1.一种确定受试者具有肺癌的可能性的方法，该方法包括
对自受试者获得的生物学样品进行基因表达分析，其中该基因表达分析包括
(a)测定该生物学样品中一种或多种与肺癌状态有关的信息性基因的mRNA表达水平，并
(b)测定该生物学样品中与该受试者的一种或多种可自我报告特征有关的一种或多种基因组关联基因的mRNA表达水平；并
基于(a)和(b)中测定的表达水平确定肺癌风险得分，其指示该受试者具有肺癌的可能性。
2.权利要求1的方法，其中该受试者的一种或多种可自我报告特征选自：吸烟包年数，吸烟状态，年龄和性别。
3.权利要求1或2的方法，其中该信息性基因选自表11。
4.权利要求1至3任一项的方法，其中该信息性基因包含至少两种选自表11中鉴定为簇1的基因集合的基因。
5.权利要求1至4任一项的方法，其中该信息性基因包含至少两种选自表11中鉴定为簇2的基因集合的基因。
6.权利要求1至5任一项的方法，其中该信息性基因包含至少两种选自表11中鉴定为簇3的基因集合的基因。
7.权利要求1至6任一项的方法，其中该信息性基因包含至少两种选自表11中鉴定为簇4的基因集合的基因。
8.权利要求1至7任一项的方法，其中该信息性基因包含至少两种选自表11中鉴定为簇5的基因集合的基因。
9.权利要求1至8任一项的方法，其中该信息性基因包含至少两种选自表11中鉴定为簇6的基因集合的基因。
10.权利要求1至9任一项的方法，其中该信息性基因包含至少两种选自表11中鉴定为簇7的基因集合的基因。
11.权利要求1至10任一项的方法，其中该信息性基因包含至少两种选自表11中鉴定为簇8的基因集合的基因。
12.权利要求1至11任一项的方法，其中该信息性基因包含至少两种选自表11中鉴定为簇9的基因集合的基因。
13.权利要求1至12任一项的方法，其中该信息性基因包含至少两种选自表11中鉴定为簇10的基因集合的基因。
14.权利要求1至13任一项的方法，其中该信息性基因包含MYOT。
15.权利要求1至14任一项的方法，其中该肺癌风险得分是基于加权表达水平之和确定的。
16.权利要求1至15任一项的方法，其中该肺癌风险得分是依照下面的模型确定的：
x得分1＝W0+W1xGG+W2xGS+W3xGPY+W4x所报告的年龄+W5xC1A+W6xC1B+W7xC2+W8xC3+W9xC4A+W10xC4B，
且
x得分2＝W0+W1xGG+W2xGS+W3xGPY+W4xGA+W5xC1A+W6xC1B+W7xC2+W8xC3+W9xC4A+W10xC4B，
且其中GG，GS，GA，GPY，C1A，C1B，C2，C3，C4A和C4B是依照本文中公开的方程确定的。
17.权利要求1至16任一项的方法，其中该肺癌风险得分是依照具有大于90％的在预期使用人群中排除肺癌的负面预测值(NPV)的模型确定的。
18.权利要求1至17任一项的方法，其中该肺癌风险得分是依照具有大于85％的诊断有COPD的受试者的负面预测值(NPV)的模型确定的。
19.一种确定受试者具有肺癌的可能性的方法，该方法包括：
对自受试者获得的生物学样品进行基因表达分析，其中该基因表达分析包括测定该生物学样品中至少2种至至少10种选自表11的基因的mRNA表达水平；并
通过确定该mRNA表达水平的统计学显著性来确定该受试者具有肺癌的可能性。
20.权利要求19的方法，其中确定统计学显著性的步骤包括将该表达水平转换成肺癌风险得分，其指示该受试者具有肺癌的可能性。
21.权利要求20的方法，其中该肺癌风险得分是加权表达水平的组合。
22.权利要求21的方法，其中该肺癌风险得分是加权表达水平之和。
23.权利要求21或22的方法，其中该表达水平是以它们对预测具有肺癌的可能性升高的相对贡献加权的。
24.一种用于为受试者确定治疗过程的方法，该方法包括：
对自该受试者获得的生物学样品进行基因表达分析，其中该基因表达分析包括测定该生物学样品中至少2种至至少10种选自表11的基因的mRNA表达水平；
基于该表达水平为该受试者确定治疗过程。
25.权利要求24的方法，其中该治疗过程是基于自该表达水平推导的肺癌风险得分确定的。
