基于浆细胞评分的肺腺癌患者生存期预后评估方法及系统

本发明涉及生物医学，具体涉及一种基于浆细胞评分的肺腺癌患者生存期预后评估方法及系统。

背景技术：

1、生存风险预测是医疗安全管理系统中极为重要的一环，根据积累的病况数据进行整理分析，总结出风险预测的方法，有利于指导患者个体化治疗。

2、在中国，肺癌的发病率和致死率在各种恶性肿瘤中排名第一，对我国人民带来巨大的健康和经济负担[1]。根据组织学类型，肺癌可分为小细胞癌、腺癌、鳞癌、大细胞癌等，其中肺腺癌占肺癌40％以上，是肺癌的主要类型[2]。国际抗癌联盟第八版tnm分期根据肿瘤大小、血管神经侵犯情况、淋巴结及远处组织转移等临床病理特征将患者分为i、ii、iii及iv期[3]。目前，tnm分期是临床医生预测肺癌患者生存的主要依据[4]，然而其预测效能仍存在较大局限。例如，根治性手术是i期患者的主要治疗手段，然而仍有30％的患者术后发生复发转移，5年总体生存率不超过70％[3]，而这部分高危病人是无法通过tnm分期筛选出来的。因此，寻找新的预后预测方案对提高肺癌精准医疗水平意义重大。

技术实现思路

1、本技术通过提供一种基于浆细胞评分的肺腺癌患者生存期预后评估方法及系统，解决应用tnm分期无法准确评估肺腺癌患者生存期的问题。

2、为达到上述目的，本技术采用如下技术方案。

3、一方面，提供一种基于浆细胞评分的肺腺癌患者生存期预后评估方法，包括：

4、采用如下公式计算浆细胞评分：浆细胞评分＝λ1*dok1表达量+λ2*ero1lb表达量+λ3*clec7a表达量+λ4*znf431表达量+λ5*kiaa1324表达量+λ6*nucb2表达量+λ7*txndc11表达量+λ8*icam3表达量+λ9*cr2表达量+λ10*clic6表达量+λ11*carns1表达量+λ12*p2ry13表达量+λ13*klf15表达量+λ14*slc24a4表达量+λ15*elovl6表达量+λ16*mfi2表达量+λ17*furin表达量；其中，λ1～λ17的取值范围均为-1～1；

5、利用所述浆细胞评分评估肺腺癌患者死亡风险。

6、在一些实施例中，λ1的取值为-0.121312965839693，λ2的取值为-0.119580246144332，λ3的取值为-0.0854252843993626，λ4的取值为-0.0474673925817677，λ5的取值为-0.0442268122702076，λ6的取值为-0.0390522707868627，λ7的取值为-0.0356543059453063，λ8的取值为-0.0200016769195013，λ9的取值为-0.0145454743101523，λ10的取值为-0.01357584005019，λ11的取值为-0.00885842862336193，λ12的取值为-0.00709622556128142，λ13的取值为-0.00254212583200441，λ14的取值为-0.000221016502163673，λ15的取值为0.0530781850254044，λ16的取值为0.084692085587649，λ17的取值为0.142156705443052。

7、在一些实施例中，所述浆细胞评分的计算公式的构建方法包括如下步骤：

8、1)对tcga队列进行相关性分析，得到与浆细胞浸润的相关系数的绝对值大于0.2的第一基因集；其中，所述tcga队列包含tcga数据库中肺腺癌患者的基因表达和临床数据；

9、2)分别在tcga队列和gse72094队列中对所述第一基因集进行单因素cox生存分析，分别得到两个队列中的第一基因集的调整后p值，筛选出两个队列中调整后p值小于0.05的第一基因集作为第二基因集，对两个队列中的所述第二基因集取交集得到第三基因集；其中，gse72094队列包含geo数据库中肺腺癌患者的基因表达和临床数据；

