用于检测癌症中的微卫星不稳定性和测定与dna碱基切除修复途径抑制的合成致死性的 ...的制作方法
【专利摘要】本申请涉及癌症、尤其是错配修复(MMR-)缺陷肿瘤领域。本文提供对检测肿瘤是否为错配修复缺陷具有高敏感性的新标记。该标记尤其是微卫星区域中的突变。因此，提供用于诊断肿瘤的微卫星不稳定性的方法，其包括测定这些标记的存在。此外，提供试剂盒来检测这些标记(或其亚组)在样品中的存在。
【专利说明】用于检测癌症中的微卫星不稳定性和测定与DNA碱基切除 修复途径抑制的合成致死性的新标记
【技术领域】
[0001] 本申请涉及癌症、尤其是错配修复（MMR-)缺陷肿瘤领域。本文提供对检测肿瘤是 否为错配修复缺陷具有高敏感性的新标记。该标记尤其是微卫星区域中的突变。因此，提 供用于诊断肿瘤的微卫星不稳定性的方法，其包括测定该些标记的存在。此外，提供试剂盒 来检测该些标记（或其亚组）在样品中的存在。
[0002] 有趣地，突变优先影响通过同源重组（HR)途径的双链断裂值SB)修复，DSB修复在 MMR缺陷肿瘤中功能上受损。本文中显示，该些肿瘤对通过酶聚ADP核糖聚合酶的药理学抑 制（PARP抑制）诱导单链断裂敏感。因此，基于MMR和PARP之间的合成致死相互作化提 供用于MMR缺陷肿瘤的新治疗模式。
【背景技术】
[0003] 肿瘤中与DNA错配修复缺陷相关的基因组不稳定性的形式称为微卫星不稳定性 (MSI)。微卫星不稳定性（MSI)是微卫星中的重复DNA核巧酸单位的数目的克隆变化。它 通常出现在错配修复（MMR)基因缺陷的肿瘤中；DNAMMR系统未能修复DNA复制过程中发 生的错误，导致普遍存在于整个基因组中的简单、重复的微卫星序列长度内的单核巧酸突 变和改变的加速累积。
[0004]MMR缺陷是非常清楚的Lynch综合症病因，Lynch综合症是造成2%至5%的子 宫内膜（EM)癌或结直肠（CRC)癌的癌症易感性的常染色体显性遗传障碍。Lynch综合症 由MMR途经基因（MLH1、MS肥、M甜3、MS册或PMS2)中的突变或缺失引起Qiricny, 2006)。 此外，MLHl的外遗传沉默（常称为"散发性"Lynch综合症）促成该些肿瘤的另外15% (Kuismanen等，2002)。还已在少数卵巢癌、膜腺癌、胃癌、白血病W及几种其他癌症中描述 了MMR缺陷。
[0005]MMR机制的缺陷在肿瘤组织中但不在正常周围组织中产生DNA复制错误。具体而 言，体细胞错误作为单核巧酸和二核巧酸重复中的插入/缺失突变累积一称为微卫星不 稳定性（MSI)的现象（Pinol等，2005)。
[0006]MMR缺陷的肿瘤在诸如5-氣尿嚼巧和焼化剂（如替莫哇胺（temozolomide))的 标准化疗后显示不同的预后和治疗结果。未治疗的具有MMR缺陷肿瘤的CRC患者具有略好 的预后，但似乎未从基于5-氣尿嚼巧的辅助性化疗（其是CRC的首选化疗）受益。具体 而言，在MMR缺陷肿瘤中，5-氣尿嚼巧诱导的错配被耐受，导致未能诱导细胞死亡化ewish 等，2010)。MMR缺陷肿瘤对EM中常用的化疗顺式笛氨和脱駿笛氨也有抗性化ewish 等，2010)。此外，MMR缺陷肿瘤可W对包括抗-EGFR和抗-VEGF治疗的祀向治疗具有抗性， 因为它们在激活旁路或下游信号传导途径的基因中获得二次突变。例如，MMR肿瘤可W在双 链断裂修复基因（例如13611、411?和^050)、已知的癌基因或肿瘤抑制基因（例如？11(3〔八 或PTEN)中获得突变。另一种可能性是MLHl的外遗传沉默与诸如BRAFV600E突变的具体 突变一致（Ogino等，2012)，其代表晚期CRC中对祀向抗-EGFR治疗的反应的已建立的阴性 预测因子值eRoock等，2010)。
[0007] 个性化MMR缺陷肿瘤的治疗的努力已集中于鉴定与MMR途径的合成致死相互 作用。具体而言，研究掲示，增加的氧化损伤（通过氨基蝶岭暴露或PINKl沉默（Martin 等，2011))和碱基切除修复炬ER)途径的干扰（通过DNA聚合酶Y或目抑制（Martin 等，2010))致敏MMR缺陷肿瘤。具体而言，在MMR肿瘤中，氧化损伤诱导8-氧鸟嘿岭 (8-oxoG)DNA损伤，其未能通过邸R或MMR途径充分修复，在DNA水平主要产生GC至TA的 二核巧酸颠换，导致细胞死亡。此外，已假设存在肿瘤可耐受的最大突变频率，在最大突变 频率W上，突变的进一步增加将是有害的。因此，已提出用诱变核巧类似物附加地治疗MMR 肿瘤，直至获得导致肿瘤的错误灾变样消融的临界突变水平。但是，到现在为止，该些努力 未能转化为临床上有效的治疗选择。备选地，还可W祀向由于MMR缺陷而发生的二次突变 值orard等，2011)。但是，表征MMR缺陷肿瘤的二次突变谱的研究限于在一个或几个报道 基因座观察，或仅集中在已知热点序列处的突变上。虽然它们能够确定突变最常影响单核 巧酸和二核巧酸重复，但存在于该些肿瘤中的体细胞突变谱仍未得到很好的表征。
[0008] 由于MMR缺陷主要存在于结直肠肿瘤和子宫内膜肿瘤中代表家族形式的癌症，且 由于肿瘤显示MMR缺陷的突变谱特征，常使用评估MMR缺陷的诊断测试。
[0009]目前为止，最常用的检测MSI的方法是测量包含整个微卫星的聚合酶链反应扩增 子的长度。该需要DNA、一对引物（其中之一常进行末端英光标记）、测序仪和适宜的软件。 备选地，如果对扩增子进行测序，则可W简单地计数重复单位的数目。MSI也可W通过检测 错配修复基因之一的免疫组织化学（IHC)染色的丢失来直接诊断。免疫组织化学法和基因 法都表征为大量的假阳性，为此，在常规诊断背景中进行免疫组织化学和基因水平的组合 评估。
