1.一种用于预测在宿主生物中产生靶分子的可行性的计算机实施的方法,所述方法包括:
使用至少一个处理器获得指定用于所述宿主生物的开始代谢物的开始代谢物集;
使用至少一个处理器获得指定反应的开始反应集;
使用至少一个处理器将来自所述开始反应集的一或多个反应包含于经筛选反应集中;
在由至少一个处理器执行的一或多个处理步骤中的每一处理步骤中,依照所述经筛选反应集的所述一或多个反应处理表示所述开始代谢物及在先前处理步骤中生成的代谢物的数据以生成表示一或多个可行靶分子的数据;及
使用至少一个处理器将表示所述一或多个可行靶分子的数据提供为输出。
2.根据权利要求1所述的方法,其中将一或多个反应包含于所述经筛选反应集中包括将来自所述开始反应集的指示为通过一或多个对应催化剂催化的一或多个反应包含于所述经筛选反应集中,所述一或多个对应催化剂本身指示为有可能可用于在所述宿主生物中催化所述一或多个反应。
3.根据前述权利要求中任一权利要求所述的方法,其中将一或多个反应包含于所述经筛选反应集中包括将来自所述开始反应集的在至少一个数据库中指示为通过一或多个对应催化剂催化的一或多个反应包含于所述经筛选反应集中,所述一或多个对应催化剂本身在至少一个数据库中指示为有可能可用于在所述宿主生物中催化所述一或多个反应。
4.根据前述权利要求中任一权利要求所述的方法,其中将一或多个反应包含于所述经筛选反应集中包括将来自所述开始反应集的指示为通过一或多个对应催化剂催化一或多个反应包含于所述经筛选反应集中,所述一或多个对应催化剂本身指示为有可能可用于工程设计到所述宿主生物中或有可能可用于经由从所述宿主生物在其中生长的生长培养基的摄取引入到所述宿主生物中。
5.根据权利要求2到4中任一权利要求所述的方法,其中每一对应催化剂是从由以下各者组成的群组选出:酶及酶纳米颗粒共轭。
6.根据权利要求2到5中任一权利要求所述的方法,其中每一对应催化剂是酶,其中所述酶至少部分基于所述酶的氨基酸序列或所述酶的dna序列编码的可用性指示为有可能可用于在所述宿主生物中催化所述反应。
7.根据前述权利要求中任一权利要求所述的方法,其中所述开始反应集中的一或多个反应指示为通过一或多个对应孤儿酶催化,所述方法进一步包括:
生物勘探所述一或多个孤儿酶以预测一或多个对应氨基酸序列;及
将通过所述一或多个对应经生物勘探孤儿酶催化的所述一或多个反应包含于所述经筛选反应集中。
8.根据前述权利要求中任一权利要求所述的方法,其进一步包括确定关于催化剂是否可用于催化对应反应的置信度,其中所述置信度是至少一第一置信度或高于所述第一置信度的第二置信度,
其中将来自所述开始反应集的一或多个反应包含于所述经筛选反应集中包括将来自所述开始反应集的指示为通过本身确定为在所述第二置信度下可用于催化一或多个第二反应的一或多个对应催化剂催化的所述一或多个第二反应包含于所述经筛选反应集中。
9.根据前述权利要求中任一权利要求所述的方法,其中处理进一步包括:在于特定处理步骤中生成表示一或多个可行靶分子的数据之后且在下一处理步骤之前,从所述经筛选反应集移除与在所述特定处理步骤中生成表示一或多个可行靶分子的所述数据相关联的任何反应。
10.根据前述权利要求中任一权利要求所述的方法,其中所述开始代谢物集指定核心代谢物,所述核心代谢物包含如由未经工程设计宿主在指定条件下产生的代谢物。
11.根据前述权利要求中任一权利要求所述的方法,其中所述宿主尚未经受基因组修饰。
12.根据前述权利要求中任一权利要求所述的方法,其进一步包括生成导向可行靶分子的一或多个反应途径的记录。
13.根据权利要求12所述的方法,其中生成记录包括不将来自普遍存在的代谢物的反应途径包含于所述记录中。
14.根据前述权利要求中任一权利要求所述的方法,其进一步包括生成其中生成表示可行靶分子的数据的步骤的记录。