10、3)在tcga队列中对所述第三基因集进行lasso回归得到第四基因集；

11、4)为第四基因集中的每个基因赋予权重系数并构建如下浆细胞评分的计算公式：

12、浆细胞评分＝λ1*dok1表达量+λ2*ero1lb表达量+λ3*clec7a表达量+λ4*znf431表达量+λ5*kiaa1324表达量+λ6*nucb2表达量+λ7*txndc11表达量+λ8*icam3表达量+λ9*cr2表达量+λ10*clic6表达量+λ11*carns1表达量+λ12*p2ry13表达量+λ13*klf15表达量+λ14*slc24a4表达量+λ15*elovl6表达量+λ16*mfi2表达量+λ17*furin表达量；其中，λ1～λ17为第四基因集中的各基因的权重系数，取值范围均为-1～1。

13、又一方面，提供另一种基于浆细胞评分的肺腺癌患者生存期预后评估方法，包括：

14、采用如下公式计算预后指数：预后指数＝β1*年龄+β2*tnm分期+β3*浆细胞评分；

15、其中，β1、β2、β3为权重系数，0<β1<2，0<β2<2，0<β3<2；当tnm分期为i期时赋值为1，分期为ii期时赋值为2，分期为iii期时赋值为3，分期为iv期时赋值为4；浆细胞评分＝λ1*dok1表达量+λ2*ero1lb表达量+λ3*clec7a表达量+λ4*znf431表达量+λ5*kiaa1324表达量+λ6*nucb2表达量+λ7*txndc11表达量+λ8*icam3表达量+λ9*cr2表达量+λ10*clic6表达量+λ11*carns1表达量+λ12*p2ry13表达量+λ13*klf15表达量+λ14*slc24a4表达量+λ15*elovl6表达量+λ16*mfi2表达量+λ17*furin表达量；λ1～λ17为权重系数，取值范围均为-1～1；

16、利用所述预后指数评估肺腺癌患者死亡风险。

17、在一些实施例中，β1的取值为0.017，β2的取值为0.427，β3的取值为1.322。

18、在一些实施例中，λ1的取值为-0.121312965839693，λ2的取值为-0.119580246144332，λ3的取值为-0.0854252843993626，λ4的取值为-0.0474673925817677，λ5的取值为-0.0442268122702076，λ6的取值为-0.0390522707868627，λ7的取值为-0.0356543059453063，λ8的取值为-0.0200016769195013，λ9的取值为-0.0145454743101523，λ10的取值为-0.01357584005019，λ11的取值为-0.00885842862336193，λ12的取值为-0.00709622556128142，λ13的取值为-0.00254212583200441，λ14的取值为-0.000221016502163673，λ15的取值为0.0530781850254044，λ16的取值为0.084692085587649，λ17的取值为0.142156705443052。

19、在一些实施例中，所述浆细胞评分的计算公式的构建方法包括如下步骤：

20、1)对tcga队列进行相关性分析，得到与浆细胞浸润的相关系数的绝对值大于0.2的第一基因集；其中，所述tcga队列包含tcga数据库中肺腺癌患者的基因表达和临床数据；

21、2)分别在tcga队列和gse72094队列中对所述第一基因集进行单因素cox生存分析，分别得到两个队列中的第一基因集的调整后p值，筛选出两个队列中调整后p值小于0.05的第一基因集作为第二基因集，对两个队列中的所述第二基因集取交集得到第三基因集；其中，gse72094队列包含geo数据库中肺腺癌患者的基因表达和临床数据；

22、3)在tcga队列中对所述第三基因集进行lasso回归得到第四基因集；

23、4)为第四基因集中的每个基因赋予权重系数并构建如下浆细胞评分的计算公式：

24、浆细胞评分＝λ1*dok1表达量+λ2*ero1lb表达量+λ3*clec7a表达量+λ4*znf431表达量+λ5*kiaa1324表达量+λ6*nucb2表达量+λ7*txndc11表达量+λ8*icam3表达量+λ9*cr2表达量+λ10*clic6表达量+λ11*carns1表达量+λ12*p2ry13表达量+λ13*klf15表达量+λ14*slc24a4表达量+λ15*elovl6表达量+λ16*mfi2表达量+λ17*furin表达量；其中，λ1～λ17为第四基因集中的各基因的权重系数，取值范围均为-1～1。

