噬菌体疗法
【技术领域】
[0001] 本发明属于用于治疗炎性肠疾病的噬菌体疗法领域。
【背景技术】
[0002] 噬菌体是通过特异相互作用影响细菌的病毒。
[0003] 克罗恩病（CD)(也被称为局限性回肠炎）是一种肠的炎性疾病，可影响从口腔到 肛门的胃肠道的任何部分，导致多种症状。它主要导致腹痛、腹泻、呕吐或体重减轻，但是也 可能会引起胃肠道之外的并发症，例如皮疹、眼睛发炎、疲倦以及注意力衰退。
[0004] 虽然还不知道CD的准确原因，但是似乎是环境因素和遗传倾向二者的结合导致 了该疾病。CD被认为是一种自身免疫疾病，其中机体的免疫系统进攻胃肠道，引起炎症；其 被归类为炎性肠疾病（IBD)的一种类型。
[0005] 在患CD的病人中，在回肠上皮细胞的顶端表面上的癌胚抗原相关细胞粘附分子 6(CEACAM6)的不正常表达被观察到，并且CD回肠病变被致病性侵袭性大肠杆菌（AIEC)定 殖。
[0006] 对于克罗恩病，没有已知的药物或手术治疗。特别是，通常的IBD和特别的⑶二 者都不能用抗生素（目的在于与致病性大肠杆菌对抗）治疗。治疗选择局限于控制症状、 维持缓解以及防止复发。
【发明内容】
[0007]本发明提供了一种用于治疗炎性肠疾病（IBD)的药物组合物，包括：⑴能够在黏 附侵袭性（adherent-invasive)大肠杆菌菌株中产生溶解性感染的至少一种菌体菌株； 和（ii)药学上可接受的载体。
[0008] 本发明进一步提供了一种治疗炎性肠疾病的方法，包括向有需要的主体施用能够 在黏附侵袭性大肠杆菌菌株中产生溶解性感染的至少一种噬菌体菌株，从而治疗所述主 体。
[0009] 本发明进一步提供了一种保藏在巴斯德研究院的法国微生物国家保藏中心（the FrenchNationalCollectionofMicroorganismsattheInstitutPasteur)的保藏号为 CNCM1-4694噬菌体菌株PI或其变种，其中所述变种具有与所述噬菌体菌株相同的溶解活 性，优选具有与所述噬菌体菌株相同的溶解活性和相同的表型特征。
[0010] 本发明进一步提供了一种保藏在巴斯德研究院的法国微生物国家保藏中心的保 藏号为CNCM1-4695的噬菌体菌株P2或其变种，其中所述变种具有与所述噬菌体菌株相同 的溶解活性，优选具有与所述噬菌体菌株相同的溶解活性和相同的表型特征。
[0011] 本发明进一步提供了一种保藏在巴斯德研究院的法国微生物国家保藏中心的保 藏号为CNCM1-4696的噬菌体菌株P3或其变种，其中所述变种具有与所述噬菌体菌株相同 的溶解活性，优选具有与所述噬菌体菌株相同的溶解活性和相同的表型特征。
[0012] 本发明进一步提供了一种保藏在巴斯德研究院的法国微生物国家保藏中心的保 藏号为CNCM1-4697的噬菌体菌株P4或其变种，其中所述变种具有与所述噬菌体菌株相同 的溶解活性，优选具有与所述噬菌体菌株相同的溶解活性和相同的表型特征。
[0013] 本发明进一步提供了一种保藏在巴斯德研究院的法国微生物国家保藏中心的保 藏号为CNCM1-4698的噬菌体菌株P5或其变种，其中所述变种具有与所述噬菌体菌株相同 的溶解活性，优选具有与所述噬菌体菌株相同的溶解活性和相同的表型特征。
[0014] 本发明进一步提供了一种保藏在巴斯德研究院的法国微生物国家保藏中心的保 藏号为CNCM1-4699的噬菌体菌株P6或其变种，其中所述变种具有与所述噬菌体菌株相同 的溶解活性，优选具有与所述噬菌体菌株相同的溶解活性和相同的表型特征。
[0015] 本发明进一步提供了一种保藏在巴斯德研究院的法国微生物国家保藏中心的保 藏号为CNCM1-4700的噬菌体菌株P8或其变种，其中所述变种具有与所述噬菌体菌株相同 的溶解活性，优选具有与所述噬菌体菌株相同的溶解活性和相同的表型特征。
[0016] 本发明还使用了一种保藏在巴斯德研究院的法国微生物国家保藏中心的保藏号 为CNCM1-4675的噬菌体菌株CLB_P2或其变种，其中所述变种具有与所述噬菌体菌株相同 的溶解活性，优选具有与所述噬菌体菌株相同的溶解活性和相同的表型特征。