15.根据前述权利要求中任一权利要求所述的方法,其进一步包括生成从所述开始代谢物集到所述可行靶分子中的一或多者的最短反应途径的记录。
16.根据前述权利要求中任一权利要求所述的方法,其进一步包括生成沿到可行靶分子的反应途径的一或多个反应的热力学性质的记录。
17.根据前述权利要求中任一权利要求所述的方法,其进一步包括生成关于催化剂是否可用于催化沿到可行靶分子的反应途径的一或多个对应反应的置信度的记录。
18.根据前述权利要求中任一权利要求所述的方法,其进一步包括生成产生所述可行靶分子中的一或多者的难度的指示。
19.根据权利要求18所述的方法,其中所述难度指示是至少部分基于所述一或多个可行靶分子的反应途径长度。
20.根据权利要求18或19中任一权利要求所述的方法,其中所述难度指示是至少部分基于热力学性质。
21.根据权利要求18、19或20中任一权利要求所述的方法,其中所述难度指示是至少部分基于关于催化剂是否可用于催化沿到所述可行靶分子中的一或多者的一或多个第一反应途径的一或多个对应反应的置信度。
22.根据权利要求18到21中任一权利要求所述的方法,其中所述难度指示是至少部分基于沿到所述可行靶分子中的一或多者的一或多个第一反应途径的一或多个反应是否指示为通过本身指示为有可能可用于催化沿所述一或多个第一反应途径的所述一或多个反应的一或多个对应催化剂催化。
23.根据前述权利要求中任一权利要求所述的方法,其进一步包括将与在导向可行靶分子的反应途径中的一或多个反应相关联的一或多个基因序列的指示提供到基因制造系统,
其中所述基因制造系统可操作以将所述经指示的一或多个基因序列体现到所述宿主的所述基因组中,以产生用于制造所述可行靶分子的经工程设计基因组。
24.根据前述权利要求中任一权利要求所述的方法,其中将来自所述开始反应集的一或多个反应包含于所述经筛选反应集中包括至少部分基于所述一或多个反应是否是自发的将来自所述开始反应集的一或多个反应包含于所述经筛选反应集中。
25.根据前述权利要求中任一权利要求所述的方法,其中将来自所述开始反应集的一或多个反应包含于所述经筛选反应集中包括至少部分基于所述一或多个反应的方向性将来自所述开始反应集的一或多个反应包含于所述经筛选反应集中。
26.根据前述权利要求中任一权利要求所述的方法,其中将来自所述开始反应集的一或多个反应包含于所述经筛选反应集中包括至少部分基于所述一或多个反应是否是传递反应将来自所述开始反应集的一或多个反应包含于所述经筛选反应集中。
27.根据前述权利要求中任一权利要求所述的方法,其中将来自所述开始反应集的一或多个反应包含于所述经筛选反应集中包括至少部分基于所述一或多个反应是否生成卤素化合物将来自所述开始反应集的一或多个反应包含于所述经筛选反应集中。
28.一种方法,其包括:
针对多个宿主生物中的每一宿主生物,执行前述权利要求中任一权利要求所述的方法;
针对给定可行靶分子,确定满足至少一个准则的所述多个宿主生物中的一或多者;及
提供指示所述经确定的一或多个宿主生物的数据。
29.根据权利要求28所述的方法,其中所述至少一个准则包含从由以下各者组成的群组选出的至少一个准则:产量及处理步骤的数目。
30.一种由通过根据前述权利要求中任一权利要求所述的方法提供的数据表示的可行靶分子。
31.一种用于产生由通过根据前述权利要求中任一权利要求所述的方法提供的数据表示的一或多个可行靶分子中的至少一者的生物。
32.一种用于预测在宿主生物中产生靶分子的可行性的系统,所述系统包括:
一或多个处理器;
一或多个存储器,其包括指令,其中当所述指令由所述一或多个处理器中的至少一者执行时,所述指令致使所述系统:
获得指定所述宿主生物的开始代谢物的开始代谢物集;
获得指定反应的开始反应集;
将来自所述开始反应集的一或多个反应包含于经筛选反应集中;
