并且RNA质量可通过使琼脂糖凝胶电泳变性以显现28S和18S RNA来确定。具有不带有降解迹象和近似2:1、28S:18S比率的明显可见的28S和18S条带的样品可用于后续miRNA分析。
[0199]从人细胞分离的样品中的miRNA测定:miRNA可使用来自AppliedBiosystems, Inc.的 Human Panel TaqMan MicroRNA 测定来定量。这是使用反转录(RT)
的茎环引物、随后进行实时TaqMan?的两步测定。测定包括两个步骤，反转录(RT)和定量PCR0实时PCR可在Applied Biosystems7500实时PCR系统上执行。每个细胞的拷贝数可基于合成mir-16miRNA的标准曲线并且假定近似15pg/细胞的总RNA质量来估计。
[0200]反转录反应可使用5 μ L最终体积的I X cDNA归档缓冲液、3.35单位MMLV反转录酶、5mM每个dNTP、l.3单位AB RNA酶抑制剂、2.5nM330重反向引物(RP)、3ng细胞RNA来执行。反转录反应可在BioRad或MJ温度循环器上执行，所述温度循环器具有以下循环曲线:20°C历时30秒；42°C历时30秒；50°C历时I秒历经60个循环，随后在85°C下历时5分钟的一个循环。
[0201]实时PCR。两微升1:400稀释预PCR产物可用于20ul反应。所有反应可重复两次。因为此方法非常稳健，所以重复两次样品可为足够的并且精确到足以获得miRNA表达水平值。ABI的TaqMan通用PCR预混液可根据制造商建议来使用。简单地说，I X TaqMan通用预混液(ABI)、1 μ M正向引物、I通用反向引物和0.2μΜ TaqMan探针可用于每个实时PCR0所使用的条件可如下:95°C历时10分钟，随后是95°C历时15秒，和60°C历时I分钟的40个循环。所有反应可在ABI Prism7000序列检测系统上进行。
[0202]微阵列杂交和数据处理。cDNA样品和细胞总RNA(八个个别试管中各自5 μ g)可经受一个循环目标标记程序以通过体外转录(IVT) (Affymetrix, Santa Clara, CA)或使用Illumina Total Prep RNA标记试剂盒来生物素标记。对于关于Affymetix基因芯片的分析，cRNA可随后根据制造商说明书来分割并且杂化至人基因组U133Plus2.0阵列(Affymetrix)。微阵列图像数据可用 GeneChip Scanner3000 (Affymetrix)处理以产生 CEL数据。然后，CEL数据可经受dChip软件的分析，所述软件具有同时标准化和处理多个数据集的优势。从来自细胞的八个非扩增对照、来自稀释细胞RNA的八个独立扩增样品，和来自20个单一细胞的扩增cDNA样品获得的数据可根据程序的默认配置个别地在相应组内标准化。基于模型的表达指数(MBEI)可使用PM/MM差异模式来计算，所述模式具有信号强度的对数-2转化和低值截断至零。绝对调用(当前、边缘和缺失)可通过Affymetrix微阵列软件5.0(MAS5.0)算法使用dChip默认配置来计算。对于以下描述的所有定量分析，可考虑仅当前探针的表达水平。微阵列数据的GEO登录号是GSE4309。对于关于Illumina人HT-12v4表达珠粒晶片的分析,标记cRNA可根据制造商说明书来杂化。
[0203]计算覆盖度和精度。真阳性定义为八个非扩增对照中的至少六个对照中有称为当前的探针，并且真实表达水平定义为当前探针的对数平均表达水平。覆盖度的定义是(扩增样品中检测到的真阳性探针的数目)/(真阳性探针的数目)。精度定义是(扩增样品中检测到的真阳性探针的数目)/(扩增样品中检测到的探针的数目)。扩增和非扩增样品的表达水平可除以20.5(20、20.5,21,21.5...)的组距，其中计算精度和覆盖度。这些表达水平区间可也用于分析检测探针的频率分布。
