专利名称：皱纹盘鲍微卫星分子标记及制备方法
技术领域：
本发明涉及分子标记技术，具体涉及一种可分析皱纹盘鲍野生群体的遗传多样性，鉴定养殖群体之间的亲缘关系的皱纹盘鲍微卫星分子标记及制备方法。
背景技术：
微卫星(Microsatellite)又称作短重复序列(ShortTandem Repeats, STRs)或者简单重复序列(Simple Sequence Repeat, SSRs),是一类遍布于真核生物基因组中的由几个核苷酸对(称为核心序列，一般为l_6bp)为重复单位组成的简单串联重复。其重复序列长短在同一物种不同遗传型间高度可变，但重复序列两端一般高度保守。根据此保守序列设计引物，即可通过PCR技术分析核心序列重复次数的变异，在不同遗传型之间检测到多态。由于微卫星DNA具有共显性、选择中性和多态信息含量高等特点，它已经成为目前应用最广泛的一种分子标记。目前微卫星分子标记的应用主要有动植物遗传连锁图谱的构建、QTL定位、品种资料鉴定、遗传多样性分析和亲子鉴定等方面。现有微卫星分子标记的制备方法基本是依次按如下步骤进行:皱纹盘鲍基因组DNA的制备、基因组酶切及目的大小片段的回收、DNA片段与接头的连接、连接产物的预扩增、生物素探针杂交、磁珠法富集微卫星DNA片段、微卫星富集文库的构建、微卫星阳性克隆的筛选及测序、微卫星引物的设计、PCR扩增及筛选等步骤。皱纹盘鲍(Haliotisdiscus hannai)属于软体动物门腹足纲、前鳃亚纲、原始腹足目，是鲍科贝类分布于我国北方的唯一种，也是辽宁和山东沿海海水养殖的重要对象。20世纪90年代开始，皱纹盘鲍的工厂化养殖规模增长迅速，已经成为沿海地区经济发展新的增长点。但是，迄今为止，还没有关于皱纹盘鲍微卫星DNA分子标记的相关报道，无法对野生鲍的遗传资源状况进行调查并开展育种工作，以至于皱纹盘鲍的养殖业因遗传背景不清晰和野生种质资源的衰退，而受到了一定程度的影响。
发明内容
本发明是为了解决现有技术所存在的上述技术问题，提供一种可分析皱纹盘鲍野生群体的遗传多样性，鉴定养殖群体之间的亲缘关系的皱纹盘鲍微卫星分子标记及制备方法。本发明的技术技术解决方案是:一种皱纹盘鲍微卫星分子标记，其特征在于:所述微卫星分子标记的标号分别为Hdl、Hd2、Hd3、Hd4、Hd5、Hd6、Hd7、Hd8、Hd9、HdlO ;各标号微卫星DNA分子标记的核苷酸序列分别为:
Hdl:
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一种上述皱纹盘鲍微卫星分子标记的制备方法，包括微卫星引物的设计、PCR扩增及筛选等步骤，其特征在于:所述微卫星引物的设计及PCR扩增按下表进行:
权利要求
1.一种皱纹盘鲍微卫星分子标记，其特征在于:所述微卫星分子标记的标号分别为Hdl、Hd2、Hd3、Hd4、Hd5、Hd6、Hd7、Hd8、Hd9、Hdl0 ;各标号微卫星DNA分子标记的核苷酸序列分别为: Hdl:ATACATCATATATATGCATCATTCAGTATGAAAGTCGAGTGTGTGTATATCGGACACGTTACATACATCATTCAGAATGAAAGGCGAGTGTGTGTATATGGGAAATGTATCATACATCATTCAGAATGAAAGACGATTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGAGTGTTTGTTTTGTGTGGTGTGTGATATTTGACATATTTTATGTGATATGTGCCATTATATTTCACATATGTAAGATATGTCATGTAATATGTGTCATGCGTCACGAGTCATGTAATATTGGAAATGTGACATGAGCCGTGTGATATGTGTCATCTAATATGTAATATGTGCGATGTGATATATGATATGTGTTGTGTGATGTGTCATATGATATGTGTGTGATGTGTATTGTGTTTTTTTGTCATAGTTCATGCGATATTTTATGTTTGCAATTCATCAAGTGCAATGTGATATGTGTCATGTGTCATGCTATTTGTATAATGTGATAAACGACGGGTAATAGGTGATATATATGTGTAATGTGATATGTGACATGTGACATGTGATATATGTCATGAGACGTTTTATGCGCCAAG