在由至少一个处理器执行的一或多个处理步骤中的每一处理步骤中,依照所述经筛选反应集的所述一或多个反应处理表示所述开始代谢物及在先前处理步骤中生成的代谢物的数据以生成表示一或多个可行靶分子的数据;及
将表示所述一或多个可行靶分子的数据提供为输出。
33.根据权利要求32所述的系统,其中将一或多个反应包含于所述经筛选反应集中包括将来自所述开始反应集的指示为通过一或多个对应催化剂催化的一或多个反应包含于所述经筛选反应集中,所述一或多个对应催化剂本身指示为有可能可用于在所述宿主生物中催化所述一或多个反应。
34.根据权利要求32或33所述的系统,其中将一或多个反应包含于所述经筛选反应集中包括将来自所述开始反应集的在至少一个数据库中指示为通过一或多个对应催化剂催化的一或多个反应包含于所述经筛选反应集中,所述一或多个对应催化剂本身在至少一个数据库中指示为有可能可用于在所述宿主生物中催化所述一或多个反应。
35.根据权利要求32到34中任一权利要求所述的系统,其中将一或多个反应包含于所述经筛选反应集中包括将来自所述开始反应集的指示为通过一或多个对应催化剂催化一或多个反应包含于所述经筛选反应集中,所述一或多个对应催化剂本身指示为有可能可用于工程设计到所述宿主生物中或有可能可用于经由从所述宿主生物在其中生长的生长培养基的摄取引入到所述宿主生物中。
36.根据权利要求33到35中任一权利要求所述的系统,其中每一对应催化剂是从由以下各者组成的群组选出:酶及酶纳米颗粒共轭。
37.根据权利要求33到36中任一权利要求所述的系统,其中每一对应催化剂是酶,其中所述酶至少部分基于所述酶的氨基酸序列或所述酶的dna序列编码的可用性指示为有可能可用于在所述宿主生物中催化所述反应。
38.根据权利要求32到37中任一权利要求所述的系统,其中所述开始反应集中的一或多个反应指示为通过一或多个对应孤儿酶催化,所述指令进一步包括用于进行以下操作的指令:
生物勘探所述一或多个孤儿酶以预测一或多个对应氨基酸序列;及
将通过所述一或多个对应经生物勘探孤儿酶催化的所述一或多个反应包含于所述经筛选反应集中。
39.根据权利要求32到38中任一权利要求所述的系统,所述指令进一步包括用于确定关于催化剂是否可用于催化对应反应的置信度的指令,其中所述置信度是至少一第一置信度或高于所述第一置信度的第二置信度,
其中将来自所述开始反应集的一或多个反应包含于所述经筛选反应集中包括将来自所述开始反应集的指示为通过本身确定为在所述第二置信度下可用于催化一或多个第二反应的一或多个对应催化剂催化的所述一或多个第二反应包含于所述经筛选反应集中。
40.根据权利要求32到39中任一权利要求所述的系统,其中处理进一步包括:在于特定处理步骤中生成表示一或多个可行靶分子的数据之后且在下一处理步骤之前,从所述经筛选反应集移除与在所述特定处理步骤中生成表示一或多个可行靶分子的所述数据相关联的任何反应。
41.根据权利要求32到40中任一权利要求所述的系统,其中所述开始代谢物集指定核心代谢物,所述核心代谢物包含如由未经工程设计的宿主在指定条件下产生的代谢物。
42.根据权利要求32到41中任一权利要求所述的系统,其中所述宿主尚未经受基因组修饰。
43.根据权利要求32到42中任一权利要求所述的系统,所述指令进一步包括用于生成导向可行靶分子中的一或多者的一或多个反应途径的记录的指令。
44.根据权利要求43所述的系统,其中生成记录包括不将来自普遍存在的代谢物的反应途径包含于所述记录中。
45.根据权利要求32到44中任一权利要求所述的系统,所述指令进一步包括用于生成其中生成表示可行靶分子的数据的步骤的记录的指令。
46.根据权利要求32到45中任一权利要求所述的系统,所述指令进一步包括用于生成从所述开始代谢物集到所述可行靶分子中的一或多者的最短反应途径的记录的指令。