[0017]出于本发明的目的，如果噬菌体菌株的变种对在描述于下文的实施例3的"噬菌 体在AIEC菌株中传染性的离体分析"中的AIEC菌株LF82、07081、07082、07076和06075中 的至少一种实施至少" + "，则噬菌体菌株的变种被视为具有与所述噬菌体菌株相同的溶解 活性。在一个优选实施方式中，如果噬菌体菌株的变种对在描述于下面的实施例3的"噬 菌体在AIEC菌株中传染性的离体分析"中的全部五种AIEC菌株LF82、LF06075、LF07076、 LF07081 和LF07082(AIEC菌株LF06075、LF07076、LF07081 和LF07082 也被分别简称为 06075、07076、07081和07082)实施至少" + "，则噬菌体菌株的变种被视为具有与所述噬菌 体菌株相同的溶解活性变种。这些AIEC菌株已经被里尔大学2-〇]1^代^^6 1^116 2-DroitetSant6, 42RuePaulDuez, 59000Lille，法国）保藏在巴斯德研究院法国微生物 国家保藏中心，保藏号为CNCMI-4712(LF82)、CNCMI-4713(LF06075)、CNCMI-4714(LF 07076)、CNCM1-4715(LF07081)和CNCM1-4716(LF07082)。
[0018] 出于本发明的目的，如果噬菌体菌株PI至P6、P8和CLB_P2中的一种的变种与噬 菌体wV8 (对于P1至P6的变种）或噬菌体RB69 (对于P8的变种）或噬菌体JS98 (对于 CLB_P2的变种）的主要衣壳蛋白在至少70%的长度上具有至少80 %序列一致性，优选在至 少80%的长度上具有至少90%序列一致性，更优选在至少90%的长度上具有完全序列一 致性（由BLAST算法确定），如"主要衣壳蛋白的鉴别"部分中描述的，那么噬菌体菌株P1 至P6、P8和CLB_P2中的一种的变种被视为具有与所述噬菌体菌株相同的相同的表型特征。
[0019] 在一个优选实施方式中，噬菌体的变种具有与噬菌体相同的溶解活性。在另一个 实施方式中，噬菌体的变种与噬菌体相同的溶解活性和相同的表型特征。
[0020] 发明详沐
[0021] 本发明提供了一种用于治疗炎性肠疾病（IBD)的药物组合物，包括：（i)能够在黏 附侵袭性大肠杆菌菌株中产生溶解性感染的至少一种噬菌体菌株；和（ii)药学上可接受 的载体。
[0022] 本发明进一步提供了一种治疗炎性肠疾病的方法，包括向有需要的主体施用能够 在黏附侵袭性大肠杆菌菌株中产生溶解性感染的至少一种噬菌体菌株，从而治疗所述主 体。
[0023] 本文所使用的"黏附侵袭性大肠杆菌（AIEC)菌株"应当被理解为是指在肠道细胞 系1-407的细胞培养中具有等于或高于0. 1 %的平均侵袭能力的大肠杆菌菌株。换句话说， 当根据在下文"侵袭试验"部分描述的侵袭试验检测时（也可参见Darfeuille-Michaudet al. (2004)，Gastroenterology127:412-421)，AIEC菌株具有侵袭 1-407 的肠道细胞培养 的能力，侵袭指数等于或高于原接种物（作为100% )的〇· 1%。
[0024]AIEC菌株的非限制性的示例是LF82、LF82SK(被保藏在Universit6d'Auvergne， 49BoulevardFraiiQ〇isMitterand，63001Clermont-Fe;rrand(法国）巴斯德研究院的法国 微生物国家收集中心，保藏号为CNCM1-4723)，列在本文表1的那些以及在以下逐条记录 中的那些（cf.Darfeuille-Michaudetal. (2004)，Gastroenterology127:412-421，尤其 是第 417 页，表 2) :LF31、LF71、LF123、LF138、LF9、LF15、LF28、LF50、LF65、LF119、LF128、 LF130、LF73、LF100、LF110、LF134、LF105、LF49-2、LB11 和LF45-2。在一个实施方式中，所 述黏附侵袭性大肠杆菌菌株是LF82、07081、07082、07076或06075,尤其是LF82。