[0010] 人基因组中有至少500000个微卫星，由于MMR缺陷并非影响给定肿瘤中的所有微 卫星，研究一个W上微卫星和研究常受不稳定性影响的微卫星很重要。由于微卫星标记最 初由研究人员根据它们自己的实验非常随机地挑选，在Bethesda,MD举行了会议来讨论该 问题，并提出建议来促进研究之间的一致性。该导致称为Bethesda系列9的"金标准"标记 系列的推荐。此系列由H个二核巧酸重复值2S123、D5S346、D17S250)和两个单核巧酸重 复炬AT26、BAT2W组成，且仍是MSI的标准测试。已提出，如果40%或更多的测试标记不 稳定（也称为MSI-高或MSI-H)，则认为肿瘤MSI阳性。在使用五标记系列时，该意味着在 它们中的至少两个为阳性时称为MSI;但是，具有MSI的肿瘤中通常有四个或全部五个为阳 性。全部五个标记测试为阴性的肿瘤称为微卫星稳定（MSS)。对于在1个肿瘤标记上（或 <30%的肿瘤标记上）测试为阳性的肿瘤，提出了术语MSI-L9。
[0011] 虽然仍认为Bethesda系列是标准，但已知它具有比较低的敏感性（也取决于哪一 个MMR基因突变）。例如，对于具有MLHl突变的患者，敏感性为80 %，但对于具有MS册突 变的患者，它仅为55%W。该可W通过加入其他标记来改善W，但实际上为MSI-H的患者仍 可W呈现为MSI-L或MSS。该并非没有意义，因为MSI状态在几种癌症（例如Lynch综合 症的那些）的预后（MSI-H患者通常较好11)、治疗（MSI-H肿瘤不响应基于氣-尿嚼巧（即） 的辅助性治疗，因为需要完整的MMR系统来诱导具有即修饰的DNA的细胞的调亡11-")和 诊断中很重要，新诊断的结直肠癌（CRC)患者常进行MSI状态筛查。
[0012] 另一显著的劣势是，Bethesda系列仅推荐用于结肠癌，即使已知其他显示MSI的 癌症9。该似乎是由于该样的事实，该五个标记是非常随机地鉴定为在微卫星不稳定结肠癌 中突变，但生物学机制未知。
[0013] 另一劣势属于技术性的。Bethesda标记系列包含非常长的重复（例如，BAT26标 记包含26核巧酸A重复），用来测定MSI状态的典型PCR产物超过l(K)bp。为了准确测序 该些片段并测定重复的精确长度，通常与多毛细管凝胶电泳结合使用基于Sanger的测序 方法。但是，越来越多的实验室使用所谓的"下一代"测序，下一代测序利用大规模并行测 序技术。虽然更便宜，但该些技术利用较短的阅读，且不能用来检测Bethesda标机系列上 的微卫星不稳定性。因此，实验室需要维持两台测序仪：一台用于Bethesda标机系列筛查， 一台用于其他实验。如果状态不需要特殊的测序仪来测定MSI,且此测定可W在常用的设备 上进行，则它将方便得多。
[0014] 因此，找到比目前使用的Bethesda系列更敏感同时保持对MSI的特异性的微卫 星不稳定性标记将是有利的。理想地，用无偏检测法找到该些标记（即在整个基因组内寻 找而不是检查认为在疾病背景中改变的具体区域）。另一优势是指示MSI的标记的鉴定本 身。该就是说，它们是微卫星不稳定性的通用标记，而不仅仅是结肠癌中的微卫星不稳定性 的标记（如Bethesda系列的情况）。该确实将避免找到其中可W存在MSI的每种癌症的新 标记的需要。另一优势将是可W不依赖于技术地测定其状态的标记的鉴定。更具体而言， 可W用下一代测序技术鉴定（而不是仅用Sanger测序鉴定）的标记。该样，实验室无需保 持它们仅用于检查Bethesda系列标记的仪器。
[0015] 此外，还存在进一步优化MMR特异性治疗例如W更合理地预测它们对祀向治疗的 反应的巨大需要。另外，存在找到克服对常用治疗的抗性的方式的需要，例如，通过鉴定MMR 缺陷肿瘤对其敏感的治疗，即使它们对标准治疗具有抗性。
[001引发明概述
[0017] 本发明的目的是提供用于测定具体癌症的MSI状态的更好的标记。为了确保检测 无偏，我们在此首次报道错配修复缺陷肿瘤的下一代测序。选择不处于长微卫星中的标记， 使得它们的检测不依赖于Sanger测序技术。另外，为了扩大标记的适用性，在不同肿瘤类 型中评价了标记，使得它们代表多种癌症的微卫星不稳定性标记，而不是癌症类型特异性 标记。最后，选择经常存在于肿瘤中的标记。有趣地，许多频发（热点）突变聚集在影响 DNA双链断裂修复途径的基因中，且可W显示此途径在功能上受影响。因此，可W证明，该些 标记为阳性的肿瘤对DNA碱基切除修复酶抑制剂（如PARP抑制剂）的抑制敏感；该产生合 成致死相互作用。
[0018] 如将在实施例章节中展开，下一代测序允许鉴定可W用来检测MMR缺陷且符合该 些条件的新的标记系列。
[0019] 鉴定出的标记可W分为两类；存在于具体基因的编码区（即外显子）中的微卫星 区域中的插入/缺失，及存在于具体基因的非编码区（最尤其是5'和3'UTR区）中的插入 /缺失。
[0020] 因此，本文提供诊断肿瘤的MSI状态的方法，其包括测定插入/缺失在肿瘤DNA样 品中的至少两个微卫星区域中的存在，其中该至少两个微卫星区域是：
[002。-存在于来自表1中所列基因的5'UTR区或3'UTR区中的至少两个微卫星区域； 或
[0022]-选自存在于表2中所列基因的外显子中的那些和/或存在于来自表I中所列基 因的5'UTR区或3'UTR区中的那些的至少H个微卫星区域；
[002引其中至少一个插入/缺失的存在指示MSI。
[0024] 根据其他具体实施方案，该微卫星区域是同聚物区域。还根据其他具体实施方案， 该微卫星区域与表1或2中鉴定的微卫星区域相同（即该至少两个微卫星区域选自表1或 2中所列的微卫星区域的列表）。
[002引根据具体实施方案，存在于UTR中的微卫星区域可W选自表4而不是表1。根据其 他具体实施方案，该些微卫星区域可W选自表6而不是表1。
[0026] 根据备选而非排他的具体实施方案，存在于基因的外显子中的微卫星区域可W选 自表5而不是表2。根据其他具体实施方案，该区域可W选自表7而不是表2。
[0027] 根据非常具体的实施方案，该微卫星区域可W选自表8中所列的基因。
[0028] 根据具体实施方案，诊断其MSI状态的癌症或肿瘤选自：结直肠癌、子宫内膜癌、 卵巢癌、胃癌、白血病和Lynch综合症的肿瘤。