47.根据权利要求32到47中任一权利要求所述的系统,所述指令进一步包括用于生成沿到可行靶分子的反应途径的一或多个反应的热力学性质的记录的指令。
48.根据权利要求32到48中任一权利要求所述的系统,所述指令进一步包括用于生成关于催化剂是否可用于催化沿到可行靶分子的反应途径的一或多个对应反应的置信度的记录的指令。
49.根据权利要求32到48中任一权利要求所述的系统,所述指令进一步包括用于生成产生所述可行靶分子中的一或多者的难度的指示的指令。
50.根据权利要求49所述的系统,其中所述难度指示是至少部分基于所述一或多个可行靶分子的反应途径长度。
51.根据权利要求49或50所述的系统,其中所述难度指示是至少部分基于热力学性质。
52.根据权利要求49到51中任一权利要求所述的系统,其中所述难度指示是至少部分基于关于催化剂是否可用于催化沿到所述可行靶分子中的一或多者的一或多个第一反应途径的一或多个对应反应的置信度。
53.根据权利要求49到52所述的系统,其中所述难度指示是至少部分基于沿到所述可行靶分子中的一或多者的一或多个第一反应途径的一或多个反应是否指示为通过本身指示为有可能可用于催化沿所述一或多个第一反应途径的所述一或多个反应的一或多个对应催化剂催化。
54.根据权利要求32到53中任一权利要求所述的系统,所述指令进一步包括用于将与在导向可行靶分子的反应途径中的一或多个反应相关联的一或多个基因序列的指示提供到基因制造系统的指令,
其中所述基因制造系统可操作以将所述经指示的一或多个基因序列体现到所述宿主的所述基因组中,以产生用于制造所述可行靶分子的经工程设计基因组。
55.根据权利要求32到54中任一权利要求所述的系统,其中将来自所述开始反应集的一或多个反应包含于所述经筛选反应集中包括至少部分基于所述一或多个反应是否是自发的将来自所述开始反应集的一或多个反应包含于所述经筛选反应集中。
56.根据权利要求32到55中任一权利要求所述的系统,其中将来自所述开始反应集的一或多个反应包含于所述经筛选反应集中包括至少部分基于所述一或多个反应的方向性将来自所述开始反应集的一或多个反应包含于所述经筛选反应集中。
57.根据权利要求32到56中任一权利要求所述的系统,其中将来自所述开始反应集的一或多个反应包含于所述经筛选反应集中包括至少部分基于所述一或多个反应是否是传递反应将来自所述开始反应集的一或多个反应包含于所述经筛选反应集中。
58.根据权利要求32到57中任一权利要求所述的系统,其中将来自所述开始反应集的一或多个反应包含于所述经筛选反应集中包括至少部分基于所述一或多个反应是否生成卤素化合物将来自所述开始反应集的一或多个反应包含于所述经筛选反应集中。
59.根据权利要求32到58中任一权利要求所述的用于识别其中产生靶分子的宿主生物的系统,其中所述指令包含用于所述获得开始代谢物集、所述获得开始反应集及根据权利要求32到58中任一权利要求所述的针对多个宿主生物中的每一宿主生物的所述处理的指令,所述指令进一步包括用于针对多个宿主生物中的每一宿主生物执行以下操作的指令:
针对给定可行靶分子,确定满足至少一个准则的所述多个宿主生物中的一或多者;及
提供指示所述经确定的一或多个宿主生物的数据。
60.根据权利要求59所述的系统,其中所述至少一个准则包含从由以下各者组成的群组选出的至少一个准则:产量及处理步骤的数目。
61.一种一或多个非暂时性计算机可读媒体,其存储用于预测在宿主生物中产生靶分子的可行性的指令,其中所述指令在由一或多个计算装置执行时致使所述一或多个计算装置中的至少一者:
获得指定所述宿主生物的开始代谢物的开始代谢物集;
获得指定反应的开始反应集;
将来自所述开始反应集的一或多个反应包含于经筛选反应集中;