[0025] 在一个实施方式中，所述黏附侵袭性大肠杆菌菌株存在于主体的结肠中。在另一 个实施方式中，所述黏附侵袭性大肠杆菌菌株存在于主体的回肠中。在又一个实施方式中， 所述黏附侵袭性大肠杆菌菌株存在于主体的一个或多个肠道部分（小肠和/或大肠）。
[0026] 在一个实施方式中，所述至少一种噬菌体菌株是保藏在巴斯德研究院的法国微生 物国家保藏中心的保藏号为CNCM1-4694的P1或其变种，其中所述变种具有与所述噬菌体 菌株相同的溶解活性，优选具有与所述噬菌体菌株相同的溶解活性和相同的表型特征。
[0027] 在一个实施方式中，所述至少一种噬菌体菌株是保藏在巴斯德研究院的法国微生 物国家保藏中心的保藏号为CNCM1-4695的P2或其变种，其中所述变种具有与所述噬菌体 菌株相同的溶解活性，优选具有与所述噬菌体菌株相同的溶解活性和相同的表型特征。
[0028] 在一个实施方式中，所述至少一种噬菌体菌株是保藏在巴斯德研究院的法国微生 物国家保藏中心的保藏号为CNCM1-4696的P3或其变种，其中所述变种具有与所述噬菌体 菌株相同的溶解活性，优选具有与所述噬菌体菌株相同的溶解活性和相同的表型特征。
[0029] 在一个实施方式中，所述至少一种噬菌体菌株是保藏在巴斯德研究院的法国微生 物国家保藏中心的保藏号为CNCM1-4697的P4或其变种，其中所述变种具有与所述噬菌体 菌株相同的溶解活性，优选具有与所述噬菌体菌株相同的溶解活性和相同的表型特征。
[0030] 在一个实施方式中，所述至少一种噬菌体菌株是保藏在巴斯德研究院的法国微生 物国家保藏中心的保藏号为CNCM1-4698的P5或其变种，其中所述变种具有与所述噬菌体 菌株相同的溶解活性，优选具有与所述噬菌体菌株相同的溶解活性和相同的表型特征。
[0031] 在一个实施方式中，所述至少一种噬菌体菌株是保藏在巴斯德研究院的法国微生 物国家保藏中心的保藏号为CNCM1-4699的P6或其变种，其中所述变种具有与所述噬菌体 菌株相同的溶解活性，优选具有与所述噬菌体菌株相同的溶解活性和相同的表型特征。
[0032] 在一个实施方式中，所述至少一种噬菌体菌株是保藏在巴斯德研究院的法国微生 物国家保藏中心的保藏号为CNCM1-4700的P8,其中所述变种具有与所述噬菌体菌株相同 的溶解活性，优选具有与所述噬菌体菌株相同的溶解活性和相同的表型特征。
[0033] 在一个实施方式中，所述至少一种噬菌体菌株是保藏在巴斯德研究院的法国微生 物国家保藏中心的保藏号为CNCM1-4675的CLB_P2,其中所述变种具有与所述噬菌体菌株 相同的溶解活性，优选具有与所述噬菌体菌株相同的溶解活性和相同的表型特征。
[0034] 在一方面，按照设想，所述药物组合物包括一种以上的噬菌体菌株，也称为"噬菌 体混合物"。本发明的噬菌体混合物包括P1、P2、P3、P4、P5、P6、P8和CLB_P2及其变种的任 意组合，所述变种为具有相同的溶解活性的变种、优选为具有相同的溶解活性和相同的表 型特征的变种。优选地，意图用于治疗特定主体或主体群的噬菌体混合物中的噬菌体将在 为了对抗而识别和选择的AIEC菌株或AIEC菌株的基础上被选择。
[0035] 炎性肠疾病的非限制性的示例是克罗恩病（CD)，溃疡性结肠炎（UC)，慢性炎性肠 疾病（慢性IBD)，例如但不限于显微镜结肠炎、脂泻病和血管炎。在一个实施方式中，所述 IBD是CD或UC。在另一个实施方式中，所述炎性肠疾病是手术（例如去除CD病人的小肠 的至少一部分的手术）之后回肠病变的复发。所述复发由Rutgeerts评分来测量。
[0036] 在一个实施方式中，所述炎性肠疾病（IBD)不是由细菌感染引起的。该实施方式 是基于通常不认为是细菌性疾病。相反，细菌感染可能与IBD相伴，但不是必然的病原体。 该观察增加了本发明的令人惊奇的发现，即为了治疗不是由细菌引起的疾病而应用噬菌体 疗法。
[0037] 因此，作