[0029] 由于非编码区（如5'和3'UTR区）中的微卫星中的插入/缺失经受了比编码区 中的插入/缺失少的选择压力（后者由此导致移码突变，产生完全不同于最初的翻译），可 W证明，来自非编码区的微卫星中的插入/缺失是不同癌症类型中MSI的可靠标记。事实 上，在证明具有MSI的MMR缺陷肿瘤上测试时，本文鉴定的超过50%的非编码区标记评分为 阳性。对于外显子标记，在该些肿瘤上测试时，仍有超过1/3评分为阳性。该解释了为什么 设想在至少部分标记处于外显子区中时使用至少H个标记。
[0030] 还尤其设想使用外显子区中的标记和非编码区中的标记的组合。例如，根据具体 实施方案，其中测定插入/缺失的存在的该至少两个微卫星区域是选自存在于来自表1中 所列基因的5'UTR区或3'UTR区中的那些的至少两个微卫星区域和选自存在于表2中所 列基因的外显子中的那些的至少两个微卫星区域。
[0031] 根据具体实施方案，设想使用多于至少两个或H个的标记。使用更多的标记通常 将产生更准确的诊断（虽然此益处将增加成本。另外，一旦高于标记的某个阔值，加入另一 标记的相对价值即受限，因为它并非必然增加信息）。因此，根据具体实施方案，使用至少 4、5、6、7或8个标记（即选自存在于表2中所列基因的外显子中的那些和/或存在于来自 表1中所列基因的5'UTR区或3'UTR区中的微卫星区域中的插入/缺失）。根据另一具 体实施方案，用至少8、9、10、11或12个插入/缺失在选自存在于表2中所列基因的外显子 中的那些和/或存在于来自表1中所列基因的5'UTR区或3'UTR区中的那些的微卫星区 域中的存在来测定MSI状态。根据其他具体实施方案中，还使用甚至更多的标记，例如至少 15个、至少20个、至少25个、至少30个、至少35个、至少40个标记、或至少50个标记。
[0032] 根据具体实施方案，所使用的至少一个标记是之前未与癌症相关的基因中或之前 未知在MMR缺陷肿瘤中受影响的基因中的外显子标记。因此，设想选自存在于表2中所列基 因的外显子中的那些的一个或多个微卫星包含存在于选自W下的基因中的至少一个微卫 星；SETD1B、RBMXL1、CCDC150、0R7E24、C15orf40、KIAA2018、LTN1、化C22A9、C畑26、孤X27、 EX0SC9、FAMl 11B、KIAA0182、KIAA1919、MIS18BP1、PRRT2、TMEM60、AQP7、ARVl、CCDC168、 ELAVL3、F8、阳TUB、HPS1、NBEAL1、P4HTM、PIGB、RBM43、RG9MTD1、SWR和TMEM9。根据甚 至更具体的实施方案，至少一个微卫星存在于选自W下的基因中；SETD1B、TMEM60、DDX27、 EX0SC9、FAM111B和KIAA1919。根据备选实施方案，SEC31A、CN0T2、RNF145、RNPC3、SLC35W、TMBIM4、CD3G、D0CK3、MY010和PRRGl也可W用于该些列表中。
[0033] 根据备选的具体实施方案，所使用的至少一个标记是定位于5'或3'UTR区中的 10和15个重复碱基之间的同聚物中的插入/缺失。
[0034] 尤其设想的标记系列是表3中所示基因中的微卫星。因此，根据该些实施方案，提 供该样的方法，其中测定插入/缺失在肿瘤DNA的样品中的至少两个微卫星区域中的存在， 其中该至少两个微卫星区域是来自表3中所示的56个基因的微卫星区域。
[00巧]根据具体实施方案，MSI状态可W进一步表征如下；如果所研究的微卫星区域的 17%或更多包含插入/缺失，则该肿瘤为MSI-H，如果2%和17%之间的微卫星区域包含插 入/缺失，则该肿瘤为MSI-L，如果不到2 %的微卫星区域包含插入/缺失，则该肿瘤为微 卫星稳定（MSS)。作为实例，对于56个标记的实例，如果0个或1个标记为阳性，则将该肿 瘤分类为MSS，如果2至9个为阳性标记，则该肿瘤是MSI-L，如果10个或更多个为阳性标 记，则将该肿瘤分类为MSI-H。备选地，来自Bethesda系列的范围可W外推（10个中的0个 是阳性标记是MSS，10个中的1个或2个是阳性标记为MSI-L，3个或更多个是阳性标记为 MSI-H;其对应于在MSS和MSI-L之间区分的1%和9%之间的阳性标记及分类为MSI-H的 超过20 %阳性标记的边界）。
[0036] 根据具体方面，本文提供的微卫星插入/缺失标记可W独立于所使用的技术检 巧IJ。但是，尤其设想不通过基于Sanger测序的方法来进行插入/缺失的存在的测定。该是 因为用Bethesda标记系列检测微卫星不稳定性的方法通常通过Sanger测序进行，Sanger 测序是证明非常麻烦的流程。根据其他实施方案，尤其设想通过单碱基对延伸法（如 SequenomMassArray)、DNA杂交技术（例如化qman)、烙解曲线分析（包括HRM)或类似技 术测定插入/缺失的存在。
[0037] 根据另一方面，提供用于测定肿瘤样品中的MSI的生物标志系列。该种生物标志 序列包含选自存在于来自表1中所列基因的5'UTR区或3'UTR区中的那些和存在于表2 中所列基因的外显子中的那些的至少八个微卫星区域。根据非常具体的实施方案，该生物 标志系列包含表3中所列微卫星区域的至少一半。根据其他具体实施方案，该生物标志系 列由表3中所列的56个微卫星区域所代表。
[0038] 尤其设想此生物标志系列可W用来检测癌症中的MSI状态。因此，提供此生物标 志系列在诊断癌症中的微卫星不稳定性中的用途。
[0039] 因此，提供本文所述的生物标志系列用作药物。更具体而言，提供本文所述的生物 标志系列用作诊断剂。更具体而言，提供本文所述的生物标志系列用于诊断癌症中的微卫 星不稳定性。
[0040] 根据其他实施方案，提供用于测定肿瘤样品中的MSI的试剂盒，其包含对生物标 志系列（即选自存在于来自表1中所列基因的5'UTR区或3'UTR区中的那些和存在于表 2中所列基因的外显子中的那些的至少八个微卫星区域）进行基因型分型的工具。最具体 而言，该试剂盒将适于尤其设想的一个或多个生物标志系列。根据具体实施方案，该试剂盒 将包含对Bethesda系列标记或扩展的Bethesda系列标记进行基因型分型的工具。该类试 剂盒尤其适于进行该标记与Bethesda系列的并肩比较。