Hd2:GGCCTATATTGGATGATTCATAGGTTTGATTACTGGTTGGGTTTTTGGGTTGTGCTTGCTTGGGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTAATGTCTGTAGGGGTGGGGGTGTCTGGTGTTGATGATATCTGTCTGCGTCTTCTCTGACTTTCTGAATGGACAGGAGTGTGCCTGTGCGGGCCTGTGTGTGTTGTGACCGTTCTTCTGTGTGTGAGTGTGTGTGTGGGAGGGTGTGATATATTTATGTGTGGAATGAAGGATAGAATGAGTGAGGGTGAGTGCTTGTGTTGTGATGTGAAATGAGTCTTCCTGTGTAGGTACATATGAGGAGGTTGACTGCTTGTGTTGTGTTG Hd3:CACCTAACGCTGTAGAGTCCGATCTTCACACACAAAGGCTGGACTGTGTGTCTTCACAATTGCACATAAATTCTGGAAAGTCACATCTACACACACACACACTGACACGCCCGGGGTGATCATCACCTTCACCACCTCCACATCCACGCCTTGCCACACCTGCCCACTTAAAAGGACCGGTCCCTATAATGCGGGTGTTCTAATTTCAACTACCGTAGAATGTCGATATGCATTTCGCHd4: TGGATTGTGTGTCGTTTGTGTTCCATTTCTGTTATGGATTATTTGTCGTTTGTGTTGCATTACATAGATCGTATGTTGTTTGTGTTGCATTACTTGGATTGTTTGTTGTTTGTGTTCCTTTACAATAATGGATTGTATGTCGTTTGTGTTGCATTACTGTCATGGATTGTATGTCGTTTGTGTTGCATTACTTAGATTGTATGTCGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTAGCAGAATGTAAGATGGTATGTATTHd5:GTAGATTGTGTAATGTGTAAAGTAGATTGTGTAATGTGTAAAATAGATTGTGTAATGTGTTATGCTATTGATGATGAGTCCTGAGTAAGTTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGAAATCATATTGTTACAAAATACATTTTCCTGTTTTCAACAGATATATAGCTCCTTCGTGATTTTTCTTTAGACAGGCTGTGATATGAATTTCTGAAATGCAGTAHd6:GTATGCAATGTCATCTTGCAAGTAAGAATCCAGAGAATTTGCTTAGCTGTGTGTCCACATCTCTCTGTATGTATTGTGTGTGCAACTTCTGAGTGTCCACATCTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTACGTATGTATAAACAAGTAAACCTTTGAGGTGTATATGCGAGGCACAATAACTGTATTTGTGTCGCCATAATGCCTACGACGTATATATGCATACATCTATATGAGTACGGATTATTTCAGGAAACATGATATTTGAACTATGATGAATAAACGCAGCTGTTGTTCACTCGTGATTCATTCCATGTATGATCAAACATGTCAGATGACATATAAATTCACGTTTCCTACCTGTGGAGCAGTTGTCTCCCACCCAGCCTGGGCGGCAGTCACCAGGACACACCCCTGTCACGTGGTCGCATGTTGAATTCAGACAGTGACAGAACTCGCTGCAATTTGGGCCGAAAGTCCCATTTGAACATACTGTGATGGAAAATAAAATATGGTATTACAATGCAGTACACATTGGTTTCAAATGAAAATGACATCAGTTCACAGTTATCAATCACTCTTGCTTTTGACTTCCTAGGATHd7:TGATGATGAGTCCTGAGTAAGTGGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTATGTTGAAGAATGCCTCTGTACAGTGTGTGTGTGTGTGTAAGTTGTGTGTAACTTGAAGTCATTGTACTGGAACAGCATGTGACATCTCAACAAACCAGTTTCCTCATTTTCTTCGTCTTCTGTCTACCCAAGTCTACCATGGATTTGTTTGTTTGTTTGATGTHd8:CGCTTATTGAATAATATAAGTAGTTGTCAGCAGGACTCTGGGACCGCTCCTGGCTTCTGATTGGCCTAGAGGATCACGTGACCTCTGTGACGTTATTTTTTAGATAGACGGTCGTCTGAATGCTAAAGGTGGACCTTCATAGGTAGGCATGAACGTGATGTGATGTACGTGATGTACGTTGTGTCACCCCCATGCAAATCGGGATGTCATGTGTGTGTGTGTCTTCAAACAGACGTTGACGTTGATCAATAGAATTGTTATGCCATGCCTACGTGATGTACGTCATGTTGACAGACACACGTGGTGTTTCACGCGTGTCTTTGTGCAAAACGTGGTGTCATGTGTGTGTGTGTGTGTGTGACTACAAACATTTATTTATTATTTACAGAAAGAAAGATCGATACACATACGTGACGTTTGCACACGTGATGTACTTCGTGTCGCGATGCGAACGTAGTGTTTCATCCGTGTCHd9:TGTGGGGTGAGTGTGTGTGTGTGTGGGTATATGTGACGTAAAAGAAGTGTCCTTCTGTGTGTGTGTCTGTGCGTGTGCGTGTGTGTGAGTGTGAGTGTGTGTGTGTGTTGTGCATGTCCTCTCCACCGCCTACCTTAGATTATTGTACATTCTAAGACAATTCAGTCTACTCAACGTTGGATTGTCGGTGGAAATCTAGTTGTTTGGTTTGTCATCACAAGTCGATGGGGATTACCTTTATAATTGTHdlO:TATAGTTCTACCTGAATTTATATATATATATATATATGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTATGAGAGTGCTTGTGGCGTCCCTGTGTGAAAGCGTGTAAATGGTGTTTGTATGAGAAGTGTGAATGGCTGTTGTTTTTATGATAAAAAAAAGGGGACTCCATCATGTAATACATATATATTATGTA 。
2.一种如权利要求1所述皱纹盘鲍微卫星分子标记的制备方法，包括微卫星引物的设计、PCR扩增及筛选等步骤，其特征在于:所述微卫星引物的设计及PCR扩增按下表进行:
全文摘要
本发明公开一种可分析皱纹盘鲍野生群体的遗传多样性，鉴定养殖群体之间的亲缘关系的皱纹盘鲍微卫星分子标记及制备方法，通过皱纹盘鲍微卫星(AC)n文库的构建，微卫星序列阳性克隆的筛选、微卫星引物的设计、PCR扩增及筛选等步骤，得到了10个高度多态的微卫星分子标记Hd1、Hd2、Hd3、Hd4、Hd5、Hd6、Hd7、Hd8、Hd9、Hd10，通过多态性检测证实，本发明的微卫星分子标记有重复性好的特点，是一种有效可靠的分子标记，可以建立皱纹盘鲍微卫星DNA标记技术体系，用于皱纹盘鲍的遗传多样性评估、遗传结构分析以及鉴定养殖群体之间的亲缘关系等。
文档编号C12Q1/68GK103103182SQ20131002436
公开日2013年5月15日 申请日期2013年1月23日 优先权日2013年1月23日
发明者刘小林, 李杨, 刘明泰, 李丹, 许淑芬, 李旭光, 张艳 申请人:大连海宝渔业有限公司