26.权利要求25的方法，其中基于指示该受试者具有相对高的具有肺癌的可能性的肺癌风险得分将该受试者鉴定为肺癌疗法的候选人。
27.权利要求25的方法，其中基于指示该受试者具有相对高的具有肺癌的可能性的肺癌风险得分将该受试者鉴定为侵入性肺规程的候选人。
28.权利要求27的方法，其中该侵入性肺规程是经胸针穿刺，纵隔镜检查术或开胸术。
29.权利要求25的方法，其中基于指示该受试者具有相对低的具有肺癌的可能性的肺癌风险得分将该受试者鉴定为不是肺癌疗法或侵入性肺规程的候选人。
30.权利要求19至29任一项的方法，其进一步包括创建汇总该基因表达分析的结果的报告。
31.权利要求20，21，25-27，和29任一项的方法，其进一步包括创建指出该肺癌风险得分的报告。
32.权利要求19至31任一项的方法，其中该生物学样品是自该受试者的呼吸上皮获得的。
33.权利要求32的方法，其中该呼吸上皮是口，鼻，咽，气管，支气管，细支气管，或肺泡的。
34.权利要求19至33任一项的方法，其中该生物学样品是使用支气管刷检，支气管-肺泡灌洗，或支气管活检获得的。
35.权利要求19至34任一项的方法，其中该受试者展现肺癌的一种或多种症状和/或具有通过计算机辅助断层摄影术或胸部X射线可观察的损害。
36.权利要求35的方法，其中在对该生物学样品进行该基因表达分析之前，该受试者尚未诊断有原发性肺癌。
37.权利要求19至36任一项的方法，其中该基因包含至少两种选自表11中鉴定为簇1的基因集合的基因。
38.权利要求19至37任一项的方法，其中该基因包含至少两种选自表11中鉴定为簇2的基因集合的基因。
39.权利要求19至38任一项的方法，其中该基因包含至少两种选自表11中鉴定为簇3的集合的基因。
40.权利要求19至39任一项的方法，其中该基因包含至少两种选自表11中鉴定为簇4的集合的基因。
41.权利要求19至40任一项的方法，其中该基因包含至少两种选自表11中鉴定为簇5的集合的基因。
42.权利要求19至41任一项的方法，其中该基因包含至少两种选自表11中鉴定为簇6的集合的基因。
43.权利要求19至42任一项的方法，其中该基因包含至少两种选自表11中鉴定为簇7的集合的基因。
44.权利要求19至43任一项的方法，其中该基因包含至少两种选自表11中鉴定为簇8的集合的基因。
45.权利要求19至44任一项的方法，其中该基因包含至少两种选自表11中鉴定为簇9的集合的基因。
46.权利要求19至45任一项的方法，其中该基因包含至少两种选自表11中鉴定为簇10的集合的基因。
47.权利要求19至46任一项的方法，其中该基因包含MYOT。
48.权利要求19至47任一项的方法，其中该基因表达分析包括测定至少10种选自表11的基因的表达水平。
49.权利要求19至48任一项的方法，其中该基因表达分析包括测定至少15种选自表11的基因的表达水平。
50.权利要求19至49任一项的方法，其中该表达水平是使用定量逆转录聚合酶链式反应，基于珠的核酸检测测定法或寡核苷酸阵列测定法测定的。
51.一种确定受试者具有肺癌的可能性的方法，该方法包括：对自受试者获得的生物学样品进行基因表达分析，其中该基因表达分析包括测定该生物学样品中至少2种至至少10种选自表11的基因的mRNA表达水平；并至少部分基于该表达水平来确定该受试者具有肺癌的可能性。
52.一种方法确定受试者具有肺癌的可能性，该方法包括：
对自受试者的呼吸上皮获得的生物学样品进行基因表达分析，其中该基因表达分析包括测定该生物学样品中至少2种至至少10种选自表11的基因的表达水平；并
至少部分基于该表达水平来确定该受试者具有肺癌的可能性。
53.权利要求19至52任一项的方法，其中该肺癌是腺癌，鳞状细胞癌，小细胞癌或非小细胞癌。
54.权利要求19至53任一项的方法，其中测定表11中15种基因每一种的表达水平。
55.权利要求91至54任一项的方法，其中评估至少2种基因的表达水平。
56.权利要求19至55任一项的方法，其中评估至少3种基因的表达水平。
57.权利要求19至56任一项的方法，其中评估至少4种基因的表达水平。
58.权利要求19至57任一项的方法，其中评估至少5种基因的表达水平。