[0041] 如实施例章节中所示，本文提供的插入/缺失标记富集在涉及DNA双链断裂修复 途径并影响其功能性的基因中。因此，其中存在该些标记的细胞对DM碱基切除修复抑制 的合成致死性敏感。该提供了新的治疗机会，因为MSI阳性肿瘤常对所使用的标准化疗具 有抗性。
[0042] 因此，在另一方面，提供筛查癌细胞对DNA碱基切除修复酶抑制剂处理的敏感性 的方法，其包括测定该癌细胞中的MSI状态。根据具体实施方案，该DNA碱基切除修复酶抑 制剂是PARP抑制剂。根据具体实施方案，该癌细胞来自选自W下的癌症；结直肠癌、子宫内 膜癌、卵巢癌、胃癌、白血病和Lynch综合症的肿瘤。虽然该些方法基本上可W在体内、离体 和在体外进行，但尤其设想在体外进行它们。
[0043] 根据具体实施方案，MSI的存在指示癌细胞对DNA碱基切除修复酶抑制剂处理的 敏感性；即在用该种抑制剂处理时，该癌细胞将死亡、停止生长或更少地增殖。
[0044] 根据具体实施方案，该癌细胞是获自个体的细胞，且对DNA碱基切除修复酶抑制 剂处理的敏感性的筛查用于指导该个体的处理。根据备选实施方案，该敏感性筛查用于分 层或分类个体进行临床试验。
[0045] 根据具体实施方案，通过本文所述的方法来确定MSI的存在，即包括测定插入/缺 失在肿瘤DNA的样品中的至少两个微卫星区域中的存在的方法，其中该至少两个微卫星区 域是：
[0046] -存在于来自表1中所列基因的5'UTR区或3'UTR区中的至少两个微卫星区域； 或
[0047]-选自存在于表2中所列基因的外显子中的那些和/或存在于来自表1中所列基 因的5'UTR区或3'UTR区中的那些的至少H个微卫星区域；
[004引其中至少一个插入/缺失的存在指示MSI。
[0049] 根据其他具体实施方案，用本文所述的生物标志系列确定MSI的存在，即包含选 自存在于来自表1中所列基因的5'UTR区或3'UTR区中的那些和存在于表2中所列基因 的外显子中的那些的至少八个微卫星区域的生物标志系列。
[0050] 因此，不仅提供筛查癌细胞对DNA碱基切除修复酶抑制剂处理的敏感性的方法， 还提供诊断患有癌症的个体对DNA碱基切除修复酶抑制剂处理的敏感性的方法，其包括W 下步骤：
[0051]-测定获自该个体的癌细胞的样品中的MSI状态；
[005引-将该MSI状态与对DNA碱基切除修复酶抑制剂处理的敏感性相关，其中MSI的存 在指示对该处理的敏感性。
[0053] 可选地，该些方法包括从该个体获得癌细胞的样品的附加步骤（在测定步骤之 前）。然后通常在所获得的样品的细胞中进行MSI状态的测定。尤其设想在体外进行癌细 胞的样品中的MSI状态的测定。
[0054] 根据具体实施方案，该DNA碱基切除修复酶抑制剂抑制剂是PARP抑制剂。根据具 体实施方案，该癌细胞来自选自W下的癌症：结直肠癌、子宫内膜癌、卵巢癌、胃癌、白血病 和Lynch综合症的肿瘤（或Lynch综合症谱的任意其他肿瘤）。根据具体实施方案，通过本 文所述的方法来确定MSI的存在，即包括测定插入/缺失在肿瘤DNA的样品中的至少两个 微卫星区域中的存在的方法，其中该至少两个微卫星区域是：
[005引-存在于来自表1中所列基因的5'UTR区或3'UTR区中的至少两个微卫星区域； 或
[0056] -选自存在于表2中所列基因的外显子中的那些和/或存在于来自表I中所列基 因的5'UTR区或3'UTR区中的那些的至少H个微卫星区域；
[0057] 其中至少一个插入/缺失的存在指示MSI。
[0058] 根据其他具体实施方案，用本文所述的生物标志系列确定MSI的存在，即包含选 自存在于来自表1中所列基因的5'UTR区或3'UTR区中的那些和存在于表2中所列基因 的外显子中的那些的至少八个微卫星区域的生物标志系列。
[0059] 还设想此方面的方法可W包括用DNA碱基切除修复酶抑制剂处理该个体的步骤 (如果通过MSI状态确定该个体对该种处理敏感）。
[0060] 因此，还提供用于在有需要的个体中治疗具有MSI的癌症的方法，其包括：
[0061]-确定MSI在该癌症中的存在；
[0062] -对该个体施用DNA碱基切除修复酶抑制剂。
[0063] 设想通过对该个体施用该抑制剂来治疗该癌症。该方法可W可选地具有从该个体 获得癌细胞的样品的附加步骤（在测定MSI和确定MSI的存在的步骤之前）。
[0064] 根据具体实施方案，该DNA碱基切除修复酶抑制剂抑制剂是PARP抑制剂。根据具 体实施方案，该癌细胞来自选自W下的癌症：结直肠癌、子宫内膜癌、卵巢癌、胃癌、白血病 和Lynch综合症的肿瘤。根据具体实施方案，通过本文所述的方法来确定MSI的存在，即包 括测定插入/缺失在肿瘤DNA的样品中的至少两个微卫星区域中的存在的方法，其中该至 少两个微卫星区域是：
[006引-存在于来自表1中所列基因的5'UTR区或3'UTR区中的至少两个微卫星区域； 或
[0066] -选自存在于表2中所列基因的外显子中的那些和/或存在于来自表1中所列基 因的5'UTR区或3'UTR区中的那些的至少H个微卫星区域；
[0067] 其中至少一个插入/缺失的存在指示MSI。
[0068] 根据其他具体实施方案，用本文所述的生物标志系列确定MSI的存在，即包含选 自存在于来自表1中所列基因的5'UTR区或3'UTR区中的那些和存在于表2中所列基因 的外显子中的那些的至少八个微卫星区域的生物标志系列。
[0069] 附图简述
[0070] 图1.MS册缺陷高变体中的体细胞取代和插入/缺失。
[0071] (a)MMR缺陷肿瘤和两种MMR健全肿瘤中的平均突变频率（每mpb碱基的突变 数，）。化）按插入/缺失和取代分层的突变频率。（c-d)在微卫星、同聚物（长度超过化P)、 短同聚物（长度为3至化P)中及"不在重复区域中"观察到的插入/缺失的分数，与它们 在该些区域中的预期分数相比。（e-f)分层为外显子、基因间和内含子区域的MMR缺陷肿瘤 中的插入/缺失（e)和取代（f)的频率。
