本发明属于分子生物学领域,涉及一种采用分子生物学手段检测致病菌的方法,具体为一种用于检测草莓炭疽病菌的分子标记及其应用。
背景技术:
草莓炭疽病由真菌半知菌亚门毛盘孢属草莓炭疽菌侵染所致,草莓炭疽病的有性阶段为子囊菌亚门小丛壳属。病菌以分生孢子在发病组织或落地病残体中越冬,同时,在田间能够分生孢子借助雨水及带菌的操作工具、病叶、病果等进行传播。
草莓炭疽菌的侵染最适条件为:气温为28~32℃,相对湿度在90%以上,是典型的高温高湿型病菌。5月下旬后,当气温上升到25℃以上,草莓匍匐茎或近地面的幼嫩组织易受病菌侵染;7~9月间在高温高湿条件下,病菌传播蔓延迅速,特别是连续阴雨或阵雨2~5天或台风过后的草莓连作田、老残叶多、氮肥过量、植株幼嫩及通风透光差的苗地发病严重,可在短时间内造成草莓毁灭性的损失。近几年来,该病的发生有上升趋势,尤其是在草莓连作地,给培育壮苗带来了严重障碍。
现有草莓炭疽病的防治方法均是采用药剂进行喷洒,如嘧菌酯和嘧酰胺等。这种治疗方式不仅效果较差;同时多频次、多剂量施用后易造成草莓炭疽病菌产生较高程度的耐药性,从而导致草莓炭疽病的防治失败。因此,草莓炭疽病的防治还需尽早在幼苗期发现,避免其传播为主。
技术实现要素:
本发明的目的是:为了克服现有技术的缺陷,获得一种能够准确检测幼苗期草莓炭疽病的方法,有效防治草莓炭疽病的传播和蔓延,降低草莓耐药性,本发明提供了一种一种用于检测草莓炭疽病菌的分子标记及其应用。
技术方案:一种用于检测草莓炭疽病菌的分子标记,所述分子标记及其序列为:p1,seqidno.1~2;p2,seqidno.3~4;p3,seqidno.5~6。
优选的,所述分子标记p1、p2和p3的上游引物5’端进行氨基化修饰。
表1分子标记序列
所述的分子标记在制备检测草莓炭疽病菌试剂盒中的应用。
优选的,所述试剂盒的组分包括:分子标记、dntp、lataq、pcr反应缓冲液、mgcl2、双蒸水。
优选的,所述试剂盒检测草莓炭疽病菌的步骤包括:
(1)取样:提取草莓叶片样品的基因组dna;
(2)以步骤(1)提取的dna作为pcr模板,以p1为特异性引物,进行第一轮pcr扩增;
(3)取步骤(2)的扩增产物,稀释200~500倍后作为第二轮pcr的模板,以p2作为特异性引物,进行第二轮pcr扩增;
(4)取第二轮pcr扩增的产物,稀释20~50倍后作为第三轮pcr的模板,以p3作为特异性引物,进行第三轮pcr扩增;
(5)收集第三轮pcr扩增的产物,并采用琼脂糖凝胶电泳检测。
优选的,所述甘蔗叶片样品的基因组dna的提取方法是试剂盒法或改良ctab法。
优选的,所述pcr扩增的体系为25μl:模板2μl、pcr反应缓冲液2.5μl、dntp2μl、lataq2μl、分子标记1μl、双蒸水15.5μl。
优选的,所述第一轮pcr扩增的程序为:95℃,2min;95℃,30s,52℃,30s,72℃,55s,35个循环;72℃,7min。
优选的,所述第二轮pcr扩增的程序为:95℃,2min;95℃,30s,55℃,30s,72℃,45s,35个循环;72℃,5min。
优选的,所述第三轮pcr扩增的程序为:95℃,2min;95℃,30s,55℃,30s,72℃,35s,35个循环;72℃,4min。
有益效果:(1)本发明所述分子标记能够针对幼苗期的草莓,准确检测幼苗炭疽病菌的感染情况;(2)本发明所述分子标记具有检测时间短、检测成本低和高通量的优点;(3)本发明所述分子标记特异性好、灵敏度高、结果重现性好。
附图说明
图1是实施例1~3检测结果图;
其中,m为分子量为2000bp的maker;1为实施例1pcr产物电泳结果;2为实施例2pcr产物电泳结果;3为实施例3pcr产物电泳结果。
具体实施方式
实施例1
一种用于检测草莓炭疽病菌的分子标记,所述分子标记及其序列为:p1,seqidno.1~2;p2,seqidno.3~4;p3,seqidno.5~6。
所述分子标记p1、p2和p3的上游引物5’端进行氨基化修饰。
所述的分子标记在制备检测草莓炭疽病菌试剂盒中的应用。
所述试剂盒的组分包括:分子标记、dntp、lataq、pcr反应缓冲液、mgcl2、双蒸水。
所述试剂盒检测草莓炭疽病菌的步骤包括:
(1)取样:提取草莓叶片样品的基因组dna;
(2)以步骤(1)提取的dna作为pcr模板,以p1为特异性引物,进行第一轮pcr扩增;
(3)取步骤(2)的扩增产物,稀释200倍后作为第二轮pcr的模板,以p2作为特异性引物,进行第二轮pcr扩增;
(4)取第二轮pcr扩增的产物,稀释50倍后作为第三轮pcr的模板,以p3作为特异性引物,进行第三轮pcr扩增;
(5)收集第三轮pcr扩增的产物,并采用琼脂糖凝胶电泳检测。
所述甘蔗叶片样品的基因组dna的提取方法是试剂盒法或改良ctab法。
所述pcr扩增的体系为25μl:模板2μl、pcr反应缓冲液2.5μl、dntp2μl、lataq2μl、分子标记1μl、双蒸水15.5μl。