[0204]细胞基因表达谱的分析:来自细胞的微阵列数据的无监督聚类和类别邻近分析可使用 GenePattern 软件(http://\v\vw.broad, mit.edu/cancer/software/genepattern/)来执行，所述软件执行信噪比分析/T-测试以及排列试验以排除包括来自方法和/或活检的变异性的任何样品变异性对于高置信度的影响。分析可对于14，128个探针来进行，20个单一细胞中的至少6个细胞提供当前调用并且20个样品中的至少I个样品提供>20拷贝/细胞的表达水平。对于具有缺失/边缘调用的探针所计算的表达水平可截短至零。为了计算相对基因表达水平，以Q-PCR分析获得的Ct值可使用使用全人基因组(BD Biosciences)或含有基因片段的质粒来量化的个别引物对的效率来校正。相对表达水平可使用校准线来进一步转化成拷贝数，所述校准线使用反应混合物中包含的峰值RNA来计算(1gltl[表达水平]=1.05X 1gltl[拷贝数]+4.65)。可执行独立性的卡方检验以评估基因表达与Gata4的关联，所述Gata4代表由无监督聚类确定的聚类I与聚类2之间的差异并且限于较晚阶段的PE。用Q-PCR测量的个别基因的表达水平可归类成三个类别:高(>100拷贝/细胞)、中(10-100拷贝/细胞)和低(〈10拷贝/细胞)。来自Gata4表达的独立性的卡方和P-值可基于此分类来计算。卡方定义如下:χ2=ΣΣ (n fij-fi fj)2/n fi fj，其中i和j分别代表参考(Gata4)和目标基因的表达水平类别(高、中或低)；f1、f j和fij分别代表类别1、j和ij的观察频率；并且η代表样品数(η = 24)。自由度可定义为(r_l) x (c_l)，其中r和c分别代表Gata4和目标基因的表达水平类别的可获得数目。
[0205]产生针对膀胱癌的免疫反应
[0206]在一些实施方案中，抗原呈递细胞(APC)可用于体内或离体活化T淋巴细胞，以引起针对表达癌症相关序列的细胞的免疫反应。APC是高度特殊细胞并且可包括但不限于巨噬细胞、单核细胞和树突状细胞(DC)。APC可处理抗原并且将其肽片段与淋巴细胞活化所需要的分子一起展示于细胞表面上。在一些实施方案中，APC可为树突状细胞。DC可分类成子组，包括，例如滤泡树突状细胞、朗格汉斯树突状细胞和表皮树突状细胞。在其它实施方案中，本发明提供诱导对于一个或多个以下公开的癌症相关序列的抗体反应的方法。所述方法可包括将由一个或多个以下公开的癌症相关序列编码的蛋白质或肽片段施用至受试者。
[0207]—些实施方案针对使用编码癌症相关序列、其片段或其突变体的癌症相关多肽和多核苷酸，和抗原呈递细胞(例如不限于树突状细胞)，以在受试者体内引起针对表达癌症相关多肽序列的细胞，例如不限于，癌细胞的免疫反应。在一些实施方案中，诱导针对表达癌症相关序列的细胞的免疫反应的方法包括(I)分离造血干细胞，(2)遗传修饰细胞以表达癌症相关序列，(3)将细胞分化成DC;和(4)将DC施用至受试者(例如，人患者)。在一些实施方案中，诱导免疫反应的方法包括(I)分离DC (或分离和分化DC前驱细胞)，(2)将癌症相关序列脉冲输送至细胞，和；(3)将DC施用至受试者。这些方法在以下更详细讨论。在一些实施方案中，脉冲输送或表达的DC可用于离体活化T淋巴细胞。这些一般技术和其变化可本领域技术人员的技能范围内(参见，例如，W097/29182 ；W097/04802 ；W097/22349 ；W096/23060 ；W098/01538 ;Hsu 等人 1996，Nature Med.2:52-58)，并且仍然其它变化可在将来发现。在一些实施方案中，癌症相关序列与受试者接触以刺激免疫反应。在一些实施方案中，免疫反应是治疗性免疫反应以如以下描述来治疗受试者。在一些实施方案中，免疫反应是预防性免疫反应。举例来说，癌症相关序列可在有效刺激免疫反应的条件下与受试者接触。癌症相关序列可以例如DNA分子(例如DNA疫苗)、RNA分子或多肽或其任何组合形式施用。施用序列以刺激免疫反应是已知的，但是在本公开之前，将要使用的序列的身份是未已知的。本文公开的任何序列或序列组合或其同源物可施用至受试者以刺激免疫反应。
[0208]在一些实施方案中，分离树突状细胞前驱细胞以用癌症相关序列来转导，并且对其进行诱导以分化成树突状细胞。基因修饰DC表达癌症相关序列，并且将肽片段可展示于细胞表面上。
[0209]在一些实施方案中，所表达的癌症相关序列包括天然存在的蛋白质的序列。在一些实施方案中，癌症相关序列不包括天然存在的序列。如已经提及，可使用天然存在的蛋白质的片段；另外，当与天然存在的多肽相比，所表达的多肽可包括突变如缺失、插入或氨基酸取代，只要至少一个肽表位可由DC处理并且呈现于MHC I或II类表面分子上。在一些实施方案中，可需要使用除了“野生型”以外的序列以便，例如，增加肽的抗原性或增加肽表达水平。在一些实施方案中，所引入的癌症相关序列可编码变体如多形变体(例如，由具体人患者表达的变体)或具体癌症(例如，具体受试者中的癌症)特有的变体。