[0072] 图2.MS册缺陷高变体中的体细胞突变和插入/缺失模式。
[0073] (a)黑素瘤、小细胞肺癌、非小细胞肺癌、MMR缺陷子宫内膜肿瘤、两种MMR健全子 宫内膜肿瘤的全基因组序列和来自子宫内膜肿瘤患者的匹配种系DNA(外周白细胞）中的 体细胞取代模式。（b-c)MMR缺陷化）和MMR健全（C)肿瘤中的体细胞取代频率按第一个核 巧酸突变的二核巧酸分层。归一化的取代频率反映受影响的二核巧酸的数目除W那些二核 巧酸的全基因组数目，表示为总取代频率的百分比。（d)预测MMR缺陷肿瘤中的取代频率的 基因组特征多变量线性回归模拟。所展示的是显示取代频率和基因组特征之间相关的按取 代的数目排序的基因组特征数据的热图。在热图右侧的条形图中展示各基因组特征的源自 线性模型的T值，并显示显著性（灰色阴影等于P〉0.01)和相关方向。为了在单个热图中 容纳不同尺度的各特征，按百分位数分布展示基因组特征数据，白色和红色分别表示低和 高百分位数。因为数目不足W按IMb窗口进行模拟，将CpG位点中的G:C〉A:T转换按IOMb 窗口分级。（e)高变体中每IMb窗口的取代、转换（排除CG中的G:C〉A:T)和颠换的频率 对按十分位数分级的该窗口的复制时间。频率相对于最早窗口复制展示。误差棒表示平均 值的标准误（对于复制时间超过0. 2的取代和转换，P<0. 01)。（f)CpG岛内和CpG岛外的 取代、转换（排除CG中的G:C〉A:T)和颠换的频率，相对于其在高变体中的全基因组频率。 (g)预测MMR缺陷肿瘤中的插入/缺失频率的基因组特征多变量线性回归模拟。热图和条 形图如针对系列（d)所述。化)MMR缺陷肿瘤中按核巧酸分层的受插入/缺失影响的同聚物 的分数，与具有该核巧酸含量的同聚物的全基因组分数相比。（i)插入或缺失所示数目的碱 基的所有插入/缺失的分数。（j-k)高变体中的体细胞取代和最接近的体细胞插入/缺失 (j)或取代化）之间的距离及基于20个随机模型的预期距离。
[0074]图3. 10个MMR缺陷外显子组的体细胞突变模式。
[00巧](a) 10个MMR缺陷肿瘤和4个MMR健全肿瘤的编码外显子中的平均突变频率。化） 按插入/缺失和取代分层的10个MMR缺陷肿瘤对4个MMR健全肿瘤的编码外显子中的平 均突变频率。（c-d)MMR缺陷外显子（C)和一组公开的种系从头取代（d)中按二核巧酸（第 一个核巧酸突变）分层的取代频率。作图的归一化取代频率反映受影响二核巧酸的数目除 W那些二核巧酸的全基因组数目，并表示为总体细胞取代频率的百分比。（e)在MLHl缺陷 和MSH2缺陷肿瘤中在微卫星、同聚物、短同聚物中及不在重复区域中观察到的插入/缺失 的分数，与该些区域的全基因组分数相比。
[007引图4.MMR缺陷肿瘤的外显子组、5'和3'UTR中的热点突变。
[0077] (a)同聚物的分数作为其在编码区、5'和3'UTR中的长度的函数。化）受插入/ 缺失影响的同聚物的分数作为编码区、5'和3'UTR中的同聚物长度的函数。（C)MMR缺陷肿 瘤的编码区、5'和3'UTR中的平均体细胞插入/缺失频率。（d)经常受插入/缺失影响的 同聚物的分数作为编码区、5'和3'UTR的同聚物长度的函数。
[0078] 图5.评估MSI的Bethesda和56标记热点突变系列。
[0079] 在114个未选择的原发性子宫内膜肿瘤的独立系列中分析了扩展的Bethesda系 列及通过外显子组测序鉴定的外显子、5'和3'UTR中的56个热点突变的系列。结果基于 扩展的Bethesda系列按照高微卫星不稳定性（MSI-H)、低微卫星不稳定性（MSI-L)或微卫 星稳定（MS巧状态进行颜色编码。
[0080] 图6.通过皿途径影响DNADSB修复的体细胞突变。
[0081] 通过皿途径修复DSB的示意图（修改自IPA同源重组途径示意图）。标记为澄 色（灰色背景）的基因携带我们自己的MMR缺陷肿瘤集中或来自公开可得的TCGA数据集 的MSI-H肿瘤中的体细胞突变。
[008引图7. MMR缺陷细胞对PARP抑制敏感。
[0083] (a)染色DNA修复标记RAD51 (绿色）并用DAPI(蓝色）复染的暴露于0或10UM olaparib的MMR缺陷和MMR健全原代肿瘤细胞的代表性共焦图像。箭头（黄色）指示包 含超过5个绿色核点的RAD51阳性细胞。化）含有乂个RAD51核点的细胞的定量。显示 用olaparib(10yM)或载体对照处理后24小时时8种不同的MMR缺陷细胞和4种不同的 MMR健全细胞的培养物的平均值。（c-d) 8种MMR缺陷细胞（C)和4种MMR健全细胞（d)伴 随olaparib的浓度递增（lyM、3yM、10yM)的平均细胞增殖。用xCE化igenceRTCADP 系统（RocheAppliedScience)测量实时细胞增殖直至处理后48小时。将值对模拟处理 的对照（OuMolaparib)归一化。误差棒代表平均值的标准差。星号表示，在所示时间点， 处理的细胞和模拟处理的细胞之间统计上显著的差异（P<〇. 05)。（e)每种细胞培养物的细 胞增殖率（MMR缺陷细胞W蓝色显示（图中靠下的8个）和MMR健全细胞W红色显示（图 中靠上的4个））。总的来说，MMR缺陷细胞表征为增殖的剂量依赖性减少，而MMR健全细胞 未响应olaparib(重复测量P= 2. 0E-7 ;还见图7c)。
[0084] 发明详述
[00财定义
[0086] 将就具体实施方案并参考某些附图描述本发明，但本发明不限于该些具体实施方 案和附图，而是仅通过权利要求来限制。权利要求中任何参考符号不应解释为限制范围。所 述附图仅是示意性和非限制性的。在附图中，为了说明的目的，一些元素的大小可W夸大， 而不是按比例绘制。在本说明书和权利要求中使用术语"包含"时，它不排除任意其他元素 或步骤。在提到单数名词时使用不定冠词或定冠词（例如"一"、"一个"、"该"）时，除非另 有明确说明，该包括多个该名词。