59.一种用于处理基因组信息的计算机执行方法，该方法包括：
获得代表生物学样品中至少2种至至少10种选自表11的基因的表达水平的数据，其中该生物学样品是自受试者获得的；并使用该表达水平来帮助确定该受试者具有肺癌的可能性。
60.权利要求59的计算机执行方法，其中该确定步骤包括计算风险得分，其指示该受试者具有肺癌的可能性。
61.权利要求60的计算机执行方法，其中运算该风险得分涉及测定加权表达水平的组合，其中该表达水平是以它们对预测具有肺癌的可能性升高的相对贡献加权的。
62.权利要求59的计算机执行方法，其进一步包括生成指出该风险得分的报告。
63.权利要求62的计算机执行方法，其进一步包括将该报告传输给该受试者的健康护理提供者。
64.权利要求59至63任一项的计算机执行方法，其中该基因包含至少两种选自表11中鉴定为簇1的基因集合的基因。
65.权利要求59至64任一项的计算机执行方法，其中该基因包含至少两种选自表11中鉴定为簇2的基因集合的基因。
66.权利要求59至65任一项的计算机执行方法，其中该基因包含至少两种选自表11中鉴定为簇3的基因集合的基因。
67.权利要求59至66任一项的计算机执行方法，其中该基因包含至少两种选自表11中鉴定为簇4的集合的基因。
68.权利要求59至67任一项的计算机执行方法其中该基因包含至少两种选自表11中鉴定为簇5的集合的基因。
69.权利要求59至68任一项的计算机执行方法，其中该基因包含至少两种选自表11中鉴定为簇6的集合的基因。
70.权利要求59至69任一项的计算机执行方法，其中该基因包含至少两种选自表11中鉴定为簇7的集合的基因。
71.权利要求59至70任一项的计算机执行方法，其中该基因包含至少两种选自表11中鉴定为簇8的集合的基因。
72.权利要求59至71任一项的计算机执行方法，其中该基因包含至少两种选自表11中鉴定为簇9的集合的基因。
73.权利要求59至72任一项的计算机执行方法，其中该基因包含至少两种选自表11中鉴定为簇10的集合的基因。
74.权利要求59至73任一项的计算机执行方法，其中该基因包含MYOT。
75.权利要求59至74任一项的计算机执行方法，其中该基因表达分析包括测定RNA样品中至少10种选自表11的基因的mRNA表达水平。
76.权利要求59至75任一项的计算机执行方法，其中该基因表达分析包括测定RNA样品中至少15种选自表11的基因的mRNA表达水平。
77.权利要求59至76任一项的计算机执行方法，其中该生物学样品是自该受试者的呼吸上皮获得的。
78.一种本质上由至少1-10种核酸探针组成的组合物，其中至少2种至至少10种核酸探针每一种与自选自表11基因的不同基因表达的mRNA特异性杂交。
79.一种包含多至5种，多至10种，多至25种，多至50种，多至100种，或多至200种核酸探针的组合物，其中至少2种至至少10种核酸探针每一种与自选自表11基因的不同基因表达的mRNA特异性杂交。
80.权利要求78或79的组合物，其中该基因包含至少两种选自表11中鉴定为簇1的基因集合的基因。
81.权利要求78至80任一项的组合物，其中该基因包含至少两种选自表11中鉴定为簇2的基因集合的基因。
82.权利要求78至81任一项的组合物，其中该基因包含至少两种选自表11中鉴定为簇3的基因集合的基因。
83.权利要求78至82任一项的组合物，其中该基因包含至少两种选自表11中鉴定为簇4的集合的基因。
84.权利要求78至83任一项的组合物，其中该基因包含至少两种选自表11中鉴定为簇5的集合的基因。
85.权利要求78至84任一项的组合物，其中该基因包含至少两种选自表11中鉴定为簇6的集合的基因。
86.权利要求78至85任一项的组合物，其中该基因包含至少两种选自表11中鉴定为簇7的集合的基因。
87.权利要求78至86任一项的组合物，其中该基因包含至少两种选自表11中鉴定为簇8的集合的基因。
88.权利要求78至87任一项的组合物，其中该基因包含至少两种选自表11中鉴定为簇9的集合的基因。
89.权利要求78至88任一项的组合物，其中该基因包含至少两种选自表11中鉴定为簇10的集合的基因。