所述第一轮pcr扩增的程序为:95℃,2min;95℃,30s,52℃,30s,72℃,55s,35个循环;72℃,7min。
所述第二轮pcr扩增的程序为:95℃,2min;95℃,30s,55℃,30s,72℃,45s,35个循环;72℃,5min。
所述第三轮pcr扩增的程序为:95℃,2min;95℃,30s,55℃,30s,72℃,35s,35个循环;72℃,4min。
实施例2
一种用于检测草莓炭疽病菌的分子标记,所述分子标记及其序列为:p1,seqidno.1~2;p2,seqidno.3~4;p3,seqidno.5~6。
所述分子标记p1、p2和p3的上游引物5’端进行氨基化修饰。
所述的分子标记在制备检测草莓炭疽病菌试剂盒中的应用。
所述试剂盒的组分包括:分子标记、dntp、lataq、pcr反应缓冲液、mgcl2、双蒸水。
所述试剂盒检测草莓炭疽病菌的步骤包括:
(1)取样:提取草莓叶片样品的基因组dna;
(2)以步骤(1)提取的dna作为pcr模板,以p1为特异性引物,进行第一轮pcr扩增;
(3)取步骤(2)的扩增产物,稀释300倍后作为第二轮pcr的模板,以p2作为特异性引物,进行第二轮pcr扩增;
(4)取第二轮pcr扩增的产物,稀释30倍后作为第三轮pcr的模板,以p3作为特异性引物,进行第三轮pcr扩增;
(5)收集第三轮pcr扩增的产物,并采用琼脂糖凝胶电泳检测。
所述甘蔗叶片样品的基因组dna的提取方法是试剂盒法或改良ctab法。
所述pcr扩增的体系为25μl:模板2μl、pcr反应缓冲液2.5μl、dntp2μl、lataq2μl、分子标记1μl、双蒸水15.5μl。
所述第一轮pcr扩增的程序为:95℃,2min;95℃,30s,52℃,30s,72℃,55s,35个循环;72℃,7min。
所述第二轮pcr扩增的程序为:95℃,2min;95℃,30s,55℃,30s,72℃,45s,35个循环;72℃,5min。
所述第三轮pcr扩增的程序为:95℃,2min;95℃,30s,55℃,30s,72℃,35s,35个循环;72℃,4min。
实施例3
一种用于检测草莓炭疽病菌的分子标记,所述分子标记及其序列为:p1,seqidno.1~2;p2,seqidno.3~4;p3,seqidno.5~6。
所述分子标记p1、p2和p3的上游引物5’端进行氨基化修饰。
所述的分子标记在制备检测草莓炭疽病菌试剂盒中的应用。
所述试剂盒的组分包括:分子标记、dntp、lataq、pcr反应缓冲液、mgcl2、双蒸水。
所述试剂盒检测草莓炭疽病菌的步骤包括:
(1)取样:提取草莓叶片样品的基因组dna;
(2)以步骤(1)提取的dna作为pcr模板,以p1为特异性引物,进行第一轮pcr扩增;
(3)取步骤(2)的扩增产物,稀释500倍后作为第二轮pcr的模板,以p2作为特异性引物,进行第二轮pcr扩增;
(4)取第二轮pcr扩增的产物,稀释20倍后作为第三轮pcr的模板,以p3作为特异性引物,进行第三轮pcr扩增;
(5)收集第三轮pcr扩增的产物,并采用琼脂糖凝胶电泳检测。
所述甘蔗叶片样品的基因组dna的提取方法是试剂盒法或改良ctab法。
所述pcr扩增的体系为25μl:模板2μl、pcr反应缓冲液2.5μl、dntp2μl、lataq2μl、分子标记1μl、双蒸水15.5μl。
所述第一轮pcr扩增的程序为:95℃,2min;95℃,30s,52℃,30s,72℃,55s,35个循环;72℃,7min。
所述第二轮pcr扩增的程序为:95℃,2min;95℃,30s,55℃,30s,72℃,45s,35个循环;72℃,5min。
所述第三轮pcr扩增的程序为:95℃,2min;95℃,30s,55℃,30s,72℃,35s,35个循环;72℃,4min。
sequencelisting
<110>苏州蔻美新材料有限公司
<120>一种用于检测草莓炭疽病菌的分子标记及其应用
<130>
<160>6
<170>patentinversion3.3
<210>1
<211>20
<212>dna
<213>人工序列
<400>1
cggtgacataatactgagag20
<210>2
<211>20
<212>dna
<213>人工序列
<400>2
gggcaagttaggcgtagcag20
<210>3
<211>19
<212>dna
<213>人工序列
<400>3
gcgatctctggaatcaata19
<210>4
<211>19
<212>dna
<213>人工序列
<400>4
ccgtatgacgctgaagtca19
<210>5
<211>18
<212>dna
<213>人工序列
<400>5
ggacatcagcaaggagaa18
<210>6
<211>21
<212>dna
<213>人工序列
<400>6
ggtacaactgtccatcctgaa21