[0087] 此外，本说明书和权利要求中的术语第一、第二等用于在相似的元素之间进行区 分，并非必然用于描述连续顺序或时间顺序。应理解，该样使用的术语在适当环境下可互 换，本文所述的本发明的实施方案能够W本文所描述或说明的顺序之外的其他顺序操作。
[0088] 提供W下术语或定义仅是为了辅助理解本发明。除非文中明确定义，本文所用 的所有术语具有与它们之于本发明所属领域的技术人员相同的含义。对于本领域的定义 和术语，从业者尤其可参考Sambrook等，MolecularCloning=AL油oratoryManual,第 2 版，ColdSpringHarborPress,Plainsview,NewYork(1989);和Ausubel等，Qirrent ProtocolsinMolecularBiology(Supplement47),JohnWiley&Sons,NewYork(1999)。 本文提供的定义不应解释为具有比本领域普通技术人员的理解小的范围。
[0089] 本文所用的术语"微卫星"或"微卫星区域"指核巧酸序列中由至少两个重复单位 组成且具有最少6个碱基的长度的单核巧酸、二核巧酸、H核巧酸、四核巧酸、五核巧酸或 六核巧酸重复。微卫星的具体亚类包括同聚物。本文所用的"同聚物"指微卫星区域，其是 至少6个碱基的单核巧酸重复；换言之，如果在DNA水平看，则是至少6个连续的A、C、T或 G残基的一段序列。最尤其是，在测定微卫星时，审视个体的基因组DNA(或存在于个体中的 癌症的基因组DNA)。
[0090] 本申请中所用的术语"MSI状态"指微卫星不稳定性（MSI)的存在，微卫星不稳定 性是微卫星中重复DNA核巧酸单位数目的克隆改变或体细胞改变。MSI状态可W是H个离 散种类之一；MSI-H，也称为MSI-高、MSI阳性或MSI;MSI-L，也称为MSI-低；或微卫星稳定 (MSS)，也称为缺乏MSI。通常，为了分类为MSI-H，用于分类MSI状态的标记中的至少20% 需评分为阳性，而对于MSS分类，不到2. 5%评分为阳性。如果中间数目的标记评分为阳性， 则将肿瘤分类为MSI-L。应注意，由于该些初始界限衍生自扩展的Bethesda标记系列（其 仅由10个标记组成），由于通常将评估不到100个标记，且阳性标记的数目是整数，该百分 比是近似值。MSS和MSI-L之间的差异通常将是1%和9%之间的标记评分为阳性（在评 估10个标记时，该意味着1个阳性标记导致MSI-L分类），而MSI-L和MSI-H之间的差异通 常将是15%和25%之间的阳性标记（即，在该阔值之上，肿瘤是MSI-H，在该阔值之下，肿 瘤是MSI-L)。备选地，仅评估微卫星不稳定性的存在和缺乏之间的差异而不是在H个种类 中进行区分，在该种情况下，该状态为存在MSI或缺乏MSI( =MSS)。鉴于完整的错配修复 (MMR)系统的缺乏和MSI的存在之间的相关性，诊断MSI的存在（或诊断MSI状态）可W解 释为诊断MMR效率。但是，应注意，MMR可W有功能或缺乏，不存在中间种类。因此，MSI-L 也对应于MMR缺陷一该种情况等同于仅评估MSI的存在或缺乏。
[0091]"诊断肿瘤的MSI状态"或"诊断个体中肿瘤的MSI状态"或"诊断个体的MSI状 态"或"测定肿瘤（或个体）的MSI状态"在本文中认为是同义词。测定（或诊断）MSI状 态通常暗示基于在所研究的微卫星区域中检测到一个或多个插入/缺失的存在而得出MSI 的结论，或基于未在所研究的微卫星区域中检测到插入/缺失而得出缺乏微卫星不稳定的 结论。因此，在微卫星区域中"测定插入/缺失的存在"意指在该微卫星区域中评估或检测 插入/缺失的存在或缺乏。同样，在至少两个微卫星区域中测定插入/缺失的存在意指在 该至少两个微卫星区域的每一个中评估或检测插入/缺失的存在或缺乏。至少一个插入/ 缺失的存在指示MSI(如本申请中所解释，确定MSI所需的阳性标记的精确数目将取决于所 使用的标记的数目）。
[0092] 本文所用的"插入/缺失"指包括插入、缺失二者及其组合的突变种类。微卫星区 域中的插入/缺失导致核巧酸的净获得或丧失。可W通过将它与其中不存在插入/缺失的 DNA相比（例如将来自肿瘤样品的DNA与来自具有该肿瘤的个体的种系DNA相比），或者尤 其是在单态微卫星或同聚物的情况下，通过将它与该微卫星的已知长度相比（尤其是通过 计数重复单位的数目），可W确定插入/缺失的存在。根据具体实施方案，尤其设想插入/ 缺失具有1和5个核巧酸之间的长度（即微卫星或同聚物的长度比该微卫星或同聚物的正 常已知长度长或短1至5个核巧酸）。根据其他具体实施方案中，该插入/缺失具有1至4 个核巧酸、1至3个核巧酸或1或2个核巧酸的长度。应注意，由于插入/缺失可W是插入 和缺失的组合，改变的核酸序列可W比该长度参考大（例如，5个核巧酸的缺失与3个核巧 酸的插入导致长度改变2,但微卫星的序列也可W改变）。但是，最典型地，插入/缺失将是 通常为1或2个核巧酸的插入或缺失。
[0093]"单态微卫星"是其中所有个体、尤其是给定群体的所有个体具有相同数目的重复 单位的微卫星。该与"多态微卫星"不同，多态微卫星用来指其中给定群体的超过1 %展示 重复单位数目的杂合性的微卫星。作为实例，BAT26标记在超过99%的欧洲人种中由26个 腺嘿岭组成，而在至多25%的美国人种（包括非洲裔美国人）中观察到在此位置具有不同 数目的腺嘿岭（例如15、20、22、23)的等位基因"。因此，BAT26在欧洲人种是单态微卫星， 在美国人种是多态微卫星le。