[0210]在一些实施方案中，癌症相关序列可以任何各种标准方法来引入(转导)至DC或干细胞中，包括转染、重组牛痘病毒、腺病毒相关病毒(AAV)、逆转录病毒等。 [0211]在一些实施方案中，本发明的转化DC可引入受试者(例如不限于人患者)中，其中DC可诱导免疫反应。典型地，免疫反应包括针对携带抗原性肽(例如，在MHC I类/肽复合物中)的目标细胞的细胞毒性T-淋巴细胞(CTL)反应。这些目标细胞通常是癌细胞。
[0212]在一些实施方案中，当DC施用至受试者时，其可优选地从受试者中分离，或从所述受试者的前驱细胞中获得(即，DC可施用至自体受试者)。然而，细胞可输注至HLA-匹配同种异体或HLA-不匹配同种异体受试者中。在后一种情况下，免疫抑制药物可施用至受试者。
[0213]在一些实施方案中，细胞可以任何合适方式施用。在一些实施方案中，细胞可与药学上可接受的载体(例如，盐水)一起施用。在一些实施方案中，细胞可经由静脉内、关节内、肌肉内、真皮内、腹膜内或皮下途径施用。施用(即，免疫接种)可以时间间隔重复。输注DC可与施用用于保持DC数量和活性的细胞因子(例如，GM-CSF、IL-12)组合。
[0214]在一些实施方案中，施用至受试者的剂量可为如测定检测足以诱导免疫反应的剂量，所述测定测量T细胞增殖、T淋巴细胞细胞毒性，且/或随着时间的推移在患者中实现有利治疗反应，例如，抑制癌细胞生长或导致癌细胞数量或肿瘤大小减少。
[0215]在一些实施方案中，(从患者中或通过前驱细胞的体外分化)获得DC并且用具有癌症相关序列的抗原性肽来脉冲处理。脉冲处理导致肽呈递至细胞的表面MHC分子上。展示于细胞表面上的肽/MHC复合物可能够诱导针对表达癌症相关多肽的目标细胞(例如，不限于癌细胞)的MHC-限制 细胞毒性T-淋巴细胞反应。
[0216]在一些实施方案中，用于脉冲处理的癌症相关序列可具有至少约6或8个氨基酸和少于约30个氨基酸或少于约50个氨基酸残基长度。在一些实施方案中，免疫原性肽序列可具有约8至约12个氨基酸。在一些实施方案中，可使用人蛋白质片段的混合物；或者可使用限定序列的具体肽。肽抗原可通过以下方法来产生:重新肽合成、纯化或重组人肽的酶消化、纯化来自天然来源(例如，受试者或来自受试者的肿瘤细胞)的肽序列，或表达编码人肽片段的重组多核苷酸。
[0217]在一些实施方案中，用于脉冲处理DC的肽的量可取决于肽或多肽的性质、大小和纯度。在一些实施方案中，可使用量约0.05 μ g/mL至约lmg/mL、约0.05 μ g/mL至约500 μ g/mL、约 0.05 μ g/mL 至约 250 μ g/mL、约 0.5 μ g/mL 至约 lmg/mL、约 0.5 μ g/mL 至约500 μ g/mL、约0.5 μ g/mL至约250 μ g/mL或约I μ g/mL至约100 μ g/mL肽。将肽抗原添加至培养DC之后，然后可允许细胞充分时间来吸收和处理抗原并且将抗原肽表达于与I类或II类MHC相联系的细胞表面上。在一些实施方案中，吸收和处理抗原的时间可为约18至约30小时、约20至约30小时或约24小时。
[0218]已经描述预测不同MHC I类和II类分子的肽结合基序的系统和方法的许多实例。这类预测可用于预测结合至所需MHC I类和II类分子的肽基序。为此目的本领域普通技术人员可以查阅的这类方法、系统和数据库的实例包括:
[0219]1.Peptide Binding Motifs for MHC Class I and 11 Molecules ；William E.Biddison,Roland Martin,Current Protocols in Immunology,UnitII(D01:10.1002/0471142735.1ma01is36 ;在线发布日期:2001 年 5 月)。
[0220]上述参考文献I提供使用肽结合基序来预测与特异性MHC I类或II类等位基因相互作用的概述，并且给出使用MHC结合基序来预测T-细胞识别的实例。
[0221]表3提供在NIH中心信息技术网站，生物信息学和分子分析部分中进行HLA肽基序搜索的示例性结果。
[0222]表3 =HLA肽基序搜索的示例性结果
[0223]