90.权利要求78至89任一项的组合物，其中该基因包含MYOT。
91.权利要求78至90任一项的组合物，其中至少10种核酸探针每一种与自选自表1或11的基因表达的mRNA或与具有与该mRNA互补的序列的核酸特异性杂交。
92.权利要求78至91任一项的组合物，其中至少15种核酸探针每一种与自选自表1或11的基因表达的mRNA或与具有与该mRNA互补的序列的核酸特异性杂交。
93.权利要求78至92任一项的组合物，其中该核酸探针是直接或间接缀合至珠的。
94.权利要求78至92任一项的组合物，其中该珠是磁珠。
95.权利要求78至93任一项的组合物，其中该核酸探针是固定化至固体支持物的。
96.权利要求95的组合物，其中该固体支持物是玻璃，塑料或硅芯片。
97.权利要求78至96任一项的组合物，其中该核酸探针包含表1.1中所列序列或它们任一的反向互补序列。
98.一种试剂盒，其包含至少一个装有权利要求78至97任一项的组合物的容器或包装。
99.一种处理RNA样品的方法，该方法包括
(a)获得RNA样品；
(b)测定该RNA样品中第一mRNA的表达水平；并
(c)测定该RNA样品中第二mRNA的表达水平，其中该第一mRNA和该第二mRNA的表达水平是在生物化学上分开的测定法中测定的，且其中该第一mRNA和第二mRNA是自选自表1或11的基因表达的。
100.权利要求99的方法，其进一步包括测定该RNA样品中至少一种其它mRNA的表达水平，其中该第一mRNA，该第二mRNA，和该至少一种其它mRNA的表达水平是在生物化学上分开的测定法中测定的，且其中该至少一种其它mRNA是自选自表1或11的基因表达的。
101.权利要求99或100的方法，其中该表达水平是使用定量逆转录聚合酶链式反应测定的。
102.一种处理RNA样品的方法，该方法包括
(a)获得RNA样品；
(b)测定该RNA样品中第一mRNA的表达水平；并
(c)测定该RNA样品中第二mRNA的表达水平，其中第一mRNA和该第二mRNA的表达水平是在生物化学上分开的测定法中测定的，且其中该第一mRNA和第二mRNA是自选自表26的基因表达的。
103.权利要求102的方法，其进一步包括测定该RNA样品中至少一种其它mRNA的表达水平，其中该第一mRNA，该第二mRNA，和该至少一种其它mRNA的表达水平是在生物化学上分开的测定法中测定的，且其中该至少一种其它mRNA是自选自表26的基因表达的。
104.权利要求102或103的方法，其中该表达水平是使用定量逆转录聚合酶链式反应测定的。
105.一种确定受试者具有肺癌的可能性的方法，该方法包括
对自受试者获得的生物学样品进行基因表达分析，其中该基因表达分析包括
(a)测定该生物学样品中一种或多种与肺癌状态有关的信息性基因的mRNA表达水平，并
(b)测定该生物学样品中与该受试者的一种或多种可自我报告特征有关的一种或多种基因组关联基因的mRNA表达水平；并
基于(a)和(b)中测定的表达水平确定肺癌风险得分，其指示该受试者具有肺癌的可能性。
106.权利要求105的方法，其中该受试者的一种或多种可自我报告特征选自：吸烟包年数，吸烟状态，年龄和性别。
107.权利要求104或105的方法，其中该信息性基因选自表26。
108.权利要求105至107任一项的方法，其中该信息性基因包含至少两种选自表26的基因。
109.权利要求105至108任一项的方法，其中该信息性基因包含至少三种选自表26的基因。
110.权利要求105至109任一项的方法，其中该信息性基因包含至少四种选自表26的基因。
111.权利要求105至110任一项的方法，其中该信息性基因包含至少五种选自表26的基因。
112.权利要求105至111任一项的方法，其中该肺癌风险得分是依照下面的模型确定的：
x得分1＝W0+W1xGG+W2xGS+W3xGPY+W4x所报告的年龄+W5xC1A+W6xC1B+W7xC2+W8xC3+W9xC4A+W10xC4B，
且
x得分2＝W0+W1xGG+W2xGS+W3xGPY+W4xGA+W5xC1A+W6xC1B+W7xC2+W8xC3+W9xC4A+W10xC4B