在由至少一个处理器执行的一或多个处理步骤中的每一处理步骤中,依照所述经筛选反应集的所述一或多个反应处理表示所述开始代谢物及在先前处理步骤中生成的代谢物的数据以生成表示一或多个可行靶分子的数据;及
将表示所述一或多个可行靶分子的数据提供为输出。
62.根据权利要求61所述的一或多个计算机可读媒体,其中将一或多个反应包含于所述经筛选反应集中包括将来自所述开始反应集的指示为通过一或多个对应催化剂催化的一或多个反应包含于所述经筛选反应集中,所述一或多个对应催化剂本身指示为有可能可用于在所述宿主生物中催化所述一或多个反应。
63.根据权利要求61或62所述的一或多个计算机可读媒体,其中将一或多个反应包含于所述经筛选反应集中包括将来自所述开始反应集的在至少一个数据库中指示为通过一或多个对应催化剂催化的一或多个反应包含于所述经筛选反应集中,所述一或多个对应催化剂本身在至少一个数据库中指示为有可能可用于在所述宿主生物中催化所述一或多个反应。
64.根据权利要求61到63中任一权利要求所述的一或多个计算机可读媒体,其中将一或多个反应包含于所述经筛选反应集中包括将来自所述开始反应集的指示为通过一或多个对应催化剂催化一或多个反应包含于所述经筛选反应集中,所述一或多个对应催化剂本身指示为有可能可用于工程设计到所述宿主生物中或有可能可用于经由从所述宿主生物在其中生长的生长培养基的摄取引入到所述宿主生物中。
65.根据权利要求62到64中任一权利要求所述的一或多个计算机可读媒体,其中每一对应催化剂是从由以下各者组成的群组选出:酶及酶纳米颗粒共轭。
66.根据权利要求62到65中任一权利要求所述的一或多个计算机可读媒体,其中每一对应催化剂是酶,其中所述酶至少部分基于所述酶的氨基酸序列或所述酶的dna序列编码的可用性指示为有可能可用于在所述宿主生物中催化所述反应。
67.根据权利要求61到66中任一权利要求所述的一或多个计算机可读媒体,其中所述开始反应集中的一或多个反应指示为通过一或多个对应孤儿酶催化,所述指令进一步包括用于执行以下操作的指令:
生物勘探所述一或多个孤儿酶以预测一或多个对应氨基酸序列;及
将通过所述一或多个对应经生物勘探孤儿酶催化的所述一或多个反应包含于所述经筛选反应集中。
68.根据权利要求61到67中任一权利要求所述的一或多个计算机可读媒体,所述指令进一步包括用于确定关于对应催化剂是否可用于催化对应反应的置信度的指令,其中所述置信度是至少一第一置信度或高于所述第一置信度的第二置信度,
其中将来自所述开始反应集的一或多个反应包含于所述经筛选反应集中包括将来自所述开始反应集的指示为通过本身确定为在所述第二置信度下可用于催化一或多个第二反应的一或多个对应催化剂催化的所述一或多个第二反应包含于所述经筛选反应集中。
69.根据权利要求61到68中任一权利要求所述的一或多个计算机可读媒体,其中处理进一步包括:在于特定处理步骤中生成表示一或多个可行靶分子的数据之后且在下一处理步骤之前,从所述经筛选反应集移除与在所述特定处理步骤中生成表示一或多个可行靶分子的所述数据相关联的任何反应。
70.根据权利要求61到69中任一权利要求所述的一或多个计算机可读媒体,其中所述开始代谢物集指定核心代谢物,所述核心代谢物包含如由未经工程设计宿主在指定条件下产生的代谢物。
71.根据权利要求61到70中任一权利要求所述的一或多个计算机可读媒体,其中所述宿主尚未经受基因组修饰。
72.根据权利要求61到71中任一权利要求所述的一或多个计算机可读媒体,所述指令进一步包括用于生成导向所述可行靶分子中的一或多者的一或多个反应途径的记录的指令。
73.根据权利要求72所述的一或多个计算机可读媒体,其中生成记录包括不将来自普遍存在的代谢物的反应途径包含于所述记录中。
74.根据权利要求61到73所述的一或多个计算机可读媒体,所述指令进一步包括用于生成其中生成表示可行靶分子的数据的步骤的记录的指令。