[0094]"肿瘤DNA的样品"指可W用作进行测序的基础的任意样品，其中存在来自癌症的 DNA。本文所用的术语"癌症"指涉及失调的细胞生长的不同疾病，还指恶性肿瘤。术语"肿 瘤"在本申请中用作同义词。设想此术语涵盖所有实体瘤类型（癌、肉瘤、胚细胞瘤），但它 还明确涵盖非实体癌症类型，如白血病、淋己瘤和骨髓瘤。因此，"肿瘤DM的样品"也可W是来自患有白血病的人的血液样品。通常，肿瘤DNA的样品已在一个点从个体、尤其是患有 癌症的个体分离。可选地，它已进行了一种或多种形式的预处理（例如，裂解、分级分离、 分离、纯化）W测序DNA，但也设想测序来自未处理的样品的DNA。本文所用的名词"个体" 指单个脊椎动物，更尤其是单个哺乳动物，最尤其是单个人类。本文所用的"个体"通常是 人，但也可W是哺乳动物，尤其是驯养动物，如猫、狗、兔、豚鼠、雪貂、大鼠、小鼠等，或农场 动物，如马、牛、猪、山羊、绵羊、驼羊等。个体还可W是非哺乳动物脊椎动物，如鱼类、爬行动 物、两栖动物或鸟类；基本上任意可发展癌症的动物都符合该定义。
[0095] 本文所用的术语"结直肠癌"意在包括结肠的恶性肿瘤（ICD-10中的C18)、直肠己 状结肠连接部的恶性肿瘤（ICD-10中的C19)、直肠的恶性肿瘤（ICD-10中的C20)及化口和 化管的恶性肿瘤（ICD-10中的C21)。
[0096] 本文所用的术语"Lynch综合症"指常染色体显性遗传病症，其具有结肠或结直肠 癌W及其他癌症（包括子宫内膜癌、卵巢癌、胃癌、小肠癌、肝胆管癌、上尿道癌、脑癌和皮 肤癌）的高风险。该些癌症的高风险是由使DNA错配修复受损的遗传突变引起。该病症的 旧名是HNPCC。
[0097] 本文所用的"DNA碱基切除修复酶抑制剂"指可W在DNA水平（通过抑制相关基 因产物的形成，即通过阻止或干扰转录）、在RNA水平（通过中和或去稳定mRNA来阻止 或干扰翻译）或在蛋白质水平（通过中和或抑制涉及BER的蛋白质）干扰基因产物的碱 基切除修复功能的物质。尤其设想该抑制剂是PARP抑制剂，因为该类抑制剂已良好地表 征。最尤其设想的是PARP-I和/或PARP-2的抑制剂，因为该些酶是最活跃地涉及B邸的 PARP。但是，也可W使用其他PARP的抑制剂。在该方面，最近的出版物提出，PARP抑制剂 iniparib(明确设想使用）抑制PARP-I和2之外的其他PARP，尤其是PARP-5和6(JiJ，Lee MP,KadotaM等Pharmacodynamicandpathwayanalysisofthreepresumedinhibitors ofpoly(ADP-ribose)polymerase:ABT-888,AZD2281,和BSI201.Proceedingsofthe 102ndAnnualMeetingoftheAmericanAssociationforCancerResearch;2011年 4 月 2-6 日；Orlando,Fla.AACR. 2011.Abstractnr4527;MaegleyKA,Bin曲amP,Tatlock JH等AllPARPinhibitorsarenotequal:aninvitromechanisticcomparison ofPF-01367338toiniparib.JClinOncol. 2011 ;29(增刊；摘要el3576);化gourney RA,KenyonKR,FranciscoFR等FunctionalanalysisofPARPinhibitorsAZD 2281andBSI-201inhumantumorprimarycultures:acomparisonofactivityand examinationofsynergywithcytotoxicdrugs.JClinOncol. 2011 ;29 (增干U;摘要 el3599))。
[0098]PARP抑制剂的实例包括但不限于iniparib、olaparib、rucaparib、veliparib、 CEP9722、MK4827、BMN-673 和 3-氨基苯甲醜胺。
[0099] 详述
[0100] 发生在错配修复（MMR)缺陷细胞中的DNA复制错误作为错配突变持续存在并使得 易感一系列肿瘤。因此，测序了第一个来自MMR缺陷肿瘤的基因组，允许无偏地评估DNA复 制错误。观察到突变率相对于MMR健全的肿瘤显著提高。插入或缺失（插入/缺失）突变 最常发生，且大致限于同聚物序列，而单碱基对取代主要由A:T〉G:C和G:C〉A:T转换组成， 且更常定位在插入/缺失附近。由于取代率在体细胞插入/缺失附近更高，该暗示插入/ 缺失突变在DNA复制过程中作为诱变位点。由于阴性克隆选择，体细胞突变率在外显子组 中比在基因组的其余部分中低，而由于阳性选择，几个MMR缺陷肿瘤中发生了一些外显子 突变。该些频发突变尤其影响在正常匹配组织中表达的基因，暗示它们代表了MMR缺陷肿 瘤进程的驱动者。
[0101] 有趣地，插入/缺失主要定位在同聚物中，尤其是具有增加的长度的同聚物中。该 些观察结果还具有中间临床implication。目前用于MSI肿瘤的诊断分类WWS的扩展的 Bethesda系列仅具有有限的敏感性（即MLH1-、M甜2-和MS册-缺陷肿瘤的80%、84%和 55% 16)，很可能是因为此系列由8个微卫星及仅2个长度分别为25和26个核巧酸的同聚 物标记组成。通过将我们的56个频发插入/缺失的系列应用于114个子宫内膜肿瘤，我们 可W证明，至多43%的肿瘤显示可变的MSI程度。该显著高于之前的报道，最可能是因为该 些插入/缺失不是随机选择的，而是通过无偏评估频繁影响外显子组、5'和3'UTR的突变 鉴定的。我们还观察到，子宫内膜肿瘤中的频发插入/缺失定位在其他癌症类型的MMR肿 瘤中。由于3'UTR中的插入/缺失仅由受影响的同聚物的长度决定，而在外显子组中，它 们需在源组织表达的基因中进行阳性选择，多种癌症类型所共有的大多数插入/缺失定位 在5'和3'UTR。因此，5'和3'UTR或其他非编码序列中的频发突变似乎尤其适于检测多 种癌症类型中的MSI。有趣地，最频发的突变的选择系列对检测多种癌症类型中的微卫星不 稳定性（MSI)高度敏感。在114个原发性子宫内膜肿瘤中，在几乎一半的肿瘤中观察到了 MSI的连续谱，表明MSI比预期更频繁地发生。