用户参数和评分信息:叫确数7.所选择的模拟结果数量的方法
所请求的结果数量20
所选择的HLA分子类型 A_0201
将要评分的子序列所选择的长度9
输入序列所选择的响应模式Y
响应方式编U谱系
用户的输入肽序列的长度369
所计算的子序列评分的数字361
评分最高子序列的数目20 在评分输出表中返回报告
[0224]
【权利要求】
1.一种检测受试者的膀胱癌的方法，包括a)从受试者获得样品b)使从所述受试者获得的样品与检测由基因 L0C650517、FCRLB、IL1A、S100A2、MMP11、S100A7A、UGT1A6、FAM83A、SLC1A6、UPK3B、BX116033、MMP12、KRT16、UBD、UGT1A6、S100A7、WISP3、PTHLH、C0L10A1、SERPINB4、UBE2C、BTBD16, SFN、KRT17P3、VGLLl、CDH3、CXCLlO, S100A9、GJB2、TH、GSTMl、AIM2, NMU, MAGEA10、DSCR8、GTSFl、KRT6A、CXCL9、SERPINB5、DSCR6 或其补体编码的一组标志物的表达的一种或多种试剂接触；c)使非癌细胞与来自b)的所述一种或多种试剂接触；和d)将从所述受试者获得的样品中的由基因L0C650517、FCRLB、IL1A、S100A2、MMP11、S100A7A、UGT1A6、FAM83A、SLC1A6、UPK3B、BX116033、MMP12、KRT16、UBD、UGT1A6、S100A7、WISP3、PTHLH、C0L10A1、SERPINB4、UBE2C、BTBD16、SFN、KRT17P3、VGLLU CDH3、CXCL10,S100A9、GJB2、T H、GSTMl、AM2、NMU、MAGEA10、DSCR8、GTSF1、KRT6A、CXCL9、SERPINB5、DSCR6或其补体编码的所述一组标志物的表达水平与所述非癌细胞中的由基因L0C650517、FCRLB, ILIA、S100A2、MMPl1、S100A7A、UGT1A6、FAM83A、SLC1A6、UPK3B、BXl 16033、MMP12、KRT16、UBD、UGT1A6、S100A7、WISP3、PTHLH, C0L10A1、SERPINB4、UBE2C、BTBD16, SFN、KRT17P3、VGLL1、CDH3、CXCLIO、S100A9、G JB2、TH、GSTMl、AM2、NMU、MAGEAIO、DSCR8、GTSF1、KRT6A、CXCL9、SERPINB5、DSCR6或其补体编码的所述一组标志物的表达水平比较，其中与所述非癌细胞相比，所述样品中的由基因L0C650517、FCRLB, ILIA、S100A2、MMP11、S100A7A、UGT1A6、FAM83A、SLC1A6、UPK3B、BXl 16033、MMP12、KRT16、UBD、UGT1A6、S100A7、WISP3、PTHLH、C0L10A1、SERPINB4、UBE2C、BTBD16, SFN、KRT17P3、VGLLl、CDH3、CXCLlO, S100A9、GJB2、TH、GSTM1、AM2、NMU、MAGEA10、DSCR8、GTSFl、KRT6A、CXCL9、SERPINB5、DSCR6 或其补体编码的所述一组标志物的较高表达水平指示所述受试者患有膀胱癌。
2.如权利要求1所述的方法，其中所述受试者是人。
3.如权利要求1所述的方法，其中所述样品是体液。
4.如权利要求3所述的方法，其中所述体液是血液。
5.如权利要求3所述的方法，其中所述体液是血清。
6.如权利要求3所述的方法，其中所述体液是尿液。
7.如权利要求1所述的方法，其中所述样品是组织样品。
8.如权利要求1所述的方法，其中所述样品由细胞组成。
9.如权利要求1所述的方法，其中所述一种或多种试剂是核酸。
10.如权利要求1所述的方法，其中所述一种或多种试剂是蛋白质。
11.如权利要求10所述的方法，其中所述蛋白质是抗体。