25、又一方面，提供一种基于浆细胞评分的肺腺癌患者生存期预后评估系统，包括列线图，所述列线图包括：

26、得分标尺，得分分值范围为0～100；所述得分标尺具有第一端和第二端，其中得分分值为0对应得分标尺的第一端，得分分值为100对应得分标尺的第二端；

27、年龄标尺，年龄范围为35～90，其中年龄值为35与得分标尺的第一端对齐，年龄值为90与所述得分标尺的分值21对齐；

28、tnm分期标尺，tnm分期值范围为1～4，其中tnm分期值为1与得分标尺的第一端对齐，tnm分期值为4与所述得分标尺的分值28对齐；

29、浆细胞评分标尺，浆细胞评分值范围为-3.5～0，其中浆细胞评分值为-3.5与得分标尺的第一端对齐，浆细胞评分值为0与得分标尺的第二端对齐；

30、总得分标尺，总得分分值范围为0～140，其中总得分分值为0与得分标尺的第一端对齐，总得分分值为140与得分标尺的第二端对齐；

31、一年生存率标尺，一年生存率概率值范围为0.95～0，其中一年生存率概率值为0.95与总得分标尺的分值44对齐，一年生存率概率值为0与总得分标尺的分值132对齐；

32、三年生存率标尺，三年生存率概率值范围为0.95～0，其中三年生存率概率值为0.95与总得分标尺的分值24对齐，三年生存率概率值为0与总得分标尺的分值112对齐；和

33、五年生存率标尺，五年生存率概率值范围为0.9～0，其中五年生存率概率值为0.9与总得分标尺的分值28对齐，五年生存率概率值为0与总得分标尺的分值100对齐；

34、浆细胞评分由如下公式计算：浆细胞评分＝λ1*dok1表达量+λ2*ero1lb表达量+λ3*clec7a表达量+λ4*znf431表达量+λ5*kiaa1324表达量+λ6*nucb2表达量+λ7*txndc11表达量+λ8*icam3表达量+λ9*cr2表达量+λ10*clic6表达量+λ11*carns1表达量+λ12*p2ry13表达量+λ13*klf15表达量+λ14*slc24a4表达量+λ15*elovl6表达量+λ16*mfi2表达量+λ17*furin表达量；其中，λ1～λ17的取值范围均为-1～1。

35、在一些实施例中，λ1的取值为-0.121312965839693，λ2的取值为-0.119580246144332，λ3的取值为-0.0854252843993626，λ4的取值为-0.0474673925817677，λ5的取值为-0.0442268122702076，λ6的取值为-0.0390522707868627，λ7的取值为-0.0356543059453063，λ8的取值为-0.0200016769195013，λ9的取值为-0.0145454743101523，λ10的取值为-0.01357584005019，λ11的取值为-0.00885842862336193，λ12的取值为-0.00709622556128142，λ13的取值为-0.00254212583200441，λ14的取值为-0.000221016502163673，λ15的取值为0.0530781850254044，λ16的取值为0.084692085587649，λ17的取值为0.142156705443052。

36、又一方面，提供另一种基于浆细胞评分的肺腺癌患者生存期预后评估系统，该系统包括计算机设备，所述计算机设备包括存储器、处理器和存储在存储器中可供处理器运行的程序指令，其中所述处理器执行所述程序指令以实现上述基于浆细胞评分的肺腺癌患者生存期预后评估方法的步骤。

37、与现有技术相比，本发明至少具有如下技术效果或优点：本发明对肺腺癌患者生存期预测的准确性显著优于tnm分期。