且其中GG，GS，GPY，C1A，C1B，C2，C3，C4A和C4B是依照本文中公开的方程确定的。
113.权利要求105至112任一项的方法，其中该肺癌风险得分是依照具有大于90％的在预期使用人群中排除肺癌的负面预测值(NPV)的模型确定的。
114.权利要求105至113任一项的方法，其中该肺癌风险得分是依照具有大于85％的诊断有COPD的受试者的负面预测值(NPV)的模型确定的。
115.一种确定受试者具有肺癌的可能性的方法，该方法包括：
对自受试者获得的生物学样品进行基因表达分析，其中该基因表达分析包括测定该生物学样品中至少2种至至少10种选自表26的基因的mRNA表达水平；并
通过确定该mRNA表达水平的统计学显著性来确定该受试者具有肺癌的可能性。
116.权利要求115的方法，其中确定统计学显著性的步骤包括将该表达水平转换成肺癌风险得分，其指示该受试者具有肺癌的可能性。
117.权利要求116的方法，其中该肺癌风险得分是加权表达水平的组合。
118.权利要求117的方法，其中该肺癌风险得分是加权表达水平之和。
119.权利要求116或117的方法，其中该表达水平是以它们对预测具有肺癌的可能性升高的相对贡献加权的。
120.一种用于为受试者确定治疗过程的方法，该方法包括：
对自该受试者获得的生物学样品进行基因表达分析，其中该基因表达分析包括测定该生物学样品中至少2种至至少10种选自表26的基因的mRNA表达水平；
基于该表达水平为该受试者确定治疗过程。
121.权利要求120的方法，其中该治疗过程是基于自该表达水平推导的肺癌风险得分确定的。
122.权利要求121的方法，其中基于指示该受试者具有相对高的具有肺癌的可能性的肺癌风险得分将该受试者鉴定为肺癌疗法的候选人。
123.权利要求121的方法，其中基于指示该受试者具有相对高的具有肺癌的可能性的肺癌风险得分将该受试者鉴定为侵入性肺规程的候选人。
124.权利要求123的方法，其中该侵入性肺规程是经胸针穿刺，纵隔镜检查术或开胸术。
125.权利要求121的方法，其中基于指示该受试者具有相对低的具有肺癌的可能性的肺癌风险得分将该受试者鉴定为不是肺癌疗法或侵入性肺规程的候选人。
126.权利要求115至125任一项的方法，其进一步包括创建汇总该基因表达分析的结果的报告。
127.权利要求116，117，121-123，和125任一项的方法，其进一步包括创建指出该肺癌风险得分的报告。
128.权利要求116至127任一项的方法，其中该生物学样品是自该受试者的呼吸上皮获得的。
129.权利要求128的方法，其中该呼吸上皮是口，鼻，咽，气管，支气管，细支气管，或肺泡的。
130.权利要求116至129任一项的方法，其中该生物学样品是使用支气管刷检，支气管-肺泡灌洗，或支气管活检获得的。
131.权利要求116至130任一项的方法，其中该受试者展肺癌的现一种或多种症状和/或具有通过计算机辅助断层摄影术或胸部X射线可观察的损害。
132.权利要求131的方法，其中在对该生物学样品进行该基因表达分析之前，该受试者尚未诊断有原发性肺癌。
133.权利要求116至132任一项的方法，其中该基因包含至少两种选自表26中鉴定的基因集合的基因。
134.权利要求105至133任一项的方法，其中该自受试者获得的生物学样品是使用支气管镜检规程获得的。
135.权利要求105至134任一项的方法，其中该自受试者获得的生物学样品是使用细胞刷获得的。
136.一种确定受试者具有肺癌的可能性的方法，该方法包括
对自受试者获得的生物学样品进行基因表达分析，其中该基因表达分析包括
(a)测量一种或多种与肺癌状态有关的信息性基因的cDNA水平，并
(b)测量与该受试者的一种或多种可自我报告特征有关的一种或多种基因组关联基因的cDNA水平；并
基于(a)和(b)中测定的cDNA水平确定肺癌风险得分，其指示该受试者具有肺癌的可能性；
其中该cDNA是自来自该生物学样品的mRNA制备的。
137.权利要求1-58，75-77，或99-136任一项的方法，其中将该mRNA转变成cDNA。
138.权利要求137的方法，其中扩增该cDNA。