12.—种检测受试者的膀胱癌的方法，所述方法包括a)从受试者获得样品b)使从所述受试者获得的样品与检测由选自L0C650517、FCRLB, ILIA、S100A2、MMPlU S100A7A、UGT1A6、FAM83A、SLC1A6、UPK3B、BXl 16033、MMP12、KRT16、UBD、UGT1A6、S100A7、WISP3、PTHLH、C0L10A1、SERPINB4、UBE2C、BTBD16, SFN、KRT17P3、VGLLl、CDH3、CXCLlO, S100A9、GJB2、TH、GSTMl、A頂2、NMU, MAGEA10、DSCR8、GTSFl、KRT6A、CXCL9、SERPINB5、DSCR6 或其补体的基因编码的一个或多个标志物的表达的一种或多种试剂接触；c)使非癌细胞与来自b)的一种或多种试剂接触；和d)将所述非癌细胞中的由选自L0C650517、FCRLB、ILIA、S100A2、MMPl1、S100A7A、UGT1A6、FAM83A、SLC1A6、UPK3B、BXl 16033、MMP12、KRT16、UBD、UGT1A6、S100A7、WISP3、PTHLH、C0L10A1、SERPINB4、UBE2C、BTBD16, SFN、KRT17P3、VGLLl、CDH3、CXCLlO、S100A9、GJB2、TH、GSTMl、AM2、NMU, MAGEA10、DSCR8、GTSFl、KRT6A、CXCL9、SERPINB5、DSCR6或其补体的基因编码的一个或多个标志物的表达水平比较，其中与所述非癌细胞相比，从所述受试者获得的样品中的由选自L0C650517、FCRLB、IL1A、S100A2、MMP11、S100A7A、UGT1A6、FAM83A、SLC1A6、UPK3B、BXl 16033、MMP12、KRT16、UBD、UGT1A6、S100A7、WISP3、PTHLH、C0L10A1、SERPINB4、UBE2C、BTBD16、SFN、KRT17P3、VGLLU CDH3、CXCL10,S100A9、GJB2、TH、GSTM1、AM2、NMU、MAGEA10、DSCR8、GTSF1、KRT6A、CXCL9、SERPINB5、DSCR6或其补体的基因编码的一个或多个标志物的较高表达水平指示所述受试者患有膀胱癌。
13.如权利要求12所述的方法，其中所述受试者是人。
14.如权利要求12所述的方法，其中所述样品是体液。
15.如权利要求14所述的方法，其中所述体液是血液。
16.如权利要求14所述的方法，其中所述体液是血清。
17.如权利要求14所述的方法，其中所述体液是尿液。
18.如权利要求12所述的方法，其中所述样品是组织样品。
19.如权利要求12所述的方法，其中所述样品由细胞组成。
20.如权利要求12所述的方法，其中所述一种或多种试剂是核酸。
21.如权利要求12所述的方法，其中所述一种或多种试剂是蛋白质。
22.如权利要求21所述的方法，其中所述蛋白质是抗体。
23.一种用于检测样品中的膀胱癌的试剂盒，所述试剂盒包括一种或多种试剂，所述试剂结合至由选自 L0C650517、FCRLB、IL1A、S100A2、MMP11、S100A7A、UGT1A6、FAM83A、SLC1A6、UPK3B、BX116033、MMP12、KRT16、UBD、UGT1A6、S100A7、WISP3、PTHLH、C0L10A1、SERPINB4、UBE2C、BTBD16, SFN、KRT17P3、VGLLl、CDH3、CXCLlO, S100A9、GJB2、TH、GSTMl、A頂2、NMU,MAGEA10、DSCR8、GTSF1、KRT6A、CXCL9、SERPINB5、DSCR6 的一个或多个基因编码的标志物。
24.如权利要求23所述的试剂盒，其中所述一种或多种试剂是核酸。
25.如权利要求23所述的试剂盒，其中所述一种或多种试剂是蛋白质。
26.如权利要求23所述的试剂盒，其中所述蛋白质是抗体。
27.如权利要求23所述的试剂盒，其中所述样品从人获得。
28.如权利要求23所述的试剂盒，其中所述样品是体液。
29.如权利要求23所述的试剂盒，其中所述体液是血液。
30.如权利要求23所述的试剂盒，其中所述体液是血清。
31.如权利要求23所述的试剂盒，其中所述样品是组织。
32.如权利要求23所述的试剂盒，其中所述样品由细胞组成。
【文档编号】C12Q1/68GK103975078SQ201280060938
【公开日】2014年8月6日 申请日期:2012年11月15日 优先权日:2011年11月15日
【发明者】克伦·查普曼, 约瑟夫·瓦格纳, 迈克尔·韦斯特, 马库斯·拉彻, 詹妮弗·洛丽·基德, 玛丽亚·J·普伦德斯 申请人:昂科赛特公司