75.根据权利要求61到74中任一权利要求所述的一或多个计算机可读媒体,所述指令进一步包括用于生成从所述开始代谢物集到所述可行靶分子中的一或多者的最短反应途径的记录的指令。
76.根据权利要求61到75中任一权利要求所述的一或多个计算机可读媒体,所述指令进一步包括用于生成沿到可行靶分子的反应途径的一或多个反应的热力学性质的记录的指令。
77.根据权利要求61到76中任一权利要求所述的一或多个计算机可读媒体,所述指令进一步包括用于生成关于催化剂是否可用于催化沿到可行靶分子的反应途径的一或多个对应反应的置信度的记录的指令。
78.根据权利要求61到77中任一权利要求所述的一或多个计算机可读媒体,所述指令进一步包括用于生成产生所述可行靶分子中的一或多者的难度的指示的指令。
79.根据权利要求78所述的一或多个计算机可读媒体,其中所述难度指示是至少部分基于所述一或多个可行靶分子的反应途径长度。
80.根据权利要求78或79所述的一或多个计算机可读媒体,其中所述难度指示是至少部分基于热力学性质。
81.根据权利要求78到80中任一权利要求所述的一或多个计算机可读媒体,其中所述难度指示是至少部分基于关于催化剂是否可用于催化沿到所述可行靶分子中的一或多者的一或多个第一反应途径的一或多个对应反应的置信度。
82.根据权利要求78到81中任一权利要求所述的一或多个计算机可读媒体,其中所述难度指示是至少部分基于沿到所述可行靶分子中的一或多者的一或多个第一反应途径的一或多个反应是否指示为通过本身指示为有可能可用于催化沿所述一或多个第一反应途径的所述一或多个反应的一或多个对应催化剂催化。
83.根据权利要求61到82中任一权利要求所述的一或多个计算机可读媒体,所述指令进一步包括用于将与在导向可行靶分子的反应途径中的一或多个反应相关联的一或多个基因序列的指示提供到基因制造系统的指令,
其中所述基因制造系统可操作以将所述经指示一或多个基因序列体现到所述宿主的所述基因组中,以产生用于制造所述可行靶分子的经工程设计基因组。
84.根据权利要求61到83中任一权利要求所述的一或多个计算机可读媒体,其中将一或多个反应包含于来自所述开始反应集的所述经筛选反应集中包括至少部分基于所述一或多个反应是否是自发的将来自所述开始反应集的一或多个反应包含于所述经筛选反应集中。
85.根据权利要求61到84中任一权利要求所述的一或多个计算机可读媒体,其中将来自所述开始反应集的一或多个反应包含于所述经筛选反应集中包括至少部分基于所述一或多个反应的方向性将来自所述开始反应集的一或多个反应包含于所述经筛选反应集中。
86.根据权利要求61到85中任一权利要求所述的一或多个计算机可读媒体,其中将来自所述开始反应集的一或多个反应包含于所述经筛选反应集中包括至少部分基于所述一或多个反应是否是传递反应将来自所述开始反应集的一或多个反应包含于所述经筛选反应集中。
87.根据权利要求61到86中任一权利要求所述的一或多个计算机可读媒体,其中将来自所述开始反应集的一或多个反应包含于所述经筛选反应集中包括至少部分基于所述一或多个反应是否生成卤素化合物将来自所述开始反应集的一或多个反应包含于所述经筛选反应集中。
88.根据权利要求61到87中任一权利要求所述的用于识别其中产生靶分子的宿主生物的一或多个计算机可读媒体,其中所述指令包含用于所述获得开始代谢物集、所述获得开始反应集及根据权利要求61到87中任一权利要求所述的针对多个宿主生物中的每一宿主生物的所述处理的指令,所述指令进一步包括用于针对多个宿主生物中的每一宿主生物执行以下操作的指令:
针对给定可行靶分子,确定满足至少一个准则的所述多个宿主生物中的一或多者;及
提供指示所述经确定一或多个宿主生物的数据。