[0102] 如将在实施例章节中、尤其是在实施例5中详述，在MMR缺陷肿瘤中，在5'UTR和 3'UTR区中尤其存在更常受插入/缺失影响的同聚物。表1中提供突变最频发的基因的列 表。
[0103] 表1.16个MMR缺陷肿瘤样品中的5'和3'UTR区中最频发的插入/缺失（存在 于16个肿瘤样品中的至少4个中）。后两栏分别显示该同聚物有多频繁地受插入或缺失影 响。
[0104]
【权利要求】
1. 诊断肿瘤的MSI状态的方法，其包括测定插入/缺失在所述肿瘤DNA样品中的至少 两个微卫星区域中的存在，其中至少两个微卫星区域是： -存在于来自表1中所列基因的5'UTR区或3'UTR区中的至少两个微卫星区域；或 -选自存在于表2中所列基因的外显子中的那些和/或存在于来自表1中所列基因的 5'UTR区或3'UTR区中的那些的至少三个微卫星区域； 其中至少一个插入/缺失的存在指示MSI。
2. 权利要求1的方法，其中微卫星区域是同聚物区域。
3. 权利要求1或2的方法，其中微卫星区域与表1或表2中鉴定的微卫星区域相同。
4. 权利要求1至3中任一项的方法，其中肿瘤选自结直肠癌、子宫内膜癌、卵巢癌、胃 癌、白血病和Lynch综合症的肿瘤。
5. 权利要求1至4中任一项的方法，其中至少两个微卫星区域是选自存在于来自表1 中所列基因的5'UTR区或3'UTR区中的那些的至少两个微卫星区域，和选自存在于表2中 所列基因的外显子中的那些的至少两个微卫星区域。
6. 权利要求1至5中任一项的方法，其中选自存在于表2中所列基因的外显子中的那 些的一个或多个微卫星包含选自以下基因的至少一个微卫星：SETD1B、RBMXL1、（XDC150、 TMEM60、DDX27、EX0SC9、FAM111B、KIAA0182、KIAA1919、0R7E24、P4HTM、PRRT2、RNPC3 和 TMEM97。
7. 权利要求1至6中任一项的方法，其中至少两个微卫星区域是至少八个微卫星区域。
8. 权利要求1至7中任一项的方法，其中至少两个微卫星区域是表3中所示的56个微 卫星区域。
9. 权利要求7或8的方法，其中MSI进一步表征如下：如果所述微卫星区域的17%或 更多包含插入/缺失，则所述肿瘤为MSI-H，如果2%和17%之间的所述微卫星区域包含插 入/缺失，则所述肿瘤为MSI-L，如果不到2 %的所述微卫星区域包含插入/缺失，则所述肿 瘤为微卫星稳定（MSS)。
10. 权利要求1至9中任一项的方法，其中不通过基于Sanger测序的方法来进行插入 /缺失的存在的测定。
11. 权利要求1至10中任一项的方法，其中通过单碱基对延伸技术、DNA杂交技术或熔 解曲线分析来进行插入/缺失的存在的测定。
12. 用于测定肿瘤样品中的MSI的生物标志系列，其包含选自存在于来自表1中所列基 因的5'UTR区或3'UTR区中的那些和存在于表2中所列基因的外显子中的那些的至少八 个微卫星区域。
13. 权利要求12的生物标志系列，其中至少八个微卫星区域是选自表3中所列基因的 至少八个微卫星区域。
14. 权利要求12或13的生物标志系列，其用作诊断剂。
15. 权利要求12或13的生物标志系列，其用于诊断癌症中的微卫星不稳定性。
16. 权利要求12或13的生物标志系列的用途，用于诊断癌症中的微卫星不稳定性。
17. 用于测定肿瘤样品中的MSI的试剂盒，其包含对选自存在于来自表1中所列基因 的5'UTR区或3'UTR区中的那些和存在于表2中所列基因的外显子中的那些的至少八个 微卫星区域进行基因型分型的工具。
18. 在有需要的个体中治疗具有MSI的癌症的方法，其包括： -确定MSI在所述癌症中的存在； -对所述个体施用DNA碱基切除修复酶抑制剂。
19. 权利要求18的方法，其中DNA碱基切除修复酶抑制剂是PARP抑制剂。
20. 权利要求18或19的方法，其中通过权利要求1至11中任一项的方法和/或用权 利要求12和13的生物标志系列确定MSI的存在。
21. 权利要求20的方法，其中癌症选自结直肠癌、子宫内膜癌、卵巢癌、胃癌、白血病和 Lynch综合症的肿瘤。
22. 权利要求21的方法，其中癌症对用于这些类型的癌症的至少一种标准治疗具有抗 性。
23. 筛查癌细胞对DNA碱基切除修复酶抑制剂处理的敏感性的方法，其包括测定所述 细胞中的MSI状态。
24. 权利要求23的方法，其中癌细胞来自选自结直肠癌、子宫内膜癌、卵巢癌、胃癌、白 血病和Lynch综合症的肿瘤的癌症。
25. 权利要求23或24的方法，其中DNA碱基切除修复酶抑制剂是PARP抑制剂。
26. 权利要求23至25中任一项的方法，其中MSI的存在指示对所述处理的敏感性。
27. 权利要求23至26中任一项的方法，其中癌细胞是获自个体的细胞，且所述敏感性 的筛查用于指导所述个体的处理或用于分层或分类所述个体进行临床试验。
28. 权利要求23至27中任一项的方法，其中通过权利要求1至11中任一项的方法和 /或用权利要求12和13的生物标志系列确定MSI的存在。
29. 诊断患有癌症的个体对DNA碱基切除修复酶抑制剂处理的敏感性的方法，其包括 以下步骤： -可选地从所述个体获得癌细胞的样品； -测定从所述个体获得的癌细胞的样品中的MSI状态； -将所述MSI状态与对DNA碱基切除修复酶抑制剂处理的敏感性相关，其中MSI的存在 指示对所述处理的敏感性。
30. 权利要求29的方法，其进一步包括以下步骤：如果所述个体对这种处理敏感，则用 DNA碱基切除修复酶抑制剂处理所述个体。
31. 权利要求29或30的方法，其中通过权利要求1至11中任一项的方法和/或用权 利要求12和13的生物标志系列确定MSI的存在。
【文档编号】C12Q1/68GK104379765SQ201380030379
【公开日】2015年2月25日 申请日期:2013年4月10日 优先权日:2012年4月10日
【发明者】D·兰布雷彻特 申请人:非营利性组织佛兰芒综合大学生物技术研究所, 生命科学研究合伙人公司