89.根据权利要求89所述的一或多个计算机可读媒体,其中所述至少一个准则包含从由以下各者组成的群组选出的至少一个准则:产量及处理步骤的数目。
90.一种用于识别其中产生靶分子的宿主生物的方法,其包括:
使用至少一个处理器存取有关一或多个分子与其中产生所述一或多个分子的一或多个宿主生物之间的关联的信息;
使用至少一个处理器至少部分基于在产生靶分子中涉及的所有催化剂有可能可用于催化引起在一或多个靶宿主生物中产生所述靶分子的反应的证据将所述一或多个宿主生物中的至少一者识别为其中产生所述靶分子的所述一或多个靶宿主生物,
使用至少一个处理器将表示所述一或多个靶宿主生物的数据提供为输出。
91.根据权利要求90所述的方法,其中表示所述一或多个靶宿主生物的所述数据可用于在所述一或多个靶宿主生物中产生所述靶分子。
92.根据权利要求90或91所述的方法,其中所述证据包括引起产生所述靶分子的一或多个反应途径的记录。
93.根据权利要求92所述的方法,其中识别所述一或多个靶宿主生物是至少部分基于所述一或多个反应途径内在所述一或多个靶宿主生物内产生所述靶分子所需的反应步骤的数目。
94.根据权利要求90到93中任一权利要求所述的方法,其进一步包括在一或多个靶宿主生物中产生所述靶分子。
95.一种系统,其用于识别其中产生靶分子的宿主生物,所述系统包括:
一或多个处理器;
一或多个存储器,其包括指令,其中当所述指令由所述一或多个处理器中的至少一者执行时,所述指令致使所述系统:
存取有关一或多个分子与其中产生所述一或多个分子的一或多个宿主生物之间的关联的信息;
至少部分基于在产生靶分子中涉及的所有催化剂有可能可用于催化引起在一或多个靶宿主生物中产生所述靶分子的反应的证据将所述一或多个宿主生物中的至少一者识别为其中产生所述靶分子的所述一或多个靶宿主生物,及
将表示所述一或多个靶宿主生物的数据提供为输出。
96.根据权利要求95所述的系统,其中表示所述一或多个靶宿主生物的所述数据可用于在所述一或多个靶宿主生物中产生所述靶分子。
97.根据权利要求95或96所述的系统,其中所述证据包括引起产生所述靶分子的一或多个反应途径的记录。
98.根据权利要求97所述的系统,其中识别所述一或多个靶宿主生物是至少部分基于所述一或多个反应途径内在所述一或多个靶宿主生物内产生所述靶分子所需的反应步骤的数目。
99.根据权利要求95到98中任一权利要求所述的系统,其中所述指令进一步包括用于在一或多个靶宿主生物中产生所述靶分子的指令。
100.一种一或多个非暂时性计算机可读媒体,其用于存储用于识别其中产生靶分子的宿主生物的指令,其中所述指令在由一或多个计算装置执行时致使所述一或多个计算装置中的至少一者:
存取有关一或多个分子与其中产生所述一或多个分子的一或多个宿主生物之间的关联的信息;
至少部分基于在产生靶分子中涉及的所有催化剂有可能可用于催化引起在一或多个靶宿主生物中产生所述靶分子的反应的证据将所述一或多个宿主生物中的至少一者识别为其中产生所述靶分子的所述一或多个靶宿主生物,及
将表示所述一或多个靶宿主生物的数据提供为输出。
101.根据权利要求100所述的一或多个计算机可读媒体,其中表示所述一或多个靶宿主生物的所述数据可用于在所述一或多个靶宿主生物中产生所述靶分子。
102.根据权利要求100或101所述的一或多个计算机可读媒体,其中所述证据包括引起产生所述靶分子的一或多个反应途径的记录。
103.根据权利要求102所述的一或多个计算机可读媒体,其中识别所述一或多个靶宿主生物是至少部分基于所述一或多个反应途径内在所述一或多个靶宿主生物内产生所述靶分子所需的反应步骤的数目。
104.根据权利要求100到103中任一权利要求所述的一或多个计算机可读媒体,其中所述指令进一步包括用于在一或多个靶宿主生物中产生所述靶分子的指令。